ReadMe 2.0a1
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1. r e par CADIXE les autres attributs des CSS sont pour l instant ignor s Attributs standards e background color color e color color e font family font name e font style italic e font size number e font weight bold e text decoration underline line through Au sujet des boites e border color color e border width number px e border style solid dotted dashed Les attributs sp cifiques CADIXE absent du standard CSS 2 0 e border shape rectangle Contact Ce syst me est d velopp dans le cadre du projet CADERIGE http caderige imag fr qui est financ dans le cadre d une ACI Bioinformatique Pour toutes questions remarques propositions d am lioration de l diteur il faut contacter gilles bisson imag fr Par ailleurs si vous constat un probl me ou anomalie quelconque dans l diteur afin de faciliter sa correction 1l faut nous transmettre les fichiers document DTD style sur lesquels vous tiez en train de travailler au moment du probl me ainsi qu une description pr cise du probl me que vous avez rencontr2. une quantit de m moire raisonnable gt 256 Mo Installation de l application L application distribu est nomm e CADIXE Jjar il ne faut pas modifier ce nom et il n est pas n cessaire de la d compacter Lors de l ex cution le logiciel construit automatiquement si elle n existe pas d j la hi rarchie des fichiers dont il a besoin dans le dossier courant pour travailler Elle a la forme suivante e CADIXE jar ex cutable e _ resources configuration de l diteur cadixe properties fichier de pr f rence par d faut S RnS autres de fichiers de configuration e formats models mod les de documents dtd DTD et r gles de compl tion styles feuilles de styles au format CSS Lancement de l application Le lancement de l diteur sous UNIX ou Linux s effectue partir d un terminal Xterm Il faut se placer au niveau de l application puis ex cuter la ligne de commande suivante java jar CADIXE jar Projet Caderige Editeur d annotation Si l application n est pas au niveau du dossier actuel on peut aussi la lancer en indiquant le chemin d acc s Il n est plus n cessaire de mettre un argument roof comme dans la V1 16 java jar Volumes Memnos editeur version 2 CADIXE jar Sous d autres syst mes OS X notamment Windows il est galement possible de lancer l application en double cliquant simplement sur l ex cutable SomlJava jar Apr s que
3. Projet Caderige Editeur d annotation CADIXE Projet Caderige http caderige imag fr Manuel d utilisation Editeur version 2 0a1 du 23 11 04 Contact Gilles Bisson imag fr Hassiba Zidelkheir imag fr Objectifs de l diteur Cet diteur permet d annoter interactivement tout ou partie d un document textuel l aide de balises XML d crites dans une DTD Voici quelques sites pr sentant ces technologies e Pr sentation du XML http www brics dk amoeller XML overview html e Ecriture d une DTD http www w3schools com dtd dtd_intro asp Contrairement ce qui est couramment propos dans ce type d diteur l utilisateur n a pas structurer directement le texte sous la forme d un arbre XML Il peut introduire les balises une une dans l ordre o il le souhaite en surlignant la partie du texte qui l int resse et en y appliquant la balise de son choix parmi celles disponibles On reste ainsi dans une optique voisine de celle d un traitement de texte Les zones de textes balis s sont visualis es l aide d une combinaison de polices et couleurs qui sont d crites dans des feuilles de styles au format CSS librement configurables par l utilisateur Configuration minimale Le logiciel tant crite en JAVA il est ex cutable sur un large nombre de plateformes Linux MacOs X et Windows La machine virtuelle doit tre r cente version gt 1 4 2 et l on doit disposer d
4. e affiche une boite de confirmation car elle est susceptible de faire perdre la totalit des annotations effectu es dans un document Par exemple dans le cas ci dessus on aurait Avant contrast both the E213G and E213A Spo A variants showed Apr s contrast both the E213G and EZ213A 5po0A variants showed Gestion des documents Menu DOCUMENTS e Zoom niveau de zomm du document courant par d faut 100 e Spacing espacement entre les lignes du document courant e Window organisation permet de d cider le nombre de documenst visibles dans la partie annotation de l interface L utilisateur peut voir soit un seul document soit deux documents organis s verticalement ou horizontalement e Close document ferme le document courant e Liste des documents le menu se termine par la liste des documents charg s dans l diteur pour changer le document courant il suffit d en choisir un dans cette liste Projet Caderige Editeur d annotation Gestion des styles Actuellement il n y a pas encore de boites de dialogues pour configurer les diff rents fichiers utilis s par CADIXE Il fuat donc les modifier via un diteur de texte et c est notamment le cas pour les feuilles de styles associ es une DTD Dans cette nouvelle version les feuilles de styles sont cod es sous forme de CSS comme dans l HTML ils se trouvent par d faut dans le dossier formats styles Voici la liste des attributs qui est g
