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Guía del usuario de HiSeq 2500 - Support

1. pantalla de reactivos 29 59 94 pantalla de revisi n de la configuraci n del experimento 89 pasos de analisis qu mico supervisar 47 77 112 pesaje de reactivos antes del experimento 30 pesar reactivos despu s del experimento 117 posici n de los reactivos indexaci n 62 posiciones de los reactivos paired end 80 posiciones de reactivo S 30 09119q8 8 991pUu posiciones de reactivo SBS 30 posiciones de reactivos aired end 31 33 probabilidad de error 139 puntuaciones de calidad 139 agrupaci n 139 generar 134 puntuaciones Q 139 R reactivos carga 31 33 cargar 62 80 cargar ICB 81 cargar SBS 96 cebado 105 cebar 39 69 descargar 117 paired end 31 33 80 pantalla de reactivos 29 59 94 registrar ID del kit 29 59 94 registro ubicaciones de grupo 136 Runinfo xml 141 142 S sector 26 56 91 secuenciaci n indexada reactivos cargar 62 secuenciaci n paired end reactivos carga 31 33 reactivos cargar 80 servidor LIMS 13 165 Indice alfab tico r software visor del an lisis de secuenciaci n 9 acerca de versi n 13 descripci n general 135 an lisis en tiempo real 9 vol menes esperados 122 control de HiSeq 15 Experiment Manager 16 inicializaci n 7 mostrar archivo de registro 13 pantalla de bienvenida 9 software de control de HiSeg 9 soluci n de problemas 149 ver pantalla completa 13 visor del an lisis de secuenciaci n 9 software bcl2fastq 131 software de an lisis en
2. Figura 16 Palanca de la celda de flujo en posici n 1 2 Mueva lentamente la palanca de la celda de flujo a la posici n O para desacoplar la junta de vac o y desbloquear la celda de flujo Gu a del usuario del sistema HiSeq 2500 4 ofni ap epjeo eun ap ebo Realizaci n de un experimento de HiSeq v4 Figura 17 Palanca de la celda de flujo en posici n 0 hi a 3 Levante la celda de flujo usada del soporte de la celda de flujo Limpieza del soporte de la celda de flujo 1 Utilice un nuevo par de guantes de l tex sin polvo 2 Con un pa o humedecido en alcohol o una toallita sin pelusa humedecida en etanol o isopropanol limpie con cuidado la superficie del soporte de la celda de flujo hasta que est limpia x PRECAUCI N Procure que no entre alcohol en los orificios de vac o ni alrededor de los distribuidores Si es necesario utilice una toallita de laboratorio sin pelusa para secar la platina Figura 18 Inspecci n de los orificios de vac o 3 Inspeccione visualmente el soporte de la celda de flujo para comprobar que no hay pelusas ni obstrucciones en los orificios de vac o A 2 N de referencia 15035786 Rev D ESP Limpieza de la celda de flujo 1 Extraiga la celda de flujo del contenedor de la celda de flujo con un par de pinzas hemost ticas de pl stico Enjuague la celda de flujo con agua de laboratorio y s quela con una toallita para limpiar lentes Doble un pa o humedecido en alcoho
3. 4 Aseg rese de que hay cargada una celda de flujo usada Si es necesario cargue una celda de flujo usada Seleccione Next Siguiente 5 Realice una comprobaci n de flu dica N de referencia 15035786 Rev D ESP a Seleccione la soluci n 2 en la lista desplegable Acepte los valores predeterminados de la bomba b Seleccione Pump Dispensar c Inspeccione visualmente la celda de flujo para comprobar si hay burbujas en los carriles o fugas cerca de los distribuidores 6 Retire los tubos de residuos de la celda de flujo apropiada del contenedor de residuos No incluya los tubos de residuos de la celda de flujo opuesta ni los tubos de la bomba de condensaci n 7 Para los modos de rendimiento elevado Agrupe los tubos de residuos con papel Parafilm y aseg rese de mantener todos los extremos nivelados Introduzca los extremos de los tubos agrupados en una botella de 250 ml 8 Para el modo de experimento r pido Coloque los extremos de los tubos 4 y 5 en un contenedor vac o Coloque el extremo de todos los dem s tubos en una botella de agua limpia para evitar que entre aire en las bombas de las jeringas 9 Seleccione Next Siguiente para iniciar el lavado con agua Posiciones Tiempo aproximado del experimento 8 posiciones SBS 20 minutos 8 posiciones SBS y 10 posiciones paired end 60 minutos Modo de experimento r pido 8 posiciones SBS 10 posiciones 10 minutos paired end y 1 posici n de carga de bibliotecas
4. 5 Espere unos cinco segundos y a continuaci n mueva lentamente la palanca de la celda de flujo a la posici n 2 Cuando el color de la palanca de la celda de flujo sea verde fijo los distribuidores est n en posici n y la celda de flujo est lista para usarse Figura 34 Palanca de la celda de flujo en posici n 2 ofni ap epjeo eun ap ebp Aseg rese de seleccionar la casilla de verificaci n Vacuum Engaged Vac o activado en la pantalla Load Sequencing Flow Cell Cargar celda de flujo de secuenciaci n Confirmaci n de flujo correcto Un flujo correcto confirma que la celda de flujo y las juntas est n bien instaladas y el distribuidor est acoplado 1 2 Seleccione la soluci n 5 en la lista desplegable Introduzca los siguientes valores predeterminados Volume Volumen 250 Aspirate Rate Velocidad de aspiraci n 250 Dispense Rate Velocidad de dispensaci n 2000 Seleccione Pump Dispensar Inspeccione visualmente la celda de flujo para detectar burbujas en los carriles o fugas cerca de los distribuidores Si detecta un exceso de burbujas compruebe las juntas del distribuidor para detectar obstrucciones y repita el proceso con la soluci n 6 para evitar la eliminaci n de la posici n 5 Reduzca la velocidad de aspiraci n a 100 y dispense otros 250 ul a la celda de flujo Gu a del usuario del sistema HiSeq 2500 v 5 Realizaci n de un experimento de TruSeq v3 76 Seleccione Next Siguiente
5. Componentes de HiSeq 2500 El sistema HiSeq 2500 incluye el instrumento el monitor el ordenador de control del instrumento y los accesorios como el teclado el rat n y el lector de c digos de barras El instrumento incluye cuatro compartimentos principales el m dulo ptico el compartimento de la celda de flujo el compartimento de flu dica y el compartimento de reactivos El estado de funcionamiento del instrumento se indica en una barra de estado luminosa Figura 1 Componentes externos A M dulo ptico Contiene componentes pticos que permiten la adquisici n de im genes de las dos superficies de la celda de flujo digitalizando A C G y T al mismo tiempo mediante epifluorescencia El haz l ser de excitaci n pasa a trav s del objetivo que capta tambi n la fluorescencia B Compartimento de la celda de flujo y estaci n de carga de bibliotecas Contiene la platina de la celda de flujo controlada por vac o que mantiene las celdas de flujo en su sitio durante experimentos de secuenciaci n Mediante el uso del modo de experimento r pido la estaci n de carga transfiere bibliotecas a la celda de flujo para la generaci n de grupos integrada en el instrumento C Compartimento de flu dica Contiene bombas de flu dica que suministran reactivos a la celda de flujo y a continuaci n al contenedor de residuos D Barra de estado Utiliza tres colores para indicar el estado del instrumento El azul indica que el instrumento e
6. N de referencia 15035786 Rev D ESP an lisis de secuenciaci n para examinar las im genes en miniatura e identificar las im genes que no se han podido registrar Utilice los archivos de ajuste para resolver los problemas de registro Para obtener m s informaci n consulte Archivos de salida de secuenciaci n en la p gina 141 Correcci n de la matriz de color Tras el registro y la extracci n de intensidad el an lisis en tiempo real corrige la comunicaci n cruzada entre canales La comunicaci n cruzada se produce cuando un grupo muestra intensidad en el canal C y al mismo tiempo cierta intensidad en el canal A por ejemplo Mediante el uso de una matriz de color de 4 x 4 el an lisis en tiempo real genera intensidades corregidas de matriz con una comunicaci n cruzada reducida o inexistente y equilibra diferencias de intensidad global entre canales de color Correcci n emp rica de hebras Durante la reacci n de secuenciaci n cada cadena de ADN de un grupo se ampl a en una base por cada ciclo La hebra retrasada y la hebra adelantada se producen cuando una cadena queda fuera de la fase en relaci n con el ciclo de incorporaci n actual La hebra retrasada se produce cuando una base se atrasa La hebra adelantada se produce cuando una base se avanza Figura 50 Hebra retrasada y hebra adelantada A Lectura con una base con hebra retrasada B Lectura con una base con hebra adelantada El an lisis en tiempo real cor
7. 140 La agrupaci n de puntuaciones Q contribuye a la eficiencia de los procesos de an lisis y los requisitos de transferencia de datos asociados con el alto rendimiento de HiSeq 2500 El archivo bcl resultante es m s peque o porque los algoritmos de compresi n pueden comprimir el archivo de modo m s efectivo La cantidad de datos que se escriben en el ordenador del instrumento y que se transfieren a la ubicaci n de red son menores lo que permite que el archivo se copie de forma m s r pida N de referencia 15035786 Rev D ESP Archivos de salida de secuenciaci n Tipo de archivo Archivos de llamadas de bases Archivos de ubicaci n de grupos Archivos de filtro Archivos InterOp Archivos de registro Archivos de ajuste Gu a del usuario del sistema HiSeq 2500 Descripci n del archivo ubicaci n y nombre Cada placa analizada se incluye en un archivo de llamada de bases que contiene la llamada de bases y la puntuaci n de calidad codificada Data Intensities BaseCalls1 LOO X Los archivos se almacenan por carpetas de ciclo para cada carril s_ Carril _ Placa bcl gz donde el carril es el n mero de carril de un d gito y la placa es el n mero de placa de cuatro d gitos Los archivos de llamadas de bases se comprimen mediante el uso de la compresi n gzip p epijes ap SonyoIy Para cada placa un archivo de ubicaci n de grupo contiene las coordenadas X e Y para cada grupo Los archivos de ubicaci n
8. 118 Prepare 5 litros de soluci n de lavado de mantenimiento para su uso con 1 instrumento Esta soluci n se puede utilizar hasta 3 veces y almacenarse hasta 30 d as a temperatura ambiente s NOTA f Deseche la soluci n de lavado de conformidad con las normativas de seguridad oficiales de su zona N de referencia 15035786 Rev D ESP Prepare 250 ml de Tween 20 al 10 combinando los siguientes vol menes y a adiendo el agua en primer lugar Agua de laboratorio 225 ml Tween 20 25 ml Coloque una barra de agitaci n en un bid n vac o con una capacidad m nima de 6 litros Combine los siguientes vol menes en el bid n a adiendo agua en primer lugar Agua de laboratorio 750 ml Tween 20 al 10 250 ml ProClin 300 1 5 ml Estos vol menes proporcionan el resultado de una soluci n de lavado de Tween 20 al 2 5 y de ProClin 300 al 0 15 aproximadamente Coloque el bid n en una placa de agitaci n y agite hasta que la soluci n se haya mezclado bien A ada a la soluci n 4 litros de agua de laboratorio Estos vol menes proporcionan el resultado de una soluci n de lavado de Tween 20 al 0 5 y de ProClin 300 al 0 03 aproximadamente Contin e la agitaci n hasta que la soluci n se haya mezclado bien Reserve en un contenedor cerrado a temperatura ambiente hasta que est listo para llenar o rellenar los tubos y las botellas de reactivos con la soluci n de lavado Lavado con Tween 20 y ProClin 300 1
9. C Configuraci n del experimento Consulte los par metros del experimento actual D Gr fico de an lisis Utilice el gr fico de an lisis para supervisar las puntuaciones de calidad por ciclo E Gr fico de im genes Utilice el gr fico de im genes para supervisar las intensidades por ciclo Cycle 1 of 101 Ola Informe de primera base Si ha seleccionado la opci n Confirm First Base Confirmar primera base durante la configuraci n del experimento se abrir el cuadro de di logo de confirmaci n de primera base autom ticamente tras finalizar la adquisici n de im genes del primer ciclo El experimento se pone en pausa en este paso 1 Revise el informe de primera base del cuadro de di logo de confirmaci n 2 Silos resultados son satisfactorios seleccione Continue Continuar Gu a del usuario del sistema HiSeq 2500 47 o u w dx ap UOIDBZLIOJUO A Realizaci n de un experimento de HiSeq v4 Procedimientos posteriores al experimento Una vez finalizado el experimento descargue y pese los reactivos y a continuaci n lave el instrumento Si desea obtener m s informaci n consulte Procedimientos posteriores al experimento en la p gina 115 A 8 N de referencia 15035786 Rev D ESP Realizaci n de un experimento de TruSeq v3 laige lde eilo a DEEE A E 50 Flujo de trabajo de la secuenciaci n de TruSeq V3 o oocccccccccccccccccccccccccccccccccccccnos 52 Tipos de experimentos para qu mica de Tr
10. Confirme que los dispensadores se encuentran totalmente bajados y que dichos dispensadores se encuentran en contacto con los reactivos N de referencia 15035786 Rev D ESP Escalonamiento de experimentos en la celda de flujo A y la celda de flujo B 4 Espere a que el experimento de la celda de flujo contigua comience un an lisis qu mico y a continuaci n seleccione Pause Pausa Se abre el men Pause Pausa NOTA Detenga siempre el experimento actual durante un paso de qu mica en lugar de durante un paso de adquisici n de im genes Seleccione Normal Pause Pausa normal Espere a que el software realice el paso de qu mica actual El sistema cambia a un estado seguro de forma autom tica Tras poner en pausa el experimento contiguo configure el nuevo Despu s de cargar la nueva celda de flujo para el nuevo experimento cierre la puerta del compartimento Seleccione Start Iniciar para comenzar el nuevo experimento de secuenciaci n Seleccione Resume Reanudar en la celda de flujo contigua para reanudar el experimento detenido El software controla autom ticamente los procesos de qu mica y adquisici n de im genes de ambas celdas de flujo Gu a del usuario del sistema HiSeq 2500 1 5 1 g ofni ap epjeo ey y ofni ap epjeo ej ua sojusuedxe ap ozu iweuojeos4 Soluci n de problemas Realizaci n de una comprobaci n de flu dica El bot n Check Comprobar en la pantalla de bienvenida realiza una co
11. D ESP Figura 12 Colocaci n de la celda de flujo contra los pasadores gu a superiores y derechos A Pasador gu a superior B Pasadores gu a derechos Mueva con cuidado la palanca de la celda de flujo a la posici n 1 lo que activar el vac o y fijar la celda de flujo en su posici n Cuando la palanca de la celda de flujo parpadee emitiendo una luz verde significa que el vac o est activado Si la palanca no muestra luz verde consulte Posibles problemas de configuraci n de experimentos en la p gina 149 Figura 13 Palanca de la celda de flujo en posici n 1 j 1 2 Espere unos cinco segundos y a continuaci n mueva lentamente la palanca de la celda de flujo a la posici n 2 extremo derecho Cuando el color de la palanca de la celda de flujo sea verde fijo los distribuidores est n en posici n y la celda de flujo est lista para usarse Gu a del usuario del sistema HiSeq 2500 37 S0A1 9891 ap opegao ebp Realizaci n de un experimento de HiSeq v4 38 Figura 14 Palanca de la celda de flujo en posici n 2 7 Aseg rese de marcar la casilla de verificaci n Vacuum Engaged Vac o activado en la pantalla de carga de la celda de flujo para el cebado y a continuaci n seleccione Next Siguiente Confirmaci n de flujo correcto Un flujo correcto confirma que la celda de flujo y las juntas est n bien instaladas y el distribuidor est acoplado 1 Seleccione la soluci n 2 agua de laboratorio
12. Nuevo experimento La interfaz del software de control le gu a por los pasos de configuraci n del experimento Los pasos de configuraci n del experimento se organizan en tres pesta as Run Configuration Configuraci n del experimento Pre Run Setup Configuraci n previa al experimento e Initiate Run Iniciar experimento Las pantallas de configuraci n del experimento contienen listas desplegables casillas de verificaci n o campos de texto para los par metros del experimento Utilice el lector de c digos de barras port til para leer el ID del kit de reactivos o de la celda de flujo o introduzca el ID con ayuda del teclado t ctil El icono de teclado ld se encuentra a la derecha de los campos de texto Seleccione Next Siguiente para pasar a la siguiente pantalla o seleccione Back Atr s para volver a la pantalla anterior En cualquier momento durante los pasos de configuraci n del experimento puede seleccionar Cancel Cancelar para abandonar la configuraci n del experimento y volver a la pantalla Welcome Bienvenida Pantalla de integraci n La pantalla de integraci n permite conectar el experimento a BaseSpace Para conectarlo a BaseSpace realice lo siguiente 1 2 90 Seleccione BaseSpace Seleccione una de las siguientes opciones de BaseSpace Storage and Analysis Almacenamiento y an lisis Env a los datos del experimento a BaseSpace para la supervisi n remota y el an lisis de los datos Con est
13. a y b no se aplican si la documentaci n o las especificaciones de este producto disponen lo contrario El comprador acepta no involucrarse en ninguna de las siguientes actividades ni tampoco autoriza a ning n tercero a involucrarse en ninguna de las mismas i desmontar llevar a cabo actos de ingenier a inversa compilaci n inversa o montaje inverso del producto ii separar extraer o aislar componentes de este producto o bien someter a este producto o a sus componentes a cualquier an lisis que no se haya autorizado expresamente en la documentaci n de este producto iii otorgar acceso a los m todos de funcionamiento de este producto o intentar determinarlos o bien iv transferir a un tercero o conceder una sublicencia en relaci n con cualquier software o cualquier software de terceros Adem s el comprador acepta que el contenido y los m todos de funcionamiento de este producto son propiedad de Illumina y que este producto contiene o incluye secretos de mercado de Illumina Las condiciones y restricciones que figuran en estos t rminos y condiciones se negocian como condiciones de venta y por tanto controlan la venta de este producto as como su uso por parte del comprador Limitaci n de responsabilidades EN LA MEDIDA EN QUE LO PERMITA LA LEY EN NING N CASO SE CONSIDERAR RESPONSABLE A ILLUMINA NI A SUS PROVEEDORES EN RELACI N CON EL COMPRADOR O CUALQUIER TERCERO DE LOS COSTES DE GESTI N DE SUSTITUCI N DE PRODUCTOS O SERV
14. consulte la hoja de datos de seguridad SDS de este kit en support illumina com sds html Gu a del usuario del sistema HiSeq 2500 1 1 T S0AI 989 SO p os d j p onje ebreoseg Procedimientos posteriores al experimento Realizaci n de un lavado de mantenimiento Se debe llevar a cabo un lavado de mantenimiento cada diez d as o al cambiar entre los modos de rendimiento elevado y r pido y de manera opcional tras cada experimento de rendimiento elevado Ilumina recomienda realizar un lavado de mantenimiento tras cada experimento de rendimiento elevado La pantalla Load Gasket Cargar junta se abre con un lavado de mantenimiento cada diez d as y al cambiar del modo r pido al de rendimiento elevado Sustituya la junta de diez puertos en el distribuidor delantero y la junta de ocho puertos en el distribuidor trasero antes de continuar con el lavado aunque esta pantalla no aparezca Un lavado de mantenimiento consiste en lavar el sistema con la soluci n Tween 20 y ProClin 300 Consumibles proporcionados por el usuario Pa os humedecidos en etanol 8 botellas 250 ml Corning n de cat logo 430776 10 tubos 15 ml Corning n de cat logo 430052 Para el modo de experimento r pido 1 tubo Eppendorf por cada celda de flujo para el lavado de la estaci n de carga Agua de laboratorio Tween 20 Sigma Aldrich n de cat logo P7949 ProClin 300 Sigma Aldrich n de cat logo 48912 U Preparaci n de soluci n de lavado
15. de cat logo 430921 Almacenamiento de celdas aut nomos opcional de flujo Bid n 6 litros m nimo Proveedor de laboratorio general Soluci n de lavado de mantenimiento Guantes desechables sin polvo Proveedor de laboratorio general Uso general Toallitas para laboratorio sin VWR n de cat logo 21905 026 Limpieza del soporte de la pelusa celda de flujo Gu a del usuario del sistema HiSeq 2500 1 y qIUNSUO 4 u lpeDuanod s eed s Descripci n general 18 Consumible Papel para lentes 4 x 6 pulg Puntas de pipeta 200 ul Puntas de pipeta 1000 ul Pinzas de pl stico con punta cuadrada Agua de laboratorio 18 MOhm Proveedor Finalidad VWR n de cat logo 52846 001 Limpieza de la celda de flujo Proveedor de laboratorio general Divisi n de los vol menes del kit de reactivos Proveedor de laboratorio general Divisi n de los vol menes del kit de reactivos McMaster Carr n de Eliminaci n de las juntas de cat logo 7003A22 celda de flujo Millipore Gradilla de reactivos SBS posici n 2 Lavado del instrumento Tubos de microcentr fuga para el modo de experimento r pido Consumible Tubo de microcentrifuga 15ml Tubo de microcentrifuga 1 7 ml Proveedor VWR n de cat logo 20170 038 n de cat logo 20170 650 o n de cat logo 89000 028 Axygen n de cat logo MCT 150 C VWR n de cat logo 20170 575 Axygen n de cat logo MCT 175 C Sorenso
16. este campo es opcional 2 Seleccione Zip BCL files Comprimir archivos BCL para reducir el espacio de almacenamiento necesario Si el experimento est conectado a BaseSpace la opci n Zip BCL files Comprimir archivos BCL est seleccionada de forma predeterminada J NOTA El par metro Bin Q Scores Agrupar puntuaciones Q est activado de forma predeterminada para reducir el espacio de almacenamiento necesario Este par metro agrupa las puntuaciones de calidad de un rango de valores m s amplio sin repercutir en la precisi n ni el rendimiento 3 Seleccione una de las siguientes opciones de Save Auxiliary Files Guardar archivos auxiliares Save All Thumbnails Guardar todas las vistas en miniatura Guarda todas las im genes en miniatura Una imagen en miniatura es una muestra de im genes de muchas placas en cada columna de placas o sector combinada en una imagen en miniatura Save Tile Thumbnails Guardar vistas en miniatura de placa Guarda las vistas en miniatura de las placas Las vistas en miniatura de las placas representan una nica placa en lugar de una muestra de placas en un sector 4 Seleccione Next Siguiente Pantalla de configuraci n de la celda de flujo La pantalla Flow Cell Setup Configuraci n de la celda de flujo registra informaci n acerca de la celda de flujo utilizada en el experimento Todos los campos son obligatorios 1 Realice la lectura del c digo de barras de la celda de flujo o introduz
17. inicio del cebado Limpieza del soporte de la celda de flujo 1 Abra la puerta del compartimento de la celda de flujo 4 PRECAUCI N y No coloque l quidos sobre la puerta del compartimento de la celda de flujo o en la platina de la celda de flujo cuando la puerta est abierta Los derrames en esta zona pueden da ar el instrumento 2 Compruebe que la palanca de la celda de flujo est en posici n OFF Desactivada 3 A N de referencia 15035786 Rev D ESP Figura 10 Palanca de la celda de flujo en posici n 0 3 Utilice un nuevo par de guantes de l tex sin polvo 4 En caso de presencia de la celda de flujo de un experimento anterior ret rela y res rvela en un tubo de tamp n de almacenamiento o agua de laboratorio para evitar que se seque Se puede utilizar para confirmar un flujo adecuado antes de cargar la celda de flujo agrupada 5 Con un pa o humedecido en alcohol o una toallita sin pelusa humedecida en etanol o isopropanol limpie con cuidado la superficie del soporte de la celda de flujo hasta que est limpia x PRECAUCI N Procure que no entre alcohol en los orificios de vac o ni alrededor de los distribuidores Si es necesario utilice una toallita de laboratorio sin pelusa para secar la platina 6 Inspeccione visualmente el soporte de la celda de flujo para comprobar que no hay pelusas ni obstrucciones en los orificios de vac o Figura 11 Ubicaciones de los orificios de vac o Gu a del usuario del sis
18. reactivos No es necesario realizar el cebado 5 Seleccione Next Siguiente para continuar con la carga de reactivos Gu a del usuario del sistema HiSeq 2500 1 5 9 ojuauledxe un ep esneg Soluci n de problemas Rehibridaci n del cebador El experimento de rehibridaci n repite el paso de secuenciaci n de hibridaci n del cebador Si los criterios de medici n del experimento arrojan n meros bajos de grupos intensidades bajas de grupos u otros realice una rehibridaci n del cebador para recuperar la celda de flujo La rehibridaci n del cebador no da a a los grupos de la celda de flujo Celda de flujo de HiSeq v4 Todos los pasos de la rehibridaci n se realizan en el HiSeq 2500 El kit incluye cebadores para Lectura 1 Lectura de ndice 1 Lectura de ndice 2 para celdas de flujo de lectura individual y Lectura 2 Nombre del kit de rehibridaci n Instrucciones sobre el flujo de trabajo HiSeq Multi Primer Rehyb Kit v4 HiSeq Primer Rehybridization Guide Gu a de N de cat logo GD 403 4001 rehibridaci n del cebador de HiSeg n de referencia 15050105 Celda de flujo de HiSeq v3 La rehibridaci n del cebador de Lectura 1 se realiza en el cBot El kit incluye una placa de reactivos de cBot que contiene el cebador de secuenciaci n de Lectura 1 HP6 Para las bibliotecas de Nextera utilice HP10 de la caja TruSeq Dual Index Sequencing Primer Box Nombre del kit de rehibridaci n Instrucciones sobre el flujo de trabajo TruSeq
19. s informaci n acerca de la duraci n y otras especificaciones de rendimiento Consumibles para secuenciaci n de TruSeq v3 Nombre del kit TruSeq v3 Descripci n TruSeq SBS Kit v3 200 ciclos Contiene reactivos SBS que se utilizan en el HiSeq 2500 o TruSeq SBS Kit v3 50 ciclos TruSeq PE Cluster Kit v3 Contiene reactivos de agrupaci n que se utilizan en el cBot y reactivos de indexaci n que se utilizan en el HiSeq 2500 o TruSeq SR Cluster Kit v3 La versi n PE del kit de generaci n de grupos incluye reactivos paired end que se utilizan en el HiSeq 2500 Cada kit de generaci n de grupos incluye un kit de accesorios que contiene repuestos de la junta de celda de flujo y tapas de embudo para las botellas de reactivo SBS Pasos de preparaci n de los reactivos DO Para la preparaci n de reactivos SBS consulte la gu a correspondiente TruSeqg SBS Kit v3 Reagent Prep Guide 200 Cycles Gu a de preparaci n de reactivos de TruSeqg SBS Kit v3 200 ciclos n de referencia 15023333 TruSeq SBS Kit v3 Reagent Prep Guide 50 Cycles Gu a de preparaci n de reactivos de TruSeg SBS Kit v3 50 ciclos n de referencia 15023334 Para la preparaci n de reactivos paired end y de indexaci n consulte la gu a correspondiente N de referencia 15035786 Rev D ESP TruSeq PE Cluster Kit v3 Reagent Prep Guide Gu a de preparaci n de reactivos de TruSeg PE Cluster Kit v3 n de referencia 15023336 TruSeq SR Cluster K
20. 1 5 5 Soluci n de problemas NOTA Si en la parte contigua se est realizando una generaci n de grupos o la secuenciaci n qu mica paired end el experimento no se reanudar hasta que haya finalizado el proceso en curso En la pantalla Welcome Bienvenida seleccione Sequence Secuenciar y a continuaci n seleccione Resume Run Reanudar experimento Se abre la pantalla Resume Reanudar Seleccione la carpeta del experimento correspondiente en la lista desplegable NOTA El software reanuda el experimento en el punto en que se detuvo y se establece de manera predeterminada la configuraci n correcta en la pantalla Resume Reanudar Confirme la configuraci n en la pantalla Resume Reanudar o seleccione el punto adecuado en el que desea reanudar el experimento Resume At Reanudar en enumera la lectura o el punto en que se va a reanudar el experimento Start At Cycle Comenzar en ciclo muestra el ciclo que se va a reanudar y PRECAUCI N Ilumina no recomienda reanudar un experimento en el momento de procesamiento de paired end excepto para la rehibridaci n del cebador de la Lectura 2 Confirme la configuraci n en la pantalla Resume Reanudar o seleccione los comandos de qu mica y las im genes que desea reanudar Para obtener m s informaci n consulte Configuraci n de ejemplo para reanudar un experimento en la p gina 156 Seleccione Next Siguiente para continuar El software le guiar a trav s de
21. 10 Cuando finalice el lavado mida el volumen administrado y reg strelo en el formulario de seguimiento del laboratorio Posiciones Volumen administrado 8 posiciones SBS 32 ml 8 posiciones SBS y 10 posiciones paired end 72ml Modo de experimento r pido 8 posiciones SBS 10 posiciones paired end y 9 5 ml por 1 posici n de carga de bibliotecas carril 11 Desenvuelva los tubos de residuos y devu lvalos a la botella de residuos Gu a del usuario del sistema HiSeq 2500 1 2 3 enbe uoo opere un ap u pezIjesy Procedimientos posteriores al experimento Cambio de modos de secuenciaci n Utilice el comando Mode Select Selecci n de modo de la pantalla de bienvenida para cambiar entre los modos de rendimiento elevado y de experimento r pido nicamente se pueden realizar de forma simult nea experimentos del mismo modo Por lo tanto los cambios de modo se aplican tanto a la celda de flujo A como a la celda de flujo B Si se est utilizando una de las celdas de flujo no se puede realizar ning n cambio de modo Se requiere llevar a cabo un lavado de mantenimiento y cambiar la junta a la hora de cambiar entre modos de experimento Para obtener m s informaci n consulte Realizaci n de un lavado de mantenimiento en la p gina 118 Cambio del modo de rendimiento elevado al modo de experimento r pido El cambio de un modo de rendimiento elevado HiSeq v4 o TruSeq v3 al modo de experimento r pido requiere un lavado de ma
22. 225 doble ndice 1 N mero de ciclos para bibliotecas de un solo ndice N mero de ciclos para bibliotecas de doble ndice 3 La lectura de ndice 2 de un experimento de doble ndice paired end incluye siete ciclos de solo qu mica adicionales Realizaci n de un experimento de TruSeq v3 5 A N de referencia 15035786 Rev D ESP Introducci n de par metros del experimento En la pantalla de bienvenida seleccione Sequence New Run Secuenciar Nuevo experimento La interfaz del software de control le gu a por los pasos de configuraci n del experimento Los pasos de configuraci n del experimento se organizan en tres pesta as Run Configuration Configuraci n del experimento Pre Run Setup Configuraci n previa al experimento e Initiate Run Iniciar experimento Las pantallas de configuraci n del experimento contienen listas desplegables casillas de verificaci n o campos de texto para los par metros del experimento Utilice el lector de c digos de barras port til para leer el ID del kit de reactivos o de la celda de flujo o introduzca el ID con ayuda del teclado t ctil El icono de teclado se encuentra a la derecha de los campos de texto Seleccione Next Siguiente para pasar a la siguiente pantalla o seleccione Back Atr s para volver a la pantalla anterior En cualquier momento durante los pasos de configuraci n del experimento puede seleccionar Cancel Cancelar para abandonar la configuraci n
23. 3 compartimento de la celda de flujo 3 5 compartimento de reactivos 3 4 componentes compartimento de flu dica 3 compartimento de la celda de flujo 3 5 compartimento de reactivos 3 4 m dulo ptico 3 compresi n de datos 139 comprobaci n del sistema 10 comunicaci n cruzada 137 configuraci n del experimento carga de celda de flujo 43 73 confirmar el flujo correcto 38 45 68 75 confirmar el flujo correcto valores predeterminados 38 45 68 75 consumibles kits de secuenciaci n de Ilumina 22 50 84 proporcionados por el usuario 17 consumibles para secuenciaci n 22 50 84 consumibles proporcionados por el usuario 17 correcci n de matriz de color 137 D detenci n de un experimento 154 detenci n normal 154 doble indexaci n configuraci n en pantalla de f rmulas 27 58 93 en celda de flujo paired end 27 58 93 documentaci n 19 167 E emp rico de hebras 137 errores y advertencias iconos de estado 12 escala Phred 139 espacio en disco comprobar 15 esquema de indexaci n 28 59 estad sticas archivos 131 estado del instrumento 13 experimentos escalonados 151 extracci n de intensidad 136 F filtro de castidad 138 flu dica soluci n de problemas 149 152 flujo de trabajo experimentos escalonados 151 formaci n en l nea 19 G generaci n de plantillas 136 grupos que superan el filtro 138 H hebra adelantada 137 hebra retrasada 137 hoja de muestras BaseSpace 28 59 resumen 1
