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Bioanalizzatore Agilent 2100 Guida dell`utente di 2100 Expert

1. Ladder 1000 500 250 100 25 BSAI1 B5A 1000 BSA225 BSA40 kDa Normal Ni Collapse Integration start time s 15 Integration end time s 46 95 Slope Threshold 3 Area threshold 0 Tad Height threshold FU 2 Peak filter width s 0 3 LI __ m mm 68 Size 65 4 kDa Rel Conc 1289 0 g ml L 29 p e e a a i a 1 _Y_ _m____ ____m fi 2 3 4 5 6 7 8 9 10 Size kDa Rel Conc g ml Calib Conc ug ml Total Observations Aligned Migration Time s lt 1 6 0 0 0 0 0 0 0 Lower Marker 18 65 2 TI 0 0 0 0 0 0 System Peak 19 38 3 10 1 0 0 0 0 0 0 System Peak 20 26 4 17 8 32 0 0 0 2 21 92 5 24 4 2 8 0 0 0 2 23 09 6 65 4 1 289 0 1 951 5 85 5 Calibration Protein 28 47 7 82 8 6 2 0 0 0 4 29 78 4 Default Apply Cancel Help Results PeakTable Errors Sommario A 509 V Indice analitico Nelle schede secondarie poste sotto l immagine gel simile possibile trovare i dati ana lizzati di ogni singolo campione Per ulteriori analisi possibile utilizzare il navigatore delle impostazioni sulla destra per modificare le impostazioni delle analisi dei dati per il campione attuale scheda Local Locale o per tutti i campioni scheda Global Gene rale Accesso La scheda Gel sempre disponibile e nel contesto Data and Assay Dati e analisi se viene selezionato un file di dati di un c
2. All validations Configuration 7 Son rInstalled 2100 Bioanalyzer Sets H E oQ Electrophoresis Set License 264958350 16147633 1378230307 Flow Cytometry Set License 315289990 16152224 1379278883 m Select 2100 Bioanalyzer Instruments and Cartridges Instrument Details Cartridge Details Serial Number DE02000386 Identifier 1 Friendly Name Instrument 1 Product ID G2938A FW Revision C 01 03q Select Configure 2100 Bioanalyzer HW Test Chips Test Chip Type Lot Number Offset Intensity 1 Autofocus Test Chip DA31TF01 30 428 2 Electrode Diode Test Chip EJD9TEDI 3 Leak Current Test Chip EH26TL01 6 Nel Pannello della struttura ad albero selezionare la categoria del test che si desidera eseguire Selezionare la categoria tramite le opzioni 0 00 SW HW PC name Bioanalyzer name Test Category NOTA Prima di eseguire i test dell hardware HW necessario verificare che il bioanalizza tore sia connesso ed acceso Sommario A 367 V Indice analitico La scheda Configuration Configurazione consente di selezionare i test di qualificazio ne da eseguire durante la prova di validazione New Validation Q Active Validation All validations Configuration Results New validation Al 19 Available Tests a g sw E BIOSTATION42 Apply Na
3. Requirements Configuration Vengono eseguiti tutti i test selezionati Sommario A 363 Y Indice analitico La colonna Status Stato indica lo stato di ogni test Executing In esecuzione Execution pending In attesa di esecuzione Executed passed Eseguito passato Executed failed Eseguito fallito 7 Se il test non viene completato correttamente necessario ripeterlo 8 Se il problema persiste contattare il Servizio di assistenza Agilent risultati dei test diagnostici vengono memorizzati in file xdy nella cartella d installa zione di 2100 expert sotto diagnosis Se il test fallisce necessario inviare i file xdy al Servizio di assistenza Agilent Sommario A 364 V Indice analitico Esecuzione delle qualificazioni Per essere certi che il sistema bioanalizzatore Agilent 2100 sia validato necessario eseguire numerose opzioni di qualificazione a livello d installazione e funzionamento 2100 expert fornisce test di qualificazione dell installazione 10 e di qualificazione fun zionale 00 relativi sia al software che all hardware del bioanalizzatore Ogni qualifica zione costituita da una serie di test e misurazioni che possono essere eseguite e documentate nel contesto Validazione del software 2100 expert Qualificazione dell installazione La qualificazione dell installazione comprende test atti a verificare che il software e l hardware del bioanalizzatore sian
4. Per eseguire la panoramica e ridimensionare un elettroferogramma 1 Nel menu Electropherogram Elettroferogramma selezionare Graph Mode gt Pan Modalit grafica gt Pan o Scale Ridimensiona 2 Posizionare il puntatore del mouse all interno dell elettroferogramma 3 Fare clic e tenere premuto il pulsante sinistro del mouse Il puntatore del mouse cambia la sua forma in una doppia freccia o in una doppia croce Sommario A 98 V Indice analitico 4 Trascinare il mouse Trascinando il mouse la curva dell elettroferogramma si sposta nella direzione di tra scinamento Modalit Pan oppure si modificano le scale dell asse X e o dell asse Y Modalit Scale 5 Rilasciare il pulsante del mouse possibile eseguire diversi zoom panoramiche e ridimensionamenti in sequenza Per annullare uno step di esecuzione dello zoom della panoramica o di ridimensiona mento 1 Fare clic sul pulsante Undo Zoom Annulla zoom oppure fare doppio clic sull elet troferogramma Per annullare tutti gli step di esecuzione dello zoom della panoramica o di ridimensiona mento 1 Fare clic sul pulsante Undo All Annulla tutto Sommario A 99V Indice analitico Per visualizzare i punti dei dati negli elettroferogrammi 1 Dal menu Electropherogram Elettroferogramma selezionare Show Data Points Mostra punti dei dati oppure fare clic sul pulsante sulla barra degli strumenti Sommario A 100Y Indice an
5. Variabile Descrizione Well SampleName SampleCategory Questa variabile della stringa rappresenta le coordinate del pozzetto Dato che pu essere considerata una stringa pu essere utilizzata in qualsiasi espressione in cui ci si attende una stringa Questa variabile della stringa rappresenta il nome del cam pione Dato che pu essere considerata una stringa pu essere utilizzata in qualsiasi espressione in cui ci si attende una stringa Questa variabile della stringa rappresenta la categoria del campione Dato che pu essere considerata una stringa pu essere utilizzata in qualsiasi espressione in cui ci si attende una stringa NOTA Vedere il riferimento della variabile nel Riquadro della Guida in linea per dettagli sulla sintassi utilizzo ed esempi Sommario A 563 V Indice analitico Operators Operatori solo modalit avanzata Sono disponibili operatori per il confronto lt lt gt gt lt gt per operazioni aritmetiche e per operazioni logiche AND OR AND NOT OR NOT Operatore Significato Uguale lt Inferiore a lt Inferiore o uguale a gt Maggiore di gt Maggiore o uguale a lt gt Non uguale Pi concatenazione di stringhe Meno Moltiplicato per Diviso per AND Logico e OR Logico o AND NOT Logico e non OR NOT Logico o non Sommario A 564 V Indice analitico Scheda Log Book Registro Scopo La sche
6. vi Sample 1 Completed v 2 Sample 2 Completed v 3 Sample 3 Completed vv 4 Sample 4 Completed v 5 Sample 5 Completed v 6 Sample 6 Completed v 7 Sample 7 Completed v 8 Sample 8 Completed vY 9 Sample 9 Completed amp 10 Sample i0 Completed amp 11 Samplell Completed amp 12 Sample 12 Completed mi x Era 1 Per vedere immediatamente i risultati nel contesto Data and Assay Dati e analisi occorre selezionare la casella di controllo Select file in Data Context Seleziona file nel contesto Dati Sommario A34V Indice analitico 2 Fare clic su OK La finestra di dialogo viene chiusa e Selezionando Select file in Data Context Seleziona file nel contesto Dati si viene inviati direttamente al contesto Data and Assay Dati e analisi dove possibile visualizzare analizzare e valutare i risultati dell analisi del chip vedere Visualizzazione dei risultati d analisi Elettroforesi a pagina 92 e Analisi e valutazione dei risultati di un analisi elettroforetica a pagina 104 e Se invece non viene selezionata la casella di controllo Select file in Data Context Sele ziona file nel contesto Dati il software torna al contesto nstrument Strumento dove per esempio possibile far partire una nuova analisi Sommario A 85Y Indice analitico Interruzione dell analisi di un chip possibile interrompere l analisi di un chip in qualsiasi momento per esempio e Se la qualit dei risultati d analisi non soddisfa le a
7. a pagina 432 e Contesto Data and Assay Dati e analisi Barra degli strumenti Flow Cytometry Citometria a flusso a pagina 441 e Contesto Data and Assay Dati e analisi Barra degli strumenti Result Flagging Evidenziazione dei risultati a pagina 447 Sommario A 5330 Y Indice analitico e Contesto Data and Assay Dati e analisi Barra degli strumenti Log Book Registro a pagina 448 e Barra degli strumenti del contesto Validation Validazione a pagina 449 e Barra degli strumenti del contesto Comparison Confronto a pagina 450 Barra degli strumenti del contesto Instrument Strumento Instrument 7e E 0 mE E7 e Pulsante Funzione rre JB Instrument Data and Assay Validation Comparison O m E Sommario Selezionare una voce da questo elenco per passare ad un altro contesto Apre la finestra di dialogo Open Apri che consente di caricare un file di dati del chip xad o d analisi xsy Mostra o nasconde il Pannello della struttura ad albero Visualizza la Scheda Instrument Strumento Visualizzazione sin gola dello strumento selezionato Visualizza la Scheda Instrument Strumento Visualizzazione a gri glia Ordina orizzontalmente i riquadri dello strumento A 331 Y Indice analitico Pulsante Funzione pra Ordina verticalmente i riquadri dello strumento Evidenzia il riquadro dello strumento precedente Evidenzia il riq
8. r Jadije gt 808 co w T E Bioanalizzatore Agilent 2100 Guida dell utente di 2100 Expert Edizione Marzo 2004 Agilent Technologies Informazioni legali Agilent Technologies Inc 2000 2004 Nessuna parte di questo manuale pu essere riprodotta in alcun formato o con alcun mezzo inclusa l archiviazione e la scansione elettroniche o la traduzione in una lingua straniera senza previo consenso scritto di Agilent Technologies Inc secondo le disposizioni di legge sul diritto d autore degli Stati Uniti internazionali e locali applicabili Codice del manuale G2946 94002 Edizione marzo 2004 Agilent Technologies Deutschland GmbH Hewlett Packard Strasse 8 76337 Waldbronn Adobe e Acrobat sono marchi registrati negli Stati Uniti della Adobe Systems Incorporated Microsoft e Windows sono marchi registrati negli Stati Uniti di Microsoft Corporation Caliper LabChip ed il logo LabChip sono marchi negli Stati Uniti ed in altri paesi Licenze tecnologia componenti hardware e o software descritti in questo documento vengono forniti con licenza e possono essere utilizzati o copiati solo in conformit ai termini di tale licenza Sommario registrati di propriet di Caliper Technologies Corp A2Y Garanzia Le informazioni contenute in questo documento sono for nite allo stato corrente e sono soggette a modifiche senza preavviso nelle edizioni future Agilent non rilascia alcuna alt
9. Apri Fa apparire una finestra di dialogo del sistema che consente di aprire un file dei risultati di validazione xvd Close Chiudi Chiude il file dei risultati di validazione attuale Close All Chiude tutti i file dei risultati di validazione aperti Chiudi tutti Page Setup Visualizza la finestra di dialogo Page Setup Impostazione pagina Impostazione che consente di modificare l aspetto della pagina stampata Vedere pagina la sezione Page Setup Impostazione pagina a pagina 648 Sommario A 385 V Indice analitico Voce del menu File Funzione Print Stampa Visualizza la finestra di dialogo Print Stampa Validazione finestra di dialogo che consente di generare vari report dei test di qualifica zione Vedere la sezione Print Stampa Validazione a pagina 626 Recently used files Un elenco di fino a dieci file di risultati della validazione xvd che File utilizzati fornisce rapido accesso ai file utilizzati pi recentemente recentemente Exit Esci Chiude l applicazione 2100 expert Se sono presenti dati non salvati viene visualizzata la finestra di dialogo 2700 Expert Close Chiudi Vedere la sezione 2100 Expert Close Chiudi a pagina 585 Sommario A 386 V Indice analitico Contesto Comparison Confronto Open Ctrl 0 I td save Ctrl 5 Page Setup a Print Ctrl P Ci tidatalComparisonFile0 DNA1000 xac Ci tidatalComparisonFilei DNA
10. File di dati del chip file di dati del chip contengono le seguenti informazioni Risultati delle misurazioni Dopo ogni analisi del chip i risultati delle misurazioni chiamati anche dati grezzi vengono salvati automaticamente in un nuovo file di dati del chip risultati delle misu razioni elettroforetiche sono coppie costituite da tempo di migrazione e valore dell in tensit di fluorescenza mentre i risultati delle misurazioni citometriche a flusso sono costituite da tre dati tempo di migrazione fluorescenza rossa e fluorescenza blu Informazioni sulle analisi di base Poich l analisi di un chip sempre basata su un file di analisi tutte le informazioni acquisite dal file d analisi diventano parte del file di dati del chip Registro di analisi Gli eventi che si verificano durante l analisi del chip come ad esempio il tempo iniziale ed il tempo finale oppure qualsiasi problema o errore vengono inseriti in un registro d analisi che viene anch esso salvato nel file di dati del chip Informazioni sulla valutazione Sono modifiche effettuate durante la valutazione dei dati ad esempio modifiche alla co lorazione del gel marker impostati manualmente modifiche delle impostazioni modifi che delle regole di evidenziazione dei risultati o definizioni di nuovi marker e zone Sommario A 292 V Indice analitico File di confronto possibile confrontare i risultati di misurazioni di analisi del chip diverse solo
11. Select file in Data Context Completed Completed Completed Completed Completed Completed Completed Aborted Aborted Aborted Aborted Aborted Sommario A 87 Y Indice analitico Il campione analizzato viene segnalato da un segno verde e solo quelli evidenziati saranno salvati sul file di dati del chip campioni non analizzati saranno identificati da una croce bianca in campo rosso 3 Per vedere immediatamente i risultati nel contesto Data and Assay Dati e analisi occorre selezionare la casella di controllo Select file in Data Context Seleziona file nel contesto Dati 4 Fare clic su OK La finestra di dialogo viene chiusa e Selezionando Select file in Data Context Seleziona file nel contesto Dati si viene inviati direttamente al contesto Data and Assay Dati e analisi dove possibile visualizzare analizzare e valutare i risultati se presenti dell analisi del chip vedere Visualizzazio ne dei risultati d analisi Elettroforesi a pagina 92 e Analisi e valutazione dei risultati di un analisi elettroforetica a pagina 104 e Se invece non viene selezionata la casella di controllo Select file in Data Context Sele ziona file nel contesto Dati il software torna al contesto nstrument Strumento dove per esempio possibile far partire una nuova analisi Sommario A 889 Y Indice analitico Inserimento di informazioni relative a chip campione e studio Durante o successivamente all analisi
12. due istogrammi mostrano tutti gli eventi misurati nell istogramma blu e nell istogramma rosso senza l applicazione del filtro In questo caso non possibile vedere quali cellule risultano fluorescenti solo nel blu e quali sono fluorescenti solo nel rosso E 13 3 2 O 9 Tutti gli eventi che presen S tano fluorescenza rossa LU LU Tutti gli eventi che presen tano fluorescenza blu pe L he Intensity Intensity Sommario A 242 Y Indice analitico Impostando un marker sull istogramma blu possibile definire l intervallo di fluore scenza in cui devono essere comprese le cellule per essere considerata nell istogramma rosso In pratica si utilizza il filtro sull istogramma blu per definire un sottoinsieme sull istogramma rosso 3 3 O O Sottoinsieme degli eventi S 5 definiti dal marker uu di Eventi del sottoinsieme che mostrano anche fluorescenza 5 3 B Intensity E Intensity rossa Sommario A 243 Y Indice analitico L istogramma rosso visualizza ora solo le cellule con fluorescenza blu o rossa all interno del marker Per valutare questo sottoinsieme possibile impostare un marker sull isto gramma rosso Questo secondo marker esclude tutte le cellule la cui fluorescenza non in questo intervallo Eventi con fluorescenza blu elevata Event Count Event Count Eventi che presentano sia fluo rescenza blu che rossa elevate Intensity I
13. n n Tn cn AI 29 e Za _ n i eee desse i _ 6 eee e r L 3 4 5 6 Ti 8 9 10 Il puntino in cima alla corsia colorato se il campione soddisfa una regola di evidenzia zione Sommario A 184 V Indice analitico e Sulla piccola immagine del gel sul Pannello inferiore e Nella scheda Results Risultati Number of peaks found 14 Total Rel Conc 1 305 1 pom Result Flagging Color tana Result Flagging Label Found Ladder 2 Feettrieeeneneeserenese Result Flagging Color Colore evidenziazione risultati colore della regola di evidenzia zione che il campione attuale soddisfa Result Flagging Label Etichetta evidenziazione risultati etichetta della regola di evi denziazione che il campione attuale soddisfa Sommario A 185 V Indice analitico Come definire le regole di evidenziazione dei risultati Sono disponibili due modalit per la definizione delle regole di evidenziazione dei risultati Modalit assistita In questa modalit possibile comporre facilmente un espressione selezionando fun zioni e operatori da elenchi forniti Se necessario devono essere forniti attributi aggiun tivi Selezionando un operatore logico AND AND NOT OR OR NOT possono essere combi nati ulteriori termini per formare un espressione pi complessa L ultimo termine dell espressione termina con l operatore NONE Modalit avanzata Questa modalit pi flessibi
14. Concentration of upper 4 2 al Concentration of lower 8 3 Z Sizing Standard Curve Point to Point Smear Analysis Perform Smear Analysis Baseline calculation Baseline start time s 25 Baseline end time s 94 9 Zero Baseline x Z Filter Settings Polynomial order 6 Integrator Integration start time s 25 Integration end time s 94 9 Slope Threshold 0 8 Area threshold 0 Height threshold FU 8 Peak filter width s 0 5 Baseline plateau s 0 5 Z Ladder Setpoints Z Baseline calculation Raseline start time s1 25 zl IN Cancel Help Defaults L Sommario A 143 Y Indice analitico La modifica di impostazioni globali mentre sono applicate impostazioni locali apre una finestra di dialogo che chiede se si desidera ignorare le impostazioni personalizzate del campione Setpoints Do you want to overwrite custom sample settings Scegliendo Yes Si si provoca l annullamento di tutte le impostazioni dei singoli cam pioni e l applicazione globale delle modifiche a tutti i campioni Scegliendo No i singoli campioni manterranno le impostazioni modificate Sommario A 144 Y Indice analitico Impostazioni del filtro La prima operazione che il software esegue nell analisi dei dati grezzi l applicazione del filtro Possono essere modificate le seguenti impostazioni del filtro Filter Width Definisce la finestra di dati in secondi utilizzata per calcolare la Ampiez
15. In Grid View Visualizzazione Contesto Data and Assays Dati e analisi esegue a griglia lo zoom dell elettroferogramma Sono anche possi bili operazioni di panoramica e modifica della scala Contesto nstrument Strumento segue lo zoom avanti sul grafico Nelle tabelle tabella dei picchi Sulle celle della tabella seleziona celle multiple tabella dei frammenti ecc Li Sulle intestazioni delle colonne sposta le colonne della tabella Sommario A 668 V Indice analitico Prodotti parti di ricambio ed accessori Per acquistare i seguenti prodotti parti di ricambio e accessori per il Bioanalizzatore Agilent 2100 visitare Agilent Online Store http www agilent com home buyonline html Pacchetti e G2940CA Bioanalizzatore Agilent 2100 per desktop Comprende il Bioanalizzatore Agilent 2100 un PC Compaq desktop una stampante a colori il software di sistema l agitatore vortex ed i relativi accessori Cartuccia e licenza devono essere acquistate a parte e G2943CA Bioanalizzatore Agilent 2100 per computer portatili Comprende il Bioanalizzatore Agilent 2100 un PC portatile Compaq una stampante a colori il software di sistema l agitatore vortex ed i relativi accessori Cartuccia e licenza devono essere acquistate a parte Hardware e G2938C Bioanalizzatore Agilent 2100 Comprende 1 stazione di priming del chip 1 kit di chip test ed il Manuale d installazione e sicurezza Cartuccia e licenza devono es
16. Pratiche d analisi essenziali Analisi elettrofore tica a pagina 75 e Pratiche d analisi essenziali Analisi citometrica a flusso a pagina 215 5 Inserire il chip nel bionalizzatore Agilent 2100 a Aprire il coperchio L icona del bioanalizzatore assume la forma mostrata nella figura Sommario A23Y Indice analitico b Controllare che la cartuccia sia inserita correttamente e che il selettore del chip sia nella posizione corretta 1 per analisi elettroforetica 2 per analisi citometrica a flusso Per ulteriori informazioni vedere la sezione Come passare dall analisi elettroforeti ca all analisi citometrica a flusso e viceversa a pagina 52 c Inserire il chip nell alloggiamento La figura mostra questa operazione per un chip elettroforetico Il chip pu essere inserito solo in una posizione Non forzare per inserirlo ATTENZIONE Non chiudere il coperchio con forza per non danneggiare la cartuccia Sommario A24Y Indice analitico d Chiudere il coperchio con cautela Analisi elettroforetiche gli elettrodi della cartuccia combaciano con i pozzetti del chip Analisi citometriche a flusso l adattatore con la guarnizione sulla cartuccia si adatta perfettamente al pozzetto della soluzione di priming sul chip L icona del bioanalizzatore diventa l icona di un chip per esempio l icona di un chip per DNA s Lui 2 lt DNA LabChip ra id
17. Un marker viene visualizzato con due linee verticali che definiscono un area di valori di fluorescenza Viene utilizzato per selezionare un sottoinsieme di eventi in accordo con quest area di fluorescenza NOTA marker possono essere inseriti solo nell analisi di tipo Generico Per aggiungere un nuovo marker 1 Sulla barra degli strumenti della scheda Histogram Istogramma fare clic sul pulsante Insert Marker N Inserisci marker Viene aggiunto un marker alla finestra dell istogramma selezionato Per inserire un marker esistente 1 Fare clic sul pulsante nsert Existing Marker Inserisci marker esistente per aprire la finestra nsert Existing Markers Inserisci marker esistenti Insert Existing Markers x Existing Markers Marker 2 Sommario A 246 V Indice analitico 2 Selezionare un marker dalla lista e fare clic su nsert Marker Inserisci marker Le linee del marker saranno inserite nella posizione definita Un etichetta identifica il marker I marker non pi necessari possono essere rimossi 1 Fare clic su una delle linee verticali dell istogramma per selezionare il marker Le linee del marker selezionato vengono visualizzate in grassetto Marker 1 fa F c v gt w O O z attrarre SUGGERIMENTO Per selezionare il marker possibile anche fare clic sulla riga corrispondente della tabella dei risultati 2 Fare clic sul pulsante Delete Marker X Elimina marker
18. a pagina 585 Per salvare le modifiche non salvate al 2100 expert End of Run Fine dell analisi a pagina 597 Auto Export Esportazione automatica a pagina 611 Auto Print Stampa automatica a pagina 633 Configure Columns Configura colonne a pagina 636 Open Apri a pagina 601 Options Data Files Opzioni File di dati a pagina 587 Sommario A 580 Y momento di uscire dall applicazione 2100 expert o passando ad un altro conte sto Mostra lo stato dell analisi del chip termi nata o abortita Per specificare opzioni per l esportazione automatica dei dati Per specificare opzioni per la stampa auto matica Per mostrare o nascondere le colonne delle tabelle dei risultati Per aprire file di dati del chip e file di analisi Per configurare le propriet di salvataggio dei file di dati Indice analitico Finestra di dialogo Scopo Options Chip Alert Opzioni Avviso chip a pagina 590 Options Graph Settings Opzioni Impostazioni grafiche a pagina 592 Options Advanced Opzioni Avanzate a pagina 594 Page Setup Impostazione pagina a pagina 648 Per configurare l avviso del chip al termine della misurazione Per definire i colori del grafico per elettrofe rogrammi ed istogrammi sovrapposti Per abilitare la stampa automatica l espor tazione automatica e l esecuzione automa tica dell
19. da un file d analisi xsy o da un file di dati del chip xad Importando Importa marker marker e aree le analisi specifiche vengono convertite in analisi e aree solo per generiche analisi citometri che a flusso Sommario A 494 V Indice analitico SetpointExplorer Consente di modificare i parametri di analisi impostazioni dei dati di Navigatore delle analisi globalmente cio per tutti i campioni Fare clic sui nodi per impostazioni espandere e sui nodi per chiudere i rami Le impostazioni modificabili sono quelle in bianco Per modificare un impostazione fare doppio clic sul valore inserire il nuovo valore e premere invio valori modificati appaiono in rosso fino a che vengono applicati Advanced Si Collapse Baseline end time s 64 E Zero Baseline x Z Filter Settings Polynomial order 6 Integrator Integration start time s 13 Integration end time s 64 Slope Threshold 0 8 Area threshold 0 5 dl Defaults if Cancel Help Normal Advanced Normale Avanzata passa dalla modalit Normale alla modalit Avanzata e viceversa Expand Collapse Ingrandisci Riduci ingrandisce riduce tutti i nodi Defaults Predefiniti azzera tutti i valori delle impostazioni ai valori predefiniti dell analisi Apply Applica applica le modifiche necessario salvare i file di ana lisi file di dati del chip per rendere permanenti le nuove impostazioni Cancel Annulla a
20. expertiData 2003 11 10 2100 expert_Protein 200_00000_2003 11 10_22 23 57 xad Instrument Run 2100 expert started User Interface 2100 expert ended User Interface Source HW Diagnosis ended overall result Passed User Interface Diagnosis HW Diagnosis started File C Program FilesiAgilenti2100 Bioanalyzer 2100 expert Diagnosis Diagnosis_10 11 2003_14 51 03 xdy User Interface Diagnosis Instrument Online on port 1 Serial DE02000386 Firmware version C 01 03q Instrument Run Validation Ended on file C Program FilesiAgilent 2100 Bioanalyzer 2100 expertiwalidationiValidation_10 11 2003_14 13 16 xvd User Interface Validation Validation Started on file C Program FilesiAgilenti2100 Bioanalyzer 2100 expert walidationiValidation_10 11 2003_14 13 16 xvd User Interface Validation 2100 expert started User Interface 2100 expert ended User Interface NOTA La ricerca non distingue tra lettere minuscole e maiuscole 4 Per continuare la ricerca fare clic su Find Next Trova successivo Sommario A 343 Y Indice analitico Configurazione di 2100 Expert Il software 2100 expert pu essere configurato come descritto di seguito e nomi dei file di dati possono essere generati automaticamente Per ulteriori informa zioni sulla modalit di assegnazione dei nomi vedere la sezione Come specificare i nomi e le directory dei file di dati a pagina 345 e Al termine dell analisi di un chip necessario ri
21. Create Data file names by combining IV Prefix 2100 V Assay Class IV Serial Number NV Date Time Example 2100_ASSAYCLASS_SRNUM_2003 06 25_001 Counter m Data File Directory Default Directory C nt 2100 Bioanalyzer 2100XpertiData Custom Directory fry O IV Create Daily Subdirectories Cancel Help Sommario A 345 V Indice analitico 2 Selezionare le caselle di controllo delle stringhe che si desidera inserire nei nomi dei file Opzione Significato Prefix Prefisso Inserisce un annotazione per identificare il file di dati La stringa pu essere modificata Il prefisso predefinito per i file 2100 expert Assay Class Inserisce la classe dell analisi Esempi DNA1000 GFP Apop Classe tosis dell analisi Serial Number Inserisce il numero di serie del bioanalizzatore Agilent 2100 utiliz Numero di serie zato per l analisi del chip Date Data Inserisce la data in cui stata effettuata l analisi del chip Time Counter Inserisce l ora in cui viene effettuata l analisi del chip inserisce un Data e ora numero a 3 cifre ad incremento automatico contatore Per specificare la directory in cui i file di dati del chip devono essere salvati 1 Selezionare Default Directory Directory predefinita per utilizzare la directory Data sotto la directory d installazione di 2100 expert oppure selezionare Custom Directory Dir
22. Durante il trascinamento una freccia verde indica la posizione dell obiettivo MigrationTime 3 Rilasciare il tasto del mouse La colonna viene spostata nella sua nuova posizione Area FragmentSize MigrationTime Concentration Molarity Observations 15 00 44 14 4 20 424 24 CalculatedLowerMarker 472 30 93 54 0 76 2 45 500 66 95 53 0 34 1 03 1500 00 115 56 2 10 2 12 CalculatedUpperMarker A Wa Sommario A 335 V Indice analitico Modifica dell altezza della tabella Per aumentare o diminuire l altezza della tabella 1 Posizionare il puntatore del mouse sulla riga d intestazione della tabella fino a che la forma del cursore diventa una doppia freccia 2 Fare clic e tenere premuto il pulsante sinistro del mouse trascinando in alto o in basso Results Peak Table 3 Rilasciare il tasto del mouse In questo esempio la Peak Table Tabella dei picchi ha liberato spazio sullo schermo per l immagine gel simile sopra la tabella __F f 2 3 4 5 6 7 E Ki FragmentSize MigrationTime 1 50 29 15 00 2 29 49 472 30 3 13 40 500 66 95 53 4 84 13 1500 00 2 12 CalculatedUpperMarker Results Peak Table Sommario A 336 V Indice analitico Lettura dei registri 2100 expert fornisce due registri Registro di analisi La tabella del registro d analisi contiene eventi generati durante un ana
23. Il filtro viene rimosso ed il pulsante della direzione corrispondente viene abilitato Sommario A 252 V Indice analitico NOTA Per modificare la direzione del filtro in analisi non generiche occorre prima passare all analisi generica Per ottenere questo utilizzare il pulsante mport Setpoints Importa impostazioni sulla scheda Assay Properties Propriet analisi vedere la sezione Importazione dei dati a pagina 304 Come sovrapporre gli istogrammi possibile confrontare i campioni sovrapponendo i loro istogrammi filtrati Questo utile per esempio quando si desidera vedere l avanzamento di una reazione oppure se un campione viene utilizzato come riferimento La sovrapposizione degli istogrammi potrebbe essere utile anche per regolare la posi zione dei marker Tutti i campioni analizzati possono essere sovrapposti Sia gli isto grammi blu che quelli rossi vengono sovrapposti NOTA possibile configurare i colori degli istogrammi sovrapposti e regolare la graduazione della scala come descritto in Come impostare i colori degli istogrammi sovrapposti a pagina 256 Per sovrapporre gli istogrammi 1 Selezionare il campione principale e visualizzare la scheda Histogram Istogramma 2 Fare clic sul pulsante Overlaid Samples verlaid Samples Campioni sovrapposti per aprire un elenco a tendina Sommario A 253 V Indice analitico 3 Fare clic sul campione che si vuole sovrapporre La curva dell istogramma
24. La bl t f 2 4 DS Oo N k 8 s 7 Rat liver mRNA sample 4 Rat liver mRNA sample 5 Rat liver mRNA sample 6 tru Font Inver MANA samgie 4 GO Rot Iter mRNA samgie 5 Lame samgie di l a i f f f 2 Ei 40 9 o n 0 s 8 s 7 Rat liver mRNA sample 7 Rat liver mRNA sample 8 Rat liver mRNA Sample 9 mu Fest iver mRNA samgie 7 try Fat iver mRNA samgie 5 Fest Itver MRNA samgie 9 i y f 1 Fi f f f 2 0 DS 0 Di 8 s Rat liver mRNA sample 10 Rat liver mRNA sample 11 Rat liver mRNA sample 10 rif li SOA Iata Sommario Rat liver mRNA sample 11 A 327 V Page Read 6 27 2003 12 50 03 PM Modified 8 19 2003 8 16 50 AM Indice analitico Come attivare e configurare la stampa automatica dei report d analisi del chip Un report pu essere stampato o generato automaticamente al termine di ogni analisi del chip Per abilitare e configurare la stampa automatica 1 Nel menu Tools Strumenti selezionare Options Opzioni Viene visualizzata la finestra di dialogo Options Opzioni 2 Fare clic sulla scheda Advanced Avanzate per portarla in primo piano 3 Selezionare la casella di controllo Auto Print Stampa automatica quindi fare clic sul pulsante Settings accanto alla casella di controllo Viene visualizzata la finestra di dialogo Auto Print Stampa automatica Print Item Assay Details f Sample Data I Run Summary for Flow Cytometry data per page S
25. La scheda Histogram Istogramma sempre disponibile nel contesto Data and Assay Dati e analisi se viene selezionato un file di dati di un chip citometrico a flusso o un file di analisi possibile passare tra le diverse visualizzazioni degli istogrammi scegliendo Single View Visualizzazione singola o Grid View Visualizzazione singola sul menu Histogram Istogramma Sommario A 542 Y Indice analitico Histogram View Visualizzazione istogramma Gli istogrammi sono rappresentazioni grafiche dei risultati delle misurazioni dove il numero di eventi viene riportato sull asse Y ed i loro valori di fluorescenza sull asse X L asse X pu essere logaritmico o lineare Le curve risultanti mostrano la distribuzione di frequenza degli eventi in relazione ai valori della loro intensit di fluorescenza Nella Grid View Visualizzazione a griglia viene mostrata una panoramica di tutti i cam pioni piccoli istogrammi sono identificati dal nome del campione e sotto di essi pos sibile leggere il numero totale di eventi ed il valore degli eventi coperti possibile selezionare un singolo istogramma facendo clic su di esso o spostare il centro con i tasti freccia Facendo doppio clic sull istogramma blu o rosso nella Grid View Visualizzazione a gri glia porta alla Single View Visualizzazione singola visualizzando una vista pi grande degli istogrammi ed una tabella dei risultati sotto ogni istogramma Gli istogrammi pos
26. PeakFoundAuto Utilizzata per verificare se un frammento di determinate dimensioni presente oppure no Ritorna l ID del picco se il picco del frammento viene trovato altrimenti ritorna 0 Questa funzione ricerca un picco la cui dimensione del frammento compresa tra dimensione 10 e dimensione 10 PeakConcentration Ritorna l ID del picco se il picco del frammento viene trovato altrimenti ritorna 0 Number0fPeaks Ritorna il numero di picchi rilevato in un canale TotalArea Ritorna la somma delle aree di tutti i picchi rilevati in un cam pione TotalConcentration Ritorna la somma delle concentrazioni di tutti i picchi rilevati in un campione PeakAttribute Ritorna l attributo di un dato picco PeakMax Ritorna il numero del picco con il valore pi alto in una data colonna PeakMin Ritorna il numero del picco con il valore pi basso in una data colonna Sommario A 561 VY Indice analitico Funzione Descrizione SubStr Ritorna una sottostringa di una stringa Pattern Ritorna vero se viene trovato il motivo specificato in un picco di un campione rRNAContamination Ritorna la contaminazione RNA di un campione rRNARatio Ritorna il rapporto RNA di un campione SignalAttribute Ritorna l attributo di un dato segnale NOTA Vedere il riferimento della funzione nel Riquadro della Guida in linea per dettagli sulla sintassi utilizzo ed esempi Sommario A 562 V Indice analitico Variables Variabili Solo modalit avanzata
27. Selected De Electronics Test Tests instrument electronics F Selected x Fan Test Tests if instrument fan is working 7 Selected x Lid Sensor Test Tests if the lid sensors are working F Selected x Temperature Test Checks if the temperature sensors and heater Selected Dx Stepper Motor Test Tests if horizontal and vertical motors are wor 3 Selected x Electrode Diode Test Tests conductivity of channels pin to pin F Selected I al Linh alb Chakib Tomb Taebo hinh comibamm aem wams am bnbailibo s c e Configuration Per eseguire con successo la serie completa di test diagnostici per l hardware occorre utilizzare chip nuovi o chip speciali forniti nel pacchetto per i chip test vedere la sezione Esecuzione della diagnostica dello strumento a pagina 356 Sommario A 430 V Indice analitico Informazioni sullo strumento Nella parte alta della scheda Diagnostics Diagnostica vengono riportate le seguenti informazioni sul bioanalizzatore analizzato Serial N di serie Numero di serie del bioanalizzatore Name Nome Nome personale del bioanalizzatore Firmware Numero della versione del firmware Product ID Codice prodotto Agilent del bioanalizzatore Codice prodotto Test disponibili Colonne Apply Applica Consente di selezionare il test da eseguire Name Nome Nome del test diagnostico Descrizione Breve descrizione dei test diagnostici Status Stato
28. Software 2100 expert versioni utilizzate per creare e modificare il file di dati del chip Import Apre la finestra di dialogo Import Sample Information Importa infor Importa mazioni del campione che consente d importare nomi e commenti dei campioni da file txt o csv Export Apre la finestra di dialogo Export Sample Information Esporta infor Esporta mazioni del campione che consente di scrivere nomi e commenti dei campioni in file txt o csv Apply Applica Applica ma non salva le modifiche Cancel Annulla Annulla tutte le modifiche eccetto quelle gi applicate Sommario A 498 V Indice analitico NOTA Se si tenta di uscire dalla scheda Chip Summary Riassunto del chip dopo aver fatto le modifiche ma senza aver fatto clic su Apply Applica viene visualizzato un messaggio che chiede di accettare le modifiche Se non si accetta le modifiche vengono rifiutate Sample Information Informazioni del campione analisi elettroforetiche Sample Name Sample Comment Rest Digest Status Result Label Result Color e 35 50 53 70 90 100 y 2 PCR Mix 2 150 158 200 210 250 2 OD y peak no2has 150 bp 5 3 PCR Mix 3 350 368 400 420 450 4 O y peak no4has 400 bp 5 4 PCR Mix 1 25 35 50 53 70 90 100 D y 5 PCR Mix 2 150 158 200 210 2
29. sono essere valutati statisticamente utilizzando i marker marker definiscono intervalli di valori d intensit di fluorescenza Utilizzando un marker un istogramma definisce un sottoinsieme di eventi cellule possibile impostare marker per entrambi gli isto grammi Solo il marker dell istogramma di sinistra definisce un intervallo per quello di destra ma entrambi definiscono sottoinsiemi per l informazione statistica Solo gli eventi che hanno un valore di fluorescenza che cade all interno di questo intervallo vengono visualizzati nell altro istogramma Questo metodo detto filtro Per Apoptosi e Colora zione degli anticorpi per la filtrazione viene utilizzato l istogramma blu mentre per le analisi GFP si utilizza l istogramma rosso Se si utilizza un analisi Generica possibile definire i marker e la direzione da utilizzare per il filtro Utilizzando il mouse possibile Sommario A 543 Y Indice analitico regolare la posizione del marker e definire il suo nome ed il suo colore vedere le sezioni Come spostare i limiti inferiore e superiore dei marker a pagina 250 e Come configu rare i marker a pagina 248 Result Tables Tabelle dei risultati Le tabelle dei risultati mostrano un numero di valori calcolati colonne per ogni isto gramma Se si aggiungono o ridefiniscono i marker i dati della tabella dei risultati ven gono ricalcolati Marker Min Max Events Total of gated Mean S
30. vedere la sezione Options Graph Settings Opzioni Impostazioni grafiche a pagina 592 Sommario A 537 V Indice analitico Schede secondarie Results Risultati Peak Table Tabella dei picchi e Fragment Table Tabella dei frammenti Le sottocartelle Results Risultati Peak Table Tabella dei picchi e Fragment Table Tabella dei frammenti funzionano qui esattamente come nella visualizzazione a gel Per dettagli relativi a queste sottocartelle vedere la sezione Scheda Gel a pagina 509 Scheda secondaria Errors Errori Visualizza Codice Descrizione e Categoria degli errori avvenuti durante la misurazione o l analisi dei dati La maggior parte degli errori il risultato della mancata individuazione dei picchi da parte degli algoritmi di analisi del software Questo pu essere dovuto ad un picco del cam pione o dello standard che non viene visualizzato nel punto atteso anche le impostazioni di analisi dei dati vedi di seguito navigatore impostazioni possono causare la mancata rilevazione di un picco e provocare pertanto un errore Inoltre l esclusione manuale di un picco dall analisi o la modifica dei tempi iniziale o finale pu provocare errori con l algo ritmo di ricerca dei picchi Perle analisi dell RNA l analisi dei dati rileva diversi segnali inaspettati che disturbano il calcolo del numero d integrit dell RNA RIN Per informazioni pi dettagliate vedere la sezione Calcolo delle anomalie del
31. 109 105 Fluorescence Sommario A 236 V Indice analitico Analisi e valutazione dei risultati di un analisi citometrica a flusso possibile analizzare e valutare i dati dei risultati delle analisi citometriche a flusso utiliz zando il formato dot plot o il formato a istogramma In entrambi i formati possibile valu tare le cellule rilevate definendo le aree d interesse e Histograms Istogrammi mostra la distribuzione degli eventi correlata all intensit del la fluorescenza rossa e blu Un apposito filtro viene utilizzato per generare sottoinsiemi basati sui marker di un istogramma Vedere la sezione Utilizzo degli istogrammi per la valutazione a pagina 238 per informazioni dettagliate e Dot plots mostra gli eventi come punti in un sistema di coordinate dove i valori della fluorescenza blu vengono correlati a quelli della rossa aree e settori vengono utilizzate per determinare il numero di cellule con un intensit della fluorescenza che cade in un range definito Vedere la sezione Utilizzo dei dot plot per la valutazione a pagina 260 per informazioni dettagliate Quando si utilizzano le analisi predefinite i marker e le aree vengono impostati approssi mativamente dove atteso l evento Vedere la sezione Valutazione delle analisi di colo razione degli anticorpi apoptosi e GFP a pagina 271 per informazioni sulle modalit di valutazione delle analisi predefinite SUGGERIMENTO risultati possono ess
32. 194 Colorazione ed acquisizione immagini 402 435 Colore istogrammi sovrapposti 256 CompuServe Graphics Interchange 408 438 533 A 697 V Configurazione marker 248 Confronto di campioni 169 Contesto definizione 36 Contesto confronto 169 Coppia di basi 690 Copy Copia aree 267 marker 251 Creazione nuova analisi 297 Cromatografia liquida 695 Cy5 195 D Dati specifica di nomi e directory dei file 345 Dati grezzi 292 Dimensione bp tabella dei risultati 515 Documentazione correlata 9 Documentazione correlata 9 Dot Plot generazione 200 E Elettrodi 55 57 Elettroforesi 677 Elettroforesi capillare 695 Elettroforesi su gel 695 Errori 524 538 Sommario A 698 V Esportazione automaticamente 596 Evento 197 Evidenziazione dei risultati 179 557 definizione delle regole 186 regole d importazione 310 regole di esportazione 322 Excel 520 548 F Fattibilit di transfezione siRNA 203 FCS Express 604 File di dati 292 Filtri lavorare con 268 Filtro 240 543 direzione 252 Flusso elettroforetico 692 Flusso elettroosmotico 682 Forze elettrocinetiche 682 G Gel Coomassie 402 435 GFP 194 Guide dei kit di reagente 9 I Impostazioni 294 Impostazioni analisi dei dati 140 294 Impostazioni d analisi 294 Indice analitico Impostazioni grafiche 350 Inserimento dei picchi 162 Inserimento marker 246 Integrazione manuale 156 Interruzione analisi
33. 2003 11 44 45 AM Created by version B 01 01 51116 modified by B O1 File Data 2003 11 0512100 expert_Protein 200_0000 l Data 2003 11 05 2100 expert_Protein 200_0000 Data 2003 11 05 2100 expert_Protein 200_0000 Sommario A 175Y Data 2003 11 0512100 expert_Protein 200_0000 Data 2003 11 0512100 expert_Protein 200_0000 100 experti data 2100 expert_Protein 200_0000C Indice analitico 8 Per confrontare l elettroferogramma dei campioni passare alla scheda E ectrophero gram Elettroferogramma fare clic su Overlaid Samples Campioni sovrapposti sulla barra degli strumenti vedere la sezione Contesto Data and Assay Dati e analisi Barra degli strumenti Electropheresis Elettroforesi a pagina 432 quindi selezionare il campione da confrontare CEE I e a IgG eterna All Comparison Files Comparison Summary CEE I e a ComparisonFile0 Protei m IgG non reduced D IgG nonreduced D Ladder C IgG reduced C Sample 1 IgG non reduced ama IG non reduced Yiewport 1 IgG non reduced Ladder Legend Errors Sommario A 176 V Indice analitico 9 Selezionare la scheda Gel per visualizzare un confronto delle immagini gel simili dei campioni Gel IgG non reduced All Comparison Files Comparison Summary F i Electropherogram IgG nonr Ladder Ladder IgG redu IgG redu Sample 1 K ComparisonFile0 Protei D 196 non reduced
34. 2100 expert in grado d importare i file csy Vedere anche File XSY File GIF Graphics Interchange Format GIF un formato di file grafici che utilizza uno schema di compressione sviluppato originariamente da CompuServe Dato che i file GIF sono compressi possono essere trasmessi facilmente e velocemente tramite rete Questo spiega perch il formato GIF il formato grafico pi comunemente utilizzato in Internet Sommario A 678 V Indice analitico File HTML HTML Hyper Text Markup Language il linguaggio di authoring utilizzato per creare i documenti in Internet L HTML definisce la struttura della pagina i caratteri gli elementi grafici ed i collegamenti ipertestuali verso altri documenti presenti sul web File JPG Joint Photographic Experts Group Image File Un file JPEG un immagine bitmap o a trama compressa Quando si crea un file JPEG occorre tenere in considerazione un range di qualit di compressione La compressione JPEG un processo in perdita cio significa che occorre sacrificare la qualit per la dimensione del file in modo maggiore al crescere della compressione la qualit d immagine pi elevata risulta nei file di dimensioni maggiori Mentre le immagini in formato GIF sono limitate a 256 colori 8 bit le immagini in formato JPEG possono contenere milioni di colori 24 bit oltre ad informazioni aggiuntive compresi i percorsi di clipping PostScript File PDF Il PDF Portable Document Format
35. 86 225 IO 365 Istogramma generazione 198 sovrapposizione 253 Istogrammi sovrapposti 350 J JPEG 401 435 514 L Lab on a chip 683 Laboratori miniaturizzati su microchip 691 Limite di memorizzazione 354 Linea di base 149 Linea di divisione 531 M Manuali del bioanalizzatore 9 Marker 239 configurazione 248 copia 251 inserimento 246 limiti 250 rimozione 247 Sommario A 699 V Menu del contesto 546 554 Microcanali 62 Microfluidicit 689 Modalit a canale singolo 93 231 Modalit di disegno dell area 419 445 Modalit multicanale 93 231 Molarit nM tabella dei risultati 516 Mostra i punti di dati 100 236 N Navigatore delle impostazioni 140 Navigazione 95 232 Numero integrit RNA 114 Numero picco tabella dei risultati 515 0 00 365 P Parti di ricambio 669 Peso molecolare 690 Pipettaggio inverso 216 Prodotti 669 Proteina verde fluorescente 194 284 Punti di dati 97 234 Q Qualificazione dell installazione 365 Qualificazione funzionale 365 Indice analitico R Reagenti 214 Reagenti per il chip 214 Registro registro del sistema 338 registro di analisi 337 Registro del sistema 338 Registro di analisi 337 565 Restrizione enzimatica 500 Rimozione dei picchi 159 RIN 114 Rivelazione delle cellule 196 S Scale Scala istogrammi sovrapposti 256 Setaccio polimerico 62 Setpoint Explorer Navigatore delle impostazioni 49
36. Come modificare la visualizzazione degli elettroferogrammi o delle immagini gel simili possibile modificare la visualizzazione degli elettroferogrammi o delle immagini gel simili Sugli elettroferogrammi e sulle immagini gel simili possibile e Zoomare ingrandire o ridurre utilizzando il mouse i grafici per esempio per visualizzare i dettagli Sommario A 960Y Indice analitico Inoltre negli elettroferogrammi possibile e Mostrare i punti di dati e Visualizzare una panoramica e ridimensionare il grafico usando il mouse e Modificare lo sfondo da bianco a gradiente di grigio e Rimuovere la griglia dagli elettroferogrammi Sulle immagini gel simili possibile inoltre e Modificare il colore del gel Per eseguire lo zoom di un elettroferogramma 1 Dal menu Electropherogram Elettroferogramma selezionare Graph Mode gt Zoom Modalit grafica gt Zoom impostazione predefinita 2 Posizionare il puntatore del mouse all interno dell elettroferogramma 3 Fare clic e tenere premuto il pulsante sinistro del mouse Il puntatore del mouse cambia la sua forma in una lente d ingrandimento Q 4 Trascinare il mouse Un rettangolo mostra la parte dell elettroferogramma che deve essere ingrandita 5 Rilasciare il tasto del mouse Sommario A 97 Y Indice analitico FU FU ont 50 807 40 w T 507 D PCR Mix 2 PCR Mix 2 N a 204 101
37. D 196 nonreduced O Ladder D 196 reduced O Sample 1 4 Results Peak Table utile notare che la Scheda Gel ha le stesse funzionalit che ha nel contesto Data and Assay Dati e analisi Sommario A 1779 Indice analitico 10 Dal menu File selezionare Save Salva per salvare il file di confronto xac con il nome predefinito oppure selezionare Save As Salva con nome per salvarlo con un nuovo nome Il nome predefinito viene derivato dalla classe dell analisi ComparisonFileX Classe analisi xac dove X un numero progressivo Esempio ComparisonFile0 Protein 200 xac NOTA possibile riaprire i file di confronto per rivedere i risultati del confronto e per aggiun gere rimuovere i campioni Sommario A 178 V Indice analitico Result Flagging Evidenziazione dei risultati L evidenziazione dei risultati pu essere utilizzata per assegnare al campione un codice colore definito dall utente Questo consente d identificare facilmente i campioni con determinate propriet immediatamente dopo l analisi del chip L assegnazione del colore viene effettuata applicando una sequenza di regole ai risultati della misurazione ottenuti per il campione Le regole vengono definite a livello del chip e vengono applicate per tutti i campioni del chip Esistono due modalit In modalit Normal Normale le regole vengono applicate in un determinato ordine e la prima regola che viene soddis
38. Disponi Region bile solo se sull istogramma viene selezionata un area Configura area Delete Region Elimina l area selezionata Se l area utilizzata anche da altri Elimina area dot plot apparir un messaggio che richiede se si desidera rimuo verla da tutti i dot plot che la utilizzano o solo dal dot plot attuale Sommario A 556 V Indice analitico Scheda Result Flagging Evidenziazione dei risultati Scopo Su questa scheda possibile definire le regole di evidenziazione per i risultati delle misu razioni elettroforetiche Ad ogni campione i cui risultati soddisfano una regola specifica sar assegnato un particolare codice colore Assay Properties Chip Summary cel Electropherogram Result Flagging Log Book Label Expression If Expression Comment peak no PeakFound 15 PeakFoundf150 PER 5 peak no PeakFoundf40 PeakFound 400 PER 5 ia TRUE Default rule Execution Mode is Normal Label Expression Edit Assisted Advanced f ak no PeakFound 150 PER S has fear PeakFound iso Per _ S If Expression Edit os PER 5 gt 0 Comment Edit yntax PeakFoundffloat size enum Windowtype float Window int ChannelID Description Used to check whether certain sized fragment is Found or not It Returns the PeakID of the peak if the fragment was found otherwise returns 0 Size isthe expected fragment size in bp nt kDa Windowtype can be P
39. Existing Regions Region 2 Properties width s UpperLef Accesso Quando un dot plot viene visualizzato in formato singolo vedere la sezione Scheda Dot Plot Single Grid view Visualizzazione singola a griglia a pagina 550 fare clic sul pulsante L della barra degli strumenti vedere Contesto Data and Assay Dati e analisi Barra degli strumenti Flow Cytometry Citometria a flusso a pagina 441 per aprire questa finestra di dialogo Sommario A 644 Y Indice analitico Descrizione Vengono elencate tutte le aree tranne quelle che sono gi utilizzate dal dot plot attuale Existing Regions Elenco delle aree disponibili per il dot plot attuale Aree esistenti Informationframe Sul lato destro della finestra di dialogo vengono visualizzate le pro Riquadro delle priet dell area selezionata Le coordinate x e y corrispondono informazioni all angolo in alto a sinistra dell area Insert Region Fare clic su questo pulsante per inserire l area selezionata nel Inserisci area dot plot attuale Se si modificano le propriet di un area queste cambieranno di conseguenza in tutti gli altri dot plot che utilizzano questa area Sommario A 645 V Indice analitico Copy Region Copia area Scopo Per confermare o saltare l utilizzo dell area attualmente selezionata come area di riferi mento per tutti i campioni Copy Region I x Do you want to copy the region as reference De Accesso La fin
40. Il file importato viene visualizzato nel Pannello della struttura ad albero e e se stato importato un file di dati del chip la visualizzazione a griglia dell elettrofero gramma mostrer una panoramica di tutti i campioni vedere la sezione Scheda Electropherogram Single Grid View Elettroferogramma Visualizzazione singola gri glia a pagina 526 e se stato importato il file di analisi la scheda Assay Properties Propriet di analisi mostra informazioni relative all analisi vedere la sezione Scheda Assay Properties Propriet d analisi a pagina 487 Sommario A 305 V Indice analitico Durante l importazione il file viene convertito in un nuovo file 2100 expert I file del bioanalizzatore di questi formati vengono convertiti in asy analisi Bio Sizing xsy 2100 expert analisi cld dati del chip Bro Sizing xad 2100 expert dati del chip csy analisi Cell Fluorescence xsy 2100 expert analisi cad dati del chip Cell Fluorescence xad 2100 expert dati del chip Il nuovo file 2100 expert eredita il nome del vecchio file del bioanalizzatore ma non l estensione Esempio Per esempio se si importa il file Checkout Beads asy dalla directory P OldAssays un nuovo file con nome Checkout Beads xsy sar creato in Pi OldAssays Sommario A 306 V Indice analitico Importazione di impostazione di analisi dei dati possibile importare impostazioni di analisi dei dati d
41. LLILL LLLL I LILUI 40 50 60 70 80 90 100 110 120 Time s Chip Setup Raw Signals Injecting Offline Demo Mode 11 7 2003 14 12 Auto Export Auto Print Auto Run Sommario A271Y Indice analitico Il numero del campione analizzato viene visualizzato sulla barra delle informazioni Running La barra di stato mostra il nome del campione analizzato una barra di avanzamento mostra il grado di avanzamento del processo di analisi del campione attuale non per tutta l analisi del chip ed il numero della porta COM utilizzata per l acquisizione dei dati Reading Sample 10 Running Port 1 Durante l analisi del chip possibile effettuare le seguenti operazioni e Visualizzare il file di dati del chip nel contesto Data and Assay Dati ed analisi facendo clic sul nome del Data File File di dati COM Port Assay Selection Start Stop Run Stop Assay File Ci eculariDNA 1000 xsy Data File adi Ean 2003 07 10 001 xat e Passare ad un altro contesto Per esempio possibile valutare un file di dati del chip qualsiasi nel contesto Data and Assay Dati ed analisi oppure confrontare campioni nel contesto Comparison Confronto e Se necessario annullare l analisi del chip facendo clic sul pulsante Stop Interrompi Tutti i dati raccolti fino al momento dell interruzione dell analisi vengono salvati Sommario A28Y Indice analitico Terminare l analisi Al termine dell analisi viene visuali
42. Module Elenca i pacchetti software installati e le chiavi di registrazione asso License Key ciate che sono state utilizzate per attivare il pacchetto Modulo chiave di licenza System Info Avvia l applicazione System Info del sistema operativo Windows Informazioni sul pulsante viene visualizzato solo se installata l applicazione sistema System Info di Windows Vedere la documentazione di Windows OK Chiude la finestra di dialogo Sommario A 584 V Indice analitico 2100 Expert Close Chiudi Scopo Questa finestra di dialogo consente di decidere se salvare le modifiche non ancora salvate 2100 expert x Save changes to the following files Accesso Questa finestra di dialogo viene visualizzata se si tenta di uscire dall applicazione 2100 expert o se si tenta di passare da un contesto all altro ma sono presenti dati non salvati Sommario A 585 V Indice analitico Elementi Save changes to Se si desidera salvare le modifiche a dei file specifici possibile sele the following zionare o deselezionare singoli file dell elenco cliccando su di essi files Salva le Per predefinizione tutti i file con modifiche non salvate risultano evi modifiche ai denziati seguenti file Yes Si Salva le modifiche ai file selezionati e chiude 2100 expert o passa ad un altro contesto No Chiude l applicazione 2100 expert o passa ad un altro contesto senza salvare nulla Cancel Annulla
43. Proteggere il colorante dalla luce durante tale periodo Agitare con vortex prima dell uso e Lasciare equilibrare a temperatura ambiente per 10 minuti tutti i reagenti prima dell uso e Utilizzare provette da 0 5 ml per denaturare i campioni L utilizzo di provette pi grandi pu inficiare i risultati a causa dell evaporazione Sommario ANY Indice analitico Caricare il chip per elettroforesi nel bioanalizzatore Dopo averlo preparato il chip pu essere inserito nel bioanalizzatore Agilent 2100 Per caricare il chip nel bioanalizzatore 1 Aprire il coperchio NOTA Prima di inserire il chip controllare di aver inserito la cartuccia dell elettrodo e che il selettore del chip sia sulla posizione 1 Per informazioni pi dettagliate vedere la sezione Come passare dall analisi elettroforetica all analisi citometrica a flusso e viceversa a pagina 52 2 Mettere nell apposito alloggiamento il chip preparato Sommario AT8Y Indice analitico Il chip pu essere inserito solo in una posizione Non forzare per inserirlo Selettore del chip in posizione 1 3 Chiudere il coperchio con cautela ATTENZIONE Non forzare per chiudere il coperchio Si corre il rischio di danneggiare la cartuccia Se il coperchio non si chiude completamente e verificare che la cartuccia ed il chip siano stati inseriti in modo corretto e che il selettore del chip sia nella posizione corretta Sommario A799 Indice analitico L ico
44. Sizing l Alignment Smear Analysis Quantitation Baseline calculation l Sizing Filter Settings Smear Analysis Baseline correction Baseline calculation Integrator Filter Settings RNA Fragment Baseline correction E Integrator Pre Region Anomaly Thres 0 5 RNA Fragment 55 Region Anomaly Thresh 0 3 LT TRNA Fast Region Anomaly Thre 0 77 Pre Region Anomaly Th 0 5 Inter Region Anomaly Thre 0 21 55 Region Anomaly Thr 0 3 Precursor Region Anomaly 0 3 Fast Region Anomaly T 0 77 Post Region Anomaly Thre 0 29 Inter Region Anomaly T 0 21 Baseline Anomaly Threshold 0 56 Precursor Region Anom 0 3 Ribosomal Ratio Anomaly T 0 89 Post Region Anomaly T 0 29 Unknown Sample Type Thr 0 83 Baseline Anomaly Thres 0 56 Marker Anomaly Threshold 0 88 Ribosomal Ratio Anomal 0 89 Unknown Sample Type 0 83 Marker Anomaly Thresh 0 88 Single Decimal Represe X l Ladder Setpoints L utilizzatore pu modificare i limiti predefiniti per la rilevazione delle anomalie Maggiore il valore limite e minore il numero di anomalie rilevato valori limite validi vanno da 0 a 1 Inoltre sulla scheda d impostazione generale l utente pu passare dalla rappre sentazione del RIN con numeri interi a quella con numeri decimali Sommario A 128 V Indice analitico Analisi dei dati Protein Proteina Il processo dell analisi
45. Tree View Visualizza gt Struttura ad albero Contesto Instrument Strumento Nel contesto nstrument Strumento la struttura ad albero mostra tutti gli strumenti rilevati Quando uno strumento viene rilevato viene visualizzato il suo numero di serie g All Instruments yY DE11700058 W Instrument 2 Se nello strumento viene rilevato un chip davanti alla voce viene visualizzata l icona di un chip che ne identifica il tipo Se come COM Port Porta COM si seleziona Demo la voce viene etichettata come Demo g All Instruments BE Demo Sommario A 456 V Indice analitico Se stata selezionata un analisi da eseguire sullo strumento oppure mentre in corso l analisi o una demo la voce sar etichettata con il nome del file di dati del chip xad Al termine dell analisi viene visualizzato un segno di spunta di colore verde g All Instruments 47 Demo 2100 expert_DNA 50 W Instrument 2 Se invece l analisi stata abortita oppure avvenuto un errore viene visualizzata una croce rossa g All Instruments I Demo 2100 expert_DNA 50 W Instrument 2 e Facendo clic su A I Instruments Tutti gli strumenti si viene portati alla Scheda Instrument Strumento Visualizzazione a griglia e Facendo clic sulla voce di uno strumento si viene portati alla Scheda Instrument Strumento Visualizzazione singola Sommario A 457 V Indice analitico Contesto Data and Assay Dati e analisi Nel contesto Dat
46. Valutazione analisi GFP Nell analisi GFP Proteina verde fluorescente la sostanza fluorescente non un colo rante ma una proteina Le cellule possono essere transfettate con un gene target assieme al gene produttore di GFP Le cellule transfette producono la proteina fluore scente che pu essere rilevata La fluorescenza indica il successo dell esperimento di transfezione Per informazioni dettagliate sull analisi GFP vedere la nota operativa Monitoring transfection efficiency by green fluorescent protein GFP detection with the Agilent 2100 Bioanalyzer Monitoraggio dell efficienza di transfezione tramite GFP con Bioanalyzer 2100 Agilent Per una descrizione dettagliata sulle modalit di valutazione dei risultati utilizzando gli istogrammi e le aree vedere la sezione Utilizzo degli istogrammi per la valutazione a pagina 238 e Utilizzo dei dot plot per la valutazione a pagina 260 Direzione del filtro Il GFP presenta fluorescenza verde assorbimento nel blu Dato che il colorante di riferi mento CBNF fluoresce nel rosso la direzione del filtro sar da rosso a blu Il CBNF colora le cellule viventi cos possibile rilevare le cellule viventi GFP positive Valutazione dell istogramma due istogrammi che visualizzano i risultati dell analisi sono correlati al CBNF fluore scenza rossa e a GFP fluorescenza blu Valori di fluorescenza elevati sull istogramma rosso indicano colorazione con CBNF che correl
47. l orientamento ed i margini della pagina pagina Vedere anche la sezione Page Setup Impostazione pagina a pagina 648 Printer Apre la finestra di dialogo Print Setup Impostazioni di stampa che Stampante consentono di selezionare una stampante ed impostare le dimensioni e l orientamento della stampa Preview Apre la finestra di dialogo Report Preview Anteprima report che Anteprima visualizza un anteprima di tutte le pagine che saranno stampate Vedere anche la sezione Report Preview Anteprima report a pagina 650 Cancel Annulla Esce dalla finestra di dialogo senza stampare Print Save Se stata selezionata un opzione qualsiasi in Save To File Salva su Stampa Salva file il pulsante riporter l etichetta Save Salva altrimenti Print Stampa Print avvia la stampa Save avvia la scrittura della stampa in file pdf e o html Sommario A 625 V Indice analitico Print Stampa Validazione Scopo Questa finestra di dialogo viene utilizzata per impostare le opzioni di stampa per i report di validazione ed avviare la stampa x Print Item V IQ SW PC PC_TR_ORASERNVER TC IQ HW No instrumenti cartridge selected V OQ SW PC PC_TR_ORASERVER M OQ HW No instrumenticartridge selected Save To File TT PDF FilePath IT HTML FilePath Page Setup Printer Preview Cancel Help IE Accesso Questa finestra di dialogo pu essere aperta seleziona
48. rapporto carica massa Viene applicato un potenziale attraverso un capillare immerso in un mezzo fluido contenente il campione Le molecole con carica positiva migrano verso il catodo mentre le molecole con carica negativa migrano verso l anodo a velocit differenti in base alla loro mobilit elettroforetica F File ASY In Bio Sizing le analisi elettroforetiche venivano salvate come file asy 2100 expert in grado d importare i file asy Vedere anche File XSY File BMP BMP il formato standard di Windows per le immagini Il formato BMP supporta le modalit di colore RGB colore indicizzato scala di grigi e bitmap Sommario A 677 Y Indice analitico File CAD Nel chip per l analisi citometrica a flusso di fluorescenza cellulare le analisi vengono salvate come file cad 2100 expert in grado d importare i file cad Vedere anche File XAD File CLD In Bio Sizing le analisi del chip elettroforetico venivano salvate come file cld 2100 expert in grado d importare i file cld Vedere anche File XAD File CSV File variabile separato da virgola La forma di file pi semplice per la memorizzazione dei dati dati vengono elencati nelle colonne di un file di testo ogni valore separato da una virgola Ogni nuova linea rappresenta una nuova serie di dati possibile importare ed esportare i file in Microsoft Excel File CSY In Cell Fluorescence le analisi citometriche a flusso venivano salvate come file csy
49. simula un gel Coomassie spesso utilizzato per le proteine Scaling Mode Apre un sottomenu da cui possibile selezionare una delle seguenti Modalit scala modalit e Individual Scale Scala singola Ogni corsia utilizza la propria scala che ottimizzata per quella corsia e Selected Scale Scala selezionata Tutte le corsie utilizzano la stessa scala che ottimizzata per la corsia selezionata e Global Scale Scala generale Tutte le corsie utilizzano la stessa scala Sommario A 402 V Indice analitico Menu Electropherogram Elettroferogramma Electropherogram Q Automatic Analysis Don t Analyze O Pause Automatic Analysis Previous Sample Next Sample view Single Sample View All Samples 4 Undo Zoom E Undo All Me Scaling Mode ti Graph Mode Link Graphs va NW Show Gradient Show Grid A Copy Electropherogram Show Data Points Copy Gel Lane Ual Save Electropherogram M Manual Integration E Automatic Integration A Peak Description Overlaid Samples Sommario PCR Mix 3 PCR Mix 2 PCR Mix 1 Ladder No Overlay All Samples Individual Scale dai Selected Scale Migration Time Peak Area Peak ID Peak Height Peak Concentration Peak Size Peak Molarity No Description A 4103 Y Indice analitico Voce del menu Funzione Electropherogram Elettroferogramma Automatic A
50. vw 5 Sample 5 Completed v 6 Sample 6 Completed vw 7 Sample 7 Completed v 8 Sample 8 Completed vw 9 Sample 9 Completed amp 10 Sample 10 Completed IV Select file in Data Context 6 Selezionare la casella di controllo Select file in Data Context Seleziona file nel contesto dati quindi fare clic su OK Sommario A418Y Indice analitico Viene visualizzato il contesto Data and Assay Dati e analisi in cui possibile esaminare i risultati ed acquisire familiarit con le procedure di analisi e valutazione dei dati come descritto nelle sezioni Analisi e valutazione dei risultati di un analisi elettroforetica a pagina 104 e Analisi e valutazione dei risultati di un analisi citometrica a flusso a pagina 237 Sommario A49Y Indice analitico Uscita da 2100 Expert Per chiudere 2100 expert 1 Nel menu File selezionare Exit Esci Chtrl 9 Ctrl 5 Save Selected Sample Import B Export E Page Setup a Print Ctrl P 2100 expert si chiude Se in corso l analisi di un chip viene visualizzato il seguente messaggio 2100 expert x e 1 Run is being performed in the Instrument Context Cannot terminate application Fare clic su OK ed attendere il termine dell analisi del chip Sommario A 50Y Indice analitico In alcuni casi possibile che venga visualizzata la seguente finestra di dialogo NOTA Questa finestra di dialogo viene visualizzata quando si tenta di cambiare cont
51. 2 4 e 6 Ven gono impostati dei marker sulla base dei livelli di fluorescenza attesi per gli elementi attivi rossi e blu L analisi degli Elementi attivi di controlloha le propriet di un analisi generica vedi sotto e Fattibilit di transfezione siRNA L analisi dell efficienza della trasfezione descritta nella Nota applicativa siRNA tran sfection optimization with the Agilent 2100 bioanalyzer Codice pubblicazione Agilent 5988 9782EN Questa analisi consente di effettuare il calcolo automatico dell efficien za di transfezione TE in formato d istogramma e la viabilit in cellule transfette VIT in formato dot plot Le direzioni e le aree necessarie per la determinazione dei settori vengono fornite come esempio ma possono essere modificate La viabilit di transfe zione finale TV pu essere calcolata moltiplicando i valori di TE e VIT derivati dagli istogrammi e dot plot L impostazione di analisi predefinite vengono ottimizzate per la misurazione di caratteri stiche delle cellule appropriate Per la valutazione semplicemente necessario regolare i marker sugli istogrammi o le aree sui dot plot Sommario A 203 V Indice analitico Le analisi predefinite contengono tutti i marker e le aree necessari per la valutazione Vengono date le indicazioni per la direzione del filtro degli istogrammi per informazioni dettagliate sulle indicazioni per la creazione dei settori vedere la sezione Filtro a pagina 240 Vengono c
52. 2 PCR Mix2 150 158 200 210 250 2 D v peak no2has 150 bp 5 3 PCR Mix3 350 368 400 420 450 4 O vv peak noghas 400 bp 5 4 PCRMix1 25 35 50 53 70 90 100 O y 5 PCR Mix2 150 158 200 210 250 2 D vy peak no2has 150 bp 5 6 PCRMix3 350 368 400 420 450 4 T pEr peak no4has 400 bp 5 7 PCRMix3 350 368 400 420 450 4 O y peak noghas 400 bp 5 8 PCR Mix 2 150 158 200 210 250 2 mj rea peak no2has 150 bp 5 g PORMix1 25 35 50 53 70 90 100 O V 10 PCRMix 3 350 368 400 420 450 4 O vv peak noghas 400 bp 5 11 PCR Mix 2 150 158 200 210 250 2 O 4 peak no2has 150 bp 5 12 PCR Mix 1 25 35 50 53 70 90 100 O y Chip Lot Reagent Kit Lot Chip Comments Sample Information Study Information Instrument Information Standard Curve Import Export Sommario A 497 V Indice analitico Accesso La scheda Chip Summary Riassunto del chip sempre disponibile nel contesto Data and Assay Dati e analisi Elementi Chip icon L icona del chip indica il tipo di analisi DNA RNA o Proteina Icona del chip File Name Nome del file di dati del chip xad Nome del file Location Directory in cui memorizzato il file di dati del chip Posizione Created Creato Data di creazione del file di dati del chip data di misurazione Modified Data di ultima modifica del file di dati del chip Modificato
53. 225 Avvio dell analisi del chip Quando il chip stato caricato si pu far partire l analisi 1 Sulla scheda nstrument Strumento fare clic sul pulsante Start Avvio COM Port Assay Selection Bee EEE Start Stop Run S Start Assay File CilApoptosis xs start Run Data File LA Sommario A 220 V Indice analitico La scheda secondaria Dot Plot mostra i singoli eventi cellule nel momento in cui ven gono rivelate e visualizzate come punti Nel sistema di coordinate pu essere letta l intensit della fluorescenza rossa e blu di ogni evento Sopra il grafico viene visualizzato il nome del campione analizzato in quel momento mixture Regibn 1 103 o w Red Fluorescence S 10 ma TROF TaT o painan oneg BAe Dioras A re I PACO 103 10 10 10 10 103 10 Blue Fluorescence Total Events 1036 of gated 52 2 Chip Setup DotPlot Il numero del campione analizzato in quel momento viene indicato sulla barra delle infor mazioni Running Sommario A 221Y Indice analitico La barra di stato mostra il nome del campione misurato in quel momento una barra di avanzamento mostra il grado di avanzamento del processo di analisi del campione attuale non per tutta l analisi del chip ed il numero della porta COM utilizzata per l acquisizione dei dati Reading Sample 10 SIIIIIIIIITILIT Running Port 1 Durante l analisi del chip possibile effettu
54. 396 81 pa ml f Results Per le analisi delle proteine viene mostrata anche la concentrazione relativa totale Total Rel Conc in pg ml Per le analisi dell RNA vengono mostrate l RIVA Area e l RNA Concentration in pg pl o ng pl il rapporto ribosomiale 16S 23S or 185 28S l RIVA integrity number RIN e la percentuale di rRNA Contamination mRNA trovata nei campioni Sommario A 514 Y Indice analitico Scheda secondaria Peak Table Tabella dei picchi Per ogni picco riga la tabella mostra un numero di valori calcolati colonne Size bp Conc ngul Molarity nmol Observations a 1 4 50 8 30 251 5 Lower Marker 2 353 0 25 Dl 3 1 363 1 18 1 3 excluded peak DI 1 849 4 60 3 8 Possible Co Migration of 2 Peaks 5 2 355 car 1 5 6 3 363 3 39 1 5 a Peak Table dati analizzati dipendono dal tipo di analisi e DNA Le colonne predefinite sono Peak Number L ordine in cui i picchi sono stati rilevati Numero del picco colonna all estrema sinistra Second column simboli presenti in questa colonna indicano il tipo di picco ad Seconda colonna esempio marker superiore o inferiore Size bp Il numero calcolato di coppie di basi di DNA Dimensione bp Conc ng pl La concentrazione in nanogrammi per microlitro di ogni fram mento Derivata dal rapporto tra area conc con il marker supe riore lo stesso per tutti i picchi dello stan
55. Agilent 2100 Bioanalyzer 2100 expertiData Sample 2 Sample 3 Sample 4 Modified September 25 2003 3 54 41 PM n z Software Created by version B 01 01 51110 modified by B 01 01 5I110 Sample 7 Sample 8 Sample 9 Sample 10 Sample 11 Sample Name Sample Comment Restriction Observation Result Flagging Sample 12 PCR Mix 1 ref Ladder Gel Electropherogram Result Flagging Log Book Data File 2100 expert _DNA 1000_00000_2003 09 25_15 50 43 xad Instrument Created September 25 2003 3 50 48 PM validation m Comparison Ococcdcdcdcdcdcddd0A Sample 3 Sample 4 Sample 5 Sample 6 Sample 7 Sample 8 Sample 9 Sample 10 Sample 11 Sample 12 Chip Lot Reagent Kit Lot 18 23 002 mme na n ua Pa n fn fu a Dn RRR IR IR IR R R R IR IR R Chip Comments im by linda Sample Information Study Information Instrument Information Import Export Apply Cancel 9 25 2003 4 36PM Auto Export Auto Print Auto Rur 4 Sommario A30Y Indice analitico 2 Sul pannello della struttura ad albero fare clic sul nome di un campione o di uno stan dard Viene evidenziata la scheda E ectropherogram Elettroferogramma che visualizza un data plot del tempo di migrazione rispetto all intensit della fluorescenza 22100 expert C 100 Bioanalyzer 2100 expert Data 2003 11 07 2100 expert_DNA 1
