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Diagnose écologique et plan de gestion piscicole appliqués aux

1. He cm V cm s 0 10 11 40 41 80 81 150 gt 150 Substrats v g taux Hydrophytes immerg s V g taux aquatiques ou amphiphytes noy s tige souple HYI Branchages immerg s Amas de branchages arbres tomb s ou s avan ant dans l eau ou BRA r seaux de racine de gros diam tres V g tation aquatique rase R seaux de petits v g taux racines de petites tailles bryophytes ou CHV autres petits v g taux Hydrophytes feuilles V g taux aquatiques noy s feuilles flottantes n nuphars potamots HYF flottantes formant un couvert horizontal H lophytes V g taux tige ligneuse immerg s en partie HEL Colmatage ALG algues VAS vase organique FIN sable et limon argile TUE concr tion calcaire Caches Qualit BLO blocs 1 zone profonde gt 40cm EMB emb cles 1 baign e de turbulence proximit d un contre courant BER sous berges 1 proximit d un herbier CHV BRA branchages racines 1 profondeur lat rale 30 cm Obstacles Perturbation BA Barrage ponctuelle BU Busage REJ Rejet SE Seuil PREL Pr l vement PO Pont PIET pi tinement EM Emb cles GL Affleurement glaiseux autre EB Eboulement de versant autre rosion SER seuil d rosion r gressive n A Syst lat ral E
2. ou d alevins d une esp ce des lots sont r alis s par esp ce et par classes de tailles homog nes Dans ce cas ne sont relev s que la taille minimale et maximale le poids total et le nombre d individus constituant le lot o lorsque le nombre d individus est trop important des tares de 100 individus sont r alis es 1 tare par esp ce et classes de tailles sur le principe des lots Les individus restants sont tri s selon le m me sch ma que les tares r alis es puis font l objet d un simple pesage V 2 ANALYSE DES RESULTATS AU NIVEAU DU PEUPLEMENT PISCICOLE V 2 1 E volution longitudinale La premi re tape de traitement consiste comparer les r sultats obtenus sur les p ches d inventaires r alis es dans le cadre du diagnostic L int r t de cette analyse est renforc par le fait que les r sultats d inventaires tous r alis s la m me ann e sont affranchis des variations interannuelles des param tres environnementaux crues tiages pollutions Dans un premier temps l volution des param tres globaux richesse sp cifique densit et biomasse est privil gi e D autres param tres plus pr cis feront ensuite l objet de ce type d analyse spatiale V 2 2 E volution temporelle comparaison aux donn es historiques Une comparaison avec les r sultats de p ches d inventaires r alis es ant rieurement permet de suivre l volution temporelle du peuplement sur les statio
3. chelle des tron ons Csp dr5 Teleos 1998 classe Hauteur d eau Vitesse de courant 1 0 10 cm 0 10 cm s 2 11 40 cm 11 40 cm s 3 41 80 cm 41 80 cm s 4 81 150 cm 81 150 cm s 5 gt 150 cm gt 150 cm s Tableau 3 classes de hauteurs d eau et de vitesses de courant utilis es dans la m thode de description de la qualit physique P chelle du tron on d apr s protocole DR5 Teleos 1998 1 2 ANALYSE DES RESULTATS Les lin aires et les caract ristiques des faci s sont report es sous le SIG Les trois param tres descripteurs de l habitat piscicole faci s d coulement vitesses de courant et hauteurs d eau sont tudi s ind pendamment Les tron ons peuvent tre compar s sur la base de crit res simples diversit et repr sentation des diff rents faci s substrats et classes de hauteur d eau et de vitesses d coulement Il est alors possible de suivre l volution amont aval de la diversit de l habitat piscicole par tron on La r partition et la proportion des diff rents types d habitat peuvent ensuite tre mis en relation avec les donn es piscicoles Ex r partition et densit des diff rentes classes d ge sur les stations d tude les poissons utilisant diff rents m sohabitats en fonction de leur stade de d veloppement Ex Baglini re et Maisse 2002 pour la truite commune 14 II Recensement des zones de reproduction de la truite co
4. 10 10 11 12 13 14 14 15 16 16 17 18 22 25 32 32 33 34 35 Introduction L laboration de plans de gestion piscicole est une obligation r glementaire pour tout d tenteur du droit de p che particulier AAPPMA collectivit s en vertu de l Article L 433 3 du code de l environnement depuis 2006 Loi sur l Eau et les Milieux Aquatiques LEMA et anciennement de l article L233 3 du code rural depuis 1989 http www legifrance gouv fr lt L exercice du droit de p che emporte l obligation de gestion des ressources piscicoles Celle ci comporte l tablissement d un plan de gestion des ressources piscicoles En cas de non respect de cette obligation les mesures n cessaires peuvent tre prises d office par l administration aux frais de la personne physique ou morale qui exerce le droit de p che Les AAPPMA sont les d tenteurs et utilisateurs principaux des droits de p che Le r le de la f d ration d partementale est de les appuyer techniquement afin de leur permettre d assurer la coh rence de leur gestion des ressources piscicoles Pour cela et suite la loi Barnier de 1995 Art L 121 code rural ancien et depuis 2006 Art L 215 21 du code de l environnement imposant la r alisation de Plan Simple de Gestion aux propri taires riverains un Plan D partemental pour la protection du milieu aquatique et la Gestion des ressources Piscicoles PDPG pr conis au niveau national par le CSP a
5. 4 2 mg Kg ms 0 7 mg Kg ms 41 mg Kg ms 271 mg Kg ms 780 mg Kg ps CSTEE Annexe 4 3 3 caract ristiques de quelques micropolluants trouv s dans les s diments des cours d eau pesticides Mol cule Formule brute origine naturelle origine anthropique Toxicit aigue fongicides r pulsifs pour l avifaune colorants peinture m dicaments Anthraquinone C14H802 Difluf nicanil herbicide Insecticide incin ration des plastiques feux de for t mission d chappement Fongicide syst mique agricole et Carbendazime C9H9N30O2 domestique Produit de la d gradation du thiophanate m thyl fongicide CE50 gt 10 mg l Daphnia magna 48 h CL50 72 mg L Salmo sp 96 h INRA agritox Oncorhynchus mykiss ex Salmo gairdneri CL50 gt 0 109 mg l Dur e d exposition 96 heures Source de l information RPA 1998 magna CE50 gt 10 mg l Dur e d exposition 48 heures Source de l information Rhone Poulenc Agrochimie Daphnia CE50 891 3 mg l Daphnia magna 96 h CL50 0 83 mg L Salmo sp 96 h PNEC eau 0 15 ug L INRA agritox Annexe 5 r pertoire des 92 indicateurs class s selon i et par ordre alphab tique protocole Cb2 Verneaux 1982 macrofaune benthique protocole Cb2 r pertoire des 92 indicateurs class s selon i et par ordre alphab tique i 9 Astacidae Aeschnidae except A leptodactilus et P leniusculus Blephariceridae Bythinellidae Ceratopogonidae Co
6. Changement occupation sol confluence Altitude m nimm T Ta 75 mei T T8 Qr PRES Distance la source km Figure 6 exemple th orique de repr sentation des diff rents tron ons homog nes sur le profil en long III D finition des stations d tude La d finition des stations d tude est bas e par ordre de priorit figure 7 et 8 sur les stations o des donn es historiques existent a en priorit sont retenues les stations disposant d inventaires piscicoles et ou de donn es thermiques b au niveau du cours principal sur leur caract re repr sentatif du tron on auquel elles appartiennent repr sentation des diff rents faci s quivalent Sur les tron ons o une station historique existe la repr sentativit de cette station est v rifi e en premier lieu si elle ne l est pas une station suppl mentaire repr sentative du tron on est ajout e c des donn es d acquisition de donn es compl mentaires sont plac es e x au niveau de chaque affluent minima sur le secteur aval au mieux sur plusieurs points afin de conna tre les limites de r partition des diff rentes esp ces piscicoles pr sentes x sur les parcours de p che r glementation sp cifique ex no kill taille de capture sup rieure nombre de capture plus restrictif qui peut avoir une influence sur la d mographie de la population en place d x autre Donn es ant
7. Indeno 1 2 3 c d pyr ne HAPs C22H12 Benzo g h i p ryl ne HAPs Fluoranth ne HAPs Benzo b fluoranth ne HAPs Benzo k fluoranth ne HAPs 2 M thylfluoranth ne HAPs C22H12 C16H10 PNECsed 125 ug Kg de poids sec PNECaqua 0 25 ug L C13H10 lt 500 ug Kg C18H12 C20H12 C20H12 C17H12 Tolu ne alkylbenz ne Naphtal ne HAPs C6H5CH3 combustion principalement bois C10H8 fabrication de colorants de peintures lt 2 ug Kg PNECsed 770 4 ug Kg de poids sec de boules de naphtaline cr osote C11H10 2 m thylnaphtal ne HAPs Annexe 4 2 3 caract ristiques de quelques micropolluants trouv s dans les s diments des cours d eau m taux phtalates Symbols origine naturelle batteries traitement bois peinture plombs de chasse pesticides Arsenic Chrome total Mercure Zinc naturelle trafic routier rejets d eaux us es retomb es atmosp riques rejets industriels combustion charbon huile trafic routier boues de step fongicides rosion des sols qui re oit 97 du Cu lib r dans l environnement ATSDR 1990 naturelle traces combustibles fossiles jus de d charge rejets industriels usure des pneumatiques lessivage rejets industriels jus de d charges rejets industriels combustion charbon fuel boues de step incin ration des d chets rejets industriels trafic routier pesticides imprimerie m tallurgie batteries traffic routier pandag
8. WO Ph ii omg _ Centre Alpin de Recherche sur les FEDERATION DE PECHE 74 F d ration de Haute Savoie pour la P che et la INRA UMR CARRTEL Protection du Milieu Aquatique 75 avenue de Corzent 2092 route des Diacquenods BP511 e 74203 Thonon les Bains 74370 St Martin Bellevue SE www dijon inra fr thonon www pechehautesavoie com Diagnose cologique et plan de gestion piscicole appliqu s aux cours d eau Approche m thodologique l chelle du bassin versant Version juin 2010 L VIGIER P HUCHET A CAUDRON Rapport SHL 295 2010 FDP74 10 05 Disponible sur http www pechehautesavoie com telechargement1_bis php categ 4 R f rence citer Vigier Huchet et Caudron 2010 Diagnose cologique et plan de gestion piscicole appliqu s au cours d eau approche m thodologique l chelle du bassin versant Rapport SHL 295 2010 38 p annexes Disponible sur http www pechehautesavoie com telechargement1_bis php categ 4 REMERCIEMENTS Merci Alexis Champigneulle pour sa relecture attentive du document et ses contributions toujours pertinentes Merci aux agents techniques de la FDPPMA74 Guillaume Bini et Ludovic Catinaud Leur participation active l ensemble des tapes de ce travail leur r activit leur disponibilit et leurs retours sont autant de contributions ce document de synth se Merci aux gardes p ches particuliers des AAPPMA pour leur aide lors des p ch
9. 12 Dans la table relative l occupation du sol un champ diff rentie les grandes cat gories d occupations suivantes les types de culture prairie ma s bl mara chage vergers les zones construites habitation zone industrielle des zones bois es plantation for t naturelle les zones naturelles particuli res n v s glaciers boulis les tendues d eau tang lac naturel artificiel Les sous cat gories consid rer type de culture type de for t type d activit industrielles peuvent varier en fonction des territoires et des probl matiques qui leurs sont associ es Une visite de terrain peut tre envisag e pour pr ciser certains l ments non visibles en vue a rienne Ex type de culture activit s d une industrie D autres informations peuvent tre int gr es au SIG PLU plan local d urbanisme anciennement POS plan d occupation des sols peuvent tre obtenues en mairie recensement des exploitations agricoles tat de l assainissement collectif et individuel Donn es issues de bases de donn es disponibles sur Internet Ex BASOL ICPE IV 2 ANALYSE DES RESULTATS L analyse g ographique permet d avoir une vision globale de l occupation du sol et de diff rentier des sous bassins correspondants aux changements des activit s humaines sur le territoire de calculer le pourcentage de recouvrement parcellai
10. esp ce est la plus faible des deux L observation de diff rences entre la classe d abondance num rique et pond rale d une esp ce peut mettre en vidence un d s quilibre dans la structure de la population La confrontation entre peuplement observ et peuplement th orique en terme d esp ce pr sente absente et de l abondance des diff rentes esp ces pr sentes peut permettre de caract riser certaines perturbations sur la base des caract ristiques l cologiques des esp ces consid r es V 3 ANALYSE DES RESULTATS AU NIVEAU DE LA POPULATION DE TRUITE COMMUNE V3 1 Donn es acquises l chelle d partementale V 3 1 1 G n tique La r colte de ces r sultats sur le d partement de la Haute Savoie a t effectu e dans le cadre du programme INTERREG III A lt truites autochtones gt l chelle d partementale Caudron 2008 La m thode a consist e couvrir dans un premier temps les rivi res principales de chaque bassin versant et ensuite d tendre l chantillonnage sur les axes secondaires affluents cours d eau pr sentant un int r t particulier 180 secteurs de rivi res r partis sur l ensemble du r seau hydrographique d partemental ont t chantillonn s L objectif final tait d chantillonner la population d adulte ge gt 2 en place L chantillonnage a couvert une large gamme de taille de poissons et de grandes longueurs de rivi re afin de limiter les biais p
11. gulier Irr gulier Commentaire Esp ces Franchissabilit Commentaires NP 0111213415 I Salmonid s TRF SDF H Ombre commun OBR HI Cyprinid s eaux vives IV Cyprinid s eaux calmes V Petites esp ces benthiques K Anguille Esp SEES Alose feinte migratrices Lamproie marine Autre s NP Non Pertinent ANNEXE 1 2 2 fiches de description lt ouvrages transversaux gt verso Pr conisations de travaux effectuer sur l ouvrage pour am liorer la continuit travaux l gers d am lioration ou d am nagement travaux importants Passe poisons entretien Commentaires souhaitable a priori possible parra t difficile impossible Effacement non pr conis Commentaires Autres solutions par exemple autre solution pour une prise d eau arr t possible de l usage priorit am nagement d valaison C BUSE C PONT CADRE O Circulaire O Ovo de O Carr e L Rectangulaire Type Armco O B ton O O sans chute aval Mesure en sortie de buse O avec chute vertical L m dh m Lt m dh m hc m pf m bom O SEUIL BARRAGE O Chute verticale O Chute inclin e j j CHUTE NATURELLE Vitesse du courant m s Hauteur d eau m DJ avec chute inclin e L m L2 m L Li L dh m
