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Mémento des risques biologiques à l`attention des juristes

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1. Dans l arsenal du vocabulaire th matique on compte la fatalit faille erreur humaine le risque O n existe pas c est souvent une malchance avec un v nement climatique ou tellurique la le on qui est retenue est traduite en pr cautions principe de pr caution r actualiser en l tat des connaissances et en dispositifs de protection des personnes et des biens effet barri re la pr vention c est une anticipation par s curit active passive exemple des silos vis vis des explosions information formation la r action de correction qui correspond une d marche de progr s par renfort de la s curit souvent post rieure aux accidents dans la mod lisation l accident est sc naris tudi et l organisation des proc dures est modifi e sur les points faibles arbre de d faillance arbre de d cision proc dures crites A noter que le syst me marche bien sur la base du volontariat Reste la r glementation avec les mesures les param tres les normes les seuils et les contr les il manque l essentiel la responsabilisation avec le comportement et les valeurs au travail Christophe Colomb a pris la mer par l ouest le danger tait connu non mesurable le risque consid rable On dit d ailleurs prendre des risques mettre sa vie en danger Le risque biologique peut mettre en p ril la vie des populations expos es selon une chelle dont nous avons
2. Il n y a aucun risque r el pour la sant de l homme Direction d partementale de l action sanitaire et sociale On n est pas du tout inquiet pour la population Centre antipoison de Lille Petit petit on d couvre qu il n y a pas que le lait de vache mergence de cha ne alimentaire les jardins potagers sont touch s chroniques et on retrouve des dioxines dans les granul s donn s aux truites et aux saumons d levage en France Idem dans le lait des m res danoises allaitantes c est un ph nom ne que l on appelle d stockage des toxines Gr ce aux bact ries on teste et on classe des substances chimiques comme canc rig ne mutag ne ou t ratog ne C est le test de Ames 1970 La bact rie test est Sa monella typhimurium dans des souches mut es pour des caract res clairs interpr ter acides amin s paroi dont les syst mes de r paration de l ADN sont d ficients On teste le produit sur la culture et on note le nombre de colonies revertantes Un extrait de foie est ajout au milieu pour rapprocher les conditions de fonctionnement dans le corps humain g Le devenir des dioxines dans le sol est probl matique Les mol cules de dioxines correspondent des x nobiotiques l ventuelle d gradation semble se produire selon le sch ma tabli pour des pesticides organo chlor s elle est mixte abiotique par photo oxydation et biologique par com tabolisme Le com tabolism
3. Le risque OGM OGM signifie Organisme G n tiquement Modifi Un OGM correspond un organisme dont le mat riel g n tique a t modifi autrement que par multiplication v g tative f condation exp rimentale ou recombinaison naturelle On parle de modification intentionnelle du patrimoine g n tique PGM correspond Plante G n tiquement Modifi e le processus de transfert est appel transgen se plante transg nique La m thode tait appel e g nie g n tique aujourd hui on dit biotechnologie qui proc de des techniques de la biologie mol culaire Cette m thode de type meccano est r alisable gr ce notamment l universalit de la double h lice d ADN et l universalit du code g n tique Reste que l organisme d accueil doit diff rencier ADN g n tique de l ADN trophique Probablement le 1 OGM v g tal exploit a t la tomate Calg ne Flavor 1994 USA conservation reste ferme apr s r colte Parmi les ma s de la pol mique 1997 il y a le Novartis portant 3 g nes introduits Bt pour la prot ine toxique contre la pyrale causant 10 de pertes 1 de r sistance un herbicide Basta 1 de r sistance une ampicilline comme marqueur En 1997 54 des OGM mondiaux portaient une r sistance un pesticide herbicide Cette orientation am ricaine vers les mauvais OGM a initi une forte opposition dont les restes les plus chauds sont en France 54 des OGM en France s
4. Bacille courb Gram n gatif pr sent dans l intestin des poulets dindes et bovins incubation de 2 10 jours ent rotoxine qui ressemble celle du chol ra Ent rite des enfants Infection orale Culture 43 C 2 millions de cas an aux tats Unis Gastro ent rite Vibrio parahaemolyticus Germe pr sent dans toutes les mers du monde accidents graves suite la consommation de fruits de mer 70 des cas diarrh es aigu s chez l homme incubation de 2 48h action ent ro invasive avec toxine Quelques accidents galement avec Aeromonas Le germe est connu depuis 1951 pid mie au Japon retrouv comme fr quent dans les eaux c ti res et dans les estuaires du monde il est plus ou moins halophile plus sensible la r frig ration qu la cong lation Attention danger avec l mergence de Clostridium difficile Agent de colites chez les jeunes enfants et les nouveau n s pr sentant des diarrh es associ es des traitements antibiotiques Ce germe se retrouve aussi plus tard chez l homme ayant consomm des produits animaux trait s aux antibiotiques et contamin s porcs Je ne traite pas les gastro ent rites virales fulgurantes et g n ralement peu graves et les h patites assez nigmatiques On dit que moins de 1 des h patites sont attribu es l eau souill e s parer l h patite A digestive ent rique avec les coquillages en cause l h patite B de cirrhoses et cancers l
5. interpr ter Les directions d exploration retenues sont les suivantes Impact et sensibilit environnementale du milieu impact grille note de 1 4 notion de milieu sensible Fr quence potentielle d impact note de 1 4 Gravit et hi rarchisation d un v nement ou d une pollution avec 3 analyses nature et origine tendue volume Niveau de ma trise en termes d organisation de la prise en charge et d actions pr vues On d bouche sur la n cessit de formation continue de progr s li aux connaissances et de management L origine de la Bonne valuation des risques remonte aux tats Unis Acad mie des Sciences 1983 et en France aux travaux de l INERIS La m thodologie proc de de 4 tapes 1 Identification des dangers et source toxicit outils disciplinaires mettre en jeu 2 Evaluation du risque relation dose effet mesure de la gravit mesure de la probabilit d occurrence valuation des facteurs aggravants outils principaux statistiques probabilit s objectivit relative 3 Evaluation de l exposition donn es sur la probabilit de contamination ou d exposition au danger mod lisation 4 Caract risation du risque estimation qualitative et quantitative de la probabilit et de la gravit des effets susceptibles de se produire sur la population et sur l environnement D marche de Pr vention document DRIRE suite aux cata
6. accommode des produits chimiques et rien ne r siste aux microorganismes c est faux Il y a des mol cules fabriqu es synth ses polym res co polym res r sines mati res plastiques par l homme et inconnues des microorganismes pas d quipement enzymatiques Pour tre biod gradable un produit doit tre bio assimilable c est dire d montable d structur absorb ou dissimil et biocompatible avec le m tabolisme interm diaire transport enzymes perm ation Il faut faire des recherches dans ce sens pour des d gradations compartiment es dans le temps ou dans l espace ou les deux avec des co cultures Canada USA etc Il y a un tronc commun de voies m taboliques avec la d gradation des dioxines indiqu e plus haut Les cat gories de pollutions Les perturbations en s rie du milieu par des v nements de pollution ont eu au moins ce m rite de proposer des cat gories bien distinctes de mani re pouvoir traiter efficacement Pour simplifier on distingue 5 cat gories de Pollution Mati re 1 Exc s d un l ment utile comme l azote le phosphore eutrophisation blooms ou la variante d apport en masse d une mol cule utile cellulose amidon il y a des solutions et des facteurs limitants l oxyg ne est toujours limitant 2 Apport chronique d un l ment rare C est un oligo l ment apport la dose de micro voire de macro l ment cas du cuivre du sodium du fer
7. difices dim res monom res et de biomasse microbienne sucres acides gras acides amin s nucl otides La flore est tellurique a robie m sophile et mobilise l oxyg ne et de l eau beaucoup de champignons des myxobact ries des microcoques Bacillus Bacteroides Clostridium Cellulomonas Pseudomonas Cytophaga Vibrio Serratia et autres germes tout faire La mati re entrante est essentiellement carbon e et il arrive que l azote et le phosphore manquent l hydrolyse En 2 la conversion des monom res dans un milieu o l oxyg ne commence manquer c est la fermentation acides mixtes post glycolytique et ramifi e qui domine et fait passer le mo t en de du point de Pasteur Il se forme de l ac tate du lactate du succinate du formiate un peu d thanol d ac tald hyde de l ac toi ne du butanediol en phase acidog ne La voie est ana robie et l quation en a t donn e par Harden pour Escherichia Il peut y avoir un peu de butyrate et de propionate La flore sp cialis e est dite AGV acides gras volatils mais attention cette phase est caract ristique des ent robact ries disons qu elle les favorise Proteus Escherichia Salmonella Shigella Les travaux de Van Niel et Barker ont d montr qu il ne s agit pas d un m tabolisme cyclique mais lin aire et en impasse C est un m tabolisme qui ne se produit que parce qu il n y a pas d autre solution Les voies de m thanisation sont d
8. En Chine il y a des millions de digesteurs un peu moins en Inde et si l on m thanisait les boues des eaux de Paris on produirait 140000 m3 de biogaz m thane jour Le m thane correspond un bouclage de cycle carbone par une voie originale et exclusive arch obact rienne exclusivement L nergie m thane ne fait d ombre aucune autre La m thanogen se est consid r e globalement comme une fermentation ana robie stricte l oxyg ne est biocide en phase liquide L quation globale de Buswell indique pour 1 mol cule de m thane 3 mol cules de m thane pour 3 de dioxyde de carbone avec une nergie lib r e tr s faible moins de 50 kcal En revanche la combustion des 3 mol cules de m thane lib re 630 kcal soit 90 de l nergie du substrat A remarquer donc que la m thanogen se perd 50 de la mati re en gardant 90 de l nergie Un concentr pour pas cher A remarquer aussi en bon chimiste que c est une conversion froide autour de 35 C sans pr l vement de carbone ni pratiquement d nergie donc la croissance des levains est particuli rement faible Le parcours mati re se d roule en 4 phases dispos es en tr mies 7 En 1 l hydrolyse des polym res notamment la cellulose l amidon les prot ines la chitine la lignine la pectine les germes en cause sont des saprophytes organotrophes ubiquistes et omnivores qui pratiquent l exom tabolisme principalement a robie il y a formation de petits
9. Le m me principe des biofiltres peut trouver de nombreux dispositifs techniques qui permettent de d cliner le mixage des atouts tellurique et aquatique de l puration biologique Ce sont des lits filtrants des lits fluidis s et des syst mes moins labor s ou plus rustiques inspir s de la phytofiltration 3 Le lagunage et les lagunes s inspire du mod le naturel de d pollution par le r gne v g tal et l observation du fonctionnement des lagons Il peut tre la solution unique de traitement ou la solution finale en traitement tertiaire d une installation compl te La solution nutritive terminale absorb e par les syst mes racinaires correspond essentiellement l eau pur e dont la mati re a t min ralis e par les microorganismes Cette eau est charg e de substances dissoutes que les plantes pr l vent nutrition min rale trient r partissent et stockent en vaporant l eau v hicule par les organes a riens Dans sa version classique bien adapt e des collectivit s jusque 1000 habitants raccord s le proc d de lagunage pr voit 3 bassins tanch ifi s lagunes g o membranes dispos s dans un ordre chronologique descendant La lagune n 1 re oit les eaux brutes d grill es Elle est assez profonde 1 50m 1 80m elle est dite microphytes microorganismes microalgues favorisant les Pseudomonas Flavobacterium Achromobacter Micrococcus Chromatium et Thiospirillum Cette lagune peut tre quip
10. aux activit s de l homme comme les travaux agricoles vignobles et cuivre sanitaires et pesticides pandage des boues fertilisants nitrates purins comme les activit s touristiques dans les stations baln aires Progressivement s installe un nouveau milieu durable et d s quilibr ph nom ne du curseur 3 Elle est chronique et g n ralement li e une activit industrielle ou agro industrielle ou artisanale Il y a 3 effets marquants sur la microflore locale un d placement des acteurs par modification des substrats et des conditions une accumulation de substrats qui ne trouve pas de d gradation un empilement de facteurs limitants dont le plus d terminant est la diminution de l oxyg ne disponible qui r duit durablement la diversit biologique Nature de la pollution Le microbiologiste distingue 5 cat gories de polluants en faisant une approche cologique 1 La pollution est de nature quantitative c est dire qu il y a exc s d un l ment biog ne utile c est le cas du carbone de l azote du phosphore du sodium du magn sium de la temp rature du pH ce peut tre l exc s de charge Le d placement est progressif et conduit l hypertrophie d un maillon trophique favoris sur les autres l anabolisme l emporte fortement sur le catabolisme possible et c est l asphyxie 2 Pollution de nature qualitative pr sence d un l ment rare mais biog ne c est le cas typique
11. bouch le mieux est de les mettre boue boue Le risque azot le risque soufr et le risque phosphor L azote est un macro l ment primordial et tr s mobile en milieu liquide sous forme nitrate Il semble que ce soit la forme nitrite qui soit principalement toxique pour nous Les nitrates anthropiques amen s au milieu tiennent 2 3 pour l agriculture et 1 3 pour les industries et les particuliers On compte 12 15g d azote par jour et par habitant dans l environnement urines prot ines ammoniac On consid re que pr s du 1 5 des nitrates utilis s comme engrais chappent l agriculture pour polluer le milieu eau principalement l oxyg ne tant le curseur Pour notre plus grand bienfait et notre punition les bact ries poss dent collectivement toutes les strat gies m taboliques vis vis de l azote diazotrophie exom tabolisme protr olyse chimiosynth se lithotrophe respiration ana robie assimilations diverses mobilisation d polym risation Le risque azot est tr s g ographique et inf od l eau douce r serves et aux rivages L oc an contient entre 300 et 550 mg de nitrates L contre 2500 de sulfates et 33000 de sodium L eau du robinet tait longtemps maintenue teneur inf rieure 44mg L de nitrates jusqu ce que la teneur dans les ressources augmente de telle fa on que le nouveau plancher devienne 50mg L Depuis la Directive de d cembre 1991 application 94 de
12. contingences et circonstances Le danger m me racine que dame et domicile correspond une situation de crainte d un v nement redout dont nous avons conscience par exp riences ant rieures rapport es d favorable ou pr judiciable pid mie c est une menace ventuellement un p ril l homme en est avis en g n ral danger de mort la d monstration du bien fond de la crainte c est l accident Blaye 1997 Titanic 1912 Toulouse AZF 2001 Le volcan est un danger L ruption volcanique est un grand danger Le risque origine italienne fortune ou malchance origine arabe ration journali re c est souvent un rapprochement du danger par tout un ensemble de circonstances d ventualit s il est plus ou moins connu des victimes plus ou moins ind pendant de leur volont savoir ou ne pas savoir prendre des risques D m nager pour habiter au pied du volcan en activit c est prendre des risques Dans notre analyse moderne de r f rence il y a 3 r actions face au risque de la s mantique la statistique c est Le calcul du risque la probabilit d occurrence d un accident sa fr quence possible L orientation technique qui suppose des mesures des contr les des dosages des chantillonnages des param tres et des courbes L orientation r glementaire avec des normes des r glements des proc dures des sanctions selon les connaissances du moment
13. de l aluminium du s l nium ventuellement Il y a empoisonnement et d placement de flore 3 Apport d l ments non biog nes comme le mercure le plomb le chrome ce sont des inhibiteurs ou des comp titeurs d enzymes des antagonistes des poisons arsenic 4 Apport de x nobiotiques comme les colles les plastiques les vernis ph nols pesticides m dicaments 5 Pollution par apport de pathog nes de toxinog nes germes dangereux et virus Les revers du tout bio livres et biblioth ques bois et charpentes traiter or not traiter se sont d j manifest s dans tous les domaines de nos activit s Un ou deux exemples pour survoler le th me L affaire du DDT a montr du doigt les chimistes triomphants et remis en marche les biologistes m canos Le Bacillus thuringiensis produit une spore sous forme d un cristal insecticide pour des chenilles phal nes Tr s rapidement le Bacillus remplace le pyr thre fourni par les botanistes Sauf que l efficacit de la m thode montre ses limites avant 10 ans d application pour raison d apparition de formes r sistantes et l engrenage est enclench Idem avec Bacillus popilliae La surench re vient du transfert g n tique aux plantes du patrimoine insecticide de la bact rie grand renfort de technologie ajout e de co t et les agriculteurs tenus l cart sont mains li es Vive le ma s Bt Les Ami nois connaissent la Tour Perret et la supportent sans l aimer
14. de micro l ments dos s comme des macro l ments ils passent de muets polluants sinon inhibiteurs c est le cas de l aluminium interf rences m taboliques du soufre du cuivre et de quelques m taux Si la cha ne trophique locale contient un maillon sensible la toxicit du polluant la cha ne est rompue et l on assiste un empoisonnement progressif 3 Pr sence d un l ment ind sirable abiog ne toxique Beaucoup de m taux lourds comme le plomb mercure vanadium cadmium uranium ont un effet l tal sur les bact ries agglutination Beaucoup de compos s chlor s et plus largement halog n s iod s brom s fluor s les hydrocarbures et les radicaux qu ils portent paraffine xyl ne tolu ne solvants Un ou plusieurs maillons trophiques sont touch s et l on va vers un milieu abiog ne puis abiotique Le polluant peut entrer dans le vivant et monter dans la cha ne alimentaire augmentation de la concentration relative 4 Pr sence d un x nobiotique ce sont des mol cules fabriqu es et donc artificielles on en comptait environ 70000 en 1982 avec la synth se de 1000 nouvelles an polym res pesticides m dicaments peintures vernis r sines mati res plastiques Le pire c est qu apr s la d couverte de la r calcitrance on n ait trouv pour s en d barrasser que l incin ration 5 Pollution biologique g n ralement germe infectieux la situation est toujours compl
15. e de turbines flottantes produisant un lagunage dop sur mesure des entr es d effluents et des variations quantitatives des facteurs du milieu temp rature Plus grande est l tendue d eau et davantage se fait sentir l effet biocide de la lumi re sur les germes sensibles voire ind sirables Les protozoaires jouent le r le d acteur principal de r gulation puration vraie filtration compl te de la lagune par r amor age de la cha ne alimentaire La d rive toujours redout e est celle de l eutrophisation d une ou de plusieurs lagunes par exc s de nutriments rendus disponibles aux producteurs primaires La lagune n 2 est macrophytes Elle est peu profonde 40cm 80cm les techniciens ne sont plus autant favorables la multiplication des lots qui procurent pourtant des interfaces multiples utiles aux v g taux ils pr f rent jouer sur le temps de s jour en le maintenant au plus pr s de l optimum 60 90 jours selon conditions La lagune n 3 correspond une sorte d tang artificiel ou reconstitu cosyst me o le choix des plantes est d terminant iris roseaux Les bassins alternatifs sont toujours les bienvenus au cas o et permettent un entretien plus facile de l installation Les berges sont entretenues r guli rement nuisibles ainsi que les digues interm diaires carrossables Les bassins doivent tre cur s r guli rement et d vas s La v g tation doit tre fauch e et export
16. entre toxine et poison de mani re traiter comme identique empoisonnement et intoxication souvent les m mes sympt mes au d but c est par exemple le styr ne par Reding ingestion journali re de doses d l ment r manent ou le DDT des poussi res qui donnent les m mes signes que l ingestion r guli re par l alimentation d arsenic de mercure de plomb gibier d tain d s tamage entr s dans la cha ne alimentaire L intoxication classique y compris aux colorants aux vins additifs et conservateurs est distinguer de l allergie cons cutive aux d charges d histamine en r action la pr sence de mol cules d allerg ne plumes m dicaments colorants antibiotiques Aw Activity of water ou teneur en eau Il faut respecter imp rativement les 4 facteurs de st rilisation temp rature dur e pression vapeur d eau w 7 quantit dans le gros intestin et ou contaminant assez banal chez l homme et des animaux d levage qui peut se d velopper apr s un traitement radical aux antibiotiques l incubation est assez longue il se produit une diarrh e sanguinolente forte et la n crose du c lon Peut arriver apr s op ration abdominale Germe r put de diarrh es acquises l h pital et agent de contagion en maison de retraite L agent du t tanos est traiter part pas alimentaire et la vaccination est tenir jour Enfin un mot des d g ts consid rables au printemps du botulism
17. es dans l intestin Enfin les intoxinations clostridies par exemple correspondent la consommation d aliments qui contiennent la toxine souvent bact rienne ou fongique dans ce cas la pr sence du microorganisme vivant n est pas requise Enfin c est syst matiquement l aliment qui est incrimin alors que c est souvent le couple eau aliment qui est en cause 13 000 enfants meurent chaque jour de maladies dites diarrh iques sans pouvoir faire le d tail entre les origines bon an mal an 5 millions Les Clostridium De nombreuses clostridies sont pathog nes Le botulisme est d l ingestion d une toxine botulique botulinique puissante pr form e dans les aliments ing r s maladie des saucisses aliments r colt s au ras du sol le facteur Aw est ici d terminant maladie souvent mortelle par paralysie flasque et d faillance respiratoire 8 neurotoxines Historiquement on se souvient de l affaire des asperges servies par une ch telaine ses invit s puis donn es au jardinier On se souvient de l histoire belge de la f te du village Ellezele et de la soci t de musique d cim e par un ennemi invisible que Van Ermangem 1896 va d couvrir dans un jambon La bact rie Gram positif est ana robie oblig e et forme des endospores tr s thermor sistantes et tr s contaminantes c est un germe tr s fr quent du sol tellurique ubiquitaire et des s diments aquatiques Le germe peut tre p
18. estomac Entamoeba dysenteriae Acanthamoeba amibiases m ningites enc phalite amibienne ent rocolite diarrh e sanglante abc s au foie affection grave mais il existe des porteurs sains se produit en zone d pandage de boues Naegleria des eaux chaudes de piscines lacs et bains chauds infection du syst me nerveux central m ningo enc phalite amibienne primitive MEAP avec issue souvent fatale se produit aussi pour le ski nautique Des Helminthes oxyures en hausse des Ascaris toux et complications Ankylostome transcutan Anguillules Strongylo des Des Filaires Dracunculus interm diaire le Cyclops agent de filariose Onchocerques agent d infections oculaires des Schistosomoses bilharzioses dans les vases boues et eaux 1 million de morts an dans le monde Des Distomatoses douves contamination par des plantes aquatiques Taenia par ingestion de viande et de poisson contamin s Des ent rovirus humains ARN Picornaviridae dont l agent de la poliomy lite et des Rotavirus de gastro ent rite et de diarrh es brutales et d shydratation de l enfant Les virus ent riques sont tr s nombreux dans les boues de STEP avec une survie de 3 mois sans traitement On trouve aussi des virus des h patites peu en Europe Attention l anonymat des eaux en centrale d puration il faut responsabiliser 1 des boues ou moins sont potentiellement toxiques contamin es Et quand on a tout essay et pas trouv de d
19. il est urgent de cr er un coll ge de juges savants Et d avoir l avance des accidents un outil cadre simple et solide pour travailler Pour conclure la mont e du Juridique et du Judiciaire est in vitable Elle accentue et acc l re la dichotomie de connaissances et de responsabilit s entre consommateurs ignorants et assist s qui demandent des comptes et des responsables artisans producteurs industriels ou lus qui doivent rendre des comptes sans ma triser les impr vus de la cellule vivante Et les experts sont prudents Nous allons vers de plus en plus de complexit de contestations il faudrait explorer l id e d une lisibilit et une tra abilit cadre des produits consomm s et des partenaires consomm s des endroits consomm s et davantage encore initier un travail en amont sur la formation des maillons acteurs interm diaires froid hygi ne dates etc IlI faudrait aller vers une solidarisation de l ensemble s habituer travailler ensemble pour monter un escalier pas le descendre Prenons un exemple o le culturel vient t lescoper par surprise le juridique pour une maladie contract e l h pital et ses cons quences un recours est consid r comme normal avec des chiffres normaux la cl pour une intoxication alimentaire contract e au restaurant les choses sont plus d licates et l on se demande apr s beaucoup d garements si c est le restaurateur qui doit des dom
20. plus lentes De nouveaux tests antig niques enzymatiques et sp cifiques permettent une identification en quelques heures parfois en quelques minutes C est un domaine de recherches facilit par les ordinateurs et les robots reste s lectionner de bons marqueurs L enjeu conomique est calcul comme consid rable l enjeu humanitaire comme accessoire Un escalier peu glorieux Risque et danger Nous sommes pass s en quarante ans de Osons tout Ne faisons rien Aujourd hui les quarante sont cuites et il est tabli que le principe de pr caution est une excuse honorable pour ne rien faire c est l information et la participation de tous qui seraient les meilleures protections et les consignes aux pratiquants qui offriraient les bonnes garanties Pire ne rien faire c est devenu une habitude d lu claironnant encourag par l cologie militante qui veut pr server conserver et prot ger une nature qui ne lui appartient pas qui la confisque pour des g n rations au progr s et l volution profitable obligatoire Cette cologie l n a rien du d veloppement durable elle est arr t e vitrifi e p rim e Elle a profit du progr s pour l enrayer Elle nous a fait d crocher de la recherche mondiale tous azimuts au grand profit de tous les autres qui nous rient au nez et exp rimentent des solutions intelligentes et innovantes Dans la biosph re ce sont les aventuriers qui se sont toujours
