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Agilent G2565CA Sistema de escáner de microarrays

1. Gu a del usuario del Sistema de scanner de microarrays Agilent G2565CA Scan Control Software 8 5 Agilent G2565CA Sistema de scanner de microarrays Scan Control Software 8 5 Gu a del usuario 2 Procedimientos iniciales Licencias 20 Activaci n de la licencia de barrido de alta resoluci n 20 Instalaci n de la licencia de barrido de alta resoluci n 20 Licencia de c digo de barras que no sean de Agilent 21 Utilizaci n del scanner 22 Paso 1 Encendido del scanner de microarrays Agilent 22 Paso 2 Inserci n de placas en los portaplacas 25 Paso 3 Carga de los portaplacas en el carrusel 30 Paso 4 Barrido de las placas 33 Paso 5 Extracci n de las placas 34 Paso 6 Ajuste de tiempos para apagado autom tico de los l seres 36 Barrido de las placas 37 Paso 1 Ajuste de la ubicaci n de las ranuras 37 Paso 2 Ajuste del perfil para cambiar todos los ajustes de la tabla de barrido 38 Paso 3 Cambio de ajustes de barrido individuales en la tabla de barrido 39 Paso 4 Inicio del proceso de an lisis del carrusel 40 Paso 5 Transferencia de archivos y archivo de datos 44 En este cap tulo se describe la forma de utilizar el scanner incluida la forma de configurar y procesar las placas de forma r pida y sencilla Si tiene problemas consulte el Cap tulo 5 para obtener informaci n sobre soluci n de problemas EE Agilent Technologies 19 2 Procedimientos iniciales Licencias El scanner Agilent se puede solici
2. Pasadores de alineaci n y ranuras en el scanner y el carrusel Si aparece un mensaje de error en el informe de registro del carrusel que indique que se ha agotado el tiempo de espera del motor este intervalo de espera probablemente se debe a un carrusel montado incorrectamente Compruebe la alineaci n del carrusel y vuelva a montarlo en caso necesario 32 Gu a del usuario del Sistema de scanner de microarrays Agilent G2565CA Scan Control Software 8 5 Procedimientos iniciales 2 Paso 4 Barrido de las placas Un barrido se refiere a crearuna Siga los pasos que se indican a continuaci n para preparar sus imagen de las sondas en una sola placas para realizar el barrido e iniciar el proceso de an lisis placa Un proceso de an lisis del del carrusel Consulte la siguiente secci n Barrido de las carrusel se refiere a los barridos de placas para obtener instrucciones m s detalladas todas las placas incluidas en el carrusel Paso 1 Ajuste de la ubicaci n de las ranuras en la p gina 37 Paso 2 Ajuste del perfil para cambiar todos los ajustes de la tabla de barrido en la p gina 38 Paso 3 Cambio de ajustes de barrido individuales en la tabla de barrido en la p gina 39 Paso 4 Inicio del proceso de an lisis del carrusel en la p gina 40 Paso 5 Transferencia de archivos y archivo de datos en la p gina 44 Gu a del usuario del Sistema de scanner de microarrays Agilent G2565CA Scan C
3. Referencia Informaci n sobre normativa Espa ol Deutsch P ngase en contacto con Agilent Technologies para obtener informaci n adicional sobre reciclaje y eliminaci n 108 Emisiones En esta secci n se incluye informaci n sobre normativa sobre el scanner de microarrays S lo para investigaci n El Scanner de microarrays Agilent G2565CA est concebido SOLO PARA INVESTIGACION Informaci n de ruido ac stico Declaraci n del fabricante Esta declaraci n se facilita para cumplir con los requisitos de la Directiva sobre emisi n de sonidos de Alemania del 18 de enero de 1991 Presi n de sonido Lp lt 70 dB A en posici n del operador funcionamiento normal de acuerdo con EN 27779 Prueba de tipo Die folgende Information wird in bereinstimmung mit den Anforderungen der Maschinenl rminformationsverordnung vom 18 Januar 1991 erteilt Schalldruckpegel am Arbeisplatz bei normalem Betrieb Lp lt 70 dB A nach EN 27779 Typpr fung Reciclaje y eliminaci n Este dispositivo se ha dise ado para permitir el reciclaje al final de su vida til Elimine este dispositivo de acuerdo con la normativa local Interferencias electromagn ticas El scanner est previsto para utilizarse s lo con cables blindados Cumple los niveles de emisiones para equipos de la Clase A de acuerdo con lEC 61326 1 Este equipo no est previsto para utilizarse en reas residenciales Gu a del usuario del Sistem
4. parar barrido 42 perfil definici n 38 46 perfiles 56 cambiar ajustes 47 crear 58 editar 57 placa de cristal especificaciones 104 placas atascadas 81 barrido 33 descripci n para barrido 54 especificaciones 104 insertar en carrusel 25 insertar en portaplacas 25 retirar 34 placas de Agilent entrada autom tica de c digo de barras 50 entrada manual de c digo de barras 51 placas que no sean de Agilent crear regi n de barrido 61 prefijo de nombre 1 y 2 58 preguntas frecuentes 80 preguntas m s frecuentes 80 abrir tapa del scanner 80 placas atascadas 81 programa no responde 81 preparaci n de las instalaciones 14 principios de funcionamiento 17 barrido 17 colocaci n de placas 17 detecci n de fluorescencia 18 excitaci n del l ser 17 sustracci n de desviaciones oscuras 18 proceso de an lisis del carrusel 33 proceso de inicializaci n 23 Profile Editor 57 Profile Editor Editor de perfiles 56 ranura de barrido 40 ranuras vac as comprobar 51 reciclaje y eliminaci n 108 regi n de barrido rea 51 cambiar para placas que no sean de Agilent 64 116 Gu a del usuario del Sistema de scanner de microarrays Agilent G2565CA Scan Control Software 8 5 crear para placas que no sean de Agilent 61 definici n 61 regiones de barrido 56 crear 62 editar 64 registro de informes 42 registro informe 42 relaci n se al ruido 17 relaci n XDR 53 requisitos inform ticos del sistema 12 resoluci n de barrido 52 reti
5. 1 2 Verifique que la placa est correctamente insertada en el portaplacas Consulte Paso 2 Inserci n de placas en los portaplacas en la p gina 25 Verifique que la placa cumpla las especificaciones de Agilent Consulte Especificaciones de las placas en la p gina 104 Si el problema contin a con una placa evidencia alg n problema en dicha placa En algunas placas que no sean de Agilent con bordes traslucidos u opacos la regi n de barrido seleccionada se puede localizar cerca de reas no transparentes del cristal Consulte Creaci n de una nueva regi n con Scan Region Editor Editor de regi n de barrido en la p gina 62 P ngase en contacto con la oficina de ventas local de Agilent y el centro de soporte y servicio Haga lo siguiente 1 2 3 Verifique que el c digo de barras no obstruya la posici n de inicio del barrido Seleccione una regi n de barrido m s peque a Si el problema contin a con una placa evidencia alg n problema en dicha placa P ngase en contacto con la oficina de ventas local de Agilent y el centro de soporte y servicio 94 Gu a del usuario del Sistema de scanner de microarrays Agilent G2565CA Scan Control Software 8 5 Mantenimiento y diagn stico del sistema 5 Tabla 4 Mensajes de error continuaci n Mensaje de error Descripci n o soluci n Cannot eject chip There is already a chip Haga lo siguiente in the slot No se puede expulsar el chip
6. Anchura 91 cm 36 pulg Fondo 71 cm 28 pulg Estas dimensiones cuentan la altura y anchura m xima cuando las puertas de acceso est n abiertas y con una separaci n de 80 mm 3 pulg de fondo para facilitar una ventilaci n adecuada 99 Kg 218 lbs 100 120 220 0240 VCA a 4 A 50 60 Hz Dos fusibles para la fuente de alimentaci n T4A 250 VCA N ref 2110 1309 Fusible de un l ser T500mA 250 VCA N ref 2110 0458 Funcionamiento de 15 a 30 Almacenamiento de 20 a 50 Funcionamiento de 15 al 95 de HR al 30 C Potencialmente sensible a condiciones de condensaci n de humedad Siga las precauciones que se indican en el Cap tulo 5 M xima de funcionamiento 2 300 m 7 500 pies M xima de almacenamiento 4 600 m 15 000 pies Uso en interiores Longitudes de onda de excitaci n e L ser SHG YAG 532 nm e L ser de Helio ne n HeNe 633 nm Alimentaci n de corriente 20 mW a 532 nm y 23 mW a 633 nm ambas controladas a 13 mW 102 Gu a del usuario del Sistema de scanner de microarrays Agilent G2565CA Scan Control Software 8 5 Regi n de barrido m xima Regi n de impresi n de microarray sugerida Pigmentos admitidos Resoluci n tama o en pixeles Error de colocaci n de pixel Uniformidad Tiempo de barrido Intervalo din mico Referencia 6 Agilent G2565CA 71 mm x 21 6 mm 1 mm menos que la regi n de barrido a la derecha 2 mm a la izquierda y 0 6 mm en la parte
7. 40 Guia del usuario del Sistema de scanner de microarrays Agilent G2565CA Scan Control Software 8 5 Procedimientos iniciales 2 Tenga en cuenta que los mensajes de la ventana Status Estado del cuadro de di logo Scan Progress Progreso de barrido le mantienen informado del progreso de cada barrido y de los procesos de an lisis del carrusel Cuando se complete el proceso de an lisis del carrusel el cuadro Status indica Carousel run completed La secci n Carousel Report Log Al final de un proceso de an lisis de carrusel aparece Informe de registro del carrusel pre autom ticamente Carousel Report Log Informe de registro del senta informaci n de barrido y los men carrusel sajes de error que se producen durante el proceso de an lisis del carrusel AGILENT SCANNER CAROUSEL REPORT LOG Fri Apr 11 11 01 38 2008 Scanner SN US1470PPB1 Carousel run requested from Slot 1 to Slot 29 Total number of slide s detected 29 Scanned image D New Folder US1470PPB1_123456789012_5S01 tif Scan completed Scanned image D New Folder US1470PPB1_251554817094_ 5S01 tif Scan completed Scanned image D New Folder US1470PPB1_251554819356_501 tif Scan completed Scanned image D New Folder US1470PPB1_251554819966_501 tif Scan completed Figura 21 Carousel Report Log Informe de registro del carrusel Si desea volver a abrir el registro del informe del carrusel final despu s de haber cerrado el cuadro de di logo Scan
8. 4 Ya hay un chip en la ranura 2 Abra la tapa del scanner Retire el portaplacas de la ranura inicial Cannot load chip moving the arm maybe Haga lo siguiente unsafe No se puede cargar el chip 1 mover el brazo puede resultar inseguro 2 Abra la tapa del scanner Si el brazo de carga autom tica est parcialmente extendido en el compartimento del carrusel emp jelo suavemente en el scanner hasta que llegue al tope Si contin a el problema p ngase en contacto con la oficina de ventas local de Agilent y al centro de servicio y soporte Command timed out Tiempo de espera Haga lo siguiente de comando agotado 1 27 Verifique que el cable USB est conectado desde el scanner de microarrays a la estaci n de trabajo de PC Apague el scanner de microarrays y vuelva a encenderlo Reinicie el programa Scan Control Si contin a el problema p ngase en contacto con la oficina de ventas local de Agilent y al centro de servicio y soporte Connection manager reports that there Causas posibles para que surja este error are no instruments El administrador de conexiones informa de que no hay instrumentos Es posible que el scanner de microarrays no est encendido o lo ha encendido pero no ha esperado lo suficiente para que el scanner de microarrays complete la autocomprobaci n y la inicializaci n Seleccione OK para cerrar el mensaje de Scan Control espere unos minutos e int ntelo de nuevo Es posible que el
9. Clasificaci n de equipos requisitos y gu a del usuario incluida Enmienda 1 1992 y Enmienda 2 1995 Gu a del usuario del Sistema de scanner de microarrays Agilent G2565CA Scan Control Software 8 5 109 6 110 Referencia Especificaciones del c digo de barras y de la etiqueta del c digo de barras e Grado de poluci n 2 e Categor a de instalaci n II Equipo de la clase 1 requiere un sistema de toma de tierra e Producto l ser de la Clase 1 e Producto aprobado por UL CSA Gu a del usuario del Sistema de scanner de microarrays Agilent G2565CA Scan Control Software 8 5 Referencia 6 Comprobaci n de voltaje de entrada Verificaci n del voltaje de entrada Antes de encender el scanner de microarrays por primera vez o tras haber sido trasladado a otro sitio verifique que el voltaje de entrada en la parte trasera del instrumento est ajustado con el valor correcto El ajuste del voltaje de entrada se puede ajustar en uno de los cuatro valores e 100 VCA e 120 VCA e 220 VCA e 240 VCA 1 Mire la parte trasera del scanner de microarrays 2 Consulte el ajuste de voltaje de entrada en la peque a ventana Ventana de visualizaci n del ajuste del voltaje de entrada Figura 43 Ventana de visualizaci n del ajuste del voltaje de entrada 3 Si el ajuste del voltaje de entrada coincide con el voltaje de la l nea puede encender con seguridad el scanner de microarrays Si el ajuste de voltaje de entrad
10. Editor Editor de regi n de barrido en la barra de men s Figura 27 Agilent Technologies Scan Region Editor File Help QS X la x Scanner G2505C A A i 09 aaan an an aia H H V i i leen H T Scan Region H 3 10 1 90 E Min upper left comer I G H Max lower right comer T 74 20 23 50 i y Slide Slide Holder A CEA ESOR 11 00 61 00 FastMiddle 61 00 Fast71mm 3 10 1 90 71 00 2 00 PGWTestl 11 00 1 90 61 00 2 00 PGWTest2 61 00 Scan Region Editor Editor de regi n de barrido Gu a del usuario del Sistema de scanner de microarrays Agilent G2565CA Scan Control Software 8 5 61 4 Utilizaci n de herramientas En el men Start Iniciar e Seleccione Start Iniciar gt Programs Programas gt Agilent Life Sciences gt Scan Region Editor Editor de regi n de barrido en la barra de tareas No es posible acceder a la opci n de men de Scan Region Edi tor Editor de regi n de barrido en la ventana principal cuando el scanner est funcionando S lo puede crear y cambiar nuevas regiones de barrido a trav s del men Start Iniciar Creaci n de una nueva regi n con Scan Region Editor Editor de regi n de barrido Al crear una nueva zona de barrido o utilizar regiones de barrido existentes aseg rese de que se encuentre al menos 4 mm alejada de la etiqueta del c digo de barras y que no se solape con otras reas opacas o
11. Indice de refracci n de 1 510 a 1 515 la n 61 0 detalladas del cr 60 0 1Caciones f 1 pulgada de anchura 25 4 mm 0 45 mm o 0 7 mm del cristal i Alta calidad con fluorescence e 3 pulgada de longitud 7 62 cm 0 25 mm o 1 4 mm 1 mm de grosor 0 1 mm e Sin placas duplicadas El scanner de microarrays utiliza portaplacas para introducir y sacar las microarrays del carrusel Estos portaplacas se han dise ado para aceptar piezas de cristal de 1 x 3 pulgadas Las espec icaciones qye Regi n de barrido de Agilent G2565CA Especif Referencia Espec 6 25 4 0 7 or 0 45 1 0 Gu a del usuario del Sistema de scanner de microarrays Agilent G2565CA Scan Control Software 8 5 Figura 40 104 Referencia 6 Especificaciones del c digo de barras y de la etiqueta del c digo de barras Especificaciones del c digo de barras de placas Agilent El scanner G2565CA lee los c digos de barra colocados en el lado activo de la placa Para compatibilidad con versiones anteriores con los scanners del modelo G2565AA las microarrays Agilent contin an teniendo c digos de barra en ambos lados La etiqueta con el texto Agilent indica el lado activo la etiqueta con el valor num rico es el lado inactivo Ejemplo de placa con doble c digo de barras Superficie inactiva del cristal CARA 1 EbZ000ZtY00091 Superficie Superficie activa de la activa de la microar
12. Progress puede encontrarlo en C Program FilesAgilent MicroarrayYLogs CarouselRunLog htm Gu a del usuario del Sistema de scanner de microarrays Agilent G2565CA Scan Control Software 8 5 41 2 Procedimientos iniciales Consulte la Gu a de inicio r pido de Feature Extraction Software que se incluye con los materiales del scanner Este archivo se sobrescribe cada vez que se inicia el proceso de an lisis del carrusel Una vez finalizado el proceso de an lisis puede retirar las placas Consulte la Paso 5 Extracci n de las placas en la p gina 34 Visualizaci n del informe de registro del carrusel durante el proceso de an lisis Tambi n puede ver el registro de informes del carrusel en cualquier momento durante el proceso de an lisis del carrusel Haga clic en View Report Ver informe en el cuadro de di logo Scan Progress Progreso de barrido Revisi n de los datos durante o despu s del proceso de an lisis Una vez transferidos los datos para un barrido abra el archivo en el software Feature Extraction de Agilent o en otro programa Si ha instalado Feature Extraction 10 x en el disco duro de otro equipo debe transferir los archivos de im genes despu s del proceso de an lisis Consulte Paso 5 Transferencia de archivos y archivo de datos en la p gina 44 Cancelaci n de un barrido En cualquier momento puede detener el barrido o el proceso de an lisis del carrusel Haga clic en el
13. Puede reinicializar este aviso de atenci n utilizando la herramienta Reset default settings Calibraci n de PMT Calibration Warnings Consulte Herramientas adicionales en la p gina 68 Si perdida Utilizando ajustes contin a este aviso de atenci n o vuelve a aparecer p ngase en contacto con la predeterminados de f brica oficina de ventas local de Agilent y al centro de servicio y soporte Slide skipped because it is outside the Haga lo siguiente allowable thickness range or the selected 1 Compruebe si la placa saltada tiene un c digo de barras residuos de scan region contains an obstruction to hibridaci n u otra obstrucci n no transparente que haya interferido en la the initial focus positions Placa saltada posici n de enfoque inicial La posici n de enfoque inicial principal se por estar fuera de los valores de grosos encuentra a 1 o 2 mm a la izquierda de la regi n de barrido en la fila superior p rmitidos o la regi n de barrido de la regi n de barrido seleccionada contiene una obstrucci n 2 Mida el grosor del cristal y verifique que cumple con las especificaciones de para las posiciones de enfoque inicial Especificaciones de las placas en la p gina 104 The autoloader loading arm is in an Haga lo siguiente unknown location It is unclear if itis safe 4 Abra la tapa del scanner to ONS the carousel El brazo d carga 2 Siel brazo de carga autom tica est parcialmente extendido en el autom toca est en una posici
14. Scan Control Software 8 5 Modificaci n de los ajustes de barrido 3 Reinicializaci n de los ajustes de la tabla de barrido con los valores del perfil actual Los valores del perfil que aparecen al reinicializar son los valores originales encontrados en el perfil seleccionado 1 Haga clic en la celda o celdas cuyo s ajuste s pretende reinicializar Haga clic en una celda individual o bien Haga clic en la cabecera de una columna o bien Arrastre el cursor por celdas de una columna para seleccionar celdas contiguas o bien Pulse Ctrl y seleccione celdas no contiguas dentro de una columna de una vez o bien Haga clic en la cabecera Slot Ranura en la esquina superior izquierda de la tabla para seleccionar todas las celdas de la tabla de barrido 2 Haga clic con el bot n secundario del rat n en el rea seleccionada y seleccione Reset to Profile Value Reiniciar con valor de perfil Reset to Profile Value Fit Columns to Window Best Fit Column Sizes Refresh Table Figura 25 Men de acceso directo para volver a los valores originales de todos los ajustes seleccionados en el perfil actual Los ajustes del perfil actual aparecen en el rea seleccionada Gu a del usuario del Sistema de scanner de microarrays Agilent G2565CA Scan Control Software 8 5 49 3 Modificaci n de los ajustes de barrido Ajuste de la tabla de barrido En esta secci n se describen los ajustes de la tabla de barrido que pueda c