12. he m pf m he m C Chute inclin e verticale he m pf m hc h hct pf L m he m dh m hc m pf m d L m he m dh m hc m pf m het m dh l l chelle du tron on iques tographi es car les relev ins pour fiches de terrai Annexe 2 1 3 s nb ew a Seine AN0IHdVH9019 3434134 tepuoo s geg 01d jueweuuosaus lqiss o5 1 19 e ui 9 s S ull Eagaougep OLOHd e enouod uoneqinu d SAS 1819 z 0 96eiquO DH qa A sSIdu ep ou sqe uolsois s AISPAUI s 599ds syueweBeuaur opge oo op aney saou3agq lllqessiuSue13 l9PlSqO eleeull 0 lilenb z y Jn ssied 991 BeleuuloS 281 puz Dan qns 091 uuop Ban qns 18ISS01 qns z wop qns L Wop qns few y 2 uw 11 7 Wop 2H wop A S9192 Uy IPAE 9uelSID e6ed ap Juanje map SINO9 s9198 EABAUOUUE saur UO UOIL 3p Annexe 2 2 3 fiches de terrains pour les relev s cartographiques l chelle du tron on Echelle granulom trique EIRE MIE SL Znassc ese Id dd H ES up zem Annexe 2 3 3 fiches de terrains pour les relev s cartographiques l chelle du tron on Codification utilis e
13. mes de la PKD 0 300h Figure 14 repr sentation cartographique des r sultats de Pobservation des sympt mes de MRP a Caudron et Champigneulle 2007 et carte des risques potentiels d infection par la MRP tablie sur le d partement de la Haute Savoie partir des dur es calcul es pour lesquelles la temp rature est sup rieure 15 C b Dumoutier er al 2010 111 2 2 3 dur e et conditions thermiques du d veloppement embryo larvaire Une estimation de la dur e totale 50 d alevins mergeants de vie sous graviers des ufs et alevins v sicul s est calcul e selon la m thode propos e par Crisp 1992 La date m diane de ponte a t fix e au 15 d cembre en accord avec les observations actuellement disponibles sur diff rents cours d eau de Haute Savoie CF II 2 p 15 Une fois la dur e de la phase de d veloppement embryo larvaire valu e les conditions thermiques pendant cette phase sont plus pr cis ment tudi es En accord avec Humpesh 1985 les temp ratures moyennes journali res de 1 5 C et de 15 C peuvent tre consid r es comme des valeurs limites partir desquelles le taux de survie embryo larvaire est fortement affect Ainsi les s quences de temps o la temp rature pr sente des valeurs inf rieures 1 5 C ou sup rieures 15 C sont recherch es Le recoupement des donn es thermiques obtenues depuis 2003 et des r sultats de l tude d valuation de la participation du re
14. rieures Donn es ant rieures a Inventaires piscicoles date Relev s hydrobiologiques W Relev s physico chimiques Station d tude retenue Inventaires piscicoles date e Relev s hydrobiologiques Relev s physico chimiques 1998 2003 1998 2001 c Choix des stations O Station repr sentative du tron on C Station avec donn es ant rieures Choix des stations O Station repr sentative du tron on Station avec donn es ant rieures E Station d acquisition de donn es compl mentaires Parcours halieutique r glemi ht tion particuli re Figure 7 illustration sur un bassin th orique des diff rentes tapes de d finition des stations d tudes recherche et localisation des donn es historiques a et conservation des stations o donn es d inventaires piscicoles b v rification de la repr sentativit des stations historiques et d finition d une station repr sentative par tron on homog ne c ajout de stations d acquisition de donn es compl mentaires sur les affluents et secteurs sp cifiques d Choix des stations Station d tude Figure 8 localisation finale des stations d tude sur un bassin th orique La densit des stations d tude sur un bassin varie en fonction de la configuration du r seau hydrographique et des besoins de l tude Cependant sur la base des diagnoses d j r alis es sur le
15. 2 0 06 0 12 0 24 1 00 2 00 4 00 7 50 15 00 30 00 31 00 62 00 124 00 0 6 1 2 2 4 5 50 11 00 22 00 7 50 15 00 30 00 25 00 50 00 100 00 51 102 204 9 00 18 00 36 00 20 00 40 00 80 00 Annexe 8 tableau des r partitions longitudinales des abondances optimales potentielles version CSP DR5 1995 ui mo Gd moo YY s lt oe u UD C tD uy wu E LIFE 9969 6EL9 OBES Genk L ck EGLE 6608 9 LZ LAAL COL Z981 BEOL 688 gea oC M ewy 0660 GbLE SGE Dep OSL Ot9Z 0822 S 61 OZbL OGLL OFO SL S69 SES ot O Ori xewa 8 3nOIO3HI 3TVIQLLdO ALSIHVA SB3AkISSSO STVI I1dO ALHEVA 8 8 amp YAILAC 3S9NVCNOSV d I409S SS e Dese 9 gd ds ug d d a sg duu ut wm O re Le S gaa 4 s 8 L L L amp S E s S s s S E z E s S L E z 2 L L z L L x v Ge Cy C9 C CY sf U s lt sp dg sf sg gt og G G Q Oe e r N EU cn O9 vr gg sg Uu U U CD C CQ Q Q e er w Dsg u c f d tn A lt r vg d D DD Q GQ Oe Dsg LO Cn uy uy uy Uy C D CY CQ Q e e w ee e si a KL Oo m Q O F lt 1 F lt O LD D GO LOG uy wu iD u u e f sf lt lt st d doo o oo oo M GQ Q D r U U s Qy DO oo e D De Oe S 5 ds op ep s ji nuslod sowwndo speScuepuoqkg sop enbiBo odAjoi sues ne sjeuipnuBuo uonRedei XXX neSIqeL ANNEXE 9 estimation moyenne de l investissement en temps par type d investigation occupation du sol selon la taille du
16. ches d inventaires sur l ensemble du cours principal et les affluents principaux les p ches d inventaires les pr l vements de macroinvert br s les analyses physico chimiques de l eau et la description de l habitat risques de crues entrainant des modifications importantes de l habitat sont r alis es la m me ann e ann e n 1 ann e n J pr voir de ne pas aleviner le bassin d tude AAPPMA l ann e de r alisation des p ches recherche et synth se de donn es existantes d finition des tron ons d finition des stations d tudes p ches d inventaires camapgnes physico chimiques Figure 10 chronologie synth tique et th orique d acquisition des donn es A titre informatif l estimation de l investissement en temps n cessaire pour la r colte des donn es est pr sent e par type d investigation en annexe 9 V Co ts pr visionnels Certaines donn es recueillies l chelle d partementale peuvent tre chiffr es de mani re ind pendante le co t du diagnostic g n tique est de 90 station soit 13 500 r partis sur 2 ou 3 ans pour le d partement de la Haute Savoie o environ 150 stations ont t tudi es Le co t total de l valuation de l efficacit du repeuplement et du recrutement naturel par marquage des otolithes est de 80 000 sur 5ans Le co t moyen de l application de cette m thodologie calcul sur la base des diagnostics d j r al
17. commune En ce qui concerne la truite commune cette image du stock peut tre compl t e par le calcul de la r partition des densit s et biomasses repr sent es par les juv niles 0 de l ann e les sub adultes et les adultes 3 L identification des juv niles 0 est ais e dans le cas o aucun alevinage n a t pratiqu l ann e de la r alisation des p ches d inventaires Les limites de tailles permettant l estimation des individus juv niles 0 et adultes potentiellement m tures 3 peuvent galement tre fix es par l utilisation des formules de r tro calcul mise au point sur le d partement de la Haute Savoie figure 5 Caudron er al 2006a V 5 5 Analuse de la structure de la population de truite commune La structure de la population de truite est galement tudi e par l interm diaire de l histogramme fr quence taille qui peut tre ventuellement compl t par l information concernant l ge des poissons d fini par la scalim trie ou par les mod les de r tro calcul 29 figure 18 Les cohortes d ficitaires peuvent tre un indice pr cieux dans la pr cision de certains m canismes perturbant la population En outre nous effectuons une comparaison des fr quences de tailles relatives des populations chantillonn es une fr quence moyenne standard figure 19 tablie sur le territoire de la Haute Savoie sur la base de 209 r sultats de p ches d inventaires entre 1995
18. d partemental L organisation puis le traitement crois de l ensemble des donn es r colt es puis trait es aux diff rentes chelles et sur les diff rents compartiments tudi s est r alis e par l interm diaire d un SIG Les SIG permettent de coupler des informations diverses figure 20 sur un large territoire et facilitent la recherche de facteurs se traduisant par des effets d tectables au niveau g ographique Pr sentation du g notype des populations sur le r seau en relation avec les obstacles la migration Localisation des obstacles la migratio Localisation des r sultats g n tiques R seau hydrographique Figure 20 illustration du principe de superposition des couches d informations diverses permettant une analyse spatialis e des donn es SIG 32 II Etapes n cessaires la proposition d un plan de gestion L id e est de passer par un filtre de questions permettant d aboutir des propositions 1 Les conditions pr sentes sur le bassin versant permettent elles d avoir une population fonctionnelle sur l ensemble du bassin Uniquement sur certains secteurs Etant donn e les diff rents r sultats obtenus aux diff rentes chelles d tude et sur les divers compartiments tudi s les exigences biologiques et cologiques de la truite ses diff rents stades de vie figure 21 sont elles remplies reproduction juv nile CYCLE DE VIE Truite s
19. de conna tre la variabilit spatiale de la croissance sur l ensemble du r seau hydrographique Une forte variabilit spatiale de la croissance est observable et les zones de croissance homog nes figure17 identifi es sur le d partement montrent de fort gradient amont aval r p t s sur diff rents bassins versants et une relation entre la croissance et 3 principaux param tres du milieu figure 18 altitude pente du cours d eau et distance la source 28 Bonneville N ve Taille moyenne r tromesur e 2 ans s lB 115 mm E 150 mm 12 5 25 E 170 mm 2 LJ 185 mm Kilom tres E 255mm Figure 17 repr sentation cartographique des diff rentes zones de croissance sur le d partement de la Haute Savoie partir des tailles r tromesur es 2 ans 2 MODELES DE RETROCALCULS POUR LE DEPARTEMENT DE LA HAUTE SAVOIE LT2 272 30 3 47 Valt 1 985 pente 62 de la variance expliqu e p lt 0 001 LT3 351 37 4 704 Valt 0 001 dist source 2 8 pente 67 5 de variance expliqu e p lt 0 001 Avec LT2 taille r tromesur e 2 ans et LT3 taille r tromesur e 3ans en mm Alt en m Dist Source en km Pente en Figure 18 relation entre la croissance et 3 principaux param tres du milieu altitude pente du cours d eau et distance la source tablie pour le d partement de la Haute Savoie sut la base de 5670 truites d ge 0 6 V 3 2 Compl ment l estimation du stock de truite
20. de qualit des eaux pour les poissons d eau douce europ ennes EIFAC Technical paper nq1 13p Feist Peeler Gardiner Smith et Longshaw 2002 Proliferative kidney disease and renal myxosporidiosis in juvenile salmonids from rivers in England and Wales Journal of Fish Diseases 25 451 458 Gaillard 2009 Recensement des ouvrages transversaux sur le r seau hydrographique de Haute Savoie et continuit piscicole campagne 2009 30p annexes Gay Okamura et De Kinkelin 2001 Evidence that infectious stages of Tetracapsula bryosalmonae for rainbow trout Oncorhynchus mykiss are present throughout the year Diseases of Aquatic Organisms 46 31 40 Gillet 2001 Le d roulement de la fraie des principaux poissons lacustres pp 167 185 In gestion piscicole des grands plans d eau Gerdeaux Ed INRA Paris 241p 36 Grall et Hily 2003 Traitement des donn es stationnelles faune 10p http www rebent org medias documents www contenu pdf document Fiches_techniques FT10 2003 01 pdf Haywood 1983 Ammonia toxicity in Teleost Fishes a review Canadian technical report of fisheries and aquatic sciences n1177 35p Huchet 2009 Etude compl mentaire au diagnostic DCE sur le lac de reference d Anterne Etude de la contamination toxique dans les poissons de deux lacs d altitude comparaison avec les grands lacs alpins Rapport FDP74 09 05 15 D annexes Disponible sur http www pechehautesavoie com telechargement1_bis php
21. dentaire adulte Figure 21 sch matisation du cycle de vie de la truite commune Stade reproduction Quantit de g niteurs suffisante Substrats de fraie disponible Quantit Qualit Observation de fray res pr sence absence densit Stade embryo larvaire p riode sensible Y a t il des facteurs pouvant compromettre la r ussite du recrutement naturel temp ratures dur e d incubation trop longue atteinte de temp ratures l tales qualit de l eau mati re azot e phosphates qualit des s diments pr sence d l ments toxiques colmatage ph nom ne hydrologique crues importantes mobilisant les s diments Stade juv niles adultes Capacit d accueil Disponibilit des habitats juv niles adultes repos alimentation Disponibilit en nourriture Capacit de maintien Qualit du milieu T Oxyg ne dissous mati re en suspension azote phosphates Pr sence de facteurs d agression pouvant entra ner une mortalit agents pathog nes bact ries parasites agents toxiques Possibilit de d placement montaison d valaison 33 2 Les donn es dont on dispose nous permettent elles de conna tre les causes de disfonctionnements S non mi En fonction des probl mes soulev s quelles possibilit s pour le gestionnaire tableau 6 POSSIBILITE D ACTIONS COMPARTIMENTS ETUDIES STATUS DU GESTIONNA
22. es 1 5 au max N nxn hospitalit globale de la station de 0 40 Cs Support dominant Cv Classe de vitesse associ e au substrat dominant H Cs x Cv le couple dominant sur la station de 0 45 C s Support le plus biog ne C v classe de vitesse associ e au substrat le plus biog ne H C s x C v le couple le plus lev inventori sur la station de 0 45 m NN VH VH Coefficient morphodynamique de 0 20 m 2 16 hospitalit tr s bonne 16 gt m 2 14 hospitalit bonne 14 gt m gt 12 hospitalit m diocre 12 gt m 2 10 hospitalit mauvaise m lt 10 hospitalit tr s mauvaise Annexe 7 limite des classes d abondance num riques et pond rales estim es du stock en place obtenues par p che par enl vement successif CSP DR5 1995 Classes de densit s estim es nb ind 10 ares soit 1000 m2 Classes de biomasses estim es kg ha 2000 4000 31 50 63 00 126 00 5 10 10 20 40 50 100 35 00 70 00 140 00 39 78 9 50 19 00 38 00 8 16 2 50 5 00 10 00 40 80 0 32 0 64 1 28 304 8 00 16 00 32 00 70 140 0 80 1 60 3 20 240 5 50 11 00 22 00 18 36 9 00 18 00 36 00 9 18 15 00 30 00 60 00 8 16 5 00 10 00 20 00 9 18 12 50 25 00 50 00 10 00 20 00 40 00 38 00 76 00 152 00 0 60 1 20 2 40 0 20 0 40 0 80 55 00 110 00 220 00 10 00 20 00 40 00 6 50 13 00 26 00 50 00 100 00 200 00 16 00 32 00 64 00 12 50 25 00 50 00 0 25 0 50 1 00 16 50 33 00 66 00 2 00 4 00 8 00 1 00 2 00 4 00 0 5 1