21. si vous d couvrez par exemple que votre plage pr f r e est pollu e la microbiologie n en finira pas de d signer le microorganisme responsable et d h siter sur la source potentielle tandis que l autorit vous retirera le droit de vous y baigner Idem de l h tel climatis qui sera ferm en cas de sympt mes grippaux cumul s bien avant que la Legionella soit cibl e et isol e Idem de la cantine du lyc e ou du restaurant universitaire pour raison de T AC dans l tablissement Idem en cas de suspicion de flamb e pid mique bact rienne ou virale en maison de retraite Si la microbiologie et le droit avaient pris l habitude de travailler ensemble et de s imposer il y a fort parier que l conomie et le commerce des concombres auraient t pargn s Et les m dias moins ridicules On pourrait donc imaginer des juristes impr gn s des textes r glementaires lois normes qualit risques rompus aux rouages des proc dures faire quipe avec des techniciens de la microbiologie sous r serve d un minimum de formation commune si je vous envoyais dans l instant la plage effectuer le pr l vement d un chantillon d eau de mer pour analyse sans m thode ni protocole votre chantillon repr senterait 1 des populations contenues dans l eau de mer cet endroit Et pourtant la technique est simple La difficult principale vient du fait que les bact ries coupables ou innocentes n ont pas la taille d
22. tes de P tri sur milieu gav pour nous expliquer comment les bact ries vivent probablement dans la nature Et rien ne marche comme pr vu Les biochimistes toujours un peu limit s dans leurs sch mas sauront vous dire comment les bact ries consomment au quotidien du glucose la louche mais allez leur demander si les bact ries respirent avec des acides amin s Toutes les bact ries ne d marrent pas l puration de mani re synchrone au top d part de la ration du jour d effluents Une partie non n gligeable du carbone doit tre d structur e par des germes rustiques Cytophaga fonctionnellement essentiels mais fonci rement telluriques et lents surtout dans l eau qui pratiquent l exo m tabolisme colonial qui alimentent et r gulent une bonne partie des populations allotrophes d aval La croissance en situation peut osciller et d river de part et d autre du mod le optimal de croissance flocul e Ainsi la croissance dispers e est bien insuffisante pour un bon fonctionnement de station ainsi la croissance filamenteuse peut d g n rer vers la prise en masse du bassin ou vers le bulking boues encombrantes gonflement des boues milieu saprobe ces dysfonctionnements t moignent d un vieillissement des populations et du passage en M tabolisme Il avec production d exopolym res protecteurs effet glucose Comment imaginer harcel s par notre image d hygi ne et de propret que notre arsenal de produits de toi
23. Ce n est pas v ritablement une invasion comme pour les gastro ent rites classiques mais une s cr tion violente de toxines toxine chol rique de congestion de l intestin et toxine prot ique qui provoque l hypothermie desquamation de l intestin gr le les douleurs sont violentes avec angoisse la d shydratation est extr me avec alt ration de la face et crampes musculaires douloureuses amaigrissement intense et mort en 48h par choc circulatoire et collapsus Les bact ries sont des b tonnets incurv s en virgule et tr s mobiles la culture est facile Les pand mies ont une expansion tr s rapide 1961 1905 biovar El tor proc dures d isolement de quarantaine il reste un foyer end mique dans le Golfe de Louisiane Les formes b nignes sont rares Maladies d origine environnementale et maladies autres La L gionellose Voir la fiche Il y a des airs de ressemblance avec l asbestose ou maladie due l amiante C est typiquement une maladie li e l eau et qui se d veloppe dans certaines conditions environnementales La Brucellose c est une anthropozoonose fi vre de Malte touchant le monde rural et transmis par la ch vre Maladie humaine contract e aupr s des animaux porteurs ou professionnelle phase aigu septic mique et fi vre ondulante de plusieurs mois Brucella melitensis Les fi vres Principalement les fi vres r currentes jaune et Panama et le Paludisme 1 Le Chikungunya maladie qui
24. La Nature a organis la diversit dans la comp tition les plus forts subsistent sur leurs m rites jusqu ce que plus fort ou plus malin les remplace c est le relais des courbes d action inh rente aux objets et tres terriens La diversit est une richesse facile mesurer concr tement je suis s r que vous reconnaissez quelqu un par la voix par un ou deux mots prononc s Instantan ment vous avez fait le tri et s lectionn une personne sur des milliards possibles C est la diversit La Nature a fait des papillons des girafes des crocodiles des poules et des cocotiers elle a mis des millions d ann es modifier affiner adapter voluer des formes vivantes inscrire les progr s dans les g nes et maintenir les fonctions anciennes et l homme se sent investi des pouvoirs de conduire le train l envers et de d fabriquer la diversit Nous avons un avantage consid rable sur les bact ries propos de diversit la sexualit les bact ries produisent des arm es d identiques au rythme d une croissance potentiellement exponentielle nous ne produisons que des originaux l unit 27 s z P z ia r dore z On a toujours pens que le flux d information allait du g ne au milieu qui faisait le tri nous savons par de multiples exemples v g taux animaux microorganismes que le flux inverse se produit d inscrire dans le g nome des messages ass n s par le milieu De
25. Les sources de phosphates r pandues dans l environnement sont nombreuses tre d sign es depuis les ann es 70 1 En premier lieu les d jections issues des levages et notamment des volailles 2 galement des amendements et engrais sur des terres analys es comme carenc es N anmoins certains phosphates naturels qui ont t utilis s 4 19 et des engrais fabriqu s contiennent de l aluminium qui peut intoxiquer le b tail chlorure d aluminium et qui est incrimin chez l homme dans la maladie d Alzheimer L aluminium et le fer se combinent au phosphore en le rendant difficilement assimilable l agriculteur augmente donc la dose de phosphates et c est l engrenage il y a augmentation de l excr tion f cale du phosphore et contamination de l environnement Le promeneur inattentif constate qu il y a plus d l ments verts dans les rivi res et les tangs mais ne s est pas aper u du glissement irr versible des diatom es vers les algues vertes puis vers les cyanobact ries puis vers les dinoflagell s 3 Mais galement les eaux m nag res et industrielles contenant des agents dispersants aujourd hui les agents dispersants doivent tre biod gradables et des adjuvants phosphat s Citons l exemple des lessives partir des ann es 50 et l affaire du Tide la quantit de phosphates v hicul e par les rivi res est multipli e par 2 en quelques ann es 4 L effet combin des apports de sulfates p
26. Noctiluca Bon an mal an il y a pr s de 3000 cas d intoxications en France Languedoc dues au franchissement du seuil de toxicit des eaux dinoflagell s 200 L La contamination des bivalves est redoutables hu tres L explosion des dinoflagell s est probablement li e au m tabolisme associ de bact ries qui lib rent dans le milieu de la thiamine de la biotine et autres vitamines La d phosphatation des eaux est assez compliqu e et se pratique comme indiqu ci dessus en deux temps phase ana robie de vidage des cellules par stress et phase tr s a robie de mobilisation totale le phosphore est dans les boues Mais comme la man uvre est compliqu e et qu elle interf re avec a l azote le soufre et le carbone il n est pas surprenant de constater que le technicien de STEP joue la carte chimique avec la pr cipitation au perchlorure de fer et la chaux Le soufre et les sulfates Dans l eau de mer au niveau du s diment le soufre sulfate est 100 fois plus abondant que l oxyg ne la respiration sulfate sulfato r duction est donc en phase avec les conditions en produisant H2S et les bact ries du m tabolisme du sulfate sont tr s denses 10 ml Le soufre n est jamais un facteur limitant en milieu hydrique et presque toujours une source d ennuis exc s en pr sence de fer il y a formation de sulfure de fer noir vases et boues noires Il peut arriver au niveau de l oc an qu il y ait bubbling ou
27. apportent des ETM Le fer est double tranchant faible dose moins de 1mg L il est utile aux ferments au del il ralentit la physiologie microbienne de 30 biofixation coagulation pr cipitation L exc s d ETM interdit la m thanisation Les CTO vis s sont les HPA hydrocarbures polycycliques aromatiques et les PCB poly chloro biph nyl Il n y a pas de vraies donn es sur la cha ne bact rienne du sol sinon l empoisonnement pas de mont e dans la cha ne v g tale Risques pathog nes On consid re des germes t moins ou cibles comme les ent rocoques Salmonella Legionella Escherichia Clostridium Giardia Ascaris des virus ent riques La mont e du pH 13 par chaulage ou amendement calcique et le s chage 90 C garantissent du risque pathog ne avec une tr s forte fiabilit encore que le chaulage pH 12 montre une r sistance de 10 jours des helminthes et des spores de Clostridium le reste tant d truit en quasi totalit La syst matique des pathog nes est rapidement la suivante parmi les bact ries on note Salmonella agent de fi vre typho de et paratypho de ABC agent de septic mies fi vres abattements source eau contamin e agent de gastro ent rites avec 2 jours de diarrh e s v re Vibrio cholerae tr s mobiles agent de diarrh es profuses vomissement douleurs mort souvenir de l pid mie de 1892 Hambourg 10000 morts en cause les sables filtre lent Legionell
28. des filaments myc liens des actinomyc tes des bact ries coloniales des cyanobact ries des bact ries algaires et des ent robact ries Dans la mousse l cume ou en surface il peut y avoir des germes potentiellement dangereux comme Nocardia et des ent riques Les protistes purateurs sont vari s et repr sentent 5 du poids sec des boues ce sont des Flagell s et des Cili s bact riophages vrais g om trie caract ristique nageurs ou brouteurs ils travaillent un peu comme dans la panse des ruminants consommer des pans entiers de populations bact riennes et en stimulant donc leur renouvellement Ils peuvent filtrer plusieurs fois par jour la quantit d eau du bassin et il arrive que le carbone puisse manquer Quelques vers des n matodes et des rotif res compl tent le haut de la cha ne microbienne L inventaire statique n a pas d int r t l inventaire dynamique fonctionnel rendement est imp ratif Tous les acteurs sont dispos s comme les maillons d une cha ne alimentaire dite syntrophique ils transforment la mati re polluante dans une gestion amphibolique du m tabolisme de la croissance et de d veloppement l oxyg ne peut tre limitant Le fonctionnement bact rien joue donc davantage sur la synergie que la comp tition Attention cette vue globale des acteurs de l puration peut facilement basculer dans un sc nario d intestin ciel ouvert la faveur d opportunistes totipotents d
29. des organismes vivants souvent des macroorganismes quelques microorganismes le truitom tre par exemple les diatom es sont capables d int grer plusieurs facteurs en m me temps meilleurs que des enregistreurs et de d celer des gaz dangereux L id e peut s tendre la mise en place de tests dans la production d enzymes d antibiotiques d hormones de solvants de vitamines les bact ries rustiques sont tr s efficaces Pour la fabrication de la bi re par exemple les compos s d ar mes originaux sont d cel s par des bact ries tr s sensibles Risque environnemental plan taire et si les p les changeaient de couleur vert rouge si les champs de neige changeaient aussi de couleur Si la photosynth se tait viros e et ne r pondait plus Si une maladie pand mique touchait un maillon de la cha ne alimentaire universelle Si au lieu de poser la loupe m diatique sur l aliment de l assiette on la posait sur les cultures et le sol qui les supporte sur les eaux qui irriguent les animaux d levage et de p che et les conditions de production d alimentation Risque sanitaire S il y avait une guerre microbiologique il serait difficile de d signer un vainqueur ce qui est s r c est le nombre de victimes bien plus nombreux que par les armes Les historiens savent que les pid mies les maladies sexuellement transmissibles et la gangr ne ont tu de 8 10 fois plus de combattants que les fl ches et les ba
30. du mal valuer les degr s sant autre syst me de notation il est soit direct par contact physique avec le contaminant soit indirect substrats et conditions qui favorisent un ou des organismes dangereux histoire du produit Deux exemples historiques tragiques Howard Ricketts 1871 1910 est professeur de pathologie Chicago Il meurt 39 ans du typhus pid mique caus par une petite bact rie Rickettsia prowazekii intracellulaire et parasite Le germe est isol et d crit par Rocha Lima 1916 il est transmis par les poux Le r servoir est l cureuil 50 de mortalit chez les personnes g es la bact rie aura aussi raison du tch que Prowazek mort en 1915 du typhus Louis Thuillier 1856 1883 est un brillant Ami nois qui rejoint l quipe pastorienne travaillant sur le chol ra pid mie en Inde 1817 23 en Russie 1846 61 puis en Afrique 1832 60 avec par exemple 600 000 morts en France Cette quipe est envoy e par Pasteur le 15 ao t 1885 Alexandrie quand une autre quipe prussienne dirig e par R Koch fait le m me voyage Thuillier meurt d un chol ra foudroyant en une nuit Damiette Alexandrie 27 ans le 18 septembre 1883 L historien De Calonne avait indiqu sa participation la lutte antichol rique Amiens Le germe sera isol par Koch Calcutta la vaccination par Ferran en 1885 Les principaux risques sont le p ril f cal eaux us es alimentation collectivit s le ris
31. e l exc s de chaulage fait perdre l azote par volatilisation d ammoniac Le phosphore est apport hauteur de 48kg sous forme P 0 T de boue MS soit 7 01 kg m3 de boue 14 6 de siccit avec 50 60 utilisables la premi re ann e la boue fait mieux que les fumiers en azote sauf le fumier ovin mieux en phosphore aussi sauf le fumier de volailles mais nettement moins bien en potassium perdu dans la partie liquide Le cahier des charges des agriculteurs est de plus en plus restrictif les d lib rations des conseils municipaux montrent de plus en plus d hostilit les performances des STEP sont insuffisantes il faudrait viser au moins 65 de d pollution par boues activ es La r glementation 1997 correspond l extension de la loi sur l eau de 92 les pandages sont r alis s apr s des tudes pr alables de faisabilit valider le p rim tre choisi suivi de tra abilit bilan agronomique les boues ont subi un traitement visant r duire la fermentescibilit et le risque sanitaire elles doivent pr senter peu de teneur en CTO compos s traces organiques pr voir une enqu te publique mat riel d pandage d fini pandage interdit certaines poques de l ann e et sur sols en pente autoris au printemps mars avril et fin d t ao t octobre Une solution alternative doit tre pr vue en cas d emp chement Faire un programme pr visionnel d exploitation w La Classification des boues es
32. e La d rive peut favoriser les champignons hypoth se rare les micro algues et les cyanobact ries sobres et pionni res fr quent voire des pestes Le lagunage s inscrit bien dans le paysage il est peu co teux 10 d une installation boues rustique et efficace 70 90 d puration il correspond tout fait des situations de traitement saisonnier camping station baln aire ou de petites collectivit s en milieu rural souvent aussi c est la bonne solution pour une agro industrie Il peut engendrer par vagues t des nuisances en cas d insuffisance d entretien ou de surveillance il demande n anmoins une forte emprise au sol on compte en moyenne 10m de lagune par habitant une variante au fil de l eau ou sur chenal parfois dans des foss s en anneau donne des r sultats assez moyens Le lagunage s est bien d velopp en France on compte environ 4000 installations plut t rurales soit 15 des STEP station d puration Deux revers pour l puration et la purification les STEP station d puration et la Bretagne La France s est quip e de stations d puration progressivement partir des ann es 50 60 et donc la plupart des stations ont plus de 40 ans et purent moins de 60 de rendement Bref ces stations sont v tustes et la tentation est grande de rafistoler ou agrandir les anciennes installations plut t que concevoir un nouveau syst me plus adapt la situation C
33. est une grossi re erreur comme de construire une nouvelle station surdimensionn e pour d ventuelles augmentations de population La solution adopt e Amiens Ambonne est originale enterrer en presque totalit une station compartiment e et traditionnelle seul d faut la concentration des effluents reste un risque majeur pour le fonctionnement optimum La Bretagne a t tr s pr cocement sensibilis e la qualit de ses eaux littorales et de rivi res Bon nombre d tudes et d essais ont d montr l aptitude des rivi res r g n rer une eau douce de qualit La Bretagne est aussi terre d levage excessif et les travaux valorisant les solutions d polluantes ont fait baiss la garde aux leveurs qui se sont laiss s aller continuer comme avant et patatra les rivi res et le littoral renouent avec les phosphates les nitrates et lisiers Accompagner les bact ries et les boues I faut aider les bact ries en station plut t que les laisser se d brouiller dans des endroits construits par nous camps de travail forc les bact ries trouvent rarement dans les eaux pollu s les nutriments en bonnes proportions les facteurs dans les bonnes valeurs cardinales Tous les mod les de m tabolisme carbon bact rien donnent des quations et des rendements tablis pour le glucose Tous les syst mes de perm ation de fonctionnement des exo enzymes sont tablis au laboratoire Et oxyg ne montre vite en station son
34. et des germes multi r sistants Les changes les voyages et le commerce aident la circulation des biens et des flores La mondialisation des flores va fatalement liminer des franges de populations et d velopper des germes s lectionnant les caract res les plus forts des souches indig nes Les surprises des mar es noires dressage bact rien C est l exemple r p tition des accidents assimil s du terrorisme cologique et sont traiter comme des v nements de pollution aigu Les mar es noires lisent domicile sur des sites al atoires le d gazage sauvage se pratique en douce 6 Millions de Tonnes de p trole sont d vers es chaque ann e dans l oc an Torrey Canyon 1967 dans la Manche l Amoco Cadiz 1978 Porsall 200000ha de mer touch s 2600007 de cadavres d aminaux Olympic Bravery 1976 l Exxon Valdez 1989 La plus grande catastrophe se produit dans le Golfe du Mexique plateforme Ixtoc qui explose 295 jours de fuites Les hydrocarbures ont tendance former un film la surface de l oc an avec effet miroir et imperm abilisation L effet catastrophique c est de toucher des lisi res rivages estuaires et par cons quent des zones de diversit lev e et de productivit maximale 1 litre d hydrocarbures pollue 1Million de litres d eau Les hydrocarbures sont form s de mol cules d origine biosph rique et sont donc biod gradables condition de prendre le temps et de
35. et quelques autres ent robact ries plus sp cifiquement mais ventuellement jusqu Bacillus cereus La salmonellose r sulte de l ingestion de diverses souches de 2500 de Salmonella typhimurium et ou enteritidis Les aliments les plus souvent en cause sont les cr mes les glaces les viandes les volailles les ufs la dur e d incubation tr s variable est de 8 48h on parle assez indiff remment tort de salmonellose et de fi vre typho de S typhi et on se souvient de l aventure de la Mary Mallon aux tats Unis en 1900 gard e en lieu s r 23 ans de l affaire de la viande en bo te en 1964 La salmonellose correspond une gastro ent rite s v re notamment chez l enfant lait en poudre contamin 1997 avec multiplication des germes dans l organisme et colonisation intestinale germe invasif h morragie est possible l volution est rapide et grave Il faut en g n ral une contamination massive de l aliment contamination au moment de l abattage des volailles par exemple avec parfois la pr sence de r servoirs tortues volailles poissons d ornement de nombreux bacilles paratyphiques peuvent devenir typho des C est le bacille d Eberth tr s mobile Gram n gatif qui produit plusieurs toxines On trouve les bacilles sur des denr es et aliments lav s l eau souill e on les trouve aussi dans les gouts les champs d pandage Sauf cas rare il n y a pas de porteur sain
36. h patite C ou non A non B nigmatique bombe retardement pas de vaccin l h patite D aigu l h patite E ent rique transmission f cale la journ e mondiale de l h patite tait le 16 octobre 2011 o Conclusion partielle 1 la massification n est pas un risque c est une certitude avec grand danger la cl d un accident grande chelle Les techniques industrielles ont fait leurs preuves mais Elles peuvent conna tre une d faillance un incident une erreur dans les param trages Elles sont efficaces partir de l instant t jusqu ce que la parade bact rienne se manifeste L amateurisme l empirisme et l habitude sont des mauvais conseillers Baisser la garde est sans surprise cause de drames Des aliments sont particuli rement en cause dans les accidents et ce sont principalement les pr parations manuelles les liants eau sauces les hachis les aliments carn s et laitiers les conserves domestiques qui sont les principales sources d accidents graves 2 Notre pr vention tient la s curit alimentaire et retentit sur la qualit alimentaire dimensionnement et surdimensionnement des technologies bref je vous envoie la balle pour trouver un juste milieu entre l chelle industrielle la massification et la qualit sans risque Formation et responsabilisation sont ma tres mots et plus importants que de monter les manom tres 3 Le p ril f cal n est pas imaginaire c
37. la contamination par Salmonella typhi est agent de typho de causant des d sordres intestinaux graves avec temp rature tr s lev e plusieurs toxines complications et forte mortalit origine eaux souill es c est typiquement une maladie dite d origine hydrique 14 Corned beef produit en Am rique du sud st rilis chaud puis refroidi rapidement dans de l eau non chlor e le courant d aspiration avant fermeture herm tique entra ne Sa monella dans plusieurs bo tes destin es l cosse R sultat une pid mie qui touche 400 personnes Il est temps de rappeler des bons usages propos de conserves en se r f rant aux travaux de Nicolas Appert confiseur en 1795 pr conisant de chauffer l eau bouillante et de sceller les aliments carn s dans des ampoules Travaux repris et explicit s au temps de Louis Pasteur avec toutes les d clinaisons de temp ratures pour pasteuriser le vin ou st riliser Et m fions nous de l id e re ue qui assimile toxine et bombage de bo te c est souvent de l azote de d nitrification mais toute bo te pr sentant un d faut est limin e les viers est monnaie courante La culture est facile L analyse demande 3 4 jours Les eaux gardent leur pouvoir contaminant longtemps apr s la disparition des troubles Les salmonelles sont des moteurs de recherche de tests rapides 42h pour le Salmonella Rapid Test le probl me c est que chaque nouvelle m thode n efface pas l an
38. la prudence et la discr tion des autorit s l interdiction de commercialiser est envoy e par courrier ordinaire L incin rateur d Halluin a alors 30 ans il incin re 86000T de d chets an les usines sont ferm es par pr caution extr me les autorit s Il faut lutter contre les fantasmes et la psychose et les d chets envoy s Barlin B thune La substance incrimin e dioxine est class e comme constituant chimique canc rig ne par l OMS produit des radicaux libres dans la cellule Elle est connue pour monter dans la cha ne alimentaire partir de l herbe Les r actions fran aises sont incoh rentes et traduisent une inorganisation manifeste C est cette poque que na t l id e puis la cr ation de la cellule de crise Pour l affaire du nord les chantillons sont exp di s Lyon Minist re de l agriculture les analyses sont longues et tout montre que la vache n accumule pas la dioxine elle la concentre dans le lait donc elle l vacue idem pour les ufs des volailles et le gras des poissons fin 2003 le saumon europ en est dioxin et les fran ais sont les plus gros consommateurs de saumon Pire il est des autorit s scientifiques pour claironner pas de panique en diluant la dioxine l effet nocif dispara t Le taux d alerte est de 3 picogrammes g de mati re grasse 1 nanogramme m Les relev s d Halluin donnent 1000m de l incin rateur 15 picogrammes g de mat gr
39. le m me domaine et dans le m me sens l invisible le compliqu le redoutable avec l id al de bien faire pour eux le d faut z ro existe c est m me le seul objectif tenir en permanence et le moindre cart de conduite a des cons quences dommageables disproportionn es consid rables parfois capitales Nous devons pratiquer la patience dans l urgence On dit que la justice est lente la microbiologie l est peut tre bien davantage Aujourd hui en situation de crise aigu le Droit et la Biologie travaillent au mieux en parall le le plus souvent en d cal comme juxtapos s mais les leviers de commande de la gestion leur chappent en laissant de l espace et du temps aux interventions pr matur es aux pr cipitations hasardeuses ou aux affirmations d sastreuses d irresponsables au vrai sens du terme cf crise politique et m diatique autour du concombre 2011 par exemple J imagine que le Droit et la Biologie travaillent ensemble dans des situations in dites de crise qui vont se pr senter de plus en plus souvent et d passer largement le cadre de l alimentation et de la sant C est pourquoi je vous propose d entr e de r fl chir un pilotage commun unique de ces crises par une quipe restreinte habilit e bi disciplinaire juristes biologistes charg e d enqu te ma trisant la fois les r glements et les techniques la t te et les bras Sachant que le dernier mot reviendra toujours au droit
