Acquisition d`une station QPCR pour l`analyse de l`expression
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1. INA SCIENCE amp IMPACT Institut National de la Recherche Agronomique Centre de Toulouse 31326 CASTANET TOLOSAN CAHIER DES CLAUSES TECHNIQUES PARTICULIERES C C T P Personne publique contractante INRA Centre de Toulouse 24 chemin de borde rouge Auzeville CS 52627 31326 CASTANET TOLOSAN Cedex OBJET Acquisition d une station QPCR pour l analyse de l expression de g nes le g notypage de SNP quantification d v nements rares quantification d ADN et dosage Picogreen en vue de s quen ages NGS SOMMAIRE SOMMAIRE EEN ARTICLE 1 CONTEXTE CT 1 1 Pr sentation de INRA sssinsniinenisisrnirioiiiiirenainanaa i a E a ai 1 2 Pr sentation de Get Plate ARTICLE 2 INTERET SCIENTIFIQUE ET DEFINITION DES BESOINS ssssssssssssnssessseseseresesrrensssren ARTICLE 3 CAHIER DES CHARGES 2 nn eena iaa Ea aa ERRE RAENT ieten 3 1 Objet Ten Ei 3 2 Forme Eet 3 3 Caract ristiques techniques sis 3 4 livraison El 3 5 Formation du personnel de la plateforme ss 3 6 Garantie et maintenance ENNEN Ee ul Eenelter NEE Acquisition d un robot pipeteur ARTICLE 1 CONTEXTE GENERAL 1 1 Pr sentation de l INRA L Institut National de la Recherche Agronomique INRA est un organisme de recherche scientifique publique finalis e plac sous la double tutelle du minist re de l Enseignement sup rieur et de la Recherche et du minist re de l Alimentation de l Agriculture et de la P2. che Ses recherches concernent les questions li es l agriculture l alimentation et la s curit des aliments l environnement et la gestion des territoires avec un accent tout particulier en faveur du d veloppement durable Ses missions g n rales sont e de produire et de diffuser des connaissances scientifiques e de concevoir des innovations et des savoir faire pour la soci t e d clairer par son expertise les d cisions des acteurs publics et priv s e de d velopper la culture scientifique et technique et participer au d bat science soci t e de former la recherche et par la recherche 1 2 Pr sentation de GeT PlaGe Cette plateforme est int gr e au sein de l Unit Mixte de Recherche G n tique Physiologie et Syst me d levage du Centre de Recherche INRA de Toulouse La plateforme est depuis 2010 une infrastructure d avenir dans le cadre du programme France G nomique Elle est lab lis e IBISA Infrastructures en Biologie Sante et Agronomie depuis 2008 et est certifi e IS09001 2008 Elle fait partie des plateformes strat giques de l INRA CNOC Commission Nationale des Outils Collectifs GeT PlaGe a un partenariat historique avec la plateforme bioinformatique Elle a pour vocation de permettre l acc s de la communaut scientifique nationale des quipements performants et de favoriser les transferts de savoir faire dans les domaines de l analyse du g nome et de l
3. s large FAM TET VIC JOE NED TAMRA ROX LCgreen Sybrgreen Le param trage de tous les param tres cycles d amplification possibles nbre de cycle temp ratures rampe L acc s aux donn es brutes doit tre possible A minima les fichiers r sultats seront en format txt Les logiciels fournis avec la machine doivent tre capables donner les valeurs brutes mais aussi de les transformer en valeurs de Ct en quantit de fragments et en genotype Ces exp riences doivent tre r alisables dans diff rents types de plaques o Plaques 384 puits en polypropyl ne et polystyr ne transparentes ou opaques plus ou moins rigides o Plaques 96 puits en polypropyl ne et polystyr ne transparentes ou opaques plus ou moins rigides La tra abilit des plaques lors de la manipulation doit tre continue et suivie l aide de codes barres 3 3 1 Contraintes qualit Reproductibilit et qualit des amplifications L absence de contamination Reproductibilit et qualit de lecture Fiabilit des volumes r actionnels ZNA Acquisition d un robot pipeteur e de Donn es manquantes doit tre inf rieur 1 par rapport des donn es d j valid es e Reproductibilit Intra et Inter plaque et avec une autre machine du m me type e Accessibilit aux donn es brutes quelques soient les applications e Pouvoir faire des courbes de dissociation De plus l instrument ne devra pas pr senter plus de un
