Guide de prélèvements des pièces calcifiées - Archimer
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1. Figure 16 Valise compartiment e utilis e pour le transport Le transport entre laboratoires doit tre pr f rablement r alis avec les v hicules IFREMER car ce mat riel est tr s fragile Lorsque celui ci n est pas possible l utilisation d un transporteur ou de la poste peut tre r alis e pour l acheminer au p le de Scl rochronologie Les colis sont adresser K lig MAHE IFREMER P le de Scl rochronologie Centre Manche mer du Nord Laboratoire Ressources Halieutiques 150 quai Gambetta BP 699 62 321 Boulogne sur mer Guide de pr l vements des pi ces calcifi es Janvier 2013 Bibliographie 14 Contact Lors du d part d un colis il faut envoyer un mail au p le de Scl rochronologie qui vous informera en retour de la r ception du colis D lai maximum les pi ces calcifi es pr lev es au trimestre n doivent tre env2. Willams T amp Bedford B C 1974 The use of otoliths for age determination In Bagenal T B Eds Ageing of Fish Proceedings of an International Sympopsium Old Working Survey England Unwin Brothers 114 123 Guide de pr l vements des pi ces calcifi es Janvier 2013
3. 6 Param tres biologiques 4SSo0cl s ait tn 12 7 Envoi de pi ces calcifi es au p le de Scl rochronologie R 13 DOLON E i me dti no tie cent a ie dite en 14 3 Guide de pr l vements des pi ces calcifi es Janvier 2013 1 Contexte Ce guide pr sente les modes et r gles de pr l vement puis d envois des pi ces calcifi es dans le cadre de r seaux de surveillance coordonn s au niveau international en particulier au sein du r glement europ en sur la collecte des donn es halieutiques DCF jusqu en 2013 puis DCMAP Data Collection Multi Annual Programme partir de 2014 Ce guide a pour but de standardiser les pr l vements effectu s l Ifremer Il reprend et compl te la synth se fran aise des proc dures d estimation d ge Mah et al 2009 et le manuel d utilisation du fichier Parametres biologiques v5 xls Mah et al 2007 Les proc dures d crites dans ce guide sont conformes aux r f rentiels de la base Harmonie de l Ifremer Pour toutes remarques sur ce document merci d envoyer un mail admsih ifremer fr en pr cisant dans l objet Guide de pr l vements des pi ces calcifi es 2 Pi ces calcifi es utilis es Dans le cadre du suivi europ en des esp ces commerciales la pi ce calcifi e utilis e est toujours l otolithe l exception de 4 esp ces le bar la daurade royale et les baudroies blanche et noire Les otolithes sont les p
4. riorer l aspect du poisson en vue de sa commercialisation ult rieure Elle est utilis e pour les poissons ronds visc r s et saign s ainsi que pour la cardine franche Guide de pr l vements des pi ces calcifi es Janvier 2013 Types de pr l vement 9 Figure 8 Pr l vement des otolithes partir d une coupe ventrale de la t te travers les branchies sur un poisson rond In Panfili ef al 2002 4 2 Pr l vement des cailles Les cailles sont certainement les structures les plus simples pr lever Cependant la zone de pr l vement est tr s importante pour viter les cailles r g n r es Chez le bar et la daurade royale elles sont toutes pr lev es sous la nageoire pectorale zone o la r g n ration est moins fr quente et laissant peu de traces visibles lors de la commercialisation du poisson Fig 9 Figure 9 Pr l vement des cailles sous la nageoire pectorale zone de pr l vement en rouge chez le bar et la daurade royale photographies Pierre Porch Le pr l vement d cailles s effectue l aide d un couteau lame en inox propre ou ventuellement avec des pinces brucelle Fig 10 Le pr leveur passe d abord la lame d avant en arri re pour enlever le maximum de mucus les impuret s voire des cailles d tach es ne provenant pas n cessairement du poisson puis la lame est pass e sur un chiffon propre La personne effectue ensuite un mouvement d arr