24. 8 Tamp n de SBS 3 SB3 Tamp n de clivaje 7 A ada 25 ml de PW1 o agua de laboratorio a la botella de la posici n 2 8 Deslice la gradilla de reactivos dentro del compartimento de reactivos y alinee la gradilla con la gu a elevada en el suelo del compartimento 9 Baje los dispensadores e introd zcalos en las botellas de reactivos de secuenciaci n como se indica a continuaci n a Tire del mango del dispensador hacia usted y a continuaci n b jelo b Inspeccione visualmente los dispensadores para asegurarse de que no se doblan cuando se bajan para introducirlos en las tapas de embudo c Suelte el mango del dispensador en la ranura del extremo inferior del canal 10 Seleccione la casilla de verificaci n PW1 25 ml loaded PW1 25 ml cargada Carga de reactivos de indexaci n 1 Registre el peso de cada reactivo en el formulario de seguimiento del laboratorio 6 2 N de referencia 15035786 Rev D ESP Aseg rese de que la gradilla paired end no se est utilizando en la celda de flujo contigua Los pasos que utilizan la gradilla paired end incluyen la res ntesis de la Lectura 2 la preparaci n de la lectura del ndice 1 17 y la preparaci n de la lectura del ndice 2 i5 Levante los dispensadores de la gradilla de reactivos paired end con el siguiente movimiento a Tire del mango hacia usted y a continuaci n lev ntelo b Suelte el mango en la ranura del extremo superior del canal Aseg rese de que
25. Aseg rese de que la palanca de la celda de flujo est de color verde y a continuaci n cierre la puerta del compartimento de la celda de flujo Confirme que las casillas de verificaci n Vacuum Engaged Vac o activado y Door Closed Puerta cerrada est n seleccionadas y a continuaci n seleccione Next Siguiente Seleccione Start Iniciar para comenzar el experimento de secuenciaci n N de referencia 15035786 Rev D ESP Monitorizaci n del experimento Supervise los criterios de medici n del experimento que aparecen en la pantalla de resumen del experimento la flu dica y la adquisici n de im genes Figura 35 Pantalla de resumen del experimento JP a A Barra de progreso Utilice la barra de progreso para supervisar el n mero de ciclos que han finalizado B Gr fico de flu dica Amplie la secci n de flu dica para supervisar los pasos de an lisis qu mico C Configuraci n del experimento Consulte los par metros del experimento actual D Gr fico de an lisis Utilice el gr fico de an lisis para supervisar las puntuaciones de calidad por ciclo E Gr fico de im genes Utilice el gr fico de im genes para supervisar las intensidades por ciclo Cycle 1 of 101 Ola Informe de primera base Si ha seleccionado la opci n Confirm First Base Confirmar primera base durante la configuraci n del experimento se abrir el cuadro de di logo de confirmaci n de primera base autom ti
26. Cebador de Lectura 2 17 HP12 Cebador de ndice i7 18 HP10 Cebador de Lectura 1 19 PW1 10 ml de PW1 o agua de laboratorio HP12 solo es necesario para experimentos indexados Si no se utiliza HP12 cargue un tubo c nico de 15 ml con 10 ml de PW1 o agua de laboratorio en la posici n 17 12 A ada 10 ml de PW1 o agua de laboratorio a tubos c nicos de 15 ml en las siguientes posiciones Experimento paired end posici n 19 No indexado posici n 17 Experimento de lectura individual posiciones 10 11 y 12 No indexado posiciones 16 y 17 13 Deslice la gradilla PE hacia dentro del compartimento de reactivos y alinee las gradillas con la gu a elevada del suelo del compartimento 14 Baje los dispensadores e introd zcalos en las botellas de reactivos de secuenciaci n como se indica a continuaci n a Tire del mango del dispensador hacia usted y a continuaci n b jelo b Inspeccione visualmente los dispensadores para asegurarse de que no se doblan cuando se bajan para introducirlos en las tapas de embudo c Suelte el mango del dispensador en la ranura del extremo inferior del canal Carga de cadenas molde Cargue la cadena molde de la biblioteca para la generaci n de grupos en el instrumento Para obtener las instrucciones de preparaci n de bibliotecas consulte Desnaturalizaci n y diluci n de bibliotecas para HiSeg y GAllx n de referencia 15050107 z NOTA i Si se ha utilizado el cBot para la generaci n de grupos coloque
27. D ESP L NOTA i Si el an lisis en tiempo real RTA deja de funcionar el procesamiento se reanudar autom ticamente durante el siguiente ciclo en el punto adecuado de la celda de flujo No reinicie el an lisis en tiempo real de forma manual Si utiliza BaseSpace Illumina recomienda una velocidad de conexi n de red m nima de 10 Mbps Para obtener informaci n adicional consulte la Gu a de preparaci n del centro de HiSeq 2500 1500 y 2000 n de referencia 15006407_ESP La transferencia de datos finaliza cuando se genera un archivo de marcador denominado Basecalling_Netcopy_complete txt Uno de estos archivos se genera para cada lectura y se genera uno para todo el experimento Gu a del usuario del sistema HiSeq 2500 1 3 3 e91 oduua1 Us sisipeue ap u oduoseq QU b O o 0 5 am 0 Data 9 a 0 is de im genes Na e lt Llamadas de bases C lculos de hebra retrasada Puntuaciones de calidad ndices de error Controles en l nea Recuento de ndices 134 Supervisi n de criterios de medici n de experimento El an lisis en tiempo real genera criterios de medici n de calidad cuando comienza el an lisis de im genes Sin embargo no todos los criterios de medici n est n disponibles en los primeros ciclos ya que algunos procesos requieren varios ciclos para generar datos Ciclo Despu s del ciclo 5 Durante los primeros cinco ciclos del experimento el software
28. En la pantalla de bienvenida seleccione Wash Maintenance Lavado Mantenimiento Para los modos de rendimiento elevado Seleccione Yes S para lavar las posiciones de reactivos PE cuando el experimento de secuenciaci n haya incluido una lectura de indexado o un an lisis PE De lo contrario seleccione No Seleccione Next Siguiente para continuar Si utiliza una soluci n de lavado fresca prepare los componentes de lavado como se indica a continuaci n a Llene ocho botellas SBS con 250 ml de soluci n de lavado b Llene diez tubos PE con 12 ml de soluci n de lavado Gu a del usuario del sistema HiSeq 2500 1 7 9 o usuIua jueu ep opere un ap uO ezijesy Procedimientos posteriores al experimento 120 10 11 12 c Para el modo de experimento r pido Llene los tubos Eppendorf con 1 6 ml de soluci n de lavado y c rguelos en la estaci n de carga Si va a reutilizar una soluci n de lavado rellene las botellas y los tubos guardados del lavado anterior Para la soluci n de lavado fresca asigne cada botella y tubo a una posici n de la gradilla de reactivos y mantenga dichas posiciones para cada lavado que se lleve a cabo posteriormente De lo contrario la soluci n de lavado podr a contaminarse con los reactivos que estuvieran presentes en los dispensadores Cargue las botellas y los tubos en el instrumento en la gradilla de reactivos correcta Seleccione la casilla de verificaci n Wash solution loaded and
29. GACTAGCAACGACG TTGAI AAATATTAACGTACCATTAAGAGTC AACCTT T TACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAATTGAGAC AACGTACCATTAAGAGCTACCGTGCAACGAAAAGAATGATAACAGTA GTACCSTAACGAACOTAICATTAAGATTAOTTGATCCAGIGATTOAAQGTACCOTAAGSAACGTATGAATI GAGAOTAAATAT TAA GGTACCAT JAAGAGOTAGOGTOCMAOGA ORAANAGAATGATRACAGTAAGAGAGT ICTO IRAGOH T ol Caas CGTTAAGATTACTTGATCCACTI O a RIN A TTGAGCTICTGTTAACCTTAAGATTACTT Til e ao I N AS SIN GAAAAGAA AACAGTAACACACTICTGTTAACCTIAAGATTACTIGATCCACTG AACGTACCGTAAAGATTACTTGATCCACTGATTCAAC CGTAACGAACGTATCAATTGAGACTAAATATTAACGTACCAT TAAGAGCTACC GATRACASTAACACAO LO TOT TAACOT IRAGAN TAC IO TGATOCAC GAI TCAA CGTACCGTAYCRAT FGAGAC TARATA ERACGTACOATIAAGAGOTACOGIOTIOTGTIAACO TIAAGATIAC EGAICGAC TSAI TCAAGO TAGOS PATON TEONA AE SOATI ATAR Aaa PACAN CGTATCAA eA GACT A A ESTO CCGTCTICTGTT AA GATTACTTGATCCACTI a ACCGTAACGA SAAAAGAATGATAACAGTAACACACTTCTGTTAACCTIAAGATTACT TGATCCACTGATTCAACGTACCGTAAAGATTACT GATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAATTGAGACTAAATATTAACGTACCAT TAAGAGCTACC o EN AAA CO TIRACA TACTIGATOCACTOA TOMACOTACCGIAACOAACOTATOMATIGAGACT PATATA A A a pcs TTGAGACTAAATATTAACGTTGTT o AAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTA RSU ITCAATTGAGACTAAATATTAACGTACCATTAAGAGCTTCTGTTAACCTTAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTA TATCAATTGAGA FAMA TA AACGTACTIAACCTIAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGIACCGTAACGAA GO leTTE IGT MA GEAAGANAGEGAIGGAGIGATCAAGGIAGCGIAAGGAAGGIAICAAEIGRGAC TMCGACG ACTA AI AACO TACCATTMNGASOTAC AACCTTAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGIATCAATTI ACA
30. HCS v2 2 ni RTA v1 18 Por lo tanto la opci n para asignar un carril de control no est disponible con esta configuraci n de software Seleccione Next Siguiente Pantalla de f rmulas 1 Seleccione de las siguientes opciones de Index Type Tipo de ndice No Index No indexado Realiza un experimento paired end o single read de lectura individual no indexado Gu a del usuario del sistema HiSeq 2500 P F4 ojusuedxe jep so1jeweJed ap u DonpoI u Realizaci n de un experimento de HiSeq v4 Single Index Un solo ndice Realiza un experimento paired end o single read de lectura individual con una lectura de indexaci n Dual Index Doble ndice Realiza un experimento paired end o single read de lectura individual con dos lecturas de indexaci n Custom Personalizado Realiza un experimento paired end o single read de lectura individual con un n mero de ciclos personalizado de lecturas del ndice Si especifica la opci n Dual Index Doble ndice o Custom Personalizado seleccione un formato de celda de flujo bien Single Read Lectura nica o bien Paired End Introduzca el n mero de ciclos para la Lectura 1 y la Lectura 2 seg n sea necesario NOTA El n mero de ciclos realizados en una lectura es de un ciclo m s que el n mero de ciclos analizados Por ejemplo para realizar 125 ciclos para la Lectura 1 introduzca 126 Para la opci n de indexaci n Custom Personalizad
31. Lectura 2 Pese los reactivos tras la preparaci n Para obtener informaci n sobre la preparaci n de los reactivos consulte Pasos de preparaci n de los reactivos en la p gina 50 5 2 N de referencia 15035786 Rev D ESP Gu a del usuario del sistema HiSeq 2500 Cargue los reactivos paired end y el ICB nuevo para la Lectura 2 Contin e el experimento El software ceba autom ticamente los reactivos paired end y realiza la res ntesis de la Lectura 2 y la Lectura 2 Una vez finalizado el experimento descargue y pese los reactivos Lave el instrumento 53 ga basn1 ap u DeDu no s e ap ofeqe ap o n y Tipos de experimentos para qu mica de TruSeq v3 En la siguiente tabla se muestran los tipos de experimentos de secuenciaci n y el n mero de ciclos posibles para cada lectura cuando se utiliza la qu mica de TruSeq v3 Utilice esta informaci n a modo de referencia a la hora de configurar el experimento Tipo de experimento Ciclos Ciclos de Ciclos de Ciclos Total de lectura lectura de de Lectura 1 de ndice 1 17 de ndice 2 15 Lectura 2 ciclos Lectura individual lt 101 lt 101 no indexada Lectura individual lt 101 607 lt 108 1 un solo ndice 82 lt 1092 Lectura individual lt 101 8 8 lt 117 doble ndice Paired end lt 101 lt 101 lt 202 no indexada Paired end lt 101 71 lt 101 lt 2091 un solo ndice 82 lt 2102 Paired end lt 101 8 7 83 lt 101 lt
32. Mezcla para amplificaci n 2 14 APM2 Premezcla AMX2 15 AT2 100 formamida 16 HP7 o HP11 Cebador de secuenciaci n de la Lectura 2 18 HP3 Soluci n de desnaturalizaci n 19 HT2 Tamp n de lavado N de referencia 15035786 Rev D ESP NOTA En el caso de los experimentos paired end y de doble ndice RMR se carga con reactivos de indexaci n antes de comenzar el experimento En el caso de los experimentos no indexados o de un solo ndice RMR se carga cuando se cargan los reactivos paired end Deslice la gradilla de reactivos dentro del compartimento de reactivos y alinee la gradilla con la gu a elevada en el suelo del compartimento Baje los dispensadores e introd zcalos en los tubos de reactivos paired end del siguiente modo a Tire del mango hacia usted y b jelo b Inspeccione visualmente los dispensadores para asegurarse de que no se doblan cuando se bajan para introducirlos en los tubos c Suelte el mango en la ranura del extremo inferior del canal Carga de ICB para la Lectura 2 1 2 Registre el peso del reactivo en el formulario de seguimiento del laboratorio Levante los dispensadores de la gradilla de reactivos de secuenciaci n con el siguiente movimiento a Tire del mango del dispensador hacia usted y lev ntelo b Suelte el mango del dispensador en la ranura del extremo superior del canal Aseg rese de que el mango del dispensador se encuentre colocado de forma segura en la ranura Deslice la grad
33. N de referencia 15035786 Rev D ESP Consumibles para secuenciaci n La secuenciaci n en el HiSeq 2500 requiere los reactivos y dem s consumibles incluidos en los kits de Illumina Los kits necesarios var an en funci n del tipo de experimento que vaya a realizar Para los experimentos de rendimiento elevado de HiSeq v4 consulte Consumibles para secuenciaci n de HiSeq v4 en la p gina 22 Para los experimentos de rendimiento elevado de TruSeq v3 consulte Consumibles para secuenciaci n de TruSeq v3 en la p gina 50 Para los experimentos r pidos consulte Consumibles para secuenciaci n del experimento r pido en la p gina 84 Consumibles proporcionados por el usuario Consumible Proveedor Finalidad Tween 20 l quido viscoso 100 ml Sigma Aldrich n de cat logo Lavado de mantenimiento P7949 del instrumento ProClin 300 50 ml Sigma Aldrich n de cat logo Lavado de mantenimiento 48912 U del instrumento Pa o humedecido VWR n de cat logo 95041 714 Limpieza de la celda de flujo en alcohol isoprop lico al 70 Proveedor de laboratorio general Y de la platina de la celda de O flujo Etanol al 70 Tubos de centrifugado 250 ml Corning n de cat logo 430776 Lavado de mantenimiento y con agua del instrumento Tubos c nicos 15 ml Corning n de cat logo 430052 Recogida y medici n de vol menes de residuos Lavado de mantenimiento y con agua del instrumento Tubos c nicos 50 ml Corning n
34. PARTE DE LOS CLIENTES PARA USO EXCLUSIVO EN INVESTIGACI N O 2012 2014 Illumina Inc Todos los derechos reservados Illumina 24sure BaseSpace BeadArray BlueFish BlueFuse BlueGnome cBot CSPro CytoChip DesignStudio Epicentre GAIIx Genetic Energy Genome Analyzer GenomeStudio GoldenGate HiScan HiSeq HiSeq X Infinium iScan iSelect ForenSeq MiSeq MiSeqDx MiSeq FGx NeoPrep Nextera NextBio NextSeq Powered by Illumina SeqMonitor SureMDA TruGenome TruSeq TruSight Understand Your Genome UYG VeraCode verifi VeriSeq el color naranja calabaza y el dise o de las bases de streaming son marcas comerciales de Ilumina Inc o de sus filiales en EE UU u otros pa ses Todos los dem s nombres logotipos y marcas comerciales pertenecen a sus respectivos propietarios Este software contiene la biblioteca de SegAn cuya licencia se otorga a Illumina y se distribuye bajo la siguiente licencia Copyright O 2010 Knut Reinert FU Berlin Todos los derechos reservados La redistribuci n y el uso en formatos de fuente y binarios con o sin modificaci n se permite siempre que se cumplan las siguientes condiciones 1 Las redistribuciones del c digo de fuente deben observar la nota de copyright anterior esta lista de condiciones y la siguiente exenci n de responsabilidad 2 Las redistribuciones en formato binario deben reproducir la nota de copyright anterior esta lista de condiciones y la siguiente exenci n de responsabili
35. SBS Kit 50 ciclos n de referencia 15036502 Para la preparaci n de reactivos paired end y de indexaci n consulte la gu a correspondiente HiSeg Rapid Cluster Kit v2 Reagent Prep Guide Gu a de preparaci n de reactivos de HiSeg Rapid Cluster Kit v2 n de referencia 15059131 TruSeg Rapid PE Cluster Kit Reagent Prep Guide Gu a de preparaci n de reactivos de TruSeg Rapid PE Cluster Kit n de referencia 15038861 TruSeg Rapid SR Cluster Kit Reagent Prep Guide Gu a de preparaci n de reactivos de TruSeg Rapid SR Cluster Kit n de referencia 15038860 Antes de configurar el experimento prepare todos los reactivos Cuando se lo solicite el software de control cargue todos los reactivos Si utiliza la qu mica de experimento r pido no tendr que volver al instrumento durante el experimento para cargar los reactivos Gu a del usuario del sistema HiSeq 2500 8 5 poau y uoI99n r pido Realizaci n de un experimento r pido 86 Flujo de trabajo de la secuenciaci n de experimento Prepare todos los reactivos para el experimento y la cadena molde de la biblioteca Para obtener informaci n sobre la preparaci n de los reactivos consulte Pasos de preparaci n de los reactivos en la p gina 85 Con el software de control realice una comprobaci n del volumen e introduzca los par metros del experimento Para la generaci n de grupos integrada en el instrumento Cargue todos los reactivos del experime
36. de grupos son el resultado de la generaci n de plantillas Data Intensities El archivo de filtro especifica si un grupo ha superado los filtros Los archivos de filtro se generan en el ciclo 26 mediante el uso de 25 ciclos de datos Data Intensities BaseCalls L00 X Los archivos se almacenan en una carpeta para cada carril y placa s_ carril _ placa filter 4 u pDepuU Nd S a Archivos de informes binarios utilizados por el visor del an lisis de secuenciaci n Los archivos InterOp se actualizan durante el experimento Carpeta InterOp Registra los eventos y se actualizan a lo largo del experimento DatalRTALogs Para cada experimento se crean dos archivos de ajuste e offsets txt Contiene los ajustes de placa para cada ciclo y canal en relaci n con la plantilla e SubTileOffsets txt Contiene el desplazamiento medido para cada cuadrante de cada imagen en relaci n con el marco de referencia Datal Intensities Offsets 141 Tipo de archivo Archivos de hebras retrasadas Archivo de configuraci n del an lisis en tiempo real An lisis en tiempo real Archivos de estadisticas Archivo de informaci n del experimento Archivos de vistas en miniatura 142 Descripci n del archivo ubicaci n y nombre Contiene informaci n emp rica de hebras retrasadas por placa Los archivos de hebras se crean en la primera base del ciclo de llamada de bases y se actualizan tras cada base del ciclo de l
37. de flujo Puede configurar un experimento para la celda de flujo A y la celda de flujo B en paralelo con ayuda de la interfaz del software Los experimentos tambi n se pueden configurar de manera independiente con la interfaz del software La pantalla Welcome Bienvenida ofrece comandos para iniciar un experimento de secuenciaci n lavar el instrumento ejecutar una comprobaci n del sistema y modificar los modos El modo actual aparece en la parte superior de la pantalla Cuando el experimento haya finalizado el software le solicita lavar el instrumento Tras el lavado el software vuelve a la pantalla Welcome Bienvenida Gu a del usuario del sistema HiSeq 2500 9 0093 basin ep asempyos Descripci n general Figura 4 Pantalla de bienvenida Ea Rapid Run di Rapid Run act as cepton jo siat Select ar atan do siat SEQUENCE Bot n del men de la pantalla de bienvenida Panel de la interfaz para la celda de flujo A Panel de la interfaz para la celda de flujo B Indicadores de actividad UO0U gt Comandos de la pantalla de bienvenida Los comandos de la pantalla Welcome Bienvenida incluyen Sequence Secuenciar Wash Lavado Check Comprobar y Mode Select Selecci n de modo Sequence Secuenciar Seleccione Sequence Secuenciar para comenzar los pasos de configuraci n de un nuevo experimento de secuenciaci n o reanudar un experimento existente Figura 5 Opciones del comando Sequence Secuenciar New R
38. dos tubos Eppendorf con 1 ml de agua desionizada en la estaci n de carga en lugar de utilizar las siguientes instrucciones 1 A ada la cadena molde de la biblioteca preparada de 420 ul en un tubo Eppendorf de 15 ml o 17 ml Gu a del usuario del sistema HiSeq 2500 9 9 S0A1 989J ap opeq ebp Realizaci n de un experimento r pido 2 Cargue la cadena molde en la estaci n de carga tal y como se indica a continuaci n a Abra la puerta de la estaci n de carga b Extraiga el tubo Eppendorf que contiene agua y sustit yalo por el tubo Eppendorf que contiene 420 ul de cadena molde de la biblioteca preparada c Asegure las tapas por debajo de la barra de detr s de los tubos para evitar interferencias con los dispensadores Figura 36 Estaci n de carga br NOTA f El l quido que queda en el tubo tras el experimento est muy diluido y no se puede volver a utilizar d Cierre con cuidado la puerta de la estaci n de carga y aseg rese de que los dispensadores est n correctamente alineados con los tubos Eppendorf cuando la tapa est cerrada 3 Seleccione la casilla de verificaci n Template loaded and template loading station closed Cadena molde cargada y estaci n de carga de cadenas molde cerrada 4 Seleccione Next Siguiente Cebado de reactivos Y NOTA d Cebe los reactivos nicamente si ha utilizado HiSeq o TruSeq Rapid Duo Sample Loading Kit para realizar la hibridaci n de la cadena molde en el instrumento
39. en el contenedor de residuos Gu a del usuario del sistema HiSeq 2500 6 9 S0A1 989J ap opegeo ebp Realizaci n de un experimento de TruSeq v3 70 7 Seleccione Next Siguiente N de referencia 15035786 Rev D ESP Carga de una celda de flujo Entre los pasos para cargar la celda de flujo agrupada se incluyen los siguientes la extracci n de la celda de flujo para el cebado la limpieza del soporte de la celda de flujo la limpieza de la celda de flujo la carga de la celda de flujo y la confirmaci n del flujo correcto Consumibles proporcionados por el usuario gt Toallita para limpiar lentes Pa os humedecidos en alcohol o etanol al 70 Toallita de laboratorio sin pelusa gt Un par de pinzas hemost ticas de pl stico Retirada de la celda de flujo usada 1 Mueva lentamente la palanca de la celda de flujo a la posici n 1 para desacoplar los distribuidores Figura 29 Palanca de la celda de flujo en posici n 1 2 Mueva lentamente la palanca de la celda de flujo a la posici n O para desacoplar la junta de vac o y desbloquear la celda de flujo Gu a del usuario del sistema HiSeq 2500 71 ofni ap epjeo eun ap ebo Realizaci n de un experimento de TruSeq v3 Figura 30 Palanca de la celda de flujo en posici n 0 M Q 3 Levante la celda de flujo usada del soporte de la celda de flujo Limpieza del soporte de la celda de flujo 1 Utilice un nuevo par de guantes de l tex sin polvo 2
40. flu dica oooooccccccccccccccccccccccccccccccccccnoo 152 BaseSpace no est disponible ooooooooccccccccccccccnncnnnnnnnnnnnnn nn nn nn nn 153 Detenci n y reanudaci n de un experimento oooccccccccccccccccccccncccccccccnnccccccccnnoss 154 Pausa de UN experimento occ coccion 158 Rehibridaci n del Cebador nn 160 MD de aa Carro Gu a del usuario del sistema HiSeq 2500 1 47 Z onydep Soluci n de problemas Introducci n Esta secci n describe lo que puede hacer si se produce alg n problema durante un experimento de secuenciaci n adem s de c mo realizar una comprobaci n de flu dica desde la pantalla Welcome Bienvenida 1 A 3 N de referencia 15035786 Rev D ESP Problema El software no se ha inicializado La palanca de la celda de flujo est en naranja La palanca de la celda de flujo parpadea en color naranja La palanca de la celda de flujo parpadea en color verde Gu a del usuario del sistema HiSeq 2500 Causa posible El software no pudo iniciar dispositivos de hardware internos La celda de flujo no se ha asentado correctamente No se ha sellado al vac o Los distribuidores no se elevaron Se proporciona vac o pero no es adecuado La presi n de vac o es adecuada Posibles problemas de configuraci n de experimentos Acci n Cierre el mensaje de error y a continuaci n vuelva a iniciar el software del instrumento Si el problema persiste reinicie el
41. flujo se utiliza para determinar el tipo de celda de flujo y la compatibilidad de los reactivos Confirme que el tipo de celda de flujo sea la celda de flujo de HiSeq v3 que se selecciona autom ticamente seg n el ID de la celda de flujo Introduzca un nombre para el experimento El nombre del experimento aparece en cada pantalla para ayudar a identificar el experimento en curso Introduzca un nombre de usuario Seleccione Next Siguiente Pantalla de configuraci n avanzada 1 Opcional Seleccione la casilla de verificaci n Confirm First Base Confirmar primera base Se genera un informe de primera base autom ticamente para cada experimento Al seleccionar esta opci n se abre el informe de primera base antes de continuar con el experimento Opcional En las casillas de verificaci n de Align to PhiX Alinear a PhiX anule la selecci n de la casilla de verificaci n de los carriles que no contienen PhiX De forma predeterminada se seleccionan todos los carriles para la alineaci n mediante An lisis en tiempo real RTA Tambi n puede optar por seleccionar los carriles de la imagen de la celda de flujo para a adir o eliminar carriles para la alineaci n de PhiX Ny NOTA No se requiere ning n carril de control espec fico con HCS v2 2 ni RTA v1 18 Por lo tanto la opci n para asignar un carril de control no est disponible con esta configuraci n de software Opcional Seleccione Keep Intensity Files Conservar
42. indebido abandono negligencia accidente almacenamiento inadecuado o un uso contrario a las disposiciones de la documentaci n o las especificaciones ii una manipulaci n instalaci n mantenimiento o reparaci n indebidas que no sean realizadas por el personal de Illumina iii alteraciones no autorizadas iv sucesos de fuerza mayor o bien v su uso con un producto de terceros no suministrado por Illumina a menos que la documentaci n o las especificaciones del producto dispongan de manera expresa que dicho producto de tercero es para su uso con el producto d Procedimiento para la cobertura de la garant a Con el objeto de ser apto para cualquier servicio de reparaci n o sustituci n conforme a esta garant a el comprador debe i ponerse en contacto con la mayor brevedad posible con el departamento de asistencia de Illumina para informarle del incumplimiento ii cooperar con Illumina en la confirmaci n o el diagn stico del incumplimiento y iii devolver este producto con pago previo de los costes de transporte a Illumina de acuerdo con las instrucciones de Illumina o si se acuerda entre Illumina y el comprador conceder acceso a este producto al personal de reparaci n autorizado de Illumina con el objeto de confirmar el incumplimiento y realizar las reparaciones pertinentes e nico recurso legal conforme a la garant a Seg n su criterio Illumina reparar o sustituir el producto no conforme a las especificaciones que se co
43. interruptor de vac o para evitar posibles desv os posteriores en la alineaci n 3 Mueva con cuidado la palanca de la celda de flujo a la posici n 1 lo que activar el vac o y fijar la celda de flujo en su posici n Cuando la palanca de la celda de flujo parpadee emitiendo una luz verde significa que el vac o est activado Si la palanca no muestra luz verde consulte Posibles problemas de configuraci n de experimentos en la p gina 149 Figura 20 Palanca de la celda de flujo en posici n 1 A A N de referencia 15035786 Rev D ESP 5 Espere unos cinco segundos y a continuaci n mueva lentamente la palanca de la celda de flujo a la posici n 2 Cuando el color de la palanca de la celda de flujo sea verde fijo los distribuidores est n en posici n y la celda de flujo est lista para usarse Figura 21 Palanca de la celda de flujo en posici n 2 ofni ap epjeo eun ap ebp Aseg rese de seleccionar la casilla de verificaci n Vacuum Engaged Vac o activado en la pantalla Load Sequencing Flow Cell Cargar celda de flujo de secuenciaci n Confirmaci n de flujo correcto Un flujo correcto confirma que la celda de flujo y las juntas est n bien instaladas y el distribuidor est acoplado 1 2 Seleccione la soluci n 5 en la lista desplegable Introduzca los siguientes valores predeterminados Volume Volumen 250 Aspirate Rate Velocidad de aspiraci n 250 Dispense Rate Velocidad de dispensaci n 20
44. l tex sin polvo 4 En caso de presencia de la celda de flujo de un experimento anterior ret rela y res rvela en un tubo de tamp n de almacenamiento o agua de laboratorio para evitar que se seque Se puede utilizar para confirmar un flujo adecuado antes de cargar la celda de flujo agrupada 5 Con un pa o humedecido en alcohol o una toallita sin pelusa humedecida en etanol o isopropanol limpie con cuidado la superficie del soporte de la celda de flujo hasta que est limpia x PRECAUCI N Procure que no entre alcohol en los orificios de vac o ni alrededor de los distribuidores Si es necesario utilice una toallita de laboratorio sin pelusa para secar la platina 6 Inspeccione visualmente el soporte de la celda de flujo para comprobar que no hay pelusas ni obstrucciones en los orificios de vac o Figura 24 Ubicaciones de los orificios de vac o Gu a del usuario del sistema HiSeq 2500 6 5 S0A1 9891 ap opegao ebp Realizaci n de un experimento de TruSeq v3 Carga de una celda de flujo para el cebado En la pantalla Load Prime Flow Cell Cargar celda de flujo para el cebado cargue la celda de flujo usada para el cebado Tras cargar la celda de flujo usada compruebe que la funci n de vac o est activada J NOTA Ilumina recomienda utilizar la celda de flujo de un experimento anterior para el cebado de reactivos en un experimento posterior o para un lavado posterior a un experimento 1 Enjuague la celda de flujo
45. las lecturas del ndice Las longitudes de lectura no tienen por qu ser id nticas 4 Confirme los siguientes par metros de an lisis qu mico Estos campos se completan autom ticamente en funci n del tipo de kit de reactivos y del formato de celda de flujo que se haya seleccionado a SBS TruSeq Rapid SBS Kit v1 o HiSeq Rapid SBS Kit v2 b Cluster Kit Kit de generaci n de grupos TruSeq Rapid PE Cluster Kit v1 TruSeq Rapid SR Cluster Kit v1 HiSeq Rapid PE Cluster Kit v2 o HiSeq Rapid SR Cluster Kit v2 Gu a del usuario del sistema HiSeq 2500 9 3 ojusuedxe jep so1jeweJed ap uoINanpo ju Realizaci n de un experimento r pido 5 Opcional Seleccione la casilla de verificaci n Use Existing Recipe Usar f rmula existente para utilizar una f rmula personalizada Tambi n puede dejar que el software cree la f rmula a partir de los par metros del experimento introducidos Pantalla de hoja de muestras Las hojas de muestras son opcionales salvo si utiliza BaseSpace para realizar an lisis de datos ejecutar un experimento de indexaci n o prev supervisar el rendimiento de la demultiplexaci n con el visor del an lisis de secuenciaci n Para obtener informaci n adicional consulte la Gu a del usuario del Visor del an lisis de secuenciaci n SAV n de referencia 15020619 1 Seleccione una de las siguientes opciones para especificar el m todo de generaci n de grupos Seleccione On Board Cluster Generation Generaci
46. los pasos restantes de configuraci n del experimento Configuraci n de ejemplo para reanudar un experimento Si se ha detenido el experimento tras la adquisici n de im genes del carril 1 en el ciclo 23 el software define autom ticamente los ajustes de reanudaci n del experimento de la Lectura 1 en el ciclo 23 El sistema muestra los siguientes ajustes en la pantalla Resume Reanudar 156 Resume At Reanudar en Read 1 Lectura 1 Start At Cycle Comenzar en ciclo 23 N de referencia 15035786 Rev D ESP Figura 54 Ejemplo de reanudaci n del ciclo 23 Resume At Read 1 Start At Cycle 23 HHI Imaging mo ES Dado que el experimento en este ejemplo se detuvo durante un paso de adquisici n de im genes Imaging no chemistry Im genes sin qu mica se selecciona autom ticamente ojuauledxe un ap volvepnuea uoOIDuajeg Gu a del usuario del sistema HiSeq 2500 1 5 T Soluci n de problemas Pausa de un experimento 4 PRECAUCI N No ponga en pausa un experimento durante la adquisici n de im genes Utilice la detenci n normal finalice el ciclo o complete la funci n de carril para detener y reanudar un experimento Ponga en pausa un experimento desde la pantalla Run Overview Resumen del experimento Puede que sea necesario poner en pausa un experimento para comprobar sus componentes tales como los vol menes de reactivos antes de continuar En condiciones normales no es necesario poner en paus
