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Bacillus

1. ccccccccccccccccccccccecenananaas val N de demande Lab No nAxIdeN Bacinus Origine du Pr l vement Specimen Type cc cec ccecciccaa cinesi Bacillus 1 BAC1 Bacillus 2 BAC2 34 5 6 7 8 9110 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 20 24 N puits Well No 1 2 Is lo z ju lt ja fe fo jw lo lo 2 16 gt IN la lS lo a le lo Reaction W lt Z lt I D gt ass ja Ja lt u lt o 2 3 8 a F X lt S IS Z 2 3 lt S gt 2 2 R sultat Result R sultat Result Cotation 4 2 1 4 21 42 1 421 42 1 42142 1 4 2 1 reactions nAxIdeN sacinus Origine du Pr l vement Specimen Type ccc cec ccecciceaa cinesi N de demande Lab No Bacillus 2 BAC2 Bacillus 1 BAC1 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 20 24 Nepuits Well No 1 2 3 4 5 6 7 8 9 Is lo Z la lu 2 l fo fw la fo l S Io l gt IN la IS lo le lo le lo Reaction a LU lt Z lt I o DE gt lt A IQ y Er sou lt O G o a F x lt G Z 5 2 2 2 3 lt O gt 2 2 R sultat Result R sultat Result Cotation 4 2 1 4 2 1 4 2 1 4 2 1 4 2 1 4 2 1 4 2 1 4 2 1 Y reactions val N de demande Lab No nAxIdeN Bacinus Origine du Pr l vement Specimen Type cc cec ccecciccaa cinesi Bacil
2. T T 1 1 P macerans ATCC 8244 NCTC 6355 i EIEAZEZA ENE Em P alvei ATCC 6344 NCTC 6352 ae ee ee eas Base de donn es Le syst me d identification TAXiden Bacillus est bas sur des m thodes de test biochimique standard Les donn es fournies pour l interpr tation des profils de r action sont fond es sur des sources documentaires tablies Caract ristiques de performance Le syst me d identification TAXiden Bacillus a t valu par rapport un produit du commerce reconnu pour l identification des isolats bact riens de culture Microgen ID Total Bacillus MID Produit concurrent 66 j eee 1 Deux isolats identifi s comme B amyloliquefaciens du groupe B 2 2 2 subtilis B cereus 11 11 11 B licheniformis 11 11 11 2 Deux B thuringiensis non inclus dans la base de donn es du produit P macerans 1 1 1 concurrent Isolats identifi s comme B cereus B thuringiensis appartient au groupe B subtilis Si l identification de B cereus est consid r e comme B megaterium 1 1 i correcte l accord du concurrent est de 100 4 4 4 B sphaericus 11 11 11 2 2 0 1 1 1 B circulans 2 2 2 Accord 100 95 9 REPRODUCTIBILITE Intra lots Un panel de six cultures bact riennes a test l aide d un lot de TAXiden Bacillus dans trois cas en utilisant un op rateur diff rent po
3. l arginine en ornithine ammoniac et CO2 ne Cette convertion se traduit par une augmentation du Ph et un Vert Arginine Dihydrolase p 8 de changement de couleur du bleu de bromothymol qui passe du vert au bleu Apr s 48H les colorations vertes indiquent une r action n gative L utilisation du citrate comme seule source de carbone se traduit par Jaune 22 Citrate une augmentation du ph Passage du bleu de bromothymol du jaune vert Bleu Vert nale p le au bleu P La production d ac tone partir du glucose est d tect e par la formation zei a Rose Couleur 23 VP d un complexe rose rouge apr s addition d alpha naphtol et cr atine en y Rouge paille pr sence de KOH 24 Contr le Contr le des carbohydrates Rouge i Ref FP Ve TAXiden BACILLUS f FP 0046 Notice d utilisation Valid 24 04 09 Autres conditions requises 1 LO 00 A UT BD beep Ul R W MN HEO Logiciel d identification TAXiden fournit une identification bas e sur la probabilit le de probabilit ainsi que la vraisemblance avec une analyse de la qualit de diff renciation Huile min rale R actifs VP et VP Il R actifs Nitrates A et B R actif indol Kovac s Code couleurs pour la lecture des r sultats G loses au sang G lose nutritive Pipettes couvillons et oeses st riles pour bact riologie Incubateur sans ventilateur 30 C R frig rateur 2