56. Chiude la finestra di dialogo e ritorna alla sessione di 2100 expert senza salvare alcun dato Sommario A 586 V Indice analitico Options Data Files Opzioni File di dati Scopo Sulla scheda Data Files File di dati della finestra di dialogo Options Opzioni possibile specificare i nomi da utilizzare per il file di memorizzazione dei dati del chip file di dati del chip vengono denominati automaticamente quando vengono generati Data Files Chip Alert Graph Settings Advanced m Data File Name Create Data file names by combining IV Prefix 2100 MW Assay Class IV Serial Number V Date Time Example 2100_ASSAYCLASS_SRNUM_2003 06 25_001 Counter m Data File Directory Default Directory C nt 2100 Bioanalyzeri2100Xpert Data Custom Directory i Le JV Create Daily Subdirectories Cancel Help Accesso Aprire questa finestra di dialogo selezionando Tools gt Options Strumenti gt Opzioni e facendo clic sulla scheda Data Files File di dati Sommario A 587 V Indice analitico Elementi Per specificare i Data File Names Nomi dei file di dati possibile effettuare le seguenti impostazioni Prefix Prefisso prefisso qui inserito costituir la prima parte del nome del file Il prefisso predefinito per i file 2100 expert Serial Number Inserire il numero di serie del proprio strumento bioanalizzatore Numero di se
57. Elementi Print Item Voci di stampa Assay Details Dettagli analisi Run Summary Riassunto analisi per i dati della citometria a flusso Sample Data Dati del campione Include nella stampa nome percorso e impostazioni d analisi Vedere la sezione Scheda Assay Properties Propriet d analisi a pagina 487 Include nella stampa informazioni relative al chip ed al campione Vedere la sezione Scheda Chip Summary Riepilogo chip a pagina 497 Include nella stampa automatica dati relativi al campione dati dipendono dal tipo di analisi elettroferogrammi ed immagini gel simile o istogrammi e dot plot Consente di selezionare quanti elettroferogrammi istogrammi dot plot stampare per ogni pagina Save To File Salva su file PDF HTML Sommario Ridirige la stampa automatica ad un file pdf Reindirizza la stampa automatica ad una serie di file html A 634 V Indice analitico Buttons Pulsanti Page Setup Apre la finestra di dialogo Page Setup Impostazione pagina che Impostazione consente di impostare le dimensioni l orientamento ed i margini della pagina pagina Vedere anche la sezione Page Setup Impostazione pagina a pagina 648 Printer Apre la finestra di dialogo Print Setup Impostazioni di stampa che Stampante consentono di selezionare una stampante ed impostare le dimensioni e l orientamento della stampa OK Accetta le nuove impostazioni di
58. Name Nome del file di dati del chip xad in cui vengono salvati i dati Nome del file dell analisi Port Porta Numero della porta COM a cui connesso lo strumento oppure Demo se stata eseguita un analisi dimostrativa Sommario A 599 V Indice analitico Instrument Strumento No Numero Sample Campione Observation Osservazione Select file in Data Context Nome del bioanalizzatore utilizzato per l analisi del chip Numero del campione Un segno verde accanto al numero del cam pione indica una misurazione completata mentre una croce bianca in campo rosso indica una misurazione abortita o incompleta Nomi dei campioni Mostra quanti eventi sono stati rilevati per analisi citometriche a flusso quanti picchi sono stati trovati per analisi di DNA e Proteina l ammontare del rapporto RNA per analisi di RNA Totale la contami nazione rRNA per analisi mRNA e solo il tempo di lettura per le ana lisi degli acidi nucleici marcati con Cy5 Mostra anche messaggi specifici del campione errori Quando si fa clic su OK con questa opzione selezionata si viene rin viati al contesto Data and Assay Dati ed analisi dove vengono Seleziona file nel visualizzati i risultati dell analisi del chip attuale contesto dati Sommario A 600 Y Indice analitico Open Apri Scopo Questa finestra di dialogo viene utilizzata per aprire e file di dati del chip xad i file di analisi xsy o
59. Options Strumenti gt Opzioni 2 Fare clic sulla scheda Graph Settings Impostazioni grafiche per portarla in primo piano rtia xl Data Files Chip Alert f Advanced m Signal Color Signal i RN Signal 5 Signal 2 RS Signal 6 signals TT Signal 7 Signal4 WI Signal 8 Signals TT Signal 10 I Signal 11 RN Signal 12 7 Cancel Help Per configurare il colore del segnale 1 Fare clic sul quadratino colorato corrispondente al segnale Viene visualizzata la finestra di dialogo Color Colore 2 Selezionare un colore per il segnale ed assegnarlo facendo clic su OK Sommario A 256 V Indice analitico Visualizzazione dei risultati della valutazione degli istogrammi risultati calcolati vengono visualizzati sulla tabella dei risultati una tabella sotto ogni istogramma Sulla tabella dei risultati vengono riportati i marker i filtri alcuni valori stati stici ed i valori percentuali degli eventi Marker Min Max Events Total of gated Mean StdDev Cv GMean 0 02 51 42 1606 100 8 07 7 13 88 37 4 51 Gated by Calcein 0 04 51 42 1418 88 30 8 46 7 32 86 47 4 72 CD3 APCon allevents 1 18 4085 88 1356 84 40 9 48 6 89 72 75 7 27 CD3 APC on subset 1 18 4085 88 1195 74 40 84 30 9 96 7 02 70 44 7 73 Ogni marker inserito nell istogramma ha la sua riga corrispondente Si ricorda che pos sibile utilizzar
60. Pass State 1 9 24 2003 2 38 52 PM Pi passed ID 1001 Name Installation Qualification Test Description Tests if all installation files are proper Test Status Executed passed IQ SW results Installation Qualification of Agilent 2100 Bioanalyzer System Software 2100 expert Version B 01 00 51094 9 24 2003 2 Pu Check of directory structure Passed C Program Files Agilent 2100 Bioanalyzer 2100 expert Passed C Program Files Agilent 2100 Bioanalyzer 2100 expertidata samplesidemoiflow cytometry Passed C Program Files Agilent 2100 Bioanalyzeri2100 expertiAssaysiflow cytometry Passed C Program FilesiAgilent 2100 Bioanalyzer 2100 expert AssayslelectrophoresisidsDNA Passed C Program FilesiAgilent 2100 Bioanalyzer 2100 expertidata samplesiresult flagging a Per l hardware ed il software del bioanalizzatore possibile eseguire test di 9 26 2003 3 05PM Auto Export Auto Print Auto Rur 4 e Qualificazione dell installazione 10 e Qualificazione funzionale 00 Sommario A41Y9 Indice analitico risultati della validazione vengono salvati automaticamente in file xvd file xvd pos sono essere riaperti per rivedere i risultati della qualificazione Per ulteriori informazioni vedere la sezione Esecuzione delle qualificazioni a pagina 365 Sommario A42Y Indice analitico Contesto Comparison Confronto Il contesto Comparison Confronto consente di aprire pi file di
61. Se il chip non viene rilevato aprire e richiudere il coperchio ancora una volta NOTA Se l opzione AutoRun Esecuzione automatica attiva vedere la sezione Options Advanced Opzioni Avanzate a pagina 594 l analisi del chip si avvia automatica mente dopo l inserimento del chip e la chiusura del coperchio Sommario A 25Y Indice analitico 5 Nella scheda Instrument Strumento fare clic sul pulsante Start Avvio Sommario A26YV Indice analitico L analisi del chip si avvia La sottocartella Raw Signals Segnali grezzi mostra l elettrofe rogramma del campione attualmente analizzato Sopra il grafico viene visualizzato il nome del campione analizzato in quel momento Il grafico una rappresentazione in diretta del tempo di migrazione rispetto alle unit fluorescenti per esempio dati grezzi comprendenti la fluorescenza di fondo 3282100 expert w TAM z File Context View Assays Instrument Tools Windows Help Instrument hd amp E DE Q Running Instrument Diagnostics Name COM Port Demo Iname W Instrument 2 n A ii Assay Selection per rin O RETTA ya Cartridge Data and Assay Venir Start Stop Run stop PA Product ID Assay File Cil oresisiDemo DNA 1000 xsy f ti Validation Firmware Simulation Mode Data File Cih 2003 11 07 14 11 42 xad Comparison Sample 2 Fluorescence tata L i LILILLI TT TT HT I LUI l I LILL i A B 1 I LULU
62. Settings Filter width s 1 Polynomial order 6 Integrator Integration start time s 25 Integration end time s 94 9 Slope Threshold 0 8 Area threshold 0 Height threshold FU 8 Peak filter width s 0 5 Baseline plateau s 0 5 Z Ladder Setpoints Baseline calculation Raseline start time s1 25 xl Bpply Cancel Help Sommario A 141V Indice analitico Per visualizzare il navigatore delle impostazioni nella scheda E ectropherogram Gel Elettroferogramma gel fare clic sulla barra verticale sul lato destro della finestra dell applicazione Viene visualizzato il navigatore delle impostazioni Local Global Normal z Collapse Integration start time s 26 Integration end time s 99 Slope Threshold 0 8 Area threshold 0 Height threshold FU 8 Peak filter width s 0 5 Defaults Spply Cancel Help Per le analisi elettroforetiche possibile modificare le impostazioni e Sia globalmente cio per tutti i campioni scheda Global e Che ocalmente solo per il campione corrente scheda Local Sommario A 142 V Indice analitico Fare clic sui nodi per espandere e sui nodi per chiudere i rami Le impostazioni modifi cabili sono quelle in bianco Per modificare un impostazione fare doppio clic sul valore inserire il nuovo valore e premere invio valori modificati appaiono in rosso fino a che vengono applicati advanced Collapse
63. analisi xsy e Parametri del chip file di dati del chip xad modalit Globale e Parametri del campione file di dati del chip xad modalit Locale Pannello inferiore Visualizza un icona del chip piccola immagine gel simile che pu essere utilizzata per spostarsi tra i campioni Status Bar Barra Visualizza i messaggi e le attivit del sistema lo stato attuale di stato dell applicazione e indica se le funzioni Auto Run Esecuzione auto matica Auto Export Esportazione automatica e Auto Print Stampa automatica sono attive Barra del titolo Nel contesto Data and Assay Dati e analisi il nome ed il percorso dei dati d analisi o del chip corrente vengono visualizzati sulla barra del titolo 2100 expert U Antibody Staining xad Read Only Se il file stato aperto in sola lettura viene visualizzato tra parentesi Sommario A 377 V Indice analitico Barra del menu La barra dei menu della finestra dell applicazione 2100 expert comprende i seguenti menu a tendina Menu Scopo Menu File Fornisce funzioni per l uso e la stampa dei file Menu Context Consente di passare da un contesto all altro Contesto Menu View Fornisce funzioni per passare dalla visualizzazione gel elettrofero Visualizza gramma alla visualizzazione istogramma dot plot e viceversa Con sente anche di visualizzare e nascondere i pannelli Menu Assays Consente di aprire file d analisi per la modifica contesto Data and A
64. analisi dei dati fino a quando viene riattivata 7 La curva standard in congiunzione con i marker viene utilizzata per calcolare le dimen sioni delle proteine di ogni campione in base al tempo di migrazione misurato 8 Per calcolare la concentrazione delle singole proteine in tutti i pozzetti dei campioni il marker superiore in congiunzione con una curva di calibrazione costruita in base ad una concentrazione specifica per l analisi viene applicata ai singoli picchi dei campioni di tutti i pozzetti NOTA Il software consente di definire il marker superiore ed inferiore Comunque un cambia mento nella selezione del marker provocher modifiche quantitative nella procedura di calibrazione e pertanto nell intera valutazione dei dati Sommario A 133 Y Indice analitico Analisi di smear Il software 2100 expert consente di eseguire l analisi di smear per tutte le analisi elettro foretiche Quando l analisi di smear abilitata il software consente di definire le zone d interesse Queste zone vengono utilizzate per definire l area di picchi larghi e determinare la parte di area totale di loro appartenenza L analisi di smear fornisce un mezzo per analizzare segnali larghi che possono essere difficilmente valutati con la normale assegnazione dei picchi Pertanto possibile definire zone d interesse che contengono i picchi dimensione coppia di basi che si desidera prendere in considerazione Per queste zone possibile determinare
65. analitico Indicazione del colore L evidenziazione dei risultati mostra e Nella Scheda Chip Summary Riepilogo chip Gel Electropherogram Result Flagging Log Book Assay Properties f Data File 2100 expert_Protein 200_00000_2004 02 10_11 05 28 xad Location C Program Files Agilent 2100 Bioanalyzer 2100 experti data 2004 02 10 Created February 10 2004 11 05 30 Modified February 10 2004 11 07 32 Software Created by version B 01 02 51136 modified by B 01 02 51136 Sample Name Sample Comment Use For Calibration Conc ug ml Status Observation Result Label Result Color b Protein Ladder 2 O Found Ladder 2 IgG reduced Protein Ladder 3 Protein Ladder 2 IgG non reduced Protein Ladder 3 Protein Ladder 2 IgG nonreduced Protein Ladder 3 Ladder conc n MAN oogogoogoa 0 I P Found Ladder 3 ml Chip Lot Reagent Kit Lot Chip Comments colori presenti nella colonna Result Flagging Evidenziazione dei risultati mostrano quale campione soddisfa date regole Sommario A 183 Y Indice analitico e Sulla Scheda Gel Assay Properties Chip Summary Electropherogram Result Flagging Log Book Ladder Protein Protein IgG non Protein Protein IgG non Protein Ladder Li La hi kDa r eee e e _ _ 2109 sii nn fn ee 97 4
66. and Assay Context Validation lu Comparison W Instrument Data and Assa E validation hi ai Comparison Instrument I Data and ssay Validation Comparison NOTA menu le barre degli strumenti la struttura ad albero e l area di lavoro principale cartelle cambiano significativamente quando si passa da un contesto all altro Di seguito viene riportata un introduzione ai quattro diversi contesti Sommario A 37Y Indice analitico Contesto Instrument Strumento All avvio 2100 expert visualizza il contesto nstrument Strumento in cui possibile eseguire le analisi di DNA RNA proteine o cellule selezionando un file d analisi ed avviando l analisi del chip purch il bioanalizzatore sia connesso correttamente che sia stato inserito un chip e che il coperchio del bioanalizzatore sia chiuso Wren del Fie Context View Assays Instrument Tools Windows Help 1em Da Instrument Running a fl Instruments t Demo 2100 expert _DNA 3 I g Instrument 2 SRO a Name COM Port Demo v nstrument Pi E Assay Selection ET DIS Cartridge Data and Assay VERE Start Stop Run Stop P Product ID Assay File Ci oresis Demo DNA 1000 xsy Validation Firmware Simulation Mode Data File Cil 2003 11 07 14 11 42 xad Comparison Sample 2 2 1000 S 8 900 5 800 m 700 600 500 400 300 E 40 50 60 70 80 90 100 110 120 Time
67. cellule Le regioni possono essere spostate ingrandite o ridotte Quando si modifica un area tutte le modifiche vengono trasferite agli altri campioni se l area un riferimento Se l area non definita come riferimento le modifiche sono limitate al campione attuale vedere la sezione Come inserire un area in tutti i dot plot a pagina 267 per informazioni dettagliate sulle aree di riferimento Sommario A 552 V Indice analitico Result Table Tabella dei risultati La tabella dei risultati mostra un numero di valori calcolati colonne per ogni campione Se si aggiungono o ridefiniscono le regioni i dati della tabella dei risultati vengono rical colati Region xMean YMean Events Total of gated StdDevX StdDewy CY x cvy x GMean Y GMean 7 13 69 40 88 37 7 02 55 56 70 44 Le colonne predefinite sono Region Area XMean XMedio YMean YMedio Events N eventi total totale of gated di filtrati StdDevX StdDevY CV X Sommario La prima area All Events Tutti gli eventi visualizza sempre i valori degli eventi rilevati Per ogni ulteriore area vedere la sezione Come aggiungere aree ai dot plot solo analisi generica a pagina 261 viene aggiunta una riga alla tabella Valore medio della fluorescenza in direzione x Valore medio della fluorescenza in direzione y Numero di eventi per ogni regione inserita nel dot plot Percentuale di eventi per og
68. che per Instruments mette di specificare impostazioni valide per tutto il sistema Strumenti Sommario A 379 V Indice analitico Menu Scopo Menu Windows Consente di aprire file d analisi o di dati del chip per la modifica con Finestre testo Data and Assay Dati e analisi Consente di selezionare uno dei bioanalizzatori connessi contesto nstrument Strumento Menu Help Consente di accedere all Help Guida in linea per avere informazioni Guida in linea sul software e sull hardware installato e registrare opzioni aggiuntive del software NOTA Non tutti i menu sono visibili contemporaneamente Il menu Electropherogram Elet troferogramma per esempio disponibile solo quando viene visualizzato un elettro ferogramma vista singola o a griglia Sommario A 380 V Indice analitico Menu File Il menu File fornisce funzioni per la gestione e stampa dei file Contesto Data and Assays Dati e analisi Ctr 0 Ctrl S CE Page Setup ca Print Ctrl P Ci Nano_00000_2003 09 24_16 30 11 xad Cii low cytometryi Apoptosis Demo xad C 1000_00000_2003 09 24_11 06 52 xad C 1000_00000_2003 09 25_15 50 43 xad Ci 7500_00000_2003 09 24_14 25 55 xad Ci 200_00000_2003 09 24_11 30 28 xad Ci ning_00000_2003 09 23_13 44 59 xad Ci 1000_00000_2003 09 22_13 03 25 xad Ci o electrophoresisiDemo DNA 500 xad QI Ext Sommario A 381 Y Indice analitico Voce del menu File Funzio
69. chip Commenti come note di copyright breve descrizione o riferimenti alle Note applicative A 492 V Indice analitico Scheda secondaria Analysis Analisi Scheda secondaria Ladder Standard solo analisi elettroforetiche Sommario Mostra una selezione di parametri d analisi caratteristici General Analysis Settings Number of available sample wells max 13 Minimum visible range s 20 Maximum visible range s 59 Start analysis time range s 20 End analysis time range s 59 Ladder Concentration 150 ngul Lower Marker Concentration 0 ngjul nor Scheda dei picchi dello standard una riga per picco Size Area 200 00 40 00 500 00 20 00 1000 00 35 00 2000 00 42 00 4000 00 47 00 6000 00 47 00 e E UUNI Area Area area sottesa dal picco Size Dimensione numero di coppie di basi bp per le analisi del DNA numero di nucleotidi nt per le analisi dell RNA o dimensione della proteina in kDA per le analisi delle proteine A 493 V Indice analitico Import Apre una finestra di dialogo che consente d importare le impostazioni Setpoints di analisi dei dati da un file di analisi xsy o da un file di dati del chip Importa xad Per i file di citometria a flusso vengono importati anche i impostazioni marker e le aree Import Markers Apre una finestra di dialogo che consente di importare marker e aree and Regions
70. clic su Preview Anteprima per aprire la finestra di dialogo Report Preview Anteprima report che consente di controllare il layout della pagina prima di avviare la stampa Vedere la sezione Report Preview Anteprima report a pagina 650 7 In Save To File Salva su file verificare che entrambe le opzioni PDF e HTML siano deselezionate quindi fare clic su Print Stampa per inviare la stampa alla stampante OPPURE Selezionare PDF e o HTML e fare clic su Save Salva per inviare la stampa al i file L esempio seguente mostra la parte del Riassunto d analisi di un report relativo ad un analisi RNA del report Sommario A 326 V Indice analitico BioSizing_mRNA Pico_00000_2003 06 27_12 50 03 xad Assay Demo mRNA Pico Data Path P BloSizing_mRNA Pico_00000_2003 08 27_12 50 03 xed Molecular file run summary fra Instrument n BRARBBBBEDBDIE gt Asay Label mie Labelll Version Labell Comments Labello Ladder Concentration Label20 Basedine Labell8 Min Peak Height Labei 8 Piter width Label amp Shope Threshokt Labelzo Baseline Piatesu Label Min Peak Width Label30 Polynomial Order Label amp 7 Start Time Label34 4000 00 End Time Label3s MHH IH SCE Notes Label 17043 td se mes 1043 w s 500 Z cono nency 10123456789 Rat liver mRNA sample 1 Rat liver mRNA sample 2 Rat liver mRNA sample 3 CN Rat liver ANA samgie 1 ri Fest liver mRNA sampe i Best liver mRNA samgie 3 La ja i
71. dati del chip elettrofore tico e di confrontare i campioni analizzati con lo stesso metodo per esempio DNA 1000 anche nel caso in cui appartengano ad analisi diverse del chip possibile sovrapporre elettroferogrammi registrati dal bioanalizzatore e confrontare i risultati di analisi y 2100 expert ComparisonFile0 DNA1000 xac 3 dr lei xi File Context View Electropherogram Tools Windows Help Comparison eh amp E 0O DE ED UD e EIL E X 7 Overlaid Samples gt Electropherogram Sample 5 All Comparison Files Comparison Summary Gel Electropherogram F B K ComparisonFile0 DNA1 DD Sample 1 FU Sample 5 La Dom C Samples 4 A x D DEFECTELE T Pi m Validation 10007 a g v J Comparison i 5004 o MI I 40 e so 7 a0 vo 100 rio 10 s s pesa Viewport 2 Sample 5 1 Add Sample to Comparison File Add Sample to New Comparison File Legend Errors 11 7 2003 14 40 Auto Export Auto Print Auto Run risultati del confronto possono essere salvati in file xac I file xac possono essere ria perti per rivedere i risultati del confronto e per aggiungere ulteriori campioni di confronto Sommario AV Indice analitico Esecuzione di un analisi demo 2100 expert fornisce analisi demo utilizzabili per comprendere i principi delle analisi del chip e della valutazione dei dati anche se il bioanalizzatore spe
72. degli strumenti La finestra System Log Viewer Visualizzatore del registro di sistema fornisce una barra degli strumenti che funziona allo stesso modo della barra degli strumenti Log Book Regi stro vedere la sezione Contesto Data and Assay Dati e analisi Barra degli strumenti Log Book Registro a pagina 448 Sommario A 659 V Indice analitico Collegamenti ed azioni del mouse dati ed i comandi possono essere inseriti utilizzando la tastiera o il mouse e Collegamenti possono essere utilizzati per inserire i comandi velocemente utilizzando la tastiera e Le azioni del mouse sono necessarie per effettuare selezioni dei comandi di un menu per premere dei pulsanti ecc Collegamenti possibile utilizzare i collegamenti standard di Windows a collegamenti specifici dell applicazione 2100 expert come ad esempio Ctrl C oltre Collegamenti standard di Windows Premere e tenere premuto il tasto CTRL premendo un altro tasto Collegamento Funzione Ctrl to Apre la finestra di dialogo Open Apri che consente di caricare file di dati Ctrl s Salva il file attuale Ctrl p Apre la casella di dialogo Print Stampa che consente di impostare le opzioni di stampa ed inviare i dati alla stampante Ctrl c Copia la selezione dati o grafico negli appunti Sommario A 660 V Indice analitico Collegamento Funzione Ctrl x Taglia la selezione dati o grafico e la mette negli appunti Ctrl v I
73. dei dati del chip a pagina 300 Organizzazione recupero e backup dei dati di 2100 Expert a pagina 302 Importazione dei dati a pagina 304 Esportazione dei dati a pagina 311 Stampa dei report a pagina 323 Configurazioni tabelle a pagina 330 Lettura dei registri a pagina 337 Sommario A 290 V Indice analitico Panoramica dei dati di 2100 Expert Il software 2100 expert gestisce i dati nei seguenti formati e File di analisi xsy File di dati del chip xad File di confronto xac File dei risultati di validazione xvd File dei risultati diagnostici xdy File di visualizzazione dei risultati di analisi xml File di analisi file di analisi xsy contengono le seguenti informazioni e Impostazioni delle analisi dei dati Le impostazioni comprendono comandi dello strumento parametri di acquisizione dei dati e parametri di valutazione alcuni dei quali modificabili e Informazioni sulle analisi Per esempio tipo d analisi titolo e versione e Informazioni su chip e campioni Queste informazioni comprendono commenti sul chip e nome commenti sul campione e Definizioni di marker e zone solo analisi citometriche a flusso Comprendono parametri associati come ad esempio la direzione del filtro Sommario A 291 Y Indice analitico Tabelle dello standard e tabella dei picchi solo analisi elettroforetiche Regole di evidenziazione dei risultati solo analisi elettroforetiche
74. del campione selezionato viene visualizzata in Histogram View Visualizzazione istrogramma la voce corrispondente dell elenco a tendina viene evidenziata con un segno di spunta e sopra il grafico viene visualizzata una legenda dei colori 4 Ripetere le operazioni descritte ai punti 2 e 3 per sovrapporre ulteriori istogrammi 2 24h fix Annexin CYS Calcein 4 24h fix 3 24h fix Annexin n 2 Cc w gt m o z 10 10 Fluorescence Per sovrapporre tutti i campioni 1 Fare clic sul pulsante Overlaid Samples erlaid samples Campioni sovrapposti per aprire un elenco a tendina 2 Selezionare All Samples Tutti i campioni per sovrapporre gli istogrammi di tutti i cam pioni Sommario A 254 V Indice analitico Per annullare la sovrapposizione degli istogrammi 1 Selezionare il campione che contiene gli istogrammi sovrapposti 2 Fare clic sul pulsante Overlaid Samples amp erlaid samples Campioni sovrapposti per aprire un elenco a tendina 3 Fare clic sul campione che si vuole rimuovere OPPURE Fare clic su No Overlay Nessuna sovrapposizione per rimuovere tutti gli istogrammi sovrapposti Sommario A 255 V Indice analitico Come impostare i colori degli istogrammi sovrapposti possibile utilizzare la scheda Graph Settings Impostazioni grafiche nella finestra di dialogo Options Opzioni per configurare i colori dei segnali colori delle curve negli isto grammi 1 Selezionare Tools gt
75. dell istogramma dot plot che deve essere ingrandita 4 Rilasciare il tasto del mouse Sommario A 234 Y Indice analitico Annexin CYS5 Annexin CYS al 1 24h fix Calcein 1 24h fix Calcein Annexini No of Events 10 103 H Fluorescence z Fluorescence al H E possibile eseguire diversi zoom in sequenza Dopo aver eseguito lo zoom di un isto gramma o dot plot i pulsanti Undo Zoom Annulla zoom e Undo All Annulla tutto risul tano abilitati Per annullare uno step di esecuzione dello zoom 1 Fare clic sul pulsante Undo Zoom Annulla zoom oppure fare doppio clic sull isto gramma o dot plot Per annullare tutti gli step di esecuzione dello zoom 1 Fare clic sul pulsante Undo Zoom All amp Annulla zoom tutto Sommario A 235 V Indice analitico Per visualizzare i punti dei dati negli istogrammi 1 Nel menu Histogram lIstogramma selezionare Show Data Points Mostra punti dati Tutti gli eventi vengono visualizzati come punti Per mettere un gradiente di colore sullo sfondo di un istogramma o dot plot 1 Dal menu Histogram Istogramma o Dot Plot selezionare Gradient Gradiente OPPURE Fare clic sul pulsante Gradient Gradiente sulla barra degli strumenti dell istogram ma o del dot plot Un gradiente di colore da grigio a bianco viene visualizzato sullo sfondo dei grafico Annexin CYS 1 24h fix Calcein Annexin No of Events 103 10 10 10 10
76. dello standard e Analisi possibile salvare le impostazioni modificate con un nuovo nome d analisi se lo si desidera SUGGERIMENTO Quando si applicano impostazioni modificate dell analisi dei dati il software ricalcola immediatamente per predefinizione i dati grezzi operazione che richieder un po di tempo Selezionare Don t Analyze Non analizzare sul Menu Gel o sul Menu Electropherogram Elettroferogramma per disattivare temporaneamente l analisi dei dati mentre si modificano le impostazioni Se si salva il file di dati dopo aver effettuato le modifiche questo terr una registrazione delle modifiche come il colore del gel i nomi dei campioni e le impostazioni di ricerca dei picchi che erano attive nel momento in cui il file stato risalvato Se non si desidera modificare il file originale fare clic su File gt Save As File gt Salva con nome e dare un nuovo nome al file o salvarlo in una posizione differente Sommario A 168 V Indice analitico Confronto tra campioni provenienti da differenti analisi del chip Il software 2700 expert consente di confrontare i risultati delle misurazioni di campioni provenienti da analisi diverse del chip elettroforetico campioni da confrontare devono appartenere ad analisi del chip dello stesso tipo Nel contesto Comparison Confronto si possono per esempio creare file di confronto includere campioni provenienti da diverse analisi del chip e confrontare i campioni sovrapponendo
77. di un chip Vedere la sezione Esportazione automatica di dati d analisi del chip a pagina 314 per informazioni pi dettagliate Per esportare una tabella di registro 1 Nella scheda Log Book Tabella di registro fare clic con il pulsante destro su una tabella Nel menu del contesto selezionare Export Esporta Viene visualizzata la finestra di dialogo Export Data Esporta dati Inserire un nome per il file e scegliere la directory di destinazione In Export file format Formato file esportazione selezionare HTML file File HTML per avere un file html in uscita o Tabbed text file File di testo per avere un file txt Fare clic su OK Sommario A 316 V Indice analitico Esportazione di grafici possibile esportare i seguenti grafici come singoli file grafici Immagini gel simili Elettroferogramma Panoramica elettroferogramma Istogramma Dot plot Curva standard Curva di calibrazione Segnali grezzi durante l analisi del chip Per esportare un grafico 1 Fare clic con il pulsante destro sul grafico e selezionare Copy Graph to File Copia gra fico su file nel menu del contesto OPPURE Oppure fare clic sul pulsante sulla barra degli strumenti Viene visualizzata la finestra di dialogo Save As Salva con nome In File name Nome del file inserire un nome e scegliere la directory di destinazione In Save as type Salva come tipo selezionare un formato grafico bmp jpg w
78. differente e sopra il grafico apparir una legenda dei colori e Sample 1 6 Campioni da 1 a 6 seleziona un singolo campione da sovrapporre al campione attuale che non disponibile nel menu e No Overlay Non sovrapporre annulla la sovrapposizione e All Samples Tutti i campioni sovrappone tutti i campioni del chip Inserisce un marker nell istogramma A 413 V Indice analitico Voce del menu Funzione Histogram Istogramma Insert Marker into Copia il marker selezionato in tutti gli altri istogrammi dell analisi all histograms del chip solo analisi generiche Inserisci marker in tutti gli istogrammi Insert Existing Apre la casella di dialogo nsert Existing Markers Inserisci marker Marker Inserisci esistenti vedere la sezione Insert Existing Markers Inserisci marker esistente marker esistenti a pagina 642 che consente d inserire nell isto gramma attuale un marker esistente su altri istogrammi della stessa analisi del chip Configure Marker Apre la casella di dialogo Configure Marker Configura marker Configura marker vedere la sezione Configure Marker Configura marker a pagina 638 che consente di modificare le propriet del marker selezionato solo analisi generiche Delete Marker Elimina il marker selezionato Se il marker utilizzato anche da altri Elimina marker istogrammi apparir un messaggio che richiede se si desidera rimuoverlo da tutti gli istogrammi che lo ut
79. e Auto Export sono indipendenti dai comandi Print Stampa ed Export Esporta del menu File vedere la sezione Menu File a pagina 381 Sommario A 596 V Indice analitico 2100 expert End of Run Fine dell analisi Scopo Questa finestra di dialogo indica la conclusione dell attuale analisi del chip ed eventuali errori ad essa associati Accesso La finestra di dialogo viene visualizzata accompagnata da un suono di avviso vedere la sezione Options Chip Alert Opzioni Avviso chip a pagina 590 al termine dell ana lisi di un chip o se un analisi stata abortita Sommario A 597 V Indice analitico Analisi del chip completata 2100 expert End of run Sommario A 598 V Indice analitico Analisi del chip abortita 2100 expert End of run x Status Run Aborted File Name Ci Nano_00000_2003 11 09_21 06 49 xad Port Demo Instrument None No sempe Observation WEI tRNA Sample 1 Completed v 2 tRNA Sample 2 Completed v 3 tRNA Sample 3 Completed v 4 tRNA Sample 4 Completed v 5 tRNA Sample 5 Completed v 6 tRNA Sample 6 Completed Vv 7 tRNA Sample 7 Completed a trvasampe8 Aborted 3 trvasample9 Aborted 10 tRNA Sampe10 Aborted 11 tRNA Sample11 Aborted Q 12 Ladder Aborted TT Select file in Data Context Elementi Status Stato Mostra lo stato dell analisi del chip Run Aborted Analisi abortita o Run Completed Analisi completata File
80. elettroferogramma i viene mostrata un immagine gel simile del cam pione selezionato che pu essere utilizzata anch essa per eseguire lo zoom avanti dell elettroferogramma Nelle schede possibili possibile trovare i dati analizzati di ogni singolo campione Per ulteriori analisi pu essere utilizzato il navigatore delle impostazioni sulla destra per modificare le impostazioni dell analisi dei dati All inizio dell analisi del chip l elettroferogramma sar vuoto Dopo l acquisizione i dati vengono tracciati gli elettroferogrammi uno per uno mentre le tabelle dei risultati ven gono riempite con i dati della misurazione analizzati Spostando il puntatore del mouse su una delle curve degli elettroferogrammi mostra il nome del campione come viene visualizzato nella scheda Chip Summary Riassunto del chip Questo particolarmente utile nel caso di elettroferogrammi sovrapposti Sommario A 530 Y Indice analitico Quando si sposta il puntatore del mouse sulla punta di un picco cambia la sua forma in una croce e mostra i dati analizzati per quel picco analisi DNA e Proteina Size 50 bp Conc 8 30 ngul Molarity 251 5 nmol l 55 36 37 38 La linea di divisione tra i grafici degli elettroferogrammi e le sottocartelle pu essere spo stata in direzione verticale per dare pi o meno spazio ad una delle due parti hodhe RNA Area 181 40 RNA Concentration 979 58 pag RNA Contamination 6 73 Results Pe
81. gli elettroferogrammi Per confrontare campioni provenienti da differenti analisi elettroforetiche del chip 1 Passare al contesto Comparison Confronto Contexts mers A Instrument Validation m Comparison Sommario A 169V Indice analitico 2 Sul menu File selezionare Open Apri ed aprire tutti i file di dati del chip xad che contengono i campioni che si desidera confrontare I file xad appaiono nell elenco Select Data Files Seleziona file di dati del Pannello della struttura ad albero NOTA L elenco Select Data Files Seleziona dati file contiene anche tutti i file elettroforetici xad che sono aperti nel contesto Data and Assay Dati e analisi 3 Selezionare un file xad dall elenco Select Data Files Seleziona dati file per visualizzare un elenco dei suoi campioni Select Data Files 2100 expert_Protein 2004000 2100 expert_DNA 1000_00000 Protein Ladder 3 Protein Ladder 2 IgG nonreduced Protein Ladder 3 Ladder conc Ladder Sommario A 170Y Indice analitico 4 Fare clic con il pulsante destro sul nome del campione e selezionare Add Sample to New Comparison File Aggiungi campione al nuovo file di confronto K 2003 11 05_11 23 53 xad Protein Ladder 2 IgG reduced Protein Ladder 3 Protein Ladder 2 IgG non reducei Add Sample to New Comp pitt File Protein Ladder Protein Ladder Sommario A 1719 Indice analitico Nella parte superiore della
82. i numeri da 1 a 10 10 significa un campione di RNA perfetto senza alcun prodotto di degradazione mentre 1 identifica un campione completamente degradato Le etichette con i numeri intermedi sono state utilizzate per indicare stati di degradazione progressivi dei campioni di RNA La figura seguente mostra degli esempi di ognuna delle 10 classi d integrit dell RNA Sommario A117 V Indice analitico FU 4 FU 4 RIN 2 20 25 30 Sommario 65 s 20 25 A 118 V Indice analitico FU 4 FU 4 Fu Fu peri t T T T 20 25 30 35 40 45 50 55 60 65 s 20 25 30 35 40 45 50 55 60 65 s Sommario A 119 V Indice analitico FU 4 FU 4 e T T T T T 20 25 30 35 40 45 50 55 60 65 s 20 25 30 k 40 45 50 5 60 65 s Sommario A 120 V Indice analitico Calcolo delle anomalie del numero d integrit e del segnale dell RNA Per il calcolo del numero d integrit dell RNA l elettroferogramma viene diviso in zone come mostrato nella figura seguente Il marker inferiore ed i frammenti 18S e 28S divi dono l elettroferogramma in nove zone Mouse Liver Frammento18S Pre area Inter area Frammento 28S Marker lina Zona precursore D 0O Zona 5S Post area Zona veloce w 2 dl 3 j Anomalie del segnale In aggiunta al calcolo del RIN l analisi dei dati rivela diversi segnali inattesi che distur bano il calcol
83. ingrandisce la visualizzazio ne in quella direzione A 437 Y Indice analitico Quando questa opzione abilitata tutte le operazioni di zoom pano ramica e ridimensionamento hanno effetto su tutti gli elettrofero grammi Mostra nasconde i punti dei dati utilizzati per generare un elettrofe rogramma punti dei dati sono visibili solo nella visualizzazione sin gola punti dei dati distano tra di loro 0 05 secondi dato che la risoluzione del tempo dei punti dei dati 0 05 secondi che corri sponde alla loro velocit d acquisizione 20 Hz E Mostra nasconde le linee della griglia solo visualizzazione singola Mette una copia dell elettroferogramma negli appunti solo visualiz zazione singola Nella visualizzazione multipozzetto vengono copiati tutti gli elettroferogrammi ji Apre una finestra di dialogo di sistema che consente di salvare l elet troferogramma visualizzazione singola o tutti gli elettroferogrammi visualizzazione multipozzetto come immagine in formato JPEG jpg Windows Bitmap bmp Windows Meta File wmf Compu Serve Graphics Interchange gif o Tagged Image File tif Sommario A 438 V Indice analitico dr Sommario Passa alla modalit d integrazione manuale dei picchi Disponibili solo per le analisi DNA e Proteina In questa modalit possibile e Modificare i punti iniziale e finale della linea di base di un determi nato picco e Aggiungere o elimi
84. inseriti nell istogramma non devono essere modificati quando viene modificato il marker di riferimento Vedere anche la sezione Come copiare i marker in tutti gli istogrammi a pagina 251 per informazioni dettagliate sui marker di riferimento Sommario A 647 Y Indice analitico Page Setup Impostazione pagina Scopo Questa finestra di dialogo consente di modificare l aspetto della pagina stampata Paper Size Letter Si Source Automatically Select Si r Orientation Margins inches Portrait Left 4 123 Right 4 123 Landscape Top E Bottom E OK Cancel Printer Sommario A 648 V Indice analitico Elementi Size Consente di selezionare il formato della carta Dimensione Source Origine Consente di specificare il vassoio da cui deve essere prelevata la carta Il contenuto dell elenco dipende dalla stampante selezionata Portrait Stampa i dati con orientamento verticale Orientamento verticale Landscape Stampa i dati con orientamento orizzontale Orientamento orizzontale Margins Definisce i bordi della pagina che si desidera stampare Le imposta Margini zioni disponibili dipendono dal formato della carta Printer Apre una finestra di dialogo che consente di selezionare una stam Stampante pante Sommario A 649 V Indice analitico Report Preview Anteprima report Scopo Questa finestra viene utilizzata per visualizzare
85. istogramma Histogram Statistics sezione Scheda Dot Plot Single Grid view Visualizzazione singola a griglia a pagina 550 Include nella stampa i grafici degli istogrammi Scheda Histogram Single Grid View Istogramma Visualizzazione singola a griglia a pagina 540 Include nella stampa le tabelle dei risultati degli istogrammi Scheda Histogram Single Grid View Istogramma Visualizzazione Statistiche degli singola a griglia a pagina 540 istogrammi Sommario A 619 V Indice analitico Samples Campioni All Samples Stampa riassunti e statistiche per tutti i campioni Tutti i campioni Samples Stampa riassunti e statistiche solo per i campioni selezionati Campioni Options Opzioni Consente di selezionare quanti grafici di dot plot istogrammi stam pare per ogni pagina Ha effetto sulla stampa solo se Dot Plot Summary Riepilogo dot plot o Histogram Summary Riepilogo isto gramma sono selezionati Save To File Salva su file PDF Reindirizza la stampa ad un file pdf Facendo clic sul pulsante si apre una finestra di dialogo del sistema che consente di specificare una directory di destinazione di propria scelta HTML Reindirizza la stampa ad una serie di file html Facendo clic sul pul sante si apre una finestra di dialogo del sistema che consente di specificare una directory di destinazione di propria scelta Buttons Pulsanti Page Setup Apre la finestra
86. la vial con gli elementi chip preparati devono essere utilizzati entro 5 minuti Se un chip non viene analizzato entro 5 minuti gli elementi possono depositarsi o i reagenti possono evaporare portan do a risultati scarsi dell analisi Non toccare in nessun caso le lenti dello strumento Non toccare il bioanalizzatore Agilent 2100 durante l analisi di un chip e non metterlo mai su una superficie che pu vibrare Sommario A 216 V Indice analitico Caricamento del chip per le cellule nel bioanalizzatore Dopo averlo preparato il chip pu essere inserito nel bioanalizzatore Agilent 2100 NOTA Prima di inserire il chip controllare di aver inserito la cartuccia di pressione e che il selettore del chip sia sulla posizione 2 Per informazioni dettagliate vedere la sezione Come passare dall analisi elettroforetica all analisi citometrica a flusso e viceversa a pagina 52 Per caricare il chip nel bioanalizzatore bioanalizzatore Agilent 2100 1 Aprire il coperchio 2 Mettere nell apposito alloggiamento il chip preparato Il chip pu essere inserito solo in una posizione Non forzare per inserirlo Sommario A 217 V Indice analitico Chip per le cellule Selettore del chip in posizione 2 3 Chiudere il coperchio con cautela ATTENZIONE Non forzare per chiudere il coperchio Si corre il rischio di danneggiare la cartuccia a pressione Il coperchio potrebbe non chiudersi completamente Quando il
87. le linee del marker possono essere spostate trascinandole con il mouse 1 Posizionare il puntatore del mouse su una linea del marker Il puntatore del mouse cambia la sua forma e si trasforma in una mano 2 Trascinare la linea nella posizione desiderata Annexin CY5 Annexi in di n w gt wW o O z 3 Rilasciare il tasto del mouse 4 Ripetere la stessa operazione per l altra linea del marker se necessario Sommario A 250 V Indice analitico NOTA limiti del marker possono essere modificati anche inserendo i valori di fluorescenza nella finestra di dialogo Configure Marker Configura marker vedere la sezione Come configurare i marker a pagina 248 Come copiare i marker in tutti gli istogrammi Se definito un marker pu essere copiato negli istogrammi di tutti i campioni solo analisi generica 1 Selezionare il marker sull istogramma o sulla tabella dei risultati Il pulsante nsert the selected marker into all histograms S Inserisci il marker selezio nato in tutti gli istogrammi viene abilitato Fare clic su questo pulsante Viene visualizzata la finestra di dialogo Copy Marker Copia marker Questa finestra di dialogo richiede se si desidera utilizzare il marker come riferimento Fare clic su Yes Si per utilizzare questo marker come riferimento Il marker sar inse rito in tutti gli altri istogrammi del canale blu o rosso Quando le propriet di questo marker vengono modifi
88. nello stesso modo della visualizzazione singola vedi sopra Histogram L View Single Sample view All Samples NW Gradient iz Copy Graph To Clipboard P Save Graph To File 7 Show Data Points Ctrl D x Axis Log O Previous Sample Next Sample Sommario A 116 V Indice analitico Menu Dot Plot Single View Visualizzazione singola Dot Plot Single View E Grid View 4 Undo Zoom Ctrl z L Undo All NW Gradient ta Copy Graph To Clipboard Save Graph To File R Insert Region Delete Region D Configure Region IS Insert Region into all dot plots O Insert Existing Region SATE Horizontal Gate SE Vertical Gate Remove Gate Color Dots Previous Sample Next Sample Sommario A 417 V Indice analitico Voci del menu Dot Plot Funzione Single View Visualizzazione singola Grid View Visualizzazione a griglia Undo Zoom Annulla zoom Undo All Annulla tutti Gradient Gradiente Copy Graph To Clipboard Copia grafico negli appunti Copy Graph To File Copia grafico su file Sommario Visualizza il dot plot attuale in formato singolo Passa al formato di visualizzazione a griglia ed evidenzia il dot plot attuale Annulla l ultima azione di zoom Annulla tutte le azioni di zoom Mette un gradiente di colore da grigio a bianco sullo sfondo del dot plot oppure rimuove il gradiente Mette una copia del dot plot selezionato n
89. nucleici marcati con Cy5 Il processo di analisi dei dati per RNA ed acidi nucleici marcati con Cy5 costituito dai punti seguenti 1 I dati grezzi dei singoli campioni vengono letti e memorizzati dal sistema 2 dati vengono filtrati e vengono preparati gli elettroferogrammi di tutti i campioni Dopo l analisi possibile cambiare le impostazioni dell analisi dei dati e rianalizzare i dati con le nuove impostazioni 3 Vengono identificati i frammenti di tutti i campioni e vengono messi in tabella secondo l ID del picco Si possono modificare le impostazioni dell algoritmo di ricerca dei picchi per tutti o solo per alcuni dei campioni e rianalizzare i dati al termine dell analisi Sommario A 1119 Indice analitico 4 Per prima cosa viene analizzato uno standard di RNA contenente una miscela di RNA a concentrazione nota vedere l elettroferogramma seguente Le concentrazioni e le dimensioni delle singole coppie di basi sono preimpostate nell analisi e non possono essere modificate Elettroferogramma dello standard RNA 6000 Ambion Inc cat no 7152 NOTA Il rapporto tra i picchi dello standard di RNA pu variare da un lotto di RNA 6000 all altro Le prestazioni dell analisi non saranno influenzate da questa variazione Sommario A112 V Indice analitico 5 Perl analisi dell RNA eucariota o procariota totale vengono rilevati i frammenti di RNA 18S e 28S per RNA eucariota e 16S e 23S per RNA procariota Dopo la rivelazio
90. numero d integrit e del segnale dell RNA a pagina 121 Sommario A 538 V Indice analitico Setpoint Explorer Navigatore delle impostazioni Per analizzare i risultati si pu utilizzare il navigatore delle impostazioni per modificare le impostazioni d analisi dei dati per il campione attuale scheda Local o per tutti i campioni scheda Global Per informazioni sul suo utilizzo vedere la sezione Scheda Gel a pagina 509 Sommario A 539 V Indice analitico Scheda Histogram Single Grid View Istogramma Visualizzazione singola a griglia Scopo Vengono realizzati istogrammi dell intensit di fluorescenza rispetto al numero di eventi rilevati cellule rilevate Per ogni campione del chip la scheda Histograms Istogrammi mostra due istogrammi uno per la colorazione blu istogramma di sinistra ed uno per la rossa istogramma di destra per tutti i 6 campioni visualizzazione a griglia o per un sin golo campione visualizzazione singola Sommario A 540 V Indice analitico Grid View Visualizzazione a griglia Histogram control mixture Calcein Red Calcein Red 2 150 9 150 975 S S S i 190 m o ii 50 1 CD3 APC k amp 50 E fn GS 2 2 o ne L o bios f T oh 10210 10 10 102103 10 1021010910 102103 10 10210 10 10 102 103 10 1021010 10 102 103 10 Fluorescence Fluorescence Fluorescence Fluorescence Total events 1565 of gated 1 7 Total events 1673 of gated 5
91. operatori logici AND AND NOT OR OR NOT Vedere la sezione Scheda Result Flagging Evidenziazione dei risultati a pagina 557 per le funzioni gli operatori e le variabili disponibili Assay Properties Chip Summary Gel Electropherogram Fi Result Flagging Log Book Label Expression IF Expression Found Ladder 3 PeakFound 31 ABS 1 gt Comment e TRUE Default rule Execution Mode is Normal Label Expression Edit Assisted Advanced mu Ri PeakFound If Expression i PeakConcentration Edt PeakFoundAuto NumberOfPeaks Total rea TotalConcentration PeakAttribute Comment PeakMax Color Expression Syntax PeakFound float size enum Windowtype float Window int ChannelID Description Usedto check whether certain sized fragment is found or not It Returns the PeakID of the peak if the fragment was found otherwise returns 0 Size is the expected fragment size in bp nt kDa Windowtype can be PER or ABS PER User will give the window size as percentage of fragment size e g 10 ABS User will give the window size as absolute unit of peak size e g 10 base pairs bp Sommario A 188 V Indice analitico NOTA Vedere il riferimento della funzione sul Riquadro della Guida in linea che viene visua lizzato quando si seleziona una funzione dell elenco per informazioni dettagliate sulla sintassi sull uso e sugli esempi In Color Expression Espressione colore definir
92. per importare marker e regioni da file come e File di confronto xac e e File dei risultati di validazione xvd Look in O Protein Files a ea e E EI gt 200 _Bio_ 00114_2003 09 10_12 04 56 xad P200_Bio_2 _00114_2003 09 10_13 34 34 xad History amp P200_vesp_2c_Protein 200_DE13701227_2003 09 10_16 42 7 amp PS0_vesp_1a_Protein 50_DE91600114_2003 09 11_14 38 19 a 8 PSO_vesp_2a_Protein 50_DE91600114_2003 09 11_15 16 26 Desktop P50_vesp_3c_Protein 50_DE13701227_2003 09 11_16 12 40 Chip Information ceca OOOO sven li Date Read September 10 2003 14 04 56 Sample Information My Network Pla zi File name P200_Bio_1a_Protein 200_00114_2003 09 10_12 04 56 xad Files of type fai 00 expert Files xsy xad v Cancel TT Open as read only ZA Sommario A 601 Y Indice analitico Accesso Questa finestra di dialogo pu essere aperta selezionando File gt Open File gt Apri Elementi Look in Cerca Consente di selezionare un drive ed una directory File Name Visualizza il nome dello strumento selezionato Nome del file File of type Consente di selezionare il tipo di file Tipo di file Assay list Visualizza i file di dati del chip ed file di analisi situati nella directory Elenco analisi selezionata Information frame Visualizza informazioni relative al file selezionato Per i file di dati del Riquadro delle chip per esempio si vedr
93. posizionata sotto la barra degli strumenti Contesto Instrument Strumento Se non in corso l analisi del chip la barra delle informazioni mostra il nome del bioana lizzatore o Demo se selezionata la porta COM Demo seguita dalla classe di analisi selezionata DEI1 00058 mRNA Pico Durante l analisi del chip inoltre la barra delle informazioni mostra il messaggio Run ning in corso ed il simbolo di un chip con un numero lampeggiante numero del cam pione attualmente misurato DE11 00058 mRNA Pico Running Dopo l analisi del chip possono apparire messaggi come Run aborted by user Analisi abortita dall utente oppure Run complete Analisi completa Quando viene visualizzato il messaggio Invalid Configuration Selected Configurazione selezionata non valida alla porta COM selezionata non stato rilevato un bioanalizza tore oppure il chip inserito non adatto alla Assay Selection Selezione analisi Inavlid Configuration Selected Sommario A 451V Indice analitico Se il software 2100 expert rileva un errore viene visualizzato un messaggio sulla Barra delle informazioni DEO 386 EukaryoteTotal RNA Nano lt call service 1500h Fare clic sul testo del messaggio di errore per avere un aiuto relativo al messaggio Contesto Data and Assays Dati e analisi Quando vengono selezionate le cartelle Gel Electropherogram Histogram o Dot Plot viene visualizzato il nome della scheda seguit
94. prima di analizzarlo nel bioanalizzatore Sommario A 694 V Indice analitico T Tecniche di separazione molecolare Processi come l elettroforesi su gel la cromatografia liquida e l elettroforesi capillare in grado di separare le sostanze organiche bimolecolari da altri composti Tempo iniziale Questa impostazione determina il tempo dopo cui apparir il primo picco o frammento i picchi che compaiono prima di questo tempo vengono ignorati Nelle analisi di RNA e proteine il tempo iniziale viene mostrato nel display a visualizzazione singola sottoforma di una linea tratteggiata verde si noti che questo vero per le analisi delle proteine quando l analisi in corso il tempo iniziale viene mostrato come una linea verde intera quando l analisi spenta per l analisi delle proteine Per le analisi RNA disponibile un altro tempo iniziale che determina il tempo iniziale di ogni singolo picco Nelle analisi RNA i singoli tempi finali dei picchi possono essere spostati manualmente trascinando i rombi che appaiono sulla visualizzazione singola del pozzetto Tempo finale Questa impostazione determina il tempo successivo all avvio di un analisi entro cui sar individuato l ultimo picco o frammento tutti i picchi che compaiono dopo questo tempo vengono ignorati Nelle analisi RNA il tempo finale appare sulla visualizzazione del singolo pozzetto come una linea verde tratteggiata Per le analisi RNA disponibile un altra impo
95. propriet delle cellule Le caratteristiche che vengono esaminate dipendono dal tipo di colorante utilizzato che si lega in modo specifico ad un componente delle cellule o viene metabolizzato dalle cellule per generare una sostanza fluorescente Normalmente vengono utilizzati due coloranti con colori diversi Tipicamente uno dei due coloranti viene utilizzato come riferimento per selezionare le cellule target vive morte tipo di linea cellulare ecc Il secondo colo rante pu essere utilizzato per rilevare un altra caratteristica delle cellule Coloranti consigliati La tabella seguente elenca i coloranti pi adatti per le specifiche ottiche di rivelazione Massimo di eccitazione 470 e 630 nm Massimo di emissione 525 e 680 nm Per la colorazione blu si consiglia l utilizzo dei seguenti coloranti Colorante blu fluorescente Lunghezza d ona Max lunghezza d onda massimo eccitazione massimo di emissione Calceina colorazione cellule 493 nm 514 nm viventi Cell Tracker verde tracciamento 492 nm 517 nm cellule fattibilit colorazione GFP proteina verde fluorescente 490 nm 510 nm SYT016 colorante DNA 485 nm 530 nm Sommario A 194 Y Indice analitico Per la colorazione rossa si consiglia l utilizzo dei seguenti coloranti Colorante rosso fluorescente Lunghezza d onda massimo eccitazione Lunghezza d onda massimo emissione CBNF Carbossinaftofluoresceina colorazione cellule viventi APC Al
96. s Chip Setup Raw Signals Injecting Offline Demo Mode 11 2 2003 14 12 Auto Export Auto Print Auto Run Sommario A33 vy Indice analitico NOTA Se due bioanalizzatori sono collegati al PC possibile utilizzarli in parallelo Durante l analisi del dei chip possibile visualizzare lo stato del bioanalizzatore infor mazioni sullo strumento e dati d acquisizione in tempo reale Nel contesto nstrument Strumento anche possibile effettuare test diagnostici su tutti i bioanalizzatori connessi Per ulteriori informazioni vedere la sezione Esecuzione della diagnostica dello strumento a pagina 356 Sommario A 399 Indice analitico Contesto Data and Assay Dati e analisi Nel contesto Data and Assay Dati e analisi possibile e Visualizzare analizzare e valutare i risultati dell analisi del chip che vengono presentati come elettroferogrammi immagini gel simili istogrammi dot plot e tabelle dei risultati e Esportare e stampare i risultati delle analisi del chip e Modificare le analisi esistenti e creare metodi di analisi personalizzati modificando pro priet come le impostazioni di analisi dei dati 2100 expert C 100 Bioanalyzer 2100 expert Data 2003 11 072100 expert_DNA 1000_00000_2003 11 07_14 11 42 xad File Context View Assays Electropherogram Tools Windows Help Data and Assay Sc E E lu 000609 DE g 1 AN pa ECE selz Overlaid Samples Sample 1 G Assay Properties Chip Sum
97. si avvia ed possibile vederne l avanzamento nella scheda Raw Signals Segnali grezzi che fornisce una simulazione dell acquisizione dei dati Demo Protein 200 Al Instruments Demo 2100 expert_Pro W Instrument 2 Q Running Instrument Diagnostics Firmware Simulation Mode Protein Ladder 2 COM Port Demo y Assay Selection Bssay s Start Stop Run x Sto Assay File Cil emo Protein 200 Plus xsy Data File Ci 2003 11 07 14 42 07 xad Fluorescence I IL Il IL l 1 20 25 30 35 40 45 Time s fd E Chip Setup Raw Signals 4 I j Offline Demo Mode 11 7 2003 14 43 Auto Export Auto Print Auto Run Per ulteriori informazioni sull analisi del chip vedere la sezione Esecuzione di un ana lisi elettroforetica a pagina 81 o Esecuzione di un analisi citometrica a flusso a pagina 220 Sommario A41 Y Indice analitico NOTA Come per l analisi reale di un chip l analisi demo crea un file di dati del chip xad Al termine della simulazione viene visualizzata la finestra di dialogo End of run Fine analisi 2100 expert End of run x Status Run Completed File Name Ci 200_00000_2003 11 01_14 31 09 xad Port Demo Instrument Mone No Sample Observation ______________ v i Sample 1 Completed y z Sample 2 Completed vw 3 Sample 3 Completed vw 4 Sample 4 Completed
98. sul dot plot viene visualizzata un area valori di fluorescenza rossa dell area sono correlati al marker dell istogramma rosso i valori della fluorescenza blu al marker dell istogramma blu Come nella valutazione degli istogrammi un valore elevato di fluorescenza blu e di fluorescenza rossa significa cellule viventi con anticorpi legati Vedere l esempio seguente La presenza contemporanea di fluorescenza elevata blu e rossa indica forte legame degli anticorpi marcati CD3 APC 10 10 10 Red Fluorescence a 10 L IL LIL SEIT LIL ii til 10 101 10 10 107 10 Blue Fluorescence Sommario A 276 V Indice analitico risultati della valutazione del dot plot vengono visualizzati numericamente sulla tabella dei risultati Eventi coperti dall area Tutti gli eventi misurati rr Memo Lul Z otsaed i iAll Events Quantit di cellule viventi rispetto a tutte le cellule misurate Quantit di cellule viventi con legame degli anticorpi elevato rispetto al totale di cellule viventi Sommario A 271 W Indice analitico Valutazione analisi apoptosi Il tipo di analisi detto apoptosi pu essere utilizzato per esaminare il numero di cellule apoptotiche presenti all interno di una popolazione cellulare Le cellule morte o necroti che possono essere escluse dalla valutazione Per una descrizione dettagliata sulle modalit di valutazione dei risultati utilizzando gli istogrammi e le aree
99. tipo di analisi da selezionare dipende dall esperimento e dal kit reagente utilizzato per preparare i campioni dettagli di queste analisi sono descritti nelle Note applicative disponibili per ogni analisi e nella Guida dei kit reagenti Sommario Any Indice analitico 5 Selezionare il tipo di analisi desiderato per esempio DIVA 1000 Il tipo di analisi viene caricato ed il suo nome compare sulla Barra delle informazioni DEI1 00058 DNA 1000 NOTA Successivamente all analisi di un chip i risultati possono essere valutati utilizzando un diverso file di dati del chip elettroforetico xad appartenente allo stesso tipo di analisi DNA 1000 in questo campione Vedere la sezione Importazione di imposta zione di analisi dei dati a pagina 307 6 Selezionare una Destination Destinazione per il file di dati del chip xad generato come risultato dell analisi del chip r Destination Default C 2100 Bioanalyzer 2100 expert Data Custom C 2100 Bioanalyzer 2100 expertiData ha File Prefix 2100 expert Data Acquisition Parameters Run sample fT to f2 Sommario AT2Y Indice analitico 7 In Data Acquisition Parameters Parametri di acquisizione dei dati inserire il numero di campioni che si desidera analizzare Il numero totale di campioni che pu essere analizzato varia con il tipo di analisi sele zionato Con le analisi Nano per DNA e RNA possono essere analizzati 12 campioni
100. un anteprima di tutte le pagine che saranno stampate W Report Preview E Pi elanma 3 E i u 1 i Generic Demo xad Generic a Assay Data Path Dot Plot Summary Sample 1 Red Fluorescence 2 o o n s o 102 10 10 10 10 Blue Fluorescence 103 Total Events 1211 ofgated events expertidata samples demoi flow cytometry Generic Demo xad 3 g 4 Back Forward Page 3 of 4 Read 3 27 2002 4 14 38 PM Modified 10 16 2003 12 00 12 PM Sample 2 Red Fluorescence i 2 n 10 10 10 10 103 Blue Fluorescence 102 103 Total Events 1714 ofgated events Sommario A 650 V Indice analitico Accesso Per aprire questa finestra fare clic sul pulsante Preview Anteprima della finestra di dialogo Print Stampa Elementi possibile sfogliare l anteprima di stampa e modificare la visualizzazione utilizzando le funzioni della barra degli strumenti Table of Contents Visualizza un pannello di navigazione sul lato sinistro della finestra Indice Print Stampa Fare clic su questo pulsante per aprire una finestra di dialogo di sistema che consente di selezionare una stampante ed avviare una stampa Copy Copia Mette il testo della pagina attuale negli appunti Find Trova Consente di ricercare la stampa di ogni stringa di testo Single Page Passa all anteprima a pagina singola Pagina singola Multip
101. 0 19 38 AM Product ID G2938A Instrument 09 25 2003 10 19 38 AM Instrument Name Instrument 09 25 2003 10 19 38 AM Vendor AGILENT Instrument 09 25 2003 10 19 38 AM eria mher m s ng nn MQ 3204 Anche errori e problemi dell hardware o del software vengono riportati dal file di registro del sistema Sommario A 656 V Indice analitico Accesso Per aprire questa finestra di dialogo fare clic su System Log Registro del sistema sul menu Tools Strumenti System Log Table Tabella del registro di sistema La tabella del registro di sistema composta dalle seguenti colonne Description Messaggio di testo che descrive la voce del registro di sistema Descrizione Number Numero dell errore Numero Source Origine Origine che ha lanciato la voce del registro di sistema Lettore Strumento o Interfaccia utente Category Misurazione Sistema Riservata Campione o Analisi Categoria User Utente L utente che era registrato sull Host quando stata creata la voce del registro Host Nome del computer su cui stato creato il file di registro del sistema Time Stamp Data e ora in cui stata creata la voce del registro di sistema Data e ora La tabella del registro di sistema viene salvata nel file SystemLogBook log situato nella sottodirectory log possibile limitare lo spazio su disco allocato dal file di registro del sistema vedere la sezione Options Advanced
102. 000_00000_2003 11 07_14 11 42 xad File Context View Assays Electropherogram Tools Windows Help Data and Assay kd EE ly 009 00 DE F po CAGES Overlaid Samples Result Flagging Log Book All Samples O Sample 1 l JA mji Sampl E mji Sampl Data and Assay O Sampl 3 D Sampl Pj O Sampi mji Sampl Validation E samp mj Sampl Ju DO Sample 10 Comparison O Sample 11 O sample 12 O Ladder Instrument hd t i s IMI S e a e Si ao ar ae Results Peak Table Legend Errors I I 11 7 2003 14 28 Auto Export Auto Print Auto Run Sommario A31Y Indice analitico picchi sono stati rilevati automaticamente e le loro caratteristiche come dimensione concentrazione e molarit sono state calcolate e vengono riportate nella Peak Table Tabella dei picchi nella parte inferiore della finestra Cosa possibile fare al termine dell analisi AI termine dell analisi del chip possibile e Documentare l analisi del chip inserendo per esempio i nomi dei campioni commenti sul chip e informazioni sullo studio e Valutare i risultati dell analisi analizzando le immagini gel simili e gli elettroferogrammi analisi elettroforetiche oppure gli istogrammi ed i dot plot analisi citometriche Analisi e valutazione dei risultati di un analisi elettroforetica a pagina 104 Analisi e valutazione dei risultati di un analisi citometrica
103. 1000 xac Ci 1000_00000_2003 09 25_15 50 43 xad M exit ComparisonFilet DMA1000 xac ComparisonFile0 DNA1000 xac Ci electrophoresisiDemo DNA 1000 xad Voce del menu File Funzione Open Apri Close Chiudi Close All Chiudi tutti Save Salva Sommario Apre una finestra di dialogo che consente di aprire un file di con fronto xac o dei dati del chip xad Chiude il file di confronto attuale Chiude tutti i file di confronto aperti Salva il file di confronto selezionato con il suo nome attuale A 387 V Indice analitico Voce del menu File Funzione Save As Salva con nome Page Setup Impostazione pagina Print Stampa Recently used files File utilizzati recentemente Exit Esci Apre una finestra di dialogo che consente di salvare il file di con fronto attuale con un nuovo nome Visualizza la finestra di dialogo Page Setup Impostazione pagina che consente di modificare l aspetto della pagina stampata Vedere la sezione Page Setup Impostazione pagina a pagina 648 Visualizza la finestra di dialogo Print Stampa Confronto che con sente di stampare un report del confronto Vedere la sezione Print Stampa Confronto a pagina 629 Un elenco di fino a dieci file di dati del chip xad e o di confronto xac che fornisce rapido accesso ai file utilizzati pi recentemente Chiude l applicazione 2100 expert Se sono presenti dat
104. 2100 expert ended User Interface 09 25 2003 02 09 19 PM Run Complete Instrument 09 25 2003 01 55 53 PM Run Started on port 1 Instrument 09 25 2003 01 27 20 PM Product ID G2938B Instrument 09 25 2003 01 27 20 PM Instrument Name Instrument 09 25 2003 01 27 20 PM Vendor AGILENT Instrument 09 25 2003 01 27 20 PM Serial Number DE11700058 Instrument 09 25 2003 01 27 20 PM Version C 01 09F Instrument 09 25 2003 01 27 20 PM Clamshell CLAO1 Instrument 09 25 2003 01 27 20 PM Run Complete Instrument 09 25 2003 11 26 56 AM Run Complete Instrument 09 25 2003 11 26 44 AM Run Started on port 1 Instrument 09 25 2003 10 58 25 AM Product ID G29388 Instrument 09 25 2003 10 58 25 AM Instrument Name Instrument 09 25 2003 10 58 24 AM Vendor AGILENT Instrument 09 25 2003 10 58 24 AM Serial Number DE11700058 Instrument 09 25 2003 10 58 24 AM Version C 01 03F Instrument 09 25 2003 10 58 24 AM Clamshell CLAO1 Instrument 09 25 2003 10 58 24 AM Run Started on port 2 Instrument 09 25 2003 10 58 08 AM Product ID G2938A Instrument 09 25 2003 10 58 08 AM Instrument Name Instrument 09 25 2003 10 58 08 AM Vendor AGILENT Instrument 09 25 2003 10 58 08 AM Serial Number DE13300072 Instrument 09 25 2003 10 58 08 AM Version C 01 03F Instrument 09 25 2003 10 58 08 AM Clamshell CLAO1 Instrument 09 25 2003 10 58 08 AM Run Complete Instrument 09 25 2003 10 48 31 AM Run Complete Instrument 09 25 2003 10 48 10 AM Run Started on port 2 Instrument 09 25 2003 1
105. 3 3 CD3 APC control Calcein Red Calcein Red n v n 150 z E S S E 100 L 100 ui i CD3 APC 5 5 5 50 50 o o Z gfus uian h fo 10310 10 10 102103 10 10310 10 10 102103 10 1010 10 10 107 10 10 10210 10 10 10 10 10 Fluorescence Fluorescence Fluorescence Fluorescence Total events 1606 of gated 2 3 mixture CD3 APC Calcein Red amp EL 2 75 5100 5 3 fa i 40 iti 50 5 50 5 5 x 20 125 2 z 0 oa mk ed um 1 o Fut h 10210 10 10 102103 10 1021010 10 102103 10 10210 10 10 102103 10 1021010 10 10 10 10 Fluorescence Fluorescence Fluorescence Fluorescence Total events 1450 of gated 56 2 Total events 1311 of gated 87 2 Sommario A 541 V Indice analitico Single View Visualizzazione singola Histogram CD3 APC Calcein Red CDI APC Calcein 160 100 140 90 120 80 2 5 100 a a Calcein 5 60 5 80 fi CD3 APC 9 GSi 60 E 40 40 zI 20 20 10 0 0 wal H 102 10 10 10 10 103 10 10 10 10 10 10 103 10 Fluorescence Fluorescence Marker Min Max Events Total Marker Min Max Events YTotal b AllEvents 0 01 340 51 1606 100 p AllEvents 0 02 51 42 1606 100 Calceinonall 7 36 6199 56 1418 88 30 Gated by Calcein 0 04 51 42 1418 88 30 __ CD3 APC on al 1 18 4085 88 1356 84 40 CD3 APC on S 1 18 4085 88 1195 74 40 e E Accesso
106. 5 Sovrapponi istogrammi 253 colore e scala 256 Stampa automaticamente 596 Suono 348 SYT016 194 Sommario T Tabella aree 136 Tabella risultati aree 270 valori istogramma 257 Tagged Image File Format 401 435 514 Tecniche di separazione molecolare 691 Test per il bioanalizzatore 356 Tipo di picco 518 Tipo di ritorno 560 W Windows Bitmap 401 435 514 Windows Metafile 408 438 533 Z Zoom Annulla 99 235 Dot Plot 97 234 istogramma 97 234 A 700 V Indice analitico
107. 50 2 m y peak no2has 150 bp 5 6 PCR Mix 3 350 368 400 420 450 4 O y peak noghas 400 bp 5 7 PCRMIx3 350 368 400 420 450 4 nn y peak no4has 400 bp 5 8 PCR Mix 2 150 158 200 210 250 2 O y peak no2has 150 bp 5 9 PCRMix1 25 35 50 53 70 90 100 O v 10 PCR Mix 3 350 368 400 420 450 4 Ei y peak no4has 400 bp 5 11 PCR Mix 2 150 158 200 210 250 2 O y peak no2has 150 bp 5 12 PCR Mix 1 25 35 50 53 70 90 100 O y Chip Lot Reagent Kit Lot Chip Comments Sample Information Study Information Instrument Information Standard Curve Import Export Sommario A 499 V ppily Gance Indice analitico La tabella del campione comprende Sample Name Nome del campione Sample Comment Commento del campione Rest Digest Restrizione enzimatica soloDNA Use For Calibration Utilizza per calibrazione solo Proteina Conc ug ml solo Proteina Sommario Consente di inserire dei nomi facili da ricordare per i cam pioni Cambia i nomi predefiniti dei campioni in nomi di pro pria scelta Evidenziare semplicemente il nome esistente per esempio Campione 1 e digitare un nuovo nome Consente d inserire un commento per ogni campione Sample Name ed ogni Sample Comment associato appari ranno sulla stampa Indicando che un campione una restrizione enzimatica consente 2100 expert di notare le possibili com
108. 58 200 210 300 315 O y 9 PCR Mix 3 500 550 600 650 700 750 C 10 PCR Mix 1 25 35 50 53 70 90 100 10 O y 11 PCR Mix 2 150 158 200 210 300 315 DO vv 12 PCR Mix 3 500 550 600 650 700 750 OD A Chip Lot Reagent Kit Lot 223 29 Chip Comments e by linda Sample Information Study Information Instrument Information Standard Curve NOTA possibile che alcuni campi risultino gi completati perch le informazioni relative a chip campione e studio vengono inserite sulla base dei file di analisi o dei dati del chip Per informazioni dettagliate su tutti i campi d inserimento vedere la sezione Scheda Chip Summary Riepilogo chip a pagina 497 Sommario A90Vy Indice analitico 3 Fare clic su Apply Applica 4 Sul menu File selezionare Save Salva SUGGERIMENTO Le informazioni relative a chip campione e studio possono essere importate da file txt o csv Ci particolarmente utile e veloce se un chip simile gi stato documentato precedentemente in un altro file di dati del chip Vedere la sezione Importazione di informazioni relative a chip campione e studio a pagina 309 per informazioni detta gliate Sommario A 91Y Indice analitico Visualizzazione dei risultati d analisi Elettroforesi risultati dell analisi di un chip elettroforetico possono essere visualizzati in forma elet troferogrammi o immagini gel simili e Gli elettroferogrammi posson
109. 65 9951 Set per la pulizia dell elettrodo Contiene 7 pulitori per gli elettrodi G2938 90300 Raccoglitore con tutte le informazioni per l utente del Bioanalizzatore Agilent 2100 Contiene tutte le 8 Guide dei kit di reagente G2946 60002 CD ROM come utilizzare il Bioanalizzatore Agilent 2100 Contiene video che mostrano la preparazione del chip e la manutenzione dell hardware Sommario A 6072 Y Indice analitico Glossario Questo glossario descrive la terminologia utilizzata nel contesto dell analisi citometrica a flusso e dell analisi elettroforetica e descrive i termini specifici dell hardware e del software del bioanalizzatore Agilent 2100 A Altezza del picco Il valore del punto centrale del picco meno il valore di partenza della linea di base locale Altezza minima del picco Il valore dell altezza minima del picco determina se un picco deve essere considerato o no Per ogni picco la differenza tra il valore del punto d inizio ed il valore del punto centrale deve essere maggiore del valore dell altezza minima del picco Questa impostazione viene selezionata sul navigatore delle impostazioni Ampiezza del filtro Questa impostazione determina l ampiezza della polinomiale in secondi da applicare ai dati come filtro riduzione del rumore L ampiezza predefinita dipende dal tipo di analisi selezionato Questa impostazione deve essere inferiore al doppio dell ampiezza dei picchi Sommario A 6073 Y Indice analiti
110. 7 Y Indice analitico NOTA La tabella dell analisi di smear pu essere modificata selezionando la tabella delle aree sotto Smear Analysis Analisi di smear sul navigatore delle impostazioni Local Global Advanced v Collapse Alignment a align to upper marker x Align to lower marker x Quantitation Concentration of upper ma 100 Concentration of lower ma 1 Sizing Standard Curve Point to Smear Analysis Perform Smear Analysis x Region T Baseline calculation Baseline start time s 15 Baseline end time s 46 95 Filter Settings Filter width s 0 5 Polynomial order 4 Integrator Integration start time s 15 Integration end time s 47 Slope Threshold 4 Area threshold 0 5 Height threshold FU Defauits amp pply Cancel Help i Sommario A 138 V Indice analitico Sulla tabella dell analisi di smear per esempio possibile modificare la Region Start Size Dimensione iniziale area e la Region End Size Dimensione finale area F Table gun xl Region ID Region Color Succeeded Region start size Region end size LI Wooo l 1888 2 z A 2616 4326 Delete Row Insert Row Sommario A 139V Indice analitico Modifica dell analisi dei dati Nel software diverse serie di parametri impostazione analisi dati possono essere cam biate allo scopo di modificare l
111. A scopo di documentazione e presentazione possibile stampare report di analisi xsy dati del chip xad risultati di validazione xvd e file di confronto xac possibile stampare tutti i report manualmente come descritto nella sezione Come stampare il report di un analisi del chip a pagina 324 Durante la stampa manuale una funzione di anteprima consente di visualizzare la stampa prima di inviare il file alla stam pante Il programma 2100 expert pu anche essere impostato per stampare report di analisi del chip personalizzati in modo automatico al termine dell analisi Questi report possono essere impostati per contenere diverse informazioni le impostazioni per le funzioni di stampa manuale ed automatica vengono mantenute separate Vedere la sezione Come attivare e configurare la stampa automatica dei report d analisi del chip a pagina 328 per ulteriori informazioni SUGGERIMENTO Oltre ad inviare report ad una stampante anche possibile creare file pdf e html Sommario A 323 Y Indice analitico Come stampare il report di un analisi del chip Nel report d analisi di un chip possono essere incluse le seguenti informazioni e sempre possibile includere Riassunto d analisi dati generali relativi all analisi ed informazioni sul campione Dettagli d analisi un elenco completo di impostazioni di dati d analisi e Per file di dati del chip xad possibile includere Riassunto analisi del chi
