Prévalence des Escherichia coli Entéropathogènes dans les
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1. 532 Tableau 2 La composition compar e de diverses solutions de r hydratation orale en apport journalier b Antibioth rapie Le traitement des diarrh es par les agents antibaci riens n esi pas prioritaire car en g n ral la r hydratation suffit circonscrire le mal ou elles se r sorbent seules El surtout avec la r sistance croissante des germes aux antibiotiques posant d autres probl mes que l on pourrait imaginer catastrophique dans l avenir cette d marche est viter sinon r server aux cas graves En pratique courante le traitement par les antibiotiques en premi re intension vise pr venir une bact ri mie ou courter un pisode sur un terrain d immunod pression ou de d nutrition s v re Les antibiotiques les plus couramment utilis s sont les fluoroquinolones Ciprofloxacine contre indiqu s chez les enfants un traitement alternatif est possible gr ce au Cotrimoxazole et les C phalosporines de troisi me g n ration 6 Les antibiotiques sont class s en familles en fonction de leur structure chimique ou de leur mode d action Ainsi en tenant compte de la diversit morphologique des bact ries il est pr visible que le spectre d action d un antibiotique est li sa capacit de traverser les membranes biologiques pour atteindre sa cible Aussi l antibiotique peut tre consid r comme bact riostatique s il bloque la croissance bact rienne 1l est dit bact ricide lorsqu il d truit les ba2. 22 Taux de pr sence des leucocytes p 22 La sensibilit aux antibiotiques p 23 Les microorganismes responsables de diarrh es p 11 La composition compar e de diverses solutions de r hydratation orale en apport journalier p 14 Sommaire E EE Page 2 NEE Page 3 E E SONE EEN Page 4 Liste des A DF VIANONS EE Page 5 adex des PUF 6822200022202225 ee Page 6 SODAT E Page 7 Ier OO vr EE Page 9 Revue Bibliographique sur la diarrh e c c c2cc0s20040000009000000 0000000004 Page 10 L Petteng CR RC Le NRR A RE dee Page 10 2 L aspect de la d1Iarehet 240000602 Sade aa Page 10 gt V LA CUP nn E A PAR ETE E E NV cet OR Page 10 D Laconsistance des selles siens a a a Page 10 3 L nolone de la Ten TEE Page 10 3 4 Les causes haten MEss eg deed gek Page 11 SLL Le cenre Eseherichid gesteet eege Page 11 4 VZ Le Genre Sannin Uia sde ones se recmace ie eiltieseuese Page 12 JLS D SENTE E nest mesen Page 2 32 Jeu Page 12 3 3 L s causts Parasal eSa EE ed Page 12 3 4 Les causes alimentaires ou physiologiques uscci000000000000400400000000900000 2060040 Page 12 Les Outs de dengt ageet deeg teinte Page 13 4 1 La coproculture standard eege Page 13 4 2 La coprologie au recherche de parasites ssseesssssnssnneensnnensrenens Page 13 4 3 Les techniques immunologiques et immunoenzymatiQues sssssesssssnensnnnes Page 13 4 3 1 Les techniques d agglutination directe ou indirecte sers Page 13 7 E eh ELIS EEN
3. Biologiques Merci du d vouement qui f t v tre lors de notre formation Nous remercions Mr SIB Si Edgar Responsable des soins infirmiers au service de la P diatrie du CHU Souro SANOU Nous remercions Mr Siaka TRAORE qui nous a appris les manipulations pratiques en Bact riologie Mme Justine BASSOLET Mme Salimata OUATTARA Mr Nikiensa GNOUMOU et Mr Georges BIEBOURE ensemble vous avez tr s serviables quand besoin f t Soyez en remercier Nos remerciements vont galement l endroit du personnel du service de la P diatrie et du laboratoire d analyses m dicales section bact riologte du CHU Souro SANOU de Bobo Dioulasso DEDICACES Je d die ce travail ma famille mon p re Kalo Timoth e SANOU In Memoriam A ma m re Maria SANOU qui repr sente tout mes yeux les mots ne suffiraient pas pour lui exprimer ma gratitude A tous mes fr res et s urs A Ambroise Jane A Pauline et Pascal A Jer me A Joc lyne A Clarice et Soumaila Ce travail est le fruit de votre soutien tant financier que moral Que DIEU vous b nisse R sum Le but de cette tude prospective tait de d terminer le pr valence des Escherichia coli Ent ropathog nes dans les diarrh es de 52 enfants g s d un mois trois ans dans le service de p diatrie de l h pital Souro Sanou de Bobo Dioulasso sur une p riode de 6 mois La proportion des enfants g s de 1 mois 11 mois est de 49 Les selles taient glaireuses 46
4. EK hour nk Yen Caroni Bayern be di Clostridiivn difficile Teny Sehlsb s rta mantan Clestrilion perf rin qen Cytarne got rit Age eoecerz aureus He ep z age VE ER Bodies ter Vibria che erog et outres Visio Agrees Pietas sh koe lakfes Chlamydia Trepanema palier Meitsceria Gona ive 2e Extrait d article D Carr Conduite tenir devant une diarrh e aigu EMC Chirurgie 1 2004 493 532 Tableau 1 Les microorganismes responsables de diarrh es 3 1 Les causes bact riennes Le tube digestif et plus pr cis ment les intestins est colonis par une flore microbienne Cette flore commensale constitue une barri re tant physique que biochimique Ainsi un microorganisme pathog ne doit d velopper des aptitudes pour passer la barri re commensale et les muqueuses intestinales Diff rents m canismes sont utilis s par les organismes pathog nes 3 1 1 Le genre Escherichia Ce genre form de plusieurs esp ces dont la plus importante d un point de vue m dicale est Escherichia coli Bact rie participant la flore commensale normale elle contient des souches pathog nes Les pathovars responsables de diarrh es chez l homme sont subdivis es en six cat gories Les Escherichia coli Ent ropathog nes EPEC causant la Turista les Escherichia coli Ent roh morrhagiques EHEC les Escherichia coli Ent rotoxinog nes ETEC les Escherichia coli Ent roinvasives FIEC les Escherichia coli Ent roaggr gatives