40. moyenne entre 12 et 25 Les Boues s ches au del de 80 de MS jusque 95 peu pratiqu en France Les Boues gravitaires sont obtenues sur lits de s chage Les Boues d shydrat es ont de 15 30 de MS par filtration ou centrifugation elles sont excellentes pour le compost La valorisation des boues est a robie par compostage ou ana robie par m thanisation sauf en pr sence d halog nes ou d exc s de chaux Le conditionnement en briquettes sert au chauffage comme combustible 5 fois plus cher que l pandage Risques l mentaires Les boues produites en STEP contiennent des mati res organiques des produits de lyse microbienne MII et une forte biomasse bact rienne MI Avant toute utilisation on doit v rifier leur innocuit via la recherche des ETM l ments traces m talliques ou de CTO compos s traces organiques Les ETM ont une origine d activit artisanale ou industrielle rarement domestique les processus puratoires liminent 60 des ETM par s dimentation ils sont ind sirables car potentiellement contaminants de la cha ne alimentaire via les plantes cultiv es cela concerne moins de 1 des boues les l ments vis s sont le cadmium le chrome le mercure le plomb et quelques autres Les activit s domestiques peuvent apporter du zinc du cuivre du nickel du plomb du cadmium mais c est surtout les m dicaments et la corrosion des r seaux les pluies sur les toitures et les shampooings qui
41. plus souvent en C2 C4 faciles incorporer au m tabolisme interm diaire N anmoins des mod les r calcitrants et complexes peuvent rester en l tat c est le cas des penta chloroph nols ou PCP Le cas des PCB polychlorobiph nyls est amusant ces polluants dangereux hauteur du DDT ne sont quasi jamais d grad s dans le milieu et s accumulent On a pens s lectionner des bact ries pour d grader ces mol cules sauf que les PCB sont utilis s pour traiter des graines des agrumes pour liminer des champignons des parasites des bact ries Il ne peut y avoir attaque bact rienne en raison de la pr sence de 5 ou 6 CI Dans cette cat gorie on trouve le pyral ne PCB isolant Plus largement en d pollution assist e les mol cules en cause pesticides souvent mal biod gradables ne sont jamais choisies comme substrat principal et le com tabolisme Pseudomonas Methylococcus actinomyc tes Arthrobacter Aspergillus Penicillium Rhizopus Flavobacterium Corynebacterium Bacillus est oblig il faut donc fournir des substrats pr f rentiels Ces mol cules sont souvent solubles dans les hydrocarbures et deviennent plus mobiles et plus inaccessibles Ces mol cules enfin peuvent tre fix es ou adsorb es sur des supports vases et sortir du cycle de la mati re r manence pour longtemps S lectionner de bons indicateurs de qualit de milieu recenser des biocapteurs fiables Des cologistes ont d montr que
42. porcs eaux c est un germe en devenir pour nous h las agent parfois de manifestations digestives graves voire de septic mies c est le cas aussi de Proteus h te accidentel de la flore intestinale tr s prot olytique et causant des troubles intestinaux souvent graves ou des surinfections 1 On peut l gitimement se poser la question de savoir ce qu est un bon bio indicateur 5 Shigellose C est une toxi infection grave tr s pid mique que l on appelle dysenterie bact rienne Shigella dysenteriae La bact rie est tr s invasive elle est courte et paisse immobile oscillations pendulaires sa culture est facile le germe est fragile elle produit une ent rotoxine et une neurotoxine Shiga toxine ent ro et neuro toxiques Vero toxine cytotoxique destructive tr s active ce sont les aliments souill s et les eaux des r gions temp r es aux mois d t qui sont en cause le seuil infectant est tr s bas 10 100 bact ries la contagion se produit par les malades il existe des porteurs sains Attention aux denr es humides aux gouts aux rizi res La maladie se traduit par des diarrh es tr s nombreuses et des douleurs abdominales signes nerveux et g n raux asth nie anorexie l volution vers la gu rison est souvent retard e par des complications comme la destruction cellulaire la mort peut survenir sans traitement sulfamides et antibiotiques Diarrh e Campylobacter jejuni
43. pour la communaut et l environnement non nul mais limit mesures pr ventives et curatives Groupe 3 Risque fort agents biologiques pouvant provoquer une maladie grave chez l homme et constituer un danger s rieux pour les travailleurs risque de propagation collective et environnementale prophylaxie et traitements connus efficaces risque individuel important risque collectif et environnemental mod r mesures connues Groupe 4 Risque majeur agents biologiques pouvant provoquer une maladie grave chez l homme danger pour les travailleurs risque de propagation lev ni traitement connu ni prophylaxie risque individuel tr s lev collectif et environnemental lev et grave L effet m moire est important propos de risque biologique Les pid mies de peste 6 13 14 16 plus de 100 millions de morts de l pre mutilante de variole petite v role de chol ra et de grippe ont pouss les populations tablir une relation entre la maladie d une part et la peur ou la punition du ciel d autre part A partir de la fin du 18 d couvertes pens e et philosophie la trajectoire de l humanit va droit l euphorie gr ce aux d couvertes consid rables sur la plan te Terre plan te vivante dans une approche holistique Puis vient l approche universelle et l tude des bact ries univers bact riel hypoth se Gaia o la Terre est consid r e comme un giga organisme On d couvre
44. que l homme et les microorganismes tiennent les 2 r les majeurs la notion de cycle l mentaire est tablie puis de cycle de la mati re de continuum d cologie On d couvre l ampleur et l ubiquit du monde microbien l unicit de parent des formes vivantes et de la n cessit des microorganismes Les applications sont l objet d tudes agriculture alimentation conservation sant et l on d couvre l tendue des savoirs empiriques artisanats arts Nous allons vers l id e d un monde sans limites des ressources vivantes de la biodiversit Les savants affirment qu il ne semble pas que l on puisse vivre free germ et la communaut scientifique vit sur le principe de l infaillibilit microbienne chimistes jusqu au r veil brutal du DDT partir de 1954 La partie de la Microbiologie qui traite du risque biologique est l pid miologie La syst matique illustr e des risques s inspire de la microbiologie g n rale des ann es 50 elle n est pas en phase avec la modernit du g nie g n tique ou de la biologie mol culaire Le biologiste travaille avec le technicien et quelques repr sentants des autorit s services de l tat DRIRE DREAL INERIS mais pas de juriste pour tablir une sorte de grille chelle qui permettrait d valuer le risque sous forme de grandeur chiffr e les approches d analyse recherchent des param tres pertinents et des instruments de mesure faciles utiliser et
45. rester en a robiose Mais comme ce n est pas beau l homme se pr cipite et plombe le p trole avec des poudres Pomp e et trait e en a robiose la mati re hydrocarbure peut tre facilement biod grad e par les bact ries condition de poss der peu de cycles benz niques La d gradation d pend essentiellement de la surface de contact entre mol cules et bact ries de l oxyg ne et du brassage Les hydrocarbures cha ne droite sont facilement pris en charge par des Candida et de nombreuses bact ries Simplement le cycle local du carbone va agrandir son cercle et post rieurement la biosph re sera exub rante N oublions pas un peu de mati re carbon e facile pour amorcer la d structuration et un peu d azote assimilable avec des oligo l ments Les hydrocarbures cycle benz nique sont souvent antiseptiques ph nol et il faut op rer avec des Pseudomonas et des actinomyc tes pour une ouverture du cycle en C2 ac tate C4 succinate Les travaux ont permis de s lectionner le plasmide Tol tolu ne catabolique pour le cycle benz ne et de d poser le premier brevet pour Pseudomonas putida Le noyau naphtal ne est d grad en salicylate puis en cat chol et en pyruvate ac tate Boomerang m tallique assistance bact rienne L usage des bact ries pour l assistance l extraction mini re est ancienne biolixiviation biomining avec de l eau de l oxyg ne Thiobacillus et une bonne pente La technique fo
46. sur des supports synth tiques dont la g om trie des volumes est calcul e et mod lis e par ordinateur p riodique d effluents qui est l avantage du syst me Pour son principe de mod le plut t tellurique plan sol et comparativement param tres similaires le proc d des lits bact riens montre un rendement purateur sup rieur celui des boues carbone et azote N anmoins pour cause d entretien r gulier de surveillance du colmatage de la r g n ration p riodique et de sa tendance favoriser des germes anthropiques des germes d interface le proc d reste diffusion restreinte ou appliqu des collectivit s modestes Avant de rendre l eau pur e au milieu naturel un traitement d abattement de densit des populations microbiennes est rendu n cessaire chloration d chloration ou autre La variante des disques biologiques et des biofiltres permet en principe plus de souplesse dans le fonctionnement s agit de disques rotatifs en batteries sur un axe permettant d adapter la vitesse de rotation et la hauteur du disque immerg e dans la liqueur On proc de g n ralement une puration syncop e qui permet de jouer sur l oxyg nation des phases de traitement et sur l gouttage du trop plein d eau On constate des densit s lev es de Klebsiella de Micrococcus et de Flavobacterium sachant que Listeria suspect n est jamais absent et en compagnie d agrobact ries utiles 10
47. 93 qui quantifie identifie et fait des propositions en mati re de pollutions mises par une activit y compris chroniques en fonctionnement normal C est un outil technique de prise en compte des pr occupations environnementales C est un outil juridique car il met en lumi re la responsabilit de l entrepreneur et un outil d information pour le public La r f rence en mati re d ICPE est la loi du 19 juillet 1976 et son d cret du 21 septembre 1977 approche int gr e process stocks La loi fixe le r gime d autorisation ou de d claration selon le type d activit et le volume d activit La loi fixe des obligations tude d impact des sanctions aux infractions des dispositions relatives aux conditions d exploitation un classement des activit s par rubriques avec des plafonds de pollution fix s selon les activit s L organisme v rificateur est la DRIRE et successeurs DREAL Il y a 3 types d installations les dangereuses ou assez dangereuses soumises d claration les installations dangereuses soumises autorisation tude de dangers les installations dangereuses dites Seveso Les Directives SEVESO sous forme de rappel succinct Directive SEVESO 82 501 CEE qui concerne les Risques d accidents majeurs de certaines activit s industrielles l Europe rattrape et dig re la loi fran aise relative aux ICPE mobilisation des acteurs pour la pr vention La Directive est applicable depuis le 8 j
48. Approche participative et m thodique il s agit de sensibiliser tous les acteurs les salari s tous les personnels travaillant dans l entreprise les repr sentants du personnel interfaces la m decine du travail et les organismes de pr vention Approche objective et reproductible d finition des crit res ou param tres qualifiables quantifiables d finition d un seuil de significativit diff rencier du bruit de fond Vers l laboration d un document unique de Gestion des risques m caniques chimiques chutes incendie explosion lectricit manutention thermique bruit vibration circulation par rubriques information s ances de s curit Les acteurs du risque en environnement l Exploitant de la structure produire une tude de dangers mettre en place des mesures de pr vention et de protection tablir un plan de secours interne POI ou Plan d op ration interne alerter l Administration informer la population La DRIRE ou quivalent actuel repr sentant du Pr fet examiner l tude des dangers proposer des prescriptions indiquer l extension des zones risques l taux les cercles Z1 Z2 examiner si la r glementation a t appliqu e en cas accident Le Maire qui doit prendre en compte les risques dans les documents d urbanisme dans les demandes de permis et arr ter les modes d occupation des sols en Z1 ou 22 La s curit civile pour les Plans de secour
49. La construire supposait du fer et du b ton arm c est dire des l ments bien utiles des bact ries lithotrophes fer ferreux ammoniac oligo l ments ajoutez y des pluies acides il pleut au moins 365 jours par an en Picardie et un entretien tr s bas de gamme moiti produits biod gradables enduits ordinaires et moiti eau de pluie absence de traitement des b tons aux r sines vitrifiantes et vous obtenez sur les faces expos es une grande malade de la biod gradation du b ton qui touche les b timents les quais des ports et que l on doit des Bacillus et des Thiobacillus qui trouvent de grandes surfaces de colonisation le dioxyde de carbone l ammoniac le fer et l humidit jusqu produire de l acide sulfurique Par manque total d propos l assembl e des copropri taires a d cid de r habiliter la Tour et de la prot ger la municipalit a Robien de la coiffer d un phare multicolore Ne plus chlorer les papiers c est bien moins de sulfites pour les bois et papiers moins de mercure moins de vernis moins de plomb et de chrome c est bien mais les microorganismes n ont plus de respect pour nos crits nos bois de construction nos instruments de musique nos tissus pr cieux et v tements nos tableaux Les civilisations avaient pris l habitude de poser hors du cycle de la mati re et du recyclage des objets durables que nous disons d art et que nous exposons sans nous demander pourqu
50. Les levains qui ont besoin d un appui st r otropisme colonisent les supports en formant un biofilm zoogl e qui re oit par aspersion de haut en bas et ruissellement les effluents pollu s traiter une ventilation d air alimente le syst me contre courant de bas en haut les flores sont g n ralement diversifi es avec Xanthomonas 12 Acinetobacter 30 des nitrobact ries diversifi es des Flavobacterium 10 des Aeromonas 7 des Paracoccus 1 9 des Pseudomonas 7 15 des bact ries formant des zoogl es Zoogloea 7 des Achromobacter des Arthrobacter et des ent robact ries variable jusque 12 On y observe aussi des champignons risque de feutrage de nombreux protistes n matodes rotif res vers limaces arachnides escargots et des larves d insectes la micro biodiversit y est donc souvent manifeste entretenue sinon exub rante meilleure que dans la soupe Les lits sont assembl s en batteries assez souples et mobiles amovibles pour faire varier le dimensionnement volumes filtrants la dur e d exposition la teneur en oxyg ne diffusible oxydation prolong e et respiration endog ne altern e et le d bit C est surtout l ajustement du dimensionnement des surfaces d puration au quantitatif 2 On imagine volontiers que ce n est pas en ajoutant 17 produits chimiques un effluent pollu que l on va obtenir de l eau propre Les lits modernes sont alv olaires et dispos s
51. MEMENTO DES RISQUES BIOLOGIQUES L ATTENTION DES JURISTES Point de vue d un microbiologiste sur les risques et leur gestion x k PLAN Introduction D finitions et Syst matique des Risques Risques biologiques Le Risque par l exemple Bact riologie microbiologie g n rale cologie microbienne et applications Risque alimentaire Alimentation Intoxications Intoxinations Risques hydriques Pollution des eaux Risques sanitaires Le Risque chimique et le Risque environnemental M thane CO2 Dioxines Boues Azote soufre et phosphore Quelques Risques technologiques incidence biologique OGM Conclusion De la notion de risque en g n ral et de morosit pour demain Risques cach s et Prise de risques am liorations Biographie indicative Le document est mis disposition selon les termes de la Licence Creative Commons Attribution Pas d Utilisation OMS MON ON ON RON SOON ON CON ON 12 12 21 26 32 38 38 41 42 46 50 54 54 p 58 69 Commerciale Pas de Modification 2 0 France CC Attribution Noncommecial No Derivative Works 2 0 France License Introduction Vous allez vous demander ou je vais le faire votre place pourquoi un biologiste ou pire un microbiologiste vient raconter des histoires extravagantes des juristes La raison est que les juristes et les microbiologistes sont des repr sentants de la m me rigueur et de la m me discipline Ils travaillent dans
52. Mesures de pr vention et de protection vis vis de la population et de l environnement surveillance des activit s et des installations 3 Communication aux autorit s de la nature des activit s dangereuses des substances dangereuses et des situations ventuelles d accident majeur de mani re ce que les autorit s puissent laborer un plan d urgence puissent exercer un contr le 4 Information du public et des travailleurs sur les mesures de s curit et instructions en cas d accident 5 Information d tat tat voisin pour ICPE frontali re contribution l harmonisation des l gislations pour limiter les distorsions de concurrence Directive SEVESO Il 96 82 CE du 9 d cembre 1996 Elle concerne la ma trise des dangers li s aux accidents majeurs impliquant des substances dangereuses Publi e le 14 janvier 1997 applicable compter du 3 f vrier 1997 Elle vise renforcer le dispositif de pr vention des accidents tude des dangers actualiser tous les 5 ans et introduire des mesures compl mentaires consacrant les bonnes pratiques en mati re de gestion des risques disposition sur l utilisation des sols en vue de r duire les cons quences d accidents prise en compte des aspects organisationnels de la s curit am lioration du rapport de s curit renforcement de la participation et de la consultation du public Enfin elle vise renforcer les contr les test de l efficacit du syst me en
53. a d crite dans les boues s abrite dans les amibes Escherichia coli saprophyte du tube digestif souvent r sistant dans le milieu hydrique Campylobacter jejuni germe le plus souvent en cause dans les gastro ent rites Yersinia enterocolitica germe opportuniste contaminant par les d jections de porcs et lapins Shigella dysenteriae mortalit de 20 Enterobacter agent de cystites et de m ningites Des Pseudomonas opportunistes infections ORL Aeromonas hydrophila opportuniste et de surinfection Clostridium perfringens agit par ses toxines actif dans le botulisme aviaire Des microorganismes parasites et maladies protozoaires Cryptosporidium parvum coccidies produit des oocystes infectants tr s largement r partis r servoir animaux domestiques kystes r sistants aux traitements chimiques pr sent dans des eaux de surfaces 20000 cystes 100L des cas de contamination dans l Ain infection grave intense activit prot olytique transit torrentiel diarrh e rebelle et bact ries opportunistes pr sence dans les boues crampes abdominales naus es anorexie s v re Giardia lamblia intestinalis diarrh e printani re aqueuse giardiose lambliose avec r servoir chez les chats chiens castors moutons en mont e dans les pays occidentaux se produit notamment en montagne torrents pour des eaux r put es pures 500000 cas s dans le monde contamination par les kystes ventouses d kystement dans l
54. a quelque chose de choquant pousser le pion de l cologie l gif rer au cas par cas pour prot ger la nature et engourdir le littoral ou la montagne mettre sous le coude la plupart des projets d am nagement et n envisager sortir de la crise que par la croissance et la consommation c est videmment tromper les citoyens que de laisser supposer mener en parall le deux id ologies orthogonales Dans le d veloppement durable je propose de cultiver la mer apprendre lever les poissons plut t que se servir et particuli rement les estuaires je propose des convois spatiaux pour traiter l nergie et nous la procurer je propose d loigner la Terre de son Soleil de quelques d cam tres l histoire de souffler un peu du r chauffement je propose de domestiquer des populations bact riennes comme les chats les chiens et les chevaux et de les conditionner pour r soudre au cas par cas nos probl mes quotidiens et universels eau d chets nergie sant nous irions chez le marchand chercher notre bocal de solutions Les hommes attrapent des maladies que l on impute aux bact ries l inverse est devenu vrai les bact ries sont malades des hommes Maintenir les bact ries en excellente forme c est nous garantir une vie soutenable lutter contre c est prendre des risques y compris le risque vital La vraie croissance utile pour demain c est celle des levains microbiens Nous faisons le contraire Comm
55. accompagnent de de chimie contre 1 de meilleure qualit La France de 1997 h site Alain Jupp refuse l autorisation ma s Lionel Jospin signe l autorisation en novembre Betterave et colza restent en attente L autorisation est assortie d une avalanche de pr cautions mesures d information conf rences de consensus panel d experts syst me de biovigilance collecte de donn es principe de pr caution autorisation au cas par cas suivi des risques Bref une autorisation en forme de coup de frein vers un stop bien dissuasif L Europe desserre l tau depuis 1998 et vise prot ger les brevets Le consommateur doit recevoir une information sur l tiquetage Les OGM quoi a sert Par exemple quiper une plante de propri t s int ressantes ou recherch es port es par une esp ce qui ne peut pas croiser Cas l mentaire r sister des insectes ravageurs pyrale teigne noctuelle des champignons parasites Solanum Cas annexe tabac et taux de nicotine par exemple d velopper des arbustes de rotation rapide pour d polluer ou produire du papier peuplier saule par exemple chez les bact ries produire des enzymes des acides amin s et des mol cules rares ou d int r t Par exemple mener en parall le recherche fondamentale et recherche appliqu e sur des objectifs louables 1 pour un progr s dans la compr hension des fonctionnements g nomique et g n tique 2 obtenir des produits
56. age des baumes et r sines de l usage d acides et d alcools vinaigre yaourts vin bi re etc o l empirisme ne garantissait pas souvent l absence d accidents mais les cons quences en taient limit es Aujourd hui seule l chelle du risque a chang mondialisation oblige Depuis Alexandre le Grand 350 ans av JC l humanit a l exp rience de grandes pid mies de grandes intoxications de grandes famines de maladies hydriques chelle continentale dysenterie typho de et autres grandes ravageuses qui avaient pour effet d liminer des pans entiers de population et de les recentrer sur de petits effectifs Les voyages et les croisades ont donn de bonnes occasions aux bact ries de causer des d sastres Louis IX Saint Louis on disait la peste ou les pestes pour tout fl au pourrait t moigner Les Romains construisaient des aqueducs pour amener l eau pure les grecs r sinaient les vins Pyth as le Marseillais revenait de Su de avec une recette de liqueur d orge ferment e et des souvenirs de gla ons g ants flottant sur l eau personne ne l a cru De tout temps l usage des m taux est complice de la cuisine pots en argent en tain cuisine dans le cuivre Le cuivre le fait de cuire et l usage de l eau bouillie th l eau de vie contre l eau de mort et les pices faisaient passer moindre risque les plats faisand s L agriculture aussi pratique la microbiologie empirique depu
57. anvier 1984 pour les nouvelles installations et au 8 janvier 1985 pour les installations existantes En droit fran ais la directive est appliqu e au travers de la loi du 19 juillet 1976 relative aux ICPE du d cret d application du 21 septembre 1977 des Instructions du Ministre charg de l environnement aux Le Grenelle Environnement a d bouch sur un encadrement plus d taill et plus serr des ICPE Les engagements num rot s du Grenelle ont d bouch sur des lois appropri es 2009 2010 2011 Pr fets du 28 d cembre 1983 propos du fonctionnement propre des installations vis es du contenu attendre des tudes de dangers de la prise en compte d v nements d origine externe inondation orage gr le s isme chute d avion malveillance Suit une Circulaire le 8 octobre 1984 destination des Pr fets pour tablir l inventaire des installations relevant de ces dispositions avec instruction de la tenir jour et remont e au Minist re Les principes de base de SEVESO sont les suivants 1 D finition de l accident majeur v nement tel qu une mission un incendie ou une explosion de caract re majeur en relation avec un d veloppement incontr l d une activit industrielle entra nant un danger grave imm diat ou diff r pour l homme l int rieur ou l ext rieur de l tablissement et ou pour l environnement et mettant en jeu une ou plusieurs substances dangereuses 2
58. ations sont affaiblies Il y a appauvrissement vari tal et recentrage de populations sensibles Il y a les esp ces qui profitent en occupant les espaces vides et en prenant la place des esp ces sauvages ce sont des omnivores peu int ressantes pour le milieu La substitution aux flores naturelles de flores opportunistes remonte g n ralement vers des saprophytes des commensaux puis des parasites et des pathog nes qui survivent dans le milieu contamin jusqu ce qu un nouvel h te les prenne en charge On peut trouver aussi dans le milieu pollu des germes qui sporulent ou qui s enkystent entrent en vie ralentie en asth nobiose jusqu des jours meilleurs Quand la substance polluante entre dans la cellule vivante elle peut exercer un effet inhibiteur biostatique ou l tal biocide Lorsque le substrat polluant est fragment biotransformation par la cellule vivante parfois oxyd parfois compl tement limin sous forme de rejets simples on parle de biod gradation compl te ou bio recyclage bio min ralisation Cette notion est proche mais diff rente de la biod t rioration qui touche les uvres d art les monuments et d autres objets durables Lorsque la bact rie modifie la substance polluante en r alisant un segment m tabolique on parle de bioconversion Cette fonction a t mise profit pour produire de nombreux acides amin s des vitamines en cosm tique des m dicaments La bioaccumulation correspo
59. avec les aliments et comp titrices de sa propre flore ent rique Les dialogues de flores sont spectaculaires le rapport de force agit et le patient s en souvient Escherichia coli a remplac le chien le cheval et la souris au laboratoire souvent s lectionn sur ses caract res originaux J ai souvent pos l examen de Microbiologie g n rale la question de dresser le portrait d une bact rie volu e Et bien videmment j avais quelques copies blanches sauf que beaucoup d tudiants traitaient d Escherichia coli ou de Pseudomonas juste raison Collectivement les bact ries ont plus de 3 milliards d ann es de pr sence terrienne n es dans l eau et je ne sais toujours pas reconna tre au premier coup d il une bact rie jeune d une bact rie g e une bact rie en pleine activit et une bact rie au repos une bact rie vivante d une bact rie morte Alors une bact rie volu e c est une bact rie comme Escherichia coli qui s est adapt e aux modifications du milieu naturel et aux acteurs de la biosph re jusqu se laisser aller tre prise en charge pour le g te et le N couvert Dans ces meilleures conditions de confort il arrive que la bact rie assure sa descendance en 20 minutes alors que la jeune fille le fait 20 ans la m me horloge La recherche des coliformes est simple techniquement parlant et compliqu e au sens de l objectif recherch Il s agit d une techni