112. AM Clamshell CLADI Instrument Run 09 25 2003 10 58 08 AM Run Complete Instrument Run 09 25 2003 10 48 31 AM Run Complete Instrument Run 09 25 2003 10 48 10 AM Run Started on port 2 Instrument Run 09 25 2003 10 19 38 AM Product ID G2938A Instrument Run 09 25 2003 10 19 38 AM Instrument Name Instrument Run 09 25 2003 10 19 38 AM Vendor AGILENT Instrument Run 09 25 2003 10 19 38 AM Vedere la sezione System Log Viewer Visualizzatore del registro di sistema a pagina 656 per ulteriori informazioni sulla tabella del registro di sistema Sommario A 338 V Indice analitico Il registro di sistema viene salvato nel file SystemLogBook log situato nella sottodi rectory log Il file di registro del sistema pu diventare molto grande e occupare molto spazio utile del disco fisso Per controllare lo spazio sul disco occupato dal file di registro del sistema leggere la sezione Come utilizzare le impostazioni avanzate a pagina 352 Sommario A 339 Y Indice analitico Come modificare la visualizzazione dei registri Per ordinare una tabella di registro 1 2 Fare clic con il pulsante destro su una qualsiasi colonna della tabella Nel menu del contesto selezionare Sort Ordina per ordinare la tabella secondo la colonna attuale ascendente OPPURE Nel menu del contesto selezionare Sort by Event Ordina per evento per ordinare la tabella secondo la colonna Category Categoria ascenden
113. Da blu a rosso Checkout Beads Elementi attivi di controllo Generic Generica e GFP On chip Antibody Staining Colorazione anticorpi su chip On chip GFP GFP su chip Red to blue Da rosso a blu Descrizioni di queste analisi predefinite vengono fornite nelle sezioni Panoramica dell analisi citometrica a flusso a pagina 202 e Valutazione delle analisi di colorazione degli anticorpi apoptosi e GFP a pagina 271 A 397 V Indice analitico Voce del menu Assays Analisi Funzione Demo Flow Cytometry Demo Citometria a flusso Sommario Tutte le analisi situate nella cartella assays demo flow cytometry vengono elencate qui Per predefinizione que ste sono e Colorazione anticorpi Demo e Apoptosi Demo e Elementi attivi di controllo Demo GFP Demo e Generica Demo Queste analisi possono essere utilizzate per l addestra mento in modalit non in linea senza bioanalizzatore con nesso Vedere la sezione Esecuzione di un analisi demo a pagina 44 A 398 V Indice analitico Voce del menu Assays Analisi Funzione Demo Electrophoresis Demo Elettroforesi Recently used files File utilizzati recentemente Tutte le analisi situate nella cartella assays demo elet troforesi vengono elencate qui Demo Cy5 Labeled Nucleic Acids Nano Demo DNA 1000 Demo DNA 12000 Demo DNA 500 Demo DNA 7500 Demo Eukaryote Total RNA Nano Demo Eukaryote
114. E11700058 Serial DE11700058 Cartridge Electrode Vendor AGILENT Technologies Cell LabChip Product ID 629388 Firmware C 01 09F COM Port pemo kd Assay Selection Be Assay Start Stop Run gt Start Assay File Ci cytometry GFP Demo xsy Data File Default C t 2100 Bioanalyzeri2100xpert Data 2003 07 22 Custom T l File Prefix 2100 expert Data Acquisition Parameters Run sample in to e a Default Fixed time 240 seconds max 300 sec O Number of Cells 1000 events and no longer than 240 seconds max 300 sec Chip Setup Sommario A 172 Y Assay Comments Copyright 2001 Agilent Technologies Copyright 2001 Caliper Technologies Corp Indice analitico Elementi L icona sul lato sinistro mostra lo stato attuale del bioanalizzatore Agilent 2100 Icon Significato stata rilevata la presenza di un chip e lo strumento pronto per l analisi L icona del chip dipende dal tipo di analisi Cell LabChip L icona del chip pi di una semplice immagine prima che sia ese guita un analisi tutti i pozzetti del chip dell icona sono neri durante l analisi un piccolo cerchio lampeggiante indica il pozzetto analizzato in quel momento Bioanalizzatore rilevato Il coperchio aperto Bioanalizzatore rilevato Il coperchio chiuso ma nessun chip inse rito Sommario A 41739 Indice analiti
115. ER or ABS PER User will give the window size as percentage of fragment size e g 10 ABS User will give the window size as absolute unit of peak size e g 10 base pairs bp Sommario A 557 V Indice analitico Accesso La scheda Result Flagging Evidenziazione dei risultati sempre disponibile nel contesto Data and Assay Dati e analisi se viene selezionato un file di dati di un chip elettrofore tico o un file di analisi Rule List Elenco regole Elenca tutte le regole di evidenziazione dei risultati definite dall utente che non possono essere eliminate La F Expression Espressione SE della regola predefinita TRUE VERO La regola predefinita definisce un codice colore che viene assegnato al cam pione per cui nessun altra regola applicata La colonna Order ID ID Ordine determina la sequenza in cui le regole vengono applicate al campione Le altre colonne mostrano le definizioni effettuate nell area di definizione della regola vedere la sezione che segue e Modalit Normal Normale Tutte le regole vengono applicate successivamente La prima regola applicabile al cam pione ne definisce il colore Occorre quindi partire con la regola pi specifica Se questa non applicabile potrebbe essere applicabile una regola meno specifica Se nessuna delle regole definite applicabile la regola predefinita finale definisce il codice colore e Passando alla modalit Target Obiettivo provoca l inversione d
116. Help Sommario A 350 V Indice analitico 3 Fare clic sui rettangoli colorati a destra dei segnali A questo punto possibile scegliere un nuovo colore nella finestra di dialogo Color Colore Sommario A 351 Y Indice analitico Come utilizzare le impostazioni avanzate Le impostazioni avanzate di 2100 expert possono essere utilizzate per e Avviare documentare ed archiviare automaticamente le analisi dei chip particolarmente utile attivare le funzioni Auto Run Avvio automatico Auto Print Stampa automatica Auto Export Esportazione automatica per eseguire in serie pi prove della stessa analisi e Impostare i limiti di spazio sul disco per il salvataggio dei dati La limitazione dello spazio sul disco peri dati grezzi e per i file di registro evita l overflow di dati se si esegue un numero elevato di analisi dei chip e Specificare le regole di correzione per i dati dell analisi elettroforetica Sommario A 352 V Indice analitico Per modificare le impostazioni avanzate 1 Selezionare Tools gt Options Strumenti gt Opzioni per visualizzare la finestra di dialo go Options Opzioni 2 Fare clic sulla scheda Advanced Avanzate per portarla in primo piano Data Files Chip Alert Graph Settings Advanced J Limit the storage of raw data backups Upper Limit in MB 20 imi g Upper Limit in MB 5 Clear Log I AutoRun TT Auto Export Settings J Auto Print Settin
117. La curva standard derivata dai dati del pozzetto dello standard dovrebbe ricordare quella dell immagine seguente 800 700 600 500 Size 400 300 200 100 40 Sommario Point to Point Fit 70 75 80 Time seconds A 107 Y 100 105 Indice analitico 6 Due frammenti di DNA vengono analizzati con ognuno dei campioni circoscrivendo un range di dimensionamento del DNA marker inferiore e superiore sono standard interni utilizzati per allineare i dati dello standard con i dati provenienti dai pozzetti dei campioni La figura che segue mostra un esempio dei picchi dei marker assegnati in un pozzetto del campione FU Ladder Marker inferiore 50 Marker superiore 40 i 30 55 pl 3 20 10 0 30 40 50 60 70 80 90 100 110 s NOTA Il software esegue automaticamente l allineamento La disattivazione dell analisi dei dati vedere la sezione Menu Electropherogram Elettroferogramma a pagina 403 interrompe l analisi dei dati fino a quando viene riattivata 7 La curva standard in congiunzione con i marker viene utilizzata per calcolare le dimen sioni dei frammenti di DNA di ogni campione in base al tempo di migrazione misurato Sommario A 108 V Indice analitico 8 Per calcolare la concentrazione dei singoli frammenti di DNA in tutti i pozzetti dei cam pioni il marker superiore in congiunzione con una curva di calibrazione costruita in base ad una concentrazione s
118. Marker Enter sample number andfor sample ranges separated by commas Example 1 2 3 6 F Indude Ladder Save To File I PDF File Path Ci RNA Nano_DE11700058_2003 09 12_14 16 27 p I HTML File Path Cit RNA Nano_DE11700058_2003 09 12_14 16 27 ht a Page Setup Printer Preview Cancel Help Print Accesso Questa finestra di dialogo pu essere aperta selezionando File gt Open File gt Apri con un file di analisi elettroforetica xsy o con un file di dati xad del chip selezionato Sommario A 6022 V Indice analitico Elementi Print Item Voci di stampa Run Summary Riassunto esecuzione Assay Details Dettagli analisi Electrophero gram Elettro ferogramma Gel Like Gel simile Result Tables Tabelle dei risultati Calibration Curve Curva di calibrazione Curva standard Sommario Include nella stampa informazioni relative al chip ed al campione Vedere la sezione Scheda Chip Summary Riepilogo chip a pagina 497 Include nella stampa nome percorso e impostazioni d analisi Vedere la sezione Scheda Assay Properties Propriet d analisi a pagina 487 Include nella stampa i grafici degli elettroferogrammi Vedere la sezione Scheda Electropherogram Single Grid View Elettroferogramma Visualizzazione singola griglia a pagina 526 Include un immagine gel simile nella stampa per tutti i campioni Vedere la sezion
119. Opzioni Avanzate a pagina 594 Sommario A 657 V Indice analitico Menu del contesto Facendo clic con il pulsante destro sulla tabella del registro di sistema si provoca l aper tura di un menu del contesto Hide Column Show All Columns Columns Column Width Sort by Event Sort Filter Find Export Hide Column Nascondi colonna Show All Columns Mostra tutte le colonne Columns Colonne Column Width Larghezza colonna Sommario Nasconde la colonna selezionata Mostra tutte le colonne Apre una finestra di dialogo che consente di nascondere mostrare e riordinare le colonne Apre una finestra di dialogo che consente di ridimensionare la colonna selezionata A 658 V Indice analitico Sort by Event Ordina per evento Sort Ordina Filter Filtro Find Trova Ordina la tabella in base alla colonna Category Categoria ascen dente Ordina la tabella in base alla colonna selezionata Apre la finestra di dialogo Filter Events Filtra eventi che consente di nascondere le voci della tabella che soddisfano i criteri specificati Un filtro per esempio pu nascondere tutti gli eventi non critici Apre una casella di dialogo che consente di ricercare una stringa nella tabella Export Esporta Apre una finestra di dialogo che consente di esportare la tabella del registro di sistema o di parte di essa come file html o txt Barra
120. Per effettuare questo test necessario il Chip test di focalizza zione automatica Misurazione della stabilit del segnale rosso del laser Controlla il fotodiodo e le prestazioni corrente verso voltaggio del bioanalizzatore Per effettuare questo test necessario il Chip test dell elettrodo diodo Sommario A 358 V Indice analitico Pressure Cartridge Test Test della cartuccia a pressione Test diagnostici Scopo Pressure Offset Test Test di deviazione della pressione Pressure Control Test Test di controllo della pressione System Leakage Test Test di tenuta del sistema Cell Autofocus Test Test di focalizzazione cellulare automatica Il sistema per il vuoto della cartuccia a pressione costituito da una pompa e dai tubi corrispondenti Questo test calibra a zero i sensori della pressione Verifica se il bioanalizzatore in grado di mantenere la pres sione operativa di 140 mbar Durante il test la pompa rimane attiva mentre il sistema tenta di regolare la pressione a 140 mbar Per effettuare questo test necessario il Chip test di focalizzazione cellulare automatica Verifica che il bioanalizzatore sia in grado di mantenere il vuoto Produce una pressione di 100 mbar e controlla le varia zioni Per effettuare questo test necessario il Chip test di focalizzazione cellulare automatica Controlla che il sistema ottico del bioanalizzatore sia calibrato correttamente Per effe
121. Per controllare i parametri di misurazione e di acquisizione dei dati occorre specifi care diversi parametri di analisi Questi cosiddetti setpoint vengono memorizzati in file di analisi xsy e vengono letti dal 2100 expertsoftware prima di iniziare l analisi 2100 expert supporta le seguenti analisi basate sulla citometria a flusso Analisi predefinite e Apoptosi e Apoptosi Protocollo veloce Per interferenza ridotta questa analisi presenta un aumento della soglia ed utilizza gli eventi blu solo per la rivelazione dei picchi e Colorazione anticorpi e Colorazione anticorpi su chip Per interferenza ridotta questa analisi presenta un aumento della soglia relativa al segnale blu e GFP e GFP su chip Questa analisi consente una rivelazione rapida ed accurata dell espressione verde fluorescente delle proteine Sommario A 202 V Indice analitico e Da blu a rosso Questa analisi dedicata alle applicazioni che utilizzano un colorante di riferimento blu ed analizzano le cellule fluorescenti rosse all interno di una popolazione blu e Da rosso a blu Questa analisi dedicata alle applicazioni che utilizzano un colorante di riferimento ros so ed analizzano le cellule fluorescenti blu all interno di una popolazione rossa e Elementi attivi di controllo Gli elementi attivi di controllo di colore rosso vengono caricati nei pozzetti 1 3 e 5 men tre gli elementi attivi di controllo di colore blu vengono caricati nei pozzetti
122. Per mettere un grafico o una tabella negli appunti 1 Fare clic con il pulsante destro sul grafico o tabella zona 2 Nel menu del contesto selezionare Copy Gel Copia gel Copy Electropherogram Copia elettroferogramma grafici o Copy To Clipboard Copia negli appunti tabelle OPPURE Fare clic sul pulsante sulla barra degli strumenti Ora possibile passare ad un elaboratore di testi ad un foglio elettronico a programmi di grafica o ad altre applicazioni Sommario A 320 V Indice analitico Esportazione di informazioni relative a chip campione e studio Nelle sottocartelle Sample Information Informazioni sul campione e Study Information Informazioni sullo studio della scheda Chip Summary Riassunto chip possibile inse rire nomi e commenti relativi a chip campioni e studio Le informazioni qui inserite pos sono essere molto simili a quelle per ulteriori misurazioni del chip e per altre analisi Dopo aver inseritole informazioni possibile esportarle in un file separato che pu poi essere importato in un altro file di dati del chip xad o di analisi xsy per evitare di doverle digitare nuovamente file di importazione esportazione possono avere l estensione txt o csv ed avere una forma fissa che diversa per le analisi elettroforetiche o citometriche a flusso Per esportare informazioni relative a chip campione e studio in un file 1 Nella scheda Chip Summary Riassunto chip fare clic su Expor
123. Per ogni test viene mostrato lo stato corrente e Selected Selezionato Executing In esecuzione Execution pending In attesa di esecuzione Executed passed Eseguito passato Executed failed Eseguito fallito Sommario A 4181 Y Indice analitico Test del bioanalizzatore Electronics Test Verifica il funzionamento corretto di tutte le schede elettroniche Test dell elettronica del bioanalizzatore Lid Sensor Test Verifica il corretto funzionamento del sensore del coperchio Test del sensore assicurando che il laser ed il LED siano spenti quando il coper del coperchio chio aperto Stepper Motor Test Controlla che il motore a passo esegua il movimento corretto Test del motore passo a passo Fan Test Controlla che la ventola ruoti alla velocit corretta Test ventola Temperature Test Test Verifica che la velocit della rampa di salita della temperatura della temperatura della piastra riscaldante sia entro le specifiche Sommario A 482 V Indice analitico Test della cartuccia a elettrodo Current Leakage Test Misura la dispersione di corrente tra i piedini della cartuccia ad Test della dispersione elettrodo E richiesto il Chip test della dispersione di corrente di corrente Per la corretta preparazione del Chip test della dispersione di corrente fare riferimento alla nota tecnica inclusa nel pacchetto del Chip test Short Circuit Test Controlla le dispersioni di corrente dello strumento uti
124. Plot Summary IV Histogram Summary IV Assay Details IV Dotplot Statistics TT Histogram Statistics Samples Options g All Samples ra Samples Enter sample number andfor sample ranges separated by commas Example 1 2 3 6 Save To File TT PDF FilePath C 2100xpert Data 2100_SRNUM_2003 06 25_001 pdf n TO HTML FilePath C 1 100xpertiData 2100_SRNUM_2003 06 25_001 html cda Page Setup Printer Preview Cancel i ELI Accesso Questa finestra di dialogo pu essere aperta selezionando File gt Open File gt Apri con un file di dati del chip citometrico xsy o con un file di dati xad del chip selezionato Sommario A 6018 V Indice analitico Elementi Print Item Voci di stampa Run Summary Riassunto esecuzione Assay Details Dettagli analisi Include nella stampa informazioni relative al chip ed al campione Vedere la sezione Scheda Chip Summary Riepilogo chip a pagina 497 Include nella stampa nome percorso e impostazioni d analisi Vedere la sezione Scheda Assay Properties Propriet d analisi a pagina 487 Dot Plot Summary Include i dot plot nella stampa Vedere la sezione Scheda Dot Plot Riassunto dot plot Single Grid view Visualizzazione singola a griglia a pagina 550 Dot Plot Statistics Include nella stampa le tabelle dei risultati dei dot plot Vedere la Statistiche dot plot Histogram Summary Riassunto
125. Rel Conc g ml Calib Conc ug ml Total Observations 1 6 0 0 0 0 0 0 Lower Marker i 2 8 3 0 0 0 0 0 0 System Peak 3 0 0 0 0 0 0 System Peak 224 9 100 0 Calibration Protein 231 3 0 0 Upper Marker Sommario A 1604 Y Indice analitico 4 Mettere in pausa l analisi automatica facendo clic sull icona corrispondente sulla barra degli strumenti SUGGERIMENTO Prima di effettuare l integrazione manuale si raccomanda fortemente di mettere in pausa l analisi automatica e di riavviarla dopo che tutte le modifiche sono state effet tuate Altrimenti l analisi dei dati si avvia in qualsiasi momento quando i punti della linea di base vengono spostati 5 Regolare i punti della linea di base nel modo appropriato SUGGERIMENTO Per spostare la linea di base di un picco puntare lungo la linea verticale premere il tasto CTRL ed il pulsante sinistro del mouse Per spostare la linea di base del picco puntare lungo il segnale e premere solo il pulsante sinistro del mouse Sommario A 165 V Indice analitico 6 Fare clic sul pulsante Automatic Analysis Analisi automatica per riabilitare l inte grazione risultati dell integrazione sulle tabelle di risultati e picchi cambieranno in base alle modifiche effettuate Sample 3 Size kDa Rel Conc g ml Calib Conc ug ml Total Observations 1 4 I 6 0 0 0 o o 0 0 Lower Marker z 8 3 0 0 0 0 0 0 Sy
126. Save as type Salva come tipo selezionare xsy quindi inserire un nome e posizione per la nuova analisi 6 Fare clic su Save Salva per creare una nuova analisi Sommario A 298 V Indice analitico Come modificare un analisi personalizzata NOTA Non possibile salvare le modifiche di analisi predefinite come Apoptosis o DNA 1000 Per modificare un analisi personalizzata 1 Nel menu File selezionare Open Apri Viene visualizzata la finestra di dialogo Open Apri Selezionare un file di analisi xsy e fare clic su Open Apri L analisi viene visualizzata nel Pannello della struttura ad albero e viene visualizzata la Scheda Assay Properties Propriet d analisi Modificare l analisi effettuando modifiche nelle cartelle seguenti Modificare le impostazioni d analisi nella Scheda Assay Properties Propriet d analisi Modificare e inserire informazioni aggiuntive su chip campione e studio nella Scheda Chip Summary Riepilogo chip Perle analisi citometriche a flusso definire marker e zone nella Scheda Histogram Single Grid View Istogramma Visualizzazione singola a griglia e nella Scheda Dot Plot Single Grid view Visualizzazione singola a griglia Perle analisi elettroforetiche definire le regole di evidenziazione nella Scheda Result Flagging Evidenziazione dei risultati 4 Nel menu File selezionare Save Salva Sommario A 299 V Indice analitico Gestione dei dati del chip
127. Total RNA Pico Demo mRNA Nano Demo mRNA Pico Demo Prokaryote Total RNA Nano Demo Prokaryote Total RNA Pico Demo Protein 200 Plus Demo Protein 50 Utilizzare queste analisi dimostrative per l addestramento non in linea senza il bioanalizzatore connesso Vedere la sezione Esecuzione di un analisi demo a pagina 44 Fornisce rapido accesso alle analisi utilizzate pi recente mente fino a cinque Sommario A 399 V Indice analitico Menu Gel Gel Automatic Analysis S Don t Analyze Previous Sample Next Sample 37 Undo Zoom L Undo All PA Copy Gel a Save Gel W Scaling Mode O Pause Automatic Analysis gt Gel Color Black on White Ea white on Black Blue on White E Green on Black Magenta on White E Red on Black Voce del menu Gel Funzione Automatic Analysis Analisi automatica Pause Automatic Analysis Metti in pausa l analisi automatica Sommario Awvia l analisi automatica Vengono rilevati i picchi e viene calco lata la Peak Table Tabella dei picchi risultati vengono ricalcolati ogni volta che vengono applicate modifiche alle impostazioni dell analisi dei dati Mette in pausa l analisi automatica Si consiglia di mettere in pausa l analisi durante l integrazione manuale A 400 V Indice analitico Voce del menu Gel Funzione Don t Analyze Non analizzare Previous Sample Campione precedente Next Sample Campione successivo
128. Undo Zoom Annulla zoom Undo All Annulla tutti Copy Gel Copia gel Save Gel Salva gel Sommario L analisi viene disattivata dati grezzi vengono visualizzati nella scheda Gel e la Peak Table Tabella dei picchi viene cancellata Evidenzia e visualizza il grafico a gel del campione precedente Se viene evidenziato lo standard si viene reindirizzati all ultimo cam pione Non disponibile se viene evidenziato il primo campione Evidenzia e visualizza il grafico a gel del campione successivo Se viene evidenziato l ultimo campione si viene reindirizzati allo stan dard Non disponibile se viene evidenziato lo standard Annulla l ultima azione di zoom panoramica o ridimensionamento Annulla tutte le azioni di zoom pan e ridimensionamento Mette una copia del grafico del gel di tutti i campioni negli appunti Apre una finestra di dialogo di sistema che consente di salvare il grafico del gel tutti i campioni come immagine in formato JPEG jpg Windows Bitmap bmp o Tagged Image File tif A 401 Y Indice analitico Voce del menu Gel Funzione Gel Color Apre un sottomenu da cui possibile selezionare uno schema di Colore del gel colori predefinito per il primo piano sfondo da utilizzare per la visualizzazione del grafico del gel tutte le corsie colori sono stu diati per approssimarsi ai colori reali dei vari coloranti e tecniche per le immagini gel simile Blue on White Blu su bianco per esem pio
129. Viene visualizzata la finestra di dialogo Load Rules Carica regole 4 Selezionare il file xml che contiene la serie di regole di evidenziazione dei risultati e fare clic su Open Apri Le regole importate appaiono nell elenco delle regole NOTA Le regole importate non vengono memorizzate nel file di analisi o di dati del chip fino a che non vengono salvati Sommario A 310Y Indice analitico Esportazione dei dati 2100 expert consente di esportare i risultati dell analisi del chip in diversi formati dati esportati possono essere utilizzati per ulteriori valutazioni con altre applicazioni come elaboratori di testo strumenti grafici MS Excel o applicazioni di citometria a flusso dati di analisi del chip possono essere esportati sia manualmente che automaticamente e Esportazione di dati d analisi del chip a pagina 312 e Esportazione automatica di dati d analisi del chip a pagina 314 anche possibile esportare solo parti dei risultati delle misurazioni e Esportazione di tabelle a pagina 315 e Esportazione di grafici a pagina 317 e Inserimento di grafici e tabelle negli appunti a pagina 319 Le informazioni inserite per documentare l analisi di un chip possono essere esportate per il riutilizzo in analisi successive e Esportazione di informazioni relative a chip campione e studio a pagina 321 Dai file delle analisi elettroforetiche o dai file di dati del chip possibile esportar
130. _25 09 2003_10 EX 09 DX SW FX PC_TR_ORASE m f m e o simboli hanno il seguente significato e simboli a forma di documento azzurro indicano che il test di qualificazione non an cora stato eseguito e segni di spunta verdi indicano i test passati Sommario A 460 V Indice analitico e Le croci rosse indicano test falliti o abortiti e triangoli di avviso di colore giallo indicano risultati misti dopo esecuzioni multiple NOTA Le voci ereditano il simbolo stato dei loro figlio i Per esempio se un test singolo fallisce l intera validazione sar indicata con una croce rossa fallito Facendo clic con il pulsante destro viene visualizzato un menu del contesto Sono dispo nibili le seguenti funzioni Voce del menu Funzione Close Chiudi Chiude il file dei risultati di validazione selezionato Print Stampa Visualizza la finestra di dialogo Print che consente di stampare un report della validazione Vedere la sezione Print Stampa Valida zione a pagina 626 Contesto Comparison Confronto Nel contesto Comparison Confronto la struttura ad albero divisa in due parti Nella parte superiore possibile e Navigare tra i file di confronto xac e Navigare tra i campioni appartenenti al file di confronto e Rimuovere campioni dai file di confronto Sommario A 461 Y Indice analitico Nella parte infer
131. a alla sinistra della scheda e mostra tutti i file con i dati dei chip ed i file di analisi come nodi Fare clic sul nome di un campione Electropherogram View Visualizzazione elettroferogramma l elettroferogramma del campione selezionato viene visualizzato in visualizzazione singola Gel View Visualizzazione gel la linea dell immagine gel simile corrispondente al campione selezionato viene evidenziata Per navigare tra i campioni utilizzare il Pannello inferiore 1 Se non visibile il pannello inferiore View gt Tree View Visualizza gt Visualizzazione struttura Il pannello inferiore viene visualizzato nell angolo in basso a sinistra Electropherogram View Visualizzazione elettroferogramma Fare clic su una linea qualsiasi della piccola immagine gel simile Gel View Visualizzazione gel Fare clic su un pozzetto dell icona del chip Sommario A 959Y Indice analitico Per sfogliare i campioni 1 Dal menu Electropherogram Elettroferogramma o Gel selezionare Next Sample Campione successivo o Previous Sample Campione precedente OPPURE Fare clic sul pulsante Next Sample Campione successivo o Previous Sample amp Campione precedente sulla barra degli strumenti Per passare da elettroferogramma a gel simile 1 Fare clic sulla scheda E ectropherogram Elettroferogramma o Gel Immagine gel simile per visualizzare i risultati del campione selezionato come elettroferogramma o immagine gel simile
132. a altri file di analisi xsy o di dati del chip xad dello stesso tipo Durante l importazione utile ricordare che e file elettroforetici da importare devono essere dello stesso tipo di analisi Questo significa che non possibile importare impostazioni dell analisi DNA 1000 in un analisi DNA 500 e file di citometria a flusso da Importare possono essere di qualsiasi tipo di analisi cito metrica a flusso ma l importazione cambier il tipo del file corrente in Generic Generico Per importare impostazioni di dati d analisi 1 Nella scheda Assay Properties Propriet d analisi fare clic su mport Setpoints Importa impostazioni 2 Viene visualizzata la finestra di dialogo Open Apri 3 Selezionare il file da cui si desidera importare e fare clic su Open Apri NOTA Per i file di citometria a flusso l importazione cancella tutti i marker e le zone esistenti nel file corrente e modificher l analisi attuale in analisi Generic Generiche Viene visualizzata una finestra di dialogo che chiede di confermare questa modifica Sommario A 307 V Indice analitico Import Marker and Regions xl Assay will be changed to GENERIC Do you want to continue 4 Fare clic su Yes Si NOTA L importazione delle impostazioni di analisi dei dati sovrascrive tutti i valori d imposta zione attuali Per tutti i file i valori d impostazione vengono aggiornati sul navigatore delle impostazioni vedere la sezione S
133. a and Assay Dati e analisi possibile utilizzare la struttura ad albero per navigare tra tutti i file di dati del chip xad o di analisi xsy aperti Mg AI Files 2100 expert_DNA 7500_00 Apoptosis Demo xad i Demo DNA 500 xad 2100 expert_Antibody Stai 2100 expert_APOPTOSIS_ 2100 expert_Generic_00001 i DIA 500 xsy H 2100 expert_DNA 1000_00 9 2100 expert_Generic_00001 E All Samples mj Samppa O Samp td Save LI Samp DI Close LD Samp e print O Sampe L Sample 6 2100 expert _DNA 1000_00 2100 expert_Cy5 labeled N 2100 expert_Protein 200_0 E E E E E E A NOTA Anche i file xad che sono stati aperti nel contesto Comparison Confronto appaiono sulla struttura ad albero colori delle icone dei chip che appaiono accanto ai nomi dei file identificano il tipo di analisi blu DNA verde RNA violetto proteina arancio citometria a flusso Sommario A 458 V Indice analitico Facendo clic sul segno pi o meno accanto all icona del chip si espande o riduce l elen co dei campioni Facendo clic su una voce dei dati del chip o di analisi viene visualizzata la Scheda Chip Summary Riepilogo chip Facendo clic sulla voce A Samples Tutti i campioni si visualizza il formato a griglia con immagini gel simile elettroferogrammi istogrammi o dot plot di tutti i campioni Facendo clic sulla voce di un campio
134. a di lavoro di 2100 Expert L area di lavoro di 2100 expert comprende elementi standard quali menu a tendina e barre degli strumenti oltre che l area di lavoro principale che contiene numerose cartelle alcune delle quali suddivise in sottocartelle L area di lavoro di 2100 expert comprende le seguenti aree di lavoro contesto Data and Assay Dati e analisi Barra del titolo 32100 expert C 100 Bioanalyzer 2100 experti Data 2003 11 07 2100 expert_DNA 1000_00000_2003 11 07_14 11 42 xad x lej xf B arra d e l menu File Context View Assays Gel Tools Windows Help Breda e u gt ME Eu 000 00r eP ole arre degli Gel Sample 1 stru me nti iles Assay Properties Chip Summary l Electropherogram Result Flagging Log Book G 2100 expert_DNA 1000_0000g_ E All Samples 08 SR nl ea Em An Sg o se Local Global Instrument a bi B d Il sal H Normal z __ Colapse arra delle I ma C Sample 2 2 a ga E Sample 3 _ _ _ _ _ 1 r_r _ _ _ mr COS 5 I nfo rmazioni PECE nere O Sample 4 1007 e Integration end time s 129 va ID Sample 5 Slope Threshold 0 5 Barra del D EN sa m Area threshold 05 CoA C Sample 7 A in aa E a a a aal aa E Height threshold FU 17 co nte sto Validation Sample 50 i T ini Peak filter width s 0 5 Struttura La Sample 10 se m P Sample 11 banal ad albero abili E samne 12 A Ladder Sottoc
135. a flusso a pagina 237 e Stampare i risultati per documentarli su carta Vedere la sezione Stampa dei report a pagina 323 Esportare i risultati per ulteriori valutazioni in altre applicazioni Vedere la sezione Esportazione dei dati a pagina 311 Confrontare i risultati con quelli di altre analisi del chip nel contesto Comparison Confronto Inserire il nuovo chip nel bioanalizzatore ed avviare una nuova analisi con un clic purch si utilizzi la stessa analisi Sommario A 32 Y Indice analitico Panoramica di 2100 Expert Prima di iniziare ad eseguire le analisi con il bioanalizzatore Agilent 2100 necessario acquisire familiarit con il software 2100 expert e Avvio di 2100 Expert a pagina 34 e Area di lavoro di 2100 Expert a pagina 35 e Esecuzione di un analisi demo a pagina 44 e Uscita da 2100 Expert a pagina 50 Sommario A 33 Y Indice analitico Avvio di 2100 Expert Per avviare 2100 expert 1 Sul desktop fare clic sulla seguente icona S 2100 sal OPPURE Dal menu Start di Windows selezionare Programmi gt Agilent 2100 Bioanalyzer gt 2100 expert E Programs riff Agilent 2100 Bioanalyzer E ENEL SR EJ 2100 expert h lp E Readme Viene visualizzata la finestra dell applicazione 2100 expert La sezione Area di lavoro di 2100 Expert a pagina 35 fornisce una descrizione della finestra dell applicazione Sommario A 34 Y Indice analitico Are
136. a regolare l intera linea di base per il calcolo dell area del campione totale Linea di base del picco Per ogni picco viene calcolata una linea di base locale Per quanto riguarda i picchi isolati la linea di base locale costituita semplicemente da una linea retta che collega il punto d inizio del picco con il punto finale Per picchi molto vicini quando il valore tra i picchi non ritorna alla linea di base reale si utilizza una linea di base media Sommario A 688 V Indice analitico FU 4 Sample 6 IST 301 25T dossssed 62 64 66 68 70 72 74 76 s M Marker inferiore Uno standard interno che viene aggiunto ad un campione in un pozzetto per aiutare nella determinazione delle dimensioni del campione Il marker inferiore corrisponde al primo picco trovato nello standard del DNA Marker superiore Uno standard interno che viene aggiunto ad un campione di DNA o proteina presente in un pozzetto per aiutare nella determinazione delle dimensioni del campione Il marker superiore corrisponde all ultimo picco trovato nello standard per il dimensionamento Sommario A 689 V Indice analitico Microfluidicit Il movimento di liquidi attraverso strutture di dimensioni micro per mezzo di campi elettrici o pressione vuoto che forniscono una maggiore funzionalit con affidabilit significativamente aumentata e Piccoli dispositivi in plastica o vetro con micro canali come piattaforme sperimentali e Control
137. a retta che collega il punto d inizio del picco con il punto finale Per picchi molto vicini quando il valore tra i picchi non ritorna alla linea di base reale si utilizza una linea di base media La figura seguente mostra le linee di base stabilite per i picchi relativi all analisi del DNA picchi delle analisi del DNA e delle proteine vengono determinati picco per picco viene mostrata la linea di base generale FU Sample 6 35 30 25 20 Sample 6 10 eeeosodoescosco loeccccca l uessso iossesc Misson 62 64 66 68 70 72 74 76 s Sommario A 685 V Indice analitico La figura seguente mostra le linee di base stabilite per i picchi relativi all analisi dei frammenti di RNA totale frammenti di RNA vengono determinati picco per picco mentre viene mostrata una linea di base che va dal tempo iniziale al tempo finale Sample 7 Sommario A 686 V Indice analitico La figura seguente mostra le linee di base stabilite per i picchi relativi all analisi del mRNA frammenti di mRNA vengono determinati picco per picco mentre viene mostrata una linea di base che va dal tempo iniziale al tempo finale FU Sample 3 35 34 33 32 Sample 3 30 29 28 20 30 40 50 60 70 80 s Sommario A 687 V Indice analitico NOTA Nelle analisi del RNA le linee che segnano il punto d inizio e di fine possono essere spostate indicati dalle linee verticali verdi tratteggiate in modo d
138. a valutazione dei dati derivanti dall analisi del campione Per tutte le analisi e Parametri del filtro e Parametri di ricerca dei picchi per tutti i campioni altezza del picco per singoli campioni e Abilitazione dell analisi di smear e Allineamento al marker superiore e o inferiore Solo per l analisi dell RNA e Aggiunta eliminazione di frammenti ribosomiali Queste impostazioni possono essere effettuate prima dell avvio di una nuova analisi o della rianalisi di file di dati salvati precedentemente Informazioni sul navigatore delle impostazioni Lo strumento che consente di modificare le impostazioni delle analisi dei dati p detto Setpoint Explorer Navigatore delle impostazioni Il navigatore delle impostazioni accessibile dai seguenti punti e Scheda Assay Properties Propriet d analisi e Scheda Electropherogram Single Grid View Elettroferogramma Visualizzazione singola griglia e Scheda Gel Sommario A 140Y Indice analitico Nella scheda Assay Properties Propriet d analisi il navigatore delle impostazioni sempre visibile e consente di modificare le impostazioni globalmente per tutti i cam pioni advanced e Collapse Concentration of upper 4 2 al Concentration of lower 8 3 Sizing Standard Curve Point to Point Smear Analysis Perform Smear Analysis Baseline calculation Baseline start time s 25 Baseline end time s 94 9 Zero Baseline x Filter
139. abelle 2100 expert utilizza diverse tabelle per presentare i dati e Tabelle dei risultati e Tabelle dei picchi e Tabelle dei frammenti e Tabelle di registro In alcuni casi pu essere necessario riorganizzare la modalit di visualizzazione dei dati Ad esempio nascondere o mostrare le colonne modificare la sequenza delle colonne ed adattare l altezza della tabella Area FragmentSize Concentration Molarity Observations 1 50 29 15 00 4 20 424 24 CalculatedLowerMarker 2 29 49 472 30 0 76 2 45 3 13 40 500 66 0 34 1 03 4 84 13 1500 00 2 10 2 12 CalculatedUpperMarker L esempio seguente dimostra come aggiungere il tempo di migrazione alla Peak Table Tabella dei picchi Sommario A 330 Y Indice analitico Mostrare e nascondere le colonne Per aggiungere la colonna A igned Migration Time Tempo di migrazione allineato alla tabella 1 Fare clic con il pulsante destro sulla riga d intestazione della tabella 500 66 Or 1 iso pi or Us m 3 4 1500 00 Sommario A 331 Y Indice analitico 2 Nel menu del contesto selezionare Configure Columns Configura colonne per visua lizzare la finestra di dialogo Configure Columns Configura colonne Configure Columns x Available Displayed Size bp Conc ng pl Molarity nmol l Observations P_ Down Cancel Reset Ni Sommario A 332 V Indice analitico 3 Spostare Aligned Migratio
140. afici panoramica e ridimensionamento hanno effetto su tutti gli elettro Show Data Points Mostra punti dei dati Sommario ferogrammi Mostra nasconde i punti dei dati utilizzati per generare un elettro ferogramma punti dei dati sono visibili solo nella visualizzazione singola punti dei dati distano tra di loro 0 05 secondi dato che la risoluzione del tempo dei punti dei dati 0 05 secondi che corri sponde alla loro velocit d acquisizione 20 Hz A 407 V Indice analitico Voce del menu Funzione Electropherogram Elettroferogramma Show Gradient Mette un gradiente di colore da grigio a bianco sullo sfondo Mostra gradiente dell elettroferogramma oppure rimuove il gradiente Show Grid Mostra Mostra nasconde le linee della griglia solo visualizzazione sin griglia gola Copy Electrophero Mette una copia dell elettroferogramma negli appunti solo visua gram Copia elettro lizzazione singola Nella visualizzazione multipozzetto vengono ferogramma copiati tutti gli elettroferogrammi Save Electrophero gram Salva elettrofe rogramma Manual Integration Integrazione manuale solo per le analisi DNA e Proteina Sommario Apre una finestra di dialogo di sistema che consente di salvare l elettroferogramma visualizzazione singola o tutti gli elettrofe rogrammi visualizzazione multipozzetto come immagine in for mato JPEG jpg Windows Bitmap bmp Windows Meta File wmf CompuSer
141. ak Table Fragment Table Legend Sommario A 531 Y Indice analitico Facendo clic con il pulsante destro sull elettroferogramma viene visualizzato il seguente menu e Perle analisi DNA e Proteina 4 Undo Zoom L Undo All tar Copy Electropherogram P Save Electropherogram Manual Integration Automatic Integration UH Add Peak X Remove Peak e Perle analisi RNA 2 Undo Zoom L Undo All tar Copy Electropherogram va Save Electropherogram Set Master Sample Add Fragment Remove Fragment Sono disponibili le seguenti funzioni Undo Zoom Annulla l ultima azione di zoom panoramica o ridimensionamento Annulla zoom Undo All Annulla tutte le azioni di zoom pan e ridimensionamento Annulla tutti Sommario A 532 V Indice analitico Copy Mette una copia dell elettroferogramma negli appunti solo visualiz Electropherogram zazione singola Nella visualizzazione multipozzetto vengono copiati Copia elettrofe rogramma Save Electrophe rogram Salva elettrofero gramma Manual Integra tion Integra zione manuale solo per le analisi DNA e Proteina Automatic Integration Integrazione automatica solo per le analisi DNA e Proteina Sommario tutti gli elettroferogrammi Apre una finestra di dialogo di sistema che consente di salvare l elet troferogramma visualizzazione singola o tutti gli elettroferogrammi visualizzazione multipozzetto come immagine
142. alisi del chip ed il numero della porta COM utilizzata per l acquisizione dei dati Reading Sample 10 Running Port 1 Durante l analisi del chip possibile effettuare le seguenti operazioni e Visualizzare il file di dati del chip nel contesto Data and Assay Dati ed analisi facendo clic sul nome del Data File File di dati COM Port Assay Selection Start Stop Run Stop Assay File Ci eculariDNA 1000 xsy Data File Cit 0 RAG IIONIOO0O 2003 07 10 001 xat e Passare ad un altro contesto Per esempio possibile valutare un file di dati del chip qualsiasi nel contesto Data and Assay Dati e analisi oppure confrontare campioni nel contesto Comparison Confronto e Se necessario annullare l analisi del chip facendo clic sul pulsante Stop Interrompi Tutti i dati raccolti fino al momento dell interruzione dell analisi verranno salvati Sommario A 83 Y Indice analitico Termine dell analisi del chip Al termine dell analisi viene visualizzata la finestra di dialogo End of run Fine dell analisi che mostra il numero di campioni che sono stati analizzati ed il nome del file in cui sono stati salvati i dati d analisi del chip Se si verificano degli errori anche questi saranno visualizzati in questa finestra di dialogo 2100 expert End of run x Status Run Completed File Name C 1000_00000_2003 09 25_15 50 43 xad Port 1 Instrument DE11700058 No sempe Observation
143. alitico punti dei dati utilizzati per generare il grafico vengono ora mostrati come punti punti di dati sono distanti 0 05 secondi uno dall altro Per mettere un gradiente di colore sullo sfondo dell elettroferogramma 1 Sul menu Electropherogram Elettroferogramma selezionare Show Gradient Mostra gradiente Un gradiente di colore da grigio a bianco visualizzato sullo sfondo dei grafico Per mostrare nascondere le linee della griglia di un elettroferogramma 1 Nel menu Electropherogram Elettroferogramma selezionare Show Gradient Mostra gradiente Sommario A 101Y Indice analitico Pulizia degli elettrodi dopo un analisi elettroforetica Quando l analisi completata rimuovere il chip usato dal bioanalizzatore e smaltirlo secondo le linee guida stabilite dal responsabile della sicurezza del proprio laboratorio Rimuovere il chip velocemente per impedire l accumulo sugli elettrodi di residui della soluzione Electrodes Eseguire quindi la procedura di pulizia per assicurare che gli elettrodi siano puliti cio che siano privi di residui lasciati da analisi precedenti Le procedure di pulizia sono descritte nella Guida del kit reagenti e nella Guida alla manutenzione e risoluzione dei problemi del Bioanalizzatore Agilent 2100 Sommario A 102 V Indice analitico Buone pratiche di laboratorio e Svuotare e riempire il pulitore degli elettrodi ad intervalli regolari ad esempio ogni cin que analisi e Il puli
144. alizzata una curva dei tempi di mi grazione contro la dimensione per interpolazione delle singole dimensioni delle protei ne punti di migrazione La curva standard derivata dai dati del pozzetto dello standard dovrebbe ricordare quella dell immagine seguente Point to Point Fit 300 250 18 20 22 24 26 28 30 32 34 36 38 40 Time seconds Sommario A 131V Indice analitico 6 Due frammenti proteine vengono analizzate con ognuno dei campioni circoscrivendo un range di dimensioni Le proteine del marker inferiore e superiore sono standard interni utilizzati per allineare i dati dello standard con i dati provenienti dai pozzetti dei campioni La figura sottostante mostra un esempio dei picchi dei marker assegnati in un pozzetto del campione FU IgG reduced Marker 80 A inferiore 70 Marker superiore 60 50 40 IqG reduced 30 20 15 20 25 30 35 40 s Q Size kDa Rel Conc ug ml Calib Conc ug ml Total Observations Area 1 4 6 0 0 0 0 0 0 0 Lower Marker 19 9 Za DI 8 5 0 0 0 0 0 0 System Peak 27 5 Sm 25 3 140 7 aa a si 4 __ 58 1 451 7 0 0 76 3 32 6 5 b 210 0 100 0 0 0 0 0 Upper Marker 10 3 Sommario A 132 V Indice analitico NOTA Il software esegue automaticamente l allineamento La disattivazione dell analisi dei dati vedere Menu Electropherogram Elettroferogramma a pagina 403 sospende l
145. alizzazione gel seleziona un cam pione Seleziona una cella della tabella Seleziona un impostazione Sommario A 664 V Indice analitico Doppio clic Risultato In Single View Visualizzazione singola In Grid View Visualizzazione a griglia Sul navigatore delle impostazioni Sulla Barra del titolo Sui marker degli istogrammi apre la finestra di dia logo Configure Marker Configura marker Sul bordo delle aree di un dot plot apre la finestra di dialogo Configure Region Configura area Su immagini gel simile elettroferogrammi isto grammi e dot plot annulla l ultima azione di zoom Visualizza strumento elettroferogramma isto gramma o dot plot in formato singolo Sul valore passa alla modalit di modifica se l impostazione pu essere modificata Massimizza ristabilisce le dimensioni della fine stra dell applicazione Sommario A 665 V Indice analitico Clic con il pulsante destro Risultato Sul Pannello della struttura ad albero In Grid View Visualizzazione a griglia In Single View Visualizzazione singola Sommario Contesto Data and Assays Dati e analisi sele ziona un file o un campione ed apre un menu del contesto che consente di salvare chiudere o stam pare il file Contesto nstrument Strumento seleziona un bioanalizzatore o passa alla visualizzazione a gri glia All Instruments Contesto confronto aggiunge o rimuove il cam pione sel
146. analisi del chip Per selezionare le dimensioni ed il formato di stampa Print Stampa Validazione a pagina 626 Per impostare le opzioni per i report di vali Report Preview Anteprima report a pagina 650 Save Selected Samples Salva campioni selezionati a pagina 653 System Log Viewer Visualizzatore del registro di sistema a pagina 656 dazione ed avviare la stampa Per visualizzare l anteprima di una pagina prima della stampa Per selezionare un sottoinsieme di cam pioni per il salvataggio Per visualizzare eventi registrati per tutto il sistema Analisi elettroforetiche Export Options Opzioni di esportazione Elettroforesi a pagina 607 Print Stampa Elettroforesi a pagina 622 Sommario A 581 Y Per esportare dati del chip e di analisi elettroforesi in formati differenti Per impostare le opzioni di stampa confronto ed avviare la stampa Indice analitico Finestra di dialogo Scopo Print Stampa Confronto a pagina 629 Per impostare le opzioni di stampa confronto ed avviare la stampa Analisi citometriche a flusso Export Options Opzioni di esportazione Citometria a flusso a pagina 603 Print Stampa Citometria a flusso a pagina 618 Configure Marker Configura marker a pagina 638 Per esportare dati del chip e di analisi citometria a flusso in formati differenti Per impostare le opzioni di stam
147. analisi deve essere utilizzato esclusivamente per l esperimento specifico per cui stato sviluppato Per esempio si deve utilizzare il colorante rosso per la rivelazione di apoptosi per esempio calceina e Cyb e Valutazione dell analisi di colorazione degli anticorpi a pagina 272 e Valutazione analisi apoptosi a pagina 278 e Valutazione analisi GFP a pagina 284 Sommario A 27119 Indice analitico Valutazione dell analisi di colorazione degli anticorpi La colorazione degli anticorpi consente di misurare l espressione di proteine sulla super ficie o all interno delle cellule mediante l impiego di anticorpi specifici L anticorpo prima rio stesso pu essere coniugato con un colorante oppure si pu utilizzare un anticorpo secondario marcato che riconosca l anticorpo primario Quando si misura la fluorescenza delle cellule possibile determinare il numero di cellule a cui si attaccato l anticorpo Normalmente per valutare la presenza degli anticorpi si utilizza un colorante rosso come ad esempio APC Alloficocianina o Cyb Per stabilire se le cellule sono vive o morte si pu utilizzare un colorante blu come la cal ceina oppure come il SYTO 16 che colora gli acidi nucleici di tutte le cellule Per informa zioni dettagliate fare riferimento alla nota applicativa Detecting Cell Surface and Intracellular Proteins with the Agilent 2100 Bioanalyzer by Antibody Staining Rivelazione delle proteine sulla superficie ed a
148. apporti segnale rumore la linea di base che definisce l area utilizzata per il calcolo della concentrazione di RNA altamente indipendente dall impostazione del tempo iniziale e finale tempi iniziale e finale possono essere regolati manualmente regolando con ci la linea di base per assicurare un buon risultato anche con rapporti segnale rumore molto bassi Scegliere un campione Nella finestra vengono visualizzate due linee verticali verdi tratteggiate che indicano l impostazione dei tempi iniziale e finale con la linea di base disegnata tra di essi Sample 7 I Spostare il cursore sulla linea tratteggiata a sinistra impostazione tempo iniziale e tra scinarla nella posizione desiderata Fare la stessa cosa con la linea tratteggiata a destra impostazione tempo finale fino ad ottenere una linea di base piatta Sommario A 149 V Indice analitico NOTA La modifica dei tempi iniziale e finale provocher la variazione della concentrazione di RNA calcolata Pu essere utile mettere in pausa l analisi automatica E ectrophero gram gt Pause Automatic Analysis Elettroferogramma gt Metti in pausa l analisi auto matica fino a che non sono state effettuate tutte le modifiche Sommario A 150Y Indice analitico Assegnazione dei picchi dei marker superiore e inferiore Per ogni campione di DNA o proteina vengono prima assegnati i picchi dei marker supe riore ed inferiore e poi i dati vengono allineati in
149. are in detta glio i dati delle misurazioni Sono compresi i valori attuali dei tempi di migrazione e della fluorescenza di tutti i punti dell analisi A 608 V Indice analitico Gel Image Immagine gel simile Electrophero gram Images Immagini degli elettrofero grammi Export to XML Esporta in XML Esporta le immagini gel simili di tutti i campioni L immagine gel simile pu essere esportata come e Immagine singola e Ogni corsia separatamente Facendo clic sul pulsante si apre una finestra di dialogo che con sente di selezionare i seguenti formati delle immagini Windows Bitmap bmp JPEG jpg e Tagged Image File tif Sono possibili selezioni multiple Esporta le immagini degli elettroferogrammi di tutti i campioni un immagine per campione Facendo clic sul pulsante si apre una finestra di dialogo che con sente di selezionare i seguenti formati delle immagini Windows Bitmap bmp JPEG jpg Tagged Image File tif e Windows Meta File wmf Sono possibili selezioni multiple Scrive il contenuto completo del file xad in un file xml Sommario A 609 V Indice analitico Impostazioni della directory di esportazione Default La directory di destinazione predefinita Data nella cartella Predefinito d installazione di 2100 expert Custom Una directory di destinazione di propria scelta Utilizzare il pulsante Personalizzata alla destra del campo di testo per ap
150. are la casella di controllo Select file in Data Context Seleziona file nel contesto Dati Fare clic su OK La finestra di dialogo viene chiusa Selezionare Select file in Data Context Seleziona file nel contesto Dati per passare direttamente al contesto Data and Assay Dati e analisi dove possibile visualizzare analizzare e valutare i risultati se presenti dell analisi del chip vedere le sezioni Visualizzazione dei risultati d analisi Citometria a flusso a pagina 230 e Analisi e valutazione dei risultati di un analisi citometrica a flusso a pagina 237 Se invece non viene selezionata la casella di controllo Select file in Data Context Seleziona file nel contesto Dati il software riporta indietro al contesto nstrument Strumento dove per esempio possibile far partire una nuova analisi Sommario A 227 Y Indice analitico Inserimento di informazioni relative a chip campione e studio Durante o successivamente all analisi del chip possibile documentare l analisi inseren do informazioni relative al chip ai campioni ed allo studio 1 Nel contesto Data and Assay Dati e analisi selezionare la scheda Chip Summary Riassunto chip 2 Sulla sottotabella Sample Information Informazioni campione possibile inserire in formazioni aggiuntive per il campione come ad esempio i nomi dei coloranti blu e rosso Sulla sottotabella Study Information Informazioni studio per esempio possibile in serire l
151. are le seguenti operazioni e Visualizzare il file di dati del chip nel contesto Data and Assay Dati ed analisi facendo clic sul nome del Data File File di dati COM Port Assay Selection Start Stop Run Stop Assay File Ci try Apoptosis xsy Data File Cil 2003 08 01 n e Valutare ogni file di dati del chip nel contesto Data and Assay Dati ed analisi e Confrontare i campioni nel contesto Comparison Confronto e Se necessario annullare l analisi del chip facendo clic sul pulsante Stop Interrompi vedere anche la sezione Interruzione dell analisi di un chip a pagina 225 Tutti i dati raccolti fino al momento dell interruzione dell analisi verranno salvati Sommario A 222 Y Indice analitico Termine dell analisi del chip Al termine dell analisi viene visualizzata la finestra di dialogo End of run Fine dell analisi che mostra il numero di campioni che sono stati analizzati ed il nome del file in cui sono stati salvati i dati d analisi del chip Se si verificano degli errori saranno visualizzati nella finestra di dialogo 2100 expert End of run x Status Run Completed File Name Ci osis_00000_2003 11 01_18 00 27 xad Port Demo Instrument None No Sample bservatoo i control fix Completed vw 2 1 24h fix Completed vw 3 2 24h fix Completed vw 4 3 24h fix Completed vw 5 4 24h fix Completed vw 6 5 24h fix Completed a w Select file in Data Context 1 Perv
152. artelle 0 BI Ei 59 I Pa 69 DI 59 Di E Pannello Se bp Conc ngfui Molarity nmol I Observations A Tall i i 1 15 4 20 424 2 Lower Marker Export inferiore 2 22 1 55 105 6 E Configure Columns 3 55 1 23 33 8 gt Copy To Clipboard Ctrl C 4 104 3 90 56 7 Mai cony To cin 5 141 2 89 31 0 Manually Set Lower Marker 6 187 3 58 29 0 RO Manually Set Upper Marker z Su sa a 3 Exclude Peak 330 6 28 Results Peak Table Errors 11 7 2003 14 23 Auto Export quto Print Auto Run Barra di stato Navigatore delle impostazioni Sommario A 35 Y Indice analitico Per informazioni dettagliate sulle varie aree vedere la sezione Elementi della finestra dell applicazione 2100 Expert a pagina 375 Il software 2100 expert pu funzionare in quattro modalit chiamate contesti e Contesto Instrument Strumento e Contesto Data and Assay Dati e analisi e Contesto Validation Validazione e Contesto Comparison Confronto NOTA contesti sono indipendenti uno dall altro a livello di dati Ci significa ad esempio che possibile rivedere i dati ed eseguire le misurazioni contemporaneamente Sommario A 360Y Indice analitico La barra Contexts Contesti il menu Context o l elenco a tendina sulla barra degli stru menti permettono di passare da un contesto all altro F Instrument Data
153. ata ad un elevato numero di cellule viventi Come esempio vedere l immagine seguente Sommario A 284 V Indice analitico Valori di fluorescenza elevati indicano quantit elevate di cellule colorate con CBNF in t E v gt w 4 O O zZz Valori di fluorescenza bassi indicano cellule morte valori vengono visualizzati nella tabella dei risultati ogni istogramma ha la propria tabella Tutti gli eventi correlati al marker rosso in questo caso CBNF Tutti gli eventi misurati LI diede Zoomed xita even gt o Al Evens Sommario A 285 V Indice analitico Dopo aver applicato il filtro utilizzando l istogramma rosso nell istogramma blu saranno visualizzate solo le cellule colorate con il CBNF Valori elevati di fluorescenza blu indicano presenza di cellule produttrici di GFP Vedere l esempio seguente GFP Nb of Events Valori di fluorescenza elevati indicano cellule produttrici di GFP 10 2 101 100 101 102 103 Fluorescence Sommario A 286 V Indice analitico Quantit di cellule contenenti CBNF rispetto a tutte le cellule misurate Percentuale di tutte le cellule con valore elevato di fluore scenza CBNF selezionate dal marker rosso Quantit di cellule viventi con valore elevato di fluorescenza GFP rispetto al totale delle cellule colorate con CBNF Valutazione del dot plot Quando si passa alla scheda Dot Plot sul dot plot viene visualizzata u
154. ate tramite Gel gt Gel Color Gel gt Colore gel Per maggiori informazioni vedere la sezione Menu Gel a pagina 400 Quando ha inizio una nuova analisi del chip l immagine gel simile vuota e la prima cor sia il pozzetto dello standard risulta selezionata Dopo l acquisizione dei dati il rettan golo attorno alla corsia passer da sinistra a destra evidenziando la corsia di cui si stanno acquisendo i dati in quel momento Comunque se si seleziona una corsia che nella sequenza precede la corsia attuale l evi denziazione non cambier di posizione quando viene analizzato un nuovo campione ma rimarr sulla corsia selezionata Sommario A 511V Indice analitico Spostando il puntatore del mouse su un immagine gel simile si provoca l apparizione di dati del campione accanto ad un puntatore a croce Quello che viene visualizzato dipende dal tipo di analisi selezionato e Con un analisi del DNA si vedranno le misurazioni delle coppie di basi per l area della corsia sotto la croce del puntatore Quando il cursore viene posizionato su una banda riconosciuta la forma del cursore cambia in un mirino ed in una casella di descrizione dei comandi appaiono la dimensione la concentrazione e la molarit 472 3 amp Size 485 32 bp Conc 0 62 ngjyl Molarity 1 94 nmol l e Con l analisi dell RNA viene mostrata una stima della dimensione in termini di numero di nucleotidi nt sulle bande riconosciute vengono mostrate anche
155. ati sotto l istogramma blu Tutti gli eventi misurati Tutti gli eventi rispetto al marker blu in questo caso calceina sresssssssressessssssssssessens _ Events Z total of gated H 1 H H H sessesnesessenseneenne e Cellule viventi rispetto a tutte le cellule analizzate elevata fluorescenza della calceina Quando si utilizza il marker della calceina nell istogramma blu per il filtro vengono prese in considerazione solo le cellule viventi per costruire l istogramma del colorante rosso Valori elevati di fluorescenza rossa indicano cellule viventi con anticorpi legati valori bassi di fluorescenza rossa indicano cellule viventi senza anticorpi legati Vedere l esem pio seguente Sommario A 274 Y Indice analitico Valori elevati di fluorescenza indicano legame ad anticorpi marcati fa pi Cc v gt wW o o zZz Valori bassi di fluorescenza indicano la presenza di pochi legami con anticorpi marcati Fluorescence valori vengono visualizzati nella tabella dei risultati sotto l istogramma rosso Percentuale di cellule viventi Percentuale di tutte le cellule con valore elevato di fluore scenza rossa selezionate dal omke Evene _ iotol ll tot anted Quantit di cellule viventi con valore elevato di fluorescenza rossa rispetto al totale di cellule viventi Sommario A 275 V Indice analitico Valutazione del dot plot Quando si passa alla scheda Dot Plot
156. atica vedere la sezione Esportazione automatica di dati d analisi del chip a pagina 314 e la stampa automa tica vedere la sezione Come attivare e configurare la stampa automatica dei report d analisi del chip a pagina 328 non vengono eseguite Per interrompere l analisi 1 Fare clic sul pulsante Stop OPPURE Selezionare Stop Interrompi nel menu nstrument Strumento NOTA L acquisizione dei dati del campione in analisi verr annullata Sommario A 225 V Indice analitico Vengono visualizzati i seguenti messaggi 2100 expert xj d Are you sure you want to stop the run 2 Fare clic su Yes Si per interrompere l analisi del chip Viene visualizzata la finestra di dialogo End of Run Fine analisi 2100 expert End of run x Status Run Aborted File Name Ci osis_00000_2003 11 01_17 58 29 xad Port Demo Instrument Mone No Sampe observaton O v 1 control fix Completed vw 2 1 24h fix Completed x 3 2 24hfix Aborted 4 3 24hfix Aborted 5 424hfx Aborted e 5 24hfx Aborted IV Select file in Data Context Sommario A 226 V Indice analitico 4 Il campione analizzato viene segnalato da un segno verde e solo quelli evidenziati saranno salvati sul file di dati del chip campioni non analizzati saranno identificati da una croce bianca in campo rosso Per visualizzare immediatamente i risultati nel contesto Data and Assay Dati e analisi occorre selezion
157. ave To File PDF Cit alyzeri2100 expert Data lt data file name pdf P V HTML Cil lyzeri2100 expertiData lt data file name gt html n Page Setup Printer Ii Cancel Help Sommario A 328 V Indice analitico NOTA Le impostazioni di Auto Print Stampa automatica sono indipendenti rispetto a quelle effettuate tramite il comando Print Stampa del menu File vedere le sezioni Print Stampa Elettroforesi a pagina 622 e Print Stampa Citometria a flusso a pagina 618 4 Regolare le impostazioni In Print Item Stampa voce selezionare l opzione che deve essere contenuta nel report n Save To File Salva su file possibile reindirizzare le stampe automatiche a file pdf e html Se si selezionano le opzioni PDF e o HTML non verr effettuata alcuna stampa Utilizzare i pulsanti Page Setup Impostazione pagina e Printer Stampante per aprire le finestre di dialogo del sistema che consentono di selezionare una stampante per la stampa automatica e di specificare il supporto di stampa ed il layout della pagina Per dettagli relativi alle opzioni disponibili vedere la sezione Auto Print Stampa auto matica a pagina 633 5 Fare clic su OK per confermare le impostazioni di stampa automatica 6 Fare clic su OK per abilitare la stampa automatica e chiudere la finestra di dialogo Options Opzioni Sommario A 329 V Indice analitico Configurazioni t
158. azione dei risultati Il campione 1 contiene 100 ng pl di proteine L elettroferogramma mostra 2 picchi per 2 diverse proteine che possono essere separati Un picco pu essere trovato a 32 kDa LDH Il campione 2 contiene 60 ng pl di proteine e presenta 3 picchi Il campione 3 contiene 80 ng pl di proteine e presenta 5 picchi Ora vengono definite le seguenti regole la sintassi descritta in Scheda Result Flagging Evidenziazione dei risultati a pagina 557 1 C un picco a 30 kDa 7 Regola 1 PeakFound 30 PER 7 2 La concentrazione totale di proteine superiore a 90 ng pl Regola 2 TotalConcentration gt 90 3 Sono stati trovati da 1 a 5 picchi Regola 3 Rule 3 NumberOfPeaks 5 AND NumberOfPeaks 10 gt lt Regola alternativa 3 Alternative rule 3 NumberOfPeaks BETWEEN 5 10 L applicazione di queste regole nell ordine dato in modalit Normale porta ai seguenti risultati Sommario A 190 V Indice analitico Per il campione 1 la regola 1 verificata e definisce il colore Anche la regola 2 pu essere verificata ma non viene controllata perch la procedura si arresta alla prima regola che risulta verificata Per il campione 2 nessuna delle regole risulta verificata se non sono presenti picchi a 30 kDa 7 Pertanto questo campione avr il colore predefinito Per il campione 3 solo la regola 3 verificata e definisce il colore Sommario A 191Y Indice analitico Esecuzione e valutaz
159. b bordi dell integrazione dei fram menti di DNA rilevati vengono visualizzati nella scheda secondaria Fragment Table Tabella dei frammenti Facendo lo zoom avanti alla base di un particolare frammento consente di vedere i punti iniziale e finale Mettendo il cursore su uno di questi punti fa cambiare la sua forma in una mano indicatrice consentendo di fare clic sul punto e tra scinarlo lungo la linea del frammento fino alla posizione desiderata Sample 7 Spostare gli altri punti iniziali o finali secondo quanto desiderato Sommario A 147 V Indice analitico SUGGERIMENTO La tabella dei frammenti pu essere modificata direttamente sul navigatore delle impo stazioni x Succeeded Number Fragment Name Fragment start time s Fragment end time s Fragment peak 1 x 1 185 36 14 41 57 2 x 2 285 41 57 47 82 lr e e 6 gt l Delete Row Insert Row NOTA La modifica dei punti iniziali e finali dei frammenti provocher la variazione del rap porto rRNA cos come del numero d integrit dell RNA RIN calcolati Pu essere con veniente mettere in pausa l analisi automatica E ectropherogram gt Pause Automatic Analysis Elettroferogramma gt Metti in pausa l analisi automatica fino a che non sono state effettuate tutte le modifiche Sommario A 148 V Indice analitico Impostazione della linea di base per il calcolo della concentrazione di RNA Per bassi r
160. bat eBook pdf n File Edit Document Tools View Window Help pensa a A8 BlKd lt e A E Bookmark v E L Agilent 2100 Bioanalyzer RA H o Quick Start 1 2100 expert User s Guide H About this Manual LEMBASIEN L Operating Basics L Switching Between E Running and Evaluatii L Running and Evaluatii L Configuring 2100 expi Running Instrument C _ Performing Qualificati 2100 expert Software The following step by step instructions summarize the basic steps needed to perform a measurement with the Agilent 2100 bioanalyzer Preparing the A gilent 2100 Bioanalyzer 1 Ensure thatthe proper cartridge is installed in the bioanalyzer You can identify the installed cartridge by the number engraved in its front Engraved number ff Pa Fare clic qui per passare all indice Fare clic qui per passare all indice Rappresenta il numero della pagina correntemente selezionata Torna alla pagina precedente W Passa alla pagina successiva Sommario A13Y Indice analitico Dopo aver scelto un argomento con i segnalibri utilizzare i pulsanti della barra degli stru menti di Acrobat Reader per spostarsi all interno dell argomento Passa alla pagina successiva Torna al menu precedente Fare clic pi volte per annullare pi modifiche di visualizzazione Torna alla pagina
161. calcoli per le aree vengono visualizzati sulla tabella dei risultati posta sotto il dot plot Nelle analisi predefinite disponibile solo un area mentre per le analisi generiche i dot plot possono avere tutte le aree che si desidera Vengono visualizzati i seguenti valori Region Zona La prima zona All Events Tutti gli eventi visualizza sempre i valori degli eventi rilevati Per ogni ulteriore zona vedere la sezione Come aggiungere aree ai dot plot solo analisi generica a pagina 261 viene aggiunta una riga alla tabella XMean XMedio Valore medio della fluorescenza in direzione x YMean YMedio Valore medio della fluorescenza in direzione y Events Numero di eventi per ogni regione inserita nel dot plot N eventi total totale Percentuale di eventi per ogni regione inserita nel dot plot of gated di eventi filtrati rispetto al numero totale degli eventi di filtrati StdDevX Deviazione standard dal valore medio di fluorescenza in direzione x StdDevY Deviazione standard dal valore medio di fluorescenza in direzione y CV X Coefficiente di variazione dei valori x CV Y Coefficiente di variazione dei valori y X GMean Media geometrica del valore x Y GMean Media geometrica del valore y Sommario A 270 V Indice analitico Valutazione delle analisi di colorazione degli anticorpi apoptosi e GFP Con il software 2100 expert vengono forniti diversi tipi predefiniti di analisi Ogni tipo di
162. campione Commento del campione Blue Staining Consente di inserire il nome del colorante che viene utiliz Colorazione blu zato per la colorazione fluorescente blu Sommario A 502 V Indice analitico Red Staining Consente di inserire il nome del colorante che viene utiliz Colorazione rossa zato per la colorazione fluorescente rossa Status Stato Un segno di spunta verde indica che l analisi del campione avvenuta con successo Una croce rossa indica un analisi incompleta o abortita Nessun simbolo sta ad indicare che l analisi del campione non avvenuta Total Events Eventi totali Mostra il numero di eventi rilevati per il campione of Gated di filtrati Mostra il sottoinsieme di cellule determinato dal filtro in percentuale Observation Osservazione effettuata da 2100 expert durante la misura Osservazione zione Chip Lot Numero di lotto del chip N lotto del chip Reagent Kit Lot Numero di lotto del kit di reagenti N lotto del kit reagenti Chip Comments Consente di inserire un testo per documentare l analisi del Commenti sul chip chip Sommario A 503 V Indice analitico Scheda secondaria Study Information Informazioni sullo studio I Study Mame AB Staining 1201 Study Comments Experimenter Kryzelburg Laboratory fe Company wetan Department 124 02 Study Information Per identificare facilmente l analisi possibile aggiungere informa
163. cate le modifiche vengono applicate a tutti i campioni OPPURE Fare clic su No Il marker sar inserito in tutti gli altri istogrammi del canale blu o rosso Quando le propriet di questo marker vengono modificate le modifiche vengono appli cate solo al campione attuale Sommario A 251V Indice analitico Come impostare la direzione del filtro solo analisi generica possibile utilizzare un marker per definire la direzione del filtro In altre parole si defini sce se utilizzare la fluorescenza blu o rossa come filtro per definire un sottoinsieme sugli altri istogrammi Questo dipende anche dal colorante utilizzato possibile impostare entrambe le direzioni per il filtro Per impostare la direzione del filtro 1 Selezionare il marker nell istogramma rosso o blu che si vuole utilizzare come filtro per gli altri istogrammi Il pulsante del filtro corrispondente sulla barra degli strumenti ora abilitato 2 Fare clic su EE o su E per impostare la direzione del filtro OPPURE Fare clic con il pulsante destro del mouse sull istogramma o sulla tabella dei risultati e selezionare Gate in Red Blue histogram Filtro sull istogramma rosso blu sul menu del contesto La direzione del filtro viene visualizzata sulla Barra delle informazioni Se la direzione del filtro gi impostata occorre prima rimuovere il filtro esistente Per rimuovere il filtro 1 Fare clic sul pulsante Remove Gate Rimuovi filtro
164. cazione Vedere la sezione Print Stampa Validazione a pagina 626 Mostra o nasconde il Pannello della struttura ad albero Qua Avvia un analisi di validazione Disponibile solo se stato selezionato per l esecuzione almeno un test di qualificazione stor Interrompe il test di qualificazione che attualmente in corso test gi completati non vengono coinvolti Sommario A 4149 Y Indice analitico Barra degli strumenti del contesto Comparison Confronto Comparison z B k Sa i Pulsante Funzione Comparison p Selezionare una voce da questo elenco per passare ad un altro Instrument contesto Data and Assay Validation i Comparison S Apre una finestra di dialogo che consente di aprire un file di confronto xac o dei dati del chip xad H Salva il file di confronto attuale amp Visualizza laPrint Stampa Confronto finestra di dialogo che con sente di stampare un report del confronto Vedere la sezione Print Stampa Confronto a pagina 629 E Mostra o nasconde il Pannello della struttura ad albero NOTA Se nel contesto confronto selezionato un campione saranno disponibili anche le barre degli strumenti Ge o Electropherogram Elettroferogramma Vedere la sezione Contesto Data and Assay Dati e analisi Barra degli strumenti Electropheresis Elettroforesi a pagina 432 Sommario A 450 V Indice analitico Barra delle informazioni La barra delle informazioni
165. cchi I risultati vengono ricalcolati ogni volta che vengono applicate modifiche alle impostazioni dell analisi dei dati Mette in pausa l analisi automatica Si consiglia di mettere in pausa l analisi durante l integrazione manuale L analisi viene disattivata dati grezzi vengono visualizzati nella scheda Gel e la Peak Table Tabella dei picchi viene cancellata Evidenzia e visualizza il grafico a gel del campione precedente Se viene evidenziato lo standard si viene reindirizzati all ultimo cam pione Non disponibile se viene evidenziato il primo campione Evidenzia e visualizza il grafico a gel del campione successivo Se viene evidenziato l ultimo campione si viene reindirizzati allo stan dard Non disponibile se viene evidenziato lo standard Annulla l ultima azione di zoom panoramica o ridimensionamento Annulla tutte le azioni di zoom pan e ridimensionamento Mette una copia del grafico del gel di tutti i campioni negli appunti A 434V Indice analitico ia Apre una finestra di dialogo di sistema che consente di salvare il gra fico del gel tutti i campioni come immagine in formato JPEG jpg Windows Bitmap bmp o Tagged Image File tif Apre un sottomenu da cui possibile selezionare uno schema di colori predefinito per il primo piano sfondo da utilizzare per la visua lizzazione del grafico del gel tutte le corsie colori sono studiati per approssimarsi ai colori reali dei vari coloranti e tecn
166. cheda Assay Properties Propriet d analisi a pagina 487 ed applicati immediatamente ai risultati della misurazione se presenti Flow cytometry files i nuovi marker e le nuove zone sono ora disponibili per la valutazione e vengono effettuati immediatamente i calcoli sulla base dei nuovi marker e delle nuove regioni vedere i risultati delle tabelle in Scheda Histogram Single Grid View Istogramma Visualizzazione singola a griglia a pagina 540 e in Scheda Dot Plot Single Grid view Visualizzazione singola a griglia a pagina 550 5 Dal menu File selezionare Save Salva per rendere permanenti le modifiche Sommario A 308 V Indice analitico Importazione di informazioni relative a chip campione e studio Sulle sottocartelle Sample Information Informazioni sul campione e Study Information Informazioni sullo studio della scheda Chip Summary Riassunto chip possibile inse rire nomi e commenti relativi a chip campioni e studio Le informazioni qui inserite pos sono essere molto simili a quelle per ulteriori misurazioni del chip e per altre analisi Una volta inserite le informazioni possibile esportarle in un file separato vedere la sezione Esportazione di dati d analisi del chip a pagina 312 che pu poi essere importato in un altro file di dati del chip xad o di analisi xsy evitando di dover digitare di nuovo le informazioni file di importazione esportazione possono avere l estens
