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AIM - Guide Utilisateur

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1. Groupe_RHS 55 ro j detemine la couleur AHS groupe par les valeurs AWB Piel_ _RHS GG ra Somme des Pxel_ par Gp_Couleur_RAS et par image Type de r sultats Cellule Image Amida e iali Pe eei CELLULE IMG _ 130 k OBJET_NOM 4 IMAGE_NOM Orchide_Varety_2 bmp Orchide_Variety_2 bmp Orchide_Varety_2 bmp Orchide_Varety_27 bmp Orchide_Varety_2 bmp Orchide_Varety_2 bmp Orchide_Variety_2 bmp Orchide_Varety_2 bmp Orchide_Variety_2 bmp LEE Po nn J 5 EELEE P j OH Le Le Le Le a LE a JL e a j E EE G p3 Base Courante Ange_Adre Utilisateur moutaultb Champ courant ColTab_A14_N_NUM_LIGNE 33 1 0 201 2 12 25 14 Auteurs B Moutault amp C Chevalier Page 72 Date 20 08 2012 Version 1 9 5 1 Afficher S lectionnez votre tude le d tail complet est affich dans la seconde partie de l cran Il contient 6 onglets qui d crivent les mat riels les acquisitions les images les traitements les variables r sultat et les param tres statistique qui font partie de l tude Par d faut tout est pr s lectionn l ouverture de la fen tre ou lorsque l on change d tude Vous avez le choix de d s lectionner ou s lectionner tel ou tel lignes de tel ou tel onglet pour affiner votre affichage ou votre suppression Attention Lorsqu
2. Variable R sultat et Condition Type Image Objet Etude et Stat Type Richier AIM201_TYPE_IMAGE AIM204_TYPE_OBJET 201_C_COD A201_A_LIBELLE 8_JouR_RE amp 4_c_co A204_A_LIBELLE k Echelle 0 gt Cultivar p Initiale Couleur 183 Non d fini Initiale Invers e 183 Lot Semence Modifi e Couleur 183 VAR Vari t Noir et Blanc 730 NC Niveau de Gris 366 0 20 AIM205_TYPE_ETUDE AIM206_PARAM_STAT 205_C_COD A205_A_LIBELLE 8 fe ccolN A206_ A LIBELLE A206_A_TEXTE_SQL Coloration a COUN Compte COUNT COMP Compter Ecarttype STDDEV D monstration Maximum MAX Evolution suivi M diane MEDIAN Exemple Minimum MIN Ph notypage gemination Moyenne Arithm tique AVG ME Mesurer NDEF Non d fini AVG NDEF Non D fini OE Object lesson TS Tes Pour chaque table Vous pouvez Saisir directement l information sur la derni re ligne ou cliquer sur IM205_TYPE_ETUDE le bouton H une ligne pour entrer en saisie ligne et utiliser le bouton 5 ou utiliser le 1 1 1 Voulez vous vraiment supprimer lafles ligneis HORS F12 p ve confirmer cette de la table Aim_Fen_Liste_ Valeur Tab _AIM20S TYPE ETUDE suppression oa Auteurs B Moutault amp C Chevalier raye 10 CN OOOO ama A COMPTER EW EVOLUTION uivi ME MESURER TS TEST Pour la modification double cliquer sur Et pour la suppression s lectionner la Date 20 08 2012 Version 1 5 1 1 Condition Les cond
3. Liste des macros 21 A03_A_NOM_DESCRIPTION TRAITER Champignon sur Feuille auto BAG expression de la surface du champignon sur LOT RMS me FES ART AA DECOUPER Vignette peas field 1 2jpg peas field 2 4JPG SE JS UE PL Hatem ele TRAITER Pouvoir Couvrant JMR calculer la surface d occupation des plantes TRAITER Finesse Feuille mm auto JMR calculer la surface le des plantes RET p rimetre peas field 3 5 JPG PANETEREN et un rapport PLANTE PERIMETRE plus on est COMPTER Jeune Pousse RET JMR comptage de jeunes pousses avec seuil fice STANDARD compte le nombre de cellules MESURER GEVES Analyse_Objet STANDARD mesures GEVES Analyse_ Objet su O DIMADICCD _ Cimnla a 1i seuil pour la binarisation rendre le traitement cach 1 ou non 0 cr er des images Supepos fait resortir les zones taille pixel minimum des cellules mesurables M Stri Nom _Result Pouvoir Couvrantxds nom de sortie du fichier de mesures Base Courante Deva_Adre Utilisateur moutaultb Champ courant 13 36 27 7 1 2 Etude chaque ouverture de l cran une nouvelle tude est cr e automatiquement sous le type Non D fini avec comme nom Traitement Rapide que vous pouvez modifier Permettant ainsi de conserver tous les traitements effectu s au travers de l application AIM 7 1 3 Images Pour charg
4. Chaque groupe a une place d fini dans la s rie d images une zone Dans AIM vous allez pouvoir g rer plusieurs zones En LE E zone 2 zones 4 zones 16 zones Auteurs B Moutault amp C Chevalier Page 29 Date 20 08 2012 Version 1 Chaque zone repr sente un seul type de mat riel et elle peut contenir un ou plusieurs objets dispositif 1 zone avec 10 objets zone dispositif 4 zones avec 1 objet zone Cette disposition sur les images de vos objets par type de mat riel et nombre de zones est appel dispositif zone Et 1l doit tre renseign dans AIM lorsque vous faites la d claration de vos tudes voir l exemple 5 4 4 5 4 3 Cr ation Modification PA ajout d un nouveau dispositif ioj x DISPOSITIF Hombre de zones _ ee Par LIGNE Pour ouvrir l cran de cr ation d un dispositif Par COLONNE zone utiliser le raccourci F10 ou cliquer sur le bouton Description PA Modifiaction du dispositif n 2 MCE Nom Nombre de zones 4 Par LIGNE De m me pour la modification s lectionner une Par COLONNE ligne et utiliser le raccourci F11 ou cliquer sur le bouton Description Pa ou m me le double clic Renseigner le nom le nombre de zones que vous e S Lire souhaitez d finir derri re ce dispositif L ajout d une description du dispositif est possible Valider avec le bouton OK Auteurs B Moutault amp C Chevalier Page 30 Date 20 08 2012 Version 1 Po
5. cliquant sur le bouton Pendant que le traitement s ex cute 6 attente avec le logiciel tiers une fen tre d attente apparait S1 le traitement ne va pas jusqu au Traitement en cours bout vous devrez signaler a l application AIM que le traitement est annul Avec le bouton BE AIM d tecte lorsque le traitement est fini et r cup re automatiquement les images et fichiers r sultats pr vu dans l cran Gestion des macros Les nouvelles images seront charg es dans la liste l historique des traitements est mis jour et vous pouvez voir les fichiers r sultats Bouton Liste les traitements et r sultats des acquisitions 12 D DATE TRAITEMENT 12 06 2012 15 09 29 Pouvoir Couvrant xs zip M L cran Int gration s ouvre et on se rebranche sur le fonctionnement normal de l application AIM 9 3 Auteurs B Moutault amp C Chevalier Page 43 Date 20 08 2012 Version 1 8 Menu Macro w Gestion 8 1 Gestion Macro Dans l application AIM les traitements d images se font l aide d un logiciel externe tiers exemple IMAGE J choix fait par le GEVES pour son cot communautaire et gratuit AIM fait tourner le logiciel Image J l aide de macros que l on va g rer dans cet cran Fichier Etude Macro Traitement Rapide Logiciel de Traitement R f rentiel Module Fen tre hide DANONE COURSE EEE res de recherche Vous p
6. Auteurs B Moutault amp C Chevalier Page 23 Date 20 08 2012 Version 1 FA Ajout d une nouvelle liste de conditions th orique Type d tude Hom De m me pour la modification s lectionner une liste et utiliser le raccourci F11 ou cliquer sur le bouton PA ajout d une nouvelle liste de conditions th orique 0 x Type d tude COMPTER ha Non Esp ce DHS 40500 mars Renseigner le type d tude son nom et l esp ce Et valider avec le bouton OK Remarque l esp ce est facultative mais si vous la pr cis e cette liste de conditions exp rimentales ne s appliquera que pour cette esp ce Une fois la liste cr e 1l faut ajouter enlever des conditions Dans la table d tail cliquer sur le bouton T ou Ajouter des Conditions pour choisir de nouvelles conditions multi s lection possible Auteurs B Moutault amp C Chevalier Page 24 Date 20 08 2012 Version 1 Liste des listes de conditions th orique 3 09_ _LIBELLE i C53 W NOM_ESP iii g 20 Conditions pour l adressage des cellules 0 E spece inconnue ME MESURER J 2 Conditions pour l adressage des cellules 0 E spece inconnue TS ITEST 9 Ae Conditions pour le ph notypage de emeng 0 E spece inconnue EY EVOLUTION Conditions de comptage 40500 Mais ICT Liste des conditions th orique 5 A200 A LIBELLE A10 A REMAR J 23 HREF Heure r f rence 0 J 23 NCPC Mombre Cellule P
7. moutaultb Champ courant 12 06 2012 15 41 16 Rappel Une macro c est un langage script qui permet d automatiser une succession d actions Les macros sont enregistr es sous le format de fichier TXT texte Le logiciel IMAGE J a une fonction d enregistrement des actions men es record qui permet la simplification de l criture d une macro Auteurs B Moutault amp C Chevalier Page 44 Date 20 08 2012 Version 1 8 1 1 Consultation CD Lors de la s lection d une macro dans la table principale nous pouvons consulter la liste des macros dont elle d pend dans les tables d tail Le texte de la macro format RTF est visualis dans la partie droite de l cran mais 1l n est pas modifiable 1c1 Avec le bouton Z Voir Rexte vous pouvez ouvrir la macro en fichier texte par d faut c est avec le Bloc Notes Sans la mise en forme apport e par le RTF 8 1 2 Cr ation Modification Pour ouvrir l cran de cr ation d une macro utiliser le raccourci F10 ou cliquer sur le bouton L 2 o _ Tii amp Ajout d une nouvelle D Aide en Ligne TON qu indique cr ateur groupe ef ie fonciionmnemeni de a macro Rappel Ent te automatique Chaque macro AIM contient une parie ENTETE gu indique des vara les ef valeur facilement female par Lisseur Corps de la macro Chague maco AM contient une patie CORPS gu udlse les rares de lENTETE AUTOMATIQUE ef de J
8. 20 08 2012 Version 1 Pour ajouter modifier ou supprimer utiliser les boutons c C Pour une modification de plusieurs acquisitions utiliser le bouton S Tous Modifier Vous pouvez galement g rer l ordre des acquisitions avec les boutons Actualise Ordre Modifiaction de l acquisition n 9 2 0 x Pour l tude Ph notypage de semences Imbibition Germination Elongation EU LE USE Liste des conditions z P A00 A LIBELLE AE N YAL CONDITIO F A06 A REMARGUE ANA T Nombre Cellule Par Colonne S i Gi Hombre Cellule Par Ligne 10 E i Fr quence 120 en minute FA Mat riels de l acquisition 4 823 A LIBELLE A204 A LIBELLE y 23 45 Wa Cultivar 2 a 5 il J a g Ed 52 va Cultivar 0 2 g O0 ror vi Cultivar 0 D lai de mize en place du mat riel au sein de l acquisition o JE Suivant Renseigner le nom la date et le support utilis pour l acquisition des images Ainsi que le r pertoire o elles se trouvent car la premi re utilisation AIM chargera les images automatiquement La liste de conditions est par d faut celle de l tude mais vous pouvez la modifier en saisissant directement dans la table les valeurs et remarques Ajouter et enlever des lignes avec les boutons Ei a La case cocher derni re colonne permet de faire rentrer la condition dans l cran calculs Le but est qu elle d crive au plus juste la ou les i
9. B Moutault amp C Chevalier Page 57 Date 20 08 2012 Version 1 9 2 Analyse O Cet cran permet de g rer les images les fichiers et d effectuer les analyses de l tude Vous y retrouvez les tables principales Etude et Acquisitions en haut puis dans les tables d tails sur 4 onglets les macros les images les fichiers et la gestion des analyses l onglet n apparait que lors de l ex cution d analyse Fichier Etude Macro Traitement Hs Logiciel de Traitement R f rentiel Module Fen tre Aide Groupe d Etude et di GUICHETEAU a J Canon_Erion Appareil photo Canon_Erion Appareil photo Canon_Brion Appareil photo peas field low mi jpg peas field low_2 jpg peas field strong_1jpg peas field strong_ jpg peas field mean_1 jpg peas field mean_ jpg Superpos Coule Superpos Coulk D OO j OU LR b M Supermpos Coul Supermpos 4 _ I F 5_peas field mean_1 jpg 5_peas field mean_2jpg Base Courante Deva_Adre Utilisateur moutaultb Champ courant 13 06 2012 09 37 58 9 2 1 Fonctionnement S lectionner l tude pour afficher la liste des acquisitions et des macros S lectionner une ou plusieurs acquisitions pour afficher les images et les fichiers Et enfin s lectionner les macros les images et les fichiers pour lancer l ex cution de l analyse Auteurs B Moutault amp C Chevalier Page 58 Date 20 08
10. Esp ce ooo Liste des listes de conditions th orique a 09 LIBELLE ii CE3 W NOM_ESP CT 206 A LIBELLE 9 20 Conditions pour l adressage des cellules I E pece inconnue ME MESURER gt 9 2 Conditions pour l adressage des cellules E spece inconnue T5 TEST Espece Inconnue Y EVOLUTIOM auivi Liste des conditions th orique 11 TESIS LISTEI CG A200 A LIBELLE A7 N W8L CONDITI 10 _ REMSRQUE af 5 22 Dur e exploitation J 22 DELA D lai t ti en minute 9 a FREQ Fr quence 120 en minute J 22 GROS Grosaissement a nombre de pisel par milimetre J 22 HREF Heure r f rence 4 heure de fin d imbibition d but de detection de germination J 22 NCPE Nombre Cellule Par Colonne 5 J 22 NCPL Nombre Cellule Par Ligne 5 J aa RADM Aadicule Minimum Longueur 1 en millimetre J aa SEMO Semence morte 0 possibilit d indiquer les semences mortes sur l acquisition J a DEFS Seuil d placement 3 en milimetre 9 22 TEMP Temp rature 20 condition espernmentale sur l acquisition 5 2 1 Consultation A louverture de l cran la liste s affiche selon les crit res utilis s dans le bandeau de recherche Utilis le type d tude vide pour tout afficher Lorsque vous s lectionnez une liste son d tail s affiche dans la seconde table 5 2 2 Cr ation Modification Pour ouvrir l cran de cr ation d une liste de conditions exp rimentale utiliser le raccourci F10 ou cliquer sur le bouton M
11. d j calcul en ROUGET probablement calculer en VERT Choisir une ou plusieurs lignes et valider sur le bouton En ns Remarque les formules s appuies sur soit d autres variables r sultat soit des informations d finis dans la partie d clarative soit des colonnes pr sentent dans la table S1 l une d elle est absente ou erron l tape de calcul g n rera une erreur Auteurs B Moutault amp C Chevalier Page 70 Date 20 08 2012 Version 1 Calcul des donn es Germ e Erreur uu x 87107 2011 16 50 21 Aucun Fic 2195685 57 902 1 5551132 0 363767519 I 69 2980277575 k 0 988 51 448 sr 1 2260413456 0 F9 11234d 7772 171 092 52 505 123190527472 24126163154 0 F0 654636422 226 44 55 786 11 8348133728 02299458443 0 65 1570489408 206 72 57 53 11 5086872218 0 017598725 0 65 3761569978 338 328 p2 E42 11 5215749002 0 0608654791 0 62 0891161432 390 204 60 002 11 3251460373 0 163901 7058 l Et vous pouvez recommencer l op ration avec de nouvelles formules qui peuvent s appuyer sur ces nouveaux r sultats Yariables de r sultats lol xl Liste des variables r sultat avec leur t pe PLAS RDALRELE APN ORANZAUNAP A CLORMUE ia Ji 13 ep rit Feuille rapport Surface des plantes P rim tre des plantes num ro ncr mente chaque nom d image diff rent Elongation vitesse pixel h Longueur c
