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Guía del sistema NextSeq 500 (15046563) - Support

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1. Correo electr nico techsupportaillumina com Tabla 4 N meros del Servicio de asistencia al cliente de Illumina Zona N mero de contacto Zona Norteam rica 1 800 809 4566 Irlanda Alemania 0800 180 8994 Italia Australia 1 800 775 688 Noruega Austria 0800 296575 Nueva Zelanda B lgica 0800 81102 Pa ses Bajos Dinamarca 80882346 Reino Unido Espa a 900 812168 Suecia Finlandia 0800 918363 Suiza Francia 0800 911850 Otros pa ses Hojas de datos de seguridad N mero de contacto 1 800 812949 800 874909 800 16836 0800 451 650 0800 0223859 0800 917 0041 020790181 0800 563118 44 1799 534000 Las hojas de datos de seguridad est n disponibles en el sitio web de Illumina en support illumina com sds html Documentaci n del producto La documentaci n del producto en PDF est disponible para su descarga en el sitio web de Ilumina Vaya a support illumina com seleccione un producto y a continuaci n haga clic en Documentation amp Literature Documentaci n y literatura Gu a del sistema NextSeq 500 19 29 1499 e19U9 sISsy GAAAAGAATGATAACAGTAACACACTTCTGTTAACCTTAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAATTGAGACTAAATATTAACGTACCATTAAGAGCTAC GATAACAGTAACACACTTCTGTTIAACCTTAAGATTACTTGTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTATCAATTGAGACTAAATATTAACGTACCATTAAGAGCTACCGTCTICTGTITAACCTTAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCG CACTGATTCAACGTACCAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAATTGAGACTAAATATTAACGTACCA
2. Opci n Nombre del ordenador Descripci n Computer name Nombre del ordenador Es el nombre asignado al ordenador del instrumento en el momento de su fabricaci n Todos los cambios realizados en el nombre del ordenador pueden afectar a la conectividad y requieren un administrador de red Member of domain Miembro de dominio Conecta el instrumento a un dominio El dominio es el nombre asociado a la conexi n a Internet de su centro Los cambios de dominio requiere un nombre de usuario y contrase a de administrador Member of work group Miembro de grupo de trabajo Si el instrumento no est conectado a Internet especifique un nombre de grupo de trabajo El nombre del grupo de trabajo es exclusivo de su centro Configuraci n de BaseSpace Opci n An lisis BaseSpace Gu a del sistema NextSeq 500 Descripci n BaseSpace Env a datos de secuenciaci n a Illumina BaseSpace BaseSpace Onsite Env a datos de secuenciaci n a BaseSpace Onsite Introduzca el Server Name Nombre del servidor del servidor de BaseSpace Onsite e Opcional Para las opciones de BaseSpace o BaseSpace Onsite seleccione la casilla de verificaci n Output Folder Carpeta de resultados y a continuaci n seleccione Browse Examinar y navegue hasta la ubicaci n que prefiera Este par metro guarda una copia de los datos de secuenciaci n solo archivos BCL en una ubicaci n de red Standalone Instrument Instrumento independiente
3. Inspecci n de la celda de flujo 1 Aseg rese de que los puertos de la celda de flujo no est n obstruidos 2 Aseg rese de que las juntas de los puertos est n colocadas correctamente y que los postes de pl stico blancos sean visibles Gu a del sistema NextSeq 500 2 5 o n j ap epjao ej ap vorceledald Secuenciaci n 20 Figura 13 Componentes de la celda de flujo Juntas del puerto 4 Pinzas de retenci n 4 Pinzas de resorte 4 Marco del cartucho de la celda de flujo moov gt Placa del soporte Aseg rese de que las cuatro pinzas de retenci n blancas est n encajadas en el borde de la placa negra del soporte Si la placa no est fijada debajo de las pinzas presione suavemente la placa negra del soporte y el marco blanco del cartucho entre s hasta que la placa encaje bien debajo de las pinzas Figura 14 Inspecci n de la pinza de retenci n O O A Posici n incorrecta La pinza de retenci n no encaja sobre el borde de la placa del soporte B Posici n correcta La pinza de retenci n encaja sobre el borde de la placa del soporte 4 Aseg rese de que las cuatro pinzas de resorte met licas queden en posici n horizontal en relaci n con la placa negra del soporte Figura 15 Inspecci n de la pinza de resorte A Posici n incorrecta La pinza de resorte no queda en posici n horizontal en relaci n con la placa del soporte B Posici n correcta La pinza de resorte queda en posici n h
4. Env a datos de secuenciaci n a una ubicaci n de la red del centro Seleccione Browse Examinar y navegue hasta la ubicaci n de red deseada El software de control genera el nombre de la carpeta de resultados e Opcional Seleccione Use Run Monitoring Utilizar supervisi n del experimento para supervisar el experimento con las herramientas de visualizaci n de BaseSpace Se requiere iniciar una sesi n de BaseSpace Introduzca un User Name Nombre de usuario y Password Contrase a para registrar el instrumento con BaseSpace El nombre de usuario y contrase a introducidos se pueden configurar como credenciales de inicio de sesi n predeterminadas Use default login and bypass the BaseSpace login screen Utilizar inicio de sesi n predeterminado e ignorar la pantalla de inicio de sesi n de BaseSpace Configura el nombre de usuario y la contrase a como el inicio de sesi n predeterminado para BaseSpace y omite la pantalla de BaseSpace durante la configuraci n del experimento Send instrument health information to Illumina Enviar la informaci n de estado del sistema a Illumina Env a archivos de registro a Illumina Esta opci n no est disponible con BaseSpace Onsite o configuraciones independientes 15 b3SIXAN 9P SIBMIJOS Opci n Opci n de encendido Primeros pasos Teclado y audio Imagen del avatar Personalizaci n del sistema Descripci n Kiosk Mode Modo de pantalla completa Muestra la interfa
5. Nombre de la f rmula bien NextSeq High Alto o bien NextSeq Mid Medio en funci n del cartucho de reactivo utilizado en el experimento Read Type Tipo de lectura Lectura nica o paired end Read Length Longitud de lectura N mero de ciclos de cada lectura Opcional Cebadores personalizados si corresponde 4 Opcional Seleccione el icono Edit Editar para cambiar los par metros del 5 experimento Cuando termine seleccione Save Guardar Run parameters Par metros del experimento Cambie el n mero de lecturas o el n mero de ciclos por lectura Custom primers Cebadores personalizados Cambie la configuraci n de los cebadores personalizados Para obtener m s informaci n consulte Gu a de cebadores personalizados de NextSeg n de referencia 15057456 Purge consumables for this run Purgar consumibles para este experimento Cambie el par metro para purgar los consumibles de forma autom tica tras el experimento actual Para obtener m s informaci n consulte Personalizaci n del experimento en la p gina 16 Seleccione Next Siguiente Introducci n de los par metros del experimento configuraci n independiente 1 2 3 Introduzca el nombre de experimento que usted prefiera Opcional Introduzca el Id de biblioteca que usted prefiera En la lista desplegable Recipe F rmula seleccione una f rmula Solo se muestran las f rmulas compatibles Seleccione un tipo de lectura Single Read nica
6. c Revise la lista de software incluido en la actualizaci n Al finalizar la actualizaci n el software de control se reinicia autom ticamente A NOTA Si se incluye una actualizaci n del firmware se debe reiniciar autom ticamente el sistema despu s de que el firmware se haya actualizado Gu a del sistema NextSeq 500 4 3 SJEM JOS SP SAUOIDBZIENIDY Mantenimiento Apagado del instrumento 44 1 Seleccione Manage Instrument Administrar instrumento 2 Seleccione System Power Options Opciones de alimentaci n del sistema 3 Seleccione Shut Down Apagar El comando Shut Down Apagar cierra el software de forma segura y apaga la alimentaci n del instrumento Espere al menos 60 segundos antes de volver a encender el instrumento 4 PRECAUCI N y No cambie la posici n del instrumento Si lo mueve de forma incorrecta la alineaci n ptica podr a verse afectada y comprometer la integridad de los datos Si debe cambiar la posici n del instrumento p ngase en contacto con su representante de Illumina N de referencia 15046563 Rev ESP Soluci n de problemas INtroAUCC N nes 46 Archivos de soluci n de problemas 0ooooocccccccccccccccoccccccnc cnc conco cnc nc 47 Live Help ocuresrossrorpsnracosio casal otras valia 49 Soluci n de errores de comprobaci n autom tica o oooococccccccccccccccccccccccconcnoco 50 Contenedor de reactivos usados lleno o ooooooocccccccccccccccccccccncccccncnccnccncnncnnoos 52 Flujo de
7. compartimentos Figura 1 Componentes del instrumento Primeros pasos A Compartimento de adquisici n de im genes Alberga la celda de flujo durante el experimento de secuenciaci n B Monitor con pantalla t ctil Permite la configuraci n integrada en el instrumento y la configuraci n mediante el uso de la interfaz del software de control C Barra de estado Indica el estado del instrumento es decir si est en funcionamiento azul si requiere asistencia naranja si est listo para la secuenciaci n verde o si se debe realizar un lavado en las pr ximas 24 horas amarillo D Compartimento de tampones Alberga el cartucho de tampones y el contenedor de reactivos usados E Compartimento de reactivos Alberga el cartucho de reactivo Compartimento de adquisici n de im genes El compartimento de im genes aloja la platina que incluye tres pasadores de alineaci n para colocar la celda de flujo Tras cargar la celda de flujo la puerta del compartimento de adquisici n de im genes se cierra autom ticamente y mueve los componentes hasta su posici n Compartimentos de reactivos y tampones La configuraci n de un experimento de secuenciaci n en el NextSeq 500 requiere acceso al compartimento de reactivos y al compartimento de tampones para la carga de los consumibles del experimento y el vaciado del contenedor de reactivos usados A N de referencia 15046563 Rev ESP Figura 2 Compartimentos de reactivos y tampone
8. hebra retrasada 65 hipoclorito de sodio lavado 40 iconos errores y advertencias 12 estado 12 im genes en miniatura 69 instrumento apagar 13 bot n de encendido 9 inicio 9 par metros de configuraci n 14 intensidades 66 interruptor de alimentaci n 9 L lavado autom tico 36 componentes para lavado 39 consumibles proporcionados por el usuario 39 lavado manual 11 39 lavado del instrumento 39 lavado posterior al experimento 36 Live Help 11 49 llamada de bases 66 longitud de lectura 17 18 M mantenimiento del instrumento consumibles 19 mensaje de error de RAID 59 N nombre de avatar 16 nombre de usuario del sistema y contrase a 9 nombre de usuario y contrase a 9 nombre del instrumento personalizaci n 16 numeraci n de c maras 71 numeraci n de carriles 70 numeraci n de placas 72 numeraci n de sectores 71 O opci n de carga avanzada 12 16 pantalla Home 11 par metros de configuraci n 14 par metros del experimento editar par metros 31 modo BaseSpace 31 modo independiente 32 pares de carriles 70 personalizaci n 16 probabilidad de error 67 puntuaciones de calidad 67 puntuaciones Q 67 purgar consumibles 17 R reactivos eliminaci n correcta 30 en kit 6 reactivos usados contenedor lleno 52 eliminaci n 28 41 rehibridaci n de cebador 53 rehibridaci n Lectura 1 53 RTA v2 gesti n de errores 64 Runinfo xml 47 68 S secuenciaci n consumibles suministrados por el
9. maras superficies superiores e inferiores en cada ciclo durante la adquisici n de im genes Las im genes en miniatura se generan en el formato de archivo JPG Se asigna a cada imagen un nombre con el n mero de placa tal y como indica la convenci n de nomenclatura siguiente que siempre empieza pors Carril 1 2 3 o 4 Placa N mero de placa de cinco d gitos que indica la superficie el sector la c mara y la placa Canal Rojo o verde Ejemplo s 3 12512 green jpg que indica el carril 3 la superficie superior el sector 2 la c mara 5 la placa 12 y el canal verde 2 N de referencia 15046563 Rev ESP Estructura de carpetas de resultados de secuenciaci n Data Datos Intensities Intensidades M BaseCalls FT L001 Archivos de llamadas de bases para el carril 1 agregados en un archivo por ciclo FT L002 Archivos de llamadas de bases para el carril 2 agregados en un archivo por ciclo L003 Archivos de llamadas de bases para el carril 3 agregados en un archivo por ciclo FT L004 Archivos de llamadas de bases para el carril 4 agregados en un archivo por ciclo L001 Archivo locs agregado para el carril 1 FT L002 Archivo locs agregado para el carril 2 L003 Archivo locs agregado para el carril 3 FT L004 Archivo locs agregado para el carril 4 Images Im genes F Focus Enfoque L001 Im genes de enfoque para el carril 1 L002 Im genes de enfoque para el
10. o Paired End Paired end Introduzca el n mero de ciclos de cada lectura en el experimento de secuenciaci n Read 1 Lectura 1 Introduzca un valor de como m ximo 151 ciclos Read 2 Lectura 2 Introduzca un valor de como m ximo 151 ciclos Este valor suele coincidir con el n mero de ciclos de la Lectura 1 Index 1 ndice 1 Introduzca el n mero de ciclos necesario para el cebador del Indice 1 17 Index 2 ndice 2 Introduzca el n mero de ciclos necesario para el cebador del ndice 2 15 El software de control confirma las entradas con los criterios siguientes El n mero total de ciclos no supera el m ximo n mero permitido de ciclos Los ciclos para la Lectura 1 son superiores a los cinco ciclos utilizadas para la generaci n de plantillas N de referencia 15046563 Rev ESP El n mero de ciclos de Lectura del ndice no superen los ciclos de Lectura 1 y Lectura 2 6 Opcional Si utiliza cebadores personalizados seleccione la casilla de verificaci n para los cebadores usados Para obtener m s informaci n consulte Gu a de cebadores personalizados de NextSeg n de referencia 15057456 Read 1 Lectura 1 El cebador personalizado para la Lectura 1 Read 2 Lectura 2 El cebador personalizado para la Lectura 2 Index 1 ndice 1 El cebador personalizado para el ndice 1 Index 2 ndice 2 El cebador personalizado para el ndice 2 7 Opcional Seleccione el icono Edit Editar para cambiar l
11. usuario 19 seguimiento de RFID 6 servicio de asistencia al cliente 79 servicio de copia de experimento 35 N de referencia 15046563 Rev ESP software actualizaci n autom tica 42 actualizaci n manual 13 42 an lisis de im genes llamada de bases 11 configuraci n del instrumento 16 duraci n del experimento 17 inicializaci n 9 integrado en el instrumento 11 pantalla Home 11 par metros de configuraci n 14 software de an lisis en tiempo real 2 11 diferencias de RTA v2 62 resultados 68 software de control 11 soluci n de errores comprobaci n previa al experimento 50 soluci n de problemas archivos espec ficos de experimento 47 comprobaci n del sistema 13 56 contenedor de reactivos usados 52 criterios de medici n de baja calidad 53 Live Help 49 opciones de contacto 46 superan el filtro PF 64 T transferencia de datos iconos de actividad 35 servicio de copia de experimento 35 U ubicaci n de carpetas 32 ubicaci n de grupos archivos 68 generaci n de plantillas 65 ubicaci n de la carpeta de resultados 15 V Visor del an lisis de secuenciaci n 22 Gu a del sistema NextSeq 500 4 09119q8 e a91pu 7 Indice alfab tico 19 N de referencia 15046563 Rev ESP Asistencia t cnica Si necesita asistencia t cnica p ngase en contacto con el servicio de asistencia t cnica de Ilumina Tabla 3 Informaci n de contacto general de Illumina Sitio web www illumina com
12. 2222n 2222n 3 Componentes del instrumento o oooococcccccccccccccccccnccnconcnccnccncnncnncnco 4 Descripci n general de consumibles de secuenciaci n ooccccccccccccccccccoo 6 Puesta en servicio del instrumento o oooooococcccccccccccccccncnccncncnccncnncncnos 9 Software del NextSeQ oooooooocccccccccccccccoccoccnccnccnconcnncnnrnnnnnnncnncnnca 11 Consumibles y equipos proporcionados por el usuario urina 19 Cap tulo 2 Secuenciaci n nou Do 21 Intro dAUCC N occ nn 22 Flujo de trabajo de secuenciaci n o oooococccccccccccccccccccccncnccnccnccncnncnoo 23 Preparaci n del cartucho de reactivo noia aa ea acae aos 24 Preparaci n de la celda de flujo o ooooooccccccccccccccccccccccccccnccncnncnoco 20 Preparaci n de bibliotecas para secuenciaci n o oooccccccccccccccccccccccccncooo 21 Configuraci n de un experimento de secuenciaci n o oooccccccccccccccccocccoo 28 Supervisi n del progreso del experimento o oococccccccccccccccccccnccnccnccno 34 Lavado autom tico posterior al experimento oooooocccccccccccccccccccnccnccnnoo 36 Cap tulo 3 Mantenimiento oc coco coco ccconcccnncccnncccnncccnncccnns 31 Introducci n occ nn 38 Realizaci n de un lavado Manual o oooocoocccccccccccccccccccccccnccncnncnncnccnns 39 Actualizaciones de software o ooooccccccccccccccccccccnccnconcnncnc cnc nncnncnc cn 42 Apagado del instrumento o oooococccccccccccccccccccccnccnccncnncnc cnc ae ada anno ZA Cap tulo 4 Soluci n de problemas ouuo 4
13. Para definir las ubicaciones de grupos Registro y extracci n de intensidad Para alinear posiciones de grupos y determinar valores de intensidad Correcci n emp rica de hebras Para corregir los efectos de la hebra retrasada y la hebra adelantada Llamada de bases Para determinar una llamada de bases para cada grupo Puntuaci n de calidad Para asignar una puntuaci n de calidad a cada llamada de bases Generaci n de plantillas El primer paso en el flujo de trabajo del an lisis en tiempo real es la generaci n de plantillas que define la posici n de cada grupo en una placa mediante el uso de las coordenadas Xe Y La generaci n de plantillas requiere datos de imagen de los primeros cinco ciclos del experimento Tras el ltimo ciclo de la plantilla para la adquisici n de im genes de una placa se genera la plantilla iy NOTA Para detectar un grupo durante la generaci n de plantillas debe haber como m nimo una base distinta de G en los primeros cinco ciclos Para los secuenciadores de ndice RTA v2 precisa como m nimo una base distinta de G en los primeros dos ciclos La plantilla se utiliza como referencia para el siguiente paso de registro y extracci n de intensidad Las posiciones de los grupos para el conjunto de la celda de flujo se escriben en archivos de ubicaci n de grupos locs uno para cada carril Registro y extracci n de intensidad El registro y la extracci n de intensidad comienza despu s de la generac
