Acquisition d`une station de préparation de produit PCR
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1. SCIENCE amp IMPACT Institut National de la Recherche Agronomique Centre de Toulouse 31326 CASTANET TOLOSAN CAHIER DES CLAUSES TECHNIQUES PARTICULIERES C C T P Personne publique contractante INRA Centre de Toulouse 24 chemin de borde rouge Auzeville CS 52627 31326 CASTANET TOLOSAN Cedex OBJET Acquisition d une station de pr paration de produit PCR multiplex d di au s quen age SOMMAIRE SOMMAIRE 2 GA Mn dan de ne ao ARTICLE 1 CONTEXTE GENERAE a a un 1 1 Pr sentation de INRA sssinsniinenisisrnirioiiiiirenainanaa i a E a ai 1 2 Pr sentation de GeT PlaGe ire ARTICLE 2 INTERET SCIENTIFIQUE ET DEFINITION DES BESOINS ssssssssssssnssessseseseresesrrensssren ARTICLE 3 CAHIER DES CHARGES 2 nn eena iaa Ea aa ERRE RAENT ieten 3 1 Objet d march s aE E EAREN AEE EAREN 3 2 Forme de la T DONSe sind tannins 3 3 Caract ristiques techniques sis 3 4 livraison SUr SIT sssasssincbee ras iatssti tetes uen satin esse ran ne se mas aan eine antenne EERE E EEKE 3 5 Formation du personnel de la plateforme ss 3 6 Garantie et maintenance e ssssssesseerrsesssesssrrrorsssesserrrorssssssssrrersssssesteeesossssesreereeeesses 3 7 Admission du mat rie lareira EE e te lt INXA Acquisition d une station de pr paration de produit PCR multiplex d di e au s quen age ARTICLE 1 CONTEXTE GENERAL 1 1 Pr sentation de l INRA L Institut National de la Recherche2. es INRA 24 Chemin de Borde Rouge Auzeville CS 52627 31326 Castanet Tolosan cedex La livraison interviendra au plus tard le 15 Novembre 2014 Elle fera l objet d un PV tabli par l INRA La mise en service par le titulaire interviendra dans un d lai maximum de 8 jours compter de la date de livraison Elle fera l objet d un PV tabli par l INRA L offre doit inclure la livraison l installation la mise en service la configuration du mat riel 3 5 Formation du personnel de la plateforme Une proposition de formation du personnel l utilisation du mat riel sera propos e et chiffr e Celle ci interviendra apr s la mise en service Cette formation s effectuera sur site et formera le personnel l utilisation des instruments et du logiciel d acquisition et de pilotage une intervention pour 8 personnes Cette formation aura pour objet de permettre au personnel concern d assurer La mise en fonctionnement de l ensemble du syst me robot ordinateur et logiciel de pilotage La conduite des appareils et du logiciel d acquisition L entretien r gulier du mat riel Le traitement des r sultats La formation fera l objet d un PV int gr dans le PV d admission 3 6 Garantie et maintenance Offre de base Pour cet quipement la garantie contractuelle comprend pi ces main d uvre et d placements sur une p riode de un an Option 1 Le fournisseur devra proposer une extension de gar
3. Agronomique INRA est un organisme de recherche scientifique publique finalis e plac sous la double tutelle du minist re de l Enseignement sup rieur et de la Recherche et du minist re de l Alimentation de l Agriculture et de la P che Ses recherches concernent les questions li es l agriculture l alimentation et la s curit des aliments l environnement et la gestion des territoires avec un accent tout particulier en faveur du d veloppement durable Ses missions g n rales sont e de produire et de diffuser des connaissances scientifiques e de concevoir des innovations et des savoir faire pour la soci t e d clairer par son expertise les d cisions des acteurs publics et priv s e de d velopper la culture scientifique et technique et participer au d bat science soci t e de former la recherche et par la recherche 1 2 Pr sentation de GeT PlaGe Cette plateforme est int gr e au sein de l Unit Mixte de Recherche G n tique Physiologie et Syst me d levage du Centre de Recherche INRA de Toulouse La plateforme est depuis 2010 une infrastructure d avenir dans le cadre du programme France G nomique Elle est lab lis e IBISA Infrastructures en Biologie Sante et Agronomie depuis 2008 et est certifi e IS09001 2008 Elle fait partie des plateformes strat giques de l INRA CNOC Commission Nationale des Outils Collectifs GeT PlaGe a un partenariat historique avec la plat