167. cheda secondaria Standard Curve Curva standard solo analisi RNA 10 0 30 0 35 0 40 Log 0 45 Mobility mmisecond 0 55 0 60 Sample Information Study Information Instrument Information Una curva standard della mobilit contro la dimensione in scala logaritmica viene stam pata dallo standard di dimensionamento dell RNA per interpolazione lineare Sommario A 507 V Indice analitico Scheda secondaria Standard Curve Curva standard solo analisi Proteina Calibration Curve Y 0 66 X R42 0 9933 1400 1200 Relative Conc pg ml 2 g B L O A pS 200 400 600 800 1000 1200 1400 1600 1800 2000 Standard Conc pa mi Sample Information Study Information Instrument Information Standard Curve E Se sul chip stata aggiunta una proteina standard ed stata selezionata l opzione Use For Calibration Usa per la calibrazione sulla Scheda secondaria Sample Information Informazioni sul campione viene calcolata una curva di calibrazione Vedere la figura sopra riportata come esempio Questa scheda secondaria disponibile solo per le analisi della proteina Sommario A 508 V Indice analitico Scheda Gel Scopo La scheda Gel mostra immagini gel simili dello standard e di tutti i campioni di un chip Assay Properties Chip Summary cal Electropherogram Result Flagging Log Book Local Global
168. chip e su eventi di tutto il sistema Sommario A 486 V Indice analitico Scheda Assay Properties Propriet d analisi Scopo In questa scheda possibile visualizzare e modificare i parametri impostazioni dell ana lisi o del file di dati del chip attuali possibile anche importare marker e aree solo ana lisi citometriche a flusso e impostazioni di altri file d analisi o di dati del chip vedere la sezione Importazione dei dati a pagina 304 Sommario A 487 V Indice analitico Analisi elettroforetiche Assay Properties Chip Summary Gel Electropherogram Assay File Title Location Assay Class Version Modified Comments Copyright 2003 Agilent Technologies General Analysis Settings Number of available sample and ladder wells max 13 Minimum visible range s 19 Maximum visible range s 70 Start analysis time range s 20 End analysis time range s 69 Ladder Concentration ng yl 150 Lower Marker Concentration ng yl 0 Upper Marker Concentration ng yl 0 Used lower marker for quantitation Standard curve fit is Logarithmic Show data aligned to lower marker Result Flagging Eukaryote Total RNA Nano xsy Eukaryote Total RNA Nano Ci rtrassayslelectrophoresisiRNA EukaryoteTotal RNA Nano 1 4 November 20 2003 16 17 26 Intearator Settinas Analysis Ladder Import Setpoints Sommario Normal fd Collapse Z Gene
169. ci dello StrUMENtO ii 361 Esecuzione delle qualificazioni iii 365 Riferimenti software di 2100 Expert 374 Elementi della finestra dell applicazione 2100 Expert iiinn 375 Finestre di dial0 0 ie 580 Collegamenti ed azioni del MOUSE iii 660 Prodotti parti di ricambio ed accessori 669 css 673 Sommario AB5Y Indice analitico Informazioni sulla Guida Il Manuale per gli utenti del software Agilent 2100 expert Fornisce agli utenti esperti e non le informazioni necessarie per eseguire analisi elettroforetiche e citometriche a flusso con il bioanalizzatore Il software consente di gestire il bioanalizzatore 2100 expert con le relative funzioni dia gnostiche nonch di acquisire interpretare e presentare i risultati delle analisi di DNA RNA proteine e cellule se utilizzato con un kit LabChip Sommario ALY Indice analitico Contenuto della Guida Questa Guida fornisce agli utilizzatori del bioanalizzatore le seguenti informazioni Informazioni sulla Guida a pagina 6 contiene una panoramica degli argomenti trattati nella Guida ed elenca le principali novit e funzioni innovative del software 2100 expert Questa sezione fornisce anche un elenco di altre pubblicazioni e spiega come utilizzare lo strumento in modo ottimale Guida rapida all uso a pagina 17 contiene argomenti destinati agli utilizzatori esperti Questa sez
170. clic sul pulsante per visualizzare la finestra di dialogo Color Colore dove possibile selezionare un colore per il marker ed asse gnarlo facendo clic su OK Sommario A 639 V Indice analitico Configure Region Configura area Scopo Questa finestra di dialogo viene utilizzata per impostare le propriet dell area selezionata di un dot plot Configure Region E x Name fegoni 0 Top 343899 Left 6 88 Bottom 0 214 Right 300 58 Region Color canna l Cancel Help Accesso Questa finestra di dialogo pu essere aperta facendo doppio clic su un area o facendo doppio clic sulla riga corrispondente della tabella dei risultati di un dot plot Sommario A 640 V Indice analitico Elementi Name Nome Inserire il nome dell area Nomi facili da ricordare per esempio il colore rendono pi semplice l identificazione dell area Alto basso quattro valori definiscono un area rettangolare Le dimensioni sinistra destra dell area possono essere modificate inserendo valori diversi o trasci nando i bordi con il mouse Region Color Fare clic sul pulsante per aprire la finestra di dialogo Color Colore Colore dell area dove possibile selezionare un colore per l area ed assegnarla facendo clic su OK Sommario A 641 Y Indice analitico Insert Existing Markers Inserisci marker esistenti Scopo Questa finestra di dialogo viene utilizzata per aggiungere marker esistenti all isto
171. clude Marker IV Include Ladder m Print To File TT PDF Filename IT HTML Filename Ci zing_mRNA Pico_00000_2003 06 2 Ci ing_mRNA Pico_00000_2003 06 27_12 50 03 htm dr 7_12 50 03 pd ria Page Setup Printer Preview Cancel Help f 4 In Print Item Stampa voce e Samples Campioni selezionare ci che si desidera stam pare Sommario A 325 V Indice analitico Abilitando le opzioni desiderate possibile stampare una voce o una combinazione delle voci mostrate in questo capitolo possibile stampare dati da un range di pozzetti che devono essere consecutivi scegliere Samples Campioni dal capitolo Samples e quindi inserire i pozzetti che si desidera stampare seguendo le istruzioni visualizzate nella finestra di dialogo Vedere la sezione anche Print Stampa Elettroforesi a pagina 622 Print Stampa Citometria a flusso a pagina 618 per informazioni pi dettagliate NOTA Queste selezioni sono diverse dalle selezioni effettuate in Auto Print Stampa automa tica non si influenzano a vicenda Entrambe saranno utilizzate come predefinite alla stampa successiva anche dopo il riavvio del programma 5 Utilizzare i pulsanti Page Setup Impostazione pagina e Printer Stampante per aprire le finestre di dialogo del sistema che consentono di selezionare una stampante e specificare il supporto di stampa ed il layout della pagina 6 Oppure fare
172. co icon Significato Indica che non stato rilevato un bioanalizzatore Controllare le impostazioni della COM Port Porta COM il cavo di connessione RS 232 e verificare che lo strumento sia acceso Per informazioni pi dettagliate vedere la Guida all installazione e all uso sicuro del Bionalizzatore Agilent 2100 seguenti dati sono ad uso informativo dell utente Nome Significato Name Nome Serial N di serie Cartridge Cartuccia Vendor Produttore Product ID Codice prodotto Firmware File File di firmware Nome personale del bioanalizzatore Numero di serie del bioanalizzatore Tipo di cartuccia Elettrodo o Pressione vedere la sezione Come passare dall analisi elettroforetica all analisi citometrica a flusso e viceversa a pagina 52 Produttore del bioanalizzatore Codice prodotto Agilent del bioanalizzatore Numero della versione del firmware Sommario A 4749 Indice analitico seguenti controlli consentono di selezionare avviare e controllare l analisi di un chip Controllo Significato COM Port Consente di selezionare un bioanalizzatore specificando il numero Porta COM della porta seriale a cui connesso lo strumento Per eseguire un analisi dimostrativa senza utilizzare un bioanalizzatore si pu selezionare Demo Assay Selection Consente di selezionare un tipo di analisi per il chip Sono disponibili Selezione tipo ti anali
173. co d interesse altrimenti i picchi saranno distorti picchi distorti dal picco presentano picchi positivi e negativi su entrambi i lati Per vedere un esempio di questa distorsione aumentare l ampiezza del filtro a 5 Azzeramento della linea di base Tutti gli elettroferogrammi prodotti con il bioanalizzatore mostrano una certa quantit di fluorescenza di fondo Per predefinizione il software 2700 expert consente di abilitare la funzione di azzeramento della linea di base L abilitazione di questa impostazione modifica i grafici visualizzati per ogni singolo pozzetto ma non influenza l analisi Come valore zero della linea di base si utilizza il valore medio di 100 punti prima del tempo della linea di base derivato dal calcolo del rumore di fondo FU IgG reduced IqG reduced Azzeramento della linea di base Sommario A 074 Y Indice analitico Per rimuovere l azzeramento disabilitare la casella Zero Baseline Azzera linea di base sul navigatore delle impostazioni calcolo della linea di base sotto le impostazioni G obal Globale e Advanced Avanzata FU IgG reduced 120 110 100 90 80 IqG reduced 70 60 50 40 30 Linea di base senza azzeramento Sommario A 675 V Indice analitico Bolle d aria Se durante l erogazione il puntale della pipetta non posizionato sul fondo del pozzetto possono formarsi delle bolle d aria e talvolta le bolle d aria si formano anche se si pre
174. come sostituire la cartuccia seguire le istruzioni riportate nella sezione Come passare dall analisi elettroforetica all analisi citometrica a flusso e viceversa a pagina 52 Accensione del Bionalizzatore Agilent 2100 1 Verificare che il bioanalizzatore sia connesso alla rete di alimentazione ed al PC 2 Spostare l interruttore posto sul retro dello strumento in posizione di accensione Il LED di stato sul lato anteriore del bioanalizzatore deve accendersi Coperchio LED di stato Sommario A18Y Indice analitico Il LED di stato indica lo stato attuale dello strumento Segnale Significato Luce verde Lo strumento acceso e pronto per l analisi Verde Analisi in corso lampeggiante Arancio Lo strumento occupato per esempio sta eseguendo lampeggiante l autodiagnostica Luce rossa Lo strumento non pronto per l analisi Spegnere lo strumento e riac cenderlo Se il problema persiste rivolgersi al Servizio di assistenza Agilent Sommario A19Y Indice analitico Esecuzione di un analisi 1 Peravviare il software 2100 expert sul PC connesso fare doppio clic sulla seguente ico na visualizzata sul desktop se 2100 expst Dopo l avvio del software viene visualizzato il contesto nstrument Strumento 2100 expert Eile Context View Assays Instrument Tools Windows Help 1e H DA DE11700058 mRNA Pico Al Instruments Instrument w y DE11700058 W Instrument 2 Instrument Diagnosti
175. con le analisi RNA Pico 11 campioni e con le analisi Protein il numero massimo di cam pioni 10 Nella preparazione del chip vedere Preparazione di campioni e chip per l analisi elettroforetica a pagina 74 seguire la sequenza dei pozzetti del campione Per esempio se si vogliono analizzare 3 campioni riempire i pozzetti 1 2 e 3 del chip Sommario A 739 Indice analitico Preparazione di campioni e chip per l analisi elettroforetica Prima di poter riempire un chip occorre preparare il campione Per sapere come prepa rare i campioni vedere le varie Guide dei kit reagenti disponibili per ogni kit LabChip Vedere questi documenti per ulteriori informazioni e specifiche analitiche In generale la preparazione di un analisi elettroforetica implica i seguenti passaggi Verificare di avere a disposizione tutto quello che elencato nella guida del kit reagente corrispondente Essere coscienti che ci possono essere piccole ma importanti differenze tra le diverse analisi anche per lo stesso tipo di molecole per esempio tra l analisi DNA 1000 e DNA 7500 Assicurarsi si avere familiarit con le pratiche d analisi essenziali vedere la sezione che segue Prima di eseguire la prima analisi RNA decontaminare gli elettrodi Preparare tutte le miscele di reagenti per esempio la miscela gel colorante Caricare la miscela gel colorante utilizzando la stazione di priming Caricare la soluzione di marker DNA RNA Caricare il chip
176. con standard campioni e tampone in base al tipo di analisi Sommario AT74Y Indice analitico Pratiche d analisi essenziali Analisi elettroforetica Generale AVVISO Indossare adeguate protezioni per occhi e mani e seguire la buona pratica di labo ratorio durante la preparazione e la manipolazione di reagenti e campioni AVVISO Non sono disponibili dati relativi alla mutagenicit o tossicit del colorante rea gente DMSO Dato che il colorante si lega agli acidi nucleici deve essere trattato come sostanza potenzialmente mutagena ed utilizzato con la dovuta attenzione Le miscele di DMSO devono essere manipolate con particolare cautela dato che il DMSO noto per facilitare l ingresso di molecole organiche nei tessuti Si racco manda fortemente l utilizzo di un doppio paio di guanti durante la manipolazione delle miscele di DMSO e Maneggiare e conservare tutti i reagenti secondo quanto indicato dalle Guide dei kit reagenti e Evitare sorgenti di polvere o altri contaminanti Corpi estranei presenti nei reagenti nei campioni o nei pozzetti del chip possono interferire con i risultati dell analisi e Durante l erogazione del liquido inserire sempre il puntale della pipetta fino sul fondo del pozzetto Posizionando il puntale della pipetta sul bordo del pozzetto si possono ot tenere risultati scarsi a causa della formazione di bolle sul fondo del pozzetto Sommario A 75Y Indice analitico e Proteggere il colorante e la m
177. controlla tra le altre cose il trasferimento dei dati o le procedure di analisi Sommario A 681 Y Indice analitico Fit punto a punto Questo fit della curva composto di segmenti di linea che congiungono ogni coppia di punti dei dati e vengono utilizzati per interpolare i dati compresi tra questi punti Flow Cytometry Standard FCS Il formato FCS lo standard utilizzato nella citometria a flusso per scambiare dati tra diverse applicazioni Flusso elettroforetico Un fenomeno macroscopico risultante da un doppio strato elettrico formato dagli ioni del fluido e dalle cariche elettriche superficiali immobilizzate sulle pareti del capillare Quando viene applicato un campo elettrico la soluzione sfusa si muove verso uno degli elettrodi catodo Gli elettrodi risiedono nel serbatoio che connette alla parte terminale dei vari capillari potenziali degli elettrodi vengono applicati ai diversi serbatoi per tempi diversi per spostare il fluido nella direzione richiesta canali riempiti di gel del dispositivo LabChip non presentano un flusso determinabile a causa del rivestimento dinamico del canale e della viscosit della matrice polimerica Flusso elettroosmotico Un fenomeno risultante da un doppio strato elettrico formato dagli ioni di un fluido e dalle cariche elettriche superficiali immobilizzate sulle pareti del capillare Quando viene applicato un campo elettrico la soluzione sfusa si muove verso uno degli elettrodi Questo
178. cs Instrument Ai Assay Selection i Assay Sa Cartridge Electrode a Data andjAssay Vendor AGILENT Technologies ars Rai Ra Sp Product ID G29386 Assay File Cil coresisiRNAIMRNA Pico xsy Laf Validation m Name DE11700058 Serial DE11700058 Firmware File C 01 03F COM Port Data File Destination Default C nalyzer 2100 expertiData Comparison C Custom Z ibility Test xNA Wet test imRNApico File Prefix frico expert m Data Acquisition Parameters Run sample T to fr el Assay Comments Auto Export Auto Print Auto Rur 4 Sommario Connected to DE11700058 at COM 1 10 2 2003 3 53 PM A420Y Indice analitico L icona nell angolo in alto a sinistra della scheda nstrument Strumento indica lo stato del bioanalizzatore icone Significato Fa Bioanalizzatore rilevato il coperchio aperto Bioanalizzatore rilevato Il coperchio chiuso ma nessun chip inserito Il bioanalizzatore non stato rilevato Controllare l impostazione dell opzione COM Port Porta COM vedere figura al punto 3 il cavo di connessione RS 232 il cavo di alimentazione e l interruttore di accensione Per informazioni sull impostazione del bioanalizzatore e sulla sua connessione al PC consultare la Guida all installazione e alla me
179. cted High Voltage Stability Test Tests high voltag 0 Not selected HW fecurarw Check nf Fhe hinh nll Met selected z Test Properties ID 30 Name Fan Test Description Tests if instrument fan is working Sommario A 570Y Indice analitico Test disponibili Colonne Apply Applica Name Nome Consente di selezionare il test di qualificazione da eseguire Nome del test di qualificazione Descrizione Breve descrizione dei test di qualificazione Runs Mostra quante volte il test di qualificazione stato eseguito in questa N di esecuzioni validazione Status Stato Per ogni test di qualificazione viene mostrato lo stato corrente e Not Selected Non selezionato e Selected Selezionato e Executing In esecuzione e Execution pending In attesa di esecuzione e Executed passed Eseguito passato e Executed failed Eseguito fallito Pulsanti Select All Seleziona tutti i test di qualificazione per l esecuzione Seleziona tutti Unselect All Deseleziona tutti i test di qualificazione Deseleziona tutti Sommario A 571 Y Indice analitico Test Properties Propriet del test Mostra D Name Nome ed una Description Descrizione del test di qualificazione che stato selezionato sulla scheda Available Tests Test disponibili Sommario A 572 Y Indice analitico Scheda Results Risultati Scopo La tabella Results Risultati consente di vedere risultati dettaglia
180. da Log Book Registro mostra eventi dell analisi del chip sulla tabella di registro dell analisi Per esempio possibile vedere quando e da chi stata effettuata una data analisi Assay Properties Chip Summary Gel Electropherogram Result Flagging Log Book Description Source Category Sub Category Time Stamp Run Started on port 1 Instrument 09 10 2003 10 04 38 Product ID 629388 Instrument 09 10 2003 10 04 38 Instrument Name Instrument 09 10 2003 10 04 38 Vendor Agilent Instrument 09 10 2003 10 04 38 Serial Number DE11700058 Instrument 09 10 2003 10 04 38 Version C 01 03a Instrument 09 10 2003 10 04 38 Clamshell CLADI Instrument 09 10 2003 10 04 38 Anche errori e problemi dell hardware o del software vengono riportati dal registro di analisi Accesso La scheda Log Book Registro disponibile se un file di dati del chip xad stato sele zionato nel contesto Data and Assay Dati ed analisi Sommario A 565 V Indice analitico Run Log Table Tabella del registro di analisi La tabella del registro d analisi composta dalle seguenti colonne Description Messaggio di testo che descrive la voce del registro d analisi Descrizione Number Numero dell errore Numero Source Origine Origine che ha lanciato la voce del registro d analisi Lettore Strumento o Interfaccia utente Category Misurazione Sistema Riservata Campione o Analisi Categoria User Ut
181. dard Sommario A 515 V Indice analitico Molarity nmol l i 6 Molarit nmol 1 Molarity EOMCentrationx 10 660 x Size Dove La concentrazione viene misurata in nanogrammi per microlitro ng l La dimensione viene misurata in coppie di basi bp 660 il peso molecolare di una singola coppia di basi Observations Informazioni aggiuntive sul picco come ad esempio possibili Osservazioni comigrazioni o indicazioni sui frammenti attesi e RNA Le colonne predefinite sono Peak Number L ordine in cui i picchi sono stati rilevati Numero del picco colonna all estrema sinistra Second column simboli presenti in questa colonna indicano il tipo di picco per Seconda colonna esempio marker inferiore Time corrected area L area del picco viene corretta in base al tempo di migrazione ed Area corretta alla linea di base Sommario A 516 V Indice analitico e Protein Proteina Le colonne predefinite sono Peak Number L ordine in cui i picchi sono stati rilevati Numero del picco colonna all estrema sinistra Second column simboli presenti in questa colonna indicano il tipo di picco Seconda colonna ad esempio marker superiore o inferiore Size kDa La dimensione della proteina misurata in kilodalton Dimensione kDa Rel Conc ug ml Concentrazione relativa di proteina misurata in microgrammi per millilitro derivata dal rapporto con il marker superiore La con centrazione p
182. dei dati provenienti da analisi della proteina costituito dai seguen ti punti 1 dati grezzi dei singoli campioni vengono letti e memorizzati dal sistema 2 dati vengono filtrati e vengono preparati gli elettroferogrammi di tutti i campioni Dopo l analisi possibile cambiare le impostazioni dell analisi dei dati e rianalizzare i dati con le nuove impostazioni 3 Vengono identificati i picchi di tutti i campioni e vengono messi in tabella secondo l ID del picco Si possono modificare le impostazioni dell algoritmo di ricerca dei picchi e ria nalizzare i dati al termine dell analisi Si ricorda che le impostazioni di ricerca del picco possono essere cambiate per tutti o solo per alcuni campioni Sommario A 129 V Indice analitico 4 Per prima cosa si analizza uno standard di dimensionamento vedere l elettroferogram ma di esempio seguente costituito da una miscela di proteine di dimensioni diverse e conosciute e posto nel pozzetto dello standard Le concentrazioni e le dimensioni delle singole proteine sono preimpostate nell analisi come kDa e non possono essere modi ficate Size kDa Observations a 6 0 Lower Marker 9 0 Ladder Peak 14 4 Ladder Peak 21 5 Ladder Peak 29 0 Ladder Peak 32 5 Ladder Peak 53 0 Ladder Peak 66 7 Ladder Peak eee I E SO AN rrrrrrra Sommario A 130 Y Indice analitico 5 In base allo standard di dimensionamento viene re
183. dei risultati Sommario A 441 Y Indice analitico Contesto Data and Assay Dati e analisi Barra degli strumenti Log Book Registro pa Pulsante Funzione j Apre la casella di dialogo Find Trova che consente di ricercare una stringa nella tabella del file di registro y Apre la casella di dialogo Filter Events Filtra eventi che consente di nascondere le voci della tabella del file di registro righe che soddi sfano i criteri specificati A Rimuove tutti i filtri applicati alla tabella del file di registro dell analisi NOTA La barra degli strumenti Log Book Registro disponibile anche nella finestra di dia logo System Log Viewer Visualizzatore file di registro Vedere la sezione System Log Viewer Visualizzatore del registro di sistema a pagina 656 Sommario A 448 V Indice analitico Barra degli strumenti del contesto Validation Validazione Validation Oee E Qaa Pulsante Funzione validation p Instrument Data and Assa i Validation Comparison 4i Selezionare una voce da questo elenco per passare ad un altro contesto Inizia una nuova validazione ed inserisce una voce New Validation Nuova validazione nella struttura ad albero Visualizza una finestra di dialogo del sistema che consente di aprire un file dei risultati di validazione xvd Visualizza la Print Stampa Validazione finestra di dialogo che con sente di generare vari report dei test di qualifi
184. del campione attualmente analizzato Sopra il grafico viene visualizzato il nome del campione analizzato in quel momento Il grafico una rappresen tazione in diretta del tempo di migrazione rispetto alle unit fluorescenti per esempio dati grezzi comprendenti la fluorescenza di fondo File Context View Assays Instrument Tools Windows Help Instrument X B E H Demo DNA 1000 Running All Instruments Instrument Diagnostics w E Demo 2100 expert _DNA Name COM Port Demo Instrument g Instrument 2 n n K Fi SE Assay Selection pag t g pag 5558y i ya Cartridge Data and Assay 3 Vonir Start Stop Run x Stop P i DNA LabChip Product ID Assay File Ci oresis Demo DNA 1000 xsy si ne Validation j S Firmware Simulation Mode Data File Cih 2003 11 07 14 11 42 xad Chip Comparison Sample 2 Fluorescence 300 FR I E CD VV CD I E D I DD CD paaa 40 50 60 70 80 90 100 110 120 Time s Chip Setup Raw Signals Injecting Offline Demo Mode 11 7 2003 14 12 Auto Export Auto Print Auto Run Sommario A 82 Y Indice analitico Il numero del campione analizzato in quel momento viene indicato sulla barra delle infor mazioni Q Running La barra di stato mostra il nome del campione misurato in quel momento una barra di avanzamento mostra il grado di avanzamento del processo di analisi del campione attuale non per tutta l an
185. del chip possibile documentare l analisi inseren do informazioni relative al chip ai campioni ed allo studio 1 Nel contesto Data and Assay Dati e analisi selezionare la scheda Chip Summary Riassunto chip 2 Nella scheda secondaria Sample Information Informazioni campione possibile inse rire informazioni aggiuntive come nomi dei campioni e commenti Nella scheda secon daria Study Information Informazioni studio per esempio possibile inserire l indirizzo del laboratorio ed il nome dello sperimentatore Sommario A 39V Indice analitico Assay Properties Chip Summary Gel Electropherogram Result Flagging Log Book Data File Demo DNA 1000 xad Location Ci ti2100 Bioanalyzeri2100 expertidata samplesidemo electrophoresis Created March 31 2003 4 50 42 PM Modified October 30 2003 11 32 13 AM E 3 E DNA LabChip Software Created by version A 00 00 5I1000 Sample Name Sample Comment Rest Digest Status Observation Result Flagging 1 PCR Mix 1 25 35 50 53 70 90 100 10 O vv 2 PCRMix2 150 158 200 210 300 315 O pei 3 PCR Mix 3 500 550 600 650 700 750 D v 4 PCR Mix1 25 35 50 53 70 90 100 10 D pe F 150 158 200 210 300 315 O v 6 PCR Mix 3 500 550 600 650 700 750 DO vy 7 PCR Mix 1 25 35 50 53 70 90 100 10 O y 8 PCR Mix2 150 1
186. di base viene rilevata per Sommario A 122 V Indice analitico segnali fluttuanti o per pendenza della linea di base L anomalia del rapporto ribosomiale rivela un rapporto inatteso tra l area del frammento 28S e quella del frammento 18S L anomalia relativa al tipo di campione inatteso viene rilevata per campioni con un profilo dell RNA totale anomalo rispetto allo standard L elettroferogramma seguente mostra un esempio di anomalia non critica nell area successiva Assay Properties Chip Summary cel Electropharacram Result F aggng Log 3cok Samale 3 Li anomaly in the post region Zode Cescription Category 1 A 2 147 220 104 Lnexoected signal in sost recion Analysis Sommario A 123 Y Indice analitico Risoluzione dei problemi del RIN Per ottenere risultati significativi e riproducibili il marker inferiore e le bande ribosomiali devono essere definiti correttamente Sebbene l identificazione dei frammenti riboso miali sia stata potenziata in rari casi per esempio analizzando campioni di RNA degra dati la linea di base del frammento non impostata correttamente In questo caso l utilizzatore deve regolare manualmente le impostazioni della linea di base Esempio Identificazione non corretta da parte del software dei frammenti ribosomiali RIN 7 2 Sample 7 I Sommario A 124 V Indice analitico Numero d integrit dell RNA dopo la regolazione manuale RIN 5 7 Per in
187. di dialogo Page Setup Impostazione pagina che Impostazione consente di impostare le dimensioni l orientamento ed i margini della pagina pagina Vedere anche la sezione Page Setup Impostazione pagina a pagina 648 Printer Apre la finestra di dialogo Print Setup Impostazioni di stampa che Stampante consentono di selezionare una stampante ed impostare le dimensioni e l orientamento della stampa Sommario A 620 V Indice analitico Preview Apre la finestra di dialogo Report Preview Anteprima report che Anteprima visualizza un anteprima di tutte le pagine che saranno stampate Vedere anche la sezione Report Preview Anteprima report a pagina 650 Cancel Annulla Esce dalla finestra di dialogo senza stampare Print Save Se stata selezionata un opzione qualsiasi in Save To File Salva su Stampa Salva file il pulsante riporter l etichetta Save Salva altrimenti Print Stampa Print avvia la stampa Save Salva avvia la scrittura della stampa in file pdf e o html Sommario A 621 Y Indice analitico Print Stampa Elettroforesi Scopo Questa finestra di dialogo viene utilizzata per impostare le opzioni di stampa dei file di dati del chip elettroforetico o dei file di analisi ed avviare la stampa TT Electropherogram P Calibration Curve I Assay Details JV Gel Like J Standard Curve TT Result Tables Wells Options e sl Wells ipres 1 per page ad D Uk P Excdude
188. di fluorescenza del marker corrispondente Max Valore massimo di fluorescenza del marker corrispondente Events Eventi Numero di eventi coperti dal marker Per l istogramma utilizzato per il filtro il numero di tutti gli eventi rilevati viene visualizzato sulla riga All Events Tutti gli eventi total totale di eventi selezionati in rapporto al numero totale di eventi La riga All Events Tutti gli eventi riporta 100 of gated di eventi coperti dal marker nell istogramma filtrato Nessun valore di filtrati per l istogramma del filtro Mean Media Valore medio di fluorescenza di tutti gli eventi all interno del marker StdDev Deviazione standard dal valore medio CV Coefficiente di variazione GMean Media geometrica Sommario A 258 V Indice analitico L istogramma che visualizza i dati filtrati pu mostrare i seguenti dati Marker Tutti gli eventi questa riga mostra i dati di tutti gli eventi coperti dal marker inserito Le righe seguenti mostrano i dati di tutti gli eventi coperti dal marker inserito Quando si utilizza un analisi predefinita la voce potrebbe essere per esempio Annexin V su sottoinsieme Min Valore minimo di fluorescenza del marker corrispondente Max Valore massimo di fluorescenza del marker corrispondente Events Eventi Numero di eventi coperti dal marker Per l istogramma utilizzato per il filtro il numero di tutti gli eventi rilevati viene visualizzato sulla riga All Even
189. diversi segnali fluo rescenti rosso e blu L intensit del segnale fluorescente dipende dalla quantit di colo rante legato alle cellule e pertanto dalla propriet specifica delle cellule e dalle propriet fisiche del colorante stesso Il bioanalizzatore 2100 Agilent consente di determinare il numero di cellule caratterizzate da uno specifico pattern di fluorescenza Per esempio per differenziare le cellule vive da quelle morte si pu utilizzare un colo rante non fluorescente che diventa fluorescente quando viene metabolizzato da cellule viventi Dopo la colorazione con questo tipo di cellule le cellule viventi avranno un valore di fluorescenza decisamente pi elevato rispetto alle cellule morte Il secondo colorante potrebbe legarsi ad un marker superficiale specifico di una sottopopolazione di cellule Questo consente di determinare il numero di cellule viventi che contengono il marker d interesse Per la valutazione 2100 expert visualizza i risultati in forma di istogrammi e dot plot Sommario A 197 V Indice analitico Generazione degli istogrammi 2100 expert conteggia gli eventi li ordina e li visualizza sotto forma di istogrammi in base all intensit della loro fluorescenza Per ogni colore misurato un istogramma visualizza il numero degli eventi correlato all intensit della fluorescenza Un alto numero di eventi con un valore di fluorescenza elevato significa che stato rilevato un numero elevato di cellule contenen
190. e Scheda Gel a pagina 509 Include nella stampa le tabelle dei risultati Include nella stampa il grafico di una curva di calibrazione Vedere la sezione Scheda Chip Summary Riepilogo chip a pagina 497 Include nella stampa il grafico di una curva standard Vedere la sezione Scheda Chip Summary Riepilogo chip a pagina 497 A 623 Y Indice analitico Wells Pozzetti All Wells Stampa riassunti e statistiche per tutti i campioni Tutti i pozzetti Wells Pozzetti Stampa riassunti e statistiche solo per i campioni selezionati Options Opzioni Consente di selezionare quanti elettroferogrammi stampare per pagina Ha influenza sulla stampa solo se E ectropherogram Elettroferogramma selezionato in Print Item Voci di stampa anche possibile e Escludere marker e Includere standard Save To File Salva su file PDF Reindirizza la stampa ad un file pdf Facendo clic sul pulsante si apre una finestra di dialogo del sistema che consente di specificare una directory di destinazione di propria scelta HTML Reindirizza la stampa ad una serie di file html Facendo clic sul pul sante si apre una finestra di dialogo del sistema che consente di specificare una directory di destinazione di propria scelta Sommario A 624 V Indice analitico Buttons Pulsanti Page Setup Apre la finestra di dialogo Page Setup Impostazione pagina che Impostazione consente di impostare le dimensioni
191. e Daily Ogni giorno in cui vengono generati dati di analisi del chip viene cre Subdirectories ata una sottodirectory con il formato di denominazione Crea AAAA MM GG nella directory selezionata per la memorizzazione sottodirectory dei dati per esempio 2003 08 22 giornaliere Sommario A 589 V Indice analitico Options Chip Alert Opzioni Avviso chip Scopo Sulla scheda Chip Alert Avviso chip della finestra di dialogo Options Opzioni possi bile specificare che il bioanalizzatore emetta un segnale sonoro quando l analisi stata completata ed il chip deve essere rimosso dal bioanalizzatore Agilent 2100 xl Data Files Chip Alert Graph Settings Advanced Alert Sound C off Default Sound Ci xpert ConfigurationiRemoveChip way Custom Sound p tping way doc Accesso Aprire questa finestra di dialogo selezionando Tools gt Options Strumenti gt Opzioni e facendo clic sulla scheda Chip Alert Avviso chip Sommario A 590 V Indice analitico Elementi Off Spento Disattiva l avviso sonoro Default Sound Suono standard per l avviso sonoro del chip Suono predefinito Custom Sound Consente l utilizzo di un suono personalizzato per l avviso sonoro Suono possibile utilizzare qualsiasi file wav Fare clic sul pulsante alla personalizzato destra del campo di testo per aprire una finestra di dialogo per la sele zione del file Il nome del file sar visua
192. e Prerescence Fiugrescence Fiucrescence Fiuorescance Total events 1702 of gated 46 Total events 1752 of gated 45 3 i naher i Max Fiverts Mari Ac240 Pie 5 24h fie b o adevents 0 01 73 18 1702 Adfverts Calco AremCY5 Cali Armes CY5 To calcsin an all events GERI eo z k 10 ia ir a ideni Eo Zo n sine A 5 s 5 5 d n Rumi o 0 Sept o 100100000 10A0101010 010 104030101000 103000101010 Prese Puerescence Pareso Muorescance Total events 1719 So of gated 433 Total events 1735 sol gated 44 5 4 4 l Come navigare tra i vari campioni In qualsiasi momento anche durante l analisi di un chip possibile scorrere i campioni sia in formato istogramma che in formato dot plot Per navigare tra i campioni utilizzare Pannello della struttura ad albero 1 Se non visibile l albero selezionare View gt Tree View Visualizza gt Visualizzazione albero Il pannello della struttura ad albero viene visualizzato alla sinistra della scheda e mostra tutti i file con i dati dei chip ed i file di analisi come nodi 2 Fare clic sul nome di un campione L istogramma o il dot plot del campione vengono visualizzati in visualizzazione singola Sommario A 232 Y Indice analitico Per navigare tra i campioni utilizzare Pannello inferiore 1 2 Se non visibile il pannello inferiore View gt Tree View Visualizza gt Visualizzazione albero Il pannello inferiore viene visualizzato nell angolo in basso a si
193. e al valore del picco marker Per esempio il limite calcolato pu essere troppo alto per trovare i marker del campione se questi per qualsiasi ragione dovessero essere molto piccoli Pu accadere che non venga tro vato nessun marker o che i marker acquisisca i picchi errati e questi non siano allineati con i marker dello standard Di conseguenza il software tenta di utilizzare il limite di altezza minima del picco che se impostato su un valore sufficientemente basso iden tificher i marker corretti consentendo l allineamento del campione NOTA Dopo l allineamento vengono mostrati i picchi con i relativi tempi di migrazione che sono diversi rispetto ai tempi reali dei picchi non allineati Sommario A 155 V Indice analitico Manual Integration Integrazione manuale Nell analisi di DNA e proteina il software 2100 expert consente di integrare manual mente i picchi L integrazione manuale consente di spostare aggiungere o eliminare le linee di base dei picchi SUGGERIMENTO Per spostare la linea di base di un picco puntare lungo la linea verticale premere il tasto CTRL ed il pulsante sinistro del mouse Per spostare la linea di base del picco puntare lungo il segnale e premere solo il pulsante sinistro del mouse Esempio Regolazione della linea di base del picco Per modificare manualmente la linea di base del picco 1 Evidenziare la scheda E ectropherogram Elettroferogramma nel contesto Data and Assay Dati e analisi e fa
194. e anche definizioni delle regole per l evidenziazione dei risultati e Esportazione delle regole di evidenziazione dei risultati a pagina 322 Sommario A 3119 Indice analitico Esportazione di dati d analisi del chip Per esportare i dati d analisi del chip 1 2 Passare al contesto Data and Assay Dati e analisi Sul Pannello della struttura ad albero selezionare un file di dati del chip xad o caricare un file Nel menu File selezionare Export Esporta Se si seleziona un file di dati del chip elettroforetico viene visualizzata la finestra di dia logo Export Options Opzioni di esportazione Elettroforesi Se si seleziona un file di dati del chip citometrico a flusso viene visualizzata la finestra di dialogo Export Options Opzioni di esportazione Citometria a flusso Selezionare le categorie da esportare e specificare una directory di destinazione Vedere la sezione Export Options Opzioni di esportazione Elettroforesi a pagina 607 o Export Options Opzioni di esportazione Citometria a flusso a pagina 603 per informazioni pi dettagliate sulle opzioni d esportazione NOTA Tenere in considerazione che l esportazione di un file di dati del chip pu richiedere fino a 20 MB di spazio su disco In particolare gli elettroferogrammi ed immagini gel simili come file tif o bmp possono occupare molto spazio sul disco Fare clic su Export Esporta Sommario A 312 V Indice analitico Vengono vi
195. e azioni di zoom Mette una copia del dot plot selezionato negli appunti Apre una finestra di dialogo di sistema che consente di salvare il dot plot selezionato come immagine in formato Windows Meta File wmf Windows Bitmap bmp o JPEG jpg Apre la finestra di dialogo Configure Region Configura area Disponi bile solo se sull istogramma viene selezionata un area Elimina l area selezionata Se l area utilizzata anche da altri dot plot apparir un messaggio che richiede se si desidera rimuo verla da tutti i dot plot che la utilizzano o solo dal dot plot attuale Sommario A 555 V Indice analitico Facendo clic con il pulsante destro su una tabella dei risultati appare il seguente menu GR Export Configure Columns dar Copy To Clipboard Ctrl C G Configure Region Delete Region ENTF Sono disponibili le seguenti funzioni Export Esporta Apre una finestra di dialogo del sistema che consente di salvare la tabella dei risultati come file csv Configure Apre la finestra di dialogo Configure Columns Configura colonne Columns Configura colonne Copy To Clipbo Mette la tabella dei risultati negli appunti La tabella pu essere ard Copia negli anche incollata in un altra applicazione come ad esempio MS appunti Excel Se viene selezionata una parte della tabella verr copiata solo questa parte Configure Apre la finestra di dialogo Configure Region Configura area
196. e contengono le propriet dell analisi le impostazioni di acquisizione dei dati ed informazioni su chip campione e studio Sommario A 680 V Indice analitico File XVD File dei risultati di validazione di 2100 expert file contengono i risultati dei test di qualificazione relativi all hardware ed al software del bioanalizzatore file xvd vengono memorizzati nella sottocartella validation della cartella d installazione del 2100 expert Per ogni test di validazione viene generato un file xvd Nel nome del file vengono inclusi data e ora di esecuzione del test di validazione Esempio Validation _25 09 2003_10 28 40 Filtro dati La prima operazione che 2700 expert esegue nell analisi dei dati grezzi l applicazione del filtro La filtrazione dei dati agisce per mezzo di un filtro polinomiale che viene applicato ai dati grezzi L impostazione dell ordine polinomiale sul navigatore delle impostazioni determina la quantit di dati da applicare minore il numero e pi saranno i dati applicati e maggiore la filtrazione che avviene Filtro polinomiale La prima operazione che 2700 expert esegue nell analisi dei dati grezzi l applicazione del filtro La filtrazione dei dati agisce per mezzo di un filtro polinomiale che viene applicato ai dati grezzi Firmware Il firmware un programma che controlla l hardware del bioanalizzatore Agilent 2100 Viene scaricato dal computer al bioanalizzatore Agilent 2100 e
197. e di 2100 Expert a pagina 344 fornisce le linee guida per la configurazio ne del software 2100 expert e Esecuzione della diagnostica dello strumento a pagina 356 spiega come utilizzare i test diagnostici per controllare il corretto funzionamento dell hardware del bioanalizza tore e Esecuzione delle qualificazioni a pagina 365 spiega come validare il sistema del bio analizzatore e Riferimenti software di 2100 Expert a pagina 374 descrive tutti gli elementi dell inter faccia utente del software 2100 expert ad esempio le diverse aree del display i menu le barre degli strumenti e le finestre di dialogo e Prodotti parti di ricambio ed accessori a pagina 669 elenca tutte le parti di ricambio e gli accessori compresi i numeri di riordino necessari per le analisi elettroforetiche e citometriche a flusso e Glossario a pagina 673 spiega la terminologia utilizzata nel contesto dell analisi cito metrica a flusso e dell analisi elettroforetica e descrive i termini specifici dell hardware e del software del bioanalizzatore Per eventuali domande su argomenti non trattati in questa Guida consultare la lettera tura supplementare elencata nella sezione Documenti correlati a pagina 9 Se non si riesce a trovare una risposta in nessuno dei documenti citati possibile anche richie dere l assistenza degli esperti Agilent all indirizzo http www agilent com chem labonachip Sommario ASY Indice analitic
198. e di impostazione di analisi dei dati a pagina 307 6 Selezionare una Destination Destinazione per il file di dati del chip xad generato come risultato dell analisi del chip Destination Default C 2100 Bioanalyzeri2100 expertiData Custom C 2100 Bioanalyzeri2100 expertiData e File Prefix 2100 expert Data Acquisition Parameters Run sample E to 6 Default Fixed time 240 seconds Number of Cells 1000 events nand no longer than 240 seconds Sommario A 211V Indice analitico 7 Se necessario modificare i Parametri di acquisizione dei dati a Inserire il numero di campioni che si desidera analizzare Nella preparazione del chip vedere la sezione Preparazione di campioni e chip per l analisi citometrica a flusso a pagina 213 seguire la sequenza dei pozzetti del campione Per esempio se si vogliono analizzare 3 campioni riempire i pozzetti 1 2 e 3 con i campioni ed i pozzetti restanti con la soluzione di tampone cellulare b Selezionare la modalit di acquisizione dei dati Selezionare Default Predefinito se si desidera impostare il tempo di analisi sul valore predefinito 240 s campione Tra parentesi viene mostrato il tempo massimo OPPURE Selezionare Fixed time Tempo fisso ed inserire il tempo in s di durata dell analisi di ogni campione OPPURE Selezionare Number of Cells Numero di cellule ed inserire il numero minimo di ev
199. e solo un marker per ogni filtro marker aggiuntivi possono essere utilizzati per valutare statisticamente parti diverse dell istogramma Se l opzione Hide superset curve Nascondi curva sovraimposta disabilitata sul navigatore delle impostazioni vedere la sezione Scheda Assay Properties Propriet d analisi a pagina 487 vengono visualizzate due righe aggiuntive sulla tabella dei risul tati dell istogramma filtrato La curva sovraimposta mostra un istogramma di tutti gli eventi misurati il filtro non viene considerato La tabella dei dati pu essere esportata per ulteriori valutazioni in altre applicazioni Vedere la sezione Esportazione dei dati a pagina 311 NOTA L aspetto grafico della tabella dei risultati pu essere configurato vedere la sezione Configurazioni tabelle a pagina 330 Pertanto non tutti i valori sotto elencati potreb bero essere visibili Sommario A 257 V Indice analitico Il contenuto della tabella dei risultati dipende dalla direzione del filtro L istogramma che viene utilizzato per il filtro pu visualizzare i seguenti risultati Marker Tutti gli eventi Questa riga mostra i dati di tutti gli eventi misurati per esempio tutte le cellule viventi e morte Le righe seguenti mostrano i dati del sottoinsieme di cellule definito dai marker inseriti Quando si utilizza un analisi predefinita la voce potrebbe essere per esempio Calceina per tutti gli eventi Min Valore minimo
200. e un colore per la regola Tutti i campioni che soddisfano la regola saranno evidenziati con questo colore vedere la sezione Indicazione del colore a pagina 183 Se la casella di controllo Gradient Gradiente abilitata possibile assegnare un gradiente di colore ad ogni regola per esempio per visualizzare differenze nella concentrazione anche possibile creare regole aggiuntive Add Rule copiare regole esistenti Copy Rule e rimuoverle Delete Rule Selezionare la regola che si desidera copiare rimuovere o modificare dall elenco delle regole nella parte alta della scheda Utilizzare i pulsanti Move Up Sposta in alto e Move Down Sposta in basso per definire la sequenza delle regole In modalit normale la prima regola dell elenco sar controllata per prima Se il campio ne non soddisfa questa regola verr controllata la seconda regola e cos via La regola predefinita sempre l ultima regola dell elenco e non pu essere spostata 10Fare clic su Apply Rules Applica regole per validare le regole ed applicarle ai risul tati dell analisi se presenti 11Se viene visualizzato il messaggio Regole non valide le regole non vengono applica te Fare clic su OK e controllare la sintassi delle regole 12 Sul menu File selezionare Save Salva per memorizzare le regole nel file di dati del chip o di analisi attuale Sommario A 189 V Indice analitico Esempio Result Flagging Evidenzi
201. e un utilizzo efficace dell interfaccia grafica di 2100 expert Left click Clic con il pulsante sinistro Risultato Sul Barre degli strumenti Sul Pannello della struttura ad albero Sul Pannello inferiore icona del chip o piccola immagine gel simile In Grid View Visualizzazione a griglia Sommario Attiva le funzioni associate al pulsante Contesto Data and Assays Dati e analisi sele ziona un file o passa alla visualizzazione a griglia All Samples o singola di un elettroferogramma un immagine gel simile un istogramma o un dot plot Contesto nstrument Strumento Contesto stru mento seleziona un bioanalizzatore o passa alla visualizzazione a griglia All Instruments Seleziona un campione e visualizza il suo elettrofe rogramma immagine gel simile istogramma o dot plot Contesto Data and Assays Dati e analisi sele ziona un elettroferogramma un istogramma rosso o blu o un dot plot Contesto nstrument Strumento seleziona uno strumento A 663 V Indice analitico Left click Clic con il pulsante sinistro Risultato In Single View Visualizzazione singola Nelle tabelle tabella dei picchi tabella dei frammenti ecc Sul navigatore delle impostazioni Istogrammi seleziona un marker Dot Plot seleziona un marker Sul lato sinistro della finestra di elettroferogrammi e immagini gel simile mostra nasconde il naviga tore delle impostazioni Gel View Visu
202. eate a csv file containing result table values Export textual list files one file per sample Create FCS standard files one file per sample Export the Dot Plot image one file per sample Export the blue and red histogram images one file per sample Export the complete data file into self describing XML format E Formats ssi Formats Cancel Help Result Tables Tabelle dei risultati Sample Data Dati del campione Sommario Crea un file csv contenente le tabelle dei risultati Tutti i campioni misurati vengono esportati in un file Esporta file elenco di testo csv un file per campione dati dell evento sono indirizzati ad utenti avanzati che desiderano analiz zare in dettaglio i dati Sono compresi la data e l ora in cui l evento stato misurato ed anche i valori della fluorescenza blu e rossa A 6012 V Indice analitico FCS Data Dati FCS Dot Plot Images Immagini dot plot Histogram Images Immagini di isto grammi Crea file FCS standard fcs un file per campione Questo il formato standard per dati della citometria a flusso Esporta le immagini dot plot di tutti i campioni un immagine per campione Facendo clic sul pulsante si apre una finestra di dialogo che con sente di selezionare i seguenti formati delle immagini Windows Bitmap bmp JPEG jpg e Windows Meta File wmf Sono possi bili selezioni multiple Esporta le immagini d
203. ectory personale per specificare un altra directory Sommario A 346 V Indice analitico 2 Selezionare la casella di controllo Create Daily Subdirectories Crea sottodirectory gior naliere per impostare la creazione di sottodirectory giornaliere Questa opzione consente di organizzare al meglio i file di dati dei chip Se viene selezio nata questa opzione tutte le volte che viene effettuata l analisi di un chip il sistema crea nella directory di destinazione una sottodirectory chiamata AAAA MM GG per esempio 2003 08 22 Tutti i file di dati del chip generati nel giorno specificato ven gono salvati in questa sottodirectory 3 Fare clic su OK per confermare le modifiche Sommario A 347 W Indice analitico Come impostare un segnale di avviso acustico Al termine dell analisi di un chip necessario rimuovere il chip dal bioanalizzatore E possibile attivare un avviso acustico che segnala quando effettuare questa operazione Per impostare un segnale di avviso acustico 1 Selezionare Tools gt Options Strumenti gt Opzioni per visualizzare la finestra di dialo go Options Opzioni 2 Fare clic sulla scheda Chip Alert Avviso chip per portarla in primo piano x Data Files Chip Alert Graph Settings Advanced Alert Sound off Default Sound Cil xpert ConfigurationiRemoveChip wayw Custom Sound PApingwav E Sommario A 348 V Indice analitico 3 Selezionare Off Spento p
204. ed histogram Filtro per istogramma rosso Gate in blu histogram Filtro per istogramma blu Show Data Points Mostra punti dei dati Configure Marker Configura marker Delete Marker Elimina marker Apre una finestra di dialogo di sistema che consente di salvare l isto gramma selezionato blu o rosso come immagine in formato Windows Meta File wmf Windows Bitmap bmp o JPEG jpg Utilizza il marker selezionato dell istogramma blu per filtrare l isto gramma rosso solo analisi generiche Utilizza il marker selezionato dell istogramma rosso per filtrare l isto gramma blu solo analisi generiche Mostra nasconde i punti dei dati utilizzati per generare l elettrofero gramma selezionato Apre la casella di dialogo Configure Marker Configura marker vedere la sezione Configure Marker Configura marker a pagina 638 che consente di modificare le propriet del marker selezionato Disponibile solo se viene selezionato un marker Elimina il marker selezionato Se il marker utilizzato anche da altri istogrammi apparir un messaggio che richiede se si desidera rimuo verlo da tutti gli istogrammi che lo utilizzano o solo dall istogramma attuale Sommario A 547 V Indice analitico Facendo clic con il pulsante destro su una tabella dei risultati viene visualizzato il seguente menu Ga Export Configure Columns iz Copy To Clipboard Ctrl C CAJE Gate in Red Histogram G Conf
205. edere l acquisizione dei dati da due bioanalizzatori in parallelo D Demo Sample 2 Demo 2100 expert_GFl Demo 2100 expert_DN v a G v O n 2 Ei TE pz v De 103 10 10 10 10 103 10 Blue Fluorescence Total Events 523 of gated 1 9 Demo Ladder 4 b Sommario A470 V Indice analitico Elementi Entrambi i pannelli sono etichettati con il nome dell analisi ed il campione attualmente misurato Per una descrizione dettagliata degli elettroferogrammi e dot plot in diretta vedere la sezione Scheda Instrument Strumento Visualizzazione singola a pagina 472 Azioni e Utilizzare la barra degli strumenti vedere la sezione Menu Tile Affianca a pagina 425 per modificare la visualizzazione e Fare clic e trascinare con il mouse per eseguire lo zoom dei grafici e Fare clic con il pulsante destro sui pannelli ed utilizzare il menu del contesto per ulteriori azioni vedere la sezione Scheda Instrument Strumento Visualizzazione singola a pagina 472 e Facendo doppio clic su uno dei pannelli si viene rinviati alla Scheda Instrument Stru mento Visualizzazione singola Sommario A 41719 Indice analitico Scheda Instrument Strumento Visualizzazione singola Scopo La scheda nstrument Strumento consente di configurare ed avviare l analisi di un chip Durante l analisi del chip possibile visualizzare i risultati delle misurazioni dati grezzi Instrument Name D
206. egli appunti Apre una finestra di dialogo di sistema che consente di salvare il dot plot selezionato come immagine in formato Windows Meta File wmf Windows Bitmap bmp o JPEG jpg A 418 V Indice analitico Voci del menu Funzione Dot Plot Insert Region Entra nella modalit di disegno delle aree consentendo di dise Inserisci area Delete Region Elimina area Configure Region Configura area Insert Region into all dot plots Inserisci area in tutti i dot plot Insert Existing Region Inserisci area esistente Horizontal Gate Filtro orizzontale Sommario gnare una nuova regione sul dot plot Il cursore del mouse diventa un puntatore a croce Elimina l area selezionata Se l area utilizzata anche da altri dot plot apparir un messaggio che richiede se si desidera rimuo verla da tutti i dot plot che la utilizzano o solo dal dot plot attuale Apre la casella di dialogo Configure Region Configura area vedere la sezione Configure Region Configura area a pagina 640 che consente di modificare le propriet di un area selezionata solo analisi generiche Copia l area selezionata in tutti gli altri dot plot dell analisi del chip solo analisi generiche Apre la casella di dialogo nsert Existing Region Inserisci area esi stente vedere la sezione Insert Existing Region Inserisci area esistente a pagina 644 che consente d inserire nel dot plot attuale un area esistente
207. egli istogrammi di tutti i campioni due immagini istogramma rosso e blu per campione Facendo clic sul pulsante si apre una finestra di dialogo che con sente di selezionare i seguenti formati delle immagini Windows Bitmap bmp JPEG jpg e Windows Meta File wmf Sono possi bili selezioni multiple Export to XML Scrive il contenuto completo del file xad in un file xml Esporta in XML Sommario A 613 Y Indice analitico Cartella di Electrophoresis Data Export Esportazione dei dati elettroforetici Auto Export i x Flow Cytometry Data Export Default Export Directories m Electrophoresis Export IV Result Tables TT Exclude Markers TT Include Ladders IV Sample Data IV Gel Image Export the gel image IV s one image TT Each lane separately IV Electropherogram Images TT Export to XML Create a csv file containing result table values TT Strip off Excluded Peaks Export textual list files one file per sample Export the electropherogram of each sample as a separate file Export the complete data file into self describing XML format Vocal Formats EA Formats e Formats Cancel Help Result Tables Tabelle dei risultati Sommario Crea un file csv contenente le tabelle dei risultati Tutti i campioni misurati vengono esportati in un file Durante l esportazione possi bile e Escludere marker e Includere standard e Togliere i picch
208. ei dati a pagina 140 Sommario A 525 V Indice analitico Scheda Electropherogram Single Grid View Elettroferogramma Visualizzazione singola griglia Scopo La scheda Electropherogram Elettroferogramma mostra gli elettroferogrammi di tutti i campioni compreso lo standard di un chip per tutti i campioni visualizzazione a griglia o per un singolo campione visualizzazione singola Gli elettroferogrammi sono grafici risultanti dal tempo di migrazione rispetto alle unit fluorescenti Sommario A 526 V Indice analitico Grid View Visualizzazione a griglia Sommario A 527 V Indice analitico Single View Visualizzazione singola Assay Properties Chip Summary Gel Electropherogram Result Flagging Log Book Local Global Normal bs Collapse NEB 1 kb ladder Integration start time s 26 Integration end time s 99 Slope Threshold 0 8 Area threshold 0 Height threshold FU 8 Peak filter width s 0 5 A v o e d 3 Es di Results PeakTable Legend Errors defaults po cence _Heb Sommario A 528 V Indice analitico Accesso La scheda Electropherogram Elettroferogramma sempre disponibile e Nel contesto Data and Assay Dati e analisi se viene selezionato un file di dati di un chip elettroforetico xad e Nel contesto Comparison Confronto se stato selezionato un file di confronto o uno dei suoi campioni Electro
209. elezionate le cartelle Ge o Electropherogram Elettroferogramma viene visualizzato il nome della scheda seguito dal nome del campione selezionato Electropherogram Sample 3 Gel Sample 3 Sommario A 4533 Y Indice analitico Barra del contesto La barra del contesto situata sulla sinistra della finestra dell applicazione Instrument Ira Data and Assay Validation Comparison Facendo clic sulle icone della barra del contesto possibile passare da un contesto all altro e Contesto Instrument Strumento vedere la sezione Contesto Instrument Strumento a pagina 38 e Contesto Data and Assay Dati e analisi vedere la sezione Contesto Data and Assay Dati e analisi a pagina 40 e Contesto Validation Validazione vedere la sezione Contesto Validation Validazione a pagina 41 e Contesto Comparison Confronto vedere la sezione Contesto Comparison Confronto a pagina 43 Sommario A 454 V Indice analitico SUGGERIMENTO Per avere pi spazio nell area di lavoro possibile nascondere la barra del contesto selezionando View gt Context Bar Visualizza gt Barra contesto Sommario A 455 V Indice analitico Pannello della struttura ad albero Il pannello della struttura ad albero situato sulla sinistra della finestra dell applicazione SUGGERIMENTO Per avere pi spazio nell area di lavoro possibile nascondere il pannello della strut tura ad albero selezionando View gt
210. elezionato Vedere la sezione Print Stampa Confronto a pagina 629 Quando si fa clic con il pulsante destro sul nome di un campione nella parte superiore della struttura ad albero il menu del contesto presenta i seguenti comandi Voce del menu Funzione Delete Sample Rimuove il file selezionato dal file di confronto from Comparison File Elimina campione dal file di confronto Sommario A 463 V Indice analitico Nella parte inferiore della struttura ad albero facendo clic con il pulsante destro sul nome di un campione apre un menu del contesto con le seguenti funzioni Voce del menu Funzione Add Sample to Aggiunge il campione selezionato al file di confronto attualmente Comparison File selezionato nella parte superiore della struttura ad albero Aggiungi campione a file di confronto Add Sample to Crea un nuovo file di confronto e vi aggiunge il campione selezionato New Comparison File Aggiungi campione a nuovo file di confronto SUGGERIMENTO Facendo doppio clic sul nome di un campione nella parte inferiore della struttura ad albero o trascinando il nome di un campione nella struttura ad albero si pu aggiun gere il campione corrispondente al file di confronto attualmente selezionato nella parte superiore della struttura ad albero Oppure se non viene selezionato un file crea un nuovo file di confronto ed aggiunge ad esso il campione Sommario A 464 V Indice analitico Pannel
211. ell attuale sequenza di regole Tutte le regole vengono applicate successivamente Se la regola successiva applica bile ilcodice colore cambia nel codice colore definito dalla regola altrimenti viene man tenuto il colore precedente Pertanto l ultima regola valida definisce il colore del campione Questa modalit viene definita modalit obiettivo perch le ultime regole ri finiscono il risultato del codice colore Il primo codice colore il pi generico mentre l ultimo il pi specifico Sommario A 558 V Indice analitico Area di definizione della regola e Assisted Advanced Assistita Avanzata Passa dalla modalit Assistita alla modalit Avanzata e viceversa e Label Expression Espressione dell etichetta Consente di comporre una descrizione della regola utilizzando funzioni variabili e strin ghe Se la regola selezionata applicabile l etichetta del risultato definita sar visua lizzata nella Scheda secondaria Results Risultati Scheda Gel o Electropherogram e nella scheda riassuntiva del chip colonna Result Label Etichetta risultato e IF Expression Espressione Se Consente di comporre un espressione in base a funzioni variabili ed operatori logici e Comment Commento Consente d inserire un commento relativo alla regola e Color Colore Consente di selezionare un codice colore da utilizzare per evidenziare i campioni che soddisfano la regola Selezionando Gradient Gradiente possibile sce
212. ente L utente che era registrato sull Host quando stata creata la voce del registro d analisi Host Nome del computer da cui stata avviata l analisi del chip Time Stamp Data e ora in cui stato creato il registro d analisi Data e ora La tabella del registro d analisi viene salvata come parte del file di dati del chip xad e non pu essere eliminata Sommario A 566 V Indice analitico Menu del contesto Facendo clic con il pulsante destro sulla tabella del registro d analisi si provoca l apertura di un menu del contesto Hide Column Show All Columns Columns Column Width Sort by Event Sort Filter Find Export Hide Column Nascondi colonna Show All Columns Mostra tutte le colonne Columns Colonne Column Width Larghezza colonna Sommario Nasconde la colonna selezionata Mostra tutte le colonne Apre una finestra di dialogo che consente di nascondere mostrare e riordinare le colonne Apre una finestra di dialogo che consente di ridimensionare la colonna selezionata A 567 V Indice analitico Sort by Event Ordina per evento Sort Ordina Filter Filtro Find Trova Ordina la tabella in base alla colonna Category Categoria ascen dente Ordina la tabella in base alla colonna selezionata Apre la finestra di dialogo Filter Events Filtra eventi che consente di nascondere le voci della tabella che soddisfano i criteri s
213. enti che deve essere misurato Nel campo and no longer than Non pi di inserire il tempo massimo in s di durata di una misurazione indipendentemente dal raggiungimento del numero di eventi definito Tra parentesi viene mostrato il tempo massimo NOTA Il tempo totale di analisi per un chip limitato a 1440 s Il singolo tempo d analisi di un campione dipende dal numero di campioni misurati per ogni chip Se deve essere ana lizzato un solo campione il tempo di analisi pu essere impostato fino a 1441 s Sommario A 212 V Indice analitico Preparazione di campioni e chip per l analisi citometrica a flusso AVVISO Diverse sostanze come ad esempio i coloranti possono essere potenzialmente tossiche cancerogene o mutagene Pertanto opportuno seguire le istruzioni di sicurezza presenti sulla scheda di sicurezza del colorante oltre alle Guide dei kit di reagenti Leggere anche le Pratiche d analisi essenziali Analisi citometrica a flusso a pagina 215 Prima di poter riempire un chip occorre preparare il campione Per identificare il proto collo da utilizzare per preparare i campioni vedere le varie Note applicative disponibili per ogni analisi La preparazione del campione e del chip descritta dettagliatamente nella Guida dei kit di reagente disponibile per ogni kit LabChip Sommario A 213 Y Indice analitico Reagenti per il chip Per preparare il chip per l analisi occorre aggiungere diversi reagenti L i
214. enti selezionati dal marker nell istogramma filtrato di filtrati in rapporto agli eventi che hanno passato Il filtro Mean Media Valore medio di fluorescenza StdDev Deviazione standard dal valore medio CV Coefficiente di variazione GMean Media geometrica NOTA anche possibile escludere colonne dalla tabella dei risultati Fare clic con il pulsante destro del mouse sulla riga del titolo della tabella e selezionare Configure Columns Configura colonne sul menu del contesto Per informazioni pi dettagliate vedere la sezione Configure Columns Configura colonne a pagina 636 Sommario A 545 V Indice analitico Menu del contesto In Single View Visualizzazione singola sono disponibili due menu del contesto Facendo clic con il pulsante destro su un istogramma viene visualizzato il seguente menu 37 Undo Zoom Ctrl z L Undo All tar Copy Graph To Clipboard E Save Graph To File GATE Gate in Red histogram GATE Gate in Blue histogram 3 Show Data Points Ctrl D G Configure Marker XK Delete Marker ENTF Sono disponibili le seguenti funzioni Undo Zoom Annulla l ultima azione di zoom Annulla zoom Undo All Annulla tutte le azioni di zoom Annulla tutti Copy Graph Mette una copia dell istogramma selezionato blu o rosso negli To Clipboard appunti Copia grafico negli appunti Sommario A 546 V Indice analitico Save Graph To File Salva grafico su file Gate in R
215. er disattivare l avviso acustico OPPURE Selezionare Default sound Suono predefinito per utilizzare l avviso acustico standard OPPURE Selezionare Custom Sound Suono personalizzato per specificare un file wav da utiliz zare come avviso acustico 4 Fare clic su Play Esegui per ascoltare l avviso acustico 5 Utilizzare il cursore scorrevole Alert interval Intervallo di avviso per specificare l inter vallo di tempo dopo cui l avviso deve essere attivato L intervallo pu essere impostato su un valore compreso tra 1 e 15 secondi 6 Fare clic su OK per confermare le modifiche Sommario A 349 V Indice analitico Come specificare le impostazioni grafiche risultati delle misurazioni dei campioni possono essere confrontati sovrapponendo i relativi elettroferogrammi o istogrammi Per ottimizzare la visualizzazione ottimale possibile configurare i colori delle curve e regolare la scala nei grafici sovrapposti Per modificare le impostazioni grafiche 1 Selezionare Tools gt Options Strumenti gt Opzioni per visualizzare la finestra di dialo go Options Opzioni 2 Fare clic sulla scheda Graph Settings Impostazioni grafiche per portarla in primo piano options toi xl Data Files Chip Alert Graph Settings Advanced r Signal Color Signali TT Signal5 D Signals TT Sigal2 B Signal 6 M Signal 10 RI Signal3 TTT Signal CT Signal 11 I Signal 4 0 Signals I Signal 12 B Cancel
216. ere analizzati e valutati mentre l analisi di un chip ancora in corso Sommario A 237 Y Indice analitico Utilizzo degli istogrammi per la valutazione Gli istogrammi sono rappresentazioni grafiche dei risultati d analisi dove il numero degli eventi cellule viene mappato sull asse Y ed il loro valore di fluorescenza sull asse X Le curve risultanti mostrano la distribuzione della frequenza degli eventi in relazione ai valori dell intensit della loro fluorescenza come mostrato nell immagine seguente Negli isto grammi reali la barra ridotta ad un punto punto dati 100 75 a Sono state rilevate 50 cellule con intensit di fluorescenza tra 30 e 40 W Event Count 10 3040 100 1000 Fluorescence Intensity Gli istogrammi possono essere valutati statisticamente con marker che consentono di definire i range dei valori d intensit della fluorescenza Un istogramma pu essere utiliz zato per rappresentare un intervallo di valori di fluorescenza per la definizione di un sotto insieme di eventi Solo le cellule che hanno un valore di fluorescenza che cade all interno di questo intervallo vengono visualizzate nel secondo istogramma Questo metodo detto filtro Sommario A 238 V Indice analitico Marker marker vengono utilizzati per definire un intervallo di valori d intensit della fluore scenza in un istogramma limiti superiore ed inferiore dell intervallo vengono visualizzati come linee verticali come
217. ere la sezione Come passare dall analisi elettroforetica all analisi citometrica a flusso e viceversa a pagina 52 Avviare il software 2100 expert Ulteriori dettagli in Avvio di 2100 Expert a pagina 34 Selezionare un tipo di analisi citometrica a flusso Vedere la sezione Selezione di un tipo di analisi citometrica a flusso per l analisi di un chip a pagina 208 Preparare chip e campioni Vedere la sezione Preparazione di campioni e chip per l analisi citometrica a flusso a pagina 213 e la relativa Nota applicativa e Guida del kit di reagenti Caricare il chip nel bioanalizzatore Per informazioni dettagliate vedere la sezione Caricamento del chip per le cellule nel bioanalizzatore a pagina 217 Avviare l analisi del chip Questa analisi descritta nella Esecuzione di un analisi citometrica a flusso a pagina 220 Sommario A 206 V Indice analitico AI termine dell analisi del chip possibile e Dare una prima occhiata ai risultati vedere la sezione Visualizzazione dei risultati d analisi Citometria a flusso a pagina 230 e Documentare l analisi del chip vedere la sezione Inserimento di informazioni relative a chip campione e studio a pagina 228 e Analizzare e valutare i risultati Utilizzo degli istogrammi per la valutazione a pagina 238 Utilizzo dei dot plot per la valutazione a pagina 260 Valutazione delle analisi di col
218. ersion B 01 00 51094 10 2 2003 4 03 44 PM Check of directory structure Passed C Program Files Agilent 2100 Bioanalyzeri2100 expert Darcad CiDranram Filaci finilanH 21 NN Rinanalusari21NN avnartHdatatcamniasidamalfin cutamatru Per informazioni su come visualizzare ulteriori dettagli sulla scheda Results Risultati vedere la sezione Scheda Results Risultati a pagina 573 Sommario A 3719 Indice analitico 13A questo punto possibile selezionare altre categorie di test ed eseguire ulteriori test di qualificazione 14Se un test non viene completato correttamente possibile ripeterlo premendo Repeat Ripeti annullarlo premendo Abort Annulla oppure ignorarlo e proseguire con quello successivo premendo Continue Continua 2100 expert Lid Sensor Test failed O Do you want to Re Perform Lid Sensor Test Abort Continue 15Se si chiude il file dei risultati di validazione File gt Close File gt Chiudi e si tenta di passare ad un altro contesto o si chiude 2100 expert viene visualizzato il seguente messaggio Validation File will no longer be active All results upto the last run will be saved as a read only file Do you want to continue Selezionare No per tornare al contesto di validazione dove possibile eseguire altri test di validazione Selezionare Yes S per chiudere il file dei risultati di validazione xvd e impostarlo come file di sola lettura Sommario A 372 Y Ind
219. esportazione dei dati della citometria a flusso Result Tables Tabelle dei risultati Sample Data Dati del campione FCS Data Dati FCS Dot Plot Images Immagini dot plot Sommario Crea un file csv contenente le tabelle dei risultati Tutti i campioni misurati vengono esportati in un file Esporta file elenco di testo csv un file per campione dati dell evento sono indirizzati ad utenti avanzati che desiderano analiz zare in dettaglio i dati Sono compresi la data e l ora in cui l evento stato misurato ed anche i valori della fluorescenza blu e rossa Crea file FCS standard fcs un file per campione Questo il formato standard per i dati di citometria a flusso e pu essere processato uti lizzando per esempio l applicazione FCS Express In FCS Express i dati del bioanalizzatore che coprono sei ordini di grandezza 0 01 105 saranno visualizzati sull asse x nel range da 1 1024 Esporta le immagini dot plot di tutti i campioni un immagine per cam pione Facendo clic sul pulsante si apre una finestra di dialogo che con sente di selezionare i seguenti formati delle immagini Windows Bitmap bmp JPEG jpg e Windows Meta File wmf Sono possi bili selezioni multiple A 604 Y Indice analitico Histogram Esporta le immagini degli istogrammi di tutti i campioni due immagini Images istogramma rosso e blu per campione Immagini Facendo clic sul pulsante si apre una fin
220. esto ed i dati non sono ancora stati salvati Fare clic su Yes S per salvare le modifiche apportate ai file selezionati e chiudere 2100 expert Se si desidera salvare le modifiche solo su file specifici selezionare i file dall elenco con un clic del mouse Per impostazione predefinita vengono selezionati tutti i file con modifiche non salvate Fare clic su No 2100 expert per uscire senza salvare le modifiche Per continuare ad usare 2100 expert fare clic su Cancel Annulla Viene ripristinata la sessione di 2100 expert e le modifiche vengono annullate Sommario A 51Y Indice analitico Come passare dall analisi elettroforetica all analisi citometrica a flusso e viceversa Il bioanalizzatore Agilent 2100 supporta le analisi elettroforetiche DNA RNA e proteina e l analisi citometrica a flusso come l apoptosi Il bioanalizzatore utilizza due cartucce diverse per l analisi elettroforetica e per quella citometrica a flusso Cartuccia ad elettrodo per Cartuccia a pressione per analisi elettroforetiche analisi citometrica a flusso Sommario A 52 Y Indice analitico e La cartuccia ad elettrodo contiene 16 elettrodi che combaciano con i pozzetti dei chip per DNA RNA e Proteina Ogni elettrodo della cartuccia viene alimentato separatamen te Tutte le analisi elettroforetiche DNA RNA e Proteina richiedono una cartuccia ad elettrodo La cartuccia ad elettrodo riporta il numero 1 inci
221. estra di dialogo che con di istogrammi sente di selezionare i seguenti formati delle immagini Windows Bitmap bmp JPEG jpg e Windows Meta File wmf Sono possi bili selezioni multiple Export to XML Scrive il contenuto completo del file xad in un file strutturato xml Esporta in XML Impostazioni della directory di esportazione Default La directory di destinazione predefinita Data nella cartella Predefinito d installazione di 2100 expert Custom Una directory di destinazione di propria scelta Utilizzare il pulsante Personalizzata alla destra del campo di testo per aprire la finestra di dialogo Browse for folder Sfoglia per la cartella Create Daily Se selezionato nella directory di destinazione viene creata una sotto Subdirectories directory con il formato di denominazione AAAA MM GG ed i dati Crea d esportazione vengono scritti in questa directory sottodirectory giornaliere Sommario A 605 V Indice analitico Pulsanti Export Esporta Fare clic su questo pulsante per esportare i dati selezionati Per ogni categoria di dati viene visualizzata la finestra di dialogo Save As Salva con nome dove inserire i nomi dei nuovi file e le directory di destinazione Sommario A 606 V Indice analitico Export Options Opzioni di esportazione Elettroforesi Scopo Questa finestra di dialogo viene utilizzata per esportare i dati del chip elettroforetico in diversi formati E
