Notions d`Unix
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1. 9 KILL sort itri des lignes du fichier suivant l ordre r tri inverse fichier ASCII u limine les lignesidentiques tar archivage d sarchivage de fichiers c cr ation de l archive larchive x restauration de r pertoire ou l archive fichiers t listage du contenu de l archive v mode verbeux p pr serve dates et droits la restauration f le nom du fichier sp cifi sera celui de l archive telnet tablir une connexion avec une machine nom de machine distante sortie exit which retourne le chemin complet d acc s nom de la une commande commande who retourne le nom des utilisateurs qui ont ami ouvert une session chmod change les permissions en lecture R change les droits mode nom de criture ex cution r cursivement partir du fichier ou de r pertoire Les Propri t s des fichiers R sultat de la commande ls l drwxr xr x 2 root root 4096 Oct 9 16 44 docs drwxr xr x 2 root root 4096 Oct 9 16 44 vms drwxr xr x 6 root root 4096 Oct 9 16 44 widgets mesa drwxr xr x 2 root root 4096 Oct 9 16 44 widgets sgi rwWxr xr x 1 2001 2001 139227 Jul 20 17 25 configure rw r r 1 2001 2001 12685 Jul 20 17 25 Makefile in EW r r 1 2001 2001 18838 Jul 20 17 25 aclocal m4 rw r 4r 1 2001 2001 13920 Jul 20 17 24 configure in rw r 4r 1 2001 2001 25326 Jul 18 15 36 Makefile x11 rwWXr xr x 1 2002 2001 5598 Jul 18 02 19 install sh rwWxXr xr Xx 1 2001 2001 62832. Jul 18 02 19 missing rwWxr xr x 1 2001 2001 722 Jul 18 02 19 mkinstalldirs rw r r 1 2001 2001 0 Jul 18 02 19 stamp h in rw r r 1 2001 2001 1060 Jul 18 02 19 conf h in Trucs utiles sous Unix La redirection des sorties gt Envoie le r sultat d une commande dans un fichier au lieu de la sortie standard l cran ls gt fichier blast seql fasta seq2 fasta gt blastout cat titi gt toto cat titi gt gt toto gt gt n crase pas le fichier de sortie La redirection des entr es lt Fasta lt inputfile Lit les entr es dans un fichier au lieu de l entr e standard le clavier inputfile contient toutes les r ponses aux questions pos es par le programme Le pipeline Utilise le r sultat d une commande comme argument d une autre commande grep ACCGAAG ecoli fasta we blast seq1 fasta seq2 fasta more Le contr le des taches amp permet de r cup rer le shell apr s le lancement d un programme netscape amp nedit amp Sans amp le shell reste bloqu tant que le programme tourne On peut toujours suspendre l ex cution d un programme avec CTRL Z puis le red marrer en arri re plan avec bg ou en premier plan avec fg La commande jobs permet de voir la liste des taches en cours d ex cution taches nous appartenant La commande kill lt no de tache gt tue une tache en cours La commande top permet de visualiser toutes les taches en cours d ex c
3. Notions d Unix Daniel Gautheret 2003 2004 2 Les Chemins sous UNIX homel biologie physique DEA 00011022 00001212 TPUNIX toto pl Mgen gbk Votre Let sec zone Un exemple d arborescence Unix 1 Chemin absolu lhomel biologie dea 00011022 toto pl 2 Chemin relatif pour un utilisateur dans 00011022 toto pl 3 Chemin relatif pour un utilisateur dans TPUNIX toto pl 4 Chemin du r pertoire courant Les Principales commandes UNIX D apr s l abr g Unix de Annie Danzart Nom Description Options Arguments Gestion fichiers et r pertoires se positionne sur le r pertoire d sign chemin d acc s un r pertoire a prise en compte des nom de fichiers cach s F renseigne sur le type de fichier i pr cision du num ro d inode des fichiers R liste r cursivement le contenu du r pertoire l informations d taill es g ajout du nom du groupe d renseigne sur le r pertoire lui m me t liste par date de modification u liste par date d acc s r ordre inverse retourne la r f rence absolue du r pertoire courant copie du fichier source vers la i demande source destination confirmation p conservation de date et droits r recopie r cursive d un r pertoire d place fichiers et r pertoires i demande source confirmation destinatio
4. e en ouvrant un nouveau shell