4. Primer cocktail provenant des kits NGS Illumina Les r actions seront r alis es en utilisant un kit master mix standard de chez Life Technologies L ensemble des r actions seront d pos es dans une plaque et dos sur 40 cycles de PCR Cette plaque comprendra aussi des puits contenant tous les r actifs ZNA s Acquisition d un robot pipeteur n cessaires la r action de PCR sauf la matrice ceci nous permettant de v rifier les contaminations ventuelles Reproductibilit des dosages La m me exp rience sera r alis e une deuxi me fois avec les m mes chantillons Le d p t des chantillons sera fait dans des puits diff rents de la premi re plaque La diff rence entre les deux dosages devra tre inf rieure ou gale 0 5Ct en valeur brute La m me exp rience sera r alis e en parall le sur l AB17900 d j pr sent sur la plateforme Contraintes qualit 3 points seront valider qualit des amplifications qualit des r plicats correlation entre les diff rents dosages Absence de contamination 3 4 Livraison sur site Le mat riel sera install et mis en service sur la Plateforme G nomique Plateforme G nomique G nopole Toulouse Midi pyr n es INRA 24 Chemin de Borde Rouge Auzeville CS 52627 31326 Castanet Tolosan cedex La livraison interviendra au plus tard la mi novembre Elle fera l objet d un PV tabli par l INRA La mise en service par le titulaire interviendra d
5. a g nomique fonctionnelle Dans le cadre du projet France G nomique elle fait partie des 9 plateformes dont le CNS et le CNG identifi es comme point d appui national des quipes de recherche dans le domaine de la g nomique et de la transcriptomique diff rentes technologies de puces ADN PCR quantitative haut d bit en microfluidique technologie de g notypage adapt es diff rents d bits s quenceurs classiques et nouvelles g n rations La plateforme GeT PlaGe travaille sur le G notypage de marqueurs g n tiques le s quen age sanger ou nouvelle g n ration l analyse de l expression des g nes en temps r el l extraction automatique d ADN g nomique la mise disposition de robots de pointe le conseil et l expertise dans le domaine de la g nomique La mont e en puissance du s quen age nouvelle g n ration pour le res quen age de g nome et la caract risation de la variabilit g n tique l tude du transcriptome de la m thylation de l ADN des interactions prot ines ADN ChlPSeq des tudes de m tag nomique vont amener la plateforme acqu rir de nouvelles technologies dans le ZNA Acquisition d un robot pipeteur domaine du s quen age tr s haut d bit et s quen age de 3 me g n ration La plateforme continuera aussi d investir dans le g notypage haut d bit ARTICLE 2 INTERET SCIENTIFIQUE ET DEFINITION DES BESOINS L acquisition sur la plateforme G nomique toulousaine d u
6. ans un d lai maximum de 8 jours compter de la date de livraison Elle fera l objet d un PV tabli par l INRA L offre doit inclure la livraison l installation la mise en service la configuration du mat riel 3 5 Formation du personnel de la plateforme Une proposition de formation du personnel l utilisation du mat riel sera propos e et chiffr e Celle ci interviendra apr s la mise en service Cette formation s effectuera sur site et formera le personnel l utilisation des instruments et du logiciel d acquisition et de pilotage une intervention pour 8 personnes Cette formation aura pour objet de permettre au personnel concern d assurer La mise en fonctionnement de l ensemble du syst me robot ordinateur et logiciel de pilotage SNA Acquisition d un robot pipeteur La conduite des appareils et du logiciel d acquisition L entretien r gulier du mat riel Le traitement des r sultats La formation fera l objet d un PV int gr dans le PV d admission 3 6 Garantie et maintenance Offre de base Pour cet quipement la garantie contractuelle comprend pi ces main d uvre et d placements sur une p riode de un an Option 1 Le fournisseur devra proposer une extension de garantie pi ces d placement et main d oeuvre d une ann e suppl mentaire Option 2 Le fournisseur devra fournir un devis ou une proposition commerciale indiquant les tarifs appliqu s au jour de la prop
