Manuel d`utilisation d`Echobase - Archimer
Contents
1. Connecter R et Echobase Vous devez avoir install Echobase sur un serveur et ou en local avant de pouvoir interroger Echobase dans le langage de programmation scientifique R Pour interroger Echobase serveur dans R vous devez pr alablement installer la librairie RPostgreSQL La connexion avec Echobase s effectue alors avec le code R ci dessous library RPostgreSQL drv lt dbDriver PostgreSQL con lt dbConnect drv host nom_du_serveur dbname nom_de_la_base_de_donnees user nom_utilisateur password mot_de_passe port 5432 Pour interroger une Echobase embarqu e dans R vous devez pr alablement installer la librairie RH2 La connexion avec Echobase s effectue alors avec le code R ci dessous library RH2 drv lt dbDriver H2 con lt dbConnect drv host nom_du_serveur dbname nom_de_la_base_de_donnees user nom_utilisateur password mot_de_passe port 5432 6 9 Importer des donn es dans Echobase Echobase permet de restaurer les donn es d une base partir de fichiers echobase ou d importer de nouvelles donn es Restauration de base Importer des tables de r f rence r f rentiel 1 Apr s s tre connect une base de travail cliquer sur le bouton Importer une base en haut gauche 2 s lectionner import r f rentiel et le fichier echobase contenant les tables de r f rence que vous voulez importer Vous pouvez par exemple utiliser le fich2. dans la base Supprimer des donn es Les donn es import es pour chaque campagne peuvent tre supprim es en cliquant sur le bouton Supprimer des donn es Attention La suppression de ces donn es est irr versible Suivi des donn es dans la base Suivi des modifications apport es la base Toutes les modifications de donn es effectu es dans la base sont r f renc s dans le journal de la base accessible via le bouton Journal des modifications Suivi des donn es import es par campagnes Les types de donn es import es pour chaque campagne sont r f renc s dans le tableau de bord de la base accessible via le bouton Tableau de bord Exporter des donn es d Echobase Exporter des donn es via l interface web L interface web d Echobase permet d extraire des donn es de la base sous forme de fichiers texte partir de requ tes SQL Il est possible d enregistrer les requ tes courantes pour les ex cuter en routine 1 apr s s tre connect une base de travail cliquer sur le bouton Exporter des donn es dans la liste gauche cliquer sur Nouvelle requ te 3 renseigner le nom et la description puis entrer le code SQL et cliquer sur enregistrer pour ex cuter la requ te 4 les r sultats apparaissent sous la zone de d finition de la requ te et peuvent tre export s sous la forme de fichiers texte 5 une requ te enregistr e est ex cut e lorsqu elle est s lec
3. la connexion entre R et Echobase _ codeSQL est le code SQL issu d une requ te Echobase ou autre data est un dataframe contenant les donn es issues d Echobase Des exemples de requ tes R echobaseLegacyCheckr et des fonctions R sp cifiques R echobase_functions r sont disponibles sur cette page Cr er une application Echobase embarqu e Pour cr er une application Echobase embarqu e 1 dans l interface web cliquer sur le bouton cr er une application embarqu e 2 s lectionner les campagnes inclure dans l application embarqu e 3 cliquer sur cr er l application 9 9
4. Centre de Nantes D partement cologie et Mod les pour l Halieutique Mathieu DORAY Janvier 2013 R INT RBE EMH 13 01 Manuel d utilisation d Echobase Qi amp acoustica 8080 echobase home B archimer DEF Z 1 a Li E Aucune base de travail s lectionn e pl Utilisateur mathieu doray itremer tr E L BASE Quelques liens utiles EchoBase 2 4 2011 2012 Ifremer Code L Sommaire R SUM rm sn nl nt ni nr se ren es sente ee nn ent nt nn dis ste Tant 3 ADSHACt ETES ANR ni nn nee ee ee E en nn en ne en N ne eee de T E nn een 3 Pr sentations RE EA E A E EE E A sed en le nan dan en sise ne tte een O et ee eee 4 T l ch rgement et installation ne RE ni nn nn freine nice en te entra 4 Installation d une application Echobase embarqu e ss 4 Installation d Echobase sur un SerVeur isiiiiannieeneeneeeeecreneereineneenmneerene 4 Connexion aune bas d travail tn en LT run st nine aride ann 5 Connexion Echobase dans un navigateur internet 5 Connexion une base embarqu e 5 Connexion a ne base sur SeLVEUr 52 sin aisge iiine ss nent dites htene ina 5 Connexion Echobase dans LibreOffice s sesseseeseesssesssesesresesesessesessessesesseseseseseesestesseuossessstsessesestsrstectssessesesssseeseeee 5 Connexion une application Echobase embarqu e dans LibreOffice base 5 Connexion un serveur Echobase dans LibreOffice base see 5 Conne
