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Développement du logiciel Finder2E pour le test des

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1. C Finder2E V3 Finder Of Energy Expenditure Logiciel de traitement de donn es pour la pr diction de la d pense nerg tique Figure 24 Page d accueil de Finder2E 3 0 35 2 Agencement Le probl me principal de Finder2E 2 0 tait sa navigation peu maniable Ainsi l utilisateur pouvait rester bloqu sur une page et ne plus pouvoir la fermer Pour rem dier cette maladresse nous avons tout d abord ins r sur chaque page une barre de menus permettant de quitter et de retourner sur la page d accueil figure 25 y Projet INRA ISIMA Peres Ate Menu principal Ctrl M Quitter Ctrl Q Figure 25 Barre de menus de Finder2E Des boutons Pr c dent ont aussi t ajout s pour permettre a l utilisateur de recommencer en cas d erreur ou de mauvaise manipulation Il est important de comprendre que le but d une application est d tre simple utiliser Enfin lorsque l utilisateur veut quitter l application une fen tre s ouvre pour lui demander confirmation de sa d cision figure 26 r A uw Etes vous s r de vouloir quitter l application Nn Figure 26 Fen tre de confirmation de fermeture de Finder2E 3 Raccourci clavier Des raccourcis clavier ont aussi t ajout s permettant a l utilisateur de choisir entre cliquer ou utiliser son clavier Quelques exemples sont visibles sur la figure 27 4 Ajout d ic ne Pour davantage de convivi
2. Mme Rousset a pour objectif de d terminer une fonction qui pr dit la d pense nerg tique Cette tude demande le traitement de nombreux fichiers Excel extraits de capteurs port s par des volontaires Cela demande un temps de calcul important qui ralentit consid rablement son travail Le logiciel Finder2E Finder of Energy Expenditure a ainsi t concu dans le but d effectuer tous ces traitements et de tester des fonctions de pr diction de la d pense nerg tique Des tudiants de l ISIMA et de l universit d Auvergne ont commenc le d veloppement de Finder2E en Java sous NetBeans Cependant par manque de temps toutes les fonctionnalit s dont Mme Rousset avait besoin pour analyser ces fichiers n ont pas pu tre d velopp es et aucune documentation n a t r dig e Notre premier objectif a donc t de reprendre leur travail de mani re am liorer le logiciel et lui ajouter quelques fonctionnalit s Il s agissait galement de r diger toute la documentation attach e Finder2E Par ailleurs lors d une tude en g n ral les volontaires doivent rester en contact avec les chercheurs Ils doivent par exemple remplir et envoyer des questionnaires qui seront trait s par les chercheurs Ils doivent galement envoyer les fichiers issus des capteurs qui seront trait s par Finder2E A l heure actuelle ces changes se font par courrier ou en main propre Cela restreint la zone g ographique de participation des vol
3. la cr ation du service Web et de son implication dans les projets qui portent sur la d pense nerg tique L administrateur est responsable de la gestion des droits des utilisateurs Il cr e donc les profils que nous avons d finis pr c demment Administrateur Chef de projet Chercheurs et 47 Volontaires inclus Si au fil de l utilisation d ActivCollector il est n cessaire d ajouter d autres profils et ou d en modifier ou supprimer l administrateur pourra le faire ais ment L administrateur cr e galement les utilisateurs et leur affecte un profil Les chercheurs seront cr s au d but de l utilisation d ActivCollector et auront le profil de chercheur Lorsque l administrateur cr e un nouveau projet si un chercheur devient chef de projet alors l administrateur devra changer le profil du chercheur en chef de projet seulement pour ce projet La cr ation de volontaires inclus se fait au fur et mesure des projets Suite aux r sultats de la pr tude le chef de projet prend connaissance des volontaires qui sont inclus progressivement dans l tude Si certains d entre eux participent pour la premi re fois un projet ils ne sont donc pas enregistr s dans la base de donn es Dans ce cas le volontaire inclus doit tre ajout par l administrateur la table des utilisateurs sous un nom de code Ses coordonn es mail et t l phone sont enregistr es pour qu ils puissent recevoir des rappels A la fin de l tu
4. quipe de chercheurs peut tre amen d l guer certaines de ses t ches C est pourquoi bien qu il n y ait en r alit qu un seul chef de projet par projet l application pr voit d en avoir plusieurs voir table chercheur Annexe C Un chef de projet est ainsi un chercheur responsable du projet Il a donc les m mes privil ges qu un chercheur mais g re galement les membres du projet les donn es et les plannings relatifs un projet Le chef de projet g re toute la phase de pr tude avec les collaborateurs les candidats potentiels les candidats volontaire et les visiteurs Une fois la pr tude termin e il peut ajouter et supprimer de l tude des chercheurs voir table chercheur Annexe C et ou volontaires inclus voir table volontaire Annexe C Les informations personnelles r sultats m dicaux obtenues pendant la pr tude tels que le poids la taille la composition corporelle etc pouvant servir durant l tude pourront tre enregistr s en base de donn es condition de nommer le volontaire inclus uniquement par son nom de code La correspondance entre le volontaire inclus et le nom de code sera enregistr dans un fichier non accessible par le service Web Ainsi en cas d intrusion d un pirate les donn es resteront tout de m me confidentielles Le chef de projet leur donnera galement un identifiant leur code et un mot de passe commun tous les volontaires inclus D s leur premi re connexion les vol
5. Finder2E software reengineering documentation specifications Web service TABLE DES MATI RES REMERCIEMENTS R SUM ABSTRACT GLOSSAIRE INTRODUCTION EE 10 I Contexte et non dt da mod nu do one 11 1 Pr sentation du laboratoire de recherche 11 A CRNH E E aa 11 b INRA Unit de Nutrition Humaine issus 11 C Equis CHALE emer ee Remar ey rea etter eee e a meee een Peon eee me 11 2 Pr sentation de tude 12 Enjeux de lede a de nn eee 12 b Description de l tude anotan 12 SA nn it nc ann 12 H e e E E 13 iii e 13 iy Traitements des donn es 5 5 urines dite cere ese st tute ee o eee dan eoe ee er ee ias Eon du eaa Ras 14 Ve Foncti n de TE nine ares 15 c N cessit d automatiser les calculs 15 3 Pr sentation de Findet2E ue rer rre erreur tee aee eee o en ua veru EENEG 16 a Principe de fonctionnement de Finder2E essere 16 Ts donn es NEE 16 ii Fonctionnalit s iii secs 16 111 Donn es de a TEE 17 b QOrbanisauon de FIRE inner alone 17 lo Pra ia 18 Md v TE 20 His Fonction de pr diction iii iii 21 e D veloppement de Fmder2E ioo I a ERAS HR iii 23 i Langage PR 23 11 Qutil Util ici oia 23 im Travail r alis iio eite teu de etai a eerie es 23 Eb Developpementae NEE 24 1 Documentation de Finder2E sisi 24 a Manuel utilisateur iii secs 24 1 Eo E E S E anni dan O 24 11 CONE NEE 24 b eerste DEE did ana 24 MEM ISI EE 24 iis M thode SADT ou IDBEQO tei er te
6. alis Les tudiants qui ont particip au d veloppement de Finder2E sont Clara Spriet et Anthony Walter projet de derni re ann e ISIMA et Mickael Lasnes stage de Master 2 professionnel Informatique D cisionnelle et Logicielle Clara Spriet et Anthony Walter ont r alis le cahier des charges et ont plus particuli rement mis en place le diagramme de classes ainsi que la proc dure pour le traitement des fichiers savoir la standardisation Mickael Lasnes a d velopp tout le processus de la phase de lissage des donn es Il a galement d velopp l ensemble des calculs faits partir des donn es issues des capteurs tels que les calculs du co t cardiaque relatif de la d pense nerg tique ou encore les traitements statistiques Il a ajout au logiciel la possibilit de cr er une famille et de tester la fonction de pr diction Au d but de notre projet Finder2E tait fonctionnel Cependant des am liorations restaient faire De plus aucun document d crivant le fonctionnement de Finder2E n avait t r dig Notre travail a donc t de poursuivre le d veloppement de Finder2E et de r diger toute la documentation de Finder2E 23 II D veloppement de Finder2E 1 Documentation de Finder2E a Manuel utilisateur i Int r t Le manuel utilisateur nous a fait d faut lors de la d couverte et de la prise en main de Finder2E De la m me mani re un manuel utilisateur devenait indispensable pour toute nouvelle
7. personne s int ressant au projet Pour cette raison nous en avons r alis un Nous le voulions multi usage La finalit de ce document veut qu il puisse servir toute personne susceptible d tre en relation avec Finder2E aussi bien un utilisateur qu un informaticien qui reprend le d veloppement de l application ou encore un chercheur voulant d couvrir Finder2E et conna tre ses possibilit s Le document de pr sentation de Finder2E 2 est la fois technique et fonctionnel Un utilisateur retrouvera les indications utiles la cr ation d un projet d une famille et toutes les autres fonctionnalit s qu offre Finder2E Une personne technique reprenant l application aura des d tails sur la cr ation des flux de donn es e g des fichiers standardis s et quelle tape ils se cr ent Ce document est donc compl mentaire de la description fonctionnelle qui mod lise les processus avec les flux d entr e sortie ii Contenu Le document de pr sentation de Finder2E fait 44 pages Il a t r dig sur plusieurs semaines Chaque r union permettait d am liorer de clarifier ou de d tailler certaines descriptions Il est constitu d un glossaire reprenant tous les termes non triviaux pr sents dans le document Un avant propos r dig par Mme Rousset et M Lacomme d crit le contexte et les enjeux de Finder2E Ensuite le manuel prend le cas classique de la cr ation d un projet et d une famille afin de voir comment utilis
8. 2009 2010 Bien que fonctionnel le logiciel n cessitait encore quelques am liorations Nous avons ainsi effectu une phase de reconception reengineering du logiciel dans le but de l am liorer Nous avons galement ajout quelques fonctionnalit s De plus nous avons r dig toute la documentation attach e Finder2E savoir une description fonctionnelle du logiciel un manuel utilisateur et un document recensant les licences utilis es par Finder2E Notre projet visait galement tablir le cahier des charges d un service Web En effet l tude telle qu elle est faite aujourd hui n cessite que les volontaires se d placent jusqu au laboratoire pour rendre leurs r sultats ou bien qu ils les envoient par courrier Cette proc dure co teuse en temps et en argent peut dissuader certaines personnes de vouloir participer l tude Par ailleurs le suivi des volontaires par les chercheurs est difficile distance Les changes d information concernant les volontaires sont aussi difficiles partager entre les chercheurs Enfin certaines t ches longues effectuer pour le chercheur pourraient tre automatis es L quipe CHLEO a ainsi pour objectif de mettre en place un service Web facilitant la communication entre les volontaires et les chercheurs Ce service Web permettra galement d tendre la participation des volontaires toute la France Notre projet sera poursuivi par un stagiaire de l ISIMA entre avril et septembr
9. 411421 Standardiser les Fichiers fichiers Arm A1122 bruts ArmBand Fichiers Acti Arm et Che Standardiser les fichiers Acti A1123 standardis s Fichiers bruts ActiHeart Figure 16 Diagramme SADT repr sentant la standardisation des fichiers N B La m thode SADT a t retenue pour cette description pour deux raisons Elle s adapte bien au fonctionnement de l application De plus la mise en place de cette m thode est simple claire et pr cise pour le lecteur qu il soit sp cialiste ou n ophyte du domaine c Licences Nous avons r dig un document d une trentaine de pages listant les licences des biblioth ques utilis es par Finder2E 4 Un tableau r sume la licence associ e chaque biblioth que utilis e par Finder2E ainsi que l URL du site officiel de chaque biblioth que Ensuite nous avons ajout un tableau r sumant les compatibilit s entre licences Enfin nous y avons joint les termes et conditions d utilisation des licences Ce document nous a t demand dans l optique de la distribution ventuelle de Finder2E Ce document a t transmis l INRA Transfert une unit qui g re les aspects juridiques ainsi que la valorisation des produits con us par des chercheurs de l INRA 2 Am liorations de l existant a Introduction Rappelons qu au d but de notre projet Finder2E tait fonctionnel Cependant comme tout projet de cette envergure le d veloppement n est jamais r ell
10. Certaines questions devront peut tre apparaitre avant d autres questions dans le questionnaire Des questions devront peut tre se suivre et tre cons cutives dans le questionnaire Dans le cas o l ordre est pr d fini par le chef de projet cela ne pose pas de probl me Cependant dans le cas o l ordre est al atoire le chef de projet doit sp cifier l ordre de pr sentation des questions de pr c dence et de succession Une fois qu il a choisi toutes les questions qui composent le questionnaire le chef de projet choisit les pr traitements voir table pre traitement Annexe C effectuer sur le questionnaire Pour cr er un pr traitement le chef de projet choisit la fonction voir table fonction Annexe C appliquer somme produit moyenne etc et les questions sur lesquelles appliquer cette fonction voir table parametre pre traitement Annexe C Par exemple il pourra faire le pr traitement somme des r ponses 3 4 et 5 du questionnaire qu il vient de cr er Ces pr traitements pourront tre faits sur les questionnaires de l ensemble des volontaires famille contenant tous les volontaires du projet du projet ou sur les questionnaires des membres d une famille voir table membre famille Annexe C d finie par le chef de projet voir fl che 8 Une fois le questionnaire cr voir table questionnaire Annexe C tous les chefs de projet pourront y avoir acc s et le s lectionner pour leur projet voir fl che 1 Lo
11. VARCHAR 45 id question INT id_volontaire INT nb question INT ordre alea BOOLEAN id famille INT sexe VARCHAR 1 age min INT age max INT id parametre pre traitement INT 4 question selectionnee id question selectionnee INT 2 pre tratement id pre traitement INT imc min DOUBLE Le imc_max DOUBLE vo2_min DOUBLE vo2_max DOUBLE indice sportif min DOUBLE indice sportif max DOUBLE OQ id famille INT id fonction INT m
12. chercheurs de suivre les volontaires et de communiquer avec eux Lors des premi res r unions notre chef de projet nous a expliqu plus pr cis ment ce qu elle attendait de ce service Web Il en est ressorti que dans l id al le syst me devrait comporter quatre parties i Partie Administration Cette partie de l application Web permettra un utilisateur autoris de g rer et d administrer la base de donn es des utilisateurs de g rer les droits d acc s des chercheurs sur le site Web Cette partie permettra galement de cr er des questionnaires destin s aux volontaires Les questionnaires peuvent tre de diff rentes natures Des questions sur la fr quence de consommation de plusieurs aliments et leur quantit pourront tre pos es Cela implique l utilisation d une table de conversion aliment nutriment de r f rence pour d terminer la quantit de nutriments ing r s prot ine lipide glucide apport nerg tique global etc Des questions ferm es pourront aussi tre propos es pour d terminer des ressentis concernant l app tit les pr f rences alimentaires l activit s dentaire ou dynamique etc Des photos pourront tre ins r es dans les questionnaires Des questions ouvertes pourront aussi tre propos es Par contre ce type de questions ne pourra pas tre analys par le service Web ii Partie Volontaires L acc s un espace priv contenant l ensemble des donn es d un volontaire sera