12. 1 1 HG NB_Mais 0902161545 1000 1 2 11 690722059 0 NDEF 9 1 Vari t 1 1 HG NB_Mais 0902161545 1000 1 3 123190327472 0 NDEF 9 1 Vari t 1 1 HG NB_Mais 0902161545 1000 1 4 11 8349132728 0 NDEF 3 1 Vari t 1 1 HG NB_Mais 0902161545 1000 2 1 11 5429905162 D J ai int gr ces r sultats en base ce qui fait plus de 7000 mesures car j ai plusieurs cellules semences par image et J ai une cinquantaine d images J ai calcul un Temps gr ce la fr quence des images de ma s rie Je souhaite regrouper mes r sultats par vari t s et par temps laam Das Je choisi mon tude dans la fen tre R sultat et je clique sur le bouton Auteurs B Moutault amp C Chevalier Page 74 Date 20 08 2012 Version 1 Ce qui m ouvre la fen tre de param tres statistique je ne choisi que les variables r sultats Volume et Temps dans l onglet Var_Result Faram tres Statistique Mat riel 4 Acquisition i Image 50 Traitement n Le REU y fl Param_ Stat 7 BF A2D2A LIBELLE ee DA A UNS CAl A202 _A_LIB_IMAGEJ num ro Num Image 4 Germ e H re s 4 Compare Longueur Courbe A adicule pixel M Longu mau T m r 1 a 1 FF dd Tarsan Ensuite sur l onglet Param_Stat je choisi de faire une moyenne Mat riel 4 Acquisition
13. 2012 Version 1 9 2 1 Macros Vous devez cocher les macros ex cuter lors du prochain traitement Macros Liste des macros valides r v ADS F A03 A NOM i 013 30 CHANGE FORMAT IMAGE STANDARD 03 33 BINARISER RWB STANDARD iz aka aag TET MAREEA Eme init TRE g to nm 013 40 MESURER pixel STANDARD O3 35 MESURER mm STANDARD M 3 49 COMPTER STANDARD q Visualisation BINARISER Simple AD3 A D tous type yS J FG 1m YLSt Image Format ipg format d entr e des images JPG rr YL_Bo_Imag_Superpose S non 1 oui tous type WL_Str_Lettre_Superpose EC gt YL St Image Format_Superpose p9 S format de sortie des images PHG gt Yl Str _Lettre_Binarise NE PHG gt Yl St _Image_Format_MB prng 4 format de sortie des images PNG gt F La liste des macros s affiche lorsque l on s lectionne une tude A chaque fois que vous s lectionnez une tude la liste des macros est r actualis e les macros sont dans leurs tats initiales Lorsque vous s lectionnez une macro son contenu de type texte enrichi RTF S affiche dans la partie droite Vous pouvez le modifier temporairement pour l adapter au besoin du traitement venir Par exemple si la macro poss de une partie ent te il vous est facile d adapter quelques valeurs sans que cela ne la modifie durablement dans la base de donn es des macros de l application Toute modification est co
14. 3 enregistrer En plus du texte de la macro vous allez pouvoir renseigner diverses informations qui tournent autour de celle ci description BINARISER RVB STANDARD JPG m thode RVB seui a fomatique Huang PNG Son Nom Sa Description RER Sa validit nn oo MOUTAULT Benjamin BAOG La personne responsable de cette macro B o E Mail benjamin moutault oeves fr Son adresse mail 2 212 T l phone 0241228635 Son t l phone O o EPn Son entreprise Etablissement GEVES Groupe d Etude et de contr le des Vari t s Et des W 9 e gt 1 e Guide d utilisation de la macro Et un mini guide d utilisation de la macro a a _ pour expliquer son but son pour expiguer le fonctionnement de 5 maco 2 2 EUTETE fonctionnement g n ral montrer les Pate COPRS patie SORTIE images attendues en entr e produites en sortie expliquer certaines variables pour monter le pe d image attendue Auteurs B Moutault amp C Chevalier Page 46 Date 20 08 2012 Version 1 Remarque soyez pr cis dans les libell s cela facilite les recherches la lisibilit et les
15. 42 905 Angelique E Filtrer la demande Indiquer une lettre par exemple le m M Esp ce Oooo o om o PAE Liste des esp ces 13 S lectionner Menthe et OK Type Code DHS 40 a50 M che OHS 43 150 Magnolia grandes fleurs Menthe OHS 4a B4 Millet des oiseaux k L info est ramen e dans le champ N Esp ce 43013 esp ce ainsi que sont code Remarque Le symbole fonctionne galement compatibilit avec les anciennes versions des applications du GEVES GAD DHS VAT GED GEV Attention Si vous indiquer des crit res trop restrictif la liste de valeurs sera vide exemple que le code commence par 9 Esp ce Cm Auteurs B Moutault amp C Chevalier Page 14 Date 20 08 2012 Version 1 4 Menu Fichier CD Fichier Envoyer un message Application Changer de base f Changer de mot de passe ES Capture d cran W Quitter 4 1 Envoyer un message Afin de permettre une meilleure interactivit AIM offre la possibilit de g rer une boite de messagerie Pour y acc der cliquez sur Envoyer un message dans le menu Fichier Lors de la premi re ouverture en cliquant sur le bouton Compte WM es comptes Nom du compte christelle quitouni dresse Email christelle quitouni igeves f Compte principal Les E mails sont ils g r s par l interm diaire de MS Exchange dresse serveur SMTP 212 941 74 24 P
16. 641 22011 1 0 28 55 2 5 3 1 Consultation S lectionner une provenance dans la table principale pour voir les diff rents supports qui lui sont reli s dans la table d tail 5 3 2 Cr ation Modification PROVENANCE Ajout d une nouvelle provenance _ 0 x Laisson Pour ouvrir l cran de cr ation d une provenance utiliser le raccourci F10 ou Remarque cliquer sur le bouton H Nombre de supports Modifiaction de la provenance nes 0 X De m me pour la modification s lectionner une ligne et utiliser le raccourci Nom F11 ou cliquer sur le bouton A Auteurs B Moutault amp C Chevalier Date 20 08 2012 LNA A Locaiisation Nombre de supports Renseigner le nom la localisation une remarque et le nombre de supports que vous souhaitez d finir derri re cette provenance Et valider avec le bouton OK Attention Lors de la modification du nombre de support si vous indiquez un nombre inf rieur les derniers supports d crits seront automatiquement supprim s voir 5 3 3 SUPPORT Ensuite il faut renseigner les supports qui sont cr s automatiquement en m me temps que la provenance nombre de supports Pour les modifier utiliser le raccourci F11 ou cliquer sur le bouton a ou double cliquer sur la ligne Une fen tre s ouvre permettant de changer le nom la validit la date la r solution et la remarque 4 A05 A NOM m A05 A LOCAL
17. 9 4 1 Fonctionnement 70 9 5 R sultats 72 9 5 1 Afficher __ 73 9 5 2 Type de r sultat 73 Auteurs B Moutault amp C Chevalier Page 4 Date 20 08 2012 Version 1 9 5 3 Regrouper __ 9 5 4 Supprimer _ 9 5 5 Graphique __ 10 Menu Fen tre 10 1 Fonctionnement 11 Menu Aide 11 1 Fonctionnement 12 Questions fr quentes Auteurs B Moutault amp C Chevalier Date 20 08 2012 74 77 61 81 62 82 84 Page 5 Version 1 1 Installation du logiciel GEVES 1 1 Premi re installation 1 Selon le site sur lequel vous tes dans l exemple le Magneraud double cliquez sur le fichier INSTALL EXE dans le r pertoire Z Windev AIM puis laissez vous guider par l assistant d installation en cliquant sur Suivant chaque tape 05 Assistant d installation Bienvenue dans l assistant d installation client de SOS Ce programme a installer le logiciel 505 sur votre ordinateur I est recommand de fermer toutes les applications en cours avant de lancer l installation L application va tre install e dans le r pertoire suivant C Program Files os Installation client avec mise jour automatique en r seau Version 1 012 Ben 05 Assistant d installation Le r pertoire Program Files SOS n existe pas Voulez vous le cr er 7 2 R pondre OUT L assistant d installation affiche alors un r sum de l installation Auteurs B Mou
18. Didier 2 40 500 Mai DE CE EE NE 402 D DATE _ACQUISITION A04 4 NOM ff A05 4 NOM P 405 A LOCALISATION 29 09 2011 Scanner_2 Scanner partout au GEVES a 402 NOM i 403_4_NOM MESURER pixel n image BINSRISER HSE Voronoi 416 C_ NOM FIC_RESULT 19 10 2011 16 03 56 Surface J Longueur Courbes Centre x Centre Y a NB_Mais_0902161545_1000 png 1 1 47 08 49 944 57 802 1 A NB_Mais_0902161545_1000 png 1 2 935 48 238 110 988 51 448 1 NB_Mais_0902161545_1000 png 1 3 1094 48 496 171 092 52 505 1 NB_Mais_0902161545_1000 png 1 4 970 47 024 226 44 55 786 1 NB_Mais_0902161545_1000 png 1 5 892 46 257 286 72 57 531 1 NB_Mais_0902161545_1000 png 1 6 895 43 217 338 328 52 642 1 NB_Mais_0902161545_1000 png 1 7 850 40 109 390 204 60 002 1 NB_Mais_0902161545_1000 png 1 8 983 47 705 458 628 61 263 1 NE_Mais_0902161545 1000 png 1 9 1064 47 596 523 4 61 866 1 NB_Mais_0902161545_1000 png 1 10 1020 45 532 586 86 62 764 1 NB_Mais_0902161545_1000 png 2 1 900 47 709 60 926 147 071 1 NB_Mais_0902161545_1000 png 2 2 1099 52 063 117 505 142 358 1 NB_Mais_0902161545_1000 png 2 3 952 47 257 179 54 138 172 1 NB_Mais_0902161545_1000 png 2 4 949 45 951 239 44 139 531 i NB_Mais_0902161545_1000 png 2 5 881 44 677 293 337 140 543 1 NB_Mais_0902161545_1000 png 2 6 893 42 812 347 23 13323 1 NB_Mais_0902161545_1000 png 2 7 893 41 559 398 7 139 249 1 NB_Mais_0902161545_1000 png 2 8 992 49 609 46
19. ENTETE gu v te G vesion ef es ap ons du logiciel de batement d image gui feste ia kasie d image Cars ole es vide faui 5 metie jour FM Tab _magesiengih 0 EH Tab images efielshiW Sr fepsource qui boucle sur a ste d image du r pertoire source Sr hepsource gui enegie les images ef es r aufais dans le r pertoire destination Vi Si Repdesina Chague maco AWH contient une pare SORTIE qui d c les demenis enregistrer Nor A QG A re NH NE Fichier R sultat ES De m me pour la modification s lectionner une ligne et utiliser le raccourci F11 ou cliquer sur le bouton A ou bien double cliquer sur la ligne Auteurs B Moutault amp C Chevalier Page 45 Date 20 08 2012 Version 1 BINARISER RVB Vaidt E STANDARD JPG m thode RVB seuil automatique Huang PNG _Imags_ Format ipg s Hi tomat d entr e des images _Imag_Supepose 0 Q non oui _Lettre_ Superpose 5 _Str Image Format_Superpose jpg Li tomat de sortie des images _Str_Lettre_Binarise NB _ js Str Image_ Format NE Tong 7 tomat de sortie des images Str _Bo _ hi Corps de la macro LE gui dot es demenis
20. MESURER Pixel STANDARD Surface p rim tre largeur hauteur longueur cou 9 790 4 10 F TRAITER Simple auto STANDARD tous types d image 9 x 9 38 V CHANGER Fomat STANDARD tous types d image vers un type pr cis JPG PI 9 790 j CORPS 9 39 F INVERSER Couleur STANDARD tous types d image vers un type pr cis JPG PI 9 790 ORRR U N 4 15 V BINARISER Manuel YAN Colza cotyl dons m thode simple seuil fixe 1 247 GB BAR NAOR et opion sanda gt gt le 4 13 F BINARISER Manuel PIVOTER Cotyl dons YAN Colza cotyl dons m thode simple seuil fixe pivote cot 1 247 an 4 14 F PIVOTER Cotyl dons YAN Colza cotyl dons pivote cotyl dons 1 247 ce 44p 9 32 V TRAITER Feuilles scan YAN mesurer la fome des feuilles sur fond blanc scan 1 247 unCOptions iterations 1 count 1 9 41 V TRAITER Fleurs scan YAN mesurer la fome des fleurs scan 1 247 rame 4 1 F TRAITER Fleurs champ YAN mesurer la surface des fleurs en champ 1 247 I 4 12 F MESURER Mm n image YAN mesures OCW largeur longueur sur cotyl don scan 1 247 ESS setBatchMode V_En_Cacher_Image it renseignements sur tous les fichiers V_En_Nombre_Fichier M_Tab_Images length sa SEE S_ 5 INB_ 4 Liste des macros dont elle d pend 0 Liste des macros qui l utilisent 0 M A03_A_NOM _N_ORDRE_DEPEND Niveau Base Courante Deva_Adre Utilisateur
21. d images Noir et Blanc Ne Niveau de Gris NDEF Non D fini SC Superpos e Couleur couleur noir amp blanc superpos e 9 2 2 b Chargement des images Vous avez 4 possibilit s pour charger les images dans les acquisitions r pertoires S lectionner l acquisition puis sur l onglet images cliquer sur le bouton Ajouter les rechercher sur votre ordinateur et valider S lectionner l acquisition placez vous sur l onglet images depuis votre bureau Windows s lectionnez les images et faite un gliss d plac vers la liste AIM drag amp Drop S lectionner une ou plusieurs acquisitions et cliquer sur le bouton ro Cette m thode fonctionne si vous avez d fini des r pertoires de chargement dans l cran D claration 9 1 5 L application AIM chargera toutes les images qu il trouve par acquisition m me si l image d j t charg e auparavant A i Cliquer sur ae indiquer le r pertoire qui contient toutes vos images Une liste s affiche avec le nom des images modifier l ordre de celles ci s1 besoin B Vous pouvez s lectionner un autre r pertoire et enlever certaines images E 4eme Remarque La possibilit est valable lors du chargement de toutes vos acquisitions L ordre de vos acquisitions dans cette liste une importance trie par date nom OU d fini l cran pr c dent 9 1 5 9
22. d veloppement FID Gestion des Fiches Descriptive FLY Requ teur Graphique Flys peed uer GAD Gestion Administrative des Dossiers GON Gestion des d nominations GED Gestion des Essais Dhs GEY Gestion des Essais Yat GRAT Gestion du R f rentiel Thalie GWA Gestion des vari t s HE Gestion des Ressources Humaines Hydromel NEF Gestion des Informations Biogeves Heper SEM Gestion des Semences SIR Gestion de la saisie portable S05 Gestion centrals es des demandes d un service YAT Gestion des tudes WAT Auteurs B Moutault amp C Chevalier Page 16 Date 20 08 2012 Version 1 4 3 Changer de Base GEVES CD Ce sous menu permet de se connecter directement une autre base de donn es sans fermer l application Changer de base OI x L cran affich propose la liste de tous les serveurs disponibles Ceux se terminant par Adre concernent les donn es des sites de Serveur EERTE production et ceux finissant par Copi permettent de travailler sur une copie de la base de donn es d un des sites Les copies sont charg es partir des donn es de production d un site sur simple demande 4 4 Changer de mot de passe GEVES Il est possible de modifier son mot de passe directement dans AIM Mot de passe Ioj x Indiquer le nouveau mot de passe et valider via le bouton Ok pour qu il s applique l ensemble des Mot depasse appli