5. FAgeEC les Escherichia coli Ent roadh rentes EAEC 2 14 1 3 1 2 Le genre Salmonella Les Salmonella sont une cause fr quente de diarrh e en zone tropicale responsables des fi vres typho de et paratypho de Leur pathog nie est du type invasif elles traverse le tapis pith lial pour se retrouver dans la circulation sanguine ce qui explique la fi vre 3 1 3 Le genre Shipella Les Shigella sont responsables d pid mies de diarrh e aigu grave Elles agissent principalement par la s cr tion de toxines qui provoquent une inversion de l absorption d eau et d l ctrolytes La cons quence tant une perte rapide et importante d eau du corps 3 2 Les causes virales De nombreux virus interviennent comme agents causals de diarrh es les plus rencontr s sont les Rotavirus et les Calicivirus 6 3 3 Les causes parasitaires Les parasites jouent un r le important dans les diarrh es au niveau des populations en zones rurales les quartiers d favoris s des villes Africaines L insalubrit et le manque d hygi ne expliquent le maintien des affections dans ces zones Les parasites les plus courants sont les protozoaires Les Amibes les Giardia sont fr quentes 6 3 4 Les causes alimentaires ou physiologique La diarrh e peut aussi avoir une origine alimentaire En effet apr s un repas les aliments trop riches en prot ines en lipides ou en sucres la digestion peut tre incompl te de sorte qu
6. Page 14 4 4 Lacytom trie d Musset noie Page 14 4 5 les techniques de biologie mol culaire seen e Page 14 Sack ae Page 14 4 5 2 Eeselen UE een Page 14 D KE TE EE Page 14 a R hydratathiom eege Page 14 DE a nd E sisi seche nes enduits Page 15 PE ODIECUIS rond idee ee Page 16 a a E Te DEE Page 16 b e Lt Ee E Ui UE EEN Page 16 HI Materiels et Methode di aa Ra amener ee tonne Page 16 DG E e CT Page 16 ENEE Page 16 D Mili ux de CUIR nement ge Page 16 CG Autres Reactifs et mate Sans gd REEKNESE EEN er des en eds dues Page 17 Zen T ET Page 18 a P riode renet ty pe d tRde deg Page 18 D Crit res d INCIUSION nuits Rise ienleses Page 18 c Lacollect des chantillons deeg Eed REC ARGEN RA Page 18 d L acheminement des pr l veme ts oceoo000u0009unano00000nannaosena Page 18 Se Le manipulon E Page 19 d E ROT EN Page 19 b La conservation des soUcheS ocsccoccnacoanecanuonanasranvunvevannsevrea Page 20 c La d termination antig niQUe cccccccccrcencecnanacoenruanonneaseraran Page 20 IN R SUItALS cccscccccrcssrcrsussaacceneconcocescosaocancnnasenasnansanasnnanneassannnennneazzannaronevnasn Page 20 a La distribution par SeX ooscoro000202000000 2000920001000000 ra00000009nna9n SEKR 00n en Page 21 b NEE Page 21 c L aspect des SeMes c00202200000000000004000 9004000000400009 ER EEEEEE EEN EE EEN Page 21 d Les germes
7. indiqu correspond aux bulletins sans mention du sexe La figure 1 indique la distribution des enfants par sexe non indiqu O Filles Gar ons H Gar ons 53 Oron Si Figure 1 Distribution par sexe b L ge L ge des patients varie de 1 mois 3 ans et demi avec les enfants de 1 11 mois 49 de 12 23 mois 33 de 24 35 mois 16 et de 36 mois et plus 2 comme le montre la figure 2 24 36 mois gt 36 mois 16 2 E 1 11 mois H 12 23 mois lt 1 11 mois CT 24 36 mois 49 D gt 36 mois Figure 2 R partition selon l ge mois c L aspect des selles Les selles pr sentaient des aspects vari s molles 31 grumel es 2 glaireuses 46 et liquides 21 21 100 80 60 40 20 o Liquides O Glaireuses O Grumel es O Molles Aspect Figure 3 Aspect des selles d Les bact ries potentiel pathog nes Les germes rencontr s qui sont susceptibles d tre la cause de la diarrh e des sujets malades ont t Escherichia coli en 39 cas 75 Salmonelles dans 3 cas 5 8 et Candida albicans dans 20 cas 38 5 nous avons rencontr un cas de kyste de Giardia r sultats que nous avons consign s dans la figure 4 60 51 3 a E coli Salmonella C albicans K Giardia Figure 4 Les germes potentiel pathog ne 22 e Les leucocytes Les leucocytes taient pr sents dans environ 15 29 des cas comme le pr sente la fig