4. Le fournisseur devra pr ciser la technique utilis e pour valider ces donn es Afin de s assurer de la reproductibilit des exp riences en conditions r elles en plaques ZNA Acquisition d une station de pr paration de produit PCR multiplex d di e au s quen age deux autres tests devront tre r alis s au cours de l installation avec le m me panel La variation de r sultat accept est au maximum de 5 3 3 2 Description mat riel Contraintes g n rales e La station doit tre ouvert pour permettre l adaptation des divers protocoles manuels kit commerciaux ou solutions maison utilis s en routine dans les laboratoires e La station doit tre multiutilisateurs interface de programmation d enregistrement des code barre et de lancement de la manipulation simples et s curis s La soci t sera le seul point de contact pour le SAV En option les possibilit s et le co t Lecteur code barres 2D Extension de garantie Contraintes qualit cf 3 3 1 3 3 3 Validation du mat riel La validation de la station se fera d apr s une m thodologie mise en place par le fournisseur qui devra fournir les l ments n cessaire chantillons les primers plaques puces Elle doit permettre de tester et valider L quimolarit entre les puits en simplex ou multiplexe et entre les simplex et multiplex La station de production de produit PCR multiplex doit montrer sa capacit produire d
5. antie pi ces d placement et main d uvre d une ann e suppl mentaire Option 2 Le fournisseur devra fournir un devis ou une proposition commerciale indiquant les tarifs appliqu s au jour de la proposition pour des visites pr ventives et correctives sur le site au del de la p riode des deux ans ENM i Acquisition d une station de pr paration de produit PCR multiplex d di e au s quen age 3 7 Admission du mat riel L admission de l quipement se fera dans un d lai maximum de 10 jours apr s la mise en service du mat riel L admission fera l objet d une d cision tablie par l Inra La proc dure validera le bon fonctionnement du mat riel Validation des protocoles cf 3 3 Tous les protocoles pr vus doivent tre valid s dans les conditions d crites pour valider l quipement Pour les conditions d taill es se r f rer aux chapitres 2 conditions pr alables lachat 3 cahier des charges des protocoles et du mat riel contraintes g n rales contraintes qualit Admission de l quipement Le mat riel ne recevra l admission qu apr s l ex cution r ussie des protocoles pr vus dans les conditions d crites ZSINA 8 Acquisition d une station de pr paration de produit PCR multiplex d di e au s quen age
6. au s quen age domaine du s quen age tr s haut d bit et s quen age de 3 me g n ration La plateforme continuera aussi d investir dans le g notypage haut d bit ARTICLE 2 INTERET SCIENTIFIQUE ET DEFINITION DES BESOINS L acquisition sur la plateforme G nomique toulousaine d une station de produits PCR multiplex s sera principalement destin e g notypage cibl sur s quenceurs nouvelle g n ration Cet automate devra r pondre tous les besoins divers mat riels biologiques sous diff rents tats divers type de primes et diff rentes machines de s quen ages de la communaut scientifique publique et priv e dans les domaines de la sant de l animal et du v g tal Cet instrument compl tera la cha ne d automatisation d j en place sur la plateforme ABI7900 Hiseq Miseq Biomark pour la production de s quences NGS pour la production de g notypes moyen d bit ARTICLE 3 CAHIER DES CHARGES 3 1 Objet du march Le pr sent march a pour objet l acquisition la livraison l installation la mise en service et la validation d une station de produits PCR multiplex s ainsi que la formation du personnel l utilisation de ce mat riel 3 2 Forme de la r ponse Chaque fournisseur pourra r pondre le candidat fournira un dossier complet comprenant e Devis d taill avec les caract ristiques techniques du mat riel e D lais de livraison e Un sch ma du mat riel ainsi q
7. eforme bioinformatique Elle a pour vocation de permettre l acc s de la communaut scientifique nationale des quipements performants et de favoriser les transferts de savoir faire dans les domaines de l analyse du g nome et de la g nomique fonctionnelle Dans le cadre du projet France G nomique elle fait partie des 9 plateformes dont le CNS et le CNG identifi es comme point d appui national des quipes de recherche dans le domaine de la g nomique et de la transcriptomique diff rentes technologies de puces ADN PCR quantitative haut d bit en microfluidique technologie de g notypage adapt es diff rents d bits s quenceurs classiques et nouvelles g n rations La plateforme GeT PlaGe travaille sur le G notypage de marqueurs g n tiques le s quen age sanger ou nouvelle g n ration l analyse de l expression des g nes en temps r el l extraction automatique d ADN g nomique la mise disposition de robots de pointe le conseil et l expertise dans le domaine de la g nomique La mont e en puissance du s quen age nouvelle g n ration pour le res quen age de g nome et la caract risation de la variabilit g n tique l tude du transcriptome de la m thylation de l ADN des interactions prot ines ADN ChlPSeq des tudes de m tag nomique vont amener la plateforme acqu rir de nouvelles technologies dans le ZNA Acquisition d une station de pr paration de produit PCR multiplex d di e