23. et 2006 sur 154 stations d tudes r parties sur l ensemble du d partement Cette m thode d analyse exclue les individus juv niles lt 130 mm qui sont soumis de trop fortes variations interannuelles Cette m thode comparative est int ressante utiliser en compl ment des traitements pr c dents car elle permet de visualiser l tat de la structure de la population par rapport un standard sur une zone d tude pr alablement d finie Elle permet de mettre en vidence certains d s quilibres d ordres naturels d ficit de recrutement mortalit s ou li s gestion halieutique sur ou sous exploitation par la p che Caudron et Catinaud 2008 70 60 50 40 30 20 0 En 130 200 200 249 250 299 300 350 350 400 sup 400 Classe de taille mm Fr quence Figure 19 fr quence moyenne standard pour la truite commune d velopp e pour le d partement de Haute Savoie V 3 4 Scalim trie L acquisition de donn es scalim triques n est pas obligatoire pour la r alisation d un plan de gestion Elles peuvent cependant tre utiles outre pour leur int r t dans l analyse de la structure de taille de la population pour valuer la validit de la r glementation en vigueur en ce qui concerne la taille l gale de capture L optimisation du choix de cette derni re n cessite en outre la connaissance des relations taille ge et maturit sexuelle Les
24. o o 1 nov 8 nov 15 nov 22 nov 29 nov 6 d c 13 d c 20 d c 27 d c 3 janv 10 janv Figure 13 pourcentages cumul s de fray res observ es quotidiennement pendant toute la p riode de reproduction sur trois cours d eau de Haute Savoie Redon Chevenne Morette localis s entre 400 et 1200 m d altitude 11 3 ANALYSE DES RESULTATS Les donn es de fray res observ es sont int gr es sous le SIG puis retranscrites en densit par secteurs homog nes Une comparaison cartographique entre les fray res potentielles et observ es permet d valuer le niveau d utilisation des zones de reproduction qui peut dans certains cas tre limitant pour la population Ces r sultats seront galement utilis s dans le cadre de l valuation du recrutement naturel 15 R colte et traitement des donn es l chelle de la station I Qualit physico chimique de l eau LI RECOLTE ET TRAITEMENT DES DONNEES La qualit physico chimique de l eau est valu e sur chaque station par une analyse des param tres suivants Temp rature C Oxyg ne dissous mg l et taux de saturation 02 pH Conductivit uS cm Duret calcique mg l Duret magn sienne mg l Azotes NO2 NO3 et NH4 en mg l _ Orthophosphates PO4 en mg l Les chantillons d eau sont analys s en laboratoire Elles peuvent tre r alis es par des tests destin s aux analys
25. r sultats obtenus sur le d partement de la Haute Savoie traduisent une forte variabilit de la croissance au sein du r seau hydrographique et sugg re que la croissance est fortement influenc e par les facteurs simples du milieu tels que l altitude la pente et la distance aux sources CF V 3 1 3 p 28 Des lectures d cailles sont pratiqu es sur un chantillon d au minimum 30 individus de tailles contrast es sur le secteur o l on souhaite disposer de ces donn es les pr conisations de pr l vements et de lectures sont pr cis es par Ombredane et Baglini re 1992 30 V 3 5 F tat sanitaire de la population en place V 3 5 1 Dosage des m taux et des PCB dans la chair et les visc res des poissons Ce type d analyse est relativement co teux n est r alis que s il se justifie pr sence d activit s polluantes secteur d altitude Dans ce cas les analyses sont effectu es individuellement et la chair et les visc res sont analys s s par ment par des laboratoires sp cialis s Les mol cules recherch es sont les PCB PCB indicateurs et PCB dioxin like et les 7 m taux suivants le Cadmium Cd le Chrome Cr total le Cuivre Cu le Mercure Hg le Nickel Ni le Plomb PB et le Zinc Zn Les poissons analys s peuvent tre chantillonn s lors de la r alisation des p ches d inventaires chaque individu pr lev est identifi par un num ro de r f rence mesur l
26. 9 2005 afin de d crire la qualit globale du lit et des berges LI RECOLTE ET TRAITEMENT DES DONNEES En premier lieu le cours d eau est d coup en tron ons homog nes Ensuite l ensemble du lin aire du cours principal est parcouru au d bit d tiage afin de relever les caract ristiques principales des conditions d habitat lorsque les niveaux sont les plus bas situation contraignante Ce relev est effectu de l aval vers l amont au fur et mesure de la progression sont not annexe 2 les faci s Malavoi et al 2002 et leurs principales caract ristiques longueur mesur e au moyen d un topofil largeur moyenne estim e substrats dominant secondaire le plus gros chelle de Wentworth 1922 pr sence et qualit de caches la pr sence et l accessibilit de syst mes lat raux affluents bars secondaires les informations relatives aux berges hauteur pr sence et tat de la ripisylve intensit de l ombrage fournie par la ripisylve pr sence de figures d rosion Les perturbations observ es pr sence de colmatage obstacle au franchissement pr sence de rejets de pr l vements de zones d grad es am nag es pr sence d esp ces v g tales invasives Les hauteurs d eau et vitesses de courant moyenne estim es par faci s sont r parties en cinq classes selon les limites suivantes tableau 3 d apr s m thode d analyse de la qualit physique l
27. D oui D bit non Nom de l ouvrage ouvrage non r pertori ouvrage n existant plus lt module Autre s Lieu dit Rive d acc s RD RG Y Ouvrage Principal Usages actuels 112 Buse cadre Production hydro lectrique instal en tat de fonctionner seuil paroi verticale Navigation seuil paroi inclin e Prise d eau AEP ou soutien nappe pour AEP seuil enrochements liaisonn s Pisciculture seuil enrochements libres Lutte contre les inondations Barrage vannes mobiles Prise d eau irrigation Radier de pont Stabilit du profil en long lutte contre l rosion Autres Eege Franchissement infrastructure route rail Agr ment loisirs Pr sence d une rehausse oui non H AUCUN USAGE av r actuellement P lt 0 5 Autre s 1 Profondeur de la fosse d appel 0 5 lt P lt 1 0 Zari M P gt 1 0 Hauteur de chute mesur e jour visite m NP non pertinent NP Hauteur de chute max tiage estim e m Largeur de l ouvrage au point haut m estim mesur Commentaire Existence de passe s poissons 0 1 2 Pr cisions RG RD esp ces cibl es Ann e s construction Type s Efficacit suppos e Nulle Possible Certaine Efficacit v rifi e Nulle Possible Certaine Entretien Ne sait pas Nul Rare R
28. Guidelines for electric fishing best practice Environment Agency R amp D Technical report W2 054 TR 127p annexes Disponible sur http publications environment agency gov uk pdf sw2 054 tr e e pdf Bovee 1982 A guide to stream habitat analysis using the instream Flow Incremental Methodology Instream Flow Information Paper n12 FWS OBS 82 86 U S D S Fish and Wildlife Service Office of biological Services Fort Collins Collorado Burkhardt Holm Peter et Segner 2002 Decline of fish catch in Switzerland Project fishnet a balance between analysis and synthesis Aquatic Sciences 64 36 54 Caudron 2008 Etude pluridisciplinaire des populations de truite commune Salmo trutta L des torrents haut savoyards soumises repeuplements diversit intra sp cifique valuation de pratiques de gestion et ing nierie de la conservation de populations natives Th se 180p annexes disponible sur http www pechehautesavoie com telechargement1 bis php categ 10 Caudron et Champigneulle 2007 Evaluation grande chelle de l efficacit du repeuplement et comparaison des caract ristiques des truites Sa mo trutta L sauvages et introduites dans les rivi res de Haute Savoie Rapport final 2002 2006 Rapport SHL 274 2007 et FDP74 07 06 68p annexes disponible sur http www pechehautesavoie com telechargement1_bis php categ 1 Caudron et Catinaud 2008 Utilisation des fr quences de taille relative pour valuer les struct
29. IRE Acune incidence GESTION PISCICOLE Impacts sur populations naturelles Pression anthropique faible ou non limitante OCCUPATION DU SOL Activit s polluantes Contexte non limitant NATURE GEOLOGIQUE Roche meuble boulement Qualit suffisante HABITAT PHYSIQUE Qualit naturellement insuffisante Qualit d grad e Aucun param tre limitant PHYSICO CHIMIQUE un ou plusieurs param tres limitants Qualit suffisante HYDROBIOLOGIQUE Qualit insuffisante Pas limitant THERMIQUE Limitant Absence ou pr sence limit e TOXIQUES DANS LE MILIEU Pollution av r e Pas ou faible contamination TOXIQUES DANS LES POISSONS forte contamination Absente PATHOLOGIE PKD p r sente Tableau 6 synth se des possibilit s d actions pour le gestionnaire en fonction des probl matiques identifi es 3 Hi rarchisation et planification des actions mettre en uvre sur une dur e de Sans plan de gestion III Suivi du plan de gestion L efficacit du plan de gestion mis en place pour une dur e de Sans est valu e au bout de 3 ans ce qui permet d en constater les premiers effets et donc de le confirmer ou de le r orienter Ce suivi porte sur le compartiment piscicole il est r alis par p ches lectriques d inventaires sur un certain nombre de stations d tudi es lors du diagnostic initial Un bilan est effectu selon le m me proc d au bout de 5 ans
30. RB rosion de bancs AFF fluent affluents FAF fosse d affouillement bras secondaire BRC courant Artificialisation RE Recalibrage BRM bras mort CU Curage G Gabion Connectivit EN Enrochement TEMP temporaire PP Palplanche TB Tunage bois PERM permanente B B ton F Fascinage Enyi V v g talisation M autre Procne CUL Culture PRC Prairie cl tur e Ombrage PNC Prairie non cl tur e 0 Nul FOR Forestier 1 Moyen Se 2 Important URB Urbanis IND Industriel Ripisylve 0 Pas de v g tation 1 V g tation sans arbre 2 V g tation avec arbre Annexe3 valeurs seuils utilis es pour les diff rents param tres physico chimiques de l eau pris en compte partir desquels des effets n gatifs apparaissent pour les salmonid s d apr s Caudron 2006a Effets sur les salmonid s Mati res en Suspension MES Conductivit lectrique DBO 5 Duret totale Saturation en Particules solides fines min rales ou organiques Proviennent de l rosion du sol et des berges surtout abondantes en p riode de crue Peut tre induite par une pollution m canique ou organique D pend de l origine g ologique du sous sol et de la couverture p dologique Pollution d orgine industrielle Proportionnelle la quantit des sels ionisables dissous D pend du degr de min ralisation d une eau Les valeurs anormales sont signes de pollutions Permet de consid rer la charge organique en estiman
31. a contribution du repeuplement en truite Salmo trutta L r alis des stades pr coces dans le bassin amont du Fier 74 Bulletin Fran ais de la P che et de la Pisciculture 365 366 455 469 Champigneulle Melhaoui Maisse Baglini re Gillet et Gerdeaux 1988 Premi res observations sur la truite Salmo trutta L dans le Redon un petit affluent fray re du Lac L man Bulletin Fran ais de la P che et de la Pisciciculture 310 59 76 Champigneulle Largiader et Caudron 2003 Reproduction de la truite Salmo trutta L dans le torrent de chevenne Haute Savoie Un fonctionnement original Bulletin Fran ais de P che et Pisciculture 369 41 70 Chasserieau 2010 Recensement des ouvrages transversaux sur le r seau hydrographique de Haute Savoie et continuit piscicole Disponible prochainement sur http www pechehautesavoie com telechargement1 php Canning Curry Feist Longshaw et Okamura 1999 Tetracapsula bryosalmonae n sp for PKX organism the cause of PKD in salmonid fish Bulletin of the European association of fish pathologists 19 203 206 Conseil sup rieur de la p che 1995 Limites des classes de densit num rique et pond rale estim e du stock en place Crisp 1992 Measurement of stream water temperature and biologiacal applications to salmonid fishes grayling and dace Freshwater biological association occasional publication N29 72p Crisp 1996 Environmental requirements of common riverine European
32. a liste faunistique et en conservant la m me vari t taxonomique permet ainsi de juger de la fiabilit de la note IBGN L indice d aptitude biog ne cb2 Verneaux 1982 est galement calcul Cet indice plus robuste du fait de sa prise en compte de la densit des taxons gt 3 individus et d un r pertoire faunistique plus important 92 taxons indicateurs annexe 5 a galement l avantage de distinguer deux indices l indice nature et l indice vari t Leur contribution respective la note totale apporte une information int ressante quant la participation de la qualit physico chimique de l eau In ou de l habitat Iv sur l hospitalit du milieu Afin de faciliter l interpr tation du cb2 et notamment de PDP un coefficient morphodynamique m est calcul Il permet d valuer la qualit de l habitat en fonction des couples substrat vitesse inventori s sur la station Les modalit s de calcul de ces indices et la liste faunistique associ e sont pr sent es en annexe 6 Ces m thodes d analyses simplifi es des communaut s benthiques g n ralement exprim es sous forme indicielle permettent d appr cier l volution dans l espace et dans le 22 temps de l aptitude biog ne globale des sites d eau courante Toutefois leur degr de sensibilit est insuffisant pour mesurer quantitativement l impact de plusieurs cat gories de perturbations De plus le niveau de d termination la
33. bassin a accessibilit des donn es historique repeuplement recensement fray res recensement ouvrages mesure des ouvrages descrition habitat physique faci s physico chimie qualit s diment suivi thermique pose rel ve 8 4 d ter au genre cours d eau lt 5m p che lectrique cours d eau 5 15 m cours d eau gt 15 m NP non pr cis 15 20 km jours 15 20 km jours 15 20 ouvrages jours 1 jours campagne de mesure 15 20 enregistreurs jours 6 8 stations jours 2 3 jours par stations 6 8 stations jours 2 statiosn jours
34. categ 9 Huchet 2007 Plan de conservation des populations d crevisses pieds blancs Austropotamobius pallipes du basin versant des Usses Haute Savoie diagnostic et proposition de gestion Rapport FDP74 07 07 202p annexes Disponible sur htip www pechehautesavoie com telechargement1 bis php categ 2 Humpesch 1985 Inter and intra specific variation in hatching success and embryonic development of five species of salmonids and Thymallus thymallus Archiv f r Hydrobiologie 104 129 144 INERIS 2005 Fiches de donn es toxicologiques et environnementales des substances chimiques http www ineris fr index php module cms amp action getContent amp id heading object 3 Laikre Antunes Apostolidis Berrebi Duguid Ferguson Garcia Marin Guyomard Hansen Hindar Koljonen Lardiad r Martinez Nielsen Palm Ruzzante Ryman et Triantaphyllidis 1999 Conservation genetic management of Brown trout Salmo trutta in Europe Report by the concerted action on identification management and exploitation of genetic resources in the Brown trout Salmo trutta Troutconcert EU FAIR CT97 3882 91p Malavoi 2002 Note technique Description standardis e des principaux faci s d coulement observables en rivi re cl de d termination qualitative et mesures physiques Bulletin fran ais de la p che et de la pisciculture 365 366 357 372 Malavoi 1989 Typologie des faci s d coulement ou unit s morphodynamiques d