8. positive est soit color e soit fluorescente 5 Traitement a KR hydratation Le traitement des diarrh es dues Escherichia coli est bas sur la r hydratation orale des enfants selon les recommandations de l OMS et du Fonds des Nations Unies pour l Enfance UNICEF Pour ce faire il est mis la disposition des populations des sels de r hydratation oral SRO car ce qui est plus urgent dans la prise en charge des enfants c est viter la d shydratation 22 La malnutrition est un facteur d terminant dans la survenue de la diarrh e surtout dans les pays en d veloppement comme 14 le Burkina Faso La d nutrition apr s un pisode favorise la r installation de la maladie conduisant un cercle vicieux qu il faut briser 5 6 8 19 Le tableau ci dessous indique la prise d lectrolytes journali re recommand e par l OMS Composition par Hitre reconstitu Solut ONS Adart Alhydrate GES45 Lytren Coca Cola Jus d orange Sodium Na mmo 90 49 GO 49 St 2 lt 1 Potassium K mmol 20 25 20 75 25 0 1 a Chore Cl mmol a 25 60 25 Ai Glucose 2 20 20 saccharose 19 7 9 100 120 Antom i mp bicarbonates 24 23 10 Citrates 10 6 9 15 13 50 Gluconates 25 Calories 80 160 320 158 205 Osmolalit 310 290 750 730 Cemolarit mOsm 1 301 16 240 298 240 OMS Organisation mondiale de la sant Extrait d article D Carr Conduite tenir devant une diarrh e aigu EMC Chirurgie 1 2004 493
9. potentiel path0OgZ nDt6 2 2002059090200900020090200090002009090406290090000 000 Page 22 e Les leucocytes rss sensssssannesenn EE EEEER KE KEE KeRERR E easecasenenanenses Page 23 f L antibiogramme ss esse sesnerassrsnnnererrrecrennisnsannennsanee Page 23 V Commentaires 00sua00000000u00002000022099cvonocovonccecocnso9nnavannenoeonseasevtuanenne Page 24 VE Conclusl0f ccccccccccinassoosravasnonaonossananavosooauoancaanpuanaaeeaeeaseaanavnaneassunavvne Page 25 Introduction Les gastro ent rites sont des pathologies courantes et tr s fr quentes du tube digestif accompagn es de douleurs et de modifications de la consistance et de la fr quence des selles Dans nos contr es il est important de se pencher sur les aspects d ordre pid miologiques de ces maladies afin de contr ler leur impact Les gastro ent rites se manifestent par des selles diarrh iques liquides chol riformes ou glaireuses dysent riformes Les principales causes sont des infections aussi bien virales que bact riennes ou parasitaires 17 Bien que toutes les tranches d ge soient concern es les enfants en paient un lourd tribut surtout entre Q 3 ans La mortalit chez les enfants de O 5 ans dans le monde selon le Fonds des Nations Unies pour l Enfance UNICEF tait de 4 6 millions en 1979 et de 1 3 millions en 2002 par an 24 Une tude r alis e au Centre Hospitalier Universitaire Yalgado Ou draogo
10. 157 H 7 ne fermente pas le sorbitol Le bouillon c ur cervelle bouillon d enrichissement pour les a bact ries exigeantes c Autres r actifs et mat riel Le r actif de Kovacs Le test de l ur e indole Des tubes d eau distill e Des flacons de medium Muller Hinton semi liquide pour l ensemencement des antibiogrammes API L huile de paraffine Des disques d antibiotiques Bouteille de butane bec Bunsen pour la st rilisation de la zone de manipulation Pinces Brussel pour la manipulation des disques d antibiotiques Glyc rol Des cryotubes 17 2 M thode a P riode lieu et type d tude Il s agit ici d une tude descriptive et prospective dont le but est d valuer la pr valence des Escherichia coli potentiellement responsables des diarrh es chez les enfants qui ont un ge compris entre 1 mois et 3 ans L tude s est d roul e du 19 Juillet 2006 au 28 D cembre 2006 au sein du Centre Hospitalier Universitaire Souro Sanou de Bobo Dioulasso CHUSS C est un H pital de r f rence qui est le deuxi me plus grand h pital du Burkina Faso apr s le CHU Yalgado Ou draogo de Ouagadougou II regroupe diff rents services dont une P diatrie et un laboratoire de r f rence pour les analyses m dicales La P diatrie est organis e de sorte que les enfants ges de moins de 3 ans sont hospitalis s l tage et ceux de plus de 3 ans jusqu 15 ans sont hosp
11. 3 Site www invs sante fr publication 2006 enquete e coli 2003 enquete_e coli pdf Mainil J 2003 Facteurs de virulence et propri t s sp cifiques des souches invasives d Escherichia coli 1 les adh sines et facteurs de colonisation Ann M d V t vol 147 p 105 126 14 Nataro J N Kaper J B 1998 Diarrheagenic Escherichia coli Clinical Microbiology Reviews vol 11 N 1 p 142 201 26 15 16 17 pdd 2 22 23 Okeke I N et al 2000 Characterization of Escherichia coli strains from cases of childhood diarrhea in Provincial South western Nigeria Journal of Clinical Microbiology Vol 38 N 1 p 7 12 Pal T 1985 Modified Enzyme Linked Immunosorbent Assay for Detecting Enteroinvasrve Escherichia coli and Virulent Shigella Strains Journal of Clinical Microbiology p 415 418 Patrick Yeni 2003 Infection de l appareil digestif In Pathologie infectieuse 3 d Flammarion Chap 5 p76 Prudhomme Ch J F d Ivernois 2003 Diarrh es du nourrisson In Conna tre et comprendre 1000 maladies de Z Ed Vigot pl 11 Sall M G 1999 Etude comparative de la SRO seule et de l association eau de riz Al 110 M decine d Afrique Noire vol 46 N 10 p486 487 Sanou F ef al 1999 Diarrh e aigu de l enfant aspects pid miologiques chniques et volutifs en milieu hospitalier p diatrique Ouagadougou M decine d Afrique Noire Vol 46 N 1 p21 26 Si