47. n de grupos incorporada para llevar a cabo la generaci n de grupos integrada en el instrumento Si se ha iniciado la generaci n de grupos en el cBot seleccione Template Hybridization on cBot Hibridaci n de la cadena molde en cBot 2 Seleccione Next Siguiente 3 En el campo Sample Sheet Hoja de muestras seleccione Browse Examinar y vaya a la ubicaci n de la hoja de muestras 4 Seleccione Next Siguiente Pantalla de reactivos 94 La pantalla Reagents Reactivos registra informaci n sobre los kits de reactivos utilizados para el experimento El ID del kit de reactivos el n mero de c digo de barras comienza por RGT se utiliza para determinar el tipo del kit de reactivos y la compatibilidad con los modos de experimento 1 Realice una lectura o introduzca el ID del kit de reactivos SBS 2 En el caso de los experimentos paired end lea o introduzca el ID del kit de reactivos del kit de generaci n de grupos 3 Seleccione el kit de reactivos SBS para el experimento N de referencia 15035786 Rev D ESP Para HiSeq Rapid SBS Kit v2 Seleccione 500 Cycles 500 ciclos para un kit de 500 ciclos Los ciclos restantes se establecen en 525 ciclos de forma predeterminada Seleccione 200 Cycles 200 ciclos para un kit de 200 ciclos Los ciclos restantes se establecen en 225 de forma predeterminada Seleccione 50 Cycles 50 ciclos para un kit de 50 ciclos Los ciclos restantes se establecen en 74 de forma predetermina
48. ordenador del instrumento Si va a reiniciar el ordenador primero debe apagar el instrumento para garantizar que la unidad DoNotEject se reconoce correctamente Si el problema persiste despu s de reiniciar el ordenador del instrumento apague el instrumento espere un m nimo de 60 segundos y a continuaci n reinicie el instrumento Retire la celda de flujo y repita los pasos de limpieza Aseg rese de que las juntas est n presentes y bien asentadas Vuelva a cargar la celda de flujo Si los pasos anteriores no funcionan intente sustituir las juntas y a continuaci n vuelva a cargar la celda de flujo Retire la celda de flujo y repita los pasos de limpieza Aseg rese de que las juntas est n presentes y bien asentadas Vuelva a cargar la celda de flujo Si los pasos anteriores no funcionan intente sustituir las juntas y a continuaci n vuelva a cargar la celda de flujo Cambie la palanca de la celda de flujo a la posici n 2 149 sojuauulledxa ap uo 1DeInbIuos ap seua qold sajqisog Soluci n de problemas 150 Problema Suministro de fluidos deficiente Causa posible Posibles burbujas en el sistema Acci n Vuelva a colocar la celda de flujo y confirme que los orificios est n orientados hacia abajo Busque precipitado blanco alrededor de las juntas En caso de presencia de precipitado cambie las juntas Cambie siempre las juntas antes de realizar un lavado de mantenimiento del instrumento
49. pantalla de cebado Cuando termine mida el residuo de cebado obtenido y compruebe que el volumen sea de 2 5 ml 10 500 ul por reactivo y carril Registre los resultados en el formulario de seguimiento del laboratorio Vuelva a colocar los tubos 4 y 5 en el contenedor de residuos antes de continuar Deje los tubos de residuos 1 2 3 6 7 y 8 en la botella que contiene agua de laboratorio Seleccione Next Siguiente Gu a del usuario del sistema HiSeq 2500 7 O 5 S0A1 989J ap opegeo ebp Realizaci n de un experimento r pido Carga de una celda de flujo El siguiente paso es retirar la celda de flujo usada y cargar la celda de flujo que desea para la secuenciaci n E NOTA e Si se ha utilizado el cBot para la generaci n de grupos cargue la celda de flujo agrupada Para la generaci n de grupos integrada en el instrumento cargue una nueva celda de flujo Retirada de la celda de flujo usada 1 Abra la puerta del compartimento de la celda de flujo Figura 42 Palanca de la celda de flujo en posici n 1 2 Mueva lentamente la palanca de la celda de flujo a la posici n 1 para desacoplar los distribuidores 3 Mueva lentamente la palanca de la celda de flujo a la posici n O para desacoplar la junta de vac o y desbloquear la celda de flujo 1 06G N de referencia 15035786 Rev D ESP Figura 43 Palanca de la celda de flujo en posici n 0 4 Levante la celda de flujo usada del soporte de la celda de flujo o
50. que ha proporcionado el comprador o que se han proporcionado en su nombre las condiciones de i a v se denominan reclamaci n excluida Indemnizaci n por parte del comprador El comprador defender indemnizar y mantendr indemnes a Illumina sus afiliados sus colaboradores no afiliados y los socios de desarrollo que contribuyeron al desarrollo de este producto as como a sus directivos directores representantes y empleados correspondientes frente a cualquier reclamaci n responsabilidad da o multa pena demanda y p rdida de cualquier tipo incluidas a modo enunciativo pero no taxativo las reclamaciones por da os personales o muerte y la infracci n de los derechos de propiedad intelectual de terceros que se deriven est n relacionados o procedan de i una infracci n por parte del comprador de cualquiera de estos t rminos y condiciones ii el uso del comprador de este producto fuera del mbito de su uso para investigaci n iii cualquier uso de este producto que no sea conforme a las especificaciones o la documentaci n de este documento o bien iv cualquier reclamaci n excluida Condiciones para obligaciones de indemnizaci n Las obligaciones de indemnizaci n de las partes estar n condicionadas por las siguientes acciones de la parte que solicita la indemnizaci n i notificaci n inmediata a la otra parte por escrito de dicha reclamaci n o demanda ii concesi n de autorizaci n y control exclusivo a la otra pa
51. soluci n 2 agua de laboratorio de la lista desplegable Y PRECAUCI N Utilice agua para confirmar que el flujo es correcto solo en una celda de flujo usada No use nunca agua para confirmar que el flujo es correcto en una celda de flujo agrupada 2 Confirme los siguientes valores predeterminados Volume Volumen 250 Aspirate Rate Velocidad de aspiraci n 1500 Dispense Rate Velocidad de dispensaci n 2000 3 Seleccione Pump Dispensar 4 Inspeccione visualmente la celda de flujo para comprobar si hay burbujas en los carriles o fugas cerca de los distribuidores N de referencia 15035786 Rev D ESP Si detecta una presencia excesiva de burbujas compruebe si las juntas est n obstruidas reduzca la velocidad de aspiraci n a 1000 y bombee otros 250 ul de agua a la celda de flujo Si el problema persiste retire la celda de flujo repita los pasos de limpieza y vuelva a cargarla Colocaci n de tubos y cebado de reactivos 1 aga 49 qz zb_zb0Go N Afloje los tubos de residuos de la celda de flujo apropiada y ret relos del contenedor de residuos No incluya los ocho tubos de la celda de flujo opuesta ni el tubo de la bomba de condensaci n Coloque los tubos 4 y 5 en tubos de 15 ml diferentes Coloque los tubos 1 2 3 6 7 y 8 en una botella que contenga agua de laboratorio Seleccione Next Siguiente Seleccione Start Prime Iniciar cebado para comenzar el cebado Puede supervisar el progreso del cebado en la
52. v2 cBot Multi Primer Rehyb Kit Read 1 Primer Rehybridization on the cBot N 2 de cat logo GD 304 2001 Rehibridaci n del cebador de Lectura 1 en cBot n de referencia 15018149 Celda de flujo r pida Todos los pasos de la rehibridaci n se realizan en el HiSeq 2500 El kit incluye cebadores para Lectura 1 Lectura de ndice 1 Lectura de ndice 2 para celdas de flujo de lectura individual y Lectura 2 7 6 O N de referencia 15035786 Rev D ESP Nombre del kit de rehibridaci n Instrucciones sobre el flujo de trabajo HiSeq Rapid Rehyb Kit HiSeg Rapid Run Primer Rehybridization N de cat logo GD 404 1001 Rehibridaci n del cebador mediante experimento r pido de HiSeg n de referencia 15059379 TruSeq Rapid Rehyb Kit TruSeq Rapid Run Primer Rehybridization N de cat logo GD 402 2001 Rehibridaci n del cebador mediante experimento r pido de TruSeg n de referencia 15039627 Gu a del usuario del sistema HiSeq 2500 1 61 JOPeQao jep uoroepuqiyay 1 6 2 N de referencia 15035786 Rev D ESP ndice alfab tico PF 138 A an lisis en tiempo real a aci n de puntuaciones Q 139 po de entrada 131 archivos de registro 141 archivos de salida 131 141 con experimento detenido 154 correcci n de matriz de color 137 criterios de medici n de experimento 134 experimento detenido reanudaci n autom tica 132 hebra retrasada 137 puntuaci n de calidad 139 resultados 141 apagado del instrumento 127 apaga
53. y la Lectura 2 e Para los experimentos indexados cargue los reactivos de indexaci n e Para los experimentos paired end cargue los reactivos paired end Con una celda de flujo usada en el instrumento confirme el flujo correcto Cebe los reactivos SBS y mida los residuos de cebado Cargue la celda de flujo agrupada para secuenciaci n Confirme el flujo correcto Inicie el experimento de secuenciaci n Opcional Despu s del ciclo 1 revise el informe de primera base y despu s contin e con la Lectura 1 El experimento contin a como se ha especificado en los par metros del experimento Una vez finalizado el experimento descargue y pese los reactivos Lave el instrumento 23 yA b3SIH SP u enu no s ap ofeqe ap ofnj4 Realizaci n de un experimento de HiSeq v4 Tipos de experimentos para qu mica de HiSeq v4 En la siguiente tabla se muestran los tipos de experimentos de secuenciaci n y el n mero de ciclos posibles para cada lectura cuando se utiliza la qu mica de HiSeq v4 Utilice esta informaci n a modo de referencia a la hora de configurar el experimento Tipo de experimento Ciclos Ciclos de Ciclos de Ciclos Total de lectura lectura de de Lectura 1 de ndice 1 17 de ndice 2 15 Lectura 2 ciclos Lectura individual lt 126 lt 126 no indexada Lectura individual lt 126 607 lt 1331 un solo ndice 82 lt 1342 Lectura individual lt 126 8 8 lt 142 doble ndice Paired
54. 00 Seleccione Pump Dispensar Inspeccione visualmente la celda de flujo para detectar burbujas en los carriles o fugas cerca de los distribuidores Si detecta un exceso de burbujas compruebe las juntas del distribuidor para detectar obstrucciones y repita el proceso con la soluci n 6 para evitar la eliminaci n de la posici n 5 Reduzca la velocidad de aspiraci n a 100 y dispense otros 250 ul a la celda de flujo Gu a del usuario del sistema HiSeq 2500 A 5 Realizaci n de un experimento de HiSeq v4 46 Seleccione Next Siguiente Aseg rese de que la palanca de la celda de flujo est de color verde y a continuaci n cierre la puerta del compartimento de la celda de flujo Confirme que las casillas de verificaci n Vacuum Engaged Vac o activado y Door Closed Puerta cerrada est n seleccionadas y a continuaci n seleccione Next Siguiente Seleccione Start Iniciar para comenzar el experimento de secuenciaci n N de referencia 15035786 Rev D ESP Monitorizaci n del experimento Supervise los criterios de medici n del experimento que aparecen en la pantalla de resumen del experimento la flu dica y la adquisici n de im genes Figura 22 Pantalla de resumen del experimento JP a A Barra de progreso Utilice la barra de progreso para supervisar el n mero de ciclos que han finalizado B Gr fico de flu dica Amplie la secci n de flu dica para supervisar los pasos de an lisis qu mico
55. 00 918363 Suiza 0800 563118 Francia 0800 911850 Otros pa ses 44 1799 534000 Hojas de datos de seguridad Las hojas de datos de seguridad SDS est n disponibles en el sitio web de Illumina en support illumina com sds html Documentaci n del producto La documentaci n del producto en PDF est disponible para su descarga en el sitio web de Illumina Vaya a support illumina com seleccione un producto y a continuaci n haga clic en Documentation amp Literature Documentaci n y literatura Gu a del usuario del sistema HiSeq 2500 1 6 Fi e9 1U99 e19Ua sIsy AAAAGAATGATAACAGTAACACACTTCTGTTAACCTTAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAATTGAGACTAAATATTAACGTACCATTAAGAGCTACC SATAACAGTAACACACTTCTGTIAACCTTAAGATTACTTGT TGATCCACTGATTCAACGTACCGTATCAAT TGAGACTAAATATTAACGTACCATTAAGAGCTACCGTCTTCTGTIAACCTTAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGT ATOA TAE TAE CANGATTAR AR TA OT A ARA A TATEAN GA AAAAGAATGATAACAGTAACACACTTCTGTTAACCTIAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAATTGAGACTAAATATTAACGTACCAT TAAGAGCTACC SATAACAGTAACACACTTCTGTTAACCTTAAGATTACTIGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAATTGAGACTAAATATTAACGTACCAT TAAGAGCTACCGTCTTCTGTTAACCTTAAGATTACTIGATCCACTGATTCAACG TGAGACTAAATATTAACGTTGTTAACCTTAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAATTGAGACTAAATA TTAACGTACCATTAAGAGCT TCTGTTAACCTTAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTA ATCAATTGAGACTAAATAT TAACGTACTTAACCTIAAGATTACT TGATCCACTGATTC
56. 6 icono de alerta de estado 12 iconos alerta de estado 12 errores y advertencias 12 im genes guardar muestras de im genes 26 56 91 supervisar 47 77 112 vistas en miniatura 26 56 91 142 inactividad del instrumento 126 incorporaci n de primera base 47 77 112 confirmaci n 27 57 92 ubicaci n de informe 27 57 92 indicadores de actividad 11 indicadores de sensor 11 informe de primera base 47 77 112 informes incorporaci n de primera base 27 47 57 77 92 112 N de referencia 15035786 Rev D ESP intensidades de grupo 47 77 112 137 L lavado lavado de mantenimiento 118 lavado con agua 10 122 consumibles 122 duraci n 122 lavado de mantenimiento 10 118 duraci n 124 125 lavado del instrumento 118 lavados lavado con agua 122 soluci n de lavado de mantenimiento reparar 119 llamada de bases ciclo 12 138 puntuaci n de calidad 138 M modos cambio 124 modos de cambio 124 modos de secuenciaci n cambio 124 m dulo ptico 3 mostrar archivo de registro 13 N nombre de experimento 26 numeraci n de placas 145 P p gina de estado 47 77 112 palanca de celda de flujo posici n 1 36 43 66 73 posici n 2 36 43 66 73 palanca de la celda de flujo posici n 0 34 64 101 pantalla de bienvenida 9 comandos 10 men 13 pantalla de configuraci n de la celda de flujo 26 56 91 pantalla de f rmula 89 pantalla de lectura 89 Gu a del usuario del sistema HiSeq 2500
57. AACGITACCGTAACGAACGTCTICTGTTAACCTIAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAATTGAGACTAACGACGA 3ACTAAATATTAACGTACCATTAAGAGCTACAACCTTAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAAT TGAGACTAAATATTAACGTACCAT TAAGAGCTACCGTGCAACGACGAAAAGAATGATAACAGTAACACA GATAACAGTAACACACTTCTGTTAACCTTAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAATTGAGACTAAATATTAACGTACCATTAAGAGCTACCGTCTICTGTTAACCTTAAGATTACT TGATCCACTGATTCAACG ICCATTAAGAGCTACCGTGCAACTTAACCTIAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAAT TGAGACTAAATATTAACGTACCATTAAGAGCTACCGTGCAACGACGAACTICTGT TAACCTTAAGATTACTTGAT CTACCGTGCAACGAAAATAACCTIAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACTICTGTTAACCTIAAGATTACTIGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAATTGAGACTAAGCTACCGTGCAACGACGAAAAGAATGAT ARTA A O A tt TTEA BAGA TAAT TAE TEA So GATAACAGTAACACACTTCTGTTAACCTT a TCAATTGAGACT A a a CGACGAAAAGAATGATAACAGTAACACACTTCTGTI CCAT TAAGAGCTACCGTGCAACAGTAACACACTTCTGITAACCTTAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAAT TGAGACTAAATAT TAACGTACCAT TAAGAGCTACCGTGCAACGACGAAAAGAATGATAA SATAACAGTAACACACTTCTGTTAACCTTAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAATTGAGACTAAATATTAACGTACCATTAAGAGCTACCGTCTTCTGTTAACCTTAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACG GTACCGT dl atado ATCAATTG O e r a TTAAGAGCTACCGTGCAACGACGAAAAGAATGATAACAGTAACACACTICTGTTAACCTTA E A CGTTAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAAT TGAGCTICTGTIAACCTTY A A ORTA TADA TCAATTGAGACTAGCAACGACG NN AA CATA CACACICTGTIRAC Tp AAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGIAAAGATTACTT ROTRAATATTAASGTACCAT GTAA
58. ATTAACGTACCATTAAGAGCTACC GATAACAGTAACACACTTCTGTTAACCTIAAGATTACTT ACACIA ICAACON ACCGTAACGAA ACTA TCAAT TGAGACTAAATATTAACGT ACA MAA CACCTACCGTOCAA ACGA OINA TGA TAACAGTAACACACTTCTGTI COA TANGAGOTACCGTECAACAGTAACACACTIGTOTTARCO TTAAGATTACT TGATGGAGYGATTCAA OTACOG TMACGAACGTATGAATTGA GAC TANAJATTAACOTAGCATTAAGASCTACC G TOCAACGAGGAAAAGAATGATAA GATAACAGTAACACACTTCTGTTAACCTTAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAATTGAGACTAAATATTAACGTACCATTAAGAGCTACCGTCTTCT AAGATT ad O aras GTACCGT AACOMACOT ATCATTAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAATTGAGACTAAATATTAACGTACCATTAAGAGCTACCGTGCAACGA CORARACAA GENY TAACAGTAACACACTICTGTTAACCTT ONICCACIGAITGAACG TIAAGATTACTIGATGCACIGATTCAACG IACCGTAACGAACG TAI CAALIGAGCTICTOT AAGOT TAAGATTACTIGATGCAGTGATICAACGTACCGIAACGAACOTAIGAAITGAGACTAGCAACGAGG AAAAGAATGATAACAGTAACACACTTCTGTTAACCTTAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAATTGAGACTAAATATTAACGTACCATTAAGAGCTACC Ilumina San Diego California 92122 U S A 1 800 809 ILMN 4566 1 858 202 4566 fuera de Norteam rica techsupportaillumina com wwwiillumina com
59. CGAACGTATCAAT TGAGACTAAATATTAACGTACCAT TAAGAGCTACCG SATAA AQTRACACAC TTCTGTTAACCTTAAGAT TACTTGATCCACTGATICAACGTACCGTAACGAACGTATCAATTGAGACTAAATATTAAC ATAAGAGO TACCGTCTTCTGTTAACCTIAAGATTACTIGA ar S TACCOTRACGANCGTA TCATTAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAATTGAGACTAAATAT TAACGTACCATTAAGAGCTACCGTGCAACGACGAAAAGAATGATAACAGTAACACACTTCTGTTAACCTT AAAAGAATGATAACAGTAACACACTICTGTTAACCTIAAGATTA CAT CCACTOA TORA TACOCIAAACATACTICAOCACTOMTERACOTACOOTAACCAACC ICAA TAGACTARATATIRACOTACCATTAAGAGCTACO ACCAT TAAGAGCTACCGTGCAACAGTAACACACTTCTGTTAACCTIAAGATTACT TGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAAT TGAGACTAAATATTAACGTACCAT TAAGAGCTACCG TGCAACGACGAAAAGAATGATAA GATAACAGTAACACACTTCTGTTAACCTIAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAATTGAGACTAAATATTAACGTACCAT TAAGAGCTACCGTCTICTGTTAACCTTAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACG TTGATCCACTGATTCAACGTIAAGATTACTIGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAATTGAGCTTCTGTTAACCTTAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAAT TGAGACTAGCAACGACG A A TO AT GTACCGTAACGAACGTATCATTAAGATTACT GATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAATTGAGA O ACCGTGCAACGACGAAAAGAATGATAACAGTAACACACTICTGT TAACCTTA 3 TTGATCCACTGATTCAACGTTAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAATTGAGCTICTGTTAACCTTAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAAT TGAGACTAGCAACGACG AAAAGAATGATAACAGTAACACACTICTGTIAACCTIAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAAAGATTACT TGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAATTGAGACTAAATATTAACGTACCAT TAAGAGCTACC 3ATAACAGTAACACACTTCTGTIAACCTTAAGATTA E E OE KAL
60. Con un pa o humedecido en alcohol o una toallita sin pelusa humedecida en etanol o isopropanol limpie con cuidado la superficie del soporte de la celda de flujo hasta que est limpia x PRECAUCI N Procure que no entre alcohol en los orificios de vac o ni alrededor de los distribuidores Si es necesario utilice una toallita de laboratorio sin pelusa para secar la platina Figura 31 Inspecci n de los orificios de vac o 3 Inspeccione visualmente el soporte de la celda de flujo para comprobar que no hay pelusas ni obstrucciones en los orificios de vac o T 2 N de referencia 15035786 Rev D ESP Limpieza de la celda de flujo 1 Extraiga la celda de flujo del contenedor de la celda de flujo con un par de pinzas hemost ticas de pl stico Enjuague la celda de flujo con agua de laboratorio y s quela con una toallita para limpiar lentes Doble un pa o humedecido en alcohol hasta que tenga el tama o aproximado de la celda de flujo Sujete con dos dedos los extremos de la celda de flujo agrupada Aseg rese de que los puertos de entrada y salida est n boca arriba Limpie cada lado de la celda de flujo con un solo movimiento de arrastre Repita doblando el pa o despu s de cada pasada hasta que la celda de flujo quede limpia Seque la celda de flujo con una toallita para limpiar lentes seca Proteja la celda de flujo del polvo hasta que vaya a cargarla en el instrumento Carga de la celda de flujo de secuenciaci
61. E I a AE ea E a ra a e a y e E I E ATTACTT O E ACTGATTCAACGTACCAAGATTACTIGATCCACTGAT TCAACGTACCGTAACGAACGTATCAATTGAGACTAAATATTAACGTACCAT TAAGAGCTACCGTCTICTGTTAACCTTAAGATTACT TGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGA S ARRAGAATGATAAOAGIAAGACACTICIGT IAACO FTAAGA TAC IGATOCAC GA TCAACCTACOGIAAAGA TAC EGATOCAC TOA ICAACGIACOGIAACOAAO AICA TGAGA PAMATAFTAACGTACCA TAAGAGUTAGO Ae a E GTTAACCTTAAGATTACTIGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAA a O a GATTACTTGATCCACTGATTCAACG TGAGACTAAATATTAACGTTGTTAACCTTAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAAT TGAGACTAAATA Mia GCTICTGTTAACCTTAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGIA ATCAATTGAGA CTA FAT AACGTACTTAACCTTAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTCTICTGTTAACCTTAAGATT CT OACCACIOATICAACOT ACCGTAACGAACGTATCAATTGAGACTAACGACGA SATAACAGTAACACAC TOTO TAAG TAAGA TACT GATOCACTOAT TOMOS TACOO TARO GAACO TALCA 1 GAGAC MATA TAAOOTACCA TRAGAGOTACCO TO CTOTIAACO MAGATTACTTGATCCACTGATTCRACG GATAACAGTAACACACTTCTGTTAACCTTAAGATTACT TGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAATTGAGACTAAATATTAACGTACCATTAAGAGCTA TTCTG CCTTAAGATTACT TGATCCACTGA ICCATTAAGAGCTACCGTGCAACTTAACCTIAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAATTGAGACTAAATATTAACGTACCATTAAGAGCTACCGTGCAACGACGAACTICTGTTAACCTTAAGATTACTTGAT SO TACOS GO RACORAAA RACE ITAAGAT TAG PTGAICCACTGATTEAACGTACTTGTOT NACO TIAAGATIAGTTGATCACTGATTCAACOTACC A A T A a ON AAAAGAATGA e ETOT AACCTIAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTA TTGAGACTAAAT
62. E NO INFRACCI N O DERIVADA DE UN RENDIMIENTO ACUERDO USO O TRANSACCI N COMERCIAL SIN LIMITAR LA GENERALIDAD DE LO DISPUESTO IV N de referencia 15035786 Rev D ESP ANTERIORMENTE ILLUMINA NO AFIRMA REPRESENTA NI GARANTIZA DE NINGUNA MANERA LA UTILIDAD DE ESTE PRODUCTO PARA LOS USOS PREVISTOS DEL COMPRADOR 8 Garant a del producto Todas las garant as son personales en relaci n con el comprador y no se pueden transferir ni asignar a un tercero incluido un afiliado del comprador Todas las garant as son espec ficas de las instalaciones y no se transfieren si el producto se traslada a otra instalaci n del comprador a menos que Illumina efect e dicho traslado a Garant a de los consumibles Illumina garantiza que los consumibles que no sean consumibles personalizados cumplir n sus especificaciones hasta un per odo de i 3 meses a partir de la fecha de env o por parte de Illumina y ii cualquier fecha de caducidad o el final de su vida til impresa previamente en dicho consumible por parte de Illumina pero en ning n caso ser superior a un per odo de 12 meses a partir de la fecha de env o En relaci n con los consumibles personalizados esto es consumibles fabricados de acuerdo con las especificaciones o los dise os elaborados por el comprador o que el comprador o alguna entidad en su nombre proporciona a Illumina Ilumina solo garantiza que los consumibles personalizados se fabricar n y probar n de acuerdo con los proce
63. GTAACA ro dt o TRA ACCATTAAGAGCTACCGTGCAACTTAACCTTAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAAT TGAGA GCTACCGTGCAACGAAAATAACCTTAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACTTCTGTTAACCTITAAGATTACTIGATCCAC GAAAAGAATGATAACAGIAACACACTTCTGTTAACCTIAAGATTACTITGATCCACTGATTCAACGTACCGTAAAGATTACTTGATO GGATAACAGTAACACACTTICTGTTAACCTIAAGATTACT GATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAATTGAGACTA ACCATTAAGAGCTACCGTGCAACAGTAACACACTTCTGTTAACCTTAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAA GGATAACAGTAACACACTTCTGTTAACCTIAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAATTGAGACTA GITACCGTAACGAACGTATCATTAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGIATCAATTGAGACTAAATATTAA CTTGATCCACTGATTCAACGTTAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAATTGAGCTICTGTIAAC GAAAAGAATGATAACAGTAACACACTTCTGTTAACCTTAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAAAGATTACTTGATO PARA USO DE INVESTIGACI N SOLAMENTE PROPIEDAD DE ILLUMINA N componente 15035786 Rev D ESP Noviembre de 2014 N de cat logo SY 401 9001DOG Personalice una breve gu a de flujo de trabajo integral con la herramienta de selecci n de protocolos personalizados support illumina com custom protocol selector html Este documento y su contenido son propiedad de Illumina Inc y sus afiliados Illumina y est n previstos solamente para el uso contractual de sus clientes con relaci n al uso de los productos descritos en l y no para ning n otro fin Este documento y su contenido no se utilizar n ni distribuir n con ning n otro fin ni tam
64. ICIOS DE LA P RDIDA DE BENEFICIOS DATOS U OPERACIONES COMERCIALES NI DE NING N DA O INDIRECTO ESPECIAL ACCIDENTAL EJEMPLAR CONSECUENTE O PUNITIVO DE NING N TIPO DERIVADO DE O RELACIONADO CON ENTRE OTROS LA VENTA DE ESTE PRODUCTO SU USO EL CUMPLIMIENTO DE ILLUMINA DE LA PRESENTE NI DE CUALQUIERA DE ESTOS T RMINOS Y CONDICIONES YA SE DERIVEN O PROCEDAN DE CUALQUIER PRINCIPIO DE RESPONSABILIDAD BIEN POR CONTRATO DELITO INCLUIDA LA NEGLIGENCIA RESPONSABILIDAD ESTRICTA O CUALQUIER OTRO TIPO DE RESPONSABILIDAD LA RESPONSABILIDAD TOTAL Y ACUMULATIVA DE ILLUMINA CON RESPECTO AL COMPRADOR O CUALQUIER TERCERO DERIVADA DE O EN RELACI N CON ESTOS T RMINOS Y CONDICIONES INCLUIDOS ENTRE OTROS ESTE PRODUCTO INCLUIDO EL USO DEL MISMO Y EL CUMPLIMIENTO DE ILLUMINA CONFORME A LA PRESENTE YA SEA POR CONTRATO DELITO INCLUIDA LA NEGLIGENCIA RESPONSABILIDAD ESTRICTA O CUALQUIER OTRO TIPO DE RESPONSABILIDAD NO SUPERAR EN NING N CASO LA CANTIDAD PAGADA A ILLUMINA POR ESTE PRODUCTO 7 Limitaciones sobre las garant as concedidas por Illumina EN LA MEDIDA QUE LO PERMITA LA LEY Y SUJETO A LA GARANT A EXPRESA DEL PRODUCTO QUE FIGURA EN ESTOS T RMINOS Y CONDICIONES ILLUMINA NO OTORGA NINGUNA GARANT A Y RENUNCIA DE MANERA EXPRESA A CUALQUIER GARANT A YA SEA EXPRESA IMPL CITA O LEGAL EN RELACI N CON ESTE PRODUCTO INCLUIDAS ENTRE OTRAS CUALQUIER GARANT A IMPL CITA DE COMERCIALIZACI N IDONEIDAD PARA UN PROP SITO PARTICULAR D
65. TA y Retire las manos de la celda de flujo antes de accionar el interruptor de vac o para evitar posibles desv os posteriores en la alineaci n 5 Mueva con cuidado la palanca de la celda de flujo a la posici n 1 para activar el vac o y fijar la celda de flujo en su posici n Cuando la palanca de la celda de flujo est verde el vac o est activado Figura 40 Palanca de la celda de flujo en posici n 1 6 Espere unos cinco segundos y a continuaci n mueva lentamente la palanca de la celda de flujo a la posici n 2 extremo derecho Cuando el color de la palanca de la celda de flujo sea verde fijo los distribuidores est n en posici n y la celda de flujo est lista para usarse Gu a del usuario del sistema HiSeq 2500 1 O 3 S0A1 9891 ap opegao ebp Realizaci n de un experimento r pido 104 Figura 41 Palanca de la celda de flujo en posici n 2 7 Introduzca el ID de la celda de flujo E NOTA e Puede utilizar una celda de flujo TruSeq Rapid o HiSeq Rapid v2 para el cebado 8 Aseg rese de marcar la casilla de verificaci n Vacuum Engaged Vac o activado en la pantalla de carga de la celda de flujo para el cebado y a continuaci n seleccione Next Siguiente Confirmaci n de flujo correcto Despu s de cargar la celda de flujo usada compruebe que el flujo es correcto Un flujo correcto confirma que la celda de flujo y las juntas est n bien instaladas y el distribuidor est acoplado 1 Seleccione la
66. TACT TGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAA CE ATU RATIGA GAS TAANI RTTA CGT ACCATTAAGAGCTACC A TEE Al RAATA AACS TAGGA TAAGAGG TACUGTGORACGACGAMAAGAATGATAACAGTAAGACAC HOTOT E A TE TARA ACET GTT DLE AAGATTACTT RA A a A paeas CTAAATATTAACGT AE A A CGAAAAGAATGAT GGATAACAGTAACACACTTCTGTTI AAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAATTGAGACTAAATATTAACGTACCA AAA TE TICTOTIAAO CTTAAGAT l CANECA GAT CAAO GTACCOTAACQAACOTAICATTAAGATTACT TATOGACIGAT TORACGTACUGTAACOAAGGTATOAAHI GAGACTAAATAT TAACGTACCAT TAAGAGOTAOCGTOCAACGACGAARAGAATGATAAGAGTAACACAG TTGTGTIAAGO TI CTTGATCCACTGATTCAACGTTAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAATTGAGCTICTGTTAACCTTAAGATTACTTGATCCACT A A A A SAAAAGAATGATAACAGTAACACACTTICTGTTAACCTIAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAAAGATTACT TGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACG A TAAG CCAT TAAGAGCTACC GATAACAGTAACACACTICTGTTAACCTIAAGATTACT TGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAATTGAGACTAAATATTAACGTACCATIAAGAGCTACCGTCTICTGTIAACCTIAAGATT AA TECACTOATONAG A UI o SAAAAGAATGATAACAGIAACACACTICTGTTAACCTIAAGATT ME ACCGTAAAGATTACT TGATCCACTGATTCAACGT O AA LA UA ATTAACGT CIAT ACCATTAAGAGCTACCGTGCAACAGTAACACACTTCTGTT ACT AAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAAT TGAGACTAAA TACCATTAAGAGCTACCG TGCAACGACGAAAAGAATGAT GATAACAGTAACACACTTCTGTTAACCTIAAGATTACT TGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAATTGAGACT NARA IMEG TAOCA TA CAOTACCO TC TIO TOTTAAOOTAAGATTACTIGATGCACIGATTCAACO A A OAR MU el E ACCGTAACGAACGTATCAATTGAGCTICTGTTAACCTIAAGA TSIT O GATTCAACGTY ES O
67. a Options Opciones defina los par metros predeterminados del experimento Consulte Ventana del men de opciones en la p gina 13 Show Log File Mostrar archivo de registro Enumera los errores que se han producido en el software de control El archivo est vac o a menos que se produzca un error Utilice este archivo de registro para solucionar posibles problemas Scanner Lector Activa el comando para inicializar manualmente el software About Acerca de Proporciona informaci n sobre el hardware del instrumento las versiones del software y la informaci n de contacto del servicio de asistencia t cnica Exit Salir Cierra la interfaz del software de control Ventana del men de opciones La ventana del men de opciones permite configurar par metros para definir el modelo de ID del experimento las ubicaciones de carpeta predeterminadas un servidor LIMS el nombre de usuario y la contrase a as como la posibilidad de enviar informaci n de estado del instrumento a Illumina Gu a del usuario del sistema HiSeq 2500 1 3 009Z basin ap asemyos Descripci n general 14 Figura 9 Ventana del men de opciones Run 1D Tempiste YYNMMMIDO _ SERIAL RUN FCPOSKFCSERIAL reserva Detast F ut Folder SPECIFY NETWORK PATH Run ID Template Modelo de ID del experimento La convenci n de nomenclatura utilizada para generar los nombres de las carpetas del experimento Default Output Folder Carpeta de salida pred
68. a asignar una puntuaci n de calidad a cada llamada de bases Generaci n de plantillas El primer paso del flujo de trabajo es la generaci n de plantillas que define la posici n de cada grupo en una placa mediante el uso de las coordenadas X e Y La plantilla se utiliza como referencia en el paso siguiente de registro y extracci n de intensidad Debido a la matriz aleatoria de grupos en la celda de flujo la generaci n de plantillas requiere datos de im genes de los primeros cinco ciclos del experimento Tras el ltimo ciclo de la plantilla para la adquisici n de im genes de una placa se genera la plantilla Las posiciones en los grupos se escriben en un archivo de ubicaci n de grupos locs o en un archivo de ubicaci n de grupos comprimido clocs para cada placa Para obtener m s informaci n consulte Archivos de salida de secuenciaci n en la p gina 141 Registro y extracci n de intensidad 136 El registro y la extracci n de intensidad empiezan tras generarse la plantilla de posiciones de grupo El registro alinea las im genes producidas durante cada ciclo posterior a la generaci n de plantillas en relaci n con la plantilla La extracci n de intensidad determina un valor de intensidad para cada grupo de la plantilla para una imagen determinada Si se produce un error en el registro de cualquier imagen en un ciclo no se generar ninguna llamada de bases para esa placa en ese ciclo Utilice el software del visor del