222. estra di dialogo viene visualizzata facendo clic sul pulsante nsert region into all dot plots Inserisci area in tutti i dot plot Elementi L area inserita pu essere utilizzata come area di riferimento Quando si modifica l area di riferimento saranno modificate anche tutte le aree inserite nel campione Yes S Utilizza l area selezionata come area di riferimento No Stabilisce che le regioni inserite nei dot plot non devono essere modi ficate quando viene modificata l area di riferimento Vedere anche la sezione Come inserire un area in tutti i dot plot a pagina 267 per infor mazioni dettagliate sulle aree di riferimento Sommario A 646 V Indice analitico Copy Marker Copia marker Scopo Per confermare o saltare l utilizzo del marker attualmente selezionato come marker di riferimento per tutti i campioni Copy Marker 5 x Do you want to copy the marker as reference w Accesso La finestra di dialogo viene visualizzata facendo clic sul pulsante nsert selected marker into all histograms Inserisci i marker selezionati in tutti gli istogrammi Elementi Il marker selezionato attualmente pu essere utilizzato come marker di riferimento Quando si modifica il marker di riferimento saranno modificati anche tutti i marker inse riti nel campione Yes Si Fare clic su Yes per utilizzare il marker attualmente selezionato come riferimento No Fare clic su No se tutti i marker
223. etria a flusso Data and Assay SH amp AE a ES Pulsante Funzione Data and Assay i Data and Assay validation Comparison Sommario Selezionare una voce da questo elenco per passare ad un altro contesto Apre la finestra di dialogo Open Apri che consente di caricare file di dati del chip e di analisi Salva il file di dati del chip o d analisi attuale Apre la casella di dialogo Print Stampa che consente di inviare dati del chip e dell analisi alla stampante Vedere la sezione Print Stampa Elettroforesi a pagina 622 e Print Stampa Citometria a flusso a pagina 618 Mostra o nasconde il Pannello della struttura ad albero Mostra o nasconde il Pannello inferiore con l icona del chip o l imma gine di sovrapposizione del gel A 441 V Indice analitico Pulsante Funzione a Passa alla visualizzazione dell elettroferogramma vedere la sezione Scheda Histogram Single Grid View Istogramma Visualizzazione singola a griglia a pagina 540 Passa alla visualizzazione del dot plot vedere la sezione Scheda Dot Plot Single Grid view Visualizzazione singola a griglia a pagina 550 Histogram View Visualizzazione istogramma Be iH E Overlaid Samples HE OOX ME ME T ae O B Sommario Visualizza l istogramma attuale in formato singolo Passa al formato di visualizzazione a griglia ed evidenzia l isto gramma attuale Annulla l ultima az
224. ew Elettrofero gramma Visualizzazione singola griglia il pannello inferiore mostra una piccola visua lizzazione del gel tutti i pozzetti L i fi fe an Sg pai fsi RN 20 ni aa Sommario A 466 V Indice analitico Una corsia della piccola immagine gel simile indicata da un rettangolo Questa la cor sia selezionata che corrisponde al pozzetto sul chip Facendo clic su una corsia diversa si provocher la selezione di quella corsia ed il grafico dell elettroferogramma sar aggiornato per visualizzare ed evidenziare l elettrofero gramma associato Facendo clic su corsie differenti con il tasto CTRL premuto si provoca la sovrapposizione degli elettroferogrammi della corsie selezionate Le corsie sovrapposte sono indicate con una linea tratteggiata La piccola immagine gel simile sincronizzata con la Scheda Electropherogram Sin gle Grid View Elettroferogramma Visualizzazione singola griglia Questo significa che se si selezionano o si sovrappongono i campioni utilizzando il Menu Electrophero gram Elettroferogramma per esempio le corsie associate vengono indicate di conse guenza sulla piccola immagine gel simile Sommario A 467 V Indice analitico Quando ha inizio una nuova analisi del chip la immagine gel simile del gel vuota e la prima corsia il pozzetto dello standard risulta selezionata Dopo l acquisizione dei dati il rettangolo attorno alla corsia passer da sinistra a destra evidenziando la cors
225. ezionato da un file di confronto Contesto Data and Assays Dati e analisi sele ziona un campione Elettroferogrammi visualizza un menu del contesto con diverse voci per la valu tazione e la modifica del campione selezionato Istogrammi seleziona l istogramma blu o rosso Contesto nstrument Strumento seleziona un bioanalizzatore ed apre un menu del contesto che fornisce funzioni per la visualizzazione del grafico Elettroferogrammi visualizzazioni gel istogrammi e dot plot visualizza un menu del contesto con diverse voci per la valutazione e la modifica A 666 V Indice analitico Clic con il pulsante destro Risultato Sulla Barra del titolo Nelle tabelle tabella dei picchi tabella dei frammenti ecc Apre un menu del contesto per ridimensionare la finestra e per chiudere l applicazione Apre un menu del contesto per l esportazione dei dati e la personalizzazione della tabella Trascinamento Risultato In Single View Visualizzazione singola Sommario Esegue lo zoom avanti sul grafico Negli elettrofe rogrammi sono possibili anche operazioni di pano ramica e modifica della scala Istogrammi il puntatore del mouse diventa una mano indicatrice che consente di spostare orizzon talmente il marker Dot Plot negli angoli dell area il puntatore del mouse diventa una doppia freccia che consente di ingrandire o ridurre l area A 667 V Indice analitico Trascinamento Risultato
226. fatta determina il colore del campione Tutte le regole vengono applicate successivamente La prima regola applicabile al campione ne defini sce il colore Occorre quindi partire con la regola pi specifica Se questa non applica bile possibile che sia applicabile una regola meno specifica Se nessuna delle regole definite applicabile la regola predefinita finale definisce il codice colore In modalit Target Obiettivo tutte le regole vengono applicate successivamente Se la regola successiva applicabile il codice colore cambia nel codice colore definito dalla regola altrimenti viene mantenuto il colore precedente Pertanto l ultima regola valida definisce il colore del campione Questa modalit viene definita modalit obiettivo per ch le ultime regole rifiniscono il risultato del codice colore Il primo codice colore il pi generico mentre l ultimo il pi specifico possibile definire le regole di evidenziazione gi dall analisi oppure dopo che termi nata l analisi del chip modificare queste regole o definirne di nuove nel file di dati del chip ed applicarle ai risultati dell analisi Le regole definite possono anche essere salvate caricate ed applicate ad altri file di dati Sommario A 179 V Indice analitico SUGGERIMENTO Gli esempi di questo capitolo sono stati presi dall analisi dimostrativa Demo Protein 200 Plus xsy che viene fornita con il software 2700 expert Questa analisi dimostra t
227. fenomeno pu essere utilizzato per spostare i fluidi all interno di microcanali Sommario A 682 V Indice analitico Forze elettrocinetiche Le forze elettrocinetiche vengono utilizzate per spostare invertire e separare i campioni Il controllo attivo sui gradienti di voltaggio dirige il movimento dei materiali utilizzando il fenomeno del flusso elettroforetico Istogramma Gli istogrammi sono grafici a barre utilizzati per visualizzare ad esempio una distribuzione di frequenza L Lab on a chip Laboratorio su chip Termine generico utilizzato per i prodotti microfluidici con cui si intende un processo chimico o uno spostamento di materiali che avviene in un microchip In contrasto con le analisi eseguite in un laboratorio standard che si affida all intervento umano in diversi stadi per la manipolazione o l osservazione del campione e per la registrazione dei risultati il lab on a chip completamente autonomo e rappresenta una tecnologia in cui l intervento umano ridotto al minimo La tecnologia lab on a chip riporta alle dimensioni di un chip le tecniche del laboratorio analitico standard e Utilizzando tecniche come l elettroforesi la cromatografia ed i setacci e Mediante rivelatori a fluorescenza assorbanza e MS Sommario A 683 V Indice analitico e Con un alto grado di automazione integrando i passaggi multipli di un protocollo complesso in un sistema miniaturizzato Virtualmente qualsiasi test biochimico che p
228. file di dati elettroforetici della stessa classe di analisi prendendo campioni provenienti da diversi file di dati del chip xad e conservandoli in file di confronto xac quindi possibile per esempio sovrapporre gli elettroferogrammi di questi campioni File dei risultati di validazione I file di validazione dei risultati xvd contengono i risultati dei test di qualificazione rela tivi all hardware ed al software del bioanalizzatore file vengono memorizzati nella sotto cartella validation della cartella d installazione del 2100 expert Per ogni test di validazione viene generato un file xvd Nel nome del file vengono inclusi data e ora di esecuzione del test di validazione Esem pio Validation_25 09 2003_10 28 40 xvd File dei risultati diagnostici Per assicurare il corretto funzionamento dell hardware del bioanalizzatore occorre ese guire test diagnostici specifici per l hardware a scadenze regolari risultati di questi test dell hardware vengono memorizzati nei file dei risultati diagnostici xdy nella sottocar tella diagnosis della directory d installazione del 2100 expert File delle regole di evidenziazione dei risultati Le regole di evidenziazione dei risultati possono essere esportate ed importate da altri file di analisi o dati dei chip Le regole di evidenziazione dei risultati vengono salvate in file xml Sommario A 293 Y Indice analitico Gestione delle analisi Analisi predefi
229. file di dati del chip xad vengono generati automaticamente al termine di un analisi di un chip I file xad vengono denominati in base alle scelte effettuate nella finestra di dia logo Options Opzioni vedere la sezione Come specificare i nomi e le directory dei file di dati a pagina 345 Modifica e salvataggio dei file di dati del chip 2100 expert consente di riaprire i file di dati rianalizzarli utilizzando diversi parametri di valutazione e salvare i nuovi risultati Le modifiche possono essere salvate nel file origi nale File gt Save o in un nuovo file File gt Save As NOTA dati grezzi acquisiti dal bioanalizzatore non vengono modificati solo la valutazione e la visualizzazione dei risultati possono essere salvate Se si modificano in un modo qualsiasi i dati mostrati dopo che sono stati salvati e si tenta di chiudere il programma o di passare ad un contesto diverso per esempio per acquisire nuovi dati apparir una finestra di dialogo che richiede Per salvare le modifiche vedere la sezione 2100 Expert Close Chiudi a pagina 585 Sommario A 300 V Indice analitico Apertura di file dei dati del chip come sola lettura Un file di dati del chip pu essere aperto in sola lettura in questo caso la Barra del titolo visualizza Read Only Sola lettura dopo il nome del file Il file di sola lettura pu essere modificato ma non pu essere salvato con lo stesso nome Se si tenta di salvare un f
230. formazioni dettagliate sulla regolazione del marker inferiore e delle bande riboso miali vedere la sezione Modifica dell analisi dei dati a pagina 140 Sommario A 125 V Indice analitico Utilizzo di modelli per il numero d integrit dell RNA Per utilizzare a pieno i vantaggi della funzione RIN viene suggerito l utilizzo di un modello a 2 stadi 1 Determinare il valore limite per il RIN risultante da esperimenti significativi a valle na Isolamento dell RNA totale OC dell RNA tramite Eo Agilent 2100 Correlare il RIN con esperimenti a valle e determinare il valore limite per risultati significativi processo iterativo Sommario A 126 V Indice analitico 2 Eseguire un esperimento standard ed utilizzare il RIN per determinare se l integrit del campione sufficiente Isolamento dell RNA totale RIN s QC dell RNA tramite sotto _ bioanalizzatore Agilent 2100 limite r I RIN sopra limite Proseguire con gli esperimenti a valle microarray PCR in tempo reale ecc Sommario A 127 V Indice analitico Impostazioni del numero d integrit dell RNA In modalit utente avanzata sono disponibili diversi tipi d impostazione sul navigatore per personalizzare il calcolo del RIN Local Global Local Global Advanced v Expand Advanced v Expand Alignment General assay setpoints Quantitation Sample setpoints l
231. formazioni relative a chip campione e studio possono essere importate da file txt o csv Questo particolarmente utile e veloce se un chip simile gi stato documen tato precedentemente in un altro file di dati del chip Vedere la sezione Importazione di informazioni relative a chip campione e studio a pagina 309 per informazioni detta gliate Sommario A 229 V Indice analitico Visualizzazione dei risultati d analisi Citometria a flusso risultati dell analisi di un chip citometrico a flusso possono essere visualizzati in forma di istogrammi o dot plot e Gli istogrammi dot plot possono essere visualizzati per un campione alla volta oppure possibile visualizzarli per tutti i campioni in una sola volta per avere una panoramica dell analisi del chip per esempio per vedere l avanzamento di una reazione Vedere la sezione Come passare dalla visualizzazione singola alla visualizzazione a griglia a pagina 231 e possibile navigare tra i vari campioni Vedere la sezione Come navigare tra i vari cam pioni a pagina 232 e possibile modificare la visualizzazione degli istogrammi e dei dot plot per rendere me glio visibili i dettagli Vedere la sezione Come modificare la visualizzazione degli isto grammi e dei dot plot a pagina 234 Sommario A 230 Y Indice analitico Come passare dalla visualizzazione singola alla visualizzazione a griglia Per passare dalla visualizzazione singola alla visualizza
232. funzioni Scale to Selected Peak Adatta la scala dell asse Y Il picco selezionato viene visua Riscala in base al picco lizzato con l altezza massima Altri picchi possono risultare selezionato tagliati fuori in altezza Manually Set Lower Trasforma il picco selezionato nel marker inferiore Marker Imposta manualmente marker inferiore Manually Set Upper Marker Trasforma il picco selezionato nel marker superiore Imposta manualmente marker superiore Calibrate Protein Il picco selezionato verr calibrato Calibra proteina solo analisi della proteina Sommario A 535 V Indice analitico Manually Set Calib Trasforma il picco selezionato nella proteina di calibrazione Calibrazione impostata manualmente Protein solo analisi della proteina Exclude Peak Esclude il picco dall analisi per il campione Escludi picco Sommario A 536 V Indice analitico Scheda secondaria Legend Legenda Per confrontare i campioni gli elettroferogrammi di diversi campioni possono essere sovrapposti Ogni elettroferogramma sar quindi visualizzato in un colore differente ed apparir una legenda dei colori sulla scheda Legend Legenda Questo consente di asse gnare facilmente le curve ai campioni Yiewport 3 25 500 ESA 1250 2000 BSA 1000 1000 BSA 225 250 BSA 40 100 Ladder Legend colori degli elettroferogrammi possono essere cambiati nella finestra di dialogo Options Opzioni
233. g e Cell Fluorescence Questo viene descritto in e Importazione di file del bioanalizzatore a pagina 305 Quando si lavora con i file di analisi xsy o di dati del chip xad si inseriscono informa zioni specifiche che successivamente possono essere riutilizzate A questo scopo 2100 expert dotato delle seguenti capacit d importazione e Importazione di impostazione di analisi dei dati a pagina 307 e Importazione di informazioni relative a chip campione e studio a pagina 309 possibile importare le definizioni delle regole di evidenziazione dei risultati per l eviden ziazione dei risultati in file di analisi elettroforetiche o in file di dati del chip e Importazione delle regole di evidenziazione dei risultati a pagina 310 Sommario A 304 Y Indice analitico Importazione di file del bioanalizzatore NOTA file del bioanalizzatore importati e salvati nel software 2700 expert non possono pi essere aperti con i programmi originali Bio Sizing e Cell Fluorescence Comunque questi file del bioanalizzatore non verranno sovrascritti perch 2700 expert utilizza un estensione di file differente Per importare file acquisiti in Bio Sizing o Cell Fluorescence 1 Passare al contesto Data and Assay Dati e analisi 2 Nel menu File selezionare Import Importa per visualizzare la finestra di dialogo Open Apri 3 Selezionare un tipo di file asy csy cld o cad 4 Fare clic su Open Apri
234. gion Configura area Inserire i valori di fluorescenza relativi al lato sinistro destro inferiore e superiore del rettangolo per definire la posizione e le dimensioni dell area Questi valori corrispondono ai limiti superiore ed inferiore del marker degli istogrammi blu e rosso Fare clic su OK Come inserire un area in tutti i dot plot Se un area stata definita per un campione possibile copiarla negli altri campioni dell analisi Per inserire un area in tutti i dot plot 1 Fare clic col pulsante sinistro del mouse sul bordo per selezionare l area che si desidera utilizzare come origine Il pulsante nsert region into all dot plots Inserisci area in tutti i dot plot viene abi litato Fare clic su questo pulsante Viene visualizzata la finestra di dialogo Copy Region Copia area che richiede se si de sidera utilizzare l area origine come riferimento L area sar inserita nei dot plot di tutti gli altri campioni Quando si modificano le propriet di un area anche tutte le copie dell area saranno modificate Sommario A 2607 V Indice analitico 3 Fare clic su Yes Si per definire l area d origine come riferimento OPPURE Fare clic su No per creare nuove aree che non sono connesse L area sar inserita nei dot plot di tutti gli altri campioni Quando le propriet dell area vengono modificate le modifiche vengono applicate solo al campione selezionato L area viene copiata in tutti i campio
235. gliere due colori per specificare un gradiente da sostituire al colore a tinta unita Riquadro della Guida in linea Fornisce una guida dettagliata sulla funzione o variabile che si sta utilizzando Oltre alla sintassi completa la guida fornisce una descrizione e nella maggior parte dei casi anche uno o pi esempi Sommario A 559 V Indice analitico If Expressions Espressioni Se Le espressioni possono essere costituite da funzioni che rendono pi semplice l utilizzo delle variabili e che possono essere combinate tramite operatori Functions Funzioni Ogni funzione ha un tipo di ritorno e pu avere nessuno uno o pi parametri La sintassi generale returnType function type parameter l parametri opzionali vengono presentati entro parentesi quadre Vengono utilizzati i seguenti tipi Tipo di ritorno Descrizione int Numero intero per esempio 12 float Numero a virgola mobile per esempio 3 14159 o 1 2e 10 string Stringa di caratteri le costanti devono essere indicate tra virgolette per esempio Agilent enum Enumerazione vedere la sezione int PeakFound float Size enum Windowtype float WindowSize Sommario A 560 V Indice analitico Sono disponibili le seguenti funzioni Funzione Descrizione PeakFound Utilizzata per verificare se frammenti di determinate dimen sioni sono presenti oppure no Ritorna l ID del picco se il picco del frammento viene trovato altrimenti ritorna 0
236. gramma Accesso Quando un istogramma viene visualizzato in formato singolo vedere la sezione Scheda Histogram Single Grid View Istogramma Visualizzazione singola a griglia a pagina 540 fare clic sul pulsante della barra degli strumenti vedere la sezione Contesto Data and Assay Dati e analisi Barra degli strumenti Flow Cytometry Cito metria a flusso a pagina 441 per aprire questa finestra di dialogo Insert Existing Markers xj Existing Markers Properties Lower 7 105204 Upper 300 58 Cancel Help Sommario A 642 V Indice analitico Descrizione Vengono elencate tutte le aree tranne quelle che sono gi utilizzate dall istogramma attuale Elementi Existing Markers Elenco dei marker disponibili per l istogramma attuale Marker esistenti Informationframe Sul lato destro della finestra di dialogo vengono visualizzati i limiti Riquadro delle inferiore e superiore dei marker informazioni Insert Marker Fare clic su questo pulsante per inserire il marker selezionato Inserisci marker nell istogramma attuale Se si modificano le propriet di un marker queste cambieranno di conseguenza in tutti gli altri istogrammi che utilizzano questo marker Sommario A 643 Y Indice analitico Insert Existing Region Inserisci area esistente Scopo Questa finestra di dialogo viene utilizzata per aggiungere un area esistente ad un dot plot Insert Existing Region xj
237. gs Cancel Help 3 Selezionare Limit the storage of raw data backups Limita lo spazio per i backup dei dati grezzi ed immettere un limite massimo in MB per limitare lo spazio occupato su disco dai file pacchetto 20 MB 20 analisi dei chip il valore predefinito Sommario A 353 Y Indice analitico NOTA Oltre ai normali file di dati del chip xad 2100 expert crea un altro file di backup dei dati grezzi file pacchetto pck per ogni analisi del chip La dimensione tipica di un file pacchetto 1 MB Questo file viene salvato nella cartella data packets della directory d installazione possibile impostare i limiti per lo spazio sul disco da utilizzare per i file pacchetto Se questo limite viene superato il file o i file pi vecchi saranno cancellati per liberare spazio sul disco Selezionare la casella di controllo Limit the storage of system log Limita la memorizza zione del registro di sistema per limitare lo spazio sul disco per il file di registro del si stema SystemLogBook log situato nella sottodirectory log ed inserire un limite massimo in MB Se il limite viene superato viene visualizzato un messaggio che chiede di eliminare o spostare il file di registro per liberare spazio sul disco Selezionare Auto Run Esecuzione automatica per attivare l avvio automatico dell ana lisi di un chip quando il coperchio del bioanalizzatore Agilent 2100 viene chiuso e viene rilevata la
238. hip elettroforetico xad e nel contesto Comparison Confronto se stato selezionato un file di confronto o uno dei suoi campioni Gel View Visualizzazione gel Una corsia dell immagine gel simile circondata da un rettangolo Questa la corsia selezionata una corsia sempre selezionata e corrisponde ad un pozzetto del chip l icona del chip sul pannello inferiore vedere la sezione Pannello inferiore a pagina 465 evidenzia il pozzetto associato Facendo clic su una corsia diversa la si seleziona e l icona del chip si aggiorna evidenziando il pozzetto corrispondente Facendo doppio clic su una corsia del gel selezionata si far apparire l elettroferogramma del campione visualizzato Il cursore sul lato destro dell immagine gel simile consente di regolare la luminosit dell immagine gel simile selezionata Per eseguire lo zoom avanti dell immagine gel simile fare clic con il pulsante sinistro del mouse sul gel tenerlo premuto e spostare la seconda linea verticale che viene visualizzata sul punto in cui si vuole eseguire lo zoom Sommario A 510 V Indice analitico La Sa Sa Sa Sa Sa Sa Sa Sa Sa Sa Sa Sa La Sa Sa Sa Sa Sa Sa Sa Sa Sa Sa Sa Sa nt nt NOTA La visualizzazione dell immagine gel simile pu essere modificata con un certo numero di diverse combinazioni di colore Queste possono essere applic
239. i APOPTOSIS_SRMUM_2003 07 02_001 xad Ci APOPTOSIS_SRNUM_2003 07 01_001 xad Ci 12100_GFP_SRNUM_2003 06 27_002 xad C 0_DNA1000_SRNUM_2003 06 27_004 xad Ci 12100_GFP_SRNUM_2003 06 27_001 xad C 1 0_DNA1000_SRNUM_2003 06 27_003 xad DD Ext Voce del menu File Funzione Open File to Run Apre la finestra di dialogo Open Apri che consente di aprire file di Apri file sa dati del chip xad o d analisi xsy Vedere la sezione Open eseguire Apri a pagina 601 Recently used files Un elenco di fino a dieci file di dati del chip xad e o di analisi File utilizzati xsy che fornisce rapido accesso ai file utilizzati pi recentemente recentemente Exit Esci Chiude l applicazione 2100 expert Se sono presenti dati non salvati viene visualizzata la finestra di dialogo 2700 Expert Close Chiudi Vedere la sezione 2100 Expert Close Chiudi a pagina 585 Se in corso un analisi non possibile chiudere 2100 expert Sommario A 384 V Indice analitico Contesto Validation Validazione File _ New open Ctrl 0 he Close Close All E Page Setup cea Print Ctrl P Ci Validation_22 09 2003_14 00 23 xvd Ci Malidation_24 09 2003_14 38 44 xvd Ci Validation_25 09 2003_10 28 40 xvd i Exit Voce del menu File Funzione New Nuovo Inizia una nuova validazione ed inserisce una voce New Validation Nuova validazione nella struttura ad albero Open
240. i esclusi A 614 Y Indice analitico Sample Data Dati del campione Gel Image Immagine gel simile Electrophero gram Images Immagini degli elettrofero grammi Export to XML Esporta in XML Esporta file elenco di testo csv un file per campione Questi file sono indirizzati ad utenti avanzati che desiderano analizzare in detta glio i dati delle misurazioni Sono compresi i valori dati grezzi dei tempi di migrazione e della fluorescenza di tutti i punti dell analisi Esporta le immagini gel simile di tutti i campioni L immagine gel simile pu essere esportata come e Immagine singola e Ogni corsia separatamente Facendo clic sul pulsante si apre una finestra di dialogo che con sente di selezionare i seguenti formati delle immagini Windows Bitmap bmp JPEG jpg e Tagged Image File tif Sono possibili selezioni multiple Esporta le immagini degli elettroferogrammi di tutti i campioni un immagine per campione Facendo clic sul pulsante si apre una finestra di dialogo che con sente di selezionare i seguenti formati delle immagini Windows Bitmap bmp JPEG jpg Tagged Image File tif e Windows Meta File wmf Sono possibili selezioni multiple Scrive il contenuto completo del file xad in un file xml Sommario A 615 V Indice analitico Cartella delle Default Export Directories Directory di esportazione predefinite Auto Export x Flow Cytometry Data Export Elec
241. i non sal vati viene visualizzata la finestra di dialogo 2700 Expert Close Chiudi Vedere la sezione 2100 Expert Close Chiudi a pagina 585 Sommario A 338 V Indice analitico Menu Context Contesto Context W Instrument fia Validation lia Comparison Il menu Context Contesto consente di passare da una all altra di quattro modalit di programma dette contesti Voce del menu Funzione Context Contesto Instrument Passa al contesto nstrument Strumento Strumento Data and Assay Passa al contesto Data and Assay Dati ed analisi Dati ed analisi Validation Passa al contesto Validation Validazione Validazione Comparison Passa al contesto Comparison Confronto Confronto Il segno di spunta indica il contesto attivo Sommario A 389 V Indice analitico Menu View Visualizza Il menu View Visualizza fornisce le funzioni per passare dalla visualizzazione gel elet troferogramma alla visualizzazione istogramma dot plot e viceversa Inoltre consente di passare dalla visualizzazione a strumento singolo a quella multistrumento e viceversa Consente anche di mostrare e nascondere i pannelli Contesto Data and Assays Dati e analisi selezionata analisi elettroforetica View iE Gel luu Electropherogram Context Bar E Tree view Lower Panel Voce del menu Funzione View Visualizza Gel Passa alla Scheda Gel del file di dati del chip o di ana
242. ia di cui si stanno acquisendo i dati in quel momento L 2i pai mi ASI NS ga fsi Ru no ni ae Comunque se si seleziona una corsia pozzetto che nella sequenza precede il pozzetto attuale l evidenziazione non cambier di posizione quando viene analizzato un nuovo campione ma rimarr sulla corsia selezionata Sommario A 468 V Indice analitico Cartelle L area di lavoro principale contiene diverse cartelle Queste cartelle sono specifiche del contesto in cui si sta lavorando e Tabelle Contesto Instrument Strumento vedere la sezione Tabelle Contesto Instrument Strumento a pagina 469 e Cartelle Contesto Data and Assays Dati e analisi vedere la sezione Cartelle Contesto Data and Assays Dati e analisi a pagina 486 e Tabelle Contesto Validation Validazione vedere la sezione Tabelle Contesto Validation Validazione a pagina 569 e Tabelle Contesto Comparison Confronto vedere la sezione Tabelle Contesto Comparison Confronto a pagina 575 Tabelle Contesto Instrument Strumento Nel contesto nstrument Strumento sono disponibili le seguenti cartelle e Scheda Instrument Strumento Visualizzazione a griglia e Scheda Instrument Strumento Visualizzazione singola e Scheda Diagnostics Diagnostica Sommario A 469 V Indice analitico Scheda Instrument Strumento Visualizzazione a griglia Scopo Mostra elettroferogrammi e o dot plot in diretta consentendo di v
243. ica o ridimensiona Annulla zoom mento Undo All Annulla tutte le azioni di zoom pan e ridimensionamento Annulla tutti Sommario A 405 V Indice analitico Voce del menu Funzione Electropherogram Elettroferogramma Modalit Scale Apre un sottomenu da cui possibile selezionare una delle Scala seguenti modalit e Individual Scale Scala singola Ogni grafico utilizza la propria scala che ottimizzata per quel grafico e Selected Scale Scala selezionata Tutti i grafici utilizzano la stessa scala che ottimizzata per il grafico selezionato e Global Scale Scala generale solo con visualizzazione a griglia Tutti i grafici utilizzano la stessa scala che scelta in modo che tutti gli elettroferogrammi siano compresi nella visualizzazione Sommario A 406 V Indice analitico Voce del menu Funzione Electropherogram Elettroferogramma Modalit Graph Consente di selezionare una delle seguenti operazioni di trascina Grafica mento sull elettroferogramma e Zoom Ingrandisce a tutto schermo l area corrispondente e Pan Panoramica Sposta il grafico ed utile in particolare per grafici dove gi stato eseguito lo zoom e Scale Scala Trascinando a sinistra o in basso riduce la visualizzazione in quella direzione trascinando a destra o in alto ingrandisce la visualizzazione in quella direzione Link Graphs Quando questa opzione abilitata tutte le operazioni di zoom Collega gr
244. ice analitico NOTA file dei risultati della validazione possono essere riaperti solo per la visualizzazione e la stampa SUGGERIMENTO Selezionare File gt Print File gt Stampa per generare un rapporto stampato della prova di validazione Sommario A 3733 Y Indice analitico Riferimenti software di 2100 Expert riferimenti del software 2100 expert sono organizzati nel modo seguente e Elementi della finestra dell applicazione 2100 Expert come menu barre degli strumen ti barre di stato pannelli e cartelle costituiscono gli elementi standard dell interfaccia utente Per informazioni pi dettagliate vedere la sezione Elementi della finestra dell applica zione 2100 Expert a pagina 375 Finestre di dialogo vengono utilizzate per effettuare operazioni con i file per il controllo e l analisi delle misurazioni del chip e per configurare l applicazione 2100 expert Per informazioni pi dettagliate vedere la sezione Finestre di dialogo a pagina 580 e Collegamenti ed azioni del mouse consentono di utilizzare il software 2100 expert in modo pi efficiente Per informazioni pi dettagliate vedere la sezione Collegamenti ed azioni del mouse a pagina 660 Sommario A 374 Y Indice analitico Elementi della finestra dell applicazione 2100 Expert La finestra dell applicazione 2100 expert comprende le seguenti aree di lavoro contesto Data and Assay Dati e analisi Barra del titolo 32100 expe
245. iche d immagine del gel Blue on White Blu su bianco per esempio simula un gel Coomassie spesso utilizzato per le proteine es Apre un sottomenu da cui possibile selezionare una delle seguenti modalit Apre un sottomenu da cui possibile selezionare una delle seguenti modalit e Individual Scale Scala singola Ogni corsia utilizza la propria scala che ottimizzata per quella cor sia e Selected Scale Scala selezionata Tutte le corsie utilizzano la stessa scala che ottimizzata per la cor sia selezionata e Global Scale Scala generale e Tutte le corsie utilizzano la stessa scala Sommario A 435 V Indice analitico Electropherogram View Visualizzazione elettroferogramma 09 0 DE FI B s NE Es 8 0 X OverlaidSamples gt O B Sommario Avvia l analisi automatica Vengono rilevati i picchi e viene calcolata la Peak Table Tabella dei picchi risultati vengono ricalcolati ogni volta che vengono applicate modifiche alle impostazioni dell analisi dei dati Mette in pausa l analisi automatica Si consiglia di mettere in pausa l analisi durante l integrazione manuale L analisi viene disattivata dati grezzi vengono visualizzati nella scheda Electropherogram Elettroferogramma e la Peak Table viene cancellata Evidenzia e visualizza l elettroferogramma del campione precedente Se viene evidenziato lo standard si viene reindirizzati all ultimo cam pione Non disponibile se viene evidenziato il p
246. iche per tutti i campioni Tutti i pozzetti Wells Pozzetti Stampa riassunti e statistiche solo per i campioni selezionati Options Opzioni Consente di selezionare quanti elettroferogrammi stampare per pagina Ha influenza sulla stampa solo se E ectropherogram Elettro ferogramma selezionato Se Result Tables Tabelle dei risultati selezionato anche possibile fare clic su Exclude Markers Escludi marker per escludere i marker Save To File Salva su file PDF Reindirizza la stampa ad un file pdf Facendo clic sul pulsante si apre una finestra di dialogo del sistema che consente di specificare una directory di destinazione di propria scelta HTML Reindirizza la stampa ad una serie di file html Facendo clic sul pul sante si apre una finestra di dialogo del sistema che consente di specificare una directory di destinazione di propria scelta Sommario A 631 Y Indice analitico Buttons Pulsanti Page Setup Impostazione pagina Printer Stampante Preview Anteprima Cancel Annulla Print Save Stampa Salva Apre la finestra di dialogo Page Setup Impostazione pagina che consente di impostare le dimensioni l orientamento ed i margini della pagina Vedere anche la sezione Page Setup Impostazione pagina a pagina 648 Apre la finestra di dialogo Print Setup Impostazioni di stampa che consentono di selezionare una stampante ed impostare le dimensioni e l orie
247. igio e Ladder Standard sovrappone l elettroferogramma del pozzetto dello standard e No Overlay Non sovrapporre annulla la sovrapposizione e All Samples Tutti i campioni sovrappone tutti i campioni del chip La sovrapposizione dei campioni pu essere effettuata anche facendo clic tenendo premuto CTRL o MAIUSC sulla corsia del gel nel pannello inferiore vedere la sezione Pannello inferiore a pagina 465 Sommario A 410 V Indice analitico Menu Histogram Istogramma Single View Visualizzazione singola Histogram View Single Sample E view All Samples 4 Undo Zoom Ctrl z L Undo All tit Scale to all signals NW Gradient da Copy Graph To Clipboard Save Graph To File H Show Data Points Ctrl D s x Axis Log Overlaid Samples Sample 1 TN Insert Marker Ctrl I Sample 3 VE Insert marker into all histograms Sample 4 Insert Existing Marker Sample 5 D Configure Marker Sample 6 X Delete Marker No Overlay GATE All Samples ste Gate in Red histogram T Insert Gate into All Red histograms GATE Gate in Blue histogram f Insert Gate into all Blue histograms Pd Remove Gate Previous Sample Next Sample Sommario A 411V Indice analitico Voce del menu Histogram Istogramma Funzione View Single Sample Visualizza singolo campione View All Samples Visualizza tutti i campioni Undo Zoom Annulla zoom Undo All Annulla tutti Scale to all s
248. iglia oppure su un qualsiasi campione per passare alla visualizzazione singola Sommario A93Y Indice analitico OPPURE Fare doppio clic su un qualsiasi elettroferogramma per passare alla visualizzazione sin PCR Mix2 PCR Mix 2 i gt PCR Cu Lu 1 10 x1 A s t d a w w 10 1 4 t t t t sr t 1 ir A RI a D 10 12 i a a 100 10 d a D 10 19 xl 2 Size bp Conc ng ul Molarity nmol l Observations a 4 15 4 20 424 2 Lower Marker 2 151 2 95 23 6 3 159 3 83 36 6 4 197 3 78 29 0 5 206 4 82 35 4 6 293 3 42 17 7 v Size bp Conc ng ul Molarity nmol I Observations 4 15 4 20 424 2 Lower Marker 2 151 209 23 6 3 159 3 83 36 6 4 197 3 78 29 0 5 206 4 82 35 4 6 293 3 42 17 7 Results Peak Table Legend Errors Sommario Results Peak Table Legend Errors A9 4Y Indice analitico Come navigare tra i vari campioni In qualsiasi momento anche durante l analisi di un chip possibile scorrere i campioni sia in formato elettroferogramma che in formato immagine gel simile Per navigare tra i campioni utilizzare Pannello della struttura ad albero 1 Se non visibile la struttura selezionare View gt Tree View Visualizza gt Visualizzazione struttura Il pannello della struttura albero viene visualizzat
249. ignals Riscala per tutti i segnali Gradient Gradiente Copy Graph To Clipboard Copia grafico negli appunti Sommario Visualizza l istogramma attuale in formato singolo Passa al formato di visualizzazione a griglia ed evidenzia l isto gramma attuale Annulla l ultima azione di zoom Annulla tutte le azioni di zoom Adatta le scale degli assi X ed Y ai grafici sovrapposti Tutte le curve saranno visibili completamente nei grafici sovrapposti Mette un gradiente di colore da grigio a bianco sullo sfondo dell istogramma oppure rimuove il gradiente Mette una copia dell istogramma selezionato blu o rosso negli appunti A 412 V Indice analitico Voce del menu Histogram Istogramma Funzione Copy Graph To Clipboard Copia grafico su file Show Data Points Mostra punti dei dati X Axis Log Asse X logaritmico Overlaid Samples Campioni sovrap posti Insert Marker Inserisci marker Sommario Apre una finestra di dialogo di sistema che consente di salvare l istogramma selezionato blu o rosso come immagine in formato Windows Meta File wmf Windows Bitmap bmp o JPEG jpg Mostra nasconde i punti dei dati utilizzati per generare l elettrofe rogramma selezionato Passa dalla scala dell asse X lineare a quella logaritmica e vice versa Consente di sovrapporre elettroferogrammi da campioni multipli solo visualizzazione singola Ogni istogramma sar visualizzato in un colore
250. igrazioni dei picchi Dato che si assume che le molarit di tutti i fram menti siano le stesse qualsiasi picco o cluster con molarit significativamente superiore al resto viene evidenziato come somma potenziale di picchi comigranti consentendo di esa minarli pi dettagliatamente Vedere anche la sezione Ana lisi dei dati DNA a pagina 105 Per campioni di proteine possibile abilitare Use For Cali bration per ogni pozzetto ed inserire la concentrazione della proteina standard Questo consente di generare una curva di calibrazione che pu essere utilizzata per la quantificazione assoluta di questa proteina all interno di campioni differenti sullo stesso chip Vedere anche la sezione Analisi dei dati Protein Proteina a pagina 129 A 500 V Indice analitico Status Stato Observation Osservazione Result Label Etichetta risultato Result Flagging Evidenziazione dei risultati Chip Lot N lotto del chip Reagent Kit Lot N lotto del kit reagenti Chip Comments Commenti sul chip Un segno di spunta verde indica che l analisi del campione avvenuta con successo Una croce bianca su fondo rosso indica un analisi incompleta Osservazione effettuata da 2100 expert durante la misura zione Se sono state definite etichette di evidenziazione dei risul tati vedere la sezione Result Flagging Evidenziazione dei risultati a pagina 179 il testo dell etichetta viene visualiz
251. igure Marker X Delete Marker ENTF Sono disponibili le seguenti funzioni Export Esporta Apre una finestra di dialogo del sistema che consente di salvare la tabella dei risultati come file csv Configure Apre la finestra di dialogo Configure Columns Configura colonne Columns Configura colonne Copy To Mette la tabella dei risultati negli appunti La tabella pu essere Clipboard anche incollata in un altra applicazione come ad esempio Copia negli MS Excel Se viene selezionata una parte della tabella verr appunti copiata solo questa parte Gate in Red Inserisce un filtro nella direzione del filtro visualizzata solo analisi Histogram generiche Disponibile solo se sull istogramma viene selezionato un Filtra isto marker senza filtro gramma rosso Sommario A 548 V Indice analitico Configure Apre la finestra di dialogo Configure Marker Configura marker Marker Disponibile solo se viene selezionato un marker Configura marker Delete Marker Elimina il marker selezionato Se il marker utilizzato anche da altri Elimina marker istogrammi apparir un messaggio che richiede se si desidera rimuo verlo da tutti gli istogrammi che lo utilizzano o solo dall istogramma attuale Sommario A 549 V Indice analitico Scheda Dot Plot Single Grid view Visualizzazione singola a griglia Scopo dot plot mostrano eventi singoli cellule visualizzati come punti Nel sistema di coo
252. ile di sola lettura che stato modificato viene visualizzato un messaggio di errore che indica che il file di sola lettura Il lato positivo dell apertura dei file di dati come sola lettura di evitare che l utente o altri utilizzatori possano effettuare modifiche che possano alterare il file in qualsiasi modo Dato che il software 2100 expert consente di aprire file di dati modificare i dati e salvarli conviene assicurarsi che i parametri originali utilizzati per creare il file non possano essere alterati Sommario A 301 Y Indice analitico Organizzazione recupero e backup dei dati di 2100 Expert Prima d iniziare a lavorare con il software 2100 expert buona prassi organizzare i propri file Se il bioanalizzatore viene utilizzato da pi utenti si consiglia di creare una directory personale entro cui salvare i propri file in questo modo avendo ogni persona salvato i file nella propria directory si accelerer il processo di ricerca di un dato file quando si desi dera riesaminare i dati Anche se il 2100 expert viene utilizzato da una sola persona comunque consigliabile di rivedere i propri file periodicamente archiviando i file che non si utilizzano pi ma che si desidera salvare e scartando quelli che non servono pi Organizzazione dei dati di 2100 Expert Ogni utente del laboratorio pu specificare un particolare prefisso per differenziare i pro pri dati da quelli degli altri Per fare ci scegliere Tools gt Opti
253. ilizzano o solo dall isto gramma attuale Gate in Red Utilizza il marker selezionato dell istogramma blu per filtrare l isto histogram gramma rosso solo analisi generiche Filtro per isto gramma rosso Sommario A 41149 Indice analitico Voce del menu Funzione Histogram Istogramma Insert Gate into All Utilizza il marker selezionato dell istogramma blu per filtrare l isto Red histograms gramma rosso solo analisi generiche Inserisci filtro in tutti gli istogrammi rossi Gate in blu histo gram Filtro per istogramma blu Insert Gate into All Blue histograms Inserisci filtro in tutti gli istogrammi blu Remove Gate Rimuovi filtro Previous Sample Utilizza il marker selezionato dell istogramma rosso per filtrare l istogramma blu solo analisi generiche Utilizza il marker selezionato dell istogramma rosso per filtrare tutti gli istogrammi blu solo analisi generiche Elimina il filtro solo dall istogramma attuale Evidenzia e visualizza l istogramma del campione precedente Non Campione prece disponibile se viene evidenziato il primo campione dente Next Sample Evidenzia e visualizza l istogramma del campione successivo Non Campione disponibile se viene evidenziato il primo campione successivo Sommario A 415 V Indice analitico Grid View Visualizzazione a griglia Nella visualizzazione a griglia il menu Histogram Istogramma presenta i seguenti comandi che funzionano
254. in formato JPEG jpg Windows Bitmap bmp Windows Meta File wmf Compu Serve Graphics Interchange gif o Tagged Image File tif Passa alla modalit d integrazione manuale dei picchi In questa modalit possibile e Modificare i punti iniziale e finale della linea di base di un determi nato picco e Aggiungere o eliminare determinati picchi dall integrazione Passa alla modalit d integrazione automatica tutte le integrazioni manuali andranno perse A 533 Y Indice analitico Add Peak Inserisce un nuovo picco nella posizione attuale Aggiungi picco solo modalit d integrazione manuale dei picchi Remove Peak Elimina i picchi selezionati Solo i picchi aggiunti manualmente Rimuovi picco possono essere eliminati solo modalit d integrazione manuale dei picchi Add Fragment Scheda secondaria Fragment Table Tabella dei frammenti inserisce Aggiungi un nuovo frammento nella posizione attuale frammento solo analisi RNA Remove Scheda secondaria Fragment Table Tabella dei frammenti elimina Fragment un frammento selezionato Rimuovi frammento solo analisi RNA Sommario A 534 V Indice analitico Facendo clic con il pulsante destro sulla punta di un picco viene visualizzato il seguente menu AI Scale to Selected Peak Manually Set Lower Marker k Manually Set Upper Marker N Manually Set Calib Protein Exclude Peak Sono disponibili le seguenti
255. indirizzo del laboratorio ed il nome dello sperimentatore amp Chip Summary File Name 2100 expert_APOPTOSIS_00000_2003 08 01_18 27 23 xad i Location C Program FilesiAgilent 2100 Bioanalyzeri2100Xpert data 2003 08 01 E 4 Created Friday August 01 2003 6 27 27 PM E Modified Wednesday August 06 2003 10 44 05 AM z Software Created by version B 01 00 51052 modified by A 00 00 SI000 Sample Name Sample Comment Blue Staining Red Staining Status Total Events of Gated Observation 1 icontrol fix Calcein Annexin CY5 g7 1211 LI 2 1 24hfix Calcein Annexin CY5 y 1714 41 1 3 2 24hfix 12 2088 0 Calcein Annexin CY5 g7 1702 46 TL li _ 3 24h fix Calcein Annexin CY5 X 1614 44 9 5 4 24hfix Calcein Annexin CYS 6 5 24hfix Calcein Annexin CY S Chip Lot Reagent Kit Lot 12 2556 Chip Comments pere by Ellen Sample Information Study Information Instrument Information Sommari A 228 V Indice analitico NOTA possibile che alcuni campi risultino gi completati perch le informazioni relative a chip campione e studio vengono inserite sulla base dei file di analisi o dei dati del chip Per informazioni dettagliate su tutti i campi d inserimento vedere la sezione Scheda Chip Summary Riepilogo chip a pagina 497 3 Fare clic su Apply Applica 4 Nel menu File selezionare Save Salva SUGGERIMENTO Le in
256. ioanalizzatore che possono essere eseguiti con entrambi i tipi di cartuccia cartuccia ad elettrodo o a pressione e Bioanalizzatore in combinazione con cartuccia ad elettrodo impostazione per elettro foresi e Bioanalizzatore in combinazione con cartuccia a pressione impostazione per citome tria a flusso Test generici per il bioanalizzatore Test diagnostici Scopo Electronics Test Verifica il funzionamento corretto di tutte le schede elettroni Test dell elettronica che del bioanalizzatore Lid Sensor Test Verifica il corretto funzionamento del sensore del coperchio e Test del sensore del controlla che il laser ed il LED siano spenti quando il coperchio coperchio aperto Sommario A 356 V Indice analitico Test diagnostici Scopo Stepper Motor Test Test del motore a passo Fan Test Test ventola Temperatura Test Controlla che il motore a passo esegua il movimento corretto Controlla che la ventola ruoti alla velocit corretta Verifica che la velocit della rampa di salita della temperatura Test della temperatura della piastra riscaldante sia entro le specifiche Electrode Cartridge Tests Test della cartuccia a elettrodo Test diagnostici Scopo Current Leakage Test Test della dispersione di corrente Short Circuit Test Test del corto circuito Sommario Misura la dispersione di corrente tra i piedini della cartuccia ad elettrodo Per effettuare questo test
257. ione Options Data Files Opzioni File di dati a pagina 587 Custom Selezionare Custom Personalizzata se si desidera salvare l analisi Personalizzata del chip in una posizione diversa Facendo clic sul pulsante si apre una finestra di dialogo del sistema che consente di specificare una directory di propria scelta File Prefix Prefisso personalizzato dall utente per il nome del file di dati del chip Prefisso del file che consente d ignorare tutte le convenzioni di denominazione pre definite Vedere la sezione Options Data Files Opzioni File di dati a pagina 587 Sommario A 476 Y Indice analitico Parametri di acquisizione dei dati Prima di avviare l analisi del chip possibile modificare le impostazioni di acquisizione dei dati dell analisi selezionata Run sample 1 ton Definisce l intervallo di campioni da analizzare Il range pu essere Analizza cam pioni da 1 a n impostato su 1 6 per le analisi citometriche e su 1 12 per le analisi elettroforetiche Per le analisi citometriche a flusso possibile effettuare ulteriori impostazioni Default Predefinito Fixed time Tempo fisso Number of Cells Numero di cellule and no longer than Non pi a lungo di Abilitare questa opzione se si desidera utilizzare il tempo predefinito per l analisi Il tempo predefinito totale per tutti i campioni 240 sec per campione Abilitare questa opzione se si deside
258. ione Scheda Log Book Registro a pagina 565 4 Fare clic su OK per applicare il filtro alla tabella del registro Sommario A 341 Y Indice analitico Per rimuovere il filtro dalla tabella del registro 1 Sulla barra degli strumenti Log Book Registro fare clic su Reset Azzera SUGGERIMENTO Per nascondere visualizzare le colonne della tabella del registro e disporle in un nuovo ordine fare clic con il pulsante destro del mouse su Co umns Colonne nel menu del contesto Vedere la sezione Configurazioni tabelle a pagina 330 Come effettuare ricerche nel registro possibile ricercare una qualsiasi stringa nel Run Log Registro d analisi e nel System Log Registro di sistema La procedura illustrata di seguito utilizzando l esempio del Run Log Registro di analisi Per effettuare ricerche nel Log Book Registro 1 Sulla barra degli strumenti Log Book Registro fare clic su Find Cerca Viene visualizzata la finestra di dialogo Find Cerca 2 Inserire una stringa di ricerca e selezionare la Direction Direzione della ricerca Find what demo i Fi m Direction Cancel C Up Down Help Sommario A 342 V Indice analitico 3 Fare clic su Find Next Trova successivo Se la stringa di ricerca stata trovata nella cella di una tabella la cella viene evidenziata System Log Yiewer ITS Description Demo Run Started File C Program Files Agilent 2100 Bioanalyzer 2100
259. ione txt o csv ed avere una forma fissa che diversa per le analisi elettroforetiche o citometriche a flusso Per importare informazioni relative a chip campione e studio 1 Nella scheda Chip Summary Riassunto chip fare clic su mport Importa 2 Viene visualizzata la finestra di dialogo Import Sample Information Importa informazio ni sul campione 3 Selezionare il file che contiene le informazioni che si desidera importare e fare clic su Open Apri Le sottocartelle Sample Information Informazioni sul campione Study Information Informazioni sul campione si aggiornano per mostrare i dati importati 4 Dal menu File selezionare Save Salva per rendere permanenti le modifiche Sommario A 309 V Indice analitico Importazione delle regole di evidenziazione dei risultati possibile importare le regole di evidenziazione dei risultati in file di analisi elettroforeti che xsy o in file di dati del chip xad Le regole di evidenziazione dei risultati vengono salvate in file xml vedere la sezione Esportazione delle regole di evidenziazione dei risultati a pagina 322 Per importare le regole di evidenziazione dei risultati 1 Selezionare il contesto Data and Assay Dati e analisi e caricare un analisi elettrofore tica o un file di dati del chip 2 Passare alla Scheda Result Flagging Evidenziazione dei risultati 3 Sulla barra degli strumenti Result Flagging Evidenziazione risultati fare clic su 3
260. ione di un analisi citometrica a flusso Per l esecuzione e la valutazione di un analisi citometrica a flusso occorre conoscere quanto segue e Principi delle misurazioni citometriche a flusso a pagina 193 e Panoramica dell analisi citometrica a flusso a pagina 202 e Preparazione ed esecuzione di un analisi citometrica a flusso a pagina 206 e Analisi e valutazione dei risultati di un analisi citometrica a flusso a pagina 237 Sommario A 192 V Indice analitico Principi delle misurazioni citometriche a flusso Oltre ai test elettroforetici DNA RNA e proteine bioanalizzatore Agilent 2100 supporta le analisi citometriche a flusso e Per prima cosa le cellule vengono colorate con sostanze fluorescenti che corrispondo no a parametri biologici significativi secondo quanto descritto nelle note applicative relative ad ogni tipo di analisi Colorazione delle cellule a pagina 194 descrive il prin cipio e Successivamente le cellule colorate vengono analizzate sul chip Passano in fila india na attraverso il rivelatore che analizza l intensit della loro colorazione fluorescente rossa o blu risultati vengono visualizzati in forma di istogramma o di dot plot Vedere la sezione Rivelazione delle cellule con Bioanalizzatore Agilent 2100 a pagina 196 per una descrizione dettagliata Sommario A 193 Y Indice analitico Colorazione delle cellule Con il software 2100 expert possibile differenziare diverse
261. ione di zoom Annulla tutte le azioni di zoom Adatta le scale degli assi X ed Y a tutti gli istogrammi sovrapposti Tutte le curve saranno visibili completamente negli istogrammi sovrapposti Mette una copia dell istogramma selezionato blu o rosso negli appunti A 442 Y Indice analitico ia Apre una finestra di dialogo di sistema che consente di salvare l isto gramma selezionato blu o rosso come immagine in formato Windows Meta File wmf Windows Bitmap bmp o JPEG jpg FA Passa dalla scala dell asse X lineare a quella logaritmica e viceversa Overlaid Samples Consente di sovrapporre elettroferogrammi da campioni multipli solo visualizzazione singola Ogni istogramma sar visualizzato in un colore differente e sopra il grafico apparir una legenda dei colori e Sample 1 6 Campioni da 1 a 6 seleziona un singolo campione da sovrapporre al campione attuale che non disponibile nel menu e No Overlay Non sovrapporre annulla la sovrapposizione e All Samples Tutti i campioni sovrappone tutti i campioni del chip h Inserisce un marker nell istogramma g Copia il marker selezionato in tutti gli altri istogrammi dell analisi del chip solo analisi generiche Il Apre la casella di dialogo nsert Existing Markers Inserisci marker esistenti vedere la sezione Insert Existing Markers Inserisci marker esistenti a pagina 642 che consente d inserire nell isto gramma attuale un marker esistente su al
262. ione presenti nelle tabelle dei risultati e dei picchi saranno aggiornati Sample 3 Size kDa Rel Conc ug ml Calib Conc ug ml Total Observations 1 lt 6 0 oa 0 0 0 0 Lower Marker 8 3 0 0 0 0 0 0 System Peak 3 9 5 0 0 0 0 0 0 System Peak vb 210 0 100 0 0 0 0 0 Upper Marker Sommario A 161 Y Indice analitico Esempio Inserimento della linea di base del picco Per inserire i picchi manualmente 1 Evidenziare la scheda E ectropherogram Elettroferogramma nel contesto Data and Assay Dati e analisi e fare zoom avanti sull elettroferogramma per ingrandire il picco desiderato Sample 3 Size kDa Rel Conc ug ml Calib Conc ug ml Total Observations 1 4 6 0 0 0 0 0 0 0 Lower Marker zm 8 3 0 0 0 0 0 0 System Peak 3 9 5 0 0 0 0 0 0 System Peak vb 210 0 100 0 0 0 0 0 Upper Marker Sommario A 162 V Indice analitico 2 Fare clic con il pulsante destro sull elettroferogramma e selezionare Add Peak Aggiun gi picco sul menu del contesto Sample 3 E Copy Electropherogram P Save Electropherogram Manual Integration Sommario A 163 Y Indice analitico 3 Vengono visualizzati i due punti della linea di base e la linea che li connette ed i risultati dell integrazione presenti nelle tabelle dei risultati e dei picchi saranno aggiornati Size kDa
263. ione riassume brevemente i passaggi necessari per preparare ed eseguire un analisi Panoramica di 2100 Expert a pagina 33 illustra le caratteristiche principali del softwa re 2100 expert e descrive a grandi linee le pi importanti funzioni operative Come passare dall analisi elettroforetica all analisi citometrica a flusso e viceversa a pagina 52 spiega come sostituire le cartucce un operazione indispensabile per pas sare dall analisi elettroforetica a quella citometrica a flusso e viceversa Esecuzione e valutazione di un analisi elettroforetica a pagina 61 spiega come utiliz zare il bionalizzatore per le analisi elettroforetiche fornisce una descrizione dettagliata di tutti i passaggi necessari per eseguire un analisi elettroforetica e mostra come analizzare e valutare i risultati delle analisi mediante elettroferogrammi ed immagini gel simili analoghe Esecuzione e valutazione di un analisi citometrica a flusso a pagina 192 spiega come utilizzare il bioanalizzatore per le analisi citometriche a flusso fornisce una descrizione dettagliata di tutti i passaggi necessari per eseguire le analisi citometriche e mostra come analizzare e valutare i risultati delle analisi mediante istogrammi e dot plot Sommario A1Y Indice analitico e Lavorare con i dati di chip e analisi a pagina 290 spiega come aprire salvare impor tare ed esportare i file nonch come stampare i risultati delle analisi e Configurazion
264. iore area Select Data Files Seleziona file di dati possibile e Selezionare un file di dati del chip xad L elenco Select Data Files Seleziona file di dati contiene tutti i file elettroforetici xad che sono stati aperti utilizzando il comando File gt Open File gt Apri NOTA L elenco Select Data Files Seleziona file di dati contiene anche tutti i file elettrofore tici xad che sono aperti nel contesto Data and Assay Dati e analisi e Navigare tra i campioni del file di dati del chip e Aggiungere campioni a file di confronto nuovi o esistenti r7 All Comparison Files E ComparisonFile1 DNA1 L Sample 4 LI Sample 1 5 ComparisonFile0 DNA1000 LI Sample 2 L Sample 3 LI Sample 6 Select Data Files E 2003 09 22_13 03 25 xad Y Sample 1 Sample 2 Samp Samp Add Sample to New Comparison Fi Sample Ladder Sommario A 462 V Indice analitico Sia la parte superiore che quella inferiore forniscono i menu dei contesti Nella parte superiore della struttura ad albero facendo clic con il pulsante destro su un file xac apre un menu del contesto con le seguenti funzioni Voce del menu Funzione Save Salva Salva il file di confronto selezionato con il suo nome attuale Close Chiudi Chiude il file di confronto selezionato Print Stampa Visualizza la finestra di dialogo Print Stampa che consente di gene rare diverse stampe del file di confronto s
265. ip Questa analisi descritta nella sezione Esecuzione di un analisi elettroforetica a pagina 81 Sommario A 607Y Indice analitico AI termine dell analisi del chip possibile e Dare una prima occhiata ai risultati vedere la sezione Visualizzazione dei risultati d analisi Elettroforesi a pagina 92 e Documentare l analisi del chip vedere la sezione Inserimento di informazioni relative a chip campione e studio a pagina 89 e Analizzare e valutare i risultati Analisi e valutazione dei risultati di un analisi elettroforetica a pagina 104 Result Flagging Evidenziazione dei risultati a pagina 179 Sommario A 608 Y Indice analitico Selezione di un tipo di analisi elettroforetica per il chip Per selezionare un tipo di analisi 1 Passare al contesto nstrument Strumento Context Data and Ass L 2i Validation la Comparison 2 Su Pannello della struttura ad albero selezionare il bioanalizzatore che si desidera uti lizzare g All Instruments w Instrument 1 l L angolo in alto a sinistra della scheda nstrument Strumento contiene un icona che mostra lo stato del bioanalizzatore Viene visualizzata una delle seguenti icone coper chio aperto chiuso che indica che il bioanalizzatore stato rilevato dal sistema Sommario A 6009Y Indice analitico 3 Se nessuna di queste icone visibile controllare che il bioanalizzatore sia acceso e connesso correttame
266. ire le zone d interesse nell elettroferogramma Per effettuare questa operazione 1 Selezionare la scheda secondaria Region Table Tabella zone nella scheda E ectrophe rogram Elettroferogramma 2 Fare clic con il pulsante destro sull elettroferogramma e selezionare Add region Aggiungi area 7 Undo Zoom YE Undo All i Copy Electropherogram Aa Save Electropherogram d Manual Integration Automatic Integration Sample 3 Sampl From nt To nt Corr Area of Total Color 1 812 1 888 11 5 30 ___ 2 2 616 4 326 8 2 22 M Sommario A 136 V Indice analitico Verr inserita un area nell elettroferogramma La Region Table Tabella aree visualizza i valori delle aree inserite 3 Ripetere le operazioni descritte ai punti precedenti fino ad avere inserito il numero di zone richiesto 4 Regolare le zone spostando direttamente le linee tratteggiate sull elettroferogramma 5 Perrimuovere una regione fare clic con il pulsante destro sulla linea tratteggiata all in terno dell elettroferogramma e selezionare Remove Region Rimuovi area sul menu del contesto J Undo 2 TS y Undo All ta Copy Electropherogram rai Save Electropherogram Set Master Sample 4 Add Region ai Remove Region x Sample 3 Sampl From nt To nt Corr Area of Total Color 1 812 1 888 11 5 30 2 2 616 4 326 8 2 2 Sommario A 13
267. iscela gel colorante dalla luce Rimuovere i coperchi di protezione dalla luce solo nel momento del pipettaggio Il colorante si decompone quando viene esposto alla luce e Per ogni nuovo kit LabChip utilizzare una nuova siringa ed un nuovo pulitore per l elet trodo e Non toccare il bioanalizzatore Agilent 2100 durante l analisi di un chip e non metterlo mai su una superficie che pu vibrare e Conservare tutti i reagenti e le miscele di reagenti refrigerati a 4 C quando non sono in uso e Lasciare equilibrare a temperatura ambiente per 30 minuti tutti i reagenti e i campioni prima dell uso e Utilizzare i chipcaricati entro 5 minuti reagenti potrebbero evaporare inficiando i risul tati Sommario A76Y Indice analitico Analisi RNA e Indossare sempre i guanti quando si utilizza RNA ed utilizzare puntali microprovette e acqua privi di RNase e Si raccomanda di denaturare tutti i campioni di RNA e lo standard di RNA per riscalda mento prima dell uso 70 C 2 minuti e Agitare sempre con vortex il colorante concentrato per 10 secondi prima di preparare la miscela gel colorante Analisi della proteina e Conservare il tampone per il campione dei proteina 20 C dal momento dell arrivo Tenere le vial in uso a 4 C per evitare cicli di congelamento scongelamento e Prima dell uso lasciare equilibrare a temperatura ambiente per 20 minuti il colorante concentrato per essere sicuri che il DMSO sia completamente scongelato
268. isualizzare immediatamente i risultati nel contesto Data and Assay Dati e analisi occorre selezionare la casella di controllo Select file in Data Context Seleziona file nel contesto Dati 2 Fare clic su OK Sommario A 223 Y Indice analitico La finestra di dialogo viene chiusa e Selezionando Select file in Data Context Seleziona file nel contesto Dati si viene inviati direttamente al contesto Data and Assay Dati e analisi dove possibile visualizzare analizzare e valutare i risultati dell analisi del chip vedere la sezione Visualizzazione dei risultati d analisi Citometria a flusso a pagina 230 e Analisi e valutazione dei ri sultati di un analisi citometrica a flusso a pagina 237 e Se invece non viene selezionata la casella di controllo Select file in Data Context Seleziona file nel contesto Dati il software riporta indietro al contesto nstrument Strumento dove per esempio possibile far partire una nuova analisi Sommario A 224 V Indice analitico Interruzione dell analisi di un chip possibile interrompere l analisi di un chip in qualsiasi momento per esempio e Se la qualit dei risultati d analisi non soddisfa le aspettative e Se per esempio dopo tre soli campioni si hanno gi a disposizione tutte le informazioni richieste e si vuole analizzare un atro chip NOTA Non possibile riprendere un analisi interrotta NOTA Quando si interrompe l analisi di un chip l esportazione autom
269. isualizzata una casella con un messaggio che richiede se il file di registro del sistema deve essere cancellato Fare clic su questo pulsante per eliminare il file di registro del sistema SystemLogBook log situato nella sottodirectory log Attiva la modalit Auto Run Appena il coperchio del bioanalizzatore Agilent 2100 chiuso e viene rilevata la presenza di un chip adatto se questa opzione selezionata l analisi si avvia automaticamente A 595 V Indice analitico Auto Export Attiva la modalit di esportazione automatica Ogni nuova analisi del Esportazione chip sar esportata automaticamente Facendo clic sul pulsante automatica Settings Impostazioni si fa apparire la finestra di dialogo che con sente di selezionare il tipo e la posizione finale dei dati da esportare Auto Export Esportazione automatica Per ulteriori informazioni sull esportazione dei dati vedere la sezione Esportazione dei dati a pagina 311 Auto Print Attiva la modalit di stampa automatica Ogni nuovo file di dati del Stampa chip generato sar inviato automaticamente alla stampante Facendo automatica clic sul pulsante Settings Impostazioni viene visualizzata la fine stra di dialogo che consente di definire il tipo di stampa e di selezio nare una stampante Auto Print Stampa automatica Per ulteriori informazioni sulla stampa vedere la sezione Stampa dei report a pagina 323 NOTA Le impostazioni Auto Print
270. iva disponibile nella sottodirectory assays demo electrophoresis subdirectory della cartella d installazione di 2700 expert Nella sottodirectory data samples resultflagging della cartella d installazione di 2100 expert sono disponibili ulteriori esempi di regole di evidenziazione dei risultati xml che si possono importare nell analisi dimostrativa Protein 200 Plus Sommario A 180 V Indice analitico Definizione delle regole di evidenziazione dei risultati Le regole possono essere definite nella scheda Result Flagging Evidenziazione dei risul tati disponibile nel contesto Data and Assay Dati e analisi se viene selezionato un file di dati del chip xad o di analisi xsy Assay Properties Chip Summary Gel Electropherogram Result Flagging Log Book Label Expression IF Expression comment Found Ladder 2 PeakFound 93 ABS 1 gt 0 Found Ladder 3 PeakFound 31 ABS 1 gt ia TRUE Default rule Execution Mode is Normal Label Expression Edit Assisted Advanced Found Ladder 2 Compose label expression here If Expression Edit Label Prefix PeakFound 93 ABS 1 gt 0 Found Ladder e Label Function z Comment Edit Label Suffix 2yNntax PeakFoundffloat size enum Windowtype float Window int ChannelID Description Used to check whether certain sized fragment is found or not It Returns the PeakID of the peak if the fragment was Found otherwise return
271. izione queste sono e DNA 1000 e DNA 12000 Laddering e DNA 12000 e DNA 500 e DNA 7500 Sommario A 395 V Indice analitico Voce del menu Assays Analisi Funzione Electrophoresis RNA Elettroforesi RNA Electrophoresis Protein Elettroforesi Proteina Electrophoresis Others Elettroforesi Altri Sommario Tutte le analisi situate nella cartella assays electropho resis RNA vengono elencate qui Per predefinizione que ste sono e Eukaryote Total RNA Nano e Eukaryote Total RNA Pico e mRNA Nano e mRNA Nano e Prokaryote Total RNA Nano e Prokaryote Total RNA Pico Tutte le analisi situate nella cartella assays electropho resis protein vengono elencate qui Per predefinizione queste sono e Protein 50 e Protein 200 Plus Tutte le analisi situate nella cartella assays electropho resis altri vengono elencate qui Per predefinizione que ste sono e Cy5 Labeled Nucleic Acids Nano A 396 V Indice analitico Voce del menu Assays Analisi Funzione Flow Cytometry Citometria a flusso Sommario Tutte le analisi situate nella cartella assays electropho resis flow cytometry vengono elencate qui Per predefini zione queste sono e Antibody Staining Colorazione anticorpi e Apoptosis Apoptosi e Apoptosis Fast protocol Apoptosi protocollo veloce siRNA Transfection Viability Fattibilit di transfezione siRNA Blue to Red
272. l area coperta in relazione all area totale Abilitazione dell analisi di smear Per abilitare l analisi di smear 1 Passare alla scheda Flectropherogram Elettroferogramma nel contesto Data and Assay Dati e analisi 2 Passare al navigatore delle impostazioni e selezionare la scheda Local Locale o Global Globale in base al campione che si deve analizzare 3 Selezionare la modalit Advanced Avanzata Sommario A 134 Y Indice analitico 4 In Smear Analysis Analisi di smear selezionare la cartella Perform Smear Analysis Esegui analisi di smear Local Global Advanced z Collapse Align to lower marker x a Quantitation Concentration of upper 100 Concentration of lower 1 Sizing Standard Curve Point to Calibration Calibration Expected c 0 Calibration Peak time 1 Calibrate all Smear Analysis E Baseline calculation Baseline start time s 15 Baseline end time s 47 Zero Baseline x Filter Settings Filter width s 0 5 Polynomial order 4 Integrator Integration start time s 15 Integration end time s ea Slope Threshold Defaults _appivy Akik Cancel i Help i 5 Facendo clic sul neo Apply Applica le modifiche diventano effettive Sommario A 135 V Indice analitico Esecuzione dell analisi di smear Dopo aver abilitato l analisi di smear sul navigatore delle impostazioni possibile inse r
273. l area e la percen tuale rispetto all area totale e Con un analisi della proteina la casella di descrizione dei comandi mostra la dimensio ne della proteina in kDA e la sua concentrazione relativa in ug ml Sommario A 512 V Indice analitico La linea di divisione tra l immagine gel simile e le sottocartelle pu essere spostata in direzione verticale per dare pi o meno spazio ad una delle due parti RNA Area 61 2 RNA Concentration 101 ngul rRNA Ratio 28s 185 1 2 RNA Integrity Number RIM 7 9 Facendo clic con il pulsante destro sull immagine gel simile viene visualizzato il seguente menu 2 Undo Zoom L Undo All tar Copy Gel ua Save Gel Sono disponibili le seguenti funzioni Undo Zoom Annulla l ultima azione di zoom panoramica o ridimensionamento Annulla zoom Undo All Annulla tutte le azioni di zoom pan e ridimensionamento Annulla tutti Sommario A 513 Y Indice analitico Copy Gel Mette una copia del grafico del gel di tutti i campioni negli appunti Copia gel Save Gel Apre una finestra di dialogo di sistema che consente di salvare il gra Salva gel fico del gel tutti i campioni come immagine in formato JPEG jpg Windows Bitmap bmp o Tagged Image File Formati tif Scheda secondaria Results Risultati Per le analisi di DNA e proteina viene mostrato il Number of peaks found Numero di picchi trovati Number of peaks found 4 Total Rel Conc 1
274. l momento in cui vengono rivelate e visualizzate come punti Nel sistema di coordinate pu essere letta l intensit della fluorescenza rossa e blu di ogni evento Il nome del campione attualmente misurato viene visualizzato nella parte alta del grafico mentre il numero totale di eventi e la percentuale di eventi filtrati vengono ripor tati nella parte bassa del grafico mixture Regibn 1 103 o Di Red Fluorescence S 10 102 10 10 10 10 103 10 Blue Fluorescence Total Events 1036 of gated 52 2 Chip Setup DotPlot Sommario A 479 V Indice analitico Le aree se definite vengono visualizzate come rettangoli colorati Scheda Diagnostics Diagnostica Sulla scheda Diagnostics Diagnostica possibile selezionare ed avviare test diagno stici per l hardware sul bioanalizzatore selezionato test controllano i componenti hard ware e forniscono lo stato operativo attuale dello strumento Instrument Diagnostics Name DE11700058 Serial DE11700058 Firmware C 01 03F Product ID G2938B Available Tests Start Select All Unselect All Hol New Test Properties ID 28 Name Communication Test Description Tests if communication with instrument is functioning Apply Name Description Status bi De Communication Test Tests if communication with instrument is Funct
275. le Pages Passa all anteprima a pagine multiple Pagine multiple Zoom Out Consente di ridurre l anteprima di stampa Zoom indietro Zoom In Consente di ingrandire l anteprima di stampa Zoom avanti Sommario A 651 Y Indice analitico Zoom Previous Page Pagina precedente Next Page Pagina successiva Back Indietro Forward Avanti Consente di selezionare un fattore di zoom Scorre indietro di una pagina Scorre avanti di una pagina Ritorna indietro all ultima pagina visualizzata Torna avanti all ultima pagina visualizzata Sommario A 652 Y Indice analitico Save Selected Samples Salva campioni selezionati Scopo Questa finestra di dialogo viene utilizzata per selezionare un sottoinsieme dei campioni del file xad attuale per il salvataggio Save Selected Samples x Data File Demo mRNA Nano xad Location C datalsamplesidemolelectrophoresis ID Smaple Name Comment Category Selected 1 Mouseivermenasampea Sample 2 Ratlungm Na sample O OOOO Seme j 3 RatbranmaNA sample O OOOO O O m 4 MouseivermRNAasamea Sample d 5 Ratlungm Na sample OOOO Sample e Ratbram mana sample 1 Seme 7 MouselvermRNAsamea OOOO Semple 8 Ratlungm Na sample O OOOO Seme 10 Mouse ver mRNA sampe Sample 11 Ratlungm8Na sampe8 Sample 12 Ratbrain ma same Sample e A E A Apply Cancel Sommario A 6053 V Indice analitico Accesso Se stato selezionato u