35. crutement naturel et des repeuplements Caudron et Champigneulle 2007 nous a permis d identifier des dur es seuils par phases de vie embryo larvaire au del desquelles l mergence des alevins naturels semble compromise Les dur es d accomplissement de ces phases de d veloppement sont d autant plus longues que la temp rature de l eau est basse ainsi les diff rents seuils identifi s par phase sont incubation 130 jours 4 mois et demi r sorption 50 jours 1 mois et demi phase de vie embryo larvaire incubation r sorption 180 jours 6 mois au del de ces dur es les chances d mergence des alevins sont consid r es comme extr mement faibles De mani re plus approximative les dur es cons cutives maximales tol r es au del de 15 C et en de a 1 5 C durant la phase de vie sous gravier sont respectivement de l ordre d une 20 trentaine d heures pour les fortes temp ratures gt 15 C et d une vingtaine de jours pour les faibles temp ratures 1 5 C Ces seuils d interpr tation sont bas s sur des observations faites sur le d partement de la Haute Savoie ainsi ils n ont qu une valeur locale Les caract ristiques thermiques obtenues sur chacune des stations pour les variables cit es pr c demment permettent de conna tre l aptitude du milieu accueillir ou non une population fonctionnelle de truite En effet le d passement prolong du seuil de confort l existe
36. d partement il ressort une corr lation forte entre le nombre de stations d tude et les caract ristiques g n rales du bassin versant surface du bassin hydrographique en km et lin aire du r seau hydrographique en km figure 9 70 relation surface BV km nombre de stations d tude 60 8 0 0089 H x 50 y Sie Se R 0 8343 S 40 8 30 T relation lin aire RH km nombre de 20 stations d tude 10 y 4 5267600 0 i R 0 956 0 50 100 150 200 250 300 lin aire RH km surface BV km Figure 9 volution du nombre de station d tude en relation avec les caract ristiques du bassin versant tudi surface du bassin versant en km vert et lin aire du r seau hydrographique principal en km bleu IV Calendrier pr visionnel La qualit du diagnostic d pend troitement de la chronologie d acquisition des donn es figure 10 ainsi pour extraire le maximum d information des donn es r colt es il est demand l AAPPMA gestionnaire de ne pas pratiquer de repeuplements l ann e de r alisation des p ches ce qui permet d valuer le recrutement naturel de l ann e les enregistreurs thermiques sont pos s l ann e pr c dente printemps ou automne n 1 pour avoir minima l hiver pr c dent les p ches d inventaires et sur les stations inventaire des relev s de fray res sont effectu s l hiver pr c dent les p
37. e cadre de la d marche de diagnostic pratiqu e l approche utilis e consiste suivre l volution longitudinale des distributions de fr quences des notes d affinit s pour les diff rentes modalit s d un trait ce qui permet de noter l volution des fonctions biologiques ex taille maximale nombre de g n rations par ans modalit s de reproduction forme de r sistance mode d alimentation physiologiques ex respiration temp ratures valeur saprobiale ou cologiques pr f rendum des microhabitats distribution longitudinale mode de locomotion Ces volutions perceptibles sur le peuplement informe notamment sur l volution des conditions du milieu Cette m thode d analyse de la diversit fonctionnelle est moins pr cise que l analyse quantitative mais elle l avantage d tre moins sensible aux variations saisonni res et spatiales Bady et al 2005 En outre l utilisation des traits biologiques permet une comparaison des stations bas e sur une approche reproductible gt Ces trois approches indicielle semi quantitative et fonctionnelle apportent toutes des l ments compl mentaires l interpr tation des r sultats qui sont respectivement pour les plus importants la possibilit d une comparaison avec les donn es historiques une approche cologique bas e sur les caract ristiques individuelles des populations des divers taxons et une approche reproductible consid ran
38. ement H 4 5 ou 5 pour les peuplements les plus diversifi s avec s richesse taxonomique Ni effectif du taxon i dans l chantillon N effectif total de l quitabilit E Pielou 1966 permet de mesurer l quitabilit quir partition r gularit des effectifs des taxons du peuplement par rapport une r partition th orique gale pour l ensemble des esp ces Hmax Cet indice correspond au rapport de la diversit observ e dans l chantillon H une distribution de fr quence des taxons compl tement gale effectifs gaux Cet indice varie entre 0 une seule esp ce domine et 1 toutes les esp ces ont la m me abondance Insensible la richesse sp cifique il est tr s utile pour comparer les dominances potentielles entre stations ou entre dates d chantillonnage avec Hmax 1092 S Le calcul de ces indices fournit une indication suppl mentaire et synth tique permettant de comparer la diversit et l quilibre de la structure des peuplements observ s sur les diff rentes stations d tude 23 WN3a Analyse des traits caract ristiques du peuplement Cette approche compl mentaire vise mieux comprendre les r ponses des communaut s benthiques face aux variations de l environnement par l interm diaire du classement des organismes en groupe fonctionnels ou par rapport leurs pr f rences cologiques Les r ponses des diff rents groupes de la commu
39. es cette chelle permettent de mettre en vidence une grande partie des facteurs potentiellement perturbateurs du milieu et de la fonctionnalit des populations Ce travail permet de mieux d finir les investigations r aliser des niveaux plus pr cis X Les tron ons correspondent des unit s structurales homog nes La sectorisation du lin aire en tron ons homog nes est r alis e sur la base de caract ristiques physiques et g omorphologiques Les crit res utilis s sont les changements de pente les confluences d gale importance les changements importants d occupation des sols ou de substrat g ologique ou de gestion des d bits cas o il existe une exploitation hydro lectrique Les tron ons ainsi d finis sont th oriquement homog nes en termes de dynamique de succession des faci s et donc de communaut s vivantes X Les stations sont d finies de fa on ce que les faci s pr sents leurs r partitions ainsi que leurs recouvrements soient repr sentatifs du tron on consid r Ainsi les investigations men es l chelle de la station peuvent tre extrapol es l chelle du tron on En r gle g n rale pour s assurer de sa repr sentativit la longueur d une station correspond entre 10 et 20 fois la largeur du lit mineur A ces diff rentes chelles diff rents descripteurs sont tudi s tableau 1 Descripteurs BV UGC Tron on Station Tee Caract ristique BV ol
40. es lectriques d inventaires Un grand merci aux p cheurs b n voles pour l aide qu ils nous apportent sur le terrain leur enthousiasme et leur disponibilit SOMMAIRE Introduction Pr sentation de la d marche Pr alables l tude I D finition du bassin versant unit de gestion coh rente II D finition des tron ons homog nes III D finition des stations d tude IV Calendrier pr visionnel V Co ts pr visionnels R colte et traitement des donn es l chelle du Bassin Versant I Contexte climatique et r gime hydrologique II Caract ristiques physiques du r seau hydrographique III Analyse de la structure g ologique du BV IV Analyse de l occupation des sols V Historique des pratiques de repeuplement R colte et traitement des donn es l chelle du tron on I Description de l habitat II Recensement des zones de reproduction de la truite commune R colte et traitement des donn es l chelle de la station I Qualit physico chimique de l eau II Recherche d l ments toxiques dans les s diments III M tabolisme thermique et typologie IV Etude du compartiment macrobenthique V Etude du peuplement piscicole Traitement des r sultats I Int gration des donn es au syst me d information g ographique d partemental II Etapes n cessaires la proposition d un plan de gestion III Suivi du plan de gestion Bibliographie Annexes O D N Uu
41. es agricoles rosion gouti res et toitures imprimerie m tallurgie insecticides peintures e C24H3804 Symbole DEHP Phtalates substance tr s toxique pour l environnement aquatique arr t du 02 02 1998 relatis aux installations class es Cr 3 et Cr 6 tr s toxique pour les organismes aquatiques et pouvant entra ner des effets n fastes long terme sur l environnement aquatique CEE Seuil de pollution l g re non d termin e lt 40 mg Kg sols non d termin e 0 7 mg Kg ms lt 100 mg Kg non d termin e 5 2 mg Kg ms 1 9 mg Kg ms substance dangeureuse prioritaire directive europ enne 2000 60 CE tr s toxique pour les organismes aquatiques et pouvant entra ner des lt 50mg Kg 0 8 mg Kg m s 9 3 mg Kg m s effets n fastes long terme sur l environnement aquatique CEE S Sai SCH substance dangeureuse prioritaire non d termin e Heer directive europ enne 2000 60 CE 4 mg Kg m s 6 8 mg Kg m s non d termin e lt 0 4 mg Kg m s 0 13 mg Kg ms 0 7 mg Kg ms substance prioritaire directive lt 20 Mg Kg europ enne 2000 60 CE 0 7 mg Kg ms substance prioritaire actuellement en examen directive europ enne 2000 60 CE non d termin e 71 mg Kg sols calcaire 4 1 mg Kg ms 70 140 mg Kg aucune 124 mg Kg ms mati res plastiques PVC cosm tiques Seuil de pollution nette 7 mg Kg ms 52 mg Kg ms 19 mg Kg ms 0 7 mg Kg ms
42. es cours d eau haute nergie Bulletin fran ais de la P che et de la Pisciculture 315 189 210 Massa 2000 S diments physico chimie du compartiment interstitiel et d veloppement embryolarvaire de la truite commune Salmo trutta L Etude en milieu naturel anthropis e et en conditions contr l es Th se de doctorat universit de Paris VI 179p Meed et Agence de l eau RMC 2003 Syst me d valuation de la qualit de l eau des cours d eau grilles d valuation SEQ EAU version2 40p Mission interminist rielle inter agences de l eau 1990 r seau des donnes sur l eau RNDE Grille de qualit des eaux multi usages Nisbet et Verneaux 1970 Composantes chimiques des eaux courantes Discussion et proposition de classes en tant que bases d interpr tation des analyses chimiques annales universit Franche Comt t 6 fasc 2 pp 161 190 Ombredane et Baglini re 1992 Les cailles et leur utilisation en cologie aquatique In Baglini re Castanet Conand Meunier Eds Tissus durs et ge individuel des vert br s 151 192 Colloques et S minaires ORSTOM INRA Ombredane et Richard 1990 D termination de la zone optimale de pr l vement d cailles chez les smolts de truites de mer Salmo trutta L Bulletin fran ais de la p che et de la pisciculture 319 224 238 Ovidio Capra et Philippart 2007 Field protocol for assessing small obstacles to migration of brown trout Salmo trutta and Euro
43. es de routine qui ont l avantage d tre peu on reux et d offrir une grande autonomie Cependant si l on souhaite disposer d analyses plus pr cises il est pr f rable de se rapprocher d un laboratoire d analyse Les mesures du pH de la conductivit et de l oxyg ne sont effectu es sur site au moment des pr l vements l aide d un bo tier multisonde 1 2 ANALYSE DES RESULTATS 2 1 caract risation de la qualit physico chimique du milieu Les r sultats des analyses physico chimiques de l eau sont interpr t s sur la base des classes du SEQeau Meed et Agence de l eau RMC 2003 Mission interminist rielle 1990 mais plus particuli rement sur la base d autres valeurs issues de la litt rature scientifique Verneaux et Nisbet 1970 2 2 caract risation de la qualit phusico chimique vis vis des salmonid s q py q L analyse des r sultats physico chimique vis vis des populations de truites est bas e sur une synth se bibliographique de valeurs seuils issues de la litt rature partir desquels des effets n gatifs pour les salmonid s sont observ s annexe 3 Caudron et al 2006b Etant d montr que la forme toxique affectant les poissons est la mol cule d ammoniac non ionis NH3 et non lion ammonium Trussell 1972 FAO 1971 Haywood 1983 la concentration d azote ammoniacal est calcul e partir des concentrations d ammonium des valeurs de pH et de temp ra
44. et plus particuli rement les consid rations relatives aux tats fonctionnels des populations d finis dans le cadre du PDPG figure 4 L acquisition de nouvelles donn es pourra ventuellement nous amener reconsid rer localement le d coupage des unit s actuelles Carte des contextes piscicoles du d partement de la Haute Savoie somicole perturb ISolmonicole d grad 6 souches identifi es P Dranses E Usses Ex Fier Filli re EM Polygone Kilom tres D partement de la Savoie Figure 4 comparaison entre les contextes piscicoles d finis dans le cadre du PDPG a et les unit s de gestion actuelles d apr s Vigier et Caudron 2007 b sur le d partement de la Haute Savoie Par souci de simplification l expression bassin versant sera utilis e dans les parties suivantes pour exprimer l unit de gestion coh rente choisie II D finition des tron ons homog nes La d finition des tron ons homog nes est le r sultat de la superposition de diff rentes informations figures ruptures de pente rouge et changement de la nature du substrat g ologique vert identifi es sur le profil en long a et b changement de d bit important affluence importante d bits r serv s li s l exploitation hydro lectrique et ou pr sence d obstacle la migration c changement majeur d occupation des sols d Une reconnaissance de terrain p
45. eufs lt 30 mg l en p riode d tiage hivernal lt 75 mg l pour les autres saisons hors p riode de crue Le caract re trop acide ou basique d une eau entra ne un effet direct d irritation provoquant des h morragies cutan es pouvant aller jusqu la mort Un pH lev accroit la toxicit de l ammoniaque Imp rativement comprise entre 6 et 9 Les sels dissous exercent une pression osmotique sur les organismes De fortes variations entra nent une migration voire recommand entre 150 des mortalit s Une brusque augmentation uS cm et 750 uS cm peut entrainer des l sions cellulaires branchiales La principale nuisance induite est la l haitabl baisse de la teneur en oxyg ne dissous lt a 9 mg sounaltabie La teneur en calcium agit directement sur gt 20 mg l pour assurer la productivit et la valeur nutritive des une productivit eaux minimale Le manque d oxyg ne se traduit par l asphyxie ou des baisses de performances croissance Une sous oxyg nation est galement un facteur important de stress imp rativement gt 70 de saturation La pr sence d azote ammoniacal sous sa forme non ionis e est tr s toxique pour les Imp rativement lt poissons Les pathologies branchiales 0 025 mg l entra nent tr s rapidement la mort De fortes teneurs en nitrites provoquent des l sions branchiales et une transformation de l h moglobine en Effets toxiques partir m th mog