13. cr son attention pendant la dur e du protocole Le volontaire pourra prendre des rendez vous via le service Web Les questionnaires devront tre envoy s automatiquement aux volontaires L acquisition des donn es sera ainsi suivie et enregistr e automatiquement Les volontaires devront pouvoir saisir des informations les concernant code sujet ge taille poids prise alimentaire r ponse des questionnaires divers d chargement des donn es de la d pense nerg tique Les fichiers n cessaires au fonctionnement de Finder2E devront pouvoir tre transmis via ce service Web Pendant le d roulement d un protocole un rappel automatique par mail pourra tre mis en service pour alerter les volontaires sur des questionnaires remplir et renvoyer et des visites faire au laboratoire 40 ii Partie Pr traitement des questionnaires et calculs Statistiques Les questionnaires seront automatiquement d pouill s et les r sultats statistiques seront enregistr s L application pourra par exemple sommer les scores de diff rentes questions Le d pouillement devra pouvoir se faire de mani re individuelle ou en fonction d une famille d individus d finie dans Finder2E iv Partie Suivi de projet Cette partie est destin e aux chercheurs et aux collaborateurs Les chercheurs et collaborateurs participant au m me projet pourront communiquer entre eux via le site web gr ce au d p t de documents tels que la
14. de la qualit de la fonction de pr diction saisie par l utilisateur voir fl che 3 Le chef de projet pourra les partager avec les autres chercheurs via ActivCollector fl che 4 Les chercheurs pourront alors les analyser et r diger des comptes rendus fl che 5 Nous avons expliqu pr c demment que les questionnaires pourraient tre d pouill s par famille Cette famille devant correspondre celle cr e dans Finder2E nous avons choisi deux solutions pour g rer cela La premi re est d ajouter une fonctionnalit dans Finder2E qui permet d extraire les caract ristiques d une famille cr e par le chef de projet voir fl che 6 La seconde est d ajouter dans ActivCollector une interface permettant de cr er des familles voir fl che 7 La partie Finder2E et la partie Questionnaires tant g r es par la m me personne savoir le chef de projet cr er une m me famille dans les deux parties ne devraient pas poser de probl me c Questionnaires La partie Questionnaires concerne les diff rentes formes de questionnaires et leur gestion voir figure 34 ES ani Statistiques question 6 naires envoie Chercheur 7 Compte Pa t utili mon est utilis n donsulte AS Questionnaire Fichiers RTE Webcam envoie jam est utilis par lt j utilise Questionnaire rempli Questionnaire re oit s lectionn Volontaire eme Chef de projet Figure 34 Fonctionnement de la partie Qu
15. doit tre remplac il s agit de corrections texte Ergonomie c est une am lioration de la lisibilit des pages d cran C est une correction interm diaire entre la correction cosm tique et la fonctionnalit Le deuxi me indicateur est la gravit du bogue Elle est consid r e comme mineure ou majeure Les termes mineur et majeur n ont pas le m me sens pour le d veloppeur et pour l utilisateur En effet supposons que dans un cas rare et donc vitable l application ne r alise pas une t che Pour l utilisateur le bogue est peut tre mineur Cependant il peut cacher une erreur grave et difficile corriger et donc tre consid r comme majeur pour le d veloppeur L id e retenue est que la gravit est valu e selon la vision utilisateur Ainsi est n e l id e du troisi me indicateur Il permet de traduire cette notion de mineur majeur pour l ensemble des corrections bogues inclus selon la vision du d veloppeur Il a cependant davantage de nuances Il permet plut t de traduire le temps approximatif qu il faudra au d veloppeur pour faire une correction Il est noter que ce n est qu un indicateur car parfois la difficult est cach e La correction peut tre plus difficile que pr vu ou inversement Nous avons donc retenu en r union une chelle arbitraire allant de 1 10 o 1 repr sente une correction rapide et 10 repr sente une correction irr alisable dans les d lais impartis E
16. fix par le chef de projet celui ci re oit galement un rappel si le volontaire n a pas renvoyer les questionnaires et ou les fichiers issus des capteurs Il devra alors appeler par t l phone le volontaire Aucun rappel n est fait au chercheur concernant ses rendez vous car il est 100 sur le projet et en g n ral il n oublie pas s il est bien organis 3 Mod lisation du service Web A l issue de cette tape d analyse nous avons eu une meilleure vision de l application Web qui se nomme aujourd hui ActivCollector Cela nous a permis de d terminer les principales fonctionnalit s de l application et l organisation de la base de donn es voir Annexe C L analyse des besoins de l quipe CHLEO a r v l qu il y avait finalement cinq principales parties Administration Finder2E Questionnaires Fichiers de r sultats et Planning n cessaire au fonctionnement de l application comme le montre le sch ma ci dessous Administration V O L O N T A I R E CHEF DE PROJET Figure 32 Sch ma g n ral d ActivCollector Les acteurs d finis pr c demment pourront intervenir dans les diff rents modules Cela g n rera des flux et des changes entre les modules Chaque action r alis dans le service Web sera dat e et enregistr e en base de donn es voir table historique Annexe C a Administration La partie administration est r serv e l administrateur Mme Rousset tant donn sa participation
17. les fichiers issus des capteurs les capteurs et ou les questionnaires voir fl che 9 Le chef de projet devra alors appeler par t l phone le volontaire inclus Ces rappels constituent un autre type de rappel en r action un retard ou un oubli 52 CONCLUSION Un des objectifs de l quipe CHLEO est d tablir un mod le de pr diction de la d pense nerg tique Pour cela ils ont eu besoin de nombreux volontaires suivant un protocole pr cis Les donn es de sortie qui en r sultent sont trait es par Finder2E qui est un logiciel d aide la pr diction de la d pense nerg tique Son d veloppement a commenc lors d un projet puis s est poursuivi lors d un stage Lorsque nous avons repris ce projet le logiciel tait fonctionnel Il a contribu faciliter les traitements statistiques des fichiers issus des capteurs ActiHeart ArmBand et chambre calorim trique L tape suivante a donc t de r fl chir l automatisation d un projet dans son ensemble C est la finalit du service Web ActivCollector Avant cela nous avons r dig des documents autour de Finder2E Ces documents ont pour but de faciliter son utilisation ainsi que la reprise de son d veloppement En effet se familiariser au code de Finder2E a t la principale difficult que nous avons rencontr e Nous avons donc ensuite continu travailler sur Finder2E en am liorant l existant et en ajoutant de nouvelles fonctionnalit s Cependant des am l
18. pu tre pr cis es C tait le cas du filtrage des donn es selon la m thode de Savistky Golay lors du traitement des fichiers Finalement le terme filtrage a t abandonn pour tre remplac par lissage Ainsi lorsque le terme filtrage tait pr sent dans l application nous l avons remplac afin d avoir une coh rence entre la description fonctionnelle et l application ii Cosm tique Il ne faut pas n gliger ce type de correction En effet les interfaces et les affichages sont les premi res r alisations que voient les utilisateurs Cela correspond l agencement des composants sur une page Dans l optique d am liorer la lisibilit des fichiers contenant de nombreuses colonnes la coloration des colonnes pour chaque param tre a t r alis e Le r sultat est visible figure 17 Figure 17 Exemple de fichier Excel Calcul famille g n r la cr ation d une famille iii Bogues 1 Bogue mineur Des erreurs minimes ont t constat es dans le calcul des moyennes des param tres par activit En effet une minute de trop apr s la fin de l activit tait int gr e dans le calcul Il s agit d un bogue mineur la fois pour l utilisateur et le d veloppeur de Finder2E Les autres bogues mineurs rencontr s taient des cas d utilisation oubli s ou des fen tres de demande de confirmation r aliser avant de quitter l application 28 2 Bogue majeur Ces bogues sont plus g nant
19. qu ils puissent tre trait s par SAS iii Traitements statistiques des donn es Les fichiers de statistiques sont des fichiers Excel qu il est possible de diviser en deux cat gories les statistiques li es aux capteurs ActiHeart et ArmBand et les statistiques li es aux questionnaires Les traitements statistiques des donn es des capteurs sont g n r s par Finder2E et par SAS Les traitements statistiques des r ponses aux questionnaires sont issus du d pouillement et du pr traitement r alis s par le service Web ainsi que de l analyse statistique faite l aide de SAS Tous ces fichiers ont un niveau de confidentialit 3 iv Comptes rendus et autres Les chercheurs peuvent publier de nombreux documents tels que es accords du Comit de Protection des personnes et de l AFSSAPS les r sultats de l tude des comptes rendus sur l avancement du projet les rapports de stage et les publications nouveaux protocoles de recherche r sultats de recherche des protocoles termin s les faits marquants en nutrition Tous ces fichiers ont un niveau de confidentialit 3 46 v Rappel Des rappels automatiques sont faits la veille de l ch ance pour rappeler aux volontaires inclus qu ils ont des rendez vous respecter qu ils doivent envoyer les r ponses aux questionnaires ou bien qu ils doivent envoyer leurs fichiers issus des capteurs voir table rappel Annexe C Au del d un certains d lai
20. sans tre modifi s 2 Application La description fonctionnelle 3 s est faite sur plusieurs semaines Nous avons r alis sept versions avant d arriver la version finale Le document final comprend 21 pages Il explique la m thode retenue pour l analyse et contient galement un lexique des termes non triviaux qu il est possible de retrouver l int rieur Cette description a t le sujet des premi res r unions que nous avons eues avec Mme Rousset et M Lacomme Au fur et mesure que nous avancions nous ajoutions des pr cisions nous d crivions des niveaux suppl mentaires La description est d taill e pas pas selon cinq niveaux successifs Le plus difficile a t de comprendre quelles taient les donn es d entr e quelles donn es seraient modifi es quoi taient destin es les donn es de sortie La m thode SADT est un jeu de piste permettant de naviguer parmi les fonctionnalit s de Finder2E Cette m thode permet de savoir pour chaque action quels sont les l ments dont elle a besoin pour tre ex cut e Le lecteur peut ainsi consulter la figure qui pr sente le sous niveau dont il a besoin sachant que l analyse part de l application et tend descendre vers le niveau d impl mentation Ainsi la figure 16 montre un exemple d un niveau entier extrait de l analyse fonctionnelle 3 25 Heure de d but et dur e pour un groupe donn Fichiers bruts Che Standardiser Tronquer les fichiers Chce
21. 10 Caract ristiques d une famille Finder2E permet de cr er des familles selon ces crit res de s lection cf figure 11 fi y Creation de la famille US SSS HA itor Finder2E Edit Aide Nom de la famille Liste des volontaires r pondant aux crit res Crit res de recherche Sexe T H Age compris entre E IMC compris entre VO2 compris entre Indice sportif compris entre Projets Groupes selectionn s Enlever Nombre de personnes Commentaires Groupes CRI Choix de la plage d intervalle pour les METs 3 Figure 11 Cr ation d une famille dans Finder2E 20 La famille d finit la population sur laquelle vont s effectuer les traitements statistiques et pour laquelle la fonction de pr diction de la d pense nerg tique sera test e Le tableau en haut et droite de la figure 12 montre les moyennes de tous les param tres pour chaque activit et pour chaque volontaire de la famille Il est galement possible d diter des graphiques en deux dimensions voir cadran en bas droite Les variables en abscisse et en ordonn e sont choisies par l utilisateur dans les menus d roulants situ s gauche Les points repr sentent la moyenne de la variable en ordonn e en fonction de la moyenne de la variable en abscisse pour une activit donn e s Visualisation DES A KE pu NS Fichier Exporter Aide Caract ris
22. 45 O francais TEXT date_publication DATE Qanglas TEXT description TEXT id activite INT 9 id planning activite INT nom activite V ARCHAR 45 jour debut DATE heure debut TIME duree heure DOUBLE duree jour DOUBLE id type question INT nom VARCHAR 15 Q description TEXT id choix reponse INT id question INT initule reponse V ARCHAR 45 image VARCHAR 45 id questionnaire pre trate INT id volontaire INT 4 id questionnaire complete INT id projet INT 2 id pre traitement INT id utilisateur INT resultat DOUBLE id_planning_activite INT sexe VARCHAR S5 date naissance DATE id question INT poids DOUBLE id type ton INT qun id questionnaire complete INT Sat vo2 max DOUBLE nb reponse INT id_questonnaire_selectionne INT pourcentage masse grasse DOUBLE i id volontaire INT masse maigre DOUBLE id question selectionnee INT pression arterielle diastolique INT bis ne pression arterielle systolique INT pom ordre INT metabolisme base DOUBLE hormone tyroidienne DOUBLE niveau restricion DOUBLE externalite DOUBLE Q emotivite DOUBLE indice sportif DOUBLE id questionnaire selectionne INT 4 id questionnaire INT id volontaire INT date envoi DATETIME date reception DATETIME id question selectionnee INT id membre famille INT id questionnaire INT id questionnaire INT Q id famille INT titre
23. CHAR 8 mot de passe VARCHAR 8 Pu A telephone VARCHAR 15 mail VARCHAR 45 statut BOOLEAN id rendez vous INT id chercheur INT lt 9 id volontaire INT 9 id type rdv INT date DATETIME id volontaire INT id projet INT id utilisateur INT id planning activite INT lt gt sexe VARCHAR 5 date nasssance DATE poids DOUBLE taille DOUBLE vo2_max DOUBLE pourcentage masse grasse DOUBLE masse maigre DOUBLE Si pression arterielle diastolique INT pression arterielle systolique INT metabolisme base DOUBLE hormone tyroidienne DOUBLE m H niveau restricion DOUBLE jd chercheur INT id projet INT id utilisateur INT profil VARCHAR 15 id upload fichier INT id projet INT externalite DOUBLE id_projet INT nom VARCHAR 15 emotivite DOUBLE id confidentialite INT O description TEXT MZ J indice_sportif DOUBLE nom VARGHAR 45 taille INT description TEXT date DATETIME id rappe INT id volontaire INT id type rappe INT date DATETIME gt id confidentialite INT Q niveau confidentialite V ARCHAR 15 description TEXT id historique INT id projet INT utilisateur V ARCHAR 15 date modification DATETIME description TEXT id type rappe INT description TEXT id artide INT id projet INT id confidentialite INT id traduction INT auteur V ARCHAR
24. E V3 Finder Of Energy Expenditure Logiciel de traitement de donn es pour la pr diction de la d pense nerg tique Figure 5 Page d accueil de Finder2E 17 i Projet Un projet est d fini par un nom et un nombre de groupes de volontaires qui le composent Chaque groupe est caract ris par un nom une heure de d but une dur e compt e en jours ou en heures et un ensemble d exp riences Chaque exp rience est caract ris e par un nom une date et un groupe Une exp rience regroupe un ou plusieurs volontaires ayant suivi le m me protocole exp rimental chambre calorim trique en conditions habituelles de vie ou dans une autre condition La figure 6 repr sente les diff rents l ments d un projet Projet nn E 7h Groupe 1 Groupe 2 Groupe 3 Lt contient PP Fichiers bruts gt ArmBand Contient les donn es ActiHeart des volontaires de Chambre l exp rience C Base de donn es Volontaires Figure 6 El ments d un projet Toutes les donn es r colt es dans les diff rents types de fichiers s inscrivent dans un projet Dans chaque projet il est ainsi possible de standardiser lisser et d river les donn es d entr es voir figure 7 f i A Se Projet Aide Cr ation d une Exp rience 2 3 ET Optionnel S lectionnez un fichier ActiHeart ArmBand obligatoirement associ i ET Optionn