12. M moire N Universit Polytechnique de Bobo Dioulasso UPB Ann e acad mique 2006 2007 Institut du D veloppement Rural IDR Laboratoire de Recherche et d Enseignement En Sant et Biotechnologie Animale LARESBA M moire de fin d tude Pr sent par Guillaume Sylvestre SANOU Ma tre es Sciences Pour l obtention du Dipl me d Etudes Approfondies en Biologie Appliqu e et Mod lisation de Syst mes Biologiques Sur le th me Pr valence des Escherichia coli Ent ropathog nes dans les diarrh es infantiles d origine bact rienne au Centre Hospitalier Universitaire Souro SANOU de Bobo Dioulasso Soutenu le 10 F vrier 2007 devant le jury Pr sident Pr Robert T GUIGUEMDE Centre MURAZ de Bobo Dioulasso Membres Pr Georges Anicet OUEDRAOGO Universit Polytechnique de Bobo Dioulasso Pr Jean Bosco OUEDRAOGO Institut de Recherche en Sciences de la Sant Pr Boubacar NACRO Centre Hosspitalier Universitaire Souro SANOU de Bobo Dioulasso Remerciements Ce travail a t l uvre de plusieurs personnes dont ies contributions ont t inestimables et nous voulons remercier Nous remercions Monsieur le Pr sident du jury cher Professeur malgr vos multiples occupations vous nous avez fait l honneur de pr sider ce jury Veuillez trouvez ici l expression de notre profonde reconnaissance Nous remercions le Professeur Boubacar NACRO chef de service de a P diatrie du CHU
13. Souro SANOU Directeur de ce m moire L inspiration de ce sujet ainsi que sa r alisation sont votre honneur Grand merci pour votre constante disponibilit et vos pr cieux conseils qui nous ont accompagn s durant ce travail Cela nous a permis d appr cier la rigueur Scientifique et la compr hension qui vous caract risent Pour votre soutien et incommensurable gentillesse dont nous avons b n fici recevez cher professeur notre tr s vive reconnaissance respect et admiration Vraiment du plus profond du c ur Merci Professeur Nous remercions le Pr Georges Anicet OUEDRAOGO Professeur agr g de biochimie Responsable du DEA de Biologie Appliqu e et Mod lisation de Syst mes Biologiques Merci Professeur pour votre initiative qui contribue la d centralisation de l outil biologique Vous vous tes toujours montr favorable aux aspects qui participent la formation des jeunes chercheurs Trouvez ici l expression de notre profonde reconnaissance Nous remercions le Pr Jean Bosco OUEDRAOGO Professeur de parasitologie Co responsable du DEA de Biologie Appliqu e et Mod lisation de Syst mes Biologiques Nous appr cions juste titre votre qualit d homme de Sciences Nous vous remercions pour le pr cieux enseignement que nous avons re u de vous Recevez ici le t moignage de notre profonde gratitude Nous remercions galement tous nos enseignants de l Ecole Doctorale de Biologie Appliqu e et Mod lisation de Syst mes
14. ct ries En sant publique l arsenal th rapeutique contre les bact ries pathog nes que constituent les antibiotiques est de moins en moins efficace du fait de l apparution progressive de r sistance Les bact ries se d fendent en d truisani les mol cules ou en les d tournant de leur cible Ce ph nom ne est soit ph notypique soit g n tique c est dire li aux g nes soutenu par les transformations ou par les mutations 1 3 4 15 IL Objectifs a Objectif global D terminer la pr valence des Escherichia coli Ent roinvasives parmi les diarrh es infectieuses d origine bact rienne chez les enfants g s entre un 1 mois et trois 3 ans au Centre Hospitalier Universitaire Souro Sanou de Bobo b Objectifs sp cifiques e Collecter des chantillons de selles de patients malades de diarrh e qui ont consult au service de p diatrie D crire l aspect physique des selles e R aliser une coproculture A e S rotyper l chantillon gr ce l utilisation de s rums d agglutination commercialis s cet effet TII Mat riel et M thodes 1 Mat riel Le mat riel de laboratoire utilis dans le cadre des manipulations en Bact riologie se compose comme suit a Equipement e Une tuve dont la temp rature est fix e 37 C 0 3 C Un microscope a lampe lectrique e Des Pipettes Pasteurs en verre avec bouch e de coton et dont le bout est soud b Milieux de culture Des Mi
15. de Ouagadougou en 1995 donne les chiffres de 21 4 de motif d hospitalisation pour diarrh e avec 6 8 pisodes par an 20 A l chelle nationale 21 des enfants de moins de 5 ans ont souffert de la diarrh e en 2003 selon l Enqu te D mographique et de Sant de 2003 72 Les diarrh es constituent une pr occupation majeure de sant publique de part le monde notamment dans les pays en d veloppement o elles viennent en deuxi me position apr s les infections respiratoires 24 Au Burkina Faso ces pathologies sont aussi rencontr es dans les services sanitaires Dans le cadre de la soutenance de m moire de fin d tude nous avons choisi de prospecter le sujet afin de r unir des donn es relatives aux diarrh es provoqu es par les bact ries pathog nes tropisme intestinal Les Escherichia coli pathog nes sont les germes que nous ciblons en particulier Nos investigations se sont d roul es au sein de l h pital de r f rence de la ville de Bobo qui a t choisi compte tenu du regroupement en son sein des services de consultation m dicale d hospitalisation des malades et d un laboratoire op rationnel d analyses m dicales Nous pensons qu une observation de ce microcosme pourrait donner une certaine vision de la situation des diarrh es La prise en charge adapt e des pathologies en milieu hospitalier est parfois subordonn e un diagnostic rapide et pr cis L interrogatoire lors de la consultation m dicale permet d