69. a de flujo Una vez haya confirmado un flujo correcto seleccione Next Siguiente para continuar Aseg rese de que la palanca de la celda de flujo est de color verde y a continuaci n cierre la puerta del compartimento de la celda de flujo N de referencia 15035786 Rev D ESP 8 Confirme que las casillas de verificaci n Vacuum Engaged Vac o activado y Door Closed Puerta cerrada est n seleccionadas y a continuaci n seleccione Next Siguiente 9 Seleccione Start Iniciar para comenzar el experimento de secuenciaci n Gu a del usuario del sistema HiSeq 2500 1 7 1 ofni ap epjeo eun ap ebp Monitorizaci n del experimento Supervise los criterios de medici n del experimento que aparecen en la pantalla de resumen del experimento la flu dica y la adquisici n de im genes Figura 48 Pantalla de resumen del experimento Cycle 1 of 101 Analysis pusin b Y as PP di nr a ri ir ps ai LJ HELP sToP A Barra de progreso Utilice la barra de progreso para supervisar el n mero de ciclos que han finalizado B Gr fico de flu dica Amplie la secci n de flu dica para supervisar los pasos de an lisis qu mico C Configuraci n del experimento Consulte los par metros del experimento actual D Gr fico de an lisis Utilice el gr fico de an lisis para supervisar las puntuaciones de calidad por ciclo E Gr fico de im genes Utilice el gr fico de im genes para supervisar las intensidades por cicl
70. a del ordenador N de referencia 15035786 Rev D ESP Software de HiSeq 2500 Hay tres aplicaciones de software instaladas en el ordenador del instrumento Software de control de HiSeq 2500 La interfaz de Software de control de HiSeq HCS le gu a por los pasos de configuraci n de un experimento de secuenciaci n Durante el experimento el software de control opera el hardware del instrumento controla la flu dica establece las temperaturas y proporciona un resumen visual de las estad sticas de calidad Software de an lisis en tiempo real Integrado con el software de control el an lisis en tiempo real RTA realiza la llamada de bases y asigna una puntuaci n de calidad a cada base de cada ciclo Para obtener m s informaci n consulte An lisis en tiempo real en la p gina 129 Software del visor del an lisis de secuenciaci n El visor del an lisis de secuenciaci n SAV proporciona estad sticas de calidad detalladas Interfaz del software de control de HiSeq 2500 La pantalla Mode Select Selecci n de modo incluye opciones de modos de experimentos Los modos incluyen TruSeq v3 HiSeq v4 y el modo de experimento r pido Seleccione un modo de experimento para continuar con la pantalla Welcome Bienvenida Dado que solo pueden realizarse de manera simult nea experimentos del mismo modo el modo seleccionado se aplica a las celdas de flujo A y B La pantalla Welcome Bienvenida se divide en dos paneles uno para cada celda
71. a opci n se precisa una hoja de muestras Run Monitoring Only Solo supervisi n del experimento Env a solamente los archivos InterOp a BaseSpace lo que le permite supervisar el experimento de forma remota Inicie sesi n en BaseSpace con su correo electr nico y la contrase a de la cuenta de Mylllumina Seleccione Next Siguiente N de referencia 15035786 Rev D ESP Para continuar sin conexi n a BaseSpace realice lo siguiente 1 2 Seleccione None Ninguno Seleccione Next Siguiente Pantalla de almacenamiento 1 4 Seleccione la casilla de verificaci n Save to an output folder Guardar en una carpeta de salida y seleccione Browse Examinar para ir a la ubicaci n de red deseada Si el experimento est conectado a BaseSpace para almacenamiento y an lisis este campo es opcional Seleccione Zip BCL files Comprimir archivos BCL para reducir el espacio de almacenamiento necesario Si el experimento est conectado a BaseSpace la opci n Zip BCL files Comprimir archivos BCL est seleccionada de forma predeterminada NOTA El par metro Bin Q Scores Agrupar puntuaciones Q est activado de forma predeterminada para reducir el espacio de almacenamiento necesario Este par metro agrupa las puntuaciones de calidad de un rango de valores m s amplio sin repercutir en la precisi n ni el rendimiento Seleccione una de las siguientes opciones de Save Auxiliary Files Guardar archivos auxiliares Sav
72. a para abrir la puerta del compartimento de la celda de flujo y cargar o extraer una celda de flujo La celda de flujo est colocada en el soporte de la celda de flujo con los orificios de entrada y salida mirando hacia abajo y fijada en su sitio mediante vac o bajo cada soporte de celda de flujo La palanca de la celda de flujo iluminada delante de cada soporte de la celda de flujo controla el vac o La palanca de la celda de flujo cambia a verde cuando la junta de vac o est asegurada N de referencia 15035786 Rev D ESP Inicio de HiSeq 2500 Inicie el ordenador de control del instrumento Inicie sesi n en el sistema operativo con el nombre de usuario y la contrase a predeterminados Nombre de usuario sbsuser Contrase a sbs123 Espere hasta que se haya cargado por completo Si los valores predeterminados no funcionan pida al administrador de las instalaciones el nombre de usuario y la contrase a espec ficos de su centro Coloque el interruptor de alimentaci n principal en la posici n ON Encendido Al mirar la parte delantera del instrumento el interruptor de alimentaci n est situado en el lado izquierdo Espere al menos un minuto a que los dispositivos del instrumento se hayan configurado correctamente y a que se inicialice la unidad del instrumento llamada DoNotEject Se abre una ventana cuando se inicia la unidad Cierre la ventana Si la ventana no se abre utilice MyComputer para comprobar la unidad DoNotEjec
73. a un experimento 1 En la pantalla Run Overview Resumen del experimento seleccione Pause Pausa El men de pausa se abre Figura 55 Opciones de pausa rma Chanae Re mt ange aq 5 2 Seleccione Normal Pause Pausa normal 3 Seleccione Yes S para confirmar el comando de pausa El software finaliza la qu mica actual o el comando de procesamiento de im genes y coloca la celda de flujo en un estado seguro 4 Seleccione Resume Reanudar para reanudar el experimento Cambio de reactivos durante un experimento 158 Si comenz su experimento con un volumen parcial de reactivos utilice la funci n de cambio de reactivos para poner en pausa su experimento y volver a llenar los reactivos 1 En la pantalla Run Overview Resumen del experimento seleccione Pause Pausa El men de pausa se abre 2 Seleccione Change Reagents Cambiar reactivos 3 Seleccione Yes S para confirmar el comando de pausa El software finaliza el an lisis qu mico o el comando de adquisici n de im genes en curso coloca la celda de flujo en un estado seguro y abre la pantalla Reagents Reactivos 4 En la pantalla Reagents Reactivos introduzca los siguientes par metros de reactivo El ID del kit de reactivos de los nuevos reactivos N de referencia 15035786 Rev D ESP El n mero de ciclos que se espera que duren los reactivos NOTA f La casilla de verificaci n del cebado se desactiva en la pantalla Change Reagents Cambiar
74. a una presencia excesiva de burbujas compruebe si las juntas est n obstruidas reduzca la velocidad de aspiraci n a 100 y bombee otros 125 ul de agua a la celda de flujo Si el problema persiste retire la celda de flujo repita los pasos de limpieza y vuelva a cargarla N de referencia 15035786 Rev D ESP Colocaci n de los tubos e inicio del cebado 1 Retire los ocho tubos de residuos de la celda de flujo apropiada del contenedor de residuos No incluya los ocho tubos de la celda de flujo opuesta ni el tubo de la bomba de condensaci n A Tubos de residuos de la celda de flujo para las posiciones de los reactivos 1 8 B Tubo de la bomba de condensaci n no retirar Coloque los tubos de residuos en un tubo de 15 ml vac o es decir un tubo de residuos por cada tubo de 15 ml El residuo de cebado se recoge y se mide despu s del paso de cebado Seleccione Start Prime Iniciar cebado Se abre la pantalla de cebado y se inicia el paso de cebado Supervise el progreso del cebado en la pantalla de cebado Al finalizar el paso de cebado mida el residuo obtenido y compruebe que el volumen en cada tubo sea de 1 75 ml para un total de 14 ml El total se calcula de la siguiente forma 250 ul para cada posici n SBS salvo la posici n 2 250 x 7 1 75 ml 1 75 ml para cada carril 1 75 x 8 14 ml Registre los resultados en el formulario de seguimiento del laboratorio Antes de continuar vuelva a colocar los tubos de residuos
75. activos de alta capacidad El compartimento de reactivos es un refrigerador de alta capacidad que alberga la cantidad de reactivos suficiente para todo el experimento de secuenciaci n Flu dica integrada para experimentos paired end La flu dica integrada para experimentos paired end suministra reactivos del compartimento de reactivos a la celda de flujo para la res ntesis de la Lectura 2 y para la secuenciaci n indexada Opciones de control de la interfaz La interfaz del software del instrumento proporciona opciones para la configuraci n de un experimento y la utilizaci n del instrumento con el monitor t ctil o el teclado integrado Llamada de bases en tiempo real El software del instrumento extrae las intensidades de las im genes y realiza la llamada de bases clasificada por calidad en el ordenador del instrumento lo que permite la supervisi n de los criterios de medici n de calidad y ahorra tiempo en los posteriores an lisis de datos Los an lisis sucesivos de datos de secuenciaci n se pueden realizar con el software de an lisis de Illumina u otros proveedores en IlluminaCompute en BaseSpace de Ilumina o en una infraestructura personalizada Conectividad de BaseSpace HiSeq 2500 incluye una opci n para enviar datos de estado y secuenciaci n del instrumento a la soluci n gen mica en la nube BaseSpace en tiempo real para simplificar el control de calidad y el an lisis del instrumento A N de referencia 15035786 Rev D ESP
76. aired End Introduzca el n mero de ciclos para la Lectura 1 y la Lectura 2 seg n sea necesario NOTA i El n mero de ciclos realizados en una lectura es de un ciclo m s que el n mero de ciclos analizados Por ejemplo para realizar 125 ciclos para la Lectura 1 introduzca 126 Para la opci n de indexaci n Custom Personalizado introduzca el n mero de ciclos para las lecturas del ndice Las longitudes de lectura no tienen por qu ser id nticas Confirme los siguientes par metros de qu mica predeterminados Estos campos se completan autom ticamente en funci n de la opci n de tipo de ndice seleccionada a SBS TruSeq SBS Kit v3 b Index ndice TruSeq Multiplex Sequencing Primer Box o TruSeq Dual Index Sequencing Primer Box c PE turnaround Respuesta PE TruSeq PE Cluster Kit v3 Opcional Seleccione la opci n Use Existing Recipe Usar f rmula existente para utilizar una f rmula personalizada Tambi n puede dejar que el software cree la f rmula a partir de los par metros del experimento introducidos N de referencia 15035786 Rev D ESP Pantalla de hoja de muestras Las hojas de muestras son opcionales a menos que utilice BaseSpace para realizar an lisis de datos o ejecutar un experimento indexado 1 Seleccione Browse Examinar para navegar hasta la ubicaci n de la hoja de muestras 2 Seleccione Next Siguiente z NOTA El software de control de HiSeq v2 2 permite un esquema de indexaci n dif
77. aje los dispensadores e introd zcalos en las botellas de reactivos de secuenciaci n como se indica a continuaci n a Tire del mango del dispensador hacia usted y a continuaci n b jelo b Inspeccione visualmente los dispensadores para asegurarse de que no se doblan cuando se bajan para introducirlos en las tapas de embudo c Suelte el mango del dispensador en la ranura del extremo inferior del canal 11 Seleccione la casilla de verificaci n PW1 25 ml loaded PW1 25 ml cargada Carga de reactivos de indexaci n 1 Registre el peso de cada reactivo en el formulario de seguimiento del laboratorio Gu a del usuario del sistema HiSeq 2500 31 S0A1 989J ap opeq ebp Realizaci n de un experimento de HiSeq v4 32 Aseg rese de que la gradilla paired end no se est utilizando en la celda de flujo contigua Los pasos que utilizan la gradilla paired end incluyen la res ntesis de la Lectura 2 la preparaci n de la lectura del ndice 1 17 y la preparaci n de la lectura del ndice 2 i5 Levante los dispensadores de la gradilla de reactivos paired end con el siguiente movimiento a Tire del mango hacia usted y a continuaci n lev ntelo b Suelte el mango en la ranura del extremo superior del canal Aseg rese de que el mango se encuentra colocado de forma segura en la ranura Deslice la gradilla de reactivos hacia el exterior del compartimento de reactivos con el mango de la gradilla Retire las tapas
78. ante los pasos de configuraci n del experimento puede seleccionar Cancel Cancelar para abandonar la configuraci n del experimento y volver a la pantalla Welcome Bienvenida Pantalla de integraci n La pantalla de integraci n permite conectar el experimento a BaseSpace Para conectarlo a BaseSpace realice lo siguiente 1 2 Seleccione BaseSpace Seleccione una de las siguientes opciones de BaseSpace Storage and Analysis Almacenamiento y an lisis Env a los datos del experimento a BaseSpace para la supervisi n remota y el an lisis de los datos Con esta opci n se precisa una hoja de muestras Run Monitoring Only Solo supervisi n del experimento Env a solamente los archivos InterOp a BaseSpace lo que le permite supervisar el experimento de forma remota Inicie sesi n en BaseSpace con su correo electr nico y la contrase a de la cuenta de Mylllumina Seleccione Next Siguiente Gu a del usuario del sistema HiSeq 2500 2 5 ojusuedxe jep so1jeweJed ap uoINanpo ju Realizaci n de un experimento de HiSeq v4 Para continuar sin conexi n a BaseSpace realice lo siguiente 1 Seleccione None Ninguno 2 Seleccione Next Siguiente Pantalla de almacenamiento 1 Seleccione la casilla de verificaci n Save to an output folder Guardar en una carpeta de salida y seleccione Browse Examinar para ir a la ubicaci n de red deseada Si el experimento est conectado a BaseSpace para almacenamiento y an lisis
79. archivos de intensidad para volver a realizar an lisis con posterioridad o personalizar el procesamiento De forma predeterminada esta opci n no est seleccionada No es necesario guardar archivos de intensidad para el an lisis integrado en el instrumento Si activa esta opci n aumenta de forma considerable el tama o de la carpeta de salida de datos Seleccione Next Siguiente Gu a del usuario del sistema HiSeq 2500 5 Fi ojusuedxe jep so1jeweJed ap u DonpoI u Realizaci n de un experimento de TruSeq v3 Pantalla de f rmulas 99 En la pantalla Recipe F rmula se genera autom ticamente una f rmula a partir de la informaci n introducida Seleccione una de las siguientes opciones de Index Type Tipo de ndice No Index No indexado Realiza un experimento paired end o single read de lectura individual no indexado Single Index Un solo ndice Realiza un experimento paired end o single read de lectura individual con una lectura de indexaci n Dual Index Doble ndice Realiza un experimento paired end o single read de lectura individual con dos lecturas de indexaci n Custom Personalizado Realiza un experimento paired end o single read de lectura individual con un n mero de ciclos personalizado de lecturas del ndice Si especifica la opci n Dual Index Doble ndice o Custom Personalizado seleccione un formato de celda de flujo bien Single Read Lectura nica o bien P
80. arse desde donde se ha detenido Complete For Run Completo para experimento El an lisis en tiempo real se detiene La informaci n del experimento los par metros del experimento y los archivos de la f rmula se actualizan para reflejar el total de ciclos cuando finaliz el ltimo ciclo A continuaci n el an lisis en tiempo real se reinicia para finalizar la llamada de bases del experimento hasta el punto en que este ltimo se detuvo El experimento no se puede reanudar Complete For Read Completo para lectura El an lisis en tiempo real se detiene La informaci n del experimento los par metros del experimento y los archivos de la f rmula se actualizan para recortar la longitud de la lectura actual hasta el ltimo ciclo completado Esto no afectar a las lecturas posteriores A continuaci n el an lisis en tiempo real se reinicia para finalizar el an lisis de la lectura actual El experimento se puede reanudar al comienzo de la siguiente lectura ojueuledxe un ap voldepnuea uoIDuajeg 5 Tras detener el experimento seleccione Return to Start Volver a iniciar en la pantalla Run Overview Resumen del experimento Se abre la pantalla Welcome Bienvenida Reanudaci n de un experimento detenido Se puede reanudar un experimento nicamente si se detuvo de forma segura con la detenci n normal con una de las opciones de an lisis en tiempo real que permiten reanudar el experimento Gu a del usuario del sistema HiSeq 2500
81. ausencia de llamadas se representa como N Grupos que superan el filtro Durante los 25 primeros ciclos de Lectura 1 el filtro de castidad elimina los grupos menos fiables de los resultados del an lisis Los grupos superan el filtro si no m s de dos llamadas de base presentan un valor de castidad inferior a 0 6 en los primeros 25 ciclos La castidad es la relaci n de la mayor intensidad de base dividida por la suma de la mayor intensidad de base y la segunda mayor intensidad de base El porcentaje de grupos que superan el filtro se representa en los informes de an lisis como PF Los grupos se forman en una matriz aleatoria y se ubican durante la generaci n de plantillas Los grupos de baja calidad se eliminan del recuento de grupos sin procesar durante la generaci n de plantillas lo que genera un porcentaje relativamente mayor de grupos que superan el filtro 1 3 8 N de referencia 15035786 Rev D ESP Puntuaci n de calidad Una puntuaci n de calidad o puntuaci n Q es una predicci n de la probabilidad de obtener una llamada de bases incorrecta Una puntuaci n Q superior implica que una llamada de bases es m s fiable y por lo tanto la probabilidad de que sea correcta es superior La puntuaci n Q sirve como una forma concisa de comunicar probabilidades de error peque as Las puntuaciones de calidad se representan como Q X donde X es la puntuaci n En la siguiente tabla figura la relaci n entre la puntuaci n de calida
82. bre de 2014 Abril de 2014 Gu a del usuario del sistema HiSeq 2500 Descripci n del cambio Actualizaci n del flujo de trabajo del modo de experimento r pido para incluir la compatibilidad con el an lisis qu mico de HiSeq Rapid v2 Sustituci n de lavado de mantenimiento con NaOH por el lavado de mantenimiento con Tween 20 y ProClin 300 incluida la informaci n sobre la preparaci n el almacenamiento y el desecho de la soluci n de lavado de mantenimiento Actualizaci n de las descripciones del lavado de mantenimiento y del lavado con agua para especificar que se debe realizar un lavado con agua tras cada experimento Adici n de descripciones sobre el flujo de trabajo los archivos de entrada y salida la soluci n de errores y la puntuaci n de calidad en el cap tulo An lisis en tiempo real Actualizaci n del n mero de cat logo de VWR para las toallitas con alcohol a 95041 714 Actualizaci n de la URL de las hojas de datos de seguridad SDS a support illumina com sds html Actualizaci n de descripciones del software de control de HiSeq v2 2 que incluye el modo de rendimiento elevado de HiSeq v4 la eliminaci n de la opci n de carril de control la agrupaci n de puntuaciones Q predeterminada y la opci n de utilizaci n de diferentes esquemas de indexaci n en cada carril Adici n del flujo de trabajo de HiSeq v4 para su utilizaci n con qu mica de HiSeq v4 Adici n del c lculo del volumen de cebado de SBS
83. cBot De lo contrario omita el paso de cebado de reactivos y contin e con Carga de una celda de flujo en la p gina 106 Entre los pasos para cebar reactivos se incluyen la limpieza del soporte de la celda de flujo la carga de una celda de flujo usada la confirmaci n de flujo correcto y el inicio del cebado 1 DO N de referencia 15035786 Rev D ESP Limpieza del soporte de la celda de flujo 1 Abra la puerta del compartimento de la celda de flujo y PRECAUCI N No coloque l quidos sobre la puerta del compartimento de la celda de flujo o en la platina de la celda de flujo cuando la puerta est abierta Los derrames en esta zona pueden da ar el instrumento 2 Compruebe que la palanca de la celda de flujo est en posici n OFF Desactivada Figura 37 Palanca de la celda de flujo en posici n 0 3 Utilice un nuevo par de guantes de l tex sin polvo 4 En caso de presencia de la celda de flujo de un experimento anterior ret rela y res rvela en un tubo de tamp n de almacenamiento o agua de laboratorio para evitar que se seque Se puede utilizar para confirmar un flujo adecuado antes de cargar la celda de flujo agrupada 5 Con un pa o humedecido en alcohol o una toallita sin pelusa humedecida en etanol o isopropanol limpie con cuidado la superficie del soporte de la celda de flujo hasta que est limpia x PRECAUCI N Procure que no entre alcohol en los orificios de vac o ni alrededor de los distribuidores Si es n
84. ca el ID n mero del c digo de barras de la celda de flujo que desea secuenciar El ID de la celda de 2 6 N de referencia 15035786 Rev D ESP flujo se utiliza para determinar el tipo de celda de flujo y la compatibilidad de los reactivos Confirme que el tipo de la celda de flujo sea la celda de flujo de HiSeq v4 El tipo de celda de flujo se selecciona de forma autom tica en funci n del ID de la celda de flujo Introduzca un nombre para el experimento El nombre del experimento aparece en cada pantalla para ayudar a identificar el experimento en curso Introduzca un nombre de usuario Seleccione Next Siguiente Pantalla de configuraci n avanzada 1 3 Opcional Seleccione la casilla de verificaci n Confirm First Base Confirmar primera base Se genera un informe de primera base autom ticamente para cada experimento Al seleccionar esta opci n se abre el informe de primera base antes de continuar con el experimento Opcional En las casillas de verificaci n de Align to PhiX Alinear a PhiX anule la selecci n de la casilla de verificaci n de los carriles que no contienen PhiX De forma predeterminada se seleccionan todos los carriles para la alineaci n mediante el software de an lisis en tiempo real Tambi n puede optar por seleccionar los carriles de la imagen de la celda de flujo para a adir o eliminar carriles para la alineaci n de PhiX NOTA No se requiere ning n carril de control espec fico con
85. camente tras finalizar la adquisici n de im genes del primer ciclo El experimento se pone en pausa en este paso 1 Revise el informe de primera base del cuadro de di logo de confirmaci n 2 Silos resultados son satisfactorios seleccione Continue Continuar Gu a del usuario del sistema HiSeq 2500 T1 o u w dx ap UOIDBZLIOJUO A Realizaci n de un experimento de TruSeq v3 Procedimientos posteriores al experimento Una vez finalizado el experimento descargue y pese los reactivos y a continuaci n lave el instrumento Si desea obtener m s informaci n consulte Procedimientos posteriores al experimento en la p gina 115 T 8 N de referencia 15035786 Rev D ESP Preparaci n de reactivos para la Lectura 2 Antes de finalizar la Lectura 1 y cualquier lectura del ndice prepare los reactivos para la res ntesis de la Lectura 2 y el ICB nuevo para la Lectura 2 Para obtener instrucciones sobre la preparaci n de reactivos consulte la TruSeg PE Cluster Kit v3 Reagent Prep Guide Gu a de preparaci n de reactivos de TruSeq PE Cluster Kit v3 n de referencia 15023336 En esta gu a se incluyen instrucciones para preparar los reactivos de secuenciaci n incluidos en la caja TruSeq Dual Index Sequencing Primer Box lt NOTA f Para obtener un rendimiento ptimo Illumina recomienda que prepare el ICB fresco mezcla para incorporaci n para la Lectura 2 Gu a del usuario del sistema HiSeq 2500 F Q Z e1n3097 e
86. ccccccccccoo 134 Flujo de trabajo del an lisis en tiempo real ooococccccccccccccccccccccccccccoo 136 Archivos de salida de secuenciaci n oooccccccccccccccccccccccccccccnncccccccno 141 Estructura de carpetas de Salida ooooooooccccccccccccccccccccccccccccccccccccoo 143 Numeraci n de placas ooooccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccncnnnnncnnnnnoo 145 Im genes en Miniatura ooooocccccccccccccccccccccccccccccnncccccccnnnnnccccccnness 146 Cap tulo 7 Soluci n de problemas 147 INTO CUCCI N Lescano lara 148 Posibles problemas de configuraci n de experimentos ooccccccccccccccccoo 149 Escalonamiento de experimentos en la celda de flujo A y la celda de flujo B 151 Realizaci n de una comprobaci n de flu dica ooooccccccccccccccccccccoo 152 BaseSpace no est disponible oooooccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccos 153 Detenci n y reanudaci n de un experimento ooccccccccccccccccccccccnccccocooo 154 Pausa de UN experimento ooooccccccccccccccccccnccccccccnnnnnnncccccnnnnnnnccncs 158 Rehibridaci n del cebador oooooccccccccccccccccnoconcccccccococccccccccccccncos 160 gel A A AIITR 163 Asistencia t cnica at a A e e a e DOE 167 XI N de referencia 15035786 Rev D ESP Descripci n general INTO dUCCI N e uuoptiaccnca il orar ano or aa aa it a 2 Componentes de HiSeq 2500 1 ooooooccccccccccccccccccccnoccccccccnnnnncccncnnnnnncccnnnnnnnnccos 3 micio de FRiseg 2500 e er
87. cccccnccccnnc cnn DALADALA LAADAL nn nn 126 Apagado del instrumento ooccccccccccccccnnnnnnnnnn cnn nn 127 Pii b m Aroc Darren Gu a del usuario del sistema HiSeq 2500 1 1 5 gojnydeo Procedimientos posteriores al experimento Introducci n 116 Los procedimientos posteriores al experimento incluyen retirar los reactivos y calcular su peso as como lavar el instrumento Se requiere un lavado con agua despu s de cada experimento con la opci n de realizar un lavado de mantenimiento en su lugar tras un experimento de rendimiento elevado Illumina recomienda un lavado de mantenimiento Unos lavados regulares del instrumento garantizan un rendimiento continuado de la siguiente manera Expulsa cualquier resto de reactivo y muestra de los dispensadores y tubos de la flu dica Se evita la acumulaci n y cristalizaci n de sales en los dispensadores y los tubos de la flu dica Evita la contaminaci n cruzada del experimento anterior incluida la contaminaci n cruzada tras cambiar de modo 2 NOTA f Al final de un experimento se debe realizar un lavado con agua para lavar el sistema y comprobar la flu dica Al configurar un experimento el software confirma que se ha realizado un lavado con agua o un lavado de mantenimiento durante las ltimas 24 horas Se debe realizar un lavado de mantenimiento cada diez d as Transcurridos diez d as del ltimo lavado de mantenimiento el software le solicita que lleve a cabo un lavado d
88. cci n ning n derecho ni ninguna licencia de los derechos de propiedad intelectual de Illumina se otorgan de manera expresa impl cita o por impedimento legal doctrina de los actos propios El comprador solo ser responsable de determinar si el comprador posee todos los derechos de propiedad intelectual necesarios para los usos previstos de este producto por parte del comprador incluidos entre otros cualquier derecho de terceros o derechos en relaci n con la PI de aplicaciones espec ficas Illumina no garantiza que los usos previstos espec ficos del comprador no infrinjan los derechos de propiedad intelectual de un tercero o de una PI de aplicaciones espec ficas Cumplimiento normativo Este producto no se ha aprobado autorizado ni se le ha otorgado licencia alguna por parte de la Food and Drug Administration FDA de EE UU o de cualquier otra entidad regulatoria ya sea extranjera o nacional para ning n uso previsto espec fico bien para su uso en investigaci n uso comercial uso diagn stico o de cualquier otro tipo Este producto contiene la etiqueta Para uso exclusivo en investigaci n El comprador debe asegurarse de que cuenta con todas las aprobaciones regulatorias pertinentes para los usos previstos de este producto por parte del comprador Usos no autorizados El comprador acepta a utilizar cada consumible solo una vez y b utilizar solo consumibles o reactivos de Illumina con el hardware de Illumina Las limitaciones en
89. ciaci n de experimento r pido 0 00000000000000 86 Tipos de experimento para qu mica de experimento r pido ooooccccccccccc 87 Comprobaci n del volumen previa al experimento oooocccccccccccccccccccccco 89 Introducci n de par metros del experimento ooooccccccccccccccccccccccnnnnono 90 Carga y Cebado de reactivOS o oooooocccccccccccccccccccccccccnnnnccnccnnnnnnnccos 96 Carga de una celda de flujo oooooccccccccccccccccccccccccccccnccccccccnonococo 106 Monitorizaci n del experimento ooooccccccccccccccoccoccccccccccccccccccccccccos 112 Cap tulo 5 Procedimientos posteriores al experimento 115 INTO UCCI N DE et id tn O te Lobos MA dd 116 Descarga y c lculo del peso de los reactivos ooococccccccccccccccccccccccnnos 117 Realizaci n de un lavado de mantenimiento oooocccccccccccccccccccccccnnno 118 Realizaci n de un lavado CON agua occccccccccccccccccccccccccnncncccccccnnnccos 122 Cambio de modos de secuenciaci n ooooccccccccccccccccccnnncnnncccnoconoceso 124 Inactividad del instrumento o oooooccoccccccccccccccccccccccccccncccccnncccnnncoos 126 Apagado del instrumento oocccccccccccccccccccoccccccccccocccccccccccccccccino 127 Cap tulo 6 An lisis en tiempo real 129 INTOdUECI N gt si o dd er ed ate a e e 130 Descripci n de an lisis en tiempo real o oooocccccccccccccccccccccccccccccccooo 131 Supervisi n de criterios de medici n de experimento oooocccccc
90. d gitos representan la placa de 01 a 16 La numeraci n de las placas comienza por 01 en el extremo de salida de la celda de flujo hasta 16 en el extremo de entrada Figura 51 Numeraci n de placas Nombre de placa Superficie lt 112 07 gt Placa 1 parte superior De 01 a 16 2 parte inferior y Sector 1 primero 2 segundo 3 tercero Este ejemplo indica una placa de la superficie superior de la celda de flujo en el segundo sector y en la s ptima placa Gu a del usuario del sistema HiSeq 2500 1 A 5 seed ap uoIdeJauuny An lisis en tiempo real Im genes en miniatura 146 Puede configurar el software de control para generar im genes en miniatura en formato de archivo jpg Las im genes en miniatura se generan para cada ciclo y base El software de control recoge im genes de nueve secciones de una placa Estas nueve im genes se combinan en una imagen en miniatura y se pueden utilizar para solucionar problemas de un experimento Las im genes en miniatura no son aptas para el an lisis de im genes pero se pueden utilizar para la soluci n de problemas Figura 52 Imagen en miniatura G G o N de referencia 15035786 Rev D ESP Soluci n de problemas AAA A A E 148 Posibles problemas de configuraci n de experimentos oocccccccccccccccccccccccccccnnoos 149 Escalonamiento de experimentos en la celda de flujo A y la celda de flujo B 151 Realizaci n de una comprobaci n de
91. d ap u DonpoI u Realizaci n de un experimento de HiSeq v4 Carga y cebado de reactivos Tras introducir los par metros del experimento cargue los reactivos SBS paired end y de indexaci n para el experimento A continuaci n cebe los reactivos con el sistema de flu dica El software le gu a a trav s de estos pasos mediante una serie de pantallas en la pesta a Pre Run Setup Configuraci n previa al experimento Consumibles proporcionados por Illumina 8 tapas de embudo Consumibles proporcionados por el usuario Botella de 250 ml Corning n de cat logo 430776 Tubos c nicos de 15 ml Corning n de cat logo 430052 Agua de laboratorio J NOTA Para preparar el enjuague posterior al experimento al final del experimento de secuenciaci n cargue 25 ml de PW1 o agua de laboratorio en la posici n 2 El enjuague posterior al experimento no sustituye al lavado del instrumento posterior al experimento Carga de reactivos SBS 30 1 Invierta cada botella varias veces para asegurarse de que los reactivos se mezclan bien 2 Retire la tapa de cada botella de reactivo y sustit yala por una tapa de embudo 4 PRECAUCI N Despu s de manipular la botella de CRM aseg rese de desechar sus guantes y sustituirlos por un par nuevo 3 Registre el peso de cada reactivo en el formulario de seguimiento del laboratorio NOTA Pesar los reactivos antes y despu s de un experimento de secuenciaci n sirve para confirmar la adminis