5. une coupe frontale sur un poisson rond In Panfili et al 2002 Ce type de pr l vement est aussi r alis chez des poissons plats Pour pr lever les otolithes le poisson est maintenu plat sur le ventre et une coupe frontale est r alis e Apr s avoir cart les deux parties du cr ne les otolithes sont pr lev s Fig 5 Figure 5 Pr l vement des otolithes partir d une coupe frontale sur un poisson plat Guide de pr l vements des pi ces calcifi es Janvier 2013 Types de pr l vement 8 4 1 2 Coupe transversale La coupe transversale est r alis e en s parant le corps de la t te du poisson Cette coupe se r alise de la partie dorsale vers la partie ventrale Fig 6 et 7 Figure 7 Pr l vement des otolithes partir d une coupe transversale sur un poisson rond In Panfili ef al 2002 4 1 3 Coupe ventrale Sur la face ventrale l opercule est cart par rapport la t te du poisson Les branchies sont alors visibles et les arcs branchiaux sont coup s sur leur bord interne La structure ventrale des os du neurocr ne appara t et tous les tissus environnants doivent ensuite tre retir s Les bulles pr otiques sont alors localis es dans la partie m dio lat rale du neurocr ne Une l g re incision dans la partie externe de ces bulles ouvre l oreille interne partir de laquelle les sagittae peuvent tre pr lev s Fig 8 Cette technique a l avantage de ne pas d t
6. Syst me d informations Halieutiques Action Param tres biologiques K lig Mah Jean Louis Dufour SI Romain Elleboode nee i me Karine S v d informations Nr Halieutiques Vincent Badts Janvier 2013 V 1 Guide de pr l vements des pi ces calcifi es mes 79 20 23 22 23 JA se aa Guide de pr l vements des pi ces calcifi es La version informatique de ce document est disponible sur le site Web du SIH http sih ifremer fr Version O Dae Commentaires Janvier 2013 Janvier 2013 sommaire COMMON Seat in las raie etes e en e nn as tente let aies nie n a nat dan ie 4 2 PIECES CIC CS USC OS ELLE HR lien dentelles dti het en ecc en 4 3 1yped chantillonnagesss sin Ras naiss 4 3 1 Echantllonnage en Mer sssscscsrcssarsscsrsisosssrseisscsssoseosososissssnsooo eroro ndoa sens cteeitna se teens 5 3 2 Echantillonnage des d barquements commerciaUX sssscccecccccccccccccccccccccccceee 5 4 Types de prelevement tintin tienne rss tite diiiesses 6 4 1 Pr levement d OtOlitHes ssssne ann N 6 delel Coupe TONI E 6 PA COUDE Tins VOS dal E ospi EE aAa 8 HS COUDE VOTUEAIS SSSR a Sata 8 4 2 Pr l vement des cailles sesscsesscssosocccocesececcscsessessococecocccesecessscsssssssscscesosesesese 9 4 3 Pre leyement de Tillicium tsar ete tessnttetensstesneesntestessteniesesteti tiens 10 5 Conservation des pi ces calcifi es 5e sn rretseritien tit rretrntiier tit rie ie tie titres tn 10
7. e de maturit et le contexte d chantillonnage date lieu de capture lieu d chantillonnage Guide de pr l vements des pi ces calcifi es Janvier 2013 Type d chantillonnage J 3 1 Echantillonnage en mer De nombreuses pi ces calcifi es sont pr lev es lors des campagnes scientifiques IBTS COMOR CGFS EVHOE MEDITS selon des protocoles d finis par les groupes de travail internationaux coordonnant les campagnes tels le groupe IBTS pour la Mer du Nord et les approches Ouest de l Europe ou le groupe MEDITS pour la mer M diterran e Lors des observations la mer sur les bateaux professionnels des pr l vements de pi ces calcifi es peuvent tre effectu s lorsqu ils sont pr vus par le plan d chantillonnage national 3 2 Echantillonnage des d barquements commerciaux L chantillonnage des d barquements commerciaux est r alis en cri e Boulogne sur mer Port en Bessin Roscoff Brest Audierne Lorient Concarneau La Rochelle Les Sables d Olonne la Cotini re l le d Yeu Royan S te Il se d roule dans les halles mar e climatis es parfois en chambre froide La dur e de disponibilit du poisson est en g n ral courte et de plus fluctuante L chantillonnage n cessite 2 ou 3 personnes car ou 2 personnes mesurent les poissons l aide d un ichtyom tre Badts amp Bertrand 2012 effectuent les pr l vements et la derni re personne enregistre les donn