16. e conna tre les manifestations cliniques et oriente le clinicien 70 18 Les examens compl mentaires adress s au laboratoire ont pour but soit de confirmer le diagnostic soit de guider le m decin vers le mal de son patient Ainsi le biologiste et le clinicien doivent tre en parfait accord et parler un m me langage Le r le du laboratoire est d aider fournir des r ponses aux questions que le clinicien se pose au sujet du mal de son patient Le diagnostic de laboratoire part des informations cliniques L Revue bibliographique sur la diarrh e 1 D finition Les gastro ent rites sont des manifestations pathologiques du tube digestif accompagn es de douleurs abdominales et modifications du transit intestinal La diarrh e est une gastro ent rite avec une modification de l aspect des selles le malade peut pr senter ou non de la fi vre et des vomissements Les selles deviennent moins consistantes et fr quentes Les origines de la diarrh e sont diverses infectieuses ou non infectieuses Les agents infectieux sont principalement les virus Rotavirus les parasites Giardia Amibes etc et les bact ries Shigelles Salmonelles Escherichia coli Campylobacter etc 17 20 21 23 2 L aspect de la diarrh e La diarrh e se pr sente sous diff rentes formes selon les causes et selon la dur e a La dur e La diarrh e peut durer entre 72 heures et 5 Jours La diarrh e qui survient brutalement avec une augmentati
17. e les macromol cules rest es dans la lumi re du tube digestif entra nent par osmose une sortie importante d eau 4 Les outils de diagnostic 4 1 La coproculture standard Elle comprend plusieurs tapes e L tude macroscopique qui renseigne sur l aspect physique couleur et sur la consistance des selles liquide glaireuse molle moul e e L tude microscopique qui comprend l tat frais r v lant la mobilit de la flore la pr sence d h maties et de leucocytes voire de parasites Et un frottis color soit au bleu de m thyl ne comptage de leucocytes soit Gram permet r v ler la morphologie des germes La culture sur milieux pour isoler et identifier les diff rents germes 4 2 La coprologie ou recherche de parasites Elle regroupe plusieurs techniques qui permettent d optimiser la recherche des parasites dans les selles 4 3 Les techniques immunologiques et immunoenzymatiques Nous avons l utilisation de la r action antig ne anticorps sp cifique pour r v ler la pr sence d un microorganisme ou d une toxine donn e Ces techniques sont rendues possible gr ce la disponibilit dans le commerce d anticorps monoclonaux 4 3 1 Les techniques d agglutination directe ou indirecte Il existe des s rum d agglutination que l on peut utiliser sur les selles qui indiquent la pr sence m me du microorganisme ou du compos chimique recherch Il est galement possible de rechercher dans l
18. e sang du patient la pr sence d anticorps C est le principe du S rodiagnostic de Widal Felix en cas de suspicion de Salmonellose 13 4 3 2 ELISA L ELISA pour Enzym Linked ImmunoSorbent Assay est une technique immunoenzymatique dont il existe diff rentes vartantes adapt es au microorganisme ou toxine recherch Le principe est bas d une part sur la r action antig ne anticorps et d autre part la r v lation est fait gr ce au produit color de la r action enzyme substrat 16 4 4 La cytom trie de flux C est une technique qui utilise des anticorps marqu s par des fluorochromes La fluorescence qui d coule de la r action antig ne anticorps positive indique la pr sence et la quantit d antig nes 4 5 Les techniques biologie mol culaire Ce sont des techniques cibl es essentiellement sur les acides nucl iques ADN et ARN 4 5 1 La PCR La R action de Polym rse en Cha ne ou PCR permet l amplification d un g ne ou d une s quence nucl otidique donn e gr ce l utilisation d amorces sp cifiques La recherche se fait sur les selles directement En PCR les g nes tal pour invasive associated locus ipa A B C D H invasive plasmid antigen sont utilis s comme marqueurs du caract re invasif des EIEC 15 21 23 4 5 2 Les sondes d hybridation Les sondes sont de courtes s quences d ADN ou d ARN qui se fixent sur des s quences complementaires sur le g nome microbien La r action