46. eut tre n cessaire la validation de ces tron ons Aluvions r cents gt Distance la source km Affluence importante Zone rurale Obstacle infranchissable Prise d eau Centrale hydro lectrique one urbaine Figure 5 illustration sur un bassin th orique des diff rentes tapes de d finition des tron ons homog nes r alisation du profil en long et localisation des ruptures de pentes et des changements de la nature du substrat g ologique a retranscription de ces limites sur une cartographie b et exemple d int gration d autres donn es justifiant le d coupage de tron ons suppl mentaires confluences importantes d bits r serv s obstacle infranchissable c changements radical d occupation du sol d Les caract ristiques et crit res de d termination des tron ons selon la m thode pr sent e peuvent tre pr sent sous forme de tableau tableau 2 et ou report e sur le profil en long figure 6 Altitude amont Altitude Pente Longueur Crit re de d limitation Stations tron on m aval m km du tron on Ex confluence avec Nom de la station Tn affluent important repr sentative Tableau 2 Caract ristiques et crit res de d limitation des tron ons homog nes Rupture de Nature pente D g ologique Affluence a 4 Obstacle infranchissable Prise d eau Centrale hydro lectrique
47. famille s av re souvent trop impr cis pour d gager et diff rentier certaines causes de perturbations Compte tenu des limites de ces m thodes la m thode exp rimentale g n rique semi quantitative des peuplements benthiques adapt e de Bacchi 1994 est mise en uvre V 2 2 Analyse semi quantitative Sur la base d une liste faunistique plus compl te 12 placettes et d une d termination plus pouss e cette approche permet de comparer la structure de la communaut benthique sur la base de descripteurs simples vari t taxonomique S volution des effectifs et ou densit s pr sence absence de taxons volution longitudinale de la pr sence et de la repr sentativit des taxons ordres familles genres La caract risation objective de la diversit et de l quilibre de la structure du peuplement pr sent sur chaque station est effectu e par les calculs de l indice de Shannon et Wiener H Shannon 1948 qui permet d appr hender la fois l abondance et la richesse taxonomique Ind pendant de la taille de l chantillon l indice calcul informe sur la diversit l int rieure du peuplement la dominance marqu e d un taxon r v le une faible diversit alors que la codominance de plusieurs esp ces r v le une grande diversit Cet indice volue entre 0 diversit faible et log S dans le cas o toutes les esp ces pr sentes le sont avec une abondance quivalente g n ral
48. hoisis au hasard Ces travaux ont permis par l tude de l ADN nucl aire d identifier 6 souches natives g n tiquement diff rentes sur le d partement Les donn es g n tiques r colt es constituent la base de la gestion dans le d partement car chaque souche doit tre g r e ind pendamment les unes des autres ainsi les strat gies de gestion varie d un secteur l autre Vigier et Caudron 2007 Kilom tres Figure 15 localisation des secteurs chantillonn s et r partition des populations de truites autochtones de souche m diterran enne en 2005 In Caudron 2008 V 3 1 2 Evaluation des contributions du repeuplement et du recrutement naturel La r colte de ces r sultats a t effectu e dans le cadre de l valuation de la contribution du repeuplement et du recrutement naturel r alis e par la F d ration de p che 74 et l INRA de Thonon l chelle du d partement Caudron et Champigneulle 2007 La technique de marquage l alizarine red S ainsi que le protocole de traitement des otholithes sagittae en laboratoire pour d tecter les poissons marqu s est d crit par Caudron et Champigneulle 2006 Les alevins introduits ont t marqu s en pisciculture en 2002 2003 et 2004 A l automne de ces 3 ann es des pr l vements de truites ont t pratiqu s par p che lectrique de sondage sur des secteurs de rivi res concern s par les pratiques de repeuplement Afin d obtenir un chant
49. illon repr sentatif de la population en place sans mettre celle ci en p ril chaque secteur tudi a t prospect sur un lin aire de plusieurs centaines de m tres et des chantillons de truites ont t sacrifi s par exc s d anesth siant au hasard dans des gammes de tailles susceptibles de contenir les diff rentes cohortes recherch es Durant les trois ann es de suivis au total 4670 truites 0 r parties en 99 chantillonnages diff rents a t r colt sur 13 bassins diff rents figure 16 27 Km Figure 16 localisation des principaux lin aires repeupl s lin aire gris et des secteurs chantillonn s par bassin versant air grise sur le r seau hydrographique de Haute Savoie Zn Caudron 2008 Les r sultats obtenus sur les bassins tudi s sont compl mentaires aux recensements de fray res r alis s sur l ensemble du r seau hydrographique et aux donn es d mographiques obtenues gr ces aux p ches d inventaires V 3 1 3 Etude de la croissance mod les de r trocalcul pour la Haute Savoie L tude scalim trique r alis e l chelle du d partement a permis d aboutir une formule de r tromesure commune aux diff rentes souches pr sentes en Haute Savoie le mod le de Fraser Lee a t valid sur un chantillon de 5670 individus sur l ensemble du r seau hydrographique de la Haute Savoie Caudron 20063 Une comparaison de croissance a donc pu tre r alis e afin
50. is s figure 11 est de l ordre de 44 000 100km de bassin versant 300000 250000 200000 150000 Co t moyen co t 100000 44000 100 km2 50000 0 T T T T T T 0 100 200 300 400 500 600 700 surface du BV km Figure 11 relation co t de mise en place du cahier des charge surface du bassin versant d apr s Vigier et Caudron 2007 R colte et traitement des donn es l chelle du Bassin Versant I Contexte climatique et r gime hydrologique Les caract ristiques climatiques globales sont recherch es Les pr cipitations mensuelles moyennes sur plusieurs secteurs du d partement sont disponibles aupr s de m t o France Certains cours d eau disposent de stations de suivi limnim trique ttp hydro eaufrance fr http www rdbrmc com hydroreel2 pour le territoire de l agence de l eau Rh ne M diterran e Corse Pour les autres o aucune chronique de d bit n est disponible des informations tr s g n rales telles que le type de r gime hydrologique sont souvent pr cis s dans le Sch ma D partemental Vocation Piscicole SDVP II Caract ristiques physiques du r seau hydrographique H PENTE ET CHANGEMENTS DE DEBITS L volution longitudinale de la pente ainsi que les changements importants de d bit sont les crit res principaux justifiant la d limitation des tron ons Un profil en long du cours d eau et de ses affluents principa
51. lation d autres r sultats qui ne permettent pas d identifier les vrais facteurs limitant et donc d agir dessus Ainsi la pr sente d marche propose une m thodologie permettant d obtenir un diagnostic bas sur des donn es scientifiques et objectives afin de proposer des actions correctives sur les facteurs perturbants identifi s et de les r soudre mm RECOLTE DES DONNEES Diagnostic complet l chelle du bassin versant 12 24 mois Qualit du biotope Etat de la bioc nose Usages et Contraintes Ex habitat piscicole Ex tat de la faune Ex recensement rejets qualit physico macrobenthique obstacles occupation du sol chimique piscicole Fb TRAITEMENT DES DONNEES 1 Synth se de tous les r sultats lt Confronter la bibliographie scientifique par descripteur int gration SIG croisement des r sultats obtenus aux diff rentes chelles d tudes Plan de gestion piscicole sur 5 ans propositions d actions l Suivi apr s 3 ans des effets du plan de gestion 2 o o o oo Bilan apr s 5 ans et nouvelles propositions Figure 1 d marche globale propos e pour P laboration d un plan de gestion piscicole Du point de vue spatial les diagnostics cologiques de cours d eau l chelle du bassin versant unit de gestion sont r alis s au niveau de trois chelles de travail bassin versant tron on et station Cette m thode de travail dite
52. lobine Induit une g ne de 0 1 mg l respiratoire pouvant aller jusqu l asphyxie N faste d s 0 3 mg l et l tal 1 mg l Favorise les prolif rations alguales et donc l eutrophisation des milieux pouvant avoir des effets directs sur les organismes mortalit s des ufs ou indirects sur l habitat colmatage du substrat Nuisance partir de 0 3 mg l Formule brute Mol cule Famille origine naturelle origine anthropique Concentration ubiquitaire s diments Proposition INERIS de PNEC Seuil de Seuilde pollution pollution l g re nette combustion produits p troliers 5 E PNECsed 60 ug Kg de poids sec Pyr ne HAPs rev tement uns de moteurs lt 500 ug Kg PNECaqua 0 012 ug L 50 ug Kg ms 500 ug Kg ms rev tement routier combustibles Benzo a pyr ne feux volcans fossiles trafic routier huiles moteurs PNECaqua 0 05 ug L 5 ug Kg ms 50 ug Kg ms graisses alimentaires raffinerie raffinage p trole combustion Ac napht ne feux volcans charbon chapemment diesel lt 500 ug Kg fongicide et insecticide Benzo a anthrac ne HAPs Annexe 4 1 3 caract ristiques de quelques micropolluants trouv s dans les s diments des cours d eau HAP C16H10 C20H12 PNECsed 44 4 ug Kg de poids sec C12h10 PNECaqua 3 7 ug L essence fioul asphalte pneumatiquediluant des produits de traitement du bois insecticide fongicide C14H10 PNECsed 81 1 ug Kg de poids sec Ontario Ministry of Envi
53. mmune 11 1 ZONES DE REPRODUCTION POTENTIELLES Les zones de reproduction potentielles sont estim es partir des trois variables relev es lors de la description de l habitat l chelle des faci s Les crit res de fray res potentielles retenus sont Baglini re et Maisse 2002 la zone d acc l ration du courant fin de profond d but de radier granulom trie comprise entre 2 et 5 cm GF GC CF Pour le cas des torrents pauvres en substrat de fraie Champigneulle ef al 2003 ont d crit des sites de fraie plus diversifi s qui ont t class s selon divers types de microhabitats de fraie 11 2 RECENCEMENT DES FRAYERES OBSERVEES Dans le cadre de la caract risation du recrutement naturel de la population de truite en place un recensement des fray res naturelles par parcours de l ensemble du lin aire du cours d eau et de ses affluents est r alis durant l hiver pr c dent l ann e de r alisation des p ches d inventaires De pr f rence ce recensement lieu durant le pic d activit de reproduction En Haute Savoie la date m diane de ponte a t fix e au 15 d cembre figure 13 en accord avec les observations actuellement disponibles sur diff rents cours d eau du d partement Champigneulle et al 1988 et 2003 Caudron er al 2002 Les observations sont donc r alis es pr f rentiellement durant le mois de d cembre 100 90 80 N Pourcentage gt
54. naut benthique face aux variations de l environnement traduisent les tendances g n rales d volution du peuplement dans son ensemble Ces tendances ne sauraient tre d tect es par l tude d une esp ce particuli re trop peu repr sentative ou des param tres structuraux richesse sp cifique abondance biomasse trop g n raux Grall et Hily 2003 L analyse de l volution de la diversit fonctionnelle du peuplement macrobenthique est appr hend e par l interm diaire des Traits Biologiques Ecologiques et Physiologiques TBEP Tachet ef al 2003 L approche utilis e consiste calculer la distribution des fr quences relatives des notes d affinit s calcul es pour les diff rentes modalit s d un trait Cette analyse ne prend en compte que les taxons disposant du niveau de d termination requis leur utilisation d finis dans Tachet ef al 2003 et est r alis e partir de la liste faunistique obtenue sur l ensemble des 12 placettes Il est donc important de d finir au pr alable au moment de la d termination la finesse de l analyse voulue afin de d finir en amont le niveau de d termination des taxons autres que les EPTC eph m ropt res pl copt res tricopt res col opt res souvent d termin s au genre Cette consid ration est notamment importante prendre en compte dans l tude de milieu d grad o les peuplements peuvent tre domin s par des dipt res oligoch tes Dans l
55. nce de conditions favorables au d veloppement de la PKD ou encore de trop faibles temp ratures durant la p riode de vie embryo larvaire sont autant de facteurs limitant le d veloppement voir m me le maintien d une population naturelle de truite 111 3 CALCUL DU NIVEAU TYPOLOGIQUE THEORIQUE La d termination de l appartenance typologique d une station Verneaux 1976 permet de d finir les populations r f rentielles de poissons et de macroinvert br s sur la base des caract ristiques m sologiques de la station Il s av re donc int ressant dans le cadre de la comparaison peuplement de r f rence peuplement observ En prenant en compte six param tres m sologiques travers les trois facteurs fondamentaux que sont le facteur thermique le facteur trophique et le facteur morphodynamique il est possible de calculer le niveau typologique th orique d une station de cours d eau le facteur thermique Ti prend en compte la moyenne des temp ratures maximales des 30 jours cons cutifs les plus chauds 8 max CF 8III 2 1 p 19 le facteur g otrophique T gt est fonction de la distance la source do en km et de la duret calco magn sienne D en mg L le facteur morphodynamique T est li la section mouill e l tiage Sm en m la pente du lit p en o et la largeur du lit mineur 1 en m Chaque facteur composante du niveau typologique se calcule de la mani re suivante Ti 0 55 D ma
56. ns tudi es o l on dispose d un historique Dans ce cas il est important de conna tre l volution des pratiques de gestion sur le secteur consid r afin de les prendre en compte dans l analyse V 2 3 Comparaison au peuplement th orique NT I A chaque niveau typologique correspond en l absence de perturbations d origine anthropique un peuplement optimal compos d un nombre pr d fini d esp ces en abondance d termin e Verneaux 1981 25 Les diff rentes tapes de la d finition du cort ge d esp ces constituant le peuplement th orique est le suivant 1 calcul du niveau typologique th orique CF III 3 p 21 arrondi au 0 5 sup rieur 2 dans la colonne correspondante tableau annexe 8 conserver par ordre de priorit les esp ces observ es lors des inventaires piscicoles les esp ces historiquement pr sentes A titre indicatif les vari t s optimales observ e et th orique sont pr cis es en bas du tableau Cette analyse n cessite la transformation des r sultats d inventaire pour chaque esp ce en une classe d abondance annexe 7 Csp dr5 1995 Pour cela il faut pour chaque esp ce du peuplement rechercher dans le tableau de l annexe 6 la classe d abondance num rique densit en ind 1000m2 et la classe d abondance pond rale biomasse en kg ha correspondantes la densit et la biomasse estim es de l esp ce concern e La classe d abondance retenue pour l