5. e style associ Le nom des styles charger et le chemin d acc s est directement inclus dans les fichiers XML ce qui est plus simple Projet Caderige Editeur d annotation Edition du texte Menu EDIT Le copier coller fonctionne maintenant sur les zones annot es Le texte annot est copi dans le presse papier sous la forme d une cha ne de caract res contenant les balises XML on peut donc facilement changer des annotations avec d autres logiciels e Cut coupe la partie s lectionn e et les annotations e Copy copie la partie s lectionn e et les annotations e Paste colle le contenu du presse papier On ne peut coller le contenu que si le point d insertion correspond une balise plus g n rale ou identique dans cec as on fusionne celle incluse dans le presse papier e Paste as text colle le texte brut sans les balises Gestion des balises Menu TAG e Delete current Tag Suppression de la balise courante d sign e par la position du curseur Cette commande ne modifie pas les balises qui seraient incluses dans celle ci Par exemple si l on supprime la balise ayant la feuille de style rouge Avant contrast both the E213G and E213A Spo A variants showed Apr s contrast both the E213G and E213A SpoiA variants showed e Delete Tree Tags Suppression r cursive de l ensemble des balises dans la balise courante d sign e par la position du curseur Cette command
6. lques instants la fen tre principale de l diteur appara t L application tant crite avec Swing l aspect de la fen tre change selon le syst mes la copie ci dessous est faite sur MacOs X Dans certain cas les quatre parties peuvent tre mal dimensionn es et 1l faut d placer les s parateur pour obtenir l cran ci dessous 0 2 Cadixe J File Tag Documents Z Lai New Document fu 28 X o 7 Caderige 1 61 ED NS A Possible tags a annotated document i abstract sentence XML Tree Vali Co Start End jenic interaction a v non genic agent interaction non genic target interaction experiment contains no interaction XML Tree Compilation Result Lors du lancement de l diteur on peut sp cifier dans la ligne de commande l options suivante permettant de modifier le comportement par d faut de l diteur Dans la prochaine version les autres arguments pr sents dans la V1 16 seront impl ment s galement pref path indique le chemin d acc s aux pr f rences Par d faut le chemin est l endroit ou se trouve l application En modifiant ce chemin on peut indiquer par exemple que les pr f rences sont stock es par rapport l utilisateur courant Par exemple sous Unix on pourra mettre dans le script de lancement le chemin HOME Si le fichier n existe pas c est le cas lors du premier appel le syst me effectue une copie du fichier par d faut st
7. mais capable de travailler sur plusieurs documents en m moire e New Document l diteur construit un nouveau document en prenant comme mod le le fichier mod le par d faut qui est appel pour l instant default model et qui se trouve dans le dossier formats models On peut modifier les noms de la DTD et des feuilles de styles charger en modifiant le mod le dans un diteur de texte videmment les version ult rieure permettront d effectuer cela dans l interface e Load Document Charge un document d j annot soit par l diteur actuel soit la version ant rieure Lorsqu il charge une version ant rieure le syst me charge automatiquement une feuille de style ayant le m me nom que la DTD associ e au document sinon il la cr Par exemple si le document pointait sur une DTD caderige dtd il va automatiquement charger ou cr er une feuille de styles caderige css dans le dossier formats styles ATTENTION pour que le syst me soit capable de retrouver la DTD si vous voulez mettre les DTD dans le nouvel emplacement formats DTD il faut aussi diter manuelle l ent te des fichiers annot s de mani re ce qu ils pointent bien sur ce nouveau chemin L autre solution est de remettre dans le dossier de l diteur le dossier qui contenait dans V1 16 votre DTD e Save Document Sauve le fichier annot contrairement la version pr c dente 1l n y a plus de fichier d
8. ns le format d affichage qui est associ la balise et une nouvelle balise appara t dans la zone XML A un instant donn en fonction de la position du curseur seules les balises de la DTD qui sont plus sp cifiques que la balise courante peuvent tre ins r es De mani re sym trique lorsque l utilisateur s lectionne tout une zone seules les balises qui sont plus g n rales que chacune des balises apparaissant dans cette zone peuvent tre ins r es Selon la DTD utilis e chaque balise peut avoir un certain nombre d attributs qui servent pr ciser sa signification Ces attributs et leurs valeurs apparaissent dans la partie ATT de l diteur et peuvent tre modifi s par l utilisateur Si les valeurs possibles appartiennent un type num r liste ces valeurs sont s lectionnables partir d un menu dans le cas contraire une simple zone d dition permet de saisir le texte associ l attribut A tout instant la position du curseur d termine l emplacement de la balise courante d s lors pour examiner une annotation 1l suffit de placer le curseur dans celle ci Le nom et la liste des attributs de la balise courante s affichent dans la partie ATT de l diteur La zone inf rieure gauche de l diteur affiche les balises XML ins r es dans le texte ainsi que la position de d but et fin de chaque balise exprim e en nombre de caract res Elle permet de contr ler si l annotation en cours est satisfaisa