19. et liquides 21 Les germes potentiel pathog ne se repartissent 75 d E coli 62 5 de C albicans et 5 8 de Salmonelles L antibiogramme donne une forte r sistance d E coli l Ampicilline 90 80 de r sistance au Cotrimoxazole Mots cl s Diarrh es infantiles Escherichia coli Pr valence CHU S Liste des abr viations EAEC EDS EIEC ELISA EPEC ETEC PCR S R O UFC Escherichia coli Ent roadh rentes Enqu te D mographique et de Sant Escherichia coti Ent roinvasives Enzyme Linked ImmunoSorbent Assay technique d tude immuno enzymatique des organismes ou compos s biologiques Escherichia coli Ent ropathog nes Escherichia coli Ent rotoxinog nes Polymerase Chain R action dispositif enzymatique de multiplication logarithmique in vitro de mat riel g n tique sels de r hydratation orale pr conis s par POMS pour un apport en l ments min raux lors des diarrh es chez les enfants Unit Formant Colonie Terme indiquant une grandeur en microbiologie Elle correspond aux bact ries viables dans un inoculum donnant des colonies sur boite de P tri ou bouillons en tubes Index des figures et tableaux Figures Figure 1 Figure Z Figure 3 Figure 4 Figure 5 Figure 6 Tableaux Tableau 1 Tableau 2 Distribution par sexe p 20 R partition selon l ge p 20 L aspect des selles p 21 Les germes potentiel pathog ne p
20. italis s au rez de chauss e La capacit est de 115 lits et berceaux environ et annuellement le nombre des enfants hospitalis s varie de 4000 6000 selon les ann es b Crit res d inclusion Nous avons inclus les patients dans l tude sur le crit re de l ge Les enfants filles et gar ons g s d un 1 mois trois 3 ans et pr sentant des signes de diarrh e Le caract re aigu ou persistante de la diarrh e n a pas t pris en compte c La collecte des chantillons Les chantillons seront constitu s partir des pr l vements re us au laboratoire pour analyses bact riologiques patients du service de p diatrie Les patients concern s sont les enfants filles et gar ons qui ont re us une consultation dans le service de P diatrie de l H pital Les pr l vements sont faits dans un pot st rile pour l examen de coproculture d L acheminement des pr l vements Les pr l vements des patients hospitalis s parviennent au laboratoire imm diatement Pour les malades externes il est plus difficile de contr ler les d lais d acheminement D s la r ception au laboratoire les pr l vements sont trait s tiquetage ensemencement et observation au microscope 18 3 Les manipulations a La coproculture L examen comporte des tapes successives L observation macroscopique elle permet de classer les selles selon l aspect liquides moul es molles glaireuses ou glairo sangla
21. lieux de culture coul s dans des boites de P tri Hektoen milieu d isolement pour Salmonelles et Shigelles Ce milieu contient le bleu de Bromothymol jouant le r le d indicateur de pH et la fuschine acide qui se colore en pr sence d ald hyde trois sucres le saccharose la salicine et le lactose En effet il y a les bact ries lactose n gatif qui ne fermentent pas le lactose dont les colonies sont vertes ou bleu vertes Saimonelles Shigelles E coli Ent roinvasives avec ou sans production d Hydrog ne sulfur HS coloration 16 noir partir du sodium thiosulfate tandis que les bact ries lactose positif ont une couleur jaune saumon E EMB milieu s lectif pour Ent robact ries contenant 2 inhibiteurs l osine et le bleu de m thyl ne favorisant la pouss e des germes Gram n gatif Escherichia coli donne des colonies reflet vert m tallique ou sombres sans le reflet Le Sabouraud qui permet la culture des levures dont les Candida Le milieu Muller Hinton 2 qui est un milieu tout germes sert la r alisation de l antibiogramme sur disques Une suspension bact rienne d une deux colonies environ 0 5 McFarlane est inocul e par couvillonnage Les galeries API 20 E Bio M rieux permettent l identification biochimique des Ent robact ries en testant 20 caract res biochimiques dont l oxydase l ur ase l ONPG et la fermentation de plusieurs sucres dont le sorbitol E coli O
22. mpl mentaires ult rieures est entam e La conservation des souches suit des tapes e L tiquetage pr cis des chantillons e Le conditionnement minutieux gt Cryotubes gt Milieux de conservation milieu c ur cervelle gt P Glyc rol 15 gt Conditionnement des souches dans les cryotubes iml de milieu 3 gouttes de Glyc rol 1 colonie bact rienne gt Cong lation 70 C Il faut rappeler que des conditions d asepsie flamme de bec Bunsen sont recommand es pour garantir la non contamination pendant la manipulation c La d termination antig nique et l antibiogramme Les s rotypes et s rogroupes sont d termin s gr ce l agglutination par s rum Il existe sur le march des kits de s rums agglutinant pour les grands groupes d scherichia coli notamment ceux pathog nes pour l homme Dans la routine quotidienne nos laboratoires locaux ne pratiquent pas l identification antig nique des germes ent riques apr s la culture Ainsi les importateurs de produits biom dicaux ne les importent que sur commande III R sultats Au cours de la collecte de nos informations de juillet 2006 D cembre 2006 nous avons rencontr 52 cas d enfants de moins de 5 ans ayant pr sent des sympt mes diarrh iques pour lesquels certains ont t hospitalis s 20 a La distribution par sexe Les gar ons repr sentaient 53 85 et les filles 36 54 des patients La proportion des non