57. ogie O1091 Occupation des sols Usages A eme Historique olution des pratique repeuplement e repeupleme G n tique Esp ce cible TRF Recensement fray res Habitat physique Recensement des O e opique ouvrages ob e transversaux on pre Physico chimie Suivi thermique 9 bles poisso polo Qualit s diments Niveaux typologiques th oriques Peuplement macrobenthique Stock de poisson p nile b O Structure omp que population de truite oye Evaluation du ze CEE sik recrutement naturel epeupleme Etat sanitaire de la population Tableau 1 bilan des descripteurs utilis s dans les diagnoses cologiques aux diverses chelles Pr alables l tude I D finition du bassin versant unit de gestion coh rente L unit de travail choisie doit correspondre une unit de gestion coh rente et doit donc avoir une signification cologique valide pour la population en place Ainsi cette unit peut correspondre selon les cas au bassin versant vrai d un cours d eau un sous bassin versant ou plusieurs bassins versants proches ayant une probl matique commune Ex tributaires du Lac L man Sur le d partement de la Haute Savoie les unit s de gestion ont t d finies sur la base d tudes men es l chelle d partementale CF Vigier et Caudron 2007 Ces
58. omt Besan on Biologie Animale 4 s rie fascicule 2 p 33 41 Verneaux 1982 Une nouvelle m thode pratique d valuation de la qualit des eaux courantes Un indice biologique de la qualit g n rale IBG Annales scientifiques de l universit de Franche Comt Besan on Biologie Animale 3 pp 11 22 Vigier et Caudron 2007 Sch ma d partemental de conservation et de rehabilitation des populations de truites autochtones 2007 2013 Evolution des connaissances depuis 2002 et propositions d actions 41p annexes disponible sur http www pechehautesavoie com telechargement1_bis php categ 4 Vigier 2006 Diagnose cologique et recherche des causes de perturbations du peuplement piscicole du Foron de Reignier Rapport FDP74 06 04 51p annexes disponible sur http www pechehautesavoie com telechargement1_bis php categ 4 Wahli Knuesel Bernet Segner Pugovkin Burkhardt Holm Escher et Schmidt Posthaus 2002 Proliferative kidney diseases in Switzerland current state of knowledge Journal of Fish Diseases 25 491 500 Wentworth 1922 A scale of grade and class terms for clastic sediments The Journal of Geologie 30 377 392 Ressources informatiques www legifrance gouv fr http hydro eaufrance fr http www rdbrmc com hydroreel2 wWww geoportail org http pubnetris rqd fr http chimie ineris fr fr index php http www ineris fr http basol ecologie gouv fr http installationsclassees ecologie g
59. ongueur totale Lt en mm pes fait l objet d un pr l vement d caille dans la zone standardis e pour les salmonid s sacrifi par exc s d anesth siant Ces r sultats sont compar s aux donn es g ographiquement proches existantes et aux donn es bibliographiques disponibles Outre l aspect de la comestibilit des poissons l analyse de ces diff rents micropolluants informe sur la l tat de sant des populations de poissons et de la faune aquatique en g n rale Une valuation de la comestibilit des poissons sur les secteurs chantillonn s est galement r alis e pour les compos s disposant de donn es toxicologiques INERIS Dans ce cas nous avons retenu les seuils utilis s pour la protection r glementaire et les doses journali res admissibles DJA les plus contraignantes voir pour exemple Caudron 2006 Huchet 2009 V 3 5 2 Recherche de la Maladie R nale Prolif rative MRP Lorsque les conditions thermiques du milieu s av rent favorables au d veloppement de ce parasite CF 8 111 2 2 2 p 19 la pr sence du parasite peut tre d termin e partir d un chantillon de 25 individus lot conserv dans du Formol par secteur tudi Par contre la confirmation de l absence du parasite dans le milieu n cessite l analyse de 25 individns suppl mentaires Whali com pers 31 Traitement des donn es I Int gration des donn es au syst me d information g ographique
60. ossibles diff rences intersectorielles de croissance et de structure d ge La r colte des donn es s est faite pour chaque secteur sur un chantillon al atoire de 20 30 truites de taille sup rieure 18 cm longueur totale Sur chaque secteur toutes les truites potentiellement adultes ont t identifi es par un num ro de r f rence unique et manipul es selon le protocole suivant anesth sie dans une solution d eug nol mesure de la longueur totale Lt en mm prise d cailles dans la zone standardis e pour les salmonid s Ombredane et Richard 1990 Le traitement des cailles a permis d une part d estimer l ge des poissons et ainsi de s lectionner les poissons adultes utilis s et d envisager des tudes fines de croissance sur les populations r colte des nageoires adipeuses ou d une fraction de nageoire pelvienne et stockage de celle ci en tube Eppendorf dans l thanol 95 96 en vu des analyses g n tiques remise l eau des poissons vivants Les campagnes de terrain ont permis d chantillonner au total 6590 poissons dont l ge a pu tre valu par scalim trie pour la majorit d entre eux Les poissons lt 1 ont t cart s des specimen analyser 26 Pour 163 secteurs chantillonn s figure 15 les analyses g n tiques ont t r alis es sur un sous chantillon d au moins 10 individus r partis en 3 classes d ges 2 3 et gt 4 c
61. ours par an o la temp rature de l eau est comprise dans le preferendum thermique de la truite commune Ce preferendum peut tre d fini comme la plage de temp ratures d eau permettant une activit m tabolique de la truite c est dire favorable son alimentation et sa croissance En accord avec de nombreux auteurs Varley 1967 Elliott 1975 Alabaster et Lloyd 1980 Elliott 1981 Crisp 1996 Elliott et Hurley 2001 les valeurs limites basse et haute de ce preferendum ont t fix es respectivement 4 C et 19 C 111 2 2 2 Conditions favorables au d veloppement de la PKD La PKD lt Proliferative Kidney Disease gt maladie r nale prolif rative est une maladie infectieuse touchant pr f rentiellement les truites les ombres et les saumons Elle provoque chez les sujets atteints une importante hypertrophie des reins et ventuellement du foie et de la rate qui peut entra ner dans les populations des taux de mortalit relativement importants notamment chez les juv niles L agent infectieux est un parasite nomm Tetracapsula bryosalmonae Canning et al 1999 qui utilise comme h te interm diaire des bryozoaires Anderson ef al 1999 La temp rature de l eau joue un r le important dans le cycle de d veloppement de ce parasite qui se propage dans le milieu naturel lorsque celle ci atteint 9 C Gay et al 2001 L apparition de la maladie chez la truite arc en ciel n cessite une temp ratu
62. ouv fr 38 ANNEXES Annexe 1 fiches de description ouvrages transversaux recto verso Annexe 2 fiches de terrains pour les relev s cartographiques l chelle du tron on 3 pages Annexe3 valeurs seuils utilis es pour les diff rents param tres physico chimiques de l eau pris en compte partir desquels des effets n gatifs apparaissent pour les salmonid s d apr s Caudron 2006a Annexe 4 caract ristiques de quelques micropolluants trouv s dans les s diments des cours d eau HAP m taux phtalates pesticides 3 pages Annexe 5 r pertoire des 92 indicateurs class s selon i et par ordre alphab tique protocole Cb2 Verneaux 1982 Annexe 6 mode de calcul coefficient d aptitude biog ne Verneaux 1982 et coefficient morphodynamique Verneaux 1983 Annexe 7 limite des classes d abondance num riques et pond rales estim es du stock en place obtenues par p che par enl vement successif CSP DR5 1995 Annexe 8 tableau des r partitions longitudinales des abondances optimales potentielles version utilis e CSP DR5 1995 Annexe 9 estimation moyenne de l investissement en temps par type d investigation ANNEXE 1 1 2 fiches de description lt ouvrages transversaux gt recto Base AREA oui non Photo s n Relev GPS n Date Rapporteur s organisme Nom s Cours d eau Commune D partement Coordonn es Lambert I H MD Base F
63. par chelles embo t es figure 2 permet la fois d informer sur la biologie des populations et sur les liens existant entre la faune aquatique et le milieu diff rentes chelles de travail ssCOL ARC N mav Unit de gestion coh rente bassin versant ou sous bassin SE fs K EE Stations unit s h t rog nes e d tude Tron ons r repr sentatives du unit s homog nes d ne tron on auquel elles Be appartiennent versant unit de l tude CHE IMPACTS INTEGRATION DES RESULTATS Figure 2 illustration de Papproche par chelles embo t es gt r alis e sur le Foron de Reignier par Pexemple du tron on T2 et de la station COL Vigier 2006 Les objectifs de ce type d approche sont de travailler du g n ral vers le particulier En effet les investigations r alis es l chelle du bassin versant permettent d orienter les recherches aux chelles plus locales de croiser les diverses informations r colt es aux diff rentes chelles La confrontation de donn es de natures diverses r alis e principalement par l interm diaire de la spatialisation des donn es sous Syst me d Information G ographique SIG permet de mettre en vidence certaines relations causes impacts X Le bassin versant gt correspondant une unit de gestion coh rente UGC est l chelle d investigation la plus importante Les investigations men
64. pean grayling Thymallus thymallus a contribution of free movement in rivers Fisheries Management and Ecology 14 41 50 Parmentier 1994 Etude de la bioc nose benthique du Drugeon Application d un nouveau protocole d chantillonnage Bilan de la qualit habitationnelle Analyse bioc notique g n rique Bilan de la qualit faunistique M moire D U E H H laboratoire d hydrobiologie universit de franche comt 69p Pielou 1966 The measurement of diversity indifferent types of biological collections Journal of Theorical Biology 13 131 144 Shannon 1948 mathematical teory for communication Bell Labs Technical Journal 27 379 423 et 623 656 37 Tachet Richoux Bournaud et Usseglio Polatera 2003 Invert br s d eau douce syst matique biologie cologie CNRS Editions 587p Trussell 1972 The percent Un ionised ammonia in aquaeous ammonia solutions at different pH levels and temperature JournalFfisheries Research Board of Canada 29 10 1505 1507 Varley 1967 Water temperature and dissolved oxygen as environmental factors affecting fishes pp 29 52 In British freshwater fishes Fishing News London Verneaux 1976 Biotypologie de l cosyst me lt eau courante gt Les groupements socio cologiques Compte rendu de l acad mie des sciences tome 284 21 02 1977 s rie D pp 675 677 Vernaux 1981 Les poissons et la qualit des cours d eau Annales scientifiques de l universit de Franche C
65. puis un nouveau plan de gestion est propos 34 Acquisition de donn es compl mentaires Bibliographie AFNor 1992 Essai des eaux D termination de l indice biologique global normalis IBGN Association fran aise de normalisation norme homologu e T 90 350 8p Alabaster amp Llyod 1980 Water quality criteria for fresh water fish Butter Worths Ed London 297p Alleman 1998 Free ammonia nitrogen calculator http cobweb ecn purdue edu piwc w3 research free ammonia nh3 html Anderson Canning et Okamura 1999 18S rDNA sequences indicate that PKX organism parasites bryozoa Bulletin of the European association of fish pathologists 19 94 97 Bacchi 1994 Recherche sur la macrofaune benthique de la Haute Loue Structuration des habitats Evolution des peuplements macrobentiques depuis 1973 m moire DESS Eaux continentales Universit Franche Comt 30p Bady Dol dec Fesl Gayraud Bacchi et Sch ll 2005 Use of invertebrate traits for biomonitoring of european large rivers the effects of sampling effort on genus richness and functional diversity Freshwater biology 50 159 173 Baglini re et Maisse 2002 La biologie de la truite commune Salmo trutta L dans la rivi re Scorff Bretagne une synth se des tudes de 1972 1997 INRA Production animale 15 319 331 Disponible sur http granit jouy inra fr productions animales 2002 Prod Anim 2002 15 5 01 pdf Beaumont Taylor Lee et Welton 2002
66. rdulegasteridae Ecnomidae Glossiphoniidae Planorbidae Dreissenidae Planariidae Erpobdellidae Sialidae Oligoch tes Taeniopterygidae Stratiomyidae i 7 Tipulidae i 4 Aphelocheridae Glossossomatidae Calopterygidae Helophoridae Coenagrionidae Heptageniidae Dugesiidae Lepidostomatidae Dyticidae Molannidae Ephemerellidae Odontoceridae Gyrinidae Polymitarcidae Limnebiidae Limnephilidae Platycnemididae Helodidae Scirtidae Hydroptilidae Leptophlebiidae Rhyacophilidae Piscicolidae Vivipardidae Annexe 6 mode de calcul coefficient d aptitude biog ne Verneaux 1982 et coefficient morphodynamique Verneaux 1983 COEFFICIENT D APTITUDE BIOGENE A partir de la liste faunistique obtenue sur les 8 placettes pr lev es pour l IBGN et l aide du r pertoire des 92 taxons et indices Annexe 3 rechercher les l ments de base N n K eti N nombre total de taxons pr sents dans l chantillon global n nombre de taxons indicateurs repr sentatifs nombre d individus 2 3 K variable fonction du rapport n 4 rapproch e l entier par exc s Zi quivaut la somme des K indices i les plus lev s Cb2 In lv 0 25 Avec Indice vari t Iv 0 22 x N Indice nature In 1 21 x Zi max K CAPACITE D ACCUEIL DU MACROBENTHOS Coefficient morphodynamique de Verneaux 1983 n Nombre de supports inventori s 1 8 au max sur 10 possible n Nombre de classes de vitesse inventori
67. re d au moins 15 C pendant 2 semaines Les sites pr sentant des conditions thermiques favorables aux d veloppements de la PKD sont identifi s par le nombre d heures cons cutives o la temp rature de l eau est sup rieure ou gale 15 C Ceux pour lesquels la dur e d passe 360 heures cons cutives soit 15 jours sont consid r s comme pouvant pr senter un risque potentiel important de d veloppement de la PKD Malgr la diff rence temporelle entre les observations et les suivis thermiques la correspondance entre l valuation d un risque et la pr sence effective de l agent pathog ne sur les bassins tudi s figure 14 semble montrer la pertinence de la variable utilis e En outre ceci montre l int r t de prendre en compte ces risques potentiels d infection dans l tude des populations de truites au vu galement de la mise en vidence r cente de sites infect s en Grande Bretagne Feist et al 2002 et en Suisse Wahli et al 2002 o la PKD est consid r e sur certains secteurs comme responsable du d clin piscicole Burkhardt Holm ef al 2002 19 0 12 5 25 Kilom tres carte de risque pour la PKD observation de sympt mes de la PKD chez les juv niles de truite nombre d heures cons cutives gt 15 C stations prospect e dans le cadre de l valuation de la contribution du repeuplement descripteur non tudi un pas d observation de sympt mes de la PKD 300 360h observation de sympt