15. bot n Abort Abortar en el cuadro de di logo Scan Progress Progreso de barrido Aparece el siguiente mensaje 42 Gu a del usuario del Sistema de scanner de microarrays Agilent G2565CA Scan Control Software 8 5 Procedimientos iniciales 2 Paso 1 Ajuste de la ubicaci n de las ranuras Carousel Run Abort p x 2 Do you want to abort the carousel run now Click Yes to abort the run now you may lose scan data Click No to abort the run after the current scan is done Click Cancel to cancel your abort command w f cos Figura 22 Mensaje de cancelaci n de proceso de an lisis del carrusel El Scanner de microarrays puede tardar un minuto o dos en terminar la cancelaci n del barrido aunque se seleccione Yes Los datos recopilados se guardan para un an lisis posterior Gu a del usuario del Sistema de scanner de microarrays Agilent G2565CA Scan Control Software 8 5 43 2 Procedimientos iniciales Paso 5 Transferencia de archivos y archivo de datos e Al final del proceso de an lisis transfiera los archivos a otra carpeta en caso necesario Puede transferir el archivo o archivos a cuatro lugares diferentes Nueva carpeta debajo de la carpeta original en la unidad local configurada para la ruta de salida Otra carpeta en la unidad local Carpeta en la red Al final debe transferir los datos al PC donde se encuentra el programa Feature Extraction CD o DVD En cada estaci n de trabajo de PC se incl
16. gt Carousel Check Comprobaci n de carrusel El programa comprueba primero las ranuras vac as del carrusel y etiqueta como No chip Sin chip cada celda del ID de placa que no tenga placa A continuaci n el programa lee los c digos de barra de todas las placas y los coloca en las celdas de ID de placa Dye channel Determina si se recopila s lo rojo por ejemplo pigmento Cy 5 Canal de s lo verde por ejemplo pigmento Cy 3 o ambas informaciones pigmento del canal La selecci n no afecta al tiempo del barrido pero al seleccionar s lo un canal de pigmento reduce el tama o de archivo en la mitad Scan region La scan region regi n de barrido determina el rea de la Regi n de placa que se procesa Debe ser lo suficientemente grande para barrido capturar toda la regi n de impresi n de la microarray Debe ser lo suficientemente peque a para evitar procesar demasiado cerca del c digo de barras u otras reas de los bordes de la placa no transparentes y que afecten a la capacidad del scanner de realizar el enfoque autom tico debidamente Minimizar la regi n de barrido tambi n reducir el tiempo de barrido y el espacio de almacenamiento Agilent proporciona una regi n de barrido adecuada para todas las placas de alta densidad y Agilent G3 y otra adecuada para procesar completamente entre 1 y 3 placas sin etiquetas de c digos de barra Gu a del usuario del Sistema de scanner de microarrays Agilent G2565CA S
17. n compartimento del carrusel emp jelo suavemente en el scanner hasta que desconocida No est claro si resulta llegue al tope seguro mover el carrusel 3 Cierre el programa Scan Control y rein cielo 4 Si contin a el problema p ngase en contacto con la oficina de ventas local de Agilent y al centro de servicio y soporte The chip carousel is not present Please Coloque el carrusel en el scanner de microarrays y reinicie el proceso de an lisis place the carousel in the scanner and try del carrusel Consulte Paso 2 Inserci n de placas en los portaplacas en la again El carrusel del chip no est p gina 25 presente Coloque el carrusel en el scanner e int ntelo de nuevo Gu a del usuario del Sistema de scanner de microarrays Agilent G2565CA Scan Control Software 8 5 97 5 Mantenimiento y diagn stico del sistema Tabla 4 Mensajes de error continuaci n Mensaje de error Descripci n o soluci n The carousel may be misaligned Please remove the carousel make sure that its opening is aligned with home position and reinsert the carousel Puede que el carrusel est mal alineado Retire el carrusel aseg rese de que su abertura est alineada con la posici n de inicio y reinserte el carrusel The slide failed to eject Pressing OK will re initialize the instrument Fallo al expulsar placa Si pulsa OK se reinicializar el instrumento The software has detected a serious sensor error that may have exist
18. nivel de sensibilidad alta se ajusta mediante Red o Green PMT Gain La funci n XDR se desactiva autom ticamente una vez activada en valores por debajo del 10 Ajustar la columna de relaci n de XDR ordena al scanner que realice un segundo barrido con ajustes de PMT m s bajos Por ejemplo si los PTM rojo y verde se ajustan al 100 y la relaci n de XDR se ajusta en 0 1 el segundo barrido se realizar con los PMT ajustados al 10 El ajuste de PMT m s bajo disponible es 1 El bot n Browse Examinar le permite seleccionar el directorio en el que almacenar los datos desde cada barrido Agilent reco mienda recopilar los datos en un directorio local en un disco duro secundario Es posible que tambi n pueda seleccionar un directorio de red Si experimenta un problema de acceso a red durante el barrido los datos se guardar n en un directorio local temporal y se incluir un mensaje de atenci n en el informe de ejecuci n del carrusel Descripci n de cada placa que se va a procesar Esta informaci n pasa a formar parte de la informaci n del archivo que se puede ver en el software Feature Extraction Gu a del usuario del Sistema de scanner de microarrays Agilent G2565CA Scan Control Software 8 5 Agilent G2565CA Sistema de scanner de microarrays Scan Control Software 8 5 Gu a del usuario 4 Utilizaci n de herramientas Creaci n Edici n de perfiles utilizando Profile Editor 57 Creaci n edici n de regiones de barrid
19. second Data bits Parity Stop bits Flow control c Haga clic en Aceptar Aparece la ventana Scanner HyperTerminal 8 Haga clic en Archivo gt Guardar para guardar el archivo en Scanner ht y cierre la ventana 9 Haga clic en S cuando se le pregunte si desea cortar la conexi n 10 Cree un icono de acceso directo Scanner ht en el escritorio a Haga clic en Inicio gt Programas gt Accesorios gt Comunicaciones b En el submen de HyperTerminal haga clic con el bot n derecho del rat n en Scanner ht Tenga en cuenta que el submen de HyperTerminal se ha a adido a la parte inferior del men Comunicaciones No haga clic con el bot n derecho del rat n en el icono de programa HyperTerminal hacia la parte superior del men c En el men de acceso directo haga clic en Crear acceso directo d Haga clic y arrastre el acceso directo a Scanner ht en el escritorio Gu a del usuario del Sistema de scanner de microarrays Agilent G2565CA Scan Control Software 8 5 89 5 90 Mantenimiento y diagn stico del sistema 11 Inicie la sesi n de captura de texto de HyperTerminal Haga doble clic en el icono Scanner ht en el escritorio Haga clic en Transferir gt Capturar texto Haga clic en Examinar En el cuadro de di logo Seleccionar Capturar archivo busque la unidad de Archivo E Cree una nueva carpeta con el nombre Soporte En la carpeta Soporte cree una nueva carpeta y ll mela Archiv
20. tiene que trasladar el scanner de microarrays existe una la posibilidad de que su rendimiento se vea afectado negativamente Llame a la oficina de ventas local de Agilent y al centro de servicio y soporte si necesita ayuda para trasladar el scanner de microarrays Coloque el scanner de microarrays en un banco de laboratorio o una mesa resistente Evite apoyarse sobre el scanner de microarrays Para prolongar la vida de los l seres config relo para que los l seres se enciendan y se apaguen autom ticamente Consulte Configuraci n con los tiempos para encender y apagar los l seres en la p gina 65 en el Cap tulo 4 Tras encender deje que el l ser se caliente y se estabilice El tiempo de calentamiento m ximo es 30 minutos Mantenga el suelo del carrusel limpio utilizando un pa o sin disolventes No utilice acetona u otros disolventes para limpiar No toque los engranajes del rea del carrusel ADVERTENCIA No retire las cubiertas No intente reparar ni acceder a los componentes internos Podr a exponerse a alto voltaje y a una radiaci n peligrosa del l ser 76 Gu a del usuario del Sistema de scanner de microarrays Agilent G2565CA Scan Control Software 8 5 Mantenimiento y diagn stico del sistema 5 Diagn stico del sistema El scanner de microarrays Agilent se ha dise ado para requisitos de escaso mantenimiento y gran facilidad de uso Si no puede resolver el problema que tenga en el sistema lea e
21. translucidas de la placa 1 Seleccione File Archivo gt New Region Nueva regi n en la barra de men s de Scan Region Editor Editor de regi n de barrido Add New Region olx Name Ranges mm mm 310 6910 D mm 1 90 23 40 Width mm 500 71 00 m Height mm 010 21 60 Save Exit Figura 30 Cuadro de di logo Add New Region A adir nueva regi n 2 Introduzca el nombre o tama o de la regi n 3 Introduzca las medidas en mm de la regi n utilizando los criterios que se incluyen a continuaci n Los valores no v lidos aparecer n en rojo 62 Gu a del usuario del Sistema de scanner de microarrays Agilent G2565CA Scan Control Software 8 5 Utilizaci n de herramientas 4 Creaci n de una nueva regi n con Scan Region Editor Editor de regi n de barrido X Medici n del eje X par la esquina superior izquierda Introduzca esta medici n y la del eje Y en mm para ubicar la regi n de la placa Y Medici n del eje Y par la esquina superior izquierda Width Anchura de la regi n de barrido medida desde el extremo de Anchura la medici n del eje X en la esquina superior izquierda Height Altura Altura de la regi n de barrido medida desde el extremo de la medici n del eje X en la esquina superior izquierda Ranges Intervalo de valores que puede introducir para cada Intervalos medici n 4 Haga clic en Save Guardar Si no se detecta ning n error aparece Scan Region Editor Editor de reg
22. 5 ndice A abrir tapa del scanner 80 ajuste de canal de pigmento 51 ajuste de nivel de sensibilidad PMT 53 ajuste de ruta de salida 54 ajuste de ubicaci n de ranuras 37 ajuste de voltaje entrada 111 ajustes de barrido asignaci n autom tica de nombre de archivo 58 cambiar 46 cambio en tabla de barrido 39 dividir y girar imagen 60 ajustes de barrido por defecto 57 65 ajustes de la tabla de barrido cambiar 46 cambiar a trav s de perfiles 47 cambio individual 48 canales de pigmentos 51 descripci n de placa 54 ganancia de PTM rojo y verde 53 intervalo din mico del archivo TIFF 52 nivel de sensibilidad PMT 53 regi n de barrido 51 reinicializar a valores del perfil actual 49 relaci n XDR 53 resoluci n de barrido 52 ruta de salida 54 slide 1D id de placa 50 ajustes de perfil comprimir TIFF 60 dividir girar imagen 60 no en tabla de barrido 58 prefijo de nombre 1 y 2 58 archivar datos 72 archivo de datos 34 44 archivo asignaci n autom tica de nombre 58 asignaci n de nombre de archivo autom tico 58 autom tica asignaci n de nombre de archivo 58 barrido 17 barrido de placas 33 37 ajuste de ubicaci n de ranuras 37 iniciar proceso de an lisis 40 seleccionar un perfil 38 barrido definici n 33 barridos tabla de espacio de almacenamiento y tiempo de barrido 53 C cancelar barrido 42 capturar datos de diagn stico 87 caracter sticas el sistema 10 Carousel Report Log Informe de registr
23. Agilent G2565CA Sistema de esc ner de microarrays Scan Control Software 8 5 con Tecnolog a de alta resoluci n SureScan Gu a del usuario Junio de 2010 S lo para uso en investigaci n No utilizarse en procedimientos de diagn sticos Agg Agilent Technologies Avisos O Agilent Technologies Inc 2010 Ninguna parte de este manual puede reproducirse en forma alguna o por medio alguno incluido el almacenamiento y recuperaci n electr nicos o la traducci n a otro idioma sin el acuerdo previo y el consentimiento por escrito de Agilent Technologies Inc tal y como establecen las leyes de derechos de autor internacionales y de los Estados Unidos N mero de referencia del manual G2505 95021 Edici n Junio de 2010 Impreso en EE UU Agilent Technologies Inc 5301 Stevens Creek Blvd Santa Clara CA 95051 EE UU Windows es una marca registrada en los EE UU de Microsoft Corporation Pentium es una marca registrada en los EE UU de Intel Corporation Garant a El material contenido en este docu mento se facilita tal cual y est sujeto a cambios sin previo aviso en ediciones futuras Asimismo y en la medida en que est permitido por la legislaci n aplicable Agilent rechaza todas las garant as ya sean expresas o t citas relativas a este manual y a la informaci n contenida en el mismo incluidas a t tulo enunciativo pero no limitativo las garant as impl citas de comercia
24. Apertura de la cubierta 4 Coloque la placa en el portaplacas con el extremo de la misma apoyado totalmente en el saliente trasero La superficie de la microarray activa debe estar colocada hacia arriba 26 Gu a del usuario del Sistema de scanner de microarrays Agilent G2565CA Scan Control Software 8 5 Procedimientos iniciales 2 Superficie de microarray activa Saliente del portaplacas Figura 10 Colocaci n correcta de la placa sobre el saliente 5 Alinee la placa con el portaplacas siguiendo estas dos normas El extremo que no tiene el c digo de barras se coloca en el saliente trasero La superficie de la placa en la que se deposita la microarray se coloca de cara a la cubierta La microarray se procesa a trav s del cristal Aseg rese de seguir siempre estas normas al alinear una placa Las placas de Agilent tienen dos c digos de barra una en cada lado del cristal Consulte la Figura 11 Generalmente las placas que no son de Agilent s lo tienen un c digo de barras Coloque el lado de la microarray activa de la placa mirando hacia la cubierta del portaplacas Consulte Especificaciones del Si tiene una placa cuyo array detectado se encuentra en el c digo de barras y de la etiqueta lado opuesto de la placa como el c digo de barras el scanner del c digo de barras en la no puede leer el c digo de barras p gina 105 para aplicar un segundo c digo de barras legible ATENCI N Una placa insertada in
25. ChipRegions bak y c mbiele el nombre a ChipRegions ini 3 Sino existe ninguno de estos archivos vuelva a instalar el programa Scan Control 4 P ngase en contacto con la oficina de ventas local de Agilent y el centro de soporte y servicio 96 Gu a del usuario del Sistema de scanner de microarrays Agilent G2565CA Scan Control Software 8 5 Mantenimiento y diagn stico del sistema 5 Tabla 4 Mensajes de error continuaci n Mensaje de error Descripci n o soluci n Not enough disk space to create file El disco duro no tiene espacio en disco suficiente para cerrar un archivo para Espacio en disco insuficiente para crear almacenar los datos de barrido Puede hacer una de las siguientes acciones archivo e Vaya al men principal de Scan Control y defina el directorio de salida en otro directorio de otro disco duro Borre o transfiera los archivos del disco duro actual Consulte Paso 5 Transferencia de archivos y archivo de datos en la p gina 44 PMT calibration may be unstable Using Puede reinicializar este aviso de atenci n utilizando la herramienta Reset last known PMT setting Calibraci n de Calibration Warnings Consulte Herramientas adicionales en la p gina 68 Si PMT inestable Utilizando ltimo ajuste contin a este aviso de atenci n o vuelve a aparecer p ngase en contacto con la conocido de PMT oficina de ventas local de Agilent y al centro de servicio y soporte PMT calibration lost Using factory
26. No puede iniciar el proceso de an lisis del carrusel hasta que se calienten ambos l seres Figura 7 Ventana principal de Scan Control cuando los l seres est n listos 24 Gu a del usuario del Sistema de scanner de microarrays Agilent G2565CA Scan Control Software 8 5 Procedimientos iniciales 2 Paso 2 Inserci n de placas en los portaplacas Las huellas de dedos pueden causar errores en la detecci n de fluorescencia Para obtener lecturas precisas toque s lo los bordes de la placa y utilice siempre guantes al manipular las placas Asimismo ni escriba en las placas con rotuladores ni coloque ninguna etiqueta que no sea el c digo de barras apropiado Debe introducirse una placa en un portaplacas antes de cargarla en el carrusel El portaplacas protege la placa durante el barrido Figura 8 Carga de placas en el portaplacas 1 Mantenga el portaplacas en los lados con el logotipo de Agilent hacia arriba 2 Coloque el pulgar sobre el centro de la cubierta del portaplacas 3 Suavemente presione sobre la cubierta y empuje hacia la parte superior del portaplacas hasta que se suelte la cubierta Para obtener instrucciones sobre la forma de retirar las placas consulte Paso 5 Extracci n de las placas en la p gina 34 Gu a del usuario del Sistema de scanner de microarrays Agilent G2565CA Scan Control Software 8 5 25 2 Procedimientos iniciales Cubierta del portaplacas abierta Figura 9
27. Paso 6 Ajuste de tiempos para apagado autom tico de los l seres Puede prolongar la duraci n del l ser haciendo que el instrumento apague autom ticamente los l seres tras un tiempo especificado Consulte Configuraci n con los tiempos para encender y apagar los l seres en la p gina 65 en el Cap tulo 4 Utilizaci n de herramientas para obtener m s informaci n No tiene que apagar el scanner de microarrays Si desea apagar el scanner siga estas instrucciones 1 Haga clic en Exit Salir en la ventana principal de Scan Control Para evitar cierres intermitentes de la comunicaci n cierre el programa Scan Control antes de apagar el Scanner de microarrays 2 Espere unos segundos y verifique que la tapa del Scanner de miroarrays est desbloqueada Levante la tapa 4 Apague el interruptor de alimentaci n de la parte delantera del Scanner de microarrays ATENCI N No intente levantar la tapa hasta que oiga como se desbloquea Si intenta levantar la tapa mientras se desbloquea el Scanner de microarrays puede causar un atasco 36 Gu a del usuario del Sistema de scanner de microarrays Agilent G2565CA Scan Control Software 8 5 Procedimientos iniciales 2 Barrido de las placas Paso 1 Ajuste de la ubicaci n de las ranuras Si desea procesar placas en las 48 ranuras vaya a Paso 2 Ajuste del perfil para cambiar todos los ajustes de la tabla de barrido en la p gina 38 1 En el cuadro Start s