23. ntes L tat frais qui indique la pr sence d h maties de parasites et permet d appr cier la mobilit de la flore bact rienne Objectifs X10 et X40 le frottis color au bleu de m thyl ne pour d terminer la pr sence de leucocytes dans les selles Objectif X100 L ensemencement sur les milieux Hektoen pour l isolement des Shigelles Salmonelles et E coli lactose n gatif EIEC L EMB est ensemenc pour la d tection des colonies aux caract res culturaux d E coli reflet vert m tallique colonies sombres Le Sabouraud pour les levures Candida Nous ensemen ons par la m thode des stries avec une pipette Pasteur dans des conditions d asepsie flamme de bec Bunsen L incubation des bo tes de P tri se fait l tuve 37 C pendant 24 heures La lecture tient compte des morphologies des colonies Seules celles ressemblant Escherichia coli sont consid r es Deux colonies sont prelev es pour servir l identification biochimique Le test de l ur e indole est fait sachant que 99 99 des souches d Escherichia coli sont positifs tandis que les Salmonelles et les Shigelles sont n gatifs L identification est faite gr ce aux galeries API 20 E Bio M rieux Une colonie bien isol e est effleur e avec le bout de la pipette en verre afin de pr lever une petite quantit de bact ries pour faire une suspension de concentration quivalente 0 5 MacFarlane dans un tube contenant de l eau distill e st rile un inoculum est as
24. on du nombre des selles plus de 3 par jour et une modification de la consistance des selles est dite diarrh e aigu Lorsque les manifestations d passent une semaine la diarrh e est dite persistante et au del de 14 jours c est une diarrh e chronique selon la d finition de l Organisation Mondiale de la Sant OMS b La consistance des selles Selon l aspect des selles il est d crit deux types de diarrh es e La diarrh e hydrique liquidienne chol riforme chol ra La diarrh e dysent riforme avec des selles glaireuses ou glairo sanguinolentes se rapprochant d une shigellose La suspicion de l agent causal peut tre orient e par l aspect des selles Il est donc important d y accorder son attention A L tiologie de la diarrh e Les diarrh es peuvent tre d origine infectieuse ou non infectieuse Les diarrh es infectieuses sont caus es par les bact ries les parasites et les virus comme l indique le tableau ci dessous 10 Bact ri o Won Parate Salman lis p Rotari Gard Jolie Shigela Calkkk u ei apparent s En oemeg ba histoly fe Coon ooc fer sp Norea vg Cryprtos ker parvum Etcheri chia coll ent rotacinog ne ETEC Narwal Hke virus Eyeka pra const cra ps Eu heri chia coli ertir epet biegne EECH Petite virus rard S brameloe nz sterea Erhai coll ertir ch rie caga ue EEC Ad rovkus r t n nes Bal atidiun cali Escherichia coli entiris E EC At roni s Biro Zocez
25. ong e d truit une partie de la flore commensale de l intestin permettant ainsi une prolif ration des germes opportunistes Le nombre de selles contenant les leucocytes 29 oriente sur la part des souches invasives dans notre chantillon Il devient alors int ressant de proc der une identification plus pouss e de nos souches d Escherichia coli pour situer l apport des germes Ent roinvasives de notre chantillon Pour ce qui concerne la sensibilit des souches collect es aux antibiotiques les 10 chantillons test s donnent une tr s forte r sistance l Augmentin 90 l Ampicilline 90 au Cotrimoxazole 80 ce qui peut s expliquer par l utilisation fr quente de ces antibact riens en traitement de premi re intension Torres M E et ses collaborateurs ont test des souches d Escherichia coli isol es dans des selles d enfants atteints de diarrh e 21 Elles taient r sistantes 96 25 l Ampicilline 43 75 au 24 Cotrimoxazole 10 4 au Chloramph nicol 20 la Gentamicine Estrada Garcia T et ses collaborateurs indiquent une r sistance de 73 pour l Ampicilline et 65 pour Cotrimoxazole 9 V Conclusion Les maladies gastriques li es aux infections bact riennes sont des pathologies dont il ne faut pas perdre la port e en sant publique En effet la morbidit voire la mortalit qui leur est associ e concerne de fa on dramatique les jeunes enfants qui sont en pleine croissance physiologi
26. p 26 27 Benslimani A Amman H Yala D 2001 Action des antibiotiques in vivo M decine du Maghreb N 97 p 15 16 Site www santetropicale com Bhutta Z A 2006 Diarrh es persistantes dans les pays en d veloppement Ann Nestl vol 64 p 39 48 Carr D 2004 Conduite tenir devant une diarrh e aigu Etiologies EMC Chirurgie p 493 532 Site www elsevier com locate emechi Comit de l Antibiogramme de la Soci t Fran aise de Microbiologie 2006 Communiqu de 2006 Site http www sfm asso f r Diallo S Camara Y B Diarrh e aigu du nourrisson et tat nutritionnel PINSE M decine d Afrique Noire 1998 Vol 45 N 6 p 372 374 Site www santetropicale com resume 64503 pdf Estrada Garcia T et al 2005 Drug resistant diarrheogenic Escherichia coli Mexico Emerging Infectious Diseases Vol 11 N 8 p 1306 1308 Site web www cdc gov eid Grenier B et Andremont A 1991 Diarrh es aigues infectieuses In Les infections 3 Ed chap 16 p2 1 273 Institut National de la Statistique et de la D mographie et ORC Macro 2004 Enqu te D mographique et de Sant du Burkina Faso 2003 Calverton Maryland USA INSD et ORC Macro Site web http www insd bf Institut de Veille Sanitaire 2005 Enqu te sur les m thodes de diagnostic des E coli Ent ropathog nes et des E coli Ent roh morrhagiques dans les laboratoires d analyses m dicales en France en 200
