Produits Elucigene® Male Factor Infertility Mode d`emploi
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1. Data Delay sec L Pour traiter les chantillons cr er une plaque d chantillons en cliquant sur Create Plate from Template Cr er plaque partir de la matrice sur le Dashboard Tableau de bord s assurer que le protocole d instrument ad quat pour MFI a t affect voir ci dessus ANXYAZFFR 001 Juin 2015 Page 14 sur 45 Produits Elucigene Male Factor Infertility Mode d emploi Configuration de fiche d chantillon pour GeneMarker Le logiciel GeneMarker permet la comparaison directe entre les donn es A et B du m me individu Pour faciliter ce processus il est important que le nom du fichier de sortie de donn es brutes fsa soit concordant pour tous les chantillons et m langes La fiche d chantillon doit contenir le nom d chantillon unique pour chaque chantillon test suivi du suffixe _ A ou _B selon le m lange test Si l ID plaque doit tre inclus dans le nom fsa il faut choisir chaque fois un format fixe p ex MFI JJMMAAAA Sur le 3130 les param tres de Destination des r sultats doivent tre d finis de mani re inclure le nom de l chantillon dans le nom du fichier fsa p ex MFI JJMMAAAA 1234 5 A AO RTE Grouped Sample File Name Format Example 123456789 Sample3_A12 lt ext Filename is greater than 13 characters Prefix Name Delimiter g Im Plate ID E Sample Name E well Position EJ lt none gt Suffix F2. www elucigene com product category reproductive health Usage pr vu Male Factor Infertility Pour le diagnostic quantitatif in vitro de routine des aneuplo dies des chromosomes sexuels les plus communes p ex syndr me de Klinefelter et des microd l tions du chromosome Y AZFa AZFb et AZFc couramment associ es l infertilit masculine L essai comprend les marqueurs STR des chromosomes sexuels XHPRT et DXYS18 ainsi que les marqueurs non STR AMEL TAF9L et SRY pour d terminer le statut d aneuplo die des chromosomes sexuels L essai comprend galement les marqueurs sp cifiques du chromosome Y sY84 sY86 sY127 sY134 sY254 et sY255 pour la d tection des microd l tions du chromosome Y des r gions AZFa AZFb et AZFc loci La m thode employ e par le kit Elucigene Male Factor Infertility est la technique de r action en cha ne par polym rase fluorescence quantitative QF PCR Quantitative Fluorescence Polymerase Chain Reaction Les dispositifs sont destin s l utilisation sur un ADN extrait du sang total EDTA et ne doivent pas servir pour d autres matrices de test La population cible est compos e de patients masculins chez lesquels une infertilit est suspect e et qui sont susceptibles de pr senter des caract ristiques associ es comme une faible num ration de spermatozo des Le dispositif est destin l utilisation combin e avec d autres proc dures de diagnostic pour tayer ou infirmer le diagnostic clinique pro
3. 104 pb et Y 110 pb et peut tre utilis pour d terminer la pr sence ou l absence d un chromosome Y et repr sente la quantit relative de s quence X Y Veuillez noter qu en de rares occasions un chec de l amplification d une mutation de la s quence AMEL Y a t signal TAF9L est un marqueur paralogue invariant avec des s quences sur les chromosomes 3 et X Le pic sp cifique du chromosome 3 116 pb repr sentant 2 copies du chromosome 3 peut donc tre utilis comme pic de r f rence pour faciliter la d termination du nombre de chromosomes X pr sents pic de 121 pb Analys en combinaison avec l am log nine et les autres marqueurs des chromosomes sexuels il est particuli rement utile dans le diagnostic d aneuplo die des chromosomes sexuels Chez une femme normale les marqueurs doivent tre compris dans une fen tre de rapport de 0 8 1 4 Chez un homme normal les marqueurs produiront un rapport de 1 8 ou plus Le guide d interpr tation des produits Elucigene Male Factor Infertilitydonne plus de d tails sur l interpr tation du marqueur TAFQ9L Le marqueur STR polymorphique DXYS218 est pr sent la fois sur les chromosomes X et Y et repr sente le nombre total des chromosomes sexuels Pour des r sultats informatifs sur le patient masculin il n est pas possible de d terminer quel all le repr sente le chromosome X ou Y Le marqueur informatif sp cifique de X XHPRT repr sente le nombre de chrom