28. a abajo situada al lado de la selecci n o selecciones 3 Seleccione una regi n de barrido en la lista de regiones de barrido Consulte Cambiar ajustes individuales de la tabla de barrido en la p gina 48 4 Inicie el barrido o el proceso de an lisis del carrusel 98 Gu a del usuario del Sistema de scanner de microarrays Agilent G2565CA Scan Control Software 8 5 Mantenimiento y diagn stico del sistema 5 Tabla 4 Mensajes de error continuaci n Mensaje de error Descripci n o soluci n You must select at least one dye channel Debe seleccionar al menos un canal de pigmento You must close the door first Debe cerrar primero la puerta Warning The laser power does not fall within expected thresholds Please contact an Agilent representative Atenci n la alimentaci n del l ser no cae en los umbrales esperados P ngase en contacto con un representante de Agilent 1 Seleccione la ranura o ranuras cuyo canal de pigmento pretenda cambiar 2 Haga clic en la flecha abajo situada al lado de la selecci n o selecciones 3 Seleccione un ajuste de canal de pigmento en la lista Consulte Dye channel Canal de pigmento en la p gina 51 Las operaciones de inicializaci n y barrido del scanner de microarrays no se pueden realizar con la tapa del scanner de microarrays abierta Cierre la tapa Espere el tiempo de calentamiento necesario unos 30 minutos cuando el mensaje de estado del programa Scan Co
29. a de scanner de microarrays Agilent G2565CA Scan Control Software 8 5 Referencia 6 Inmunidad Este dispositivo cumple los niveles de inmunidad exigidos en IEC 61326 1 para un entorno no industrial no controlado Consulte la Declaraci n de conformidad que se adjunta sobre los niveles espec ficos Canada This ISM Industrial Scientific Medical device complies with Canadian ICES 001 Cet appareil ISM est conforme a la norme NMB 001 du Canada Informaci n de seguridad Este scanner cumple los siguientes est ndares de seguridad CAN CSA No C22 2 No 1010 1 92 CAN CSA C22 2 No 1010 1B 97 UL Std No 3101 1 UL Std No 3111 1 ISA S82 01 1994 IEC 61010 1 IEC 825 1 EN60825 1 Requisitos de seguridad para equipo el ctrico para medici n control y uso en laboratorio Parte 1 Requisitos generales Incluye Enmienda 1 Enmienda 2 a CAN CSA C22 2 No 1010 1 92 Requisitos de seguridad para equipo el ctrico para medici n control y uso en laboratorio Parte 1 Requisitos generales Equipo el ctrico para uso en laboratorio Parte 1 Requisitos generales Equipo para uso en mediciones Parte l Requisitos generales Est ndares de seguridad para prueba medici n control el ctricos y electr nicos y equipo relacionado Requisitos generales Requisitos de seguridad para equipo el ctrico para medici n control y uso en laboratorio Parte 1 Requisitos generales Seguridad de productos l ser Parte 1
30. a no coincide con el voltaje de la l nea cambie el ajuste del voltaje Gu a del usuario del Sistema de scanner de microarrays Agilent G2565CA Scan Control Software 8 5 111 6 Referencia Cambio del ajuste del voltaje 1 Desconecte el cable de alimentaci n el ctrica ADVERTENCIA Desconecte siempre el cable de alimentaci n antes de cambiar el ajuste de voltaje de entrada 2 Utilice un destornillador plano peque o para retirar la leng eta peque a de pl stico que se encuentra en el borde inferior del portafusibles Portafusibles Figura 44 Extracci n del portafusibles para la fuente de alimentaci n 3 Saque el portafusibles 112 Gu a del usuario del Sistema de scanner de microarrays Agilent G2565CA Scan Control Software 8 5 Referencia 6 4 Utilice unas pinzas peque as para retirar el selector de voltaje Selector de voltaje Portafusibles Figura 45 Extracci n del selector de voltaje del portafusibles 5 Inserte el selector de voltaje de forma que el n mero que se muestre coincida con el voltaje de la l nea 6 Vuelva a introducir el portafusibles hasta que se coloque en su sitio emitiendo un chasquido 7 Conecte el cable de alimentaci n Gu a del usuario del Sistema de scanner de microarrays Agilent G2565CA Scan Control Software 8 5 113 6 Referencia Cambio del ajuste del voltaje 114 Gu a del usuario del Sistema de scanner de microarrays Agilent G2565CA Scan Control Software 8
31. aci n Sustituya los fusibles s lo por fusibles con las mismas caracter sticas o equivalentes Si no est seguro de los fusibles p ngase en contacto con la oficina local de ventas de Agilent y con el centro de soporte y servicio Gu a del usuario del Sistema de scanner de microarrays Agilent G2565CA Scan Control Software 8 5 Mantenimiento y diagn stico del sistema 5 Portafusibles de alimentaci n Figura 37 Extracci n del portafusibles para la fuente de alimentaci n Comprobaci n y sustituci n del fusible del l ser rojo Si se puede encender el scanner de microarrays pero el l ser rojo no est encendido puede comprobar y sustituir f cilmente el fusible del l ser en la parte trasera de la unidad 1 Desconecte el cable de alimentaci n el ctrica 2 Utilice el destornillador peque o plano para desatornilla la tapa circular peque a de pl stico hasta que se suelte Gu a del usuario del Sistema de scanner de microarrays Agilent G2565CA Scan Control Software 8 5 85 5 Mantenimiento y diagn stico del sistema ATENCI N Portafusible del l ser Figura 38 Ubicaci n del portafusible del l ser 3 Saque el portafusibles y compruebe la integridad del fusible 4 Si est fundido sustituya el fusible por un fusible T500mA con una potencia nominal de 250 VCA N ref 2110 0458 5 Vuelva a introducir el portafusible en su sitio y atornille el tap n Diagn stico del brazo de carga autom t
32. aci n en la toma e fusibles de alimentaci n no fundidos Parpadea una vez Parpadea una vez Parpadea una vez Prueba de LED en encendido duraci n lt 1 seg No se requiere ninguna acci n Parpadeante Parpadeante Apagado Autocomprobaci n de No se requiere ninguna acci n encendido en curso Utilice HyperTerminal para capturar la informaci n de diagn stico Consulte Utilizaci n de HyperTerminal para capturar datos de diagn stico en la p gina 87 Apagado Parpadeante Apagado Intentando conectar al PC Instale Scan Control Software 8 0 si 20 seg a n no lo tiene instalado apag 20 seg enc Apag o enc Parpadeante Apagado Descarga de firmware e No se requiere ninguna acci n per odo 1 30 inicializaci n de DSP 1 0 seg Encendido Encendido Apagado Los l seres se est n Espere El tiempo de calentamiento calentando y no est n listos m ximo es 30 minutos para procesar Encendido Apagado Apagado Instrumento listo para No se requiere ninguna acci n procesar Parpadeante Apagado Apagado Instrumento procesando No se requiere ninguna acci n Cualquier estado Cualquier Encendido Error detectado P ngase en contacto con la oficina estado de ventas local de Agilent y el centro de soporte y servicio Gu a del usuario del Sistema de scanner de microarrays Agilent G2565CA Scan Control Software 8 5 83 5 84 Mantenimiento y diagn stico del sistema ADVERTENCIA Compro
33. ada del l ser realiza una comprobaci n m s amplia del subsistema de los l seres Si est recibiendo avisos de atenci n de calibraci n de los l seres repetidos es posible que el servicio de asistencia de Agilent le pida que utilice la herramienta de calibraci n ampliada de l ser y que env e por correo electr nico los archivos de registro con los resultados Gu a del usuario del Sistema de scanner de microarrays Agilent G2565CA Scan Control Software 8 5 69 4 Utilizaci n de herramientas Calibraci n de l ser ampliada 70 Gu a del usuario del Sistema de scanner de microarrays Agilent G2565CA Scan Control Software 8 5 Agilent G2565CA Sistema de scanner de microarrays Scan Control Software 8 5 Gu a del usuario 5 Mantenimiento y diagn stico del sistema Mantenimiento del sistema 72 Mantenimiento programado del software 72 Mantenimiento programado del hardware 73 Sugerencias para evitar problemas 75 Diagn stico del sistema 77 Soporte t cnico 78 Preguntas frecuentes 80 Diagn stico del hardware 82 Utilizaci n de HyperTerminal para capturar datos de diagn stico 87 Diagn stico del software 91 Mensajes de error del scanner de microarrays 92 En este cap tulo se facilita informaci n de mantenimiento y diagn stico del Sistema de scanner de microarrays Agilent G2565CA EE Agilent Technologies 11 5 Mantenimiento y diagn stico del sistema Mantenimiento del sistema Con el cuidado y mantenimiento apropiados
34. agen si se especifica como parte del nombre de archivo del perfil actual Consulte Naming prefix 1 y Naming prefix 2 en la p gina 58 Entrada autom tica Si las placas tienen c digos de barra en conformidad con las especificaciones de Especificaciones del c digo de barras y de la etiqueta del c digo de barras en la p gina 105 no tiene que introducir el ID de placa en la tabla de barrido antes del proceso de an lisis del carrusel La funci n Auto detect en la columna del ID de placa significa que el scanner lee autom ticamente el c digo de barras admitidas por Agilent en la tabla de barrido conforme procesa cada placa Tambi n tiene la opci n de introducir manualmente el ID de placa 50 Gu a del usuario del Sistema de scanner de microarrays Agilent G2565CA Scan Control Software 8 5 Modificaci n de los ajustes de barrido 3 Entrada manual Debe introducir los ID de placas que no tengan c digos de barra o placas con formatos de c digos de barra no admitidos utilizando el teclado o un lector de c digos de barra externo apropiado Si introduce el ID a trav s del teclado haga doble clic en la celda del ID de placa antes de introducir el c digo de barras o un identificador de texto nico Comprobaci n de c digos de barra admitidos por Agilent y ranuras vac as Para ver c digos de barra admitidos por Agilent y comprobar las ranuras vac as en la columna de ID de placa haga clic en Tools Herramientas
35. ambiar En la siguiente secci n se indica la forma de cambiarlos Agilent Scan Control DOS File Tools Help Start slot 1 y Endslot 10 y Profile TEM Operator Slot Slide ID Channels Scan Region Resolution TIFF RPMT GPMT XDR Dutput Path Description 1 lt Autodetect R G Agilent HD 61 x 21 6mm 5 um 20bit 100 100 lt NoXDR gt DiiScanData 2 lt Butodetect R G Agilent HD 61 x 21 6mm 5 um 20bit 100 100 lt NoXDR gt DiiScanData 3 lt Butodetect R G Agilent HD 61 x 21 6mm 5 um 20bit 100 100 lt NoXDR gt DiiS5canData 4 lt Auto detect R G Agilent HD 61 x 21 6mm 5 um 20bit 100 100 lt NoXDR gt DiiScanData 5 lt Autodetect R G Agilent HD 61 x 21 6mm 5um 20bit 100 100 lt NoXDA gt DiiScanData 6 lt Autodetec R G Agilent HD 61 x 21 6mm Sum 20bt 100 100 lt NoxDR gt D ScanData D 7 lt Autodetec R G Agilent HD 61 x 21 6mm 5um 20bit 100 100 lt NoXDR gt DiiS5canData 8 lt Autodetect R G Agilent HD 61 x 21 6mm 5 um 20bit 100 100 lt NoXDR gt DiiScanData 9 lt Autodetect R G Agilent HD 61 x 21 6mm 5um 20bit 100 100 lt NoXDR gt D ScanData 10 lt Auto detect R G Agilent HD 61 x 21 6mm 5 um 20bit 100 100 lt NoXDR gt DiiScanData Figura 26 Ventana principal de Scan Control y tabla de barrido con ajustes de perfil precargados Slide ID IDde Identificador de la placa Las entradas de Slide ID ID de placa placa se utilizar n como parte del nombre de archivo de im
36. ando Scan Region Editor Editor de regi n de barrido 61 Inicie Scan Region Editor Editor de regi n de barrido 61 Creaci n de una nueva regi n con Scan Region Editor Editor de regi n de barrido 62 Cambio de una regi n de barrido existente para placas que no sean de Agilent 64 6 Gu a del usuario del Sistema de scanner de microaarrays Agilent G2565CA Scan Control Software 8 5 Contenido Configuraci n con los tiempos para encender y apagar los l seres 65 Activaci n de los l seres para encender o apagar de forma autom tica 65 Encendido o apagado manual de los l seres 67 Herramientas adicionales 68 Desbloqueo de puerta 68 Reinicializaci n de avisos de atenci n de calibraci n 68 Calibraci n de l ser ampliada 69 5 Mantenimiento y diagn stico del sistema 71 Mantenimiento del sistema 72 Mantenimiento programado del software 72 Mantenimiento programado del hardware 73 Sugerencias para evitar problemas 75 Diagn stico del sistema 77 Soporte t cnico 78 Preguntas frecuentes 80 Diagn stico del hardware 82 Utilizaci n de HyperTerminal para capturar datos de diagn stico 87 Diagn stico del software 91 Mensajes de error del scanner de microarrays 92 6 Referencia 101 Especificaciones del scanner de microarrays 102 Especificaciones de las placas 104 Dimensiones de barrido 104 Especificaciones del cristal 104 Especificaciones del c digo de barras y de la etiqueta del c digo de barras 105 Informaci n so
37. array 3 Reinicie Scan Control Software Ahora estar n disponibles las selecciones de 2 y 3 micras 20 Guia del usuario del Sistema de scanner de microarrays Agilent G2565CA Scan Control Software 8 5 Procedimientos iniciales 2 Licencia de c digo de barras que no sean de Agilent Si necesita realizar el barrido de c digos de barra que no sean de Agilent en una resoluci n de 2 o 3 micras p ngase en contacto con Agilent para obtener una licencia especial gratuita para acceder a esta capacidad Sin esta licencia si no hay ning n c digo de barras de placa o el scanner no la reconoce como una array de Agilent y se va a realizar el barrido del array con una resoluci n de 2 o 3 micras el scanner saltar la placa y mostrar el siguiente mensaje Scan settings or slide is not supported by the current scanner license Contact Agilent via pdl non_ag_barcodeWagilent com to obtain license to scan non Agilent barcodes in high resolution Los ajustes de barrido o la placa no es compatible con la licencia actual del scanner P ngase en contacto con Agilent en la direcci n pdl non_ag_barcode agilent com para obtener la licencia para c digos de barra que no sean de Agilent con alta resoluci n Obtenci n e instalaci n de una licencia para c digo de barras que no sea de Agilent 1 Env e un mensaje de correo electr nico a PDL non_ag_barcode agilent com con el n mero de serie del scanner en el cuerpo del mensaje y se le en
38. aten ci n sobre una pr ctica un proce dimiento de funcionamiento o un proceso similar que si no se realiza correctamente o no se cumple estrictamente podr a dar como resultado da os en el producto o la p rdida de datos importantes Ante la presencia de un aviso de ATEN CI N no debe proseguirse hasta que se hayan comprendido y cum plido todas las condiciones indica das ADVERTENCIA Un aviso de ADVERTENCIA significa que existe un riesgo Llama la atenci n sobre una pr ctica un procedimiento de funcionamiento o un proceso similar que si no se realiza correctamente o no se cumple estrictamente podr a tener como resultado lesiones f sicas o la muerte Ante la presencia de un aviso de tipo ADVERTENCIA no debe proseguirse hasta que se hayan comprendido y cumplido todas las condiciones indicadas 2 Gu a del usuario del Sistema de scanner de microaarrays Agilent G2565CA Scan Control Software 8 5 En esta gu a Esta gu a de usuario contiene instrucciones para comenzar a utilizar solucionar problemas y mantener el Sistema de scanner de microarrays Agilent Introducci n En este cap tulo se describe el Scanner de microarrays y su preparaci n para utilizarlo Procedimientos iniciales En este cap tulo abordaremos la forma de utilizar el Scanner de microaarays de forma segura y la forma de configurar y realizar el barrido de placas con el programa Scan Control de Agilent Modificaci n de los aj
39. baci n y sustituci n de los fusibles del scanner El scanner de microarrays tiene tres fusibles dos fusibles para la fuente de alimentaci n y un fusible para el l ser rojo Los fusibles se encuentran en la parte trasera del scanner de microarrays Los fusibles de la fuente de alimentaci n se encuentran directamente encima del enchufe del cable de alimentaci n El fusible del l ser se encuentra en un portafusibles circular situado a la izquierda del enchufe del cable de alimentaci n Los fusibles pueden solicitarse directamente desde Agilent Technologies Desconecte siempre el cable de alimentaci n antes de comprobar o sustituir los fusibles ATENCI N Comprobaci n y sustituci n de los fusibles de alimentaci n Si el scanner de microarrays no se puede encender aunque la toma de alimentaci n est activa al probarse debe comprobar y sustituir los fusibles en caso necesario H galo en la parte trasera de la unidad 1 Desconecte el cable de alimentaci n el ctrica 2 Utilice un destornillador plano peque o para retirar la leng eta peque a de pl stico que se encuentra en el borde inferior del portafusibles Saque el portafusibles y compruebe la integridad del fusible 4 Si est fundido sustituya el fusible por un fusible T4A con una potencia nominal de 250 VCA N ref 2110 1309 5 Vuelva a introducir el portafusibles hasta que se coloque en su sitio emitiendo un chasquido 6 Conecte el cable de aliment
40. bilidad e idoneidad para un fin determinado Agilent no se responsabiliza de los errores conteni dos en este manual ni de los da os ocasionales relativos al suministro uso o prestaciones de este documento o de la informaci n contenida en el mismo En el supuesto de que Agilent y el usuario hayan firmado un con trato aparte por escrito cuyos t rmi nos de garant a que cubren el material contenido en este docu mento sean contrarios a los presentes t rminos prevalecer n los t rminos de garant a del contrato firmado aparte Licencias de tecnolog a El hardware y o el software que se describen en este documento se ofrecen bajo licencia y pueden ser utilizados o copiados nicamente de acuerdo con los t rminos de esa licencia Leyenda sobre la restricci n de derechos Derechos restringidos del gobierno de EE UU Software y derechos de datos t cnicos otorgados al gobierno federal incluyen los derechos facilitados habitualmente a los clientes usuarios finales Agilent proporciona esta licencia comercial habitual de Software y datos t cnicos de acuerdo con FAR 12 211 Datos t cnicos y 12 212 Software inform tico y para el Departamento de Defensa DFARS 252 227 7015 Datos t cnicos Art culos comerciales y DFARS 227 7202 3 Derechos en software inform tico comercial o documentaci n del software inform tico Avisos sobre seguridad ATENCI N Un aviso de ATENCI N significa que hay un riesgo Llama la
41. bre normativa 108 Gu a del usuario del Sistema de scanner de microaarrays Agilent G2565CA Scan Control Software 8 5 7 Contenido Comprobaci n de voltaje de entrada 111 Verificaci n del voltaje de entrada 111 Cambio del ajuste del voltaje 112 ndice 115 8 Gu a del usuario del Sistema de scanner de microaarrays Agilent G2565CA Scan Control Software 8 5 Una potente herramienta Descripci n del sistema Principios de funcionamiento Agilent G2565CA Sistema de scanner de microarrays Scan Control Software 8 5 Gu a del usuario 1 Introducci n Una herramienta potente para an lisis de microarrays 10 Descripci n del sistema 11 Principios de funcionamiento 17 En este cap tulo se facilita una introducci n general sobre el Agilent G2565CA Sistema de scanner de microarrays En esta secci n se describen las funciones que hacen del scanner de microarrays una potente herramienta para la soluci n de an lisis de microarrays de Agilent sistema En esta secci n se incluye informaci n sobre las caracter sticas de los equipos y los programas del scanner de microarrays los componentes y los requisitos del sistema la informaci n sobre la preparaci n de las instalaciones y las pautas de seguridad En esta secci n se explica c mo funciona el scanner de microarrays EE Agilent Technologies 9 1 Introducci n Una herramienta potente para an lisis de microarrays El Scanner de microarrays Agilent G2565CA es