23. ils modifient les couleurs des images La colonne nombre de jour de r tention permet de pr ciser le temps de conservation d un r sultat de traitement avant de proposer sa suppression 5 1 4 Param tre statistique AIM206_PARAM_STAT T _C COL A206 LIBELLE A206_ TEXTE SQL NDEF Mon d fini AWG MOYA Moyenne Anthm tique AVG MINI Minimum MIN MEDI M diane MEDIAN ECAT Ecart ype STDDEV Vous permet de d finir plusieurs param tres statistiques en pr cisant la syntaxe SQL n cessaire la fonction de regroupement des r sultats de l application AIM Remarque la syntaxe SQL doit tre compatible avec ORACLE pour l utilisation de AIM au GEVES et avec HYPERFILESQL pour une utilisation EXTERNE Exemple STD MAX MIN COUNT AVG MEDIAN SUM VARIANCE 5 2 Condition exp rimentale CD A chaque nouvelle tude AIM vous allez d finir des conditions exp rimentales Qui permettent d apporter un compl ment d information lors du traitement automatis des donn es ou des calculs Auteurs B Moutault amp C Chevalier Page 22 Date 20 08 2012 Version 1 En g n ral ces conditions sont identiques au sein d un m me type d tude C est pourquoi on pr voit des listes de conditions exp rimentales par type Cette fen tre permet de les consulter et les g rer ajout modification suppression Crit res de recherche Wous pouvez wtiliser le ER Tape Le om
24. p titions d clar es dans l tude Exemple On a 3 vari t s et 2 r p titions On va cr er 6 acquisitions On a le choix dans l ordre de cr ation Soit par r p tition Soit par mat riel Vari t _1 r p tition_1 Vari t _1 r p tition _1 Vari t _2 r p tition _1 Vari t _1 r p tition _2 Vari t _3 r p tition _1 Vari t 2 r p tition _1 Vari t _1 r p tition _2 Vari t 2 r p tition _2 Vari t _2 r p tition _2 Vari t 3 r p tition _1 Vari t _3 r p tition _2 Vari t 3 r p tition _2 9 1 5 Acquisition Les Acquisitions sont les r pertoires de l tude Cette notion est importante car chaque acquisition va contenir des images des fichiers de mesures l historique des traitements les r sultats de l tude Pour chaque acquisition on va renseigner plusieurs informations Tel que la disposition et la description du mat riel son emplacement sur la s rie d image les conditions dans lesquels les images ont t acquises la provenance des images la date de l acquisition et un r pertoire cible pour la r cup ration automatique d image facultatif 9 2 2 b Liste des acquisitions 4 11 08 03 Colza_1_27 16 12 2011 Banc_1 11_06_ 03 Colza_2_2 16 12 2011 Eanc_1 Module 1 11 06 03 Colza_ 3 2 1612 2011 Banc_1 Module 1 11 06 03 Colza_4 2 1612 2011 Banc_1 Module 1 Auteurs B Moutault amp C Chevalier Page 55 Date
25. riel de l tude les vari t s le nombre de r p titions les macros utilisables les acquisitions la disposition des zones vari t s sur les images des acquisitions Auteurs B Moutault amp C Chevalier Page 50 Date 20 08 2012 Version 1 R f rentiel Module Fen tre Alde AD1_A_NOM D nombrer des plantes jeunes Distinction de Grains Expression des Bio gresseurs Finesse des feuilles 2011 Finesse des feuilles 2012 Fonction Standard Mesure sur Cotyl dan Mesure sur Feuille Mesure sur Fleur Mesure sur P tale Pouvoir couvrant Traitement Standard IND_NOM Groupe d Etude et di RETAILLEAU Groupe d Etude et di MURACCIOLE Groupe d Etude et di CADOT Groupe d Etude et di RETAILLEAU Groupe d Etude et d RETAILLEAU MOUTAULT Groupe d Etude et di GUICHETEAU Groupe d Etude et di RETAILLEAU Groupe d Etude et di GUICHETEAU Groupe d Etude et di GUICHETEAU Groupe d Etude et di RETAILLEAU MOUTAULT Jean Michel Vincent Val rie Jean Michel Jean Michel isie des acquisitions i0 Var_2503 Var_bedikumer Var_ blanche a col Var_bolero Var_de colmar b Var_soprano Var_touchon Var valor 17 33 17 Base Courante Deva_Adre Ltiisateur moutaut Champ courent 9 1 1 Consultation La liste des tudes peut tre filtr e l aide du ban
26. sultats et les macros 1 F A16 C_A NOM FIC_ RESULT aE 799 960 peas field 3774 276 797 212 peas field 3774 276 1125 467 peas field 37742376 1122 193 peas field 307 200 201 202 peas field 307 200 201 359 Base Courante Deva_Adre Utilisateur moutaultb Champ courant 09 10 2012 15 24 34 On retrouve les tables principales tudes et acquisitions Et en table d tails la liste des traitements historique des fichiers r sultats et des r sultats 9 3 1 Historique des traitements et fichiers r sultats Supprimer Liste les fichiers r sultats et les macros 3 o E 5 EEP A16_C_A_NOM_FIC_RESULT af A03 A NOM Voir Fichier Supprimer A12 eana ET n cree a MESURER Mm n image EUS AUT U 8 Aucun Fichier BINARISER Manuel 21 05 2012 09 47 46 es gs vil L A chaque lancement d analyse AIM conserve la date d ex cution Derri re chaque date vous avez soit un ou plusieurs fichiers r sultat Auteurs B Moutault amp C Chevalier Page 64 Date 20 08 2012 Version 1 aucun fichier si la macro n en g n re pas traitement annul si l analyse a t arr t e manuellement Vous pouvez supprimer cet historique bouton Supprimer Attention chaq
27. tris des macros Dans le premier onglet MACRO la macro se scinde en 3 parties partie ENTETE l5tImage_ Format ipg format d entr e des Images Y Bo Imag_Superpose 0 r snon 0ul Il faut sortir de vos macros les valeurs fixes et les param tres des diff rentes commandes qui sont utilis es et les mettre dans des variables afin de clarifier leurs utilisations pour des utilisateurs peu habitu s et de faciliter leurs modifications temporaires lors de leurs ex cutions Corps de la macro r mesure la surface noire les plantes et efface manuellement les valeurs unf Analyze Particles sizes Yl En Mesure Mini Infinity circularity 0 00 partie CORPS YLEn N Result nFresuls Mettre le traitement de la macro dans cette partie En faisant attention utiliser les variables de l ENTETE et de l ENTETE AUTOMATIQUE Cette partie permet une mise en forme du texte au format RTF profitez en pour am liorer la lisibilit de la macro ex mettre les commentaires en couleur Giague macra A comen une parte SOG DE gw d c ies damens d arregiatrer Hom A yo FA partie SORTIE IS Fichier R sultat Image 5 Pour finir il faut renseigner la partie SORTIE qui d crit les l ments qui sont enregistrer en fin de traitement images fichiers et ou fichiers_r sultats Il existe 3 types d l ments qui sont votre disposition Fichier r sultat permettant d enregistrer su
28. 2 664 140 029 1 v 4 Base Courante Deva_Adre Utilisateur moutaultb Champ courant amp im_Fen_Calculs BTN_Calcul 1 4 12 2011 1 0 58 45 L Auteurs B Moutault amp C Chevalier Page 69 Date 20 08 2012 Version 1 Remarque Le gros du travail est faire au niveau de la d claration des formules voir 5 4 9 4 1 Fonctionnement Affichez les r sultats d une tude d une acquisition d un traitement avec le bouton Puis cliquer sur le bouton des variables r sultat pour ouvrir la fen tre de s lection Variables de r sultats 10 x Liste des vanables r sultat avec leur t DE Tia A202_ LIBELLE i UNIS A202 CL FORMULE see Feuille nr Surface E EAE P rim tre des plantes Bme n am Incr mente chaque nom d image diff rent Laa Cano odeue R adicule g Temp En cours Temps Heure de germination Imbibition vitesse mm3 h Volume En cours Yolume Initial Temps Elongation vitesse pixel h Longueur courbe radicule En cours Longueur courbe radi Germ e FA FF Pourcentage du nombre de semences germ es pour chaque Dur e exploitation Heure M heure limite d exploitation des zones acquisitions Germination 4 Pr Pourcentage du nombre de semences germ es pour chague Imbibition 2 r Volume En cours Yolume Initial 7 Yolume Initial 100 test bidon POUR TOUTE LIGNE DE T B h Les lignes surlign es vous indiquent les variables r sultat
29. 3 Type Image Objet Etude et Fichier AIM201_TYPE_IMAGE Niveau de Gris 366 CNE N D ni 0 Vous permet de d crire les images leurs diff rents stades couleur noir et blanc La colonne nombre de jour de r tention permet de pr ciser le temps de conservation d une image avant de proposer sa suppression AIM204 TYPE OBJET VAR Van t Non d fini Vous permet de d crire les objets en tude le type de mat riel utilis AIM205_TrYFE_ETUDE F05 C_CODFA A205_A_LIBELLE Object lesson Exemple Evolution suivi Auteurs B Moutault amp C Chevalier Page 21 Date 20 08 2012 Version 1 Vous permet de d crire les tudes Par exemple par leur type de fonctionnalit pour faire des mesures des comptages des exemples ou par leur type d utilisateurs secteur des semences des vari t s des bioagresseurs AIM207_TYPE FICHIER f7 C COF A207 _A_ LIBELLE B_JOUR_RI FRA Fichier R sultat AIM 0 a FRI Fichier R sultat Nan Int gr 0 NDEF Non D fini 0 SFR Sans Fichier R sultat 0 Vous permet de d crire les r sultats des traitements Principalement les traitements g n rent un fichier r sultat qui sera int gr dans la base de donn es type FRA Ils peuvent galement g n rer d autres types de fichiers qui n ont pas vocation tre int gr exemple un fichier rapport type FRI Ou encore les traitements ne g n rent aucun fichier r sultat Par exemple
30. 33 5 5 3 Colorer les lignes RYB TSL __ 34 5 5 4 Libell des Groupes Couleurs 35 5 6 Esp ce Individu Entreprise Non GEVES 36 5 6 1 Consultation 36 5 6 2 Cr ation Modification_ 36 5 6 3 Suppression_ 37 6 Menu Logiciel de Traitement 38 6 1 Ouvrir 38 6 2 Chemin de l application 38 6 2 D finir 38 6 3 Par d faut 38 6 4 T l charger 38 6 5 Aide en ligne 38 6 6 Fermer automatiquement 39 7 Menu Traitement Rapide 40 7 1 Traitement Rapide 40 7 1 1 Fonctionnement 40 7 1 2 Etude 41 7 1 3 Images _ 41 7 1 4 Macros __ 42 7 1 5 Analyser 43 8 Menu Macro 44 8 1 Gestion Macro 44 8 1 1 Consultation 45 8 1 2 Cr ation Modification _ 45 8 1 3 Suppression_ 48 8 1 4 Import Export _ 48 9 Menu Etude 50 9 1 D claration 50 9 1 1 Consultation 51 9 1 2 Cr ation Modification_ 51 9 1 3 Suppression_ 53 9 1 4 Mat riel ___ 54 9 1 5 Acquisition _ 55 9 1 6 Macro __ 57 9 2 Analyse 58 9 2 1 Fonctionnement 58 9 2 1 Macros __ 59 9 2 2 Images _ 60 9 2 2 a Fonctionnement 60 9 2 2 b Chargement des images __ 61 9 2 3 Fichiers _ 62 9 2 4 Analyses __ 63 9 3 Int gration 64 9 3 1 Historique des traitements et fichiers r sultats _ 64 9 3 2 Afficher __ 65 9 3 3 Options __ 66 9 3 4 Int grer __ 68 9 4 Calculs 69
31. 9 9 9 9 9 9 Liste des acquisitions 0 Ultb P c Ben _ Docs 4 M 41 GUI FAF ACQUISA A2 4 NOM A0 D_DATE ACQUISITE pares SL HESNIEIE iamen TE B 50994 War_2502 25 05 2012 TEE A pow 1 50995 Var_2503 25 05 2012 Var 2502 r bmp 50 996 Var _berlkumer 257057201 2 sea Yar _2502_r2 bmp 60 997 Yar _blanche col 2570572012 Yar 2503_r1 bmp 50998 Yar bolero 25052012 C 60 9995 Yarde colmar b 2570572012 Yar herlikumer ri hmn On va charger les images par le biais de la correspondance des listes de gauche et de droite d acquisitions et d images Auteurs B Moutault amp C Chevalier Page 61 Date 20 08 2012 Version 1 Dans l exemple ci dessous chaque acquisition va contenir 2 images ee CRUE AOZ A NOM faq D_DATE_ACQUISIE Images du r p AE omenie eghenn RE ne BI 3 50993 Var 2601 2e 0201 2 ha 2501 rl bmp a Correspondance 9 60994 Var 2502 25 05 2012 a 1 puf1 9 50995 Wa z503 25 05 2012 Nr 3 Var_2502_r1 bmp 3 50996 ar berlikumer 25 05 2012 ASS e a e 3 50997 Wa blanche acol 2570572012 NI Var_2503_r1 bmp 4 509 Var _bolero 25 05 2012 C 3 509959 Var de colmar b 2570572012 Yar helikumer ri hmn PT er 7 j or 2 On modifie le champ Correspondance en cons quence i Et on F charge avec le bouton
32. A 1 M Guide Utilisateur Analyse d Images Auteurs B Moutault amp C Chevalier Page 1 Date 20 08 2012 Version 1 AIM accompagne les traitements d images r alis avec un logiciel tiers ImageJ AIM permet de d finir un cadre a vos tudes date client esp ce dispositif d ex cuter vos traitements et de r cup rer les r sultats en 1 clic de stocker en base de donn es vos s ries d images vos traitements macros ImageJ vos fichiers r sultats vos mesures individuelles vos mesures regroup es la vari t l image de calculer de nouvelles mesures exemple pour passer de Pixel Millim tre de regrouper les r sultats la vari t a l image la s rie et de les pr senter filtr s en tableau en graphique pour export Excel AIM simplifie l utilisation des traitements pour les utilisateurs en les encapsulant ex cution automatis e 1 clic en int grant des fonctionnalit s d historique tra abilit de gestion de droit simple ou super utilisateur de gestion des couleurs UPOV RHS et de pr sentation graphique des r sultats courbe histogramme AIM facilite l utilisation multi utilisateur multi poste d un m me projet tude ainsi que les changes entre partenaires organisme soci t de vos traitements macros ImageJ ou de vos r sultats Le domaine de l imagerie s implante de plus en plus dans nos tudes et pro
33. CT Charger Si vous souhaitez annuler masquer cette partie de l cran Charger un r pertoire cliquer sur Remarque par d faut les images qui viennent d tre ajout es aux acquisitions sont de type Non d fini Il est conseill de sp cifier leurs types pour une meilleure gestion 9 2 3 Fichiers Vous devez s lectionner les fichiers traiter lors du prochain traitement Fichiers Liste des fichiers 4 l ETUDE je A25 NOM FIC UT CORSA ANT 4 NOM Test Couleurs RHS AIM Parametres Ini ESPECE Espece inconnue 12410 25 Colza_ 2 0 resume tt z N M Test Couleurs RHS Dalt SEN IDATE 25 09 2012 13_10_25_Colza_2_0_resume bd SUPPORT Document PDF UPOV REPERTOIRE CONDITION MATERIEL 1 0bi_1 1 AIM_PARAMETRE US ER moutaultt POSTE MOUTAULTE F DATE 17 10 20123 HEURE 1 7 06 40 Cet onglet permet la gestion des fichiers tout comme la gestion des images voir 9 2 2 Avec une fonction suppl mentaire LC CC de cr er automatiquement un fichier AIM_Parametres Ini Qui retrace les informations relatives l tude et l acquisition Auteurs B Moutault amp C Chevalier Page 62 Date 20 08 2012 Version 1 9 2 4 Analyses Analyser pour d buter le prochain traitement En ayant choisi macros images et fichiers au pr alable AES S E 4 Cet onglet permet de suivre les traitements de pouvoir relancer ou arr ter un traitement