60. avec lib ration de toxines traitement historique par la quinine et r le bienfaiteur du DDT premiers travaux en 1857 Ross mais c est Grassi qui d couvre le vecteur et le germe plus de 200 millions de personnes infect es vaccin La Tular mie Maladie due Francisella tularensis maladie professionnelle et accidentelle pseudo peste de l cureuil de 1911 Tulare en Californie Maladie essentiellement animale gibiers lapins et tr s nombreux animaux avec l homme comme h te accidentel Septic mie En France c est le contact avec un li vre malade qui est cause dans 99 des cas Conclusion partielle l eau est l l ment le plus vuln rable la pollution en raison de sa pr sence sur toute la plan te c est le lien entre la vie et le milieu Son cycle est essentiellement abiotique mais en absence de l eau la vie se retire Les risques propos de l eau sont multiples 1 le risque des m langes si vous m langez de l eau propre avec de l eau sale cela fera toujours de l eau sale 2 Le risque des dilutions l eau est un moyen commode de v hicule pour diluer des mati res polluantes c est aussi pas vu pas pris le moyen de dilution des responsabilit s voire les dissimuler 3 Le risque de source de contamination bouillon de culture Maladies nosocomiales MN germes surveiller et maladies mergentes ou r mergentes R sistances Infections nosocomiales Ce
61. br l s r animation nourrissons cirrhotiques Ce sont des ent robact ries tr s banales et souvent r sistantes de nombreux antibiotiques Idem pour des Salmonella typhi murium A noter que le germe Enterobacter aerogenes opportuniste l h pital est consid r depuis 2000 comme r sistant aux lactamines Le groupe Pseudomonas Tr s omnivore tr s ubiquiste tr s opportuniste saprophyte Le pyocyanique est le meilleur opportuniste Beaucoup de malades graves ou de malades atteints de maladies graves SIDA mucoviscidose d c dent par surinfection Pseudomonas Attention beaucoup d examens d exploration voies urinaires peuvent tre suivis d infections dites secondaires Le groupe Streptococcus et les cocci Un rappel de la fi vre puerp rale et la difficult supprimer ce palier des 1 Les streptocoques sont souvent incrimin s dans les maternit s On dit aussi que Staphylococcus est en cause dans la plupart des cas rapport s parfois 90 selon tablissements que 90 des souches nosocomiales ont d velopp des p nicillinases et que 50 des souches l h pital r sistent aux antibiotiques courants par r sistance chromosomique Depuis 1997 on assiste une augmentation des souches GISA glycopeptides Intermediate Staphylococcus aureus Maladies mergentes La maladie de Lyme due Borrelia burgdorferi borr liose ou fi vre r currente C est un ensemble de maladies proches transmises par des ar
62. brise les os ou maladie de l homme courb d origine asiatique et ou africaine maladie quasi identique la dengue transmise par un moustique du genre Aedes Arbovirus CHIKV 1952 entr en Europe par l Italie en France depuis 2007 et en m tropole depuis septembre 2010 2 La dengue 1907 maladie end mique pid mies pand miques depuis Cuba affectant surtout les enfants maladie Arbovirus on y ajoute les dengue like fevers avec forte fi vre c phal e et abattement plusieurs virus identifi s 3 La fi vre exanth matique ou rickettsiose ou groupe boutonneux pourpre transmis par les tiques 4 Fi vre jaune maladie grave Arbovirus end mo pid mique cycle vital complexe entre le singe et le moustique Aedes et l h te accidentel typhus amaril de b nigne mortelle redoutable au temps de la construction du Canal de Panama 5 Fi vre Q pour Queensland fever ou rickettsiose due R burneti zoonose tr s r pandue chez les rongeurs et parfois transmise l homme v hicul e par inhalation de poussi res ou la mise bas d animaux domestiques acariens vecteurs 6 Paludisme Quarte ou Malaria fi vre des marais maladies du mauvais air des r gions chaudes provoquant des acc s r guliers de fi vre caract re cyclique voire chronique troubles h patiques r naux et respiratoires l agent est un protozoaire Plasmodium qui se multiplie dans les globules rouge
63. cienne qui est la r f rence et la norme il y a donc un travail de mise jour sur le sujet Elles sont aussi des moteurs de recherche pour la compr hension de l effet barri re la notion de porteur sain et la vaccination Disons que l on recherche des bact ries administrer qui limiteraient la colonisation par les germes pathog nes nouvelle g n ration d antibiotiques la r ponse est oui par exemple Lactobacillus acidophilus des laits ferment s qui s cr tent des bact riocines antiseptiques Les salmonelles sont enfin des animaux de laboratoire pour le test de Ames suspicion de substance canc rig ne Gastro ent rites Escherichia coli et Colim trie Les colibacilles et les coliformes sont des germes r sidants saprophytes et commensaux de l intestin de l homme et des animaux sang chaud Plusieurs genres esp ces et s rotypes assez ordinaires causent des maladies variables en d clinant le mod le de la gastro ent rite et des toxicoses GEI mortelle de l enfant Les germes peuvent aussi tre en cause dans des pid mies en communaut s cr ches et nurseries Ce sont des germes invasifs qui peuvent changer de tropisme urinaire Escherichia coli est une bact rie banale et polymorphe mobile Gram n gatif sa culture est tr s facile il produit plusieurs toxines dont une exotoxine neurotrope et une endotoxine ent rotrope antig ne O il y a pr sence de colicines Le Groupe Escherichia coli est
64. cologiques avec inventaire complet est imp ratif qui va d crire une situation un instant t c est une repr sentation ou une photo D autres photos du m me endroit seront n cessaires pour traduire l volution de la situation et donc tracer la courbe de d placement des quilibres substrats nergie acteurs facteurs Beaucoup de ph nom nes sont lents se mettre en place filaments flocs eaux color es et le suivi des quilibres entre flore autochtone et flore allochtone est obligatoire si l on veut apporter des corrections utiles On conna t trop l engrenage oligotrophe m sotrophe dystrophe eutrophe catastrophe Les inventaires doivent renvoyer des r f rentiels qui donnent la correspondance entre les param tres et la qualit des milieux Renvoyer aussi des tudes statistiques et des chantillonnages p riodiques l id e de d poser dans le milieu des sentinelles fait son chemin ce sont des int grateurs de param tres qui font l essentiel du travail notre place Bref l id al dans l tat de nos connaissances serait d tablir un catalogue dictionnaire des esp ces vivantes avec la qualit du milieu correspondant et un bottin des esp ces vivant dans le m me quartier biosph rique ensemble La d finition moderne ajoute de nouveaux concepts 1 La notion d mission ou source ou origine de la pollution de circulation effet drift ou transport et d immission pour l int
65. compatibles quantitatif C est la d gradation lente ou brutale du milieu naturel anthropique et ou des conditions de vie dans le milieu Les circonstances correspondent g n ralement une rupture d quilibre milieu agress un incident une inad quation entre les acteurs et les facteurs une inaptitude des capacit s locales absorber la mati re et poursuivre le cycle G n ralement la pollution correspond une hypertrophie locale du cycle parfois un engorgement parfois une rupture La pollution peut tre mati res l mentaire ou biologique parfois tout simplement physique thermique radiations Partant du a a principe que la plan te Terre est un milieu vivant macroorganisme septique l eau du milieu naturel est habit e par quantit d organismes et de microorganismes sans que l on puisse parler de pollution Le curseur normal de l eau naturelle n est donc pas sur la case st rile mais plut t sur la case oligotrophe L eau est n cessaire au continuum de vie sous forme de film mouill pos sur la plan te l o se concentre l essentiel de la biosph re et du cycle La glace est m moire des v nements plan taires et des carottes apportent des indications pr cises sur les variations en gaz compositions volcanisme bouleversements qui se sont produits au cours des temps Avant tout travail un tat des lieux facteurs physiques chimiques biologiques
66. cteur limitant En 3 la phase ac tog ne qui correspond une mise au gabarit en C2 c est l interface entre ent robact ries et arch obact ries elle est ana robie stricte avec production quasi exclusive d ac tate de formiate de dioxyde de carbone min ralisation et de dihydrog ne c est le dernier carrefour m tabolique avant l impasse m thanog ne le pH baisse c est l acidit La flore en cause c est Clostridium Desulfovibrio Methanobacillus et bact ries ac tog nes et homoac tog nes A t on remarqu que la m thanogen se s engage alors comme une min ralisation partielle et inaboutie de la mati re carbon e Jusqu au m thane et par compensation oxydo r duction les autres l ments sont accepteurs d hydrog ne l oxyg ne pour donner de l eau l azote pour donner de l ammoniac du soufre pour de l hydrog ne sulfur ventuellement le phosphore En 4 la phase m thanog ne et la fermentation m thanique c est un quilibre dans la min ralisation CO2 CH4 en milieu tr s r ducteur en sachant qu il y a comp tition entre carbone et autres l ments pour l hydrog ne soufre notamment dioxyde de carbone formiate formald hyde m thanol m thane Les biologistes cellulaires font remarquer que la synth se de m thane est coupl e la production d un potentiel de membrane g n rateur d ATP tout indique donc que dans la m thanogen se il y a un m canisme respiratoire avec accepteur final ex
67. cticides et notamment du DDT dichloro diph nyl trichloro thane ces organochlor s vont sauver la vie de millions de gens dont beaucoup d enfants et sauver les r coltes de populations pauvres ils vont galement d grader partiellement la photosynth se des plantes asperg es Vietnam Agent orange 2 4 D 2 4 5 T agent bleu 2 4 D pichloram agent blanc cacodylate de Na dim thyl arseniate et entrer progressivement dans la cha ne alimentaire A partir de 1954 c est la catastrophe on d couvre que le DDT se conduit en x nobiotique r calcitrant et r manent Pour 1ppM mesur sur la plante la concentration peut tre multipli e par 150000 dans la chair du poisson carnassier Aux Etats Unis en 57 la concentration passe de 5ppM dans les herbages 2500 dans la chair des poissons et pire le lait des femmes contient du DDT dem des su doises qui ont du DDT au bout des seins Idem des phoques de l Antarctique C est le principe de l infaillibilit microbienne qui s croule et la d couverte horrifi e de la mont e des x nobiotiques dans la cha ne alimentaire jusqu l assiette des hommes L espoir c est Pseudomonas putida quand il aura adopt son plasmide complexe Ce sont les pesticides qui ont tu les abeilles les flores du sol et les herbages et ce sont les eaux qui r cup rent les mol cules Jusque l nous tions sur l id e que le sol assainit que l oc an recycle tout et dig re tout que la vie s
68. d un non lieu dans l affaire du nuage de Tchernobyl stopp la fronti re les dysfonctionnements thyro diens sont ils li s ou pas ce nuage Dans le doute Comparaison faite au sang contamin pos sur l affaire du vaccin contre l h patite Ouvrons la bo te outils elle est presque vide fabriquons les outils En r ponse une brillante le on inaugurale du Professeur Jean Pierre Cot traitant de La violation du droit lors de la rentr e 32 Pun de solennelle du 2 d cembre 1967 au Centre Universitaire de Picardie jeune Acad mie d Amiens mes Ma tres fondateurs le Recteur Robert Mallet r pondait dans le m me sens par un discours magistral rest r f rence Amiens Le devoir d innover dans lequel les concepts d imagination de r flexion d ambition d audace de construction de progr s s inscrivaient dans les n cessit s de l esprit jusqu emprunter la r volution Violer le droit c est aussi lui lancer un d fi Demain si l un de vos enfants devenu adulte voit l un de ses organes s alt rer au point de devoir tre remplac il vous fera un proc s de m me qu la maternit o il est n la sage femme ou l obst tricien de 31 Nous allons vers de plus en plus de Nature dans les esprits de plus en plus d cologie dans les intentions et tout juste le contraire dans nos comportements fondamentaux alimentation modes codes et le pilotage politique d
69. de fixer l hydrog ne sulfur Mission difficile On a vu de plus que le pH trop acide pouvait bloquer la production de m thane Dans le mod le chaud des ruminants des flores associ es et le ruminant lui m me il y a des bact ries des champignons des protozoaires et le ruminant fournit de l ur e assurent des pr l vements d acides interm diaires ac tate propionate butyrate lactate en maintenant un milieu id al la m thanisation Ce mod le de fermenteur reste imiter galer On cherche aussi produire des levains en colonies mixtes en associant ac tog nes et m thanog nes en pr sence de silicates et de sulfure de fer ces grains de levains subissent l entrappement avant l optimisation C est le dogme de la culture pure qui tombe en bact riologie A contrario des chercheurs tentent de bloquer les r actions ant rieures en vue un shunt exclusivement producteur de dihydrog ne l ment consid r comme l arme absolue de l nergie du futur z ro d chet la cl Je mai pas d velopp mais chacun se doutera que l tude physiologique approfondie de la m thanisation a ouvert de nombreuses voies d application Je cite ici simplement la solvantogen se qui vise bloquer d r guler des voies classiques de l oxydo r duction dans le m tabolisme interm diaire de populations sp cialis es pour orienter la production de substances utiles comme les divers solvants ac tone alcools et bien d autres pr
70. de g nes et soigner insuline prot ines globines alimentation du b tail tryptophane lysine 3 r parer des structures endommag es ADN maladies orphelines 4 produire en quantit des mol cules propres chymosine de veau par E coli pour le caill cellulose 5 plus loin construire des plantes partenaires conomes d azote et d eau 3R Poulenc ma s r sistant au Roundup glyphosate r sistant la pyrale et la s samie ma s Bt panel d experts syst me de Biovigilance Livre blanc Dans le domaine v g tal le passage par le laboratoire et la biotechnologie permet de gagner 4 5 ans ou sur les m thodes ordinaires pour une manipulation Quitte utiliser la st rilit et quitte revenir aux croisements classiques apr s Si des champs de ma s sont encore fauch s aujourd hui avec m diatisation et bonne conscience la recherche en th rapie g nique re oit des dons le citoyen s insurge que les maladies orphelines ne soient pas prises en compte et les bact ries modifi es indiff rent tout le monde dans leur fermenteur industriel confin De l importance de l information Dans pas longtemps il faudra recourir aux dons pour sauver la pomme de terre ou le riz Et des cologistes supplieront les savants de produire des OGM pour sauver la biodiversit Il y a des objectifs remis en cause la r sistance aux herbicides ma s et augmentation naturelle au glyphosate et aux pesticides en g
71. devenu avec le temps la fois le principal animal domestique et industriel de compagnie de l homme au sens collectif de l humanit et la fois le plus grand danger pour sa sant pour le coup c est sa diversit par sa variabilit qui pose probl me Ce groupe m rite un petit d veloppement et un petit rappel en introduction Mon petit article de mars 2010 indiquait une r ponse positive sous la question y aura t il d autres populations prochainement dans nos assiettes En premier les Escherichia coli dont on commence comprendre la dangerosit Il en est d ent ro h morragiques Et je parlais aussi du danger venir des nouvelles strat gies mises en place par les bact ries de ce genre pour d tourner nos moyens de lutte confisquer le fer les adh sines etc Avec la crise sanitaire que l Europe a connue la fin du printemps 2011 concombre allemand nous sommes exactement dans ce sc nario sauf que cet Escherichia allemand a cumul toutes les ruses connues pour nous jouer un tour Escherichia est tr s original au plan g n tique bien videmment il cro t comme la plupart des bact ries de mani re exponentielle quand les conditions sont non limitantes mais surtout il est capable de produire des cellules g n tiquement diff rentes faiblement diff rentes selon les conditions de croissance aussi bien au plan g n alogique vertical des g n rations cellulaires qu au
72. du site micropolluants ETM Des recherches compl mentaires d bouchent sur des applications environnementales tr s int ressantes par m tabolisme sym trique on peut envisager la d ferrisation d un milieu assist e par des groupes microbiens chlamydobact ries ferrobact ries manganobact ries IlI s agit de favoriser des germes lithotrophes organod pendants en conditions a robies non limitantes et pr sence de dioxyde de carbone qui vont extraire l nergie des mati res r duites et les pr cipiter sous formes d hydroxydes rouilles faciles d canter et s parer pr cipitats Dans le m me esprit on peut r aliser la bior habilitation de mines ciel ouvert abandonn es pour cause de minerais pauvres en pr sence de substances d appoint fer cuivre et autres peuvent tre r cup r s et le site r am nag Car le pH de l endroit peut descendre 1 L application l uranium n est pas r solue Travailler par petites unit s et ne pas centraliser c est l exemple typique des Canadiens qui ont proc d des tentatives de d pollution de s diments contamin s aux organo chlor s La technique se passe en caissons et en 3 temps au moins 1 D shalog nation sur ac tate en ana robiose stricte tape tr s efficace par Clostridium et des m thanog nes 2 M tabolisation des petites cha nes et m thylation des cycles ventuellement oxydation et min ralisation 3 Ouverture des cycles le
73. e la d mobilisation relargage est ana robie stress bact rien Conclusion le phosphore est essentiel toutes les cellules vivantes mais ce sont les plus opportunistes qui vont le capturer autotrophes au carbone au carbone et l azote des bact ries Le phosphore de la pollution en environnement vient des fertilisants des d jections origine agricole et des d tergents adjuvants Il y a 5 fois plus de phosphore dans les eaux proximit des activit s humaines qu en leur absence parfois beaucoup plus On parle d eutrophication eutrophisation pour la combinaison d addition de phosphore et d azote dans un milieu aquatique plut t lentique Les travaux depuis 1974 sur la Loire et le lac d Annecy sont des mod les d cole Il y a augmentation consid rable de la biomasse organique pullulation du phytoplancton et augmentation consid rable des populations bact riennes de recyclage m tabolisme associ Par cons quent pr l vement de l oxyg ne et passage la putr faction les organismes comme les poissons sont priv s d oxyg ne et meurent En amont du phosphore les rejets glucidiques contribuent l eutrophisation Sur de nombreuses plages bretonnes l eutrophisation conduit l explosion exub rance d algues macrophytes sous forme de mar es vertes ulves ent romorphes fucus avec obligation de ramassage Il peut s y ajouter des fleur es bi autotrophes et donc cyanobact riennes
74. e il y a 3 familles de proc d s qui disposent d une bonne exp rience et d un capital confiance 1 Les boues activ es syst me ancien Londres 1914 le plus r pandu en France depuis 1948 71 dans la Somme con u selon le mod le de la culture microbienne a robie intensive bouillon de culture de populations bact riennes en croissance flocul e grumeaux flocons le technicien doit veiller oxyg ne facteur limitant et l quilibre entre germes sauvages et germes anthropiques le proc d vise un rendement compris entre 70 et 95 de la mati re de l effluent issu du traitement primaire les incidents principaux sont la formation de suspensions h t rog nes et les flocs Les eaux agit es sont mises reposer apr s traitement dans un clarificateur d canteur auquel on peut adjoindre un d gazeur la d cantation s pare les effluents surnageant pur s des boues secondaires dites organiques qui s dimentent biomasse microbienne mati re organique Mais laver l eau dans l eau est ce une bonne id e Chacun sait que les bact ries sont malhabiles dans l eau 2 Les lits bact riens les levains purateurs sont fix s sur des supports variables concassats galets cailloux billes polym res graviers dont la g om trie est d terminante pour assurer un volume minimal et une surface d change maximale Les supports forment des lits d paisseur variable environ 10cm et juxtapos s en batteries
75. e nous y allons nous risquons de rompre prochainement les cycles l mentaires le cycle de la mati re Bravo sous nos yeux et pas de pancartes Imaginons le pire 1 de plus en plus d assistance de lois de r glements de mondialisation d un code de bonne conduite en mati re d agriculture d industrie de sant et d alimentation et de moins en moins de terres fertiles de ruralit de bonnes volont s responsables de solutions locales de travail par petites unit s d artisanat d nergie d agriculture et de denr es alimentaires bref comme une mondialisation de la p nurie de la famine et de la pollution c est un double langage il faudra bien que toutes les parall les se rencontrent et se parlent Ces politiques l et ces gouvernances l tellement m diocres et faibles qu elles sont d bord es par les affam s de profits sont cartel es par des objectifs concurrents pos es sur des quantit s de populations d organismes vivants muets ou r sign s Si vous tirez en premier le bas de la pile le socle bact rien d en bas pesticides chimie antibiotiques le plus dispos nous aider tout l difice va s crouler Dites alors aux conomistes que ce n est pas tant les algues vertes le m thane le soufre le p trole le plomb ou le mercure qui polluent c est l argent 2 Tout incendie dans une entreprise conduit revoir et augmenter les mesures anti incendie dans toutes les entrepri
76. e aviaire proximit des d charges et des rivages Un mot sur les intoxications Bacillus Elles ont souvent t sous estim es pour la raison de bienveillance propos d un germe banal et plut t bienfaisant On ne croyait en effet qu une seule maladie imputable au Bacillus le charbon et la belle d monstration de Pasteur sur les moutons en 1881 Il y a quelques esp ces du groupe cereus souvent thermophiles et donc s lectionn s par la temp rature On les retrouve parfois d velopp s en culture pure sur des aliments sp cifiques riz conserv s l tuve pour plusieurs jours C est l affaire des diarrh es cons cutives des repas en restaurants orientaux ou pr tendus tels peu scrupuleux Ces germes produisent une ent rotoxine prot ique m tisante cytotoxique et n crosante De m me des Bacillus ont entam une partie de bras de fer avec le technicien des proc d s de st rilisation par la chaleur appertisation up risation UHT Rappelons l infusion de foin des v t rinaires assimil e au traitement de cheval L intoxination staphylococcique C est une ent rocolite aigu elle est due Staphylococcus aureus ent ropathog ne et survient dans un contexte de convergence de facteurs cumul s de n gligence aliments pr par s hach s mix s sauces laitiers cr miers Les microorganismes en cause ne prolif rent pas chez le malade sauf exception nourrisson L intoxication es
77. e grande opportunit un germe qui en profite pour coloniser et prolif rer 7 Le Risque chimique et le Risque environnemental Le M thane Risque environnemental ou Energie propre Le m thane est le symbole de la chimie organique Kekul 1861 le carbone t travalent C est une mol cule pionni re de la biogen se soupe primitive dans la phase r ductrice de la plan te c est devenu un poison ou un danger pour la vie Il a t d tect dans l atmosph re hauteur de 1 7ppM contre 340 au dioxyde de carbone Le premier producteur de m thane naturel est le sol froid et oc an froid 150 millions de tonnes puis les rizi res et l agriculture en zones inond es 100 millions de tonnes les animaux d levage n arrivent qu en 3 position avec 50 millions de tonnes Une vache peut produire environ 100 200 L de m thane jour 1 observation il y a 2 mod les de m thanisation le mod le froid extensif et le mod le chaud intensif L homme produit du m thane explosion de patients op r s par thermo caut risation d h morro des surtout par ses activit s mines d charges compost raffineries Le m thane contribue l effet de serre 20 fois plus que le dioxyde de carbone masse gale Le m thane est pr sent dans lunivers Titan Le biogaz m thane serait une excellente solution pour valoriser les d chets agricoles condition de travailler par petites unit s ferme
78. e l eau douce avec de l eau de mer c est de la comp tence de l oc an et des climats la plan te consacre environ de son budget nerg tique distiller vaporation l eau sal e temp rature basse 15 C Faire de l eau de rivi re de lac ou de nappe avec de l eau de pluie cela rel ve des reliefs et de la g ographie de la nature des sols pente composition perm abilit porosit l eau de percolation transporte plus ou moins de mati res en suspension et de mati res dissoutes L puration naturelle est aussi biologique c est souvent le recyclage de la mati re contenue dans l eau l puration naturelle de l eau appartient donc beaucoup plus au cycle de la mati re qu au cycle de l eau L puration naturelle est l apanage du r gne v g tal la plante consacre la moiti de son budget nerg tique l absorption de la solution du sol la conduction des s ves et l vaporation Et nous ne savons pas grand chose de l vaporation biologique de la surface des oc ans L puration chimique est surtout l affaire des chimistes elle se pratique au laboratoire ou lusine par change ionique ch lation floculation ou pr cipitation avant recours un proc d physique comme la filtration ou la centrifugation Le principe de l auto puration est cologiquement fond mais rel gu au rang de mythe L eau sale ne s pure pas seule dans le milieu naturel Elle a besoi
79. e multi r sistants et de germes anthropiques Autre d rive les mutants sachant que l on compte 1 mutant bact rien pour 100 million de cellules nous savons que le bassin d puration peut d river vers un bouillon de culture de germes qui communiquent g n tiquement et varier jusqu nous poser des Comment identifier au coup d il un Thiobacillus d un Pseudomonas o d un Rhizobium voire d un Agrobacterium Comment diff rencier une bact rie travailleuse d une bact rie paresseuse une bact rie vivante d une bact rie morte probl mes sanitaires Partant de l observation qu il y a principalement une dizaine de groupes bact riens purateurs issus d esp ces rurales nous serions bien inspir s de tenter la s lection le dressage et l ensemencement de levains cocultures comme cela se pratique pour les vins et les fromages Enfin dans les boues on peut trouver finalement ce que l on appelle des germes d accompagnement savoir des contaminants robustes et m sophiles parfois inoffensifs germes lactiques parfois pas Legionella Diversifier les solutions d puration L id e force est de diversifier les proc d s et d unir les moyens physique chimie biologie la technique mixte Les solutions biologiques sont longues parfois incertaines sources de nuisances et de dysfonctionnement r current pourtant ce sont les plus courtes pour le retour la nature d une eau de bonne qualit En Franc