25. EE e ener Ere ta ed e etcetera p Ces evan 25 UNN KT KT iens crecer oe eoe nep ee Hy Pasce ek De Cae d ede RENE Li Teese evden 25 PME diio 25 c TEE 26 2 Am liorations de l existant seins tertie ee tet Gea Paten beue Pee Boedo ERAN 26 ie MUPOCUI CUI OM EE 26 b Crit res de priorit s des COMEN ege veiut cta Id Quai FR cu ee e deeg 27 III l 2 c Approfondissement des corrections par tYpe ss 28 Le WOKE E EC 28 Bs er seid SR panim ec uS a e de land oe 28 Hi SO BUSS PE M UR ORE 28 t EE 28 De BOSS male Se aio ueste AN M MEL Ge 20 Ajout de fonctionnalit s ii SA A A 29 4 Description soree ao eE EAE R E A E RE R AN 29 b Exemples riadas 29 Lb LES API QUES E 29 l Insertion dantosbulles on ehe eto prseterea dis 30 2 5 ts A er ed ne 30 3 Insertion de nouveaux param tres en abscisse et en ordonn e 30 4 Possibilit de visualiser l volution des param tres en fonction du temps 30 5 Adaptation des chelles en fonction des param tres esee 32 6 Exportation de graphique et sauvegarde des donn es info bulles 32 i Modification des Hee e Ee 22 1 Dur e de l intensit des activit s comprises dans un intervalle de METS 32 iodo A E 33 3 Sauvegarde d informations dans des fichiers texte 33 WM Ergonomie EE 34 Mie Ke e 34 2 NA MR ENS NES RAA ele 36 3 Raccou
26. Figure 1 Principe de l tude 12 L tude Modelheart men e par l quipe CHLEO en 2009 a n cessit de d finir une population repr sentative de volontaires qui s est soumise un protocole exp rimental Les volontaires ont t r partis en deux groupes de soixante personnes de caract ristiques biologiques similaires Le premier groupe plac en chambre calorim trique pendant 26h a permis de d terminer les quations pr dictives de la d pense nerg tique Le deuxi me groupe plac en conditions habituelles de vie pendant dix jours a permis de valider ces quations En effet comme le montre la figure 1 les fichiers de donn es extraits des capteurs port s par ces volontaires ont t trait s et ont constitu des param tres candidats pour la fonction de pr diction de la d pense nerg tique La pertinence de cette fonction a t alors valu e gr ce au calcul de l erreur entre la mesure de r f rence et l estimation faite par la formule ii Volontaires Chaque volontaire participant cette tude a t caract ris l aide de ses donn es biologiques Ces donn es regroupent les donn es propres du volontaire telles que son ge son sexe sa taille son poids ses masses maigres et grasses son indice sportif sa capacit respiratoire maximale etc Toutes ces donn es ont t stock es dans un fichier Excel nomm dans ce rapport fichier volontaires Pendant toute la dur e du protocole les vo
27. Figure 31 R le de EE 10 Figure 32 Sch ma g n ral d ActivCollector na ti 47 Figure 33 Fonctionnement de la partie FInd er 2 E cc cscssestisassanvavesesadbossnssadsnscsosdsessonadoessccsasenceestensea 10 Figure 34 Fonctionnement de la partie Questionnaires ss 10 Figure 35 Fonctionnement de la partie Planning sesta seas ii 10 REFERENCES BIBLIOGRAPHIQUES 1 KAMECHE N ROUX G Cahier des charges d ActivCollector mars 2011 2 KAMECHE N ROUX G Pr sentation de Finder2E Finder of Energy Expenditure d cembre 2010 3 KAMECHE N ROUX G Description fonctionnelle de Finder2E M thode SADT d cembre 2010 4 KAMECHE N ROUX G Pr sentation des licences des biblioth ques utilis es par Finder2E novembre 2010 5 LASNES M Pr diction de la d pense nerg tique Finder2E Finder of Energy Expenditure Rapport de stage r alis en 2010 WEBOGRAPHIE Sites Web consult s dans la correction des bogues et de l ajout de nouvelles fonctionnalit s http www jfree org jfreechart api javadoc index html http jexcelapi sourceforge net resources javadocs current docs dans la r daction du document sur les licences http www gnu org licenses gpl 3 0 html http www gnu org licenses lgpl html http www apache org licenses LICENSE 2 0 Annexe A Statistiques autour de la correction des bogues et ajout de fonctionnalit s Corrections Nombre total r pertori N
28. ISIMA INA Institut Sup rieur d Informatique de INRA Mod lisation et de leurs Applications Unit de Nutrition Humaine Equipe CHLEO 24 Avenue des Landais 58 rue Montalembert BP 10 125 BP 321 63 173 Aubi re cedex 63 009 Clermont Ferrand cedex Rapport d ing nieur Projet de 3 ann e Fili re F3 Informatique des syst mes d information et d aide la d cision D veloppement du logiciel Finder2E pour tester des mod les de pr diction de la d pense nerg tique et Elaboration du cahier des charges du service Web ActivCollector Pr sent par Naima Kam che et Geoffrey Roux Responsable INRA Sylvie Rousset Responsable ISIMA Philippe Lacomme 17 mars 2011 ISIMA WINA Institut Sup rieur d Informatique de INRA Mod lisation et de leurs Applications Unit de Nutrition Humaine Equipe CHLEO 24 Avenue des Landais 58 rue Montalembert BP 10 125 BP 321 63 173 Aubi re cedex 63 009 Clermont Ferrand cedex Rapport d ing nieur Projet de 3 ann e Fili re F3 Informatique des syst mes d information et d aide la d cision D veloppement du logiciel Finder2E pour tester des mod les de pr diction de la d pense nerg tique et Elaboration du cahier des charges du service Web ActivCollector Pr sent par Naima Kam che et Geoffrey Roux Responsable INRA Sylvie Rousset Responsable ISIMA Philippe Lacomme 17 mars 2011 REMERCIEMENTS Nous tenons remercier notre tutr
29. SERM Son objectif g n ral est la mise au point d une pr vention nutritionnelle visant r duire l incidence et ou la s v rit des pathologies li es au vieillissement Les recherches du CRNH devraient ainsi am liorer la qualit de vie des personnes g es b INRA Unit de Nutrition Humaine L Institut National de la Recherche Agronomique INRA a t fond en 1946 et est aujourd hui le premier institut de recherche agronomique en Europe et le deuxi me dans le monde Cet organisme de recherche scientifique publique est plac sous la double tutelle du Minist re de l Enseignement Sup rieur et de la Recherche et du Minist re de l Alimentation de l Agriculture et de la P che Ses recherches s organisent autour de l alimentation de l agriculture et de l environnement avec des enjeux sociaux tels que l ambition de d velopper une agriculture comp titive respectueuse de l environnement des territoires et des ressources naturelles et mieux adapt e aux besoins nutritionnel de l Homme Le secteur de recherche en nutrition humaine de l INRA de Clermont Ferrand est port par l Unit de Nutrition Humaine UNH qui est notamment affili au CRNH d Auvergne Les recherches sur mod le humain sont essentiellement effectu es par deux quipes de l UNH l quipe Nutrition M tabolisme et Fonte Musculaire qui vise favoriser le maintien de l int grit fonctionnelle du muscle par l tude de la r gulation nutritionnelle du renouvellem
30. a correction des bogues et ajout de fonctionnalit s Annexe B Planning d activit s du projet et r partition du temps de travail par partie Annexe C Mod le Entit Association d ActivCollector GLOSSAIRE e Acc l rom trie Il s agit de l acc l ration mesur e sur une personne CCR Co t cardiaque relatif Il est le r sultat du rapport entre l augmentation absolue de la fr quence cardiaque FC FCmin et la r serve cardiaque FCmaxth orique FCmin Le CCR refl te l effort fourni lors d une activit par rapport l effort maximum e D pense nerg tique Elle repr sente la quantit d nergie br l e pendant une p riode donn e Elle d pend notamment de l activit de l augmentation de la fr quence cardiaque de la temp rature corporelle et de la quantit d oxyg ne consomm et du gaz carbonique produit Le but de Finder2E est d ailleurs d aider trouver une formule permettant de la calculer selon des param tres pr cis Description fonctionnelle Elle est utilis e pour d terminer les fonctions principales et secondaires du produit ici un logiciel Il est important de faire ce recensement afin d effectuer un dimensionnement correct des caract ristiques du produit Lors de la description fonctionnelle chaque fonction doit tre recens e hi rarchis e avoir des flux d entr e des flux de sortie qui se r sument en tant le flux d entr e avec une valeur ajout e e Info bulle toolti
31. alit des ic nes issues de biblioth ques libres ont t ajout es pour certains menus Quelques exemples sont visibles sur la figure 27 Aide G Menu Etapes du projet Ctrl Gauche Q Menu principal Ctri M Apropos Ctri A ai Quitter Ctrl Q Eder Aide t T Projet pg ml Famille 3 Nouvelle famille Ctrl F MF Fonction de pr diction La Ouvrirfamille Ctri P E Quitter Due 4 a Figure 27 Exemples d ic nes et de raccourcis clavier attach s des menus 36 5 Info bulles La plupart des boutons disposent d sormais d info bulles pour pr ciser leur fonction Ils servent renseigner l utilisateur des possibilit s qu il a depuis n importe quelle fen tre Ainsi sur la figure 28 le bouton Suivant indique qu en cliquant dessus l utilisateur aura la fen tre de chargement des fichiers volontaires qui s ouvrira Projet Aide Cr ation d une Exp rience 1 3 Nom Exp Code Date E Lieu Groupe gi x Champs obligatoires Pr c dent Suivant Exp rience Chargement des fichiers Suivant J Exp rience Chargement des fichiers Figure 28 Info bulle expliquant quoi sert le bouton Suivant 4 Bilan Le but de cette partie tait de stabiliser davantage l application en continuit avec le stage pr c dent puis d ajouter des fonctionnalit s suppl mentaires et enfin d am liorer l interface La r alisation de ces t ches a justifi
32. aque volontaire b n ficiera d un espace priv gr ce au service Web o il pourra consulter son planning d activit ses rendez vous ses rappels les r sultats globaux de l tude Cet espace priv est cr l attention d un volontaire inclus pendant la dur e du projet A la fin de l tude le chef de projet lui demandera s il souhaite tre enregistr en tant que candidat potentiel pour d autres tudes Quelque soit sa r ponse le volontaire inclus n aura plus acc s l application c Les changes L int r t du service Web est de faciliter la communication entre les diff rents acteurs d un projet Au sein de l application des donn es vont tre partag es par les diff rents utilisateurs de l application Ces donn es peuvent tre de diff rents types fichiers issus des capteurs ActiHeart Armband fichiers issus de la chambre calorim trique les caract ristiques du volontaire des comptes rendus des calculs statistiques ou encore des r ponses aux questionnaires Afin de g rer l acc s ces fichiers nous avons d fini des niveaux de confidentialit des donn es voir table confidentialite Annexe C tout le monde y a acc s 2 un volontaire concern par l information les chercheurs et le chef de projet 3 seulsles chercheurs et le chef de projet 4 seul le chef de projet Par la suite nous d crirons l ensemble des donn es chang es dans l application 45 i Fichiers issus des capteurs Les fic
33. au chef de projet 41 Le projet se r sume donc la phase d tude d crite sur la figure suivante ETUDE est constitu de CHEF DE PROJET MEMBRE DONNEE PLANNING est un est constitu de est un CHERCHEUR VOLONTAIRE RAPPEL RENDEZ VOUS INCLUS QUESTIONNAIRES FICHIERS STATISTIQUES CARACTERISTIQUES COMPTE RENDUS RESULTATS CAPTEURS VOLONTAIRES ET AUTRES DE L ETUDE Figure 30 Composition de l tude En base de donn es voir le mod le entit association de l annexe C la notion de projet se retrouve dans la table projet b Les acteurs et leurs r les Limiter le projet l tude nous a permis d carter des utilisateurs suivants de l application Web le visiteur le candidat potentiel le candidat volontaire et le collaborateur Il en r sulte que les personnes ayant acc s au service Web sont le chef de projet les chercheurs et le volontaire inclus Afin de pouvoir g rer ces diff rents utilisateurs et leurs droits nous avons introduit la notion d administrateur i Administrateur Nous avons d cid qu il y aurait un seul administrateur qui s occuperait de la gestion des utilisateurs de l application de leurs profils et des projets comme le montre la figure 31 Nous avons choisi d introduire cet administrateur pour des raisons de s curit et pour viter que n importe quel individu puisse s attribuer des droits qu il ne devrait pas avoir Son r le est de cr er ou modifier un utilisateur voir table utilisat
34. au du triceps Il acqui re toutes les minutes des mesures de la temp rature de la 1 ge peau d acc l rom trie transversale et longitudinale de position couch ou d non d tat endormi ou non du nombre de pas du flux de chaleur dissip au niveau de la peau et de la sudation Il estime galement la d pense nerg tique totale et le ratio entre la Figure 3 Capteur d pense nerg tique li e l activit et le M tabolisme de repos METs Armand Tout comme pour le capteur ActiHeart le capteur ArmBand enregistre des donn es dans un fichier Excel nomm fichier ArmBand 13 Pour les volontaires ayant s journ en chambre calorim trique un autre fichier est g n r par les capteurs de la chambre Il regroupe les mesures de consommation en O et de production de CO Ce type de fichier Excel permettant de calculer pr cis ment la d pense nerg tique selon le principe de la calorim trie indirecte correspond par la suite aux fichiers chambre calorim trique Cette mesure constitue une r f rence de la d pense nerg tique Les volontaires effectuant l exp rience en chambre calorim trique portent galement un lectrocardiogramme ECG C est un ensemble de trois lectrodes qui renseignent sur la fr quence cardiaque FC du volontaire Ce capteur est coupl une alarme permettant de d tecter un ventuel malaise FC 35 Les donn es g n r es par ce capteur se trouvent galeme
35. autres sont expliqu es dans le cahier des charges 1 Nous avons r alis le mod le entit association avec le logiciel MySQL Workbench version 5 2 Ce logiciel permet aux administrateurs aux d veloppeurs ou aux architectes de base de donn es de concevoir de g n rer et de g rer visuellement des base de donn es En effet MySQL Workbench simplifie leur conception et leur maintenance puisqu il autorise la cr ation de base de donn es b ties sur des mod les entit association ce qui repr sente la m thodologie la plus efficace pour cr er des bases de donn es valides et performantes tout en accompagnant l volution des besoins du laboratoire Tous les objets peuvent tre mod lis s et g r s au sein de MySQL Workbench Afin de comprendre le mod le suivant voici la l gende du mod le m table cl primaire cl trang re o cl trang re pouvant tre nulle attribut gt attribut pouvant tre nul 11 relation 1 1 in relation ln Pour une meilleure lisibilit nous avons s par le mod le entit association en deux La table volontaire fait le lien entre les deux sch mas id capteur INT id volontaire INT num serie VARCHAR 45 type VARCHAR 15 date emprunt DATE date rappel DATE date retour DATE id profil INT id utilisateur INT nom VARCHAR 15 description TEXT id profil INT nom VARCHAR 15 S prenom VAROHAR 15 idendifiant V AR