276. le e consente di scrivere espressioni arbitrarie complesse utilizzando funzioni variabili ed operatori SUGGERIMENTO Le regole di evidenziazione dei risultati possono essere esportate da altri file di analisi o dati dei chip Vedere la sezione Esportazione delle regole di evidenziazione dei risul tati a pagina 322 e Importazione delle regole di evidenziazione dei risultati a pagina 310 Sommario A 186 V Indice analitico Per definire una regola di evidenziazione dei risultati per un analisi elettroforetica 1 Nel contesto Data and Assay Dati e analisi aprire e selezionare un file di dati del chip xad o di analisi xsy 2 Passare alla scheda Result Flagging Evidenziazione risultati 3 Creare una nuova regola facendo clic sul pulsante Add Rule d Aggiungi regola sulla barra dei risultati Result Flagging Evidenziazione dei risultati 4 Selezionare la regola dall elenco delle regole nella parte alta della scheda 5 Utilizzare il pulsante Edit Modifica per passare da una all altra delle sezioni Label Expression Espressione etichetta f Expression Espressione se Comment Commento e Color Expression Espressione colore Sommario A 187 V Indice analitico 6 Inserire un espressione nella finestra f Expression Espressione se Le espressioni possono essere composte effettuando delle selezioni sugli elenchi a tendina sulla destra ed inserendo i valori Espressioni multiple possono essere combi nate con gli
277. lectrophoresis Export Options x Electrophoresis Export Result Tables Create a csv file containing result table values I Exclude Markers J Include Ladders J Strip off Excluded Peaks IV Sample Data Export textual list files one file per sample IV Gel Image Export the gel image IV As one image e Formats I Each lane separately f Formats Electropherogram Images si Formats Export the electropherogram of each sample as a separate file TT Export to XML Export the complete data file into self describing XML format Export Directory Default C 2100 Bioanalyzer 2100 expertiData Custom C 2100 Bioanalyzer 2100 expert Data vi TT Create daily subdirectories Cancel Help Sommario A 607 V Indice analitico Accesso Questa finestra di dialogo pu essere aperta selezionando File gt Open File gt Apri con un file di dati del chip elettroforetico xad selezionato Elementi Categorie di esportazione dei dati e ettroforetici Result Tables Tabelle dei risultati Sample Data Dati del campione Sommario Crea un file csv contenente le tabelle dei risultati Tutti i campioni misurati vengono esportati in un file Durante l esportazione possi bile e Escludere marker e Includere standard e Togliere i picchi esclusi Esporta file elenco di testo csv un file per campione Questi file sono indirizzati ad utenti avanzati che desiderano analizz
278. lettroferogramma viene facilitata possibile effettuare il confronto dei campioni e la ripetibilit degli esperimenti assicurata Scopo Cosa si pu fare con il RIN e Ottenere una valutazione dell integrit dell RNA e Confrontare i campioni di RNA per esempio prima e dopo la spedizione confrontare l integrit dello stesso tessuto tra diversi laboratori ecc e Assicurare la ripetibilit degli esperimenti per esempio se il RIN mostra un dato valore ed adatto per esperimenti microarray allora il RIN dello stesso valore pu sempre es sere utilizzato per esperimenti microarray premesso che provenga dallo stesso organi smo tessuto metodo di estrazione Sommario A 114Y Indice analitico Cosa NON possibile fare e Dire ad uno scienziato prima del tempo se un esperimento potr riuscire se non stata effettuata la validazione per esempio il RIN con valore 5 potrebbe non funzionare per gli esperimenti microarray ma potrebbe funzionare ottimamente per un esperimento RT PCR Ed anche un RIN che potrebbe andare bene per un amplificazione 3 potrebbe non funzionare per un amplificazione 5 Peri campioni dell RNA totale il calcolo del RIN una parte dell analisi dei dati Il numero d integrit dell RNA viene visualizzato nella scheda secondaria Results Risultati della scheda Gel o della scheda E ectropherogram Elettroferogramma del contesto Data and Assay Dati e analisi Viene incluso anche nei file di espor
279. lisi attuale Electropherogram Passa alla Scheda Electropherogram Single Grid View Elettroferogramma Elettroferogramma Visualizzazione singola griglia del file di dati del chip o di analisi attuale Barra del contesto Mostra o nasconde il Barra del contesto Sommario A 390 V Indice analitico Voce del menu Funzione View Visualizza Struttura ad albero Mostra o nasconde il Pannello della struttura ad albero Pannello inferiore Mostra o nasconde Pannello inferiore immagine grafica del chip o del gel Sommario A 391 Y Indice analitico Contesto Data and Assays Dati e analisi selezionata analisi citometrica a flusso View ha Histogram Dotplot Context Bar E Tree View Lower Panel Voce del menu View Visualizza Funzione Histogram Istogramma Dotplot Barra del contesto Struttura ad albero Pannello inferiore Passa alla Scheda Histogram Single Grid View Isto gramma Visualizzazione singola a griglia del file di dati del chip o di analisi attuale Passa alla Scheda Dot Plot Single Grid view Visualizza zione singola a griglia del file di dati del chip o di analisi attuale Mostra o nasconde il Barra del contesto Mostra o nasconde il Pannello della struttura ad albero Mostra o nasconde Pannello inferiore immagine grafica del chip o del gel Sommario A 392 V Indice analitico Contesto Instrument Strumento View LI Single Vie
280. lisi del chip com presi il punto iniziale ed il punto finale e qualsiasi errore o problema avvenuto durante l analisi La tabella del registro d analisi visibile nel contesto Data and Assay Dati e analisi selezionando la tabella Log Book Registro Assay Properties Chip Summary Gel Electropherogram Result Flagging Log Book Description Source Category Sub Category Time Stamp Run Started on port 1 Instrument 09 10 2003 10 04 38 Product ID 629386 Instrument 09 10 2003 10 04 38 Instrument Name Instrument 09 10 2003 10 04 38 Vendor Agilent Instrument 09 10 2003 10 04 38 Serial Number DE11700058 Instrument 09 10 2003 10 04 38 Version C 01 03a Instrument 09 10 2003 10 04 38 Clamshell CLADI Instrument 09 10 2003 10 04 38 Vedere la sezione Scheda Log Book Registro a pagina 565 per ulteriori informazioni sulla tabella del registro d analisi Il registro d analisi viene salvato nel file di dati del chip xad e non pu essere cancel lato Sommario A 337 Y Indice analitico Registro del sistema La tabella System Log Registro del sistema comprende eventi di avvio e arresto del software 2100 expert e per esempio errori e problemi relativi ai bioanalizzatori connessi La tabella di registro del sistema pu essere visualizzata selezionando System Log Registro sistema nel menu Tools Strumenti inixi PVI Description Number Source Categ
281. lizzando Test del corto circuito un chip vuoto Nota i limiti di questo test prevedono una temperatura ambiente di 25 C ed una umidit relativa inferiore o pari al 60 Valori di temperature o umidit relativa pi elevati possono por tare a dispersione di corrente Optics Test Verifica il corretto allineamento dell ottica interna ed il funziona Test dell ottica mento corretto del laser e del LED High Voltage Stability Controlla l accuratezza e la stabilit a voltaggio elevato di tutte Test Test di stabilit ad le 16 alimentazioni ad alto voltaggio richiesto un chip inutiliz alto voltaggio zato DNA RNA o proteine High Voltage Accuracy Verifica dei controlli dell alto voltaggio Test Test di accura tezza ad alto voltaggio Test accuratezza alto Controllo del diodo di riferimento del canale nella direzione di voltaggio sotto carico trasmissione Sommario A 4183 V Indice analitico Autofocus Test Controlla la capacit di focalizzazione del sistema ottico Test di focalizzazione E richiesto il Chip test di focalizzazione automatica automatica Laser Stability Test Misurazione della stabilit del segnale rosso del laser Test di stabilit del laser Electrode Diode Test Controlla il fotodiodo e le prestazioni corrente verso voltaggio Test dell elettrodo delbioanalizzatore richiesto il Chip test dell elettrodo diodo diodo Test della cartuccia a pressione Pressure Offset Test l siste
282. lizzato nel campo del testo Sommario A 591 V Indice analitico Options Graph Settings Opzioni Impostazioni grafiche Scopo possibile confrontare i campioni sovrapponendo i loro elettroferogrammi istogrammi Sulla scheda Graph Settings Impostazioni grafiche della finestra di dialogo Options Opzioni possibile impostare i colori elettroferogramma istogramma del segnale nei grafici sovrapposti x Data Files Chip Alert Graph Settings Advanced Signal Color Signali P Signal5 N Signal9 77 Signal2 I Signal 6 Ra Signal 10 RI Signal3 TT Signal TT Signal 11 I Signal 4 0 Signals I Signal 12 RI Cancel Help Sommario A 592 V Indice analitico Accesso Aprire questa finestra di dialogo selezionando Tools gt Options Strumenti gt Opzioni e facendo clic sulla scheda Graph Settings Impostazioni grafiche Elementi Signal Color La casella colorata identificata da Signal n dove n sta per il numero Colore del del campione mostra il colore della curva nel grafico sovrapposto segnale Fare clic su questa casella per aprire la finestra di dialogo Color Colore Selezionare un colore per il segnale ed assegnarlo facendo clic su OK Sommario A 593 V Indice analitico Options Advanced Opzioni Avanzate Scopo Sulla scheda Advanced Avanzate della finestra di dialogo Options Opzioni possibile e Impostare i limiti di spazio sul disco per la memorizzazi
283. ll area modificarne il nome e definirne la posi zione e le dimensioni Per configurare un area 1 Fare clic sul bordo per selezionare l area che si desidera configurare OPPURE Fare clic con il pulsante destro del mouse sulla riga corrispondente della tabella dei risultati e selezionare Configure Region Configura area sul menu del contesto OPPURE Fare clic sul bordo dell area per selezionarla quindi fare clic sul pulsante Configure Region Configura area sulla barra degli strumenti Viene visualizzata la finestra di dialogo Configure Region Configura area Configure Region x x Name Region 1 Top 3438 99 Left 6 88 Bottom 21 4 Right 300 58 Region Color esi tr Cancel Help 2 Inserire un Name Nome per l area Si consiglia di utilizzare un nome di facile comprensione Sommario A 264 V Indice analitico 3 Inserire i valori di fluorescenza relativi al lato sinistro destro inferiore e superiore del rettangolo per definire la posizione e le dimensioni dell area Questi valori corrispondono ai limiti superiore ed inferiore del marker degli istogrammi blu e rosso 4 Fare clic sul pulsante posto accanto al quadratino colorato per aprire la finestra di dia logo Color Colore e selezionare un colore per il bordo dell area 5 Fare clic su OK Per colorare i punti presenti nelle aree 1 Fare clic sul pulsante Color Dots Colora i punti sulla barra degli st
284. ll interno delle cellule con Bioanalyzer 2100 tramite colorazione degli anticorpi Per una descrizione dettagliata delle modalit di valutazione dei risultati utilizzando i marker e le aree vedere la sezione Utilizzo degli istogrammi per la valutazione a pagina 238 e Utilizzo dei dot plot per la valutazione a pagina 260 Direzione del filtro La direzione del filtro va dalla fluorescenza blu alla fluorescenza rossa In base al colo rante utilizzato possibile utilizzare tutte le cellule colorazione degli acidi nucleici o solo le cellule viventi coloranti calceina per cellule viventi per il filtro Sommario A 272 Y Indice analitico Valutazione dell istogramma Per il filtro viene utilizzato l istogramma blu Fluorescenza elevata nell istogramma blu significa che le cellule sono viventi se viene utilizzato un colorante indicatore di vita Un basso livello di fluorescenza indica che le cellule sono morte Quando si utilizza un colorante per acidi nucleici non possibile distinguere tra le cellule vive e quelle morte possibile solo contare tutte le cellule analizzate Come esempio vedere l immagine seguente t Valori di fluorescenza elevati indicano cellule viventi Calcein SIE GS NL LO LI UL N n g Le v gt di pa o Valori di fluore scenza bassi indi cano cellule morte o Fluorescence Sommario A 2733Y Indice analitico valori vengono visualizzati nella tabella dei risult
285. lmente Boe Picco escluso Menu Context Contesto Facendo clic con il pulsante destro sulla tabella dei picchi viene visualizzato il seguente menu Ge Export Ei Configure Columns E3 Copy To Clipboard Ctrl C AT Scale to Selected Peak Manually Set Lower Marker W Manually Set Upper Marker K Manually Set Calib Protein 3 Exclude Peak Sommario A 519 V Indice analitico Sono disponibili le seguenti funzioni Export Esporta Apre una finestra di dialogo del sistema che consente di salvare la tabella dei picchi come file csv o xls Configure Apre la finestra di dialogo Configure Columns Configura Columns colonne Configura colonne Copy To Clipboard Mette la tabella dei picchi negli appunti La tabella pu essere Copia negli anche incollata in un altra applicazione come ad esempio MS appunti Excel Se viene selezionata una parte della tabella verr copiata solo questa parte Scale to Selected Adatta la scala dell asse Y Il picco selezionato viene visualizzato Peak Riscala in con l altezza massima Altri picchi possono risultare tagliati fuori in base al picco altezza selezionato solo elettroferogramma Manually Set Trasforma il picco selezionato nel marker inferiore Lower Marker Imposta manualmente marker inferiore Sommario A 520 V Indice analitico Manually Set Upper Trasforma il picco selezionato nel marker superiore Marker Imposta manua
286. lmente marker superiore solo per le analisi DNA e Proteina Manually Set Calib Trasforma il picco selezionato in una proteina di calibrazione Protein Proteina solo analisi della proteina Calibrate Protein Il picco selezionato verr calibrato Calibra proteina solo analisi della proteina Exclude Peak Esclude il picco dall analisi per il campione Escludi picco Sommario A 521 Y Indice analitico Scheda secondaria Fragment Table Tabella dei frammenti solo analisi RNA Per ogni picco riga la tabella mostra i risultati di frammenti predefiniti specifici Name Start Time s End Time s Area of total Area 1 jies 31 86 32 73 6 02 5 16 2 285 36 48 38 18 2 42 2 07 qersssacsoszissassesscesazzaconisaziannesentea Fueesiti rese sTsseesoresssosesessseseseessoscoei Per predefinizione vengono visualizzate tutte le colonne disponibili Fragment Number L ordine in cui i frammenti sono stati rilevati Numero del fram mento colonna all estrema sinistra Name Nome Un nome assegnato dall utente o predefinito al frammento tro vato Tipicamente 16 23S per analisi procariote o 185 28S per analisi eucariote Start Time s Mostra il tempo iniziale del picco in secondi Tempo iniziale s Sommario A 522 V Indice analitico End Time s Mostra il tempo finale del picco in secondi pempo Ninas tempi iniziale e finale sono anche rapp
287. lo attivo dei fluidi senza spostamento delle parti sul chip attraverso l impiego di elettrodi miniaturizzati o pompe controllate da script software e Emulazione di pompe per liquidi valvole dispensatori reattori sistemi di separazione ecc di tipo convenzionale e Capacit di trasferimento separazione diluizione reazione ed altro dei liquidi Molarit Concentration 108 nmol Molarity 650 Size l i Dove La molarit viene misurata in nanomoli per litro nmoli l La concentrazione viene misurata in nanogrammi per microlitro ng pl La dimensione viene misurata in coppie di basi bp g 660 k mol bp il peso molecolare di una singola coppia di basi Sommario A 690 V Indice analitico P Plateau linea di base Questa impostazione disponibile sul navigatore delle impostazioni rifiuta le aree piccole e a scarsa pendenza in prossimit dei picchi o tra picchi non risolti alla linea di base Il ritorno del segnale alla linea di base viene riconosciuto ogni volta che la pendenza dei dati inferiore allo Slope Threshold Limite di pendenza impostato sia positivo che negativo per un tempo pi lungo di quello impostato per il plateau della linea di base Porta COM Vedere Porta seriale Porta seriale Le porte seriali porte COM vengono utilizzate per collegare il computer con il bioanalizzatore Agilent 2100 Il numero di porte disponibili dipende dal computer utilizzato Pulizia dell elettrodo D
288. lo inferiore Il pannello inferiore situato nell angolo in basso a sinistra della finestra dell applica zione E disponibile nel contesto Data and Assay Dati ed analisi dove pu essere utiliz zato per navigare tra i campioni SUGGERIMENTO Per avere pi spazio sullo schermo per il Pannello della struttura ad albero il pannello inferiore pu essere nascosto selezionando View gt Lower Panel Visualizza gt Pannello inferiore Icona del chip Quando vengono visualizzate la Scheda Gel Scheda Histogram Single Grid View Isto gramma Visualizzazione singola a griglia o Scheda Dot Plot Single Grid view Visua lizzazione singola a griglia nel pannello inferiore visibile l icona di un chip Questa icona del chip pi di una semplice immagine il pozzetto attualmente selezionato indi cato da un piccolo cerchio bianco Nell esempio seguente viene mostrato un chip per DNA altri tipi di analisi vengono visualizzate con un diverso colore e con un diverso tipo di chip Sommario A 465 V Indice analitico gt 6 ME 79 O o AREST SCA Mix 3 S ERETT 000 LabChip Facendo clic sull icona del chip aggiorner la visualizzazione del gel riflettendo la nuova scelta Per un chip per l analisi cellulare questo si applica alle visualizzazioni di isto gramma e dot plot m s p E lt Piccola visualizzazione gel Quando viene visualizzata la Scheda Electropherogram Single Grid Vi
289. loficocianina colorazione intra ed extra cellulare degli anticorpi Cy5 Streptavidin marcato e anti IgG marcato apoptosi colorazione intra ed extra cellulare degli anticorpi Alexa 647 595 nm 650 nm 647 nm 650 nm 675 nm 660 nm 665 nm 668 nm Sommario A 195 V Indice analitico Rivelazione delle cellule con Bioanalizzatore Agilent 2100 La tecnologia LabChip consente l analisi delle cellule tramite integrazione del flusso cellulare focalizzazione idrodinamica e rivelazione a fluorescenza in chip microfluidico Una sospensione di cellule pu essere confinata o schiacciata in una porzione del canale microfluidico costringendo le cellule a disporsi in fila indiana per poter essere analizzate una ad una Le immagini seguenti illustrano il processo di schiacciamento Pozzetto del tampone Pozzetto del campione Area di schiaccia mento Cellule Rivelatore Tampone cellulare In un singolo chip possibile analizzare fino a sei campioni di cellule Queste vengono analizzate in sequenza Sommario A 196 V Indice analitico Eventi di analisi Il bioanalizzatore conteggia le cellule colorate con il colorante fluorescente e misura l intensit della loro fluorescenza Ogni cellula o elemento attivo che attraversa il rivela tore ed emette una fluorescenza d intensit superiore al valore di soglia viene contato come un evento Per ogni evento viene registrata l intensit dei due
290. lore di Min Peak Height Altezza minima picco determina se un picco deve essere considerato o no Per ogni picco la differenza tra il valore del punto d inizio ed il valore del punto centrale linea di base locale deve essere maggiore del valore di Min Peak Height Altezza minima del picco L impostazione del Min Peak Width Larghezza minima del picco determina l ammontare minimo di tempo che deve trascorrere prima che sia riconosciuto un picco L impostazione di Slope Threshold Limite di pendenza determina la differenza di pendenza che deve verificarsi perch sia conside rata come inizio di un picco L inverso di questo valore viene utiliz zato per determinare la fine del picco L impostazione Baseline Plateau Plateau linea di base un para metro ausiliario per la ricerca dei picchi Il ritorno del segnale alla linea di base viene riconosciuto ogni volta che la pendenza dei dati inferiore allo Slope Threshold Limite di pendenza impostato sia positivo che negativo per un tempo pi lungo di quello impostato per il plateau della linea di base Questa impostazione rifiuta aree brevi e con scarsa pendenza come tra due picchi non risolti alla linea di base A 146 V Indice analitico Spostamento manuale dei punti d inizio e di fine del frammento RNA e acidi nucleici marcati con Cy5 anche possibile alterare i punti iniziale e finale manualmente per singoli frammenti in un analisi di RNA o di acidi nucleici marcati con Cy
291. lysis Import Setpoints Default Apply Cancel Help Accesso La scheda Assay Properties Propriet d analisi sempre disponibile nel contesto Data and Assay Dati e analisi Sommario A 489 V Indice analitico Elementi Assay Icon Questa icona visualizza il tipo di analisi Icona dell analisi Analisi DNA Protein Proteina elettroforetiche RNA Sommario A 490 V Indice analitico Analisi Apoptosi GFP citometriche Da rosso a blu Proteina verde fluorescente a flusso Colorazione anticorpi Generica Da blu a rosso Elementi attivi di controllo Fattibilit di transfezione siRNA Sommario A 491 Y Indice analitico File Name Nome del file Title Titolo Location Posizione Assay Analisi Gating solo analisi citometriche a flusso Version Versione Modified Modificato Comments Commenti Sommario Nome del file di analisi xsy su cui sono basati l analisi attuale o il file di dati del chip file csy o asy se la base un file di analisi Bio Sizing o Cell Fluorescence Nome dell analisi base Percorso per il file di analisi base Tipo di analisi corrisponde all Assay Icon Icona dell analisi Direzione del filtro vedere anche la sezione Direzione del filtro a pagina 272 KH da blu a rosso o BI da rosso a blu Versione dell analisi Data in cui avvenuta l ultima modifica dell analisi o dei file di dati del
292. ma per il vuoto della cartuccia a pressione costituito da Test di deviazione della una pompa e dai tubi corrispondenti Questo test calibra a zero i pressione sensori della pressione Pressure Control Test Verifica che il bioanalizzatore sia in grado di mantenere la pres Test di controllo della sione operativa di 140 mbar Durante il test la pompa rimane pressione attiva mentre il sistema tenta di regolare la pressione a 140 mbar E richiesto il Chip test di focalizzazione cellulare automatica Sommario A 484 V Indice analitico System Leak Test Test di tenuta del sistema Cell Autofocus Test Test di focalizzazione cellulare automatica Verifica che il bioanalizzatore sia in grado di mantenere il vuoto Produce una pressione di 100 mbar e monitorizza i cambia menti E richiesto il Chip test di focalizzazione cellulare automa tica Controlla che il sistema ottico del bioanalizzatore sia calibrato correttamente E richiesto il Chip test di focalizzazione cellulare automatica Pulsanti di comando Start Stop Avvia Interrompi Select All Seleziona tutti Unselect All Deseleziona tutti Avvia il test selezionato Durante l esecuzione del test questo pulsante si trasforma in Stop Interrompi e consente di annul lare l analisi Seleziona tutti i test presenti nell elenco Deseleziona tutti i test Test Properties Propriet del test In questa area possibile visualizzare dettagli co
293. mary Gel Result Flagging Log Book All Samples FU la Sample 1 Fritto Sample 1 Sample 2 Instrument IR a Data and Assay y5 La Validation Comparison Sample 3 Sample 4 Sample 5 Sample 6 Sample 7 Sample 8 Sample 9 Sample 10 Sample 11 Sample 12 Ladder m a E E Sample 1 0 4b so 60 7 sb Ca 100 rio 120 Is Size bp Conc ng ul Molarity nmol l Observations 1 4 15 4 20 424 2 Lower Marker 2 22 1 55 105 6 n ic A ci cc 3 55 1 23 33 8 4 104 3 90 56 7 5 141 2 89 31 0 6 187 3 58 29 0 7 234 4 38 28 3 8 330 6 28 28 8 lzi clala ei 151608 0 10 ss se Results Peak Table Legend Errors 11 7 2003 14 28 Auto Export Auto Print Auto Run Sommario A40Y Indice analitico Contesto Validation Validazione Il contesto Validation Validazione viene utilizzato per eseguire e documentare i test di qualificazione 2 2100 expert C 09 2003_14 38 44 xvd Read Only New Validation Instrument A a Data and Assay Q al Validation Sw Mt J eda Comparison lA i alidation_24 09 2003_14 I ICI JK Q Read Only Configuration Results Test Name Installation Qualification Test Execution Date and Time
294. mbi che appaiono sulla visualizzazione singola del pozzetto Punto finale L algoritmo di ricerca dei picchi cerca uno scostamento quando il valore della pendenza inferiore al valore impostato come limite di pendenza Questo viene considerato il punto finale del picco Nelle analisi RNA i singoli tempi finali dei picchi possono essere spostati manualmente trascinando i rombi che appaiono sulla visualizzazione singola del pozzetto Sommario A 692 V Indice analitico S Standard Ogni kit di reagenti per LabChip elettroforetico contiene uno standard Uno standard contiene frammenti di DNA e RNA o proteine di dimensioni e concentrazioni note Un pozzetto per lo standard situato nell angolo inferiore destro del chip Lo standard viene analizzato prima di effettuare l analisi del campione Le dimensioni dei picchi ed i marker definiti per lo standard vengono assegnati consecutivamente partendo dal primo picco rilevato nello standard picchi che appaiono oltre il marker superiore non devono essere rilevati La tabella dei picchi relativa al pozzetto dello standard mostra la dimensione e la concentrazione dei picchi Sommario A 693 V Indice analitico Stazione di priming costituita da un sostegno per i chip dotato di una siringa montata sul coperchio che sigilla il chip La siringa viene utilizzata per spingere la soluzione tampone caricata nel pozzetto indicato con la lettera G cerchiata in tutti i passaggi all interno del chip
295. me Description Runs Status Select All E Installation gt Installation Qualification Tests if all installa 0 7 Selected H E HW Unselect a oQ Test Properties ID 1001 Name Installation Qualification Test Description Tests if all installation files are proper Per selezionare i test spuntare la casella di controllo Apply Applica vicino al nome del i test 7 Per selezionare i test selezionati fare clic sul pulsante Start t sulla barra degli strumenti Viene visualizzata la finestra di dialogo Save As Salva con nome Sommario A 368 V Indice analitico 8 Specificare un nome ed una posizione per i risultati del file di validazione xvd quindi fare clic su Save Salva test selezionati vengono eseguiti Ci _02 10 2003_16 03 26 xvd Running Installation Qualification i Configuration Results _02 10 2003_16 03 26 xvd Available Tests BIOSTATION42 Apply Name Description Runs Status SEA Installation Qualification x Installation Qualification Tests if all installa 1 Executing Ww Unselect All Test Properties ID 1001 Name Installation Qualification Test Description Tests if all installation files are proper 9 Al termine dell esecuzione di tutti i testi viene visualizzato il seguente messaggio 2100 expert E xj e 1 Validation Run Complete Sommario A 369 V Indice analitic
296. me nome descrizione limiti e requisiti relativi al test attualmente evidenziato sull elenco Available Tests Test disponibili Sommario A 485 V Indice analitico Cartelle Contesto Data and Assays Dati e analisi Nel contesto Data and Assay Dati ed analisi sono disponibili le seguenti cartelle La Scheda Assay Properties Propriet d analisi consente di visualizzare e modificare le propriet del test attuale La Scheda Chip Summary Riepilogo chip consente di modificare i dati del chip per l analisi attuale La Scheda Gel consente di valutare i risultati di analisi elettroforetiche utilizzando la visualizzazione del gel La Scheda Electropherogram Single Grid View Elettroferogramma Visualizzazione singola griglia consente di valutare i risultati di analisi elettroforetiche utilizzando gli elettroferogrammi La Scheda Histogram Single Grid View Istogramma Visualizzazione singola a griglia consente di valutare i risultati di analisi citometriche a flusso utiliz zando gli istogrammi La Scheda Dot Plot Single Grid view Visualizzazione singola a griglia consente di valutare i risultati di analisi citometriche a flusso utilizzando i dot plot La Scheda Result Flagging Evidenziazione dei risultati consente di definire ed applica re le regole per l assegnazione dei codici colore ai risultati delle analisi solo analisi elettroforetiche La Scheda Log Book Registro informa sugli eventi dell analisi del
297. mento All Instruments alla visualizzazione di tutti gli stru menti rilevati e viceversa Windows All Instruments Demo 2100_APOPTOSIS_SRMUM_2003 07 01_001 xad Instrument 2 Se un analisi risulta gi selezionata per uno strumento al posto dello strumento viene visualizzato il nome dell analisi Sommario A 427 V Indice analitico Nel contesto Validation Validazione il menu Windows Finestre consente di passare da uno all altro di tutti i file dei risultati di validazione aperti xvd Windows Validation_24 09 2003_14 38 44 xyd validation_25 09 2003_10 28 40 xvd Se un analisi risulta gi selezionata per uno strumento al posto dello strumento viene visualizzato il nome dell analisi Menu Help Guida in linea Contents and Index Bioanalyzer Online Bioanalyzer User Forum Online Store About 2100 expert Registration Voce del menu Help Guida in linea Funzione Contents and Index Contenuto ed indice Bioanalyzer Online Bioanalizzatore in linea Sommario Apre la pagina iniziale della Guida in linea del Broanalizza tore 2100 Agilent Porta alle pagine web Lab on a Chip Products richiesta connessione a Internet A 4128 V Indice analitico Voce del menu Help Guida in linea Funzione Bioanalyzer User Forum Forum utenti Bionalizzatore Online Store Acquisti online Porta al forum Life Sciences Chemical Analysis User Forum
298. mf tif or gif Fare clic su Save Salva Sommario A 317 V Indice analitico Il grafico viene scritto nel file specificato utile ricordare che e Istogrammi solo un grafico dell istogramma viene esportato l istogramma rosso o quello blu e Elettroferogrammi le la visualizzazione a griglia attiva viene esportata un immagine panoramica degli elettroferogrammi tutti i campioni e lo standard SUGGERIMENTO Elettroferogrammi immagini gel simili istogrammi e dot plot possono essere esportati automaticamente ogni volta che viene terminata un analisi del chip Vedere la sezione Esportazione automatica di dati d analisi del chip a pagina 314 per informazioni pi dettagliate Sommario A 318 V Indice analitico Inserimento di grafici e tabelle negli appunti Negli appunti possono essere inseriti i seguenti elementi e Immagini gel simili e Elettroferogramma e Panoramica elettroferogramma e Istogramma e Dot plot e Curva standard e Curva di calibrazione e Segnali grezzi durante l analisi del chip La copia di un grafico provoca l inserimento negli appunti di una bitmap indipendente dal dispositivo Negli appunti possono essere inserite le seguenti tabelle o parti di tabelle e Tabelle dei risultati e Tabelle dei picchi e Tabelle dei frammenti e Tabelle degli standard e Tabelle di registro La copia di tabelle provoca l inserimento negli appunti di file ASCII Sommario A 319 V Indice analitico
299. mmagine seguente mostra in quali pozzetti devono essere aggiunti i vari reagenti Soluzione di priming Tampone cellulare Campioni 1 6 Tampone cellulare AgllettTecimologies Soluzione del colorante di focalizzazione Labch ip Seguire queste indicazioni durante la preparazione del campione e La soluzione di priming deve essere aggiunta per prima Riempie tutti i canali rimuove tutta l aria dai microcanali e La soluzione del colorante di focalizzazione viene utilizzata per regolare l ottica L ottica viene focalizzata orizzontalmente e verticalmente prima dell analisi di ogni chip e Se non si utilizzano tutti i sei pozzetti caricare sempre il primo campione nel pozzetto 1 il secondo campione nel pozzetto 2 ecc pozzetti inutilizzati devono essere riempiti di tampone cellulare altrimenti si potrebbero asciugare durante l analisi del chip Dato che tutti i canali sono collegati al pozzetto dell adescante questo potrebbe portare alla formazione di bolle e al blocco del filtro dell adattatore di pressione Sommario A 214 Y Indice analitico Il tampone cellulare viene utilizzato per focalizzare le cellule prima che passino nel pun to di rivelazione Riempire entrambi i pozzetti del tampone con tampone cellulare Pratiche d analisi essenziali Analisi citometrica a flusso Maneggiare e conservare tutti i reagenti secondo quanto indicato dalle Guide dei kit di reagente Evitare sorgenti di p
300. modo che i tempi dei marker del cam pione corrispondano ai tempi dei marker dello standard consentendo di determinare la dimensione e la concentrazione dei picchi del campione campioni di RNA vengono alli neati esclusivamente ad un marker inferiore Il primo picco viene assegnato come marker inferiore e quindi viene spostato fino a corri spondere al marker inferiore dello standard Il marker superiore viene quindi assegnato all ultimo picco del campione oppure al picco pi vicino al marker superiore dello stan dard Vedere qui di seguito un esempio di picchi assegnati ai marker Se nell analisi dello standard si ottiene un picco inatteso o se si scopre che i marker sono stati impostati in modo non corretto possibile escludere i picchi manualmente dallo standard oppure impostare un picco da utilizzare come marker Facendo clic con il pul sante destro sulla tabella dei picchi si provoca l apparizione di un menu del contesto che consente di fare quanto segue Ga Export E Configure Columns G3 Copy To Clipboard Ctrl C AI Scale to Selected Peak Manually Set Lower Marker N k Manually Set Upper Marker R Calibrate Protein Exclude Peak Sommario A 151V Indice analitico Nel caso in cui il software 2100 expert non rilevi correttamente il marker inferiore in cam pioni di RNA l utente in grado di assegnarli manualmente nello stesso modo B Export EA Configure Columns E3 Copy To Cli
301. mostrato nell immagine seguente Limite inferiore del marker Limite superiore del marker Event Count Eventi cellule d interesse Bassa intensit Intensity valori numerici di ogni marker definito vengono visualizzati in una riga separata sulla tabella dei risultati Un marker viene utilizzato come un filtro per il secondo istogramma per definire un sottoinsieme di eventi Nelle analisi predefinite i marker vengono impostati in modo predefinito ed occorre solo regolare la loro posizione Per definire le proprie analisi selezionare l analisi Generic Generica per l acquisizione dove possibile definire i propri marker e o aree assieme ai filtri Quando si utilizzano diversi marker all interno di un istogramma solo uno di essi pu essere utilizzato come filtro Gli altri marker possono solo essere utilizzati per valutare le aree degli istogrammi che coprono valori che appartengono a questi marker vengono visualizzati anche sulla tabella dei risultati Sommario A 239 Y Indice analitico Filtro Il filtro viene utilizzato per restringere il numero di eventi che vengono valutati filtrando gli eventi che non hanno i valori di fluorescenza impostati dal marker Per esempio fil trando un marker blu possibile escludere tutti gli eventi con basso valore di fluore scenza blu consentendo per esempio di filtrare le cellule morte il colorante non legato ed eventuali detriti Vengono valutati solo gli eventi con li
302. muovere il chip dal bioanalizzatore possibile attivare un avvisatore acustico che segnali quando effettuare questa opera zione Per ulteriori informazioni vedere la sezione Come impostare un segnale di avvi so acustico a pagina 348 e Nella valutazione dei dati la sovrapposizione di elettroferogrammi ed istogrammi ha un ruolo importante Vedere la sezione Come specificare le impostazioni grafiche a pagina 350 per informazioni su come specificare i colori per i singoli campioni e Operazioni come la stampa e l esportazione dei dati oltre all avvio dell analisi del chip possono essere automatizzate Per informazioni su come abilitare le funzioni automati che di stampa esportazione ed avvio vedere la sezione Come utilizzare le impostazio ni avanzate a pagina 352 Sommario A 344 Y Indice analitico Come specificare i nomi e le directory dei file di dati risultati delle analisi vengono salvati automaticamente al termine dell analisi del chip Per semplificare l identificazione dei file di dati del chip possibile configurare uno schema automatico di denominazione dei file Per specificare i nomi e la destinazione dei file di dati del chip che vengono generati 1 Selezionare Tools gt Options Strumenti gt Opzioni Viene visualizzata la finestra di dialogo Options Opzioni con la scheda Data Files File di dati in primo piano Data Files Chip Alert Graph Settings Advanced m Data File Name
303. n che consente il confronto diretto dei risultati di analisi appartenenti alla stessa classe anche se provenienti da chip diversi Ci elimina la necessit di utilizzare uno strumento di valutazione dei dati esterno Sommario A11Y Indice analitico e 2100 expert presenta un integrazione potenziata che comprende l integrazione manua le disponibile solo per i test DNA e proteine e 2100 expert consente l evidenziazione dei risultati con codici di colori diversi Le regole di evidenziazione possono essere applicate ai risultati d analisi e 2100 expert dispone di tabelle dei risultati personalizzabili e di immagini gel simile equi valenti e 2100 expert offre funzioni potenziate per il controllo dello strumento Il software in grado di gestire due bioanalizzatori contemporaneamente Conseguentemente possi bile effettuare analisi o test diagnostici su due bioanalizzatori contemporaneamente e 2100 expert dotato di funzioni di stampa e reporting potenziate e 2100 expert dotato di funzionalit diagnostiche dello strumento ampliate Sommario A12Y Indice analitico Come utilizzare la Guida Questa Guida offre funzioni di navigazione online e utilizza convenzioni tipografiche spe cifiche Navigazione online segnalibri interattivi di questa casella consen La barra di navigazione di Acrobat Reader con tono di visualizzare l argomento desiderato sente di spostarsi all interno dell argomento E Adobe Acro
304. n Time Tempo di migrazione allineato dall elenco Available Disponibili all elenco Displayed Visualizzate facendo clic sul pulsante con la freccia singola Configure Columns x Available Displayed Size bp Conc ng pl Molarity nmol l Observations Aligned Migration Time s Peak Height Peak Width of Total Time corrected area Calib Conc ngul Up Down OK Cancel Reset Help Sommario A 333 Y Indice analitico 4 Fare clic su OK Una nuova colonna denominata Aligned Migration Time Tempo di migrazione allineato viene inserita nella tabella __ Sze bp Conc nglul Molarity nmol I _ Observations Aligned Migration Time s aje s 42 4242lowerMate 4100 e z is s6 ooo n a s z se o o oa al asso sea 5o Per nascondere le colonne rimuovere i loro nomi dall elenco Displayed Visualizzate nella finestra di dialogo Configure Columns Configura colonne Sommario A 334 Y Indice analitico Modifica della sequenza delle colonne SUGGERIMENTO possibile impostare la sequenza anche utilizzando i pulsanti Up Su e Down Gi sulla finestra di dialogo Configure Columns Configura colonne Per modificare la sequenza delle colonne di una tabella 1 Posizionare il puntatore del mouse sull intestazione di una colonna 2 Fareclic e tenere premuto il pulsante sinistro del mouse e trascinare l intestazione della cella nella posizione desiderata
305. n area valori di fluorescenza rossa dell area sono correlati al marker dell istogramma rosso i valori della fluorescenza blu al marker dell istogramma blu Come nella valutazione degli istogrammi un valore elevato di fluorescenza blu e di fluorescenza rossa significa cellule viventi pro duttrici di GFP Vedere l esempio seguente Sommario A 287 Y Indice analitico La presenza contemporanea di valori elevati di fluorescenza blu e rossa indica cellule viventi produttrici di GFP Sample 4 10 Region 1 105 Red Fluorescence o 102 10 10 10 10 103 10 Blue Fluorescence Sommario A 288 V Indice analitico risultati della valutazione del dot plot vengono visualizzati sulla tabella dei risultati Eventi coperti dall area Tutti gli eventi misurati __ _Region Bevons i Z totai Z ot gatea i All Events Quantit di cellule con valore elevato di fluorescenza CBNF e fluorescenza GFP in rapporto a tutti gli eventi misurati Quantit di cellule con valore elevato di fluorescenza GFP rispetto al totale delle cellule colorate con CBNF Sommario A 289 V Indice analitico Lavorare con I dati di chip e analisi La conoscenza delle seguenti tecniche operative e di base essenziale per utilizzare in modo ottimale i dati del chip e di analisi generati dal software 2100 expert Panoramica dei dati di 2100 Expert a pagina 291 Gestione delle analisi a pagina 294 Gestione
306. n file xad possibile aprire questa finestra di dialogo nel conte sto Data and Assay Dati e analisi selezionando Save Selected Sample Salva cam pione selezionato sul menu File Elementi Data File Nome del file di dati del chip xad selezionato per il salvataggio File di dati selettivo Location Percorso per il file di dati Posizione ID Numero del campione Sample Name Nome del campione Nome del campione Comment Commento del campione Commento Category Tipo di campione Categoria oampione e Standard solo analisi elettroforetica Selected Tutti i campioni qui selezionati saranno salvati in un nuovo file xad Selezionato Non possibile deselezionare lo Standard solo analisi elettrofore tica Sommario A 654 Y Indice analitico Apply Applica Apre la finestra di dialogo Save Select Sample Salva campione sele zionato che consente di salvare un nuovo file xad o xsy contenente solo i campioni selezionati Cancel Annulla Ritorna a 2100 expert senza selezionare o salvare nulla Sommario A 655 V Indice analitico System Log Viewer Visualizzatore del registro di sistema Scopo La tabella di registro del sistema mostra gli eventi di tutto il sistema Per esempio pos sibile vedere chi ha avviato il software 2100 expert e quando il srstem rog viewer III JEE Description Source Sub Category Time Stamp 2100 expert started User Interface 10 02 2003 03 51 16 PM
307. na della scheda nstrument Strumento diventa l icona di un chip per DNA se vie ne selezionata un analisi del DNA w lt s DI v E a DNA LabChip Sizing Analysis rai Ra LabChip Se il chip non viene rilevato aprire e richiudere il coperchio ancora una volta NOTA Se l opzione AutoRun Esecuzione automatica attiva vedere la sezione Options Advanced Opzioni Avanzate a pagina 594 l analisi del chip si avvia automatica mente dopo l inserimento del chip e la chiusura del coperchio Sommario A 80Y Indice analitico Esecuzione di un analisi elettroforetica L esecuzione di un analisi elettroforetica in 2100 expert significa dover semplicemente premere un pulsante NOTA L analisi di un chip pu essere interrotta in qualsiasi momento per esempio se si veri fica un errore oppure se non si soddisfatti della qualit dei risultati osservati durante l analisi del chip Vedere la sezione Interruzione dell analisi di un chip a pagina 86 Avvio dell analisi del chip Quando il chip stato caricato si pu far partire l analisi 1 Nella scheda nstrument Strumento fare clic sul pulsante Start Avvio COM Port 1 Y Assay Selection Dec POSA Start Stop Run O Start Assay File Ci eculariDM start Run Data File Sommario A 819 Indice analitico L analisi del chip viene avviata La scheda secondaria Raw Signals Segnali grezzi mostra l elettroferogramma
308. nali o mortali se non viene eseguita correttamente Dopo la notifica di un messaggio di avviso consigliabile interrompere l operazione fino ad aver iden tificato e risolto il problema ATTENZIONE La presenza di un messaggio di attenzione indica un pericolo Questo simbolo richiama l attenzione su una procedura operativa un operazione o altro che potrebbe danneg giare lo strumento o provocare la perdita di dati importanti se non viene eseguita cor rettamente Dopo la notifica di un messaggio di attenzione consigliabile interrompere l operazione fino ad aver identificato e risolto il problema NOTA Una nota contiene informazioni importanti utili o aggiuntive SUGGERIMENTO Un suggerimento indica una funzione che consente di risparmiare tempo Sommario A16Y Indice analitico Guida rapida all uso Le seguenti istruzioni dettagliate riassumono i passaggi base da eseguire per effettuare un analisi con il Bionalizzatore Agilent 2100 Preparazione del Bionalizzatore Agilent 2100 1 Verificare che nel bioanalizzatore sia installata la cartuccia corretta La cartuccia instal lata pu essere identificata in base al numero impresso sul lato anteriore a Numero impresso utile ricordare che esistono anche cartucce ad elettrodo senza numero g impresso Cartuccia ad elettrodo per analisi elettroforetiche Cartuccia a pressione per analisi di citometria a flusso Sommario A17Y Indice analitico 2 Per istruzioni su
309. nalisi Assay Dati e analisi Consente di selezionare un tipo di analisi per il chip contesto nstru ment Strumento Menu Gel Fornisce funzioni per modificare la visualizzazione grafica dei gel Menu Electrophe Fornisce funzioni per modificare la visualizzazione degli elettrofero rogram Elettrofe grammi e per sovrapporli rogramma Menu Histogram Fornisce funzioni per la modifica della visualizzazione degli isto Istogramma grammi la sovrapposizione degli istogrammi e per la gestione di marker e filtri Sommario A 378 V Indice analitico Menu Scopo Menu Dot Plot Fornisce funzioni per la modifica della visualizzazione dei dot plot e per la gestione di aree e filtri Menu Result Fornisce comandi per la creazione l organizzazione e l applicazione Flagging Eviden delle regole di evidenziazione dei risultati ziazione dei risul tati solo analisi elettroforetiche Menu Log Book Consente di rivedere il file di registro dell analisi del chip e fornisce Registro comandi per la ricerca e filtrazione degli eventi presenti nel file di registro Menu Instrument Consente di avviare ed interrompere l analisi del chip Strumento Menu Tile Nel contesto nstrument Strumenti stato selezionato A Instru Affianca ments Tutti gli strumenti questo menu consente di ordinare le fine stre degli strumenti e di passare da una finestra all altra Menu Consente di aprire la finestra di dialogo Options Opzioni
310. nalysis Avvia l analisi automatica Vengono rilevati i picchi e viene calco Analisi automatica Pause Automatic Analysis Metti in pausa l analisi automatica Don t Analyze Non analizzare Previous Sample Campione prece dente Next Sample Campione successivo Sommario lata la Peak Table Tabella dei picchi risultati vengono ricalcolati ogni volta che vengono applicate modifiche alle impostazioni dell analisi dei dati Mette in pausa l analisi automatica L analisi viene disattivata dati grezzi vengono visualizzati nella scheda Electropherogram Elettroferogramma e la Peak Table Tabella dei picchi viene cancellata Evidenzia e visualizza l elettroferogramma del campione prece dente Se viene evidenziato lo standard si viene reindirizzati all ultimo campione Non disponibile se viene evidenziato il primo campione Evidenzia e visualizza l elettroferogramma del campione succes sivo Se viene evidenziato l ultimo campione si viene reindirizzati allo standard Non disponibile se viene evidenziato lo standard A 404 Y Indice analitico Voce del menu Funzione Electropherogram Elettroferogramma View Single Sample Visualizza l elettroferogramma attuale in formato singolo Visualizza singolo campione View All Samples Passa al formato di visualizzazione multipozzetto ed evidenzia Visualizza tutti i l elettroferogramma attuale campioni Undo Zoom Annulla l ultima azione di zoom panoram
311. nare determinati picchi dall integrazione Vedere anche la sezione Manual Integration Integrazione manuale a pagina 156 Passa alla modalit d integrazione automatica tutte le integrazioni manuali andranno perse Disponibili solo per le analisi DNA e Proteina Consente di scegliere il tipo di etichetta del picco da visualizzare sull elettroferogramma Le etichette sono visibili solo in modalit singolo pozzetto e se la Scheda secondaria Peak Table Tabella dei picchi selezionata A 439 Y Indice analitico CENE Consente di sovrapporre elettroferogrammi da pozzetti multipli solo visualizzazione singola Ogni elettroferogramma sar visualizzato in un colore differente ed apparir una legenda dei colori sulla Scheda secondaria Legend Legenda e Sample 1 12 Campioni da 1 a 12 seleziona un singolo campione da sovrapporre al campione attuale che viene visualizzato in grigio e Ladder Standard sovrappone l elettroferogramma del pozzetto dello standard e No Overlay Non sovrapporre annulla la sovrapposizione e All Samples Tutti i campioni sovrappone tutti i campioni del chip La sovrapposizione dei campioni pu essere effettuata anche facendo clic tenendo premuto CTRL o MAIUSC sulla corsia del gel nel pannello inferiore vedere la sezione Pannello inferiore a pagina 465 Sommario A 440 V Indice analitico Contesto Data and Assay Dati e analisi Barra degli strumenti Flow Cytometry Citom
312. ncolla il contenuto degli appunti dati o grafico nella posizione del cursore Collegamenti con ALT Premere e tenere premuto il tasto ALT premendo un altro tasto Collegamento Funzione Alt f Apre il Menu File Alt tc Apre il Menu Context Contesto Alttv Apre il Menu View Visualizza Altta Apre il Menu Assays Analisi Alt t Apre il Menu Instruments Strumenti Alttw Apre il Menu Windows Finestre Alt h Apre il Menu Help Guida in linea Alt F4 Chiude l applicazione 2100 expert Sommario A 661 Y Indice analitico Tasti funzione Si tratta dei tasti funzione situati nella parte alta della tastiera F1 F12 Collegamento Funzione F1 Apre l argomento della Guida in linea relativo all azione corrente Tasti freccia tasti freccia sono situati alla sinistra del tastierino numerico della tastiera del computer Collegamento Funzione gt Sposta il centro d interesse a destra oppure passa alla scheda successiva lt Sposta il centro d interesse a sinistra oppure passa alla scheda precedente T Sposta il centro d interesse verso l alto per esempio nel Pannello della struttura ad albero d Sposta il centro d interesse verso il basso per esempio nel Pannello della struttura ad albero Tab Sposta il centro d interesse al soggetto successivo per esempio alla cella successiva di una tabella dei risultati Sommario A 662 V Indice analitico Azioni del mouse Il mouse consent
313. ndo File gt Print File gt Stampa con un file di validazione xvd selezionato nel Contesto Validation Validazione Sommario A 626 V Indice analitico Elementi Print Item Voci di stampa IO SW 10 HW 00 SW 00 SW Include i risultati di tutti i test di qualificazione per il software del sistema 2100 expert Include i risultati di tutti i test di qualificazione per l hardware del sistema Bioanalizzatore Agilent 2100 Include i risultati di tutti i test di qualificazione operativa per il software del sistema 2100 expert Include i risultati di tutti i test di qualificazione operativa per l hard ware del sistema Bioanalizzatore Agilent 2100 Save To File Salva su file PDF HTML Sommario Reindirizza la stampa ad un file pdf Facendo clic sul pulsante si apre una finestra di dialogo del sistema che consente di specificare una directory di destinazione di propria scelta Reindirizza la stampa ad una serie di file html Facendo clic sul pul sante si apre una finestra di dialogo del sistema che consente di specificare una directory di destinazione di propria scelta A 627 Y Indice analitico Pulsanti Page Setup Apre la finestra di dialogo Page Setup che consente di impostare le Impostazione dimensioni l orientamento ed i margini della pagina Vedere anche la pagina sezione Page Setup Impostazione pagina a pagina 648 Printer Apre la finestra di dialogo Print Setu
314. ne Open Apri Close Chiudi Close All Chiudi tutti Save Salva Save As Salva con nome Save Selected Sample Salva campione selezionato Import Importa Sommario Apre la finestra di dialogo Open Apri che consente di aprire file di dati del chip xad o d analisi xsy Possono essere aperti in paral lelo file multipli di analisi diverse Vedere la sezione Open Apri a pagina 601 Chiude il file di dati del chip o d analisi attualmente selezionato Chiude tutti i file di dati del chip o d analisi aperti Salva il file di dati del chip o d analisi selezionato con il suo nome attuale Apre una finestra di dialogo del sistema che consente di salvare il file attuale come file di dati del chip xad o file d analisi xsy Apre una finestra di dialogo del sistema che consente di salvare il file attuale come file di dati del chip xad o file d analisi xSy Apre una finestra di dialogo del sistema che consente d importare file dai software Bio Sizing cld asy o Cell Fluorescence cad csy Vedere la sezione Importazione dei dati a pagina 304 A 382 V Indice analitico Voce del menu File Funzione Export Esporta Page Setup Impostazione pagina Print Stampa Recently used files File utilizzati recentemente Exit Esci Visualizza la finestra di dialogo Export Options Opzioni di esporta zione Citometria a flusso o Export Opti
315. ne o sullo standard visualizza l immagine gel simile l elettroferogramma vista singola l istogramma vista singola o il dot plot vista singola di questo campione La struttura ad albero fornisce un menu del contesto apribile facendo clic con il pulsante destro su una voce qualsiasi della struttura ad albero Sono disponibili le seguenti funzioni Voce del menu Funzione Save Salva Salva il file di dati del chip o d analisi selezionato con il suo nome attuale Close Chiudi Chiude il file di dati del chip o d analisi selezionato Print Stampa Visualizza la finestra di dialogo Print Stampa che consente di gene rare diverse stampe dei file dei dati del chip o di analisi Vedere la sezione Print Stampa Citometria a flusso a pagina 618 e Print Stampa Elettroforesi a pagina 622 Sommario A 459 V Indice analitico Contesto Validation Validazione Nel contesto Validation Validazione possibile utilizzare la struttura ad albero per e Navigare tra i file dei risultati di validazione Facendo clic sul segno pi o meno accanto all icona del chip si espande o riduce l elen co dei campioni e Navigare tra le categorie dei test di validazione IQ o 00 software o hardware ed i test z Validations lt Print Validation_15 10 2003_18 A Q E dd Sw d PC_TR_ORASE Installation i Validation_24 09 2003_14 Gf Q Eg SW gf PC_TR_ORASE gf Installation EX Validation
316. ne vie ne calcolato e visualizzato il rapporto tra le aree dei frammenti FL Sampe 12 lower marker 6 Per calcolare la concentrazione di RNA si determina l area sotto l intero interferogram ma dell RNA Si applica quindi lo standard che fornisce il rapporto concentrazione area per trasformare i valori delle aree in valori di concentrazione Allineamento dei campioni di RNA La soluzione di marker contenuta in ogni kit LabChip per RNA contiene un frammento di DNA da 50 bp Questo frammento viene utilizzato come marker inferiore per allineare tutti i campioni Per le analisi RNA Nano l allineamento dell RNA e la sottrazione del marker inferiore sono abilitati per predefinizione Il marker viene visualizzato come primo picco dell interferogramma Sommario A 113Y Indice analitico Numero integrit RNA RIN Il numero d integrit dell RNA RIN uno strumento studiato per aiutare i tecnici a sti mare l integrit dei campioni di RNA totale L estensione RIN assegna automaticamente un numero d integrit ad un campione di RNA eucariota totale analizzato con il bioanaliz zatore 2100 Agilent Utilizzando questo strumento l integrit del campione non viene determinata solo in base al rapporto delle bande ribosomiali ma in base all intero trac ciato elettroforetico del campione di RNA prendendo in considerazione anche l even tuale presenza o assenza di prodotti di degradazione In questo modo l interpretazione di un e
317. necessario il chip per il test della dispersione di corrente Per la corretta preparazione del Chip test della dispersione di corrente fare riferimento alla nota tecnica inclusa nel pacchetto Chip test Controlla le dispersioni di corrente dello strumento utilizzando un chip vuoto Nota i limiti di questo test prevedono una temperatura ambiente di 25 C ed una umidit relativa inferiore o pari al 60 Valori di temperature o umidit relativa pi elevati pos sono portare a dispersione di corrente A 357 V Indice analitico Test diagnostici Scopo Optics Test Test dell ottica High Voltage Stability Test Test di stabilit ad alto voltaggio High Voltage Accuracy Test Test di accuratezza ad alto voltaggio High Voltage Accuracy on Load Test accura tezza alto voltaggio sotto carico Autofocus Test Test di focalizzazione automatica Laser Stability Test Test di stabilit del laser Electrode Diode Test Test dell elettrodo diodo Verifica il corretto allineamento dell ottica interna ed il funzio namento corretto del laser e del LED Controlla l accuratezza e la stabilit a voltaggio elevato di tutte le 16 alimentazioni ad alto voltaggio E richiesto un chip inuti lizzato DNA RNA o proteine Verifica dei controlli dell alto voltaggio Controllo del diodo di riferimento del canale nella direzione di trasmissione Controlla la capacit di focalizzazione del sistema ottico
318. nfronto Nel contesto Comparison Confronto sono disponibili le seguenti cartelle e Scheda Comparison Summary Riepilogo confronto e Scheda Gel vedere la sezione Scheda Gel a pagina 509 e Scheda Electropherogram Single Grid View Elettroferogramma Visualizzazione singola griglia vedere la sezione Scheda Electropherogram Single Grid View Elettroferogramma Visualizzazione singola griglia a pagina 526 Sommario A 575 V Indice analitico Scheda Comparison Summary Riepilogo confronto Scopo La scheda Comparison Summary Riepilogo confronto riporta informazioni relative al file di confronto selezionato e consente d inserire un commento che riguarda il confronto Comparison Summary Gel Electropherogram File Location Created December 30 1899 12 00 00 AM Modified December 30 1899 12 00 00 AM PI Pi z po E 5 E El z Software Created by version A 00 00 51000 modified by A 00 00 5I000 Assay Class DNA1000 Sample Name Sample Comment File gt Sample KA CA yzeri2100 expertidata 2100 expert_DNA 1000_00000_2003 09 24_11 06 52 xad 2 Sample 3 cit yzeri2100 expertidata 2100 expert_DNA 1000_00000_2003 09 24_11 06 52 xad 3 Sample6 Ci xpertidata 2003 09 2212100 expert_DNA 1000_00000_2003 09 22_13 03 25 xad Comparison Comments created by reno Accesso La scheda Comparison Summary Riepilogo confronto disponibile nel conte
319. ni dell analisi Come lavorare coi filtri nei dot plot filtri possono essere inseriti solo nell analisi di tipo generico Nelle analisi di tipo prede finito il filtro gi definito Prima di poter inserire un filtro occorre definire un area vedere la sezione Come aggiungere aree ai dot plot solo analisi generica a pagina 261 Se un filtro gi impo stato occorre prima rimuovere il filtro esistente Per aggiungere un filtro in un area 1 Fare clic con il pulsante sinistro per selezionare l area che si desidera aggiungere al filtro pulsanti del filtro sulla barra degli strumenti sono ora abilitati 2 Fare clic sul pulsante Horizontal Gate Filtro orizzontale o sul pulsante Vertical Gate 8 Filtro verticale per impostare un filtro lungo il bordo orizzontale o verticale dell area selezionata Sulla tabella dei risultati viene visualizzato un valore nella colonna of gated di fil trati Sommario A 268 V Indice analitico Se la direzione del filtro gi impostata occorre prima rimuovere il filtro esistente 1 Fare clic con il pulsante sinistro sul bordo dell area per selezionarla Se gi presente un filtro il pulsante Remove Gate amp Rimuovi filtro risulta abilitato 2 Fare clic su questo pulsante Il filtro viene rimosso ed i pulsanti del filtro vengono abilitati Sommario A 269 V Indice analitico Visualizzazione dei risultati delle aree risultati delle misurazioni ed i relativi
320. ni regione inserita nel dot plot di eventi filtrati rispetto al numero totale degli eventi Deviazione standard dal valore medio di fluorescenza in direzione x Deviazione standard dal valore medio di fluorescenza in direzione y Coefficiente di variazione dei valori x A 553 V Indice analitico CV Y Coefficiente di variazione dei valori y X GMean Media geometrica del valore x Y GMean Media geometrica del valore y NOTA anche possibile aggiungere escludere colonne dalla tabella dei risultati Fare clic con il pulsante destro del mouse sulla tabella e selezionare Configure Columns Configura colonne sul menu del contesto Per informazioni pi dettagliate vedere la sezione Configure Columns Configura colonne a pagina 636 Menu del contesto In Single View Visualizzazione singola sono disponibili due menu del contesto Facendo clic con il pulsante destro su un dot plot viene visualizzato il seguente menu 3 Undo Zoom Ctrl z L Undo All tar Copy Graph To Clipboard E Save Graph To File D Configure Region Delete Region ENTF Sommario A 554 V Indice analitico Sono disponibili le seguenti funzioni Undo Zoom Annulla zoom Undo All Annulla tutti Copy Graph To Clipboard Copia grafico negli appunti Save Graph To File Salva grafico su file Configure Region Configura area Delete Region Elimina area Annulla l ultima azione di zoom Annulla tutte l
321. nistra mostrando l icona di un chip Fare clic su un pozzetto dell icona del chip Per sfogliare i campioni 1 Dal menu Histogram Istogramma o Dot Plot selezionare Next Sample Campione successivo o Previous Sample Campione precedente OPPURE Fare clic sul pulsante Next Sample Campione successivo o Previous Sample Campione precedente sulla barra degli strumenti Histogram Dot plot Istogramma dot plot Per passare dal formato istogramma a dot plot e viceversa 1 Fare clic sulla scheda Histogram Istogramma o Dot Plot per visualizzare i risultati del campione selezionato in formato istogramma o dot plot Sommario A 233 Y Indice analitico Come modificare la visualizzazione degli istogrammi e dei dot plot In Single view Visualizzazione singola possibile modificare la visualizzazione degli istogrammi e dei dot plot Negli istogrammi e nei dot plot possibile e Zoomare ingrandire o ridurre utilizzando il mouse i grafici per esempio per visualizzare i dettagli e Mettere un gradiente di colore sullo sfondo dei grafici Inoltre negli istogrammi possibile e Mostrare i punti di dati Per eseguire lo zoom di un istogramma o dot plot 1 Posizionare il puntatore del mouse sull istogramma dot plot 2 Fare clic e tenere premuto il pulsante sinistro del mouse Il puntatore del mouse cambia la sua forma in una lente d ingrandimento Q 3 Trascinare il mouse Un rettangolo mostra la parte
322. nite Con 2100 expert vengono fornite analisi predefinite Queste sono studiate e preparate per misurazioni con l utilizzo dei kit LabChip disponibili Le analisi predefinite come Apoptosis o DNA 1000 sono protette contro la scrittura Sebbene sia possibile aprire i file xsy delle analisi predefinite e modificare alcune delle loro propriet non possibile salvare alcuna modifica con il nome del file originale Analisi personalizzate In ogni caso possibile ricavare le proprie analisi sulla base delle analisi predefinite come descritto in Come creare un analisi personalizzata a pagina 297 Il beneficio principale delle analisi personalizzate che quanto di seguito riportato deve essere effettuato solo una volta invece di ripeterlo continuamente nei file di ati e Modificare le impostazioni d analisi impostazioni delle analisi dei dati e Inserire informazioni su chip campioni e studio Per esempio se i nomi dei campioni devono essere gli stessi per una serie di analisi del chip e Definire le regole di evidenziazione dei risultati solo analisi elettroforetiche e Definire marker e zone per la valutazione solo analisi citometrica a flusso Generica Per esempio Per regolare le posizioni dei marker ed utilizzarle per analisi dei chip future Sommario A 294 V Indice analitico Le analisi personalizzate possono essere modificate in qualsiasi momento Vedere la sezione Come modificare un analisi personalizza
323. nnulla tutte le modifiche a meno che non siano gi state applicate Sommario A 495 V Indice analitico SUGGERIMENTO Quando si applicano impostazioni modificate dell analisi dei dati il software ricalcola immediatamente per predefinizione i dati grezzi operazione che richieder un po di tempo Fare clic su sulla barra degli strumenti o selezionare Don t Analyze Non analizzare sul menu Menu Gel o Menu Electropherogram Elettroferogramma per interrompere momentaneamente l analisi automatica dei dati mentre si modificano le impostazioni Sommario A 496 V Indice analitico Scheda Chip Summary Riepilogo chip Scopo La scheda Chip Summary Riassunto chip riporta informazioni sul file di analisi o sul file di dati del chip e consente d inserire commenti relativi a chip campione e studio Assay Properties Chip Summary cel Electropherogram Result Flagging Log Book s po 5 E CI lt Data File Location Created Modified Software July 18 2003 12 11 26 February 26 2004 11 24 41 BioSizing_DNA 500_00000_2003 07 18_10 11 26 xad C Program FilesiAgilent 2100 BioanalyzeriBio SizingiData Created by version A 00 00 51000 modified by B 01 03 51144 Sample Name Sample Comment Rest Digest Status Observation Result Label Result Color PCR Mixi 25 35 50 53 70 90 100 O v
324. no essere richieste al Servizio assistenza del Bioanalizzatore Agilent 2100 oppure visitando la sezione Lab on a chip della pagina Web di Agilent all indirizzo http www agilent com chem labonachip Documentazione di recente pubblicazione Questa sezione fornisce indicazioni su tutte le pubblicazioni pi recenti http www chem agilent com scripts Library asp Sommario A10Y Indice analitico Le novit di 2100 Expert Prodotti 2100 expert il successore dei software Bio Sizing e Cell Fluorescence e 2100 expert fornisce una piattaforma software singola con un interfaccia utente comu ne per l esecuzione l analisi la valutazione la presentazione ed il confronto dei para metri di DNA RNA proteine e cellule e 2100 expert facile da installare Dopo l installazione le funzionalit per l analisi elet troforetica e per l analisi citometrica a flusso possono essere attivate singolarmente tramite apposite chiavi di licenza Caratteristiche 2100 expert integra la funzionalit completa dei software Bio Sizing e Cell Fluorescence con ulteriori funzioni aggiuntive e 2100 expert consente di tenere aperti contemporaneamente pi file di dati e o di analisi del chip e 2100 expert consente di effettuare test di qualificazione dell installazione 10 e di qua lificazione funzionale 00 del software e dell hardware del bioanalizzatore e 2100 expert offre un nuovo strumento integrato per la valutazione dei dati Compariso
325. ntamento della stampa Apre la finestra di dialogo Report Preview Anteprima report che visualizza un anteprima di tutte le pagine che saranno stampate Vedere anche la sezione Report Preview Anteprima report a pagina 650 Esce dalla finestra di dialogo senza stampare Se stata selezionata un opzione qualsiasi in Save To File Salva su file il pulsante riporter l etichetta Save Salva altrimenti Print Stampa Print avvia la stampa Save Salva avvia la scrittura della stampa in file pdf e o html Sommario A 632 V Indice analitico Auto Print Stampa automatica Scopo Per impostare le opzioni per la stampa automatica che sar generata ogni volta che sar completata l analisi di un chip Autopint_______ _ _ _ 6 6 m v VIWWGGI Print Item M Assay Details IV Sample Data V Run Summary for Flow Cytometry data fe per pays zl Save To File I PDF Ci alyzeri2100 expert Datal lt data file name gt pdf Fa V HTML Cil lyzeri2100 expertiData lt data file name gt html HT Page Setup Printer E i Cancel Help Accesso Questa finestra di dialogo pu essere aperta dalla finestra di dialogo Options Opzioni vedere facendo clic sul pulsante Settings Impostazioni Options Advanced Opzioni Avanzate a pagina 594 accanto alla casella di controllo Auto Print Stampa automatica Sommario A 633 Y Indice analitico
326. nte Verificare le impostazioni della porta COM Port Porta COM Verificare che il bioanalizzatore sia fisicamente connesso al PC tramite l interfaccia seriale Controllare la connessione del cavo di alimentazione Controllare l interruttore di accensione Per ulteriore aiuto vedere la Guida alla manutenzione e risoluzione dei problemi del Bionalizzatore Agilent 2100 4 Selezionare un tipo di analisi per l analisi del chip Nella scheda nstrument Strumento fare clic sul pulsante Assay Analisi COM Port 1 Y Assay Selection SA Assay IN Start Stop Run Q Start Select Assay Assay File Ci eculariDNA 1000 xsy Data File Sommario A70Y Indice analitico OPPURE Fare clic sul menu Assays Tipi di analisi In entrambi i casi si apre il menu Assays Analisi che consente di selezionare un tipo di analisi dai sottomenu Assays Flow Cytometry gt Ci aysiflow cytometryiRed_to_Blue xsy Ci aysiflow cytometryOn chip GFP xsy EA aysiflow cytometryiBlue_to_Red xsy OPPURE Electrophoresis Li DNA 1000 Demo Li other Li DNA 12000 Ladd Ci assaysiFlow cytometry Generic xsy protein DNA 12000 Ci flow cytometry Checkout Beads xsy RNA DNA 500 DNA 7500 g Selezionare File gt Open File to Run File gt Apri file da eseguire Viene visualizzata una finestra di dialogo che consente di caricare un analisi xsy oppure un file di dati del chip xad Il
327. ntensity La tabella dei risultati vedere anche la sezione Visualizzazione dei risultati della valuta zione degli istogrammi a pagina 257 dell istogramma filtrato in questo caso quello ros so mostra i valori in formato numerico e Il valore of total di totale mostra il numero di eventi che hanno sia fluorescenza blu che rossa di valore elevato rispetto al totale degli eventi misurati e Il valore of gated di filtrati mostra il numero di eventi che hanno fluorescenza blu e rossa di valore elevato rispetto agli eventi blu o rossi Sommario A 244 Y Indice analitico L immagine seguente mostra due istogrammi con direzione del filtro da blu a rosso da sinistra a destra di un analisi tipo apoptosi L istogramma blu mostra la fluorescenza della calceina che indica la presenza di cellule vive o morte un valore di fluorescenza elevato indica cellule vive L istogramma rosso mostra la sottopopolazione di cellule viventi con fluorescenza da annexin V indicante apoptosi un valore elevato di fluore scenza indica che le cellule sono a apoptotiche Come risultato si vede un sottoinsieme di cellule viventi apoptotiche Calcein Annexin CYBb Numero di I so 125 eventi n 100 30 Marker a Tors 5 gt Calcein E Istogramma 5 i 50 z 15 10 Valore di alore di 0 di pe fi fluorescenza 102 101 100 101 102 103 Fluorescence Sommario A 245 V Indice analitico Come inserire un marker in un istogramma
328. ntesto Data and Assay Dati e analisi se viene selezionato un file di dati di un chip citometrico a flusso possibile passare tra le diverse visualizzazioni dei dot plot scegliendo Single View Visualizzazione singola o Grid View Visualizzazione singola sul menu Dot Plot Sommario A 551 V Indice analitico Dot Plot View Visualizzazione Dot Plot dot plot sono rappresentazioni grafiche dei risultati delle misurazioni dove l intensit della fluorescenza blu riportata sull asse X e l intensit della fluorescenza rossa ripor tata sull asse Y Entrambi gli assi sono logaritmici Nella Grid View Visualizzazione a griglia viene mostrata una panoramica di tutti i cam pioni piccoli dot plot sono identificati dal nome del campione e sotto di essi possibile leggere il numero totale di eventi ed il valore degli eventi coperti possibile selezio nare un singolo dot plot facendo clic su di esso o spostare il centro con i tasti freccia Facendo doppio clic su un dot plot nella Grid View Visualizzazione a griglia porta alla Single View Visualizzazione singola visualizzando una vista pi grande dei dot plot ed una tabella dei risultati sotto ogni dot plot Per valutare i dot plot possibile definire aree rettangolari di cui possibile modificare le dimensioni e la posizione fino a corri spondere alla selezione dell evento Come risultato si avr il numero di cellule compreso in un area rispetto al numero totale di
329. nto Per eseguire un analisi demo 1 Avviare il software seguendo le istruzioni riportate nella sezione Avvio di 2100 Expert a pagina 34 oppure se il software gi in esecuzione passare al contesto Instrument Strumento 2 Nella scheda nstrument Strumento selezionare Demo per l opzione COM Port Porta COM COM Port Demo Assay Selection 1 h 2 Start Stop Run O Start Assay File Ci horesis Demo DNA 500 xsy Data File Sommario A414Y Indice analitico 3 Fare clic su pulsante Assay Analisi COM Port Demo Assay Selection Ba Assaf Select Assay Start Stop Run Q Start Assay File Ci horesis Demo DNA 500 xsy Data File Viene aperto il menu che consente di selezionare un analisi da una serie di sottomenu 4 Selezionare un analisi demo per esempio Demo gt electrophoresis gt Demo Protein 200 Plus electrophoresis Demo Cy5 labeled Nucleic Acids Nano flow cytometry Demo DNA 1000 Demo DNA 12000 Demo DNA 500 Demo DNA 7500 Demo Eukaryote Total RNA Nano Demo Eukaryote Total RNA Pico Demo mRNA Nano Demo mRNA Pico Demo Prokaryote Total RNA Nano Demo Prokaryote Total RNA Pico Demo Protein 200 Plus N Demo Protein 50 L analisi viene caricata e viene visualizzata l icona viola che identifica l analisi Protein Sommario A415Y Indice analitico 5 Fare clic sul pulsante Start Avvio Sommario A16Y Indice analitico L analisi demo del chip
330. nza elevati indicano cellule viventi non apoptotiche Percentuale di tutte le cellule con valore elevato di fluore scenza rossa selezionate dal marker rosso Quantit di cellule viventi con valore elevato di fluorescenza rossa rispetto al totale di cellule viventi Sommario A 281V Indice analitico Valutazione del dot plot Quando si passa alla scheda Dot Plot sul dot plot viene visualizzata un area valori di fluorescenza rossa dell area sono correlati al marker dell istogramma rosso i valori della fluorescenza blu al marker dell istogramma blu Come nella valutazione degli istogrammi un valore elevato di fluorescenza blu e di fluorescenza rossa significa cellule viventi legate ad annexin V Vedere l esempio seguente La presenza contemporanea di valori elevati di fluorescenza blu e rossa indica cellule viventi apoptotiche 5 24h fix Red Fluorescence IU LU ULLUUY Loui L Liy Lois 10 10 10 10 10 10 Blue Fluorescence Sommario A 282 V Indice analitico risultati della valutazione del dot plot vengono visualizzati sulla tabella dei risultati Tutti gli eventi misurati Eventi coperti dall area ien EEk ee e Quantit di cellule viventi con valore elevato di fluorescenza rossa rispetto al totale delle cellule Quantit di cellule viventi con valore elevato di fluorescenza rossa rispetto al totale di cellule viventi Sommario A 283 Y Indice analitico