34. IS A202 4 CIE IMAGE T ka Covering Power J pinel Plant Area Les variables r sultat ont t d finis avec la correspondance des ent tes de colonnes d ImageJ souvent en anglais Auteurs B Moutault amp C Chevalier Date 20 08 2012 Page 68 Version 1 S lectionnez une ou plusieurs lignes et valider sur S Un message d information vous pr viendra de la fin de l enregistrement des variables r sultats et le nombre de lignes int gr s i Enregistrement de 4 r sultats en 00 m 00 s 568 milli Pouvoir Courant 9 4 Calculs Cet cran permet de lancer des calculs d finis l avance sur des variables pr alablement enregistr es la fa on d un tableur ou l on tire une formule Pour par exemple faire des conversions pixel millim tre AIM Gestion des traitements et d analyse d image Calculs ioj x Fichier Etude Macro R f rentiel Module Fen tre ide l x ICE EEE IEEE e EE Crit res de recherche Vous pouvez utiliser le Type Nom Esp ce ED Pr c dent Suivant CAT _C_ETURS 01_ _NOM 8205 _ _LIBELLE a ETS_LIB IND_NOM F IND_PRENOM A O7 NUMASVRT53 ESPAY ID 02 JOUE MM IN y Bjala OUDE Jg t g MUUIBSU Benam J 9 123 M trologie des bancs EVOLUTION suivi WAGNER Marie Helene 2 42 882 Col 4 1 Ph notypage de semences Imbibition Germinatio EVOLUTION suivi DEMILLY
35. ISATION Module 1 le premier livr par ESEO Module 1 le second livr par ESEO Ext rieur E st rieur Ext rieur Scanner Modifiaction du support n 4 9 Ioj x Pour le support 1 N A A Nom Walde Date d achat Unit Vin R solution 2 SOLUTION 5 3 3 Suppression Pour supprimer une provenance et la totalit de ces supports s lectionner la et Confirmer la suppression de la provenance LN R A Merci cliquer sur le bouton j ou utiliser le raccourci F12 puis confirmer cette suppression 5 4 Dispositif zone Cet cran permet de g rer les dispositifs zone que vous utiliserez dans AIM PA am Gestion des traitements et d analyse d image Gestion des dispositifs zone 2 joj x S Fichier Etude Macro R f rentiel Module Fen tre Aide x CECE Eeee eCe Cee AMO DISPOSITIF ZONE E TC NUM_DIS A07 CL DESCRIPTION AOF A NOMO 1 Unique 1 1 15 Double 2 2 3 3 Triple 5 4 1 Consultation S lectionner un dispositif dans la table principale pour voir la description des diff rentes zones dans la table d tail 5 4 2 Notion de ZONE En imagerie selon le type de mesure et la forme des objets en tude vous avez sur vos images des dispositions tr s diff rentes L objet peut tre pr sent seul ou par centaines Ils peuvent tre d une m me population ou de plusieurs population groupe lot mat riel vari t r p tition
36. Image 60 Traitement 1 War Result 07 Faram_ stat A 1 F 206_4_LIBELLE Compte COUNT ECAT Ecart type STDDEV LEA Masimum he MINI inimnum MIN MOTA Moyenne Arthm tigue MEDI l diane MEDIAN INDEF Hon d fini Et je s lectionne le type de regroupement par zones et images C est dire que je veux gommer l effet cellule n avoir qu une seule mesure volume par vari t et par temps Et je valide i Puis J affiche en choisissant le type Zone Image Type de r sultats E Et je retrouve les moyennes regroup es sur le volume et le temps avec une mesure par vari t et par image _AIM21_ RESULT ZONE_IMG 189 i i j F Volume Temps AMBJET HU OBJET NOM y REPETITION HOME NO IM GE NOM 4 Moyenne 4 Moyenne 5 Arithm tique Arthm tigue Non d fini 9 Wari t _1 HG ME _Mais_ 0902161545 1000 prg 11 7588 Won d fini 9 WYari t _z HO ME Mais 0902161545 1000 prg 11 443 Mon d fini 4 Wari t _ 3 EG ME_ Mais 0902161545 1000 prg 121913 Won d fini 9 Wari t _4 ED ME _ Mais _ 0902161545 1000 prg 11 9116 H on d fini 4 Wari t _1 MB Mais 0902161 43 1001 png 11 9045 Mon d fini HE _Mais_0902161 7431007 pna 6382 Wari t _2 CE S a J M E T C0 T2 e A anna OO Oo oi 7 l A 0 12 1 1 Mon d fini Vari t 3 ME Mas 0902161 453 1001 pna Mon d fini 1 Warl
37. LPOZ A LIB_ IMAGES A202 CL_FORMULE Champ Feuil 12 rapport E Rapport Champ Feuil 13 Finesse Feuille 13 rapport Surface des plantes P rim tre des plantes a Longueur Courbe 14 pi el E Curve_ Length Largeur Courbe 15 pixel E Curve Width Image 16 num ro E Num_Image Volume 17 mm i 43 racine Surface Pi 3 Distance l mm HO Ecart du centre d inertie par rapport une image de r fi SP Aoter y Modifier Supprimer Saisir 1 pour les valeurs du var result 1 4 Surface des plantes P rim tre des plantes POUR TOUTE LIGNE DE STABS Saisir GROS pour les valeurs de la condition GROS RESS 19 147 Saisir SLIGNES pour les valeurs de la colonne LIGNE FIN Saisir SRESS pourla colonne calcul e Saisir TABS pourle nom de la table Utiliser les boutons do aur ES Me Song pour les g rer En bas gauche vous retrouvez un aper u de la formule de la ligne s lectionn e En bas droite vous avez un rappel de la nomenclature utilisable dans les formules Auteurs B Moutault amp C Chevalier Page 19 Date 20 08 2012 Version 1 P i fication de variable recu eee Pour cr er une nouvelle variable il faut amp Cr ation Modification de variable r su E N7 Ordre Affichage un num ro unique Libell Nom de la variable r sultat une valeur ordre affichage pr sentation des r sultats Unt Pemet de pr ciser l unit de mesure de cette variable x un libell Variabl
38. a Ein acsstn jl En kachen ras ff rendre le tratament cache 1 ou non 0 dl En Creer masse Superpases 0 E creer des images Superpose fait resort les zones mesur es 1 ou non 0 ML Ep Mesure Mini 150 FE taille pixel minimum des cellules mesurables W tr no Result Pouvoir _Couvrantalks ff nom de sortie du fichier de mesures Pour utiliser ce fichier wo NET pre noms d image pese en Hor Blanc 07 4157 0991 yma sara mi _ i piele noms d image avec lirio qu resont Si vous avez plusieurs mal Y Sy nage Supecs Ea ag N irma de sonde des images Menci hme kann VS Cal Sur Pia Aren Fire de la colonne Merci bonne journ e A x Co Pan Cour Coresi Poser T ire de b ciane Ja gde a margae de coule m n Lamacostent des image de ipe i en champ Hauteur d homme I Orena PR nin ain aa MEn Stk 0 ior im Vi _En Nombre Image 1 ic En MA Remt i OO MELSE LENS 1 piei Aren i near D MASARA i AS ART A z A Rel R a a i AR EN k Vous pouvez imine warner Le sau la pir jH iNET 9 Menu Etude CD 1 D claration Li Analyse ts Int gration w Calculs At R sultats 9 1 D claration Avant de traiter les images on va d finir l environnement dans lequel on fait les manipulations Cet cran permet de cr er et g rer la partie d clarative des tudes Tel que le nom de l tude les conditions exp rimentales le mat
39. ans le sens Croissant Le symbole indique que la colonne peut tre tri e et qu elle est d j tri e dans le sens D croissant Le symbole indique qu une recherche de valeur sur la colonne est possible Date g sara hristophe 07 0706 07 0706 070706 08 07 06 OZ 017 EE M ME Clic gauche sur la loupe et crire la valeur Pr nom Demande 07 88 Ou clic droit pour ouvrir le menu Rechercher et Filtrer hristelle Leiskells _ET LS MI A NAON aly A205_A_LIBELLE 12 Rechercher ER suivi 10 177 Est gal 30 179 Supprimer le filtre Sup rieur las Sup rieur ou gal 50 087 Est gal 50180 TERET REEE 30 090 Est gal 50126 Inf rieur 20 182 re Inf rieur ou gal Ep t diff rent 30 184 Est gal 50123 sans 30 143 olorati Est gal 50072 a Est gal 50070 Auteurs B Moutault amp C Chevalier Page 12 Date 20 08 2012 Version 1 3 2 3 Agencement des colonnes dans une table Si l agencement des colonnes ne vous convient pas 1l est possible de les d placer par un simple drag and drop Toutes les largeurs de colonnes peuvent tre ajust es la convenance de l utilisateur Pour cela se positionner avec la souris sur le trait de s paration des colonnes et tirer vers la droite ou la gauche en gardant le bouton gauche de la souris enfonc Lors du survol de la partie gauche du titre d une colonne un cadenas appara t Si vous cl
40. ar Colonne 0 J 23 MCPL Nombre Cellule Far Ligne 0 J a3 RADM Radicule Minimum Longueur 0 Semence morte Attention lors de l ajout de conditions elles n ont par d faut ni valeur ni remarque Et c est vous de les renseigner en saisissant directement l info dans la table d tail Liste des conditions th orique 5 TES A LISTED CF Az00 A LIBELLE AA WAL CONDI g 23 HREF Heure r f rence 15 23 NCPC Hombre Cellule Far Colonne F esemple 23 MCPL Nombre Cellule Far Ligne 10 23 RADM Aadicule Minimum Longueur 0 23 SEMO Semence morte Pour enlever des conditions s lectionner les et utiliser le raccourci F12 ou cliquer sur le bouton et confirmer la suppression 5 2 3 Suppression Pour supprimer une liste de conditions exp rimentales 1l faut au pr alable vider les conditions de celle ci Auteurs B Moutault amp C Chevalier Page 25 Date 20 08 2012 Version 1 Liste des listes de conditions th orique 4 DATSTE_COMR 09_ _LIBELLE AARTS ESA C53 WV NOM_ESP SETA 23 Conditions de comptage 40 500 Mais CO COMPTER 2 Conditions pour l adressage des cellules 0 E spece Inconnue TS ITEST 20 Conditions pour l adressage des cellules 0 E pece Inconnue ME MESURER ae Conditions pour le ph notypage de semence Esp ce inconnue Ew EVOLUTION Liste des conditions th orique 3 TEA LISTER DO CG 4200 A LIBELLE S VAL CONDISJ A10 A REMAR J 23 HREF Heure r f rence 15 HCPC Nombre Cellule Par C
41. c s au libell par d faut qui est lincr ment compl t par un num ro incr ment qui se sert du num ro NOEF d objet le plus lev ainsi que le type du mat riel Lot Semence Double cliquer sur la ligne ou le bouton E pour modifier le mat riel 3 3 Lotir218 SEM LotSemence 143 9 4 Lot 17248 SEM Lot Semence Serm amp Code ajo o Type Objet Lot Semence Bg rante Deva Adre Util Et le bouton m Supprimer pour le supprimer Vous pouvez g rer l ordre du mat riel que vous d clarez dans l tude avec les boutons p pour monter ou descendre le mat riel Le bouton Actualiser ordre red finit l ordre selon le tri en cours L ordre une importance lorsque vous faites la cr ation automatique des acquisitions le chargement automatique des images etc Auteurs B Moutault amp C Chevalier Page 54 Date 20 08 2012 Version 1 Un import est r alisable depuis un fichier Excel bouton En respectant sur la premi re feuille l ordre des colonnes d A C D 1 TYPE OBJET SERV OBJET NUM OBJET LIBELLE 2 NDEF 9 1 Vari t _1 3 NDEF d g 2 Vari t 2 4 NDEF g 3 Vari t 3 5 NDEF 9 4 Vari t 4 6 NDEF 9 5 Vari t 5 7 NDEF 9 6 Vari t 6 Un fichier d exemple est disponible bouton Z Exemple Le bouton D FENSE EME y g n rer les acquisitions automatiquement selon le mat riel s lectionn l ordre et le nombre de r
42. cations du Geves et sur tous les sites 4 5 Capture d cran Comme son nom l indique lorsque vous cliquer sur capture d cran une image jpg est enregistr e sur votre ordinateur Elle correspond ce que vous voyez dans le logiciel l cran Puis une fen tre s ouvre vous indiquant l emplacement du fichier image qui a t g n r Ainsi que la possibilit de le visualiser Question 4 Une copie cran t r alis et sauvegard sous C Mes ProjetsiM teor ExeiMet_Fen_Menu Jpg Voulez vous la visualiser 7 4 6 Quitter Retient vos diff rents param tres pour une session ult rieure et Ferme le logiciel AIM Auteurs B Moutault amp C Chevalier Page 17 Date 20 08 2012 Version 1 5 Menu R f rentiel CD R f rentiel Condition exp rimentale Support et Provenance Dispostif Zone 1 Couleurs a Liste de Couleurs Fonctions Couleurs Liste de Valeurs Esp ce Individu Entreprise 5 1 Liste de valeurs Cet cran permet de g rer les informations des tables secondaires que l on retrouve dans les crans principaux Il contient 3 onglets pour g rer les diff rentes valeurs de TYPES et de VARIABLES de l application AIM amp Fichier IOOOOOSBIBNOOOANNEMSI Etude Macro Traitement Rapide Logiciel de Traitement R f rentiel Module Fen tre hide A204 LIBELLE
43. d analyse d image Traitement s Fichier Etude Macra Traitement Rapide Logiciel de Traitement R f rentiel Module Fen tre Alde x EEE Ee BEELER HRNEC ee a Lbel Eude Tiahementfiapide Nem Cons OSOS Liste des n CREER ancou tipa Liste des macros 34 7 A03 A NOM DESCRIPTION A TRAITER Champignon eur Feuille auto BAG expression de la surface du champign Charger des images DE COUPER Yignette BAG permet de d couper les Images objet Choisir une macro TRAITER Sclerotina sur feuille w gt BEN expression de la surface de la necrose Analyser TRAITER Sclerotina sur feuille 2 BEN expression de la surface de la necrose J MESURER Couleur des feuilles moyenne BEN mesures moyennes du spectre lumine A EE ES EE A RE Macro D COUPER Vignette Analyser W_St_Image_Format_Sortie jpg WT En _Cacher_ Image 1 i rendre le traitement cach w Base Courante Deva Adre Utilisateur moutaultbj Champ courant SPLIT_S parateurs 04 1 0 201 2 i E 34 11 7 1 1 Fonctionnement A louverture de l cran AIM g n re automatiquement l tude 1l vous reste Charger les images Choisir la macro Et lancer l analyse Auteurs B Moutault amp C Chevalier Page 40 Date 20 08 2012 Version 1 AIM Gestic Ecja Fichier Etude Macro Traitement Rapide Logiciel de Traitement R f rentiel Module Fen tre Aide