80. e n est jamais un m tabolisme principal il faut donc un substrat carbon principal ac tate ou m thanol et le travail en caissons est justifi si on n apporte rien on parle de m tabolisme gratuit mais les bact ries sont peu press es Les germes en cause dans ce type d intervention sont Pseudomonas Achromobacter Corynebacterium Aspergillus avec besoin des Actinomyc tes et d Arthrobacter Cette op ration est assimil e une d toxification mais beaucoup des substances trait es sont consid r es comme des CTO compos s traces organiques dont la plupart sont de puissants antimicrobiens Secondairement des produits interm diaires de d gradation sont tr s toxiques chlorure de vinyle chloroph nols et canc rig nes L op ration n cessite au moins 3 mois et se pratique en 2 temps traitement ana robie strict avec d shalog nation clostridienne op ration tr s efficace contre les chlorures mais des m thanog nes interf rent et le carbone peut tre limitant ajouter ac tate Traitement a robie avec deux temps m thylation du cycle sur 2 sommets proches ouverture et rupture du cycle en C4 C2 puis m tabolisme interm diaire ou min ralisation on y trouve Pseudomonas Flavobacterium Corynebacterium Xanthomonas principalement Autres X nobiotiques et notion de biod gradabilit En 1948 le suisse Paul Hermann M ller re oit le Prix Nobel de m decine pour ses travaux d ensemble sur la biochimie des inse
81. e nos soci t s Je suis s r que vous avez tous envie d un 4x4 de marque allemande 32 L Universit d Amiens est cr e le 27 mars 1969 elle devient Universit de Picardie le 17 d cembre 1970 et Universit de Picardie Jules verne en 1991 n avoir pas gard les annexes embryonnaires et des cellules souches Vous ferez quoi S il d couvre un g ne d faillant lui conf rant une maladie rare il vous attaquera de m avoir pas r alis de culture cellulaire assist e via les bact ries pour lui r parer son g nome ou remplacer son organe Vous r agirez comment A trop lutter contre les bact ries physiquement et intellectuellement et tout ce qu elles permettent de progr s et d innovation en biotechnologie leurs propri t s leurs capacit s j allais dire leur facult s et potentialit s elles vont lutter davantage contre nous et nous recadrer avant de nous liminer car n oublions pas que sur cette Terre les bact ries ont tous les droits sans devoir en r pondre Max Bugnicourt novembre 2011 PS Si nous mettions le savoir faire du sol et des abysses au Patrimoine mondial et sous nous creusions l id e d tendre le g nocide toute destruction syst matique d ADN rare unique essentiel vital pour notre cycle 7 Rapide pr sentation personnelle de l auteur tudes de Biologie G n rale puis de sp cialit Microbiologie Th se de Biologie V g tale en 1980 Ma tre de conf renc
82. end que cela Nous allons vers une ligne de partage entre les bons OGM et les mauvais OGM Principe de pr caution lev e du moratoire et crainte de l eug nisme veillent Les bons OGM produiraient des m dicaments en consommant moins de pesticides d engrais et d eau les tr s bons OGM iraient soigner sur place des malades et ce seraient des bact ries et des puces Les mauvais OGM seraient ceux qui drainent le plus de chimie Pourquoi ne pas consid rer la construction et l exploitation d OGM comme une industrie pointue comme la construction d avions ou de t l phones plut t que relevant de l agriculture Pourquoi ne pas f d rer les r seaux de biovigilance maladies pid mies pollen qualit de l air allergies OGM et positionner ce r seau comme responsable entre l tat qui l gif re et la recherche qui trouve sur une carte blanche d objectif les applications peuvent tre propos es au d bat et adopt es ou non au cas par cas Le drame de la confusion actuelle c est que le sujet est parpill entre savants qui se trouvent sous contrat multinationales qui ont l argent l audace et l influence politiques coinc s entre l autruche et l escargot soci t yoyo qui a peur de tout comme on lui a ass n par amalgame et catastrophisme Le Principe de pr caution est reconnu par la Charte mondiale de la nature adopt e par l assembl e g n rale des Nations Unies en 1982 consacr en jui
83. ens tait bloqu sur la communication On a incin r les vaccins p rim s Les maladies infectieuses se pr sentent g om trie variable et sont contract es selon des modalit s diff rentes al atoire comme la maladie de Lyme cibl e r gionale et environnementale comme la l gionellose saisonni re comme bon nombre d affections ORL accidentelle et collat rale comme une maladie nosocomiale par n gligence comme l intoxication alimentaire par omission comme une maladie sexuellement transmissible Il y a fort parier que le droit va punir l artisan d une n gligence en mati re de list riose et de rillettes consomm es par un consommateur fautif et facilement gu ri et fermer les yeux pour une transmission en toute connaissance de cause du SIDA une partenaire qui va perdre la vie 2 Anticiper plut t que courir derri re la jurisprudence Comment r ussir un code qui inclut les manipulations g n tiques les biotechnologies les bio banques et absorbe au fur et mesure les avanc es savantes Mieux vaut travailler sur une loi programme vaste une loi programme sur l eau est envisag e pour 2015 il y a peut tre moyen de travailler en compatibilit avec ce projet que sur des th matiques cibles Rapidement l actualit OGM sera d pass e par les greffes les autogreffes usage des cellules souches au clonage au bouturage aux embryons th rapeutiques aux cultures cellulaires non diff renci es aux patchs Actuel
84. es l Universit de Picardie Jules Verne Microbiologie la lilloise Chef de service de Biologie v g tale Responsable du DESS EADAA option D veloppement Agricole et Agro alimentaire la Facult de ps Pharmacie de l Universit de Picardie co fondateur du DESS Qualit et Gestion de l Eau Master Il lt Professionnel la Facult des Sciences de l Universit de Picardie co fondateur de la MST PVIA Ma trise de Sciences et techniques en Productions v g tales et Agro alimentaires Enseignements de Microbiologie en fili re fondamentale et en fili re appliqu e MST DESS DU IUP Auteur du Dictionnaire de Microbiologie G n rale d Ellipses 1995 Commissaire Enqu teur pour ce qui concerne les enqu tes environnementales et la microbiologie industrielle Collaborateur des ditions de Boeck pour la microbiologie correcteur et relecteur pour les versions fran aises d ouvrages US Expert pour la gendarmerie biologie v g tale Participation divers jurys et conf rences Conf rences Des bact ries et des hommes les bact ries des villes et les bact ries des champs Mes amiti s bact riennes Laver l eau Des microbiologies pour quoi faire De l Ecologie microbienne la Microbiologie environnementale
85. es girafes et que nous ne les voyons pas Elles sont petites entre 0 3 et 3 um avec en moyenne 1 5 um pour le plus grand diam tre bien dire microm tre Elles se ressemblent toutes vivent en communaut s populations colonies et forment un vaste groupe tr s homog ne ou continuum 1 notre poque en situation de crise aigu la Microbiologie semble se conduire en frein main pour emp cher d agir vite et au hasard le Droit semble courir derri re la crise en tentant de la rattraper coups de jurisprudence procaryote dans lequel les savants par commodit essayent de d finir des entit s discontinues genres esp ces souches clades Dans une toxi infection alimentaire ou un v nement de pollution une contamination l h pital ou une d faillance industrielle on recherche le germe en cause mais qu on s entende bien si l on recherche des salmonelles suspicion de et que l chantillon pr lev contient des staphylocoques votre analyse aboutit la r ponse suivante absence de salmonelles Vous devinez pourquoi risque et danger sont pris l un pour l autre en microbiologie La Microbiologie descriptive est n e au 17 si cle van Leeuwenhoek comme l astronomie Galil e gr ce la ma trise du polissage des lentilles La Microbiologie empirique est n e en m me temps que l agriculture s dentaire et la Microbiologie savante commence avec les travaux de Louis Pasteur chimiste cristallograp
86. es analyses va devenir un frein puis un probl me et le producteur de boues devient responsable Avant tout pandage le producteur de boue doit pr senter une tude pr alable un programme pr visionnel et en fin de campagne il doit y avoir bilan agronomique Les agriculteurs ont des craintes pour leurs terres les agro industriels pour leur approvisionnement contractuel les consommateurs pour la qualit finale du produit L agriculteur est donc pris entre deux mauvaises solutions faire confiance au pilote de station sans pouvoir intervenir et opter pour l pandage en prenant des risques le microbiologiste dit OK car c est une destination logique et pertinente des boues comme retour au sol sauf que la boue peut conduire au d s quilibre des l ments du sol et au d s quilibre de flores telluriques entre les autochtones et les allochtones Mais les cahiers des charges des Agro industries sont de plus en plus restrictifs et contraignants impos s qu ils sont par la grande distribution image L opinion publique craint par ignorance et le consommateur fait l amalgame entre agriculture et risque boue En puration plus on travaille bien puration plus de 60 et plus on produit de boues 60 de croissance bact rienne pour 40 de combustion min ralisation Les boues pr sentent des atouts l pandage Elles terminent la fili re Eau qui est tr s organis e et tr s exp riment e Le savoir faire dimensi
87. es d fenses du v g tal contre les champignons Phytophtora Solanac es Choix d un vecteur de clonage ou navette transporteur d ADN exog ne 4 types potentiels plasmides cosmides phages chromosomes artificiels C est g n ralement le plasmide pBR 322 de E coli portant la r sistance la t tracycline l ampicilline ou les 2 Avantages facile extraire la ou les r sistances sont des marqueurs et ce plasmide pr sente de nombreux sites de restriction pr d coupage ou pointill s g n tiques Recherche d un r v lateur de r ussite ou de r v lateurs marqueur positif n gatif Dans l ordre chronologique c est le marqueur de r sistance aux antibiotiques kanamycine ambpicilline n omycine qui a t utilis puis le marqueur enzymatique lib rant un produit color puis un marqueur de phosphorescence lucif rase On parle de g nes rapporteurs confirmant la transformation N cessit d un multiplicateur I s agit de produire en grande quantit de nombreuses copies du montage g n tique C est en g n ral E coli en fermenteur pour des raisons d conomie de temps de S g n ration court en croissance quilibr e plut t qu exponentielle attention au ph nom ne de cure C est dans cette phase qu il peut y avoir contamination conjugaison ou transformation Construction de l interm diaire G ne Plante via le plasmide Ti d Agrobacterium tumefaciens Ce plas
88. es de masse A hyper st riliser des aliments que l on croirait d j m ch s des bouillies des pur es Diversit contresens Voil pourquoi le D veloppement durable et le Management environnemental sont per us comme des taux des contraintes qui conduisent l appauvrissement de toutes les diversit s y compris culturelle Le pompon dans le comportement incoh rent est de pr ner la croissance tout prix comme espoir unique de sortir de la crise de viser l absence de diversit pour toutes nos activit s mode de vie alimentation cultures quipements codes et de militer pour la biodiversit des esp ces sauvages Le d raillement n est pas loin Il y a des signaux via les allergies la r sistance aux antibiotiques les maladies nosocomiales et la baisse de la fertilit qui ne trompent pas Et si la plan te en avait marre de l homme et conduisait son volution vers l extinction en fermant le robinet de la reproduction pour redonner la main aux bact ries et se refaire une p riode de biodiversit x k J envie les juristes Ils ont devant eux un travail colossal une vraie uvre r aliser aujourd hui mardi 6 septembre 2011 au Palais de justice de Paris le Droit fran ais le pouvoir judiciaire s est d clar impuissant trouver des solutions raisonnables aux crises affectant les domaines de l environnement et de sant publique un responsable scientifique minent b n ficie
89. es est d origine inconnue En simplifiant l extr me disons que la d faillance consiste cloner les aliments et les ensemencer de germes multi r sistants Risques hydriques Eau Environnement Pollution sant et maladies hydriques 1 Les risques hydriques sont consid r s comme le risque majeur venir d autant que l eau va manquer et que l eau constitue souvent le r servoir final des activit s des hommes germes pathog nes compris Les accidents grande chelle sont in vitables tr s prochainement Epuration des eaux objectifs et incoh rences s agit de laver notre eau sale pour faire de l eau propre en esp rant que nous allons vers le tri des eaux sales afin que nos eaux sales soient de plus en plus propres Nous lavons tout avec de l eau l eau except e les professionnels de l puration sont les bact ries L objectif de l puration est de rendre une eau satisfaisante au milieu naturel en s inspirant des syst mes vivants naturels L puration biologique utilise des m thodes biologiques douces via les tres vivants mais les m thodes abio ou physico chimiques vont tre n cessaires comme appoint ou renfort Nous illustrerons le th me par une succession de principes S inspirer de mod les naturels L puration naturelle est principalement passive li e aux ph nom nes physiques c est la percolation la cong lation ou la distillation par exemple Faire d
90. es mixtes boues non stabilis es Les Boues recycl es sont des boues de recirculation ce sont en partie des boues bact riennes secondaires contenant les levains de la station et utilis es pour ensemencer les autres secteurs et autres bassins de traitement Il Ces boues contribuent construire un inoculum de levain de STEP Les Boues en exc s c est le solde de boues entre le volume constant de boues n cessaire sur place et le flux de boues produites et ou entrantes C est le volume exporter C est l exc s de boues secondaires ou assimil es telles Les Boues physico chimiques sont extraites d un d canteur en aval d un bassin de coagulation floculation par proc d physico chimique perchlorure de fer ou chloro sulfate de fer Les Boues stabilis es ont subi un traitement d affinage par valorisation compostage m thanisation Les Boues chaul es sont stabilis es par voie chimique en vue d abaisser nuisance et acidit boues hygi nis es le dosage est en moyenne de 50mg de chaux litre de boue parfois jusque 150mg L traitement Low Lime Les Boues solides ont une siccit sup rieure 35 de MS on dit solide de 25 80 de MS on obtient 80 apr s s chage thermique ou filtre presse Les Boues liquides ont une siccit jusque 7 10 de MS la moyenne observ e est plut t 2 3 de MS on parle de boue paissie partir de 4 5 jusque 10 Les Boues p teuses autour de 18 de siccit en
91. est un risque perp tuel r current et pisodique on parle de crises qui agissent comme des piq res de rappel Il incite des tudes int ressantes avec des enjeux conomiques consid rables trouver de bons indicateurs les trouver vite r aliser des tests in situ avec peu de mat riel zoom Les chercheurs explorent aussi l espace et le temps y a t il des zones g ographiques risques oui des circonstances risques oui des p riodes o nous sommes plus vuln rables oui la chronobiologie s y int resse 4 Selon les vagues de toxi infections alimentaires et TIAC la soci t se pose la question de modifier les DLC date limite de consommation de 42 jours 29 jours selon les produits Il y a l mati re intervenir pour que notre quipe restreinte prenne les choses en main d terminer la DLC et toutes les autres dates indiqu es DLUO date limite d utilisation optimale Rappelons que les normes AFNOR en la mati re tiennent compte du calcul de la dur e de vie microbiologique 5 Les mouchards des produits alimentaires sont plus discrets que les radars des routes Les puces tiquettes origine Monoprix sont des pastilles qui attestent de la cha ne du froid ou d noncent sa rupture il s agit du virage d indicateurs au di ac tyl ne si la temp rature du produit remonte par polym risation Le danger est un p ril f cal ou un p ril viral sauf que la moiti des intoxications alimentair
92. face la vapeur d eau au m thane et aux compos s l gers et centrifug s par la plan te au dessus des p les C est l oc an qui est le principal r servoir de CO2 0 5mg L 0 C et l atmosph re n en contient que 0 034 soit 340ppM Il est 50 60 plus abondant dans l eau que dans l air et parfois jusqu 150 fois plus selon la temp rature Le risque dioxines et les cons quences de Seveso On d crit plusieurs affaires embo t es l origine De 1941 1950 un laboratoire suisse produit de l hexachloroph ne usage bact ricide incorpor aux savons de toilette destin s aux Etats Unis usage est appliqu aux enfants et nourrissons on rel ve pendant ces ann es plusieurs cas de troubles du syst me nerveux signes assimil s un empoisonnement par organochlor On note des accidents dans les maternit s US partir de 1950 en 1957 des levages am ricains de volailles sont d cim s cause de l alimentation contamin e par une dioxine puis on note une s rie d accidents industriels sur des ouvriers intoxiqu s l sions dermatologiques au Vietnam entre 1961 et 1971 les for ts ont t arros es de d foliants et de d broussaillants puissants agent orange a trichloro ph noxy ac tique puis vient l affaire du talc Morhange en France 1972 drame traces de TCDD 2 3 7 8 t trachlorodibenzodioxine En 1976 intervient l accident de Seveso qui va op rer comme un v ritable tournant env
93. forme que nous avons d r gl e et perturb e en moins d un si cle Chapeau La cl du d veloppement durable est chercher dans les le ons bact riennes et dans leurs nombreux savoirs m taboliques Il faut inlassablement inventorier rechercher s lectionner et optimiser en pilotes les fonctions bact riennes rares de recyclage et de d pollution les exclusivit s du m tabolisme par exemple la fixation autotrophe d azote atmosph rique la chimiosynth se lithotrophe les respirations ana robies les photosynth ses organotrophes ou ana robies par exemple la solvantogen se et l alcoologen se plan alcool par exemple l hydrog nogen se et les m thanogen ses par exemple les finesses de l amphibolisme avec la production de prot ines et la mise en attente d acides interm diaires la production de POU par exemple la synth se de polym res originaux biocolles r sines caoutchouc par exemple la capacit int grer et exprimer des segments de patrimoine g n tique emprunt s d autres genres d autres groupes etc Par exemple la capacit exprimer des g nes humains pour r parer nos d faillances organiques Avec la mondialisation de nos activit s la microbiodiversit devrait s effondrer c est tr s comique de sauver des papillons et des grenouilles des orchid es et des lichens et les bact ries M me position que pour les OGM bact riens on ne les voit pas on ne s en occupe pas Il y
94. giques pour illustrer ces propos L affaire du DDT partir de 1953 54 et des organo chlor s de l agent orange d j cit Puis viennent les affaires de saturnisme d empoisonnement au mercure l amiante les mar es noires La microbiologie se nourrit d v nementiel je propose un floril ge des le ons tirer Minamata remaniement bact rien Au m me moment d senchantement 1953 56 intervient l affaire de la danse des chats de Minamata Japon A l origine une usine d engrais de 1932 qui oriente sa fabrication vers la production d ac tald hyde et de vinyle Les eaux marines proches sont pollu es idem Niigata On estime 600 tonnes de mercure l entr e et la remont e dans la cha ne alimentaire jusqu aux poissons puis aux chats qui sont pris de spasmes c est la danse des chats on rapporte en 1956 sans comprendre vraiment que la consommation de mollusques crustac s et poissons provoque une pid mie non contagieuse I y a officiellement 200 morts et des milliers d invalides la proposition est de 450F par enfant malade en 1956 4500F pour un d c s l explication vient en 1971 les bact ries ont d velopp des m canismes de r sistance au mercure et ont transform le mercure en m thyl mercure et en ph nyl mercure qui devient mobile avec une partie lib r e sous forme m tallique op ron mer il s agit de Escherichia coli Pseudomonas Thiobacillus Staphylococcus Desu
95. he dans les ann es 1860 l cologie microbienne est n e la m me poque avec les travaux d Ernst Haeckel sur le Cycle de la mati re l cologie et les arbres phylog n tiques de parent biosph rique La Microbiologie g n rale actuelle ne correspond pas exclusivement l tude de la vie des bact ries des moisissures et des levures C est aussi et surtout dans ses facettes appliqu es au quotidien se glisser dans l hygi ne et la toilette le lavage des mains et les antibact riens les lessives et les couches du b b le tout l gout et les stations d puration le nettoyage de la maison et l usage de l eau de javel le repas avec le pain le vin la bi re le saucisson les fromages la choucroute et le yaourt le vinaigre et les conserves les intoxications faire bouillir l eau potable pour le th les civets les confitures le miel les aliments du r frig rateur l eau de vie les matelotes et le jus de citron c est aussi se brosser les dents le mercurochrome pour les petits bobos l eau oxyg n e et le bleu de m thyl ne les pansements et les vaccinations avoir la fi vre soigner son angine prendre ses antibiotiques faire une inhalation ou traiter son acn tousser ternuer cracher et se moucher C est encore faire ses analyses trier ses d chets domestiques faire son compost donner un baiser se prot ger des maladies sexuellement transmissibles avec un pr servatif C est encore la nu
96. hosphates et nitrates pour tout un tas de bonnes raisons conduit l acidification des eaux de surface lacs tangs rivi res dans beaucoup de r gions et notamment peu calcaires Les pluies acides apportent aussi leur contribution 5 Du phosphore 32 peut se trouver dans le rejet des centrales atomiques eaux et entrer dans la cha ne alimentaire Les Blooms correspondent aux ph nom nes des eaux color es et efflorescences planctoniques qui sont des explosions photosynth tiques en milieu aquatique Ce ph nom ne touche le maillon 1 producteurs du cycle de la mati re et peut gagner les consommateurs p ridiniens dinoflagell qui d veloppent des vagues toxiques On rapporte la l gende du Sang des Bourguignons au lac de Morat en 1825 qui a vu l explosion sous forme de floraison d eau de la cyanobact rie Oscillatoria rubescens dont l tude a montr l volution hypereutrophe du milieu avec la consommation totale d oxyg ne La solution de la jacinthe d eau est une peste pouvantable sauf bassins contr l s et la m thanisation est la seule solution Les Eaux rouges d t sont des explosions algaires dues un groupement de pyrrophycophytes xanthophylles et annexes on y trouve des p ridiniens toxiques inclassables et des Ceratium De nombreuses cyanobact ries s cr tent aussi des toxines substances all lopathiques neurotoxines anatoxines h patotoxines et de nombreuses esp ces sont bio luminescentes
97. ifs pour la plupart opportunistes commensaux saprophytes Si vous laissez en attente l eau du bain pour le prochain ce sera un bouillon de culture Typho de Probablement le plus grand fl au de l humanit avec la tuberculose La fi vre typho de est caus e par plusieurs s rovars virulents de Salmonella typhi et elle est contract e par des aliments souill s par une eau contamin e ou directement par une eau souill e L incubation est de 10 14 jours apr s contamination au niveau du gr le les bact ries sont invasives intestin sang foie v sicule il peut y avoir des porteurs sains et les bact ries peuvent s journer longtemps chez l h te il y a un vaccin et les aliments le plus souvent en cause sont l eau non potable et le lait Chol ra C est une maladie end mo pid mique et parfois pand mique due Vibrio cholerae origine Vibrio comma isol par Koch On l assimile une toxi infection mais c est toujours la consommation d eau souill e par des mati res f cales qui est en cause Londres John Snow de 1849 54 origine de la filtration de l eau L homme est le principal r servoir La maladie fait des vagues redoutables en Europe de 1826 la fin du si cle 10000 morts Hambourg en 1892 et Paris les cercueils manquent C est une bact riose incubation courte 24h 5 jours brusque avec diarrh e s cr toire brutale et profuse jusque 20 litres de pertes avec 20 100 selles
98. igation les terrains de sport l aquaculture les STEP Le bio indicateur peut tre utilis des fins d hygi ne et de sant publique c est le cas des germes signant une contamination f cale ent rocoques f cale humaine Bifidobacterium On distingue pour simplifier 1 Des indicateurs d alerte sorte de clignotant plac dans le milieu pour avertir des variations de pollution et du retour la normale On parle de sentinelles macroorganismes 2 Des indicateurs d exposition individus test s comme r v lateurs de toxicit diffuse ou de chronicit toxicologique souvent des poissons 3 Des indicateurs de diagnostic pour valuer rapidement la nature de la perturbation li e aux activit s de l homme et comparer des syst mes d j connus bien talonn s r f rentiels 4 Des indicateurs d objectif qui attestent ou pas du but atteint d pass ou impossible saumon 5 Des indicateurs de toxicit comme Photobacterium des crustac s des poissons Les meilleurs indicateurs de qualit d eau semblent les diatom es qui sont des eucaryotes r agissant un peu la mani re des bact ries et se montrent plus subtiles que nous sur les variations des conditions du milieu aquatique Tous les contacts avec ce type d eau de nos activit s humaines peuvent fatalement conduire au d veloppement de maladies dites hydriques c est dire contract es au contact direct de l eau souill e