331. o 10Fare clic su OK 11La colonna Status Stato viene visualizzata sia per i test con esito positivo che negativo Cii _02 10 2003_16 03 26 xvd Q Run Finished Configuration Results 02 10 2003_16 03 26 xvd Available Tests BIOSTATION42 Apply Name Description Runs Status Select All gf Installation Qualification Test gt Installation Qualification Tests if all installa 1 4f Executed passed Unselect All Test Properties ID 1001 Installation Qualification Test Description Tests if all installation files are proper Name Per informazioni dettagliate sulla scheda Configuration Configurazione vedere la sezione Scheda Configuration Configurazione a pagina 570 Sommario A 370 V Indice analitico 12 Per informazioni su come visualizzare ulteriori dettagli sull esecuzione dei test selezio nare la scheda Results Risultati Ci 02 10 2003_16 03 26 xvd Q Run Finished Configuration _02 10 2003_16 03 26 xvd Test Name Installation Qualification Test BIOSTATION42 Execution Date and Time Pass State Comment a Installation Qualification Test gt 1 10 2 2003 4 03 43PM passed ID 1001 Name Installation Qualification Test Description Tests if all installation files are proper Test Status Executed passed IQ SW results Installation Qualification of Agilent 2100 Bioanalyzer System Software 2100 expert V
332. o Documenti correlati Di seguito viene riportato un elenco di documenti supplementari Manuali del bioanalizzatore Numero di pubblicazione Titolo G2938 90006 Manuale per l installazione e l uso sicuro del Bionalizzatore Agilent 2100 G2946 90001 Guida alla manutenzione e alla risoluzione dei problemi del Bioanalizzatore Agilent 2100 CD ROM Numero di pubblicazione Titolo G2946 60002 Bioanalizzatore Agilent 2100 Come utilizzare il CD ROM multimediale Guide per i kit di reagenti Le Guide per i kit di reagenti forniscono informazioni sulla preparazione dei campioni Numero di pubblicazione Titolo G2938 90300 Raccolta di guide per i kit in inglese comprende tutte le Guide per i kit di reagenti G2938 90010 Guida per i kit di reagenti per analisi DNA 500 e DNA 1000 Sommario AIYV Indice analitico Numero di pubblicazione Titolo G2938 90020 Guida per i kit di reagenti per analisi DNA 7500 e DNA 12000 G2938 90030 Guida per i kit di reagenti per analisi RNA 6000 Nano G2938 90040 Guida per i kit di reagenti per analisi RNA 6000 Pico G2938 90050 Guida per i kit di reagenti per analisi Protein 200 Plus G2938 90060 Guida per i kit di reagenti per analisi Protein 50 G2938 90070 Guida per i kit di reagenti per analisi con cella a fluorescenza G2938 90080 Guida per i kit di reagenti per analisi con cella a fluorescenza Note applicative e note tecniche Le Note applicative e le Note tecniche posso
333. o dal nome del campione in visualizzazione singola o da All Samples Tutti i campioni in visualizzazione a griglia Nella parte destra della barra viene visualizzato il simbolo di un chip con il numero del campione attuale Electropherogram PCR Mix 2 Quando viene caricato un file di dati di un chip citometrico o un file di analisi viene visua lizzata anche la direzione del filtro da blu a rosso o da rosso a blu Histogram 1 24h fix Contesto Validation Validazione Quando viene creata una nuova voce di validazione la barra delle informazioni ha l aspetto seguente New Validation Active Validation Sommario A 452 V Indice analitico Durante il corso di una validazione il nome del file dei risultati di validazione viene visua lizzato sul lato sinistro della barra Sulla destra viene visualizzato il nome del test attual mente in corso C _ 15 10 2003_18 53 36 xvd Running Installation Qualification AI termine della validazione la barra delle informazioni ha l aspetto seguente C _15 10 2003_18 53 36 xvd Run Finished Quando si interrompe un validazione la barra delle informazioni ha l aspetto seguente Gr _15 10 2003_18 53 36 xvd lt Test Aborted Riaprendo un file dei risultati di validazione non possibile effettuare modifiche Questo viene indicato sulla barra delle informazioni Ci _15 10 2003_18 53 36 xvd Read Only Contesto Comparison Confronto Quando vengono s
334. o del RIN Questi disturbi vengono detti anomalie Rivelatori di anomalia dell area riconoscono i segnali inattesi di ogni regione Se rilevate le anomalie vengono visualizzate nella scheda secondaria Error Errore della scheda E ectropherogram Elet troferogramma e della scheda Gel Sommario A 1219 Indice analitico Descrizione dell anomalia Critica Segnale inatteso della linea di base S Segnale inatteso nella pre area No Segnale inatteso nell area 5S S Segnale inatteso nell area veloce S Segnale inatteso nell area intermedia S Segnale inatteso nell area del precursore No Segnale inatteso nell area successiva No Rapporto ribosomiale inatteso S Tipo di campione inatteso S Marker inferiore inatteso rispetto al pozzetto precedente No Sono state introdotte due categorie di anomalie critica e non critica Le anomalie pre senti nelle zone che interferiscono con il campione di RNA dell utente sono considerate critiche Vengono visualizzate come errori amp e la linea del gel corrispondente viene evi denziata in rosso Se l anomalia rilevata non critica il RIN pu essere ancora calcolato accuratamente Di conseguenza le anomalie non critiche vengono visualizzate con un segnale di avviso e la linea del gel corrispondente viene evidenziata in rosso Le ano malie di area non critiche sono l anomalia della pre area l anomalia dell area del precur sore e l anomalia dell area successiva Un anomalia della linea
335. o essere visualizzati per un campione alla volta oppure possibile visualizzarli per tutti i campioni in una sola volta per avere una panoramica dell analisi del chip per esempio per vedere l avanzamento di una reazione Vedere la sezione Come passare dalla visualizzazione singola alla visualizzazione a griglia Elettroferogramma a pagina 93 e possibile navigare tra i vari campioni Vedere la sezione Come navigare tra i vari cam pioni a pagina 95 e possibile modificare la visualizzazione degli elettroferogrammi e delle immagini gel simili per rendere meglio visibili i dettagli Vedere la sezione Come modificare la visualizzazione degli elettroferogrammi o delle immagini gel simili a pagina 96 Sommario A 92 Y Indice analitico Come passare dalla visualizzazione singola alla visualizzazione a griglia Elettroferogramma Per passare dalla visualizzazione singola alla visualizzazione a griglia 1 Nel menu Electropherogram Elettroferogramma selezionare View Single Sample Visualizza un singolo campione oppure View All Samples Visualizza tutti i campioni OPPURE Fare clic sul pulsante View Single Sample L Visualizza un singolo campione o View All Samples Visualizza tutti i campioni sulla barra degli strumenti E ectrophero gram Elettroferogramma OPPURE Fare clic sulla voce A Samples Tutti i campioni sul Pannello della struttura ad albero per passare alla visualizzazione a gr
336. o i Diritti Limitati definiti nel FAR 52 227 14 Giugno 1987 o DFAR 252 227 7015 b 2 Novembre 1995 come per qualsiasi dato tecnico Indice analitico Sommario Informazioni sulla Gila 6 Contenuto della Buda nea 7 Doc menti Correlati assirian nirrasiernin iieiea inikan nnasrid iia pia anaran i deika iaeia Ta aietan 9 Le novit di 2100 Ex Peft ssanraiicirizio niente iaia 11 Come utilizzare la Guida aaa 13 Guida rpdialio nn 17 Panoramica di 2100 Expert 33 ANIO4ZIDUEE lia 34 Area di lavoro di 2100 Epert n eil 35 Esecuzione di un analisi demo ce 44 Uscita da 2100 peri laiizai 50 Come passare dall analisi elettroforetica all analisi citometrica a lUSS0 VICEVETSA era aaa aac 52 Come preparare il bioanalizzatore per l analisi elettroforetica 54 Come preparare il bioanalizzatore per l analisi citometrica a flusso 57 Esecuzione e valutazione di un analisi elettroforetica iiiinn 61 Principi dell analisi su chip di acido nucleico e proteina in 62 Preparazione ed esecuzione di un analisi elettroforetiCa n 67 A3Y Indice analitico Analisi e valutazione dei risultati di un analisi elettroforetica 104 Result Flagging Evidenziazione dei risultati iiiiiii 179 Esecuzione e valutazione di un analisi citometrica a fIUSSO n 192 P
337. o installati correttamente e che le connessioni elettri che e pneumatiche siano stati eseguite idoneamente La qualificazione dell installazione pu essere eseguita una volta successivamente all installazione Sommario A 365 V Indice analitico Qualificazione funzionale La qualificazione funzionale verifica che il sistema del bioanalizzatore sia adatto per lo scopo prefissato cio che funzioni secondo le sue specifiche operative nell ambiente selezionato La qualificazione operativa deve essere eseguita e Al primo utilizzo dello strumento e Dopo il trasferimento dello strumento e Dopo aver sostituito parti essenziali del sistema per esempio aggiornamenti del software o sostituzione della cartuccia e Dopo la riparazione dello strumento e Ad intervalli regolari Procedure di validazione Per eseguire i test di validazione 1 Passare al contesto Validation Validazione 2 Nel menu File selezionare New Nuovo 3 Il Pannello della struttura ad albero visualizza la voce New Validation Nuova validazione 4 In Cartridge Details Dettagli cartuccia fare clic su Select Seleziona e specificare le caratteristiche della cartuccia attualmente installata nel bioanalizzatore Sommario A 366 V Indice analitico 5 In Configure 2100 Bioanalyzer HW Test Chips Configura i Chip test HW del Bioanalyzer 2100 inserire i chip test che si desidera utilizzare per la validazione
338. ollegati i marker di tutti i campioni modificando un marker si modificano i marker corrispondenti di tutti i campioni Le aree dei dot plot vengono correlate ai marker degli istogrammi In questo modo i risul tati dei dot plot sono identici ai risultati degli istogrammi Analisi generica Questa analisi non presenta impostazioni specifiche e pu essere utilizzata per definire singole analisi E possibile aggiungere liberamente marker o aree e definire le istruzioni per la direzione del filtro L analisi generica consigliata per chip con campioni e colorazioni diverse dove le aree dovrebbero essere definite singolarmente Le aree dei dot plot e degli istogrammi non sono collegate rendendo possibile la valutazione di un singolo campione con imposta zioni diverse Sommario A 204 V Indice analitico Icone dell analisi citometrica a flusso Sulla scheda Assay Properties Propriet dell analisi vedere la sezione Scheda Assay Properties Propriet d analisi a pagina 487 per visualizzare i tipi di analisi vengono utilizzate le seguenti icone Colorazione Apoptosi GFP Generica anticorpi Da rosso a blu Elementi attivi di Da blu a rosso controllo Fattibilit di tran sfezione siRNA Sommario A 205 V Indice analitico Preparazione ed esecuzione di un analisi citometrica a flusso Un analisi citometrica a flusso su chip richiede i seguenti passaggi 1 Impostare ed accendere il bioanalizzatore Agilent 2100 Ved
339. olvere o altri contaminanti Corpi estranei presenti nei reagenti nel campione o nei pozzetti del chip possono interferire con i risultati dell analisi Conservare tutti i reagenti e le miscele di reagenti non in uso a 4 C e al buio Lasciare equilibrare a temperatura ambiente per 30 minuti tutti i reagenti prima dell uso Proteggere dalla luce la soluzione del colorante di focalizzazione Il colorante si decom pone quando viene esposto alla luce Utilizzare puntali della pipetta appropriati Per ogni pipettaggio utilizzare un puntale nuovo Durante l erogazione del liquido inserire sempre il puntale della pipetta fino sul fondo del pozzetto Posizionando il puntale della pipetta sul bordo del pozzetto si possono ottenere risultati scarsi a causa della formazione di bolle sul fondo del pozzetto Sommario A 215 V Indice analitico Per la preparazione del chip utilizzare il pipettaggio inverso Durante il riempimento del puntale della pipetta spingere leggermente oltre il primo punto di resistenza Svuotare il puntale solo fino al primo punto di resistenza Questa procedura evita l introduzione di bolle d aria ed assicura il pipettaggio del volume cor retto Non lasciare mai i pozzetti vuoti altrimenti l adattatore di pressione si potrebbe blocca re Pipettare 10 pl di tampone cellulare o di repliche del campione in un pozzetto per il campione vuoto Prima della preparazione degli elementi agitare con vortex per 15 secondi
340. ome effettuare i test diagnostici dello strumento NOTA test diagnostici non possono essere effettuati mentre il software 2100 expert sta eseguendo l analisi di un chip Per effettuare un test diagnostico dello strumento 1 Sul menu Context Contesto selezionare nstrument Strumento 2 Sul Pannello della struttura ad albero selezionare il bioanalizzatore su cui si desidera effettuare il test 3 Selezionare la scheda Diagnostics Diagnostica Tutti i test disponibili vengono visualizzati nell elenco Available Tests Test disponibili test disponibili variano a seconda del tipo di cartuccia installata sul bioanalizzatore vedere la sezione Come passare dall analisi elettroforetica all analisi citometrica a flusso e viceversa a pagina 52 Quando viene rilevata la presenza di una cartuccia non adatta all analisi che si desidera eseguire il software 2100 expert genera un messaggio di errore Per eseguire il test selezionato inserire il tipo di cartuccia richiesto vedere la sezione Come passare dall analisi elettroforetica all analisi citometrica a flusso e viceversa a pagina 52 Sommario A 361 Y Indice analitico NOTA test diagnostici possono essere effettuati solo se il bioanalizzatore acceso In modalit non in linea la scheda Diagnostics Diagnostica del contesto nstrument Strumento disabilitata 4 Selezionare il test che si desidera eseguire Selezionare la casella di controllo App y Ap
341. one dei dati e Impostare l esecuzione automatica dell analisi del chip l esportazione automatica e la stampa automatica Data Files Chip Alert Graph Settings Advanced TT Limit the storage of raw data backups Upper Limit in MB 20 Upper Limit in MB 5 Clear Log TT AutoRun TT Auto Export Settings J Auto Print Settings Cancel Help Sommario A 594 V Indice analitico Accesso Aprire questa finestra di dialogo selezionando Tools gt Options Strumenti gt Opzioni e facendo clic sulla scheda Advanced Avanzate Elementi Limit the storage of raw data backups Limitare la memorizza zione del backup dei dati grezzi Limit the storage of system log Limita la memo rizzazione del registro del sistema Clear Log Cancella file di registro Auto Run Esecuzione automatica Sommario Selezionare questa opzione per limitare la quantit di spazio sul disco riservata alla memorizzazione dei dati grezzi file di backup dei dati grezzi file pacchetto pck vengono memorizzati nella sottodirectory packets L Upper Limit in MB Limite superiore in MB predefi nito 20 che corrisponde approssimativamente a 20 file di dati del chip Selezionare questa opzione per limitare la quantit di spazio sul disco riservata al file di registro SystemLogBook log posizionata nella subdirectory log Quando l Upper Limit in MB viene raggiunto viene v
342. one note viene stampata una curva del tempo di migrazione rispetto alla dimensione dei frammenti La dimensione viene calcolata in base ai tempi di migrazione misurati per ogni frammento Due frammenti marker per RNA un solo frammento marker vengono analizzati con ogni campione evidenziando l intervallo delle dimensioni totali marker inferiore e superiore sono standard interni utilizzati per allineare i dati dello standard con i dati provenienti dai pozzetti dei campioni Questo necessario per compensare gli effetti di deviazione che possono intervenire durante il corso dell analisi di un chip Per l analisi di DNA e proteina la quantificazione viene eseguita con l aiuto del marker superiore L area al di sotto del picco del marker superiore viene confrontata con le aree dei picchi dei campioni Dato che la concentrazione del marker superiore nota si pu calcolare la concentrazione di ogni campione Oltre a questa quantificazione relativa per l analisi della proteina disponibile una quantificazione di tipo assoluto che utilizza pro teine standard esterne Sommario A 63Y Indice analitico Per l analisi di RNA e proteina la quantificazione viene eseguita con l aiuto dell area dello standard L area al di sotto del picco dello standard viene confrontata con le aree dei picchi dei campioni L area al di sotto del marker inferiore non viene presa in consi derazione Per le analisi dell RNA totale viene determinato il rapporto rib
343. ons Strumenti gt Opzioni selezionare la scheda Data Files File di dati della finestra di dialogo Options Opzioni selezionare la casella di controllo Prefix Prefisso ed impostare la stringa del prefisso desiderata vedere anche la sezione Options Data Files Opzioni File di dati a pagina 587 possibile modificare il prefisso del file prima di avviare l analisi di un chip vedere la sezione Scheda Instrument Strumento Visualizzazione singola a pagina 472 Inoltre possibile specificare che ogni giorno venga creata una nuova directory per la memorizzazione dei dati di quello specifico giorno Per fare ci selezio nare la casella di controllo Create Daily Subdirectories Crea sottodirectory giornaliere sul fondo della scheda Data Files File di dati della finestra di dialogo Options Opzioni Sommario A 302 V Indice analitico Backup dei dati di 2100 Expert sempre consigliabile archiviare i file in un disco di backup per conservarli al sicuro e o per rimuovere i file dal disco fisso periodicamente In base alla quantit di spazio disponi bile sul disco fisso per il software 2100 expert pu essere necessario liberare dello spa zio sul disco fisso per assicurare di avere abbastanza spazio per i dati di analisi del chip in arrivo Sommario A 303 Y Indice analitico Importazione dei dati 2100 expert consente di riprocessare i file di analisi e del chip provenienti dalle applicazio ni Bio Sizin
344. ons Opzioni di esporta zione Elettroforesi che consente di esportare dati del chip o d analisi con un formato specifico Vedere le sezioni Export Options Opzioni di esportazione Citometria a flusso a pagina 603 e Export Options Opzioni di esportazione Elettrofo resi a pagina 607 Visualizza la finestra di dialogo Page Setup Impostazione pagina che consente di modificare l aspetto della pagina stampata Vedere la sezione Page Setup Impostazione pagina a pagina 648 Visualizza la finestra di dialogo Print Stampa Citometria a flusso o Print Stampa Elettroforesi che consentono di generare diverse stampe dei file dei dati del chip o di analisi Vedere le sezioni Print Stampa Citometria a flusso a pagina 618 e Print Stampa Elet troforesi a pagina 622 Un elenco di fino a dieci file di dati del chip xad e o di analisi xsy che fornisce rapido accesso ai file utilizzati pi recentemente Chiude l applicazione 2100 expert Se sono presenti dati non salvati viene visualizzata la finestra di dialogo 2700 Expert Close Chiudi Vedere la sezione 2100 Expert Close Chiudi a pagina 585 Sommario A 333 Y Indice analitico Contesto Instrument Strumento File F gt OpenFile to Run Ctrl 0 Cii 1_30_SI221 Eukaryote_Total_RNA xad Ci atalInput030326 Generic Demo xad Cil 326 Demo_A_01_30_SI221_DNA1000 xad Ci nput030326 protein_calibration xad C
345. opo aver completato un analisi occorre effettuare la pulizia degli elettrodi La procedura di pulizia leggermente diversa in base al tipo di analisi che appena stato effettuato DNA o RNA Il dispositivo per la pulizia dell elettrodo ha l aspetto di un chip solo che vuoto Con le analisi dell RNA occorre utilizzare due diversi dispositivi per la pulizia uno per la pulizia generale utilizzando acqua priva di RNAse ed un altro per la decontaminazione utilizzando RNAseZAP Si consiglia di marcare i dispositivi di pulizia dell elettrodo con un pennarello indelebile per evitare di scambiarli Sommario A 691 V Indice analitico Punti di dati punti di dati sono distanti 0 05 secondi uno dall altro Show Data Points Mostra punti di dati un opzione che abilita la visualizzazione dei punti di dati utilizzati per generare il grafico Punto centrale Dopo aver individuato un punto di partenza l algoritmo di ricerca dei picchi ricerca il primo valore di pendenza negativa e salva il punto precedente come centro Se il valore del punto centrale inferiore all altezza minima del picco impostata l algoritmo procede a ricercare un nuovo picco Punto d inizio L algoritmo di ricerca del picco percorre i dati dal punto zero ricercando una pendenza superiore al limite di pendenza Questo viene considerato il punto iniziale di un picco Nelle analisi RNA i singoli tempi finali dei picchi possono essere spostati manualmente trascinando i ro
346. orazione degli anticorpi apoptosi e GFP a pagina 271 Sommario A 207 V Indice analitico Selezione di un tipo di analisi citometrica a flusso per l analisi di un chip Per selezionare un tipo di analisi 1 Passare al contesto nstrument Strumento Context Data and Ass L 2i Validation li Comparison 2 Su Pannello della struttura ad albero selezionare il bioanalizzatore che si desidera utilizzare g All Instruments w Instrument 1 l Nell angolo superiore sinistro della scheda nstrument Strumento un icona mostra lo stato del bioanalizzatore Viene visualizzata una delle seguenti icone coperchio aper to chiuso che indica che il bioanalizzatore stato rilevato dal sistema Sommario A 208 V Indice analitico 3 Se nessuna di queste icone visibile controllare che il bioanalizzatore sia acceso e connesso correttamente Verificare le impostazioni dell opzione COM Port Porta COM Verificare che il bioanalizzatore sia fisicamente connesso al PC tramite l interfaccia seriale Controllare la connessione del cavo di alimentazione Controllare l interruttore di accensione Per ulteriore aiuto vedere la Guida alla manutenzione e risoluzione dei problemi del Bionalizzatore Agilent 2100 4 Selezionare un tipo di analisi per l analisi del chip Nella scheda nstrument Strumento fare clic sul pulsante Assay Analisi COM Port 1 Y Assay Selection SA Assay IN Start Stop Run Q Sta
347. ormal Mode 1 Help Sommario A 121 Y Indice analitico Voci del Menu Result Funzione Flagging Evidenziazione dei risultati Load Rules Carica regole Apre una finestra di dialogo di sistema che consente di caricare una serie di regole di evidenziazione dei risultati memorizzate in un file xml Save Rules Salva regole Apre una finestra di dialogo di sistema che consente di sal vare le regole di evidenziazione dei risultati in un file xml New Rule Nuova regola Aggiunge una nuova regola Delete Rule Elimina regola Elimina la regola selezionata Move Up Sposta in alto Sposta in su di una riga la regola selezionata Move Down Sposta in gi di una riga la regola selezionata Sposta in basso Copy Rule Copia regola Inserisce una copia della regola selezionata Apply Rules Applica le regole di evidenziazione dei risultati ai dati del Applica regole chip Normal Mode Target Mode Passa dalla modalit Normal Normale alla modalit Modalit normale Target Obiettivo e viceversa obiettivo Help Guida in linea Apre la guida in linea sull argomento evidenziazione dei risultati Sommario A 422 V Indice analitico Menu Log Book Registro A Reset Filter Voci del menu Funzione Log Book Registro Find Trova Apre la casella di dialogo Find Trova che consente di ricer care una stringa nella tabella del file di registro Filter Filtro Apre la casella di dialogo Filter E
348. ory Sub Category Time Stamp 2100 expert started User Interface 10 02 2003 03 51 16 PM 2100 expert ended User Interface 09 25 2003 02 09 19 PM Run Complete Instrument Run 09 25 2003 01 55 53 PM Run Started on port 1 Instrument Run 09 25 2003 01 27 20 PM Product ID 629388 Instrument Run 09 25 2003 01 27 20 PM Instrument Name Instrument Run 09 25 2003 01 27 20 PM Vendor AGILENT Instrument Run 09 25 2003 01 27 20 PM Serial Mumber DE11700058 Instrument Run 09 25 2003 01 27 20 PM Version C 01 03F Instrument Run 09 25 2003 01 27 20 PM Clamshell CLAO1 Instrument Run 09 25 2003 01 27 20 PM Run Complete Instrument Run 09 25 2003 11 26 56 AM Run Complete Instrument Run 09 25 2003 11 26 44 AM Run Started on port 1 Instrument Run 09 25 2003 10 58 25 AM Product ID G2938B Instrument Run 09 25 2003 10 58 25 AM Instrument Name Instrument Run 09 25 2003 10 58 24 AM Vendor AGILENT Instrument Run 09 25 2003 10 58 24 AM Serial Number DE11700058 Instrument Run 09 25 2003 10 58 24 AM Version C 01 039F Instrument Run 09 25 2003 10 58 24 AM Clamshell CLADI Instrument Run 09 25 2003 10 58 24 AM Run Started on port 2 Instrument Run 09 25 2003 10 58 08 AM Product ID G2938A Instrument Run 09 25 2003 10 58 08 AM Instrument Name Instrument Run 09 25 2003 10 58 08 AM vendor AGILENT Instrument Run 09 25 2003 10 58 08 AM Serial Number DE13300072 Instrument Run 09 25 2003 10 58 08 AM Version C 01 03F Instrument Run 09 25 2003 10 58 08
349. osomiale che fornisce un indicazione dell integrit del campione di RNA Sommario A 604Y Indice analitico Il software 2100 expert riporta in grafico l intensit della fluorescenza rispetto al tempo di migrazione e produce un elettroferogramma per ogni campione a 6 DI 100 3 ca zA 100 a 6 A 100 Sommario A 605Y Indice analitico dati possono anche essere visualizzati come un grafico densitometrico creando un immagine gel simile Sommario A 6060 Y Indice analitico Preparazione ed esecuzione di un analisi elettroforetica Un analisi con chip elettroforetico richiede i seguenti passaggi 1 Impostare ed accendere il bioanalizzatore Agilent 2100 Vedere la sezione Come passare dall analisi elettroforetica all analisi citometrica a flusso e viceversa a pagina 52 Avviare il software 2100 expert Per informazioni pi dettagliate vedere la sezione Avvio di 2100 Expert a pagina 34 Selezionare un analisi elettroforetica Vedere la sezione Selezione di un tipo di analisi elettroforetica per il chip a pagina 69 Preparare chip e campioni Vedere la sezione Preparazione di campioni e chip per l analisi elettroforetica a pagina 74 e la Nota applicativa e la Guida kit reagenti applicabile Caricare il chip nel bioanalizzatore Per informazioni dettagliate vedere la sezione Caricare il chip per elettroforesi nel bio analizzatore a pagina 78 Avviare l analisi del ch
350. p informazioni generali sull analisi del chip e Per file di dati del chip citometrico a flusso xad possibile includere Riassunto dell istogramma tutti gli istogrammi visualizzati contemporaneamente in una panoramica Statistiche degli istogrammi tutti i dati statistici delle tabelle dei risultati degli istogrammi blu e rosso Riassunto dot plot tutte le zone visualizzate contemporaneamente in una panoramica Statistiche dot plot tutti i dati statistici della tabella dei risultati e Peri file di dati del chip e ettroforetico xad in base al tipo di analisi possibile inclu dere possibile includere Elettroferogrammi Immagini gel simili Tabelle dei risultati Curva standard Curva di calibrazione Sommario A 324 V Indice analitico Per stampare un report 1 Passare al contesto Data and Assay Dati e analisi 2 Selezionare un file nel Pannello della struttura ad albero un file d analisi xsy o un file di dati del chip xad 3 Nel menu File selezionare Print Stampa In base al tipo di file vengono visualizzate finestre di dialogo diverse Print Item IV Run Summary JV Electropherogam IV Assay Summary IV Gel Like IV Assay Details M Results Table IV Calibration Curve IV Standard Curve Wells All Wells C wels 1 3 Enter sample number and or sample ranges separated by commas Example 1 2 3 6 Options fe per page TT Ex
351. p Impostazioni di stampa che Stampante consentono di selezionare una stampante ed impostare le dimensioni e l orientamento della stampa Preview Apre la finestra di dialogo Report Preview Anteprima report che Anteprima visualizza un anteprima di tutte le pagine che saranno stampate Vedere anche la sezione Report Preview Anteprima report a pagina 650 Cancel Annulla Esce dalla finestra di dialogo senza stampare Print Save Se stata selezionata un opzione qualsiasi in Save To File Salva su Stampa Salva file il pulsante riporter l etichetta Save Salva altrimenti Print Stampa Print avvia la stampa Save avvia la scrittura della stampa in file pdf e o html Sommario A 628 V Indice analitico Print Stampa Confronto Scopo Questa finestra di dialogo viene utilizzata per impostare le opzioni di stampa per i report di confronto ed avviare la stampa prin______ _ lt _ Print Item f Comparison Summary Electropherogam P Calibration Curve O amp ssay Details TT GelLike F Standard Curye V Result Tables wells Options All wells 2 per page bt Cwelksf 7 Exclude Marker Enter sample number andior sample ranges separated by commas Example 1 2 3 6 F Include Ladder Save To File TT PDF File Path C 2100 expert Data ComparisonFile0 DNA1000 pdf TT HTML File Path C 1 100 expertiData ComparisonFile0 DNA1000 html Page Setup Printer Previe
352. pa citometria a flusso ed avviare la stampa Per configurare il marker in un istogramma Copy Marker Copia marker a pagina 647 Per confermare o saltare l utilizzo del Insert Existing Markers Inserisci marker esistenti a pagina 642 Configure Region Configura area a pagina 640 Copy Region Copia area a pagina 646 Insert Existing Region Inserisci area esistente a pagina 644 marker attualmente selezionato come marker di riferimento per tutti gli isto grammi Per inserire marker esistenti in un isto gramma Per configurare l area in un dot plot Per confermare o saltare l utilizzo dell area attualmente selezionata come area di riferi mento per tutti i dot plot Per inserire aree esistenti in un dot plot Sommario A 582 V Indice analitico About Informazioni su 2100 Expert Scopo Questa finestra di dialogo viene utilizzata per avere informazioni sull hardware e software del bioanalizzatore installato Ki About 2100 expert e x Agilent Technologies 2100 Bioanalyzer 2100 expert version B 01 01 5I1111 Installed License s Module License Key Electrophoresis Set Flow Cytometry Set Copyright 2003 Agilent Technologies System Info Accesso Questa finestra di dialogo pu essere aperta selezionando Help gt About Guida in linea gt Informazioni su Sommario A 583 V Indice analitico Elementi
353. pboard Ctrl C AJ Scale to Selected Peak Manually Set Lower Marker X Exclude Peak ATTENZIONE L esclusione di un picco o l impostazione manuale di un picco come marker inferiore o superiore possono provocare errori d analisi Sommario A 152 V Indice analitico Allineamento o disallineamento dei picchi marker marker superiore ed inferiore vengono quindi allineati ai marker dello standard ricampio nando i dati del campione con un allungamento o compressione lineare utilizzando un fit punto a punto i eroe ratti ono Prora erami Jo Bros Lam Dati prima dell allineamento Sommario A 153 Y Indice analitico Marker allineati allo standard Se i picchi marker del campione sono lontani pi di due volte o meno della met rispetto ai marker dello standard vengono considerati come picchi sbagliati e l analisi del cam pione viene interrotta producendo il messaggio d errore Picchi marker non identificati Sommario A 154 V Indice analitico NOTA Nell analisi di DNA e proteina l altezza dei picchi marker dipendente dall analisi picchi dello standard vengono analizzati per calcolare una soglia del picco marker che viene utilizzata per localizzare i picchi marker nei pozzetti dei campioni Se i picchi marker trovati utilizzando questo metodo di calcolo non corrispondono a quelli del campione il software 2100 expert utilizzer allora il valore impostato per il limite di altezza del picco se questo valore inferior
354. pecifica per l analisi contro la dimensione delle coppie di basi viene applicata ai singoli picchi dei campioni di tutti i pozzetti NOTA Il software consente di ridefinire i picchi scelti come marker superiore ed inferiore Comunque un cambiamento nella selezione del marker provocher modifiche quantita tive nella procedura di calibrazione e pertanto nell intera valutazione dei dati 9 Se la casella di controllo Rest Digest Restrizione enzimatica su Scheda Chip Summary Riepilogo chip abilitata il software 2100 expert segnala le situazioni di possibile comigrazione i Size bp Conc naful Molarity nmol l Observations a 4 15 4 20 424 2 Lower Marker 2 22 1 71 116 6 Possible Co Migration of 4 Peaks Bao 55 1 31 35 8 14 104 4 22 61 3 Possible Co Migration of 2 Peaks 5 141 3 19 34 4 6 187 3 97 a z 235 4 74 30 6 la 330 6 81 ala 9 381 7 99 31 8 10 476 10 34 32 9 11 512 9 31 27 6 12 1 500 2 10 2 1 Upper Marker Results PeakTable Legend Errors Sommario A 109 Y Indice analitico Dato che si assume che la molarit di tutti i frammenti di una restrizione enzimatica sia la stessa qualsiasi picco o cluster con molarit significativamente superiore al resto viene evidenziato come somma potenziale di picchi comigranti consentendo di esami narli pi dettagliatamente Sommario A 110 VY Indice analitico Analisi dei dati RNA ed acidi
355. pecificati Un filtro per esempio pu nascondere tutti gli eventi non critici Apre una casella di dialogo che consente di ricercare una stringa nella tabella Export Esporta Apre una finestra di dialogo che consente di esportare la tabella del registro d analisi o di parte di essa come file html Sommario A 568 V Indice analitico Tabelle Contesto Validation Validazione Nel contesto nstrument Strumento sono disponibili le seguenti cartelle e Scheda Configuration Configurazione e Scheda Results Risultati Sommario A 569 V Indice analitico Scheda Configuration Configurazione Scopo La scheda Configuration Configurazione consente di selezionare i test di qualificazione da eseguire in una prova di validazione Durante una prova di validazione mostra lo stato ed i risultati dei test Configuration Results Available Tests Apply Name Description Runs Status a Select All x Communication Test Tests if communic 1 gf Executed passed Xx Electronics Test Tests instrument 1 gf Executed passed Unseleck All Ban Test Tests if instrume 1 Executing x Lid Sensor Test Tests if the lid se 0a Execution pending Temperature Test Checks if the tem 0 _ Not selected Stepper Motor Test Tests if horizonta 0 _ Not selected Electrode Diode Test Tests conductivit 0 _ Not sele
356. per informazioni dettagliate sulle opzioni d esplorazione Fare clic su OK per confermare le impostazioni di esportazione automatica Fare clic su OK per avviare l esportazione automatica Da questo momento in poi i dati d analisi del chip vengono esportati automaticamente ogni volta che viene terminata l analisi di un chip Sommario A 314 Y Indice analitico NOTA Se si interrompe l analisi di un chip l esportazione automatica non viene effettuata Esportazione di tabelle possibile esportare e Tabelle dei risultati tabelle dei picchi tabelle dei frammenti e tabelle degli standard come file csv o file xIs e Tabelle dei registri come file html o txt Per esportare una tabella dei risultati una tabella dei picchi una tabella dei frammenti o una tabella dello standard 1 Nelle tabelle Assay Properties Propriet d analisi Electropherogram Elettrofero gramma Gel Histogram lIstogramma o Dot Plot fare clic con il pulsante destro sulla riga del titolo della tabella 2 Nel menu del contesto selezionare Export Esporta Viene visualizzata la finestra di dialogo Save As Salva con nome 3 Inserire un nome per il file e scegliere la directory di destinazione 4 Selezionare csv o xls come formato d esportazione del file 5 Fare clic su Save Salva Sommario A 315 V Indice analitico SUGGERIMENTO Le tabelle dei risultati possono essere esportate automaticamente ogni volta che viene terminata l analisi
357. per rimuovere il marker Sommario A 247 V Indice analitico Come configurare i marker possibile modificare colore nome e limiti superiore ed inferiore del marker 1 Fare doppio clic sul marker desiderato OPPURE Fare clic con il pulsante destro del mouse sulla riga corrispondente della tabella dei risultati e selezionare Configure Marker Configura marker sul menu del contesto OPPURE Selezionare il marker e fare clic sul pulsante Configure Marker Configura marker sulla barra degli strumenti Viene visualizzata la finestra di dialogo Configure Marker Configura marker Configure Marker E xl Name annexin Lower Value 20 34 gt 0 01 Upper Value 3438 99 lt 10000 Color E fe Cancel Help 2 Inserire un nome per il marker per esempio il colorante utilizzato si consiglia di utiliz zare dei nomi per identificare i marker 3 Inserire un Lower Value Valore inferiore linea verticale a sinistra Sommario A 248 V Indice analitico 4 Inserire un Upper Value Valore superiore linea verticale a destra NOTA valori inferiore e superiore devono essere compresi nell intervallo 0 01 10 000 rela tivo alle unit fluorescenti 5 Fare clic sul pulsante Color aed Colore per aprire la finestra di dialogo Color e selezio nare un colore 6 Fare clic su OK Sommario A 249 V Indice analitico Come spostare i limiti inferiore e superiore dei marker Entrambe
358. pherogram View Visualizzazione elettroferogramma In Grid View Visualizzazione a griglia si vedono gli elettroferogrammi di tutti i campioni compreso lo standard nello stesso momento L elettroferogramma del campione sele zionato circondato da un rettangolo nero La piccola immagine gel simile sul pannello inferiore vedere la sezione Pannello inferiore a pagina 465 evidenzia il pozzetto asso ciato In Single View Visualizzazione singola gli elettroferogrammi di campioni diversi della stessa analisi del chip possono essere sovrapposti Per confrontare campioni provenienti da diverse analisi del chip vedere la sezione Confronto tra campioni provenienti da dif ferenti analisi del chip a pagina 169 In entrambi i tipi di visualizzazione Single View e Grid View possibile anche eseguire lo zoom avanti per vedere pi da vicino i dati del grafico Fare clic e trascinare con il mouse per disegnare un rettangolo che delimiti l area che si desidera vedere pi in detta glio Questa area si ingrandir fino a riempire tutta l area del display Annullare lo zoom facendo doppio clic o utilizzando lo strumento di annullamento dello zoom La linea di divisione tra il grafico dell elettroferogramma e le sottocartelle pu essere spostata in direzione verticale per dare pi o meno spazio ad una delle due parti Sommario A 529 V Indice analitico Gli elettroferogrammi sono denominati con il nome del campione Sulla destra dell
359. plica per scegliere i singoli test Fare clic su Select All Seleziona tutti per selezionare tutti i test disponibili Fare clic su Unselect All Deseleziona tutti per deselezionare tutti i test disponibili AI Instruments Instrument Diagnostics y DE02000386 W Instrument 2 Name Instrument 1 Serial DE02000386 Firmware C 01 03q Product ID G2938A Available Tests Test Properties ID 29 Name Electronics Test Description Approximate Time 55 5 Fare clic su Start Avvio Sommario Tests instrument electronics A 362 V Apply Name Description Status a Start b x Electronics Test Tests instrument electronics Selected De Fan Test Tests if instrument fan is working Fselected x Lid Sensor Test Tests if the lid sensors are working Selected x Temperature Test Checks if the temperature sensors and heater a Selected Unselect All x Stepper Motor Test Tests if horizontal and vertical motors are workin 7 Selected REA x Electrode Diode Test Tests conductivity of channels pin to pin F Selected Xx High voltage Stability Test Tests high voltage accuracy and stability F Selected Ea UU Amm wama Charl af bha hink iinlbana cambualine El Ealanta zl Indice analitico 6 Seguire le istruzioni visualizzate dal software 2100 expert Per esempio sostituire la cart
360. precedente E eensaam 4 gt riles ors e DIE Passa alla pagina succes siva Fare clic pi volte per applicare pi modifiche di Visualizza l ultima pagina visualizzazione Visualizza la prima pagina Sommario A14Y Indice analitico Convenzioni tipografiche In questo manuale vengono utilizzate le seguenti convenzioni tipografiche Convenzione Significato Corsivo Blu Courier Courier grassetto Elemento visualizzato sullo schermo Esempio il tasto OK Enfatizzazione Esempio fare clic con il pulsante destro Termine Esempio i dot plot mostrano gli eventi sotto forma di punti Riferimento ad un altro documento Esempio vedere la Guida alla manutenzione e risoluzione dei pro blemi del Bionalizzatore Agilent 2100 Riferimento incrociato o collegamento ipertestuale Esempi Le novit di 2100 Expert a pagina 11 http www agilent com chem labonachip Codice Esempio il parametro della linea di comando port 2 Inserimento dell utente Esempio digitare 50 MB Sommario A15Y Indice analitico Informazioni sulla sicurezza note e suggerimenti Le informazioni sulla sicurezza le note ed i suggerimenti di questo documento devono essere intesi come specificato di seguito AVVISO La presenza di un messaggio di avviso indica un pericolo Questo simbolo richiama l attenzione su una procedura operativa operazione o altro che potrebbe provocare lesioni perso
361. presenza di un chip adatto per il tipo di analisi selezionato Selezionare Auto Export Esportazione automatica per abilitare l opzione pulsante Settings Impostazioni Quindi fare clic su Settings Impostazioni per visualizzare la finestra di dialogo Auto Export Esportazione automatica che consente di configurare le impostazioni di espor tazione automatica vedere la sezione Auto Export Esportazione automatica a pagina 611 Sommario A 354 V Indice analitico 7 Selezionare Auto Print Stampa automatica per abilitare l opzione Quindi fare clic su Settings Impostazioni per visualizzare la finestra di dialogo Auto Print Stampa automatica che consente di impostare le opzioni di stampa automatica vedere la sezione Auto Print Stampa automatica a pagina 633 NOTA Le impostazioni di Auto Print Stampa automatica e Auto Export Esportazione automatica sono indipendenti rispetto a quelle che possono essere selezionate il comando Export Esporta o Print Stampa del menu File 8 Fare clic su OK per confermare le modifiche Sommario A 355 V Indice analitico Esecuzione della diagnostica dello strumento 2100 expert fornisce numerosi test che consentono di verificare il corretto funziona mento dell hardware del bioanalizzatore test possono essere eseguiti ad intervalli rego lari oppure solo quando si verifica una situazione anomala test disponibili sono i seguenti e Test generici per il b
362. prie analisi in sottodirectory della directory assays Sommario A 296 V Indice analitico Come creare un analisi personalizzata Per creare un analisi personalizzata 1 Passare al contesto Data and Assay Dati e analisi 2 Dal menu Assays Analisi selezionare un analisi OPPURE Selezionare File gt Open File gt Apri ed aprire un file di analisi xsy o un file di dati del chip xad Il file viene visualizzato nel Pannello della struttura ad albero NOTA Per creare una nuova analisi citometrica a flusso con direzione del filtro libera o con pi di un marker o regione aprire e modificare il file di analisi Generic xsy 3 Modificare il file effettuando modifiche nelle cartelle seguenti Modificare le impostazioni d analisi nella Scheda Assay Properties Propriet d analisi Inserire informazioni su chip campione e studio nella Scheda Chip Summary Riepilogo chip Perle analisi citometriche a flusso definire marker e zone nella Scheda Histogram Single Grid View Istogramma Visualizzazione singola a griglia e nella Scheda Dot Plot Single Grid view Visualizzazione singola a griglia Sommario A 297 V Indice analitico Perle analisi elettroforetiche definire le regole di evidenziazione nella Scheda Result Flagging Evidenziazione dei risultati 4 Selezionare File gt Save As File gt Salva con nome per aprire la finestra di dialogo Save As Salva con nome 5 In
363. ra garanzia esplicita o implicita comprese le garanzie implicite di commerciabilit ed idoneit ad uno uso speci fico relativamente al presente manuale e alle informazioni in esso contenute Salvo il caso di dolo o colpa grave Agilent non sar responsabile di errori o danni diretti o indi retti relativi alla fornitura o all uso di questo documento o delle informazioni in esso contenute In caso di separato accordo scritto tra Agilent e l utente con diverse condizioni di garanzia relativamente al contenuto di questo documento in conflitto con le condizioni qui riportate prevarranno le condizioni dell accordo separato Limitazione dei diritti sul software Qualora utilizzato in esecuzione di un contratto o subcon tratto con un ente statunitense il software consegnato in licenza quale software per uso commerciale come defi nito nel DFAR 252 227 7014 Giugno 1995 o come prodotto commerciale in conformit con quanto specificato nel documento FAR 2 101 a oppure come software per uso limitato in conformit a quanto definito nel documento FAR 52 227 19 Giugno 1987 o in qualsiasi altra norma o clausola di contratto equivalente L uso la duplicazione o la divulgazione del software soggetta ai termini della licenza commerciale standard di Agilent enti ed agenzie non DOD del governo degli Stati Uniti avranno solo dei Diritti Ristretti come difiniti nel FAR 52 227 19 c 1 2 Giugno 1987 Gli utenti degli Stati Uniti avranno sol
364. ra misurare ogni campione entro un tempo definito Inserire il tempo in sec che si desidera sia utiliz zato per ogni campione Il tempo di misurazione massimo per cam pione viene calcolato in base al numero di campioni selezionati Inserire il numero massimo di eventi cellule per campione da misu rare Inserire il tempo massimo di durata di un analisi indipendentemente dal raggiungimento del numero di eventi Il tempo di misurazione massimo per campione viene calcolato in base al numero di campioni selezionati Sommario A 471 W Indice analitico Scheda secondaria Raw Signals Segnali grezzi Durante l analisi e ettroforetica di un chip la scheda secondaria Raw Signals Segnali grezzi mostra un elettroferogramma del campione attualmente analizzato Sopra il gra fico viene visualizzato il nome del campione analizzato in quel momento Il grafico una rappresentazione in diretta del tempo di migrazione rispetto alle unit fluorescenti per esempio dati grezzi comprendenti la fluorescenza di fondo Ladder Fluorescence Q w Q w Q w w A A Q pos n D ra D n o O o 1 N w ab o zsmsnngnnt 300 290 280 40 50 60 70 80 90 100 110 120 Time s Chip Setup Raw Signals Sommario A 478 V Indice analitico Scheda secondaria Dot Plot Durante l analisi citometrica a flusso di un chip la scheda secondaria Dot Plot mostra i singoli eventi cellule ne
365. ral assay setpoints Electrophoresis properties Ladder Concentration Ladder standard areas Concentration unit Sample setpoints Integrator Integration start time s Integration end time s Slope Threshold Area threshold Height threshold FU Peak filter width s Default Apply 150 Table ngul Help A 4388 V Indice analitico Analisi citometriche a flusso Assay Properties Chip Summary Histogram Dot Plot Log Book Assay File GFP Demo xsy Advanced X Collapse Title GFP Assay General assay setpoints Location Cii rtiassaysidemolflow cytometry Flow Cytometry properties Assay Class GFP Custom measure mode Default l Measure fixed time s 240 gaioi KA Cell count 1000 Version 1 0 Max cell count time s 240 Hide Superset curve in X Z User interface settings Comments Z Graph setpoints Copyright 2001 Agilent Technologies Max X axis for blue his 10000 Copyright 2001 Caliper Technologies Corp Min X axis for blue hist 0 01 Modified September 19 2003 1 31 29 PM Scaling for blue histogram log Max X axis for dot plot 10000 Data Acquisition Parameters Min Y axis for dot plot Max X axis for red hist 10000 Number of available sample wells max 6 Min X axis for red histo 0 01 Measurement Mode Default Scaling for red histogram log Graph Settings Histoaram Settinas zl Ana
366. rativa sull analisi cellulare Corso avanzato di 1 giorno sulle applicazioni relative all analisi cellulare Parti di ricambio ed accessori 5065 4413 Cartuccia ad elettrodo 5065 4492 Cartuccia a pressione 5065 4478 Kit adattatore per pressione Contiene 5 adattatori in plastica ed 1 anello di montaggio da utilizzare con la cartuccia a pressione G2938 68100 Test chip kit per analisi elettroforetica Comprende 1 focalizzatore automatico 1 Elettrodo Diodo e 5 pinze per dispersione di corrente G2938 68200 Kit di chip test per analisi citometrica a flusso Comprende un chip di focalizzazione automatica delle cellule G2938 81605 Cavo RS 232 Cavo di comunicazione PC strumento 2110 0007 Fusibile Per il bioanalizzatore G2938C sono necessari due fusibili d alimentazione G2938 81610 Cavo multiporta per scheda rocketport Sommario A 6719 Indice analitico 5042 1398 Pinza regolabile per utilizzo con siringhe luer lock 5065 4401 Stazione di priming del chip comprendente kit di guarnizioni e pinza rego labile G2938 68716 Kit di guarnizioni Comprende le parti di ricambio per la stazione di priming del chip 1 adattatore di plasti ca 1 anello e 10 guarnizioni 5065 4428 Agitatore Vortex IKA 115V Rivolgersi a IKA per le ordinazioni 5065 4429 Agitatore Vortex IKA 230V Rivolgersi a IKA per le ordinazioni 5022 2190 Adattatore Vortex Mixer per agitatori Vortex IKA 50
367. rdi nate pu essere letto il valore di fluorescenza rossa e blu di ogni evento Per ogni cam pione del chip viene visualizzato un dot plot per tutti i 6 campioni contemporaneamente visualizzazione a griglia o per un singolo campione visualizzazione singola Grid View Visualizzazione a griglia Dot Plot 102 10 10 10 10 103 10 Blue Fluorescence Total Events 1211 Sample 3 Red Fluorescence ili oo W 102 10 10 10 10 103 10 Blue Fluorescence Total Events 1702 Sample 5 Red Fluorescence 103 10 10 10 10 103 10 Blue Fluorescence Total Events 1719 Sample 2 ed Fluorescence 102 10 10 10 10 103 10 Blue Fluorescence Total Events 1714 Sample 4 Red Fluorescence 102 10 10 10 10 103 10 Blue Fluorescence Total Events 1753 Sample 6 Red Fluorescence 102 10 10 10 10 103 10 Blue Fluorescence Total Events 1736 Sommario A 550 V Indice analitico Single View Visualizzazione singola Dot Plot Sample 3 Region 1 Red Fluorescence 10 102 10 10 10 10 10 Blue Fluorescence Region xMean YMean Events Total of gated StdDevx StdDevY CVX CNY p All Events 12 01 64 89 1702 100 11 44 89 01 95 22 137 16 Region 1 20 70 143 91 430 25 30 10 65 98 01 51 42 68 10 al Accesso La scheda Dot Plot sempre disponibile nel co
368. re se non viene selezionato un file crea un nuovo file di confronto ed aggiunge ad esso il campione Sommario A 173Y Indice analitico Se si tenta di aggiungere un campione di un file xad con il nome dell analisi sbagliato viene visualizzato il seguente messaggio d errore Comparison Context x Assay class does not match Please choose a sample with assay class Protein 200 6 anche possibile rimuovere i campioni da un file di confronto Fare clic con il pulsante destro sul nome del campione e selezionare Delete Sample from Comparison File Elimina campione dal file di confronto All Comparison Files E ComparisonFile0 Protei L IgG non reduced IgG nonreduced LI IgG non sedz2ad LI Ladder IgG reduced LI Sample 1 Comparison Summary Gel Sommario A 1749 Indice analitico 7 Dopo aver aggiunto tutti i campioni possibile selezionare la Scheda Comparison Sum mary Riepilogo confronto che visualizza inform di inserire un commento relativo al confronto All Comparison Files ComparisonFile0 Protei L IgG non reduced File L IgG nonreduced ition L IgG non reduced C Ladder Assay Class L IgG reduced AN L Sample 1 LI i Modified Software azioni sul file di confronto e consente Comparison Summary Gel Electropherogram ComparisonFile0 Protein 200 xac Protein 200 November 05 2003 11 44 45 AM November 05
369. re la sezione Scheda Gel a pagina 509 e Scheda Electropherogram Single Grid View Elettroferogramma Visualizzazione singola griglia vedere la sezione Scheda Electropherogram Single Grid View Elettroferogramma Visualizzazione singola griglia a pagina 526 Vedere la sezione Confronto tra campioni provenienti da differenti analisi del chip a pagina 169 per informazioni sul confronto dei campioni di diverse analisi Sommario A 578 V Indice analitico Status Bar Barra di stato Analyzing C SRNUM_2003 06 25_ MAMANA NAN ANNE 6 27 2003 3 47PM Auto Export Auto Print Auto Rur La barra di stato posta nella parte bassa della finestra dell applicazione di 2100 expert mostra e Messaggi di sistema e Barra di avanzamento Una barra di avanzamento viene visualizzata per esempio durante l apertura o il salva taggio di un file oppure durante l analisi di un chip e Data e ora e Stato delle opzioni Auto Export Esportazione automatica Auto Print Stampa automa tica ed Auto Run Esecuzione automatica Le opzioni disabilitate sono visualizzate in grigio Sommario A 579 V Indice analitico Finestre di dialogo Il software 2100 expert fornisce le seguenti finestre di dialogo Finestra di dialogo Scopo Generale About Informazioni su 2100 Expert a pagina 583 Per avere informazioni sull hardware e software del bioanalizzatore 2100 Expert Close Chiudi
370. re zoom avanti sull elettroferogramma per ingrandire il picco desiderato 2 Selezionare Electropherogram gt Manual Integration Elettroferogramma gt Integrazione manuale per disattivare l integrazione automatica In alternativa possibile fare clic sul pulsante Manual Integration Integrazione manuale sulla barra degli strumenti punti della linea di base diventano visibili come punti blu o verdi punti della linea di base evidenziati sono identificati in verde e possono essere spostati lungo la linea ver ticale premere il tasto CTRL ed il pulsante sinistro del mouse oppure lungo il tracciato del segnale pulsante sinistro del mouse punti blu della linea di base sono fissi e non possono essere spostati Per evidenziare un punto della linea di base fare clic su di esso Sommario A 156 V Indice analitico Sample 3 3 Mettere in pausa l analisi automatica facendo clic sull icona corrispondente sulla barra degli strumenti SUGGERIMENTO Prima di effettuare l integrazione manuale si raccomanda fortemente di mettere in pausa l analisi automatica e di riavviarla dopo che tutte le modifiche sono state effet tuate Altrimenti l analisi dei dati si avvia in qualsiasi momento quando i punti della linea di base vengono spostati Sommario A 157 V Indice analitico 4 Regolare i punti della linea di base nel modo appropriato SUGGERIMENTO Per spostare la linea di base di un picco puntare lungo la linea verticale p
371. remere il tasto CTRL ed il pulsante sinistro del mouse Per spostare la linea di base del picco puntare lungo il segnale e premere solo il pulsante sinistro del mouse 5 Fare clic sul pulsante Automatic Analysis Analisi automatica per riabilitare l inte grazione risultati dell integrazione sulle tabelle di risultati e picchi cambieranno in base alle mo difiche effettuate Sommario A 158 V Indice analitico Esempio Rimozione dei picchi Per rimuovere i picchi 1 Evidenziare la scheda E ectropherogram Elettroferogramma nel contesto Data and Assay Dati e analisi e fare zoom avanti sull elettroferogramma per ingrandire il picco desiderato 2 Selezionare Electropherogram gt Manual Integration Elettroferogramma gt Integrazione manuale per disattivare l integrazione automatica In alternativa possibile fare clic sul pulsante Manual Integration Integrazione manuale sulla barra degli strumenti punti della linea di base diventano visibili come punti blu o verdi Sommario A 159 V Indice analitico Sample 3 Copy Electropherogram ua Save Electropherogram Size kDa Rel Conc ug ml Calib Conc ug ml 6 0 0 0 3 Fare clic con il pulsante destro su un punto della linea di base e selezionare Remove Peak Rimuovi picco sul menu del contesto Sommario A 160 V Indice analitico due punti della linea di base e la linea che li connette scompariranno ed i risultati dell integraz
372. resentati sull elettrofero gramma da punti a forma di rombo posti sulla linea di base del picco e dello stesso colore mostrato sulla tabella dell RNA Trasci nando uno di questi punti si modificher il tempo iniziale o finale ed anche il disegno della linea di base tra i due punti Area Area L area del singolo frammento misurata in coppie di basi of total Area La percentuale di area del singolo frammento confrontata con di area totale l area totale dell RNA misurato sopra alla linea di base Possono essere inseriti frammenti aggiuntivi facendo clic con il pulsante destro del mouse sull elettroferogramma NOTA anche possibile escludere colonne dalla tabella dei frammenti Fare clic con il pul sante destro del mouse sulla riga del titolo della tabella e selezionare Configure Columns Configura colonne sul menu del contesto Per informazioni pi dettagliate vedere la sezione Configure Columns Configura colonne a pagina 636 Sommario A 523 Y Indice analitico Scheda secondaria Errors Errori Visualizza Codice Descrizione e Categoria degli errori avvenuti durante la misurazione o l analisi dei dati La maggior parte degli errori il risultato della mancata individuazione dei picchi da parte degli algoritmi di analisi del software Questo pu essere dovuto ad un picco del cam pione o dello standard che non viene visualizzato nel punto atteso anche le impostazioni di analisi dei dati vedi di seguito na
373. richiesta connessione Internet e registrazione Porta alla pagina del Life Sciences Chemical Analysis Online Store richiesta connessione Internet About 2100 expert Visualizza la finestra di dialogo About Informazioni su Informazioni su 2100 Expert che mostra informazioni relative al sistema e 2100 expert la versione del software Vedere la sezione About Infor mazioni su 2100 Expert a pagina 583 Registration Apre la finestra di dialogo License Administration Tool Registrazione Strumento di amministrazione licenza che consente di registrare i componenti del software di cui si possiede la licenza Sommario A 129 V Indice analitico Barre degli strumenti Le barre degli strumenti sono situate sotto la barra del menu e forniscono rapido accesso a funzioni richieste frequentemente SUGGERIMENTO Spostare il cursore del mouse su un pulsante della barra degli strumenti ed attendere un momento Sar visualizzata una descrizione del comando che descrive brevemente la sua funzione Db i DSIS Se un pulsante della barra degli strumenti risulta sbiadito significa che la sua funzione non disponibile in quel momento Le barre degli strumenti variano fortemente in base al contesto e a ci che selezionato in un dato momento e Barra degli strumenti del contesto Instrument Strumento a pagina 431 e Contesto Data and Assay Dati e analisi Barra degli strumenti Electropheresis Elettroforesi
374. rie Assay Class Classe dell analisi Data Time Counter Data e ora contatore Example Esempio Agilent 2100 nel nome del file Questo utile in particolare se si lavora con un sistema multistrumento Inserisce il tipo di analisi nel nome del file Per esempio DNA1000 Protein50 Apoptosis o Generic Inserisce la data in cui stata effettuata l analisi del chip Time inserisce data e ora nel file di analisi Se non si desidera utilizzare data e ora si pu selezionare Counter Counter inserisce numeri a 3 cifre incrementati ai nomi di file che iniziano con 001 002 e cos via Anteprima del nome del file xad in base alle impostazioni delle impostazioni del nome del file dati scelto scelto Per esempio includendo un prefisso come 2100 expert cos come la data e l ora i file di dati saranno creati con nomi del tipo 2100 expert_2003 07 01_14 09 12 xad Sommario A 588 V Indice analitico possibile specificare la directory dove si desidera memorizzare il file di dati del chip Data File Directory Default L indirizzo predefinito la subdirectory Data della directory Predefinito d installazione Custom Una directory di propria scelta Utilizzare il pulsante Browse Sfoglia Personalizzata alla sinistra del campo di testo per aprire la finestra di dialogo Directory search Ricerca directory che consente di selezionare la directory in cui salvare i file di dati Creat
375. rimo campione Evidenzia e visualizza l elettroferogramma del campione successivo Se viene evidenziato l ultimo campione si viene reindirizzati allo standard Non disponibile se viene evidenziato lo standard Visualizza l elettroferogramma attuale in formato singolo Passa al formato di visualizzazione multipozzetto ed evidenzia l elet troferogramma attuale Annulla l ultima azione di zoom panoramica o ridimensionamento A 436 Y Indice analitico gt Sommario Annulla tutte le azioni di zoom pan e ridimensionamento Consente di selezionare una delle seguenti modalit di adattamento Individual Scale Scala singola Ogni grafico utilizza la propria scala che ottimizzata per quel gra fico Selected Scale Scala selezionata Tutte i grafici utilizzano la stessa scala che ottimizzata per il grafi co selezionato Global Scale Scala generale solo con visualizzazione a griglia Tutti i grafici utilizzano la stessa scala che scelta in modo che tutti gli elettroferogrammi siano compresi nella visualizzazione Consente di selezionare una delle seguenti operazioni di trascina mento sull elettroferogramma Zoom Ingrandisce a tutto schermo l area corrispondente Pan Panoramica Sposta il grafico ed utile in particolare per grafici dove gi stato eseguito lo zoom Scale Scala Trascinando a sinistra o in basso riduce la visualizzazione in quella direzione trascinando a destra o in alto
376. rincipi delle misurazioni citometriche a fIUSSO ii 193 Panoramica dell analisi citometrica a flusso 202 Preparazione ed esecuzione di un analisi citometrica a flUSSO 206 Analisi e valutazione dei risultati di un analisi citometrica a flusso 237 Lavorare con i dati di chip e analisi n nsannannnnnnsnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnsnnnnnnnnnennnnnnnnnne 290 Panoramica dei dati di 2100 Expert e 291 Gestione delle analisi iii 294 Gestione dei dati del A 300 Organizzazione recupero e backup dei dati di 2100 Expert ii 302 lmportazione de dll iii 304 Esportazione dei dall icona ionici cicoria iii 311 Stampa del Te potter 323 Gonigurazion taBelle sl liana 330 Lett ra der retail 337 Configurazione di 2100 Expert sssssssusssssnensusunnnnsnnunnnnnunununnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn 344 Come specificare i nomi e le directory dei file di dati iiiiiiin 345 Come impostare un segnale di avviso aCUStiICO iii 348 Sommario Ai1Y Indice analitico Come specificare le impostazioni grafiche iiiiiii 350 Come utilizzare le impostazioni avanzate iiiii 352 Esecuzione della diagnostica dello strumento iiiiiii 356 Come effettuare i test diagnosti
377. rire la finestra di dialogo Browse for folder Sfoglia per la cartella Create Daily Se selezionato nella directory di destinazione viene creata una sotto Subdirectories directory con il formato di denominazione AAAA MM GG ed i dati Crea d esportazione vengono scritti in questa directory sottodirectory giornaliere Pulsanti Export Esporta Fare clic su questo pulsante per esportare i dati selezionati Per ogni categoria di dati viene visualizzata la finestra di dialogo Save As Salva con nome dove inserire i nomi dei nuovi file e le directory di destinazione Sommario A 610Y Indice analitico Auto Export Esportazione automatica Scopo Per impostare le opzioni per l esportazione automatica che si attiver ogni volta che sar completata l analisi di un file Accesso Questa finestra di dialogo pu essere aperta dalla finestra di dialogo Options Opzioni vedere facendo clic sul pulsante Settings Impostazioni Options Advanced Opzioni Avanzate a pagina 594 accanto alla casella di controllo Auto Export Esporta zione automatica Sommario A 6119 Indice analitico Elementi Cartella di Flow Cytometry Data Export Esportazione dei dati della citometria a flusso Auto Export xj Electrophoresis Data Export Default Export Directories Flow Cytometry Export IV Result Tables IV Sample Data MW FCS Data IV Dot Plot Images IV Histogram Images J Export to XML Cr
378. risce un filtro orizzontale per la regione selezionata solo analisi generiche Inserisce un filtro verticale per la regione selezionata solo analisi generiche Rimuove il filtro Colora i punti all interno dell area selezionata utilizzando il colore dei bordi dell area Evidenzia e visualizza il dot plot del campione precedente Non dispo nibile se viene evidenziato il primo campione Evidenzia e visualizza il dot plot del campione successivo Non dispo nibile se viene evidenziato il primo campione Sommario A 446 V Indice analitico Contesto Data and Assay Dati e analisi Barra degli strumenti Result Flagging Evidenziazione dei risultati ADETSSZIiIO 2 Pulsante Funzione amp Apre una finestra di dialogo di sistema che consente di caricare una serie di regole di evidenziazione dei risultati memorizzate in un file xml Po Apre una finestra di dialogo di sistema che consente di salvare le regole di evidenziazione dei risultati in un file xml Aggiunge una nuova regola d Elimina la regola selezionata Ta Sposta in su di una riga la regola selezionata g Sposta in gi di una riga la regola selezionata fa Inserisce una copia della regola selezionata Valida le regole di evidenziazione dei risultati e li applica ai dati del chip se presenti 3 Passa dalla modalit Normal Normale alla modalit Target Obiet tivo e viceversa Da Apre la guida in linea sull argomento evidenziazione
379. ro dello strumento successivo Sommario A 425 V Indice analitico Menu Instruments Strumenti c System Log Ctrl L SH Options Voce del menu Instruments Strumenti Funzione System Log Registro del sistema Options Opzioni Apre la finestra di dialogo System Log Viewer Visualizza tore del registro di sistema che mostra eventi di tutto il sistema sulla tabella di registro del sistema Apre la finestra di dialogo Options Opzioni che consente di configurare il software 2100 expert Questa finestra di dialogo presenta le seguenti cartelle e Options Data Files Opzioni File di dati a pagina 587 e Options Chip Alert Opzioni Avviso chip a pagina 590 e Options Graph Settings Opzioni Impostazioni grafiche a pagina 592 e Options Advanced Opzioni Avanzate a pagina 594 Sommario A 126 V Indice analitico Menu Windows Finestre Nel contesto Data and Assay Dati e analisi il menu Windows Finestre consente di passare da uno all altro tra i file di dati del chip xad e di analisi xsy Windows Generic Demo xad Demo_A_01_30_SI221 Eukaryote_Total RNA xad Demo_A_01_30_5I221_DNA1000 xad protein_calibration xad Protein 50 xsy DNA 1000 no calibration xsy 2100_APOPTOSIS_SRNUM_2003 07 01_001 xad Nel contesto nstrument Strumento il menu Windows consente di passare dalla visua lizzazione a griglia dello stru
380. ro di eventi cellule con valori di fluorescenza simili vengono visualiz zati come un denso aggregato di punti come mostrato nell immagine seguente Quando le cellule passano attraverso il rivelatore i valori della sua fluorescenza blu o rossa vengono misurati 5 E o D Blue Intensity Dot Plot View Per determinare il numero di cellule il cui valore di fluorescenza blu o rossa cade entro un determinato range possibile stabilire delle aree Inoltre possibile impostare un filtro per ottenere i valori percentuali di fluorescenza rossa o blu su una determinata popola zione Sommario A 200 V Indice analitico In analisi predefinite i confini dell area rettangolare rappresentano i marker definiti in corrispondenza degli istogrammi del blu e del rosso Settore 5 24h fix Region 1 10 Red Fluorescence a TTT TTT TAR TATA I LIU L LU 1 LLL n a A S E N I PLL kaL 101 10 10 10 10 Blue Fluorescence A L area inferiore sinistra di un dot plot normalmente non presenta eventi a causa della soglia di rilevazione del picco che il valore della fluorescenza deve superare Per informazioni dettagliate vedere la sezione Utilizzo dei dot plot per la valutazione a pagina 260 Sommario A 201 Y Indice analitico Panoramica dell analisi citometrica a flusso Per misurare le caratteristiche delle cellule non sufficiente specificare il tipo di colo rante
381. rt C 100 Bioanalyzer 2100 expert Data 2003 11 07 2100 expert_DNA 1000_00000_2003 11 07 14 11 42 adi AAE Barra del menu e contex Barre degli strumenti o Instrument Barra delle tra 5 He HR informazioni Data and Assay Barra del J c 0 nte sto Validation Struttura im ad albero Comparison Cartelle Sottocartelle Pannello inferiore Barra di stato View Assays Gel Tools Windows Help ata and Assay eh amp ie E u SL EO IP S P o Gel Sample 1 iles Assay Properties Chip Summary Electropherogram Result Flagging Log Book 2100 expert_DNA 1000_0000 _ E All Samples i Sample 2 Sample 3 Sample 4 Sample 5 Sample 6 Sample 7 Sample 8 OO OO 000 Sample 10 Sample 11 Sample 12 Ladder DODO Local Global Normal 7 Collapse par Integration start time s 36 Integration end time s 129 Slope Threshold 0 5 Area threshold 0 5 Height threshold FU 17 Peak filter width s 0 5 Tall E Export fz Configure Columns Fe Copy To Clipboard Ctrl C Col Manually Set Lower Marker Lol Manually Set Upper Marker Sommario A 375 V Navigatore delle impostazioni 11 7 2003 14 23 Auto Export quto Print Auto Run Indice analitico Area Scopo Barra del titolo Barra del menu Barre degli str
382. rt Select Assay Assay File Ci eculariDNA 1000 xsy Data File OPPURE Fare clic sul menu Assays Analisi Sommario A 209 V Indice analitico In entrambi i casi si apre il menu Assays Analisi che consente di selezionare un tipo di analisi dai sottomenu Assays Flow Cytometry gt Antibody Staining Electrophoresis gt Apoptosis fast protocol Demo Ci flow cytometry Generic Demo xsy Blue_to_Red X Checkout Beads Ci assaysiflow cytometryiGeneric xsy Ci electrophoresisiRNA mRNA Nano xsy Generic Ci resisiproteiniProtein 200 Plus xsy GFP Cil electrophoresisidsDNA DNA 500 xsy On chip Antibody Staining On chip GFP Red_to_Blue OPPURE Selezionare File gt Open File to Run File gt Apri file da eseguire Il tipo di analisi selezionata dipende dall esperimento e dal protocollo di colorazione uti lizzato per preparare i campioni di cellule dettagli di queste analisi sono descritti nelle Note applicative disponibili per ogni analisi 5 Selezionare il tipo di analisi desiderato per esempio Apoptosi Il tipo di analisi viene caricato ed il suo nome compare sulla Barra delle informazioni DE1 1700058 APOPTOSIS Sommario A 210V Indice analitico NOTA Dopo che un chip stato analizzato i risultati ottenuti possono essere valutati utiliz zando un file di dati di un chip per l analisi citometrica a flusso differente oppure un file d analisi Vedere la sezione Importazion
383. rtuccia nel bioanalizzatore Agilent 2100 per evitare di danneggiare gli elettrodi e gli alimentatori ad alta tensione 1 Infilare la cartuccia ad elettrodo nel coperchio come mostra la figura Spingere in questo punto per fissarla in posizione Leva di metallo ENZ F 2 Spingere la parte anteriore in metallo della cartuccia per bloccarla in posizione 3 Collocare la leva metallica di bloccaggio in piano posizione chiusa ATTENZIONE Non chiudere il coperchio con forza per non danneggiare la cartuccia Se il coperchio non si chiude completamente controllare che la cartuccia sia inserita correttamente e riprovare Sommario A 55Y Indice analitico 4 Rimuovere tutti i chip presenti ATTENZIONE Non forzare la manopola del selettore del chip se il chip inserito nel bioanalizzatore 5 Spostare il selettore del chip in posizione 1 come mostra la figura seguente Il bioanalizzatore munito di un selettore del chip che evita che ven gano usate cartucce incompatibili ci assi cura che il chip inserito sia adatto perla cartuccia installata In questa posizione possibile inserire nel bioanalizzatore chip per l analisi di DNA RNA e Proteina Sommario A 560Y Indice analitico Come preparare il bioanalizzatore per l analisi citometrica a flusso Rimuovere la cartuccia ad elettrodo 1 Aprire il coperchio ATTENZIONE Non
384. rumenti Tutti i punti all interno di un area avranno ora lo stesso colore del bordo dell area stessa Nel caso in cui le aree si sovrappongano i punti vengono colorati con il colore dell area aggiunta riposizionata o ridimensionata per ultima Sommario A 265 V Indice analitico Come modificare la posizione e le dimensioni di un area Le dimensioni e la posizione delle aree possono essere modificate per restringere il numero degli eventi inclusi E possibile operare graficamente con il mouse oppure inse rire i valori nella finestra di dialogo Configure Region Configura area Per spostare un area 1 Tenendo premuto il tasto MAIUSC fare clic sul bordo dell area e trascinare l area nella nuova posizione 2 Rilasciare il tasto del mouse Per modificare le dimensioni e la posizione con il mouse 1 Fare clic sul bordo per selezionare l area 2 Posizionare il puntatore del mouse su un angolo qualsiasi dell area selezionata Il puntatore del mouse cambia la sua forma in una doppia freccia 3 Fare clic e trascinare il bordo fino ad ottenere la nuova dimensione Durante lo spostamento il puntatore del mouse diventa un puntatore a croce ed i bordi dell area sono delimitati da una linea tratteggiata Legion 2 4 Rilasciare il tasto del mouse Sommario A 266 V Indice analitico Per modificare le dimensioni e la posizione numericamente 1 3 Fare doppio clic sull area per aprire la finestra di dialogo Configure Re