7. e raccordement lectrique des l ments fournis e Les conditions de fonctionnement temp rature e Les informations stock es leur format ainsi que la documentation de la programmation des protocoles e Les protocoles valid s sur l instrument programmation d taill e et solutions utilis es e Une offre de prix des consommables plastiques sp cifiques de l automate e Les modalit s de maintenance e Un planning des interventions pr vues e Les modalit s d information concernant les mises jour des logiciels e D lai d intervention du service apr s vente en cas de panne e Un devis pour la maintenance e Un manuel d utilisation aux formats papier et informatis s ZNA Acquisition d un robot pipeteur e Un manuel contenant les consignes de s curit aux formats papier et informatis e Le mat riel livr devra b n ficier d une garantie pi ces main d uvre et d placements selon les conditions d crites dans le pr sent document article 3 paragraphe 3 6 e Une proposition de solution pour la formation du personnel l utilisation du mat riel comme d crit l article 3 paragraphe 3 5 3 3 Caract ristiques techniques La station devra permettre L analyse de plusieurs 10aine d chantillons en parall le sur plusieurs 10aine de g nes Les volumes r actionnels devront tre compris entre 5 et 20 ul Le spectre des fluorophores qu il est possible d utiliser devra tre tr
8. ne station QPCR sera principalement destin e au dosage d acides nucl iques en solution l analyse de l expression de g nes le g notypage de SNP ventuellement quantification d v nement rares et dosage Picogreen en vue de s quen ages Cet automate devra r pondre tous les besoins divers mat riels biologiques sous diff rents tats et divers fluorophores de la communaut scientifique publique et priv e dans les domaines de la sant de l animal et du v g tal Cet instrument compl tera la cha ne d automatisation d j en place sur la plateforme ABI7900 LC480 AB13730 AB13100 ABI2720 AB19700 Biomark pour la production de s quences NGS pour la production de g notypes moyen d bit et pour l analyse de l expression de g nes Des sondes de type Taqman et Kaspar devront pouvoir tre utilis e ainsi que des intercalant de type picogreen ARTICLE 3 CAHIER DES CHARGES 3 1 Objet du march Le pr sent march a pour objet l acquisition la livraison l installation la mise en service d un appareil de QPCR ainsi que la formation du personnel l utilisation de ce mat riel 3 2 Forme de la r ponse Chaque fournisseur pourra r pondre le candidat fournira un dossier complet comprenant e Devis d taill avec les caract ristiques techniques du mat riel e D lais de livraison e Un sch ma du mat riel ainsi que les caract ristiques d encombrement de celui ci e Les conditions d
9. osition pour des visites pr ventives et correctives sur le site au del de la p riode des deux ans 3 7 Admission du mat riel L admission de l quipement se fera dans un d lai maximum de 10 jours apr s la mise en service du mat riel L admission fera l objet d une d cision tablie par l Inra La proc dure validera le bon fonctionnement du mat riel Validation des protocoles cf 3 3 Tous les protocoles pr vus doivent tre valid s dans les conditions d crites pour valider l quipement Pour les conditions d taill es se r f rer aux chapitres 2 conditions pr alables l achat 3 cahier des charges des protocoles et du mat riel contraintes g n rales contraintes qualit Admission de l quipement Le mat riel ne recevra l admission qu apr s l ex cution r ussie des protocoles pr vus dans les conditions d crites ZNA s Acquisition d un robot pipeteur
10. probl me machine par mois et plus de un probl me logiciel par mois Pendant la phase de validation 1 mois la soci t s engage intervenir dans les 48 h en cas de probl me machine Ces sp cifications seront valid es par le fournisseur l installation de la machine dans les locaux Le fournisseur devra pr ciser la technique utilis e pour valider ces donn es Afin de s assurer de la reproductibilit des exp riences en conditions r elles en plaques deux autres tests devront tre r alis s au cours de l installation avec l AB17900 d j pr sent sur la plateforme 3 3 2 Description mat riel Contraintes g n rales e La machine doit tre ouvert pour permettre l adaptation des divers protocoles manuels kit commerciaux ou solutions maison utilis s en routine dans les laboratoires e La machine doit tre multiutilisateurs interface de programmation d enregistrement des code barre et de lancement de la manipulation simples et s curis s La soci t sera le seul point de contact pour le SAV En option les possibilit s et le co t Lecteur code barres 2D Extension de garantie 3 3 3 Validation du mat riel Analyse d expression de g nes Sont pr sent s ci apr s les tests biologiques qui seront r alis s pour valider l application de PCR quantitative La validation sera r alis e en utilisant une matrice d ADN de phage Lambda diff rentes concentrations ainsi qu un m lange de Primer
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