36. de si un volontaire ne souhaite plus participer d autres projets l administrateur devra lui changer de statut et le marquer comme non int ress d autres projets La suppression d un volontaire inclus n est pas envisageable car l quipe CHLEO souhaite connaitre les participants de tous les projets m me ceux termin s Pour y avoir acc s il faut que le volontaire soit dans la table utilisateur b Finder2E La partie Finder2E concerne toutes les donn es relatives Finder2E comme le montre la figure 33 est utilis par g Statistiques volontaire Chercheur e Comptes rendus Fichiers envoie I Capteur Volontaire Chef de projet Figure 33 Fonctionnement de la partie Finder2E 48 Dans cette partie les volontaires inclus pourront envoyer leurs fichiers ArmBand Les fichiers ActiHeart seront enregistr s dans l application par les chercheurs et ou le chef de projet Enfin les fichiers de la chambre calorim trique sont enregistr s dans l application par les chercheurs et ou le chef de projet voir fl ches 1 Tous les fichiers issus des capteurs pourront tre consult s par les chercheurs et ou le chef de projet Cependant seul le chef de projet les utilisera dans Finder2E voir fl ches 2 L utilisation de Finder2E g n rera des fichiers tels que les fichiers standardis s et liss s les donn es d ECG les statistiques calcul es par famille des graphiques ou encore le fichier contenant une estimation
37. de pr diction de la d pense nerg tique les chercheurs ont actuellement et ult rieurement besoin d effectuer des calculs statistiques sur les donn es r colt es par les capteurs au cours des diff rentes activit s physiques En effet la connaissance de la moyenne la m diane l cart type le minimum le maximum l inverse le carr le cube ou encore le logarithme n p rien des param tres tels que le co t cardiaque relatif l acc l rom trie la d pense nerg tique la temp rature corporelle les METs etc sont indispensables pour caract riser les activit s des volontaires v Fonction de pr diction Apr s le traitement des donn es acquises en chambre d crit ci dessus les chercheurs ont tabli des quations Puis ces quations ont t appliqu es aux donn es acquises aupr s des volontaires en conditions habituelles de vie pour estimer leur d pense nerg tique Cette estimation a t compar e la mesure de la d pense nerg tique totale r alis e l aide de la technique de l eau doublement marqu e m thode de r f rence en conditions habituelles de vie Ainsi l cart entre la d pense nerg tique mesur e et estim e chez ces volontaires a t tabli ce qui a permis de d terminer le pourcentage d erreur induit par les quations pr dictives c N cessit d automatiser les calculs Les chercheurs ont r alis cette tude sur 120 volontaires et ont mesur de nombreux param tres physio
38. e 2011 Son travail consistera tout d abord finir la phase d am lioration de Finder2E car il restera la fin de notre projet encore quelques corrections apporter Ensuite il devra choisir les technologies utiliser pour le d veloppement du service Web Enfin il commencera le d veloppement de ce service Web Mots cl s pr diction de la d pense nerg tique logiciel Finder2E reengineering documentation cahier des charges service Web ABSTRACT The Control of Lipido Energetic Homeostasis and Obesity CHLEO team of the Human Nutrition Unit UNH INRA whose Mrs Rousset forms part studies in particular the energy expenditure The construction of an energy expenditure prediction model requires the participation of many volunteers and the acquisition of many data files The Excel files from the sensors carried by the volunteers represent a large sample of data to be treated manually by the researchers of the laboratory This stage is time consuming Thus Finder2E Finder of Energy Expenditure software was conceived to carry out all these treatments automatically and to test prediction functions of energy expenditure A first version of the software was developed in Java with NetBeans by two students of ISIMA and one of the University of Auvergne in 2009 2010 Although it was functional the software still required some improvements Consequently we carried out a phase of reengineering We also added some features Moreover w
39. e chaque examen les r sultats obtenus sont sous forme papier Ainsi si le collaborateur voulait transmettre les r sultats via le service Web il devrait au pr alable les enregistrer dans son ordinateur Cela constituerait une charge de travail suppl mentaire pour les collaborateurs Aussi notre tutrice de projet n avait pas la certitude que les collaborateurs voudraient utiliser le service Web Par ailleurs le caract re confidentiel de ces r sultats nous a pos probl me Nous ne savions pas s il tait possible que des r sultats m dicaux nominatifs puissent transiter dans le service Web Bien que le CRNH ait le droit de partager entre les chercheurs des r sultats m dicaux dans le cadre de la recherche nous ne savions pas si cela incluait le partage informatique Enfin nous avons consid r le cas du candidat volontaire En supposant que la pr tude soit g r e par l application Web le candidat volontaire devra pouvoir y acc der N anmoins lors de la pr tude la seule action qu il puisse faire est de consulter ses rendez vous A ce stade du projet le chef de projet n est pas certain que le candidat soit inclus S il ne l est pas le chef de projet devra lui supprimer l acc s l application et changer son statut de candidat volontaire candidat potentiel Au contraire si le volontaire est inclus il devra changer son statut de candidat volontaire en volontaire inclus Cela ajoute des responsabilit s et du travail
40. e wrote all the documentation attached to Finder2E namely a functional description of the software a user guide and a document which identifies the licenses used by Finder2E Our project also aimed at establishing the specifications of a Web service Indeed today volunteers need to come to the laboratory to give their results back They can also post their results This procedure which is a waste of time and money for people may deter some of them from participating to the study In addition the follow up of the volunteers by the researchers is difficult Exchanges and the sharing of information about volunteers between researchers are also difficult Lastly many tasks performed by the searchers need to be automated Thus the CHLEO team aims at setting up a Web service which makes easier the communication between the volunteers and the researchers and also between the researchers This Web service will also allow the CRNH to extend its offer of participating to the study as a volunteer to the all France Our project will be continued by a student from ISIMA between April and September 2011 At first his work will consist in finishing the phase of improvement of Finder2E because at the end of our project it will still remain some corrections to bring Then he will have to choose technologies to be used for the development of the Web service Lastly it will begin the development of this Web service Key words energy expenditure prediction
41. el d S lectionnez un fichier chambre l Vider Nombre de fichiers Temps de calcul en s Figure 7 Traitement des donn es dans Finder2E 18 La standardisation est un processus consistant tronquer les fichiers 1 e faire commencer les fichiers la m me heure avec une dur e d termin e et identique pour tous les volontaires appartenant au m me groupe Ensuite vient l tape de remplacement des valeurs manquantes Puis les moyennes de la fr quence cardiaque de sommeil et de repos sont calcul es Enfin le nombre de valeurs manquantes restantes est compt et stock la fin du fichier Le lissage est fait l aide du filtre de Savitsky Golay et permet d carter les valeurs aberrantes A l issue de cette tape le logiciel propose de calculer la d pense nerg tique le quotient respiratoire le co t cardiaque relatif et ses d riv es premi res et secondes comme le montre la figure 8 Le E Calculs oo RE EN Projet Aide Calculs sp cifiques aux fichiers Calcul du CCR CCR et CCR Calcul de la DE et du QR Chambre i ECG Pr c dent Figure 8 Calculs faits par Finder2E Les r sultats obtenus par tous ces traitements sont enregistr s dans des fichiers Excel regroup s dans des dossiers cr s au fur et mesure des traitements A la fin de tous ces calculs et traitements l arborescence suivante s est cr e ah Logici
42. el_Finder2E 4 dist 4 A Projets 4 de Projet Projet 1 4 Groupes 4 A Groupe Groupe 1 a Experience Exp 1 a CalculChambre d CalculDE A CorrectionDerive sd CCR d ActiHeart ECG DonneesBrutes 4 DonneesFiltrees Le ActiHeart de ArmBand Chambre A ECG DonneesStandardisees Figure 9 Arborescence d un projet 19 ii Famille Une famille est une s lection de volontaires ayant suivi le m me protocole en chambre calorim trique ou dans une autre condition et partageant les m mes crit res biologiques tels que l ge le sexe l indice de masse corporelle le d bit maximum d O consomm lors d un effort ou l indice sportif Comme le montre la figure 10 la premi re s lection de volontaires est faite sur certains projets et groupes tandis que la seconde est r alis e sur des crit res biologiques ou physiologiques D finition d une famille Projet 1 Projet 2 Projet 3 Les volontaires des groupes G2 G1 G1 G1 des projets 1 2 be E __ Famille et 3 ont suivi le 52 G2 m me type de programme G3 G3 exp rimental LL G4 G4 a CC 40 agecb6 Ooo Famille d finie avec UN E P contraintes Une famille est constitu e de volontaires appartenant un ou plusieurs projets Les volontaires s lectionn s peuvent aussi tre filtr s selon un ou plusieurs crit res ge IMC Les individus restant constituent une famille Figure
43. ement termin Pour cette raison un des objectifs fix s dans notre projet tait non seulement de corriger les ventuels bogues mais galement de concevoir d autres fonctionnalit s n cessaires l tude des param tres li s la d pense nerg tique Des crit res ont t d finis afin de donner des priorit s aux corrections et aux ajouts de nouvelles fonctionnalit s 26 b Crit res de priorit s des corrections Avant de d marrer la correction et l am lioration de Finder2E Mme Rousset a list les corrections apporter l application Nous avons compl t cette liste par les corrections que nous avons relev es durant la r daction des diff rents documents Nous avons ensuite affect trois indicateurs chaque correction envisag e Le premier indicateur illustre le type de correction Bogue un bogue est un dysfonctionnement dans une fonctionnalit qui peut provenir d une action impossible dans certains cas ou encore d un traitement mal r alis Fonctionnalit ceci n est pas une r elle correction C est un apport par rapport l existant L ajout de graphiques en fonction du temps en est un exemple Cosm tique il s agit d imperfections ou d am liorations dans l esth tisme de l application ou bien dans les fichiers g n r s Par exemple la coloration des colonnes d un fichier Excel est une am lioration cosm tique Texte Lorsqu un mot est mal orthographi ou bien que le terme affich
44. ence d une famille 22 c D veloppement de Finder2E i Langage utilis Le langage utilis pour d velopper Finder2E est le Java Ce choix a t fait par Clara Spriet et Antony Walter deux tudiants de l ISIMA qui ont commenc d velopper ce logiciel Le logiciel se voulant ouvert tous et donc adapt aux diff rents syst mes d exploitation comme Windows Mac OS ou encore Linux il fallait un langage portable Actuellement le principal langage portable est le langage Java Il fonctionne gr ce une Java Virtual Machine JVM qui permet d ex cuter un programme crit en Java Sur chaque syst me d exploitation il existe une JVM De plus comme le langage Java est tr s utilis et prouv cr en 1995 de nombreuses m thodes et biblioth ques sont d j impl ment es notamment pour tous les calculs de statistiques Toutes les biblioth ques utilis es par Finder2E sont r f renc es dans la pr sentation des licences 4 que nous avons r dig e ii Outil utilis L Environnement de D veloppement Int gr EDI choisi par nos camarades est NetBeans version 6 9 1 Il peut supporter de nombreux langages tels que C C Java Ruby PHP JavaScript CSS ou encore HTML Il comprend toutes les caract ristiques d un EDI moderne diteur en couleur projets multi langage diteur graphique d interfaces et de pages Web auto compl tion et facilite ainsi le travail du d veloppeur en informatique iii Travail r
45. ent des prot ines musculaires et l quipe Contr le de l Hom ostasie Lipido Energ tique et Ob sit CHLEO dont Sylvie Rousset notre tutrice fait partie c Equipe CHLEO L quipe Contr le de l Hom ostasie Lipido Energ tique et Ob sit se focalise sur la nutrition lipidique et le m tabolisme lipidique et nerg tique Les recherches de cette quipe visent plus particuli rement tablir des relations entre les apports en acides gras et la pr vention de maladies associ es au vieillissement Cette quipe a galement pour objectif de pr ciser les m canismes physiologiques qui associent le surpoids et l ob sit l apparition de perturbation du m tabolisme nerg tique dans le muscle squelettique Une bonne prise en charge nutritionnelle de l individu vieillissant mais galement du sportif du sujet en surcharge ou en d ficit pond ral n cessite de prendre en compte la d pense nerg tique qui est troitement d pendante du niveau d activit physique De m me l valuation exacte de ces deux param tres est indispensable dans les tudes pid miologiques prospectives et dans le cadre de programmes de recherche en physiologie en nutrition ou encore pour tudier le comportement li l activit physique 11 2 Pr sentation de l tude a Enjeux de l tude D ici 2025 environ 44 des Europ ens auront plus de soixante ans Le vieillissement se caract rise par une perte de masse musculaire Les c
46. er l application et d couvrir ses fonctionnalit s A chaque tape les flux intervenants sont d crits qu il s agisse des flux d entr e ou de sortie Apr s la conclusion et les r f rences bibliographiques le lecteur trouvera des annexes sur les diff rents calculs r alis s par Finder2E sur le format et le contenu de certains fichiers b Description fonctionnelle i Int r t Tout comme pour le manuel d utilisation de Finder2E aucune description fonctionnelle n avait t faite Avant de commencer tout d veloppement dans l application nous avons jug utile avec Mme Rousset et M Lacomme de r aliser une description fonctionnelle Plusieurs raisons expliquent ce choix Tout d abord la description fonctionnelle fournit une analyse pertinente de Finder2E et utile pour les projets futurs En effet elle constitue un compl ment d information au manuel utilisateur puisqu elle reprend chaque fonctionnalit de l application et explique comment ces fonctionnalit s communiquent Ensuite la description fonctionnelle nous a permis de comprendre chaque tape de fonctionnement du logiciel puisque l analyse oblige d composer les fonctionnalit s de l application de mani re relativement d taill e Enfin cette tude approfondie a t une introduction l am lioration technique de Finder2E Comprendre le mod le fonctionnel de cette application nous a permis de mieux appr hender et comprendre le code de Finder2 24 ii M t
47. ercheurs font partie du laboratoire et peuvent participer plusieurs projets Durant l tude chaque chercheur peut prendre rendez vous avec des volontaires inclus voir table rendez vous Annexe C Les chercheurs pourront galement tre en contact avec les visiteurs les candidats potentiels et les candidats volontaires durant la pr tude Les chercheurs ont pour r le l analyse des fichiers issus des capteurs et des statistiques calcul s par Finder2E ou SAS Cela leur permet de r diger et publier des rapports des comptes rendus et tout autre document pertinent pour les autres chercheurs du laboratoire voir table upload fichier Annexe C Le chercheur peut galement r diger des articles voir table article Annexe C Chaque chercheur peut supprimer les fichiers et articles qu il a publi s et consulter les fichiers relatifs au projet m me s il ne les a pas publi s Il peut consulter les donn es d un ou plusieurs volontaires inclus 44 iv Volontaire inclus Un volontaire inclus est une personne qui a obtenu des r sultats d analyse biologique conformes aux exigences de l tude et qui est donc inclus dans l tude Chaque volontaire a des caract ristiques qui lui sont propres voir table volontaire Annexe C Certaines sont obtenues lors de la pr tude comme son sexe sa date de naissance son poids sa taille son volume respiratoire maximal VO max son IMC son pourcentage de masse grasse sa masse maigre sa press