4. 19 Lire et enregistrer les r sultats apr s 60 secondes La formation d une coloration rose rouge indique une r action positive Ajouter une goutte de r actifs VPI et VPII dans le puits 23 apr s 15 30 minutes La formation d une coloration rose rouge indique une r action positive Effectuer le test de r duction des Nitrates dans la cupule 20 en ayant au pr alable not le r sultat de ONPG Ajouter une goutte de r actifs nitrate A et nitrate B et lire les r sultats au bout de 60 secondes Enregistrer ces tests additionnels sur les formulaires fournis IDENTIFICATION Sur le formulaire de r sultats TAXiden Bacillus ou sur le logiciel TAXiden les substrats ont t organis es en triplettes 3 s ries de r actions A chaque substrat est attribu e une valeur num rique 1 2 ou 4 La somme des r actions positives pour chaque triplette constitue l un des chiffres du code octal utilis pour d terminer l identification de l esp ce Ce code est entr dans le syst me d identification TAXiden qui g n re un rapport de 3 organismes les plus probables identifi s dans la base de donn es Notice d utilisation C YE TAXiden BACILLUS R f FP 0046 Valid 24 04 09 Exemple de formulaire de r sultats al AFIN sacitus N de demande Lab No Origine du Pr l vement Specimen Type moccoccncnonccninconcnconconanonanano nos Bacillus 1 BAC1 Bacillus 2 BAC2 N pui
5. 8 C Marqueur R actifs pour coloration de GRAM R actif pour test de catalase Microscope lames et lamelles Vortex Pour garantir une bonne r ponse colorim trique les r actifs additionnels exigences 2 7 doivent tre achet s aupr s de la soci t i2a Mises en garde et pr cautions d utilisation Mesures de s curit 1 TAXiden Bacillus est un syst me pr vu pour tre utilis par du personnel de laboratoire form en milieu aseptis et avec les pr cautions microbiologiques ad quates Il doit tre utilis conform ment aux instructions du kit Les r actifs fournis sont destin s exclusivement au diagnostic in vitro Les pr cautions doivent tre prises lors de la manutention ou l limination des agents potentiellement pathog nes Apr s utilisation liminer tous les l ments contamin s apr s autoclavage incin ration ou immersion dans un d sinfectant appropri par exemple hypochlorite de sodium une concentration finale de 3 pendant 30 minutes Les d chets liquides contenant de l acide doivent tre neutralis s avant traitement Les r actifs additionnels doivent tre manipul s avec pr caution car ils peuvent contenir des substances corrosives ou irritantes Consulter les flacons pour plus d information TAXiden Bacillus est un systeme pr vu pour identifier les bacillus spp m sophiles d crits dans la base de donn es responsables d infection d aliments Il est possible cepe
6. CEDURE S lection des colonies pour identification Les colonies doivent tre test es partir de culture pure de 18h 24h sur milieux non s lectifs type g lose au sang Repiquage partir d une primo culture Avant inoculation dans TAXiden Bacillus les colonies doivent tre v rifi es afin de s assurer qu elles appartiennent au genre Bacillus Bacillus Gram Endospore Notice d utilisation i R f FP Lt TAXiden BACILLUS f FP 0046 Valid 24 04 09 Catalase positive La temp rature optimale de croissance est comprise entre 25 et 45 C m sophiles Les souches thermophiles gt 45 C ou psychrophiles lt 25 C ne sont pas identifi es par ce produit Pr paration de l inoculum e Porter temp rature ambiante le bouillon de suspension bact rienne ainsi que les galeries avant inoculation e Pr