42. brica ste es el ajuste recomendado para microarrays Agilent Puede reducir cada ajuste de canal de color independientemente hasta un m nimo de 1 Si una microarray es tan brillante que se satura el extremo superior de la se al de salida el nivel de sensibilidad del PMT puede reducirse a un intervalo de sensibilidad que permita la lectura de toda la informaci n XDR Ratio Antes de la disponibilidad del intervalo din mico de TIFF de Relaci n XDR 20 bits se ten a que utilizar eXtended Dynamic Range funci n en el scanner en el software Feature Extraction para capturar todos los datos procesados entre caracter sticas de se ales muy bajas y caracter sticas de se ales muy altas Ahora puede Gu a del usuario del Sistema de scanner de microarrays Agilent G2565CA Scan Control Software 8 5 53 3 54 Modificaci n de los ajustes de barrido Output path Ruta de salida Slide Description Descripci n de placa seleccionar el intervalo din mico de archivos TIFF de 20 bits para capturar el intervalo din mico amplio de datos como alternativa para utilizar XDR Con la funci n XDR activada el scanner procesa autom tica mente la misma placa dos veces con dos niveles de sensibilidad PMT diferentes Esto genera que las dos im genes vinculadas que Feature Extraction puede procesar conjuntamente para proporcionar un solo conjunto unificado de datos de intensidad extra dos que abarcan hasta 6 rdenes de magnitud El
43. can Control Software 8 5 51 3 52 Modificaci n de los ajustes de barrido Scan resolution Resoluci n de barrido ym TIFF file dynamic range INtervalo din mico de archivo TIFF En placas que no sean de Agilent es posible que tenga que utilizar una regi n de barrido personalizada que se adapte mejor a la regi n impresa Consulte Creaci n de una nueva regi n con Scan Region Editor Editor de regi n de barrido en la p gina 62 Ajusta la resoluci n de barrido tama o en p xeles en 2 3 5 0 10 micras En barridos de 10 micras cada fila de p xeles en la imagen TIFF representa la media de dos l neas de barrido una adquirida en cada direcci n En barridos de 5 3 y 2 micras puede seleccio nar un barrido de doble paso para realizar esta media o adqui rir s lo una l nea de barrido nica para cada fila de imagen Ajusta el rango din mico en 16 o 20 bits El scanner G2565CA ha ampliado el intervalo din mico de PMT y los componentes electr nicos de procesamiento de se ales Al seleccionar la opci n de archivo TIFF de 20 bits puede acceder a este intervalo ampliado para posibilitar la cuantificaci n de las caracter sticas de se ales altas o bajas en un solo barrido El software Scan Control a n posibilita el barrido convencional XDR de 16 bits como se describe a continuaci n A continuaci n se incluye una tabla que muestra el espacio de almacenamiento y el tiempo de barrido en barridos de
44. cencia de barrido de alta resoluci n 20 Instalaci n de la licencia de barrido de alta resoluci n 20 Licencia de c digo de barras que no sean de Agilent 21 Utilizaci n del scanner 22 Paso 1 Encendido del scanner de microarrays Agilent 22 Paso 2 Inserci n de placas en los portaplacas 25 Paso 3 Carga de los portaplacas en el carrusel 30 Gu a del usuario del Sistema de scanner de microaarrays Agilent G2565CA Scan Control Software 8 5 Contenido 3 Paso 4 Barrido de las placas 33 Paso 5 Extracci n de las placas 34 Paso 6 Ajuste de tiempos para apagado autom tico de los l seres 36 Barrido de las placas 37 Paso 1 Ajuste de la ubicaci n de las ranuras 37 Paso 2 Ajuste del perfil para cambiar todos los ajustes de la tabla de barrido 38 Paso 3 Cambio de ajustes de barrido individuales en la tabla de barrido 39 Paso 4 Inicio del proceso de an lisis del carrusel 40 Paso 5 Transferencia de archivos y archivo de datos 44 Modificaci n de los ajustes de barrido 45 Modificaci n de los ajustes de barrido 46 Cambiar ajustes de tabla de barrido mediante perfiles 47 Cambiar ajustes individuales de la tabla de barrido 48 Ajuste de la tabla de barrido 50 Utilizaci n de herramientas 55 Creaci n Edici n de perfiles utilizando Profile Editor 57 Edici n de un perfil existente 57 Creaci n de un nuevo perfil 58 Ajustes de perfiles que no est n en tabla de barrido 58 Creaci n edici n de regiones de barrido utiliz
45. co del hardware El scanner de microarrays contiene muy pocas piezas que puede reparar por s mismo Puede tomar medidas bas ndose en los errores mostrados mediante el indicador luminoso de estado de la parte frontal Tambi n puede sustituir los fusibles que protegen el sistema Cualquier otro problema incluidos atascos deben gestionarse contactando con la oficina local de ventas de Agilent y el centro de soporte y asistencia Si tiene problemas con la estaci n de trabajo de PC consulte Soporte de estaci n de trabajo de PC en la p gina 78 para obtener informaci n de soporte Diagn stico de los indicadores luminosos de estado El panel frontal tiene tres indicadores luminosos de estado que indican el estado actual del scanner de microarrays o Indicadoras S Boba luminosos de estado EE Figura 36 Ubicaci n de los indicadores luminosos de estado La tabla 3 describe las acciones que hay que realizar dependiendo del estado de los indicadores luminosos 82 Gu a del usuario del Sistema de scanner de microarrays Agilent G2565CA Scan Control Software 8 5 Mantenimiento y diagn stico del sistema 5 Tabla3 Estado de indicadores luminosos Estado de LED Posibles Acci n causas sugerida Verde Amarillo Rojo Apagado Apagado Apagado Sin alimentaci n en el Compruebe lo siguiente scamner interruptor de alimentaci n encendido e cable de alimentaci n enchufado y aliment
46. correctamente puede da ar el Scanner de microarrays Gu a del usuario del Sistema de scanner de microarrays Agilent G2565CA Scan Control Software 8 5 27 2 Procedimientos iniciales Figura 11 Orientaci n de la placa 6 Deje caer el otro extremo de la placa en el portaplacas Est bien si la placa est ligeramente inclinada contra las leng etas laterales del portaplacas Lengiieta Figura 12 Deslizar dej ndola caer en el portaplacas 7 Para cerrar la cubierta del portaplacas presione suavemente sobre la cubierta con el pulgar 28 Gu a del usuario del Sistema de scanner de microarrays Agilent G2565CA Scan Control Software 8 5 Procedimientos iniciales 2 Figura 13 Cierre de la cubierta 8 Para cerrar la cubierta debidamente tire suavemente de la cubierta hacia atr s con el pulgar hasta cerrarla Figura 14 Cierre de la cubierta 9 Verifique que la tapa del portaplacas est totalmente cerrada Cubierta cerrada debajo de las lengijetas laterales Figura 15 Cubierta debidamente cerrada Gu a del usuario del Sistema de scanner de microarrays Agilent G2565CA Scan Control Software 8 5 29 2 Procedimientos iniciales Paso 3 Carga de los portaplacas en el carrusel Una vez introducidas correctamente las placas en los portaplacas puede cargar las portaplacas en el carrusel El carrusel se ha dise ado de forma que pueda cargar f cilmente un portaplacas de forma correcta Puede cargar los portap
47. cripci n de la conexi n a Escriba Scanner en el cuadro de texto Nombre Connection Description Y New Connection Enter a name and choose an icon for the connection Name Scanner Icon b Haga clic en Aceptar Gu a del usuario del Sistema de scanner de microarrays Agilent G2565CA Scan Control Software 8 5 87 5 88 Mantenimiento y diagn stico del sistema ATENCI N Cuando el scanner est encendido y HyperTerminal ejecut ndose el scanner no puede inicializarse Espere al menos 30 segundos despu s de ejecutar HyperTerminal y no antes de 30 segundos de haber encendido el scanner 6 En el cuadro de di logo Conectar a a Enla lista desplegable Conectar usando seleccione el n mero COMX m s alto Generalmente es COM3 pero puede verificarlo mediante el Administrador de dispositivos de Windows El puerto COM del scanner aparece como Puerto serie USB COMX gt Connect To D Scanner Enter details for the phone number that you want to dial Country region Area code Phone number Connect using Eae v b Haga clic en Aceptar 7 En el cuadro de di logo Propiedades de COMX a Seleccione 19200 como Bits por segundo b Seleccione Ninguno como Control de flujo Gu a del usuario del Sistema de scanner de microarrays Agilent G2565CA Scan Control Software 8 5 Mantenimiento y diagn stico del sistema 5 COM3 Properties Port Settings Bits per
48. croarrays el software Scan Control y Feature Extraction Microsoft Windows y la estaci n de trabajo de PC Compruebe la barra del t tulo del mensaje de error para determinar el origen del mismo La barra del t tulo del mensaje de error indica que este mensaje est relacionado con el equipo del carrusel Browsing carousel p xj Q Description The chip carousel is not present Please place the carousel in the scanner and try again Figura 39 Bara del t tulo de un mensaje de error de Scan Control Este tema presenta los mensajes de error del equipo del scanner de microarrays y el programa Scan Control Si la barra del t tulo indica que est teniendo un problema en la estaci n de trabajo de PC o en Windows consulte Soporte de estaci n de trabajo de PC en la p gina 78 para obtener informaci n de soporte Lugares en los que aparecen mensajes de error del scanner Los mensajes de error pueden aparecer en los siguientes lugares e Los errores durante la inicializaci n del scanner de mi croarrays aparecen en el mensaje de Scanner status Estado de scanner en la ventana de Scan Control Consulte Paso 4 Barrido de las placas en la p gina 33 en el Cap tulo 2 Los errores anteriores al inicio del barrido se muestran en cuadros de mensajes 92 Gu a del usuario del Sistema de scanner de microarrays Agilent G2565CA Scan Control Software 8 5 Mantenimiento y diagn stico del sistema 5 Algunos errores
49. croarrays es potencialmente sensible a situaciones de ATENCI N Ea f Sap humedad por condensaci n Siga las precauciones que se indican en la documentaci n del producto Consulte Sugerencias para evitar problemas en la p gina 75 en el Cap tulo 5 y las especificaciones de humedad relativa de p gina 102 en el Cap tulo 6 16 Gu a del usuario del Sistema de scanner de microarrays Agilent G2565CA Scan Control Software 8 5 Introducci n 1 Principios de funcionamiento En esta secci n se describen las caracter sticas de funcionamiento del scanner de microarrays Agilent G2565CA Colocaci n de placas El scanner de microarrays tiene capacidad para un total de 48 placas de 1 x 3 pulgadas en un carrusel extra ble En el proceso de an lisis del carrusel las placas se trasladan consecutivamente a la posici n de barrido y luego vuelven al carrusel Excitaci n del l ser El scanner de microarrays utiliza dos l seres un l ser SHG YAG 532 nm y un l ser de helio ne n 633 nm Los l seres excitan el RNA o DNA con etiqueta de cianina 3 Cy 3 y cianina 5 Cy 5 para medir la fluorescencia tras la hibridaci n del cido nucleico en las sondas de microarrays Tambi n es posible utilizar tintes similares a Cy 3 y Cy 5 como tintes Alexa 647 555 y 660 Este scanner de microarrays se ha optimizado para obtener una relaci n de se al ruido alta en bandas de emisi n de Cy 3 550 610 nm y Cy 5 650 750 nm con un i
50. de barrido O bien puede crear un nuevo perfil a partir de uno existente Gu a del usuario del Sistema de scanner de microarrays Agilent G2565CA Scan Control Software 8 5 47 3 Modificaci n de los ajustes de barrido Cambiar ajustes individuales de la tabla de barrido Con esta tabla de barrido puede cambiar entradas de placas individuales o grupos de placas seleccionando un elemento en el men desplegable activado para cada columna excepto las columnas Slide ID y Description 1 Haga clic en la s celda s cuyo s ajuste s pretende cambiar Haga clic en una celda individual o bien Haga clic en el encabezamiento de una columna o bien Arrastre el cursor por celdas de una columna para seleccionar celdas contiguas Aparece una flecha en el lado derecho de la primera celda seleccionada Pulse Ctrl y seleccione celdas no contiguas dentro de una columna de una vez Aparece una flecha en el lado derecho de la ltima celda seleccionada 2 Haga clic en la flecha para mostrar la lista desplegable y seleccione el ajuste Scan Region F Agilent HD 61 x 21 6mm 3 Full Slide 71 x 21 6mm ne ilent HD 61 x 21 6mm Figura 24 Lista desplegable de ajustes de regi n de barrido Los ajustes cambiados aparecen en letras en negrita Consulte las descripciones de estos ajustes de columna en Ajuste de la tabla de barrido en la p gina 50 48 Gu a del usuario del Sistema de scanner de microarrays Agilent G2565CA
51. de las placas dimensiones de barrido 104 placa de cristal 104 estado en cuadro de di logo Scan Progress Progreso de barrido 40 excitaci n del l ser 17 F filtro de aire inspeccionar 73 limpieza 74 formatos de c digos de barra 107 funcionamiento principios 17 fusible de l ser cambiar 85 fusibles fuente de alimentaci n 84 l ser 85 fusibles de alimentaci n 84 humedad 75 imagen tiff dividir y girar 60 Indicadoras luminosos de estado 13 indicadores luminosos 13 82 83 indicadores luminosos de estado 82 83 informaci n de versi n buscar 79 informaci n sobre normativa interferencias electro magn ticas 108 reciclaje y eliminaci n 108 ruido ac stico 108 informe de barrido 42 inicio software 22 inspeccionar filtro de aire 73 instalaciones preparaci n 14 Intervalo din mico 16 0 20 bits 52 archivo TIFF 52 intervalo din mico del archivo TIFF 52 L l seres ajustes de encendido apagado autom ticos 56 apagado autom tico 36 comprobar o sustituir fusibles 85 encendido apagado autom tico 65 encendido apagado manual 67 tipos utilizados 17 licencia de barrido de alta resoluci n 20 licencia de c digo de barras que no sea de Agilent 21 licencias barrido de alta resoluci n 20 c digo de barras que no sea de Agilent 21 limpiar filtro de aire 74 M mensajes de error 92 d nde y cu ndo aparecen 92 no aparecen en la tabla 99 tabla en orden alfab tico 94 n mero de serie scanner 78 79 P
52. do seleccione la regi n que va a cambiar 2 Seleccione File Archivo gt Open Region Abrir regi n en la barra de men s Aparece el cuadro de di logo Modify Region Modificar regi n a Modify Region L 01x Name Ranges mrn x 4 00 mm 310 6910 N 2 00 mm 190 23 40 Width 16 00 mm 500 7010 Height 11 00 mm 010 21 50 en Figura 32 Cuadro de di logo Modify Region Modificar regi n 3 Cambie el nombre o tama o de la regi n 4 Cambie las mediciones de la regi n utilizando los criterios enumerados en Creaci n de una nueva regi n con Scan Region Editor Editor de regi n de barrido en la p gina 62 5 Haga clic en Save Guardar Gu a del usuario del Sistema de scanner de microarrays Agilent G2565CA Scan Control Software 8 5 Utilizaci n de herramientas 4 Configuraci n con los tiempos para encender y apagar los l seres Para ampliar la duraci n de los l seres del scanner puede habilitar el programa Scan Control para encender o apagar autom ticamente los l seres Esta funci n permite tener el l ser caliente y listo para procesar a una hora especificada o apagarse autom ticamente a la hora especificada o cuando no est inactiva Independientemente de los ajustes de Laser Auto ON OFF ENC APAG autom de l seres e Puede encender o apagar manualmente los l seres en cualquier momento e Cuando inicie el programa Scan Control los l seres se encienden e Si el scan
53. durarte el barrido se muestran en el mensaje Status Estado en el cuadro de di logo de Scan Progress Progreso de barido Los mensajes de error se registran en Carousel Report Log Registro de informes del carrusel conforme avanza el proceso de an lisis del carrusel Consulte Visualizaci n del informe de registro del carrusel durante el proceso de an lisis en la p gina 42 en el Cap tulo 2 Recomendamos comprobar el registro de informes al menos despu s del primer barrido y una vez que se complete el proceso de an lisis del carrusel El informe se genera autom ticamente al final de un proceso de an lisis del carrusel Diagn stico con mensajes de error El sistema del scanner de microarrays Agilent crea mensajes de error que ayudan a resolver problemas que puedan surgir Muchos de los mensajes de error incluyen una soluci n dentro del cuadro de texto siga esas instrucciones La siguiente tabla contiene algunos de los mensajes de error que aparecen sin instrucciones Estas descripciones contienen informaci n que puede ayudar a resolver el problema Gu a del usuario del Sistema de scanner de microarrays Agilent G2565CA Scan Control Software 8 5 93 5 Mantenimiento y diagn stico del sistema Tabla4 Mensajes de error Mensaje de error Descripci n o soluci n Application Is Already Running Ya se est ejecutando la aplicaci n Autofocus error Did not detect two reflective surfaces during home E
54. ed prior to the installation of this version of software El software ha detectado un error serio en el sensor que pudiera existir antes de instalar esta versi n del software Unable to lock instrument specified by connection manager Imposible bloquear el instrumento especificado mediante el administrador de conexiones You must select a region to scan first Debe seleccionar primero una regi n que procesar Consulte Paso 2 Inserci n de placas en los portaplacas en la p gina 25 Cuando pulse OK se reinicializa el scanner de microarrays Si falla haga lo siguiente 1 Abra la tapa del scanner 2 Siel brazo de carga autom tica est parcialmente extendido en el compartimento del carrusel emp jelo suavemente en el scanner hasta que llegue al tope No lo fuerce si no se mueve f cilmente Cierre el programa Scan Control y rein cielo 4 Si contin a el problema p ngase en contacto con la oficina de ventas local de Agilent y con el centro de servicio y soporte um P ngase en contacto con la oficina de ventas local de Agilent y el centro de soporte y servicio Haga lo siguiente 1 Reinicie la estaci n de trabajo de PC 2 Apague el scanner de microarrays y vuelva a encenderlo 3 Inicie el programa Scan Control Para introducir una zona de barrido no especificada en el perfil seleccionado en la tabla de barrido 1 Seleccione la ranura o ranuras cuya regi n pretenda introducir 2 Haga clic en la flech