92. d y la probabilidad de error Puntuaci n Q Q X Probabilidad de error Q40 0 0001 1 en 10 000 Q30 0 001 1 en 1000 Q20 0 01 1 en 100 Q10 0 1 1 en 10 J NOTA La puntuaci n de calidad se basa en una versi n modificada del algoritmo Phred Si desea obtener m s informaci n consulte en wikipedia org wiki Phred_quality_score La puntuaci n de calidad calcula un conjunto de predictores para cada llamada de bases y a continuaci n utiliza los valores de los predictores para determinar la puntuaci n Q en la tabla de calidad Las tablas de calidad se crean para proporcionar predicciones de calidad con una precisi n ptima para experimentos generados mediante una configuraci n de plataforma de secuenciaci n y versi n de an lisis qu mico espec ficas Tras determinar la puntuaci n Q los resultados se registran en los archivos de llamadas de bases bcl Para obtener m s informaci n consulte Archivos de salida de secuenciaci n en la p gina 141 Agrupaci n de puntuaciones Q El an lisis en tiempo real agrupa las puntuaciones de calidad en rangos espec ficos O grupos y asigna un valor a cada rango La agrupaci n de puntuaciones Q reduce significativamente los requisitos de espacio de almacenamiento sin que ello afecte a la precisi n o al rendimiento de las aplicaciones de etapas posteriores Gu a del usuario del sistema HiSeq 2500 1 3 9 ea oduua Us sisipeue jap ofeqe1 ap ofnj4 An lisis en tiempo real
93. da Seleccione Custom Personalizar para un kit parcial o varios kits de 50 ciclos En el campo Cycles Remaining Ciclos restantes introduzca el n mero de ciclos SBS que se espera que duren los reactivos Y NOTA En el caso de los kits parciales el software cuenta el n mero de ciclos introducidos Cuando los ciclos est n en un nivel bajo el software le solicita cargar reactivos nuevos 4 Seleccione Next Siguiente Pantalla de revisi n 1 Revise los par metros del experimento en la pantalla Review Revisi n 2 Seleccione Next Siguiente para continuar o seleccione Back Atr s para modificar los par metros Gu a del usuario del sistema HiSeq 2500 Q 5 ojusuedxe jep so1jeweJed ap uorNanpo ju Realizaci n de un experimento r pido Carga y cebado de reactivos Tras introducir los par metros del experimento cargue los reactivos SBS paired end de agrupaci n y de indexaci n para el experimento A continuaci n cebe los reactivos con el sistema de flu dica El software le guiar a trav s de estos pasos mediante una serie de pantallas en la pesta a Pre Run Setup Configuraci n previa al experimento Consumibles proporcionados por Illumina Ocho tapas de embudo Consumibles proporcionados por el usuario Botella de 250 ml Corning n de cat logo 430776 Tubos c nicos de 15 ml Corning n de cat logo 430052 Agua de laboratorio y NOTA Para preparar el enjuague posterior al experimento al final del exp
94. da de flujo con una toallita para limpiar lentes seca 7 Proteja la celda de flujo del polvo hasta que vaya a cargarla en el instrumento Carga de la celda de flujo de secuenciaci n x NOTA t No sustituya las juntas del distribuidor Sustituya las juntas del distribuidor cuando el experimento de secuenciaci n haya finalizado y antes del lavado de mantenimiento 1 Coloque la celda de flujo en el soporte de la celda de flujo con los puertos de entrada y salida hacia abajo y el c digo de barras en el lado derecho Aseg rese de que la flecha del extremo izquierdo de la celda de flujo que indica la direcci n del flujo apunta hacia el instrumento 2 Deslice suavemente la celda de flujo hacia los pasadores gu a superiores y derechos hasta que se detenga 1 O 8 N de referencia 15035786 Rev D ESP Figura 45 Colocaci n de la celda de flujo contra los pasadores gu a superiores y derechos A Pasador gu a superior B Pasadores gu a derechos ofni ap epjeo eun ap ebp 4 y NOTA y Retire las manos de la celda de flujo antes de accionar el interruptor de vac o para evitar posibles desv os posteriores en la alineaci n 3 Mueva con cuidado la palanca de la celda de flujo a la posici n 1 para activar el vac o y fijar la celda de flujo en su posici n Cuando la palanca de la celda de flujo est verde el vac o est activado Figura 46 Palanca de la celda de flujo en posici n 1 4 Espere unos cinco segundos y a contin
95. dad de la documentaci n o de otros materiales que suministre el distribuidor 3 Ni el nombre de FU Berlin o Knut Reinert ni los nombres de sus contribuidores puede utilizarse para divulgar o promocionar productos derivados de este software sin permiso expreso previo y por escrito ESTE SOFTWARE LO SUMINISTRAN LOS PROPIETARIOS DE LOS DERECHOS DE PROPIEDAD INTELECTUAL Y SUS CONTRIBUIDORES TAL CUAL Y SE RESCINDE DE CUALQUIER GARANT A EXPRESA O IMPL CITA INCLUIDAS ENTRE OTRAS LAS GARANT AS IMPL CITAS DE COMERCIABILIDAD E IDONEIDAD PARA UN FIN PARTICULAR EN NING N CASO EL PROPIETARIO DE LOS DERECHOS DE PROPIEDAD INTELECTUAL O SUS CONTRIBUIDORES SER N RESPONSABLES DE NING N DA O DIRECTO INDIRECTO ACCIDENTAL ESPECIAL EJEMPLAR O CONSECUENTE INCLUIDO ENTRE OTROS LA ADQUISICI N DE BIENES O SERVICIOS SUSTITUTOS LA P RDIDA DE USO DATOS O BENEFICIOS O LA INTERRUPCI N DE ACTIVIDAD COMERCIAL CUALQUIERA QUE SEA LA CAUSA Y PARTIENDO DE LA POSIBILIDAD DE RESPONSABILIDADES YA SEA EN CONTRATO RESPONSABILIDAD OBJETIVA O N de referencia 15035786 Rev D ESP AGRAVIO INCLUIDA LA NEGLIGENCIA U OTRO TIPO QUE SURJAN DE ALG N MODO DEL USO DE ESTE SOFTWARE INCLUSO SI HUBIEREN SIDO ADVERTIDOS DE LA POSIBILIDAD DE TALES DA OS Leer antes de usar este producto Este producto y su uso y disposici n est n sujetos a los siguientes t rminos y condiciones Si el comprador no acepta estos t rminos y condiciones el comprador no contar con la a
96. de la lista desplegable x y PRECAUCI N Utilice agua para confirmar que el flujo es correcto solo en una celda de flujo usada No use nunca agua para confirmar que el flujo es correcto en una celda de flujo agrupada 2 Confirme los siguientes valores predeterminados Volume Volumen 125 Aspirate Rate Velocidad de aspiraci n 250 Dispense Rate Velocidad de dispensaci n 2000 3 Seleccione Pump Dispensar 4 Inspeccione visualmente la celda de flujo para comprobar si hay burbujas en los carriles o fugas cerca de los distribuidores Si detecta una presencia excesiva de burbujas compruebe si las juntas est n obstruidas reduzca la velocidad de aspiraci n a 100 y bombee otros 125 ul de agua a la celda de flujo Si el problema persiste retire la celda de flujo repita los pasos de limpieza y vuelva a cargarla N de referencia 15035786 Rev D ESP Colocaci n de los tubos e inicio del cebado 1 Retire los ocho tubos de residuos de la celda de flujo apropiada del contenedor de residuos No incluya los ocho tubos de la celda de flujo opuesta ni el tubo de la bomba de condensaci n A Tubos de residuos de la celda de flujo para las posiciones de los reactivos 1 8 B Tubo de la bomba de condensaci n no retirar Coloque los tubos de residuos en un tubo de 15 ml vac o es decir un tubo de residuos por cada tubo de 15 ml El residuo de cebado se recoge y se mide despu s del paso de cebado Seleccione Start Prime Inic
97. de todos los tubos de reactivos y coloque el tubo en la gradilla en la posici n numerada asociada o el color de la etiqueta correspondiente Tabla 2 Celdas de flujo de lectura individual Posici n Reactivo Descripci n 15 FDR Reactivo de desnaturalizaci n r pida contiene formamida 16 HP9 Cebador para secuenciaci n del ndice i5 17 HP12 Cebador de secuenciaci n del ndice i7 Se requiere HP9 solamente para experimentos de doble ndice Si no se utiliza HP9 cargue un tubo c nico de 15 ml con 10 ml de agua de laboratorio en la posici n 16 Tabla 3 Celdas de flujo paired end Posici n Reactivo Descripci n 10 FRM Mezcla para res ntesis r pida 15 FDR Reactivo de desnaturalizaci n r pida contiene formamida 17 HP12 Cebador de secuenciaci n del ndice i7 Prepare el FMR en la posici n 10 para experimentos de doble ndice en una celda de flujo paired end Se debe colocar FRM en la posici n 10 para todos los experimentos paired end independientemente de las opciones de indexaci n Si est realizando un experimento single read de lectura individual contin e con los siguientes pasos para devolver la gradilla al compartimento de reactivos De lo contrario contin e con la carga de los reactivos paired end Coloque tubos c nicos de 15 ml con 10 ml de agua de laboratorio en posiciones que no N de referencia 15035786 Rev D ESP se est n utilizando de la gradilla paired end Deslice la gradil
98. del experimento y volver a la pantalla Welcome Bienvenida Pantalla de integraci n La pantalla de integraci n permite conectar el experimento a BaseSpace Para conectarlo a BaseSpace realice lo siguiente 1 2 Seleccione BaseSpace Seleccione una de las siguientes opciones de BaseSpace Storage and Analysis Almacenamiento y an lisis Env a los datos del experimento a BaseSpace para la supervisi n remota y el an lisis de los datos Con esta opci n se precisa una hoja de muestras Run Monitoring Only Solo supervisi n del experimento Env a solamente los archivos InterOp a BaseSpace lo que le permite supervisar el experimento de forma remota Inicie sesi n en BaseSpace con su correo electr nico y la contrase a de la cuenta de Mylllumina Seleccione Next Siguiente Gu a del usuario del sistema HiSeq 2500 5 5 ojusuedxe jep so1jeweJed ap uoINanpo ju Realizaci n de un experimento de TruSeq v3 Para continuar sin conexi n a BaseSpace realice lo siguiente 1 Seleccione None Ninguno 2 Seleccione Next Siguiente Pantalla de almacenamiento 1 Seleccione la casilla de verificaci n Save to an output folder Guardar en una carpeta de salida y seleccione Browse Examinar para ir a la ubicaci n de red deseada Si el experimento est conectado a BaseSpace para almacenamiento y an lisis este campo es opcional 2 Seleccione Zip BCL files Comprimir archivos BCL para reducir el espacio de almacenam
99. del volumen seleccione Yes S Coloque los tubos de residuos 1 2 3 6 7 y 8 de la celda de flujo actual en una botella de 1 litro llena de agua desionizada La colocaci n de los tubos en agua desionizada impide que las bombas de los reactivos se da en Cargue agua de laboratorio en las ocho posiciones SBS las diez posiciones de la gradilla paired end y la posici n de la biblioteca para la celda de flujo actual Cierre la estaci n de carga Seleccione la casilla de verificaci n Water loaded and template loading station closed Agua cargada y estaci n de carga de cadenas molde cerrada Seleccione Next Siguiente Aseg rese de que haya una celda de flujo r pida utilizada cargada en el instrumento Introduzca el ID de la celda de flujo utilizada Seleccione Next Siguiente Seleccione Pump Dispensar para confirmar el flujo Coloque los tubos 4 y 5 en tubos c nicos de 15 ml vac os individuales Seleccione Next Siguiente Se iniciar la comprobaci n del volumen Cuando la comprobaci n del volumen haya finalizado el volumen esperado ser de 9 5 ml 10 para cada tubo Devuelva todos los tubos a la botella de residuos Seleccione Next Siguiente Gu a del usuario del sistema HiSeq 2500 3 9 o u wn dx e enaid UsuInion jap voO1DeqoJdulos Realizaci n de un experimento r pido Introducci n de par metros del experimento En la pantalla de bienvenida seleccione Sequence New Run Secuenciar
100. derecha de cada pantalla y le notifican cualquier cambio en las condiciones errores o advertencias durante la configuraci n de un experimento o durante el experimento Icono de Nombre de estado Descripci n estado Estado OK Sin cambios El sistema est normal Informaci n Solo informaci n No se requiere ninguna acci n Atenci n Informaci n que puede requerir atenci n Advertencia Las advertencias no detienen un experimento pero pueden requerir una acci n antes de continuar Error Los errores suelen detener un experimento y normalmente requieren una acci n antes de continuar con el experimento N de referencia 15035786 Rev D ESP Cuando se produce un cambio en las condiciones el icono asociado parpadea para alertarle Para resolver la alerta seleccione el icono para abrir el cuadro de di logo de estado que contiene una descripci n general del estado Seleccione Acknowledge Aceptar para aceptar el mensaje y Close Cerrar para cerrar el cuadro de di logo Men de pantalla de bienvenida El bot n del men de la pantalla Welcome Bienvenida ubicado en la esquina superior izquierda de esta pantalla proporciona las siguientes opciones View Ver Proporciona las opciones para ver la interfaz en pantalla completa o en una ventana o permite minimizar la interfaz Tools Herramientas Proporciona acceso a la ventana Options Opciones y Show Log file Mostrar archivo de registro Options Opciones En la ventan
101. e mantenimiento N de referencia 15035786 Rev D ESP Descarga y c lculo delpeso de los reactivos 1 Abra la puerta del compartimento de reactivos 2 Levante los dispensadores de la gradilla de reactivos SBS y paired end correspondientes siguiendo esta secuencia de movimiento a Tire del mango del dispensador hacia fuera b Levante el mango del dispensador hacia arriba mientras tira de l hacia fuera c Suelte el mango del dispensador en la ranura del extremo superior del canal Aseg rese de que el mango del dispensador se encuentre colocado de forma segura en la ranura 3 Deslice la gradilla de reactivos hacia el exterior del compartimento de reactivos con el mango de la gradilla 4 Retire cada botella de la gradilla de reactivos y registre el peso en el formulario de seguimiento del laboratorio Visite la p gina de asistencia de HiSeq 2500 en el sitio web de Illumina para descargar un formulario de seguimiento de laboratorio interactivo 5 En el modo de experimento r pido Extraiga los tubos de la estaci n de carga de bibliotecas al ADVERTENCIA y Este grupo de reactivos contiene formamida una amida alif tica que es una toxina que puede alterar la capacidad reproductora Evite su inhalaci n ingesti n y el contacto con la piel o los ojos puesto que puede provocar lesiones Deseche los contenedores y el contenido no utilizado de acuerdo con las normativas de seguridad oficiales de su zona Para obtener m s informaci n
102. e All Thumbnails Guardar todas las vistas en miniatura Guarda todas las im genes en miniatura Una imagen en miniatura es una muestra de im genes de muchas placas en cada columna de placas o sector combinada en una imagen en miniatura Save Tile Thumbnails Guardar vistas en miniatura de placa Guarda las vistas en miniatura de las placas Las vistas en miniatura de las placas representan una nica placa en lugar de una muestra de placas en un sector Seleccione Next Siguiente Pantalla de configuraci n de la celda de flujo La pantalla Flow Cell Setup Configuraci n de la celda de flujo registra informaci n acerca de la celda de flujo utilizada en el experimento 1 Seleccione un tipo de kit de reactivos TruSeq Rapid v1 o HiSeq Rapid v2 Gu a del usuario del sistema HiSeq 2500 91 ojusuedxe jep so1jeweJed ap uoINanpo ju Realizaci n de un experimento r pido Realice la lectura del c digo de barras de la celda de flujo o introduzca el ID n mero del c digo de barras de la celda de flujo que desea secuenciar El ID de la celda de flujo se utiliza para determinar el tipo de celda de flujo y la compatibilidad de los reactivos Confirme que el tipo de celda de flujo sea correcto ya sea la celda de flujo TruSeq Rapid vl o la celda de flujo HiSeq Rapid v2 El tipo de celda de flujo se selecciona de forma autom tica en funci n del ID de la celda de flujo Introduzca un nombre para el experimento El nombre del exper
103. ecesario utilice una toallita de laboratorio sin pelusa para secar la platina 6 Inspeccione visualmente el soporte de la celda de flujo para comprobar que no hay pelusas ni obstrucciones en los orificios de vac o Gu a del usuario del sistema HiSeq 2500 1 01 S0A1 989J ap opeq ebp Realizaci n de un experimento r pido Figura 38 Ubicaciones de los orificios de vac o Carga de una celda de flujo para el cebado E NOTA r Utilice la celda de flujo usada para cebar los reactivos No utilice la celda de flujo que desee secuenciar 1 Lave una celda de flujo usada con agua de laboratorio S quela con una toallita para limpiar lentes o una toallita sin pelusa 2 Limpie la celda de flujo con pa os humedecidos en alcohol y una toallita para limpiar lentes E NOTA No extraiga ni sustituya las juntas del distribuidor 3 Coloque la celda de flujo usada en el soporte de la celda de flujo con los puertos de entrada y salida hacia abajo y el c digo de barras en el lado derecho Aseg rese de que la flecha del extremo izquierdo de la celda de flujo que indica la direcci n del flujo apunta hacia el instrumento 4 Deslice suavemente la celda de flujo hacia los pasadores gu a superiores y derechos hasta que se detenga 1 02 N de referencia 15035786 Rev D ESP Figura 39 Colocaci n de la celda de flujo contra los pasadores gu a superiores y derechos A Pasador gu a superior B Pasadores gu a derechos a y NO
104. el mango se encuentra colocado de forma segura en la ranura Deslice la gradilla de reactivos hacia el exterior del compartimento de reactivos con el mango de la gradilla Retire las tapas de todos los tubos de reactivos y coloque el tubo en la gradilla en la posici n numerada asociada o el color de la etiqueta correspondiente Tabla 6 Experimento de un solo ndice en una celda de flujo de lectura individual o celda de flujo paired end Posici n Reactivo Descripci n 17 HP8 o Mezcla para el cebador de secuenciaci n del ndice 1 HP12 17 18 HP3 Soluci n de desnaturalizaci n 19 HT2 Tamp n de lavado Tabla 7 Experimento de doble ndice en una celda de flujo single read de lectura individual Posici n Reactivo Descripci n 16 HP9 Mezcla para el cebador de secuenciaci n del ndice 2 i5 SR 17 HP8 o Mezcla para el cebador de secuenciaci n del ndice 1 HP12 17 18 HP3 Soluci n de desnaturalizaci n 19 HT2 Tamp n de lavado Tabla 8 Experimento de doble ndice en una celda de flujo paired end Posici n Reactivo Descripci n 10 RMR Mezcla para res ntesis Gu a del usuario del sistema HiSeq 2500 6 3 S0A1 989J ap opeq ebp Realizaci n de un experimento de TruSeq v3 Posici n Reactivo Descripci n 17 HP8 o Mezcla para el cebador de secuenciaci n del ndice 1 HP12 i7 18 HP3 Soluci n de desnaturalizaci n 19 HT2 Tamp n de lavado 6 Coloque tubos c nicos de 15 ml con 10 ml de agua de labo
105. el an lisis en tiempo real produce un resultado principal como un conjunto de archivos de filtro y archivos de llamadas de bases clasificadas por calidad Otros archivos admiten la generaci n de archivos de salida principal Gu a del usuario del sistema HiSeq 2500 1 31 e91 oduua1 Us sisipeue ap u oduoseq An lisis en tiempo real Archivos de llamadas de bases Para cada placa que se analiza se genera un archivo de llamada de bases comprimido bcl para cada placa por ciclo El archivo de llamada de bases contiene la llamada de bases y la puntuaci n de calidad asociada Archivos de filtro Cada placa produce informaci n de filtro que se incluye en un archivo de filtro filter para cada placa a lo largo de todo el experimento El archivo de filtro especifica si los grupos han superado los filtros Archivos de ubicaci n de grupos Un archivo de ubicaci n de grupos locs contiene las coordenadas X e Y para cada grupo de la celda de flujo Archivos de estad sticas Para cada ciclo se produce un archivo de estad sticas stats El archivo de estad sticas contiene estad sticas agregadas para el ciclo Los archivos de resultados principales se utilizan para los an lisis de datos posteriores Utilice bcl2fastq para la demultiplexaci n y la conversi n de los archivos bcl en archivos FASTO que se pueden utilizar como entrada para la alineaci n Para convertir datos desde HiSeq utilice bcl2fastq 1 8 4 o una versi n poster
106. en el instrumento Si activa esta opci n aumenta de forma considerable el tama o de la carpeta de salida de datos 4 Seleccione Next Siguiente Pantalla de f rmulas En la pantalla Recipe F rmula se genera autom ticamente una f rmula a partir de la informaci n introducida 1 Seleccione de las siguientes opciones de Index Type Tipo de ndice No Index No indexado Realiza un experimento paired end o single read de lectura individual no indexado Single Index Un solo ndice Realiza un experimento paired end o single read de lectura individual con una lectura de indexaci n Dual Index Doble ndice Realiza un experimento paired end o single read de lectura individual con dos lecturas de indexaci n Custom Personalizado Realiza un experimento paired end o single read de lectura individual con un n mero de ciclos personalizado de lecturas del ndice 2 Si especifica la opci n Dual Index Doble ndice o Custom Personalizado seleccione un formato de celda de flujo bien Single Read Lectura nica o bien Paired End 3 Introduzca el n mero de ciclos para la Lectura 1 y la Lectura 2 seg n sea necesario NOTA f El n mero de ciclos realizados en una lectura es de un ciclo m s que el n mero de ciclos analizados Por ejemplo para realizar 100 ciclos para la Lectura 1 introduzca 101 Para la opci n de indexaci n Custom Personalizado introduzca el n mero de ciclos para
107. en tiempo real ooooccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccncnnono 131 Supervisi n de criterios de medici n de experimento oooccccccccccccccccnnnccccncccccco 134 Flujo de trabajo del an lisis en tiempo real oooccccccccccccccccccccccccncnnnnnnnnnnnnnne 136 Archivos de salida de secuenciaci n oooooccccccccccccccccccncnncccccnnnnnncccccnnnnnnncccnnns 141 Estructura de carpetas de Salida oooooooccccccccccccccccccccccccccccccccccccccnnnnncccccccs 143 Numeraci n de placas ooooocccccccccccccconoonooonncncccccccnncnnnncn DILLDALL a 222222 145 Im genes en miniatura 0000000000000000 00000000000000 a000 aaa 0AA 0 aaa aaora ariaa 146 J apo E Tc tot 0 yal aa j kar rP de A Gu a del usuario del sistema HiSeq 2500 1 D 9 9 omydeo An lisis en tiempo real Introducci n El software de an lisis en tiempo real RTA realiza un an lisis de las im genes integrado en el instrumento y la llamada de bases durante un experimento de secuenciaci n en el instrumento HiSeq 2500 lo que ahorra un valioso tiempo en los posteriores an lisis de datos 1 3 O N de referencia 15035786 Rev D ESP Descripci n de an lisis en tiempo real El an lisis en tiempo real se ejecuta en el ordenador del instrumento en el que realiza la llamada de bases y asigna una puntuaci n de calidad a cada llamada de bases El software realiza un seguimiento del estado de cada placa y determina cu ndo se debe avanzar al siguiente pas
108. end doble ndice Tabla 11 TruSeq Rapid SBS Kit v1 Tipo de Ciclos Ciclos de Ciclos de Ciclos Ciclos experimento de lectura lectura de totales Lectura 1 de ndice 1 17 de ndice 2 i5 Lectura 2 Lectura individual lt 101 lt 101 no indexada Lectura individual lt 101 71 lt 108 1 un solo ndice 82 lt 109 2 Lectura individual lt 101 8 8 lt 117 doble ndice Gu a del usuario del sistema HiSeq 2500 87 op d 1 ojuauledxe ap eoiunb eed ojuauledxa ap sod1 Realizaci n de un experimento r pido Tipo de Ciclos Ciclos de Ciclos de Ciclos Ciclos experimento de lectura lectura de totales Lectura 1 de ndice 1 17 de ndice 2 i5 Lectura 2 Paired end no indexada Paired end un solo ndice Paired end doble ndice lt 202 lt 209 1 lt 210 lt 225 1 N mero de ciclos para bibliotecas de un solo ndice 2 N mero de ciclos para bibliotecas de doble ndice 3 La lectura de ndice 2 de un experimento de doble ndice paired end incluye siete ciclos de solo qu mica adicionales 3 3 N de referencia 15035786 Rev D ESP Comprobaci n del volumen previa al experimento En la pantalla Welcome Bienvenida seleccione Sequence New Run Secuenciar Nuevo experimento Se abre la pantalla Volume Check Comprobaci n del volumen Pantalla de comprobaci n del volumen 1 10 11 12 13 Cuando el software le solicite realizar una comprobaci n
109. end lt 126 lt 126 lt 252 no indexada Paired end lt 126 71 lt 126 lt 2591 un solo ndice 82 lt 2602 Paired end lt 126 8 7 83 lt 126 lt 275 doble ndice 1 N mero de ciclos para bibliotecas de un solo ndice 2 N mero de ciclos para bibliotecas de doble ndice 3 La lectura de ndice 2 de un experimento de doble ndice paired end incluye siete ciclos de solo qu mica adicionales 2 4 N de referencia 15035786 Rev D ESP Introducci n de par metros del experimento En la pantalla de bienvenida seleccione Sequence New Run Secuenciar Nuevo experimento La interfaz del software de control le gu a por los pasos de configuraci n del experimento Los pasos de configuraci n del experimento se organizan en tres pesta as Run Configuration Configuraci n del experimento Pre Run Setup Configuraci n previa al experimento e Initiate Run Iniciar experimento Las pantallas de configuraci n del experimento contienen listas desplegables casillas de verificaci n o campos de texto para los par metros del experimento Utilice el lector de c digos de barras port til para leer el ID del kit de reactivos o de la celda de flujo o introduzca el ID con ayuda del teclado t ctil El icono de teclado se encuentra a la derecha de los campos de texto Seleccione Next Siguiente para pasar a la siguiente pantalla o seleccione Back Atr s para volver a la pantalla anterior En cualquier momento dur
110. erente en cada carril Pantalla de reactivos La pantalla Reagents Reactivos registra informaci n sobre los kits de reactivos utilizados para el experimento El ID del kit de reactivos el n mero de c digo de barras comienza por RGT se utiliza para determinar el tipo del kit de reactivos y la compatibilidad con los modos de experimento 1 Realice una lectura o introduzca el ID del kit de reactivos SBS 2 En el caso de los experimentos paired end lea o introduzca el ID del kit de reactivos del kit de generaci n de grupos paired end 3 Seleccione el kit de reactivos SBS para el experimento Seleccione 200 Cycles 200 ciclos para un kit de 200 ciclos Los ciclos restantes se establecen en 209 de forma predeterminada Seleccione 50 Cycles 50 ciclos para un kit de 50 ciclos Los ciclos restantes se establecen en 59 de forma predeterminada Seleccione Custom Personalizar para un kit parcial o varios kits de 50 ciclos En el campo Cycles Remaining Ciclos restantes introduzca el n mero de ciclos SBS que se espera que duren los reactivos Jay NOTA En el caso de los kits parciales el software cuenta el n mero de ciclos introducidos Cuando los ciclos est n en un nivel bajo el software le solicita cargar reactivos nuevos 4 Seleccione Prime SBS Reagents Cebar reactivos SBS para cebar los reactivos antes de comenzar un experimento Cebe siempre los reactivos antes de cargar una nueva celda de flujo 5 Seleccione Next Sig
111. erimento de secuenciaci n cargue 25 ml de PW1 o agua de laboratorio en la posici n 2 El enjuague posterior al experimento no sustituye al lavado del instrumento posterior al experimento Carga de reactivos de agrupaci n y SBS 96 Aseg rese de que los reactivos SBS est n listos para cargarlos en el instrumento Consumibles proporcionados por Illumina Ocho tapas de embudo Consumibles proporcionados por el usuario Una botella de 250 ml Corning n de cat logo 430776 Un tubo Eppendorf abatible por celda de flujo 1 5 ml o 1 7 ml No utilice tubos con tapas roscadas Procedimiento 1 Registre el peso de cada reactivo en el formulario de seguimiento del laboratorio N de referencia 15035786 Rev D ESP Abra la puerta del compartimento de reactivos Levante los dispensadores de la gradilla de reactivos de secuenciaci n con el siguiente movimiento a Tire del mango hacia usted y a continuaci n lev ntelo b Suelte el mango del dispensador en la ranura del extremo superior del canal Aseg rese de que el mango del dispensador se encuentre colocado de forma segura en la ranura Deslice la gradilla de reactivos SBS para extraerla del compartimento de reactivos Retire la tapa de cada botella de reactivo y sustit yala por una tapa de embudo Sustituya la tapa de la botella de CRM en ltimo lugar y a continuaci n cambie los guantes Coloque cada una de las botellas de reactivos SBS en la gradilla en la posic
112. esed sonog ep voroeJedaJy m gt O ab N D j ab Lo Q 1 c ab 2 z j a S Xx 3 aD c D aD Lo c 4 O S N j T 6 ab X 80 Carga de reactivos para la Lectura 2 Tras finalizar la Lectura 1 y cualquier lectura del ndice cargue los reactivos paired end para la res ntesis de la Lectura 2 y un ICB reci n preparado para la Lectura 2 Carga de reactivos paired end Registre el peso de cada reactivo en el formulario de seguimiento del laboratorio Aseg rese de que la gradilla paired end no se est utilizando en la celda de flujo opuesta para la res ntesis de la Lectura 2 la preparaci n de la lectura del ndice 1 i7 o la preparaci n de la lectura del ndice 2 i5 Levante los dispensadores de la gradilla de reactivos paired end con el siguiente movimiento a Tire del mango hacia usted y lev ntelo b Suelte el mango en la ranura del extremo superior del canal Aseg rese de que el mango se encuentra colocado de forma segura en la ranura Deslice la gradilla de reactivos hacia el exterior del compartimento de reactivos con el mango de la gradilla Retire las tapas de todos los tubos de reactivos Coloque cada uno de los tubos de reactivos en la gradilla en las posiciones numeradas asociadas Tabla 9 Posiciones de los reactivos paired end Posici n Reactivo Descripci n 10 RMR Mezcla para res ntesis 11 LMX2 Mezcla para linealizaci n 2 12 BMX Mezcla para bloqueo 13 AMX2
113. eterminada La carpeta de salida predeterminada para los experimentos de la celda de flujo A Esta ubicaci n se puede cambiar para cada experimento Default Output Folder2 Carpeta de salida predeterminada 2 La carpeta de salida predeterminada para los experimentos de la celda de flujo B Esta opci n se puede cambiar para cada experimento Default Temp Folder1 Carpeta temporal predeterminada 1 La ubicaci n en la que se pueden escribir los archivos temporales durante un experimento Run Setup Folder Carpeta de configuraci n del experimento La ubicaci n de los formularios de muestra de LIMS LIMS Server Servidor LIMS El nombre del servidor para interacciones con LIMS de Ilumina compatibles LIMS User Name Nombre de usuario de LIMS El nombre de usuario utilizado para la autenticaci n a LIMS de Illumina LIMS Password Contrase a de LIMS La contrase a utilizada para la autenticaci n a LIMS de Illumina Send instrument health information to Illumina to aid technical support Enviar la informaci n de estado del sistema a Illumina para ayudar al servicio de asistencia t cnica Permite al instrumento enviar informaci n a BaseSpace para cada experimento Toda la informaci n ser confidencial Illumina recomienda activar esta funci n N de referencia 15035786 Rev D ESP Espacio disponible en el disco El ordenador del instrumento HiSeq cuenta con una capacidad de almacenamiento superior a 2 7 TB por cada celda de f
114. evu lvalos al contenedor de residuos Gu a del usuario del sistema HiSeq 2500 1 2 1 o usuIua jueu ep opere un ap uO ezijesy Procedimientos posteriores al experimento Realizaci n de un lavado con agua 122 Se requiere realizar un lavado con agua despu s de cada experimento de secuenciaci n Tras un experimento de rendimiento elevado puede realizar un lavado de mantenimiento en su lugar Realice un lavado con agua antes de empezar un nuevo experimento de secuenciaci n si el instrumento ha permanecido inactivo durante un d a o m s Consumibles proporcionados por Illumina Agua de laboratorio Consumibles proporcionados por el usuario 8 botellas 250 ml Corning n de cat logo 430776 10 tubos 15 ml Corning n de cat logo 430052 Agua de laboratorio Para el modo de experimento r pido Un tubo Eppendorf abatible para cada celda de flujo Procedimiento 1 En la pantalla de bienvenida seleccione Wash Water Lavado Agua 2 Seleccione Yes S para lavar las posiciones de los reactivos paired end En caso contrario seleccione No para lavar solo las posiciones de los reactivos SBS Seleccione Next Siguiente para continuar 3 Cargue el instrumento con agua de laboratorio de la siguiente forma a Llene ocho botellas SBS con 20 ml de agua de laboratorio b Llene diez tubos de PE con 10 ml de agua de laboratorio c Para el modo de experimento r pido Llene el tubo Eppendorf con 1 ml de agua de laboratorio