385. s 0 Size isthe expected fragment size in bp nt kDa Windowtype can be PER or ABS PER User will give the window size as percentage of fragment size e g 10 ABS User will give the window size as absolute unit of peak size e g 10 base pairs bp Sommario A 181 Y Indice analitico Una regola di evidenziazione dei risultati costituita dai seguenti elementi e Label Expression Espressione dell etichetta Una descrizione opzionale per le regole utilizzate per etichettare i campioni che soddi sfano la regola e Espressione If Un espressione costruita in base a funzioni variabili ed operatori logici predefiniti e Commento Un commento opzionale per la regola e Espressione colore Un colore a tinta unita o un gradiente di colore costruito sulla base di due colori utiliz zato per evidenziare i campioni che soddisfano la regola Per informazioni dettagliate su tutti gli elementi della scheda Result Flagging Evidenzia zione risultati vedere la sezione Scheda Result Flagging Evidenziazione dei risultati a pagina 557 Come definire le regole di evidenziazione dei risultati a pagina 186 mostra come proce dere per definire le regole possibile riutilizzare le definizioni delle regole di evidenziazione dei risultati vedere Esportazione delle regole di evidenziazione dei risultati a pagina 322 e Importazione delle regole di evidenziazione dei risultati a pagina 310 Sommario A 182 V Indice
386. sa al formato di visualizzazione a griglia ed evidenzia il dot plot attuale F Annulla l ultima azione di zoom o Annulla tutte le azioni di zoom Mette una copia del dot plot selezionato negli appunti ta Apre una finestra di dialogo di sistema che consente di salvare il dot plot selezionato come immagine in formato Windows Meta File wmf Windows Bitmap bmp o JPEG jpg A Entra nella modalit di disegno delle aree consentendo di disegnare una nuova regione sul dot plot Il cursore del mouse diventa un pun tatore a croce A Elimina l area selezionata Se l area utilizzata anche da altri dot plot apparir un messaggio che richiede se si desidera rimuo verla da tutti i dot plot che la utilizzano o solo dal dot plot attuale Sommario A 445 Y Indice analitico GATE SA i X Apre la casella di dialogo Configure Region Configura area vedere la sezione Configure Region Configura area a pagina 640 che consente di modificare le propriet di un area selezionata solo ana lisi generiche Copia l area selezionata in tutti gli altri dot plot dell analisi del chip solo analisi generiche Apre la casella di dialogo nsert Existing Region Inserisci area esi stente vedere la sezione Insert Existing Region Inserisci area esi stente a pagina 644 che consente d inserire nel dot plot attuale un area esistente su altri dot plot della stessa analisi del chip solo analisi generiche Inse
387. sere acquistate a parte Sommario A 669 V Indice analitico G2947CA Bioanalizzatore Agilent 2100 set per elettroforesi Comprende il kit di chip test una cartuccia ad elettrodo la chiave di licenza per analisi elettroforetica ed assistenza per l avvio G2948CA Bioanalizzatore Agilent 2100 set per citometria a flusso Comprende il kit di chip test una cartuccia ad elettrodo la chiave di licenza per analisi elettroforetica ed assistenza per l avvio Assistenza e software G2946CA Aggiornamento software 2100 Expert Agilent Pacchetto software per l aggiornamento all ultima revisione del software per il Bioanalizzatore Agilent 2100 R1015A Bioanalizzatore Agilent 2100 IO Verifica che il software e l hardware siano completi e correttamente installati e che tutte le connessioni elettriche siano corrette R1016A Bioanalizzatore Agilent 2100 00 PV Verifica che il software e l hardware funzionino in base alle specifiche operative dell ambiente selezionato Opzione 001 Per una seconda cartuccia sullo stesso strumento Opzione 002 Per un secondo strumento utilizzando lo stesso PC R1011A Assistenza operativa analisi DNA RNA Corso avanzato di 1 giorno sulle applicazioni relative alle analisi di DNA o RNA Sommario A 6070 V Indice analitico R1012A Assistenza operativa sull analisi delle proteine Corso avanzato di 1 giorno sulle applicazioni relative alle analisi delle proteine R1013A Assistenza ope
388. si be Assay Start Stop Run Avvia Inter rompi analisi Q Start Q Stop Assay File File di analisi Data File File di dati solo i tipi di analisi adatti al chip inserito Vedere anche la sezione Menu Assays Analisi a pagina 395 Avvia l analisi del chip e scrive i risultati delle misurazioni nel File di dati specificato Il pulsante Start Avvia attivo solo se connesso uno strumento stato rilevato un chip ed stata selezionata un ana lisi adatta Quando si avvia l analisi di un chip la didascalia del pul sante diventa Stop Interrompi e consente di annullare l analisi del chip File di analisi xsy comprendenti il percorso selezionato per l analisi del chip Nome del file di dati del chip xad da generare Facendo clic sul nome del file si viene portati al contesto Data and Assay Dati ed analisi dove possibile visualizzare i risultati dell analisi del chip Sommario A 475 V Indice analitico Scheda secondaria Chip Setup Impostazione del chip Sulla Scheda secondaria Chip Setup Impostazione del chip possibile specificare una destinazione per il file di dati del chip ed effettuare impostazioni relative all acquisizione dei dati Destinazione Default Selezionare Default se si desidera salvare l analisi del chip nella Predefinito directory predefinita La directory predefinita pu essere definita nella finestra di dialogo Options Opzioni Vedere la sez
389. so sulla parte frontale e La cartuccia a pressione contiene un blocco di tubicini e filtri che deve essere collegato alla pompa da vuoto La tenuta deve combaciare con il pozzetto di priming del chip per consentire l applicazione della bassa pressione richiesta La cartuccia a pressione riporta il numero 2 inciso sulla parte frontale NOTA Esistono anche cartucce senza numero inciso sulla parte frontale Sono tutte cartucce ad elettrodo Per passare dall analisi citometrica a flusso all analisi elettroforetica seguire le istruzioni riportate nella sezione Come preparare il bioanalizzatore per l analisi elettroforetica a pagina 54 Per passare dall analisi elettroforetica all analisi citometrica a flusso seguire le istruzioni riportate nella sezione Come preparare il bioanalizzatore per l analisi citometrica a flusso a pagina 57 Sommario A 53Y Indice analitico Come preparare il bioanalizzatore per l analisi elettroforetica Rimuovere la cartuccia a pressione 1 Aprire il coperchio 2 Abbassare la leva di bloccaggio in metallo come mostrato nella figura Leva metal lica in posi zione aperta La cartuccia viene espulsa 3 Tirare delicatamente la cartuccia estraendola dal coperchio NOTA Riporre la cartuccia a pressione nell apposita custodia Sommario A 54 Y Indice analitico Inserire la cartuccia ad elettrodo ATTENZIONE Non toccare gli elettrodi quando la ca
390. software riconosce che stato inserito un chip il sistema pronto Se il chip non viene ricono sciuto aprire il coperchio e verificare che la cartuccia ed il chip siano stati inseriti in modo corretto e che il selettore del chip sia nella posizione corretta Chiudere il coper chio Sommario A 218 V Indice analitico L adattatore con la guarnizione sulla cartuccia si adatta perfettamente al pozzetto di priming sul chip Un piccolo spazio tra il coperchio e la struttura dello strumento nor male e non provoca malfunzionamento L icona sulla scheda nstrument Strumento diventa l icona di un chip per cellule Cell LabChip n DI LabChip Se il chip non viene rilevato aprire e richiudere il coperchio ancora una volta NOTA Se l opzione AutoRun Esecuzione automatica attiva vedere la sezione Options Advanced Opzioni Avanzate a pagina 594 l analisi del chip si avvia automatica mente dopo l inserimento del chip e la chiusura del coperchio Sommario A 219V Indice analitico Esecuzione di un analisi citometrica a flusso Eseguire un analisi citometrica a flusso con 2100 expert significa semplicemente pre mere un pulsante NOTA L analisi di un chip pu essere interrotta in qualsiasi momento per esempio se si veri fica un errore oppure se non si soddisfatti della qualit dei risultati osservati durante l analisi del chip Vedere la sezione Interruzione dell analisi di un chip a pagina
391. spettative e Se per esempio dopo tre soli campioni si hanno gi a disposizione tutte le informazioni richieste e si vuole analizzare un atro chip NOTA Non possibile riprendere un analisi interrotta NOTA Quando si interrompe l analisi di un chip l esportazione automatica vedere la sezione Esportazione automatica di dati d analisi del chip a pagina 314 e la stampa automa tica vedere la sezione Come attivare e configurare la stampa automatica dei report d analisi del chip a pagina 328 non vengono eseguite Per interrompere l analisi 1 Fare clic sul pulsante Stop tP Interrompi OPPURE Selezionare Stop Interrompi sul menu nstrument Strumento menu NOTA L acquisizione dei dati del campione in analisi verr annullata Sommario A 860Y Indice analitico Appariranno i seguenti messaggi 2100 expert x d Are you sure you want to stop the run 2 Fare clic su Yes Si per interrompere l analisi del chip Viene visualizzata la finestra di dialogo End of Run Fine analisi 2100 expert End of run x Status Run Aborted File Name Ci Nano_00000_2003 11 09_21 06 49 xad Port Demo Instrument Mone No sempe Observation tRNA Sample 1 tRNA Sample 2 tRNA Sample 3 tRNA Sample 4 tRNA Sample 5 tRNA Sample 6 tRNA Sample 7 tRNA Sample 8 tRNA Sample 9 tRNA Sample 10 tRNA Sample 11 Ladder feto O 0 O UO N Ne o 00000 lt lt lt lt lt lt lt lt
392. ssa annexin Valutazione dell istogramma due istogrammi che visualizzano i risultati dell analisi sono correlati alla calceina fluo rescenza blu e ad annexin V fluorescenza rossa Valori di fluorescenza elevati nell isto gramma blu indicano cellule viventi valori bassi corrispondono a cellule morte Come esempio vedere l immagine seguente Calcein Valori di fluorescenza elevati indicano cellule viventi o 2 E gt wW 5 S z rtrt taaa Valori di fluorescenza bassi indicano cellule morte Sommario A 279V Indice analitico valori vengono visualizzati nella tabella dei risultati ogni istogramma ha la propria tabella Tutti gli eventi misurati Tutti gli eventi rispetto al marker blu in questo caso triti AFventi giotol of gaten pie All Events Cellule viventi rispetto a tutte le cellule analizzate elevata fluorescenza della calceina Quando si utilizza il marker della calceina nell istogramma blu per il filtro vengono prese in considerazione solo le cellule viventi per costruire l istogramma rosso Valori elevati di fluorescenza rossa indicano cellule viventi apoptotiche bassi valori di fluorescenza rossa indicano cellule viventi non apoptotiche Vedere l esempio seguente Sommario A 280 V Indice analitico Annexin CYb Valori di fluorescenza elevati indicano cellule viventi apop totiche D c o wW u z Valori di fluoresce
393. ssa in sicurezza del Bionalizzatore Agilent 2100 2 Prima di continuare verificare che il bioanalizzatore sia stato rilevato Sommario A 219 Indice analitico 3 Selezionare un tipo di analisi per l analisi del chip Nella scheda nstrument Strumento fare clic sul pulsante Assay Analisi COM Port 1 v Assay Selection SA Assay IN Start Stop Run Q start Select Assay Assay File Ci eculariDNA 1000 xsy Data File OPPURE Fare clic sul menu Assays Analisi In entrambi i casi si apre il menu Assays Analisi che consente di selezionare un tipo di analisi dai sottomenu Assays Flow Cytometry Li Demo gt other gt DNA 12000 Laddering X Ci assaysiflow cytometryiGeneric xsy protein DNA 12000 Ci electrophoresisdsDNA DNA 1000 xsy RNA k DNA 500 DNA 7500 OPPURE Selezionare File gt Open File to Run File gt Apri file da eseguire Viene visualizzata una finestra di dialogo che consente di caricare un analisi xsy oppure un file di dati del chip xad Sommario A 22Y Indice analitico 4 Preparare i campioni ed il chip Per informazioni dettagliate su come preparare il campione ed il chip consultare Le Guide per i kit di reagenti disponibili per ogni kit di reagenti Le Note applicative disponibili per ogni analisi NOTA Durante la preparazione di chip e campioni prestare attenzione alle pratiche d analisi essenziali descritte nelle sezioni
394. sta molta attenzione Il passaggio che prevede l agitazione su vortex dopo che il campione stato caricato nel chip ha lo scopo di liberare i pozzetti dalle bolle ed generalmente molto efficace Quando si nota la presenza di una bolla d aria sul fondo di un pozzetto rimuovere il campione dal pozzetto ripipettarlo di nuovo nel pozzetto e continuare con la procedura di caricamento C Citometria a flusso Un metodo per rilevare la presenza di cellule con una determinata propriet In un flusso continuo le cellule colorate passano attraverso un raggio di luce La fluorescenza emessa viene utilizzata per il conteggio e la differenziazione Curva standard La curva standard si ottiene riportando in grafico la dimensione dei picchi dello standard rispetto al tempo utilizzando un fit punto a punto Per ogni picco del campione il tempo centrale viene interpolato dalla curva standard per determinare la dimensione del picco nelle coppie di basi Sommario A 676 V Indice analitico D Descrizione comandi Una piccola casella contenente del testo che descrive l oggetto indicato dal puntatore del mouse Per vedere la descrizione dei comandi posizionare il puntatore del mouse su un oggetto dello schermo Lasciare fermo il puntatore per alcuni istanti ed apparir la descrizione del comando se esiste per quell oggetto E Elettroforesi Tecnica elettroforetica standard per la separazione delle molecole sulla base della loro mobilit
395. stampa automatica Sommario A 635 V Indice analitico Configure Columns Configura colonne Scopo Questa finestra di dialogo viene utilizzata per mostrare o nascondere le colonne delle tabelle Configure Columns x Available Displayed Calib Conc ugiml Total Observations Up DOW Cancel Reset Help Accesso Questa finestra di dialogo pu essere visualizzata aprendo il menu del contesto in una tabella dei risultati sulla scheda Dot Plot Histogram Istogramma Gel o Electrophero gram Elettroferogramma e selezionando Configure Columns Configura colonne Sommario A 636 V Indice analitico Elementi Available Disponibili Displayed Visualizzate E E E Up In alto Down In basso Reset Azzera L elenco a sinistra mostra tutte le colonne disponibili ma attualmente non visualizzate Questo elenco sulla destra mostra tutte le colonne che sono attual mente visualizzate La sequenza di questo elenco correlata alla sequenza delle colonne Sposta la voce selezionata dall elenco di sinistra a quello di destra La voce selezionata sar visualizzata nella tabella dei risultati nella posizione corrispondente Sposta nell elenco di destra tutte le voci dell elenco a sinistra Tutti i risultati disponibili saranno visualizzati nell ordine dato dall elenco Fare clic su questo pulsante per spostare nell elenco di sinistra le voci selezionate sull elenco di des
396. stazione del tempo finale che controlla il tempo finale di ogni singolo picco Inoltre i tempi finali dei singoli picchi possono essere spostati manualmente trascinando i rombi che appaiono sulla visualizzazione singola Sommario A 695 V Indice analitico W WMF file Windows Metafile metafile di Windows possono contenere informazioni su vettori e trama o bitmap per descrivere il contenuto di un immagine grafici WMF vengono utilizzati generalmente su piattaforma Windows come formato standard per clip art ed altre informazioni graficamente ricche come ad esempio i grafici Sommario A 696 V Indice analitico Indice analitico A Accessori 669 Aggiunta aree 261 Agilent Online Store 669 Allineamento 153 Analisi apertura 299 Creazione nuova 297 Generica 204 interruzione 86 225 predefinite 202 Analisi apoptosi 278 Analisi di smear 134 Analisi GFP 284 Annulla zoom 99 235 APC 195 Apertura analisi 299 Aree 201 aggiunta 261 configurazione 264 copia 267 dimensioni e posizione 266 Auto Export Esportazione automatica 354 596 Sommario Auto Print Stampa automatica 355 596 Auto Run Esecuzione automatica 354 Avvio di un analisi 81 220 Avviso sonoro 348 B Bolle d aria come evitarle 216 c Calceina 194 Cartucce 52 Cartuccia a pressione 53 Cartuccia ad elettrodo 53 CBNF 195 Colorante fluorescente 62 Coloranti 194 Colorazione anticorpi 272 Colorazione delle cellule
397. stem Peak 3_ 9 5 0 0 0 0 0 0 System Peak p gt 61 9 472 i 454 1 100 0 Calibration Protein 5_ b 210 0 100 0 0 0 0 0 Upper Marker Sommario A 166 V Indice analitico Rianalisi di un file di dati del chip NOTA Occasionalmente pu essere necessario aprire e visualizzare un file di dati del chip analizzato e memorizzato precedentemente valori dei dati grezzi vengono memoriz zati nel file di dati assieme alle impostazioni d analisi selezionate per l analisi del chip in modo che i dati possano essere rianalizzati con impostazioni differenti Per fare ci 1 Fare clic su File gt Open File gt Apri per aprire un file di dati del chip xad 2 Scegliere il nome del file dall elenco di file di dati 3 Fare clic su OK Le voci che possono essere modificate per la rianalisi sono Tutte le analisi e Impostazioni globali di ricerca dei picchi e Impostazioni di ricerca dei picchi per ogni singola analisi e Dimensione delle coppie di basi attese per alcune analisi Colore del gel Nomi dei campioni e commenti Integrazione manuale Sommario A 167 V Indice analitico Solo per l analisi dell RNA e Nomi dei colori e colori associati alle etichette e Tempi di inizio fine dei frammenti frammenti aggiuntivi o cancellazione dei frammenti trovati Solo per l analisi di DNA e proteina e Esclusione di picchi dall analisi e Riassegnazione di marker inferiore superiore e Allineamento o non allineamento con i picchi
398. sto Compa rison se viene selezionato un file di confronto xac o uno dei suoi campioni Sommario A 576 V Indice analitico Elementi Chip icon Icona del chip File Name Nome del file Location Posizione Created Creato Modified Modificato Software Assay Class Classe dell analisi Sample Name Nome del campione Sample Comment Commento del campione File Sommario L icona del chip indica il tipo di analisi DNA RNA o Proteina Nome del file di confronto xac Directory in cui memorizzato il file di confronto Data di creazione del file di confronto Data dell ultima modifica del file di confronto Versioni di 2100 expert utilizzate per creare e modificare il file di confronto DNA1000 per esempio Nome del campione come indicato nel file di dati del chip xad o nel file di analisi xSy Commento del campione come indicato nel file di dati del chip xad o nel file di analisi xsy Nome e directory del file di dati del chip xad da cui proviene il campione A 577 V Indice analitico Comparison Inserire qui commenti riguardanti il confronto Comments Commenti sul confronto Apply Applica Applica ma non salva le modifiche al campo Comparison Comments Cancel Annulla Annulla le modifiche al campo Comparison Comments tranne quelle gi applicate Nel contesto Comparison Confronto sono disponibili anche le seguenti cartelle e Scheda Gel vede
399. struttura ad albero viene visualizzato un nuovo file di con fronto contenente il campione Il campione viene selezionato e viene mostrato il suo elettroferogramma Electropherogram IgG non reduced All Comparison Files Comparison Summary Gel Electropherogram ComparisonFile0 Protei L IgG non reduced IgG non reduced v d S 5 gt S LO 3 4 Results Peak Table Legend Errors La Scheda Electropherogram Single Grid View Elettroferogramma Visualizzazione singola griglia ha le stesse funzionalit che ha nel contesto Data and Assay Dati e analisi Sommario A 172 Y Indice analitico 5 ora possibile aggiungere al file di confronto ulteriori campioni da qualsiasi dei file xad aperti v Select Data Files E 2003 11 05_11 23 53 xad Protein Ladder 2 IgG reduced Protein Ladder 3 Protein Ladder 2 IgG non reduced Protein Ladder 3 Protein Ladder 2 IgG nonredui Protein Ladd Ladder conc Ladder Add Sample to Enr File Add Sample to New Comparison File 0 Results PeakTable SUGGERIMENTO Facendo doppio clic sul nome di un campione nella parte inferiore della struttura ad albero o trascinando il nome di un campione nella struttura ad albero si pu aggiun gere il campione corrispondente al file di confronto attualmente selezionato nella parte superiore della struttura ad albero Oppu
400. su altri dot plot della stessa analisi del chip solo analisi generiche Inserisce un filtro orizzontale per la regione selezionata solo ana lisi generiche A 419 V Indice analitico Voci del menu Funzione Dot Plot Vertical Gate Inserisce un filtro verticale per la regione selezionata solo analisi Filtro verticale Remove Gate Rimuovi filtro Color Dots Colora punti Previous Sample Campione precedente Next Sample Campione successivo generiche Rimuove il filtro Colora i punti all interno dell area selezionata utilizzando il colore dei bordi dell area Evidenzia e visualizza il dot plot del campione precedente Non disponibile se viene evidenziato il primo campione Evidenzia e visualizza il dot plot del campione successivo Non disponibile se viene evidenziato il primo campione Sommario A 420 V Indice analitico Grid View Visualizzazione a griglia Nella visualizzazione a griglia il menu Dot plot presenta i seguenti comandi che funzio nano nello stesso modo della visualizzazione singola vedi sopra Dot Plot LI Single View Grid View NW Gradient tar Copy Graph To Clipboard ua Save Graph To File Color Dots Previous Sample Next Sample Menu Result Flagging Evidenziazione dei risultati solo analisi elettroforetiche Result Flagging i Load Rules To Save Rules New Rule Delete Rule a Move Up Move Down Fn Copy Rule O Apply Rules H N
401. sualizzate varie finestre di dialogo del sistema una per ogni categoria di esportazione che consentono di controllare e modificare i nomi e le posizioni dei file da esportare Fare clic sul pulsante Save Salva in queste finestre di dialogo per avviare l esportazione SUGGERIMENTO dati d analisi del chip possono essere esportati automaticamente ogni volta che viene terminata l analisi di un chip Vedere la sezione Esportazione automatica di dati d analisi del chip a pagina 314 per informazioni pi dettagliate Sommario A 313Y Indice analitico Esportazione automatica di dati d analisi del chip NOTA Tenere in considerazione che l esportazione di un file di dati del chip pu richiedere fino a 20 MB di spazio su disco In particolare elettroferogrammi ed immagini gel simili come file Per abilitare e configurare l esportazione automatica 1 5 6 Nel menu Tools Strumenti selezionare Options Opzioni Viene visualizzata la finestra di dialogo Options Opzioni Selezionare la scheda Advanced Avanzate Selezionare Auto Export Esportazione automatica quindi fare clic sul pulsante Settings Impostazioni accanto a questa opzione Viene visualizzata la finestra di dialogo Auto Export Esportazione automatica Specificare le categorie da esportare e le directory di destinazione per analisi elettrofo retiche e citometriche a flusso Vedere la sezione Auto Export Esportazione automa tica a pagina 611
402. t Esporta Viene visualizzata la finestra di dialogo Export Sample Information Esporta informazio ni sul campione 2 Specificare un nome ed una posizione per il file in cui si desidera esportare 3 Fare clic su Save Salva Sommario A 321 Y Indice analitico Esportazione delle regole di evidenziazione dei risultati Le regole di evidenziazione dei risultati possono essere esportate per il riutilizzo in altri file di analisi elettroforetica xsy o in file di dati del chip xad vedere la sezione Impor tazione delle regole di evidenziazione dei risultati a pagina 310 Le regole di evidenzia zione dei risultati vengono salvate in file xml Per esportare le regole d evidenziazione dei risultati 1 Selezionare il contesto Data and Assay Dati e analisi e caricare un analisi o un file di dati del chip OPPURE Nel Pannello della struttura ad albero selezionare l analisi elettroforetica o il file di dati del chip che contiene le regole di evidenziazione dei risultati Selezionare la Scheda Result Flagging Evidenziazione dei risultati Sulla barra degli strumenti Result Flagging Evidenziazione risultati fare clic su Viene visualizzata la finestra di dialogo Save Rule Definitions Salva definizioni regola Sfogliare per cercare una cartella dove memorizzare le regole e specificare un nome per il file xml Fare clic su Save Salva Sommario A 322 Y Indice analitico Stampa dei report
403. ta a pagina 299 SUGGERIMENTO Per visualizzare le propriet di un analisi personalizzata possibile aprire il file di ana lisi in modalit di sola lettura vedere Open Apri a pagina 601 facendo attenzione a non effettuare modifiche accidentali Il menu Assays Analisi vedere Menu Assays Analisi a pagina 395 costruito dina micamente in base alla struttura ed al contenuto della sottodirectory assays del file d installazione di 2100 expert fr C Program Files Agilent 2100 Bioanalyzer 2100Xperti assays electrophoresis proteintt F loj x File Edit Yiew Favorites Tools Help a ak O F X Db B A seach Folders X 19 m Address D C Program Files Agilent 2100 Bioanalyzer 2100xpert assays electrophoresis protein a gt 3 Go Folders x Name Sie type Date modified 2 Agient 1a Protein 50 xsy SOKB XSYFile 7 14 2003 2 54 PM i ns 2100 Bioanalyzer IC ile ea et 50KB XSY File 7 14 2003 2 54 PM i ED 2100xpert B D assays D demo DD electrophoresis O flow cytometry B electrophoresis D dsDNA O other B protein RNA D flow cytometry D bin x Type XSY File Date Modified 7 14 2003 2 54 PM Size 49 0 KB 49 0 KB 2 My Computer Z Sommario A 295 V Indice analitico SUGGERIMENTO possibile aggiungere voci del menu Assays Analisi mettendo i file di analisi xsy per esempio le pro
404. tazione XML e nelle stampe dei report Sommario A 115 V Indice analitico Assay Properties Chip Summary Gel Electropherogram Result Flagging Log Book Sample 3 RNA Area 61 2 RNA Concentration 101 ngul rRNA Ratio 28s 185 1 2 RNA Integrity Number RIN 7 9 Peak Table Fragment Table Legend Errors NOTA Attualmente il calcolo del RIN stato validato solo per i campioni di RNA eucariota totale Nano Il software 2100 expert calcola il RIN anche per i campioni di RNA proca riota totale e per l analisi dell RNA 6000 Pico Tenere in considerazione che per questi campioni il RIN non stato validato in una serie di esperimenti a valle sufficiente mente ampia Sommario A116 V Indice analitico Sebbene il limite quantitativo inferiore dell analisi RNA 6000 Nano sia specificato a 25 ng pl si consiglia di utilizzare almeno 50 ng pl per un numero d integrit dell RNA significativo Utilizzando concentrazioni inferiori si possono osservare variazioni pi ele vate del RIN Esempi di numeri d integrit dell RNA Utilizzando l analisi RNA 6000 Nano stato creato un archivio di circa 1300 campioni di RNA totale di mammiferi campioni provenivano da varie specie principalmente uomo ratto e topo tessuti metodi di preparazione concentrazioni e stati di degradazione Tutti i campioni sono stati classificati in base al loro stato di degradazione Come etichette sono stati utilizzati
405. tdDev CY GMean po i 0 02 51 42 1606 ci i so 7 13 Dai 4 51 Gated by Calcein 0 04 51 42 1418 88 30 8 46 7 32 86 47 4 72 CD3 APConallevents 1 18 4085 88 1356 84 40 9 48 6 89 72 75 7 27 CD3 APC on subset 1 18 4085 88 1195 74 40 84 30 9 96 7 0270 44 7 73 Se l opzione Hide superset curve Nascondi curva sovraimposta disabilitata sul Navigatore delle impostazioni vedere vengono visualizzate due righe aggiuntive sulla tabella dei risultati dell istogramma filtrato CD3 APC on all events e CD3 APC on subset nell esempio precedente Scheda Assay Properties Propriet d analisi a pagina 487 La curva sovraimposta mostra un istogramma di tutti gli eventi misurati il filtro non viene considerato Sommario A 544 V Indice analitico Le colonne predefinite sono Marker Marker utilizzato come filtro o come sottoinsieme Quando si utilizza un analisi di tipo Apoptosi per esempio per il filtro si utilizza calceina e come sottoinsieme annexin Min Valore minimo di fluorescenza del marker corrispondente Max Valore massimo di fluorescenza del marker corrispondente Events Numero di eventi Per l istogramma utilizzato come filtro viene visua N eventi lizzato il numero di tutti gli eventi total totale Percentuale di eventi Il marker utilizzato per il filtro riporta 100 la tabella dell istogramma filtrato mostra il valore del sottoinsieme of gated Percentuale di ev
406. te Per filtrare una tabella di registro 1 Sulla barra degli strumenti Log Book Registro fare clic su Filter W Filtro Viene visualizzata la finestra di dialogo Filter Events Filtra eventi Per visualizzare solo eventi relativi ad un determinato periodo di tempo possibile de finire uno Start Date Time Data ora d inizio ed un End Date Time Data ora finale Per definire un filtro selezionare la casella di controllo App y filter Applica filtro A questo punto possibile definire regole di filtrazione per le colonne Event Type Tipo di evento Source Origine Category Categoria e Sub Category Sottocategoria Effettuare una selezione sull elenco Columns Colonne ed includere i valori selezio nando le caselle di dialogo nell elenco Show only Mostra solo Sommario A 340 V Indice analitico La definizione del filtro dell esempio seguente pu escludere tutti gli eventi provenienti dalla tabella del registro con un Event Type Tipo di evento diverso da Critical Critico View from View to First event C Last event i Events on Events on Cancel Start date End date Help 06 02 2003 11 01 2003 l Show All Start time End time 2 43 01 PM 2 4401PM Apply filter Columns Show only lt Blanks gt Information Warning Mic Show events where Event Type Critical n Per ulteriori informazioni vedere la sez
407. ti dei test di qualifica zione Configuration i Test Name Lid Sensor Test E 5 Execution Date and Time Pass State Comment 1 10 2 2003 4 08 35 PM X Test aborted by user gt 2 10 2 2003 4 09 03 PM CA ID 2 Mame Lid Sensor Test Description Tests if the lid sensors are working Test Status Executed mixed results after multiple execution s NamedValues Detected Cartridge Electrode Cartridge risultati vengono mostrati per un test alla volta ma possibile sfogliare i vari test Sommario A 573 Y Indice analitico Test Name Nome del test Colonne Execution N di esecuzione Date and Time Data ed ora Numero di esecuzione nel caso di esecuzioni multiple del test Data ed ora in cui il test di qualificazione stato eseguito Pass State L Iltestdi qualificazione stato passato Stato di qualificazione X_ Iltestdi qualificazione fallito o stato abortito Comment Informazioni aggiuntive sull esecuzione del test Commento Pulsanti Salta ai risultati del test di qualificazione precedente 9 Salta ai risultati del test di qualificazione successivo Test Properties Propriet del test Mostra D Name Nome Description Descrizione Test Status Stato del test ed infor mazioni aggiuntive sul test di qualificazione selezionato Sommario A 574 Y Indice analitico Tabelle Contesto Comparison Co
408. ti il colorante fluorescente Nell illustrazione seguente vengono evidenziate le cellule fluorescenti di entrambi i colori Quando le cellule passano attraverso il rivelatore vengono misurati i valori della sua fluorescenza ed il conteggio viene aumentato per entrambi i canali dell intensit appropriata Event Count Rappresenta le cellule che n fluorescono in blu ed in rosso ig h L altezza delle barre correlata Intensity Intensity al numero di cellule con questo Histogram View valore di fluorescenza Sommario A 198 V Indice analitico Nell istogramma il grafico a barre viene sostituito da una linea punto per punto come mostrato dall immagine seguente 5 24h fix Calcein Annexin CY6 fealcein No of Events No of Events i i L Luku LL EE ani 109 10 10 Fluorescence 102 107 100 10 10 10 Fluorescence Per informazioni dettagliate vedere la sezione Utilizzo degli istogrammi per la valuta zione a pagina 238 Sommario A 199 V Indice analitico Generazione dot plot singoli eventi possono essere anche visualizzati in base ad entrambi i valori della fluore scenza generando una mappa dot plot Nel formato dot plot gli eventi cellule con un intensit di fluorescenza superiore ad un valore minimo vengono presentati in un sistema di coordinate scala logaritmica Ogni asse rappresenta uno dei colori della fluo rescenza Un nume
409. toccare gli elettrodi quando la cartuccia nel bioanalizzatore Agilent 2100 per non danneggiare gli elettrodi e gli alimentatori ad alta tensione 2 Abbassare la leva metallica di bloccaggio nella posizione aperta come mostra la figura seguente Leva metal lica in posi zione aperta La cartuccia viene espulsa 3 Tirare delicatamente la cartuccia estraendola dal coperchio Sommario A 57 Y Indice analitico ATTENZIONE Riporre la cartuccia ad elettrodo nell apposita custodia Se i piedini della cartuccia ad elettrodo sono piegati o non perfettamente allineati possibile che i risultati delle analisi siano imprecisi o che le analisi del chip terminino prima del previsto Inserire la cartuccia a pressione 1 Infilare la cartuccia a pressione nel coperchio come mostra la figura Spingere in questo punto per fissarla in posizione Leva di metallo 2 Spingere la parte anteriore metallica della cartuccia per bloccarla in posizione 3 Collocare la leva di bloccaggio in metallo in piano posizione chiusa Sommario A 589 Y Indice analitico ATTENZIONE Non chiudere il coperchio con forza per non danneggiare la cartuccia Se il coperchio non si chiude completamente controllare che la cartuccia sia inserita correttamente e riprovare 4 Rimuovere tutti i chip presenti ATTENZIONE Non forzare la manopola del selet
410. tore degli elettrodi pu essere utilizzato per 25 analisi ATTENZIONE Non utilizzare mai uno straccio per pulire gli elettrodi Le cariche elettrostatiche potrebbero danneggiare gli alimentatori ad alta tensione ATTENZIONE Gli elettrodi bagnati possono causare gravi danni agli alimentatori ad alta tensione interni Assicurarsi sempre che gli elettrodi siano completamente asciutti prima di inserirli di nuovo nel bioanalizzatore Sommario A 103 Y Indice analitico Analisi e valutazione dei risultati di un analisi elettroforetica Lo scopo delle analisi elettroforetiche di calcolare le dimensioni e la concentrazione di frammenti di acidi nucleici risultati per uno specifico campione vengono calcolati dopo che sono stati letti tutti dati relativi a quel campione passaggi dell analisi dei dati differiscono in base al tipo di analisi in uso e Analisi dei dati DNA a pagina 105 e Analisi dei dati RNA ed acidi nucleici marcati con Cy5 a pagina 111 e Analisi dei dati Protein Proteina a pagina 129 e Analisi di smear a pagina 134 Ulteriori punti dell analisi sono e Modifica dell analisi dei dati a pagina 140 e Rianalisi di un file di dati del chip a pagina 167 e Confronto tra campioni provenienti da differenti analisi del chip a pagina 169 Sommario A 104 Y Indice analitico Analisi dei dati DNA Il processo dell analisi dei dati provenienti da analisi del DNA costituito dai seg
411. tore del chip se il chip inserito nel bioanalizzatore Sommario A 59Y Indice analitico 5 Spostare il selettore del chip in posizione 2 come mostra la figura seguente Il bioanalizzatore munito di un selettore del chip che evita che ven gano utilizzati chip e car tucce incompatibili Ci assicura che il chip inse rito sia adatto per la car tuccia installata In questa posizione possibile inserire nel bioanalizzatore chip per l analisi cellulare Sommario A 600Y Indice analitico Esecuzione e valutazione di un analisi elettroforetica Per l esecuzione e la valutazione di un analisi elettroforetica occorre conoscere quanto segue e Principi dell analisi su chip di acido nucleico e proteina a pagina 62 e Preparazione ed esecuzione di un analisi elettroforetica a pagina 67 e Analisi e valutazione dei risultati di un analisi elettroforetica a pagina 104 e Result Flagging Evidenziazione dei risultati a pagina 179 Sommario A 601Y Indice analitico Principi dell analisi su chip di acido nucleico e proteina Le analisi elettroforetiche sono basate sui principi dell elettroforesi su gel tradizionale che sono stati trasferiti al formato del chip Il formato del chip riduce drasticamente il tempo di separazione ed il consumo di campione Il sistema fornisce informazioni sul dimensionamento e la quantificazione automatica in formato digitale L elettroforesi su gel in chip viene effett
412. tra Le voci selezionate non saranno pi visualizzate nella tabella Fare clic su questo pulsante per spostare nell elenco di sinistra le voci dell elenco di destra Non saranno visualizzati risultati nella tabella Sposta la colonna selezionata di una posizione a sinistra Sposta la colonna selezionata di una posizione a destra Ristabilisce la configurazione iniziale della tabella Sommario A 637 V Indice analitico Configure Marker Configura marker Scopo Questa finestra di dialogo viene utilizzata per impostare le propriet del marker selezio nato in un istogramma Configure Marker E x Name annexin Lower Value 20 34 gt 0 01 Upper Value 3438 99 lt 10000 Color ssi El i Cancel Help Accesso Questa finestra di dialogo pu essere aperta facendo doppio clic su un marker o facendo doppio clic sulla riga corrispondente della tabella dei risultati di un istogramma Sommario A 638 V Indice analitico Elementi Name Nome Inserire un nome per l area Nomi facili da ricordare per esempio il colorante utilizzato rendono pi semplice l identificazione del marker Lower Value Inserire i valori per il livello inferiore linea sinistra del marker e per il Upper Value livello superiore linea destra del marker Queste linee definiscono Valore inferiore un intervallo di fluorescenza relativa che pu essere utilizzata per il Valore superiore filtro Color Colore Fare
413. tri istogrammi della stessa analisi del chip Sommario A 443 Y Indice analitico Apre la casella di dialogo Configure Marker Configura marker vedere la sezione Configure Marker Configura marker a pagina 638 che consente di modificare le propriet del marker selezionato solo analisi generiche X Elimina il marker selezionato Se il marker utilizzato anche da altri istogrammi apparir un messaggio che richiede se si desidera rimuo verlo da tutti gli istogrammi che lo utilizzano o solo dall istogramma attuale GAIE Utilizza il marker selezionato dell istogramma blu per filtrare l isto gramma rosso solo analisi generiche TE Utilizza il marker selezionato dell istogramma blu per filtrare l isto gramma rosso solo analisi generiche GATE Utilizza il marker selezionato dell istogramma rosso per filtrare l isto gramma blu solo analisi generiche Te Utilizza il marker selezionato dell istogramma rosso per filtrare tutti gli istogrammi blu solo analisi generiche x Rimuove il filtro solo dall istogramma attuale Evidenzia e visualizza l istogramma del campione precedente Non disponibile se viene evidenziato il primo campione Evidenzia e visualizza l istogramma del campione successivo Non disponibile se viene evidenziato il primo campione Sommario A 444 Y Indice analitico Dot Plot View Visualizzazione Dot Plot EF f RPEAROED EX 90 m Visualizza il dot plot attuale in formato singolo E Pas
414. trophoresis Data Export Export Directories Result Tables Ci m Files Agilenti2100 Bioanalyzeri2100 expertiData Sample Data Ci m Files Agilent 2100 Bioanalyzeri2100 expertiData CS Cil m Files Agilent 2100 Bioanalyzer 2100 expertiData Images Cil m Files Agilent 2100 Bioanalyzeri2100 expertiData XML Cil m Files Agilent 2100 Bioanalyzeri2100 expertiData TAGGA TT Create daily subdirectories Cancel Help Export Directories consigliabile specificare una singola directory di destinazione per Directory i file di Result Tables Tabelle dei risultati Sample Data Dati dei cam d esportazione pioni FCS Images Immagini e XML Facendo clic sul pulsante accanto a queste categorie si apre una finestra di dialogo di sistema che consente di specificare la directory di destinazione della categoria Sommario A 616 V Indice analitico Create Daily Se selezionato nella directory di destinazione vengono create sotto Subdirectories directory con il formato di denominazione AAAA MM GG ed i dati Crea d esportazione vengono scritti in queste directory sottodirectory giornaliere Sommario A 6179 Indice analitico Print Stampa Citometria a flusso Scopo Questa finestra di dialogo viene utilizzata per impostare le opzioni di stampa dei file di dati del chip citometrico a flusso e dei file di analisi ed avviare la stampa Print Item I Run Summary IV Dot
415. ts Tutti gli eventi total totale di eventi selezionati in rapporto al numero totale di eventi Il marker utilizzato per il filtro riporta 100 la tabella dell istogramma filtrato mostra il valore del sottoinsieme of gated di eventi filtrati rispetto al numero totale degli eventi Si tratta degli di filtrati eventi che hanno passato il filtro e sono coperti dal marker dell isto gramma per esempio da annexin V Mean Media Valore medio di fluorescenza degli eventi all interno del marker StdDev Deviazione standard dal valore medio CV Coefficiente di variazione GMean Media geometrica Sommario A 259 V Indice analitico Utilizzo dei dot plot per la valutazione Sulla scheda Dot plot le cellule sono visualizzate come punti dove l intensit della loro fluorescenza rossa riportata sull asse Y e l intensit della loro fluorescenza blu ripor tata sull asse X NOTA Nell area inferiore sinistra dell area del dot plot gli eventi possono non essere presenti a causa della presenza della soglia di rilevazione degli eventi punti vengono visualiz zati solo se l intensit della loro fluorescenza supera il limite minimo limiti sono spe cificati nel metodo di analisi separatamente per la fluorescenza rossa e blu Per valutare i dot plot possibile delimitare delle aree Le aree sono rettangoli le cui dimensioni e posizioni possono essere modificate fino a comprendere uno specifico sot toinsieme di e
416. ttuare questo test necessario il chip per il test di focalizzazione cellulare automatica NOTA Con il bioanalizzatore modello G2938A possono essere eseguiti solo i test in combinazione con la cartuccia ad elettrodo Sommario A 359 V Indice analitico Chip test In base al settaggio del bioanalizzatore elettroforesi o citometria a flusso per poter ese guire alcuni test diagnostici sono necessari particolari tipi di chip kit di chip per il bioa nalizzatore sono inclusi nel set per elettroforesi G2947CA e del set per la citometria a flusso G2948CA del bioanalizzatore Kit di chip di test relativi all analisi elettroforetica codice per il riordino G2938 68100 Tipo di chip Commento Quantit Chip test di focalizzazione automatica Chip test dell elettrodo diodo Chip test della dispersione di corrente valori di fluorescenza e offset sono riportati sul 1 chip Pu essere utilizzato pi volte Pu essere utilizzato pi volte 1 Deve essere preparato con acqua deionizzata 5 Pu essere utilizzato solo una volta Kit di chip di test relativi all analisi citometrica a flusso codice per il riordino G2938 68200 Tipo di chip Commento Quantit Chip test di focalizzazione cellulare Richiesto per i test di controllo della pressione 1 di tenuta del sistema e di verifica del sistema ottico Pu essere utilizzato pi volte Sommario A 3600 V Indice analitico C
417. u essere effettuato in laboratorio potrebbe in teoria essere effettuato in un chip Laboratori miniaturizzati su microchip Espressione utilizzata per descrivere la tecnologia lab on a chip Larghezza minima del picco Il valore della larghezza minima del picco determina se un picco deve essere considerato o no Per ogni picco la differenza in larghezza tra il valore del punto iniziale ed il valore del punto centrale deve essere maggiore del valore della larghezza minima del picco perch il software possa determinare che stato rilevato un picco e che il cambiamento nel segnale non dovuto ad un disturbo elettrico o ad un rumore di fondo Limite di pendenza L impostazione del limite di pendenza rappresenta l ammontare del cambiamento delle unit fluorescenti nel tempo richiesto per indicare che si verificato un picco La modifica di questa impostazione pu far s che alcuni picchi che erano stati precedentemente rilevati vengano ora ignorati L impostazione del limite di pendenza uno dei parametri definibili dall utente sul navigatore delle impostazioni Linea di base Viene stabilita una linea di base subito dopo il setpoint del tempo del primo picco Dopo il calcolo della linea di base generale viene calcolata una linea di base locale per ogni picco per compensare le deviazioni della linea di base Sommario A 684 V Indice analitico Per i picchi isolati la linea di base locale costituita semplicemente da una line
418. u essere fornita solo come concentrazione rela tiva perch il legame con il colorante differisce da proteina a proteina Per la quantificazione assoluta utilizzare le proteine di calibrazione Calib Conc ug ml Concentrazione calibrata della proteina di calibrazione nello standard o della proteina calibrata nel campione Sommario A 517 V Indice analitico total totale La percentuale di area del singolo picco confrontata con la somma totale dell area di tutti i picchi del campione esclusi marker e picchi di sistema Observations Informazioni aggiuntive sul picco come ad esempio possibili Osservazioni comigrazioni o indicazioni sui frammenti attesi o proteina di cali brazione NOTA possibile includere ulteriori colonne ed anche escludere colonne dalla tabella dei pic chi Fare clic con il pulsante destro del mouse sulla riga del titolo della tabella e sele zionare Configure Columns Configura colonne sul menu del contesto Per informazioni pi dettagliate vedere la sezione Configure Columns Configura colonne a pagina 636 Tipi di picco La seconda colonna della tabella dei picchi mostra dei simboli che indicano il tipo di picco Picco dello standard Marker inferiore Marker superiore impostato manualmente EA eE g Marker superiore Sommario A 518 V Indice analitico Marker superiore impostato manualmente Proteina di calibrazione Proteina di calibrazione impostata manua
419. uadro dello strumento successivo Contesto Data and Assay Dati e analisi Barra degli strumenti Electropheresis Elettroforesi Data and Assay B ld lt a e n ku Pulsante Funzione Data and Assay Selezionare una voce da questo elenco per passare ad un altro contesto Data and Assay Validation Comparison amp Apre la finestra di dialogo Open Apri che consente di caricare file di dati del chip e di analisi H Salva il file di dati del chip o d analisi attuale Sommario A 432 V Indice analitico Pulsante Funzione Apre la casella di dialogo Print Stampa che consente di inviare dati Sa del chip e dell analisi alla stampante Vedere la sezione Print Stampa Elettroforesi a pagina 622 e Print Stampa Citometria a flusso a pagina 618 E Mostra o nasconde il Pannello della struttura ad albero Mostra o nasconde il Pannello inferiore con l icona del chip o l imma gine di sovrapposizione del gel Passa alla visualizzazione del gel vedere la sezione Scheda Gel a pagina 509 M Passa alla visualizzazione dell elettroferogramma vedere la sezione Scheda Electropherogram Single Grid View Elettroferogramma Visualizzazione singola griglia a pagina 526 Sommario A 433 Y Indice analitico Gel View Visualizzazione gel D O 15 ENIBA e a Sommario Avvia l analisi automatica Vengono rilevati i picchi e viene calcolata la Peak Table Tabella dei pi
420. uata per l analisi di DNA RNA e proteine Il chip accoglie i pozzetti per i campioni i pozzetti del gel ed un pozzetto per lo standard esterno ladder Nel vetro vengono realizzati dei microcanali per creare reti di intercon nessione tra i pozzetti Durante la preparazione del chip i microcanali vengono riempiti con un setaccio polimerico e un colorante fluorescente Dopo aver riempito i pozzetti ed i canali il chip diventa un circuito elettrico integrato Gli elettrodi a 16 pin della cartuccia sono disposti in modo di corrispondere ai pozzetti del chip Ogni elettrodo connesso ad un alimentatore indipendente che fornisce il massimo controllo e la massima flessibilit Sommario A 602 Y Indice analitico Le biomolecole cariche come DNA o RNA vengono guidate elettroforeticamente da un gradiente di tensione simile all elettroforesi su slab gel Grazie ad un rapporto massa carica costante ed alla presenza di una matrice costituita da un setaccio polimerico le molecole vengono separate in base alla loro dimensione frammenti pi piccoli migrano pi velocemente rispetto a quelli pi grandi Le molecole del colorante si intercalano tra le eliche del DNA o del RNA o tra le micelle della proteina SDS Questi complessi ven gono rilevati tramite fluorescenza indotta dal laser dati vengono tradotti in immagini gel simili bande ed elettroferogrammi picchi Con l aiuto di uno standard che contiene frammenti di dimensione e concentrazi
421. uccia o inserire un Chip test nell alloggiamento del bioanalizzatore appena il software lo richiede Instrument Diagnostics Name Instrument 1 Serial DE02000386 Firmware C 01 03q Product ID G2938A Available Tests J e Select All Unselect A Apply Name Description Status x Electronics Test Tests instrument electronics gf Executed passed x Fan Test Tests if instrument fan is working ef Executed passed x Lid Sensor Test Tests if the lid sensors are working gf Executed passed gt De Temperature Test Checks if the temperature sensors and heater a W Executing x Stepper Motor Test Tests if horizontal and vertical motors are workin Sy Execution pending Xx Electrode Diode Test Tests conductivity of channels pin to pin Execution pending Xx High voltage Stability Test Tests high voltage accuracy and stability Execution pending Iwr UU Arm wams Charb af bha hinh sala canbuallno Test Properties ID 4 Temperature Test Name Description Checks if the temperature sensor Approximate Time 3605 Limits Heater test destination Temperature 40 C Heater Ramp Timeout 300 s Duration of stability test 45 s Required Temperature Stability 0 4 C A Cuan ihian mandina Bioanalyzer hardware test Please insert Cartridge and an empty chip Close the lid and press OK
422. uenti punti 1 dati grezzi dei singoli campioni vengono letti e memorizzati dal sistema 2 dati vengono filtrati e vengono preparati gli elettroferogrammi di tutti i campioni Dopo l analisi possibile cambiare le impostazioni dell analisi dei dati e rianalizzare i dati con le nuove impostazioni 3 Vengono identificati i picchi di tutti i campioni e vengono messi in tabella secondo l ID del picco Si possono modificare le impostazioni dell algoritmo di ricerca dei picchi e ria nalizzare i dati al termine dell analisi Si ricorda che le impostazioni di ricerca del picco possono essere cambiate per tutti o solo per alcuni campioni Sommario A 105 V Indice analitico 4 Per prima cosa si analizza uno standard di dimensionamento vedere l elettroferogram ma di esempio seguente costituito da una miscela di frammenti di DNA di dimensioni conosciute e posto nel pozzetto dello standard Le concentrazioni e le dimensioni delle singole coppie di basi sono preimpostate nell analisi e non possono essere modificate 25 2 00 121 2 Ladder Peak 2 00 60 6 Ladder Peak Size bp Conc ngjpl Molarity nmol l Observations 15 4 20 424 2 Lower Marker Sommario A 106 V Indice analitico 5 Dal dimensionamento dello standard viene realizzata una curva dei tempi di migrazione contro la dimensione del DNA per interpolazione della dimensione dei singoli frammen ti di DNA punti di migrazione
423. umenti Barra delle informazioni Barra del contesto Pannello della struttura ad albero Cartelle Sommario Barra posta nella parte superiore della finestra che fornisce informa zioni sull applicazione avviata e sul file di analisi o del chip selezio nato Barra posta sotto la barra del titolo che contiene menu a tendina Consente di accedere rapidamente ai comandi utilizzati con maggiore frequenza Visualizza informazioni sullo strumento sulle analisi e sui campione sulla direzione del filtro analisi citometrica a flusso nonch un icona che identifica il tipo di chip e mostra il numero del campione attual mente analizzato o visualizzato Consente di passare ad uno degli altri quattro contesti disponibili Funziona come Windows Explorer mostra quale campione stato analizzato ed il chip utilizzato e consente di visualizzare i risultati come immagini gel simili elettroferogrammi o istogrammi dot plot La struttura ad albero viene utilizzata anche per visualizzare analisi file di confronto file di validazione e strumenti connessi Le cartelle e le sottocartelle rappresentano l interfaccia utente prin cipale Le cartelle suddividono l interfaccia utente nelle principali sezioni A 376 V Indice analitico Area Scopo Setpoint Explorer l navigatore delle impostazioni consente di modificare i parametri per Navigatore delle l analisi dei dati impostazioni oi SRO E P e Parametri d analisi file d
424. un anteprima dell immagine gel simile informazioni Open as read only Se si apre un file con questa opzione selezionata non si sar in grado Apri come sola di salvare le modifiche al file lettura Open Apri Fare clic su questo pulsante per aprire il file selezionato Sommario A 602 V Indice analitico Export Options Opzioni di esportazione Citometria a flusso Scopo Questa finestra di dialogo viene utilizzata per esportare i dati del chip citometrico a flusso in diversi formati Flow Cytometry Export Options x mFlow Cytometry Export IV Result Tables Create a csv file containing result table values IV Sample Data Export textual list files one file per sample MW FCS Data Create FCS standard files one file per sample IV Dot Plot Images n Formats Export the Dot Plot image one file per sample MW Histogram Images al Formats Export the blue and red histogram images one file per sample TT Export to XML Export the complete data file into self describing XML format Export Directory Default C 2100 Bioanalyzeri2100 expertiData Custom C 12100 Bioanalyzeri2100 expertiData o TT Create daily subdirectories Cancel Help Accesso Questa finestra di dialogo pu essere aperta selezionando File gt Export File gt Esporta con un file di dati del chip citometrico xad selezionato Sommario A 603 V Indice analitico Elementi Categorie di
425. un formato creato dalla Adobe System Incorporated che preserva tutte le fonti le formattazioni i colori ed i grafici di qualsiasi documento d origine indipendentemente dal software e dalla piattaforma utilizzati per crearlo File TIF Un estensione di file che indica una serie di formati grafici bitmap file TIF vengono comunemente usati nei lavori di DTP per il loro supporto alla specificazione dei colori File WAV Un tipo di file utilizzato dal computer per memorizzare un suono in forma digitale Sommario A 679 V Indice analitico File XAC File di confronto di 2100 expert File XAD File di dati del chip di 2100 expert file contengono dati grezzi informazioni sull analisi impostazioni dei dati d analisi informazioni su chip campione e studio oltre alle informazioni sul registro d analisi File XLS File del foglio elettronico Microsoft Excel File XML Extensible Markup Language files XML significa Extensible Markup Language un sistema per la definizione di linguaggi di markup che vengono utilizzati per trasmettere dati formattati L XML concettualmente collegato all HTML ma I XML non di per se stesso un linguaggio di markup Si tratta piuttosto di un metalinguaggio un linguaggio utilizzato per creare altri linguaggi specializzati 2100 expert utilizza il formato XML per e Esportare i dati del chip e Salvare e caricare le regole di evidenziazione dei risultati File XSY 2100 expert file d analisi fil
426. use diventa un puntatore a croce 2 Disegnare un rettangolo sul dot plot Sommario A 261 Y Indice analitico Le nuove aree vengono denominate automaticamente Region x Area x dove x un numero ad incremento automatico Per definizione i bordi della nuova area sono neri Per facilitare la differenziazione delle aree il colore del bordo pu essere modificato vedere la sezione Come configurare le aree a pagina 264 Sample 1 Region 1 Red Fluorescence 10 10 10 10 10 10 Blue Fluorescence Sommario A 262 V Indice analitico Per inserire un area esistente 1 Selezionare il campione in cui si vuole inserire un area esistente di un altro campione quindi fare clic su nsert existing region L Inserisci area esistente Viene visualizzata la finestra di dialogo nsert Region Inserisci area Insert Existing Region E x Existing Regions Region 2 Properties Height 44 92873 2 Selezionare l area che si desidera inserire e fare clic su nsert Region Inserisci area L area viene inserita nella sua posizione predefinita Per rimuovere un area 1 Fare clic sul bordo per selezionare l area che si desidera rimuovere L area selezionata viene evidenziata ed il pulsante Delete Regions Elimina aree viene abilitato 2 Fare clic su questo pulsante L area viene rimossa dal dot plot Sommario A 263 V Indice analitico Come configurare le aree possibile cambiare il colore dei bordi de
427. ve Graphics Interchange gif o Tagged Image File tif Passa alla modalit d integrazione manuale dei picchi In questa modalit possibile e Modificare i punti iniziale e finale della linea di base di un deter minato picco e Aggiungere o eliminare determinati picchi dall integrazione Vedere anche la sezione Manual Integration Integrazione manuale a pagina 156 A 408 V Indice analitico Voce del menu Funzione Electropherogram Elettroferogramma Manual Integration Passa alla modalit d integrazione automatica tutte le integra Integrazione zioni manuali andranno perse manuale solo per le analisi DNA e Proteina Peak Description Consente di scegliere il tipo di etichetta del picco da visualizzare Descrizione del sull elettroferogramma Le etichette sono visibili solo in modalit picco singolo pozzetto e se la scheda secondaria Peak Table Tabella dei picchi selezionata Sommario A 409 V Indice analitico Voce del menu Electropherogram Elettroferogramma Funzione Overlaid Samples Campioni sovrapposti Consente di sovrapporre elettroferogrammi da pozzetti multipli solo visualizzazione singola Ogni elettroferogramma sar visua lizzato in un colore differente ed apparir una legenda dei colori sulla Scheda secondaria Legend Legenda e Sample 1 12 Campioni da 1 a 12 seleziona un singolo campio ne da sovrapporre al campione attuale che viene visualizzato in gr
428. vedere la sezione Utilizzo degli istogrammi per la valutazione a pagina 238 e Utilizzo dei dot plot per la valutazione a pagina 260 Cellule viventi o morte Nella maggior parte dei casi occorre sapere se in un momento specifico le cellule sono vive o morte Per questo come colorante delle cellule viventi si pu utilizzare calcei na AM Questo colorante si accumula nelle cellule intatte mentre viene eliminato dalle cellule danneggiate Una volta all interno delle cellule l estere AM incolore viene rotto dall esterasi portando alla formazione di calceina altamente fluorescente Il numero di eventi risultanti da una colorazione con la calceina fornisce cos il numero di cellule presenti nel campione Per informazioni dettagliate vedere la nota applicativa Apoptosis Detection by Annexin V and Active Caspase 3 with the Agilent 2100 Bioanalyzer Rivela zione apoptosi tramite Annexin V e Active Caspase 3 con Bioanalyzer 2100 Agilent Cellule apoptotiche Nelle cellule apoptotiche la fosfatidilserina non pi confinata nell intercapedine del doppio strato della membrana plasmatica La fosfatidilserina diventa accessibile sulla superficie esterna della membrana cellulare e pu legarsi con elevata affinit alla prote ina annexin V che pu essere marcata con biotin o coloranti come Cyb Sommario A 278 V Indice analitico Direzione del filtro La direzione del filtro va dalla fluorescenza blu cellule vive alla fluorescenza ro
429. velli di fluorescenza blu entro l intervallo del marker Pertanto possibile escludere tutte le cellule morte e valutare solo le cellule viventi per un altra propriet La direzione del filtro definisce l istogramma di riferimento e Il filtro da blu a rosso utilizza l istogramma blu per definire il sottoinsieme tramite un marker analisi tipo Apoptosi e Colorazione anticorpi 2 24h fix Calcein Annexin CYS L n f f ST alcein ii 5 ta o o zZ zZ I I 108 10 10 10 10 102 10 10 10 10 Fluorescence Fluorescence Marker Min Max E Marker Mn Max Ev All Events 0 01 55 43 b Gated by Calcein o 22 488 09 gt Calcein on all events 6 88 298 01 Annexin on subset 21 99 3438 99 Sommario A 240 V Indice analitico e Il filtro da rosso a blu utilizza l istogramma rosso per definire il sottoinsieme tramite un marker analisi tipo GFP Sample 6 GFP No of Events 102 107 10 10 10 10 10 10 10 10 Fluorescence Fluorescence Marker Min Max Event Marker Min Max Ev gt Gated by CBNF 0 01 272 99 E All Events 0 02 409 07 GFPonsubset 1 26 851 03 z CBNF on all events 2869 80 NOTA Le analisi predefinite hanno una direzione fissa del filtro mentre le analisi di tipo Generico hanno una direzione variabile del filtro Sommario A 241V Indice analitico Le figure seguenti illustrano il filtro da blu a rosso
430. venti Come risultato si avr il numero di cellule compreso in un area rispetto al numero totale di cellule NOTA Solo nel tipo di analisi Generico possibile aggiungere rimuovere aree e filtri Sommario A 260 V Indice analitico Inoltre possibile inserire un filtro orizzontale o verticale per un area Questo utile per il conteggio di tutte le cellule con intensit di fluorescenza comprese tra i bordi orizzon tali o verticali dell area Nelle analisi predefinite il lato verticale di un area corrisponde al marker dell istogramma blu il lato orizzontale a quello dell istogramma rosso vedere la sezione Utilizzo degli istogrammi per la valutazione a pagina 238 Il filtro viene sempre visualizzato e corrisponde all intervallo del marker che viene utilizzato per il filtro Quando si sposta un marker di un istogramma l area ed il filtro vengono aggiornati automatica mente Quando si modificano un area o un filtro anche il marker viene aggiornato dati statistici vengono visualizzati nella tabella dei risultati posta sotto il dot plot Come aggiungere aree ai dot plot solo analisi generica Nei dot plot delle analisi generiche possibile disegnare delle aree Quando sono pre senti aree gi definite in altri campioni possibile copiare queste aree nel dot plot del campione corrente Per disegnare una nuova area 1 Fare clic sul pulsante nsert Region E Inserisci area sulla barra degli strumenti Il puntatore del mo
431. vents Filtra eventi che consente di nascondere le voci della tabella del file di regi stro righe che soddisfano i criteri specificati Reset Filter Azzera filtro Rimuove tutti i filtri applicati alla tabella del file di registro dell analisi Sommario A 423 Y Indice analitico Menu Instrument Strumento Instrument L Instrument F Start Stop Voce del menu Funzione Instrument Strumento Start Avvia Avvia l analisi di un chip Disponibile se il bioanalizzatore pronto per eseguire un analisi il bioanalizzatore con nesso stato caricato un chip adatto ed il coperchio chiuso o se stata selezionata un analisi dimostrativa Vedere la sezione Avvio dell analisi del chip a pagina 81 Stop Interrompi Interrompe l analisi del chip Vedere la sezione Interruzione dell analisi di un chip a pagina 86 Sommario A 424 V Indice analitico Menu Tile Affianca Tile Tile Horizontal TT Tile Vertical Previous ue Il menu Tile Affianca disponibile se viene visualizzata la Scheda Instrument Strumento Visualizzazione a griglia Voce del menu Affianca Funzione Tile Horizontal Ordina orizzontalmente i riquadri dello strumento Affianca orizzontalmente Tile Vertical Ordina verticalmente i riquadri dello strumento Affianca orizzontalmente Previous Precedente Evidenzia il riquadro dello strumento precedente Next Successivo Evidenzia il riquad
432. vigatore impostazioni possono causare la mancata rilevazione di un picco e provocare pertanto un errore Inoltre l esclusione manuale di un picco dall analisi o la modifica dei tempi iniziale o finale pu provocare errori con l algo ritmo di ricerca dei picchi Perle analisi dell RNA l analisi dei dati rileva diversi segnali inaspettati che disturbano il calcolo del numero d integrit dell RNA RIN Per informazioni pi dettagliate vedere la sezione Calcolo delle anomalie del numero d integrit e del segnale dell RNA a pagina 121 Sommario A 524 V Indice analitico Setpoint Explorer Navigatore delle impostazioni Per visualizzare il navigatore delle impostazioni fare clic sulla barra verticale posta sul lato destro della finestra dell applicazione Viene visualizzato il navigatore delle impostazioni Local Global Normal v Collapse Integration start time s 26 Integration end time s 99 Slope Threshold 0 8 Area threshold 0 Height threshold FU 8 Peak filter width s 0 5 Defauits amp pply Cancel Help possibile utilizzare il navigatore delle impostazioni per modificare le impostazioni delle analisi dei dati per il campione attuale scheda Local Locale o per tutti i campioni scheda Global Generale Per informazioni dettagliate sul navigatore delle impostazioni vedere la sezione Scheda Assay Properties Propriet d analisi a pagina 487 e Modifica dell analisi d
433. w Cancel Help IE Sommario A 629 V Indice analitico Accesso Questa finestra di dialogo pu essere aperta selezionando File gt Print File gt Stampa con un file di confronto xac selezionato nel Contesto Comparison Confronto Elementi Print Item Voci di stampa Comparison Include nella stampa informazioni sul file di confronto Summary Riassunto del confronto Assay Details Include nella stampa nome percorso e impostazioni d analisi Vedere Dettagli analisi la sezione Scheda Assay Properties Propriet d analisi a pagina 487 Electrophero Include nella stampa i grafici degli elettroferogrammi Vedere la gram Elettrofero sezione Scheda Electropherogram Single Grid View Elettrofero gramma gramma Visualizzazione singola griglia a pagina 526 Gel Like Include un immagine gel simile nella stampa per tutti i campioni Gel simile Vedere la sezione Scheda Gel a pagina 509 Result Tables Include nella stampa le tabelle dei risultati Tabelle dei risultati Sommario A 630 V Indice analitico Calibration Curve Include nella stampa il grafico di una curva di calibrazione Vedere la Curva di sezione Scheda Chip Summary Riepilogo chip a pagina 497 calibrazione Standard Curve Include nella stampa il grafico di una curva standard Vedere la Curva standard sezione Scheda Chip Summary Riepilogo chip a pagina 497 Wells Pozzetti All Wells Stampa riassunti e statist
434. w E Grid View Context Bar E Tree View Voce del menu Funzione View Visualizza Single View Passa alla Scheda Instrument Strumento Visualizzazione Visualizzazione singola singola dello strumento selezionato Grid View Passa alla Scheda Instrument Strumento Visualizzazione Visualizzazione a griglia a griglia Barra del contesto Mostra o nasconde il Barra del contesto Struttura ad albero Mostra o nasconde il Pannello della struttura ad albero Sommario A 393 Y Indice analitico Contesto Validation Comparison Validazione Confronto View Context Bar E Tree View Voce del menu Funzione View Visualizza Barra del contesto Mostra o nasconde la Barra del contesto Struttura ad albero Mostra o nasconde il Pannello della struttura ad albero Sommario A 394 V Indice analitico Menu Assays Analisi Assays Flow Cytometry b Demo Ci assaysimoleculariRNA mRNA Pico xsy Protein gt Cil simolecular Protein Protein 50 xsy Protein 50 Il menu Assays Analisi consente di aprire file d analisi per la modifica contesto Data and Assay Dati e analisi Nel contesto nstrument Strumento si pu selezionare un analisi per il chip se un bioanalizzatore connesso e acceso Voce del menu Funzione Assays Analisi Electrophoresis dsDNA Tutte le analisi situate nella cartella assays electropho Elettroforesi dsDNA resis dsDNA vengono elencate qui Per predefin
435. za del filtro media Maggiore l ampiezza del filtro e maggiore il numero di dati grezzi utilizzati per calcolare la media Come risultato il livello del rumore diminuisce ma i picchi diventano pi bassi e pi larghi In pratica la modifica dell ampiezza del filtro ha un effetto mag giore sul risultato della procedura di applicazione del filtro rispetto alla modifica dell ordine polinomiale Polynomial Order Questa impostazione viene utilizzata per definire le serie di potenze Ordine polino da applicare che meglio si adatti ai dati grezzi Maggiore il numero miale e pi la funzione seguir la curva dei dati grezzi con rumore elevato Come risultato il livello del rumore della curva filtrata aumenter Impostazioni di ricerca dei picchi Dopo la filtrazione dei dati l algoritmo di ricerca dei picchi e calcola la linea di base locale del picco L algoritmo inizia trovando tutti i picchi al disopra della soglia di rumore per determinare la linea di base dopo di che tutti i picchi al disotto di questa soglia vengono rifiutati Viene calcolata una linea di base locale per compensare le deviazioni della linea di base Sommario A 145 V Indice analitico Le quattro impostazioni di ricerca dei picchi che possono essere modificate sono Min Peak Height Altezza minima del picco Min Peak Width Altezza minima del picco Slope Threshold Limite di pendenza Baseline Plateau Plateau linea di base Sommario Il va
436. zato in questa colonna Se sono state definite delle regole di evidenziazione dei risultati vedere la sezione Result Flagging Evidenziazione dei risultati a pagina 179 viene visualizzata una barra il cui colore determinato dalla prima regola di evidenziazione che risulta soddisfatta dal campione Numero di lotto del chip Numero di lotto del kit di reagenti Consente di inserire note per documentare il chip e o l ana lisi del chip Queste note saranno stampate anche sul report Sommario A 501 Y Indice analitico Scheda secondaria Sample Information lmformazioni sul campione analisi citometri che a flusso Sample Mame Sample Comment Blue Staining Red Staining Status Total Events of Gated Observation 1 control Calcein Red v 1565 1 7 2 mixture mix of control and CD3 Calcein Red 4 1673 53 3 Calcein Red wv 1606 84 3 4 control Calcein Red re 1422 2 3 5 mixture mix of control and CD3 Calcein Red A 1450 56 2 6 CD3 APC Calcein Red v 1311 87 2 Chip Lot Reagent Kit Lot 23 1 Chip Comments Sample Information La tabella del campione mostra i risultati principali dell analisi e consente di inserire i nomi ed i commenti relativi al campione Sample Name Consente di inserire dei nomi facili da ricordare per i cam Nome del campione pioni Sample Comment Consente d inserire un commento per il
437. zione a griglia 1 Dal menu Histogram Istogramma o Dot Plot selezionare Single View Visualizzazione singola o Grid View Visualizzazione a griglia OPPURE Fare clic sul pulsante Single View o Grid View E sulla barra degli strumenti isto gramma dot plot OPPURE Fare clic sulla voce A I Samples Tutti i campioni su Pannello della struttura ad albero per passare alla visualizzazione a griglia oppure su un qualsiasi campione per passare alla visualizzazione singola OPPURE Fare doppio clic su un qualsiasi istogramma o dot plot della visualizzazione a griglia per passare alla visualizzazione singola Sommario A 231 Y Indice analitico L esempio seguente mostra il passaggio tra visualizzazione a griglia e visualizzazione sin gola per gli istogrammi Mitogram Matogram control fix 1 24 fix Calcen Armeno Y 5 Taken Annen LYS Calcoin 7 g g 100 H Cioni Bal Anari 100 chen Lo zw 3 o t 3s g R e e HA SE 2 Z 0 iy E o I fia Lo 1040100000 1090301001010 1030100000 1090 0 10 10310 10 Muoretcence Muorescence Muorescence Puorescence Total events 1211 Sa of gated 1 3 Total events 1714 se af gated 41 1 5 S IZh fix Caicem Anneancv5 Caen Ante CY5 2 F sie Toi 875 i gio H Ciphers to en 5 sw p 2 ts 0 LENIN ore Li Fo y z a gt 1040101010010 10901010101010 103030101000 10901010 10710110 ist A NERA E VEE S AN Fiuorescenc
438. zioni relative allo stu dio Study Name Nome studio e Study Comments Commenti studio lo Experimenter Sperimentatore il Laboratory Laboratorio la Company Azienda ed il Department Reparto Queste possono essere utilizzate per scambiare dati con altri reparti o aziende Sommario A 504 V Indice analitico Scheda secondaria nstrument Information Informazioni sullo strumento 34 Chip Temperature 8 o n o 26 0 200 400 600 800 1000 1200 1400 1600 1800 2000 2200 Time sec Sample Information Study Information i i Standard Curve Questa scheda visualizza la temperatura della piastra base del chip registrata durante l analisi del chip Il tempo di acquisizione viene visualizzato in relazione alla temperatura NOTA La normale temperatura del chip deve essere 25 C per la citometria a flusso 30 C per le analisi elettroforetiche Differenze significative possono influenzare negativamente i risultati dell analisi Sommario A 505 V Indice analitico Scheda secondaria Standard Curve Curva standard solo analisi DNA Proteina 2200 2000 1800 1600 1400 1200 Size 1000 300 600 400 200 40 50 60 70 80 90 100 110 120 Time seconds Sample Information Study Information Instrument Information Viene realizzata una curva standard dei tempi di migrazione contro la dimensione dallo standard di dimensionamento per interpolazione Sommario A 506 V Indice analitico S
439. zzata la finestra di dialogo End of run Fine dell ana lisi che mostra lo stato dell analisi ed il nome del file in cui sono stati salvati i dati d ana lisi del chip 2100 expert End of run x Status Run Completed File Name C 1000_00000_2003 09 25_15 50 43 xad Port 1 Instrument DE11700058 No Sample Observation vw 1 Sample 1 Completed yz Sample 2 Completed vy 3 Sample 3 Completed y 4 Sample 4 Completed v 5 Sample 5 Completed v 6 Sample 6 Completed vw 7 Sample 7 Completed vw 8 Sample 8 Completed ww 9 Sample 9 Completed amp 10 Sample 10 Completed amp 11 Sampleli Completed amp 12 Sample12 Completed 1 Per visualizzare immediatamente i risultati selezionare la casella di controllo Select file in Data Context Seleziona file nel contesto dati quindi fare clic su OK Sommario A29Y Indice analitico Viene visualizzato il contesto Data and Assay Dati e analisi e viene selezionato il file di dati che appena stato generato dall analisi del chip La scheda Chip Summary Rias sunto chip riporta informazioni sul file di dati del chip e consente d inserire commenti relativi a chip campione e studio 2100 expert C s Agilenti 2100 Bioanalyzer 2100 expert Data 2100 expert_DNA 1000_00000_2003 09 25_15 50 43 xad E DI x Eile Context View Assays Tools Windows Help Data and Assay ek ga EE Hi G E 2100 expert_DNA 1000_00 All Samples M Sample 1 Location C Program Files

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