lever les colonies de 18 24 H partir d une culture pure Pr l vement avec un oese st rile et bien mulsionner les colonies dans le bouillon de suspension e M langer soigneusement en utilisant un vortex jusqu obtention d une suspension quivalente 2 Mac Farland e _Inoculer les galeries 10 minutes apr s pr paration de la suspension bact rienne Inoculation et incubation e Sortir les galeries de leur sachet et les placer sur le support e Oter avec pr caution l adh sif de protection de la galerie NE PAS jeter ou contaminer cet adh sif qui de
7. Inden Systeme d identification BACILLUS Notice d utilisation i2a H Parc Eur ka M 401 avenue du Walhalla M CS83406 o s 34060 MONTPELLIER Cedex 2 M France T l 33 0 4 67 50 48 00 M Fax 33 0 4 67 17 09 06 Notice d utilisation C vs TAXiden BACILLUS R f FP 0046 Valid 24 04 09 Utilisation TAXiden Bacillus est un syst me d identification destin tre utilis pour l identification des esp ces et genres Bacillus m sophiles dans des pr l vements alimentaires ou cliniques Il est destin exclusivement au diagnostic in vitro Bacillus species B thiaminolyticus Paenibacillus species Groupe B cereus B freudenreichii P alvei B firmus B globisporus P polymyxa B badius B sphaericus P macerans B laevolacticus B pumilus B coagulans B licheniformis Brevibacillus species B lentus B megaterium Br brevis B amyloliquefaciens Br laterosporus B subtilis Vergibacillus species B circulans V pantothenticus B insolitus Remarque Le groupe B cereus comprend B cereus B thuringiensis B mycoides et B weilhenstephanensis Sur la base des essais biochimiques habituels il est impossible de distinguer ces esp ces voir limites d utilisation D finition des pictogrammes utilis s ml Fabricant Dispositif M dical de Diagnostic In Vitro lt c Esel Reference du catalogue Code du lot Utiliser jusque Limites de tem
8. distinguer ces esp ces Le tableau suivant permet de confirmer le diagnostic Organism Motility B cereus B thuringiensis B mycoides B weihenstephanensis 8 B subtilis B amyloliquefaciens B licheniformis and B pumilus appartiennent au groupe B subtilis Ces esp ces tant tr s proches des essais compl mentaires peuvent tre n cessaires pour r aliser la diff renciation 9 L inoculation d une boite de puret est recommand e pour s assurer qu une seule esp ce a bien t introduite dans les galeries 10 TAXiden Bacillus n identifiera les organismes qu une temp rature optimale de pousse comprise entre 25 et 45 C Par cons quent les souches se d veloppant moins de 25 C Psychrophiles ou les isolats se d veloppant plus de 45 C thermophiles ne sont pas identifi s par ce produit JA Notice d utilisation TAXiden BACILLUS vb C R f FP 0046 Valid 24 04 09 Notice d utilisation Lo TAXiden BACILLUS R f FP 0046 Valid 24 04 09 Contr les Qualit Le syst me d identification TAXiden doit tre contr l en utilisant des souches de contr le appropri es Les cultures suivantes sont recommand es pour le laboratoire Well Number 1 2 3l41516 7 8 11 B licheniformis ATCC 14580 I II nete 10341 pp ENESES mE 1 1 1 1 1 10320 T V
9. lus 1 BAC1 Bacillus 2 BAC2 34 5 6 7 8 9110 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 20 24 N puits Well No 1 2 Is lo z ju lt ja fe fo jw lo lo 2 16 gt IN la lS lo a le lo Reaction W lt Z lt I D gt ass ja Ja lt u lt o 2 3 8 a F X lt S IS Z 2 3 lt S gt 2 2 R sultat Result R sultat Result Cotation 4 2 1 4 21 42 1 421 42 1 42142 1 4 2 1 reactions nAxIdeN sacinus Origine du Pr l vement Specimen Type ccc cec ccecciceaa cinesi N de demande Lab No Bacillus 2 BAC2 Bacillus 1 BAC1 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 20 24 Nepuits Well No 1 2 3 4 5 6 7 8 9 Is lo Z la lu 2 l fo fw la fo l S Io l gt IN la IS lo le lo le lo Reaction a LU lt Z lt I o DE gt lt A IQ y Er sou lt O G o a F x lt G Z 5 2 2 2 3 lt O gt 2 2 R sultat Result R sultat Result Cotation 4 2 1 4 2 1 4 2 1 4 2 1 4 2 1 4 2 1 4 2 1 4 2 1 Y reactions