115. ficaci n PW1 25 ml loaded PW1 25 ml cargada Deslice la gradilla de reactivos PE para extraerla del compartimento de reactivos Retire las tapas de los tubos de reactivos y col quelos en la gradilla en la posici n numerada correspondiente Tabla 14 Celda de flujo single read de lectura individual Posici n Reactivo Descripci n 10 Pw1 10 ml de PW1 o agua de laboratorio 11 PW1 10 ml de PW1 o agua de laboratorio 12 PW1 10 ml de PW1 o agua de laboratorio 13 AMS Mezcla para amplificaci n r pida 14 FPM Premezcla r pida 15 FDR Reactivo de desnaturalizaci n r pida contiene formamida 16 HP9 Cebador de ndice i5 17 HP12 Cebador de ndice i7 18 HP10 Cebador de Lectura 1 19 FLS Soluci n de linealizaci n r pida Se requiere HP9 solamente para experimentos de doble ndice Se requiere HP12 para todas las opciones de indexaci n Si no se utilizan HP9 ni HP12 cargue un tubo c nico de 15 ml con 10 ml de PW1 o agua de laboratorio en la posici n 16 para HP9 y en la posici n 17 para HP12 Tabla 15 Celda de flujo paired end Posici n Reactivo Descripci n 10 FRM Mezcla para res ntesis r pida 11 FLM2 Mezcla para linealizaci n r pida 2 Lectura 2 12 FLM1 Mezcla para linealizaci n r pida 1 Lectura 1 13 AMS Mezcla para amplificaci n r pida 14 FPM Premezcla r pida N de referencia 15035786 Rev D ESP Posici n Reactivo Descripci n 15 FDR Reactivo de desnaturalizaci n r pida contiene formamida 16 HP11
116. fni ap epjeo eun ap ebo Limpieza del soporte de la celda de flujo 1 Utilice un nuevo par de guantes de l tex sin polvo 2 Con un pa o humedecido en alcohol o una toallita sin pelusa humedecida en etanol o isopropanol limpie con cuidado la superficie del soporte de la celda de flujo hasta que est limpia x PRECAUCI N Procure que no entre alcohol en los orificios de vac o ni alrededor de los distribuidores Si es necesario utilice una toallita de laboratorio sin pelusa para secar la platina Figura 44 Inspecci n de los orificios de vac o 3 Inspeccione visualmente el soporte de la celda de flujo para comprobar que no hay pelusas ni obstrucciones en los orificios de vac o Gu a del usuario del sistema HiSeq 2500 1 O7 Realizaci n de un experimento r pido Limpieza de la celda de flujo 1 Extraiga la celda de flujo del contenedor de la celda de flujo con un par de pinzas hemost ticas de pl stico 2 Enjuague la celda de flujo con agua de laboratorio y s quela con una toallita para limpiar lentes 3 Doble un pa o humedecido en alcohol hasta que tenga el tama o aproximado de la celda de flujo 4 Sujete con dos dedos los extremos de la celda de flujo agrupada Aseg rese de que los puertos de entrada y salida est n boca arriba 5 Limpie cada lado de la celda de flujo con un solo movimiento de arrastre Repita doblando el pa o despu s de cada pasada hasta que la celda de flujo quede limpia 6 Seque la cel
117. genera una plantilla de las ubicaciones de los grupos Despu s del ciclo 12 La llamada de bases comienza tras estimar la matriz de color en el ciclo 12 Despu s del ciclo 25 Las correcciones en la hebra retrasada para los 25 primeros ciclos determinan el c lculo de la hebra retrasada Despu s del ciclo 25 Se genera una puntuaci n de calidad para las lecturas que superan el filtro de calidad Dado que las puntuaciones de calidad requieren intensidades corregidas de futuros ciclos la puntuaci n de calidad siempre sigue a la llamada de bases Despu s del ciclo 25 Los ndices de error se generan solo cuando los grupos de PhiX est n presentes y la opci n Align to PhiX Alinear a PhiX se ha seleccionado durante la configuraci n del experimento En el ciclo 52 de cada lectura o al final del experimento en el caso de los experimentos que cuentan con menos de 52 ciclos Los controles en l nea se generan nicamente para los m todos de preparaci n de bibliotecas de TruSeq Despu s de que finalicen las lecturas de ndices El recuento de ndices por carril se genera nicamente cuando se ofrece una hoja de muestras N de referencia 15035786 Rev D ESP El visor del an lisis de secuenciaci n v1 8 44 y las versiones posteriores no incluyen la ficha TruSeq Controls Controles de TruSeq en la que el SAV informa de los resultados del an lisis de los controles en l nea Visor del an lisis de secuenciac
118. i n El software del visor del an lisis de secuenciaci n muestra los criterios de medici n generados durante el experimento de secuenciaci n Los criterios de medici n aparecen en forma de diagramas gr ficos y tablas El visor del an lisis de secuenciaci n se abre autom ticamente una vez que est n disponibles los criterios de medici n Seleccione Refresh Actualizar en cualquier momento durante el experimento para ver los criterios de medici n actualizados Para obtener informaci n adicional consulte la Gu a del usuario del Visor del an lisis de secuenciaci n SAV n de referencia 15020619 Gu a del usuario del sistema HiSeq 2500 7 3 5 o jusuledxe ap uO191pau ap sole yo ap voIsinedns An lisis en tiempo real Flujo de trabajo del an lisis en tiempo real El an lisis en tiempo real y el software de control llevan a cabo el flujo de trabajo del an lisis en tiempo real El flujo de trabajo incluye los siguientes pasos Generaci n de plantillas Para asignar las ubicaciones de grupos Registro y extracci n de intensidad Registra la ubicaci n de cada imagen en la celda de flujo y determina un valor de intensidad para cada grupo Correcci n de la matriz de color Para corregir la comunicaci n cruzada entre canales Correcci n emp rica de hebras Para corregir los efectos de la hebra retrasada y la hebra adelantada Llamada de bases Para determinar una llamada de bases para cada grupo Puntuaci n de calidad Par
119. i n numerada correspondiente Aseg rese de que el extremo c nico de la botella est apoyado en la muesca de la base de la gradilla Tabla 12 Posiciones de reactivos SBS de HiSeq Rapid v2 Posici n Reactivo Descripci n 1 IMT Mezcla maestra para incorporaci n 2 Pw1 25 ml de PW1 o agua de laboratorio 3 USM Mezcla de lectura universal 4 Pw1 25 ml de PW1 o agua de laboratorio 5 USB Tamp n de secuenciaci n universal 6 USB Tamp n de secuenciaci n universal 7 CRM Reactivo de mezcla maestra para clivaje 8 CWM Mezcla de lavado para clivaje Tabla 13 Posiciones de reactivos SBS de TruSeq Rapid v1 Posici n Reactivo Descripci n ii IMM Mezcla maestra para incorporaci n 2 PW1 25 ml de PW1 o agua de laboratorio 3 SRM Reactivo de mezcla maestra para lectura 4 Pw1 25 ml de PW1 o agua de laboratorio 5 USB Tamp n de secuenciaci n universal 6 USB Tamp n de secuenciaci n universal 7 CRM Reactivo de mezcla maestra para clivaje 8 Pw1 25 ml de PW1 o agua de laboratorio Gu a del usuario del sistema HiSeq 2500 97 S0A1 989J ap opeq ebp Realizaci n de un experimento r pido 98 10 11 Cargue 25 ml de PW1 o de agua de laboratorio en las siguientes posiciones Para HiSeq Rapid SBS Kit v2 Posiciones 2 y 4 Para TruSeq Rapid SBS Kit Posiciones 2 4 y 8 Deslice la gradilla SBS hacia dentro del compartimento de reactivos y alin ela con la gu a elevada del suelo del compartimento Seleccione la casilla de veri
120. iar cebado Se abre la pantalla de cebado y se inicia el paso de cebado Supervise el progreso del cebado en la pantalla de cebado Al finalizar el paso de cebado mida el residuo obtenido y compruebe que el volumen en cada tubo sea de 1 75 ml para un total de 14 ml El total se calcula de la siguiente forma 250 ul para cada posici n SBS salvo la posici n 2 250 x 7 1 75 ml 1 75 ml para cada carril 1 75 x 8 14 ml Registre los resultados en el formulario de seguimiento del laboratorio Antes de continuar vuelva a colocar los tubos de residuos en el contenedor de residuos Gu a del usuario del sistema HiSeq 2500 3 9 S0A1 989J ap opegeo ebp Realizaci n de un experimento de HiSeq v4 40 7 Seleccione Next Siguiente N de referencia 15035786 Rev D ESP Carga de una celda de flujo Entre los pasos para cargar la celda de flujo agrupada se incluyen los siguientes la extracci n de la celda de flujo para el cebado la limpieza del soporte de la celda de flujo la limpieza de la celda de flujo la carga de la celda de flujo y la confirmaci n del flujo correcto Consumibles proporcionados por el usuario gt Toallita para limpiar lentes Pa os humedecidos en alcohol o etanol al 70 Toallita de laboratorio sin pelusa gt Un par de pinzas hemost ticas de pl stico Retirada de la celda de flujo usada 1 Mueva lentamente la palanca de la celda de flujo a la posici n 1 para desacoplar los distribuidores
121. icios de Windows para asegurarse de que BaseSpace Broker se haya iniciado Si no se ha iniciado rein cielo Si los servicios se est n ejecutando y BaseSpace a n no est disponible p ngase en contacto con el servicio de asistencia t cnica de Illumina Gu a del usuario del sistema HiSeq 2500 1 5 3 jq uods p e sa ou soedsoseg Detenci n y reanudaci n de un experimento Puede que sea necesario detener un experimento si no se configur correctamente si la calidad de los datos es deficiente o si se ha producido un error en el hardware Para reanudar un experimento detenido aseg rese de que selecciona las opciones de detenci n adecuadas que permitan la reanudaci n del experimento Soluci n de problemas Opci n de detenci n Opci n de an lisis Se puede reanudar en tiempo real Normal Stop Keep As Is Dejar tal S El experimento se reanuda con el siguiente End of Lane1 Chemistry cual comando de adquisici n de im genes o de la Detenci n normal Final siguiente qu mica de carrill qu mica Complete For Run No El experimento no se puede reanudar Completo para experimento Complete For Read S El experimento se reanuda al comienzo de Completo para la siguiente lectura lectura Normal Stop Keep As Is Dejar tal S El experimento se reanuda en el siguiente End of Cycle Detenci n cual ciclo normal Final de ciclo Complete For Run No El experimento no se puede reanudar Completo para experime
122. iento necesario Si el experimento est conectado a BaseSpace la opci n Zip BCL files Comprimir archivos BCL est seleccionada de forma predeterminada J NOTA El par metro Bin Q Scores Agrupar puntuaciones Q est activado de forma predeterminada para reducir el espacio de almacenamiento necesario Este par metro agrupa las puntuaciones de calidad de un rango de valores m s amplio sin repercutir en la precisi n ni el rendimiento 3 Seleccione una de las siguientes opciones de Save Auxiliary Files Guardar archivos auxiliares Save All Thumbnails Guardar todas las vistas en miniatura Guarda todas las im genes en miniatura Una imagen en miniatura es una muestra de im genes de muchas placas en cada columna de placas o sector combinada en una imagen en miniatura Save Tile Thumbnails Guardar vistas en miniatura de placa Guarda las vistas en miniatura de las placas Las vistas en miniatura de las placas representan una nica placa en lugar de una muestra de placas en un sector 4 Seleccione Next Siguiente Pantalla de configuraci n de la celda de flujo La pantalla Flow Cell Setup Configuraci n de la celda de flujo registra informaci n acerca de la celda de flujo utilizada en el experimento 1 Realice la lectura del c digo de barras de la celda de flujo o introduzca el ID n mero del c digo de barras de la celda de flujo que desea secuenciar El ID de la celda de 5 6 N de referencia 15035786 Rev D ESP
123. ificaciones de HiSeq 2500 en el sitio web de Illumina para obtener m s informaci n acerca de la duraci n y otras especificaciones de rendimiento Consumibles para secuenciaci n del experimento r pido Nombre del kit de experimento Descripci n r pido HiSeq Rapid SBS Kit v2 Contiene reactivos SBS que se utilizan en el HiSeq 2500 O y tapones de embudo para las botellas de reactivos SBS TruSeq Rapid SBS Kit v1 HiSeq Rapid PE Cluster Kit v2 Contiene reactivos de agrupaci n e indexaci n O utilizados en el HiSeq 2500 y un juego de juntas de HiSeq Rapid SR Cluster Kit v2 celda de flujo O Las versiones PE de los kits de generaci n de grupos TruSeq Rapid PE Cluster Kit v1 incluyen reactivos paired end que se utilizan en el O HiSeq 2500 TruSeq Rapid SR Cluster Kit v1 3 4 N de referencia 15035786 Rev D ESP Pasos de preparaci n de los reactivos Antes de configurar el experimento prepare los reactivos SBS los reactivos de indexaci n y los reactivos paired end Para la preparaci n de reactivos SBS consulte la gu a correspondiente HiSeg Rapid SBS Kit v2 Reagent Prep Guide Gu a de preparaci n de reactivos de HiSeq Rapid SBS Kit v2 n de referencia 15058772 TruSeq Rapid SBS Kit Reagent Prep Guide 200 Cycles Gu a de preparaci n de reactivos de TruSeg Rapid SBS Kit 200 ciclos n de referencia 15036501 TruSeq Rapid SBS Kit Reagent Prep Guide 50 Cycles Gu a de preparaci n de reactivos de TruSeg Rapid
124. illa de reactivos para extraerla del compartimento de reactivos Retire la botella de reactivo ICB existente de la posici n 1 de la gradilla de reactivos y retire la tapa de embudo de la botella Coloque la tapa de embudo en la botella de ICB nueva y cargue la botella en la posici n 1 Aseg rese de que el extremo c nico de la botella est apoyado en la muesca de la base de la gradilla Deslice la gradilla de reactivos dentro del compartimento de reactivos y alinee la gradilla con la gu a elevada en el suelo del compartimento Baje los dispensadores e introd zcalos en las botellas de reactivos de secuenciaci n como se indica a continuaci n Gu a del usuario del sistema HiSeq 2500 81 Z e1njo97 e ered sonnoea ep eben Realizaci n de un experimento de TruSeq v3 82 a Tire del mango del dispensador hacia usted y b jelo b Inspeccione visualmente los dispensadores para asegurarse de que no se doblan cuando se bajan para introducirlos en las tapas de embudo c Suelte el mango del dispensador en la ranura del extremo inferior del canal 8 Cierre la puerta del compartimento de reactivos y a continuaci n seleccione Next Siguiente para reanudar el experimento N de referencia 15035786 Rev D ESP Realizaci n de un experimento r pido IMBTOUCCI N cnn nnnnnccccnnns 84 Flujo de trabajo de la secuenciaci n de experimento r pido occccccccccccccccccccccccccono 86 Tipos de experimento para qu mica de experimento
125. illumina Gu a del usuario del sistema HiSegqf 2500 a GGATAACAGTAACACACTTCTGT1 TTACTTGTTGATCCAC CGTATCAATTGAGACTAAATATT TACCATTAAGAGCTACCGTCTT AACCTTAAGATTACTIGATCCACTGATTCAACGTACCGI CACTGATTCAACG ACA CATACTICATCCACIGATICAACOTACOO PALEMA AACGTA AFCAAIGAGA CTAAATATTAACGT ACER AAGAGCTACCGTCTTCTGTT PATa AAGA ACT CATCCACT GATTCAACGTACCGTAACGA A O iS E NAA E Al CTGTTAACCTTAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAATTGAGACTAAATATTAACG ad ACCGTCTTCTG IA GATTACTTGATCCACTGATTCAACC TTGAGACTAAATAT TAACGTTGTTAACCTTAAGATTACT TGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTA TCAA TGA GAC TMAA MOCT ACCATTAAGAGCTTCTGTTAACCTT WN ACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTA TATCAATTGAGACTAAATAI TMACGTAGT TAAGO TTAAGATIACT GATOOAC GAL TCAACG IACOGTAAGGAAOGTO TTC TO IAACCTIAAGAL TACI IGATGCAGTGAT FCAACGTACCGTAACGAACGTAT E r EE y TTAACGTACCATTAAGAGCTACAACCTTAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAAT TGAGACTAAATATTAACGTACCATTAAGAGCTACCGTGCAACGACGAAAMAGAA AACAGTAACAC SATAACACTAA CACACTTCTGTTAACCTIAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAATTGAGACTAAATATTAACGT ACCAFTRAR GAGCTACCGTCTTCT TTAACOTTAA GA AC TOATCCACTOATTORACO GCTACCETGOAAGGAAAATRAOG TIMAGATTACTIGAICCACTGATTCARCGTACI TOTO PRACOTTAAGA TAO TT GATOCAC TOA TCAACOTAOCOTAACGAACGTATOAAT EGAGAC MAGO TACOOTOOAACGACGAMA CANTOS GCTACCG TGCAACGAAAATAACC TT Pala E PAE eds GATTCAACGT sio CTGTTAACCTI o A Ne TTGAGACTAAGCTACCGTGCAACGACGAAAAGAATGA GAAAAGAATGATAACAGTAACACACTTCTGT TAACCTIAAGATTACTIGATCCACTGATTCAACGT ACC AAAGAT
126. imento aparece en cada pantalla para ayudar a identificar el experimento en curso Introduzca un nombre de usuario Seleccione Next Siguiente Pantalla de configuraci n avanzada 92 1 Opcional Seleccione la casilla de verificaci n Confirm First Base Confirmar primera base Se genera un informe de primera base autom ticamente para cada experimento Al seleccionar esta opci n se abre el informe de primera base antes de continuar con el experimento Opcional En las casillas de verificaci n de Align to PhiX Alinear a PhiX anule la selecci n de la casilla de verificaci n de los carriles que no contienen PhiX De forma predeterminada se seleccionan todos los carriles para la alineaci n mediante el an lisis en tiempo real Tambi n puede optar por seleccionar los carriles de la imagen de la celda de flujo para a adir o eliminar carriles para la alineaci n de PhiX y NOTA No se requiere ning n carril de control espec fico con HCS v2 2 ni RTA v1 18 Por lo tanto la opci n para asignar un carril de control no est disponible con esta configuraci n de software Opcional Para TruSeq Rapid v1 Seleccione Keep Intensity Files Conservar archivos de intensidad para volver a realizar an lisis con posterioridad o personalizar el procesamiento N de referencia 15035786 Rev D ESP De forma predeterminada esta opci n no est seleccionada No es necesario guardar archivos de intensidad para el an lisis integrado
127. imiento para lavar el sistema Para obtener m s informaci n consulte Realizaci n de un lavado de mantenimiento en la p gina 118 2 Retire la celda de flujo de la platina de la celda de flujo 3 Con un pa o humedecido en alcohol o una toallita sin pelusa humedecida en etanol o isopropanol limpie con cuidado la superficie del soporte de la celda de flujo hasta que est limpia 4 y PRECAUCI N Procure que no entre alcohol en los orificios de vac o ni alrededor de los distribuidores Si es necesario utilice una toallita de laboratorio sin pelusa para secar la platina 4 Para los modos de rendimiento elevado Cargue 10 ml de agua de laboratorio en cada posici n de reactivo de las gradillas de reactivos A continuaci n sumerja los dispensadores 5 Para el modo de experimento r pido Cargue 10 ml de agua de laboratorio en cada posici n de reactivo y 1 ml de agua de laboratorio en cada posici n de la estaci n de carga A continuaci n sumerja los dispensadores 6 Apague el instrumento 7 Para reiniciar el instrumento cargue agua en todas las posiciones de reactivos encienda el instrumento y realice un lavado con agua Para obtener m s informaci n consulte Realizaci n de un lavado con agua en la p gina 122 Gu a del usuario del sistema HiSeq 2500 1 2 F o u wun sul jop opebedy 7 2 8 N de referencia 15035786 Rev D ESP An lisis en tiempo real INTO dUCCI N coccion care tia 130 Descripci n de an lisis
128. ior El an lisis en tiempo real proporciona criterios de medici n en tiempo real de la calidad de los experimentos guardados como archivos InterOp Los archivos InterOp son archivos binarios que contienen criterios de medici n relacionados con placas ciclos y lecturas para la visualizaci n de criterios de medici n en el visor del an lisis de secuenciaci n Para la visualizaci n de los criterios de medici n generados por el an lisis en tiempo real utilice el visor del an lisis de secuenciaci n v1 8 20 o una versi n posterior Para obtener m s informaci n consulte Archivos de salida de secuenciaci n en la p gina 141 Soluci n de errores de an lisis en tiempo real El an lisis en tiempo real mantiene archivos de registro en la carpeta RTALogs Si se produce un error este se registra en un archivo de registro de error denominado Error txt X NOTA i El software crea el archivo de registro de error solo si se produce un error Transferencia de datos 132 Durante el experimento el an lisis en tiempo real RTA copia de manera autom tica los datos generados a partir de los archivos de im genes sin procesar en la ubicaci n especificada para la carpeta de salida Si el an lisis de im genes se retrasa el an lisis en tiempo real RTA detiene el procesamiento y coloca la celda de flujo en un estado seguro El procesamiento se reanuda cuando los datos de las im genes est n disponibles N de referencia 15035786 Rev
129. iso otorgado al comprador en relaci n con este producto as como a reembolsar al comprador el valor depreciado tal como se muestra en los registros oficiales del comprador del producto devuelto en el momento de dicha devoluci n siempre que no se otorgue ning n tipo de reembolso para consumibles utilizados o caducados Esta secci n establece la responsabilidad total de Illumina por cualquier infracci n de derechos de propiedad intelectual de terceros Exclusiones de obligaciones de indemnizaci n por parte de Illumina Illumina no tiene la obligaci n de defender indemnizar ni eximir al comprador frente a ninguna reclamaci n por infracci n de Illumina en la medida en que dicha infracci n se deba a los siguientes casos i el uso de este producto en una manera O para un prop sito que se encuentre fuera del mbito de la finalidad de uso para investigaci n ii el uso de este producto en una manera que no sea conforme a sus especificaciones su documentaci n los derechos concedidos de manera expresa al comprador conforme estos t rminos y condiciones o cualquier infracci n por parte del comprador de estos t rminos y condiciones iii el uso de este producto junto con cualquier otro producto material o servicio no prestados por Illumina iv el uso de este producto para realizar un ensayo u otro proceso no proporcionado por Illumina o bien v el cumplimiento de las especificaciones o instrucciones por parte de Illumina para este producto
130. it v3 Reagent Prep Guide Gu a de preparaci n de reactivos de TruSeg SR Cluster Kit v3 n de referencia 15023335 Estas gu as incluyen instrucciones para preparar los cebadores de secuenciaci n incluidos en la caja TruSeq Dual Index Sequencing Primer Box Gu a del usuario del sistema HiSeq 2500 5 1 poau y uon Flujo de trabajo de la secuenciaci n de TruSeq v3 Prepare los reactivos SBS para los reactivos de indexaci n y la Lectura 1 T Mey Tras su preparaci n pese los reactivos f i s EOT Para obtener informaci n sobre la preparaci n de los reactivos consulte Pasos de preparaci n de los reactivos en la p gina 50 Con el software de control introduzca los par metros del experimento Cuando se le solicite cargue todos los reactivos SBS para la Lectura 1 Cargue los reactivos SBS para la Lectura 2 excepto ICB Cargue los reactivos de indexaci n Con una celda de flujo usada en el instrumento confirme el flujo correcto Cebe los reactivos SBS y mida los residuos de cebado Cargue la celda de flujo agrupada para secuenciaci n Confirme el flujo correcto Realizaci n de un experimento de TruSeq v3 Inicie el experimento de secuenciaci n Opcional Despu s del ciclo 1 revise el informe de primera base y despu s contin e con la Lectura 1 El experimento contin a como se ha especificado en los par metros del experimento Prepare los reactivos paired end y el ICB nuevo para la
131. ivos y la compatibilidad con los modos de experimento 1 2 Realice una lectura o introduzca el ID del kit de reactivos SBS En el caso de los experimentos paired end lea o introduzca el ID del kit de reactivos del kit de generaci n de grupos paired end Seleccione el kit de reactivos SBS para el experimento Seleccione 250 Cycles 250 ciclos para un kit de 250 ciclos Los ciclos restantes se establecen en 275 de forma predeterminada Seleccione 50 Cycles 50 ciclos para un kit de 50 ciclos Los ciclos restantes se establecen en 74 de forma predeterminada Seleccione Custom Personalizar para un kit parcial o varios kits de 50 ciclos En el campo Cycles Remaining Ciclos restantes introduzca el n mero de ciclos SBS que se espera que duren los reactivos y NOTA En el caso de los kits parciales el software cuenta el n mero de ciclos introducidos Cuando los ciclos est n en un nivel bajo el software le solicita cargar reactivos nuevos Seleccione Prime SBS Reagents Cebar reactivos SBS para cebar los reactivos antes de comenzar un experimento Cebe siempre los reactivos antes de cargar una nueva celda de flujo Seleccione Next Siguiente Pantalla de revisi n 1 2 Revise los par metros del experimento en la pantalla Review Revisi n Seleccione Next Siguiente para continuar o seleccione Back Atr s para modificar los par metros Gu a del usuario del sistema HiSeq 2500 2 Q ojusuedxe jep so1jeweJe
132. jo en posici n 1 f 1 2 Espere unos cinco segundos y a continuaci n mueva lentamente la palanca de la celda de flujo a la posici n 2 extremo derecho Cuando el color de la palanca de la celda de flujo sea verde fijo los distribuidores est n en posici n y la celda de flujo est lista para usarse Gu a del usuario del sistema HiSeq 2500 67 S0A1 9891 ap opegao ebp Realizaci n de un experimento de TruSeq v3 68 Figura 27 Palanca de la celda de flujo en posici n 2 p 7 Aseg rese de marcar la casilla de verificaci n Vacuum Engaged Vac o activado en la pantalla de carga de la celda de flujo para el cebado y a continuaci n seleccione Next Siguiente Confirmaci n de flujo correcto Un flujo correcto confirma que la celda de flujo y las juntas est n bien instaladas y el distribuidor est acoplado 1 Seleccione la soluci n 2 agua de laboratorio de la lista desplegable PRECAUCI N Utilice agua para confirmar que el flujo es correcto solo en una celda de flujo usada No use nunca agua para confirmar que el flujo es correcto en una celda de flujo agrupada 2 Confirme los siguientes valores predeterminados Volume Volumen 125 Aspirate Rate Velocidad de aspiraci n 250 Dispense Rate Velocidad de dispensaci n 2000 3 Seleccione Pump Dispensar 4 Inspeccione visualmente la celda de flujo para comprobar si hay burbujas en los carriles o fugas cerca de los distribuidores Si detect
133. kit de accesorios que contiene repuestos de la junta de celda de flujo y tapas de embudo para las botellas de reactivo SBS Pasos de preparaci n de los reactivos Antes de configurar el experimento prepare los reactivos SBS los reactivos de indexaci n y los reactivos paired end si procede Para la preparaci n de los reactivos SBS consulte la HiSeg SBS Kit v4 Reference Guide Gu a de referencia de HiSeq SBS Kit v4 n de referencia 15050108 Para la preparaci n de reactivos paired end y de indexaci n consulte la HiSeg Cluster Kit v4 Reference Guide Gu a de referencia de HiSeq Cluster Kit v4 n de referencia 15050104 Antes de configurar el experimento prepare todos los reactivos Cuando se lo solicite el software de control cargue todos los reactivos Si utiliza la qu mica de HiSeq v4 no tendr que volver al instrumento durante el experimento para cargar los reactivos 2 2 N de referencia 15035786 Rev D ESP Flujo de trabajo de secuenciaci n de HiSeq v4 F Mi Gu a del usuario del sistema HiSeq 2500 Prepare los reactivos para el experimento Tras su preparaci n pese los reactivos Para obtener informaci n sobre la preparaci n de los reactivos consulte Pasos de preparaci n de los reactivos en la p gina 22 Con el software de control introduzca los par metros del experimento Cuando se le solicite cargue todos los reactivos para el experimento e Cargue los reactivos SBS para la Lectura 1
134. l hasta que tenga el tama o aproximado de la celda de flujo Sujete con dos dedos los extremos de la celda de flujo agrupada Aseg rese de que los puertos de entrada y salida est n boca arriba Limpie cada lado de la celda de flujo con un solo movimiento de arrastre Repita doblando el pa o despu s de cada pasada hasta que la celda de flujo quede limpia Seque la celda de flujo con una toallita para limpiar lentes seca Proteja la celda de flujo del polvo hasta que vaya a cargarla en el instrumento Carga de la celda de flujo de secuenciaci n NOTA No sustituya las juntas del distribuidor Sustituya las juntas del distribuidor cuando el experimento de secuenciaci n haya finalizado y antes del lavado de mantenimiento Coloque la celda de flujo en el soporte de la celda de flujo con los puertos de entrada y salida hacia abajo y el c digo de barras en el lado derecho Aseg rese de que la flecha del extremo izquierdo de la celda de flujo se ale al instrumento Deslice suavemente la celda de flujo hacia los pasadores gu a superiores y derechos hasta que se detenga Gu a del usuario del sistema HiSeq 2500 4 3 ofni ap epjeo eun ap ebp Realizaci n de un experimento de HiSeq v4 Figura 19 Colocaci n de la celda de flujo contra los pasadores gu a superiores y derechos L i BO 0 1 2 A Pasador gu a superior B Pasadores gu a derechos yy NOTA y Retire las manos de la celda de flujo antes de accionar el
135. la de reactivos dentro del compartimento de reactivos y alinee la gradilla con la gu a elevada en el suelo del compartimento Si va a realizar un experimento single read de lectura individual baje los dispensadores e introd zcalos en los tubos de reactivos paired end de la siguiente Manera a Tire del mango hacia usted y a continuaci n b jelo b Inspeccione visualmente los dispensadores para asegurarse de que no se doblan cuando se bajan para introducirlos en los tubos c Suelte el mango en la ranura del extremo inferior del canal 10 Seleccione Next Siguiente Carga de reactivos paired end 1 2 Registre el peso de cada reactivo en el formulario de seguimiento del laboratorio Levante los dispensadores de la gradilla de reactivos paired end con el siguiente movimiento a Tire del mango hacia usted y a continuaci n lev ntelo b Suelte el mango en la ranura del extremo superior del canal Aseg rese de que el mango se encuentra colocado de forma segura en la ranura Deslice la gradilla de reactivos hacia el exterior del compartimento de reactivos con el mango de la gradilla Retire las tapas de todos los tubos de reactivos y coloque el tubo en la gradilla en la posici n numerada asociada o el color de la etiqueta correspondiente Tabla 4 Celdas de flujo paired end Posici n Reactivo Descripci n 10 FRM Mezcla para res ntesis r pida 11 FLM2 Mezcla para linealizaci n 2 13 AMS Mezcla para amp
136. lamada de bases Datal Intensities BaseCalls Phasing EmpiricalPhasing_ carril _ lectura _ placa txt La placa se representa con un n mero de cuatro d gitos que indica la superficie el sector y la placa Creado al inicio del experimento el archivo de configuraci n del an lisis en tiempo real contiene los par metros de configuraci n del experimento Data Intensities RTAConfiguration xml Estad sticas creadas en la llamada de bases para cada ciclo Data Intensities Basecalls1 LO0O X 1C X 1 Los archivos se almacenan en una carpeta para cada carril y una subcarpeta para cada ciclo Indica el nombre del experimento el n mero de ciclos de cada lectura si la lectura es una lectura indexada y el n mero de sectores y placas de la celda de flujo El archivo de informaci n del experimento se crea al inicio del experimento Carpeta ra z Run Info xml Una imagen en miniatura para cada canal y placa en cada sector de cada ciclo durante la adquisici n de im genes Thumbnail_Images1LO00 X 1C X 1 Los archivos se almacenan en una carpeta para cada carril y una subcarpeta para cada ciclo s_ carril _ placa _ canal jpg La placa se representa con un n mero de cuatro d gitos que indica la superficie el sector y la placa Consulte Numeraci n de placas en la p gina 145 N de referencia 15035786 Rev D ESP Estructura de carpetas de salida Config Ajustes de configuraci n del experimento 12 Data Inte
137. lificaci n r pida 14 FPM Premezcla de amplificaci n r pida 15 FDR Reactivo de desnaturalizaci n r pida contiene formamida 16 HP11 Cebador de secuenciaci n de la Lectura 2 Gu a del usuario del sistema HiSeq 2500 3 3 S0A1 989J ap opegeo ebp Realizaci n de un experimento de HiSeq v4 Si ha cargado reactivos de indexado para un experimento de un solo ndice FDR ya se encuentra cargada en la posici n 10 Si ha cargado los reactivos de indexado para un experimento de doble ndice FRM y FDR ya se encuentran cargadas en las posiciones 10 y 15 respectivamente 5 Coloque tubos c nicos de 15 ml con 10 ml de agua de laboratorio en posiciones que no se est n utilizando de la gradilla paired end 6 Deslice la gradilla de reactivos dentro del compartimento de reactivos y alinee la gradilla con la gu a elevada en el suelo del compartimento 7 Baje los dispensadores e introd zcalos en los tubos de reactivos paired end del siguiente modo a Tire del mango hacia usted y a continuaci n b jelo b Inspeccione visualmente los dispensadores para asegurarse de que no se doblan cuando se bajan para introducirlos en los tubos c Suelte el mango en la ranura del extremo inferior del canal 8 Seleccione Next Siguiente Cebado de reactivos Entre los pasos para cebar reactivos se incluyen los siguientes limpieza del soporte de la celda de flujo carga de una celda de flujo para el cebado confirmaci n de flujo correcto e