8. es et recueille les pi ces calcifi es en pochette ou micro tubes La manipulation de poissons destin s la commercialisation est effectu e avec des gants de caoutchouc propres granuleux et robustes Fig 1 Les pr l vements en mer et en cri e se compl tent Ainsi lorsqu un trimestre une campagne scientifique permet de commencer les N pr l vements pour faire une cl taille ge d une esp ce les pr l vements terre doivent seulement compl ter les manques en particulier dans les grandes tailles Guide de pr l vements des pi ces calcifi es Janvier 2013 Types de pr l vement 6 4 Types de pr l vement ___ Lorsque des pi ces calcifi es sont pr lev es il est n cessaire qu elles soient A nettoy es lors du pr l vement afin de retirer le mucus et autres d p ts organiques sur la pi ce Des pi ces calcifi es mal nettoy es lors du pr l vement peuvent tre inutilisables Les pi ces calcifi es peuvent tre simplement essuy es dans du papier absorbant imm diatement apr s leur extraction 4 1 Pr l vement d otolithes Les otolithes tant dans la boite cr nienne 1l est n cessaire d ouvrir celle ci Pour acc der aux cavit s qui renferment les otolithes 1l y a plusieurs plans de coupes possibles Le plan de coupe en section frontale est le plus courant et peut tre utilis avec succ s pour tous les types de poissons quelle que soit l esp ce la taille individ
9. exe Maturite Age Reference _Prelevement Reference PC Observations LPC LC AC AC LPC AC LPC LPC LC AC AC AOC AC AC AC LPC LPC AC LC AC AC AC AC Les fichiers g n r s par les s ances de pr l vements sont g r s dans une base de donn es qui offre toutes les passerelles vers la base de donn es halieutiques Harmonie Pour tout envoi de pi ces calcifi es il faut n cessairement compl ter un fichier parametres biologiques v5 xls selon le Manuel d utilisation du 3 fichier Parametres biologiques v5 xls Mah et al 2007 et envoyer par mail Guide de pr l vements des pi ces calcifi es Janvier 2013 Envoi de pi ces calcifi es au p le de Scl rochronologie 13 7 Envoi de pi ces calcifi es au p le de Scl rochronologie Les pi ces calcifi es sont pr lev es par tous les laboratoires halieutiques puis envoy es au p le de Scl rochronologie l Tfremer de Boulogne sur mer Les pi ces calcifi es sont extr mement fragiles donc il est n cessaire de bien prot ger le colis e Technique l Des enveloppes class es ou des piluliers dans un sac thermo soud Fig 15 dans un carton Figure 15 Enveloppes class es dans sac thermo soud Technique 2 Une valise compartiment e Fig 16 utilis e en campagne en mer et comme colis pour la poste
10. i ces calcifi es les plus utilis es car ils ne jouent pas le r le de r servoir calcium comme le font les cailles et les l ments du squelette interne Simkiss 1974 Ils ne sont donc presque jamais r sorb s sauf sous des conditions de stress extr mes et conservent ainsi la s quence compl te des marques de croissance enregistr es Panfili ef al 2002 Parmi les 3 paires d otolithes pour toutes les esp ces tudi es ce sont toujours les sagittae qui sont utilis s Ce sont les plus gros Pour le bar et la daurade royale l caille est la pi ce calcifi e utilis e car elle permet pour ces esp ces une estimation de l ge comparable celle obtenue