44. deau Crit res de recherche Par type d tude par leur nom ou une partie avec le et par esp ce code et libell res de recherche Vous pouvez utiliser le i Te EST Non Lors de la s lection d une tude dans la table principale nous pouvons consulter la liste des mat riels dans la table d tail onglet Mat riel la liste des acquisitions dans la table d tail onglet Acquisition la liste des macros dans la table d tail onglet Macro 9 1 2 Cr ation Modification Pour ouvrir l cran de cr ation d une tude utiliser le raccourci F10 ou cliquer sur le bouton i Auteurs B Moutault amp C Chevalier Date 20 08 2012 Page 51 Version 1 E Ajout d une nouvelle tude De m me pour la modification s lectionner une ligne et utiliser le raccourci FI 1 ou cliquer sur le bouton C Auteurs B Moutault amp C Chevalier Page 52 Date 20 08 2012 Version 1 Modifiaction de l tude n 9 121 0 x Type d tude Horn DHS La Poueze 2011 Distinction de Fleurs EpieeDHS 4077 Je Individu Date de R ception dressage d finir des valeurs par d faut Date Souhait e de Retour Nb de cellules par Ligne par Zone Nombre de r p tition des objets Nb de cellules par Colonne par Zone L Dispositif zone Unique Condition th o SIN Conditions pour l adressage des cellules CO Descriptio
45. dispositifs zone xj 4 Confirmer la suppression du dispositif Carre capi Merci i 3403 2011 i 44241 2 Base Courante Dewa Adre Utilisateur potio 5 4 5 Exemple On tudie la couleur des feuilles d une dizaine de vari t s On a pr lev en champ une vingtaine de feuilles pour chacune Ex 1 On choisi un dispositif 1 zone De fa on avoir sur chaque scan une seule vari t Mom Unique Ce qui facilite les manipulations r Je cr e un dispositif 7 zone oi EE Par LIGNE l 1 Par COLONNE On choisi un dispositif 4 zones De fa on avoir sur chaque scan 4 vari t s et inversement qu une vari t soit r partie sur 4 scans Afin d viter qu un scan loup ne perde la totalit des mesures de la vari t R F Nom Car 2x2 Je cr e un dispositif 4 zones en carr 2 par 2 RTE Par LIGNE Par COLONNE Auteurs B Moutault amp C Chevalier Page 32 Date 20 08 2012 Version 1 5 5 Liste de Couleurs CD Cet cran permet de consulter les classes couleur qui servent de r f rentiel dans l application AIM Traitement Rapide Logiciel de Traitement R f rentiel Module Fen tre ide ex 1 UPOV 811 1 UPOV 811 1 blanc 233 2 5 5 1 Consultation Comme dans d autre cran de l application un bandeau de recherche permet de f
46. e r sultat i extraite d un fichier de mesure l unit dans laquelle elle s exprime calcul e l aide d une foule son type Nom de la Colonne pour l extraction Titre de la colonne Hans les fichiers de r sultats et le nom de la colonne ou la formule TE pr ace Si la variable est destin e contenir des mesures extraient des Unit pixel fichiers r sultat 1l faut pr ciser le titre de la colonne Variable r sultat Exemple pour r cup rer les mesures de surface le titre est extraite d un fichier de mesure calcul e l aide d une formule Area Mom de la Colonne pour l extraction Area Libell Surface mm Unit mm Si la variable est destin e contenir des mesures calcul es Variable r sultat partir d une formule il faut r diger son texte extraite d un fichier de mesure Exemple pour transposer les mesures de surface de pixel en calcul e l aide d une formule millim tre la formule est RU surface pixel ji Surface grossissement he rte POUR TOUTE LIGNE DE TABS grossissement SRESS 1 puissance GROS 2 FIN Auquel il faut ajouter autour de la formule FOUR TOUTE LIGNE DE STAES et FIN Pour appliquer le calcul sur toutes les lignes qui seront affich es Il faut remplacer surface pixel par 1 qui est le num ro unique de la variable grossissement par GROS qui est le code unique de la condition puissance carr par pu
47. e vous utilisez les boutons Suivant et Pr c dent pour changer d cran AIM L i Y 1 Freceger Swar pr s lectionne la m me tude et les m mes acquisitions D autres filtres sont votre disposition Type de r sultats Cellule Image Amit En colonne Le type de Type de r sultats NNENNNERE EIEI r sultats voir 9 5 2 Cellule Image Aim 4 AIMT4 RESULT Celule Acquisition in 9 SBJE AT BJE Zone Image Lime 1 one Acquistion Am0 me Et la case cocher En colonne joue sur la mise en page des variables r sultat E Choisissez ce que vous souhaitez afficher puis appuyer sur le bouton S Afficher 9 5 2 Type de r sultat Cellule Image Aim14 se sont les r sultats bruts et calcul s Caract risant les cellules les zones les images et les acquisitions de votre tude Les types suivants sont tous des r sultats issus de regroupements A19 A21 A20 et A22 Cellule Acquisition Aim19 Il caract rise les cellules les zones et les acquisitions Dans ce cas on a gomm l effet image s rie d images Zone Image Aim21 Il caract rise les zones les images et les acquisitions Dans ce cas on a gomm l effet cellule Auteurs B Moutault amp C Chevalier Page 73 Date 20 08 2012 Version 1 Zone Acquisition Aim20 Il caract rise les zones et les acquisitions Dans ce cas on a gomm l eftet cellule et l effe
48. ell SE rdonn e Libell enie Germ e Auteurs B Moutault amp C Chevalier Page 78 Date 20 08 2012 Version 1 Et validez avec le bouton tm inj x Graphique TEST 9000101 100 30 a0 r B0 vari t _1 HG 50 Ba P ari t 2 HD 40 E Vari t 3 BG ari t 4 BO 20 Germ e 10 0M oyenne Arthm tigue CT W 4 D TO O M O Aa e A e D OS QI A A e OO ni Li AAi A Fe Fe OO OO D on Temps Moyenne Arthm tique Par d faut l application recalcule les bornes des ordonn es au plus juste concat ne les libell s des diff rentes s ries colonneA colonneB colonneC Indique le nom de l tude dans le titre Place la l gende droite du graphique R cup re tel quel les libell s des abscisses et ordonn es Vous pouvez modifier quelques aspects de ce graphique l aide des options Situ s droite de la fen tre par le bouton pour ouvrir et fermer le panel d options Avec le clic droit sur le graphique pour ouvrir le menu contextuel Auteurs B Moutault amp C Chevalier Page 79 Date 20 08 2012 Version 1 CS Type de graphe Titre Graphique TEST S0001 Polices Marenne Arithm tique E Quadrilage Moyenne Arnthm tique Style Drdenn e Min 0 es Ordomn eMa 100 i Enregistrer sous o a Imprimer Ce qui permet de changer les libell s et bornes des ordonn es de d placer la l gende d enregistr
49. emin et le nom du logiciel tiers 6 3 Par d faut Par d faut permet de s lectionner le chemin de l ex cutable par d faut d fini par le service informatique de votre entreprise Il est pr vu dans la table STD_IDENTIFIANT 6 4 T l charger T l charger permet d ouvrir le site internet du logiciel ImageJ directement sur la page des t l chargements http rsbweb nih gov ij download html 6 5 Aide en ligne Aide en ligne permet d ouvrir le site internet du logiciel ImageJ sur la page d accueil http rsb info nih gov ij index html Aide en ligne pour les macros http rsb info nih gov ij developer macro functions html Auteurs B Moutault amp C Chevalier Page 38 Date 20 08 2012 Version 1 6 6 Fermer automatiquement Cu Fermer automatiquement est une option pour la fermeture automatique du logiciel de traitement d image lorsqu il est lanc dans les crans Analyse et Traitement Rapide Auteurs B Moutault amp C Chevalier Page 39 Date 20 08 2012 Version 1 7 Menu Traitement Rapide O Traitement Rapide Traitement Rapide 7 1 Traitement Rapide Comme son nom l indique cet cran permet de rapidement appliquer un traitement sur une s rie d images En mettant de cot les parties d claration et int gration des r sultats bien que toujours accessible si besoin 9 AIM Gestion des traitements et
50. en cas d erreur de la macro de l utilisateur ou du logiciel de traitement d image ou de AIM Je Relance le m me traitement Vo me Force la fin du traitement et r cup re les fichiers de sortie x mme Force la fin du traitement et annule la r cup ration de fichiers Lorsqu un traitement est en cours l application AIM vous le signale par un libell clignotant a Attention le nom des images envoy es au traitement par macro est l g rement modifi par AIM Il y concat ne le code de l image ce qui lui permet au retour de celles ci de conna tre sous qu elle acquisition il faut les enregistrer Auteurs B Moutault amp C Chevalier Page 63 Date 20 08 2012 Version 1 9 3 Int gration CD Cet cran permet la consultation et la suppression des traitements derri re les acquisitions avec ou sans fichier r sultat La possibilit d int grer ces mesures en base de donn es en choisissant les variables r sultats enregistrer AIM Gestion a Fichier Etude Fe Traitement Rapide lan de Traitement R f rentiel Module te Aide IIS HS 14 4 2 4M Q 0 8 aie res de recherche pouvez utiliser le iii Nom i ADIA NOM Groupe d Etude et di GUICHETEAU Yan 1 BETALLEAL lt _ _ M Liste les fichiers r
51. entation g n rale 10 3 1 Menu principal 10 3 1 1 La barre de titre _ 10 3 1 2 La barre d outils 10 3 1 3 La barre d tat 11 3 1 4 La barre de menu 11 3 2 Fonctions disponibles dans les diff rents crans 11 3 2 1 Export d une table _ 11 3 2 2 Tris et recherche 12 3 2 3 Agencement des colonnes dans une table __ 13 3 2 4 Agencement des fen tres et tables 13 3 2 5 Liste de valeurs 14 4 Menu Fichier 15 4 1 Envoyer un message 15 4 2 Application GEVES 16 4 3 Changer de Base GEVES 17 4 4 Changer de mot de passe GEVES 17 4 5 Capture d cran 17 4 6 Quitter 17 5 Menu R f rentiel 18 5 1 Liste de valeurs 18 5 1 1 Condition __ 19 5 1 2 Variable R sultat __ 19 5 1 3 Type Image Objet Etude et Fichier 21 5 1 4 Param tre statistique 22 5 2 Condition exp rimentale 22 5 2 1 Consultation 23 5 2 2 Cr ation Modification_ 23 5 2 3 Suppression_ 25 5 3 Support et Provenance 26 5 3 1 Consultation 21 5 3 2 Cr ation Modification_ 21 5 3 3 Suppression_ 28 5 4 Dispositif zone 28 5 4 1 Consultation 29 5 4 2 Notion de ZONE 29 5 4 3 Cr ation Modification_ 30 5 4 4 Suppression_ 31 5 4 5 Exemple 2 5 5 Liste de Couleurs 33 5 5 1 Consultation 33 Auteurs B Moutault amp C Chevalier Page 3 Date 20 08 2012 Version 1 5 5 2 Fonctions Couleurs _
52. er ce graphique d imprimer ioj x Germination de TEST 9000101 ari t _1 HG D Vari t 2 HD P Vari t 3 86 D Vari t 4 BD Germ e en Auteurs B Moutault amp C Chevalier Page 80 Date 20 08 2012 Version 1 10 Menu Fen tre CD Fen tre ft Mosalque HA Cascade Icone Tout El Restaure Tout ligne les ic nes El Ferme Tout 10 1 Fonctionnement Vous permet de manipuler vos fen tres Aim en un clic 1 Mosa que Voir toutes les fen tres ouvertes dispos es sym triquement 2 Cascade Agencer les fen tres ouvertes l une sur l autre en d caler 3 Iconise Tout R duit toutes les fen tres en ic nes 4 Restaure Tout Agrandit toutes les fen tres 5 Aligne les ic nes Aligne les ic nes des fen tres r duites 6 Ferme Tout Ferme toutes vos fen tres Auteurs B Moutault amp C Chevalier Page 81 Date 20 08 2012 Version 1 11 Menu Aide O Manuel d utilisation Aide des fonctionnalit s automatiques Le saviez vous 7 Dictionnaire des donn es Mod le de donn es 7 Larequ te 3 Ciysfonctionnement Suggestion TE Propos 11 1 Fonctionnement Le menu Aide permet de trouver des informations sur l application AIM Vous avez acc s au Manuel d utilisation Aide des fonctionnalit s automatiques Le saviez vous Dictionnaire des donn es Mod le de donn es La req
53. er la liste d images utiliser le bouton 7 Charger Rep Une fen tre de s lection va vous permettre de charger toutes les images contenues dans un r pertoire Vous pouvez galement charger les images en les s lectionnant directement Modifier l option du bouton e en passant de R pertoire Fichier puis utiliser le bouton Pour enlever une ou plusieurs images de la liste il faut les s lectionner et cliquer sur le bouton Enlever Auteurs B Moutault amp C Chevalier Page 41 Date 20 08 2012 Version 1 Le bouton permet de s lectionner la totalit de la liste d images s lectionner d s lectionner Un menu contextuel est disponible sur cette liste d images Faire un clic droit pour le faire apparaitre Ouvrir Ouvrir permet d ouvrir la 1 image s lectionn e Monter Monter Descendre permet de d placer l ordre des images dans la dura liste Enregistrer sous permet de choisir un r pertoire pour y enregistrer les images s lectionn es Enregistrer Sous Charger Rep Charger Rep voir ci dessus Ajouter Fic Ajouter Fic voir ci dessus Enlever Enlever voir ci dessus 7 1 4 Macros La liste des macros se charge automatiquement vous pouvez la filtrer l aide des champs de saisie Nom Description Contact et Etablissement Rappel Utiliser le symbole pour rechercher les noms qui commence par o qui contienne le texte saisie Exemple
54. es actives sont visibles dans la fen tre analyse Retourner dans l cran Macro Gestion et rendre valide les macros que vous souhaitiez voir et utiliser dans votre tude 6 1 2 69 55 Validit Le de MM nl ms mm mm NT l Fr Auteurs B Moutault amp C Chevalier Page 84 Date 01 10 2009 Version 1
55. iltrer l information que vous allez afficher res de recherche Vous pouvez utiliser le 4j Classe UPOW A Langue Choisir la classe couleur UPOV RHS ou celle du GEVES Pr ciser la langue Fran ais Anglais Allemand ou Espagnol Vous pouvez galement filtrer les couleurs r f renc es dans AIM par leur Libell ou leur Code La case cocher Coloration permet de colorer les lignes l affichage Remarque Selon la classe couleur certaines langues ne sont pas accessibles 5 5 2 Fonctions Couleurs C est une option qui permet d activer l apparition du bouton Couleur dans les crans Int gration Calculs et R sultats 9 3 9 4 et 9 5 Auteurs B Moutault amp C Chevalier Page 33 Date 20 08 2012 Version 1 a Liste de Louleurs Fonctions Couleurs a Liste de Louleurs Non actif gt Fonctions Couleurs Actif Dans les crans AIM lorsque vous appuyez sur le bouton apparait UN SOUS MENU Colorer les Lignes RVB TSL Libell des Groupes Couleurs 5 5 3 Colorer les lignes RVB TSL Permet de colorer les lignes des tables r sultats d crites par leurs plans pour une meilleure appr ciation visuelle des couleurs Souvent par les plans amp Coloration des lignes Rouge Vert et Bleu mais Indiquer la r f rence des couleurs aussi par Teinte Saturation et SR an on Luminosit ou bien directement par un num ro de Gro
