3. MANUAL DEL USUARIO 3.1. INTRODUCCIÓN Modelo
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1. 219 to 30 o ACTTTGCATAGCGCTTCCCAGCATGCCTCGCGGCCGCCCACTGCCCAGCACGGGGGTGGG 60 CGCAACCGGGGGCTGCGCTCCTCTCGGTGACCCCCGGGCCGCGGTACCGGGCGGGGGCGG CGGCAGTAAAGGCGGGGGGGCGGCCACGGTGCGGGGCCGCTCGCCGTGAGCACACCGCTG ACCCCGGGGCGTGGGGTGGCGGCGGAGAGAAGGGAGGTCAGCTTTGCGCAGTGGCAGTAT CGTAGCCAAT Figura 4 Resultados de la clasificaci n de las secuencias candidatas Los resultados se pueden guardar en un archivo de texto plano haciendo clic desde el men Archivo seguido de Guardar resultados o directamente desde el bot n Guardar resultados Aparecer un cuadro de di logo donde se permite elegir la ubicaci n y nombre del archivo donde se desea guardar los an lisis ver Figura 5 gt Clasificador de promotores Modelo RED2 v 1 4 Archivo RNAs Ayuda IN clasificacion perro Red2 Hum txt clasificacion2 perro RNA_humano txt Nombre de archivo lresultado analisis arcnwosdetp Texto Figura 5 Guardando los resultados Si el archivo de entrada contiene secuencias con tama os mayores de 250 nucle tidos la aplicaci n proceder a predecir promotores donde 3 tres significa muy alta probabilidad 2 dos alta probabilidad 1 uno marginal probabilidad y O cero no encontr ver Figura 6 e Clasificador de promotores E Modelo RED2 v 1 4 Archivo RNAs Ayuda 2 corea oran ome 3 cOR7C35 279 539 0 909 3 cOR7C35 434 694 0 909 3 cOR7C35 510 770 0 909 3 cOR7C35 632 893 1 000 4 cO2. ver Figura 3 Si se desconoce se ingresar el valor de O cero seguido del bot n aceptar o click en el bot n cancelar si no se digita nada en caso de conocer la cantidad de secuencias positivas la aplicaci n adem s de clasificar o predecir promotores calcular los indicadores de exactitud de especificidad y sensitividad Cantidad de secuencias promotoras para calcular los indicadores SP y SN ss Figura 3 Ingreso de par metro Despu s de la pantalla anterior la aplicaci n proceder a buscar promotores en las secuencias candidatas Para nuestro ejemplo como el archivo de entrada conten a secuencias de 250 nucle tidos de longitud la aplicaci n proceder a clasificar cada secuencia donde 1 uno significa que es promotor y 0 cero no promotor ver Figura 4 e Clasificador de promotores Modelo RED2 v1 Archivo RNAs Ayuda auo y sraon Ne Nivel Eza Total sec 420 _1 EP17040 0 967 Muy alta probabilidad Eo l p 2 EP17040 0 961 Muy alta probabilidad Y 3 EP17040 0 965 Muy alta probabilidad PP 4 EP17040 0 961 Muy alta probabilidad 5 EP17040 0 966 Muy alta probabilidad 6 EP17040 0 967 Muy alta probabilidad Muy alta probabilidad 8 EP17040 0 954 Muy alta probabilidad 9 EP17040 0 965 Muy alta probabilidad EP17040 0 961 Muy alta probabilidad GD EP17040 Gg snRNA U4B range 5000 to 5000
3. 3 MANUAL DEL USUARIO 3 1 INTRODUCCI N Modelo de Red 2 v 1 4 es un programa que permite realizar a partir de un archivo de texto en formato fasta la clasificaci n o predicci n de promotores en secuencias gen ticas La aplicaci n permite cargar un archivo fasta y aplicar sobre los datos le dos cinco posibles algoritmos de clasificaci n o predicci n de promotores donde cada algoritmo es una red neuronal artificial entrenada para determinado tipo de organismo a saber la rata el rat n el gallo el toro y el humano Dependiendo de la longitud de las secuencias de entrada la aplicaci n clasificar promotores si son de tama o de 250 nucle tidos o predecir si son de mayor tama o Adem s si el archivo de entrada se organiza en determinada forma la aplicaci n calcular y mostrar diferentes indicadores de exactitud Modelo de Red 2 permite guardar los resultados obtenidos en un archivo de texto plano para su posterior an lisis adem s de facilitar su portabilidad 3 2 REQUERIMIENTOS B SICOS Lenguaje de programaci n Java versi n 1 6 Computador con procesador de 1GHz y 500MB de RAM 3 3 APLICACI N El usuario desde el men RNAs o desde la lista desplegable seleccionar una red neuronal artificial RNA entrenada para determinado organismo por defecto modelo de Red 2 trabajar con la RNA entrenada para la especie rata En la Figura 1 se selecciona como ejemplo la RNA entrenada para la especie gallo Clasifi
4. R7G6_ 26 290 1 272 j _Guardar resultados En CABGATARCAS TAAR TAARGATCACAGATTTOLTAALTI 840 TGGAAGCTTCITGTTICCAGGTTTGTGACITICIGGCICACIGGTCCICOTGACAGTAGT agg CAATCTATACCACTTACGOGOIGGOGCTCICACGCGCCCTGATCGCTCITTCCICTTITTTTTTTTT gg TTTTTCICTICCICTTITACCGOITTTACTCCTGOCCTGOGATCATGCICITCC SULTADOS DE PREDICCION 309 570 1 000 Muy alta probabilidad 707 966 0 818 Alta probabilidad Figura 6 Resultados de la predicci n de las secuencias candidatas
5. cador de promotores Modelo RED2 v 1 4 CA Archivo RNAs Ayuda Abrir secuencias Sin elegir Score Nivel RED2 Ha seleccionado la RNA entrenada para GALLO Figura 1 Selecci n de la RNA Para cargar un archivo fasta se debe hacer clic en el men Archivo opci n Abrir o desde el bot n Abrir secuencias Aparecer un cuadro de di logo donde se puede seleccionar el archivo fasta que se usar como entrada a los algoritmos de clasificaci n y o predicci n En la Figura 2 se muestra la carga del archivo Gallo entrenamiento 420 210 txt Clasificador de promotores Modelo REDZ v 1 4 o Eg Archivo RNAs Ayuda cazo y Sm siegi ek Buscaren C secuencias Hi D gallo entrenamiento 420 210 txt B rata 90 secuencias 800n1 txt Y gallo validacion 120 60 txt Y rata entrenamiento 1000 500 txt G humano entrenamiento 1500 750 txt B rata validacion 300 150 txt A humano validacion 500 250 txt B raton entrenamiento 1640 820 txt B perro entrenamiento 1200 600 txt B ra ton validacion 560 280 txt Ha B perro validacion 476 238 txt B toro entrenamiento 140 F0 txt Y toro validacion 40 20 txt Nombre de archivo Archivos de tipo Todos los archivos Mi B rata 2 secuencias 10000n1 txt Figura 2 Selecci n del archivo fasta Inmediatamente despu s de seleccionar el archivo se preguntar al usuario por la cantidad de secuencias positivas
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