14. a de pl stico transparente y presione hacia la izquierda para extraer el dep sito 3 Deseche el dep sito de conformidad con las normativas aplicables Especificaci n de los par metros del experimento Los pasos de la pantalla Run Setup Configuraci n del experimento difieren en funci n de la configuraci n del sistema gt BaseSpace o BaseSpace Onsite La pantalla Run Setup Configuraci n del experimento enumera los experimentos configurados en BaseSpace Si el experimento previsto no aparece en la pantalla Run Setup Configuraci n del experimento aseg rese de que el experimento est marcado para su secuenciaci n en BaseSpace gt Independiente La pantalla Run Setup Configuraci n del experimento incluye campos para la definici n de los par metros del experimento Selecci n del experimento disponible configuraci n de BaseSpace 1 Seleccione un nombre de experimento de la lista de experimentos disponibles Gu a del sistema NextSeq 500 371 p o juauiledxa un ap uol9e1nBIJuOo 4 uO De1duanoas a Secuenciaci n 32 Utilice las flechas arriba y abajo para desplazarse por la lista o introduzca un nombre de experimento en el campo Search Buscar Seleccione Next Siguiente Confirme los par metros del experimento Run Name Nombre del experimento Nombre del experimento asignado en BaseSpace Library ID Id de biblioteca Nombre de las bibliotecas agrupadas asignado en BaseSpace Recipe F rmula
15. bibliotecas para el sistema NextSeg n de referencia 15048776 Gu a de cebadores personalizados de NextSeg n de referencia 15057456 Ayuda de BaseSpace help basespace illumina com Descripci n Proporciona especificaciones para el espacio del laboratorio los requisitos el ctricos y las consideraciones medioambientales Proporciona informaci n sobre las consideraciones de seguridad operativa las declaraciones de cumplimiento y el etiquetado del instrumento Proporciona informaci n sobre el lector de RFID del instrumento las certificaciones de conformidad y las consideraciones de seguridad Proporciona instrucciones para la desnaturalizaci n y diluci n de bibliotecas preparadas para un experimento de secuenciaci n y la preparaci n de un control PhiX opcional Este paso se aplica a la mayor a de los tipos de bibliotecas Proporciona informaci n sobre el uso de cebadores de secuenciaci n personalizados en lugar de cebadores de secuenciaci n de Illumina Proporciona informaci n sobre el uso de BaseSpace y las opciones de an lisis disponibles Visite la p gina de asistencia del NextSeq 500 del sitio web de Illumina para acceder a la documentaci n las descargas de software la formaci n en l nea y las preguntas frecuentes Gu a del sistema NextSeq 500 S9 BUOIDIPE SOSINIDH Componentes del instrumento El sistema NextSeq 500 incluye un monitor con pantalla t ctil una barra de estado y tres
16. carril 2 L003 Im genes de enfoque para el carril 3 L004 Im genes de enfoque para el carril 4 p SOPEe nsaJ ap sejadJeo ap e1nj9n1183 FT InterOp Archivos binarios utilizados por el visor del an lisis de secuenciaci n SAV Logs Registros Archivos de registro que describen los pasos operativos Recipe F rmula Archivo de f rmulas espec fico del experimento con el nombre del ID del cartucho de reactivo RTALogs Registros de RTA Archivos de registro que describen los pasos del an lisis Thumbnail_Images Miniatura_Im genes Im genes en miniatura para las placas 1 6 y 12 en cada sector de cada ciclo El RTAComplete xml El RTAConfiguration xml El RunInfo xml El RunNotes xml El RunParameters xml Gu a del sistema NextSeq 500 3 14 N de referencia 15046563 Rev ESP ndice alfab tico A acceso de Windows 13 actualizaci n de software 42 administrar instrumento 11 apagado 44 configuraci n de BaseSpace 15 configuraci n de IP y DNS 14 configuraci n del an lisis secundario 15 enviar estado del instrumento 15 nombre del ordenador 15 personalizaci n 16 adquisici n de im genes secuenciaci n de dos canales 66 alertas de estado 12 an lisis archivos de resultados 68 an lisis principal hebra retrasada 65 ureza de la se al 64 an lisis secundario modo BaseSpace 15 modo independiente 15 an lisis principal puntuaci n de calidad 67 apagado del instrument
17. celda de flujo El cartucho de tampones es universal La celda de flujo el cartucho de reactivo y el cartucho de tamp n utilizan la identificaci n por radiofrecuencia RFID para ofrecer precisi n en la compatibilidad y el seguimiento de los consumibles Etiquetado de compatibilidad del kit Los componentes del kit est n marcados con indicadores codificados por colores que indican la compatibilidad entre las celdas de flujo y los cartuchos de reactivo Utilice siempre un cartucho de reactivo y una celda de flujo compatible El cartucho de tampones es universal Cada celda de flujo y cartucho de reactivo est etiquetado como High Elevado o Mid Medio Revise siempre la etiqueta cuando prepare los consumibles para un experimento Tipo de kit Marca en la etiqueta Componentes del kit de rendimiento elevado HIGH Componentes del kit de rendimiento medio Descripci n general de la celda de flujo Figura 3 Cartucho de la celda de flujo A Par de carriles A carriles 1 y 3 B Par de carriles B carriles 2 y 4 Marco del cartucho de la celda de flujo 6 N de referencia 15046563 Rev ESP La celda de flujo es un sustrato elaborado con cristal en el que se generan grupos y se lleva a cabo la reacci n de secuenciaci n La celda de flujo est revestida por el cartucho de la celda de flujo La celda de flujo contiene cuatro carriles y la adquisici n de im genes se realiza de dos en dos Las im genes de los carriles 1
18. de reactivo precargado incluye un reactivo de desnaturalizaci n en la posici n 6 que contiene formamida Para garantizar un desecho seguro de cualquier reactivo no usado tras el experimento de secuenciaci n el dep sito de la posici n 6 es extra ble Si desea obtener m s informaci n consulte Extracci n del dep sito usado de la posici n n 6 en la p gina 31 Descripci n general del cartucho de tampones El cartucho de tampones es un consumible de un solo uso que contiene tres dep sitos que est n precargados con tampones y una soluci n de lavado El contenido del cartucho de tampones es suficiente para la secuenciaci n de una celda de flujo Figura 6 Cartucho de tampones N de referencia 15046563 Rev ESP Puesta en servicio del instrumento 1 Conmute el interruptor de alimentaci n a la posici n I encendido Figura 7 Interruptor de alimentaci n situado en la parte trasera del instrumento 2 Pulse el bot n de encendido situado sobre el compartimento de reactivos El bot n de encendido enciende la alimentaci n del instrumento e inicia el ordenador y el software integrados en l Figura 8 Bot n de encendido situado en la parte delantera del instrumento 3 Espere hasta que el sistema operativo se haya cargado completamente Cuando el sistema est preparado el Software de control de NextSeq NCS se iniciar e inicializar el sistema autom ticamente Una vez finalizada la inicializaci n se abr
19. el experimento seleccione Home Inicio Despu s del lavado Despu s del lavado los dispensadores permanecen en la posici n bajada para evitar que entre aire en el sistema Deje los cartuchos en su sitio hasta el siguiente experimento Gu a del sistema NextSeq 500 4 enueu opere un ap uUQIDezZIJesy Mantenimiento Actualizaciones de software Las actualizaciones de software est n incluidas en el paquete de software denominado System Suite que incluye el software siguiente Software de control de NextSeq NCS F rmulas de NextSeq RTA v2 Software de servicio de NextSeq NSS Visor del an lisis de secuenciaci n SAV BaseSpace Broker Puede instalar actualizaciones de software de forma autom tica con una conexi n a Internet o manualmente desde una ubicaci n de red o USB Automatic updates Actualizaciones autom ticas Si el instrumento est conectado a una red con acceso a Internet aparecer un icono O de alerta en el bot n Manage Instrument Administrar instrumento en la pantalla Home Inicio cuando haya una actualizaci n de software disponible Manual updates Actualizaciones manuales Descargue el instalador de System Suite desde la p gina de asistencia de NextSeq 500 en el sitio web de Illumina Actualizaci n autom tica de software Seleccione Manage Instrument Administrar instrumento Seleccione Software Update Actualizaci n del software Seleccione Install the update already downloaded
20. nuevo Contin a con la Lectura 1 y el resto del experimento seg n los par metros del experimento especificados Puntos para finalizar un experimento de rehibridaci n La posterior rehibridaci n solo es posible si finaliza el experimento en los puntos siguientes Despu s del ciclo 5 Las intensidades aparecen tras el registro de plantilla que exige los primeros cinco ciclos de secuenciaci n Aunque es seguro finalizar un experimento despu s del ciclo 1 se recomienda finalizarlo despu s del ciclo 5 No finalice un experimento durante la generaci n de grupos Lectura 1 o Lectura de ndice 1 Finalice el experimento antes de iniciar la res ntesis paired end La celda de flujo no se puede guardar para la posterior rehibridaci n una vez iniciada la res ntesis paired end Consumibles necesarios Un experimento de rehibridaci n requiere un cartucho de reactivo y cartucho de tampones NextSeq nuevo independientemente de cu ndo se detuvo el experimento Finalizaci n del experimento actual 1 Seleccione End Run Finalizar experimento Cuando se le pregunte si quiere confirmar el comando seleccione Yes S Gu a del sistema NextSeq 500 5 3 piiqiyal ej ep olegeu ap o n y 4 uoIDe 2 Cuando sele pregunte si quiere guardar la celda de flujo seleccione Yes S Tenga que cuenta la fecha de caducidad para la rehibridaci n 3 Retire la celda de flujo guardada y res rvela a una temperatura de entre 2 y 8 C hast
21. pantalla Select Selecci n indica pruebas que requieren la asistencia de un representante de campo de Illumina Realizaci n de una comprobaci n del sistema 56 1 En la pantalla Manage Instrument Administrar instrumento seleccione System Check Comprobaci n del sistema Cuando se solicite cerrar el software de control seleccione Yes S 2 Cargue los consumibles como se describe a continuaci n a Si todav a no hay ninguna celda de flujo usada en el instrumento cargue una celda de flujo usada b Vac e el contenedor de reactivos usados y vuelva a colocarlo en el instrumento c Cargue el cartucho de lavado de tampones que contienen 120 ml de agua de laboratorio en el dep sito central d Cargue el cartucho de lavado de reactivos Aseg rese de que el cartucho de lavado de reactivos est limpio y vac o 3 Seleccione Load Cargar El software mueve la celda de flujo y el cartucho de lavado de reactivos a su posici n Seleccione Next Siguiente 4 Seleccione Next Siguiente Se inicia la comprobaci n del sistema N de referencia 15046563 Rev ESP 5 Opcional Cuando haya finalizado la comprobaci n del sistema seleccione View Visualizar junto al nombre de comprobaci n para visualizar los valores asociados a cada comprobaci n 6 Seleccione Next Siguiente Se abre el informe de comprobaci n del sistema 7 Seleccione Save Guardar para guardar el informe en un archivo comprimido Vaya a una ubicac
22. sistema NextSeq 500 Descripci n Comprueba la precisi n de los movimientos de la v lvula y la bomba as como la amplitud de movimiento de la jeringa de la bomba Comprueba la tasa de fuga de un sistema de flu dica con cierre que confirma que la celda de flujo est bien montada en la posici n de secuenciaci n Comprueba el funcionamiento de los sensores de burbujas que se utilizan para detectar la presencia de aire en los conductos de reactivo Mide la velocidad de flujo para detectar oclusiones o fugas O Comprobaciones t rmicas Comprobaci n del l Descripci n sistema Fans Ventiladores Comprueba la velocidad de los ventiladores del sistema en pulsos por minuto PPM para confirmar que los ventiladores funcionan Los ventiladores que no funcionan devuelven un valor negativo Thermal Probes Comprueba la temperatura media de cada sensor t rmico Los Sondas t rmicas sensores t rmicos que no funcionan devuelven un valor negativo Soluci n de problemas 5 S N de referencia 15046563 Rev ESP Mensaje de error de RAID El ordenador del NextSeq est equipado con dos discos duros Si un disco duro empieza a fallar el sistema genera un mensaje de error de RAID y le sugiere que se ponga en contacto con el servicio de asistencia t cnica de Illumina Normalmente se debe sustituir el disco duro Puede proceder con los pasos de configuraci n del experimento y el funcionamiento normal El prop sito del me
23. trabajo de la rehibridaci n noi roller roda 53 F rmulas personalizadas y carpetas de f rmulas vouuriuuoooooo aa aa aa aa aa aa aa ando 99 Comprobaci n del sistema poio aa ncnrnrnncnncnncas 56 Mensaje de error de RAID o oooooococcocccccccccccccccccccconccncnccncncnn cnc anaa nn 59 ME era Pm ma D id o a EIRA e e Po vr g r TP res A O SSe 3 r CATUAPOGASICE Gu a del sistema NextSeq 500 A 5 y Omydey Soluci n de problemas Introducci n 46 Para cuestiones t cnicas visite las p ginas de asistencia de NextSeq 500 en el sitio web de Illumina Las p ginas de asistencia proporcionan acceso a la documentaci n las descargas y las preguntas frecuentes Inicie sesi n en su cuenta de Mylllumina para acceder a los boletines de asistencia Si tiene problemas con la calidad o el rendimiento de los experimentos p ngase en contacto con el servicio de asistencia t cnica de Illumina Consulte Asistencia t cnica en la p gina 79 Le recomendamos compartir un enlace para el resumen del experimento en BaseSpace con el servicio de asistencia t cnica de Illumina para facilitar la soluci n de problemas N de referencia 15046563 Rev ESP Archivos de soluci n de problemas Es posible que el representante del servicio de asistencia t cnica de Illumina le solicite que proporcione copias de archivos espec ficos del experimento o espec ficos de la lectura para solucionar problemas Normalmente se utilizan lo
24. 5 NTOQUCCI N cenar states ir titanes ro 46 Archivos de soluci n de problemas o oooocccccccccccccccccccccccoccnccnccncnncoso 47 A A e uos dA do UUES Sa 49 Soluci n de errores de comprobaci n autom tica oooooococccccccccccccoooo 50 Contenedor de reactivos usados lleno o ooooococcccccccccccccccccccccccccnccoos 52 Flujo de trabajo de la rehibridaci n oooccccccccccccccccccccccnccnccnccnncnncnos 53 F rmulas personalizadas y carpetas de f rmulas o ooooocccccccccccccccccccoo 55 Comprobaci n del sistema oooooooocccccccccccccccccccccncoccnccnccnconcnncnnoo 56 Mensaje de error de RAID 1 oooooocccccccccccccccccccccccncnccncnccncncnncncnc nn 59 Ap ndice A An lisis en tiempo real ouuo 61 quiso e MA 62 Descripci n general de RTA v2 ine aa aa 63 Flujo de trabajo del an lisis en tiempo real ooooooccccccccccccccccccccccccnooo 65 Archivos de resultados de secuenciaci n oooocccccccccccccccccccccnccnccncconons 68 Placas de la celda de flujo o cococcocococcccccccccccococococococoncncncnnono 70 Estructura de carpetas de resultados de secuenciaci n ouuo eo 13 Indice alfab tico ouuo 5 Asistencia t cnica oo 19 Gu a del sistema NextSeq 500 IX N de referencia 15046563 Rev ESP Primeros pasos Componentes del instrumento viii aa a aa a aa aa aDDdo Descripci n general de consumibles de secuenciaci n ococcccccccccccccccccccccccncconocos Puesta en servicio del instrumento o oooococcccccccccccc
25. ACTAAATATTAACG A AACGACGAACTICTGTTAA AA AGCTACCGTGCAACGAAAATAACCTIAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACTICTGTTAACCTIAAGATTACTTIGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAATTGAGACTAAGCTACCGTGCAACGACGAAAAGAATGA GAAAAGAATGATAACAGTAACACACTTCTGTTAACCTTAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAATTGAGACTAAATATTAACGTACCATTAAGAGCTAC PAI TCAATTGAGACTAAATATTAACGTACCATTAAGAGCTACCGTGCAACGACGAAAAGAATGATAACAGTAACACACTICTG1 TACCATTAAGAGCTACCGTGCAACAGTAACACACTTCTGTTAACCTTAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAATTGAGACTAAATATTAACGTACCAT TAAGAGCTACCGTGCAACGACGAAAAGAATGATA TGATAACAGTAACACACTICTGTTAACCTTAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAATTGAGACTAAATATTAACGTACCATTAAGAGCTACCGTCTICTGTTAACCTIAAGATTACTTGATCCACTGATTCAAC SGTACCGTAACGAACGTATCATTAAGATITACTIGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAATTGAGACTAAATATTAACGTACCATTAAGAGCTACCGTGCAACGACGAAAAGAATGATAACAGTAACACACTICTGTTAACCTI ACTTGATCCACTGATTCAACGTTAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAATTGAGCTICTGTTAACCTTAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAATTGAGACTAGCAACGAC GAAAAGAATGATAACAGTAACACACTICTGTTAACCTIAAGATTACTTGATCCACTGATTICAACGTACCGTIAAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAATTGAGACTAAATATIAACGTACCATTAAGAGCTAC TGATAACAGTAACACACTICTGTTAACCTTAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAATTGAGACTAAATATTAACGTACCATTAAGAGCTACCGTCTICTGTTAACCTIAAGATITACTTGATCCACTGATTCAAC CGTACCGTAACGAACGTATCATTAAGATTACTIGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAATTGAGACTAAATATTAACGTACCATTAAGAGCTACCGTG
26. ATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAATTGAGACTAAATATTAACGTACCATTAAGAGCTACCGTCTICTGTITAACCTTAAGATIACTTGATCCACTGATTCAAC A ANTEA TCATTAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAAT TGAGACTAAATATTAACGTACCAT TAAGAGCTACCGTGCAACGACGAAAAGAATGATAACAGTAACACACTICTGTTAACCTT GAAAAGAATGATAACAGTAACACACTICTGTIAACCTTAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAAAG o no TATCAATTGAGACTAAAT ray A a a a AAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAATTGAGACTAAATATTAACGTACCAT TAAGAGCTACCGTGCAACGACGAAAAGAATGAT GATAACAGTAACACACTTCTGTITAACCTIAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAATTGAGACTAAATATTAACGTACCATTAAGAGCTACCGTCTICTGTIAACCTIAAGATTACTT CATECACTGATICAAC CTTGATCCACTGATTCAACGTIAAGATTACTIGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAATTGAGCTICTGTTAACCTTAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAATTGAGACTAGCAACGACC CAATTGAGACTAAATATTAACGTACCATTAAGAGTCTGTIAACCTTAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAATTGAGACTAAATATTAACGTACCATTAAGAGCTACCGTGCAACGAAAAGAATGATAACAGT o co CTTGATCCACTGATTCAACGTTAAGATTACTIGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAATTGAGCTICTGTTAACCTTAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAATTGAGACTAGCAACGACC GAAAAGAATGATAA GTTAACCTTAAGATT TACCG GTA AACGT GACTAAA CGTAC CAGTAACACACTTCT ACTTGATCCACTGATTCAAC TAAAGATTACTTGATCCACTGATTCAAC CGTAACG ATCAATTGA TATTAA TTAAGAGCTAC GATAACAGTAACACACTTC ACTTG ATCCACTGATTCAACGTACCGTATCAATTGAGACTAAATATTAAC TTAAGAGCTACCGTCTICTGTIAACC G TTGATCCACTGAT TCAACGTACCG CTGATTCAACGTACCAAGATTACTTIGATCCACTGATTCAACGTA CGAA TCAATTGAGA
27. C TATTAACGTACCATTAAGAGCTACCGTCTIC C TTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACG CAGTAACACA ACTTGATCCACTGATICAAC CGTAAAGATTACTTGATCCACTGATICAACGT AACGAA TCAATTGAG A CATTAAGAGCTAC GATAACAGTAACACAC GTIAACC GATTACTTGATCCACTGATTCAACG GTAACGAACGTATCAATTGAGACTAAATATT CCATTAAGAGCTACCGTCTICTGTTAACC ACTTGATCCACTGATTCAA AA TACCGT A TT AACGTACC G CCTTAAGATT CCAC CAAC TTGAGACTAAATATTAACGTITGTTAACCTIAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAATTGAGACTAAATATTAACGTACCATTAAGAGCTTCTGTTAACCTIAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTA TATCAATTGAGACTAAATATTAACGTACTTAACCTTAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTCTICTGTIAACCTTAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCG e A TAACGACG AIGACTAAATATTAACGTACCATTAAGAGCTACAACCTTAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAATTGAGACTAAATATTAACGTACCAT TAAGAGCTACCGTGCAACGACGAAAAGAATGATAACAGTAACAC GATAACAGTAACACACTTCTGTTAACCTTAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAA el CTAAATATTAACGTACCATTAAGAGCTACCGTCTICTGTTIAACCTTAAGATTACTTGATCCACTGATTCAAC ACCATTAAGAGCTACCGTGCAACTIAACCTIAAGATTACTITGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAATTGAGACTAAATAT TAACGTACCATTAAGAGCTACCGTGCAACGACGAACTICTGTIAACCTTAAGATTACTTGA GCTACCGTGCAACGAAAATAACCTIAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACTTCTGTTAACCTIAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAATTGAGACTAAGCTACCGTGCAACGACGAAAAGAATGA GAAAAGAATGATAACAGTAACACACTICTGTTAACCTTAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAAAGATTACTTGATCCACTGATTICAACGTACCGTAACGAACGTATCAATTGAGACTAAATATTAACGTACCATTAAGAGCTAC GATAACAGTAACACACTTCTGTTAACCTTAAG A a a T CCGTAACGAA
28. CAACGACGAAAAGAATGATAACAGTAACACACTICTGTIAACCTI GAAAAGAATGATAA TAACA TICTGTITAACCTTAAGATTACTT A CGTACCGTAA ACTAAATATTAACGTACC CAG CACTTC CTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAAAGAT TACTTGATCCACTGATTCAA CGTAACGAACGTATCAA GACT ATTAACGTACCATTAAGAGCTAC TACCATTAAGAGCTACCGTGCAACAGTAACACACTTC CTTGAT CTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTAT GA TATTAACGTACCATTAAGAGCTACCGTGC G CAG ACA ACTTGATCCACTGATTCAACGT GTAACGAACGTATCAATTGA TATTAACGTA AAGAGCTACCGTCTICT ACTTGATCCACTGATT ACTTGATCCACTGATT CGTT ACTTGATCCACTGATTCAACG GTAACGAACGTATCAATTGAGCT IC C ACTTGAT TGATTCAACGTA AACGAACGTATCAATTGAGACTAGCAACGAC TATTAACGTACCATTAAG ACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAATT A TTAAGAGCTACCGT AGT DG CGAACGTATCATTAAGATTACTIGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAATTIGAGA TATTAACGTACCATTAAGAGCTACCGTG CAGT ACTT ACTTGATCCACTGATTCAAC ACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAATTGAGCTICTGTTAACC A GATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAATTGAGACTAGCAACGAC CAGTAACACACTTCTGTTAACC ACTTGATCCACTGATICAAC TAAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAATTGAGA ATTAACGTACCATTAAGAGCTAC GAAAAGAATGATAA TTAAGATT A GTACCG CGTACCGTAA CTAAATATTAACGTACCA TGATAACAGTAACACACTTCTGTIAACCTTAAGATTACTTGTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTATCAATTGAGACTAAATAT TAACGIACCATTAAGAGCTACCGTCTICTGTIAACCTITAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCG CACTGATTCAACGTACCAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAATTGAGACTAAATATTAACGTACCATTAAGAGCTACCGTCTICTGTTAACCTTAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGS GAAAAGAATGATAACAGTAACACACTTCTGTTAACCTTAAGATTACTTGATCCACTGATTCAA
29. CGTACCGTAAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAATTGAGACTAAATATTAACGTACCAT TAAGAGCTAC o TETTA ET nad ea ds AN E TTACTTGATCCACTGATTCAAC TTGAGACTAAATATTAACGTTGTTAACCTIAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAATTGAGACTAAATATTAACGTACCATTAAGAGCTTCTGTTAACCTTAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGT TATCAATIGA GACTA TAAATATTAACGTACTTAACCTTAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTCTICTGTIAACCTTAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCG ep TAACGACG AGACTAAATATTAACGTACCATTAAGAGCTACAACCTTAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAATTGAGACTAAATATTAACGTACCAT TAAGAGCTACCGTGCAACGACGAAAAGAATGATAACAGTAACAC TGATAACAGTAACACACTTCTGTTAACCTTAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAATTGAGACTAAATATTAACGTACCATTAAGAGCTACCGTCTICTGTIAACCTIAAGATTACTTGATCCACTGATTCAAC TACCATTAAGAGCTACCGTGCAACTIAACCTIAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAATTGAGAC TAAATATTAACGIACCAT TAAGAGC TACCGTGCAACGACGAACTICTGTIAACCTIAA AA TTACTTGA AGCTACCGTGCAACGAAAATAACCTIAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACTICTGTTAACCTIAAGATTACTIGATCCACY G GAAAAGAATGATAACAGTAACACACTTCTGTTAACCTTAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAAAGATTACTIGATO ATTAAGAGCTAC TGATAACAGTAACACACTTCTGTTAACCTTAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAATTGAGACTA ACACACTTCTG TACCATTAAGAGCTACCGTGCAACAGTAACACACTTCTGTTAACCTTAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGA AATG TGATAACAG ACAC TTAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAATTGAGACTA ACTGATTCAAC CGTACCGTAACGAACGTATCATTAAGATTACTIGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAATTGA ATTAZ TTAAC AC
30. CGTATCAATTGAGAC A PE AA a CGACGAAAAGAATGA o a ACCATTAAGAGCTACCGTGCAACAGTAACACACTTCTGTTAACCTTAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAATTGAGACTAAATATTAACGTACCATTAAGAGCTACCGTGCAACGACGAAAAGAATGAT GATAACAGTAACACACTICTO TACO HAGA TACT TGAT CCA TGATTCAACCTACCGTAACGAACOTATCAA Y GAGACTAAATA TBACOTACCALTAAGAGCTACOSTCTIGTOTTAACCTIRAGAT TAC HGAJOCACTGALICAA GTACCGTAACGAACGTATCATTAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAATTGAGACTAAATATTAACGTACCATTAAGAGCTACCGTGCAACGACGAAAAGAATGATAACAGTAACACACTICTGTTAACCTT CTTGATCCACTGATTCAACGTTAAGATTACTIGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAATTGAGCTICTGTTAACCTTAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAATTGAGACTAGCAACGACC GAAAAGAATGATAACAGTAACACACTTCTGTTAACCTTAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAATTGAGACTAAATATTAACGTACCATTAAGAGCTAC Illumina 5200 lllumina Way San Diego California 92122 EE UU 1 800 809 ILMN 4566 1 858 202 4566 fuera de Norteam rica techsupport ilumina com www illumina com
31. Cl al 5 24 ul Agua de laboratorio 976 ul Invierta el tubo para realizar la mezcla A ada 1 ml de NaOCI al 0 12 al cartucho de lavado de reactivos El dep sito correcto es equivalente a la posici n n 28 en el cartucho precargado Figura 25 Carga de NaOCl Combine los siguientes vol menes para que d como resultado una soluci n de lavado Tween 20 al 0 05 Tween 20 al 100 o 62 ul Agua de laboratorio 125 ml A ada 125 ml de soluci n de lavado en el dep sito central del cartucho de lavado de tampones Seleccione Perform Wash Realizar lavado y a continuaci n seleccione Manual Post Run Wash Lavado manual posterior al experimento Preparaci n para un lavado r pido 40 Consumibles proporcionados por Volumen y descripci n el usuario e Tween 20 al 100 o Se utiliza para realizar una soluci n de lavado Tween 20 de e Agua de laboratorio 40 ml al 0 05 Se carga en el cartucho de lavado de tampones dep sito central Combine los siguientes vol menes para que d como resultado una soluci n de lavado Tween 20 al 0 05 Tween 20 al 100 20 ul Agua de laboratorio 40 ml A ada 40 ml de soluci n de lavado al dep sito central del cartucho de lavado de tampones Seleccione Perform Wash Selecci n de lavado y a continuaci n seleccione Quick Wash Lavado r pido N de referencia 15046563 Rev ESP Carga de una celda de flujo usada y de los cartuchos de lavado 1 Sino hay ningun
32. Kit v2 Para obtener m s informaci n consulte Gu a de cebadores personalizados de NextSeg n de referencia 15057456 Actualizaci n de las instrucciones de preparaci n de reactivos para su uso con el NextSeq 500 Kit v2 Eliminaci n de los pasos manuales para la carga de hipoclorito de sodio y de cebadores de doble ndice en el cartucho de reactivo Estos reactivos vienen precargados en el cartucho de reactivo v2 Si desea obtener m s informaci n consulte Gu a de referencia del NextSeg 500 550 Kit v2 n de referencia 15058065 Incorporaci n de la secci n de consumibles para secuenciaci n que enumera las versiones de kit las versiones de NCS compatibles y el nombre y n mero de referencia de la gu a de referencia del kit correspondiente Actualizaci n de consumibles proporcionados por el usuario para especificar los usos del NaOCl para las opciones de lavado manual introducidas en el NCS v1 4 Correcci n de los requisitos de los grupos que superan el filtro a no m s de una llamada de bases por debajo de la castidad en los primeros 25 ciclos Incorporaci n de volumen de 120 ml de agua de laboratorio a las instrucciones de comprobaci n del sistema N de referencia 15046563 Rev ESP N de Revisi n Fecha referencia 15046563 ESP F Septiembre de 2014 15046563 E Agosto de 2014 15046563 D Junio de 2014 Gu a del sistema NextSeq 500 Descripci n del cambio Correcci n de las descripciones de las fun
33. TTAAGAGCTACCGTCTICTGTTAACCTTAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGI GAAAAGAATGATAACAGTAACACACTICTGTTAACCTTAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAATTGAGACTAAATATTAACGTACCAT TAAGAGCTAC e a Na e ILUSTRA USE IRA AE EAU e a A asr e AAA A A aA a S TAE RRA A a E S EU AT AAGATTACTTGATCCACTGATTCAACI TTGAGACTAAATATTAACGTTGTTAACCTITAAGATTACTTGATOCACTGATTCOAACGTACCGTAACGAACGTATCOAATTGAGACTAAATAT TAACGTACCATTAAGAGCTTCOTGTTAACCTITAAGATTACTTGATCOCACTGATTCAACGTACOGITZ TATGAR TGAGACTARATA IMACOTACTIAACETIAAGATTACT GATO CACTGAT TCAAGGTACCOTAACGAACGTG TCT TRACO TIAAGA T TAC GATOCACTOA TORACOTACOG TACGAACOTATCAATTGAGAC TAACGACO AGACTAAATATTAACGTACCATTAAGAGCTACAACCTTAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAATTGAGACTAAATATTAACGTACCATTAAGAGCTACCGTGCAACGACGAAAAGAATGATAACAGTAACAC GATAACAGTAACACACTTCTGTTAACCTTAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAATTGAGACTAAATATTAACGTACCATTAAGAGCTACCGTCTICT A S a aa ACCATTAAGAGCTACCGTGCAACTIAACCTIAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAATTGAGACTAAATATTAACGTACCATTAAGAGCTACCGTGCAACGACGAACTICTGTIAACCTTAAGATTACTIGA GCTACCGTGCAACGAAAATAACCTIAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACTITCTGTTAACCTIAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAATTGAGACTAAGCTACCGTGCAACGACGAAAAGAATGA GAAAAGAATGATAACAGTAACACACTTICTGTTAACCTTAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAATTGAGACTAAATATTAACGTACCATTAAGAGCTAC o ra rana AO AA AO Ad GAAAAGAAT TTAAC G GATAACAGTAACACACTICTGTTAACCTTAAG
34. TTGATCCACTGATTCAACGTTAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAATTGAGCTICTGTTAAG NextSeg 500 BTAGCAACGAC GAAAAGAATGATAACAGTAACACACTTCTGTTAACCTIAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAAAGATTACTTIGATO ATTAAGAGCTAC Para uso exclusivo en investigaci n Prohibido su uso en procedimientos de diagn stico PROPIEDAD DE ILLUMINA N de referencia 15046563 Rev ESP Mayo de 2015 N de cat logo SY 415 9001DOG Personalice una gu a de flujo de trabajo integral con la herramienta de selecci n de protocolos personalizados support illumina com custom protocol selector htmi Este documento y su contenido son propiedad de Illumina Inc y sus afiliados Illumina y est n previstos solamente para el uso contractual de sus clientes en conexi n con el uso de los productos descritos en l y no para ning n otro fin Este documento y su contenido no se utilizar n ni distribuir n con ning n otro fin ni tampoco se comunicar n divulgar n ni reproducir n en ninguna otra forma sin el consentimiento previo por escrito de Illumina Illumina no transfiere mediante este documento ninguna licencia bajo sus derechos de patente marca comercial copyright ni derechos de autor ni similares derechos de terceros Para garantizar el uso correcto y seguro de los productos aqu descritos el personal cualificado y adecuadamente capacitado debe seguir sus instrucciones de manera rigurosa y expresa Se debe leer y entender completamente todo el contenido de e
35. a sr s Gu a del sistema NextSeq 500 2 7 Z omydey Secuenciaci n Introducci n Para ejecutar un experimento de secuenciaci n en el NextSeq 500 prepare un cartucho de reactivo y una celda de flujo y a continuaci n siga los mensajes del software para configurar e iniciar el experimento La generaci n de grupos y la secuenciaci n se realizan en el instrumento Tras el experimento se inicia un lavado del instrumento de forma autom tica mediante el uso de los componentes cargados en el instrumento Generaci n de grupos Durante la generaci n de grupos las mol culas individuales de ADN se unen a la superficie de la celda de flujo y a continuaci n se amplifican para formar grupos Secuenciaci n An lisis Ed Las im genes de los grupos se obtienen mediante el uso de qu mica de secuenciaci n de dos canales y combinaciones de filtro espec ficas para cada uno de los terminadores de cadena marcados con fluorescencia Tras finalizar la adquisici n de im genes de una placa en la celda de flujo se procede a la adquisici n de im genes de la placa siguiente El proceso se repite para cada ciclo de secuenciaci n Despu s del an lisis de im genes el software ejecuta las llamadas de bases el filtrado y la puntuaci n de calidad Supervise el progreso y las estad sticas del experimento desde la interfaz del software de control en la ficha Run Experimento de BaseSpace o en un ordenador conectado a la red me
36. a que est listo para configurar el experimento de rehibridaci n 4 NOTA Puede almacenar la celda de flujo hasta siete d as a una temperatura de entre 2 y 8 Cen el estuche protector de pl stico sin el paquete desecante Para obtener los mejores resultados rehibride la celda de flujo guardada en tres d as Realizaci n de un lavado manual 1 En la pantalla Home Inicio seleccione Perform Wash Realizar lavado 2 En la pantalla Wash Selection Selecci n de lavado seleccione Manual Post Run Wash Lavado manual posterior al experimento Consulte Realizaci n de un lavado manual en la p gina 39 E NOTA Si no ha extra do el cartucho de reactivo y el cartucho de tampones del experimento detenido puede utilizarlos para el lavado manual De lo contrario realice el lavado manual con el cartucho de lavado de reactivo y el cartucho de lavado de tampones Soluci n de problemas Configuraci n de un experimento nuevo en la ficha BaseSpace Prep Si el instrumento est configurado para BaseSpace o BaseSpace Onsite configure un experimento nuevo en la ficha Prep Preparaci n con los mismos par metros que el experimento original y SUGERENCIA Haga clic en la ficha Pools Grupos seleccione el ID de grupo adecuado para conservar los par metros del experimento anterior y a continuaci n asigne un nombre nico al experimento nuevo Configuraci n de un experimento en el instrumento 1 Prepare un cartucho de reactivo nuev
37. a boJ1d ap uorsinladns Secuenciaci n avado autom tico posterior al experimento Cuando el experimento de secuenciaci n haya terminado el software inicia un lavado autom tico posterior al experimento con una soluci n de lavado suministrada en el cartucho de tampones e NaOCI suministrado en el cartucho de reactivo El lavado autom tico posterior al experimento dura aproximadamente 90 minutos Al finalizar el lavado el bot n Home Inicio se activa Los resultados de secuenciaci n permanecen visibles en la pantalla durante el lavado y NOTA El lavado autom tico posterior al experimento bombea soluci n de lavado a trav s del sistema desde el cartucho de tampones a los dep sitos de lavado reservados en el cartucho de reactivos y a continuaci n al contenedor de reactivos usados Despu s del lavado 30 Despu s del lavado los dispensadores permanecen en la posici n bajada para evitar que entre aire en el sistema Deje los cartuchos en su sitio hasta el siguiente experimento N de referencia 15046563 Rev ESP Mantenimiento Introducci n dido 38 Realizaci n de un lavado Manual voo aa aa cnn 39 Actualizaciones de software vii rra 42 Apagado del Instrumento coio aa dado 44 PE pe a o AS t Nea e e il as E st CONS a sn A t f so Gu a del sistema NextSeq 500 3 E onydey Mantenimiento Introducci n 3O Los procedimientos de mantenimiento incluyen lavad
38. a celda de flujo usada cargue una Seleccione Load Cargar y a continuaci n seleccione Next Siguiente 2 Extraiga el contenedor de reactivos usados y deseche el contenido de conformidad con las normas aplicables 4 ADVERTENCIA y Este grupo de reactivos contiene formamida una amida alif tica que es una toxina que puede alterar la capacidad reproductora Evite su inhalaci n ingesti n y el contacto con la piel o los ojos puesto que puede provocar lesiones Utilice equipos de protecci n entre ellos gafas de protecci n guantes y bata de laboratorio Manipule los reactivos usados como residuos qu micos y des chelos de conformidad con las normas de seguridad gubernamentales de su regi n Si desea obtener informaci n de seguridad salud y medio ambiente consulte la hoja de datos de seguridad de este kit en support illumina com sds html 3 Deslice el contenedor de reactivos usados vac o dentro del compartimento de tampones hasta que se detenga 4 Extraiga el cartucho de tampones usados del experimento anterior si todav a no lo ha hecho 5 Cargue el cartucho de lavado de tampones que contiene la soluci n de lavado 6 Extraiga el cartucho de reactivos usados del experimento anterior si todav a no lo ha hecho 7 Cargue el cartucho de lavado de reactivos 8 Seleccione Next Siguiente La comprobaci n de prelavado comienza de forma autom tica Inicio del lavado 1 Seleccione Start Iniciar 2 Una vez finalice