68. re par type d occupation sur le bassin et ou par sous bassin versant pertinent de localiser les zones risques Ex culture en bordure de cours d eau risques d apports pesticides risque industriel de colmatage d identifier les diff rents types de polluants potentiels substances chimiques mati res en suspension V Historique des pratiques de repeuplement Un historique des pratiques de repeuplements sur plusieurs ann es donn es AAPPMA est r alis sur la base des archives des plans d alevinages fournis par les AAPPMA La prise en compte de l volution temporelle et spatiale des pratiques de repeuplements densit s introduites par secteur esp ce s souche s stade s de d versements sont des l ments indispensables prendre en compte dans l analyse des populations actuelles de truite commune Une tude globale r alis e l chelle du d partement Caudron et Champigneulle 2007 d montre cette grande variabilit des pratiques de repeuplement Cette exp rience sugg re qu il est n cessaire de faire un historique des pratiques de repeuplement sur cinq ans afin de consid rer la p riode influen ant potentiellement la population en place 13 R colte et traitement des donn es l chelle du tron on I Description de l habitat Le protocole propos s inspire des m thodes con ues pr c demment Bovee 1982 Malavoi er al 1989 Csp dr5 et Teleos 1998 D Herv FDP 5
69. ronment trafic routier fonderie asphalte FreshwaterSediment Guidelines 1998 d charge Lowest effectlevel 320 ug kg dry weight trafic routier charbon huiles goudron 50 ug Kg ms 500 Hg Kg ms combustibles fossiles bois trafic PNECsed 3 68 ug Kg de poids sec 50 gKgms routier huiles de moteur lt 10 Hg Kg PNECaqua 1 34ug L 50 ug Kg ms 500 Hg Kg ms EE combustibles fossiles bois SS feux volcans v g tation incin rateurs fum es industrielles PNECaqua 2 7 ng L 50 ug Kg ms 500 ug Kg ms trafic routier combustibles fossiles et feux volcans bois incin rateurs d chets lt 500 ug Kg 50 ug Kg ms 500 ug Kg ms hospitaliers boues de step chauffage domestique bois 8 L feux volcans incin rateurs goudrons et asphalte lt 1 mg Kg EE sm KC SC 50 ug Kg ms 500 ug Kg ms trafic routier ques ing Combustion huile essence fioul charbon de bois Goudron incin rateurs ordures m nag res raffinerie de p trole huile brute lignite incin rateurs gazini re chauffage domestique lt 500 ug Kg 50 ug Kg ms 500 ug Kg ms trafic routier asphalte raffineries 50 ug Kg ms 500 ug Kg ms combustibles fossiles lessivage des PNECsed 1800 ug Kg de poids sec 50 ugigms routes huiles moteur PNECaqua 0 036 ug L 50 ug Kg ms 500 Hg Kg ms feux volcans essence raffineries industrie PNECsed 488 8 ug Kg de poids sec PNECaqua 74 ug L C18H12 feux volcans Dibenzo a h anthrac ne HAPs C22H14 Ph nanthr ne HAPs C14H10
70. rs cons cutifs les plus chauds Date laquelle la T moy journali re est p our la premi re fois lt 4 Date laquelle la T moy journali re est p our la derni re fois lt 4 C Pourcentage de jours o la T moy journali re est lt 4 C Preferendum j j Pourcentage de jours o la T moy journali re est gt 19 C thermique i Nombre d heures totales o la T instanta n e est gt 19 C Nbmax Ti csf gt 19 Nombre d heures max cons cutives durant lesquelles la T instantan e reste gt 19 NbTi gt 25 Nombre d heures totales o la T instant an e est gt 25 C D veloppement Nombre d heures totales o la T instant an e est 2 15 potentiel PKD Nombre de s quences durant lesquelles la T instantan e reste 2 15 Nombre d heures max cons cutives durant lesquelles la T instantan e reste gt 15 C Date m diande de ponte rentr e par l utilisateur Nbj Inc Nombre de jours d incubation j D50 Ecl Date m diande d closion Nbj Rsp Nombre de jours de r sorption Phase de vie embryo larvaire Date m diane d mergence i PEL Nb Ti gt 15 PEL Nombre d heures totales o la T in stantan e est gt 15 C pendant la PEL Nombre de s quences pendant la PEL durant lesquelles la T instantan e reste gt 15 C Nbmax Ti csf gt 15 PEL Nombre d heures max cons cutives pendant la PEL durant lesquelles la T instant an e reste gt 15C Nb Ti lt 1 5 PEL Nombre d heures to
71. ruite au stade oeill d apr s Gillet com pers II Recherche d l ments toxiques dans les s diments Cette mesure a pour but d identifier les ventuelles pollutions chimiques auxquelles les populations de poissons ont t et sont actuellement expos es lors d ventuels pisodes de relarguage 11 1 RECOLTE ET TRAITEMENT DES DONNEES Une campagne de mesure de la qualit des s diments est r alis e sur un certain nombre de stations d finir selon le contexte de bassin versant risques polluants identifi s Les s diments fins sont choisis afin de rechercher les contaminations toxiques car 1ls constituent un substrat m moire chimique Les pr l vements doivent tre r alis s apr s une p riode d au moins 5 jours de d bits stabilis s Les chantillons sont analys s par un laboratoire d partemental agr La m thode semi quantitative dite des multi r sidus employ e permet d effectuer un large balayage analytique moindre co t L analyse peut tre compl t e par la recherche des m taux suivants Arsenic As Cadmium Cd Chrome Cr Cuivre Cu Mercure Hg Nickel Ni Plomb Pb Zinc Zn 11 2 ANALYSE DES RESULTATS Les r sultats sont interpr t s sur la base des valeurs seuils du SEQ lorsqu elles existent les concentrations ubiquitaires et les PNEC propos es par l INERIS ainsi que sur d autres valeurs trouv es dans la litt rature scientifique Ex annexe 4 Huche
72. s donn es r colter pour caract riser l ouvrage ont t d finies sur la base des travaux r alis s par Ovidio ef al 2007 Cette fiche de relev annexe 1 a t r alis e conjointement entre PONEMA et la FDPPMA74 int gre l ensemble des crit res souhait s par chacune des deux structures La caract risation pouss e de l ouvrage permet de renseigner les d tails de longueur partielle Li et totale L d nivel dh hauteur de chute partielle hc et totale hc hauteur d eau he profondeur de la fosse d appel pf vitesse du courant nature et dimensions de l ouvrage di d gt en fonction de son type buse pont cadre seuil ou barrage et de son profil de chute vertical inclin les deux Ces param tres pourront permettre de r valuer a posteriori la franchissabilit de l ouvrage selon Ovidio et al 2007 Cet aspect est estim individuellement sans prendre en consid ration le dispositif de franchissement si pr sent L ouvrage est photographi et un sch ma global est r alis Ils sont localis s g ographiquement l aide d un GPS Les caract res topographiques et dimensionnels des ouvrages sont mesur s avec un niveau sur tr pied Ex Sprinter 100 Leica une mire Ex Sprinter barcode type GSS111 Leica et un t l m tre pour les dimensions gt 4 m Les vitesses de 10 courant dans les buses et ponts cadre sont quantifi es avec un courantom tre lectromagn tique Ex Nautil
73. s donn es brutes permettent de caract riser sur chaque station 30 variables thermiques tableau 5 diff rentes r parties en 4 grandes cat gories D une part les variables thermiques g n rales caract risant le milieu D autre part les variables thermiques relatives aux exigences cologiques de la truite commune e _ preferendum thermique de la truite commune e conditions de d veloppement de la PKD e conditions thermiques relatives la phase de d veloppement embryo larvaire Les calculs partir des donn es brutes sont r alis s gr ce la Macro Excel MACMASalmo Dumoutier et al 2010 disponible sur demande se reporter la proc dure d crite sur http www pechehautesavoie com telechargement1_bis php categ s Cat gorie Code variable D signation succinte Dd P riode Date de d but de la p riode tudi e Rappel Df P riode Date de fin de la p riode tudi e Ti min Temp rature instantan e minimale ax Temp rature instantan e maximale Amplitude thermique journali re maximale D Date laquelle l amplitude thermique journali re maximale a t observ e NT journali re maximale ATmj Amplitude thermique des moyennes journali res Tmj min Tmj mi D Tmj max Date laquelle la T moyenne journali re maximale a t observ e jl mp Thermie g n rale Tm30j max T moyenne des 30 jours cons cutifs les plus chauds Date de d but de la p riode correspondante aux 30 jou
74. salmonid fish species in fresh water with particular reference to physical and chemical aspects Hydrobiologia 323 201 221 Csp dr 5 et Teleos 1998 M thode standard d analyse de la qualit de l habitat aquatique l chelle de la station De Lury 1951 On the planning of experiments for the estimation of fish population Journal of the Fisheries Research Board of Canada 18 281 307 D Herve FDP59 2005 Qualit cologique des affluents salmonicoles de l Escault en for t de Mormal Rapport de stage 48p annexes Dodson Gibson Cunjak Friedland Garcia de Leaniz Gross Newburym Nielsen Power et Roy 1998 Elements in the developpement of conservation plans for Atlantic salmon Salmo salar Canadian Journal of Fisheries and Aquatic Sciences 55 312 328 Dumoutier Vigier et Caudron 2010 Macro d Aide au Calcul de variables thermiques appliqu es aux Milieux Aquatiques Salmonicoles MACMASalmol 0 21 p annexes Disponible sur http www pechehautesavoie com telechargement1_bis php categ 5 Elliott 1975 The growth rate of brown trout Salmo trutta L fed on maximum rations Journal of Animal Ecology 44 805 821 Elliott 1981 Some aspects of thermal stress on freshwater teleosts pp 209 245 In Stress and fish Pickering Ed Academic Press London Elliott Hurley 2001 Modelling growth of brown trout Salmo trutta in terms of weight and energy units Freshwater Biology 46 679 692 FAO 1971 Crit res
75. t labor dans le d partement de la Haute Savoie la fin des ann es 90 d but des ann es 2000 Cependant l application de cette m thodologie trop globale et subjective n a pas permis d aboutir des diagnostics fiables et donc de v ritables propositions de plans de gestion piscicole Par cons quent la f d ration de p che de Haute Savoie a engag e une r flexion commune avec l INRA de Thonon les bains afin de d finir la m thodologie mettre en place pour r pondre objectivement et efficacement aux questions de gestions des AAPPMA et ceci dans une d marche de gestion conservation et restauration des ressources naturelles de la faune aquatique piscicole astacicole exploit e ou non Ce document pr sente l tat actuel de la m thodologie d j appliqu e depuis 2003 sur plusieurs bassins aux contextes contrast s et de tailles diff rentes Ex Foron de Reignier bassins accueillant des crevisses pieds blancs Bon Nant Menoge en cours REMARQUE Cette approche m thodologique est construite autour de la truite commune sa mo trutta L comme esp ce cible Cependant la d marche est transposable n importe quelle esp ce d s lors que l on dispose ou recherche des donn es bibliographiques n cessaires Pr sentation de la d marche Cette d marche a pour objectif d viter les diagnostics trop succincts r alis s sur la base d avis d experts de donn es insuffisantes ou d extrapo
76. t 2007 Une comparaison est effectu e entre les r sultats obtenus sur les stations tudi es et les r sultats obtenus sur les sites accueillant des crevisses pieds blancs et consid r s ce titre comme relativement pr serv s Il est important de noter le caract re ponctuel aussi bien dans le temps que dans l espace de ce type d analyses qui n int gre donc pas la variabilit spatio temporelle de la contamination toxique des s diments De m me 1l est important de garder l esprit la lecture des r sultats la possible existence de faux z ros c est dire de mol cules pr sentes dans l chantillon des concentrations inf rieures au seuil de d tection de l analyse mais ayant pourtant un effet toxique reconnu ces concentrations 17 III M tabolisme thermique et typologie La temp rature est reconnue comme tant un facteur d terminant de la qualit du milieu aquatique 111 1 RECOLTE ET TRAITEMENT DES DONNEES L ensemble des stations tudi es b n ficient d un suivi sur un cycle annuel complet au pas de temps horaire l aide de thermographes enregistreurs Ex Onset HOBO Toutes les modalit s de pose des enregistreurs et de validation et de traitement des donn es thermiques sont d crites dans le manuel d utilisation de la Macro Excel d Aide au Calcul de variables thermiques appliqu es aux milieux aquatiques Salmonicoles MACMASalmo V1 0 Dumoutier et al 2010 Le
77. t ristiques physico chimiques des eaux de surfaces et de permettre de dissocier les ph nom nes naturels d apports polluants d origine anthropique de d finir les voies de transferts de polluants mati res organiques micropolluants divers mati re min rales fines sur le bassin versant et de tenter d identifier les facteurs aggravants leur risque pour le cours d eau La transposition des informations obtenues par ces analyses caract ristiques naturelles des eaux facteurs potentiels de d gradation et voies de transferts pr f rentiels de la ressource en eau l chelle du bassin tudi nous permet d affiner le diagnostic par croisement avec les donn es physico chimiques et biologiques obtenus sur les stations d tudes IV Analyse de l occupation des sols IV 1 RECOLTE ET TRAITEMENT DES DONNEES Dans un premier temps les limites g ographiques du bassin versant topographique sont d termin es sur un fond de carte IGN au 25 1000 Un assemblage des photographies a riennes www geoportail org ou geoportail des pays de Savoies http pubnetris rgd fr est r alis sur cette surface l aide d un logiciel de dessin vectoriel Ex Corel draw Canvas Inkscape afin d obtenir une vue a rienne de la globalit du bassin A partir de cette image la d limitation des parcelles par types d occupation des sols est r alis e sous SIG Ex logiciels Maplnfo Quantum GIS Arcview ArcGIS