10. ndant que d autres bacilles s ils sont lus par le systeme TAXiden Bacillus aboutissent un code octal qui peut tre identifi tort comme l un des germes de la base de donn es Afin de limiter ce risque il est recommand aux utilisateurs de suivre strictement les m thodes de mise en culture et pr identification Proc dure 1 Le syst me TAXiden Bacillus doit tre utilis conform ment aux instructions fournies dans le kit 2 Les galeries ne doivent pas tre incub es dans un incubateur CO2 3 Une incubation inappropri e un remplissage incorrect des puits ou une densit d inoculum inexacte peuvent produire des r sultats erron s 4 Le test de fermentation carbohydrate doit toujours tre lu par comparaison avec le puits de contr le puits 24 BAC2 5 Le test de fermentation carbohydrate doit tre lu la fois apr s 24 et 48 heures d incubation Si le test est positif apr s 24 heures d incubation et n gatif apr s48 heures d incubation alors le r sultat doit tre enregistr positif Stockage et dur e de vie Les galeries TAXiden Bacillus sont stables dans les sachets non ouverts et conserv s 2 8 C jusqu la date d expiration indiqu e sur l tiquette Une fois ouverts les sachets peuvent tre conserv s jusqu 14 jours 2 8 C condition d tre referm s de mani re tanche et de contenir les dessicants Les bouillons pour suspension doivent tre conserv s 2 8 C PRO
11. ns B licheniformis and B pumilus belong to the B subtilis group 5 B pantothenicus now Vergibacillus pantothenicus Le nombre indique le pourcentage de souches positives JA Notice d utilisation TAXiden BACILLUS vb C R f FP 0046 Valid 24 04 09 Notice d utilisation ivo C R f FP 0046 Valid 24 04 09 TAXiden BACILLUS VO ABAQUES DE COULEUR Puits 24 1a18 1a18 19 20 21 22 23 20 7 r actifs Fermentation Fermentation nn Carbohydrate Indole ONPG Arginine Citrate VP Nitrate i carbohydrate carbohydrate contr le n gatif 24 48H 24H 24 48H 24 48H 24 48H 24 48H 24H 48H N gative Puits 24 F i Positive gt nAxIdeN Bacinus Origine du Pr l vement Specimen Type ccc cec ccecciceaa cinesi N de demande Lab No Bacillus 2 BAC2 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 20 24 Bacillus 1 BAC1 21314 5 617 8 9 N puits Well No 1 Is lo Z la lu 2 l fo fw la fo l S Io l gt IN la IS lo le lo le lo Reaction a wi Z I D gt lt QD Q dC lt sou lt o Z 3 8 a F X lt S IS Z 2 3 lt o gt 2 2 R sultat Result R sultat Result Cotation 4 2 1 4 21 42 1 4 2 1 4 211 42142 142 1 reactions Code obtenu Profile No Identification
12. p rature consulter le manuel d utilisation Pr sentation du produit REF E Coffret contenant e Support de galeries TAXiden Bacillus e 20 jeux de galeries BAC1 et BAC2 en sachet individuel Notice d utilisation avec abaques Tableau d enregistrement des r sultats 20 flacons de bouillon pour suspension 010005 Mode Op ratoire simplifi BACILLUS Avant toute inoculation dans le syst me TAXiden Bacillus il est n cessaire de v rifier les isolats afin de s assurer qu ils font partie du genre Bacillus Bacille Gram Formant des endospores Catalase positive Temp rature optimale de croissance comprise entre 25 et 45 C c est dire m sophiles Les isolats se d veloppant lt 25 C psychrophiles ou gt 45 C thermophiles ne sont pas identifi s par ce produit SELECTION S lectionner des colonies pour atteindre un inoculum de densit souhait e 2 Mac Farland INOCULUM Emulsionner les bacillus dans le bouillon INOCULATION Mettre 4 gouttes de la suspension 100 125ul dans chaque puits RECOUVREMENT PAR DE L HUILE TEMPS D INCUBATION VERIFICATION Puit 21 Arginine Incuber a 30 C pendant 24 H et 48H Lire et noter les r sultats a 24 Heures Remettre les galeries a incuber a 30 C pour une nouvelle p riode de 24H AJOUT REACTIFS Apr s 48H d incubation ajouter les r actifs additionnels ADDITIONNELS Puit 19 Kovac Ajouter 2 gouttes de r actif de Kovac Lire les r