56. iquez vous fixez les colonnes situ es sa gauche C est dire que lorsque vous d plac la barre horizontale les colonnes de gauche ne bougent plus 3 2 4 Agencement des fen tres et tables Les fen tres comportent des splits barre horizontale ou verticale qui permettent de modifier la taille des tables et autres Placer le curseur sur le split 1l devient une double fl che rester appuyer clic gauche et le d placer Vous trouverez dans l application sur certains crans des crit res de recherche Ils sont situ s en haut gauche des tables Servez vous des champs pour filtrer la liste Cnit res de recherche sur l esp ce Vous pouvez utiliser le 4H ot 0e C0 Vous pouvez utiliser le comme crit re de recherche Et le x permet effacer ces crit res Auteurs B Moutault amp C Chevalier Page 13 Date 20 08 2012 Version 1 3 2 5 Liste de valeurs i ici z Certains champs de saisie SERRES zi R Liste des esp ces 320 mac n EES permettent l appel d une liste de F Te af Code af Nom Ja DHS 43175 Ab lia gt l valeurs Placer simplement le TE RTE UE curseur dans la zone de saisie et DHS 40 817 Ail Albizia appuyer sur la touche F9 Une DHS 43 B64 Alpinia purpurata fen tre s ouvre choisir une valeur DHS 42 000 Alstroemere r T OHS 41 012 Amandier et valider L information est DHS eii pres ramen e dans les champs de saisie DRE tes Seher eme DHS
57. is les colonnes du fichier r sultat A toena n parleurs uns Ligne F Libell Une fen tre s ouvrira pour vous demander quels sont ces colonnes Choisir une colonne cliquer sur Ed pour la d finir comme ligne ou colonne ou zone Le double clic est possible L indexation D sactiv permet de ne rien faire et d afficher simplement le fichier r sultat Mais vous ne pourrez pas int grer les mesures en base Pour les indexations Simple et Suivi l application AIM se sert des noms de colonne X Y pour les calculs Si les noms de ces colonnes sont diff rents dans votre fichier de r sultats vous pouvez l indiquer manuellement Indexation nom de la colonne W Indexation nom de la colonne Y Auteurs B Moutault amp C Chevalier Page 67 Date 20 08 2012 Version 1 K Vous pouvez galement relancer manuellement l indexation bouton S Indexation Rappel le nom des images envoy es au traitement par macro est modifi par AIM Il y concat ne le code de l image ce qui permet au retour des mesures de conna tre sous quelle image et acquisition 1l faut les enregistrer Attention Lors de l enregistrement des mesures le code image est important car il assure le lien avec la description du mat riel faites la d claration de l tude Si AIM n arrive pas faire ce lien il vous demandera de saisir manuellement un code image valide Pour ce fai
58. issance 2 qui est une fonction Windev Et vous pouvez ins rer des commentaires en commen ant la ligne par un double slash ff puis mon commentaire Autre exemple avec une formule qui permet le calcul d un volume ovale Libell Avec la m me variable surface 1 le un grossissement GROS fe et des fonctions Windev racine O extraite d un fichier de mesure puissance et pi calcul e l aide d une formule Fomule i 4 3 jracine Surface Pi 3 POUR TOUTE LIGNE DE TABS SRESS racine 1 puissance GROS 2 ValPI 3 ValPI 4 3 FIN Auteurs B Moutault amp C Chevalier Page 20 Date 20 08 2012 Version 1 Mae Ms pour d couvrir toutes les fonctions Windev Saisir 1 pour les valeurs du var resut 1 Saisir GROS pour les valeurs de la condition GR 5 faire r f rence une autre variable r sultat Saisir SLIGNES pour les valeurs de la colonne LIGNE 4 une condition Saisir SRESS pourla colonne calcul e une colonne pr sente dans la table calcul Saisir TABS pour le nom de la table ma colonne qui contiendra le r sultat de la formule lt 4 au nom de la table calcul Voir l cran Calcul 9 4 pour la liste des colonnes pr sente ligne image_nom IMAGE_NOM S a v IMAGE_ORDRE IMAGE_NOM LE ORS aF COLONNE AN C arbuste _1_ feuille _1 bmp Th LIGNE FRET G COLONNE a 4 i 1302 N ORDR 5 1
59. itions servent d crire dans quel AIM200_VAR CONDITION 13 cadre vous avez acquis vos s ries d images Elles BERESI permettent de conserver une valeur num rique propre chaque acquisition de l tude 3 A200 A LIBELLE sh D lai t0 t1 z Dur e exploitation Fr quence Grossissement Heure r f rence Image r f rence Exemple le plus courant on conserve le A 3 LUMI Luminosit rapport du grossissement Pour une question de m Cellule Par Colonne tra abilit et ou pour l utiliser dans l tape de Nombre Cellule Par Ligne RADM Radicule Minimum Longueur traitements des images ou dans celle des calculs de mn Ea fa on transposer les mesures effectu es en Pixel SDEP Seuil d placement vers des mesures exprim es en Millim tre E La table AIM200_VAR_CONDITION contient un code unique et un libell Rappel Les lignes surlign es en rouge vous indique que l enregistrement est d j utilis dans une tude et qu il ne peut plus tre supprim ou modifi 5 1 2 Variable R sultat Les variables r sultat ont 2 utilit s Extraire les mesures colonnes des fichiers r sultat en les d finissants l avance par leur libell Calculer de nouvelles variables r sultat l aide d une formule que l on tire sur un tableau de r sultats proche du fonctionnement des tableurs Excel Al M202 WAR RESULTAT 68 C_ CA A202 A LIBELLE SFN ORSZ A _UNPA CA
60. jets professionnels au quotidien Les outils propos s dans le commerce sont souvent on reux et trop sp cialis L application AIM va accompagner les traitements d images r alis avec le logiciel ImageJ tout en offrant une grande souplesse sur les sujets tudi s v g tal m dical spatial industriel Quelques exemples de traitements faits sur des s ries d images au GEVES Mesures de surface hauteur et largeur sur des grains table r tro clair e ma s 2009 Expression de la surface d occupation du champignon sur feuilles scanner bl 2010 Mesures de surface hauteur et largeur sur des feuilles scanner cotyl dons de colza 2010 Mesures de surface hauteur et largeur sur des p tales de fleurs scanner lin 2010 Expression du pouvoir couvrant de plantes par rapport au sol appareil photo en champs pois 2011 Cin tique d imbibition et de germination sur semence table de Jacobsen multiple esp ces 2011 Mesures de surface et p rim tre pour caract riser la finesse des feuilles scanner fane de carotte 2011 Quantification labellisation des couleurs sur des feuilles et fleurs table r tro clair e pois et orchid e 2012 Auteurs B Moutault amp C Chevalier Page 2 Date 20 08 2012 Version 1 Pr face 2 SOMMAIRE 3 1 Installation du logiciel GE VES 6 1 1 Premi re installation 6 1 2 Mise jour automatique 8 2 Connexion AIM GEVES 9 3 Pr s
61. la colonne XX Indexation nom de la colonne Y r Relancer l indexation L indexation permet au logiciel AIM de rendre unique les diff rentes mesures du fichier r sultat pour pouvoir les enregistrer en base de donn es Car lorsque les images comportent plusieurs objets 1l faut pouvoir les diff rencier entre eux L application AIM va attribuer des valeurs Ligne Colonne Zone a chaque mesures Par d faut l indexation est de type Incr ment elle s effectue sur chaque image et num rote les objets de 1 N oa 4 L indexation Simple s effectue sur chaque image partir des coordonn es X Y des objets et de ce qui a t d clar pour l acquisition Exemple avec 4 objets Colonne Colonne Ligne tigne Auteurs B Moutault amp C Chevalier Page 66 Date 20 08 2012 Version 1 2 2 Liste des conditions Nombre Cellule Par Colonne Nombre Cellule Par Ligne L indexation Suivi s effectue sur la 1 image partir des coordonn es X Y et de ce qui a t d clar comme pr c demment Puis pour les images suivantes par le calcul de la distance minimum De fa on conserver les m mes identifiants Ligne Colonne Zone par objets et de les suivre sur toutes la s rie d images malgr leur d placement oi 1 Img_3 Img_2 L indexation Manuel s effectue en copiant les valeurs Ligne Colonne Zone depu
62. libell Choisir la asse couleur UPOVY E RHS E GEVES son code couleur fe ge la iae du libel S Alemand Espagnol t ere Et pour colorer les lignes 5 5 3 CPR LE LGE C Ajouter le code de la classe couleur au libell 7 Colorer les lignes avec le num ro de groupe couleur AIM14 RESULT CELLULE IMG 54 om NU OBJET_NOM IMAGE_NOM ON Groupe _RHS Fiel _ _RHS Obj_1 Orchide_Variety_2 bmp 293 38 317318 Obj_1 Orchide_Variety_2 bmp 306 Obj_1 Orchide_Variety_2 bmp 301 Obj_1 Orchide_Variety_2 bmp 226 Obj_1 Orchide_Variety_2bmp Obj_1 Orchide_Variety_2 bmp AMI RESULT_CELLULE_IMG 54 366792 Greenish white 192D Auteurs B Moutault amp C Chevalier Page 35 Date 20 08 2012 Version 1 Rappel les langues ne sont pas toutes disponibles en fonction de la classe couleur 5 6 Esp ce Individu Entreprise Non GEVES Cet cran permet de g rer les esp ces les individus et les entreprises qui sont utilis s dans l application AIM Par d faut cet cran est cach aux utilisateurs du GEVES qui b n ficient d une gestion centralis e des esp ces individus et entreprises AIM Gestion des traitements et d analyse d image Gestion des Listes de Valeurs Locales ro x amp Fichier Etude Macro Traitement Rapide Logiciel de Traitement R f rentiel Fen tre hide C53_V_NOM_ESP Base Courante HF_Connexio
63. mages derri re cette acquisition La liste du mat riel fonctionne de la m me fa on Le but est qu elle d crive au plus juste la ou les images et leurs zones derri re cette acquisition Pour que vos r sultats soient directement li s aux mat riels objets vari t s cette liste permet de faire la correspondance Pour chaque ligne renseigner la zone et la r p tition Egalement le d lai de mise en place si vous avez des diff rences temporelles entre les lots de semences par exemple Auteurs B Moutault amp C Chevalier Page 56 Date 20 08 2012 Version 1 9 1 6 Macro La liste des macros permet de d finir celles qui seront peuvent tre utilis es dans le cadre de l tude A03_A DESCRIPTION OUVRIR Image STANDARD ouvre dans le logiciel de traitement les images CHANGER Format STANDARD tous types d image vers un type pr cis JPG INVERSER Couleur STANDARD tous types d image vers un type pr cis JPG COMPTER Cellule STANDARD compte le nombre de cellules EDITER Film STANDARD Pr sente les images en stack film Ajouter ou enlever des macros avec les boutons La E Vous pouvez galement modifier leur position ordre avec les boutons E pour monter ou descendre et actualiser l ordre selon le tri en cours avec le bouton Actualiser ordre Le bouton Guide permet de voir le guide utilisateur de la macro s lectionn e Auteurs
64. n Indiquer le type de l tude son nom son esp ce l tablissement et le demandeur de l tude les dates de r ception et de retour le nombre de r p tition des objets mat riels vari t s que vous utiliserez dans cette tude Il faut renseigner le dispositif le nombre de zones ainsi que le nombre de cellules par ligne et colonne s1 vous connaissez l adressage des vos s ries d images et la liste de conditions th orique Un champ description permet de stocker vos remarques et compl ment d infos L utilisation du texte gras et soulign est un rappel pour les champs important qu il faut indiquer 9 1 3 Suppression Pour supprimer une tude s lectionner la et cliquer sur le bouton ou utiliser le raccourci F12 puis confirmer cette suppression Attention Pour pouvoir supprimer 1l ne doit pas y avoir d images attach es derri re les acquisitions ni de traitements Auteurs B Moutault amp C Chevalier Page 53 Date 20 08 2012 Version 1 9 1 4 Mat riel Cette liste permet de d clarer le mat riel que vous allez tudier Derri re le mot mat riel cela peut tre des vari t s des lots de semences ou tout autre objet que vous allez tudier des esp ces des individus des galaxies Lot Semence Lot_17216 Lot_1 7218 Lot_1 72348 lincr ment Type NDEF A Cliquer sur le bouton Ajoute pour cr er de nouvelles lignes Vous avez ac
65. n 1 3 Pr sentation g n rale ue 3 1 Menu principal 3 1 1 La barre de titre i AIM Gestion des traitements et d analyse d image La barre de titre indique le nom du logiciel ainsi que le menu actif entre crochets 3 1 2 La barre d outils La barre d outils propos e l cran d ouverture reste pr sente dans tous les crans principaux du logiciel cependant certains boutons peuvent parfois tre inactifs dans ce cas ils n ont aucune action et peuvent tre gris s Fonction des outils propos s E ACC SEE E L an emegementpr ten re EA hearren s LB amarse o ia orses fone E Moaier on caresse Pn E C B f C7 A feee P Auteurs B Moutault amp C Chevalier Page 10 Date 20 08 2012 Version 1 3 1 3 La barre d tat La barre d tat indique le chemin de la base de donn es en phase avec l applicatif l utilisateur connect et le champ courant Ainsi que la date et l heure sur la partie droite Base Courante Deva_Adre Utilisateur moutaultb Champ courant Sai_Info_Barre_Outil 20 06 2012 15 09 26 3 1 4 La barre de menu La barre de menu ainsi que les sous menu permettent d atteindre les diff rentes fen tres du logiciel l aide du clic gauche Mais vous pouvez utilisez le clavier en maintenant Alt enfonc puis la lettre voulue Cette lettre est soulign e Fichier Etude Macro Traitement Rapide Logiciel de Traitement R f rentiel Module Fen
66. n_Locale Champ courant ColTab_C53 V_ NOM _ESP 01 10 2012 17 10 40 5 6 1 Consultation Les 3 tables sont r parties sur 3 onglets 5 6 2 Cr ation Modification Pour ajouter un nouvel enregistrement placer vous sur la derni re ligne et entrer en saisie Les codes doivent tre unique et les libelles non nuls Remarque pour les individus une colonne ACTIF O oui N non permet de rendre visible ou non l individu dans les crans de saisie De m me pour les entreprises Auteurs B Moutault amp C Chevalier Page 36 Date 20 08 2012 Version 1 5 6 3 Suppression Pour supprimer un enregistrement s lectionner le et cliquer sur le bouton E Remarque Lorsqu un individu ou une entreprise n est plus valable privil gi la d sactivation plut t que la suppression Auteurs B Moutault amp C Chevalier Page 37 Date 20 08 2012 Version 1 6 Menu Logiciel de Traitement CD Logiciel de Traitement pa Ouri a Chemin de l application a Aot Image Prod Image Smaga es T D finir T l charger l vi Far d faut ide en ligne Fermer automatiquement 6 1 Ouvrir Ouvrir permet de d marrer le logiciel de traitement d image 6 2 Chemin de l application Chemin de l application permet de consulter le chemin de l ex cutable en gris d fini sur votre ordinateur 6 2 D finir D finir permet de s lectionner l ex cutable le ch