48. es rappels Il doit alors appeler par t l phone le volontaire inclus pour lui demander de les renvoyer Le chef de projet pourra analyser l aide de SAS les questionnaires compl t s par les volontaires inclus voir table questionnaire complete Annexe C et pr trait s par le service Web voir table questionnaire pre traite Annexe C Le d pouillement des questionnaires pourra tre fait sur l ensemble des volontaires ou uniquement sur les volontaires d une famille d finie dans Finder2E tant donn que ce d pouillement est g r par le chef de projet et que le d pouillement peut d pendre d une famille nous avons d cid que seul le chef de projet pourrait cr er des familles aussi bien dans l application Web que dans Finder2E voir table famille Annexe C Ainsi seul un chef de projet traitera les fichiers issus des capteurs et cr era des familles dans Finder2E Toutes les statistiques obtenues soit par Finder2E soit par SAS seront publi es dans le service Web par le chef de projet A la fin du projet le chef de projet pourra transmettre les r sultats r sum g n ral et ou propre au volontaire inclus aux volontaires inclus et leur demander s ils souhaitent tre enregistr s en tant que candidat potentiel pour des tudes ult rieures Apr s leur accord il leur enverra une fiche d inscription au registre des volontaires remplir et retourner au laboratoire de nutrition humaine S il n obtient pas cet accord le
49. estionnaires 49 Le chef de projet peut cr er des questionnaires qui pourront tre utilis s dans plusieurs projets voir fl che 1 Pour cr er des questionnaires le chef de projet doit au pr alable cr er des questions voir table question Annexe C Ces questions pourront faire partie de plusieurs questionnaires Nous avons opt pour cette solution car un questionnaire est constitu de plusieurs types de questions question ouverte images QCM question n cessitant une table de r f rence pour faire des calculs Mme Rousset voulait pouvoir cr er un questionnaire sans qu il y ait de contrainte sur le type de question le nombre de question ou l ordre dans lequel elles seront Ainsi nous ne pouvions pas d finir de questionnaire type Lors de la cr ation d une question le chef de projet choisi tout d abord le type de question savoir obligatoire ou non verbale ou non verbale sur une chelle gradu e ou lin aire etc voir table type question Annexe C Il choisit ensuite l intitul de la question le nombre de r ponses possibles et l intitul des r ponses voir table chat reponse Annexe C Lors de la cr ation d un questionnaire le chef de projet s lectionne parmi toutes les questions existantes celles qu il juge pertinentes pour son questionnaire voir table question selectionnee Annexe C Il peut soit d finir l ordre des questions soit choisir que les questions apparaitront al atoirement selon le volontaire
50. et ArmBand Chc standardis s ActiHeart z gt Chambre Pr parer les Fichiers liss s et fichiers 4 d riv s Fichier Fichiers Acti TR liss s ECG Volontaires rt ar avec CCR Statistiques et courbes d analyse G rer les statistiques par ed volontaire et par famille Familles Estimation ge A2 cr es de la d activit qualit de la fonction Tester une fonction de de pr diction 44 pr diction Dossier contenant un fichier par volontaire avec le relev minute par minute de la d pense nerg tique Figure 4 Diagramme SADT AO de Finder2E La figure 4 est issue de la description fonctionnelle que nous avons faite de Finder2E 3 16 Finder2E pr pare et restaure les donn es issues des capteurs port s par les volontaires ArmBand ActiHeart et pr sents dans les chambres calorim triques Cette pr paration consiste r cup rer les donn es brutes des fichiers les standardiser remplacer les valeurs manquantes prendre les mesures partir de la m me heure puis les lisser et les d river Le logiciel permet galement de calculer de nouveaux param tres comme le co t cardiaque relatif CCR ses d riv es premi re et seconde la d pense nerg tique DE le quotient respiratoire QR et des param tres statistiques l mentaires moyenne cart type m diane minimum maximum par activit et par volontaire Enfin l application permet l utilisateur de propo
51. eur Annexe C Un utilisateur sera caract ris par son nom son pr nom son num ro de t l phone et son adresse mail Il aura galement un identifiant et un mot de passe qui lui permettront d acc der l application L administrateur a galement la responsabilit de cr er supprimer ou modifier un profil utilisateur voir table profil Annexe C Les profils choisis correspondent aux diff rents types d utilisateurs d finis pr c demment Administrateur Chef de projet Chercheur Volontaire inclus D s la cr ation d un utilisateur l administrateur lui attribue un profil Le chef de projet est un profil particulier puisqu un chercheur peut tre chef de projet pour un projet et uniquement chercheur pour un autre projet A la cr ation d un utilisateur faisant partie du laboratoire celui ci aura forc ment le profil de chercheur m me s il peut un jour devenir chef de projet L administrateur est une personne ext rieure aux diff rents projets Il peut donc cr er et supprimer un projet et affecter un chef de projet ce projet Le changement de profil sera ainsi g r par l administrateur lors de la cr ation d un projet 42 ADMINISTRATEUR cr e modifie supprime UTILISATEUR est attribu PROJET peut tre CHERCHEUR ADMINISTRATEUR CHEF DE PROJET Figure 31 R le de l administrateur VOLONTAIRE INCLUS ii Chef de projet D ordinaire lors d un projet de cette envergure le chef de projet de l
52. eur va sur ce site et lit cette annonce Il souhaite y participer Pour cela il contacte le chef de projet et ou un chercheur par t l phone ou par e mail pour lui proposer sa candidature Le chef de projet et ou un chercheur v rifie d abord que le visiteur satisfait les crit res d inclusion ge sexe indice de masse corporel niveau d activit physique Si le visiteur correspond au profil le chef de projet et ou le chercheur explique ensuite en quoi consiste le protocole l implication demand e aux volontaires inclus dans l tude en terme de contraintes et s assure que le visiteur a bien compris quelle serait son implication dans le projet Le visiteur est ensuite consid r comme faisant partie de la pr tude et obtient le statut de candidat volontaire Le chef de projet et ou un chercheur lui envoie le r sum du projet et une demande de consentement clair Simultan ment il lui propose des rendez vous avec le m decin pour la visite d inclusion avec l infirmi re pour une prise de sang et un bilan sanguin avec la di t ticienne pour faire un relev alimentaire avec un chercheur pour la d termination de la composition corporelle et l lectrocardiogramme de repos et avec un m decin du sport pour le test d effort Lors de sa visite chez le m decin le candidat volontaire devra amener la fiche de consentement en deux exemplaires qu il signera la fin de la visite m dicale A l issue des examens m dicaux les collaborat
53. eurs cit s pr c demment m decins infirmi re di t ticienne etc fournissent des r sultats imprim s sous forme de feuilles volantes ou de fichiers Excel pour chaque candidat volontaire Ils les transmettent en main propre au chef de projet et lui disent quels sont les candidats volontaires inclus et exclus de l tude Les r sultats de la pr tude sont communiqu s aux candidats volontaires nominativement par courrier ou en main propre Les candidats exclus sont inform s oralement par le m decin de leur non participation l tude et du motif qui les exclut Si un candidat volontaire ou un visiteur ne convient pas pour cette tude mais qu il pourrait faire partie d un autre projet le chef de projet et ou le chercheur lui demande s il souhaite tre enregistr en tant que candidat potentiel pour d autres tudes Si le candidat est d accord le chercheur lui envoie la fiche d inscription au registre des volontaires remplir puis retourner au laboratoire de nutrition humaine Le collaborateur charg de tenir jour le registre des volontaires enregistrera le candidat potentiel dans le registre Le chef de projet et ou un chercheur peut galement rechercher des candidats potentiels dans le registre des volontaires Pour cela il doit s adresser au collaborateur en charge de ce registre pour faire l extraction des candidats potentiels r pondant aux crit res de l tude En effet il choisit les candidats potentiels et demande a
54. fichiers partag s par les chercheurs Il peut s agir des fichiers issus des capteurs et envoy s par les volontaires inclus et ou chercheurs des fichiers g n r s par Finder2E des statistiques calcul es partir des questionnaires des comptes rendus analyses ou rapport r dig s par les chercheurs Chaque fichier voir table upload fichier Annexe C ou article voir table article Annexe C publi aura un auteur une date de publication et un niveau de confidentialit d terminant qui s adresse le document En base de donn es sera galement enregistr pour les fichiers le chemin pour y acc der et pour les articles le contenu de l article e Planning Le terme planning regroupe le planning d activit du volontaire les rendez vous pris entre les volontaires et les chercheurs et les rappels qui seront faits aux volontaires inclus et au chef de projet voir figure 35 Chercheur consulte y consulte Volontaire re oit Y Chef de projet consulte Questionnaire s lectionn Figure 35 Fonctionnement de la partie Planning Au d but de l tude le chef de projet d finit le planning d activit de chaque volontaire voir tables planning activite et activite Annexe C Les chercheurs et les volontaires inclus d finissent quant eux leur planning de rendez vous Le chercheur enregistre alors tous les rendez vous qui ont t pris voir fl che 1 Ils pourront durant l tude consulter le
55. hiers issus des capteurs sont les fichiers g n r s par les capteurs ActiHeart ArmBand et chambre calorim trique durant le projet Les fichiers ArmBand peuvent tre envoy s par les volontaires via l application ou un chercheur peut charger le fichier ArmBand apr s r ception du capteur Les fichiers ActiHeart seront charg s exclusivement dans l application par un chercheur car le chargement n cessite un adaptateur co teux Enfin les fichiers de la chambre calorim trique sont enregistr s dans l application par les chercheurs et ou le chef de projet Tous ces fichiers Excel seront utilis s et trait s par le chef de projet l aide de Finder2E Ils pourront tre consult s nominativement par le volontaire concern Ainsi ces fichiers auront un niveau de confidentialit 2 ii Questionnaires Il existe plusieurs types de questionnaires dans l application es questionnaires cr s par les diff rents chefs de projet qui ont eu acc s l application niveau de confidentialit 4 les questionnaires s lectionn s pour un projet par le chef de projet niveau de confidentialit 2 les questionnaires compl t s par les volontaires niveau de confidentialit 2 les questionnaires ayant subi un pr traitement d fini par le chef de projet niveau de confidentialit 3 Tous ces questionnaires et leurs r ponses sont enregistr s en base de donn es Il sera possible de les exporter dans un format Excel xls afin
56. hode SADT ou IDEFO 1 D finition La m thode retenue pour effectuer notre analyse fonctionnelle est la m thode SADT pour Structured Analysis and Design Technic ou IDEFO pour Integration Definition for Function modeling Cette m thode est hi rarchis e par niveau afin de clarifier et de d composer la complexit du systeme tudi L analyse part du but g n ral de l application dit niveau A 0 vers le particulier et le d taill SADT est une d marche syst mique de mod lisation d un syst me complexe ou d un processus op ratoire Chaque sous niveau poss de en entr e la mati re d uvre entrante qui est le flux modifi par la bo te et en sortie le flux transform la mati re d uvre sortante Ensuite les flux arrivant du haut ou du bas correspondent au flux et moyens utilis s par le processus sans pour autant les affecter Vous pouvez voir ci dessous un exemple avec les diff rents flux qui interviennent figure 15 Fichiers standardis s ArmBand Exploitation Fichiers bruts Fichiers standardis s de Standardiser les ne cl Mati re d uvre fichiers Ach Mati re d uvre entrante A 1 1 2 3 sortante Figure 15 Diagramme SADT d un sous niveau du niveau A1 1 2 N B Les fichiers bruts ActiHeart sont transform s par ce processus alors que les fichiers standardis s ArmBand servent la standardisation des fichiers ActiHeart remplacement des donn es manquantes de fr quence cardiaque
57. ication n a donc acc s ces donn es qu au moment de la cr ation du fichier Calcul Famille Un deuxi me probl me s est donc pos Il fallait trouver un moyen de r cup rer ces donn es aussi lors de l ouverture d une famille 30 DE Chambre en fonction du temps DE Chambre en fonction du temps 5 n ty 1 I 691 NI A A S K IN Vy Y d if Oo Y V L us A 0 025 0 050 0 075 Q 100 200 300 400 500 600 700 800 900 1 000 temps ADABO BEADA Figure 19 Graphique repr sentant la d pense nerg tique de volontaires au cours du temps v3 0 e Cr ation de fichiers XML Parsage XML des donn es Pour viter d acc der plusieurs fichiers ce qui a un co t lev la solution retenue a t lors de la cr ation de la famille de sauvegarder les donn es utiles pour l tablissement des graphiques au cours du temps dans un et un seul fichier Les donn es sont dans le code de Finder2E organis es de mani re arborescente Ainsi le format s est impos Le stockage des donn es se fait donc dans un fichier XML qui est adapt a ce sc nario Parser les donn es au format XML a l avantage de limiter les erreurs de lecture et d criture De cette mani re l affichage du graphique est plus long que l affichage d un graphique classique de Finder2E puisque le nombre de donn es n est pas le m me Cependant le temps estim est acceptable par rapport la solution qui c
58. ice Sylvie Rousset ing nieur de recherche de l quipe Contr le de l Hom ostasie Lipido Energ tique et Ob sit CHLEO de l INRA UNH pour la p dagogie et la patience dont elle a fait preuve durant le projet Elle nous a beaucoup appris sur le fonctionnement du logiciel et le cadre dans lequel il est utilis Nous voulons galement adresser nos remerciements Philippe Lacomme chercheur au LIMOS et enseignant l ISIMA pour son implication Il a su nous accompagner et nous encadrer tout au long du projet R SUM L quipe Contr le de l Hom ostasie Lipido Energ tique et Ob sit CHLEO de l Unit de Nutrition Humaine UNH dont Madame Rousset fait partie tudie notamment la d pense nerg tique La construction d un mod le de pr diction de la d pense nerg tique n cessite la participation de nombreux volontaires et l acquisition de nombreux fichiers de donn es Les fichiers Excel issus des capteurs port s par les volontaires repr sentent un chantillon volumineux de donn es traiter manuellement par les chercheurs du laboratoire Cette tape est chronophage Le logiciel Finder2E Finder of Energy Expenditure a ainsi t con u dans le but d effectuer tous ces traitements de facon automatis e et de tester des fonctions de pr diction de la d pense nerg tique Une premi re version du logiciel a t d velopp e en Java sous NetBeans par des tudiants de PISIMA et de l Universit d Auvergne en