39. a del usuario del visor del an lisis de secuenciaci n n de referencia 150206109 El SAV se incluye en el paquete de software del sistema NextSeq instalado en el ordenador del instrumento Tambi n puede instalar el SAV en otro ordenador conectado a la misma red que el instrumento para supervisar de manera remota los criterios de medici n del experimento Duraci n del experimento de secuenciaci n La duraci n del experimento de secuenciaci n depende del n mero de ciclos realizados La longitud m xima del experimento es la de un experimento paired end de 150 ciclos en cada lectura 2 x 150 m s hasta ocho ciclos por cada uno para dos lecturas de ndice Para obtener m s informaci n sobre las duraciones previstas y otras especificaciones del sistema visite la p gina de especificaciones de NextSeq 500 en el sitio web de Illumina Gu a del sistema NextSeq 500 7 DaASIXAN 9P SIBEMIJOS Primeros pasos N mero de ciclos de una lectura 18 En un experimento de secuenciaci n el n mero de ciclos realizados en una lectura es un ciclo m s que el n mero de ciclos analizados Por ejemplo un experimento paired end de 150 ciclos realiza dos lecturas de 151 ciclos 2 x 151 para un total de 302 ciclos Al final del experimento se habr n analizado 2 x 150 ciclos El ciclo adicional es necesario para los c lculos de hebra retrasada y hebra adelantada N de referencia 15046563 Rev ESP Consumibles y equipos propo
40. a una red con acceso a Internet para que se active la opci n Live Help Share Your Desktop 1 6 En la pantalla Manage Instrument Administrar instrumento seleccione Shutdown Options Opciones de apagado En la pantalla Shutdown Options Opciones de apagado seleccione Exit to Windows Salir a Windows Abra un navegador y vaya a support illumina com share_desktop html El cuadro de di logo de Share Your Desktop Compartir escritorio se abre P ngase en contacto con el servicio de asistencia t cnica de Illumina para obtener un c digo de acceso nico Introduzca su c digo de acceso nico en el campo Access Code C digo de acceso Figura 26 Campo de c digo de acceso de Share Your Desktop Compartir escritorio Share Your Desktop Please fill out the fields below Name Company Type the code you received from your Representative and click Continue to proceed 3 continue Haga clic en Continue Continuar Se inicia la sesi n de uso compartido de la pantalla 7 Para finalizar la sesi n de uso compartido de la pantalla seleccione Home Inicio Gu a del sistema NextSeq 500 A O Soluci n de problemas Soluci n de errores de comprobaci n autom tica 90 Si se producen errores durante la comprobaci n autom tica utilice las siguientes medidas recomendadas para resolver el error Si falla una comprobaci n previa al experimento la identificaci n de radiofrecuencia REID por sus siglas
41. a y a continuaci n la imagen de la superficie inferior de la misma placa antes de avanzar a la placa siguiente Un sector es una columna de placas en un carril El instrumento utiliza seis c maras para la adquisici n de im genes de la celda de flujo en tres segmentos por carril Una placa es el rea de la celda de flujo que la c mara ve como una imagen El n mero total de placas equivale a carriles x superficies x sectores x segmentos de c mara x placas por sector por segmento Las im genes de los carriles 1 y 3 conocidos como par de carriles A se adquieren al mismo tiempo Las im genes de los carriles 2 y 4 conocidos como par de carriles B se adquieren tras la adquisici n de las im genes del par de carriles A O N de referencia 15046563 Rev ESP Figura 30 Numeraci n de carriles A AA LA Wo A a B Par de carriles B carriles 2 y 4 Numeraci n de sectores Las im genes de cada carril se adquieren en tres sectores Los sectores est n numerados del 1 al 3 para las celdas de flujo de rendimiento elevado Figura 31 Numeraci n de sectores Numeraci n de c maras El NextSeq 500 utiliza seis c maras para la adquisici n de im genes de la celda de flujo Las c maras est n numeradas del 1 al 6 Las c maras del 1 al 3 realizan la adquisici n de im genes del carril 1 Las c maras del 4 al 6 realizan la adquisici n de im genes del carril 3 Tra
42. ada y hebra adelantada en las lecturas de ndice e Incorporaci n de la descripci n de los archivos de registro a la lista de archivos utilizada para solucionar problemas e Incorporaci n de instrucciones para el vaciado de un contenedor lleno de reactivos usados durante un experimento e Incorporaci n de la descripci n de las carpetas de f rmulas incluida la ubicaci n de las f rmulas personalizadas e Incorporaci n de la descripci n de comprobaciones t rmicas de ventiladores y sondas t rmicas N de referencia 15046563 Rev ESP N 2 de referencia 15046563 ESP 15046563 Revisi n B Gu a del sistema NextSeq 500 Fecha Febrero de 2014 Enero de 2014 Descripci n del cambio Actualizaci n de las descripciones del software de acuerdo con el software de control NextSeq v1 1 e Incorporaci n de la funci n de b squeda en la pantalla Run Setup Configuraci n del experimento para el filtrado de la lista de experimentos disponibles e Incorporaci n de NextSeq High Alto o NextSeq Mid Medio en las f rmulas disponibles en funci n del tipo de celda de flujo e Indicaci n de que las actualizaciones de software incluyen el acuerdo de licencia las notas de la versi n y la lista de actualizaciones de software e Incorporaci n de la descripci n del mensaje de error de RAID e Indicaci n de que el bot n Exit Salir cierra NSS y reinicia NCS de forma autom tica al final de una c
43. alor de las intensidades de grupos del percentil 90 para cada placa Los colores del diagrama indican cada base Rojo es A verde es C azul es G y negro es T Los colores coinciden con los indicadores de las bases utilizados en Sequencing Analysis Software SAV Cluster Density K mm Densidad de grupos K mm Muestra el n mero de grupos detectados para el experimento Clusters Passing Filter Grupos que superan el filtro Muestra el porcentaje de grupos que superan el filtro Consulte Grupos que superan el filtro en la p gina 64 Estimated Yield Gb Rendimiento estimado Gb Muestra el n mero proyectado de bases para el experimento Flow cell image Imagen de la celda de flujo Muestra el par de carriles para el que se est n adquiriendo las im genes mientras que el otro par de carriles se encuentra en el paso de la qu mica Tras seleccionar Home Inicio no es posible volver a ver los criterios de medici n del experimento No obstante puede acceder a los criterios de medici n del experimento en BaseSpace o desde un ordenador independiente mediante el uso del visor del an lisis de secuenciaci n SAV Ciclos de criterios de medici n del experimento Los criterios de medici n del experimento aparecen en distintos puntos de un experimento 34 Durante los pasos de generaci n de grupos no se mostrar n los criterios de medici n Los primeros cinco ciclos se reservan para la generaci n de plantillas Los cr
44. aparecen los criterios de medici n de densidad de grupos es decir el ciclo 25 Correcci n de las posiciones del cartucho de reactivo para cebadores personalizados como posici n n 7 Lectura 1 n 8 Lectura 2 y n 9 Indice 1 Incorporaci n de una nota sobre los da os que se pueden producir al cambiar la posici n del instrumento tras la instalaci n P ngase siempre en contacto con su representante de Illumina antes de cambiar la posici n del instrumento Modificaci n de la URL de las hojas de datos de seguridad SDS a support illumina com sds ilmn S9UOISIAS AP 81101SIH N 2 de referencia 15046563 ESP Revisi n C Fecha Abril de 2014 Descripci n del cambio Actualizaci n de las descripciones del software de acuerdo con el software de control de NextSeq v1 2 y RTA v2 1 e Incorporaci n del nombre de f rmula NextSeq Mid Medio para el uso con el kit NextSeq 500 de rendimiento medio e Eliminaci n de las instrucciones para a adir NaOCl al cartucho de lavado de tampones para un lavado manual e Correcci n del volumen NaOCl a 3 ml para la posici n n 28 del cartucho de reactivo que se requiere para el lavado autom tico posterior al experimento e Indicaci n de que los nombres de experimentos largos aparecen en un campo con barra de desplazamiento de la pantalla Run Setup Configuraci n del experimento e Indicaci n de que RTA v2 no aplica las correcciones de hebra retras
45. ara resolver el problema en su caso Seleccione Acknowledge Aceptar para aceptar el mensaje y Close Cerrar para cerrar el cuadro de di logo 7 2 N de referencia 15046563 Rev ESP Administraci n del instrumento La pantalla Manage Instrument Administrar instrumento contiene los par metros de configuraci n y los controles del instrumento Figura 10 Pantalla de administraci n del instrumento Opci n System Configuration Configuraci n del sistema System Customization Personalizaci n del sistema Software Update Actualizaci n del software System Check Comprobaci n del sistema Shutdown Options Opciones de apagado Unload Consumables Descargar consumibles About Acerca de Gu a del sistema NextSeq 500 Volumen y descripci n Permite modificar los par metros de configuraci n del sistema como el nombre de la m quina el dominio y la conectividad Consulte Par metros de configuraci n del sistema en la p gina 14 Proporciona par metros de software opcionales relacionados con el dise o el sonido y el nombre del instrumento Consulte Personalizaci n del sistema en la p gina 16 Proporciona opciones para actualizar el software del instrumento Consulte Actualizaciones de software en la p gina 42 Permite solucionar problemas con el fin de comprobar el estado operativo de los componentes del instrumento Consulte Comprobaci n del sistema en la p gina 56 Permi
46. as importantes en materia de arquitectura y funciones Para obtener m s informaci n consulte An lisis en tiempo real en la p gina 61 Integraci n de BaseSpace El flujo de trabajo de secuenciaci n est integrado en BaseSpace el entorno inform tico de gen mica del Illumina para colaboraci n almacenamiento y an lisis de datos Para los instrumentos configurados para BaseSpace la informaci n de las bibliotecas y los par metros del experimento se especifican en la ficha BaseSpace Prep Preparaci n de BaseSpace Los experimentos configurados en BaseSpace aparecen en la interfaz del instrumento durante la configuraci n del experimento En el curso del experimento los archivos de resultados se env an a BaseSpace o BaseSpace Onsite en tiempo real Consideraciones de seguridad Consulte Gu a de cumplimiento y seguridad del sistema NextSeg n de referencia 15046564 ESP para obtener informaci n importante acerca de las consideraciones de seguridad P N de referencia 15046563 Rev ESP Recursos adicionales La documentaci n siguiente est disponible para su descarga del sitio web de Illumina Recurso Gu a de preparaci n del centro para el sistema NextSeq n de referencia 15045113_ESP Gu a de cumplimiento y seguridad del sistema NextSeg n de referencia 15046564_ESP Gu a del usuario del lector de RFID n de modelo TR 001 44 n de referencia 15041950_ESP Desnaturalizaci n y diluci n de las
47. cccccoccnccnccnccnconcnccnccncnncnncnes Software del NextSeq uo ideessssscosul cios pen jtrid ose replicas ir ocdeneos Consumibles y equipos proporcionados por el usuario oooooccccccccccccccccccccnccnnoo e n o e K gt a A en RA P g a eo p arar A nn AN TEA gt A a RR ES AT E A EPT E i N o A E s sT Anau mn gt e 15 y er v BEYT a Sasae o a A aii h Ena 7 y ti sf e en y rn i p A ra eA e AA esci seattA ar o ALLIT ULA gt ar ni men n pEr quer pa AOS pe puro Gu a del sistema NextSeq 500 1 L ONALD Introducci n El sistema NextSeg 500 de lllumina combina la potencia de la secuenciaci n de alto rendimiento con la simplicidad de un secuenciador de escritorio Caracter sticas de la Secuenciaci n de alto rendimiento El NextSeq 500 permite realizar secuenciaciones de exomas genomas completos y transcriptomas y admite bibliotecas TruSeg y Nextera Primeros pasos Tipos de celda de flujo Las celdas de flujo est n disponibles en configuraciones de rendimiento elevado y medio Cada tipo de celda de flujo se suministra en un kit con un cartucho de reactivo precargado compatible An lisis en tiempo real RTA por sus siglas en ingl s El software de an lisis integrado realiza un an lisis de datos integrado en el instrumento que incluye an lisis de im genes y llamada de bases El NextSeq utiliza una nueva implementaci n de RTA llamada RTA v2 que incluye diferenci
48. chivo la placa se representa con un n mero de cinco d gitos que indica la superficie el sector la c mara y la placa Si desea obtener m s informaci n consulte Numeraci n de placas en la p gina 72 y Asignaci n de nombre a im genes en mintatura en la p gina 72 69 p SOPB NSaJ ap SOMUYIAY 4 uO De1nuanoeas a An lisis en tiempo real Placas de la celda de flujo Las placas son peque as reas de adquisici n de im genes en la celda de flujo definidas como el campo de visi n por la c mara El n mero total de placas depende del n mero de im genes de carriles sectores y superficies adquiridas en la celda de flujo y del funcionamiento conjunto de las c maras para la obtenci n de las im genes Las celdas de flujo de rendimiento elevado tienen un total de 864 placas Las celdas de flujo de rendimiento medio tienen un total de 288 placas Tabla 2 Placas de la celda de flujo Componente de la celda de flujo Carriles Superficies Sectores por carril Segmentos de c mara Placas por sector por segmento de c mara Total de im genes de placas Numeraci n de carriles Rendimiento elevado 4 12 864 Rendimiento medio 4 12 288 Descripci n Un carril es un canal f sico con puertos de entrada y salida especializados La imagen de la celda de flujo se adquiere en dos superficies la superior y la inferior Primero se adquiere la imagen de la superficie superior de una plac
49. ci n seleccione el icono e La comprobaci n reanuda la primera comprobaci n incompleta o con error Para ver los resultados de cada comprobaci n dentro de una categor a seleccione el icono o para ampliar la categor a Inicio del experimento Una vez finalizada la comprobaci n autom tica seleccione Start Iniciar Empieza el experimento de secuenciaci n Para configurar el sistema para que inicie el experimento autom ticamente despu s de una comprobaci n satisfactoria consulte Personalizaci n del experimento en la p gina 16 Gu a del sistema NextSeq 500 3 3 p ojuauwiledxe un ap uol9eInbIJuO 4 UO De1Quanoas a Secuenciaci n Supervisi n del progreso del experimento Supervise el progreso del experimento las intensidades y las puntuaciones de calidad mientras los criterios de medici n aparecen en la pantalla Figura 23 Progreso y criterios de medici n del experimento de secuenciaci n Cluster Density Cuaters Passirg Filter Run progress Progreso del experimento Muestra el paso actual y el n mero de ciclos completados para cada lectura La barra de progreso no es proporcional a la velocidad del experimento de cada paso Utilice el tiempo restante de la esquina superior derecha para determinar la duraci n real Q Score Puntuaci n Q Muestra la distribuci n de las puntuaciones de calidad puntuaciones Q Consulte Puntuaci n de calidad en la p gina 67 Intensity Intensidad Muestra el v
50. ciones del software de control de NextSeq v1 3 Modificaci n de la URL de las hojas de datos de seguridad SDS a support illumina com sds html Cambio de las marcas de producto de NextSeq de a O Actualizaci n de las descripciones del software de acuerdo con el software de control de NextSeq v1 3 e Actualizaci n de las descripciones de los comandos System Customization Personalizaci n del sistema y Software Updates Actualizaciones de software en la pantalla Manage Instrument Administrar instrumento Actualizaci n de la descripci n de la pantalla Pre Run Check Comprobaci n previa al experimento que agrupa los elementos de comprobaci n en cuatro categor as ampliables Actualizaci n de las instrucciones de Live Help para acceder a Live Help mediante la URL El icono de la pantalla Home Inicio no est disponible en el NCS vla Incorporaci n del procedimiento de rehibridaci n integrado en el instrumento para rehibridar el cebador de Lectura 1 La opci n de rehibridar una celda de flujo es compatible con el NCS v1 3 o posterior y requiere un cartucho de reactivo nuevo y un cartucho de tampones nuevo Incorporaci n de Gu a de cebadores personalizados de NextSeg n de referencia 15057456 a la lista de recursos adicionales Incorporaci n de instrucciones para cargar BP13 en la posici n n 18 del cartucho de reactivo al realizar experimentos de doble ndice Correcci n del ciclo en el que
51. diante el uso del software del visor del an lisis de secuenciaci n SAV Consulte Visor del an lisis de secuenciaci n en la p gina 17 A medida que el experimento avanza el software de control transfiere de forma autom tica archivos de llamadas de bases BCL a BaseSpace o a la ubicaci n de salida especificada para el an lisis secundario En funci n de la aplicaci n hay varios m todos de an lisis disponibles Si desea obtener m s informaci n consulte Ayuda de BaseSpace help basespace illumina com N de referencia 15046563 Rev ESP Flujo de trabajo de secuenciaci n Para las configuraciones que utilizan BaseSpace o BaseSpace Onsite de Illumina Configure el experimento en la ficha BaseSpace Prep Preparaci n de BaseSpace Consulte la Ayuda de BaseSpace help basespace illumina com Prepare un cartucho de reactivo nuevo descong lelo e inspecci nelo Prepare una celda de flujo nueva deje que alcance la temperatura ambiente desenvu lvala e inspecci nela Desnaturalice y diluya bibliotecas no se aplica a todos los tipos de bibliotecas Consulte Desnaturalizaci n y diluci n de las bibliotecas para el sistema NextSeg n de referencia 15048776 Cargue la diluci n de bibliotecas en el cartucho de reactivo del dep sito n 10 En la interfaz de software seleccione Sequence Secuenciar para iniciar los pasos de configuraci n del experimento Cargue la celda de flujo Vacie y vuelva a cargar e
