Mode d`emploi du "viewer" sur BrainVISA : Localizer 3D
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1. Mode d emploi du viewer sur BrainVISA Localizer 3D MultiActivations 2D Fusion 1 Pour l instant tant que le viewer n a pas t int gr dans BrainVISA il faut copier le script localizer Anatomist3DActivations2DFusion py dans le r pertoire brainvisa processes Sile r pertoire n existe pas il faut le cr er Voici les commandes lancer sous Linux pour ce faire cd brainvisa mkdir processes 2 Lancer BrainVISA et ouvrir le traitement Localizer 3D MultiActivations 2D Fusion dans Mes traitements VERTE BranVISA Support Botes outils Mes traitements 4 l Localizer 3D MultiActivations 2D Fusion Ea Diffusion et Tracking 2 corticale ire trie nuciesr Imaging Sitions FE RM T1 D Arche X Mes traitements Quwrir Note La bo te outils Mes traitements n appara t que s il y a quelque chose dans le r pertoire brainvisa processes 3 Sur la fen tre qui s ouvre remplir les diff rents champs Locallzer 30 Multl ctvations 20 Fusion L ErainViSM Process Localizer 3D MultiActivations 2D Fusion 1 Anatomy Show_analomy Activations_in_Z2D Activations1 red Activations2_green Activations3_blue Activations4_magenta Activationss_cyan Threshold Minimum_size fmriTOmn Active_transparency Head_mesh Head transparency Right_Brain_mesh Left_Brain_meshk Brain_ransparercy fusion_submeth2. spmT_0010 ref_tri_left n ref tri right thresholdec thresholdec eBr 8688Brtrrsrrrs DEL EGEES 6 3 fen tres des vues axial sagittale et coronale de la fusion 2D de l anatomie avec les activations 1 2 ou 3 selon la valeur de Activations_in_2D Les couleurs des activations correspondent aux couleurs indiqu es sur les champs du traitement Activationsi_red Activations2_green Activations3_blue Pour des raisons de facilit de visualisation on ne montre ici que jusqu 3 activations diff rentes Cela pourra tre modifi si besoin est DA 2 thresholded3 FUSION2D 2 Window Scene JS O Ghresholdeda FUSION o Qafelp AA C Chreshoded3 FUSION2D 2 IX Window Scene 1 fen tre qui montre ou pas selon la valeur du champ Show_anatomy l anatomie du cerveau les maillages de toutes les activations et les maillages du cerveau en transparence selon les valeurs des champs Show _brain mesh with activations et Brain _transparency Les couleurs des maillages des activations correspondent aux couleurs indiqu es sur les champs du traitement Activationsi_red Activations2_green Activations3_ blue Activations4 magenta Activations5 cyan La transparence des maillages des activations peut tre r gl e avec le param tre Active _transparency D 530 thresholded3 FUSION2D 2 mesh Window Scene Si la valeur de Brain_trans
3. od Pr Voici une explication des diff rents champs remplir we Localzer3L MutiActrabtons 20 Fusion 1 BrainViSA Process Localizer 3D MultiActivations 2D Fusion 1 Anatomy manat_CG070040_3T_neurospin img lt gt nctations in 20 Activations1_red sis stats_localizer_1 somT_0913 img 4 Actvationsi green sis stats localizer l somT 0929 img Actvations3_blue sis stats_localizer_1 s0omT_0921 img Actvations4_magenta sis stats_localizer_1 somT_01922 img gt ala Actvationss_cyan sis stats_localizer_l somT_0923 img lt gt Threshold Minimum_Size a Emi Om a Active iransparency Head_mesh S RaM Bain mei Jailtests_brainvisaef ti ight mesh P eti Erin mesh valesis_brainvsarel ri Jeft mesh B Show bain mesh with aclivalor_mestes EE Bran_transparency fusion_calculation_method Pre Anatomy gt image de l anatomie IRM T1 que l on souhaite afficher Show_anatomy Yes No Valeur par d faut Yes gt indique si l on veut afficher l anatomie sur l image des maillages des activations et les maillages du cerveau Activations_in_2D 1 2 ou 3 Valeur par d faut 3 gt indique le nombre d activations que l on veut afficher sur les coupes 2D avec l anatomie La valeur minimale est de 1 on affiche au moins une activation et la valeur maximale est de 3 car on consid re qu au del de 3 la visualisation devient trop compliqu e Cependant cela pourrait