13. s pour l identification et la diff renciation de ce type d organismes L identification est ensuite r alis e par enregistrement des r sultats obtenus sous forme de changement de coloration apr s 24 et 48 heures d incubation 30 C et l addition des r actifs appropri s Indole Nitrate et VP test et analyse via le logiciel TAXiden Table des substrats Substrat R action Positive N gative Cellobiose L acidification produite par la fermentation des carbohydrates se traduit Raffinose AN A i Rouge par le passage de l indicateur de ph Rouge de ph nol du rouge au jaune Salicin Trehalose Adonitol Jaune L acidification produite par la fermentation des carbohydrates se traduit Methyl D Mannoside ec ee A par le passage de l indicateur de ph Rouge de ph nol du rouge au jaune Methyl D Glucoside Melezitose indole L indole est produit partir du tryptophane en donnant une coloration Rose Incolore rose rouge apr s ajout du r actif de kovac rouge Jaune Hydrolyse ONPG L hydrolyse de ONPG par la B galactosidase se traduit 20 ONPG par la production d orthonitroph nol Passage de l incolore n gatif au Jaune Incolore jaune positif 20 5 eee Er RE A y La r duction des nitrates en nitrites est indiqu e par la formation d une Incolore Nitrate E rn ER q Rouge reati coloration rouge apr s ajout de r actifs Nitrates A et B jaune L arginine dihydrolase converti
14. sultats apr s 60 secondes LECTURE INITIALE Notice d utilisation Ve see R f FP 0046 Valid 24 04 09 Puit 23 VP Ajouter 1 goutte de VP1 et une goutte de VP2 Lire les r sultats apr s 15 a 30 minutes Puit 20 R duction des nitrates Lire et enregistrer le r sultat ONPG puis ajouter 1 goutte de Nitrate A et 1 goutte de Nitrate B Lire les r sultats apr s 60 secondes LECTURE FINALE Interpr ter les r sultats l aide du logiciel TAXiden bacillus Notes la pr sence d un cercle noir autour du bord sup rieur d un godet indique que ce godet requiert l ajout d huile min rale avant l incubation La pr sence d un cercle vert autour du bord sup rieur d un godet indique que ce godet requiert l ajout de r actifs apr s l incubation Notice d utilisation Ve g ass active R f FP 0046 Valid 24 04 09 Principe du test Le syst me d identification TAXiden Bacillus est constitu de 2 galeries identifi es BAC1 et BAC2 de 12 puits chacune contenant des substrats biochimiques d shydrat s pour la r alisation de tests de fermentation de glucides ou d autres tests biochimiques Le dernier puits de la seconde galerie est un puits de contr le de fermentation glucidique destin servir de puits de r f rence pour l interpr tation des tests La s lection des substrats a t r alis e par analyse informatique de tous les substrats disponible