59. ion art rielle diastolique et systolique son m tabolisme de repos et son taux d hormone thyro dienne D autres proviennent des questionnaires remplis lors de l tude savoir le niveau de restriction l externalit l motivit et l indice sportif A sa premi re connexion le volontaire utilisera l identifiant et le mot de passe que le chef de projet lui aura attribu Il devra obligatoirement changer ce mot de passe Durant l tude les chercheurs ou le chef de projet sont amen s prendre des rendez vous avec le volontaire inclus Des rappels automatiques la veille des rendez vous seront faits au volontaire Le volontaire inclus re oit d s le d but de l tude des capteurs ActiHeart et ArmBand porter Il doit suivre un planning d activit s d fini par le chef de projet Il devra envoyer au cours de l tude les fichiers issus des capteurs ArmBand ainsi que les capteurs Un rappel automatique pourra tre fait concernant l envoi de ces fichiers Le volontaire inclus devra galement remplir les questionnaires envoy s par le chef de projet puis les renvoyer Des rappels automatiques la veille du remplissage pourront galement tre programm s Un rappel d un autre type alerte de non r ception peut tre envisag la fois pour les capteurs et les r ponses aux questionnaires Si deux jours apr s la date convenue de retour les r sultats et ou les capteurs n ont pas t envoy s le chef de projet recevra une alerte Ch
60. iorations sont toujours possibles C est pourquoi nous avons r dig un document retracant les corrections apport es et ce qu il reste r aliser En parall le nous avons commenc r fl chir l tablissement d un service Web qui doit automatiser les t ches d un projet et surtout simplifier la communication entre les chercheurs et les volontaires pendant une tude Au fil des discussions lors des r unions nous avons tabli un cahier des charges ainsi qu un mod le entit association Ces outils seront n cessaires pour le d veloppement ult rieur du service Web Le but de notre projet a t d avancer autant que possible tout en pensant faciliter la succession de ce grand projet constitu de Finder2E et d ActivCollector Nos objectifs ont t atteints et nous avons parfois r alis davantage de t ches que ce que nous avions planifi Notre projet s arr te en mars 2011 et la suite consistera am liorer Finder2E et surtout d velopper le service Web d apr s le cahier des charges et le mod le entit association que nous avons r dig s 53 TABLE DES FIGURES Figure LE Principe via 10 POGUES COMENT ocior ee 10 Figure 3 Capteur ArmbBahd id 10 Figure 4 Diagramme SADT AO de Finder2E ads 16 Figure 5 Page d accueil de Finder2E ias 17 Figure 7 Traitement des donn es dans RAEE A A 18 Figure 6 El ments LULDIOIE oi A AAA AAA AAA 10 Fig re TT 19 Figure 9 E Arborescence d un projet ee
61. ir et retourner au laboratoire de nutrition humaine S il n obtient pas cet accord les volontaires ne feront pas partie du registre des volontaires 39 b Int r t du service Web Lors de l tude les volontaires doivent rester en contact avec les chercheurs du laboratoire En effet ils doivent transmettre aux chercheurs soit en main propre soit par courrier les fichiers issus des capteurs et les questionnaires qu ils ont remplis Cette proc dure co teuse en temps et en argent peut dissuader certaines personnes de vouloir participer l tude et restreint ainsi la zone g ographique de participation des volontaires Par ailleurs le suivi des volontaires par les chercheurs est difficile distance Les changes d information concernant les volontaires sont aussi difficiles partager entre les chercheurs Enfin le d pouillement et l analyse statistique des questionnaires sont actuellement r alis s manuellement par les chercheurs Ils ont galement la charge de rappeler aux volontaires leurs rendez vous Ces t ches longues effectuer pour le chercheur pourraient tre automatis es L quipe CHLEO souhaiterait ainsi mettre en place un service Web facilitant la communication entre les chercheurs et les volontaires automatisant certaines t ches et largissant la zone g ographique de participation des volontaires c Description des besoins Notre objectif est de mettre en place un syst me collaboratif permettant aux
62. l es par activit et par volontaire 21 La page de Finder2E permettant de saisir une fonction de pr diction de la d pense nerg tique est illustr e sur la figure 13 r EE Finder2E Edit Aide Test d une fonction de pr diciton de la d pense nerg tique sur les volontaires d une famille veep rer S lectionner le nombre de param tre Activer Op rateur Coefficient Param tre Exposant log s n ACC Act Y epi ei ES rm 4 D 3 ls ep2 v E Temp corp Arm exp 3 Isi 4 e el 1 ACC Act expii 1 r B 11 ACC Act x exp 1 a FEE 1 acc Act ep 3 gt E Figure 13 Test d une fonction de pr diction dans Finder2E Nous avons par exemple test la fonction DE ACC Act 3 FC ECG In Temp corp Arm A l issue de ce test le dossier Familles contient l ensemble des dossiers et fichiers Excel cit s pr c demment comme le montre la figure 14 E ns gt g T EE 1 y Sch e U coo Fichier Edition Affichage Outils L Organiser HICE TTE Affichages W Graver Dossiers v Nom 4 dist D CalculPredictionVolontaires 4 Familles Ed calculs Famille Las I 4 Famille 1 _ famille tet CalculPredictionVolontaires BI Prediction Famille 1 xls d lib 4 n Projets a k 4 l ments Figure 14 Arboresc
63. le passage la version suivante version 3 Malgr la quantit importante de corrections apport es il reste n anmoins quelques am liorations effectuer notamment la version anglaise du logiciel Finder2E l aide en ligne et l acc s en ligne du manuel d utilisation Par ailleurs un logiciel tant toujours perfectible les nouvelles fonctionnalit s que nous avons ajout es peuvent tre am lior es et de nouvelles fonctionnalit s peuvent encore tre envisag es 37 III Elaboration du cahier des charges du service Web 1 D finition des besoins a D roulement du projet Un projet vise tudier un ph nom ne ou encore v rifier des hypoth ses mises par les chercheurs Chaque projet est constitu d une pr tude et d une tude Ces deux phases du projet font intervenir des acteurs diff rents tels que le chef de projet les chercheurs les collaborateurs et les participants potentiels Le chef de projet est responsable de chacune des tapes d un projet i La pr tude Le chef de projet poste une annonce sur le site Web de l unit de nutrition humaine de l INRA pour inviter des visiteurs participer un projet sur la d pense nerg tique et ou l activit physique en lien avec les apports nerg tiques et les ressentis motionnels Il peut galement solliciter les autres m dia journaux La Montagne Info Magazine France 3 Auvergne Radio France bleue pour faire para tre son annonce Un visit
64. logiques pour chacun d entre eux Les donn es recueillies ont d tre travaill es avant d tre exploit es La standardisation le lissage des donn es le calcul de d riv es et les calculs statistiques pour les donn es d un volontaire repr sentent des heures de travail pour les chercheurs Par exemple le traitement de 15 param tres physiologiques int grant 12 calculs statistiques pour chacune des 25 activit s repr sentent 4500 calculs par volontaire En supposant que chacun de ces calculs prend une seconde le chercheur passera une heure et quart calculer uniquement les statistiques d un volontaire Le calcul des statistiques pour les 120 volontaires repr sente un mois de travail pour un chercheur sans compter les phases de standardisation et de lissage des donn es qui prennent chacune des heures de travail pour un volontaire Cette tude a g n r norm ment de donn es traiter ce qui rend le traitement manuel fastidieux Pour cette raison il a fallu d velopper un logiciel permettant d effectuer toutes ces t ches rapidement et automatiquement Clara Spriet et Anthony Walter tudiants l ISIMA et Mickael Lasnes tudiant en Master 2 professionnel Informatique D cisionnelle et Logicielle l Universit d Auvergne ont d velopp une premi re version de ce logiciel nomm Finder2E Gr ce leur travail Finder2E r alisait au d but de cette ann e la plupart de ces t ches automatiquement garantissant un r su
65. lontaires ont r alis des activit s qui d butent une heure pr cise qui ont une dur e d finie et qui peuvent tre diff rentes pour chacun d eux Ces fichiers individuels sont galement enregistr s dans des fichiers Excel et regroup s dans le dossier Planning d activit Chaque volontaire a port pendant ces activit s des capteurs relevant toutes les minutes des mesures de param tres physiologiques qui ont t par la suite trait es et analys es pour tablir une fonction pr disant la d pense nerg tique iii Capteurs Les capteurs ActiHeart et ArmBand ont t port s par les volontaires en chambre calorim trique et en conditions normales de vie Le capteur ActiHeart est coll sur le thorax du volontaire comme le montre la figure ci contre Ce capteur est con u pour acqu rir des donn es pendant plusieurs jours Il est r sistant l eau et est compatible avec les activit s quotidiennes Ainsi il mesure toutes les minutes la fr quence cardiaque l acc l rom trie longitudinale ACC et estime la d pense nerg tique DE li e l activit du volontaire Les donn es collect es par ce capteur sont stock es dans un fichier Excel que nous appellerons par la suite fichier Figure 2 Capteur ActiHeart ActiHeart y Le capteur ArmBand se pr sente sous forme de brassard comme le O montre la figure ci contre Il est port en haut sur l arri re du bras droit des volontaires au nive
66. ltat correct et en un temps qui se compte en minutes 15 3 Pr sentation de Finder2E a Principe de fonctionnement de Finder2E i Donn es d entr e Le but de Finder2E est d une part de g rer les donn es issues des capteurs par activit et par volontaire et d autre part de tester des fonctions de pr diction de la d pense nerg tique pour en estimer la qualit c est dire le pourcentage d erreur Cette fonction n cessite que l utilisateur pr cise les param tres qu il souhaite int grer Ainsi pour pouvoir fonctionner correctement et respecter ces objectifs Finder2E doit avoir en entr e les fichiers issus des capteurs fichiers ActiHeart fichiers ArmBand et fichiers chambre calorim trique le fichier volontaires les fichiers des plannings d activit rassembl s dans le dossier planning d activit une fonction de pr diction saisie par l utilisateur Ces fichiers sont indispensables pour pouvoir pr parer les donn es et calculer de nouveaux param tres comme le co t cardiaque relatif qui pourraient tre int gr s la fonction de pr diction ii Fonctionnalit s Finder2E propose trois grands types de fonctionnalit s la pr paration des donn es le calcul de param tres statistiques et le test de fonctions de pr diction Heure de d but et dur e du test pour un m groupe donn Fichiers Fichiers ECG bruts Fichiers Acti Arm
67. negen 19 Fig re 10 S Caract ristiques une famille A eege 20 Figure 11 Cr ation d une famille dans Fier 22 0 a 20 Figure 12 Calculs statistiques pour EN 21 Figure 13 Test d une fonction de pr diction dans Finder2E ss 22 Prieur EN FANG SSSR ne r eas NN Ne DN mE aM NER 22 Figure 15 Diagramme SADT d un sous niveau du niveau AI I 2 cnn nn 10 Figure 16 Diagramme SADT repr sentant la standardisation des fichiers esses 10 Figure 17 Exemple de fichier Excel Calcul famille g n r la cr ation d une famille 10 Figure 18 Repr sentation d un graphique en d but de projet version 2 0 10 Figure 19 Graphique repr sentant la d pense nerg tique de volontaires au cours du temps v3 0 10 Figure 20 Graphique classique dans la version 3 0 de Finder2E VV 10 Figure 21 Page de cr ation 1 ME 10 Figure 22 R sum des r sultats issus du calcul du CCR a partir des fichiers ActiHeart 10 Figure 23 Page d accueil E 10 Fig re 24 Pace dacc eilde Finder2E 3 eeneg 10 Figure 25 Barre de menus EE 10 Figure 26 Fen tre de confirmation de fermeture de Finder2E ss 10 Figure 27 Exemples d ic nes et de raccourcis clavier attach s des menus 10 Figure 28 Info bulle expliquant quoi sert le bouton Suivant gt 10 Figure 29 Changement de statut EN 10 Figure 30 Composition de l tude di 10
68. nfin en fonction de la priorit de r solution fix e par Mme Rousset et des trois indicateurs nous avons finalis ensemble l ordre dans lequel se feraient les corrections Les premi res corrections ont t mineures volontairement pour nous permettre de nous familiariser et de nous adapter au code Nous avons recens au d but du projet 41 bogues ou nouvelles fonctionnalit s A l heure o ce document est crit plus de 9096 des corrections et am liorations ont t faites Nous avions estim que nous pourrions corriger environ 50 des bogues dans le cas o ceux ci auraient t difficiles traiter et 66 si la correction se d roulait selon notre tableau de priorit avec les indicateurs d finis En r alit au fur et mesure du d roulement du projet et de notre familiarisation croissante avec le code nous avons t de plus en plus rapides et efficaces ce qui explique le nombre tr s lev de probl mes r solus En annexe A un tableau r capitulatif r sume les principales statistiques 27 c Approfondissement des corrections par type Dans cette sous partie des pr cisions sont apport es sur les types de corrections faites Elles sont illustr es par quelques exemples i Texte Ce sont les corrections qui impactent le texte visible soit au niveau de l interface de Finder2E soit dans les fichiers g n r s Pendant la r alisation de l analyse fonctionnelle les d finitions de certains termes ou notions ont
69. nt dans le fichier chambre calorim trique iv Traitements des donn es Les r sultats des fichiers issus des capteurs ne commencent pas toujours la m me heure En effet l enregistrement a parfois d but avant que la personne ne porte le capteur ou avant que l exp rience ne commence r ellement Cela est contraignant lorsqu il est n cessaire de comparer des donn es C est pourquoi les chercheurs ont eu besoin de standardiser ces fichiers c est dire d uniformiser les heures de d but et de fin d exp rience Parmi les donn es collect es par le capteur ActiHeart certaines valeurs telles que la fr quence cardiaque sont manquantes ou aberrantes En effet le capteur peut se d coller ou bouger ou tre enlev par les volontaires Ainsi les donn es r colt es contiennent des erreurs ou des manques Un premier traitement a consist remplacer les valeurs manquantes soit par une valeur issue d une interpolation lin aire d une r gression lin aire ou encore en choisissant une valeur de r f rence de la fr quence cardiaque sommeil ou repos Par ailleurs la valeur de la fr quence cardiaque estim e par ActiHeart peut tre aberrante par exemple 240 battements par minute BPM Or cela est impossible physiologiquement Pour faire dispara tre ces valeurs aberrantes ponctuelles il s est av r n cessaire de lisser les donn es en appliquant le filtre de Savitsky Golay dont le principe est fond sur la m thode de
70. ombre de bogues corrig s et de fonctionnalit s r alis es Nombre de bogues corrig s et de fonctionnalit s r alis es en pourcentage Moyenne de la gravit des bogues 1 facile 9 irr alisable dans le temps imparti Nombre de corrections texte Nombre de corrections cosm tique Nombre de corrections bogues 17 Dont corrections mineures 8 Dont corrections majeures 9 Nombre de nouvelles fonctionnalit s 14 Temps pass sur les corrections 81h Temps moyen pass sur chaque correction 2h05min et et du proj t s ivi Planning d act Annexe B 1 e 9698 vC L8 0c SUOIUNSY y yoddey yy suorungi XNE 956 19 Hoddez 39 op uonoepol SPOS qeM e g 9Joesuoo 919 e sdu np 9 UU GoM senbog DOIAIOS np UONBIDOSSB 9 UI o opoui A JA soS1euo TUDIN sep IED np uomeJoqe o IZ Hclepung gz pul4 06 914 e Jesieo1 g ford np 0 0 gssed suoae snou ISUIY onjoogo SUOAp snou onb pesen 198 9 AH99P snssop Io 9jAnoe p Suruue d oT ep uonejueunoog y LL6T jefoJd ej juepued wegen ep schuet np uogmedey du temps de travail par part s 2 e u Ss om ee b juaumo ew uogejuasald e jueum oq a SOU jueuin2o jefoud np Buiuuejd Annexe C Mod le Entit Association d ActivCollector Nous avons mod lis la base de donn es sur laquelle reposera ActivCollector La plupart des tables ont t d crites dans le rapport les