5. Cr er une application Echobase embarqu e esse 9 2 9 R sum Manuel d utilisation de la base de donn es postgreSQL EchoBase d di e au stockage des donn es acoustiques de navigation et de p che issues de campagnes cosyst miques des r sultats d estimation de biomasse et des indicateurs d riv s des campagnes Abstract User manual of the postgreSQL database EchoBase dedicated to the storage of acoustic navigation and fishing data of ecosystemic cruises biomass estimates and population indices derived from these cruises 3 9 Pr sentation L Institut Fran ais pour l Exploration de la Mer Ifremer fournit une suite de logiciels libres pour stocker des donn es acoustiques halieutiques et calculer des indicateurs sur la base de donn es de campagnes L objectif est de contribuer la mise en place de syst mes de surveillance des cosyst mes marins aliment s par les donn es de campagnes scientifiques la mer La suite logicielle comprend une base de donn es postgreSQL d di e au stockage des donn es acoustiques de navigation et de p che issues de campagnes cosyst miques Echobase et de codes R EchoR permettant de calculer des indicateurs de l tat de populations de poissons p lagiques bas s sur les donn es stock es dans Echobase Ce document est un manuel d utilisation de la base de donn es Echobase Les caract ristiques d Echobase incluent e une interface bas e accessible via
6. cter Ret chobase 8 sn sn n ner een nee Penn inst nene A te Mets ns 6 Importer des donn es dans Echobase s ssessesessessessesessssseressesssestssesesteeserosssssstsesesesteesteoeseesertessesdststsessessessesesssesossresseess 7 Restauration de base ni nn nement nn ns nier era nen te nemntes nine 7 Importer des tables de r f rence r f rentiel 7 Importer des donn es ten iiia a A Ea nn en en nn nine 7 Importer de no velles donn es essaient nn ten is nl enter Ere taie ne 7 Sauvegarder une bases Man Men ments ne ann nn en nt ml nn Ne an he 7 Visualiser les tables modifier des donn es ss 7 Visualiser d s aDeSe nn NS M A M a ain nn ent On NRA en 7 Modifier des donn es nier nn nn tn nn tn ne ni nr a en nine 7 Modification ponctuelle de donn es ss 7 Modification massive de donn es 8 S pp imerdes donn esS inisenisi insistent ase E aE nne ete tn uns te E R SEEE Suivi des donn es dans la base Suivi des modifications apport es la base esse 8 Suivi des donn es import es par CAMPAENES reines 8 Exporter des donn es d EChObase sssssihsssnhinees iiititaitasdaelioteesennestent reseinen tee ren talus ee eh paie inaenea 8 Exporter des donn es via l interface web sessions 8 crire des requ tes SQL dans LibreOffice et les utiliser dans Echobase 8 interroger Echobase dans Rhin An nt En nitro tenant retiennent nn DM nan rte Re tn Se UR SEE 9
7. ger le pilote JDBC Un message doit appara tre confirmant que le pilote a bien t charg Si un message d erreur appara t v rifier qu il n y ait pas d espaces inutiles la fin du nom du driver Cliquer sur suivant recopier l identifiant et le mot de passe de la base et cliquer sur tester la connexion Un message doit appara tre confirmant que la connexion la base a t tablie Si un message d erreur appara t v rifier qu il n y ait pas d espaces inutiles la fin du nom du chemin jdbc de la base dans l tape pr c dente Cliquer sur suivant enregistrer la base de donn e LibreOffice qui est maintenant connect e l application Echobase embarqu e Les tables d Echobase doivent tre visibles dans la vue table de LibreOffice base Connexion un serveur Echobase dans LibreOffice base Vous devez avoir install Echobase sur un serveur et avoir tabli une connexion avec la base dans le navigateur web pour pouvoir connecter LibreOffice base et Echobase serveur 5 9 1 Aller dans l application Echobase connect e au serveur dans le navigateur web et cliquer sur le bouton Informations de connexion la base de donn es Une page s affiche avec le chemin JDBC de la base l identifiant et le mot de passe et le nom du driver utiliser cliquer sur t l charger le pilote jdbc et enregistrer le fichier sur le disque Si vous ne l avez pas d j fait allez dans le menu Outils o