55. el scanner de microarrays le proporcionar un uso sin problemas Cuando tenga dudas sobre el uso o cuidado del scanner de microarrays p ngase en contacto con la oficina local de ventas de Agilent y con el centro de servicio y soporte para que responda a sus preguntas Tareas de En estas secciones se describen las tareas de mantenimiento de mantenimiento software y hardware necesarias para mantener el scanner de programadas microarrays funcionando de forma eficaz Sugerencias En esta secci n se presentan sugerencias sobre el para evitar funcionamiento y cuidado del scanner de microarrays para problemas ayudarle a evitar problemas Mantenimiento programado del software Realice estas tareas para ayudarle a mantener el rendimiento de la estaci n de trabajo de PC y del sistema operativo MS Windows Al menos una vez por semana compruebe el espacio en disco y archive los datos seg n precise Una vez a la semana borre todos los archivos temporales archivos mp tmp de la carpeta c Temp e Si se observa un rendimiento lento desfragmente el disco duro utilizando el software de desfragmentaci n 72 Gu a del usuario del Sistema de scanner de microarrays Agilent G2565CA Scan Control Software 8 5 Mantenimiento y diagn stico del sistema 5 Mantenimiento programado del hardware Realice las siguientes tareas para ayudar a mantener el rendimiento del scanner de microarrays Inspecci n de los conductos de ventilaci n y e
56. ente abrir la tapa 4 Si sigue sin abrirse cierre el programa Scan Control y apague el scanner de microarrays y vuelva a encenderlo 5 Intente abrir la tapa 6 Sila tapa no se abre p ngase en contacto con la oficina local de ventas de Agilent y con el centro de soporte y servicio w 80 Guia del usuario del Sistema de scanner de microarrays Agilent G2565CA Scan Control Software 8 5 Mantenimiento y diagn stico del sistema 5 Tabla2 Preguntas m s frecuentes continuaci n Pregunta Respuesta El programa Scan Control no responde Qu puedo hacer si una placa se queda insertada a medio camino en el carrusel mediante el brazo de carga autom tica El scanner de microarrays est encendido pero el indicador amarillo no se apaga trascurridos 20 minutos El scanner de microarrays est encendido y el programa Scan Control abierto pero el scanner no procesar Estoy usando el sistema operativo Windows 7 64 bits y recibo el mensaje Se agot el tiempo de espera del comando El programa Scan Control no responde no hay cambios en el mensaje de estado durante m s de 15 minutos y no puede cerrar el programa Haga lo siguiente 1 Abra el Administrador de tareas de Windows Ctrl Alt Supr y cierre el programa Scan Control A continuaci n reinicie el programa Scan Control 2 Si falla el paso anterior reinicie la estaci n de trabajo de PC apague el scanner de microarrays y vuelva a encenderlo espere a
57. est n sujetas a cambio sin previo Aviso para obtener informaci n Actualizada sobre los productos agilent vaya a http genomics agilent com O Agilent Technologies Inc 2010 Junio de 2010 G2505 95021 Revisi n A EE Agilent Technologies
58. i n de barrido con la nueva regi n en su lista ae X Pos mm Y Pos mm widthimm Height mm Custom Region 1 13 15 11 95 170 90 21 50 Figura 31 Lista de regiones de barrido Show Custom Cuando se marca la casilla de verificaci n s lo aparecen en regions only la lista las regiones de barrido personalizadas en Scan Region Mostrar s lo Editor Editor de regi n de barrido Cuando se la casilla regiones de selecci n est vac a tambi n puede ver en la lista las personalizadas regiones facilitadas por Agilent No obstante no puede cambiar estas regiones con el Scan Region Editor Editor de regi n de barrido 5 Cierre Scan Region Editor Editor de regi n de barrido Las regiones reci n creadas aparecen ahora en las listas Scan Region Regi n de barrido en Profile Editor Editor de perfiles y en la tabla de barrido Gu a del usuario del Sistema de scanner de microarrays Agilent G2565CA Scan Control Software 8 5 63 4 64 Utilizaci n de herramientas Cambio de una regi n de barrido existente para placas que no sean de Agilent S lo puede cambiar las regiones de barrido creadas No es posible cambiar o eliminar las regiones facilitadas por Agilent Al crear una nueva regi n de barrido o utilizar regiones de barrido existentes aseg rese de que la regi n de barrido se encuentre alejada al menos 4 mm de la etiqueta de c digo de barras 1 En Scan Region Editor Editor de regi n de barri
59. i n de voltaje de entrada Agilent G2565CA Sistema de scanner de microarrays Scan Control Software 8 5 Gu a del usuario 6 Referencia Especificaciones del scanner de microarrays 102 Especificaciones de las placas 104 Informaci n sobre normativa 108 Comprobaci n de voltaje de entrada 111 En este cap tulo se incluyen las especificaciones informaci n sobre normativa e instrucciones para comprobar el voltaje si traslada el instrumento En esta secci n se describen las especificaciones para del instrumento del scanner de microarrays Para obtener las especificaciones de la estaci n de trabajo de PC consulte la gu a del usuario que se incluye con el PC En esta secci n se presenta las especificaciones del cristal y del c digo de barras que el scanner acepta Esta secci n le permite conocer la normativa sobre ruido ac s tico reciclaje y eliminaci n interferencias electromagn ticas y seguridad con el que cumple el scanner de microarrays Esta secci n le permite asegurarse de que el voltaje de entrada sea correcto tras un traslado EE Agilent Technologies 101 6 Referencia Especificaciones del scanner de microarrays Dimensiones aproximadas Peso Entrada de alimentaci n Fusibles Rango de temperatura Humedad Altitud Uso Informaci n del l ser El scanner de microarrays funciona dentro de las siguientes especificaciones Altura 97 cm 38 pulg con tapa cerrada 55 cm 21 5 pulg
60. ica extendido en el carrusel 1 Apague el scanner 2 Gire el carrusel y empuje el brazo a su posici n Si no funciona llame a la oficina local de ventas de Agilent y al centro de soporte y servicio para obtener instrucciones Retirar el carrusel cuando el brazo de carga autom tica del portaplacas en el carrusel est extendido puede causar serios da os en el scanner de microarrays 86 Gu a del usuario del Sistema de scanner de microarrays Agilent G2565CA Scan Control Software 8 5 Mantenimiento y diagn stico del sistema 5 Utilizaci n de HyperTerminal para capturar datos de diagn stico El personal de servicio de Agilent y los usuarios pueden captu rar informaci n para diagn stico del scanner configurando una sesi n de HyperTerminal Estas instrucciones se aplican a siste mas con Windows XP Para obtener instrucciones sobre la cap tura de datos de diagn stico para esc neres funcionando con Sistemas Operativos windows vista 32 bits o windows 7 64 bits Consulte Las Notas de la versi n que acompa an a Scan Control Software Configuraci n de HyperTerminal 1 Encienda el scanner para empezar la inicializaci n Inicie el programa Scan Control para encender los l seres 3 Aseg rese de que el scanner est encendido durante al menos 30 segundos antes de iniciar HyperTerminal paso 4 4 Haga clic en Inicio gt Programas gt Accesorios gt Comunicaciones gt HyperTerminal 5 En el cuadro de di logo Des
61. iminar el perfil lt por defecto gt de la lista Puede eliminar el resto incluido cualquier perfil que cree a partir del perfil lt predeterminado gt 2 Seleccione un perfil para editarlo 3 Cambie los ajustes de barrido y de imagen utilizando las opciones que se describen en Modificaci n de los ajustes de barrido en la p gina 46 y Ajustes de perfiles que no est n en tabla de barrido en la p gina 58 4 Haga clic en Save Guardar Creaci n de un nuevo perfil Puede crear un nuevo perfil a partir del perfil existente guardando el perfil existente bajo un nuevo nombre 1 Seleccione Tools Herramientas gt Profile Editor Editor de perfiles 2 Seleccione un perfil existente para guardarlo como uno nuevo 3 Haga clic en Save As Guardar como para guardar el archivo existente bajo un nuevo nombre 4 Introduzca el nombre y haga clic en Save Guardar 5 Cambie los ajustes de barrido y de imagen utilizando las opciones que se describen en Modificaci n de los ajustes de barrido en la p gina 46 y Ajustes de perfiles que no est n en tabla de barrido en la p gina 58 6 Haga clic en Save Guardar Ajustes de perfiles que no est n en tabla de barrido Naming prefix 1 y Naming prefix 2 Los siguientes ajustes no aparecen en la tabla de barrido Estos par metros se aplican a todos los barridos del proceso de an lisis del carrusel En barridos est ndar el programa Scan Control utiliza l
62. ini o est da ado Haga lo siguiente 1 Apague el scanner 2 Abra la tapa del scanner 3 Gire el carrusel a mano hasta que el acceso a la ranura inicial no quede bloqueada por el brazo de carga autom tica 4 Retire la placa de la ranura de inicio 5 Empuje suavemente el brazo de carga autom tica en el scanner hasta que llegue al tope 6 Si contin a el problema p ngase en contacto con la oficina de ventas local de Agilent y al centro de servicio y soporte Haga lo siguiente 1 Reinicie la estaci n de trabajo de PC 2 Apague el scanner de microarrays y vuelva a encenderlo 3 Despu s de varios minutos inicie el programa Scan Control Haga lo siguiente 1 Verifique que el n mero que se muestra en el selector de voltaje de la parte trasera del scanner coincida con la alimentaci n de entrada suministrada 2 Si ha reiniciado la estaci n de trabajo de PC es posible que tenga que apagar el scanner de microarrays y luego encenderlo despu s de reiniciar Windows 3 Si contin a el problema p ngase en contacto con la oficina de ventas local de Agilent y el centro de servicio y soporte Haga lo siguiente 1 Si tiene una copia de seguridad del archivo ChipRegions ini personalizado c pielo en C Program Files Agilent Microarray Si tiene una copia de seguridad de ChipRegions ini evitar p rdidas y tener que crear de nuevo las regiones de barrido personalizadas 2 Sino tiene una copia de seguridad busque en la carpeta
63. iones de temperatura No coloque el scanner de microarrays directamente bajo la luz directa del sol No coloque el scanner de microarrays cerca de ventanas aunque tenga persianas o cortinas El calor del sol puede calentar la carcasa del scanner de microarrays de forma desigual lo cual puede causar problemas en la alineaci n de la ptica Procese s lo cuando la temperatura del laboratorio sea constante de acuerdo con las especificaciones de temperatura de funcionamiento del scanner de microarrays Para garantizar un rendimiento ptimo del scanner de microarrays utilice el scanner s lo en los intervalos de temperatura especificados Consulte la secci n Especificaciones del scanner de microarrays en la p gina 102 Controle la humedad El scanner de microarrays es potencialmente sensible a situaciones de humedad por condensaci n Para garantizar un rendimiento ptimo del scanner de microarrays utilice el scanner s lo en los porcentajes de humedad especificados Consulte la secci n Especificaciones del scanner de microarrays en la p gina 102 Antes de abrir la caja de embalaje espere siempre 10 horas para su acondiciona miento t rmico en las instalaciones Gu a del usuario del Sistema de scanner de microarrays Agilent G2565CA Scan Control Software 8 5 15 5 Mantenimiento y diagn stico del sistema Sugerencias para mantener el rendimiento del hardware Evite trasladar el scanner de microarrays Si
64. l filtro de aire El flujo de aire adecuado a trav s del scanner de microarrays es esencial para un funcionamiento correcto Los conductos de ventilaci n bloqueados y los filtros de aire sucios pueden influir negativamente en el rendimiento Conductos de ventilaci n Compruebe semanalmente todos los conductos de ventilaci n para asegurarse de que no hay polvo suciedad mobiliario u otros instrumentos que los obstruyan Filtro de aire El filtro de aire del scanner de microarrays debe comprobarse una vez al mes para eliminar el exceso de polvo siguiendo el procedimiento que se indica a continuaci n 1 Apague el scanner de microarrays 2 Abra y retire la puerta de acceso del filtro de aire que se encuentra en el lado derecho del scanner de microarrays Puerta de _ acceso del filtro de aire extra ble Figura 34 Apertura y retirada de la puerta de acceso del filtro de aire 3 Retire el filtro de aire del alojamiento de la puerta e inspeccione visualmente el filtro de aire Gu a del usuario del Sistema de scanner de microarrays Agilent G2565CA Scan Control Software 8 5 13 5 Mantenimiento y diagn stico del sistema Filtro de aire Puerta de acceso del filtro de aire Figura 35 Extracci n del filtro de aire Limpieza del filtro de aire Si se acumula una cantidad excesiva de polvo o si han transcurrido seis meses desde la ltima limpieza del filtro limpie el filtro de aire 1 2 Lave el filtro de ai
65. lacas con el carrusel dentro o fuera del scanner El scanner de microarrays procesa 1 Cargue un portaplacas en la ranura 1 del carrusel la primera las placas en el orden detectado ranura situada en el sentido de las agujas del reloj con conforme gira el carrusel respecto a la posici n inicial empezando por las ranuras con el n mero m s bajo El proceso de an lisis del carrusel salta No coloque ninguna placa en la ranura inicial del carrusel La ranura inicial es m s ancha que el resto de ranuras y tiene la etiqueta Home las ranuras vac as 30 2 Aseg rese de que el extremo c nico del portaplacas apunte hacia el centro del carrusel 3 Aseg rese de que el portaplacas est colocado en la parte inferior de la ranura del carrusel El extremo c nico hacia el centro y Figura 16 Carrusel ATENCI N La colocaci n incorrecta del portaplacas en el carrusel puede provocar serios da os en el Scanner de microarrays 4 Si el carrusel ha est montado salte al paso 5 Gu a del usuario del Sistema de scanner de microarrays Agilent G2565CA Scan Control Software 8 5 Procedimientos iniciales 2 De lo contrario monte el carrusel Si ha colocado los portaplacas en un carrusel retirado del Scanner de microarrays siga los pasos que se incluyen a continuaci n para volver a montar el carrusel a Monte el carrusel de forma que los orificios de los pasadores de alineaci n del carrusel coincidan con lo
66. lot Ranura inicial seleccione el n mero de ranura en la que se encuentra la primera placa que desea procesar 2 En el cuadro End slot Ranura final seleccione el n mero de ranura en la que se encuentra la ltima placa que desea procesar Start slot y Endslot 48 y El intervalo de ranuras que introduzca en los pasos 1 y 2 afecta a la mayor a de funciones de la ventana principal de Scan Control e S lo aparece en la tabla de barrido el intervalo de ranuras que especifique El scanner procesa s lo las placas del intervalo de ranuras que introduzca aqu El comando Carousel Check Comprobaci n de carrusel s lo comprueba el intervalo de ranuras que introduzca aqu para las ranuras vac as y para los c digos de barra admitidos por Agilent Consulte Comprobaci n de c digos de barra admitidos por Agilent y ranuras vac as en la p gina 51 en el Cap tulo 3 Gu a del usuario del Sistema de scanner de microarrays Agilent G2565CA Scan Control Software 8 5 37 2 Procedimientos iniciales Paso 2 Ajuste del perfil para cambiar todos los ajustes de la tabla de barrido Un perfil es un conjunto de ajustes de barrido y de imagen que al seleccionarse completa la tabla de barrido con los valores introducidos en el editor de perfiles lt predeterminado gt AgilentHD_GX_2Color AgilentHD_GX_1Color AgilentHD_CGH AgilentHD_miRNA AgilentG3_CGH En la lista Profile Perfil seleccione uno de los perfiles e
67. ner procesa a la hora de apagado especificada los l seres permanecer n encendidos Activaci n de los l seres para encender o apagar de forma autom tica 1 Seleccione Tools Herramientas gt Laser Auto ON OFF Settings Ajustes de ENC APAG autom de l seres en la barra de men s Figura 27 2 Haga doble clic en No para ajustar Enable laser auto ON OFF Activar ENC APAG autom de l seres en Yes S Gu a del usuario del Sistema de scanner de microarrays Agilent G2565CA Scan Control Software 8 5 65 4 Utilizaci n de herramientas Laser Auto ON OFF Settings E Enable laser auto ON OFF Yes E E Turn ON daily Every day Turn ON at 7 00 AM E E Turn OFF daily Yes Turn OFF at 8 00 PM E Turn OFF when idle Yes Idle For hr 1 Turn Lasers on Now OK Cancel Figura 33 P gina de propiedades de ajustes de encendido apagado del l ser Si la selecci n est en NO debe encender y apagar los l seres manualmente como se describe en la siguiente secci n Turn ON daily Seleccione Weekdays only S lo fines de semana o Encender Weekends Fines de semana y especifique la hora para diariamente encender los l seres diariamente o los fines de semana Turn OFF daily Apagar Seleccione Yes S y especifique la hora para apagar los diariamente l seres diariamente y los fines de semana Turn OFF when idle Seleccione Yes S y especifique el tiempo de inactividad del Apagar si est inactivo scanner en lo
68. nner de microarrays a otra rea Puedo guardar archivos en la red mientras se realiza el barrido D nde puedo encontrar informaci n de soporte como controladores gu as y soluciones de diagn stico para mi estaci n de trabajo de PC No puedo abrir la tapa superior del carrusel El rendimiento del scanner podr a verse afectado negativamente al trasladarlo Llame a la oficina de ventas local de Agilent y al centro de servicio y soporte si necesita ayuda para trasladar el scanner y asegurarse de que funciona correctamente tras el traslado Agilent recomienda guardar los archivos de datos directamente en el disco duro local Los archivos de datos tambi n se pueden guardar en un directorio de red Si experimenta un problema de acceso a red durante el barrido los datos se guardar n en un directorio local temporal y se incluir un mensaje de atenci n en el informe de ejecuci n del carrusel Si tiene un problema en la estaci n de trabajo de PC consulte la documentaci n que se incluye con el PC Si a n as no puede resolver el problema p ngase en contacto con la oficina local de ventas de Agilent y con el centro de soporte y asistencia No intente forzar la tapa para abrirla Si la fuerza podr a da ar el scanner de microarrays 1 Presione hacia abajo la tapa para reducir la tensi n existente del resorte e intente abrir la tapa Si no lo logra vaya al paso 2 2 Cierre el programa Scan Control y rein cielo Int