52. dit Editar en la pantalla Run Setup Configuraci n del experimento Cuando termine seleccione Save Guardar Opciones de apagado Las opciones de apagado no son necesarias para el funcionamiento normal Opci n Descripci n Shut Down Apaga el software y la alimentaci n del instrumento Consulte Apagar Apagado del instrumento en la p gina 44 Restart Reiniciar Reinicia Windows y el software de control y a continuaci n inicia el instrumento Este comando se utiliza generalmente durante una sesi n de soluci n de problemas o cuando lo indica un representante del servicio de asistencia t cnica de Illumina Exit to Windows Cierra el software de control y accede directamente al sistema Salir a Windows operativo El comando Exit to Windows Salir a Windows sirve para realizar tareas administrativas El funcionamiento normal se realiza desde la interfaz del software en el modo de pantalla completa Visor del an lisis de secuenciaci n El software del visor del an lisis de secuenciaci n SAV muestra los criterios de medici n de la secuenciaci n generados durante el experimento Estos datos aparecen en forma de diagramas gr ficos y tablas seg n los datos generados por RTA y escritos en los archivos InterOp Los datos se actualizan conforme avanza el experimento Seleccione Refresh Actualizar en cualquier momento durante el experimento para ver los datos actualizados Si desea obtener m s informaci n consulte la Gu
53. e la pantalla Home Inicio Si el sistema se ha configurado para que solicite las credenciales de inicio de sesi n inicie sesi n con el nombre de usuario y contrase a predeterminados Nombre de usuario sbsuser Contrase a sbs123 En caso contrario inicie sesi n con las credenciales especificadas para su centro Bot n de encendido El bot n de encendido que se encuentra en la parte delantera del NextSeq enciende la alimentaci n del instrumento y de su ordenador El bot n de encendido lleva a cabo las siguientes acciones en funci n del estado de la alimentaci n del instrumento Gu a del sistema NextSeq 500 O 0 U3un4 sul OP OIDIS ua e SaNdl Primeros pasos 10 Estado de alimentaci n El instrumento est apagado El instrumento est encendido El instrumento est encendido 4 NOTA Acci n Pulse brevemente el bot n para encender la alimentaci n Pulse brevemente el bot n para apagar la alimentaci n Aparece un cuadro de di logo en la pantalla para confirmar un apagado normal del instrumento Mantenga pulsado el bot n de encendido durante 10 segundos para provocar un apagado forzado del instrumento y su ordenador Utilice este m todo para apagar el instrumento solo si no responde El apagado del instrumento durante un experimento de secuenciaci n finaliza el experimento de forma inmediata La finalizaci n de un experimento es definitiva Los consumibles del experimento no se pueden reut
54. e las placas contenidas en la memoria del sistema local Run Info xml que se genera de forma autom tica al comienzo del experimento y proporciona el nombre del experimento el n mero de ciclos el dato de si se ha indexado una lectura y el n mero de placas en la celda de flujo RTA exe config que es un archivo de configuraci n de software en formato XML RTA v2 recibe comandos del software de control acerca de la ubicaci n de RunInfo xml y acerca de si se ha especificado una carpeta de resultados opcional Archivos de resultados de RIA v2 Las im genes de cada canal se transfieren en memoria como placas Las placas son peque as reas de adquisici n de im genes en la celda de flujo definidas como el campo de visi n por la c mara A partir de estas im genes el software produce un resultado en forma de conjunto de archivos de filtro y archivos de llamadas de bases clasificadas por calidad Todos los dem s archivos admiten archivos de resultados Tipo de archivo Descripci n Archivos de llamadas Cada placa analizada se incluye en un archivo de llamadas de bases de bases bcl agregado para cada carril y para cada ciclo El archivo de llamadas de bases agregado contiene la llamada de bases y la puntuaci n de calidad asociada para cada grupo en ese carril Archivos de filtro Cada placa produce informaci n de filtro que se agrega a un archivo de filtro filter para cada carril El archivo de filtro especifica si un grupo ha supe
55. ecciones a las lecturas de ndice Llamada de bases La llamada de bases determina una base A C G o T para cada grupo de una placa determinada en un ciclo especifico El NextSeq 500 utiliza la secuenciaci n de dos canales que precisa solo dos im genes para codificar los datos para cuatro bases de ADN un canal rojo y un canal verde Las intensidades extra das de una imagen en comparaci n con otra imagen redundan en cuatro poblaciones distintas cada una de las cuales corresponde a un nucle tido El proceso de llamada de bases determina a qu poblaci n pertenece cada grupo Figura 29 Intensidades de grupos en un diagrama de dispersi n DETASARE G Tabla 1 Llamadas de bases en secuenciaci n de dos canales Base Canal rojo Canal verde Resultado A 1 encendido 1 encendido Los grupos que presentan intensidad en el canal rojo y verde C 1 encendido 0 apagado Los grupos que presentan intensidad solo en el canal rojo G 0 apagado 0 apagado Los grupos que no presentan intensidad en una ubicaci n de grupos conocida 6 6 N de referencia 15046563 Rev ESP Base Canal rojo Canal verde Resultado T 0 apagado 1 encendido Los grupos que presentan intensidad solo en el canal verde Puntuaci n de calidad Una puntuaci n de calidad puntuaci n Q es una predicci n de la probabilidad de obtener una llamada de bases incorrecta Una puntuaci n Q superior implica que una llamada de bases es m s fiable
56. en ingl s del cartucho de reactivo no est bloqueada y puede usarse en un experimento posterior Sin embargo la RFID se bloquea despu s de que se hayan perforado los cierres met licos Comprobaciones del sistema Doors Closed Puertas cerradas Consumables Loaded Consumibles cargados Required Software Software necesario Instrument Disk Space Espacio de disco del instrumento Network Connection Conexi n de red Network Disk Space Espacio de disco de la red Temperature Temperatura Temperature Temperatura Temperature Sensors Sensores de temperatura Fans Ventiladores Sistema de adquisici n de im genes Imaging Limits L mites de adquisici n de im genes Acci n recomendada Aseg rese de que las puertas del compartimento est n cerradas Los sensores de los consumibles no registran debidamente Aseg rese de que todos los consumibles est n bien cargados En las pantallas de configuraci n del experimento seleccione Back Atr s para volver al paso de carga y repita la configuraci n del experimento Faltan los componentes cr ticos del software Lleve a cabo una actualizaci n manual del software para restablecer todos los componentes del software El disco duro del instrumento no tiene suficiente espacio para ejecutar un experimento Es posible que no se hayan transferido los datos de un experimento anterior Borre los datos del experimento del disco duro del instrum
57. ento La conexi n de red se ha interrumpido Compruebe el estado de la red y la conexi n de red f sica La cuenta de BaseSpace est llena o el servidor de red est lleno Acci n recomendada P ngase en contacto con el servicio de asistencia t cnica de Illumina P ngase en contacto con el servicio de asistencia t cnica de Illumina P ngase en contacto con el servicio de asistencia t cnica de Illumina Acci n recomendada P ngase en contacto con el servicio de asistencia t cnica de Ilumina N de referencia 15046563 Rev ESP Sistema de adquisici n de im genes Z Steps and Settle Z Steps and Settle Bit Error Rate Tasa de errores de bits Flow Cell Registration Registro de la celda de flujo Administraci n de reactivos Valve Response Respuesta de la v lvula Pump Bomba Buffer Mechanism Mecanismo de los tampones Spent Reagents Empty Reactivos usados vaciados Gu a del sistema NextSeq 500 Acci n recomendada P ngase en contacto con el servicio de asistencia t cnica de Ilumina P ngase en contacto con el servicio de asistencia t cnica de Illumina Es posible que la celda de flujo no est bien colocada e Fn las pantallas de configuraci n del experimento seleccione Back Atr s para volver al paso de la celda de flujo La puerta del compartimento de adquisici n de im genes se abre e Descargue y vuelva a cargar la celda de flujo para asegurarse de
58. ersonalizadas que se utilizan con un kit de rendimiento medio High F rmulas originales que se utilizan con un kit de rendimiento elevado 5 Mid F rmulas originales que se utilizan con un kit de rendimiento medio Wash Contiene la f rmula de lavado manual Gu a del sistema NextSeq 500 5 5 SEe nuJOJ ap se d eo sepezijeuosiad se nulo y Soluci n de problemas Comprobaci n del sistema No se precisa ejecutar ninguna comprobaci n del sistema para el funcionamiento normal o el mantenimiento del instrumento No obstante un representante del servicio de asistencia t cnica de Illumina puede solicitarle que ejecute una comprobaci n del sistema con el fin de resolver problemas Y NOTA Si se debe realizar un lavado del instrumento real celo antes de iniciar una comprobaci n del sistema Al iniciar una comprobaci n del sistema de forma autom tica se cierra el software de control y se inicia el software de servicio de NextSeq NSS por sus siglas en ingl s El software de servicio se inicia y se abre la pantalla Load Cargar que est configurada para utilizar la opci n de carga avanzada Figura 27 Comprobaciones del sistema disponibles Initialize gt select the tests 16 run Select Ali Motion Optics Fluidics RM Uboriangat Requintos EA Wah Faiga rd E EELMA FA Cota Preso a LUN Dptra Prosa Deci i Diago rh ME Hori Haba Fica Cali Regresi n Las casillas de verificaci n desactivadas en la
59. from BaseSpace Instalar la actualizaci n descargada de BaseSpace Seleccione el icono Update Actualizar para iniciar la actualizaci n Se abre un cuadro de di logo para confirmar el comando Siga las indicaciones del asistente de instalaci n a Acepte el acuerdo de licencia b Revise las notas de la versi n c Revise la lista de software incluido en la actualizaci n Al finalizar la actualizaci n el software de control se reinicia autom ticamente NOTA Si se incluye una actualizaci n del firmware se debe reiniciar autom ticamente el sistema despu s de que el firmware se haya actualizado Actualizaci n manual de software 42 1 Descargue el instalador del paquete de software System Suite del sitio web de Illumina y gu rdelo en una ubicaci n de red De manera alternativa copie el archivo de instalaci n del software en una unidad USB port til Seleccione Manage Instrument Administrar instrumento Seleccione Software Update Actualizaci n del software Seleccione Manually install the update from the following location Instalar manualmente la actualizaci n desde la siguiente ubicaci n N de referencia 15046563 Rev ESP 5 Seleccione Browse Examinar para ir a la ubicaci n del archivo de instalaci n del software y a continuaci n seleccione Update Actualizar 6 Siga las indicaciones del asistente de instalaci n a Acepte el acuerdo de licencia b Revise las notas de la versi n
60. gua Super Q Agua de biolog a molecular Equipo proporcionado por el usuario Elemento Congelador entre 25 y 15 C sin hielo Hielera Frigor fico entre 2 y 8 C Gu a del sistema NextSeq 500 Proveedor Finalidad Al lavar el instrumento con el lavado manual posterior al experimento diluido al 0 12 Al lavar el instrumento con las opciones de lavado manual diluido al 0 05 Lavado del instrumento lavado manual Proveedor de laboratorio general Proveedor de laboratorio general Proveedor de laboratorio general 19 onensn ja JOd sopeuoloJodoJd sodinbe sajqiuunsuos 20 N de referencia 15046563 Rev ESP Secuenciaci n INtrodAUCCI N ns 22 Flujo de trabajo de secuenciaci n poio ee cnc 23 Preparaci n del cartucho de reactivo oocccccccccccccccccccnccnccnccnccnncnncnncnccnncnncnnes 24 Preparaci n de la celda de flujo o ooooooocccccccccccccccccccccccccccccnccnccnccncnncnncnno 25 Preparaci n de bibliotecas para secuenciaci n o ooooccccccccccccccccccccccnccnccnccnncnncnnos 21 Configuraci n de un experimento de secuenciaci n oooccocccccccccccccccoccccnccccncccnncos 28 Supervisi n del progreso del experimento oocccccccccccccccccccnccnccnccnncnncnnccnccnncnnes 34 Lavado autom tico posterior al experimento o oooooococccccccccccccccccccncnccnccnccncnncnoco 36 me i do ses ea men y ao A m a fr A e o la y A a A Corra rol jo gt O A y pr A pan po qoae e
61. haya terminado seleccione Load Cargar para desplazar la celda de flujo y el cartucho de reactivo hasta su sitio El posicionamiento autom tico de consumibles puede durar hasta 30 segundos Cuando los componentes del experimento est n en su sitio seleccione Next Siguiente Para activar la opci n de carga avanzada seleccione Use Advanced Load Consumables Utilizar consumibles de carga avanzada en la pantalla Run Customization Personalizaci n del experimento Para obtener m s informaci n consulte Personalizaci n del experimento en la p gina 16 Iconos de estado En la esquina superior derecha de cada pantalla ver un icono de estado que le notificar los cambios de las condiciones durante la configuraci n del experimento o durante el experimento Icono de Nombre de estado Descripci n Estado OK El sistema est normal Procesamiento El sistema est procesando Pr Advertencia Se ha producido una advertencia Las advertencias no detienen un experimento o requieren una acci n antes de continuar Error Se ha producido un error Los errores precisan una acci n antes de continuar con el experimento Cuando se produce un cambio de estado el icono cambia a la imagen asociada y parpadea para avisarle Seleccione el icono para abrir la ventana de estado y visualizar una descripci n de la condici n Seleccione cualquier elemento de la lista para ver una descripci n detallada del estado as como las instrucciones p
62. i n de plantillas El registro alinea im genes producidas durante cada ciclo de im genes posterior en relaci n con la plantilla La extracci n de intensidad determina un valor de intensidad para cada grupo de la plantilla para una imagen determinada Si se produce un error en el registro de cualquier imagen en un ciclo no se generar ninguna llamada de bases para esa placa en ese ciclo Utilice el software del visor del an lisis de secuenciaci n SAV para examinar las im genes en miniatura e identificar las im genes que no se han podido registrar Correcci n emp rica de hebras Durante la reacci n de secuenciaci n cada cadena de ADN de un grupo se ampl a en una base por cada ciclo La hebra retrasada y la hebra adelantada se producen cuando una cadena queda fuera de la fase en relaci n con el ciclo de incorporaci n actual La hebra retrasada se produce cuando una base se atrasa La hebra adelantada se produce cuando una base se avanza Gu a del sistema NextSeq 500 6 D ea81 odw 1 Ue sisijeue ap oleqe ap oflnj An lisis en tiempo real Figura 28 Hebra retrasada y hebra adelantada A Lectura con una base con hebra retrasada B Lectura con una base con hebra adelantada RTA v2 corrige los efectos de la hebra retrasada y la hebra adelantada mediante el uso del algoritmo de correcci n emp rica de hebras que maximiza la castidad acumulativa de los datos en cada ciclo durante el experimento RTA v2 no aplica corr
63. i n de red para guardar el archivo 8 Cuando termine seleccione Exit Salir 9 Cuando se solicite cerrar el software de servicio y reiniciar el software de control seleccione Yes S El software de control se reinicia autom ticamente Comprobaciones de movimiento Comprobaci n del sistema BSM BSM FCLM amp FAM FCLM y FAM Stage Tests Pruebas de platina Descripci n ewa SIs ap u gioeqordwop Comprueba la mejora y la distancia del mecanismo de tubos para botellas BSM para confirmar que el m dulo funciona correctamente Comprueba la mejora y la distancia del mecanismo de carga de la celda de flujo FCLM y el m dulo de automatizaci n de fluidos FAM para confirmar que los m dulos funcionan correctamente Comprueba los l mites de desplazamiento y el rendimiento de la platina XY y las seis platinas Z una para cada c mara Comprobaci n del sistema ptico Comprobaci n del sistema Flow Cell Registration Registro de la celda de flujo Descripci n Mide la inclinaci n de la celda de flujo en un plano ptico comprueba la funci n de la c mara comprueba el m dulo de adquisici n de im genes y verifica el registro de la celda de flujo en la posici n correcta de adquisici n de im genes Comprobaciones de la flu dica Comprobaci n del sistema Valve Response Respuesta de la v lvula Pressure Decay Ca da de la presi n Flow Rate Velocidad de flujo Gu a del
64. ilizar y los datos de secuenciaci n del experimento no se guardan N de referencia 15046563 Rev ESP Software del NextSseq El software del instrumento incluye dos aplicaciones integradas que llevan a cabo experimentos de secuenciaci n Software de control de NextSeq NCS El software de control le guiar por los pasos de configuraci n de un experimento de secuenciaci n Software de an lisis en tiempo real RTA Para los experimentos de secuenciaci n RTA realiza an lisis de im genes y llamadas de bases durante el experimento NextSeq 500 utiliza RTA v2 que incluye importantes diferencias de arquitectura y caracter sticas con respecto a las versiones anteriores Para obtener m s informaci n consulte An lisis en tiempo real en la p gina 61 Pantalla de inicio La interfaz de Software de control de NextSeq NCS se abre en la pantalla Home Inicio Figura 9 Pantalla de inicio Welcome to NextSeq sequence Sequence Secuenciar Abre una serie de pantallas que le guiar n a trav s de los pasos de configuraci n de un experimento de secuenciaci n Manage Instrument Administrar instrumento Permite configurar los par metros del sistema realizar una comprobaci n del sistema actualizar el software y apagar el instrumento Consulte Administraci n del instrumento en la p gina 13 Si el instrumento est conectado a una red con acceso a Internet aparece un icono de alerta O cuando est disponible una actual