67. nserv e temporairement m me s1 vous changez de macro Enfin jusqu ce que vous r actualisiez l affichage de la liste par la s lection d une tude ou le changement d cran par exemple Le but de l onglet macros est de signaler l application AIM les traitements que vous avez choisis et dans quel ordre ils vont s ex cuter Non active Active Auteurs B Moutault amp C Chevalier Date 20 08 2012 Liste des macros valides 4 A03_A_NOM A03_A4_DESCRI E PIVOTER Cotyl dons YAN Colza cotyl dons pivote E BINARISER Manuel YAN Colza cotyl dons m thc M BINARISER Manuel FIVOTER Cot YAN Colza cotyl dons m thc PLCECELECOD LLILILELELELELELEECECECECECELELELELELELCECECECCECEC EEE EE CETELELELECCECECECEEECE EEE CET CEE CELECCECECECE EP ETETELELCCCECECECEEEEET ECC PETETECELEECCECECECEPEPETETETET ESURER Mm n image YAN mesures OCW largeur lc Visuali Fr En ff EN l W_Str W_Str W_En W_En W_En Page 59 Version 1 9 2 2 Images Vous devez s lectionner les images traiter lors du prochain traitement Images Crit res de recherch Tpe _ rl K Liste des Images y 7 F F i A13_A_NOM_FIC_IMAGE AN_ORIA201_TYA Hon D fini Mon D fini Non D fini Mon D fini NDEF Mon D fini Mon D fini Non D fini La liste des images s affiche s actualise lorsque l on s lectionne une o
68. olonne g 2 5 3 23 NCPL Nombre Cellule Par Ligne Gestion des Conditions exp rimentales eremple Confirmer la suppression de la condition th orique Nombre Cellule Par Ligne Et des suivantes Merci On s lectionne toutes les conditions puis on confirme leur suppression Ensuite vous pouvez s lectionner la liste de condition effacer Cliquer sur le bouton s ou utiliser le raccourci F12 puis confirmer cette suppression 5 3 Support et Provenance Cet cran permet de g rer les supports et provenances des images utilis es dans AIM L utilisateur devra pour chaque acquisition s lectionner le support provenance Auteurs B Moutault amp C Chevalier Page 26 Date 20 08 2012 Version 1 AIM Gestion des traitements et d analyse d image Gestion des Supports et desFProvenanees ioj x amp Fichier Etude Module Fen tre Aide x EE a FROWENANCE BA C BANA A05 A NOM a AD5 A LOCALISATION ADS A RET 1 Banc _1 IModule 1 le premier livr par ESEO RE EE RE TT le second livr par ESED Ext rieur 2 E st rieur 2 partout au GEVES Macro F f rentel Ext rieur 3 Scanner SUPPORT PA CCMASANRAB NS ALANOM A VLD DATE ACHA AMAMETENN Cam_1 05705 2011 2560 x 2048 Cam_2 05705 2011 2560 x 2048 Cam_3 05 05 2011 2560 x 2045 Cam_4 05705 2011 2560 2045 Base Courante Dewn Adre Utilisateur moutaultE Champ courant Aim_Fen_Camera_Banc Tab 404 1
69. ourbe radicule En cours Longueur courbe radi Germ e 2 FA Pourcentage du nombre de semences germ es pour chaque test bidon POUR TOUTE LIGNE DE TAB aia Les lignes surlign es vous indiquent les variables r sultat d j calcul en ROUGE probablement calculer en VERT Des indicateurs couleur sont mis en place pour vous aider SEAN les variables r sultat qui sont d j calcul s les variables r sultat qui sont probablement calculer Auteurs B Moutault amp C Chevalier Page 71 Date 20 08 2012 Version 1 Par d faut la liste des variables r sultats est limit e celles qui vous int ressent Cependant vous pouvez afficher la totalit de la liste avec la case cocher Les r sultats peuvent tre exporter sur Excel avec le bouton Exporter Vous pouvez colorer les lignes de la table a l aide du bouton Masquer automatiquement une partie des colonnes de la table calculs M F29ner Colonne 9 5 R sultats Cette fen tre permet d afficher les r sultats d une tude bruts calcul s et regroup s Elle permet galement d effectuer des regroupements et des suppressions sur les donn es provenant de la base AIM Gestion des traitements et d analyse d image R sultats Fichier Etude Macro Traitement Rapide Logiciel de Traitement R f rentiel Module Fen tre Aide I echerche ELENE E ER Nom L Maal
70. ouvez utiliser le Nom Description Nom Contact Etablissement Valide Liste des macros 21 Visualisation C_MACR V A03_A NOM A03_A DESCRIPTION A VRTIN f OEE a 9 50016 V TRAITER Champignon sur Feuille auto BAG expression de la surface du champignon sur la feuille sc 0 2412 QT O A 9 19 V DECOUPER Vignette BAG permet de d couper les images objet par objet en vignet O 2412 VI_Str Methode Huang autres valeurs 4 2 W TRAITER Pouvoir Couvrant JMR calculer la surface d occupation des plantes couleur vert 0 241 ER rue Des rendre le 9 50015 V TRAITER Finesse Feuille mm auto JMR calculer la surface le p rimetre des plantes couleur vete 0O 2413 traitement cach 1 ou non 0 4 7 V COMPTER Jeune Pousse JMR comptage de jeunes pousses avec seuil fixe en pixel er O 2412 aim Simana inasaion a oaa 9 49 V COMPTER Cellule STANDARD compte le nombre de cellules 9 790 Sr Sr Lettre Superpose S 4 16 V MESURER GEVES Analyse Objet STANDARD mesures GEVES Analyse_Objet sur grain tro 9 790 M_Str_Image_Fommat re ipg tomat de 9 3 BINARISER Simple STANDARD m thode simple seuil automatique PNG 9 7 mpare A NB 4 17 V OUVRIR Image STANDARD ouvre dans le logiciel de traitement les images s h 9 790 Vi_Str_Image_Fomat_NB png format de sortie des 9 55 V EDITER Fim STANDARD Pr sente les images en stack film g 790 images 9 40 V
71. pour ne voir que les macros qui contiennent le mot traiter dans leur nom crire traiter et rafraichir la liste sortir du champ O Lg Liste des macros 7 z A03_A_NOM_DESCRIPTION Lorsque vous s lectionnez une macro son texte s affiche dans le champ visualisation TRAITER Champignon sur Feuille auto BAG expression de la surface du champignon sur la fe TRAITER Pouvoir Couvrant JMR calculer la surface d occupation des plantes co Il est possible d y apporter des modifications temporaires TRAITER Finesse Feuille nm auto JMR calculer la surface le p rimetre des plantes cou ml um mm PO RTC OO TR fe ml m a 4 a Ir Les modifications sont conserv es 7 m me si vous changer de macro ENTETE nE f Jusqu ce que la liste soit rafraichie M En Seuil 115 7 se paa hhina Auteurs B Moutault amp C Chevalier Date 20 08 2012 W_En_Cacher_Image 1 W_En_Creer_Image_Superposee 0 mesur es ou non 0 W_En_Mesure_Mini 150 W_Str_Mom_Result Pouvoir _Couvrant xls e CORPS D rendre le traitement cach 1 ou non 0 cr er des images Superpos fait resortir les zones AE taille fpocel minimum des cellules mesurables nom de sortie du fichier de mesures Page 42 Version 1 7 1 5 Analyser Lorsque vous avez s lectionn les images et la macro 1l faut d marrer l analyse en
72. r Attention la suppression ne s effectue pas en cascade Supprimer les r sultats Aim14 ne supprimera pas les regroupements en Aim22 A vous de le faire sur chaque type de r sultat Remarque Par contre relancer des regroupements permet en automatique de supprimer les pr c dents regroupements existant dans la table de destination 9 5 5 Graphique C est une fonctionnalit pour avoir un visuel des donn es de l application AIM Pour ce faire il faut afficher des r sultats voir 9 5 1 en s lectionner tous ou une partie attention l ordre de s lection puis cliquer sur le bouton Graphique Auteurs B Moutault amp C Chevalier Page 77 Date 20 08 2012 Version 1 Choisir les colonnes pour le graphique ioj x Colonne LE i Libell Libell AE TYPE_OBJET_NOM bDcizse Libell Eel rdonn e Libell El Une fen tre de s lection s ouvre vous pr sentant la liste des libell s colonnes utilisables sur la partie gauche de l cran table Colonne vous de choisir les s ries une ou plusieurs colonnes table S rie les abscisses une colonne table Abscisse et les ordonn es une colonne table Ordonn e Utilisez les boutons et amp 2 pour faire bouger les libell s colonnes Choisir les colonnes pour le graphique joj x Colonne LE Libell EE Libell SE TYPE _OEJET_NOM DEJET_HNOM Abecisse Lib
73. r _Couvrant txt Bloc notes Fichier Edition Format Affichage 7 Label Area Plant Area Covering Power low 1 jpg 1rrd42f 6 80r16893 21 4 low z2 Jpg 3frd4r 804980 21 3 strong_1 1p9 10200 403496 p strong_ 4 1p9 10F400 203499 p Une fois int gr dans AIM vous obtenez Auteurs B Moutault amp C Chevalier Page 65 Date 20 08 2012 Version 1 Pouvoir _Louvrant sk 4 7 Num 4 Label 4 ET 2 Plant rea 4 4 rE Covering Power 4 peaz field low 1 1p9 a peas field low_2 jpg 3 peaz field strong_1 jpg peas field strong _21pg 9 3 3 Options 3 Fr rE a04 380 21 3 a07 200 203 496 66 2 a07 200 203 499 66 2 Une tape pr alable l int gration en base est l indexation des mesures Elle se fait automatiquement chaque affichage des fichiers r sultats onglet Fichier et elle respecte les options choisis onglet Options Fichier Options Choisir le type d indexation E Simple E Suivi Incr ment Manuel A D sactiv Nombre de variables r sultats d j int gr es pour ce traitement 4 et nombre de mes D termin chaque image avec les coordonn es X Y D temmin la premi re image avec les coordonn es X Y et suivi sur les images suivantes par calcul de distance Attibu chaque image par incr mentation Copi depuis les colonnes du fichier r sultat Le fichier r sultat n est pas index l affichage Indexation nom de
74. r cette application cette mise jour est obligatoire Que souhaitez vous faire Utiliser la version install e Quitter l application Informations sur la mise jour Version actuelle de l application 1 012 wersion de la mise jour 1 024 Auteurs B Moutault amp C Chevalier Page 8 Date 20 08 2012 Version 1 2 Connexion AIM GEVES D La connexion la base de donn es s effectue avec le m me mot de passe que pour l ensemble des bases Oracle Nom Initiale du pr nom Identification Mot de passe Login Serveur Remarque Si vous ne poss dez pas de compte Oracle contactez notre DBA christophe chevalier geves fr Lors de la premi re connexion une fen tre d information vous propose de vous identifier dans la base adresse Information Il n y pas de correspondance d tablie entre votre nom de connexion Oracle et votre identit dans la base Adresse ous allez d finir cette correspondance Recherche d un individu Liste des individus 1 A Pe a a 167 GUITOUNI Christelle 05 46 66 30 z christelle quitouni ge S1 votre nom appara t dans la fen tre s lectionnez le et cliquez sur Ok Dans le cas contraire recherchez le en cliquant sur liste compl te des individus S il n existe pas cr ez le dans la base Adresse soit avec D marrer Programmes Adr Adr Auteurs B Moutault amp C Chevalier Page 9 Date 20 08 2012 Versio
75. r la table AIM16_FIC_RESULT_TRAITEMENT tous les fichiers de mesures et autres g n r s par la macro et le logiciel de traitement d image Ils seront visible dans l cran Int gration et seront int grables dans la base de donn es Image permettant d enregistrer sur a table AIM13_IMAGE toutes les images segment es superpos es Elles seront disponibles pour de nouveaux traitements dans l cran Analyse Fichier permettant d enregistrer sur la table AIM25_FIC_DIVERS_DESC tous les fichiers tra abilit compl ment d information Ils seront disponibles pour de nouveaux traitements dans l cran Analyse lt GE Vous pouvez d placer l ordre des sorties E et les effacer Auteurs B Moutault amp C Chevalier Page 47 Date 20 08 2012 Version 1 Exemple pour une macro qui g n re plusieurs fichiers de r sultats de type Excel et des images binaires noir et blanc dont leurs noms finissent par _NB la partie sortie serait d crite comme suit Xia Fichier R sultat NB Image NE Noir et Blanc Puis appuyer sur le bouton Enregistrer pour enregistrer la macro Et le bouton Fermer pour fermer la fen tre 8 1 3 Suppression Pour supprimer une macro s lectionner la et cliquer sur le bouton E ou utiliser le raccourci F12 puis confirmer cette suppression 29 Asp rit feuille mm W JMA calculer la surface le p rimetre des plantes coule
76. re il ouvre un fichier texte Lecture txt contenant la liste des images valide et leur code Int gration Je ne retrouve pas le code de limage Colza_1110251213 1000900651 45 png a Veuillez le saisir exemple 3003746 voir les codes valide sur le fichier Lecture tst Merci 9005145 Annuler 9 3 4 Int grer P Lecture txt Bloc notes _ 0 x Fichier Edition Formak Affichage 7 Voici la liste des images qui avec leurs codes 69 A chiffres peuvent tre utilis es pour finir l affichage du fichier de r sultats sem_Colza_1110271611_1026 pnq 2005236 semn Colza_1110280211_1031 png 9005 241 semn Calza 1110270811 1022 png 9005 43 4 sem_Colza_ 1110481011 1035 png GO E 245 rad colza 1110451411 1001 png GO E 449 sem Colza_1110451411_1001 png 2005211 sem_Colza_11102461611 1002 png QO0S 212 sem Colza_1110461213_1000 pnq 9005 210 sem_Colz a_ 1110451811 1003 png SO E 413 sem Calza 1110252011 1004 png gg0s 4214 sem Colza_1110252211_1005 png 9005 415 sem Colza_1110260011_1006 png 2005216 Sur l onglet Fichier vous pouvez int grer les colonnes r sultats de votre choix Pour ce faire cliquer sur le bouton choix des variables r sultat int grer Int grer une fen tre s ouvrira pour le Variables de r sultats OI x Liste des variables r sultat avec leur type 8202 4 LIBELLE Surface Pouvoir Couvrant Surface Plantes 3 LE H OREA A UN