69. ntervalo din mico amplio de hasta cinco rdenes de magnitud y una diafon a espectral baja Esto permite la medici n de una amplia gama de concentraciones diana y una mayor confianza en los datos con niveles de se al m s bajos Barrido El barrido de la excitaci n del l ser se realiza r pidamente de atr s a adelante a lo largo de la microarray El enfoque autom tico din mico de seguimiento garantiza que la microarray siempre est colocada en el plano focal de la lente de barrido dando como resultado una uniformidad del barrido Gu a del usuario del Sistema de scanner de microarrays Agilent G2565CA Scan Control Software 8 5 17 1 18 Detecci n de fluorescencia La fluorescencia de las muestras con etiquetas se convierten en una se al el ctrica mediante un PMT de alto rendimiento Los amplificadores de ruido muy bajo y los integradores digitales procesan la se al del PMT en una medici n digital que se graba en el archivo TIFF Sustracci n de desviaciones oscuras En niveles de se al muy bajos el ruido puede causar valores de p xeles negativos En vez de ajustar estos valores a cero lo que provoca una medici n sesgada el scanner Agilent a ade una peque a desviaci n a todos los valores de p xeles lo que permite que se reporte una distribuci n de p xeles completa Esta desviaci n constante no es ruido y se elimina de una forma correcta estad sticamente mediante Feature Extraction Software de Agilent
70. ntrol indique Status Ready Puede reinicializar este aviso de atenci n utilizando la herramienta Reset Calibration Warnings Consulte Herramientas adicionales en la p gina 68 Si contin a este aviso de atenci n o vuelve a aparecer p ngase en contacto con la oficina de ventas local de Agilent y el centro de servicio y soporte El programa Scan Control ampl a el archivo TIFF para compensar la potencia menor del l ser Si no aparece un mensaje de error en la tabla Esta tabla no incluye todos los mensajes de error posibles Si tiene un mensaje de error que no aparece en la lista y no puede resolver el problema haga lo siguiente 1 Escriba el mensaje de error 2 Reinicie el programa Scan Control 3 Si el paso 2 no resuelve el problema haga lo siguiente a Reinicie la estaci n de trabajo de PC b Apague el scanner de microarrays y vuelva a encenderlo c Reinicie el programa Scan Control 4 Siel paso 3 no resuelve el problema p ngase en contacto con la oficina local de ventas de Agilent y con el centro de soporte y servicio Gu a del usuario del Sistema de scanner de microarrays Agilent G2565CA Scan Control Software 8 5 99 5 Mantenimiento y diagn stico del sistema Diagn stico del software 100 Gu a del usuario del Sistema de scanner de microarrays Agilent G2565CA Scan Control Software 8 5 Especificaciones del scanner de microarrays Especificaciones de las placas Informaci n sobre normativa Comprobac
71. o de la imagen meco gt O O fan Ba Los archivos divididos tienen los nombres Nombre_archivo_verde y Nombre_archivo_rojo donde Nombre_archivo es el nombre que se asigna autom ticamente al archivo antes de dividirse Si s lo selecciona un canal de pigmento para el archivo de salida debe a n realizar esta selecci n para girar la imagen incluso si no tiene que dividir el archivo Esta opci n s lo est disponible en barridos de intervalo din mico TIFF de 16 bits Gu a del usuario del Sistema de scanner de microarrays Agilent G2565CA Scan Control Software 8 5 Utilizaci n de herramientas 4 Creaci n edici n de regiones de barrido utilizando Scan Region Editor Editor de regi n de barrido La regi n de barridodetermina el rea de la placa que se procesa Cuanto m s grande sea la regi n m s largo ser el tiempo de barrido Las regiones de barrido var an debido a los factores como la colocaci n y el tama o de la etiqueta del c digo de barras y las reas con el cristal congelado Si utiliza placas que no sean de Agilent puede crear su propia regi n de barrido o cambiar la regi n de barrido hasta una regi n de barrido m xima de 71 mm x 21 6 mm La nueva regi n aparece como una selecci n en la tabla de barrido y en el Profile Editor Inicie Scan Region Editor Editor de regi n de barrido Figura 29 En la ventana principal de Scan Control e Seleccione Tools Herramientas gt Scan Region
72. o del carrusel definici n ejemplo 41 visualizaci n durante o despu s del proceso de an lisis 42 carrusel carga de portaplacas en 30 comprobar c digos de barra y ranuras vac as 51 cubrir 31 diagn stico del brazo de carga autom tica 86 iniciar proceso de an lisis 40 insertar placas en 25 registro de informes 42 CD de recuperaci n 91 c digos de barra comprobar 51 entrada autom tica 50 entrada manual 51 especificaciones 105 que no sean de Agilent 21 colocaci n de placas 17 componentes lista de 12 comprimir TIFF 60 comprobaci n de voltaje 111 consideraciones de temperatura 75 crear regi n de barrido placas que no sean de Agilent 61 Cuadro de di logo Scan Progress Progreso de barrido 40 D datos archivar 44 72 guardar 44 detecci n de fluorescencia 18 diagn stico brazo de carga autom tica extendido en el carrusel 86 capturar datos de diagn stico 87 con Indicadoras luminosos de estado 82 hardware 82 85 mensajes de error 92 99 preguntas m s frecuentes 80 sustituir fusibles 84 85 t cnico soporte 78 usar CD de recuperaci n 91 dimensiones de barrido 104 directorio de salida seleccionar 54 dividir y girar imagen tiff 60 dividir girar imagen 60 Gu a del usuario del Sistema de scanner de microarrays Agilent G2565CA Scan Control Software 8 5 115 ndice E equipo inform tico requisitos del sistema 12 especificaciones 15 c digos de barra 105 scanner de microarrays 102 especificaciones
73. o utilizando Scan Region Editor Editor de regi n de barrido 61 Configuraci n con los tiempos para encender y apagar los l seres 65 Herramientas adicionales 68 Si desea crear o modificar un perfil o una regi n de barrido o si pretende configurar tiempos para encender y apagar autom ticamente los l seres utilice el men Tools En este cap tulo se muestra la forma de utilizar estas herramientas Tools Help Profile Editor Scan Region Editor Laser Auto ONFOFF Settings Log File Finder Figura 27 Men Tools Herramientas 55 4 56 Utilizaci n de herramientas Profile Editor Editor de perfiles lt Opci n por defecto gt AgilentHD_GX_2Color AgilentHD_GX_1Color AgilentHD_CGH AgilentHD_miRNA AgilentG3_CGH Scan Region Editor Editor de regi n de barrido Lasers Auto On Off Settings Ajustes de enc apag autom de l seres Con Profile Editor Editor de perfiles puede modificar los ajustes de cualquier perfil que se incluye con el software El perfil cuyos ajustes ve cargados tras la instalaci n Microarrays de expresi n gen tica Agilent HD 2 color Microarrays de expresi n gen tica Agilent HD 1 color Microarrays Agilent HD CGH CNV ChIP Microarrays Agilent HD miRNA Microarrays G3 CGH CNV ChIP Tambi n puede crear nuevos perfiles a partir de los existentes Es posible que tenga que procesar regiones de microarrays no instaladas de forma predeterminada Para crea
74. oftware 9 5 y superior de Agilent Los barridos de 5 y 10 micras de 16 bits son compatibles con versiones anteriores con FE 9 5 Los barridos de 2 y 3 micras y todos los barridos de 20 bits requieren FE 10 x Requisitos inform ticos del sistema Compruebe que cumple los siguientes requisitos antes de instalar y utilizar Scan Control Software de Agilent Software e Windows XP Professional con SP2 windows Vista 32 con sp1 o Windows 7 64 bits e Internet Explorer 5 5 o posterior Hardware e Pentium IV 3 2GHz o superior e 2 GB de RAM necesarios 4 GB de RAM necesarios si se instala Feature Extraction Software en el mismo PC e 250 GB de espacio en disco disponible para programas y generaci n de datos Gu a del usuario del Sistema de scanner de microarrays Agilent G2565CA Scan Control Software 8 5 Introducci n 1 Descripci n f sica del scanner Vista frontal del scanner Ventilaci n del filtro de Tapa de acceso aire y puerta de acceso Indicadoras luminosos de estado 2 a o u o o Oos o s200 o Interruptor de alimentaci n B Figura 2 Scanner de microarrays Vista frontal Vista superior del scanner Brazo de carga autom tica Tapa de acceso de portaplacas Etiqueta informativa Base de soporte del carrusel Figura 3 Scanner de microarrays Vista superior Gu a del usuario del Sistema de scanner de microarrays Agilent G2565CA Scan Control Softwa
75. ontrol Software 8 5 33 2 Procedimientos iniciales Paso 5 Extracci n de las placas Una vez que finalice el proceso de an lisis del carrusel puede descargar los portaplacas del carrusel y retirar las placas de los mismos 1 Opcional Retire el carrusel del scanner Si el brazo de carga autom tica del portaplacas est extendido en el carrusel no retire el carrusel En su lugar siga las instrucciones de la secci n Diagn stico del brazo de carga autom tica extendido en el carrusel en la p gina 86 2 Retire los portaplacas del carrusel 3 Retire las placas de los portaplacas a Mantenga el portaplacas en los lados con el logotipo de Agilent hacia arriba b Coloque el pulgar sobre el centro de la cubierta del portaplacas c Suavemente presione sobre la cubierta y empuje hacia la parte superior del portaplacas hasta que se suelte la cubierta A ll Sl Cubierta del portaplacas abierta 34 Gu a del usuario del Sistema de scanner de microarrays Agilent G2565CA Scan Control Software 8 5 Procedimientos iniciales 2 d Empuje sobre el extremo del c digo de barras desde debajo del portaplacas para evitar huellas en el rea de la muestra e Sujete la placa por los lados y ret rela del portaplacas Empuje desde abajo Figura 19 Extracci n correcta de la placa Gu a del usuario del Sistema de scanner de microarrays Agilent G2565CA Scan Control Software 8 5 35 2 Procedimientos iniciales
76. os de capturas de HyperTerminal En la carpeta Archivos de captura de HyperTerminal introduzca el nombre de archivo Captura aammdd tt en el cuadro de texto nombre_archivo donde aammdd representa la fecha actual y representa el n mero de la sesi n de captura para dicho d a Haga clic en Guardar Haga clic en Iniciar en el cuadro de di logo Capturar texto Folder C Documents and Settingsidavid_bakerMy Eile inal Capture Files Capture 060105 1 TXT Browse Cancel Los datos de HyperTerminal continuar n a adi ndose a este archivo hasta que HyperTerminal se cierre o se detenga la sesi n Capturar texto en el men desplegable Transferir HyperTerminal se cerrar cuando se cierre la sesi n Inicie la sesi n de captura HyperTerminal tras la configuraci n inicial Si los l seres est n calientes salte al paso 3 1 Encienda el scanner para empezar la inicializaci n 2 Inicie el programa Scan Control para calentar los l seres Gu a del usuario del Sistema de scanner de microarrays Agilent G2565CA Scan Control Software 8 5 Mantenimiento y diagn stico del sistema 5 3 Haga doble clic en el icono Scanner ht en el escritorio 4 En el men desplegable Transferir de HyperTerminal haga clic en Capturar texto 5 En el di logo Capturar texto a Cambie el nombre del archivo en el cuadro de texto Archivo para que refleje la fecha actual y la sesi n de captura b Haga clic en Iniciar Folde
77. os tres segmentos de nombre para componer el nombre de archivo Prefijo1_Prefijo2_N barrido tif En barridos XDR se a ade un segmento adicional _H o _L al nombre de archivo para distinguir la imagen XDR Hi de la imagen XDR Lo Prefijol1_Prefijo2_N barrido_H tif Prefijo1_Prefijo2_N barrido_L tif 58 Gu a del usuario del Sistema de scanner de microarrays Agilent G2565CA Scan Control Software 8 5 Utilizaci n de herramientas 4 El Prefijo1 predeterminado es el n de serie del instrumento pero puede seleccionar el ID de placa o su propio prefijo personalizado El Prefijo2 predeterminado es el ID de placa pero puede seleccionar el N de ranura la Hora y fecha de barrido o su propio prefijo predeterminado El Image File Settings Output path cl Slide description Naming prefix 1 lt Instrument Serial gt 5 Naming prefix 2 Customize gt Customized lt Slide ID gt Compress Tiff lt 5can DateTime gt Split rotate image lt Slot gt lt Customize gt Slide ID ID de placa si se selecciona aparece la entrada de la celda de ID de placa en el nombre de archivo Si lt Auto detect gt est en la celda de Slide ID el c digo de barras aparecer en el nombre de archivo Slot N de ranura el n mero de la ranura en la que reside la placa procesada Scan DateTime Fecha y hora de barrido si selecciona esta opci n se utilizar la fecha y hora con el formato AAAAMMDDHHMM Customize Per
78. pere hasta que aparezca el mensaje de Scanner status Estado de scanner Scanner ready Scanner listo y vaya a Paso 4 Inicio del proceso de an lisis del carrusel en la p gina 40 1 Haga clic en la s celda s cuyo s ajuste s pretende cambiar haga clic en una celda individual o bien Haga clic en el encabezamiento de una columna o bien Arrastre el cursor por celdas de una columna para seleccionar celdas contiguas Aparece una flecha en el lado derecho de la primera celda seleccionada Pulse Ctrl y seleccione celdas no contiguas dentro de una columna de una vez Aparece una flecha en el lado derecho de la ltima celda seleccionada 2 Seleccione un nuevo ajuste en la lista Los nuevos ajustes aparecen en negrita Scan Region F Agilent HD 61 x 21 6mm E Full Slide 71 x 21 6mm ne ilent HD 61 x 21 6mm En la l nea de estado situada en la parte inferior de la ventana principal de Scan Control se indica una estimaci n del tama o total del archivo y el tiempo de procesamiento Tenga en cuenta que se necesita espacio en la unidad C para los archivos temporales generados durante el barrido Si el tama o de imagen estimado adem s del tama o de archivo temporal supera el espacio disponible el scanner no permitir que se inicie el proceso de an lisis del carrusel k Agilent recomienda seleccionar una ruta de salida para almacenar las ANAON 9 p im genes en una unidad local Si selecciona una unidad de
79. que se apague el indicador luminoso amarillo y reinicie el programa Scan Control 1 Empuje o tire suavemente del brazo de carga autom tica lo que ofrezca menos resistencia hasta el final No lo fuerce 2 Cierre el programa Scan Control y rein cielo 3 Si contin a el problema llame a la oficina de ventas local de Agilent y al centro de servicio y soporte 1 Verifique que la estaci n de trabajo de PC est encendida Verifique que el cable USB est conectado desde la estaci n de trabajo de PC al scanner de microarrays 3 P ngase en contacto con la oficina de ventas local de Agilent y el centro de soporte y servicio 1 Cierre el programa Scan Control y rein cielo El scanner de microarrays debe estar encendido antes de iniciar el programa Scan Control Si inicia primero el programa Scan Control no se realiza la conexi n al encender el scanner 2 P ngase en contacto con la oficina de ventas local de Agilent y el centro de soporte y servicio Debido al modo en que Windows 7 trata las conexiones entre el esc ner y el PC necesitar cerrar Scan Control Software antes de apagar el esc ner o desconectar el cable USB del esc ner En caso contrario se mostrar el mensaje Se agot el tiempo de espera del comando Para solucionar este problema reinicie su equipo Gu a del usuario del Sistema de scanner de microarrays Agilent G2565CA Scan Control Software 8 5 81 5 Mantenimiento y diagn stico del sistema Diagn sti
80. r C Documents and Settingsidavid_bakerMy File inal Capture FilesiCapture 060108 TXT Browse co Tambi n puede hacer clic en Examinar para abrir el cuadro de di logo Seleccionar Capturar archivo En el cuadro de di logo Seleccionar Capturar archivo elija una nueva carpeta o un nuevo nombre de archivo o de lo contrario el archivo de la sesi n de captura original se sobrescribir Cuando termine haga clic en Guardar para continuar Diagn stico del software En caso de que se produzca un fallo fatal en el ordenador o desee volver a cargar la imagen del disco duro que Agilent entrega con el PC Agilent suministra un CD de recuperaci n que le permite volver a instaurar la imagen del disco duro Para utilizar este CD de forma correcta debe desconectar el cable USB que se conecta a la parte trasera del PC antes de utilizar el CD ATENCI N Si no desconecta este cable pueden cambiarse los ajustes predeterminados de Agilent para los dispositivos USB y el software no reconocer el scanner cuando reinicie el software Gu a del usuario del Sistema de scanner de microarrays Agilent G2565CA Scan Control Software 8 5 91 5 Mantenimiento y diagn stico del sistema Mensajes de error del scanner de microarrays En esta secci n se explica la forma de interpretar los mensajes de error que encuentre Origen de los mensajes de error El monitor del ordenador muestra mensajes de error sobre el hardware del scanner de mi
81. r nuevas utilice Scan Region Editor Para alargar la duraci n de los l seres configure las horas del sistema para encenderlos y apagarlos autom ticamente con este cuadro de di logo Gu a del usuario del Sistema de scanner de microarrays Agilent G2565CA Scan Control Software 8 5 Utilizaci n de herramientas Creaci n Edici n de perfiles utilizando Profile Editor Edici n de un perfil existente 4 Puede editar y guardar un perfil existente O bien puede editar un perfil existente y guardar las ediciones bajo un nuevo nombre de perfil Consulte la secci n Creaci n de un nuevo perfil en la p gina 58 1 Seleccione Tools Herramientas gt Profile Editor Editor de perfiles en la barra de men Figura 27 Profile Editor Current Profile lt Default gt E Gen Description Dye channel Scan region Scan resolution Tiff file dynamic range Red PMT gain Green PMT gain XDR Ratio Output path Slide description Naming prefix 1 Naming prefix 2 Compress Tiff Splitfrotate image Import Export Default configuration settings R G Save As Agilent HD 61 x 21 6mm 5 um 16 bit 100 100 lt No XDR gt AN lt Instrument Serial gt lt Slot gt No No Figura 28 Profile Editor Editor de perfiles Gu a del usuario del Sistema de scanner de microarrays Agilent G2565CA Scan Control Software 8 5 57 4 Utilizaci n de herramientas Tenga en cuenta que nunca puede el
82. rar cubiertas del scanner 76 retirar placas 34 S Scan Region Editor 61 Scan Region Editor Editor de regi n de barrido 56 61 crear nuevas regiones de barrido 61 62 editar regiones de barrido existentes 64 iniciar 61 scanner aviso de atenci n sobre la retirada de cubiertas 76 encender 22 especificaciones 102 inicializaci n 22 interferencias electro magn ticas 108 parar durante barrido 42 tareas de mantenimiento 72 74 trasladar 76 seguridad Instrucciones 16 normativa 109 simbolos en el scanner 15 seleccionar un perfil 38 s mbolos de seguridad 15 sistema caracter sticas 10 slide 1D id de placa 50 ndice software icono 22 inicio 22 mantenimiento 72 no responde 81 requisitos del sistema 12 ventana principal 24 soporte t cnico 78 soporte t cnico llamar 78 sustracci n de desviaciones oscuras descripci n 18 T tapa del scanner abrir 80 tareas de mantenimiento 72 74 t cnico soporte 78 cambiar URL para contactar 78 tiempo de barrido 41 103 transferir archivos 44 trasladar scanner precauciones 76 U unidad de red 39 54 80 utilizaci n del scanner 22 V ver informe 42 vista frontal del scanner 13 vista posterior del scanner 14 vista superior del scanner 13 voltaje de entrada ajuste 111 comprobar 111 Gu a del usuario del Sistema de scanner de microarrays Agilent G2565CA Scan Control Software 8 5 117 www agilent com La information las descripciones y las especificaciones