65. illumina Gu a del sistema NextSea 500 GAAAAGAATGATAACAGTAACACACTTCTGTTAACCTTAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAATTGAGACTAAATAT TAACGTACCATTAAGAGCTAC TGATAACAGTAACACACTICTGTIAACCTTAAGATTACTTGTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTATCAATTGAGACTAAATATTAACGTACCATTAAGAGCTACCGTCTICTGTIAACCTTAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCG CACTGATTCAACGTACCAAGATTACTIGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAATTGAGACTAAATATTAACGTACCATTAAGAGCTACCGTCTICTGTTAACCTTAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACCGS GAAAAGAAT ACACTTCTGTTAACCTTAAGATT C C ATT E GTACCGTAA A ACTAAATATTAACGTACCA CAGTAACACA C ACTTGATCCACTGATTCAAC CGTAAAGATTACTTGATCCACTGATICAACGT CGAA TCAATTGAG ATTAA TTAAGAGCTAC TGATAACAGTAACACAC AACC GATTACTTIGATCCACTGATTICAACGT GTAACGAACGTATCAATTGA TATT CCATTAAGAGCTACCGTCTICTGTTAACC ACTTGATCC GATT ATTGAGAC TA TTAAGATTACTTGATCCA ATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAATTGAGACTAAATATTAACGTACCA CTTGATCCACTGATTCAACGTACCGT TATCAATTGAGACTAAATAT T ACTTAACCTTAAG TTGATCCACTGATICAACGT GTAACGAACGTCTT AACCTTAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAA TCAATTGAGACTAACGAC AGA TATTAACGTACCATTAAGAGCTACAACC ACTTGATCCACTGATTCAAC CGTAACGAACGTATCAATTGAGACTAAATATTAA TTAAGAGCTACCGTGC AGTAACAC TGATAACAGTAACACACTTC ATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAATTGA AAATATTAACGTACCATTAAGAGCTACCGTCTTCT CTTAAGATTACTTGATCCACTGATTCAA CCATTAAGAGCTACCGTGCAACTTAA GATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAATTGAG AACGTACCATTAAGAGCTACCGTGCAAC ATTACTTGA TACCA CCTTAAGATT yl GTA T TGAG
66. iterios de medici n del experimento aparecen tras el ciclo 25 incluida la densidad de grupos los grupos que superan el filtro el rendimiento y las puntuaciones N de referencia 15046563 Rev ESP Transferencia de datos En funci n de la configuraci n de an lisis seleccionada durante el experimento aparece un icono en la pantalla para indicar el estado de la transferencia de datos Estado BaseSpace de BaseSpace Instrumento Illumina Onsite independiente Conectado Conectado y transfiriendo datos Desconectado Si la transferencia de datos se interrumpe durante el experimento los datos se almacenan temporalmente en el ordenador del instrumento Al restablecer la conexi n la transferencia de datos se reanuda de manera autom tica Si la conexi n no se restablece antes de finalizar el experimento se deben eliminar manualmente los datos del ordenador del instrumento antes de que pueda empezar el siguiente experimento D DD SM E ie Servicio de copia de experimento El paquete de software del sistema NextSeq incluye un servicio de copia de experimento RTA v2 solicita al servicio que copie los archivos desde una ubicaci n de origen hasta una ubicaci n de destino y el servicio procesa las solicitudes de copia en el orden recibido Si se produce una excepci n el archivo se vuelve a poner en la cola para copia seg n el n mero de archivos en la cola de copias Gu a del sistema NextSeq 500 3 5 ojuauIledxa ap os
67. izaci n del software Perform Wash Realizar lavado Ofrece opciones para realizar un lavado manual del instrumento Consulte Realizaci n de un lavado manual en la p gina 39 Cuando sea necesario realizar un lavado aparece un icono de alerta O en el bot n Perform Wash Realizar lavado Pantallas de configuraci n del experimento Si selecciona Sequence Secuenciar en la pantalla Home Inicio se abre una serie de pantallas que le guiar n a trav s de los pasos de configuraci n de un experimento de secuenciaci n El flujo de trabajo est ndar incluye pasos para iniciar sesi n en BaseSpace cargar los consumibles del experimento revisar los par metros del experimento ejecutar una comprobaci n autom tica del sistema previa al experimento y a continuaci n iniciar el experimento Para obtener informaci n adicional consulte Secuenciaci n en la p gina 21 Gu a del sistema NextSeq 500 7 7 b3S1IX2N 9P SIBEMIJOS Primeros pasos Opci n de carga avanzada El flujo de trabajo de configuraci n est ndar del experimento de secuenciaci n avanza a trav s de una serie de pantallas para cargar los consumibles del experimento La opci n de carga avanzada combina los pasos para cargar la celda de flujo el cartucho de tampones y el cartucho de reactivo y vaciar el contenedor de reactivos usados en una misma pantalla Cargue los consumibles del experimento y vac e el contenedor de reactivos usados en el orden que desee Cuando
68. l contenedor de reactivos usados Cargue el cartucho de tampones y el cartucho de reactivo Revise los par metros del experimento y compruebe los resultados de la comprobaci n autom tica Seleccione Start Iniciar Supervise el experimento desde la interfaz del software de control en la ficha Run Experimento de BaseSpace o en un ordenador conectado a la red con el visor del an lisis de secuenciaci n El lavado del instrumento se inicia de forma autom tica tras finalizar la secuenciaci n Gu a del sistema NextSeq 500 2 3 p ofeqe1 ap o n UO De1Quanooas a 4 Secuenciaci n Preparaci n del cartucho de reactivo 24 Extraiga el cartucho de reactivo del almacenamiento a una temperatura de entre 25 y 15 C Introd zcalo en un ba o con agua a temperatura ambiente hasta que se descongele aprox 60 minutos No sumerja el cartucho Golpetee ligeramente en el banco para sacar el agua de la base y a continuaci n seque la base NOTA M todo alternativo Descongele los reactivos por la noche a una temperatura de 2 a 8 C Los reactivos requieren un m nimo de 18 horas para descongelarse A esta temperatura os reactivos permanecen estables hasta una semana Invi rtalo para mezclar los reactivos Inspeccione las posiciones 29 30 31 y 32 para asegurarse de que los reactivos est n descongelados Golpetee ligeramente en el banco para reducir las burbujas de aire Y ADVERTENCIA Este grupo de reac
69. los cambios y avanza a la pantalla siguiente Configuraci n de red Opci n Descripci n direcci n IP P ngase en contacto con su administrador de red para obtener las direcciones espec ficas para el centro Obtain an IP address automatically Obtener una direcci n IP autom ticamente Obtiene la direcci n IP con elservidor DHCP Use the following IP address Utilizar la siguiente direcci n IP Conecta el instrumento a otra ubicaci n de servidor e Introduzca una direcci n IP La direcci n IP es una serie de cuatro n meros separados por un punto similar a 168 62 20 37 por ejemplo e Introduzca la m scara de subred que es una subdivisi n de la red IP e Introduzca la puerta de enlace predeterminada que es el enrutador de la red que se conecta a Internet Direcci n DNS Obtain a DNS address automatically Obtener una direcci n DNS de forma autom tica Lee la direcci n DNS asociada a la direcci n IP Use the following DNS addresses Utilizar las siguientes direcciones DNS Conecta el instrumento a un servidor que traduce nombres de dominio en direcciones IP e Introduzca la direcci n DNS deseada La direcci n DNS es el nombre del servidor utilizado para traducir nombres de dominio en direcciones IP e Introduzca la direcci n DNS alternativa La direcci n alternativa se utiliza si la DNS deseada no puede traducir un nombre de dominio concreto en una direcci n IP 7 A N de referencia 15046563 Rev ESP
70. mado RTA v2 que incluye diferencias importantes en materia de arquitectura y funciones RTA v2 introduce las diferencias siguientes Todos los procesos se llevan a cabo en memoria para maximizar la velocidad de procesamiento Los archivos de configuraci n los formatos de los archivos de resultados y el flujo de trabajo de procesamiento difieren de las implementaciones de RTA anteriores Los par metros del archivo de configuraci n utilizados con implementaciones de RTA anteriores no son compatibles con RTA v2 Si se detiene el procesamiento RTA v2 no reanuda ni contin a con el procesamiento No se puede reiniciar el software durante un experimento de secuenciaci n N de referencia 15046563 Rev ESP Descripci n general de RTAv2 RTA v2 se ejecuta en el ordenador del instrumento y realiza an lisis durante el experimento RTA v2 extrae intensidades de im genes realiza llamadas de bases y asigna una puntuaci n de calidad a la llamada A diferencia de las versiones anteriores de RTA RTA v2 y Software de control de NextSeq NCS se comunican a trav s de una interfaz HTTP web y archivos de memoria compartidos RTA v2 almacena toda la informaci n de procesamiento en la memoria para acelerar el procesamiento lo m ximo posible Puesto que el procesamiento se realiza en memoria RTA 72 no puede reiniciarse tras detener un experimento Entradas de RITA v2 RTA v2 requiere las siguientes entradas para el procesamiento Las im genes d
71. mento 6a Archivos de resultados de secuenciaci n Descripci n del archivo ubicaci n y nombre Cada placa analizada se incluye en un archivo de llamadas de bases agregado en un archivo para cada carril y para cada ciclo El archivo agregado contiene la llamada de bases y la puntuaci n de calidad codificada para cada grupo en ese carril Data Intensities BaseCalls1 LOO X Los archivos se almacenan en una carpeta para cada carril Ciclo bcl bgzf donde Ciclo representa el n mero de ciclo en cuatro d gitos Los archivos de llamadas de bases se comprimen mediante el uso de la compresi n de bloques gzip Para cada carril un archivo de ndice binario recopila la informaci n de placas original en un par de valores para cada placa que son el n mero de placa y el n mero de grupos para la placa Los archivos de ndice de llamadas de bases se generan al crear por primera vez un archivo de llamadas de bases para ese carril Data Intensities BaseCalls1 LOO X Los archivos se almacenan en una carpeta para cada carril s_ Carril bci Para cada placa las coordenadas X e Y para cada grupo se agregan a un archivo de ubicaci n de grupos para cada carril Los archivos de ubicaci n de grupos son el resultado de la generaci n de plantillas Data1 Intensities1 LOO X Los archivos se almacenan en una carpeta para cada carril s_ carril locs El archivo de filtro especifica si un grupo ha superado los filtros La inf
72. n las normas de seguridad gubernamentales de su regi n Si desea obtener informaci n de seguridad salud y medio ambiente consulte la hoja de datos de seguridad de este kit en support illumina com sds html 2 Deslice el contenedor de reactivos usados vac o dentro del compartimento de tampones hasta que se detenga Oir un clic que indica que el contenedor est en su sitio Figura 19 Carga del contenedor de reactivos usados vac o Gu a del sistema NextSeq 500 2 O O 9eJInbIJuO 4 p ojuauiledxea un sp u 4 UOISBISUINIDS a Secuenciaci n Carga del cartucho de tampones 1 Extraiga el cartucho de tampones usado del compartimento superior 2 Deslice un nuevo cartucho de tampones dentro del compartimento de tampones hasta que se detenga Oir un clic que indica que el cartucho est en su sitio el Id del cartucho de tampones aparece en la pantalla y se comprueba el sensor Figura 20 Carga del cartucho de tampones 3 Cierre la puerta del compartimento de tampones y seleccione Next Siguiente Carga del cartucho de reactivo 1 Extraiga el cartucho de reactivo usado del compartimento de reactivos Elimine los contenidos no usados de conformidad con las normas aplicables Y ADVERTENCIA Este grupo de reactivos contiene formamida una amida alif tica que es una toxina que puede alterar la capacidad reproductora Evite su inhalaci n ingesti n y el contacto con la piel o los ojos puesto que puede provocar le
73. nfiguraci n del experimento opci n avanzada 12 configuraci n independiente 32 consumibles agua de laboratorio 19 cartucho de reactivo 7 cartucho de tampones 8 celda de flujo 7 consumibles de lavado 40 consumibles para lavado 39 experimentos de secuenciaci n 19 mantenimiento del instrumento 19 proporcionados por Illumina 6 consumibles suministrados por el usuario 19 criterios de medici n ciclos de densidad de grupos 34 ciclos de intensidad 34 llamada de bases 66 criterios de medici n del experimento 34 0911908 8 99 pul Fo 7 Indice alfab tico O D directrices para el agua de laboratorio 19 documentaci n 3 79 duraci n del experimento 17 E errores de comprobaci n previa al experimento 50 errores y advertencias 12 en archivos de registro 64 escala Phred 67 filtro de castidad 64 flujo de trabajo cartucho de reactivo 24 cartucho de reactivos 30 cartucho de tampones 30 celda de flujo 28 comprobaci n previa al experimento 33 criterios de medici n del experimento 34 descripci n general 23 duraci n del experimento 17 hipoclorito de sodio 40 inicio de sesi n de BaseSpace 28 modo BaseSpace 31 modo independiente 32 opci n de carga avanzada 12 preparaci n de la celda de o 25 puerta del compartimento de la celda de flujo 28 reactivos usados 28 formaci n en l nea 3 formamida posici n 6 31 G generaci n de plantillas 65 grupos que superan el filtro 64 H hebra adelantada 65
74. nsaje es planificar los trabajos de mantenimiento de forma anticipada para evitar interrupciones en el funcionamiento normal del instrumento Para continuar seleccione Acknowledge Aceptar y a continuaci n Close Cerrar QIVy p 10119 ap fesu W Gu a del sistema NextSeq 500 5 O 60 N de referencia 15046563 Rev ESP An lisis en tempo real INtroAUCC N nes 62 Descripci n general de RTA v2 ii aa ee conoce 63 Flujo de trabajo del an lisis en tiempo real o oooooococcccccccccccccccccccccccnccnccnccncnncnoco 65 Archivos de resultados de secuenciaci n o oooooocccccccccccccccocccnccnccnconcnccnccncnncnncno 68 Placas de la celda de flujo o oooooococccccccccccccccccccccccncoccncoccncnrnncncrrnrnrncnnnozs 70 Estructura de carpetas de resultados de secuenciaci n e o f War Ena O as Mk a METE an o gt Ve EU a gt Catan gt p GC po a SEC TUA PGGASICE rr 0 prat a carr O n ao d es i eal Gu a del sistema NextSeq 500 61 y 2D PUSAy An lisis en tiempo real Introducci n 62 El software de an lisis en tiempo real integrado lleva a cabo un an lisis de datos en tiempo real integrado en el instrumento durante el experimento de secuenciaci n que incluye el an lisis de im genes y llamadas de bases adem s de ahorrar un tiempo muy valioso en los an lisis sucesivos El NextSeq utiliza una nueva implementaci n del software de an lisis en tiempo real RTA lla
75. o 2 Si se ha almacenado la celda de flujo guardada deje que alcance la temperatura ambiente 15 30 minutos 3 Cargue la celda de flujo guardada 4 Extraiga el contenedor de reactivos usados y deseche el contenido de manera adecuada y a continuaci n vuelva a cargar el contenedor vac o 5 Cargue el nuevo cartucho de tampones y el nuevo cartucho de reactivo 6 En la pantalla Run Setup Configuraci n del experimento seleccione una de las siguientes opciones BaseSpace o BaseSpace Onsite Seleccione el experimento y confirme los par metros del mismo Standalone Independiente Introduzca el nombre del experimento y especifique los mismos par metros que en el experimento original 7 Seleccione Next Siguiente para continuar con la comprobaci n previa al experimento e inicie el experimento 5 A N de referencia 15046563 Rev ESP F rmulas personalizadas y carpetas de f rmulas No modifique las f rmulas originales Realice siempre una copia de la f rmula original con un nombre nuevo Si se modifica la f rmula original el actualizador del software ya no podr reconocer la f rmula en pr ximas actualizaciones y no se instalar n las versiones m s recientes Almacene las f rmulas personalizadas en la carpeta de f rmulas apropiada Las carpetas de f rmulas se organizan como se indica a continuaci n FT Custom 7 High F rmulas personalizadas que se utilizan con un kit de rendimiento elevado 7 Mid F rmulas p
76. o 13 44 archivos de filtros 68 archivos de llamadas de bases 68 archivos de registro GlobalLog 64 LaneNLog 64 archivos de resultados 68 archivos de resultados secuenciaci n 68 archivos InterOp 47 68 archivos locs 68 asistencia t cnica 79 ayuda documentaci n 3 estado del instrumento 15 ayuda Live Help 49 ayuda t cnica 79 B barra de estado 4 BaseSpace 2 configuraci n 15 iconos de transferencia 35 inicio de sesi n 28 bot n de encendido 9 C cartucho de reactivo dep sito n 28 40 descripci n 7 preparaci n 24 cartucho de tampones 8 30 Gu a del sistema NextSeq 500 4 celda de flujo adquisici n de im genes 71 asignaci n de nombre de archivo de imagen 72 descripci n general 7 inspecci n 25 juntas del puerto 25 limpieza 25 numeraci n de carriles 70 numeraci n de placas 72 n mero de sector 71 paquete 25 pares de carriles 7 pasadores de alineaci n 28 placas 70 rehibridaci n 53 tipos 2 ciclos en una lectura 18 compartimento de adquisici n de im genes 4 compartimento de la celda de flujo 28 compartimento de reactivos 4 compartimento de tampones 4 compatibilidad celda de flujo cartucho de reactivo 6 seguimiento de RFID 6 7 componentes barra de estado 4 compartimento de adquisici n de im genes 4 compartimento de reactivos 4 o ai de tampones 4 comprobaci n del sistema 13 56 comprobaci n previa al experimento 33 Configuraci n de BaseSpace 31 configuraci n de IP y DNS 14 co