71. ons quences sont une perte progressive de l autonomie et une augmentation du handicap Ainsi le d sordre m tabolique associ au vieillissement et l ob sit constitue une situation inqui tante pour la sant actuelle et future des populations Le but du travail d velopp par les chercheurs du l INRA UNH est de mettre au point des quations standardis es et pr dictives de la d pense nerg tique partir de l enregistrement de la fr quence cardiaque ainsi que d autres param tres physiologiques L int r t majeur de cette nouvelle approche est de faire disparaitre la n cessit d un talonnage individuel de la relation fr quence cardiaque d pense nerg tique en introduisant une mod lisation n utilisant que des param tres facilement accessibles pour chaque individu Cette connaissance plus fine de la d pense nerg tique renseigne sur les besoins nerg tiques ce qui devrait permettre de mieux contr ler le poids avec terme une sp cification plus efficace des choix alimentaires et ou des caract ristiques souhaitables des aliments La construction d un nouveau mod le de pr diction de la d pense nerg tique pourrait ainsi am liorer la d finition des apports nutritionnels conseill s et ainsi contribu am liorer les conditions de vie de nombreuses personnes b Description de l tude i Principe Caract ris tiques des volontaires Traitement Fonction de pr diction de la d pense nerg tique
72. ons am lior la lisibilit de cette premi re page dans la version 3 figure 24 en la simplifiant et en faisant dispara tre les boutons des fonctionnalit s ainsi que des informations g n rales Nous avons ajout des menus pour permettre l utilisateur de s lectionner la fonctionnalit qu il d sire utiliser ou l information qu il souhaite lire 34 Universit Blaise Pascal Finder2E V2 mE Finder Of Energy Expenditure Derni res modifications du code le 7 10 2010 Auteurs Sylvie Rousset et Philippe Lacomme Les donn es du rep Data de Clermont 2009 2010 ont R alisation du cahier des charges t cr es avec la participation de G rard Fleury Yves Boirie B atrice Morio Philippe Lacomme Martine Duclos Syivie Normand Andr Lebert Anne G rard B atrice Morio Christophe Montaurier Sylvie Rousset Nouveau Projet Cr er une Famille Ouvrir un Projet Ouvrir une Famille Tester une fonction de pr d Quitter Etudiants ayant cr e le logiciel d analyse Encadrants pour la r alisation du logiciel d analyse KAMECHE Naima ROUX Geoffrey ISIMA ROUSSET Sylvie INRA rousset clermont inra fr LASNES Mickael Universit Blaise Pascal LACOMME Philippe LIMOS placomme isima fr SPRIET Clara WALTER Anthony ISIMA Figure 23 Page d accueil de Finder2E 2 0 n di Finder2E 3 0 Finder2E Aide CRE e OINAISIMA 2 Universit Blaise Pascal
73. onsiste relire tous les fichiers utiles Le temps d attente est de l ordre du temps de cr ation d une famille Remarque Pour un graphique classique dont un point repr sente une activit le nombre de points est de 25 un point pour chaque activit dans le projet Modelheart Pour un graphique en fonction du temps le nombre de points est de 1020 soit 17h de donn es en chambre calorim trique et de 14000 en conditions habituelles de vie ncidence sur les biblioth ques Pour r aliser l enregistrement et la lecture du fichier XML la biblioth que JDOM est utilis e Celle ci respecte les contraintes d une licence d j utilis e par Finder2E Ainsi elle n ajoute aucune contrainte suppl mentaire es familles constitu es de volontaires en conditions habituelles de vie Les volontaires en conditions habituelles de vie ont selon le planning une seule activit Ainsi seul le graphique en fonction du temps est d fini Les infos bulles ont t encore une fois personnalis es pour afficher les heures minutes mais galement le jour correspondant 31 5 Adaptation des chelles en fonction des param tres Sur la figure 18 nous pouvons constater que les graduations sur l axe des ordonn es ne sont pas apparentes En effet l chelle automatique de JFreeChart n est pas toujours adapt e Nous avons donc red fini l chelle Apr s cette modification les graduations des axes sont apparentes La red finition du compo
74. ontaires Le d pouillement et l analyse statistique des questionnaires sont actuellement r alis s manuellement par les chercheurs Les chercheurs ont galement la charge de rappeler aux volontaires leurs rendez vous Faciliter la communication entre les chercheurs et les volontaires automatiser certaines t ches et largir la zone g ographique de participation des volontaires repr sentent notre second objectif Nous avons r fl chi l laboration du cahier des charges d un service Web mettant en relation les volontaires et les chercheurs Dans la premi re partie du rapport nous avons d crit le contexte dans lequel s est effectu notre projet Dans la deuxi me partie nous avons expliqu les tapes qui ont t n cessaires l am lioration de Finder2E Enfin dans la derni re partie la d marche suivie pour l laboration du service Web a t d velopp e 10 I Contexte du projet 1 Pr sentation du laboratoire de recherche a CRNH d Auvergne Le CRNH Centre de Recherche en Nutrition Humaine d Auvergne a t cr en 1992 sous la tutelle du Minist re de la Recherche Il rassemble dans un Groupement d Int r t Public GIP dix huit unit s de recherche soit 85 chercheurs appartenant aux six organismes suivants l INRA l Universit d Auvergne e Centre Hospitalier Universitaire de Clermont Ferrand e Centre R gional de Lutte contre le Cancer Centre Jean Perrin l Universit Blaise Pascal l IN
75. ontaires inclus devront obligatoirement changer ce mot de passe Il attribue chaque volontaire inclus des capteurs ActiHeart et ArmBand et enregistre la correspondance entre le volontaire inclus et les capteurs pr t s en base de donn es voir table capteur Annexe C Il pr cisera la date laquelle devront tre renvoy s les capteurs et ou les fichiers issus du capteur ArmBand Il d finit et enregistre dans l application le planning d activit s que suivront les volontaires durant l tude Le chef de projet aura galement la responsabilit de g rer tout ce qui concerne les questionnaires En effet il sera le seul pouvoir cr er des questionnaires voir table questionnaire Annexe C Nous avons choisi cela car chaque questionnaire est con u dans une certaine optique d analyse et seul le chef de projet a l exp rience suffisante pour cr er un questionnaire pertinent tant donn qu chaque questionnaire est associ un pr traitement seul le chef de projet pourra cr er et choisir les pr traitements qu il faudra r aliser sur les questionnaires voir table pre traitement Annexe C Le chef de projet peut ajouter ou supprimer d un projet un ou plusieurs questionnaires qu il a cr ou non voir table questionnaire selectionne Annexe C Il planifie l envoi des questionnaires remplir par le volontaire Dans le cas o les questionnaires remplis ne sont pas renvoy s par le 43 volontaire inclus le chef de projet re oit d
76. ours d une activit donn e pour un volontaire Le calcul est fait pour chaque param tre chaque activit et chaque volontaire La m thode utilis e est la m thode des trap zes qui dans ce sc nario donne une valeur exacte 3 Sauvegarde d informations dans des fichiers texte Dans toute l application des sauvegardes ont t r alis es dans des fichiers texte Cela permet de garder une trace des informations visibles sur l cran C tait le cas des donn es affich es code du volontaire ge estimations de la fr quence cardiaque minimale et maximale lors du calcul du CCR figure 22 33 r si Calcul sur les fichiers ActiHeart Projet Aide fichier Volontaire Figure 22 R sum des r sultats issus du calcul du CCR partir des fichiers ActiHeart iii Ergonomie L ergonomie est l tude scientifique visant optimiser le confort et l efficacit de production lors de l utilisation d un produit 1 Look and feel Le confort est tout d abord visuel Le look and feel standard de Java n est pas agr able regarder et ne correspond pas au look and feel des autres applications qu un utilisateur peut avoir sur son ordinateur Nous avons donc d cid que l application aurait le m me look and feel que le syst me d exploitation dans le cas pr sent Windows Voici sur la figure 23 le look and feel standard de la page d accueil propos dans la version 2 de Finder2E Nous av
77. p Description succincte d un l ment bouton de l interface graphique ou d un point sur un graphique qui apparait quelques secondes sur l cran lorsque le curseur pointe sur l l ment Look and feel En frangais ce terme fait r f rence l aspect et la convivialit d une interface graphique Mod le entit association Repr sentation sous forme de diagrammes symbolisant les acteurs entit s d un syst me et leurs interactions Cette m thode est employ e pour concevoir les bases de donn es e Parsage XML Action qui consiste produire un document XML partir de donn es e Service Web Un service Web est un ensemble de fonctionnalit s utilisables via des applications expos es sur internet ou sur un intranet fonctionnant en temps r el et minimisant les interventions humaines INTRODUCTION Dans le cadre de notre troisi me ann e l ISIMA nous avons r alis un projet sur une p riode de six mois portant sur un logiciel de test de fonctions de pr diction de la d pense nerg tique Ce projet a t encadr par Mme Rousset de l quipe Contr le de 1 Hom ostasie Lipido Energ tique et Ob sit de l INRA UNH et par M Lacomme chercheur au LIMOS et responsable de la fili re de l informatique des syst mes d information et d aide la d cision l ISIMA Le projet se divise en deux grandes parties la reprise du d veloppement d un logiciel existant et la mod lisation d un service Web
78. r daction du projet les accords du Comit de Protection des personnes et de l AFSSAPS des feuilles de r sultats des compte rendus sur l avancement du projet les rapports de stage et les publications Elle permettra aux chercheurs de faire connaitre les nouveaux protocoles de recherche les principaux r sultats de recherche des protocoles termin s et les faits marquants en nutrition plus g n ralement La communication des r sultats de recherche pourra inciter les volontaires participer une nouvelle tude nutritionnelle Les chercheurs pourront contacter tous les volontaires inscrits pour leur demander de participer une autre exp rience 2 Analyse des besoins L analyse des besoins de l quipe CHLEO nous a demand de nombreuses heures de travail Cette tape tait indispensable avant d envisager de mod liser le service Web Cette analyse nous a permis de d gager les diff rents acteurs de ce service Web leur relations et les actions qu ils peuvent ou non r aliser a Le projet Nous souhaitions au d part que tout le projet puisse tre g r par le service Web Cependant plusieurs raisons nous ont pouss s supprimer la pr tude du service Web Tout d abord les rendez vous entre les collaborateurs et le candidat volontaire sont pris par un chercheur Ce dernier consulte les collaborateurs pour connaitre leurs disponibilit s puis il fixe la date de la visite d inclusion avec le candidat De plus la fin d
79. rci Clavier edd i erie tin naine Ri Nee es 36 4 Ajout dicOne laa 36 D Mfo EE 37 lj dI PE TENE 37 Elaboration du cahier des charges du service Web 38 D finition des besoins i23 A DL EA de UU Een dea dde 38 i Deroulement Qu projet eco oae peto o e ete ta esi TE 38 NER S qu cx UDIN RS e EIN C P UM 38 A reed catavesuns ev dassaaaasaprasniahydenteebaias albretema eaves oad danas wm 39 b nteret du service EE 40 c Desenption des DES ipi peste dore RE ih aie naan e utes e NS 40 t IN agen Sen Serie eet sende venen stie dee e sed ee ses 40 il Partie lt ee 40 ili Partie Pr traitement des questionnaires et calculs Statistiques sse 41 iy Partie x Sulvide projet den en Ste Ne nn a 41 KEE 41 a EempOtet A E a 41 Br Les acteurs et leurs roles dd da ds Dread in 42 AA O BR ne 42 1 Chef de Pr decai 43 Il WEE 44 iV Volontaire 1nClus A Ea aiaa eS aas 45 Re ENEE 45 ic EE An EL AR eee nn Late ue en 46 1 TN EE 46 iii Traitements statistiques des donn es usines eese rA SRM ene o drei Ene tanins 46 iw Comptes fends El autres eise o ne nr Pere db dete eed oli Put cau edd 46 W Rappel ee Re e bed ui E E 47 3 Mod lisation du service Web ss en nee de nn EE de Eltren ede A a el ie ee a eats bs PEZ eee SR ein C WE le E d Fichiers r sultats anti ends a dat i eats go E et CONCLUSION a eeh TABLE DES FIGURES REFERENCES BIBLIOGRAPHIQUES WEBOGRAPHIE Annexe A Statistiques autour de l
80. renvoyer les capteurs pr t s et des questionnaires remplis Dans le cadre d un projet des laboratoires ext rieurs peuvent tre sollicit s pour recueillir des donn es de d pense nerg tique partir de capteurs ou bien de faire des analyses biochimiques sur des pr l vements humains urine sang salive et d terminer par exemple la d pense nerg tique totale Ces fichiers de r sultats sont envoy s au chef de projet Apr s avoir r ceptionn les capteurs ActiHeart ArmBand les chercheurs habilit s interpr ter les donn es d activit physique ont d charger les fichiers Excel Le chef de projet traite ensuite les fichiers issus des capteurs l aide du logiciel Finder2E Actuellement les questionnaires compl t s par les volontaires inclus sont d pouill s par les chercheurs Ces derniers peuvent alors faire des analyses statistiques l aide du logiciel SAS L analyse statistique de ces questionnaires et les fichiers g n r s par Finder2E aboutissent la r daction de rapports de comptes rendus et d autres documents pertinents pour les autres chercheurs de l quipe A la fin du projet le chef de projet transmet les r sultats r sum g n ral et ou propre au volontaire inclus aux volontaires inclus et leur demande s ils souhaitent tre enregistr s en tant que candidat potentiel pour des tudes ult rieures Apr s leur accord il leur enverra une fiche d inscription au registre des volontaires rempl
81. rs de la s lection d un questionnaire le chef de projet devra sp cifier pour chaque volontaire la date et l heure laquelle il devra le recevoir et le renvoyer voir table questionnaire selectionne Annexe C Lorsqu un volontaire re oit le questionnaire voir fl che 2 et d cide de le compl ter les questions apparaissent une par une l cran Au fur et mesure qu il remplit le questionnaire ses r ponses sont enregistr s voir fl che 3 Les r ponses tant enregistr es dans l ordre d apparition les chercheurs connaitront l ordre des questions m me lorsque l ordre est al atoire voir table questionnaire complete Annexe C Lorsqu ils remplissent les questionnaires les volontaires inclus sont film s Des fichiers issus des Webcams seront enregistr s dans l application voir fl che 3 Le pr traitement voir table questionnaire pre traite Annexe C se fait automatiquement d s le renvoi des questionnaires voir fl che 4 Tous ces questionnaires leurs r ponses et pr traitement sont enregistr s en base de donn es Il sera possible pour le chef de projet de les exporter sous Excel afin qu ils puissent tre trait s par SAS voir fl che 5 L analyse statistique issue de SAS pourra tre partag e par les chercheurs via 50 l application voir fl che 6 Les chercheurs pourront alors les analyser et r diger des comptes rendus voir fl che 7 d Fichiers r sultats Cette partie rassemble l ensemble des