78. t la quantit d oxyg ne demand e Une surcharge en mati res organiques diminue la quantit d oxyg ne dissous D pend de la nature des terrains travers s et de l origine des substrats g ologiques Une forte pollution organique augmente la teneur en calcium suite l oxydation des mati res organiques qui met en solution du carbonate de calcium Varie selon de nombreux facteurs naturels ou anthropiques saison climat sous sol temp rature turbidit mati res organiques Constitue un maillon du cycle de l azote dont la concentration varie en fonction du pH et de la temp rature Peut traduire des pollutions d origines humaines industrielles ou agricoles Forme instable de l azote entre l ammoniaque et les nitrates les nitrites r sultent soit de l oxydation bact rienne de l ammoniaque soit de la r duction des nitrates Pr sent dans les eaux riches en mati res organiques en d composition Signe vident de pollution Pr sent naturellement de faibles concentrations d composition de mati res vivantes alt ration de min raux Indique plutot une pollution terres fertilis es eaux us es industrie chimique Impact limit en p riode de crue Par contre les fortes teneurs anormales en p riode d tiage peuvent provoquer une irritation branchiale et sont source d infection bact rienne En hiver elles sont galement responsables d un colmatage des fray res pouvant entra ner une asphyxie des o
79. t les fonctions de la communaut benthique dans son ensemble 24 V Etude du peuplement piscicole V 1 RECOLTE ET TRAITEMENT DES DONNEES PROTOCOLE D ECHANTILLONNAGE ET BIOMETRIE L chantillonnage pisciaire est r alis par p che lectrique L ensemble des stations retenues sont p ch es la m me ann e selon la m thode par enl vement successif De Lury 1951 Le nombre d anodes pr conis Beaumont ef al 2002 pour avoir une efficacit de p che suffisante est de exemple pour une anode de diam tre 38 cm une pour une largeur de cours d eau inf rieure ou gale 5m deux jusqu dix m tres de large trois jusqu quinze m tres Les campagnes d inventaires piscicoles sont pr f rentiellement r alis es en p riode d tiage estival et automnal ce qui permet de prendre en compte les alevins de l ann e taille permettant une relativement bonne efficacit de capture en p che l lectricit mais galement assez petite pour pouvoir identifier sans ambig it leur appartenance la classe 0 Relev s biom trique et renseignements collect s La diff rentiation des captures effectu es aux diff rents passages au minimum 2 La r alisation des mesures biom triques suivantes o chaque individus est identifi esp ce mesur longueur totale en mm et pes grammes individuellement o dans le cas de fortes abondances de petites esp ces chabot loche franche vairon
80. tales o la T instantan e est lt 1 5 C pendant la PEL DNb sq Ti lt 1 5 PEL Nombre de s quences pendant la PEL durant lesquelles la T instantan e reste lt 1 5 C Nbmax Ti csf lt 1 5 PEL Nombre d heures max cons cutives pendant la PEL durant lesquelles la T instan tan e reste lt 1 5 C Tableau 5 pr sentation et description des 30 variables thermiques calcul es partir des donn es de temp rature Dumoutier et al 2010 18 II 2 ANALYSE DES RESULTATS 1 1 2 1 es conditions thermiques g n rales au niveau du bassin sont d crites partir de la comparaison de leur volution annuelle des temp ratures moyennes journali res de l ensemble des stations tudi es Une repr sentation graphique int grant les courbes des temp ratures moyennes journali res de toutes les stations tudi es ou de groupes pertinents Ex sous bassin versant permet d avoir une vision synth tique de l volution thermique au niveau du bassin au niveau de chaque station sont d crites par les variables la temp rature instantan e maximale Ti max l amplitude thermique des moyennes journali res ATmj et temp rature moyenne des 30 jours cons cutifs les plus chauds Tm30j max 112 2 Les conditions thermiques des stations vis vis des exigences cologiques de la truite commune 111 2 2 1 Preferendum thermique Les donn es thermiques recueillies permettent de calculer le temps nombre de j
81. trat vitesse hauteur non chantillonn es Ce protocole n cessite la r alisation pr alable d une cartographie prenant en compte les trois composantes de l habitat substrat support hauteurs d eau et vitesses de courant Cette cartographie ainsi que l chantillonnage doivent tre r alis s durant l tiage La d termination du macrobenthos est effectu e au genre pour la majorit des ordres Ce niveau de d termination para t tre le niveau minimum indispensable pour analyser les structures semi quantitatives des bioc noses benthiques du fait des divergences d exigences cologiques au sein d une m me famille d invert br s Ce niveau de d termination g n rique reste cependant insuffisamment pr cis mais permet toutefois une bonne approche du peuplement de la macrofaune benthique V 2 ANALYSE DES RESULTATS V 2 1 es m thodes indicielles Sur la base de la liste faunistique relative aux 8 placettes et d une d termination la famille l Indice Biologique Global Normalis AFNor 1992 est particuli rement sensible aux modifications de la qualit organique de l eau et de la nature du substrat A nsi le groupe indicateur renseigne principalement sur la qualit physico chimique pour les param tres de pollution classique dominante organique Le calcul de la note IBGN est compl t par le calcul de la robustesse de la note IBGN Celle ci calcul e en supprimant le premier groupe indicateur de l
82. tures mesur es sur la station au moment du pr l vement Ces calculs peuvent tre effectu s sur le calculateur en ligne d ammoniac non ionis http cobweb ecn purdue edu piwc w3 research free ammonia nh3 html Alleman 1998 Dans le cas o l on cherche caract riser la qualit physico chimique le l eau durant la p riode de d veloppement embryo larvaire plus particuli rement sensible diverses pollutions ammonium orthophosphates colmatage les pr l vements hivernaux doivent tre effectu s une fr quence lev e raison d au moins une campagne tous les 15 jours sur la p riode allant de la ponte jusqu l mergence Plusieurs tudes synth tiques par Gillet 2001 se sont int ress es aux cons quences n gatives de l enrichissement des s diments en mati re organique sur le recrutement des salmonid s Outre le ph nom ne de colmatage de fray re li aux MES d j mis en vidence Massa 2000 le r le n gatif de l eutrophisation vis vis de la survie embryo larvaire a t tabli tableau 4 Gillet com pers 16 Etat trophique Teneur en NH4 et PO4 Taux de survie stade oeill Oligotrophe NH4 et PO4 lt 0 3 mg l gt 50 NH4 ou PO4 gt 1 mg l ou NH4 et PO4 gt 0 3 et lt 1 mg l DE Eutrophe Tr s eutrophe NH4 et PO4 gt 1 mg l 0 2 Tableau 4 d finition des trois tats trophiques en fonction des teneurs en NH4 et PO4 et effets sur la survie des ufs de t
83. unit s ne peuvent tre d finies a priori et n cessitent de disposer d un minimum d informations objectives sur les populations de poissons en place figure 3 A e E Synth se des connaissances disponibles et T identification des lacunes en donn es biologiques 5 E Collecte des donn es manquantes Facteurs socio conomiques E T Identification des populations et Unit s de gestion e E D termination du statut et du niveau de menace des populations E T A P E Population Population Population Population Viable Vuln rable En danger Critique Stopper les impacts et lister Pr servation imm diate et valuation de les interventions n cessaires l int r t et de la faisabilit d intervenir E T A P E Plan de conservation 7 4 Plan de conservation et de restauration et de gestion E Evaluation des programmes de conservation et de restauration et T des actions de gestion P E Suivi de l volution des statuts des populations o Figure 3 tapes propos es pour d velopper une d marche de conservation et de gestion des populations de truite commune adapt selon les pr conisations de Dodson er al 1998 et Laikre et 41 1999 in Caudron 2008 Sur le d partement de la Haute Savoie les donn es g n tiques thermiques et d mographiques obtenues depuis le d but des ann es 2000 ont consid rablement remis en cause les contextes piscicoles
84. ur une esp ce donn e peut tre approch e par un indice de fragmentation du milieu Ip ou par une note d effort d accessibilit par zone inter ouvrage Ombredane com pers qui correspond la somme les notes de lt franchissabilit gt donn es pour chaque ouvrage figure 12 Une note est calcul e pour les diff rents groupes d esp ces et elle permet une comparaison relative d un cours d eau l autre nombre d ouvrages infranchissables pour l esp ce consid r e recens s sur la rivi re x 10 F longueur de la rivi re en km 11 Note ou fourchette de franchissabilit de chaque ouvrage Note E d accessibilit des secteurs J A J J S J inter ouvrages 15 17 14 15 9 10 8 9 4 5 2 3 Figure 12 illustration du calcul de la note d accessibilit Ombredane com Pers par secteur inter ouvrage sur un profil en long th orique III Analyse de la structure g ologique du BV 111 1 RECOLTE ET TRAITEMENT DES DONNEES Cette analyse cartographique est bas e sur les cartes g ologiques produites par le BRGM 1 50 000 me La reproduction de la cartographie g ologique est r alis e sous SIG et des champs relatifs aux caract ristiques des substrats nature min ralogique propri t s d taill es dans les notices du BRGM sont ajout es la table relative la g ologie 111 2 ANALYSE DES RESULTATS Elle a pour objectif de contribuer la compr hension des carac
85. ures de tailles des populations de truites en Haute Savoie note technique FDP74 2008 01 8p Disponible sur http www pechehautesavoie com telechargement1 bis php categ 4 Caudron et Champigneulle 2006 Technique de fluoromarquage en masse grande chelle des otolithes d alevins v sicul s de la truite commune Salmo trutta L l aide de l alizarine Red S Cybium 30 pp 65 72 Caudron Champigneulle et Guyomard 2006a Identification et caract ristiques g n tiques des populations de truites autochtones sur le r seau hydrographique de Haute Savoie pp 39 53 in programme INTERREG III A Identification sauvegarde et r habilitation des populations de truites autochtones en vall e d Aoste et en Haute Savoie Rapport final 06 02 153p Caudron Champigneulle et Large 2006b Etats et caract ristiques des populations autochtones de truite commune identifi es en Haute Savoie et qualit globale du milieu pp 55 118 in programme INTERREG III A Identification sauvegarde et r habilitation des populations de truites autochtones en vall e d Aoste et en Haute Savoie Rapport final 06 02 153p Caudron 2006 Premi re valuation de la contamination par les m taux lourds chez la truite commune Salmo trutta sur le bassin de lArve campagne 2006 Rapport FDP74 06 03 11p Disponible sur http www pechehautesavoie com telechargement1 bis php categ 9 35 Caudron et Champigneulle 2002 Evaluation spatio temporelle de l
86. us C2000 112 2 T raitement des donn es Les donn es r colt es sont int gr es la base de donn es d partementale li e un logiciel de cartographie SIG ce qui permet de r aliser une analyse cartographique des donn es A L ensemble des indices pr sent s ci dessous ne sont pertinents que dans le cadre d un recensement exhaustif La pression anthropique est valu e par un indice de densit d ouvrages Ip qui renseigne sur l tat global d anthropisation par les ouvrages artificiels nombre d ouvrages recens s sur la rivi re X10 l SS longueur de la rivi re en km C est le niveau d impact de la dimension longitudinale qui est valu par cet indice Le taux d tagement T Agence de l eau Loire Bretagne 2007 qui correspond au rapport entre la somme des chutes artificielles et la d nivellation naturelle est calcul pour valuer le niveau d impact de la dimension verticale des cours d eau y gt hauteur de chutes artificielles T Se i X 100 d nivellation naturelle du cours d eau Le calcul du taux d tagement semble cependant mal appropri e aux milieux alpins en effet la forte pente naturelle de ces cours d eau tend minimiser l impact vertical de la fragmentation ainsi cette analyse est compl t e par une approche plus biologique partir des capacit s de franchissement des esp ces ou groupe d esp ces L impact vis vis de la continuit piscicole po
87. ux si justifi est r alis partir de la carte IGN au 1 25000 me Les informations relatives des changements de d bits importants du cours principal affluences importantes d bits r serv s restitution de d bit sont replac es sur le profil en long 11 2 OBSTACLES A LA MIGRATION DES POISSONS RELEVES EXHAUSTIFS La fragmentation anthropique du milieu est galement consid r e dans le d coupage des tron ons du fait de leur impact sur l hydromorphologie des cours d eau et sur la continuit biologique IER _ R colte des donn es La m thodologie mise en place afin de caract riser la fragmentation des cours d eau r sulte des travaux r alis s en 2009 et 2010 Gaillard 2009 Chasserieau 2010 En premier lieux l ensemble du lin aire est parcouru exhaustivement afin de recenser les ouvrages artificiels et naturels Des pr cisions sur la nature et l usage sont relev ainsi que la localisation sur carte ou GPS Cette tape peut tre associ e aux relev s d habitat et ou aux recensements de fray res I p 14 et I 1 p 15 Outre l int r t de disposer de donn es exhaustives hi rarchisation des ouvrages quiper cette tape pr alable permet un r el gain de temps au moment des mesures pour localiser rapidement les ouvrages devant faire l objet d une caract risation Ensuite les ouvrages recens s font l objet d une visite sp cifique pour d crire pr cis ment l ouvrage Le
88. x 4 34 T gt 1 17 Ln do x D 100 1 50 Ts 1 75 Ln Sm p x x 100 3 92 Le niveau typologique th orique NTT s obtient gr ce une formule finale Ta 0 45 x Ti 0 30 x T gt 0 25 x T3 21 IV Etude du compartiment macrobenthique V 1 RECOLTE ET TRAITEMENT DES DONNEES L chantillonnage des communaut s d invert br s est adapt du protocole d analyse semi quantitative adapt de Bacchi 1994 Parmentier 1994 Teleos 2000 Ce protocole est fond sur une prospection plus compl te de l espace fluvial 12 placettes dans ce type d tude et sur une d termination g n rique des taxons pr lev s Il balaye les trois composantes majeures de P habitat aquatique nature du substrat vitesses de courant et hauteurs d eau Lors de l chantillonnage des stations chaque couple substrat vitesse recens est chantillonn au moins une fois dans la hauteur d eau o il est le plus repr sent Dans le cas d une vari t de substrat vitesse inf rieure 12 les pr l vements sont dupliqu s pour les couples dominants dans les classes de profondeurs diff rentes Afin de disposer de donn es homog nes sur le territoire acquises principalement l aide de l application du protocole IBGN les pr l vements sont effectu s comme suit phase 1 les pr l vements sont r aliser selon le protocole IBGN phase 2 le compl ment 12 est effectu sur les combinaisons de subs

Diagnose écologique et plan de gestion piscicole appliqués aux

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