99. impos s conqu te verticale oc anique atmosph rique continentale et pas les pleutres rest s la caverne Ils vivent en album photo pendant que d file le film de l existence Pourvu que nos petits enfants soient hardis refondent une cologie brillante et prennent des risques 28 s 1 C est une auto citation extraite d un texte sur la quarantaine qui correspond l ouverture des meilleures ann es de la vie Le texte traitant par ailleurs et par l exemple d une dictature du 4 dans notre monde W Risque individuel et risque collectif du rapport sexuel risque au repas la cantine intoxication ou au bain la plage c est la connaissance par la formation qui r duit la peur et responsabilise le comportement En fait la mont e de la m fiance vis vis des risques support s par les citoyens vient principalement de leur loignement l implication aux activit s de base ou de tradition dans une soci t qui cultiverait et entretiendrait ses racines Qui se sent encore concern par la technologie de production des aliments Des rem des et des m dicaments Aux proc d s de conservation A la purification avant usage et l puration apr s usage des eaux Qui sait encore jardiner et cultiver son jardin L loignement conduit la d responsabilisation Et les d senchantements s additionnent au fil des crises des catastrophes et des exp riences malheureuses Un ou deux exemples chronolo
100. insuffisance point de Pasteur il faut 1 42kg d oxyg ne par kg de mati re organique il peut y avoir carence en azote parfois en carbone Le phosphore et le fer peuvent manquer Il arrive ainsi tr s souvent que se produise la fameuse boucle microbienne qui assure le substrat Une part du carbone entrant en station est directement assimilable par les bact ries allotrophes le reste est d structurer d polym riser remanier avant d tre biod gradable assimilable compatible Sans compter que la mati re fluide entrant dans la station ne contient normalement pas de bact riostatique ni de bact ricide ni d antiseptique Personne ne met de chlore de m dicament de sulfites d arsenic et tout le reste dans ses eaux us es Le gabarit de mati re polluante a pour formule globale CsH NO sachant que tous les contours et les annexes modifient le flux standard Les bact ries ne r clament pas comme nous au a restaurant quand il manque quelque chose sur la table pire la formule simplifi e est aveugle du soufre et la microbiologie travaille envers des autres disciplines La botanique d crivait des cocotiers dans les les avant de les porter au laboratoire ou en serre pour les tudier les zoologistes d crivaient des girafes dans la savane avant de les conduire au mus um et la paillasse des savants de l anatomie compar e La microbiologie produit des cultures exub rantes croissance exponentielle en bo
101. ions physiques chimiques et biologiques en r duisant l acidit Le chaulage peut compenser l export La surface pandable est calcul e comme la SAU surface agricole utile elle tient compte des sols inaptes des pentes et des vall es La SAU est la surface totale potentiellement disposition par l agriculteur Exemple dans la Somme 94 des boues de STEP de 2001 ont t pandues sur 1 de la SAU Le retour au sol de la mati re est une destination normale fusion de 2 paracycles Un sol agricole peut perdre 2 5 T de terre ha an et parfois beaucoup plus 10 30T Les prairies sont bien adapt es l pandage min ralisation de l azote au fur et mesure des besoins et de la pousse de l herbe La boue peut tre aussi orient e vers la valorisation agronomique en sylviculture courte rotation pour la r habilitation de sites d grad s par v g talisation talus autoroutes pistes de ski Exemple concret de programme dans un contexte de mauvaise image les 57 kg d azote pr c dent sont 70 90 sous forme organique et 10 30 sous forme inorganique ammoniacale 60 de la forme ammoniacale se trouvent dans la solution du sol et about la plante sous forme assimilable oxyd e le reste est perdu par volatilisation 40 de l azote organique sont min ralis s la premi re ann e le reste les 2 ann es suivantes On dit que 30 50 de l azote apport par la boue est utilisable d s la premi re ann
102. iqu e car la zone hydrique est r servoir Appliquer les m thodes de la bact riologie pour identifier le germe en cause avec test pr somptif confirmatif d monstratif La pollution biologique peut tre indirecte par substrats asphyxie etc ou directe introduction massive de germes infectieux notamment des virus la dangerosit est tr s lev e On distingue 4 cat gories de pollution biologique directe 1 Par microflore introduite c est une microflore de contamination qui induit un d s quilibre et une forte modification des gradients chevauchants il faut alors distinguer la flore inoffensive la flore dangereuse g osmine la flore parasite la flore pathog ne la flore toxinog ne la flore contaminante f cale des flores sauvages ordinaires et anthropiques Le choix de bioindicateurs pertinents est d terminant 2 Par glissement de flore cons quence d une modification de facteurs de substrats de d apports nerg tiques le sc nario classique est le d placement des diatom es vers les algues vertes puis vers les cyanobact ries on assiste des pics de mar es color es la faveur de circonstances convergentes mar es vertes rouges sang des Bourguignons ces v nements sont suivis d pisodes toxicologiques par d veloppement de Dinophyc es dans les coquillages avec DSP diarrhetic shellfish poison 3 Par hypertrophie de flore un maillon favoris peut prendre beaucoup de place voire tou
103. ironnemental Les faits Seveso remontent au 10 juillet 1976 M da 20km au nord de Milan dans l usine IC MESA Suisse Des t moignages font tat d un incendie et d une explosion pas s r dans un r acteur chimique l usine produit des pesticides des d sinfectants et des bact ricides le samedi midi Il y a un nuage de fum e qui s chappe des chemin es de lusine et se dirige sur la ville de Seveso Lombardie les habitants n y pr tent pas trop attention 2 jours apr s des animaux domestiques meurent chats lapins poules chiens Beaucoup de plantes s chent et meurent la plupart sont potag res 9 jours apr s l accident 739 habitants sont vacu s la direction de l usine Givaudan Hoffmann La Roche informe sur la pr sence de TCDD t trachloro benzoparadioxine ou dioxine de Seveso les autorit s de la R gion apprennent que plus d 1kg de TCDD s est chapp e et s est r pandue lors du processus de fabrication du trichloroph nol intervenant dans la fabrication d un d sinfectant bact ricide l hexachloroph ne il y a aussi du PCDD poly chlorodibenzo para dioxine C est une erreur dans le process de fabrication qui a entra n une l vation anormale et forte de la temp rature On compte 102ha compl tement inhabitables C est une catastrophe cologique sans pr c dent et sans mort directe Le choc est d autant plus grand que progressivement on r alise que 37000 personnes sont t
104. is que l homme nomade est devenu s dentaire N olithique avec le travail du sol les ruminants les l gumineuses l amendement le chaulage l cobuage les fumiers le compost le purin l ensilage Manger sain n est pas manger st rile surtout pas Manger bio ne met pas l abri Beaucoup d intoxications alimentaires sont per ues juste titre comme des empoisonnements champignons ergot du seigle mycotoxines aflatoxines patuline de Penicillium N anmoins on peut distinguer des infections alimentaires qui correspondent un envahissement du syst me digestif par des bact ries ind sirables qui deviennent toxiques par leur nombre et les produits de leur m tabolisme souvent Le temps des m thodes empiriques avec la conservation par la fermentation alcoolique boissons ferment es ventuellement la distillation par la fermentation lactique produits laitiers et d riv s choucroute la conservation par l acidification vinaigre petits l gumes lait l affinage fermentations diverses salage ensemencement saumures fromages le salage le salp tre le sucrage les confits les sirops les confitures le fumage la cr osote la dessiccation le froid l appertisation d ailleurs ces bact ries s cr tent des toxines des intoxications alimentaires qui correspondent la consommation d aliments souill s par des bact ries pathog nes qui s cr tent des toxines une fois install
105. it si l on en croit les chrono biologistes Avec du recul c est aussi l agriculture les biotechnologies les nergies renouvelables et l environnement Vous voyez que les microbiologistes ont du travail pour longtemps chercher et d couvrir former et informer Aujourd hui la Microbiologie moderne est partag e et d bord e par la recherche anglo saxonne Et la soci t fran aise n est pas pr te couter ses r sultats g n tique OGM biochimie m thane biocarburants brevets cryptage J avais le choix entre d une part expliciter quelques v nements de crises la t te dans le guidon et juxtaposer des collisions tragiques entre les bact ries et les hommes pour vous impressionner choisir de vous d crire quelques dents du peigne ou d autre part prendre du recul sortir la t te du guidon vous donner quelques cl s pour comprendre comment peuvent se trouver r unies les conditions d un petit ou d un grand drame et quel genre de jeu se joue entre les hommes et les bact ries et donc vous donner l envie d en savoir plus Pour simplifier le jeu en question disons que les hommes d truisent des bact ries par milliards et que les bact ries d truisent des hommes par millions dans cette partie de bras de fer les hommes survivants s affaiblissent les bact ries survivantes se fortifient Le d but de l histoire remonte aux origines du couple peut tre avant la chute de l histoire e
106. iverses mais 2 dominent 1 La r action ac to clastique est la plus simple et interviendrait pour 66 70 du total mondial Methanobacterium Methanosarcina une partie de la r action est d pendante de l apport en dioxyde de carbone Et en partie associ e la formation de H3S 2 La deuxi me voie principale est une respiration ana robie stricte coupl e une chimiosynth se lithotrophe le dioxyde de carbone est r duit par de l hydrog ne et c est le bicarbonate en solution qui approvisionne en dioxyde de carbone on dit qu il y a respiration carbonate et formation d un peu de formiate Le pouvoir r ducteur ne vient pas seulement du m tabolisme nerg tique il y a aussi la d nitrification et ou la r duction du soufre il y a donc lib ration de diazote volatilis et lib ration d hydrog ne sulfur tr s dangereux Cette voie peut repr senter jusque 30 du m thane final Les m thanog nes terminaux vivent en cha ne syntrophique avec les microorganismes d amont qui les approvisionnent en m tabolites Chacun aura remarqu que le carbone m thanis est finalement un d chet m tabolique Que le CO d amont donne du carbone dissimilatif exog ne et du carbone assimilatif le dioxyde est donc la fois nutriment carbon et accepteur final de pouvoir r ducteur Quand le menu d aujourd hui ressemble un accommodement des d chets d hier avec les restes de l assiette on parle de chimiosynth se lithotro
107. la notion de risque en g n ral et de morosit pour demain Risques cach s et Prise de risques am liorations Conclusion provisoire Contre la politique de la table rase ajouter le pass au pr sent Adapter plut t qu empiler La microbiologie va s imposer comme la science de r f rence larme absolue omnipr sente pourtant il faut tourner la page de la microbiologie pasteurienne Pasteur a invent la microbiologie g n rale et Koch la bact riologie Vers 1860 et vers 1880 Les marques de l autorit du savant ont maintenu la discipline 150 ans sans voir pointer la moindre audace de toucher au moule Aujourd hui il est temps de garder l esprit et d am liorer les m thodes Par exemple de d finir des r gles de nomenclature intelligente et universelle Sans passer par le raccourci d un syst me d hommage aux illustres bact riologistes Pasteurella Salmonella Shigella Yersinia Listeria une nomenclature cod e par des chiffres et des lettres voire crypt e par des brevets ce qui fait d gringoler le syst me linn en vers les outils et les travers de chimistes Continuum ou rupture il y a deux coles Les meilleures techniques d identification bact riennes sont biologiques et font appel aux cultures sur milieux s lectifs de croissance elles exigent du temps savoir au moins 18 24h pour les plus rapides on travaille sur les descendants des chantillons pr lev s parfois plusieurs jours ou semaines pour les
108. latilisation en partie assimilative pour le carbone organique qui peut manquer et n cessite la pr sence d acides amin s ou d ammoniac C est une fonction procaryote presque toujours alternative sinon facultative Dans une station d puration si les nitrates sont abondants il peut y avoir comp tition entre les d nitrifiants et les coliformes d nitratants et il y a production de nitrites et de coliformes Le phosphore est un l ment malin Il est presque toujours cach derri re l azote presque toujours plus d sastreux et presque jamais incrimin directement pourtant le maillon faible du cycle de la mati re C est un l ment fortement limitant de la photosynth se et des microorganismes P l ment support nerg tique de la cellule vivante Le phosphore est assimil sous forme phosphates Les eaux proximit des activit s humaines re oivent 3g au moins de Phosphore jour habitant l essentiel venant des mati res f cales y compris animaux d levage La circulation du phosphore est presque toujours sens unique du continent vers l oc an et c est l interface continent oc an que les choses se compliquent Dans l oc an la teneur en phosphates varie de 50 100mg L plus en profondeur qu en surface Les bact ries sont capables de mobiliser fortement le phosphore en conditions a robies gr ce de nombreux syst mes d absorption et de transport et de r serve sous forme volutin
109. lement le juge est assis entre deux chaises autoriser interdire il peut filtrer laisser passer un peu de progr s politiquement correct et tol rable et se tuteurer sur la rigidit morale en habillant le tout d thique et de rempart l argent ou au commerce N allez pas croire que ces techniques futuristes ne produisent pas d aliments ou de m dicaments C est faux il n y a pas d itin raire incompatible entre produire un aliment un ferment un alicament un m dicament et tout ce que vous avalez et qui vous ment Un exemple le risque de clonage existe celui des aliments et des habitudes des mati res et des concepts En amont le clonage des sources animales et v g tales de l alimentation des m thodes Le champ libre la pand mie L excuse est la mondialisation de tout le nivellement des diff rences la peur de l originalit exc s des param tres appliqu s temp rature pression chimie Le besoin de trouver le m me produit partout Travailler sur les objets dilue les responsabilit s et masque les responsables faut il rechercher le propri taire des Escherichia coli de la r gion de Hambourg ou tous ceux qui l on favoris ou tous la fois Travailler sur le corps humain partir de la naissance c est prendre de la distance et construire un cadre plus g n ral Il y a la fois la victime le dommage le maillon faible et la suite donner chelle sanction indemnit
110. lette et d entretien pr serve les bact ries puratrices et o et comment les bact ries tout juste mortes vont elles travailler en station de d pollution Et la microbiologie est accus e de contre performance Certains auront l audace de vous dire que les bact ries puent Retournez leur le compliment en leur fourrant le nez dans le siphon du lavabo ils sont propres sur eux mais pas dans leurs comportements l odeur vient des mati res que les bact ries ne savent pas min raliser et qu elles fermentent comme elles ont appris Reste traiter le soufre puisque le phosphate est suppos trait Le carbone peut et doit tre volatilis l azote ammonifi nitrifi et volatilis aussi idem de l oxyg ne et de l hydrog ne mobiles Le soufre va tourner en rond dans la station parfois donneur d hydrog ne dans une chimiosynth se du carbone et parfois potentiellement donneur d oxyg ne dans une respiration ana robie voie dissimilative du carbone jusqu former une stratification et stocker du soufre s dimentaire Relativement la station s enrichit en soufre et s empoisonne On aura donc compris qu une station qui s enrichit en soufre ne peut pr tendre la m thanisation de ses boues Rechercher le facteur limitant en station est une base bien utile Pollution des eaux d finitions La pollution des eaux correspond des interf rences ind sirables entre cycles qualitatif et au t lescopage de cycles de diam tres in
111. lfovibrio il peut y avoir volatilisation d une fraction du mercure qui retourne l atmosph re Un autre accident a fait des milliers de morts en Irak par consommation de bl trait l anticryptogamique mercuriel On savait depuis longtemps le mercure utile en milieu m dical thermom tre au mercure de 1714 de Fahrenheit mercurochrome comme antiseptique et sublim pour st riliser L exemple est le m me avec le plomb t tra thyle plomb technologique fix par les mousses et les lichens Les chercheurs centrent alors leurs recherches sur l cologie la pollution dimension plan taire dans un contexte de catastrophes r p tition C est l affaire des naufrages et des mar es noires Torrey Canyon 1967 Amoco Cadiz 1978 Olympic Bravery 1976 Exxon Valdez 1989 auxquelles s ajoutent les d gazages sauvages Puis s ajoutent les affaires de saturnisme infantile de l amiante des exc s de l azote dans les eaux les pesticides dans les nappes le sang contamin l hormone de croissance Le coup de gr ce vient des dioxines 1976 et de la vache folle ESB Royaume Uni novembre 1986 qui rappelle la scrapie du mouton et du bovin depuis 1732 transmissible l homme Que faut il de plus pour d clencher la peur et le rejet des OGM On peut ajouter le p ril f cal qui est loin d tre domin 15000 enfants en meurent chaque jour le p ril viral de la fi vre jaune des h patites des germes mergents
112. limin es sont r sistantes pour combien de temps qans drame 4 Les r sistances sont acquises par 2 m canismes la r sistance chromosomique rare modification du g nome grave avantage s lectif par r sistance plasmidique par contamination transformation conjugaison transposition transduction ces r sistances sont cumulables 5 Parades bact riennes pour esquiver les antibiotiques le brouillage enzyme de neutralisation blindage efflux refouler la substance camouflage ac tylation des sites sensibles esquive fausses cibles mises en place plus sensibles et inop rantes Conclusion partielle N apportez pas d objets inutiles l h pital ou la maternit il y a danger et risque Germes suivre Clostridium difficile Yersinia enterocolitica Escherichia suivre les souches qui passent travers les traitements antibiotiques dans les levages Maladies sexuellement transmissibles La gonococcie Elle est due Neisseria gonorrhoeae observ par Neisser en 1879 Distingu e de la syphilis partir de 1830 on l appelle aussi la chaude pisse en raison des br lures et du pus abondant La maladie est en forte diffusion jusqu poser probl me de sant publique nombreuses formes r sistantes et formes asymptomatiques femmes Le chancre mou Maladie due Haemophilus ducreyi strictement adapt l homme Maladie end mique des r gions tropicales et subtropicales la maladie avai
113. lles des armes au cours des temps historiques Le bioterrorisme serait viral et pas charbon Ma r flexion est f conde dans l affaire des concombres vous tes bien avanc s de savoir que l on a retrouv des germes pathog nes dans des ornements de salade qui est responsable le restaurateur le v t rinaire l agriculteur le consommateur le contr leur C est l excuse de l exp rience voici deux concepts travailler Microbiologie et responsabilit r diger un Code du Vivant du corps humain 1 De la difficult de d terminer les responsabilit s et de d terminer les coupables s parer le n gligent de l intentionnel en mati re de maladie nosocomiale de maladie sexuellement transmissible d intoxication alimentaire Sans parler pour le moment de l usage du savoir faire bact rien pour traiter de nos maladies ou dysfonctionnements st rilit Doit on traiter selon le m me sch ma de proc dure la m me grille d valuation un v nement d intoxication pour lequel l agent contaminant se r v le tre une cellule vivante bact rie moisissure une macromol cule poison venin une mol cule simple eau souill e monom re ou dim re allerg ne un l ment mercure plomb Et les virus sont ils des tres vivants Est ce au juriste de r pondre Les exemples sont innombrables et tragiques L apiculteur tait n gligent il vous offre un pot de miel artisanal vous en donnez vos enfan
114. mages le transporteur en amont le producteur en amont ou d autres Si c est aupr s d un partenaire silencieux qu est contract e une maladie sexuellement transmissible la bact rie est diff rente de l alimentaire le point d inoculation aussi mais le mal est fait Pire si je viens ici pour attraper un rhume voire une angine voire une pneumopathie vous allez devoir me rendre des comptes La Microbiologie va dominer le domaine des sciences elle va d calquer la micro lectronique informatique multim dia high tech qui va dominer le domaine des techniques Elle va se hisser hauteur du droit qui domine et encadre la soci t La Microbiologie et le droit travaillent en parall le elles doivent travailler en synergie imaginons qu intervienne un accident la soci t enqu teurs appuie sur deux boutons la microbiologie pr l vements analyses identification et le juridique proc dure r glementations responsables le troisi me bouton s allume tout seul celui des m dias qui oblige r pondre des neries dans l urgence des questions qui exigent patience et r sultats diff r s Si les deux disciplines parall les se rapprochaient bout touchant comme il y a la police scientifique la proc dure engag e inscrirait instantan ment ces faits divers dans un domaine d enqu te dirig e par des juristes scientifiques qui dresseraient un cordon temporel et spatial suffisant pour travailler s rieusement et
115. maladies hydriques 1 Depuis peu tout ce qui concerne l ensemble des maladies d origine hydrique entre dans le cadre du Code de la sant publique et rel ve du domaine d action des Agences r gionales de Sant Risques sanitaires Maladies hydriques 2 maladies nosocomiales maladies sexuellement transmissibles On pourrait croire d pass voire comique de travailler la notion de risque et de droit en mati re 2 sanitaire une poque o l on peut estimer le probl me r solu microbiologiquement parlant Erreur C est mal conna tre les bact ries qui font un cheminement parall le au n tre d volution et d adaptation Maladies li es l eau 2 ou dites hydriques Bien videmment il faudrait r crire ici la plupart des maladies diarrh iques ent robact ries dont l origine est rechercher dans la consommation d eau et d aliments Les maladies cit es ici ont toujours relev de la sant publique et peu de l environnement c est pourquoi la m decine a toujours accapar et entra n ce vaste domaine sur le terrain hospitalier et pas sur le terrain scientifique de la microbiologie Par hygi ne par gard votre famille vos amis vos coll gues et toute la soci t aussi par appr hension d attraper une maladie infectieuse vous allez prendre un bain c est bien mais apr s la toilette il y aura environ 10 millions de bact ries ml d eau du bain des germes inoffens
116. mide tumorig ne est d sarm pour l induction tumorale mais porte des g nes codant pour des opines pour des facteurs de virulence pour la synth se de phytor gulateurs et pour des facteurs de pontage insertion sur les chromosomes de la plante h te Ce Ti recombinant d sarm est obtenu par conjugaison avec E coli on comprend ais ment que les de r ussite de transformation soient faibles Premier succ s Van Montagu Gand 1983 avec ADN t de transfert Les politiques et les responsables ont lanc il y a plus de 40 ans des programmes de recherche sur le sujet avec des travaux qui commencent donner de vrais r sultats maladies des v g taux mais la soci t a t rattrap e par des grands accidents r p tition vache folle sang contamin dioxine amiante hormone de croissance et l amalgame a t rapide pour condamner les OGM Il y a actuellement exploitation industrielle de bact ries OGM personne ne dit rien ou fait semblant d ignorer Il y a des projets r ussis d OGM animaux avec des promesses propos de m dicaments d organes de substitution de maladies orphelines de lait maternel Et les militants fauchent les OGM dans les champs proc s Agen du 8 janvier 1998 3 membres de la Conf d ration paysanne entre 6 et 7 millions de francs de d g ts pour Novartis un t moin cit le Pr Gilles Seralini L ignorance est la situation la plus partag e et tire la science vers le bas la soci t n att
117. mplexe il faut donc presque toujours l associer l azote et aux phosphates dans les pluies acides au m thane et la vapeur d eau dans l effet de serre au soufre et l eau dans le smog et le fog l ozone et au chlore dans les pollutions d t Les pluies acides sont une menace pour les for ts et ne s arr tent pas aux fronti res Elles contribuent une forte rosion et d gradent les constructions L ozone est la fois instable n cessaire et vital pour notre protection face aux UV mais au niveau du sol l ozone entre dans les oxydes d t polluants en milieu peu brass L effet de serre est difficile mesurer notre poque tout indique que deux effets se brouillent l effet explicit par les pal ontologues qui pr disent une prochaine phase de refroidissement l effet pr vu par les cologistes pessimistes qui annoncent un r chauffement climatique Les deux produisent un faux quilibre L analyse climatique mondiale montre en revanche coup s r une augmentation du poste des entr es nerg tiques effet de serre r chauffement mont e des oc ans une activation du cycle de l eau cr ant plus de nuages et plus d effet de serre L engrenage est donc nettement quantitatif augmentation du diam tre du cycle De plus il y a fort parier que plus de 90 du dioxyde de carbone biosph rique soit d origine microbienne Et le CO n interviendrait que tr s partiellement dans l effet de serre
118. n ral Le transfert de g nes marqueurs de r sistance aux antibiotiques est montr du doigt Les g nes tronqu s ou erron s de synth tase de pomme de terre pour viter l expression du g ne normal et produire un amidon favorable l industrie Les principales plantes cibles sont la tomate rester ferme apr s r colte le ma s 23 le soja 57 le coton le colza la pomme de terre le tabac 60 millions d ha en 2002 monde dont 42 aux USA de 1000 ha en betterave en France en 2005 peut tre 40000ha en tout en France Les OGM comment a marche le point de vue du microbiologiste r f rence aux travaux de P Berg 1972 Nous traitons ici du transfert indirect th orique par vecteur microbien pas de transfert direct par biolistique ni de fusion cellulaire il y a au laboratoire toute une s rie d op rations compliqu es taux de r ussite variable Rep rage de g nes d int r t par exemple Bt pour le ma s g ne emprunt Bacillus thuringiensis produisant des prot ines produits du g ne bacille sporul dont un groupe a des propri t s insecticides activit l tale pour un large spectre de cible activit l tale pour les moustiques activit cytolytique isolement apr s rep rage par enzymes de restriction Le Bt est facile cultiver en fermenteur ses propri t s insecticides sont connues depuis 60 ans idem pour B popilliae Par exemple aussi de g nes d licitine pour augmenter l