9. nte notamment en ce qui concerne l imbrication des balises La navigation entre les deux fen tres TXT et XML est Projet Caderige Editeur d annotation synchronis e en d autres termes lorsqu on d place le curseur dans l une de ces zones l autre est automatiquement d cal e de mani re visualiser la m me information Modification d un texte et de son balisage Comme dans tout diteur l utilisateur est libre d ins rer copier coller supprimer du texte dans le document Pour supprimer une annotation il suffit de placer le curseur dans celle ci puis de cliquer sur ou de choisir dans le menu Tag la commande Delete current tag pour effacer l tiquette courante ou sur Delete tag group pour supprimer l ensemble des tiquettes de cette zone c est dire l tiquette courante et toutes celles qu elle contenait ventuellement le sous arbre XML Il peut toutefois arriver que plusieurs balises soient appliqu es sur une m me zone de texte m me position de d but et de fin Dans ce cas pour indiquer l diteur le niveau sur lequel on veut travailler il suffit de cliquer dans la zone XML sur la balise concern e Gestion des fichiers Menu FILE Les commandes de chargement de fichiers se trouvent dans le menu FILE et sont pour une partie d entre elles au moins directement accessibles sous la forme d ic nes en haut de l interface sous la barre de menus IMPORTA NT L diteur CADIXE est d sor
10. ocales ou globales aux utilisateurs Cela facilite l installation de CADIXE dans des environnements multi utilisateurs Par ailleurs l diteur auto installe les dossiers dont il a besoin lors de la premi re ex cution Projet Caderige Editeur d annotation Organisation g n rale de l interface Outre la barre de menu et la ligne d outils contenant les commandes usuelles l indicateur de position du curseur et les commandes de validation la fen tre est organis e en quatre zones qui peuvent tre redimensionn es en faisant glisser les barres de s parations e TXT Le ou les document en cours d annotation haut gauche e XML Les tiquettes XML qui ont t introduites dans le texte bas gauche e ATT La valeur des attributs de la balise courante haut droite e BAL La liste des balises utilisables bas droite dans le contexte courant FILE EDIT STYLE Commande courante status I Edition des attributs I des balises Texte en cours d annotation Liste des Balises Code XML Principes l mentaire de l annotation d un texte Le principe d utilisation de l diteur repose sur deux tapes 1 la s lection l aide de la souris de la partie du document mot paragraphe que l on souhaite annoter puis 2 sur l application d une balise cette partie Pour se faire il suffit de cliquer sur l tiquette voulue dans la liste BAL des balises La zone ainsi distingu e appara t alors da
11. ock dans le dossier Resources de l application ce qui permet facilement de distribuer une m me configuration initiale aux utilisateurs qu il pourront ensuite la personnaliser Par exemple java jar CADIXE jar pref HOME Cadixe Projet Caderige Editeur d annotation Historique des versions La version 2 0al est une version alpha 1l manque donc encore beaucoup de fonctions n anmoins outre le fait qu elle permet d annoter compl tement des documents elle apporte d ors et d j de nombreuses nouveaut es par rapport la version pr c dente Nouveaut s de la version 2 0al par rapport la version 1 16 Nouvelle impl mentation L application a t int gralement r crite ce qui a permis d avoir un gain majeur en terme de vitesse et de stabilit Les formats de fichiers ont t revus de mani re tre plus simples par exemple les feuilles de styles sont au format CSS 98 Gestion multi documents L diteur permet maintenant de charger simultan ment plusieurs documents annot s en m moire chaque document ayant sa propre DTD et ses propres styles et d en visualiser plusieurs simultan ment ce qui facilite la comparaison des annotations Copier coller de textes et de balises Le copier coller prenant en compte les annotations est enfin impl ment il permet galement d importer ou d exporter du code XML Par exemple si on copie une partie annot e et qu on la colle dans
12. un diteur de texte emacs on voit apparaitre le code XML correspondant L inverse tant galement possible on peut donc importer du code crit la main ou terme g n r par un script externe Meilleur contr le de l introduction des balises Dans la version pr c dente on ne pouvait ins rer que des balise plus sp cifiques que la balise courante dans la V2 0 l diteur contr le en outre que la balise que l on applique sur un bloc est bien plus g n rale que toutes les balises incluses Ainsi n est plus possible d appliquer plusieurs fois une balise sur une m me zone de texte Nouvelles annotations graphiques En plus de jouer sur les couleurs et les polices dans les feuilles de styles il est maintenant possible de dessiner des rectangles autour des annotations ce qui enrichie la palette visuelle un exemple est fourni avec la distribution Affichage personalisable Pour chacun des documents en m moire l utilisateur peut s lectionner le coefficient de zoom de l affichage qu il souhaite employer 50 75 100 Il n est donc plus n cessaire de modifier les styles pour am liorer la lisibilit en outre l utilisateur peut modifier la taille de l interligne Personnalisation des configurations Via les param tres pass s dans la ligne de commande lors du lancement de l diteur il est possible de r gler le comportement de l diteur de mani re d cider quelles ressources DTDs Styles sont l
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