8. es amplifications en multiplexe avec la m me efficacit qu en amplification simplexe Faire sur la m me exp rimentation chantillons communs ou unique des amplifications seules simplex avec des primers array diff rents et simultan ment en multiplex minima de 4 De m me chaque unit r actionnelle puits tubes doit pr senter une efficacit d amplification similaire afin d atteindre une relative quimolarit de produit PCR et cela en simplexe et multiplexe Les produits PCR seront analys s par diff rentes techniques pour valuer la bonne amplification et que produit PCR soit en quantit relativement identique Dosage des produit Dosage Picogreen Evaluation des tailles fragment analyser analyse qualitative et quantitative par Miseq La marge de variation permise pour le dosage picogreen sera de 5 et pour la quantification du nombre de reads en s quen age de 15 ZNA 6 Acquisition d une station de pr paration de produit PCR multiplex d di e au s quen age Ceci permettre de valider la r p tabilit et la reproductibilit ente les unit s r actionnelles m me chantillon et m me array Les r sultats doivent tre en accord avec les sp cifications du fournisseur et en ad quation avec leurs utilisations sur des s quenceurs Illumina 3 4 Livraison sur site Le mat riel sera install et mis en service sur la Plateforme G nomique Plateforme G nomique G nopole Toulouse Midi pyr n
9. s volumes r actionnels devront tre inf rieurs 1 pl e Le param trage de tous les param tres cycles d amplification possibles nbre de cycle temp ratures rampe e L acc s aux donn es de contr le machine doit tre possible e Les amplifications produites doivent tre dans la marge de lecture des technologies de s quen age utilis es au niveau de la plateforme Miseq Hiseq Humina e Les amplifications devront tre produites avec une relative quimolarit La tra abilit des plaques lors de la manipulation doit tre continue et suivie l aide de codes barres 3 3 1 Contraintes qualit Reproductibilit et qualit des amplifications L absence de contamination Reproductibilit et quimolarit des r actions Fiabilit des volumes r actionnels de Donn es manquantes doit tre inf rieur 1 par rapport des donn es d j valid es Reproductibilit Intra et Inter plaque De plus l instrument ne devra pas pr senter plus de un probl me machine par mois et plus de un probl me logiciel par mois Pendant la phase de validation 2 mois la soci t s engage intervenir dans les 48 h en cas de probl me machine Pour chacune de ces conditions le fournisseur devra pr ciser si l application est d j valid e en cours de validation r alisable mais non valid e Ces sp cifications seront valid es par le fournisseur l installation de la machine dans les locaux
10. ue les caract ristiques d encombrement de celui ci e Les conditions de raccordement lectrique des l ments fournis e Les conditions de fonctionnement temp rature e Les informations stock es leur format ainsi que la documentation de la programmation des protocoles e Les protocoles valid s sur l instrument programmation d taill e et solutions utilis es e Une offre de prix des consommables plastiques sp cifiques de l automate e Les modalit s de maintenance e Un planning des interventions pr vues e Les modalit s d information concernant les mises jour des logiciels e D lai d intervention du service apr s vente en cas de panne e Un devis pour la maintenance e Un manuel d utilisation aux formats papier et informatis s e Un manuel contenant les consignes de s curit aux formats papier et informatis ZNA Acquisition d une station de pr paration de produit PCR multiplex d di e au s quen age e Le mat riel livr devra b n ficier d une garantie pi ces main d uvre et d placements selon les conditions d crites dans le pr sent document article 3 paragraphe 3 6 e Une proposition de solution pour la formation du personnel l utilisation du mat riel comme d crit l article 3 paragraphe 3 5 3 3 Caract ristiques techniques La station devra permettre e L analyse de plusieurs 10aine d individus en parall le sur plusieurs centaines de g nes e Le
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