83. ray microarray CARA 2 juaiby Figura 41 Orientaci n del c digo de barras de las placas Agilent frente a la superficie de la microarray Especificaciones del c digo de barras de placas que no son de Agilent El grosor m ximo de la etiqueta del c digo de barras es 0 2 mm Aseg rese de que la etiqueta no tenga burbujas No a ada etiquetas sobre etiquetas antiguas y sustituya las etiquetas que empiecen a despegarse Gu a del usuario del Sistema de scanner de microarrays Agilent G2565CA Scan Control Software 8 5 105 6 106 Referencia No coloque etiquetas de c digo de barras en placas cuya regi n de barrido sobrepase los 61 mm Debe introducir manualmente el identificador de placa o el c digo de barras en placas cuyas regiones de barrido sobrepasan los 61 mm En placas con c digo de barras la distancia entre el borde de una regi n de barrido de la microarray de la etiqueta del c digo de barras no puede ser inferior a 4 mm Regi n de barrido nominal rea de etiqueta de c digo de barras gt 4 mm Figura 42 Ubicaci n del c digo de barras en placas que no sean de Agilent La anchura de la etiqueta del c digo de barras debe ser de unos 6 mm la anchura de la etiqueta del c digo de barras recomendada es para utilizarse con la regi n de barrido de 61 mm Las etiquetas de c digo de barras m s grandes o m s largas se pueden utilizar reduciendo proporcionalmen
84. re 8 5 Modificaci n de los ajustes de barrido 3 Cambiar ajustes de tabla de barrido mediante perfiles En la lista desplegable Profile Perfil seleccione el perfil cuyos ajustes desee utilizar en el proceso de an lisis Profile ENEE Figura 23 Lista desplegable de perfiles en la ventana principal de Scan Control Puede cambiar los ajustes del perfil seleccionado consulte Edici n de un perfil existente en la p gina 57 o crear un nuevo perfil a partir del mismo consulte Creaci n de un nuevo perfil en la p gina 58 Cuando abra la ventana principal de Scan Control puede ver las columnas completadas con los valores de ajuste de barrido Estos valores se ajustan de acuerdo con el ltimo perfil seleccionado para realizar un an lisis antes de cerrar el programa Agilent facilita seis perfiles precargados para su selecci n y uso con microarrays de alta densidad de Agilent microarrays Agilent G3 y microarrays que no sean de Agilent AgilentHD_GX_2Color Microarrays de expresi n gen tica Agilent HD 2 color AgilentHD_GX_1Color Microarrays de expresi n gen tica Agilent HD 1 color AgilentHD_CGH Microarrays Agilent HD CGH CNV ChIP AgilentHD_miRNA Microarrays Agilent HD miRNA AgilentG3_CGH Microarrays G3 CGH CNV ChIP En placas de Agilent seleccione el perfil que se aplica al tipo de microarray de Agilent En placas que no san de Agilent tendr que hacer cambios en los diversos ajustes de la tabla
85. re 8 5 13 1 Introducci n Vista posterior del scanner Ventilaci n de aire Soporte de fusibles de alimentaci n Ventana de indicador de voltaje de linea Ajuste del voltaje de linea nchufe de alimentaci n Conexi n USB Portafusible del l ser Figura 4 Scanner de microarrays Vista posterior Preparaci n de las instalaciones Aseg rese de que el entorno cumpla las Especificaciones del scanner de microarrays en la p gina 102 del Cap tulo 6 Si tiene alguna pregunta p ngase en contacto con el departamento de ventas local de Agilent y con el centro de atenci n y soporte a servicios o visite www agilent com chem dnasupport Aseg rese de que la tapa de acceso tenga hueco suficiente Col quelo sobre un banco de laborato rio o una mesa resistente 14 Gu a del usuario del Sistema de scanner de microarrays Agilent G2565CA Scan Control Software 8 5 Introducci n 1 Simbolos de seguridad en el scanner A Simbolo ATENCI N Este s mbolo de ATENCI N est colocado en el producto cuando el usuario tenga que consultar la gu a del producto para comprender un posible peligro Llama la atenci n sobre una pr ctica un procedimiento de funcionamiento o un proceso similar que si no se realiza correctamente o no se cumple estrictamente podr a dar como resultado da os en el producto o la p rdida de datos importantes Simbolo de ADVERTENCIA E
86. re con agua caliente Escurra el filtro de aire para eliminar el agua Debe eliminarse todo resto de agua del filtro de aire Deje que el filtro de aire se seque completamente antes de instalarlo Puede utilizar toallitas para secar el filtro Vuelva a montar el filtro de aire en el alojamiento de la puerta de acceso del filtro y cierre la puerta Verifique que el filtro de aire se haya vuelto a instalar despu s de secarlo Si no vuelve a colocar el filtro de aire puede acumularse gran cantidad de polvo en el interior del instrumento que podr a influir negativamente en su rendimiento Los filtros de aire n ref 3150 0956 se pueden pedir directamente a una oficina de ventas local de Agilent y al centro de servicio y soporte 74 Gu a del usuario del Sistema de scanner de microarrays Agilent G2565CA Scan Control Software 8 5 Mantenimiento y diagn stico del sistema 5 Sugerencias para evitar problemas Realice las tareas de mantenimiento programadas que se describe en las p ginas anteriores y siga estas sugerencias para ayudar a mantener el scanner de microarrays y su rendimiento Sugerencia para evitar p rdida de datos e Evite cargar programas de software que causen sobrecarga en el procesador ya que podr a influir en la captura de datos durante el barrido Sugerencias para evitar da os exteriores en el scanner Mantenga el scanner de microarrays alejado de l quidos y vapores e Minimice y controle las fluctuac
87. red para la ruta de salida y falla la conexi n de red los archivos se almacenan en la unidad C local en el archivo Program Files Agilent Microarray NetDataBackup Gu a del usuario del Sistema de scanner de microarrays Agilent G2565CA Scan Control Software 8 5 39 2 Procedimientos iniciales Paso 4 Inicio del proceso de an lisis del carrusel Un proceso de an lisis del carrusel procesa todas las placas seleccionadas en el carrusel 1 Verifique que el mensaje de Scanner status Estado del scanner de la ventana principal indique Scanner ready Scanner listo El proceso de an lisis del carrusel no se puede iniciar hasta que los l seres se hayan calentado totalmente 2 Haga clic en Scan Slot m n Ranura de barrido m n en la ventana principal de Scan Control La letra m representa la ranura de inicio donde se encuentra la primera ranura y la letra n representa la ranura final en la que se encuentra la ltima placa Cuando inicie el barrido se realizan dos acciones Se bloquea la tapa del scanner El cuadro de di logo Scan Progress Progreso de barrido se abre mostrando el estado del barrido Scan Progress m Current scan information File name exMLPJAN1484_SLOTO1_501 tf Barcode 16011535021652 Slot number 1 r Status Progress Scan progress 9 Carousel progress 0 0 of 1 slides completed Figura 20 Cuadro de di logo Scan Progress Progreso de barrido
88. rrido e Estabilizaci n de alimentaci n continua del l ser Tama o de p xeles de 2 3 5 0 10 micras Intervalo din mico de gt 10 para un barrido nico en modo de barrido de 16 bits gt 10 para un barrido nico en modo de barrido de 20 bits y gt 10 para un barrido doble en modo de barrido de 16 bits XDR Compresi n de archivo de im genes TIFF e Especificaci n de uniformidad del lt 5 de CV Coeficiente de variaci n El Scan Control Software le permite seleccionar los canales de tinte fluorescencia las regiones de barrido la resoluci n el intervalo din mico la ganancia de PMT y las carpetas de salida de cada una de las placas incluidas en el proceso de an lisis del carrusel Estos ajustes se pueden cargar autom ticamente desde perfiles espec ficos de aplicaciones guardados o se pueden seleccionar individualmente Gu a del usuario del Sistema de scanner de microarrays Agilent G2565CA Scan Control Software 8 5 11 1 12 Introducci n Lista de componentes El Sistema de scanner de microarrays Agilent G2565CA consta de los siguientes componentes e Scanner de microarrays e Carrusel y 50 portaplacas e Estaci n de trabajo de PC con software de recuperaci n en CD e Cables de alimentaci n y cable USB e Scan Control Software 8 5 e Feature Extraction Software 10 x e Declaraci n de conformidad Scan Control Software 8 5 de Agilent se ha dise ado para utili zarse con Feature Extraction S
89. rror de enfoque autom tico No se detectaron dos superficies de reflexi n durante el inicio Autofocus error No PSD signal is detected Make sure there is a slide in the chip holder Error de enfoque autom tico No se detect ninguna se al de PSD Aseg rese de que hay una placa en el portaplaca Autofocus was unable to retain focus as ittravelled to the scan start position Enfoque autom tico no pudo mantener el enfoque al trasladarse a la posici n de inicio de barrido No puede ejecutar dos copias del programa Scan Control al mismo tiempo Haga lo siguiente 1 Verifique que la placa est correctamente insertada en el portaplacas Consulte Paso 2 Inserci n de placas en los portaplacas en la p gina 25 o pruebe con otro portaplacas Verifique que la placa cumpla las especificaciones de Agilent Consulte Especificaciones de las placas en la p gina 104 Si el problema contin a con una placa evidencia alg n problema en dicha placa Si es necesario seleccione o cree una regi n de barrido apropiada En algunas placas que no sean de Agilent con bordes traslucidos u opacos la regi n de barrido seleccionada se puede localizar cerca de reas no transparentes del cristal Consulte Creaci n de una nueva regi n con Scan Region Editor Editor de regi n de barrido en la p gina 62 P ngase en contacto con la oficina de ventas local de Agilent y el centro de soporte y servicio Haga lo siguiente
90. rrusel y otra detr s de la puerta del filtro Al contactar con su oficina de ventas local de Agilent y con el centro de soporte y servicio sobre el scanner de microarrays aseg rese de incluir el n mero del modelo y un n mero de serie de 10 caracteres Anote el n mero de serie de su scanner de microarrays Agilent el n mero de la versi n de software y la fecha de instalaci n en los espacios que se incluyen a continuaci n si imprime esta p gina o en una hoja de papel que conserve cerca del scanner Informaci n del scanner N de modelo N de serie Fecha de instalaci n N de versi n de software N de versi n de actualizaci n del software fecha N de versi n de actualizaci n del software fecha Localizaci n de la informaci n de la versi n del software del scanner 1 Seleccione Help Ayuda gt About Acerca de en la barra de men s para localizar la informaci n de la versi n 2 Para cerrar el programa haga clic en OK Gu a del usuario del Sistema de scanner de microarrays Agilent G2565CA Scan Control Software 8 5 79 5 Mantenimiento y diagn stico del sistema Preguntas frecuentes Tabla2 Preguntas m s frecuentes Las siguientes preguntas m s frecuentes y sus consiguientes respuestas pueden ayudarle a utilizar y mantener el sistema del scanner de microarrays Agilent y diagnosticar los problemas que se produzcan Pregunta Respuesta Quiero trasladar el sca
91. rusel Si la calibraci n no es satisfactoria o si la calibraci n cambia de forma significativa debido a la ltima vez que se realizaron el software del scanner grabar ese hecho y generar avisos de atenci n en el registro del proceso de an lisis del carrusel El aviso de atenci n de calibraci n del PMT se ajusta cuando el voltaje de PMT cambia m s del 20 con respecto al valor de calibraci n anterior Los avisos de atenci n de calibraci n del l ser se ajustan cuando los l seres no pueden lograr su potencia especificada en el per odo de tiempo de calentamiento Si esto ocurre el sistema ajusta el aviso de atenci n y vuelve a calibrar los l seres al 80 de su potencia especificada El programa Scan Control ampl a el archivo TIFF para compensar la potencia menor del l ser Puede reinicializar estos avisos de atenci n seleccionando Tools Herramientas gt Reset Calibration Warnings Reiniciar avisos de calibraci n Gu a del usuario del Sistema de scanner de microarrays Agilent G2565CA Scan Control Software 8 5 Utilizaci n de herramientas 4 Si la siguiente calibraci n resulta de nuevo incorrecta y vuelven a aparecer los avisos de atenci n debe ponerse en contacto con el departamento de ventas local de Agilent y con el centro de atenci n y soporte a servicios Calibraci n de l ser ampliada La calibraci n normal de los l seres no mide la salida de potencia m xima La herramienta de calibraci n ampli
92. s pasadores de alineaci n del rea de montaje del carrusel del Scanner de microarrays Alinee el orificio en forma de D de la parte inferior del carrusel con el poste del tablero del scanner donde se coloca el carrusel y coloque suavemente el carrusel en el scanner dej ndolo caer b Aseg rese de que el carrusel quede bien asentado puede provocar un error de alineamiento h Al montar el carrusel tenga cuidado de no golpear el carrusel contra el ATENCION gt o ed brazo de carga autom tica Golpear el brazo de carga autom tica ATENCI N Si tiene que girar manualmente el carrusel h galo s lo cuando el instrumento est apagado y no pueda da arlo 5 Opcional Coloque la cubierta del carrusel en el carrusel hasta que las dos leng etas laterales encajen en su sitio Lengiietas Ranura Home Figura 17 Cubierta del carrusel Gu a del usuario del Sistema de scanner de microarrays Agilent G2565CA Scan Control Software 8 5 31 2 Procedimientos iniciales 6 Cierre la tapa del scanner No puede hacer ninguna de las siguientes tareas hasta que cierre la tapa Inicializar el scanner Comprobar si hay ranuras vac as en el carrusel Leer c digos de barra delante del proceso de an lisis del carrusel Iniciar el proceso de an lisis del carrusel Pasadores de alineaci n fijos Ranuras de pasadores de alineaci n fijos Pasador de alineaci n m vil Ranura de pasador de alineaci n m vil Figura 18
93. s cuales el scanner mantiene apagados los l seres Si se selecciona No el scanner no se apagar bajo ning n motivo 3 Haga clic en OK 66 Gu a del usuario del Sistema de scanner de microarrays Agilent G2565CA Scan Control Software 8 5 Utilizaci n de herramientas 4 Encendido o apagado manual de los l seres 1 Abrala p gina de propiedades Laser Auto ON OFF Settings Ajustes de ENC APAG autom de l seres 2 Haga clic en Turn Lasers on Now Encender l seres ahora o Turn Lasers off Now Apagar l seres ahora 3 Haga clic en OK Gu a del usuario del Sistema de scanner de microarrays Agilent G2565CA Scan Control Software 8 5 67 4 Utilizaci n de herramientas Herramientas adicionales 68 Las siguientes herramientas adicionales est n disponibles en el men Tools Herramientas Desbloqueo de puerta La herramienta de desbloqueo de puerta Tools Herramientas gt Unlock Door Desbloquear puerta se puede utilizar para intentar desbloquear manualmente la el cierre de la misma no funciona debidamente Eso puede suceder por ejemplo si la tapa se levante cuando se acciona autom ticamente el cierre al final de un proceso de an lisis del carrusel Reinicializaci n de avisos de atenci n de calibraci n Durante un funcionamiento normal el scanner G2505C calibra los PMT antes de cada barrido y calibra los l seres durante la inicializaci n del sistema y despu s de cada proceso de an lisis del car
94. scanner de microarrays no est conectado a la estaci n de trabajo de PC Verifique que el cable USB est conectado al scanner de microarrays y a la estaci n de trabajo de PC Si el cable USB est desconectado vuelva a conectar el cable reinicie el PC y si es necesario apague y encienda el scanner de microarrays Es posible que se haya alterado las propiedades de la conexi n de red mediante el protocolo de Internet TCP IP del scanner Verifique que la direcci n IP de la conexi n de rea local del scanner es 10 0 0 1 y la m scara de subred es 255 255 255 0 Es posible que el cortafuegos de Windows XP impida la comunicaci n Desactive el cortafuegos Si ha reiniciado la estaci n de trabajo de PC es posible que tenga que apagar el scanner de microarrays y luego encenderlo despu s de reiniciar Windows Gu a del usuario del Sistema de scanner de microarrays Agilent G2565CA Scan Control Software 8 5 95 5 Mantenimiento y diagn stico del sistema Tabla 4 Mensajes de error continuaci n Mensaje de error Descripci n o soluci n Error ejecting chip The chip was ejected into the home slot Error al exportar el chip El chip se expuls a la ranura de inicio Failed to communicate with connection manager Fallo al comunicar con el administrador de conexiones Lasers never became ready Los l seres nunca estuvieron preparados Missing or corrupt ChipRegions ini file Falta el archivo ChipRegions
95. sonalizar introduzca el prefijo personalizado si selecciona Customize 36 caracteres como m ximo El programa Scan Control asigna autom ticamente el N de barrido El programa compara el nombre del archivo de un nuevo barrido con los del directorio de datos seleccionado Si Prefijo1_Prefijo2 es nico el n mero de barrido se fija en sol Si se encuentra una coincidencia el n mero de barrido se incrementa hasta que el nombre de archivo sea nico Gu a del usuario del Sistema de scanner de microarrays Agilent G2565CA Scan Control Software 8 5 59 4 60 Utilizaci n de herramientas Compress TIFF Comprimir TIFF Split rotate image Dibvidir Girar imagen Ejemplo US4510PP02_251485023883_S03 tif e N de serie del instrumento US4510PP02 ID de placa 251485023883 N de barrido S03 ste es el tercer archivo de barrido del directorio con el mismo n de serie de instrumento e ID de placa Puede reducir el tama o final del espacio de almacenamiento ocupado por las im genes de barrido comprimiendo los archivos TIFF El algoritmo de compresi n utilizado LZW reduce el espacio de almacenamiento de un 20 a un 70 Algunos programas de an lisis necesitan girar 90 grados los datos de las im genes de un color Si ajusta la opci n Split Rotate en Yes el archivo de color se divide en dos archivos de color y las im genes se giran 90 grados y se voltean A continuaci n se incluye un ejempl
96. ste cap tulo antes de llamar a la oficina de ventas local de Agilent y al centro de servicio y soporte Soporte t cnico En este tema se facilita informaci n importante sobre soporte t cnico Preguntas Consulte esta secci n para conocer las soluciones a las frecuentes preguntas m s frecuentes relacionadas con soporte y mantenimiento Diagn stico del En este tema se describen los indicadores luminosos y la forma hardware de sustituir los fusibles Diagn stico del En este tema se aborda las precauciones que deben adoptarse al software utilizar el CD de recuperaci n para recuperar el software y los datos del disco duro Mensajes de Consulte este tema para obtener informaci n sobre los error del mensajes de error importantes y sus soluciones scanner Gu a del usuario del Sistema de scanner de microarrays Agilent G2565CA Scan Control Software 8 5 11 5 78 Mantenimiento y diagn stico del sistema Soporte t cnico El soporte t cnico est disponible para el sistema del scanner de microarrays Agilent Lea el resto de este cap tulo antes de llamar a la oficina de ventas local de Agilent y al centro de servicio y soporte Utilice la Web para contactar con el soporte t cnico El software incluye un URL predeterminado que le permite acceder al soporte t cnico de Agilent para el scanner de microarrays Haga clic en Help Ayuda gt Technical Support Soporte t cnico Soporte de estaci n de trabajo de PC Si