77. obtener la ltima versi n de SAV visite lap gina de descargas de SAV en el sitio web de Illumina Grupos que superan el filtro Durante el experimento RTA v2 filtra datos sin procesar para eliminar las lecturas que no satisfagan el umbral de calidad de datos El solapamiento y los grupos de baja calidad se eliminan En el caso de an lisis de dos canales RTA v2 utiliza un sistema basado en la poblaci n para determinar la castidad de una llamada de bases Los grupos que superan el filtro PE si no hay m s de una llamada de bases en los primeros 25 ciclos tienen un valor de castidad inferior a 0 63 Los grupos que no superan el filtro no son llamadas de bases Gesti n de errores de RTA v2 64 RTA v2 crea archivos de registro y los escribe a la carpeta RT ALogs Los errores se registran en un archivo con formato de archivo tsv Los siguientes archivos de registro y error se transfieren al destino de salida final tras completar el procesamiento GlobalLog tsv resume los eventos importantes del experimento LaneNLog tsv incluye los eventos de procesamiento para cada carril Error tsv incluye los errores que se hayan producido durante un experimento WarmingLog tsv enumera las advertencias que se han producido durante un experimento N de referencia 15046563 Rev ESP Flujo de trabajo del an lisis en tempo real El flujo de trabajo del an lisis en tiempo real incluye los pasos siguientes Generaci n de plantillas
78. omprobaci n del sistema Incorporaci n del tiempo de almacenamiento de reactivos hasta una semana a 4 C Actualizaci n de la etiqueta del cartucho de reactivo para el dep sito n 10 a Load Library Here Cargar biblioteca aqu Actualizaci n de la lista de consumibles proporcionados por el usuario para especificar una soluci n de hipoclorito de sodio al 3 6 y un n mero de cat logo del proveedor Actualizaci n de las instrucciones para la preparaci n de una diluci n de NaOCI1 al 0 06 para lavados del instrumento que incluye una reducci n del volumen a 2 ml y una concentraci n inicial al 3 6 Incorporaci n de ilustraciones para mostrar la colocaci n correcta e incorrecta de la pinza en la celda de flujo Actualizaci n del cap tulo relativo al an lisis en tiempo real para la inclusi n de una descripci n general de RTA v2 la estructura de carpetas de resultados y el proceso de llamada de bases Actualizaci n del cap tulo relativo a la soluci n de problemas para la inclusi n de los errores de RTA v2 y la inclusi n de RunParameters xml en la lista de archivos de soluci n de problemas Publicaci n inicial S9UOISIAS AP 81101SIH N de referencia 15046563 Rev ESP ndice Historial de revisiones o ooooococcccccccccccccccccoccncnncncnncncnrnnnrnncncnnnnnes jii alo C0 e IX Cap tulo 1 Primeros pasos ouuo 1 INTOQUCCI N AA N A ETAS 2 Recursos adicionales o 0 000000000 0000000 aa aa a
79. orizontal en relaci n con la placa del soporte N de referencia 15046563 Rev ESP Preparaci n de bibliotecas para secuenciaci n Bibliotecas de desnaturalizaci n y diluci n Si el tipo de biblioteca lo necesita desnaturalice y diluya las bibliotecas y a ada el control PhiX La concentraci n de carga y volumen de bibliotecas var a en funci n de la versi n de NCS que utilice Para obtener m s informaci n consulte Desnaturalizaci n y diluci n de las bibliotecas para el sistema NextSeg n de referencia 15048776 Carga de bibliotecas en el cartucho de reactivo 1 Limpie el sello met lico que cubre el dep sito n 10 con la etiqueta Load Library Here Cargar biblioteca aqu con una toallita sin pelusa 2 Perfore el sello con una punta de pipeta de 1 ml limpia 3 Cargue las bibliotecas en el dep sito n 10 marcado como Load Library Here Cargar biblioteca aqu Evite tocar el cierre met lico cuando dispense las bibliotecas Figura 16 Carga de bibliotecas Gu a del sistema NextSeq 500 2 JOI AIO 9p UVIDEeJedald 4 u lDeIDu nd s eied sega Configuraci n de un experimento de secuenciaci n En la pantalla Home Inicio seleccione Sequence Secuenciar El comando Sequence Secuenciar abre la puerta del compartimento de adquisici n de im genes suelta los consumibles del experimento anterior y abre el conjunto de pantallas de configuraci n del experimento Suele producirse un breve retra
80. ormaci n de filtro se agrega a un archivo de filtro para cada carril y lectura Los archivos de filtro se generan en el ciclo 26 mediante el uso de 25 ciclos de datos Data Intensities BaseCalls1 LOO X Los archivos se almacenan en una carpeta para cada carril s_ carril filter Archivos de informes binarios utilizados por el visor del an lisis de secuenciaci n SAV Los archivos InterOp se actualizan durante el experimento Carpeta InterOp Creado al inicio del experimento el archivo de configuraci n de RTA contiene los par metros de configuraci n del experimento Carpeta ra z RTAConfiguration xml Indica el nombre del experimento el n mero de ciclos de cada lectura si la lectura es una lectura indexada y el n mero de sectores y placas de la celda de flujo El archivo de informaci n del experimento se crea al inicio del experimento Carpeta ra z RunInfo xml N de referencia 15046563 Rev ESP Tipo de archivo Archivos de vistas en miniatura Gu a del sistema NextSeq 500 Descripci n del archivo ubicaci n y nombre Una imagen en miniatura para cada canal de color rojo y verde para las placas 1 6 y 12 de todas las c maras superficies superiores e inferiores en cada ciclo durante la adquisici n de im genes Thumbnail_Images1LO00 X 1C X 1 Los archivos se almacenan en una carpeta para cada carril y una subcarpeta para cada ciclo s_ carril _ placa _ canal jpg En el nombre de ar
81. os manuales del instrumento y actualizaciones del software del sistema si est n disponibles Lavados del instrumento Un lavado autom tico posterior al experimento despu s de cada experimento de secuenciaci n mantiene el rendimiento del instrumento Sin embargo es necesario realizar un lavado manual de forma peri dica en ciertas condiciones Consulte Realizaci n de un lavado manual en la p gina 39 Actualizaciones de software Si hay una versi n actualizada del software disponible puede instalar la actualizaci n de forma autom tica a trav s de una conexi n a BaseSpace o manualmente despu s de descargar el instalador del sitio web de Illumina Consulte Actualizaciones de software en la p gina 42 N de referencia 15046563 Rev ESP Realizaci n de un lavado manual Los lavados manuales se inician en la pantalla Home Inicio Entre las opciones de lavado se incluye el lavado r pido y el lavado manual posterior al experimento Tipos de lavado Lavado r pido Duraci n 20 minutos Lavado manual posterior al experimento Duraci n 90 minutos Descripci n Lava el sistema con una soluci n de lavado proporcionada por el usuario de agua de laboratorio y Tween 20 cartucho de lavado de tampones Es necesario cada 14 d as que el instrumento permanezca inactivo o despu s de un apagado Lava el sistema con una soluci n de lavado proporcionada por el usuario de agua de laboratorio y Tween 20 cartucho de lavado de
82. os par metros del experimento Cuando termine seleccione Save Guardar Output folder location Ubicaci n de la carpeta de resultados Cambie la ubicaci n de la carpeta de resultados para el experimento actual Seleccione Browse Examinar para ir a una ubicaci n de red Purge consumables for this run Purgar consumibles para este experimento Cambie el ajuste para purgar los consumibles de forma autom tica tras el experimento actual Para obtener m s informaci n consulte Personalizaci n del experimento en la p gina 16 Use run monitoring for this run Utilizar supervisi n del experimento para este experimento Cambie el par metro para utilizar la supervisi n del experimento en BaseSpace 8 Seleccione Next Siguiente Revisi n de la comprobaci n autom tica El software ejecuta una comprobaci n autom tica del sistema Durante la comprobaci n aparecen los indicadores siguientes en la pantalla Marca de verificaci n gris Todav a no se ha efectuado la comprobaci n Icono OY de progreso La comprobaci n est en curso Marca de verificaci n verde Se ha superado la comprobaci n Equis roja No se ha superado la comprobaci n Todos los elementos que no la superen precisan una acci n antes de continuar Consulte Soluci n de errores de comprobaci n autom tica en la p gina 50 Para detener una comprobaci n autom tica en curso seleccione el icono en la esquina inferior derecha Para reiniciar la comproba
83. que est bien colocada Acci n recomendada P ngase en contacto con el servicio de asistencia t cnica de Ilumina P ngase en contacto con el servicio de asistencia t cnica de Ilumina P ngase en contacto con el servicio de asistencia t cnica de Ilumina Vac e el contenedor de reactivos usados y vuelva a cargar el contendor vac o O eo1ewojne u oioeqoidwos ap s10119 ap UQIONJOS Contenedor de reactivos usados lleno Inicie siempre un experimento con un contenedor de reactivos usados vac o Si inicia un experimento sin haber vaciado el contenedor de reactivos usados los sensores del sistema activan el software para detener el experimento si el contenedor est lleno Los sensores del sistema no pueden detener un experimento durante la generaci n de grupos la res ntesis paired end o el lavado autom tico posterior al experimento Cuando se detiene el experimento se abre un cuadro de di logo con opciones para levantar los dispensadores y vaciar el contenedor lleno Vaciado del contenedor de reactivos usados 1 Seleccione Raise Sippers Levantar los dispensadores Soluci n de problemas 2 Extraiga el contenedor de reactivos usados y deseche los contenidos de manera adecuada 3 Vuelva a colocar el contenedor vac o en el compartimento de tampones 4 Seleccione Continue Continuar El experimento se reanuda autom ticamente D 2 N de referencia 15046563 Rev ESP Flujo de trabajo de la rehib
84. rado los filtros Archivos de ubicaci n Los archivos de ubicaci n de grupos locs contienen las coordenadas de grupos X e Y para cada grupo en una placa Durante la generaci n de plantillas se genera un archivo de ubicaci n de grupos para cada carril Archivo de ndice de Se produce un archivo de ndice de llamada de bases bci para cada llamadas de bases carril con el fin de preservar la informaci n de placa original El archivo de ndice contiene un par de valores para cada placa que son el n mero de placa y el n mero de grupos para esa placa Gu a del sistema NextSeq 500 6 3 ZA yY p j elausb volodiJosaq An lisis en tiempo real Los archivos de resultados se utilizan para los an lisis secundarios en BaseSpace De manera alternativa utilice el software de conversi n bcl2fastq para la conversi n FASTQ y soluciones de an lisis de terceros Los archivos de NextSeq requieren bcl2fastq v2 0 o versiones posteriores Para obtener la ltima versi n de bcl2fastq visite la p gina de descargas de NextSeq en el sitio web de Illumina RTA v2 proporciona criterios de medici n en tiempo real de experimentos de calidad guardados como archivos InterOp Los archivos InterOp son archivos de resultados binarios que contienen criterios de medici n relacionados con placas ciclos y lecturas y son necesarios para la visualizaci n de criterios de medici n en tiempo real con el visor del an lisis de secuenciaci n SAV Para
85. rcionados por el usuario Los consumibles y equipos siguientes se utilizan en el NextSeq 500 Consumibles suministrados por el usuario para los experimentos de secuenciaci n Consumible NaOH 1 N hidr xido s dico 200 mM Tris HCL pH7 Pa os humedecidos en alcohol isopropilo al 70 O Etanol al 70 Guantes desechables sin polvos Toallita de laboratorio sin pelusa Proveedor Proveedor de laboratorio general Proveedor de laboratorio general VWR n de cat logo 95041 714 o equivalente Proveedor de laboratorio general Proveedor de laboratorio general VWR n de cat logo 21905 026 o equivalente Finalidad Desnaturalizaci n de bibliotecas diluci n a 0 2 N Desnaturalizaci n de bibliotecas Limpieza de la celda de flujo y fines generales Fines generales Limpieza de la celda de flujo Consumibles suministrados por el usuario para el mantenimiento del instrumento Consumible Na0cL 5 hipoclorito de sodio Tween 20 Agua de laboratorio Proveedor Sigma Aldrich n de cat logo 239305 o equivalente Sigma Aldrich n de cat logo P7949 Proveedor de laboratorio general Directrices para el agua de laboratorio Utilice siempre agua de laboratorio para los procedimientos del instrumento No utilice nunca agua de grifo ni desionizada A continuaci n se muestran ejemplos de aguas de laboratorio aceptables Illumina PW1 Agua de 18 Megohmios MQ Agua Milli Q A
86. rga avanzada en la p gina 12 Purge Consumables at End of Run Purgar consumibles al finalizar experimento Activada de manera predeterminada esta configuraci n purga los reactivos sin usar del cartucho de reactivo al contenedor de reactivos usados autom ticamente tras un experimento Cuando este par metro est desactivado deseche los reactivos de forma manual El purgado de consumibles requiere tiempo adicional Puede desactivar este par metro para un experimento de forma independiente con la funci n Edit Editar de la pantalla Run Setup Configuraci n del experimento Skip Pre Run Check Confirmation Omitir la confirmaci n de comprobaci n previa al experimento Seleccione esta configuraci n para iniciar la secuenciaci n de forma autom tica despu s de una comprobaci n autom tica satisfactoria Si la comprobaci n autom tica falla por cualquier motivo resuelva el error antes de continuar N de referencia 15046563 Rev ESP Edici n de configuraci n del experimento para purgar consumibles Cambie el par metro de purga de consumibles para un experimento de manera independiente con la funci n Edit Editar de la pantalla Run Setup Configuraci n del experimento Configuraci n de BaseSpace o BaseSpace Onsite Seleccione el icono Edit Editar en la pantalla Run Setup Configuraci n del experimento Cuando termine seleccione el icono Save Guardar kad Configuraci n independiente Seleccione el icono E
87. ridaci n Es posible que se deba realizar un experimento de rehibridaci n si los criterios de medici n generados durante los primeros ciclos muestran intensidades por debajo de 2500 Algunas bibliotecas de baja diversidad pueden mostrar intensidades por debajo de 1000 lo que es previsible y no puede resolverse con la rehibridaci n y NOTA El comando End Run Finalizar experimento es definitivo No es posible reanudar el experimento no se pueden reutilizar los consumibles del experimento y tampoco se guardan los datos de secuenciaci n del experimento Cuando finalice un experimento el software realizar los pasos siguientes antes de que el experimento finalice Coloca la celda de flujo en un estado seguro Desbloquea la RFID de la celda de flujo para un experimento posterior Asigna una fecha de caducidad de rehibridaci n a la celda de flujo Escribe los registros del experimento para los ciclos realizados Suele producirse un retraso Omite el lavado autom tico posterior al experimento Cuando inicie un experimento de rehibridaci n el software realizar los pasos siguientes para llevar a cabo el experimento Crea una carpeta de experimento en funci n de un nombre nico del experimento Comprueba que la fecha de rehibridaci n de la celda de flujo no haya caducado Ceba los reactivos Suele producirse un retraso Se salta el paso de generaci n de grupos Elimina el cebador de Lectura 1 anterior Hibrida un cebador de Lectura 1
88. s A Puerta del compartimento de reactivos Cierra el compartimento de reactivos con un cierre situado debajo de la esquina inferior derecha de la puerta El compartimento de reactivos alberga el cartucho de reactivo Los reactivos se bombear n por los dispensadores el sistema de flu dica y a continuaci n la celda de flujo B Cartucho de reactivo El cartucho de reactivo es un consumible precargado de un solo uso C Cartucho de tampones El cartucho de tampones es un consumible precargado de un solo uso D Contenedor de reactivos usados Los reactivos usados se recogen para su desecho despu s de cada experimento E Puerta del compartimento de tampones Cierra el compartimento de tampones con un cierre situado debajo de la esquina inferior izquierda de la puerta El compartimento de tampones contiene el cartucho de tampones y el contenedor de reactivos usados Gu a del sistema NextSeq 500 5 0 usaun 1 sul ap sajusuoduuo Primeros pasos Descripci n general de consumibles de secuenciaci n Para realizar un experimento de secuenciaci n en NextSeq 500 necesita un NextSeq 500 Kit de un solo uso Cada kit incluye una celda de flujo y los reactivos necesarios para llevar a cabo un experimento de secuenciaci n Los componentes del kit est n marcados con indicadores codificados por colores que indican la compatibilidad entre las celdas de flujo y los cartuchos de reactivo Utilice siempre un cartucho de reactivo compatible y una
89. s archivos siguientes para solucionar problemas Archivo clave Archivo de informaci n del experimento Runlnfo xml Archivo de par metros del experimento RunParameters xml Archivo de configuraci n de RTA RTAConfiguration xml Archivos InterOp bin Archivos de registro Archivos de registro de errores ErrorLog txt Archivos de registro global GlobalLog tsv Archivos de registro de carril LaneLog txt Gu a del sistema NextSeq 500 Carpeta Carpeta ra z Carpeta ra z Datal Intensities InterOp Registros Registros de RTA Registros de RTA Registros de RTA Descripci n Contiene la siguiente informaci n e Nombre del experimento e N mero de ciclos del experimento e N mero de ciclos de cada lectura e Si la lectura es una lectura indexada e N mero de sectores y placas de la celda de flujo Contiene informaci n sobre los par metros del experimento y los componentes del experimento La informaci n incluye el REID el n mero de serie el n mero de referencia y la fecha de caducidad Contiene los par metros de configuraci n de RTA para el experimento El archivo RTAConfiguration xml se crea al inicio del experimento Archivos de informes binarios utilizados por el visor del an lisis de secuenciaci n Los archivos InterOp se actualizan durante el experimento Los archivos de registro describen cada paso llevado a cabo por el instrumento en cada ciclo