partir des otolithes Les cailles utilis es sont de type ct no de Pour les baudroies blanche et noire c est l illicium ou filament p cheur qui est utilis Cependant cette pi ce calcifi e est tr s difficile lire au m me titre que l otolithe L estimation de l ge chez les baudroies reste encore sujet d bat entre scientifiques 3 Type d chantillonnage Pour le suivi des populations de poissons des pr l vements sont r alis s soient au cours des 4 trimestres soit une fois dans l ann e Les pr l vements sont r alis s en mer lors de campagnes scientifiques ou terre en cri e Lorsqu un poisson est chantillonn pour estimer son ge 1l est n cessaire de noter ses param tres biologiques esp ce taille et poids individuels sexe stad
11. i re en avant en mettant la lame 60 et le pouce servant bloquer les cailles pr lev es sur la lame la fin du mouvement Le poisson est ainsi caill sur 1 3 cm suivant la grandeur du poisson Il est conseill de prendre suffisamment d cailles car sur la totalit du nombre pr lev le pourcentage d cailles lisibles peut varier de 0 70 Suivant le contexte du pr l vement 1l est conseill de prendre sur un poisson destin la vente une vingtaine d cailles Guide de pr l vements des pi ces calcifi es Janvier 2013 Conservation des pi ces calcifi es 10 4 3 Pr l vement de l illicium Chez les baudroies noire et blanche le filament p cheur aussi appel illicium est extrait avec un couteau et les 3 4 premiers centim tres partir de la base sont collect s Ce pr l vement ne d t riore pas l aspect du poisson Fig 11 Figure 11 Pr l vement de l illicium chez les baudroies axe de coupe en rouge L illicium est extrait avec sa base nettoy e des tissus mous Lorsque les illiciums sont pr lev s il est particuli rement n cessaire de les VW nettoyer car ils pr sentent souvent norm ment de mucus Celui ci se collant par la suite aux pochettes de stockage peut rendre les pr l vements inutilisables 5 Conservation des pi ces calcifi es La meilleure m thode pour conserver les otolithes est de les stocker compl tement sec Apr s nettoyage ils son
12. oy es au d but du trimestre n 1 pr f rer des d lais plus courts en cas de pr l vements mensuels Bibliographie Badts V amp Bertrand J 2012 Guide de la mensuration des esp ces en halieutique poissons mollusques crustac s reptiles marins mammif res marins http archimer ifremer fr doc 00001 6237 Brothers E B 1987 Methodological approaches to the examination of otoliths in ageing Studies n Summertfelt R C amp Hall G E Eds The age and growth of fish Ames lowa USA The lowa State University Press 319 330 Mah K Bellail R Dufour J L Boiron Leroy A Dim et J Duhamel E Elleboode R F lix J Grellier P Huet J Labastie J Le Roy D Lizaud O Manten M L Martin S Metral L N delec D V rin Y Badts V 2009 Synth se fran aise des proc dures d estimation d ge French summary of age estimation procedures http archimer ifremer fr doc 00000 7294 Mah K Vigneau J amp Badts V 2007 Saisie des param tres biologiques Manuel d utilisation du fichier Parametres biologiques v5 xls 27p Panfili J Pontual H de Troadec H amp Wright P J Eds 2002 Manuel de scl rochronologie des poissons Co dition Zfremer IRD 464p Simkiss K 1974 Calcium metabolism of fish in relation to ageing In Bagenal T B Eds Ageing of Fish Proceedings of an International Sympopsium Old Working Survey England Unwin Brothers 1 12