97. ste s mbolo de ADVERTENCIA se coloca en el producto dentro de reas que tengan un voltaje peligroso o pueda producirse una descarga el ctrica S lo personas cualificadas deben realizar trabajos en esta rea Gu a del usuario del Sistema de scanner de microarrays Agilent G2565CA Scan Control Software 8 5 15 1 Introducci n Instrucciones de seguridad El scanner de microarrays Agilent G2565CA se ha dise ado para ofrecer seguridad y facilidad de uso Aseg rese de comprender y respetar todas las advertencias y llamadas de atenci n antes de utilizar el scanner de microarrays ADVERTENCIA No intente reparar ni acceder a los componentes internos del scanner de microarrays Podr a exponerse a alto voltaje y a una radiaci n peligrosa del l ser La retirada de las cubiertas anula la garant a ADVERTENCIA El scanner de microarrays debe conectarse a una toma de alimentaci n con toma de tierra La toma de tierra de protecci n es esencial por razones de seguridad 7 Si enciende el scanner de microarrays por primera vez o lo ha ATENCION f 5 trasladado a un nuevo emplazamiento verifique que el ajuste de voltaje sea el correcto y de que el voltaje tenga toma de tierra ATENCI N Agilent recomienda colocar el scanner de microarrays en un banco de laboratorio o en una mesa resistente El scanner de microarrays es una posible fuente de vibraciones y es potencialmente sensible a vibraciones externas A El scanner de mi
98. superior e inferior En placas que no sean de Agilent la regi n de impresi n es m s peque a en una cantidad igual a la tolerancia de impresi n de array Cianina 3 Cy 3 y cianina 5 Cy 5 y pigmentos similares a Cy 3 y Cy 5 y pigmentos Alexa 647 555 y 660 2 3 50 10 micras lt 1 p xel en una resoluci n de 5 micras 5 de CV global sin uniformidad la media local sin uniformidad es generalmente un 1 bas ndose en funciones de 100um Tabla5 Tiempo de barrido en barridos de uno y dos pasos para la regi n de barrido HD de Agilent de 61 x 21 6 mm Resoluci n Tiempo de barrido min Un paso de 2 micras 20 Un paso de 3 micras 15 Un paso de 5 micras 8 Un paso de 10 micras 8 Dos pasos de 2 micras 40 Dos pasos de 3 micras 30 Dos pasos de 5 micras 16 Intervalo din mico de 16 bits de un barrido gt 10 Intervalo din mico de 20 bits de un barrido gt 10 Intervalo din mico ampliado XDR de dos barridos gt 10 Gu a del usuario del Sistema de scanner de microarrays Agilent G2565CA Scan Control Software 8 5 103 la iguientes 1 9 A 21 6 Y tros y el punto de referenc l me ican en mi d 76 2 0 25 1 4 Iimensiones se in de barrido La regi n de barrido se especifica en la Figura 40 Todas las es el lado inferior derecho del cristal de las placas d SOS imensiones imMCaciones 19q87 apooJeg istal son las s nseca baja tr e
99. tar con una de las dos configuraciones siguientes la configuraci n est ndar de alta resoluci n o bien sin la capacidad de alta resoluci n Sin la licencia de alta resoluci n puede seleccionar 10 micras 5 micras y doble paso de 5 micras pero las selecciones de 2 y 3 micras no est n disponibles Si ha adquirido la capacidad de alta resoluci n necesita la licencia de software para habilitar esta capacidad En la mayor a de los casos el ingeniero de instalaci n del scanner instalar la licencia por usted Si este no es el caso o se adquiere la capacidad m s adelante siga las instrucciones que se incluyen a continuaci n para activar la licencia de software Activaci n de la licencia de barrido de alta resoluci n Para activar la licencia de barrido de alta resoluci n 1 Localice el certificado de derechos del software SEC que se entrega con el scanner 2 Vaya a https software business agilent com index stm Seleccione Click here to start software license redemption Haga clic aqu para iniciar la activaci n de la licencia de software 4 Siga las instrucciones para activar la licencia Instalaci n de la licencia de barrido de alta resoluci n Cuando reciba la licencia a trav s de correo electr nico instale la licencia como se indica a continuaci n 1 Cierre la ventana de Scan Control Software 2 Localice el archivo de licencia y col quelo en el siguiente directorio C ProgramFiles Agilent Micro
100. te O bien Configuraci n con los tiempos para encender y apagar los l seres en la p gina 65 en el Cap tulo 4 Seleccione Inicio gt Todos los programas gt Agilent gt Scan Control 22 Gu a del usuario del Sistema de scanner de microarrays Agilent G2565CA Scan Control Software 8 5 Initializing Scanner Inicializando scanner Lasers are warming up L seres calent ndose Lasers are powered off L seres apagados Scanner listo Procedimientos iniciales 2 Icono de Agilent Scan Control Cuando se inicie el programa los l seres empiezan a calentarse Compruebe el mensaje Scanner status Estado del scanner en la parte inferior de la ventana principal El scanner se est inicializando Una vez completada la inicializaci n la tapa del scanner se desbloquea y los l seres contin an calent ndose Los l seres tardan aproximadamente 30 minutos en calentarse Si tiene que esperar a que se calienten los l seres contin e con Paso 2 Inserci n de placas en los portaplacas en la p gina 25 Encienda los l seres seleccione Tools Herramientas gt Laser Auto ON OFF Settings Ajustes de enc apag autom de l seres y haga clic en Turn Lasers ON Now Encender l seres ahora Puede iniciar el barrido Gu a del usuario del Sistema de scanner de microarrays Agilent G2565CA Scan Control Software 8 5 23 2 Procedimientos iniciales Paso 1 Encendido del scanner de microarrays Agilent
101. te la regi n de barrido Las etiquetas del c digo de barras deben estrecharse lo suficiente para que no interfieran con las leng etas del portaplacas La inclinaci n m xima permisible en la colocaci n de la etiqueta del c digo de barras en la placa es 3 El c digo de barras debe cumplir los siguientes requisitos e La zona sobria m nima la regi n entre el borde de la etiqueta y el principio o el fin del c digo de barras es 10 ve3ces la dimensi n X en cada lado del c digo de barras Gu a del usuario del Sistema de scanner de microarrays Agilent G2565CA Scan Control Software 8 5 Referencia 6 e Las l neas del c digo de barras deben ser paralelas al borde longitudinal con una tolerancia de inclinaci n de 3 e Agilent admite los siguientes formatos de c digos de barra Code 128 los c digos de barra que no son de Agilent con 12 d gitos no deben empezar por 2 CODABAR m ximo de 8 d gitos grosor m nimo de l nea 6 mil metros Code 39 m ximo de 8 d gitos grosor m nimo de l nea 6 mil metros Code 93 m ximo de 8 d gitos grosor m nimo de l nea 6 mil metros e La altura m xima de c digo de barras debe ser de Code 128 15 de la longitud del c digo de barras para Code 128 Code 39 Code 93 CODABAR 5 mm o 15 de la longitud del c digo de barras de los dos el mayor Gu a del usuario del Sistema de scanner de microarrays Agilent G2565CA Scan Control Software 8 5 107 6
102. tiene un problema en la estaci n de trabajo de PC consulte la documentaci n que se incluye con el PC Si a n as no puede resolver el problema p ngase en contacto con la oficina de ventas local de Agilent y con el centro de atenci n y soporte o haga clic en Help Ayuda gt Technical Support Soporte t cnico Soporte del scanner de microarrays Si tiene problemas con el scanner de microarrays que requiera la asistencia de la oficina de ventas local de Agilent y del centro de soporte y servicio es posible que se le solicite los ltimos archivos de registro de diagn stico creados con el programa Scan Control Estas carpetas se encuentran en la carpeta C Program FilesAgilent Microarray Logs La informaci n de diagn stico adicional incluidos los resultados de la autocomprobaci n de encendido se puede capturar utilizando el programa HyperTerminal Consulte Utilizaci n de HyperTerminal para capturar datos de diagn stico en la p gina 87 para obtener informaci n adicional sobre la configuraci n y utilizaci n de este protocolo de comunicaciones Gu a del usuario del Sistema de scanner de microarrays Agilent G2565CA Scan Control Software 8 5 Mantenimiento y diagn stico del sistema 5 Cada scanner de microarrays Agilent se identifica mediante un n mero de serie nico de 10 caracteres El n mero de serie se encuentra en una etiqueta situada en dos sitios del scanner de microarrays una en el compartimento del ca
103. un componente de lasoluci n de an lisis de microarrays de Agilent Technologies El scanner de microarrays es un sofisticado scanner de fluorescencia con inducci n mediante l ser dise ado para leer microarrays impresas en placas de 1 x 3 pulgadas El scanner de microarrays mide la intensidad de fluorescencia del cido nucleico DNA y RNA de muestras etiquetadas unidas a microarrays Su capacidad de medir la fluorescencia de dos tintes simult neamente facilita todos los estudios de microarray de dos colores Esta tecnolog a proporciona un barrido de microarrays automatizado r pido y de gran calidad Figura 1 Scanner de microarrays Agilent G2565CA El barrido de cada placa se realiza en minutos y los archivos se preparan para un an lisis de extracci n de caracter sticas 10 Gu a del usuario del Sistema de scanner de microarrays Agilent G2565CA Scan Control Software 8 5 Introducci n 1 Descripci n del sistema En esta secci n encontrar una lista de las caracter sticas del equipo y de los programas componentes y requisitos inform ticos as como una descripci n f sica del scanner e informaci n sobre preparaci n de las instalaciones y sobre seguridad Caracteristicas de los equipos y los programas El scanner de microarrays proporciona las siguientes funciones e Lectura de c digos de barra internos o externos Enfoque autom tico din mico e Calibraci n autom tica de ganancia de PMT antes de cada ba
104. uno y dos pasos para cada resoluci n seleccionada para un intervalo din mico de TIFF de 16 bits o uno de 20 bits La regi n de barrido es 61 X 21 6 mm La barra de estado situada en la parte inferior de la ventana principal Scan Control muestra una estimaci n del espacio de almacenamiento y el tiempo de ejecuci n necesario para un carrusel completo de placas Gu a del usuario del Sistema de scanner de microarrays Agilent G2565CA Scan Control Software 8 5 Modificaci n de los ajustes de barrido 3 Tabla1 Espacio de almacenamiento y tiempo de barrido en barridos de uno y dos pasos para la regi n de barrido HD de Agilent de 61 x 21 6 mm Resoluci n Espacio de Espacio de Tiempo de almacenamiento almacenamiento barrido min Mb 16 bits Mb 20 bits Un paso de 2 micras 1300 1600 20 Un paso de 3 micras 620 760 15 Un paso de 5 micras 200 300 8 Un paso de 10 micras 52 115 8 Dos pasos de 2 micras 1300 1600 40 Dos pasos de 3 micras 620 760 30 Dos pasos de 5 micras 200 300 16 Los barridos de dos pasos no requieren m s espacio de almacenamiento que los barridos de un paso pero tardan el doble de tiempo en completarse Red PMT Gain Ganancia Ajusta el nivel de sensibilidad del PTM de canal rojo y de de PMT de rojo canal verde El PMT detecta la fluorescencia emitida por la y microarray Green PMT Gain Ganancia de PMT de verde El nivel de salida predeterminado 100 ajusta la ganancia al nivel calibrado de f
105. ustes de barrido Conozca lo que hacen los ajustes de barrido y cu ndo y c mo cambiarlos Utilizaci n de herramientas En este cap tulo sepa c mo configurar perfiles grupos de ajustes de barrido regiones de barrido y tiempos de conexi n desconexi n autom tica del l ser Mantenimiento y soluci n de problemas en el sistema En este cap tulo se describen los procedimientos y sugerencias de mantenimiento as como los mensajes de error para solucionar los problemas del sistema Referencia En este cap tulo se presentan las especificaciones de las placas y la informaci n de cumplimiento de las normativas Gu a del usuario del Sistema de scanner de microaarrays Agilent G2565CA Scan Control Software 8 5 3 4 Gu a del usuario del Sistema de scanner de microaarrays Agilent G2565CA Scan Control Software 8 5 Contenido 1 Introducci n 9 Una herramienta potente para an lisis de microarrays 10 Descripci n del sistema 11 Caracter sticas de los equipos y los programas 11 Lista de componentes 12 Requisitos inform ticos del sistema 12 Descripci n f sica del scanner 13 Preparaci n de las instalaciones 14 S mbolos de seguridad en el scanner 15 Instrucciones de seguridad 16 Principios de funcionamiento 17 Colocaci n de placas 17 Excitaci n del l ser 17 Barrido 17 Detecci n de fluorescencia 18 Sustracci n de desviaciones oscuras 18 2 Procedimientos iniciales 19 Licencias 20 Activaci n de la li
106. ustes de una vez mediante perfiles e Cambiar ajustes individuales mediante listas desplegables en la tabla de barrido Aunque puede cambiar entradas en el orden que desee es posible que quiera cambiar las entradas en este orden para ahorrar tiempo a Si est procesando placas que no sean de Agilent es posible que quiera Creaci n de una nueva regi n con Scan Region Editor Editor de regi n de barrido que es m s importante para sus placas que las ofrecidas en la tabla de barrido o en el editor de perfiles Siempre que est procesando placas de Agilent o que no sean de Agilent es posible que quiera Cambiar ajustes de tabla de barrido mediante perfiles seleccionando un perfil diferente Tras seleccionar un perfil diferente o editar o crear uno puede Cambiar ajustes individuales de la tabla de barrido Si selecciona un perfil diferente tras cambiar entradas individualmente las entradas del perfil sustituye a las modificadas Aseg rese de introducir manual o autom ticamente los ID de placa despu s de haber seleccionado un perfil Debe hacerlo en placas que no tengan c digo de barras Puede hacerlo en placas de Agilent Consulte Slide ID 1D de placa en la p gina 50 Para obtener m s informaci n sobre cada uno de los ajustes de barrido consulte Ajuste de la tabla de barrido en la p gina 50 46 Gu a del usuario del Sistema de scanner de microarrays Agilent G2565CA Scan Control Softwa
107. uye un grabador de DVD ATENCI N Es importante archivar los datos con regularidad desde el PC del scanner para asegurarse de que hay suficiente espacio en disco disponible para futuros procesos de an lisis Cuando el disco est casi lleno el scanner de microarrays detiene el barrido y aparece una advertencia Puede mejorar el rendimiento desfragmentando regularmente la unidad de disco 44 Gu a del usuario del Sistema de scanner de microarrays Agilent G2565CA Scan Control Software 8 5 Agilent G2565CA Sistema de scanner de microarrays Scan Control Software 8 5 Gu a del usuario 3 Modificaci n de los ajustes de barrido Modificaci n de los ajustes de barrido 46 Cambiar ajustes de tabla de barrido mediante perfiles 47 Cambiar ajustes individuales de la tabla de barrido 48 Ajuste de la tabla de barrido 50 Antes de procesar un conjunto de placas es posible que desee modificar los ajustes de barrido o de imagen En este cap tulo se describe cada uno de los ajustes de la tabla de barrido y muestra la forma de cambiarlos todos de una vez o de uno en uno EE Agilent Technologies 45 3 Modificaci n de los ajustes de barrido Modificaci n de los ajustes de barrido Un perfil es un conjunto de ajustes de barrido y de imagen que al seleccionarse completa la tabla de barrido con los valores introducidos en el editor de perfiles Puede cambiar los ajustes de la tabla de barrido de dos formas e Cambiar todos los aj
108. viar una enseguida Esta licencia tendr que renovarse manualmente 2 Una vez que reciba la licencia incluya la licencia en el directorio siguiente Directorio C ProgramFiles Agilent Microarray 3 Cierre y vuelva a abrir Scan Control Software El scanner reconocer la nueva licencia Gu a del usuario del Sistema de scanner de microarrays Agilent G2565CA Scan Control Software 8 5 21 2 Procedimientos iniciales Utilizaci n del scanner Paso 1 Encendido del scanner de microarrays Agilent 4 Encienda el scanner de microarrays utilizando el interruptor de alimentaci n situado en la parte delantera del aparato Notar que a Se enciende el ventilador y se cierra la tapa b El Scanner de microarrays inicia la rutina de inicializa ci n que tarda aproximadamente cuatro minutos Durante la inicializaci n se ejecuta una autocomprobaci n durante la cual el indicador luminoso de entrada se ilu mina o se apaga conforme se realizan las diferentes com probaciones funcionales c Los l seres no se encender n hasta que inicie Scan Control Software Indicadoras luminosos de estado Interruptor de alimenta ci n Figura 5 Ubicaci n del interruptor de alimentaci n e indicadores luminosos de estado Para conocer la forma de 5 Haga doble clic en el icono Agilent Scan Control para abrir configurar el encendido y apagado el programa Scan Control autom tico de los l seres consul
109. xistentes Profile AgilentHD_GX_2Color Cuando abra la ventana principal de Scan Control puede ver las columnas completadas con los valores de ajuste de barrido Estos valores se ajustan de acuerdo con el ltimo perfil seleccionado para realizar un an lisis antes de cerrar el programa Agilent facilita seis perfiles precargados para su selecci n y uso con microarrays de alta densidad de Agilent microarrays Agilent G3 y microarrays que no sean de Agilent Ajustes predeterminados que ve tras instalar el programa Microarrays de expresi n gen tica Agilent HD 2 color Microarrays de expresi n gen tica Agilent HD 1 color Microarrays Agilent HD CGH CNV ChIP Microarrays Agilent HD miRNA Microarrays G3 CGH CNV ChIP Para cambiar todos los ajustes al mismo tiempo puede seleccionar uno de los perfiles de Agilent o crear el suyo propio a partir de los perfiles existentes incluido el perfil lt predeterminado gt Para editar un perfil existente o crear su propio perfil consulte el Cap tulo 4 Edici n de un perfil existente en la p gina 57 o Creaci n de un nuevo perfil en la p gina 58 38 Gu a del usuario del Sistema de scanner de microarrays Agilent G2565CA Scan Control Software 8 5 Procedimientos iniciales 2 Paso 3 Cambio de ajustes de barrido individuales en la tabla de barrido Si no tiene que cambiar ninguno de los ajustes de la tabla de barrido producidos mediante el perfil seleccionado es

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