90. s la adquisici n de im genes de los carriles 1 y 3 el m dulo de adquisici n de im genes se desplaza sobre el eje X para la adquisici n de im genes de los carriles 2 y 4 Figura 32 Numeraci n de c maras y segmentos Celda de flujo de rendimiento elevado Gu a del sistema NextSeq 500 YA ofni ap PP 99 e ap Seded An lisis en tiempo real Numeraci n de placas Hay 12 placas en cada sector de cada segmento de c mara Las placas est n numeradas del 01 al 12 con independencia del n mero de sector o segmento de c mara y se representan en dos d gitos Figura 33 Numeraci n de placas 12 08 04 01 E gt El n mero de placa completo incluye cinco d gitos para la representaci n de la ubicaci n tal y como se indica a continuaci n Superficie 1 representa la superficie superior y 2 representa la superficie inferior Sector 1 2 0 3 C mara 1 2 3 4506 Placa 01 02 03 04 05 06 07 08 09 10 11 o 12 Ejemplo El n mero de placa 12508 indica la superficie superior sector 2 c mara 5 y placa 8 El n mero de placa completo de cinco d gitos se utiliza en el nombre de archivos de im genes en miniatura y archivos emp ricos de hebras Si desea obtener m s informaci n consulte Archivos de resultados de secuenciaci n en la p gina 68 Asignaci n de nombre a im genes en miniatura Se genera una imagen en miniatura para cada canal de color rojo y verde para las placas 1 6 y 12 de todas las c
91. siones Utilice equipos de protecci n entre ellos gafas de protecci n guantes y bata de laboratorio Manipule los reactivos usados como residuos qu micos y des chelos de conformidad con las normas de seguridad gubernamentales de su regi n Si desea obtener informaci n de seguridad salud y medio ambiente consulte la hoja de datos de seguridad de este kit en support illumina com sds html NOTA Para garantizar un desecho seguro del reactivo no usado el dep sito de la posici n 6 es extra ble Si desea obtener m s informaci n consulte Extracci n del dep sito usado de la posici n n 6 en la p gina 31 2 Deslice el cartucho de reactivos en el compartimento de reactivos hasta que el cartucho se detenga y a continuaci n cierre la puerta del compartimento de reactivos 30 N de referencia 15046563 Rev ESP Figura 21 Carga del cartucho de reactivo 3 Seleccione Load Cargar El software desplaza el cartucho hasta su posici n de forma autom tica aprox 30 segundos el Id del cartucho de reactivos aparece en la pantalla y se comprueban los sensores 4 Seleccione Next Siguiente Extracci n del dep sito usado de la posici n n 6 1 Tras la extracci n del cartucho de reactivo usado del instrumento extraiga la cubierta protectora de goma sobre la ranura junto a la posici n n 6 Figura 22 Posici n n 6 extra ble A Cubierta protectora de goma B Posici n n 6 2 Presione hacia abajo la pesta
92. so Si el instrumento se configura para BaseSpace o BaseSpace Onsite se abre la pantalla de inicio de sesi n de BaseSpace Secuenciaci n Inicio de sesi n en BaseSpace 1 Introduzca su nombre de usuario y contrase a de BaseSpace 2 Seleccione Next Siguiente Carga de la celda de flujo 1 Extraiga la celda de flujo utilizada del experimento anterior 2 Utilice los pasadores de alineaci n para colocar la celda de flujo en la platina Figura 17 Carga de la celda de flujo 3 Seleccione Load Cargar La puerta se cierra autom ticamente el Id de la celda de flujo aparece en la pantalla y se comprueban los sensores 4 Seleccione Next Siguiente Vaciado del contenedor de reactivos usados 1 Extraiga el contenedor de reactivos usados y deseche el contenido de conformidad con las normas aplicables 2 N de referencia 15046563 Rev ESP Figura 18 Extracci n del contenedor de reactivos usados y W NOTA Cuando retire el contenedor coloque la otra mano debajo de este para sujetarlo y ADVERTENCIA Este grupo de reactivos contiene formamida una amida alif tica que es una toxina que puede alterar la capacidad reproductora Evite su inhalaci n ingesti n y el contacto con la piel o los ojos puesto que puede provocar lesiones Utilice equipos de protecci n entre ellos gafas de protecci n guantes y bata de laboratorio Manipule los reactivos usados como residuos qu micos y des chelos de conformidad co
93. ste documento antes de usar estos productos SI NO SE LEEN COMPLETAMENTE NI SE SIGUEN EXPRESAMENTE TODAS LAS INSTRUCCIONES AQU CONTENIDAS PODR AN PRODUCIRSE DA OS EN EL PRODUCTO LESIONES EN PERSONAS USUARIOS U OTROS Y DA OS EN OTRA PROPIEDAD ILLUMINA NO ASUME RESPONSABILIDAD ALGUNA DERIVADA DEL USO INCORRECTO DEL SOFTWARE Y DE LOS PRODUCTOS AQU DESCRITOS INCLUIDAS LAS PIEZAS Y EL SOFTWARE O 2015 Illumina Inc Todos los derechos reservados Illumina 24sure BaseSpace BeadArray BlueFish BlueFuse BlueGnome cBot CSPro CytoChip DesignStudio Epicentre GAIIx Genetic Energy Genome Analyzer GenomeStudio GoldenGate HiScan HiSeq HiSeq X Infinium iScan iSelect MiSeq NeoPrep Nextera NextBio NextSeq Powered by Illumina SeqMonitor SureMDA TruGenome TruSeq TruSight Understand Your Genome UYG VeraCode verifi VeriSeq el color naranja calabaza y el dise o de las bases de streaming son marcas comerciales de Illumina Inc o de sus filiales en EE UU u otros pa ses Todos los dem s nombres logotipos y marcas comerciales son propiedad de sus respectivos due os N de referencia 15046563 Rev ESP Historial de revisiones N e de Revisi n Fecha referencia 15046563 ESP I Mayo de 2015 15046563 H Mayo de 2015 Gu a del sistema NextSeq 500 Descripci n del cambio Correcci n de la descripci n de los dep sitos reservados en el cartucho de reactivos Correcci n del volumen de Tween 20 en la sol
94. tampones e hipoclorito de sodio al 0 12 cartucho de lavado de reactivos Es necesario si no se ha realizado el lavado autom tico posterior al experimento Para llevar a cabo un lavado manual se debe usar el cartucho de lavado de reactivos y el cartucho de lavado de tampones suministrados con el instrumento as como una celda de flujo usada Una celda de flujo usada se puede utilizar hasta 20 veces para los lavados del instrumento Figura 24 Cartucho de lavado de reactivos y cartucho de lavado de tampones Preparaci n para un lavado manual posterior al experimento Consumibles proporcionados por el usuario e NaOCI e Tween 20 al 100 e Agua de laboratorio Gu a del sistema NextSeq 500 Volumen y descripci n 1 ml diluido al 0 12 Se carga en el cartucho de lavado de reactivos posici n n 28 Se utiliza para realizar una soluci n de lavado Tween 20 de 125 ml al 0 05 Se carga en el cartucho de lavado de tampones dep sito central 39 enueu opere un ap UVIDEeZI eaHL Mantenimiento NOTA Utilice siempre una diluci n de NaOCl nueva preparada en las ltimas 24 horas Si prepara un volumen superior a 1 ml almacene la diluci n sobrante a una temperatura entre 2 y 8 C para utilizar en las pr ximas 24 horas De lo contrario deseche la diluci n de NaOCI sobrante Combine los siguientes vol menes en un tubo de microcentr fuga para que d como resultado 1 ml de NaOCI al 0 12 NaO
95. te reiniciar el software del sistema apagar el instrumento o salir a Windows Consulte Opciones de apagado en la p gina 17 Descarga la celda de flujo y el cartucho de reactivo y eleva los dispensadores del cartucho de tampones y el contenedor de reactivos usados Enumera las versiones de software el nombre del ordenador el Id el instrumento y el n mero de experimentos ejecutados en el instrumento 13 b3S1X9N 9P 9SJEMIJOS Primeros pasos Par metros de configuraci n del sistema El sistema se configura durante la instalaci n No obstante si es preciso realizar alg n cambio utilice las opciones de configuraci n del sistema Opci n Descripci n Configuraci n de Proporciona opciones para la configuraci n de la direcci n IP red direcci n del servidor de nombre de dominio DNS por sus siglas en ingl s nombre del ordenador y nombre del dominio Configuraci n de Proporciona opciones para m todos de an lisis incluido BaseSpace BaseSpace Onsite modo independiente y supervisi n de experimento en BaseSpace as como par metros de configuraci n para un inicio de sesi n en BaseSpace predeterminado y la generaci n de informes de estado del instrumento BaseSpace La pantalla de configuraci n del sistema incluye los comandos siguientes Back Atr s Vuelve a la pantalla anterior Exit Salir No guarda los cambios y vuelve a la pantalla Manage Instrument Administrar instrumento Save Guardar Guarda
96. tivos contiene formamida una amida alif tica que es una toxina que puede alterar la capacidad reproductora Evite su inhalaci n ingesti n y el contacto con la piel o los ojos puesto que puede provocar lesiones Utilice equipos de protecci n entre ellos gafas de protecci n guantes y bata de laboratorio Manipule los reactivos usados como residuos qu micos y des chelos de conformidad con las normas de seguridad gubernamentales de su regi n Si desea obtener informaci n de seguridad salud y medio ambiente consulte la hoja de datos de seguridad de este kit en support illumina com sds html N de referencia 15046563 Rev ESP Preparaci n de la celda de flujo 1 Extraiga un nuevo paquete de celda de flujo de su almacenamiento a una temperatura de entre 2 y 8 C 2 Deje el paquete de la celda de flujo desembalado a temperatura ambiente durante 30 minutos A NOTA Si el embalaje de aluminio est intacto la celda de flujo puede permanecer a temperatura ambiente hasta 12 horas Evite el enfriamiento y el calentamiento repetidos de la celda de flujo 3 Extraiga la celda de flujo del embalaje de aluminio Figura 11 Extracci n del embalaje de aluminio 4 Abra el estuche de pl stico transparente y extraiga la celda de flujo Figura 12 Extracci n del estuche 5 Limpie la superficie de cristal de la celda de flujo con un pa o sin pelusa humedecido en alcohol Seque el cristal con una toallita de laboratorio sin pelusa
97. tivos usados Todos los dep sitos del cartucho de reactivo est n numerados No perfore la cobertura met lica salvo que se le solicite para cargar las bibliotecas antes de un experimento por ejemplo L ADVERTENCIA y Este grupo de reactivos contiene formamida una amida alif tica que es una toxina que puede alterar la capacidad reproductora Evite su inhalaci n ingesti n y el contacto con la piel o los ojos puesto que puede provocar lesiones Utilice equipos de protecci n entre ellos gafas de protecci n guantes y bata de laboratorio Manipule los reactivos usados como residuos qu micos y des chelos de conformidad con las normas de seguridad gubernamentales de su regi n Si desea obtener informaci n de seguridad salud y medio ambiente consulte la hoja de datos de seguridad de este kit en support illumina com sds html Gu a del sistema NextSeq 500 F ad 4 oI2dIJISa p sajgIiuinsuos sp elausb u 4 UO De1Quanoas a Primeros pasos Dep sitos reservados Figura 5 Dep sitos numerados 25 Posici n E e 10 E e SJ O O O ID O 11 TTS 18 L imoet 60 a e J illumina Descripci n Reservado para cebadores personalizados opcionales Carga de bibliotecas Para obtener informaci n sobre los cebadores personalizados consulte Gu a de cebadores personalizados de NextSeg n de referencia 15057456 Dep sito extra ble de la posici n n 6 El cartucho
98. uci n de lavado utilizada para los lavados manuales Reestructuraci n de la informaci n sobre las opciones de configuraci n del sistema Desplazamiento de la informaci n sobre el software de an lisis en tiempo real al Ap ndice A N 2 de referencia 15046563 Revisi n G Fecha Febrero de 2015 Descripci n del cambio Actualizaci n de las descripciones de software de acuerdo con el software de control de NextSeq v1 4 e Incorporaci n de las opciones de lavado manual lavado r pido y lavado manual posterior al experimento Incorporaci n de la descripci n de las funciones de personalizaci n del experimento para purgar consumibles al final del experimento y omitir la confirmaci n de la comprobaci n previa al experimento Incorporaci n de opci n para cancelar y reiniciar una comprobaci n previa al experimento Incorporaci n de opci n para habilitar la supervisi n del experimento en el modo independiente Eliminaci n de la descripci n de los archivos de desplazamientos y de hebra retrasada que ya no se guardan en la carpeta del experimento Actualizaci n de la imagen de diagrama de dispersi n para mostrar unas llamadas de bases con una distribuci n m s uniforme al utilizar la versi n 1 4 del software del sistema Incorporaci n de descripci n del servicio de copia del experimento Incorporaci n de opci n para utilizar un cebador de ndice 2 personalizado posible con el NextSeq 500
99. y enumeran las versiones de software y firmware utilizadas con el experimento El archivo llamado Nombre del instrumento _CurrentHardware csv muestra los n meros de serie de los componentes del instrumento Registro de errores de RTA Los archivos de registro de errores se actualizan siempre que se produce un error Registro de todos los eventos de RTA Los archivos de registro global se actualizan durante el experimento Registro de eventos de procesamiento de RTA Los archivos de registro de carril se actualizan durante el experimento 4 seusa qoJd ap UVIANJOS ap SONIUDIY Soluci n de problemas Errores de RIA Para solucionar los errores de RTA compruebe primero el registro de errores de RTA que se almacena en la carpeta RTALogs Este archivo no est presente como experimento realizado con xito Incluya el registro de errores al notificar los problemas al servicio de asistencia t cnica de Illumina A S N de referencia 15046563 Rev ESP Live Help La funci n Live Help conecta el instrumento directamente con el personal del servicio de asistencia t cnica de Illumina para resolver problemas Con su permiso un representante del servicio de asistencia t cnica de Illumina podr visualizar la pantalla y compartir el control del instrumento Usted tendr el control principal y podr cerrar la sesi n de uso dJ9H M compartido de la pantalla en cualquier momento El instrumento debe estar conectado
100. y por lo tanto la probabilidad de que sea correcta es superior La puntuaci n Q sirve como una forma concisa de comunicar probabilidades de error peque as Las puntuaciones de calidad se representan como QXX donde XX es la puntuaci n En la siguiente tabla figura la relaci n entre la puntuaci n de calidad y la probabilidad de error Puntuaci n Q Q X Probabilidad de error Q40 0 0001 1 en 10 000 Q30 0 001 1 en 1000 Q20 0 01 1 en 100 Q10 0 1 1 en 10 La puntuaci n de calidad calcula un conjunto de predictores para cada llamada de bases y a continuaci n utiliza los valores de los predictores para determinar la puntuaci n Q en la tabla de calidad Las tablas de calidad se crean para proporcionar predicciones de calidad con una precisi n ptima para experimentos generados mediante una configuraci n de plataforma de secuenciaci n y versi n de qu mica espec ficas Tras determinar la puntuaci n Q los resultados se registran en los archivos de llamadas de bases bcl Para obtener m s informaci n consulte Archivos de resultados de secuenciaci n en la p gina 68 Gu a del sistema NextSeq 500 6 ea81 odua1 Ue sisijeue ap ofeqe ap ofn y Tipo de archivo Archivos de llamadas de bases Archivo de ndice de llamadas de bases An lisis en tiempo real Archivos de ubicaci n de grupos Archivos de filtro Archivos InterOp Archivo de configuraci n de RTA Archivo de informaci n del experi
101. y 3 par de carriles A se adquieren al mismo tiempo Las im genes de carriles 2 y 4 par de carriles B se adquieren tras la adquisici n de las im genes del par de carriles A Aunque la celda de flujo tiene cuatro carriles en la celda de flujo solo se secuencia una sola biblioteca o un conjunto de bibliotecas agrupadas Las bibliotecas se cargan en el cartucho de reactivo en un nico dep sito y se transfieren autom ticamente a la celda de flujo en los cuatro carriles Las im genes de cada carril se adquieren en reas de adquisici n de im genes peque as denominadas placas Si desea obtener m s informaci n consulte Placas de la celda de flujo en la p gina 70 Descripci n general del cartucho de reactivo El cartucho de reactivo es un consumible de un solo uso con etiquetas de seguimiento de identificaci n por radiofrecuencia RFID y dep sitos con cierre met lico que est precargado con reactivos de generaci n de grupos y secuenciaci n Figura 4 Cartucho de reactivo El cartucho de reactivo incluye un dep sito designado para la carga de bibliotecas preparadas Una vez iniciado el experimento las bibliotecas se transfieren de forma autom tica del dep sito a la celda de flujo Varios dep sitos est n reservados para el lavado autom tico posterior al experimento La soluci n de lavado se dispensa desde el cartucho de tampones hasta los dep sitos reservados pasando por el sistema hasta llegar al contenedor de reac
102. z del software de control en pantalla completa El software se ha dise ado para el uso en el modo de pantalla completa Windowed Mode Modo de Windows Permite acceder a Windows en el ordenador del instrumento En este modo probablemente se alterar la interacci n con la interfaz del software como la ubicaci n de los botones Use on screen keyboard Utilizar teclado en pantalla Activa el teclado en pantalla para la entrada de datos al instrumento De manera alternativa conecte un teclado a un puerto USB externo Play audio Reproducir audio Enciende los indicadores de audio para los eventos siguientes e Cuando se inicia el instrumento e Cuando se inicia un experimento e Cuando se producen ciertos errores e Cuando se requiere interacci n del usuario e Cuando ha finalizado un experimento Avatar Image Imagen de avatar Seleccione Browse Examinar para navegar hasta la imagen que prefiera del instrumento En el campo Name Nombre introduzca el nombre de instrumento deseado La imagen y el nombre aparecen en la parte superior de cada pantalla Personalizaci n del experimento Opci n Carga avanzada Purgar consumibles Omitir la confirmaci n de comprobaci n 16 Descripci n Use Advanced Load Consumables Usar consumibles de carga avanzada Seleccione esta opci n para cargar consumibles desde una sola pantalla en lugar de la serie de pantallas de configuraci n del experimento Consulte Opci n de ca

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