15. ts WellNo 1121314 5 617 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21122 23 20 24 Reaction d lt O INO MAN MNS RAF RHA SAL SOR SUC TRE XYL ADO GAL MDM MDG INU MLZ IND ONPG ARG CIT VP NIT NEG 4sultat Resu 4sultat Resu Cotation 4 2 1 4 2 1 4 2 1 42 1 42 1 4 2 1 4 2 1 4 2 1 Y reactions Limites d utilisation 1 Les r sultats doivent tre interpr t s par un clinicien ayant connaissance de toutes le informations cliniques et biologiques disponibles 2 TAXiden Bacillus est un syst me d identification con u pour l identification des bact ries du genre Bacillus uniquement Il ne peut tre utilis pour identifier des organismes d autres genres 3 Les tests doivent tre r alis s sur des colonies s par es et pures car des colonies m lang es risquent de produire des r sultats erron s 4 Les r actions obtenues l aide du syst me TAXiden Bacillus peuvent diff rer des r sultats publi s obtenus avec d autres formules de substrat ou d autres r actifs 5 Certaines souches bact riennes peuvent produire des r actions biochimiques atypiques et tre difficile identifier 6 Les r sultats d identification issus d un traitement informatique doivent tre interpr t s par un personnel poss dant la formation apporpri e 7 Le groupe B cereus comprend B cereus B thuringiensis B mycoides et B weilhenstephanensis Les tests biochimiques r alis s en routine permettent de
16. ur chaque cas Les r sultats des tests obtenus par ces trois op rateurs taient tr s troitement corr l s donnant une reproductibilit intra lots globale de 98 Inter lots Trois lots de TAXiden Bacillus ont t test s l aide d un panel de six cultures bact riennes Il en a r sult une reproductibilit inter lots de 98 Notice d utilisation g R f FP 0046 E TAXiden BACILLUS ie 24 04 09 Base de donn es Le syst me d identification TAXiden Bacillus est fond sur des m thodes de tests biochimiques Les donn es fournies pour l interpr tation des profils de r action est bas e sur de sources de la litt rature reconnues P alvei 2 B amyloliquefaciens 4 B badius B cereus Group 1 B circulans B coagulans B firmus B freudenreichii B globisporus B insolitus B laevolacticus B lentus B licheniformis 4 B megaterium V pantothenticus 5 B pumilus 4 B sphaericus B subtilis 4 B thiaminolyticus P polymyxa 2 P macerans 2 Br brevis 3 Br laterosporus 3 Notes 1 B cereus Group includes B cereus B thuringiensis B mycoides and B weihenstephanensis 2 B alvei B polymyxa and B macerans now Paenibacillus spp 3 B brevis and B laterosporus now Brevibacillus spp 4 B subtilis B amyloliquefacie
17. vra tre utilis ult rieurement e Utiliser une pipette st rile pour d poser 4 gouttes 100 125ul de la suspension bact rienne dans chaque puits e Apres inoculation recouvrir le puits 21 Arginine de 3 4 gouttes d huile min rale e Refermer soigneusement les puits l aide de l adh sif pr c demment utilis et incuber 30 C pendant 24 et 48 heures S assurer que les percages dans l adh sif sont bien plac s sur les puits du Nitrate et de ONPG sur la galerie BAC2 et que l tanch it est bien r alis e e R aliser le test de puret en transf rant une goutte de l organisme en suspension sur un milieu non s lectif et incuber la boite 30 C en a robiose pendant 18 24 heures Interpr tation e Apr s 24 heures d incubation d coller l adh sif sans l enlever et enregistrer tous les r sultats positifs pour les puits 1 18 en prenant comme r f rence le puits de r f rence Les couleurs orange ou de couleur jaune par rapport au puits de r f rence doivent tre class es comme positives Les r sultats de l arginine ONPG et le citrate doivent tre lus et enregistr s par rapport aux abaques de couleurs Enregistrer les r sultats sur les formulaires fournis replacer la bande adh sive et remettre les galeries 30 C pendant encore 24 heures e Apr s 48 heures d incubation ajouter les r actifs appropri s dans les puits suivants de la galerie BAC2 Ajouter 2 gouttes du r actif de Kovac dans le puits

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