8. ier echobase referentiel 2 0 echobase 3 cliquer sur importer Importer des donn es 1 Apr s s tre connect une base de travail cliquer sur le bouton Importer une base en haut gauche 2 s lectionner import libre et le fichier echobase contenant les donn es que vous voulez importer 3 cliquer sur importer Importer de nouvelles donn es Echobase permet l import de nouvelles donn es partir de fichiers texte standards dont le format est d crit dans la documentation en ligne 1 Apr s s tre connect une base de travail cliquer sur le bouton Importer des donn es dans la liste gauche 2 s lectionner le type de donn es importer renseigner les m tadonn es manquantes s lectionner les fichiers textes importer puis cliquer sur importer Sauvegarder une base L ensemble de la base les donn es et ou les tables de r f rence peuvent tre sauvegard es dans des fichiers echobase en cliquant sur le bouton Exporter une base Visualiser les tables modifier des donn es Echobase permet de visualiser et de modifier le contenu de toutes les tables de la base via l interface web Visualiser des tables 1 apr s s tre connect une base de travail cliquer sur le bouton Modifier des donn es dans la liste de boutons gauche 2 s lectionner la table visualiser dans le menu d roulant les donn es s affichent en mode tabu
9. laire Le nombre de lignes affich peut tre contr l avec le menu d roulant situ en bas du tableau au centre Modifier des donn es Les donn es d une table peuvent tre modifi es de 2 fa ons dans Echobase de fa on ponctuelle ligne par ligne dans l interface web de fa on massive en exportant toutes les donn es de la table dans un fichier texte en modifiant le fichier texte dans un tableur et en r important ensuite la table dans Echobase via l interface web Echobase se charge alors d incorporer les modifications dans la base de donn es Modification ponctuelle de donn es 1 apr s s tre connect une base de travail afficher la table modifier 2 cliquer sur la ligne modifier dans le mode tabulaire les champs de la ligne s affichent dans le menu Edition de donn es sous le tableau 7 9 3 modifier les champs dans dans le menu Edition de donn es Modification massive de donn es 1 apr s s tre connect une base de travail afficher la table modifier 2 cliquer sur exporter une table au dessus du tableau et sauver en local la table export e en fichier texte 3 modifier le fichier texte dans un tableur par exemple LibreOffice Calc Ne pas remplir les colonnes topiald Echobase le fera automatiquement 4 dans Echobase cliquer sur importer une table au dessus du tableau pour importer le fichier texte modifi et appliquer les modifications
10. on Echobase dans LibreOffice Echobase peut tre interrog e partir de l interface graphique du logiciel de gestion de bases de donn es libre LibreOffice base Connexion une application Echobase embarqu e dans LibreOffice base Vous devez avoir install la base embarqu e et tabli une connexion avec la base dans le navigateur web pour pouvoir connecter LibreOffice base et Echobase 1 Aller dans la base embarqu e ouverte dans le navigateur web et cliquer sur le bouton Informations de connexion la base de donn es Une page s affiche avec le chemin JDBC de la base l identifiant et le mot de passe et le nom du driver utiliser cliquer sur t l charger le pilote jdbc et enregistrer le fichier sur le disque Si vous ne l avez pas d j fait allez dans le menu Outils options java chemin de la classe de LibreOffice ajouter le pilote h2 X X XXX jar t l charg l tape 2 fermer puis red marrer LibreOffice pas seulement base ouvrir une nouvelle base LibreOffice base et choisir se connecter une base de donn es existante avec une connexion JDBC puis cliquer sur suivant aller dans la base embarqu e ouverte dans le navigateur web et recopier le chemin JDBC de la base et le nom du driver utiliser dans les champs correspondants V rifier qu il n y ait pas d espaces inutiles la fin du chemin et du nom du driver cliquer sur tester la classe pour char
11. ptions java chemin de la classe de LibreOffice ajouter le pilote postgresql X X XXX X jdbc4 jar t l charg l tape 2 fermer puis red marrer LibreOffice pas seulement base 4 ouvrir une nouvelle base LibreOffice base et choisir se connecter une base de donn es existante avec une connexion JDBC puis cliquer sur suivant 5 aller dans la base embarqu e ouverte dans le navigateur web et recopier le chemin JDBC de la base et le nom du driver utiliser dans les champs correspondants V rifier qu il n y ait pas d espaces inutiles la fin du chemin et du nom du driver 6 cliquer sur tester la classe pour charger le pilote JDBC Un message doit appara tre confirmant que le pilote a bien t charg Si un message d erreur appara t v rifier qu il n y ait pas d espaces inutiles la fin du nom du driver Cliquer sur suivant 7 recopier l identifiant et le mot de passe de la base et cliquer sur tester la connexion Un message doit appara tre confirmant que la connexion la base a t tablie Si un message d erreur appara t v rifier qu il n y ait pas d espaces inutiles la fin du nom du chemin jdbc de la base dans l tape pr c dente Cliquer sur suivant 8 enregistrer la base de donn e LibreOffice qui est maintenant connect e l application Echobase serveur Les tables d Echobase doivent tre visibles dans la vue table de LibreOffice base