77. rofil Exchange GUITOUNI B Cliquez sur les onglets pour voir s afficher les Nouveaux messages ou es Messages envoy s WA Mes messages Liste des comptes BAIE mEn E Nouveaux messages E Messages envoy s Fichiers attach s Auteurs B Moutault amp C Chevalier Page 15 Date 20 08 2012 Version 1 Fonction des diff rents boutons gt Compte Permet de supprimer modifier ou cr er un nouveau compte voir point 3 1 gt _ Rafraichir Permet d actualiser les donn es lorsque des modifications ou des ajouts ont t faits gt PESEN Permet d envoyer un message gt Nouveau message Permet de r diger un nouveau message gt Modifier message Permet de modifier un message d j r dig gt Supprimer Permet de supprimer un message gt BTE Permet d imprimer un message gt BON Permet de quitter la messagerie 4 2 Application GEVES ue Les applications du Geves sont accessibles directement dans AIM sans avoir s authentifier de nouveau gr ce l option Utiliser le m me identifiant Dans le cas o l application voulue n est pas pr sente sur votre ordinateur l installation s ex cutera automatiquement Liste des applications o xl o ADA Gestion des Adresses Applicaton l41d Gestion des traitements et d analyses d images DHS Gestion des tude DHS DYF Gestion des tables de
78. t 4 ME Mas 0902161 453 1001 pna Jaza INon d fini 9 Wari t _1 HG ME _Mais_ 0902161943 1002 prg 11 984 Non d fini 9 WYarn t _ 2 HO MB Mais 0902161943 1002 prg aa Iklan Afii q Mandtk 7 PG ME Has 0002161047 1007 mna 172 ROOF Auteurs B Moutault amp C Chevalier Page 75 Date 20 08 2012 Version 1 Exemple_2 Nous souhaitons mesurer la surface de feuilles Nous avons 2 vari t s v1 et v2 et notre tude comporte 2 r p titions r1 r2 Nous avons 3 plantes par vari t r p tition p1 p2 p3 et nous pr levons 2 feuilles par plante f1 12 Sur nos images nous disposons les feuilles en 2 zones de fa on avoir sur chaque image les 2 vari t s En le transposant dans AIM les vari t s sont les zones les r p titions sont les acquisitions les plantes sont les images et les feuilles sont les cellules AIM14 Donn es brutes non regroup es AIM19 Donn es regroup es la Feuille AIM21 Donn es regroup es la Plante ama IMAGE aa Zone Image Gi AIM20 Donn es regroup es la R p tition wa ACQUISITION Auteurs B Moutault amp C Chevalier Page 76 Date 20 08 2012 Version 1 AIM22 Donn es regroup es la Vari t MATERIEL a Objet m su 9 5 4 Supprimer L tape de suppression est similaire l affichage car 1l faut s lectionner l tude le d tail image mat riel et le type de r sultats avant de cliquer sur Supprimer et de confirme
79. t image Objet Aim22 Il caract rise les objets Dans ce dernier cas on a tout gomm Pour ne regrouper qu l objet 9 5 3 Regrouper Regrouper S lectionnez votre tude et cliquer sur le bouton 9 Param tres Statistique 0 Mat riel 4 Acquisition 1 Image 50 Traitement Yar_Resdlt 17 Param_Stat F PE C COIS A206 _A_LIBELLE A206_ 4 TEXTE SQL COURT Compte 2 ECAT Ecart type STODEV MaI Maximum MAK MIMI Minimum MIN MOYA Wouenne Arnthm tigue ANG MEDI M diane MEDIAN HDEF Hon d fini S lectionner les diff rents types de regroupement CELLULE IMAGE Jaga ACOUISITION MATERIEL eN Cellule couisition ur 9 Zone Image im21 Al Zone Acquisition Aim20 Objet me Une fen tre s ouvre vous allez pouvoir choisir le ou les mat riels acquisitions images et traitements concern par le regroupement Ainsi que le ou les types de param tres statistiques et les regroupements souhait s Ensuite validez avec le bouton nt us Exemple_1 Pour imager cette tape de regroupement suivons l exemple d une tude de 4 vari t s J ai mesur un Volume sur une s rie d image l aide d un logiciel de traitement d image fen tre Analyse li RESULT CELLULE IMG 7267 EJE A A JET_HU A OBJET_NOM AT L NE_ NOIR IMAGE_NOM IGNEMSLONTA Volume A Temps NDEF 9 on nn 00 006 CE A S I NDEF 9 1 Vari t
80. tault amp C Chevalier Page 6 Date 20 08 2012 Version 1 05 Assistant d installation R sum de l installation L installation wa pouvoir commencer Options s lectionn es L installation va tre effectu e dans le r pertoire C Program Files SOS Type d installation choisi installation r seau application d pendante de celle install e en Wicmagimag_appirinde SOS SOSUA TE MET Ex cution de la modification automatique des donn es Si vous voulez revoir ou changer des options cliquez sur Pr c dent Si vous tes satisfait de vos choix cliquez sur Suivant 3 Un message indique la fin de l installation et vous propose de cr er des ic nes et de lancer le programme SOS Assistant d installation Installation termin e L installation est termin e Cliquez sur Terminer pour quitter le programme Lancer le programme Placer un icone sur le bureau Placer un icone dans le menu D marrer lt Pr c dent teminei Annuler 4 Cliquez sur Terminer Auteurs B Moutault amp C Chevalier Page 7 Date 20 08 2012 Version 1 1 2 Mise jour automatique CD L application tant install e en r seau la mise jour de AIM s effectuera automatiquement D s qu une nouvelle version sera disponible elle vous sera propos e lors du lancement de l application Mise jour automatique de SOS Une mise jour de cette application est disponible Pour utilise
81. tre Aide Remarque Cette barre de menu est plus amplement d crite par la suite 3 2 Fonctions disponibles dans les diff rents crans 3 2 1 Export d une table Dans tous les tableaux vous disposez en haut droite d une ic ne El vous permettant notamment d exporter les infos de l cran vers diff rents formats Excel Word 18 Date Date g Hom g MON he o O 07 06 O 07 06 GUITOUNI Christelle PET TT S lectionner les colonnes le 10 07 06 10 07 06 CHEVALIER le 10 07 06 11 07 06 GUITOUNI Christelle F Copier la ligne i Tout copier 2 Exporter la table vers Excel W Exporter la table vers Word Exporter la table vers XML S Graphique D arm srann de s lectionner les colonnes afficher ou masquer ou directement en faisant un clic droit sur une ent te de colonne Auteurs B Moutault amp C Chevalier Page 11 Date 20 08 2012 Version 1 Caract res 3 Nom Tablette Demandeur N Caract re Lib Caract re Date Transfert Be gt Tablette Date Transfert Tablette gt Ac Mom Tablette Demandeur MS Caract re Lib Caract re M Essai S 3 2 2 Tris et recherche Les tris sont possibles en cliquant sur les en t tes de colonne Le symbole e indique que la colonne peut tre tri e Le symbole indique que la colonne peut tre tri e et qu elle est d j tri e d
82. u te Dysfonctionnement Suggestion et A Propos pour r pondre vos questions et probl mes Manuel d utilisation le guide utilisateur de AIM au format Pdf Aide des fonctionnalit s automatiques Le saviez vous Dictionnaire des donn es la description des tables utilis e par AIM au format Htm ou pour d Autres applications Mod le de donn es la repr sentation graphique des tables AIM au format Pdf ou pour d Autres applications La requ te le texte SQL bas sous les tables de l application Dysfonctionnement Suggestion ouvre automatiquement l application SOS et un nouveau dossier Propos divers informations sur AIM dont le num ro de version par exemple et l email du support informatique Auteurs B Moutault amp C Chevalier Page 82 Date 20 08 2012 Version 1 1 D h Copyright Gip Geves 2012 AIM Gestion des traitements et d analyse d image 1 Mo Avertissement ce logiciel est prot g par la loi du copyright et par les conventions intemationales Pour utiliser ce produit vous avez accept la licence d utilisation Auteurs B Moutault amp C Chevalier Page 83 Date 20 08 2012 Version 1 Question Ma liste de macros est vide incompl te dans la fen tre Analyse alors qu elles sont bien d clar es au niveau de l tude fen tre d claration m R ponse M Seules les macros dit
83. u plusieurs acquisitions Les images sont enregistr es par acquisition Ce qui permet de conserver le lien avec la partie d clarative faite l cran pr c dent Attention pendant l tape de chargement des images faites attention s lectionner les bonnes acquisitions 9 2 2 a Fonctionnement L onglet images contient la liste des images un bandeau de recherche les diff rents boutons d actions et la visualisation des images sur la partie droite Le Ajoute Ajouter avec un s lecteur Windows des images Le Supprimer Suppression des lignes s lectionn es Le Modifier Type Modification du type d image Descente D placer l ordre des images dans la liste Actualiser l ordre selon le tri en cours nom date Ouvrir l image avec votre logiciel par d faut ex Picasa Enregistrer sur votre disque les images s lectionn es Efface les crit res de recherche Affiche r affiche la liste d images S lectionne d s lectionne la totalit des images Auteurs B Moutault amp C Chevalier Page 60 Date 20 08 2012 Version 1 Crit res de recherche OLILLT z ge A ou i i Vous pouvez filtrer la liste des Echelle images affich es gr ce au bandeau Crit res hide Coeur de recherche choix du type d image L n Initiale Couleur Refaire Ce filtre est tr s efficace lorsque vous Modifie Couleur utilisez diff rents types
84. ue suppression entraine la suppression en cascade des fichiers r sultats attach s ainsi que les mesures en base les calculs et les regroupements Suppression des fichiers r sultats Suppimer n entraine pas de suppression en cascade mesures en base calculs et regroupements Vous pouvez voir la macro utilis pour le traitement m VorMaco Voir le fichier r sultat au format dans lequel 1l a t enregistr m VorFichier Importer votre fichier r sultat manuellement EE En cas de modifications ou corrections G rer le type des fichiers r sultats 5 1 3 A Modifier Type Ainsi que le nombre de jours de r tention de ces fichiers r sultats A la s lection d un ou plusieurs historiques de traitement AIM vous indique le nombre de variables r sultats et mesures d j int gr es en base de donn es OX F Nombre de variables r sultats d j int gr es pour ces traitements 3 et nombre de mesures 315 LL 9 3 2 Afficher Il faut s lectionner une ligne de traitement qui contient un ou plusieurs fichiers r sultat Le ou les s lectionner ce placer sur l onglet Fichier et cliquer sur le bouton Le format du fichier r sultat provenant du logiciel de traitement d image Image J doit tre un fichier Texte peu importe l extension txt xls avec sur la premi re ligne les titres des colonnes et comme s parateur une tabulation Voir exemple ci dessous a Pouvoi
85. upe couleur AIM Choisir les colonnes pour tablir la correspondance TYPE _ OBJET NOM OBJET _SERV e 2e OBJET HUM Indiquer la r f rence des TENN couleurs A11_N_DELAI_MISE_EN_PLACE IMAGE_NOM LIGNE COLONNE Roug Puis les colonnes de votre je table r sultats correspondant Bleu 2e Figel _ aux plans de r f rence EN En double cliquant ou avec les Pixel_ _UPOV ue Groupe_RHS fiches Ea Pcel_ _RHS AIM14 RESULT CELLULE IMG 54 NUa OBJET_NOM i AIGNEASLONNAS Groupe_RHS APrel_ _RHS Obj_1 1 34 293 38 317318 Obj_1 37 306 26 906204 Obj_1 38 301 7 788455 Obj_1 40 226 4 36909 Obj_1 46 251 4 632338 Auteurs B Moutault amp C Chevalier Page 34 Date 20 08 2012 Version 1 AIM14 RESULT CELLULE IMG 54 IMAGE_NOM 5 5 4 Libell des Groupes Couleurs Permet de nommer les couleurs des lignes des tables r sultats d crites par des num ros de groupe pour une meilleure compr hension des mesures Permet galement de colorer les lignes 5 5 3 Il suffit d indiquer la colonne contenant les Ex Choisir la colonne num ro de groupe couleur num ros de groupe couleur pour tablir la correspondance Libell TYPE_OBJET_NUM De pr ciser qu elle est la classe couleur de r f rence De choisir dans quelle langue vous souhaitez le libell Picel_ _RHS Si vous voulez concat ner au
86. ur plus de pr cision renseigner galement le nombre de zones par ligne et par colonne Ces valeurs seront utilis es lors de l int gration des r sultats indexation voir 9 3 3 Par exemple pour un dispositif 4 zones AIM fait la diff rence entre le 2 par 2 en carr le 4 par 1 en ligne et aussi le 1 par 4 en colonne Attention Lors de la modification du nombre de zones si vous indiquez un nombre inf rieur les derni res zones d crites seront automatiquement supprim es voir 5 4 4 ZONE Ensuite 1l faut renseigner les zones qui sont cr es automatiquement en m me temps que le dispositif nombre de zones Pour les modifier utiliser le raccourci F1 1 ou cliquer sur le bouton Ea ou double cliquer sur la ligne colonne NOM Faire la modification et sortir de la ligne AMOS ZONE 4 A08 CRAD7_NUM_DISPD alan vs x Alg A NOM 15 15 2 15 3 15 4 4 5 4 4 Suppression Pour supprimer un dispositif et le d tail des zones s lectionner le et cliquer sur le bouton 5 ou utiliser le raccourci F12 puis confirmer cette suppression Auteurs B Moutault amp C Chevalier Page 31 Date 20 08 2012 Version 1 10 x S Fichier Etude Macro R f rentiel Module Fen tre dde alj x e Double Triple Carr 2x2 Carr 343 H sad cagone C ae CO pi AIMOS ONE AOE a NLM DSPOA EE NE AA A T 48 1o 18 2 2 18 1 Zone 3 en bas gauche des Images 18 Gestion des
87. ur verte 33 BINARISER RYE M STANDAARD JPG m thode AWB seuil automatique Huang z 9 3 36 BINARISFR TSiranlal MO STANDARD IPG m thode simple seuil automatique IsoD g 35 ME a a E X ace p rim tre largeur hauteur en m J 40 ME ace p rim tre largeur hauteur en pi Confirmer la suppression de la macro Cexvwcxw J 49 col A en pte le nombre de cellules 9 38 CH mage vers un type pr cis JPG PM J 393 1H 3 J 3e Disl mage vers un type pr cis JPG PN Sc ee 8 1 4 Import Export Vous avez la possibilit d importer et d exporter les macros de l application AIM Pour permettre par exemple les changes entre utilisateurs de diff rentes organisations et entreprises chaque macro correspond un fichier type Word doc Exporter S lectionner les macros cliquer sur le bouton ha Epone et indiquer le r pertoire de destination Importer Cliquer sur le bouton 7 Importer et s lectionner le ou les fichiers Macro de type Word Attention si d autres documents Word sont ouverts ils seront automatiquement ferm s Auteurs B Moutault amp C Chevalier Page 48 Date 20 08 2012 Version 1 Exemple Pour connaitre le format la mise en page attendu par l application AIM pour l importation de macros utiliser le fichier d exemple bouton Ci dessous 2 fichiers un d exemple vide et un autre rempli r xls Eig m 5 FE seuil pour l

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