138. lte Realizaci n de un lavado de mantenimiento en la p gina 118 Check Comprobar Seleccione Check Comprobar para abrir la pantalla de comprobaci n de la flu dica y confirmar un flujo adecuado durante la instalaci n del instrumento o la soluci n de problemas relacionados con la flu dica Mode Select Selecci n de modo Seleccione Mode Select Selecci n de modo para cambiar los modos de experimento Los modos de experimento incluyen TruSeq v3 HiSeq v4 y el modo de experimento r pido Indicadores de actividad y del sensor La pantalla de bienvenida contiene una serie de iconos en la esquina inferior derecha de la pantalla que indican la actividad del instrumento y el estado de sus componentes espec ficos en funci n de sensores del instrumento Gu a del usuario del sistema HiSeq 2500 1 7 0093 basin ep asempyos Descripci n general Figura 7 Indicadores de actividad 50600006 De izquierda a derecha los indicadores de actividad representan los motores X Y y Z la funcionalidad de los componentes electr nicos la c mara el sistema de flu dica y las funciones de procesamiento Figura 8 Indicadores del sensor De izquierda a derecha los indicadores del sensor representan la temperatura de la celda de flujo A la temperatura del refrigerador de reactivos el estado de BaseSpace en la nube y la temperatura de la celda de flujo B Iconos de estado Los iconos de estado se encuentran ubicados en la esquina superior
139. lujo Los datos de la celda de flujo A se almacenan en la unidad D mientras que los datos de la celda de flujo B se almacenan en la unidad E Al final de cada ciclo de adquisici n de im genes de cada carril el software comprueba el espacio disponible en disco de las unidades D y E locales El software no comprueba la ubicaci n de la red durante el experimento Si el espacio en disco es inferior al umbral de seguridad el software pone en pausa el experimento y coloca la celda de flujo en un estado seguro Si hay poco espacio en el disco aum ntelo para continuar el experimento Cuando haya suficiente espacio en el disco se reanudar autom ticamente el experimento Gu a del usuario del sistema HiSeq 2500 1 5 O9SIp Je ua a qiuodsip ornedsy Descripci n general Descripci n de hoja de muestras 16 La hoja de muestras es un archivo generado por el usuario en formato csv que almacena informaci n sobre el experimento de secuenciaci n Cuando comienza el experimento el software copia la hoja de muestras en la carpeta del experimento que posteriormente se utiliza para su an lisis Las hojas de muestras son opcionales salvo si utiliza BaseSpace para realizar an lisis de datos ejecutar un experimento de indexaci n o prev supervisar el rendimiento de la demultiplexaci n con el visor del an lisis de secuenciaci n Utilice Ilumina Experiment Manager IEM para crear una hoja de muestras antes de comenzar el experimento
140. mprobaci n de flu dica Utilice esta opci n durante la instalaci n del instrumento y la soluci n de problemas con la flu dica 1 2 152 Cargue una celda de flujo usada en el instrumento Cargue ocho botellas de SBS con PW1 o con agua de laboratorio y cargue las botellas en la gradilla de reactivos correspondiente Cargue la gradilla en el instrumento Seleccione Check Comprobar en la pantalla Welcome Bienvenida Seleccione la soluci n 5 SB2 de la lista desplegable Si va a realizar una comprobaci n de flu dica con la celda de flujo usada seleccione la soluci n 2 que es agua Introduzca los siguientes valores predeterminados Volume Volumen 250 Para los modos de HiSeq v4 y TruSeq v3 Aspirate Rate Velocidad de aspiraci n 250 Para el modo de experimento r pido Aspirate Rate Velocidad de aspiraci n 1500 Dispense Rate Velocidad de dispensaci n 2000 Seleccione Pump Dispensar Si tiene que poner en pausa la comprobaci n de la flu dica seleccione Pause Pausa Inspeccione visualmente la celda de flujo para comprobar si hay burbujas en los carriles o fugas cerca de los distribuidores Si detecta una presencia excesiva de burbujas compruebe si las juntas del distribuidor est n obstruidas reduzca la velocidad de aspiraci n a 100 y bombee otros 250 ul de agua a la celda de flujo N de referencia 15035786 Rev D ESP BaseSpace no est disponible Si BaseSpace no est disponible abra Serv
141. n NOTA No sustituya las juntas del distribuidor Sustituya las juntas del distribuidor cuando el experimento de secuenciaci n haya finalizado y antes del lavado de mantenimiento Coloque la celda de flujo en el soporte de la celda de flujo con los puertos de entrada y salida hacia abajo y el c digo de barras en el lado derecho Aseg rese de que la flecha del extremo izquierdo de la celda de flujo se ale al instrumento Deslice suavemente la celda de flujo hacia los pasadores gu a superiores y derechos hasta que se detenga Gu a del usuario del sistema HiSeq 2500 T 3 ofni ap epjeo eun ap ebp Realizaci n de un experimento de TruSeq v3 Figura 32 Colocaci n de la celda de flujo contra los pasadores gu a superiores y derechos L IL 10 1 2 A Pasador gu a superior B Pasadores gu a derechos X w NOTA y Retire las manos de la celda de flujo antes de accionar el interruptor de vac o para evitar posibles desv os posteriores en la alineaci n 3 Mueva con cuidado la palanca de la celda de flujo a la posici n 1 lo que activar el vac o y fijar la celda de flujo en su posici n Cuando la palanca de la celda de flujo parpadee emitiendo una luz verde significa que el vac o est activado Si la palanca no muestra luz verde consulte Posibles problemas de configuraci n de experimentos en la p gina 149 Figura 33 Palanca de la celda de flujo en posici n 1 F 4 N de referencia 15035786 Rev D ESP
142. n 300 y no afectan al volumen administrado Retire los ocho tubos de residuos de la celda de flujo apropiada del contenedor de residuos No incluya los ocho tubos de la celda de flujo opuesta ni los tubos de la bomba de condensaci n Para los modos de rendimiento elevado Agrupe los ocho tubos de residuos con papel Parafilm y aseg rese de mantenerlos todos nivelados Introduzca los extremos de los tubos agrupados en una botella de 250 ml Para el modo de experimento r pido Coloque los extremos de los tubos 4 y 5 en un contenedor vac o Coloque los extremos de todos los dem s tubos en una botella de agua limpia para evitar que entre aire en las bombas de las jeringas Seleccione Next Siguiente para iniciar el lavado Una vez finalizado el lavado seleccione Return to Start Volver a iniciar Mida el volumen administrado NOTA Todas las botellas y los tubos se llenan hasta su capacidad correspondiente para garantizar que los dispensadores se enjuagan Sin embargo el volumen administrado para cada posici n var a de forma que las botellas y los tubos contienen vol menes diferentes cuando ha finalizado el lavado Posiciones Volumen administrado de la celda Volumen administrado de la de flujo de rendimiento elevado celda de flujo r pida 8 posiciones SBS 82 ml 29 ml 10 posiciones PE 76 ml 30 ml 1 posici n de biblioteca 12 ml Todas las posiciones 19 75 ml por carril 30 1 ml por carril Desenvuelva los tubos de residuos y d
143. n BioScience n de cat logo 16070 N de referencia 15035786 Rev D ESP Recursos adicionales Puede descargar la siguiente documentaci n en el sitio web de Illumina Recurso Gu a de preparaci n del centro de HiSeq 2500 1500 y 2000 n de referencia 15006407_ESP Gu a de cumplimiento y seguridad de HiSeg n de referencia 15012614 HiSeq Cluster Kit v4 Reagent Prep Guide Gu a de preparaci n de reactivos de HiSeq Cluster Kit v4 n de referencia 15050104 HiSeg Rapid Cluster Kit v2 Reagent Prep Guide Gu a de preparaci n de reactivos de HiSeg Rapid Cluster Kit v2 n de referencia 15059131 HiSeg SBS Kit v4 Reagent Prep Guide Gu a de preparaci n de reactivos de HiSeq SBS Kit v4 n de referencia 15050108 HiSeg Rapid SBS Kit v2 Reagent Prep Guide Gu a de preparaci n de reactivos de HiSeg Rapid SBS Kit v2 n de referencia 15058772 Desnaturalizaci n y diluci n de bibliotecas para HiSeq y GAllx n de referencia 15050107 Descripci n Proporciona especificaciones para el espacio del laboratorio los requisitos el ctricos y las cuestiones medioambientales Proporciona informaci n sobre el etiquetado del instrumento las certificaciones de conformidad y las cuestiones de seguridad seyeuo 9 pe sosinday Proporciona una descripci n del contenido del kit de generaci n de grupos e instrucciones para preparar los consumibles antes de un experimento de secuenciaci n Prop
144. na celda de flujo ooooooocccccccccccccccccccccccccccccnnccccccccnnnnccccccccnnnnccono 41 Monitorizaci n del experimento ooooocccoccccccccnnnnnnnnnnnn nn n nn nn nn nnnnnnnnnnnnnnnnes 47 J anar a o i 7 re a l rre gt y mi A 0 Gu a del usuario del sistema HiSeq 2500 2 1 Z onydep Realizaci n de un experimento de HiSeq v4 Introducci n Para realizar un experimento de HiSeq v4 en el HiSeq 2500 prepare todos los reactivos del experimento y a continuaci n el software le solicitar que configure el experimento Los pasos para la configuraci n del experimento incluyen la introducci n de los par metros del experimento la carga y el cebado de reactivos la carga de la celda de flujo y la realizaci n de una comprobaci n de flu dica Visite la p gina de especificaciones de HiSeq 2500 en el sitio web de Illumina para obtener m s informaci n acerca de la duraci n y otras especificaciones de rendimiento Consumibles para secuenciaci n de HiSeq v4 Nombre del kit Descripci n HiSeq v4 HiSeq SBS Kit v4 Contiene reactivos SBS que se utilizan en el HiSeq 2500 HiSeq PE Cluster Kitv4 Contiene reactivos de agrupaci n que se utilizan en el cBot y reactivos de indexaci n que se utilizan en el HiSeq 2500 o HiSeq SR Cluster Kit v4 La versi n PE del kit de generaci n de grupos incluye reactivos 8 grup y paired end que se utilizan en el HiSeq 2500 Cada kit de generaci n de grupos incluye un
145. nfirme que est cubierto por esta garant a Los consumibles reparados o sustituidos ofrecen una garant a de 30 d as El hardware se puede reparar o sustituir por un hardware o componentes funcionalmente equivalentes reacondicionados o nuevos solo si un componente del hardware no cumple las especificaciones Si el hardware se sustituye en su totalidad el per odo de garant a correspondiente a la sustituci n es de 90 d as a partir de la fecha de env o o el per odo restante de la garant a del hardware original lo que sea m s breve Si solo se repara o sustituye un componente el per odo de garant a de dicho componente ser de 90 d as a partir de la fecha de env o o el per odo restante de la garant a del hardware original lo que finalice antes Las Gu a del usuario del sistema HiSeq 2500 V anteriores disposiciones establecen la nica soluci n del comprador y las nicas obligaciones de Illumina conforme a la garant a que se otorga por la presente Productos de terceros y garant a Illumina no tiene ninguna obligaci n de garant a en relaci n con ning n producto procedente de un tercero y que se suministre al comprador de acuerdo con los presentes t rminos y condiciones Los productos de terceros son aquellos que est n etiquetados o se comercializan con el nombre de un tercero La garant a de los productos de terceros si la hubiera la proporciona el fabricante original Mediante una solicitud por escrito Illumina intentar
146. nsities gt BaseCalls LOO X Archivos de llamadas de bases para cada carril agregados en un archivo por ciclo Phasing Archivos emp ricos de hebras un archivo por placa en cada ciclo gt LOO X Archivos de ubicaci n de grupos agregados para cada carril gt Offsets Dos archivos de ajustes para el experimento El RTAConfiguration xml Images Focus LOO X Im genes de enfoque para cada carril InterOp Archivos binarios utilizados por el visor del an lisis de secuenciaci n Logs Archivos de registro que describen los pasos operativos Recipe Archivo de f rmulas espec fico del experimento con el nombre del ID del cartucho de reactivo RTALogs Archivos de registro que describen los eventos del an lisis en tiempo real Thumbnail_Images Im genes en miniatura de 9 ubicaciones de cada placa generadas para cada ciclo y base Runinfo xml El RunParameters xml Gu a del usuario del sistema HiSeq 2500 1 A 3 epIjes ap sejed es ap elnjon1 s3 An lisis en tiempo real Nombre y ruta de la carpeta del experimento 144 La carpeta del experimento es la carpeta ra z para los resultados de un experimento de secuenciaci n Durante la configuraci n del experimento el software le solicita que introduzca la ruta de la carpeta del experimento De manera predeterminada la carpeta se denomina con el siguiente formato AAMMDD_ lt Nombre del ordenador gt _ lt N mero del experime
147. ntenimiento en modo r pido Especificaci n Lavado de mantenimiento r pido Tipo de celda de flujo Celda de flujo r pida dos carriles Junta de celda de flujo Junta de 8 puertos o junta de 10 puertos Reactivos Tween 20 y ProClin 300 Vol menes esperados ml 60 2 ml Tiempo minutos 60 minutos Cambio del modo de experimento r pido al modo de rendimiento elevado El cambio del modo de experimento r pido a un modo de rendimiento elevado HiSeq v4 o TruSeq v3 requiere un lavado de mantenimiento en modo r pido seguido de un lavado de mantenimiento de rendimiento elevado 1 2 4 N de referencia 15035786 Rev D ESP Especificaci n Tipo de celda de flujo Junta de celda de flujo Vol menes esperados ml Tiempo minutos Tiempo total de cambio de modo Gu a del usuario del sistema HiSeq 2500 Lavado de mantenimiento r pido Celda de flujo r pida dos carriles Junta de 8 puertos o junta de 10 puertos 60 2 ml 60 minutos Lavado de mantenimiento de rendimiento elevado Celda de flujo de rendimiento elevado ocho carriles Junta de 8 puertos o junta de 10 puertos 158 ml 130 minutos 3 horas 123 p sSOpou ap oIquues so uU0O INBISuanoas a Procedimientos posteriores al experimento Inactividad del instrumento 126 Siga estas instrucciones para preparar el instrumento para que permanezca inactivo durante un m ximo de 10 d as Para los plazos de tiempo superiores a 10 d as c
148. nto Complete For Read S El experimento se reanuda al comienzo de Completo para la siguiente lectura lectura Immediate Stop Detenci n No option No hay No inmediata opci n 1 Desde la pantalla Run Overview Resumen del experimento seleccione Stop Detener El men de detenci n se abre Figura 53 Detenci n del experimento Normal Stop En Norn Stop End of C 2 Seleccione una de las siguientes opciones de detenci n 1 5 A N de referencia 15035786 Rev D ESP 3 Seleccione una opci n de detenci n Normal Stop End of LaneChemistry Detenci n normal Final de carril qu mica Detiene solo el experimento despu s de que se haya finalizado la qu mica actual o el comando de procesamiento de im genes y a continuaci n coloca la celda de flujo en un estado seguro Normal Stop End of Cycle Detenci n normal Final de ciclo Detiene solo el experimento despu s de que se haya finalizado el ciclo actual y a continuaci n coloca la celda de flujo en un estado seguro Immediate Stop Detenci n inmediata Detiene el experimento sin finalizar la operaci n actual y no coloca la celda de flujo en un estado seguro No puede reanudar un experimento que se detuvo con la opci n de detenci n inmediata 4 Seleccione una de las siguientes opciones de an lisis en tiempo real Keep As Is Dejar tal cual El experimento se detiene sin ninguna modificaci n en el an lisis en tiempo real El experimento puede reanud
149. nto gt _ lt ID de la celda de flujo gt Ejemplo 110114_SN106_0716_A90095ACXX El n mero del experimento aumenta en incrementos de uno cada vez que realiza un experimento en el instrumento El ID de la celda de flujo introducido durante los pasos de configuraci n del experimento se a ade al nombre de la carpeta del experimento La carpeta del experimento se guarda en la ruta de salida especificada en la pantalla Scan Lectura durante la configuraci n del experimento La carpeta del experimento temporal para la celda de flujo A se guarda en la unidad D y la carpeta del experimento temporal para la celda de flujo B se guarda en la unidad E N de referencia 15035786 Rev D ESP Numeraci n de placas La celda de flujo de rendimiento elevado de HiSeq se digitaliza en 96 placas en cada carril inferior y superior para cada ciclo Cada carril tiene tres sectores con 16 placas por sector La celda de flujo r pida se digitaliza en 64 placas Cada carril tiene dos sectores con 16 placas por sector El nombre de la placa contiene un n mero de cuatro d gitos que representa la posici n en la celda de flujo El primer d gito representa la superficie 1 para la parte superior 2 para la parte inferior El segundo d gito representa el sector 1 para el primer sector 2 para el segundo sector 3 para el tercer sector seg n sea necesario s NOTA f Un sector es una columna de placas dentro de un carril de la celda de flujo Los ltimos dos
150. nto y la cadena molde de la biblioteca preparada Para la generaci n de grupos en el cBot Cargue todos los reactivos del experimento Con una celda de flujo usada en el instrumento confirme el flujo correcto Para la generaci n de grupos en el cBot Cebe los reactivos SBS y mida los residuos del cebado Inicie el experimento de secuenciaci n Despu s del ciclo 1 inspeccione el informe de primera base ajuste opcional y a continuaci n contin e con la Lectura 1 El experimento de secuenciaci n contin a a trav s del an lisis PE y la Lectura 2 sin necesidad de intervenci n Una vez finalizado el experimento descargue y pese los reactivos Lleve a cabo un lavado con agua posterior al experimento N de referencia 15035786 Rev D ESP Tipos de experimento para qu mica de experimento r pido En las siguientes tablas se muestran los tipos de experimentos de secuenciaci n y el n mero de ciclos posibles para cada lectura cuando se utiliza la qu mica de experimento r pido Utilice esta informaci n a modo de referencia a la hora de configurar el experimento Tabla 10 HiSeq Rapid SBS Kit v2 Tipo de Ciclos Ciclos de Ciclos de Ciclos Ciclos experimento de lectura lectura de totales Lectura 1 de ndice 1 17 de ndice 2 i5 Lectura 2 Lectura individual no indexada Lectura individual un solo ndice Lectura individual doble ndice Paired end no indexada Paired end un solo ndice Paired
151. o Realizaci n de un experimento r pido Informe de primera base Si ha seleccionado la opci n Confirm First Base Confirmar primera base durante la configuraci n del experimento se abrir el cuadro de di logo de confirmaci n de primera base autom ticamente tras finalizar la adquisici n de im genes del primer ciclo El experimento se pone en pausa en este paso 1 Revise el informe de primera base del cuadro de di logo de confirmaci n 2 Silos resultados son satisfactorios seleccione Continue Continuar 1 1 D N de referencia 15035786 Rev D ESP Procedimientos posteriores al experimento Una vez finalizado el experimento descargue y pese los reactivos y a continuaci n lave el instrumento Si desea obtener m s informaci n consulte Procedimientos posteriores al experimento en la p gina 115 Gu a del usuario del sistema HiSeq 2500 1 1 3 ojuauLledXa p UOIDBZLIOJUO A 1 1 A N de referencia 15035786 Rev D ESP Procedimientos posteriores al experimento q TA a a a a a a a E 116 Descarga y c lculo del peso de los reactivos ooocccccccccccccccccccccccccnccccccccccnnos 117 Realizaci n de un lavado de mantenimiento coco coccccccccccccccccccccccco 118 Realizaci n de un lavado CON agua ooccccccccccccccccconocccccccnnnnncccccnnnnnnccccncnnnnccos 122 Cambio de modos de secuenciaci n oooocccccccccccccccccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncnonocess 124 Inactividad del instrumento o oooocccccccccccccccc
152. o introduzca el n mero de ciclos para las lecturas del ndice Las longitudes de lectura no tienen por qu ser id nticas Confirme los siguientes par metros de qu mica predeterminados Estos campos se completan autom ticamente en funci n de la opci n de tipo de ndice seleccionada a SBS HiSeq SBS Kit v4 b Index ndice HiSeq v4 Single Index Un solo ndice de HiSeq v4 o HiSeq v4 Dual Index Doble ndice de HiSeq v4 c PE turnaround Respuesta PE HiSeq PE Cluster Kit v4 Opcional Seleccione la casilla de verificaci n Use Existing Recipe Usar f rmula existente para utilizar una f rmula personalizada Tambi n puede dejar que el software cree la f rmula a partir de los par metros del experimento introducidos Pantalla de hoja de muestras 29 Las hojas de muestras son opcionales a menos que utilice BaseSpace para realizar an lisis de datos o ejecutar un experimento indexado 1 2 Seleccione Browse Examinar para navegar hasta la ubicaci n de la hoja de muestras Seleccione Next Siguiente NOTA El software de control de HiSeq v2 2 permite un esquema de indexaci n diferente en cada carril N de referencia 15035786 Rev D ESP Pantalla de reactivos La pantalla Reagents Reactivos registra informaci n sobre los kits de reactivos utilizados para el experimento El ID del kit de reactivos el n mero de c digo de barras comienza por RGT se utiliza para determinar el tipo del kit de react
153. o del proceso Cuando avanza una placa el an lisis en tiempo real genera un archivo para el paso finalizado y a continuaci n inicia el siguiente paso Por tanto el software puede determinar el estado de cada placa en funci n de los archivos que existan Si ha finalizado el an lisis en tiempo real este guarda los datos del experimento y puede reanudar el procesamiento Entradas de an lisis en tiempo real El an lisis en tiempo real requiere los siguientes archivos de entrada Archivos de intensidad de grupos que contienen los resultados de los an lisis de im genes Runinfo xml que el software de control genera autom ticamente al inicio del experimento A partir de este archivo el an lisis en tiempo real lee el nombre del experimento el n mero de ciclos si una lectura ha sido indexada y el n mero de placas de la celda de flujo HiSeq Configuration xml que es un archivo de configuraci n del instrumento en el formato XML RTA exe config que es un archivo de configuraci n de software en formato XML El an lisis en tiempo real utiliza los par metros del experimento introducidos durante su configuraci n y recibe los comandos del software de control que incluyen informaci n sobre cu ndo iniciarlo y la ubicaci n de RunInfo xml Salidas de an lisis en tiempo real Las placas son peque as reas de adquisici n de im genes en la celda de flujo definidas como un campo de visi n por la c mara Para cada placa que se analiza
154. onsulte Apagado del instrumento en la p gina 127 1 Realice un lavado de mantenimiento completo para llenar completamente el sistema Para obtener m s informaci n consulte Realizaci n de un lavado de mantenimiento en la p gina 118 Deje la celda de flujo en la platina de la celda de flujo con la palanca de la celda de flujo en la posici n 2 Los distribuidores quedar n levantados Para los modos de rendimiento elevado Cargue 10 ml de agua de laboratorio en cada posici n de reactivo de las gradillas de reactivos A continuaci n sumerja los dispensadores Para el modo de experimento r pido Cargue 10 ml de agua de laboratorio en cada posici n de reactivos de las gradillas de reactivos y 1 ml de agua de laboratorio en cada posici n de la estaci n de carga A continuaci n sumerja los dispensadores No apague el instrumento Antes de volver a utilizar el instrumento realice un lavado con agua Para obtener m s informaci n consulte Realizaci n de un lavado con agua en la p gina 122 N de referencia 15035786 Rev D ESP Apagado del instrumento Apague el instrumento solo si no tiene pensado utilizarlo en un periodo de diez d as como m nimo Si tiene pensado utilizar el instrumento en un periodo de diez d as como m ximo consulte Inactividad del instrumento en la p gina 126 Lleve a cabo el siguiente procedimiento para preparar de forma segura la flu dica y apagar el sistema 1 Realice un lavado de manten
155. orciona una descripci n del contenido del kit de grupos r pido e instrucciones para preparar los consumibles antes de un experimento de secuenciaci n r pido Proporciona una descripci n del contenido del kit de SBS e instrucciones para preparar los consumibles antes de un experimento de secuenciaci n Proporciona una descripci n del contenido del kit de SBS r pido e instrucciones para preparar los consumibles antes de un experimento de secuenciaci n r pido Proporciona instrucciones para la desnaturalizaci n y diluci n de bibliotecas preparadas para un experimento de secuenciaci n y la preparaci n de un control PhiX Este paso se aplica a la mayor a de los tipos de bibliotecas Visite la p gina de asistencia de HiSeq 2500 en el sitio web de Illumina para acceder a la documentaci n las descargas de software la formaci n en l nea y las preguntas frecuentes Gu a del usuario del sistema HiSeq 2500 19 20 N de referencia 15035786 Rev D ESP Realizaci n de un experimento de HiSeq v4 laige 0e eilo a MO EE 22 Flujo de trabajo de secuenciaci n de HiSeq v4 o oocccccccccccccccccccccccccnnccccccccnnnnccono 23 Tipos de experimentos para qu mica de HIS Q v4 o ooccccccccccccccccccccccccccccccccccccnnno 24 Introducci n de par metros del experimento oocccooccccccccccccccccccccccccccccccnncccccono 25 Carga y cebado de reactivos ooccocccccccccccccccccccccconccccnnncnnnnnnnnnnnnnnnnncnnnnnncnns 30 Carga de u
156. poco se comunicar n divulgar n ni reproducir n en ninguna otra forma sin el consentimiento previo por escrito de Illumina Illumina no transfiere mediante este documento ninguna licencia bajo sus derechos de patente marca comercial derechos de autor ni consuetudinarios ni derechos de terceros similares La licencia del software se otorga bajos los t rminos y condiciones del Acuerdo de licencia del software de secuenciaci n de Illumina en un documento separado Si no est de acuerdo con los t rminos y condiciones que figuran en dicho acuerdo Illumina no le otorgar la licencia del software y no podr utilizar ni instalar el software Para garantizar el uso correcto y seguro de los productos aqu descritos el personal cualificado y adecuadamente capacitado debe seguir sus instrucciones de manera rigurosa y expresa Se debe leer y entender completamente todo el contenido de este documento antes de usar estos productos SINO SE LEEN COMPLETAMENTE NI SE SIGUEN EXPRESAMENTE TODAS LAS INSTRUCCIONES AQU CONTENIDAS PODR AN PRODUCIRSE DA OS EN LOS PRODUCTOS LESIONES EN PERSONAS USUARIOS O TERCEROS Y DA OS EN OTRA PROPIEDAD ILLUMINA NO ASUME NINGUNA RESPONSABILIDAD QUE SE DERIVE DEL USO INCORRECTO DE LOS PRODUCTOS AQU DESCRITOS INCLUIDAS LAS PIEZAS O EL SOFTWARE NI DEL USO DE DICHOS PRODUCTOS FUERA DEL MBITO DE LAS LICENCIAS EXPRESAS ESCRITAS O LOS PERMISOS OTORGADOS POR ILLUMINA EN RELACI N CON LA ADQUISICI N DE DICHOS PRODUCTOS POR
157. r pido oooooocccccccccccccccccccccnno 87 Comprobaci n del volumen previa al experimento ooooccccccccccccccccccccccccccccccccccooo 89 Introducci n de par metros del Experimento ooooccocccccccccccccccccccccocccccccccnnnncccono 90 Carga y cebado de reactivos o ocococccccccccccccccccccccccncccnnnnnnnnnn nn nn nn cnnnnncnnnnncnns 96 Carga de una celda de flujo oooooocccccccccccccccccccccccccccnnnncccccnnnnnncccccnnnnnnccnnnns 106 Monitorizaci n del experimento ooo cnn 112 gi Gu a del usuario del sistema HiSeq 2500 8 3 y omnydes Realizaci n de un experimento r pido Introducci n El modo de experimento r pido proporciona dos opciones para el paso de la generaci n de grupos en el cBot o en el HiSeq 2500 La generaci n de grupos en el cBot permite dos bibliotecas una por cada carril en la celda de flujo r pida de dos carriles Tras la hibridaci n de la plantilla y la primera extensi n en el cBot el resto del proceso de la generaci n de grupos se lleva a cabo en el HiSeq Tras la preparaci n de los reactivos entre los pasos de configuraci n del experimento se incluyen la introducci n de los par metros del experimento la carga y el cebado de los reactivos la carga de la celda de flujo y la realizaci n de una comprobaci n de flu dica Si la generaci n de grupos se realiza en HiSeq 2500 se omite el paso de cebado de reactivos en los pasos de configuraci n del experimento Visite la p gina de espec
158. r instrumento 127 archivo de configuraci n an lisis en tiempo real 131 142 archivo RTA exe config 131 archivos de estad sticas 131 archivos de filtro 131 141 archivos de llamadas de bases 131 141 archivos de registro an lisis en tiempo real 141 archivos de salida 141 llamadas de bases 131 ubicaciones de grupos 131 archivos InterOp 131 142 archivos locs 141 asistencia al cliente 167 asistencia t cnica 167 ausencia de llamadas 138 ayuda documentaci n 19 Gu a del usuario del sistema HiSeq 2500 B BaseSpace hoja de muestras 28 59 hojas de muestras 16 C carga de celda de flujo urbujas fugas 38 45 68 75 celda de flujo para secuenciaci n 43 09119488 ao1pu carga de reactivos 31 33 pesaje 30 posiciones de SBS 30 tapas de embudo 30 cargar celda de flujo cebar celda de flujo 36 66 cargar reactivos 80 96 consumibles 30 PWI en posici n 2 30 carpeta de salida ubicaci n predeterminada 13 cebado preparaci n 39 69 105 volumen de residuo 105 cebar volumen de residuos 39 69 celda de flujo cargar 41 71 106 T ue superan el filtro 138 e celda de flujo 89 ID de la celda de flujo 26 56 91 limpiar 43 73 108 matriz aleatoria 138 numeraci n de placas 145 palanca 36 43 66 73 102 108 soluci n de problemas 149 soporte de celda de flujo 34 64 101 163 Indice alfab tico r celda de flujo de tramas posiciones de grupo 136 ciclos supervisar 47 77 112 compartimento de flu dica
159. ratorio en posiciones de la gradilla que no se est n utilizando 7 Deslice la gradilla de reactivos dentro del compartimento de reactivos y alinee la gradilla con la gu a elevada en el suelo del compartimento 8 Baje los dispensadores e introd zcalos en los tubos de la gradilla de reactivos paired end de la siguiente manera a Tire del mango hacia usted y a continuaci n b jelo sin dejar de tirar b Inspeccione visualmente los dispensadores para asegurarse de que no se doblan cuando se bajan para introducirlos en los tubos c Suelte el mango en la ranura del extremo inferior del canal 9 Cierre la puerta del compartimento de reactivos 10 Seleccione Next Siguiente Cebado de reactivos Entre los pasos para cebar reactivos se incluyen los siguientes limpieza del soporte de la celda de flujo carga de una celda de flujo para el cebado confirmaci n de flujo correcto e inicio del cebado Limpieza del soporte de la celda de flujo 1 Abra la puerta del compartimento de la celda de flujo 4 PRECAUCI N y No coloque l quidos sobre la puerta del compartimento de la celda de flujo o en la platina de la celda de flujo cuando la puerta est abierta Los derrames en esta zona pueden da ar el instrumento 2 Compruebe que la palanca de la celda de flujo est en posici n OFF Desactivada 6 A N de referencia 15035786 Rev D ESP Figura 23 Palanca de la celda de flujo en posici n 0 3 Utilice un nuevo par de guantes de