13. t s ch s par simple exposition l air temp rature ambiante ou dans une tuve basse temp rature Panfili ef al 2002 Il y a 2 modes de stockage utilis s l Ifremer Fig 14 Guide de pr l vements des pi ces calcifi es Janvier 2013 Conservation des pi ces calcifi es 11 des enveloppes papiers des microtubes de type Eppendorf Figure 14 Pochettes en papier et micro tubes utilis s par le stockage des pi ces calcifi es Les eppendorfs sont n cessaire lorsque les otolithes sont tr s petits et ou tr s fragiles comme chez les rougets barbets de roche et de vase et chez Y l anguille Ces 2 modes de stockage pr sentent des avantages et des inconv nients Les pochettes en papier recommand es par Williams amp Bedford 1974 sont tr s pratiques lors des chantillonnages et lors du rangement pour conserver des pi ces calcifi es assez volumineuses mais fragiles Ainsi ce syst me est le plus utilis l Ifremer S assurer que la pi ce calcifi e soit au fond de la pochette Ne jamais utiliser d lastiques qui peuvent casser les otolithes gt Ne jamais agrafer les enveloppes papier Le r f rence de l chantillon et toutes les informations li es date longueur sexe stade de maturit sexuelle esp ce num ro de trait sont report es sur la pochette avant l introduction de la pi ce calcifi e L usage de micro tubes n cessite d ins rer ou de coller une tiquet
14. te informative Les micro tubes ont l avantage d tre suffisamment rigides pour prot ger efficacement les otolithes des cassures cons cutives la manipulation lors d envoi ou de rangement Les zones de stockage fra ches et obscures sont probablement les meilleures et les otolithes s ch s peuvent ainsi tre conserv s ind finiment Brothers 1987 In Panfili et al 2002 Il est noter qu une conservation dans un milieu aqueux comme l alcool peut tre utilis Ceci peut tre particuli rement utile pour les otolithes petits et fragiles La concentration de l alcool doit tre de 95 au minimum Panfili ef al 2002 Guide de pr l vements des pi ces calcifi es Janvier 2013 Param tres biologiques associ s 12 6 Param tres biologiques associ s Lorsqu un poisson est chantillonn pour estimer son ge il est n cessaire de noter les param tres biologiques taille et poids individuels sexe stade de maturit et d chantillonnage date lieu Toutes ces donn es et celles li es l ge sont stock es dans un fichier Standardis parametres biologiques v5 xls utilisable quel que soit le lieu de pr l vement en mer ou terre et qui comporte les champs suivants AC Navire Engin Code_Espece Description Increment Unite Taille Unite Poids Presentation Maturite Echelle Type_PC Preparation_PC Poids_ PC Cat Date Numero Trait Lieu Zone Taille Poids S
15. uelle ou encore la morphologie cr nienne Cependant une m thode donn e est utilis e pour une esp ce donn e apr s une phase d adaptation et de mise au point technique Les outils de coupe varient en fonction de la taille du cr ne mais en g n ral un couteau est la plupart du temps parfaitement adapt La coupe doit tre r alis e avec pr caution pour viter de sectionner l oreille interne et les otolithes Apr s avoir effectu la coupe appropri e les otolithes sont en g n ral pr lev s avec des pinces fines brucelle 4 1 1 Coupe frontale Le poisson est maintenu par les yeux entre le pouce et l index une coupe 45 est r alis e au niveau du front Fig 2 aT E Fani i DE 4 j Fl 3 Lt F E m Ee an j a AE k 1 i Per r Figure 2 Position de la coupe frontale du cr ne trait rouge Une autre technique utilis e pour les rougets barbets de roche et de vase est une coupe frontale invers e Fig 3 Guide de pr l vements des pi ces calcifi es Janvier 2013 Types de pr l vement 7 Figure 3 Position de la coupe frontale invers e du cr ne trait noir Apr s avoir ouvert le cr ne et d plac l enc phale en basculant la r gion ant rieure de la t te du poisson les deux plus gros otolithes les sagittae sont facilement observables Ils sont pr lev s l aide d une pince brucelle en acier inoxydable Fig 4 Figure 4 Pr l vement des otolithes partir d
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