119. n 1992 par la Conf rence de Rio dans son principe 15 et figurant au Trait de Maastricht il s appuie sur des rapports d experts mais il est mis en uvre par des gestionnaires et des politiques de quoi faire du sur place pendant longtemps et la conscience bien tranquille Le principe suit imm diatement le travail de la Commission de l Europe de mars 1992 qui d finit le D veloppement Durable comme une politique et une strat gie visant assurer la continuit dans le temps du d veloppement conomique et social dans le respect de l environnement et sans compromettre les ressources naturelles indispensables l activit humaine en 1996 il y a 3 objectifs compl mentaires quit sociale et solidarit efficacit conomique pr server et am liorer l environnement pr server les ressources pour le long terme Les scientifiques ayant r fl chi au sujet sont unanimes les OGM sont la seule solution d une th rapie g nique efficace dont le danger terme est inconnu La diversit face la r glementation La diversit est une chance de limiter et de circonscrire les risques en cas d accident la s curit absolue la massification uniforme par la norme est une aberration parole de bact rie la certitude de PS7 S pr parer une pand mie majeure Massifier les produits de consommation mondialiser et abolir les diversit s sont des imb cillit s cumul es Nous y allons tout droit et c est moins cher
120. n d un endroit installation g om trie de substrats biod gradables d acteurs efficaces de relais et de facteurs favorables L puration lin aire en milieu lotique rivi re peut rester n anmoins un mod le convenable d puration qui doit inspirer nos syst mes d application au traitement des eaux car il int gre les dimensions spatiale distance gradient cha ne alimentaire succession et temporelle dur e p riode rythme assez souples pour s adapter la sph re anthropique L auto puration est consid r e par les biologistes comme horizontale au fil du courant et se mesure selon la m thode naturaliste ou par la m thode savante La m thode naturaliste compte en kilom tres le pouvoir purateur de l eau en consid rant la distance comprise entre le point de rejet de l effluent pollu et le point o l on consid re l eau comme r g n r e indice de Wuhrman 1972 Les tudes dans ce domaine conduisent de nombreuses applications comme les champs d pandage en milieu dunaire d cantation de type cuve verticale puis massif filtrant nuisances potentielles convection cause des variations journali res de temp rature La phyto extraction en marais artificiels apr s d cantation primaire les effluents suivent un parcours de 5 bassins dispos s en escalier on y trouve des macrophytes des acteurs microbiens des joncs des roseaux l application ponctuelle de la m thode prend le nom de phyt
121. nctionne tr s bien pour le cuivre l obscurit au Br sil en Australie et Afrique du sud Des essais sur l or conduisent l extraction de l arsenic ars nopyrite d or et l or reste rebelle Des essais et des r ussites ont t rapport s pour le cobalt le molybd ne le magn sium le zinc et le fer Cela motive d autant plus que l eau de mer contient naturellement du cuivre du fer du mangan se du s l nium du zinc etc et de l or L exemple du fer est int ressant Dans la nature le fer a toutes les chances de se retrouver sous forme ferrique hydroxyde et insoluble Les bact ries ont d velopp des syst mes sid rophores qui permettent d encadrer le fer on dit ch later et de le faire p n trer dans la cellule avant de le r duire et le stocker C est d ailleurs une vieille propri t conserv e par des bact ries pathog nes pour confisquer le fer de leur h te victime et l affaiblir Des bact ries ana robies font de m me et y ajoutent la respiration m tallique ana robie sur oxydes m talliques Shewanella Ferribacterium Des essais avec Escherichia sont tr s encourageants mais catastrophe Le fer et le mangan se oxyd s dans le milieu formaient des d p ts fixant quantit de m taux toxiques et leur r duction spontan e ou assist e les lib re mercure cadmium cuivre plomb Pire la plupart des m taux sont sous forme phosphates et le relargage de phosphate conduit l eutrophisation
122. nd au stockage d un l ment polluant pr lev dans le milieu de vie la biosph re entre dans l histoire du produit La bioconcentration est l augmentation relative du polluant qui passe de cellule vivante cellule vivante relais des maillons de la biosph re C est le m me processus que la bioamplification naturelle de l iode du potassium et du sodium La biomagnification est la mont e du polluant dans toute la pyramide jusqu aux pr dateurs La bior habilitation consiste utiliser les ressources microbiennes pour d contaminer un site mine d charge Bio indicateurs et objectifs Un indicateur biologique est une entit de biosph re individu population fonction esp ce communaut choisie dans le milieu naturel tudi pour mesurer valuer et caract riser l tat du milieu r f rence faite aux grands crit res d valuation cologique Le bio indicateur doit renseigner au plus t t sensibilit sur les modifications naturelles ou accidentelles des conditions per ues dans le milieu il peut aussi tre biotopique oxyg ne transparence l indicateur doit montrer ses capacit s r agir il doit tre pr cis r sistant et facile lire Il est souvent choisi sur intuition pifom tre truitom tre et l empirique et le subjectif prennent alors le pas que le savant Le naturaliste commande au technicien Il est de grand secours pour le mara chage la pisciculture les baignades les nappes l irr
123. o rem diation de sites pollu s et friches et de fertirrigation en sylviculture Epurer avec des germes purateurs Avec de bons germes purateurs on peut purer toutes les eaux propres comprises Ce sont principalement les bact ries et les protistes qui consomment la pollution d o le th or me garder pr sent rien ne sert de courir derri re les bact ries mieux vaut leur garder l envie au quotidien de consommer nos eaux pollu es 1 litre de boues de bassin d puration en fonctionnement contient au moins 1 000 milliards de bact ries de tous ges d une dizaine d esp ces dominantes avec beaucoup d accessoires 10 millions de cellules de protozoaires d une dizaine d esp ces dominantes et 10 000 petits rotif res et n matodes de 2 ou 3 esp ces dominantes Les germes sauvages y sont plus performants que les germes anthropiques ils sont robustes rustiques ubiquistes plut t terrestres d habitat m sophiles m sotrophes et neutrophiles Leur valence cologique est souvent large Leur capacit d adaptation est grande et les facteurs limitants n gligeables Les bact ries puratrices sont assez jeunes bien r parties entre les germes Gram positif Bacillus Micrococcus des coryn bact ries et les germes Gram n gatif tout faire comme les Pseudomonas des Zoogloea des Xanthomonas des Alcaligenes ou des Flavobacterium avec des polyvalents comme Aeromonas et les nigmatiques Acinetobacter On y trouve aussi
124. obie dans l intestin et a robie sur le milieu de culture La technique doit pouvoir donner une valuation quantitative correcte La remise en cause du principe remonte 1973 OMS notamment propos de la dur e tr s variable de survie de nombreux coliformes dans le milieu ext rieur Les coliformes sont ils de bons indicateurs pour tous les pays sous tous les climats Non Depuis la convention de Berlin on distingue les coliformes totaux 37 C des coliformes f caux plus ou moins assimil s thermo tol rants Les sp cialistes et les experts ont pr conis comme plus fiable la recherche des ent rocoques ou streptocoques du Groupe D Ce sont des indicateurs de contamination f cale h te peu pr cis dont la survie est prolong e dans le milieu ext rieur ils r sistent de nombreux traitements et inhibiteurs Ce sont des germes rustiques Gram positif saprophytes et souvent opportunistes La recherche de ces bact ries se d roule en 3 temps test pr somptif test confirmatif test d monstratif catalase Ce test est appliqu notamment l eau de mer pour valuer sa qualit Diarrh e Yersinia enterocolitica Le genre Yersinia est d di Yersin qui a isol le bacille de la peste en 1894 Y pestis Cette autre esp ce est identique E coli mais c est un autre germe de GEI pr sent dans des viandes contamin es il est tr s h t rog ne et pr sent chez de tr s nombreux porteurs rongeurs animaux
125. oc dures et d instructions nous diluons la rigidit et donc la responsabilisation personne ne comprend c est comme si notre outil juridique tait un marteau tout mou D finitions et Syst matique des Risques Risques biologiques La prise en compte fran aise europ enne des risques et des dangers en mati re de sant et d environnement est r cente elle s est op r e dans l urgence du fait de l accumulation d accidents de drames et d incidents qui montraient encore du doigt que dans toutes les activit s humaines les mesures de s curit viennent toujours apr s les trag dies les exp riences catastrophiques et que l anticipation par la responsabilit individuelle est encore utopie pour longtemps Vocabulaire et d finitions Il s agit de regarder l horizon lointain dans un axe Homme Environnement Sant et dans un cadre de gouvernance de territoire taille humaine communaut de communes pays r gion ou province dans un contexte de d veloppement durable En tournant le dos la langue de bois du risque z ro n existe pas La notion est r cente en terme soci tal 1976 et l approche est globale le risque environnemental est per u comme li l activit des hommes Nous faisons d entr e une diff rence radicale entre risque naturel fatalit d un v nement temp te inondation volcanisme tsunami et risque technologique responsabilit humaine av r e notion de risque majeur
126. oduits Il n y a pas de germes m thanotrophes vrais seulement des m thylotrophes qui peuvent m taboliser une partir de m thanol Le m thane produit est donc notre seul usage Le risque dioxyde de carbone Libre et circulant il n est pas directement catastrophique pour la plan te c est m me un excellent nutriment pour la grande majorit des organismes vivants sur notre plan te les bact ries et les v g taux C est l accumulation et l accompagnement qui posent probl me Par exemple pour l exc s dont tout le monde convient qu il est pr occupant on compte les efforts cologiques et conomiques en faveur de l environnement en conomie de kg de CO mis il y a des solutions microbiennes Le dioxyde de carbone est le nutriment carbon de la photosynth se universelle Toute la biosph re d pend de pr s ou de loin du bon fonctionnement d une grosse et unique enzyme bifonctionnelle la Rubis CO qui contribue convertir de l nergie solaire en nergie mati re carbon e sucres Le dioxyde de carbone est aussi le nutriment banal de la presque totalit des bact ries qui le fixent selon le mode organotrophe par carboxylation sur le m tabolisme interm diaire pour synth tiser rapidement des compos s en C4 indispensables la croissance et l anabolisme mati re cellulaire Le dioxyde de carbone ne dites pas gaz carbonique intervient aussi et h las comme un acteur complice dans une pi ce co
127. og ne Et le gradient de protons peut tre chang avec un gradient de sodium Les germes m thanog nes sont arch obact riens qui vivent en associations et cha nes trophiques il n y a pas d unit syst matique mais au moins 3 Ordres et au moins 13 genres Ce sont des EOS extr mement oxyg no sensibles croissance lente n cessitant un apport en ac tate lactate bicarbonate et dioxyde de carbone Ils sont la fois sensibles aux d riv s halog n s chlore et la chaux boues On peut consid rer que la m thanogen se est une fonction pionni re relique fragile sensible la lumi re en sursis sur notre plan te nous de la cultiver La pratique de la m thanisation correspond la quadrature du cercle Le mieux est de r aliser un levain avec flores associ es sur des lits expans s fluidis s mobiles turbulents supports granulaires Il y a plusieurs mod les et de nombreux param tres La temp rature id ale est de 35 C jusque 40 C c est la zone m sophile presque 65 C les enzymes sont inhib es Le pH optimal est de 7 2 7 4 pour amorcer mais il faut revenir 5 5 6 pour les ac tog nes et entre 6 et 8 pour les m thanog nes Il faut surveiller le pH car le m tabolisme lib re de l ammoniac qui fait remonter le pH et bloque la production La chaux des boues peut fixer l exc s de dioxyde de carbone en donnant du bicarbonate de r serve mais si la chaux a t appliqu e en exc s elle
128. oi ils ont chapp s l app tit des bact ries Remake de la peinture flamande face la peinture l eau italienne On utilise les microorganismes pour de la chimie douce froid en comptant sur des polym res bio cellulose adh sifs colles supports de peinture caoutchoucs des m dicaments et des aliments ou compl ments alimentaires et alicaments sans se soucier que les produits biofabriqu s sont imm diatement accessibles d autres microorganismes de la biod t rioration papiers colles peintures rev tements Enfin les am ricains rapportent quelques accidents d avion imputables la formation de boues et tartres dans les r servoirs lav s grande eau Le risque des boues et d pandage des boues La France produit environ 850 millions de tonnes de boues en mati re s che MS an soit 14kg an citoyen Les boues figurent au chapitre des risques et dangers alors qu elles devraient figurer au titre des fertilisants ou des mati res valoriser Avant la Directive europ enne le statut de la boue entrait dans le cadre de la Loi de 1979 comme mati re fertilisante et de la loi de 1976 sur les ICPE elle est mentionn e aussi dans la loi sur l eau de 1992 Dans l incertitude et l ambigu t intervient le D cret de d cembre 1997 puis l Arr t de janvier 1998 sur les travaux de l INRA la boue prend le statut de d chet donc d objet suspect donc la nature et la qualit sont surveiller le co t d
129. on industrielle en mati re microbienne est tr s performant les r seaux de collecte sont d j en place et bien compartiment s industries agro industries communaut s urbaines Le grand Normes ISO 9000 sur la qualit la suspicion se porte sur l agriculteur car avec le sol et les pratiques culturales c est lui qui g re la partie cach e du produit consomm handicap vient de l ge des r seaux et des m langes des eaux pollu es la qualit des boues refl te videmment la qualit des eaux trait es Le m lange des eaux industrielles urbaines pluviales us es boues l boues II etc conduit in vitablement une baisse de qualit des boues y compris de MS et surtout une d responsabilisation en amont c est dire de ceux qui fournissent les eaux us es artisans garages peintres etc Les boues se r v lent tre de bonnes mati res fertilisantes apports en N P S Mg Ca un engrais peu co teux On dit qu azote gal avec le fumier la boue apporte plus de calcium de magn sium de phosphore La teneur en azote standard est de 57 kg d azote N T de MS soit 8 2 kg d azote total m de boues 14 6 de siccit On y trouve essentiellement de l azote organique et de l azote ammoniacal Le phosphore est l l ment du calcul pour l pandage pour un bon apport il faut 100ha pour 100 T de MS 5 de P Les boues stabilis es ont un bon pouvoir chaulant elles apportent au sol des modificat
130. ouch es elles pr sentent des naus es des troubles des tourdissements des diarrh es et des traces de br lures Quelques une ont des pustules sur la peau c est le chloracn En 1983 des f ts de Seveso traversent la France et y s journent une dizaine d ann es Au moment de la crise de Seveso sort la loi fran aise de 1976 puis le 24 juin 1982 la Directive dite Seveso 82 501 CEE concernant les risques d accidents majeurs de certaines activit s industrielles Mobilisation des acteurs pour la pr vention L Ecole Polytechnique publie en 1985 une alerte sur la pr sence de dioxine dans le lait de vache en 1994 l Acad mie des Sciences retient pour la dioxine et ses analogues le terme dioxines au pluriel probablement une petite centaine de mol cules diff rentes m me motif principal En 1996 Greenpeace publie un rapport sur la contamination du lait o de vache par les dioxines On d couvre que les dioxines se forment vers 300 C sur des cendres chaudes partir de la combustion incompl te de d chets et partir de pr curseur chloroph nol En 1998 clate l affaire d Halluin Nord et tablit le lien entre l incin rateur de la Communaut Urbaine de Lille et la dioxine dans le lait de vache 2 producteurs 600 litres jour x2 la presse du 28 janvier 98 indique qu il n y a pas de risque pour la sant en r alit il y a 3 incin rateurs point s du doigt Halluin Wasquehal et Sequedin on note
131. p tillement en surface par formation de particules soufr es Une partie du soufre aquatique est autochtone mais l essentiel est d origine anthropique allochtone parfois volcanique Le soufre est en cause dans l volution d un milieu oligotrophe vers un milieu eutrophe thiosaprobe exc s de carbone et toujours en cause dans le processus de stratification du milieu aquatique quasi irr versible Les bact ries sulfato r ductrices sont tudi es pour leur capacit s d polluantes des s diments estuaires ph nols mono et di chloroph nols Des Desulfobacterium sont capables de d grader des hydrocarbures lourds mais il peut s accumuler de l acide benzo que non attaqu C est aussi ce sujet que l on a vu appara tre des noms cod s de germes asyst matiques pour causes de brevets et confidentialit Le soufre est toujours en cause dans les ph nom nes de smog particules solides et liquides de toute nature en a rosols Le soufre est sous forme dioxyde S02 Avec la suie et l eau le dioxyde de soufre fixe le b ryllium l arsenic et le molybd ne pour former le smog acide agent de bronchites chroniques smog de Londres de 1952 4000 morts Le dioxyde de soufre en pr sence d oxydes d azote et d ozone produit des smogs oxydants en pr sence d UV et conduit aux PAN p roxy ac tyl nitrate qui d gradent les mol cules de la photosynth se S Quelques risques technologiques incidence biologique
132. phe organo d pendante coupl e la respiration ana robie Comme il y a peu de germes m thanotrophes et que le m thane est l ger le milieu s appauvrit en carbone idem de l azote et du soufre 3 La 3 voie n est pas n gligeable c est la fermentation du m thanol de Methanosarcina le m thanol est donneur de pouvoir r ducteur et accepteur final il faut 4CH3OH pour 3CH4 et 1CO cette fermentation est g n ralement associ e celle de la m thylamine CH3 NH2 avec lib ration de m thane et d ammoniac Des voies annexes font intervenir des transporteurs sp cifiques d lectrons et des interm diaires de m tabolisme associ glyc rald hyde formald hyde m thanol acide pyruvique Les chimistes font remarquer que la conversion du dioxyde de carbone 4H en m thane 1 s accompagne d une forte r duction du volume gazeux et ce qui peut se passer dans le milieu naturel sans probl me ne peut se produire au laboratoire ou en fermenteur sans un appel d air important avec entr e de dioxyg ne tr s inhibiteur Ce qui explique la lenteur des progr s en m thanogen se Les biochimistes d montrent que la r action finale n cessite une CO d shydrog nase tr s originale qui fonctionne en 4 tapes au moins et peut donc s arr ter tout moment par blocage ou inhibition Aerobacter des Coryn bact ries et des lactobacilles des Costridium des Microbacterium Tetracoccus Vibrio Bacillus L hydrolyse est le premier fa
133. place transmission des infos une base europ enne Les Enqu tes publiques et les pratiques de double langage consultation du public Les responsables parlent souvent un double langage l environnement est le parent pauvre des projets mais les projets visent chaque fois une valorisation environnementale plancher Le public est indiff rent dans les p riodes d enqu tes o il est par d finition op rationnel et potentiellement efficace ou se glisse dans des d fil s dont la volont muscl e est de conserver le site en l tat et de confisquer le progr s nos enfants 7 tude n cessaire avant enqu te publique et autorisation d exploiter c est une analyse des dangers des accidents des risques des produits des mesures en cas d accident Elle est descriptive et corrective elle est analys e par un inspecteur des ICPE Le Risque par l exemple Bact riologie microbiologie g n rale cologie microbienne et applications Risque alimentaire Alimentation Intoxications Intoxinations Nos aliments sont videmment aussi des aliments pour les microorganismes qui consomment croissent et d f quent dans notre assiette au moment o nous nous mettons table Les m thodes traditionnelles anciennes permettaient de limiter la colonisation bact rienne sans exc s de produits chimiques c tait le temps des soupes du salage du saumurage du fumage du s chage dessiccation du sucr
134. propre CQFD La presse ne comprend ni ne pratique l environnement 3 La biodiversit est un th me contemporain et f d rateur Chacun s emballe pour la biodiversit La biodiversit c est la fois prot ger des esp ces et des biotopes menac s entretenir la richesse du patrimoine g n tique mondial recenser les esp ces les plus inaccessibles faire l inventaire des biomol cules et de leurs propri t s instruire tout un chacun de respecter les tres vivants bref tout w faire pour une bonne harmonie entre l homme et le milieu naturel et en faire le moins possible pour nuire au monde vivant V u pieux D s que nous quittons la terre ferme pav e de bonnes intentions la vie des t tards et autres gast ropodes et que nous atteignons la sph re des id es des orientations politiques des mesures r glementaires g om trie variable les m mes acteurs ardents d fenseurs de biodiversit militent pour le renoncement la diversit La diversit est une richesse pour la faune pour les arbres mais pas pour les fromages les charcuteries les boissons les pr parations et toutes ces originalit s locales qui font la richesse de nos terroirs et limitent l tendue d une possible catastrophe Comment des autorit s form es la diversit peuvent elles produire des r glements conduisant l uniforme des instructions menant au surdimensionnement technique des contraintes produire des aliments insipid
135. pse C est souvent la cha ne du froid rompue qui est en cause et les n gligences du consommateur qui mange m me le pot et en plusieurs jours un aliment pr par et contamin Rappelons que le chaud st rilise et que le froid inhibe La recherche des germes contaminants est souvent de deuxi me d marche la Listeria est rarement soup onn e d embl e Et on ne trouve que ce que l on cherche si les bact ries avaient la taille des girafes on ne consommerait pas les rillettes contamin es longueur sp cificit et co t des analyses Les Listeria font partie des bact ries ayant droit de vie ou de mort sur une entreprise charcuterie dans la Sarthe steak hach en juin 2011 Toxi infections vraies Salmonelloses et autres maladies gastro ent riques Beaucoup de ces affections sont consid r es comme d origine alimentaire risque d t et sont en r alit li es ou v hicul es par l eau contamin e contamination f cale en toute saison L eau souill e contamine les aliments et l aliment consomm ensemence l appareil digestif de l h te les bact ries prolif rent dans les meilleures conditions on parle de bact ries pathog nes invasives sans facteur limitant II y a alors expression de la virulence et du pouvoir pathog ne En g n ral il y a s cr tion d exotoxines prot iques ou glucido lipidiques avec manifestations pathologiques On place ici les salmonelloses shigelloses les gastro ent rites E coli
136. que de 3 cercles concentriques les coliformes recherch s dans un chantillon pr l vement sont les plus banaux les plus simples et robustes Klebsiella Enterobacter Citrobacter Aerobacter qui survivent bien dans le milieu ext rieur Dans le cercle interm diaire pourraient figurer des Escherichia et des germes plus fragiles inf od s l h te vivant Dans le plus petit cercle central sont redout s Salmonella Shigella et des E coli particuli rement dangereux Quand une analyse montre 50 000 coliformes ml on peut soup onner la pr sence de Salmonella La colim trie vise d nombrer les coliformes unit d chantillon elle s appuie sur la pr sence de coliformes qui signent une contamination f cale Les germes d accompagnement d E coli sont Klebsiella Enterobacter Citrobacter Jusqu aux ann es 1970 on consid rait les coliformes comme de bons indicateurs indiscutables de contamination f cale un vrai risque pour la sant rechercher imp rativement dans tout type d eaux Pour tre plus simple disons que les coliformes sont tellement faciles qu ils r pondent aux crit res de bons indicateurs savoir tre pr sents dans tous les cas de contamination tre faciles cultiver et mettre en vidence techniquement r pondre une d marche de recherche simple m canique et sans danger sp cifique en jouant sur le m tabolisme facultatif ou alternatif pour gagner du temps ana r
137. que nosocomial le risque des germes mergents le risque de pand mie grippe aviaire risque sanitaire le risque de bioterrorisme le risque biotechnologique Le risque est g om trie variable d individuel collectif de ponctuel plan taire d une envie de coquillage pr lev sur la plage d t lair conditionn du bureau du repas la cantine la grippe aviaire Le risque biologique peut aussi venir du milieu contamin et ou des activit s humaines industriel environnemental commercial Concr tement il existe 4 groupes 1994 d agents biologiques selon les risques encourus faible mod r fort majeur Sauf que ces cat gories sont fig es et n anticipent pas sur le risque OGM le risque technologique fuite de laboratoire prion virus sur le risque de r sistances accrues aux antibiotiques et l mergence al atoire de germes fulgurants ou de mutations impr vues sur le risque au laboratoire ces cat gories font de la jurisprudence like et m ritent d tre critiqu es Les 4 groupes de Risque biologique Groupe 1 Risque faible agents biologiques non susceptibles de provoquer une maladie risque individuel nul absent pour la communaut Groupe 2 Risque mod r agents biologiques pouvant provoquer une maladie chez l homme et constituer un danger pour les travailleurs propagation peu probable prophylaxie et traitements efficaces risque individuel mod r risque