160. rige los efectos de la hebra retrasada y la hebra adelantada mediante el uso del algoritmo de correcci n emp rica de hebras que maximiza la calidad de datos en cada ciclo durante el experimento Gu a del usuario del sistema HiSeq 2500 1 37 ea oduua Us sisipeue j p ofeqe1 ap ofnj4 An lisis en tiempo real Los resultados de hebra retrasada y hebra adelantada se registran en el archivo llamado EmpiricalPhasing_ carril _ lectura _ placa txt que se encuentra en la carpeta Data Intensities BaseCalls Phasing Llamada de bases Tras corregir el color de las intensidades sin procesar y corregir la hebra retrasada y la hebra adelantada el canal de color con mayor intensidad es la llamada de bases para ese grupo en ese ciclo La llamada de bases en el HiSeq 2500 mediante el an lisis en tiempo real empieza tras el ciclo 12 La llamada de bases determina una base A C G o T para cada grupo de una placa determinada en un ciclo espec fico Las llamadas de bases se guardan en archivos de llamadas de bases bcl que son archivos binarios con 1 byte por llamada y puntuaci n de calidad El archivo de llamada de bases contiene la llamada de bases y la puntuaci n de calidad asociada Para realizar una llamada de bases los grupos deben superar antes el filtro de castidad Los grupos que no superan el filtro o a los que no se puede llamar porque est n sin imagen o falla el registro de imagen se etiquetan como ausencia de llamadas La
161. rte N de referencia 15035786 Rev D ESP sobre la defensa y arreglo de cualquier reclamaci n o demanda iii no admisi n de la infracci n de ning n derecho de propiedad intelectual sin el consentimiento previo por escrito de la otra parte iv la no negociaci n de ning n acuerdo o compromiso en relaci n con dicha reclamaci n o demanda sin el consentimiento previo por escrito de la otra parte y v la prestaci n de asistencia razonable a la otra parte en la defensa de la reclamaci n o demanda siempre que la parte reembolse a la parte indemnizada los gastos razonables complementarios que se deriven de la prestaci n de dicha asistencia e Productos de terceros e indemnizaci n Illumina no tiene ninguna obligaci n de indemnizaci n en relaci n con ning n producto procedente de un tercero y que se suministre al comprador Los productos de terceros son aquellos que est n etiquetados o se comercializan con el nombre de un tercero Los derechos de indemnizaci n del comprador si los hubiera en relaci n con los productos de terceros ser n conforme a la indemnizaci n del propietario de la patente o del fabricante original Mediante una solicitud por escrito Illumina intentar transferir dicha indemnizaci n si la hubiera al comprador Gu a del usuario del sistema HiSeq 2500 VI N de referencia 15035786 Rev D ESP N de referencia 15035786_ESP 15035786_ESP Historial de revisiones Rev D C Fecha Noviem
162. se sli lsis ico 7 Software de HiSeq 2500 ccccocodenonesccaroccin catre ideas 9 Espacio disponible en el iSCO o oooooccccccccccccccccccccnnncccccccccnnnnnrnnnnccnnnnnnnnnnccos 15 Descripci n de hoja de MuestraS ooocccccccccccccccccccnoccccccccnnncccccccnnnncccccccnnnncces 16 Consumibles para secuenciaci n oocccccccccccccccccccccccccccnnncccccccnnnnncccccncnnnnccino 17 Recursos adicionales isses reoeo kak a a a a a ai daa nn cnn nn cnn 19 b i rr 2 Mi O e aa as qf re m ahto Tarro Gu a del usuario del sistema HiSeq 2500 1 L omydeo Descripci n general Introducci n El sistema HiSeq combina la tecnolog a m s avanzada con tecnolog a SBS probada para establecer nuevos est ndares de resultados sencillez y rentabilidad HiSeq 2500 incluye las siguientes caracter sticas Adquisici n de im genes de las dos superficies HiSeq 2500 utiliza un sistema de epifluorescencia de cuatro c maras con una tecnolog a de adquisici n de im genes innovadora que permite la adquisici n de im genes de las dos superficies Dobles celdas de flujo HiSeq 2500 es un sistema de doble celda de flujo que permite la secuenciaci n simult nea de una celda de flujo o de dos celdas de flujo con diferentes longitudes de lectura Generaci n de grupos integrada en el instrumento HiSeq 2500 ofrece la opci n de un modo de experimento r pido que incluye la generaci n de grupos integrada en el instrumento Refrigerador de re
163. sibilidad de sublicencia de acuerdo con la PI com n de Illumina en vigor en la fecha de env o de este producto por parte de Illumina con el nico fin de utilizar este producto en las instalaciones del comprador para los fines de investigaci n interna de este que incluye los servicios de investigaci n prestados a terceros y solo conforme a la documentaci n de este producto pero queda excluido de manera espec fica cualquier uso que a requiriera derechos o una licencia por parte de Illumina sobre una PI de aplicaciones espec ficas b constituya un nuevo uso de un consumible utilizado previamente c constituya el desmontaje la ingenier a inversa la compilaci n inversa o el montaje inverso de este producto d constituya la separaci n la extracci n o el aislamiento de los componentes de este producto o de otros an lisis no autorizados de este producto e conceda acceso a los m todos de funcionamiento de este producto o determine dichos m todos f constituya el uso de consumibles o reactivos que no sean de Illumina con el hardware de Illumina no se aplica si las especificaciones o la documentaci n disponen lo contrario o bien g constituya la transferencia a un tercero o la sublicencia del software o cualquier software de terceros Todo el software ya se proporcione por separado se instale o se incorpore en un producto se otorga en forma de licencia al comprador y no se vende Salvo que se estipule de manera expresa en esta se
164. sos de control de calidad y fabricaci n est ndar de Illumina Illumina no garantiza que los consumibles personalizados funcionen de manera prevista por el comprador o para los usos previstos del comprador b Garant a del hardware Illumina garantiza que el hardware siempre que no se trate de componentes actualizados cumplir sus especificaciones durante un per odo de 12 meses tras la fecha de env o por parte de Illumina a menos que el hardware incluya la instalaci n ofrecida por Illumina en cuyo caso el per odo de garant a comienza en la fecha de instalaci n o 30 d as despu s de la fecha de env o lo que ocurra primero Garant a b sica del hardware El t rmino componentes actualizados hace referencia a los componentes las modificaciones o las mejoras de Illumina en el hardware que el comprador haya adquirido previamente Illumina garantiza que los componentes actualizados cumplir n sus especificaciones durante un per odo de 90 d as a partir de la fecha de instalaci n de dichos componentes actualizados Los componentes actualizados no ampl an el per odo de garant a del hardware a menos que la actualizaci n la haya llevado a cabo Illumina en las instalaciones de Illumina en cuyo caso el hardware actualizado enviado al comprador incorporar una garant a b sica del hardware c Exclusiones de la cobertura de la garant a Las anteriores garant as no se aplican en la medida en que un incumplimiento se deba a i un abuso uso
165. st en funcionamiento el naranja indica que el instrumento necesita Gu a del usuario del sistema HiSeq 2500 3 00Sz basiH ep sajuasuoduuos Descripci n general atenci n y el verde indica que el instrumento est listo para empezar el siguiente experimento E Compartimento de reactivos Contiene gradillas de reactivos que contienen a su vez los reactivos necesarios para los experimentos de secuenciaci n y soluciones de lavado para el lavado del instrumento Compartimento de reactivos El compartimento de reactivos es un refrigerador de reactivos de alta capacidad que contiene tres gradillas de reactivos dos para reactivos SBS y una para reactivos de agrupaci n indexaci n y paired end Los mangos de los dispensadores bajan los dispensadores y los introducen en las botellas de reactivo Gradillas de reactivos SBS Albergan botellas c nicas de 250 ml La gradilla de reactivos de la celda de flujo A se encuentra en la posici n central y la gradilla de la celda de flujo B se encuentra en la posici n m s a la derecha Cada gradilla de reactivos tiene posiciones numeradas que se corresponden con las conexiones en una v lvula selectora de reactivos interna Gradilla de reactivos de agrupaci n indexaci n y paired end La gradilla de reactivos situada a la izquierda de las gradillas A y B tiene dos filas de posiciones numeradas que albergan tubos c nicos de 15 ml que contienen los reactivos paired end de agrupaci n y de inde
166. t NOTA No extraiga nunca la unidad flash DoNotEject ubicada dentro del chasis del instrumento ni modifique los archivos dentro de dicha unidad Esta unidad contiene archivos de configuraci n del hardware y se inicia cada vez que el instrumento est encendido Para asegurarse de que queda espacio suficiente en el disco archive en una ubicaci n de red los datos de experimentos anteriores guardados en el ordenador Abra el Software de control de HiSeq HCS con el icono de acceso directo situado en el escritorio del ordenador El software de control tarda unos minutos en inicializarse Cuando se inicializa el software se abre la pantalla Mode Select Selecci n de modo y aparece el icono de inicializaci n en la esquina inferior derecha de la pantalla Pr cticas recomendadas del instrumento y el ordenador de control No encienda el ordenador mientras el instrumento est en funcionamiento Encienda siempre el ordenador antes de encender el instrumento No apague nunca el instrumento mientras se est ejecutando el software de control del instrumento Gu a del usuario del sistema HiSeq 2500 T 009z basiH ap Olu Descripci n general Espere un minuto tras apagar el instrumento y antes de volver a encenderlo Conecte los cables USB del instrumento el monitor y el teclado en la parte posterior del ordenador antes de encender el ordenador Conecte el lector de c digos de barras y el rat n en los puertos USB de la parte delanter
167. te a este producto incluido entre otros los prospectos y cualquier otro tipo de documentaci n que se adjunte a este producto al que el producto haga referencia o que se encuentre en el embalaje vigentes en la fecha de env o de Illumina La documentaci n incluye este documento Hardware engloba los instrumentos accesorios o perif ricos de marca Illumina Illumina hace referencia a Illumina Inc o a un afiliado de Ilumina seg n corresponda Producto comprende el producto al que se adjunta este documento por ejemplo hardware consumibles o software Comprador es la persona o entidad que adquiere de manera legal y correcta este producto de Illumina o de un distribuidor autorizado de Illumina Software hace referencia al software de marca Illumina por ejemplo el software que opera el hardware o el software de an lisis de datos Todo el software se concede mediante licencia y no se vende al tiempo que puede estar sujeto a t rminos adicionales que figuren en el acuerdo de licencia del usuario final del software Especificaciones incluye las especificaciones escritas de Illumina con respecto a este producto vigentes en la fecha de env o del producto por parte de Illumina Derechos para uso exclusivo en investigaci n De conformidad con estos t rminos y condiciones y a menos que se acuerde lo contrario por escrito con un directivo de Illumina al comprador solo se le concede un derecho no exclusivo no transferible personal y sin po
168. tema HiSeq 2500 3 5 S0A1 9891 ap opegao ebp Realizaci n de un experimento de HiSeq v4 Carga de una celda de flujo para el cebado En la pantalla Load Prime Flow Cell Cargar celda de flujo para el cebado cargue la celda de flujo usada para el cebado Tras cargar la celda de flujo usada compruebe que la funci n de vac o est activada z NOTA f Ilumina recomienda utilizar la celda de flujo de un experimento anterior para el cebado de reactivos en un experimento posterior o para un lavado posterior a un experimento 1 Enjuague la celda de flujo usada con agua de laboratorio Seque la celda de flujo con una toallita para limpiar lentes o una toallita sin pelusa 2 Limpie la celda de flujo con pa os humedecidos en alcohol y una toallita para limpiar lentes NOTA f No extraiga ni sustituya las juntas de la celda de flujo durante este paso 3 Coloque la celda de flujo usada en el soporte de la celda de flujo con los puertos de entrada y salida hacia abajo y el c digo de barras en el lado derecho Aseg rese de que la flecha del extremo izquierdo de la celda de flujo que indica la direcci n del flujo apunta hacia el instrumento 4 Deslice suavemente la celda de flujo hacia los pasadores gu a superiores y derechos hasta que se detenga L NOTA i Retire las manos de la celda de flujo antes de accionar el interruptor de vac o para evitar posibles desv os posteriores en la alineaci n 3 6 N de referencia 15035786 Rev
169. template loading station closed Soluci n de lavado cargada y estaci n de carga de cadenas molde cerrada Seleccione Next Siguiente Extraiga la celda de flujo de la platina de la celda de flujo y ap rtela hasta que est listo para volver a cargar la misma celda de flujo antes de iniciar el lavado Con un par nuevo de guantes ejerza una ligera presi n en un extremo de la junta delantera hasta que se levante el extremo contrario Utilice unas pinzas para coger y extraer la junta Repita el procedimiento para retirar la junta trasera Figura 49 Desinstalaci n de las juntas usadas de los distribuidores Coloque una junta nueva de diez puertos en el distribuidor delantero y una junta nueva de ocho puertos en el distribuidor trasero Vuelva a cargar la celda de flujo Aseg rese de seleccionar la casilla de verificaci n Vacuum Engaged Vac o activado en la pantalla Load Wash Flow Cell Cargar celda de flujo de lavado N de referencia 15035786 Rev D ESP 13 14 15 16 17 18 19 20 21 Seleccione Next Siguiente Realice una comprobaci n de flu dica a Seleccione la soluci n 2 en la lista desplegable Acepte los valores predeterminados de la bomba b Seleccione Pump Dispensar c Inspeccione visualmente la celda de flujo para comprobar si hay burbujas en los carriles o fugas cerca de los distribuidores Las burbujas adicionales son normales en el caso de lavado con las soluciones Tween 20 y ProCli
170. tiempo real 9 software de control de HiSeq 9 15 soluci n de lavado de mantenimiento almacenar 118 desecho 118 preparar 119 soluci n de problemas 149 cargar la celda de flujo 149 flu dica 152 registro 136 soporte de celda de flujo pasadores gu a 36 66 ubicaciones de los orificios de vac o 34 64 101 soporte de la celda de flujo pasadores gu a 43 7 supervisar el experimento 47 77 112 T t cnica ayuda 167 U ubicaci n de pea de grupos 41 archivos ubicaci n de pos archivos i 31 generaci n de plantillas 136 ubicaciones de carpetas configuraci n aa 13 unidad DoNotEject 7 V visor de an lisis de secuenciaci n archivos InterOp 131 1 6 6 N de referencia 15035786 Rev D ESP Asistencia t cnica Si necesita asistencia t cnica p ngase en contacto con el servicio de asistencia t cnica de Ilumina Tabla 16 Informaci n de contacto general de Illumina Direcci n 5200 Illumina Way San Diego CA 92122 EE UU Sitio web de www illumina com Correo electr nico techsupport illumina com Tabla 17 N meros de tel fono del Servicio de asistencia al cliente de Ilumina Zona N mero de contacto Zona N mero de contacto Norteam rica 1 800 809 4566 Irlanda 1 800 812949 Alemania 0800 180 8994 Italia 800 874909 Austria 0800 296575 Noruega 800 16836 B lgica 0800 81102 Pa ses Bajos 0800 0223859 Dinamarca 80882346 Reino Unido 0800 917 0041 Espa a 900 812168 Suecia 020790181 Finlandia 08
171. total N de Rev Fecha referencia 15035786_ESP B Noviembre de 2013 15035786_ESP A Octubre de 2012 Descripci n del cambio Publicaci n inicial Eliminaci n de las instrucciones de preparaci n de reactivos Para obtener las instrucciones de preparaci n de reactivos incluida la informaci n acerca de los diversos cebadores de secuenciaci n consulte la documentaci n del kit correspondiente Sustituci n de los siguientes reactivos e RMR para RMX N de referencia 15035786 Rev D ESP ndice Historial de revisiones o ooocccccccccccccoccccccccccccccccccccccnnccncn cnc nc cn cnn ix TA A A A A E AE xi Cap tulo 1 Descripci n general oooocccccccooccccccccoccccccccccccccccccccccccnnns 1 ItrOdUCCI N OOOO 2 Componentes de HiSeq 2500 ooooccccccccccccccccccccccccccccncncnnnnnnnnnnnnnnnnnos 3 Inicio de HiSeq 2500 o ooooocccccccccccc ccoo ccccccccn cnn nn nn cn cnn nn 7 Software de HiSeq 2500 o ooocccccccccccccccccccccccccccccconcccccnncncn nn cn cnn 9 Espacio disponible en el diSCO ooococccccccccccccccccccccccccocccoccccccccccccoo 15 Descripci n de hoja de MuestraS ooooccccccccccccccccccccccccccncnnnnnnnnnnnnnnnns 16 Consumibles para secuenciaci n oooccocccccccccccccccccccccncccccccccnnnncccino 17 Recursos adicionales oooccccccccccccccccccccccccccccccccccccccncnncnnnnnnnnnnnns 19 Cap tulo 2 Realizaci n de un experimento de HiSeq v4 21 ItrOdUCCI N as 22 Flujo de trabajo de sec
172. traci n correcta de los reactivos 4 Abra la puerta del compartimento de reactivos 5 Levante los dispensadores de la gradilla de reactivos de secuenciaci n con el siguiente movimiento N de referencia 15035786 Rev D ESP a Tire del mango hacia usted y a continuaci n lev ntelo b Suelte el mango del dispensador en la ranura del extremo superior del canal Aseg rese de que el mango del dispensador se encuentre colocado de forma segura en la ranura 6 Deslice la gradilla de reactivos para extraerla del compartimento de reactivos 7 Coloque cada una de las botellas de reactivo en la gradilla en la posici n numerada correspondiente Aseg rese de que el extremo c nico de la botella est apoyado en la muesca de la base de la gradilla Tabla 1 Posiciones de los reactivos Posici n Reactivo Descripci n 1 IRM Reactivo de mezcla maestra para incorporaci n 2 Pw1 25 ml de PW1 o agua de laboratorio 3 USM Mezcla de lectura universal 4 Tamp n de SBS 1 SB1 Tamp n de alto contenido en sal 5 Tamp n de SBS 2 SB2 Tamp n de lavado de incorporaci n 6 Tamp n de SBS 2 SB2 Tamp n de lavado de incorporaci n 7 CRM Mezcla de reactivo para clivaje 8 Tamp n de SBS 3 SB3 Tamp n de clivaje 8 A ada 25 ml de PW1 o agua de laboratorio a la botella de la posici n 2 9 Deslice la gradilla de reactivos dentro del compartimento de reactivos y alinee la gradilla con la gu a elevada en el suelo del compartimento 10 B
173. transferir dicha garant a al comprador 9 Indemnizaci n a Indemnizaci n por infracci n por parte de Illumina Conforme a estos t rminos y condiciones incluidas entre otras las exclusiones de las obligaciones de indemnizaci n de Illumina secci n 9 b m s adelante y las condiciones de obligaci n de indemnizaci n secci n 9 d a continuaci n Illumina i defender indemnizar y eximir al comprador frente a cualquier reclamaci n o demanda de terceros en la que se alegue que este producto al utilizarse con fines de investigaci n de acuerdo con estos t rminos y condiciones y de acuerdo con la documentaci n y las especificaciones de este producto infringe los derechos de propiedad intelectual v lidos y ejecutables de un tercero y ii pagar todas las liquidaciones derivadas y todos los costes y juicios finales incluidos los honorarios razonables de los abogados que se le imputen al comprador en relaci n con dicha reclamaci n de infracci n Si este producto o alguna de sus partes pasa a ser o seg n la opini n de Illumina puede ser el objeto de una reclamaci n por infracci n Illumina tendr derecho seg n su propio criterio a A procurar al comprador el derecho a continuar utilizando este producto B modificar o sustituir este producto con una sustituci n no infractora sustancialmente equivalente o bien C solicitar la devoluci n de este producto y finalizar los derechos la licencia y cualquier otro perm
174. uSeq VB ooooooccccccccccccccccccccncccccccccnnnoos 54 Introducci n de par metros del Experimento ooocccooccccccccccccccccccccccccccccccnncccccons 55 Carga y cebado de reactivos o occcoccccccccccccocccccccccnncccnnnnccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncnns 61 Carga de una celda de flujo ooooooccccccccccccccccccccccccccccccnnccccccccnnnnncccccccnnncccons 71 Monitorizaci n del experimento ooooocooccccccnccnnnnnnnnnn nn cnn nn nn nn nnnnnnnnnnnnnnnes 77 Preparaci n de reactivos para la Lectura 2 l a 000a 000000000000000 0000000 aada aaan 79 Carga de reactivos para la Lectura 2 ooccccccccccccccccccccccccccccnnccccnncccnnncccnnccccnns 80 iia gt y a nz areal Mtra rra Gu a del usuario del sistema HiSeq 2500 A 9 g ojmydeo Realizaci n de un experimento de TruSeq v3 Introducci n Para realizar un experimento de TruSeq v3 en el HiSeq 2500 prepare reactivos SBS para la Lectura 1 y reactivos de indexaci n antes de configurar el experimento Siga las indicaciones del software para configurar el experimento Entre ellas se incluyen la introducci n de los par metros del experimento la carga y el cebado de los reactivos la carga de la celda de flujo y la realizaci n de una comprobaci n de flu dica Prepare y cargue reactivos paired end y reactivos SBS para la Lectura 2 una vez finalizada la Lectura 1 y las lecturas del ndice Visite la p gina de especificaciones de HiSeq 2500 en el sitio web de Illumina para obtener m
175. uaci n mueva lentamente la palanca de la celda de flujo a la posici n 2 Cuando el color de la palanca de la celda de flujo sea verde fijo los distribuidores est n en posici n y la celda de flujo est lista para usarse Gu a del usuario del sistema HiSeq 2500 7 O 9 Realizaci n de un experimento r pido 5 Figura 47 Palanca de la celda de flujo en posici n 2 Aseg rese de seleccionar la casilla de verificaci n Vacuum Engaged Vac o activado en la pantalla Load Sequencing Flow Cell Cargar celda de flujo de secuenciaci n Confirmaci n de flujo correcto 110 1 2 Seleccione la soluci n 5 USB en la lista desplegable Aseg rese de que ha introducido los siguientes valores predeterminados Volume Volumen 250 Aspirate Rate Velocidad de aspiraci n 1500 Dispense Rate Velocidad de dispensaci n 2000 Aseg rese de que los tubos de salida de residuos 1 2 3 6 7 y 8 est n en una botella de agua limpia y que los tubos 4 y 5 est n en el contenedor de residuos Seleccione Pump Dispensar Inspeccione visualmente la celda de flujo para comprobar si hay burbujas en los carriles o fugas cerca de los distribuidores Si observa una presencia excesiva de burbujas compruebe si las juntas del distribuidor est n obstruidas y repita el proceso a Seleccione la soluci n 6 USB para evitar agotar el USB de la posici n 5 b Reduzca la velocidad de aspiraci n a 1000 y dispense otros 250 ul de USB a la celd
176. uenciaci n de HiSeq VA o oooooooccccccccccccccccccccccccco 23 Tipos de experimentos para qu mica de HiSeq V oooooooccccccccccccccccccccco 24 Introducci n de par metros del experimento ooooocccccccccccccccccccccccnnnoo 25 Carga y cebado de reactivos occocccccccccccoccccnncccnnocccnncccnnncccnnnncnnnos 30 Carga de una celda de flujo ooooocccccccccccccccccccccccccccncnnncncnnnccnnnos 41 Monitorizaci n del experimento ooooocccccccccccccccccnncnnnnnnnncncccccccccccccos 47 Cap tulo 3 Realizaci n de un experimento de TruSeq v3 49 ItrOAUCCI N MOOO 50 Flujo de trabajo de la secuenciaci n de TruSeq V3 oooocccccccccccccccccccccccoo 52 Tipos de experimentos para qu mica de TruSeq V3 o oooccccccccccccccccccccccco 54 Introducci n de par metros del experimento ooooocccccccccccccccccccccncnnnono 55 Carga y cebado de reactivos ooooccccccccccccccccccnnccccccccnnnnncccccnnnnnoncnnns 61 Carga de una celda de flujo oooooocccccccccccccccccccccccccccccnncnccnnnccccnnooo 71 Monitorizaci n del experimento ooooocccccccccccccccccnnnnnnnnnnnnncccccccccccccos 17 Preparaci n de reactivos para la Lectura 2 ooooooccccccccccccccccccccccccccccono 79 Carga de reactivos para la Lectura 2 o oooocccccccccccccccccccccocccccccccnccccoo 80 Cap tulo 4 Realizaci n de un experimento r pido coc 83 Gu a del usuario del sistema HiSeq 2500 XI lipire UC Ni o ea o aa pe don ao da 84 Flujo de trabajo de la secuen
177. uiente Gu a del usuario del sistema HiSeq 2500 5 9 ojusuedxe jep so1jeweJed ap uoINanpo ju Realizaci n de un experimento de TruSeq v3 Pantalla de revisi n 1 Revise los par metros del experimento en la pantalla Review Revisi n 2 Seleccione Next Siguiente para continuar o seleccione Back Atr s para modificar los par metros 6 O N de referencia 15035786 Rev D ESP Carga y cebado de reactivos Tras introducir los par metros del experimento cargue los reactivos SBS y de indexaci n para el experimento A continuaci n cebe los reactivos con el sistema de flu dica El software le guiar a trav s de estos pasos mediante una serie de pantallas en la pesta a Pre Run Setup Configuraci n previa al experimento Consumibles proporcionados por Illumina Ocho tapas de embudo Consumibles proporcionados por el usuario Botella de 250 ml Corning n de cat logo 430776 Tubos c nicos de 15 ml Corning n de cat logo 430052 Agua de laboratorio J NOTA Para preparar el enjuague posterior al experimento al final del experimento de secuenciaci n cargue 25 ml de PW1 o agua de laboratorio en la posici n 2 El enjuague posterior al experimento no sustituye al lavado del instrumento posterior al experimento Carga de reactivos SBS 1 Retire la tapa de cada botella de reactivo y sustit yala por una tapa de embudo x PRECAUCI N Despu s de manipular la botella de CMR aseg rese de desechar sus guantes y sustit
178. uirlos por un par nuevo 2 Registre el peso de cada reactivo en el formulario de seguimiento del laboratorio y NOTA Pesar los reactivos antes y despu s de un experimento de secuenciaci n sirve para confirmar la administraci n correcta de los reactivos 3 Abra la puerta del compartimento de reactivos 4 Levante los dispensadores de la gradilla de reactivos de secuenciaci n con el siguiente movimiento Gu a del usuario del sistema HiSeq 2500 61 S0A1 989J ap opegeo ebp Realizaci n de un experimento de TruSeq v3 a Tire del mango hacia usted y a continuaci n lev ntelo b Suelte el mango del dispensador en la ranura del extremo superior del canal Aseg rese de que el mango del dispensador se encuentre colocado de forma segura en la ranura 5 Deslice la gradilla de reactivos para extraerla del compartimento de reactivos 6 Coloque cada una de las botellas de reactivo en la gradilla en la posici n numerada correspondiente Aseg rese de que el extremo c nico de la botella est apoyado en la muesca de la base de la gradilla Tabla 5 Posiciones de los reactivos SBS Posici n Reactivo Descripci n 1 ICB Mezcla para incorporaci n 2 PW1 25 ml Tamp n de lavado 3 SRE Reactivo de mezcla para lectura 4 Tamp n de SBS 1 SB1 Tamp n de alto contenido en sal 5 Tamp n de SBS 2 SB2 Tamp n de lavado de incorporaci n 6 Tamp n de SBS 2 SB2 Tamp n de lavado de incorporaci n 7 CMR Reactivo de mezcla para clivaje
179. un Resume Run Rehyb Run New Run Nuevo experimento El software le guiar por los pasos de especificaci n de los par metros del experimento la carga y el cebado de los reactivos la carga de la celda de flujo la comprobaci n de la flu dica y el inicio del experimento N de referencia 15035786 Rev D ESP Resume Run Reanudar experimento El software le gu a por los pasos de selecci n de la carpeta del experimento existente y de los par metros de configuraci n para la reanudaci n del experimento Rehyb Run Experimento de rehibridaci n El software le gu a a trav s de los pasos para realizar una rehibridaci n de cebadores integrada en el instrumento Esta funci n solo est disponible en HiSeq v4 y en el modo de experimento r pido Wash Lavado Seleccione Wash Lavado para iniciar un lavado con agua o de mantenimiento en el instrumento Figura 6 Opciones del comando Wash Lavado Water Wash Lavado con agua El lavado con agua inyecta agua en el sistema Este lavado debe realizarse tras un experimento de secuenciaci n o despu s de que el instrumento haya estado inactivo durante 1 d a o m s Consulte Realizaci n de un lavado con agua en la p gina 122 Maintenance Wash Lavado de mantenimiento El lavado de mantenimiento inyecta Tween 20 y ProClin 300 en el sistema Este lavado se debe realizar antes de cambiar de modo o cada diez d as y se recomienda tras un experimento de rendimiento elevado Consu
180. usada con agua de laboratorio Seque la celda de flujo con una toallita para limpiar lentes o una toallita sin pelusa 2 Limpie la celda de flujo con pa os humedecidos en alcohol y una toallita para limpiar lentes NOTA f No extraiga ni sustituya las juntas de la celda de flujo durante este paso 3 Coloque la celda de flujo usada en el soporte de la celda de flujo con los puertos de entrada y salida hacia abajo y el c digo de barras en el lado derecho Aseg rese de que la flecha del extremo izquierdo de la celda de flujo que indica la direcci n del flujo apunta hacia el instrumento 4 Deslice suavemente la celda de flujo hacia los pasadores gu a superiores y derechos hasta que se detenga L NOTA i Retire las manos de la celda de flujo antes de accionar el interruptor de vac o para evitar posibles desv os posteriores en la alineaci n 6 6 N de referencia 15035786 Rev D ESP Figura 25 Colocaci n de la celda de flujo contra los pasadores gu a superiores y derechos A Pasador gu a superior B Pasadores gu a derechos Mueva con cuidado la palanca de la celda de flujo a la posici n 1 lo que activar el vac o y fijar la celda de flujo en su posici n Cuando la palanca de la celda de flujo parpadee emitiendo una luz verde significa que el vac o est activado Si la palanca no muestra luz verde consulte Posibles problemas de configuraci n de experimentos en la p gina 149 Figura 26 Palanca de la celda de flu
181. utorizaci n de Illumina para utilizar este producto y no deber utilizar este producto 1 Gu a del usuario del sistema HiSeq 2500 Definiciones PI de aplicaciones espec ficas hace referencia a los derechos de propiedad intelectual que controla o posee Illumina que pertenecen a este producto y al uso del mismo solo en relaci n con aplicaciones espec ficas o campos espec ficos La PI de aplicaciones espec ficas excluye la propiedad intelectual que controla o posee Illumina que cubre los aspectos o las caracter sticas de este producto o el uso del mismo que son comunes a este producto en todas las posibles aplicaciones y todos los posibles campos de uso la PI com n La PI de aplicaciones espec ficas y la PI com n son subconjuntos separados y no superpuestos de todos los derechos de propiedad intelectual que controla o posee Illumina A modo de ejemplo pero sin limitarse a este los derechos de propiedad intelectual de Illumina sobre m todos diagn sticos espec ficos m todos forenses espec ficos o biomarcadores de cido nucleico secuencias o combinaciones de biomarcadores o secuencias espec ficas son ejemplos de una PI de aplicaciones espec ficas Consumibles hacen referencia a los elementos fungibles y los reactivos de marca Illumina que ha concebido Illumina para su uso junto con el hardware as como para su consumo mediante el uso del hardware Documentaci n comprende el manual del usuario de Illumina correspondien
182. xaci n La fila izquierda es para la celda de flujo A mientras que la fila derecha es para la celda de flujo B Refrigerador de reactivos El refrigerador de reactivos aloja las gradillas de reactivos y mantiene una temperatura interna de entre 2 C y 8 C A N de referencia 15035786 Rev D ESP Figura 2 Compartimento de reactivos Mangos del dispensador Gradilla de reactivos para reactivos de agrupaci n indexaci n y paired end Gradilla de reactivos para reactivos SBS de la celda de flujo A Gradilla de reactivos para reactivos SBS de la celda de flujo B UO0U gt Compartimento de la celda de flujo El compartimento de la celda de flujo contiene la platina de la celda de flujo las estaciones t rmicas el sistema de vac o y las conexiones del sistema de flu dica para la celda de flujo Gu a del usuario del sistema HiSeq 2500 5 00Sz basiH ep sajuasuoduuos Descripci n general Figura 3 Platina de la celda de flujo con dos celdas de flujo fi I FCA 0 1 Celda de flujo A Celda de flujo B Palanca de la celda de flujo A Palanca de la celda de flujo B o0UWw gt P La celda de flujo a la izquierda es la celda de flujo A y la celda de flujo a la derecha es la celda de flujo B Cada celda de flujo se encuentra en la platina de la celda de flujo que entra y sale del m dulo ptico seg n indique el software de control La platina de la celda de flujo debe encontrarse en la posici n m s avanzad

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