27. pir et vers dans les cupules de la galerie conform ment aux recommandations du manuel d utilisation fourni par le fabriquant l incubation se fait 37 C pendant 24 heures l tuve La lecture se fait selon le manuel en attribuant une valeur num rique correspondant au num ro du germe dans le catalogue de lecture L antibiogramme qui a un but indicatif est r alis par la m thode des disques d antibiotiques sur Muller Hinton 2 Une suspension bact rienne est ensemenc e par couvillonnage sur la boite de P tri et 6 7 disques d antibiotiques sont d pos s respectant une distance d un centim tre et demi entre elles La lecture tient compte du diam tre d inhibition pour qualifier la souche de r sistante sensible ou interm diaire l agent bact rien test mais nous classerons les interm diaires parmi les r sistants 7 Les antibiotiques test s dans 10 isolats sont lampicilline AM l Augmentin AMC la Gentamicine GEN le Cotrimoxazole STX le 19 Chioramph nicol C L antibiogramme peut aussi se faire gr ce aux galeries API Biom rieux Les boites et galeries sont incub es 37 C l tuve pendant 24 heures b La conservation des souches Le groupage ou iypage est possible sur les souches pures pour d terminer les structures antig niques O H K Cette op ration en routine peut tre faite imm diatement quand le temps le permet sinon Une conservation des souches pour des tudes co
28. que L int r t de se pencher sur ce sujet d tude r side dans la volont de comprendre les aspects qui entourent ces maladies dans notre environnement Ainsi l objectif fix tait d valuer l incidence des Escherichia coli pathog nes tropisme intestinal et plus pr cis ment l apport des souches invasives Nous n avons pu faire le s rotypage des chantillons collect s Les r sultats interm diaires donnent la pr sence des Escherichia coli 75 Salmonella 5 8 et les leucocytes 29 pour lesquels il serait int ressant de rechercher les germes invasifs La chimior sistance croissante des bact ries aux antibiotiques est remarqu e travers les valeurs obtenues pour certains qui sont couramment prescrits Le sujet sur les gastro ent rites dans leur ensemble tant chez les enfants que les adultes m rite une ou des tudes globales l chelle du pays qui permettrait de vraiment appr hender leur incidence dans population et dans les formations sanitaires Et par la suite tout comme pour d autres pathologies mettre en place une surveillance pid miologique 25 R f rence bibliographique 10 l TN 12 13 Amhis W et al 2001 Tests de sensibilit utiles au traitement antibiotique M decine du Maghreb N 91 p 22 25 Auma tre H et af 2004 Diarrh es bact riennes EMC Chirurgie 1 p 437 454 Belouni R 2001 Crit res de choix d un antibiotique M decine du Maghreb N 91
29. te web www sant tropicale com r sume 14604 pdf Torres ME er al June 2001 Etiology of children s diarrhea in Mondivideo Uruguay associated pathogens and unusual isolates Journal of Clinical Microbiology Vol 39 N 6 p2134 2139 Van der Geer E R et Prats J 1992 La connaissance et l utilisation de la r hydratation orale M decine d Afrique Noire V 01 39 N 4 p261 267 Site web www santetropicale com resume 43902 pdf Vidai M et al Oct 2005 Single multiplex PCR assay to identify simultaneously the six categories of dtarrheagenic Escherichia coli associated with enteric infections Journal of Clinical Microbiology Vol 43 N 16 p5362 5365 24 UNICEF 2004 Prise en charge clinique de la diarrh e aigu 27
30. ure 5 Les leucocytes t moignent d une inflammation de la muqueuse intestinale 100 80 a 40 20 o Pr sence Figure 5 Le taux de pr sence des leucocytes f L antibiogramme Ce test des germes aux antibact riens est but indicatif La sensibilit aux antibiotiques sur g lose Mu ller Hinton Bio Merieux avec des disques donne une forte r sistance l Augmentin 90 10 au Ceftriaxone ainsi que l indique la figure 6 Ce test porte sur 10 des souches conserv es 23 SENSIBILITE Figure 6 Sensibilit des Escherichia coli aux antibiotiques AM Ampicilline AMC Amoxiciline Acide Clavudique STX Cotrimoxazole C Chloramph nicol GEN Gentamicine IV Commentaires Les bact ries de la famille des Ent robact ries que nous avons rencontr es sont essentiellement les Escherichia coli et les Salmonella Nous n avons pas trouv de Shigella ni de Vibrions En ce qui concerne la s paration des Escherichia coli en pathovars une agglutination aurait t n cessaire Nous avons constat un nombre non n gligeable de levures dans les selles Le test de filamentation r alis sur plusieurs chantillons t positif L incidence de la candidose 38 5 tient du fait que Candida est tr s courant chez les enfants en bas ge chez qui il peut devenir pathog ne des suites aux traitements d antibioth rapie pour d autres pathologies Nous savons qu une antibioth rapie prol
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