4. parency est gale 1 il y a une autre fen tre qui montre les maillages du cerveau avec l activation 1 red superpos e comme texture selon les param tres fusion calculation method fusion _submethod et fusion _depth Dans ce cas une fen tre avec la palette des couleurs s ouvre aussi pour r gler souhait les couleurs de l affichage bat 2D 5 ref tri right mesh spmi 0019 Window Scene DOS bal Object palette composition IspmT_0019 img Available palettes Responsive Update GREEN ufusion GREY WHITE argeblack GRN RED BLU WHT Green White exponential Green White inear fusion dimension settings 1D 2D Green Whiteinear Min 7 48855 Hue 5at Lightness 1 Max m 7 j 2529 Hue Sat Lightness 2 Hue Sat Value 1 Bounds 7 48855 110 8767 Reset values Reset bounds Hue Saturation Mac 5tyle RAINBOW RED TEMPERATURE EEA RED ufusion Rainbowl fusion
5. ransparency Valeur par d faut 1 pas transparent gt transparence des maillages du cerveau Si la valeur est diff rente de 1 on n ouvre pas les fen tres des maillages du cerveau avec l activation 1 red superpos e en texture ni la palette pour modifier cette texture fusion _ calculation method Point Point d cal l int rieur Point d cal l ext rieur Ligne Ligne l int rieur Sph re Valeur par d faut Point gt indique la m thode utilis e pour la fusion de l activation 1 red sur les maillages du cerveau fusion_submethod Maximum Minimum Moyenne Moyenne corrig e Moyenne rehauss e Valeur par d faut Maximum gt c est la sous m thode pour la fusion de l activation 1 red sur les maillages du cerveau fusion_depth gt profondeur de la fusion de l activation 1 red sur les maillages du cerveau Une fois tous les champs obligatoires remplis lancer la visualisation en appuyant le bouton Update Les fen tres suivantes vont s ouvrir Fen tre principale d Anatomist se TETE 4 0 0alpha CEA NeuroSpin SHF File Objects Windows Settings Python Help Ref Objects Ref Windows a PERS 30 5x ref tri nightmes meshS_ 32 E C di thresholded3 FUS mesh3 327 E SG thresholded3 FU mesh2_327 EI 8 A 2 thresholded3 FUS mesh332 pme 3D thresholded3 FUSI mesh1_32 FUSION3D FUSION3D FUSION2D FUSION2D FUSION2D wmanat_C
6. tre modifi Activations1_red gt image d une activation contraste Celle ci est obligatoire tandis que les autres activations sont optionnelles Activations2_green gt image de la deuxi me activation contraste Activations3_blue gt image de la troisi me activation contraste Activations4 magenta gt image de la quatri me activation contraste Activations5 cyan gt image de la cinqui me activation contraste Threshold Valeur par d faut 3 09 gt c est le seuil pour les activations Minimum_ Size Valeur par d faut 8 gt c est la taille minimale que doit avoir un cluster d activations pour tre affich fmriTOmri gt matrice de transformation entre le r f rentiel des images fonctionnelles fMRI et celui de l anatomie MRI Active transparency Valeur par d faut 1 pas transparent gt transparence des activations Head mesh gt maillage de la t te Head _transparency gt transparence du maillage de la t te Right_Brain_ mesh gt maillage de l h misph re droit du cerveau peut tre l interface mati re blanche mati re grise ou la surface du cortex Left Brain mesh gt maillage de l h misph re gauche du cerveau peut tre l interface mati re blanche mati re grise ou la surface du cortex Show_brain mesh _with_activations No Yes Valeur par d faut No gt indique si l on veut superposer les maillages du cerveau sur la vue des maillages des activations en 3D Brain_t
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