5. n supprime la r f rence du fichier dans le f force la commande nom de fichier r pertoire liste le contenu d un r pertoire confirmation r destruction r cursive mkdir cr ation d un r pertoire nom de r pertoire rmdir suppression d un r pertoire vide nom de r pertoire cat imprime le contenu du fichier mentionn nom de fichier more liste le contenu d un fichier page par nom de fichier page Divers man retourne le mode d emploi de la nom de commande s il existe commande gzip compresse un fichier voir compress c r sultat sans nom de fichier par d faut la destination est la sortie modification du fichier standard qu on redirige vers un fichier si source on veut obtenir un fichier compress f crasement d un fichier compress pr existant v taux de compression d force une d compression 9 niveau maximum de compression gunzip d compresse un fichier le r sultat est produit nom de fichier sans modification du fichier d origine v taux de compression ps liste des processus BSD a processus d tenus par les autres utilisateurs u nom du propri taire du processus X processus sans terminal associ l description compl te t terminal particulier kill envoi d un signal un processus l liste des signaux num ro du disponibles process n num ro du signal envoyer 2 INT ctrl c 3 QUIT ctrl
6. ois ou plus ES une fois ou zero Jin exactement n fois in au moins n fois linm de n a m fois Les Shells Les shell est l environnement perrmettant d entrer des commandes UNIX Il existe plusieurs types de shell notamment csh tesh et bash bash est souvent le shell par d faut sous Linux Selon le shell utilis on dispose de plus ou moins de facilit pour entrer des commandes Par exemple tcsh et bash permettent de revenir aux commandes pr c dentes avec les fl che haut ou les touches CTRL R une chaine de caract res rechercher Les variables d environnement Le fonctionnement du shell est contr l par des variables d environnement qui stockent des informations comme endroit o se trouvent certains programmes variable PATH lendroit o se trouvent certaines bases de donn es etc On peut d finir le contenu de ces variables dans un fichier qui est lu automatiquement lors de l ouverture d un nouveau shell La fa on d affecter ces variables diff re selon les shell Pour un shell Tesh Fichier tcshre setenv PATH Bin PATH setenv PLPLOT LIB usr local share EMBOSS Pour un shell Bash Fichier bashre PATH usr X11R6 bin Bin SPATH PLPLOT LIB usr local share EMBOSS export export ct ct Apr s modification d un fichier tcshre ou bashrc les changements peuvent tre pris en compte au moyen de source bashrc ou source tcshrc ou encor
7. ution y compris celles des autres utilisateurs La commande GREP grep est un filtre c est dire un programme qui selectionne automatiquement les lignes d un fichier poss dant telle ou telle propri t Le filtre grep permet de s lectionner les lignes contenant une certaine expression r guli re c est dire un motif flexible d crivrant un ensemble de chaines de caract res Par exemple l expression di d crit les chaines lundi et mardi et toute autre chaine de 3 caract res se terminant par di L expression Pp hosphorylase d crit les chaines Phosphorylase et phosphorylase La commande grep a la forme grep lt expression reguli re gt lt fichier gt si l on veut afficher toutes les lignes r pondant a l expression ou bien grep c lt expression reguli re gt lt fichier gt si l on veut juste compter toutes les occurences L option i permet d ignorer les majuscules minuscules Ex grep i adn arn fichier Voici les caract res que l on peut utiliser dans les expressions r guli res Unix Lo Tout caract re sauf newline Fun Le d but d une ligne ls La fin d une ligne fp Choix A B A ou B fo Groupement de caract res 1 Classe de caracteres AGUC A G U ou C Avant un caract re sp cial qu on ne veut pas prendre en compte comme tel car il fait partie de la chaine recherch e Les commandes suivantes sont a placer apr s le caract re concern CE 0 fois ou plus He une f
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