MANUAL INSTRUCCIONES 1. Transformación de
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1. UriAlon groupNetworkMotifSW html 2 Construcci n de archivos en formato Cell Net Analyzer por una v a alternativa a la interface normal del programa Este procedimiento se recomienda cuando se debe introducir a CellNet Analyzer una red extensa Para evitar la interface normal del programa siga los siguientes pasos a Genere por v a normal del CNA el archivo de metabolitos que corresponda a los compuestos involucrados s lo en la primera reacci n b Genere por v a normal del CNA el archivo de reacciones que corresponda a la primera reacci n c Abra el archivo metabolites generado utilizando alg n editor MatLab WordPad Block de Notas Copie el contenido del archivo a una planilla Excel que se llamar metabolites d Repita el procedimiento del punto c pero ahora con el archivo original generado para reactions peg ndolo en otra hoja de planilla Excel denominado reactions e De aqu en adelante primero nos concentraremos en completar el archivo Excel de reacciones Para ello escriba todas las reacciones del modelo excepto la primera en filas sucesivas de la plantilla Excel Como se muestra en la ecuaci n 1 cada fila de la planilla Excel debe respetar la estructura de campos que requiere el programa CNA a saber lt reaction ID gt lt reaction equation lt Pari gt lt Par2 gt lt Par3 gt lt Par9 gt 1 Observar que excepto en la primera reacci n en todas las restantes2. forma manual la columna central correspondiente a interacciones El archivo as resultante estar en condiciones de ser corrido on line en el sitio web del programa http www bioinf med uni goettingen de services diva Con respecto al programa M Finder tener en cuenta que dicho programa s lo utiliza c digos num ricos en lugar de los nombres literales y que adem s requiere un ordenamiento espec fico de los campos source target type of interaction ver por ejemplo Milo et al 2002 in http www weizmann ac il mcb UriAlon Papers networkMotifs sma html Es decir que sobre el archivo obtenido mediante nuestro programa Vd deber realizar dos operaciones adicionales en forma manual i Primero seleccione y corte la segunda columna interacciones y c piela inmediatamente a la derecha de la columna de productos Elimine ahora la columna vac a resultante de modo que las columnas de substratos y productos aparezcan contiguas li Mediante los comandos buscar y reemplazar de Excel transforme la columna de interacciones en c digo num rico El mismo podr a ser por ejemplo activation 1 inhibition 2 Si no estuviera interesado en establecer el tipo de interacci n sino s lo su existencia poner toda la columna como 1 lo que denotar a que la interacci n existe independientemente de que se trate de activaci n o inhibici n Para detalles operativos del programa M Finder visitar el sitio http www weizmann ac il mcb
3. 00 100 1 3 CITED2 n CITED2 n NaN 0100 100 1 3 SNAIL c SNAIL c NaN 0 100 100 1 3 CdhE c CdhE c NaN 0 100 100 1 3 Finalmente transformar el archivo Excel metabolitos xls en un archivo de texto tabulado llamado metabolites txt Copiar su contenido en el archivo metabolites generado previamente disponible dentro del programa Cell Net Analyzer Vd dispone ahora de todos los archivos requeridos para correr su simulaci n l gica mediante el programa Cell Net Analyzer Si optara por aplicar adem s criterios de l gica multi valuada con inhibiciones graduales se sugiere visitar el sitio del programa MUVAL http calsys informatik uni rostock de muval1 1 index html En dicho sitio encontrar instrucciones tutoriales y facilidades espec ficas disponibles para realizar las transformaciones requeridas sobre sus archivos Las mismas ser n realizadas en forma tal que el archivo resultante podr todav a ser corrido mediante el programa Cell Net Analyzer y obtener los resultados buscados
4. MANUAL INSTRUCCIONES 1 Transformaci n de archivos desde formato CNA a otros formatos Si Vd ya dispone de un archivo de reacciones en formato del programa Cell Net Analyzer CNA proceda entonces a importar dicho archivo a una planilla Excel Para ello utilice la siguiente secuencia de comandos que aparecer n en ventanas sucesivas a saber Data gt Get External Data gt From Text 3loook in select directory and file to be imported while using the option show all files gt import gt delimited option gt next gt Tab delimited option gt general format option gt finish Una vez obtenido el archivo en Excel elimine manualmente las columnas que se encuentren a la derecha del s mbolo de finalizaci n de las reacciones Es decir que s lo debe conservar la primera ID y la segunda columna Reactions Guarde dicho archivo con el nombre que desee en formato xls Para utilizarlo s lo debe cargarlo en el servicio web de nuestro sitio obteniendo entonces inmediatamente un archivo que contendr los siguientes outputs a Mapa de interacciones en formato Cytoscape BiNom y DIVA compatible b Mapa de interacciones en formato M finder compatible c Lista de Equivalencia entre metabolitos y c digos num ricos para M Finder Importante Notar que para el caso de Cytoscape y Binom el archivo obtenido puede ser cargado directamente a dichos programas Para el caso del programa DiVa Vd deber eliminar en
5. cada campo debe ocupar una columna de la planilla Excel A partir de la barra indicadora de final de reacci n deben especificarse nueve campos o par metros ver Manual Cell Net Analyzer As por ejemplo mientras que las reacciones en s mismas variar an de fila en fila el patr n de par metros excepto para los inputs del sistema ser a pr cticamente el mismo Una reacci n t pica podr a escribirse en Excel como R1 CdhE gen CITED2 n ISNAIL c CdhE c 0 0 0100 100 1 3 1 f Una vez completado el modelo de reacciones se debe guardar el archivo en dos formatos como archivo reactions txt tabulated y como archivo reactions xls El archivo reactions txt puede copiarse directamente al archivo conteniendo la primera reacci n que se hab a generado dentro del programa CNA quedando as disponible para ser utilizado luego de ser guardado Luego guardar como reactions El archivo reactions xls puede ser cargado en nuestro web site siendo entre otros outputs obtenidos el de la lista de compuestos participantes primera columna de la tabla de equivalencia entre Cell Net Analyzer y M Finder A partir del archivo output de nuestro web service copiar la primera columna de metabolitos de la tabla de equivalencia en el archivo metabolites xIs A partir de all completar el archivo de respetando la estructura de campos correspondiente detalles en el manual de Cell Net Analyzer CdhE gen CdhE gen 1 0 1
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