138. r sent dans des conserves insuffisamment st rilis es le germe agit par sa toxine synth tis e par la cellule v g tative Une centaine de cas an aux tats Unis L incubation est de 18 24h avec soif intense et l injection d antitoxine est imp rative Les enfants sont des cibles plus expos es et plus fr quentes avec des aliments classiques comme le miel ou des aliments pr par s pour le b b Nombreuses pr parations artisanales en cause st rilis es dans des lessiveuses Les autres intoxinations Clostridium correspondent le plus souvent la welchiose C perfringens 12 toxines C est un germe indiqu comme agent de putr faction associ la gangr ne Le germe C perfringens de type A est ana robie strict court large et trapu capsul non mobile formant des endospores La toxine est habituellement d truite dans l estomac mais les bacilles peuvent passer dans l intestin L origine est rechercher dans des aliments souill s cuits en bouillons des viandes contamin es des pr parations carn es des plats r chauff s Diarrh e abondante hypers cr tion dem avec les blessures souill es plus de morts que les armes pendant les guerres Un autre Clostridium germe mergent est redouter tr s prochainement C difficile connu depuis 1935 agent de colites pseudo membraneuses 1977 avec cytotoxine C est un germe pr sent en faible Dans cet expos nous ne faisons pas de distinction tort
139. rend le bicarbonate insoluble entartre le fermenteur et arr te la production Il faut aussi surveiller la production d hydrog ne qui peut monter 6 ou 7 ppM dans le digesteur La charge organique est exprim e en Kg de DCO et l on peut fonctionner entre 0 5 et 50 Kg m3 jour Le temps de s amp jour se compte en semaines sauf en pilotes o il se compte en jours La production par digesteurs en s ries est la mieux adapt e Le tri des entrants est imp ratif homog n it r gularit les oligo l ments sont n cessaires aux enzymes mais gare au fer qui pr cipite le sulfure Gare au sel alors que K Ca et Mg sont indispensables La fluidit des entrants est n cessaire mais il ne faut pas diluer avec de l eau de pluie La mati re fermenter est r gl e 5 15 de MS L hydrolyse est assist e et la courbe des levains est surveill e Attention le temps de doublement des bact ries peut varier de 2h 200h selon les conditions du milieu M thane et hydrog ne La m thanogen se est toujours accompagn e de voies hydrog nog nes qui maintiennent un volant de r duction en amont de la r action finale cette production d hydrog ne libre co ncide avec la lib ration d hydrog ne sulfur tr s nocif et dangereux Les deux t moignent d un milieu qui volue vers une absence d accepteur carbon final et progressivement vers un mo t abiog ne puis abiotique L id al est donc de pomper en continu l hydrog ne form et
140. roduction du facteur polluant dans l cosyst me par retomb e arrosage pluie ou tout autre situation 2 La notion de d versement stockage asphyxie saturation ou d s quilibre 3 La notion de nature d natur e ou milieu souill biotope le milieu peut tre rendu malsain dangereux toxique 4 La notion de nuisance avec la difficult d en valuer l impact et l ampleur odeurs fum es bruit clairage interdictions Impacts Prise de conscience Il y a eu toute une s rie de dates d clic pour la prise de conscience de la pollution des eaux citons rapidement Venise Minamata les mar es noires les mar es vertes les tsunamis le chol ra la fi vre jaune le paludisme plus pr s de nous les inondations r p tition Yvetot 1998 Moselle 1999 Picardie 2001 assorties chaque fois d interdictions de consommer l eau du robinet Le Fran ais a du mal comprendre R sumons Plus il pleut plus l eau est abondante et moins il est prudent de toucher l eau du robinet La peur de manquer d eau propre quantitatif a gliss vers la peur du co t de l eau potable conomique La pollution de l eau a r veill les esprits parce que l eau jouit d un statut particulier dans notre imaginaire notre civilisation tous les v nements importants de notre vie sont mouill s tous nos actes quotidiens importants repas toilette loisirs int grent l eau Parce que tout finit dans l ea
141. s pr parer l information pr ventive assister le pr fet Le SDIS service d partemental d incendie et de secours intervenir laborer les plans des exercices Le Pr fet de d partement imposer les prescriptions arr ter les plans de secours assurer l information des populations informer les maires sur les p rim tres diriger le plan de secours en cas d accident qui d passe les limites de l tablissement Les Installations Class es pour la Protection de l Environnement ICPE Elles sont class es par rapport aux activit s humaines industrielles et g n ratrices de pollutions et de nuisances pour l environnement on dit qu elles pr sentent des impacts environnementaux C est le Minist re de l Environnement qui est en charge de ce domaine Il entretient avec les entreprises deux types de relation la relation de contrainte Loi sur les installations class es et une relation de partenariat accompagnement en mati re d am lioration Une Installation class e est un quipement entreprise g n ralement qui pr sente un risque de pollution pour l environnement en fonctionnement normal ou par accident Selon la gravit possible de la pollution r sultante l quipement est class en rubrique Non Class Soumis d claration Soumis des servitudes Seveso Chaque dossier fait l objet d un travail approfondi que l on r sume sous le terme d tude d impact C est une analyse d cret de 19
142. s zones vuln rables ont t d limit es et de bonnes pratiques agricoles codifi es sauf qu il y a 74 d partements touch s par l azote et que les actions renforc es dans les ZES zone d exc dent structurel montrent des b n fices modestes On indique que la DJA admissible de nitrate serait de 250mg pour 70kg et que la dose ing r e serait de 175 Pour la sant le risque nitrate est av r Les nitrates assimil s sont transform s en nitrites par des germes ent riques avec formation de nitrosamines r put es mutag nes et indirectement canc rig nes Une partie des nitrites interf rent avec l h moglobine pour conduire la m th moglobin mie grave chez le nourrisson L azote ammoniacal est directement toxique pour les syst mes digestif et respiratoire indirectement aussi avec production de chloramines causant des naus es et vomissements Dans le milieu l exc s d ammoniac conduit au salp tre constructions et l eutrophisation des eaux nitrates Le traitement des pollutions azot es se pratique dans l eau et la premi re op ration est la nitrification qui est une oxydation a robie lithotrophe oblig e elle est donc dissimilative pour l azote qui devient nitrate mais assimilative pour le carbone dioxyde qui peut manquer La r action est O d pendante La d nitrification des eaux est ana robie et bact rienne c est une respiration ana robie dissimilative pour l azote lib r comme gaz vo
143. se trouve abord le tabou usages et manipulations du vivant pour aller dans la direction oppos e celle tablie bloquer la recherche appauvrir le nombre et la qualit des brevets moratoires interdictions favoriser indirectement les contournements vers un tranger plus indulgent et l gif rer sur des concepts g n ralistes qui laissent toute libert et font confiance aux coll ges de juges en cas de proc s Un code du corps humain peut faire plus d unit que ceux de la sant publique de l environnement et de l aliment s par ment qui ne peuvent traiter les surprises du vivant de mani re exhaustive Aujourd hui les cas de figure microbiologique sont relativement simples quoiqu ils posent des probl mes inimaginables et insolubles Demain la t te dans le guidon ce sera inextricable Je propose de lever la t te du guidon Comment proposer un outil r f rentiel de mesure juridique dans des affaires de maladie infectieuse g om trie variable A qui vous en prenez vous pour un rhume ou une angine Le plus souvent vous m me S il s agit de la grippe aviaire aviaire et porcine transmissible l homme H5N1 H1N1 vous tes les premiers dire que la pr vention de l hiver pass a pris des proportions de surdimensionnement exag r es par rapport au risque et nos moyens Si la pand mie avait avanc vous seriez pr sents au rang des indign s de l impr voyance gouvernementale Le curseur du bon s
144. sein des populations en pr sence l instant t conjugaison bact rienne et transfert de plasmides Escherichia est d habitude inoffensif de l h te dans la sph re ent rique Publi sur le site du Programme Lascaux 16y mon billet du 2 juin 2011 publi sur le blog du Programme Lascaux qui traitait sous forme de commentaire et d explications de l affaire qui a touch le nord de l Allemagne en faisant des d g ts concombre lat raux J indiquais qu il s agissait d une Crise aigu originale o Petit rappel de g n tique et de m tabolisme chez les bact ries Nous faisons propos d ADN une diff rence essentielle entre l aliment et le patrimoine g n tique Les bact ries ont plus de difficult ou de malice Elles font un mixage du bien manger et bien se reproduire trop subtil pour notre compr hension aujourd hui Les bact ries fonctionnent g n ralement en 2 temps 1 Le m tabolisme de croissance M I ou anabolisme synth ses biomasse et colonisation 2 Quand l espace et l nergie commencent manquer le m tabolisme passe en M Il ou m tabolisme de relation et de protection Le g nome bact rien volue aussi et dans le m me sens R pliquer le chromosome et si la croissance est exponentielle on peut voir des cellules minimum c est la g n tique au plan vertical de m re fille ou produire un g nome identique conforme ou l conomie au plus cour
145. ses toute explosion dans un silo fait de m me tout incident de livraison par voie ferroviaire ou routi re de m me tout incident de chaudi re de vapeur de tour a ro r frig rante de rev tement de sol idem tout accident lectrique toute chute d escalier toute inondation toute manation de toxiques et de fum es fait revoir les mesures de pr vention de protection et de formation Nous trouvons cela normal Cette fa on de travailler par empilement tous azimuts et harc lement sur notre patrimoine industriel qui n est pas tout jeune correspond la fois du rafistolage par rustines sur des usines s nior et de l asphyxie efficace par mise en place d un sarcophage tchernobylesque sur des endroits bien vivants et bien vitaux Bref nous ne faisons pas dans ce cas du d veloppement durable mais du d veloppement l tal mortel nous ne nous tirons pas une balle dans le pied mais dans le c ur Un hebdomadaire traitait en septembre dernier des reliquats de l explosion d AZF dans une page pr tendue environnementale une sorte de dixi me anniversaire f t avec des bougies vertes J ai crit au journal qui a bott en touche mon texte que les reliquats actuels d AZF dont l explosion catastrophique est un accident industriel pos sur une erreur fondamentale d am nagement du territoire ne correspondent pas du tout un scoop environnemental d ailleurs le slogan de l entreprise l poque tait l azote
146. sont des maladies contract es l h pital le patient voit son quilibre de flores modifi ses d fenses naturelles diminu es On compte 4 types d infections nosocomiales les auto infections par le malade lui m me remaniement les h t ro infections contamination par un autre malade contamination manuport e les x no infections venant des visiteurs ou des objets apport s gastro ent rite fr quente en p diatrie les exo infections dues une insuffisance technique ventilation st rilisation mat riel Le sc nario de la maladie est souvent implacable avec implantation de la bact rie expression de la virulence modification de la relation h te bact rie prolif ration mobilisation du fer sid rophores variations antig niques viction de la flore commensale inoffensive en place par adh sion acquisition de r sistances Ces maladies sont souvent dues des bact ries ubiquitaires ordinaires et opportunistes Il en est ainsi des Acinetobacter r sistances associ es qui colonisent le mat riel m dical pourvu qu il soit humide Principal v hicule les mains 39 des infections nosocomiales se rapportent au syst me urinaire pour 18 le syst me respiratoire et 17 aux blessures li es aux op rations Le groupe Klebsiella ent robact rie et les KES Klebsiella Enterobacter Serratia Ce sont des pathog nes opportunistes qui se d veloppent sur un terrain affaibli personnes g es diab tiques
147. st simple deviner seule la date est inconnue de nous En levant la t te du guidon je ne l che pas l assiette mais je d couvre l aliment et son histoire la terre l eau et les hommes qui l ont produit et en levant encore la t te je touche aux v nements qui ont marqu le territoire de production mercure DDT dioxines etc Ayant opt depuis longtemps pour le camp bact rien j ai choisi pour vous la deuxi me formule de vous offrir le peigne avec le manche et toutes ses dents ainsi que le mode d emploi du peigne Je milite depuis longtemps pour une responsabilisation des citoyens microbiologiquement parlant pour une solide formation cole coll ge lyc e universit association et un encadrement r glementaire souple en amont pour que la Justice joue pleinement son r le laissant place l initiative l audace la tradition au terroir la qualit avec un code cadre g n raliste pour outil d arbitrage pour juge de paix et des hommes d positaires de notre confiance pour en d cider Des humanistes Les dents sont pointues dans leurs domaines respectifs mais ne communiquent pas elles restent s par es sinon comp titrices 3 C est l image de la commode ou de l outil qui doit rester l l ment simple et r f rentiel rigide et d pouill sobre et minimaliste et c est nous de d poser des objets suivant que nous sommes ordonn s o pas avec l exc s de r glementation de pr
148. strophes Seveso 1976 Mexico 1984 et Bhopal 1985 1 Pr vention la source par la mise en uvre des meilleures technologies disponibles afin de r duire l ampleur des cons quences potentielles et d en diminuer les possibilit s d occurrence on rel ve la barre tr s haut les petites entreprises ou les artisans sont hors jeu ou renoncent 2 3 4 Ma trise de l urbanisation autour des installations risques afin de limiter l exposition des tiers aux risques dans les zones de danger sur la base des sc narios de r f rence histoire ubuesque et catastrophe immobili re PLU mis en d faut Organisation de plans de secours internes et externes sur la base des sc narios les plus p nalisants risque d attentat chute d avions on rel ve de nouveau la barre Information pr ventive des populations afin qu elles puissent adopter des r flexes d autoprotection pour le cas o un accident devrait se produire Affinage des m thodologies et d finition de l encadrement et des responsabilit s en 4 points T Progr s d ensemble par approche exhaustive d finition du p rim tre topologie g ographie liste de toutes les phases de la vie de l entreprise histoire syst matique des dangers pour la sant et la s curit au travail Approche volutive d o on vient o on va ou hi rarchisation des risques d marche visant progressivement augmenter le niveau de s curit dans l entreprise
149. t assez complexe on distingue les boues activ es Londres 1914 selon un proc d d puration en bassin a r dans lequel on r alise une culture intensive de populations bact riennes puratrices en conditions non limitantes L unit de travail est le flocon homog ne grumeaux les flocons les eaux traiter forment la liqueur mixte La production moyenne est de l ordre de 150m3 1000 hbts Les Boues encombrantes correspondent la prolif ration des boues par dysfonctionnement exc s de carbone jusqu d bordement et prise en masse bulking ou gonflement bact ries g es trop de filamenteuses d s quilibre de flores Les Boues secondaires sont des boues d cant es apr s traitement biologique bassin Il dans le d canteur Il Elles contiennent des mati res organiques dominantes elles sont assimil es aux boues biologiques on y trouve beaucoup de levains purateurs c est la biomasse puratrice qui s exporte Les Boues primaires sont les boues d cant es dans le d canteur primaire 70 90 des mati res d cantables apr s un seul traitement physico chimique coagulation d cantation s dimentation ce sont des boues brutes h t rog nes forte orientation min rale Les Boues mixtes forment un m lange en tout ou partie de boues primaires des boues biologiques ou secondaires en exc s boues fra ches On confond souvent boues mixtes et boues fra ches en r alit il vaut mieux dire bou
150. t disparu d Europe pendant plusieurs d cennies avant de r appara tre en 1970 Pustule ulc ration bubon et fistulisation apr s ramollissement 3 La syphilis Treponema pallidum est une maladie v n rienne strictement humaine contact direct v role diff rente de petite v role ou variole Soit qu elle soit tr s ancienne antiquit mais confondue avec la gonococcie soit plus vraisemblablement rapport e en Europe par les navigateurs puis diss min e par les guerres De tr s nombreuses formes existent et la maladie tait en forte diminution avant de montrer une nouvelle offensive La maladie de Nicolas Favre ou lymphogranulomatose v n rienne Chlamydia LGV avec absence fr quente de troubles francs ou de sympt mes risques de st rilit chez l homme et la femme germe parasite obligatoire avec phase d clipse Les candidoses Candida albicans levures souvent li e au port de v tements serr s Les Herp s maladies virales r cidivantes Le SIDA AIDS maladie r trovirus ARN simple brin syndrome d immuno d ficience acquise indiqu e Atlanta d s 1981 germe isol par l quipe de Luc Montagnier s quenc depuis 1985 transmission par le sang et les d riv s par le sperme groupes risques effondrement du syst me de d fense de l organisme s ropositivit portage sans maladie d clar e Chaque fois c est l homme qui ouvre la porte du risque en grand en donnant un
151. t du n cessaire Construire et exprimer un g nome de relation de comp tition d acquisition de d fense communication essentiellement horizontale par nombreux m canismes comme la transformation la conjugaison la transduction la contamination la transposition la communication est intra sp cifique intersp cifique voire inter g n rique c est un peu comme les habitants d une m me rue qui se passent le m me journal chacun y retiendra ou pas les informations qu il juge utile Autre originalit le cycle chromosomique bact rien r plication est plus court que le cycle cellulaire scission il peut donc y avoir l instant t 1 5 ou 2 2 chromosomes dans une cellule normalement haplo de qui va ou vient de se diviser parfois 1 3 ou 1 7 Pour le m decin hospitalier bact riologiste il est clair que le genre Escherichia est la b te noire et le cam l on du quotidien il sait que le groupe tue en moyenne 15 000 enfants jour dans le monde et que l hygi ne l alimentation l eau la contamination directe et probablement bien d autres pi ges peuvent diss miner les germes de porteur victime d objet souill consommateur en des temps records Voici un exemple tristement c l bre la diarrh e des voyageurs plus simplement appel e tourista souvent brutale est presque toujours imput e des souches d Escherichia coli inconnues jusque l du Voyageur consommateur simplement ing r es
152. t souvent collective communaut s la toxine pr form e dans l aliment provoque de violents troubles digestifs parfois s ajoutent des streptocoques h molytiques La bact rie est cocciforme Gram positif a robie ana robie facultative catalase c est un germe commensal ubiquiste et saprophyte il agit par sa virulence et ici par son ent rotoxine pr form e dans l aliment elle est exceptionnellement thermor sistante 1h 100 C et thermostable 3 6h apr s ingestion commencent les troubles digestifs avec vomissements mais peu ou pas d hyperthermie Cons quences rarement mortelles Le sc nario id al serait un bord de plage en fin d apr s midi la pause glace chez un marchand peu scrupuleux qui a tremp ses abc s dans la cr me et sert des bouillons de culture des enfants peine sortis de l insolation L entr e nocturne l h pital est in vitable environ 3 6 h apr s ingestion Mais l histoire dr le est celle du Boeing 747 dont les passagers re oivent 10 000m d altitude un sandwich jambon pr par au sol par un cuisinier porteur de pustules aux mains Apr s 2h tout le monde volant est pris de diarrh e et le compartiment toilette ne suffit pas tout le monde fait la queue pilote compris C est la diffusion de la toxine TSST qui est en cause Toxic Shock Syndrome Toxin 1 5 Listeria Listeria est un germe compliqu qui se faufile provoque des bouff es pid miques et dispara t cli
153. te la place si les substrats deviennent tr s favorables c est le monom tabolisme et donc pas de recyclage et pas d auto puration le m tabolisme devient enti rement organotrophe allotrophe c est l affaire des blooms d t visibles et de ph nom nes plus discrets comme les prolif rations de Pseudomonades des ana robies botulisme aviaire des opportunistes polyvalents Acinetobacter Flavobacterium 4 Par rupture de r seau trophique un maillon est manquant par inhibition ou empoisonnement et l espace vide est occup par un opportuniste qui peut se montrer plus conqu rant que les autres maillons la comp tition tourne l avantage du mieux quip qui peut retourner la cha ne vers l organotrophie ou absorber les maillons proximaux et tout envahir a Entr e et mont e dans la cha ne alimentaire Quand la pollution dure il y a des esp ces qui disparaissent par pollusensibilit soit par manque de capacit d adaptation soit qu elles sont en limite de tol rance la biodiversit s appauvrit jusqu une possible rupture la d mographie diminue la mortalit augmente Il y a des esp ces qui r agissent soit qu elles r sistent pression de s lection soit qu elles s adaptent en utilisant des alternatives m taboliques du modoforme la population volue par les excentriques mais la diversit physiologique diminue toutes les cellules font la m me chose et les d fenses des popul
154. thropodes h matophages poux tiques La grippe aviaire avec des virus variant capables d h tes multiples et notamment les tres humains Hong Kong Maladies dues des germes bien connus mais ayant acquis des r sistances la plupart de nos antibiotiques Staphylococcus Klebsielle Pseudomonas Maladies r mergentes la tuberculose sur des personnes infect es par HIV et germes ayant acquis des multi r sistances Surveiller aussi la rougeole m R sistances Les antibiotiques sont d origine microbienne et ont une action antimicrobienne principalement antibact rienne Le risque est r el face l acquisition des r sistances cumul es chez les bact ries 1 Risque direct contamination par un germe r sistant dans la vie courante ou en s jour hospitalier ou post rieur un traitement antibiotique s lection de la flore de portage et s lection des r sistants 2 Risque indirect par contamination des viandes et ou des animaux d levage boucherie volailles attention E coli O 104 O 157 et d autres autres germes potentiels Bacillus Micrococcus 3 1 3 des antibiotiques produits dans le monde sont utilis s dans l alimentation du b tail avec augmentation de l app tence et du poids musculaire 2 5 de vancomycine la m thode est courante pour viter la vaccination pr vention courante pour tol rer la promiscuit sans risque attention dans beaucoup d activit s les bact ries
155. ts l un d eux en meurt qui est responsable de ce cas de botulisme classique Et les asperges de la ch telaine Et les salmonelles de la Mary Vous d cidez de prendre un bon bain sur cette plage non surveill e et sans panneau votre compagnon r colte des h nons pendant votre baignade vous attrapez une virose gr ce aux coquillages que vous avez mal pr par s virus ent riques et une parasitose grave Naegleria pour les plongeons dans une eau ti de et accueillante vous vous en prenez qui Et votre enfant entre de nuit aux urgences de l h pital pour une salmonellose offerte par la d licieuse glace la fraise du go ter Votre compagnon est le seul s en sortir bien et r sign il est sorti du bain couvert de m duses Qui va prendre et apaiser votre col re Le juge va d cliner votre offre de soupeser les subtilit s et les hasards de la nature Changeons d chelle en prenant du recul Je me demande s il ne serait pas plus ou autant responsabilisant pour le citoyen que le juriste fabricant de texte travaille sur un code du vivant du corps humain plut t que sur des objets l aliment destin s l tre humain ou des morceaux sant environnement nous retombons sur les dents du peigne de mani re cadrer r gler et anticiper le plus de situations plut t qu les dichotomiser les parpiller et les mettre en concurrence in gale dans des codes diff rents et dans ce contexte
156. u et que l eau sale peut contaminer des milieux sains L eau est un v hicule de pollution et le r servoir final La pollution des eaux a donc t tout naturellement un moteur de recherches pour des solutions des innovations des brevets anglo saxons le r sultat affiche des solutions complexes et sur mesures r aliser par phases coordonn es et successives compartimentation traitant chacune une cible particuli re avec une flore adapt e ou des flores synchronis es et alternatives Bon an mal an on rapporte en France un millier d accidents faisant objet d un PV entrant dans le cadre de la pollution des eaux probablement le 1 10 de la r alit Les principaux coupables sont les concentrations d activit s industrielles et ZAC les activit s agro industrielles agricoles les agglom rations les transports collectifs les consommateurs particuliers Pour le microbiologiste il y a 3 chelles d impact tout v nement de pollution aquatique 1 Elle est accidentelle ponctuelle et g n ralement unique Elle est facile d tecter brutale et il y a des solutions abio bio mixtes Le seul obstacle l efficacit est la mobilisation des moyens par les lus et les autorit s dans une urgence aiguis e par les m dias L objectif est le retour l quilibre mar e noire explosion volcan 2 Elle est p riodique et la p riode principale est la saison ou l ann e elle est typiquement li e
157. viter les communications d sastreuses les cons quences collat rales inadmissibles Nul n est cens ignorer la loi et l ignorant en microbiologie devient responsable comme maillon faible d une cha ne comportementale qui fait confiance ou qui joue au pas vu pas pris S il est victime on n en parle plus 3 Le 28 octobre 2011 le Tribunal de Paris a condamn 9 ans de prison un partenaire porteur du SIDA pour avoir contamin son amie en toute connaissance de cause sans pr vention La Microbiologie avec les bact ries les enzymes les mol cules et les praticiens le Droit avec les mots et les r gles et les praticiens M mes exigences m mes rigueurs m mes soucis de perfection m mes outils de r f rence m mes appr hensions de s y frotter ou d y tre confront s m mes interdits la n gligence ou la facilit Le Droit est peut tre consid r plus noble plus abstrait plus conceptuel et moins mat riel plus li la pens e et moins au manuel plus sec face une microbiologie plus mouill e les mains dans le cambouis La t te a besoin des bras Microbiologie Biodiversit et D veloppement durable Depuis l mergence du concept je disais d veloppement soutenable mes tudiants Le vrai d veloppement durable sur notre plan te est bact rien R fl chissez qu en 3 5 Milliards d ann es d existence et de colonisation elles ont cultiv et entretenu une plan te en pleine

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