12. tionn e dans le menu d roulant requ tes enregistr es 6 le code SQL d une requ te peut tre modifi dans la fen tre SQL Il faut ensuite cliqu sur Mettre jour pour appliquer les modifications crire des requ tes SQL dans LibreOffice et les utiliser dans Echobase Pour utiliser le g n rateur de requ tes de LibreOffice base avec Echobase vous devez avoir tabli une connexion entre une base Echobase et LibreOffice base 1 Utiliser le g n rateur de requ tes de LibreOffice base en mode bauche pour d finir graphiquement une requ te dans Echobase Les liaisons entre les tables d Echobase sont affich es dans LibreOffice 2 lorsque la requ te est pr te traduisez la en SQL en basculant du mode bauche en mode SQL cliquer sur l querre dans la barre d outil sup rieure 3 copier le code SQL LibreOffice et aller dans Echobase dans le navigateur web cliquer sur Exporter des donn es puis Nouvelle requ te et enfin Importer une requ te LibreOffice 8 9 5 coller le code SQL LibreOffice dans la nouvelle fen tre et cliquer sur G n rer la requ te pour traduire le code SQL LibreOffice en SQL Echobase 6 ex cuter enfin la requ te en cliquant sur Enregistrer Interroger Echobase dans R La commande permettant d interroger Echobase dans R est dbGetQuery Sa syntaxe est la suivante data lt dhbGetQuery con codeSQL o con est l objet issu de
13. un navigateur internet pour importer diter et extraire des donn es __une grande capacit de stockage et un syst me de gestion de bases multiples e une int gration facile avec des Syst mes d Information G ographiques et ou des sites internet dynamiques e une structure de m tadonn es acoustiques en accord avec le format d fini par le groupe de travail CIEM WGFAST T l chargement et installation Echobase est t l chargeable ici Si vous voulez tester EchoBase le plus simple est d installer une application Echobase embarqu e sur votre poste Installation d une application Echobase embarqu e En mode embarqu pas besoin de serveur il suffit d avoir install un environnement d ex cution java sur la machine Pour installer java sous Windows Page de t l chargement Oracle Pour installer java sous sous Linux Page de t l chargement Oracle Lorsque java est install 1 t l charger le fichier echobase ui 2 0 embedded zip et le d compresser dans un r pertoire aller dans le dossier d compress echobase ui 2 0 embedded sous Windows double cliquer sur startEchobase bat sous Linux ex cuter le script startEchobase sh dans une console Oo 2 D l interface web de l application Echobase embarqu e s ouvre alors dans votre navigateur et vous pouvez vous connecter en utilisant l identifiant admin et le mot de passe admin 6 cliquez sur le connecte
14. ur en haut droite pour s lectionner la base de travail par d faut mot de passe Sa 7 vous tes maintenant connect une base Echobase embarqu e vide Installation d Echobase sur un serveur Se r f rer la documentation en ligne d Echobase pour l installation sur un serveur 4 9 Connexion une base de travail Connexion Echobase dans un navigateur internet Connexion une base embarqu e 8 9 10 11 12 Apr s installation de la base embarqu e aller dans le dossier d compress de la base locale echobase ui X X embedded XXX sous Windows double cliquer sur startEchobase bat sous Linux ex cuter le script startEchobase sh dans une console l interface web de l application Echobase embarqu e s ouvre alors dans votre navigateur et vous pouvez vous connecter en utilisant l identifiant admin et le mot de passe admin cliquez sur le connecteur en haut droite pour s lectionner la base de travail par d faut mot de passe Sa Connexion une base sur serveur 1 3 Entrer l adresse de la base sur le serveur dans la barre de navigation de votre navigateur internet exemple http NomDuServeur 8080 echobase l interface web de l application Echobase embarqu e s ouvre alors dans votre navigateur et vous pouvez vous connecter cliquez ensuite sur le connecteur en haut droite pour s lectionner une base de travail Connexi
Download Pdf Manuals
Related Search