82. s moindres carr s Comme la fr quence cardiaque est tr s variable d un volontaire l autre le co t cardiaque relatif CCR a t calcul de la fa on suivante FC t FCmin CCR t FCmax FCmin Il a permis de standardiser la fr quence cardiaque Le capteur ArmBand pr sente galement des donn es manquantes lorsque le volontaire l enl ve Le capteur ArmBand ne propose pas de valeur de remplacement pendant cette p riode Aussi les chercheurs de l quipe CHLEO ont propos un algorithme de remplacement moyenne des 5 valeurs avant et apr s la plage manquante Il est galement n cessaire pour les chercheurs de connaitre l acc l rom trie globale dont la formule est affich e ci dessous obtenue gr ce aux acc l rom tries longitudinale et transversale mesur es par le capteur ArmBand ACCglobale ACClong ACCtrans 14 Dans les fichiers chambre calorim trique des corrections ont t effectu es sur la concentration en O et en CO en fonction de la d rive li e aux capteurs Ces param tres tant sujets des art facts ils ont t galement liss s l aide du filtre de Savitsky Golay Ensuite les d riv es premi res et secondes de l acc l rom trie de la temp rature corporelle du flux de chaleur ou de la fr quence cardiaque ont t calcul es pour tre ventuellement introduites dans la fonction de pr diction Au del de l importance de d terminer une fonction
83. s pour l utilisateur car les r sultats de calcul taient inexploitables En effet 1ls prenaient en compte des valeurs aberrantes Un exemple classique du bogue majeur pr sent dans Finder2E est le mauvais dimensionnement d une fen tre emp chant l utilisateur d acc der au bouton de fermeture de l application Ce genre de bogue perturbe le bon d roulement d une d monstration faite aux autres chercheurs du laboratoire 3 Ajout de fonctionnalit s a Description Cette tape s est d roul e conjointement la correction des bogues Trois grandes classes de fonctionnalit s ont t d finies La premi re classe de fonctionnalit s est en rapport avec les graphiques La seconde classe concerne la modification des fichiers g n r s ajout de colonnes sp cifiques et cr ation de nouveaux fichiers Enfin la derni re classe est en rapport avec l ergonomie b Exemples i Les graphiques Selection pour le tra er E Graphique Nom des volontaires Gra ph iq ue ADABO a 1 BEADA 2 BENPH IBERSY CHAAN CHASE COMJE IDECCH Axe X CCR ActiHeart DE Chambre Axe Y DE Chambre X Axe Z DE Chambre Tracer 0 05 0 10 0 15 0 20 0 25 0 30 0 35 0 40 0 45 0 50 CCR ActiHeart ADABO 9 BEADA Figure 18 Repr sentation d un graphique en d but de projet version 2 0 Les graphiques ont t trac s et configur s l aide de la biblioth que JFreeChart Sur le graphique ci des
84. sant g rant l chelle a provoqu cette correction La figure 20 montre le r sultat apr s toutes ces am liorations y Temp rature Corp en fonction de DE ACtiHeart Temp rature Corp en fonction de DE ACtiHeart m nage 0 0441 31 3067 G a i o O w DI Wl i ov Q v gt 0 05 0 06 DE ACtiHeart ADABO Figure 20 Graphique classique dans la version 3 0 de Finder2E 6 Exportation de graphique et sauvegarde des donn es info bulles Mme Rousset voulait pouvoir exporter les graphiques affich s sur l cran ci dessus La fonctionnalit tait pr vue dans la barre de menus mais non fonctionnelle De plus comme les donn es info bulles ne sont pas visibles toutes ensembles sur le graphique nous avons pr vu la possibilit d exporter ces donn es dans un simple fichier texte ii Modification des fichiers Ces fonctionnalit s sont de deux types La fonctionnalit effectue un calcul et l ajoute dans un fichier existant ou bien elle cr e un nouveau fichier 1 Dur e de l intensit des activit s comprises dans un intervalle de METs Une colonne affichant la moyenne des METs Metabolic equivalent intensity level par activit existait d ja dans le fichier Excel Calcul_Famille Mme Rousset d sirait connaitre la dur e pendant laquelle un volontaire soutient une activit dont l intensit est estim e en METs En g n ral on consid re qu une activit comprise en
85. ser et de tester des quations pr dictives de la d pense nerg tique quotidienne partir du co t cardiaque relatif ainsi que d autres param tres physiologiques acc l rom trie temp rature corporelle nombre de pas iii Donn es de sortie Au fil de l utilisation du logiciel de nouveaux fichiers issus du traitement des donn es standardisation lissage calculs du co t cardiaque relatif et de la d pense nerg tique sont cr s et peuvent tre exploit s ais ment par les chercheurs Le logiciel fournit ainsi de nombreuses donn es en sortie les fichiers standardis s les donn es d lectrocardiogramme ECG qui faisaient partie initialement des fichiers chambres calorim triques sont affect es dans des fichiers propres en sortie des statistiques et des courbes d analyse une estimation de la qualit de la fonction de pr diction saisie par l utilisateur b Organisation de Finder2E Pour pouvoir g rer plus facilement les donn es et les structurer les notions de projet et de famille ont t introduites Ainsi sur la page d accueil du logiciel voir figure 5 il est possible de cr er ou d ouvrir un projet une famille ou de tester une fonction de pr diction Fnder2E30 lll ml NN as Aide ij Famille VF Fonction de pr diction Projet IL Nouveau projet Ctrl N La Ouvrir projet Ctri O EN TNA SIMA DI Quitter Ctrl Universit Blaise Pascal CR H Finder2
86. sus nous pouvons voir l absence de titre personnalis en fonction du graphique L axe des ordonn es n est pas gradu Le fond est gris et Mme Rousset d sirait l avoir blanc Les points repr sentent les activit s caract ris es par les coordonn es moyennes de deux param tres choisis par l utilisateur Nous pouvons remarquer la pr sence d une info bulle ou tooltip qui indique le nom du volontaire et les valeurs des deux coordonn es sans mentionner l activit repr sent e 29 1 Insertion d info bulles Comme nous l avons dit pr c demment les activit s ne sont pr cis es aucun endroit du graphique Nous avions envisag de r aliser des tiquettes avec des num ros d activit sur le graphique et d incorporer une l gende sur la page Cependant deux inconv nients sont apparus La pr sence d tiquettes aurait rapidement surcharg le graphique De plus la l gende aurait d tre ajout e une page d j charg e Nous avons donc cherch personnaliser les info bulles Cependant son format est standard et nous avons donc d surcharger un composant un renderer qui nous a permis d ajouter l activit l info bulle Exemple d affichage sommeil 0 1232 7 5401 Le nom a t retir puisque chaque volontaire se voit attribuer un code couleur r pertori dans la l gende du graphique Les graphiques qui pr sentent l volution d un param tre en fonction du temps d taill plus loin ont galement des info b
87. t e pour l ensemble des volontaires appartenant la famille choisie par l utilisateur du logiciel Pour tablir cette fonction l utilisateur doit choisir les param tres et les coefficients associ s la puissance laquelle ils sont lev s s ils s expriment sous la forme d une fonction logarithme et enfin les diff rents op rateurs de la fonction Le test d une fonction de pr diction pour une famille g n re un fichier Excel Prediction nom Famille xls et un dossier CalculPredictionVolontaires dans le dossier famille correspondant Ce dossier contient un fichier Excel pour chaque individu de la famille test e Ces fichiers pr sentent les valeurs de la d pense nerg tique minute par minute estim es partir de la fonction test e de l estimation des capteurs ActiHeart et ArmBand ainsi que ceux de la chambre calorim trique r f rence Les carts minute par minute sont calcul s entre les estimations des deux capteurs de la fonction de pr diction et la r f rence Les erreurs en pourcentage calcul es sur toute la dur e de l exp rience sont exprim es comme le rapport entre les carts et la valeur de r f rence Le fichier Excel Prediction nom Famille xls comprend des valeurs de d pense nerg tique estim es partir des capteurs ActiHeart et ArmBand ainsi que de la fonction de pr diction pour chaque activit et pour chaque volontaire Les erreurs entre les estimations et la r f rence sont aussi calcu
88. tiques de la familes Calcul statistique sur la famille maccheskmh repos4 stepper reposs marche kmh repos m nage quests global Nom de la famille famille sevos1 marchestmh repos2 merchedem repos3 questa d jeuner quests sommeil MB questi quest2 criture deboutassis debout statique d ambulation Nombre de volontaires 6 D I Volontaire _Allong Sommeil Nbr de pe METS DE activite DE total Ac DE ArmBanc Age Moyen 44834 6 14 lADABO D lo 922 0 008 1 002 o 0 023 PECH BEADA 10 889 10 85 0 253 1 045 0 001 0 026 0 022 IMC 23 324 147 gen nes Dn o0 7 es boot 0 022 pois BERSY De 10 808 0 208 0 98 0 023 0 021 CHAAN n 10 892 lo 1 0 962 0999999 9999999 oo D G Heb Femmes Selection pour le tracer graphique od nes 13 ACC ArmBand en fonction de Temp rature Corp e eem ACC ArmBand en fonction de Temp rature Corp BEADA F BENPH 500 pa CHAAN vo CHASE amp aso A e 2 200 H E i pa Ed 250 e i P Axe X g 200 SM 4 NP Temp rature Corp 150 V A a d I Axe Y 1m f Ur A ACC ArmBand D 50 i v D Axe Z Ve ei ES 30 0 30 5 31 0 31 5 32 0 32 5 35 0 Temp rature Corp Tracer EE ADABO 9 BERSY Figure 12 Calculs statistiques pour une famille de Finder2E iii Fonction de pr diction La fonction de pr diction de la d pense nerg tique sera tes
89. tre 0 et 3 METs est s dentaire entre 3 et 6 METs est mod r e entre 6 et 9 METs est vigoureuse et au del de 9 METs tr s vigoureuse Nous avons gard le principe des 4 classes d intensit Par contre nous avons laiss la possibilit a l utilisateur de choisir un autre intervalle que 3 32 L utilisateur doit d abord choisir l intervalle d intensit ce qui va servir fixer 4 classes d intensit Supposons que l utilisateur saisisse la valeur 2 comme intervalle alors Finder2E comptera le nombre de minutes o les METs sont compris entre 0 et 2 2 et 2x2 2x2 et 3x2 et enfin 3x2 et 20 valeur maximale th orique L criture se fait dans le fichier comme sur la figure 17 r i Creation de la famille KH e eur LA et Finder2E Edit Aide Nom de la famille Liste des volontaires r pondant aux crit res Crit res de recherche sexe Ej n Age compris entre E IMC compris entre VO2 compris entre 7 Indice sportif compris entre Projets Groupes selectionn s Ajouter Enlever Nombre de personnes Commentaires gt Groupes Choix de la plage d intervalle pour les METs 3 Choix de la plage d intervalle pour les METs 3 KI Figure 21 Page de cr ation d une famille 2 Ajout de l aire sous la courbe Le r sultat est visible figure 17 Il s agit de calculer l aire sous la courbe l volution d un param tre au c
90. u collaborateur responsable du registre de les marquer comme s lectionn pour le projet en cours Cela vitera tout conflit avec d autres projets Le chef de projet et ou un chercheur pourra galement imprimer ou enregistrer dans un fichier Excel des donn es 38 concernant ce candidat potentiel Ensuite le chef de projet et ou un chercheur prennent contact avec ces candidats potentiels pour leur demander s ils souhaiteraient participer au projet S ils le souhaitent la proc dure d inclusion est la m me que celle d crite ci dessus Le passage d un statut l autre pour les participants est r sum sur la figure 29 VISITEUR Contacte le chef de projet CANDIDAT Refus pour l tude POTENTIEL Fin de l tude Accept pour la pr tude CANDIDAT VOLONTAIRE gt INCLUS Accept pour l tude VOLONTAIRE Figure 29 Changement de statut des participants ii L tude A la fin de la pr tude les candidats volontaires admis pour l tude deviennent des volontaires inclus Le chef de projet et ou un chercheur fournira aux volontaires inclus un ou deux capteurs ArmBand et ou ActiHeart ainsi qu un planning d activit suivre pendant l tude et des questionnaires remplir Un planning de rendez vous est galement tabli entre les chercheurs et les volontaires inclus Les chercheurs ont pour r le de rappeler aux volontaires inclus non seulement leur rendez vous mais galement de penser
91. ulles L info bulle affiche le nom du volontaire l heure de la mesure et la valeur du param tre en ordonn e Exemple ADABO 10 54 0 7865 2 Insertion de titres Dans la version 2 de Finder2E le titre des graphiques tait uniforme Graphique Dans la version 3 le nom du titre change d sormais en fonction des param tres s lectionn s 3 Insertion de nouveaux param tres en abscisse et en ordonn e Certains param tres taient disponibles dans une liste d roulante pour faire des graphiques Neuf nouveaux param tres calcul s dans le fichier Excel Calcul Famille ont t ajout s La variable temps est maintenant propos e Il reste encore les d riv es premi res et secondes de certains param tres ajouter 4 Possibilit de visualiser l volution des param tres en fonction du temps Contrairement aux autres param tres les points affich s ne repr sentent pas des activit s mais la valeur du param tre en ordonn e un instant donn L approche est donc enti rement diff rente la mani re d importer les donn es galement Pour les autres param tres les donn es sont extraites du fichier Calcul Famille qui contient les moyennes de chaque param tre pour chaque individu et pour chaque activit Les donn es visibles sur la figure 19 sont les donn es minute par minute sur lesquelles sont faites ces moyennes Elles proviennent de diff rents fichiers CCRACT nom xls CCRECG_ lt nom gt xls L appl
92. ur liste de rendez vous voir fl che 2 et ventuellement les modifier L quipe CHLEO voulait que des rappels automatiques soient faits pour rappeler aux volontaires inclus qu ils ont rendez vous qu ils doivent envoyer des questionnaires ou qu ils doivent 51 envoyer leurs fichiers issus des capteurs Ainsi lorsque le chercheur enregistre un rendez vous un rappel de type rendez vous est cr dans la table rappel voir fl che 3 A la date pr vue un mail sera envoy au volontaire inclus concern par le rappel voir fl che 4 Lorsque le chef de projet enregistre en base de donn es le pr t d un capteur il sp cifie la date laquelle il souhaite que le volontaire renvoie les capteurs et ou les fichiers voir fl che 5 Un rappel de type envoi de fichiers et ou de type envoi de capteurs sera cr dans la table rappel voir fl che 6 A la date pr vue un mail sera envoy au volontaire inclus concern par le rappel voir fl che 4 Lorsque le chef de projet s lectionne un questionnaire pour un projet il choisit pour chaque volontaire la date laquelle il devra le renvoyer voir fl che 7 Un rappel de type questionnaire est cr dans la table rappel voir fl che 8 A la date pr vue un mail sera envoy au volontaire inclus concern par le rappel voir fl che 4 Au del d un certains d lai fix par le chef de projet celui ci regoit galement un rappel si le volontaire inclus n a pas renvoy
93. volontaire inclus sera marqu comme non int ress par les projets venir A la fin du projet et apr s avoir donn leur r ponse les volontaires n auront plus acc s l application Le chef de projet doit donc supprimer l acc s des volontaires inclus l application Web Afin de faciliter cette t che nous avons introduit la notion de statut pour chaque projet Si le statut du projet est en cours les volontaires inclus ont acc s l application Si le statut du projet est au contraire fini les volontaires inclus n ont plus acc s l application Il suffit donc que le chef de projet modifie le statut du projet pour couper l acc s des volontaires inclus l application Nous avons attribu beaucoup de responsabilit s au chef de projet Nous avons fait cela d une part car certaines actions n cessitaient une exp rience professionnelle que tous les chercheurs n ont pas et d autre part pour viter des erreurs ou des oublis dans les enregistrements ou les envois de fichiers La diff rence entre le chercheur et le chef de projet provient pour nous du fait que le chef de projet g re le projet dans sa globalit alors que le chercheur tudie uniquement les r sultats issus de l tude Dans le cahier des charges que nous avons d fini 1 des sch mas illustrent les flux li s au chef de projet et aux autres acteurs de l application Nous ne les avons pas mis pour ne pas surcharger le rapport iii Chercheur Les ch

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