4. Si l quilibre de rapport se situe en dehors de cette fen tre cela peut tre d plusieurs facteurs notamment e Trisomie chromosomique totale chromosome sexuel e Trisomie chromosomique partielle y compris les r plications submicroscopiques e Mosaicisme e Second g notype contaminant e Parasites stutters produisant un biais e Amplification pr f rentielle d un all le produisant un biais e _Polymorphismes des sites d amorce e Mutations somatiques des microsatellites Le Guide d interpr tation des produits Elucigene Male Factor Infertilitydisponible sur le site web d Elucigene fournit quelques exemples de profils typiques pour plusieurs d entre eux Les marqueurs homozygotes sont non informatifs car un rapport ne peut pas tre d termin ANXYAZFFR 001 Juin 2015 Page 17 sur 45 Produits Elucigene Male Factor Infertility Mode d emploi Analyse des marqueurs de chromosomes sexuels AMEL TAF9 XHPRT DXYS218 et SRY Essai Male Factor Infertility Pour interpr ter un r sultat comme anormal pour ces marqueurs c d pr sence de trisomie il est n cessaire d avoir au moins deux marqueurs informatifs correspondant un g notype triall lique tous les autres marqueurs tant non informatifs Il n est pas recommand d interpr ter un r sultat comme anormal sur la base d informations provenant d un seul marqueur T Le marqueur AMEL amplifie les s quences non polymorphiques sur les chromosomes X
5. S RIE POUR LE POLYM RE POP7 Module de capillaires de 36 cm MFI Cr er le module de s rie MFI dans le Module Manager Gestionnaire de modules du logiciel de collecte de donn es 3130 S assurer que les options suivantes sont s lectionn es e Type R gulier e Matrice FragmentAnalysis36 POP7 e Saisir les param tres indiqu s dans le tableau ci dessous Nom du param tre Intervalle Oven Temperature int 18 65 C Poly fill Vol 6500 38000 steps Current Stability int 0 2000 uAmps PreRun_Voliage 0 15 kvolts Pre Run Time 1 1000 kvolts Injection Voltage 1 15 kvolts 1 600 kvolts Voltage Number _of_Steps 1 100 kvolts Voltage Step _Interval 1 60 kvolts Data Delay Time 1 3600 kvolts Run_Voltage 0 15 kvolts Run Time 300 14000 kvolts 2 3 4 D 6 T 8 Remarque Le run time temps de traitement varie en fonction de la temp rature ambiante de l emplacement o l Analyseur g n tique a t install Pour de plus amples informations sur la cr ation de modules de s rie veuillez consulter le manuel utilisateur des Analyseurs g n tiques Applied Biosystems 3130 Cr er le protocole MFI dans le Gestionnaire de protocole s assurer que les options suivantes sont s lectionn es e Type R gulier e Run Module Module de s rie MFI voir le module de s rie ci dessous e Ensemble de fluorochromes G5 Pour traiter les chantillons cr er une fiche
6. afficher le compte rendu Genemarker figure 23 partir de cette fen tre l utilisateur peut examiner et imprimer les donn es de pic de chaque chantillon pour tous les marqueurs pour cr er un compte rendu d chantillon simple d une ou deux pages Figure 23 Compte rendu GeneMarker Sample A01_Run_AB31304_2014 10 16_16 19_ 0285 _2014 10 16 fsa Software GeneMarker V26 3 Analysis Type Trisomy Comments Exp Time 10 16 2014 16 20 24 gt 10 16 2014 16 57 40 AL TS CHR Sr 100 150 200 250 300 350 4C0 450 500 ZFX ZFY 1 sis STE 2 syg zh 250 300 350 400 450 500 Le compte rendu GeneMarker comprend les caract ristiques suivantes e En t te de compte rendu comporte les informations sur l analyse le projet l chantillon et les param tres e Case de signature emplacement pour la date et les initiales des examinateurs du compte rendu e lectroph rogramme comparable la fen tre d analyse de trisomie affiche toutes les couleurs de fluorochrome du trac de l chantillon e Tableau de compte rendu affiche les valeurs s lectionn es de pic et de marqueur pour l chantillon en cours Les d nominations de trisomie sont surlign es en gris Une colonne suppl mentaire de v rification est pr vue pour les initiales de l examinateur e Graphe de rapport corrig contient tous les points de graphe de l ensemble de donn es pour tous les marqueurs dans la couleur de fluorochrom
7. d chantillon en utilisant le Plate Manager Gestionnaire de plaque et s assurer que le protocole adapt a t s lectionn pour le protocole d instrument voir ci dessous Remarque Pour de plus amples informations sur la configuration de l instrument l utilisation et le d pannage veuillez consulter le manuel utilisateur des Analyseurs g n tiques Applied Biosystems 3130 ANXYAZFFR 001 Juin 2015 Page 13 sur 45 Produits Elucigene Male Factor Infertility Mode d emploi ABI3500 GENETIC ANALYZER ANALYSEUR G N TIQUE Un protocole d instrument MFI doit tre cr et pourra ensuite tre r utilis pour chaque s rie MFI Cr er le protocole d instrument MFI l aide de la biblioth que de protocoles d instrument du 3500 S assurer que les options suivantes sont s lectionn es e Run Module Module de s rie FragmentAnalysis50 POP7 e Saisir les param tres indiqu s dans l image ci dessous Edit instrument Protocol CFEU2 setup an Instrument Protocol Application Type Fragment 7 Dye Set 05 E Instrument Protocol Properties Run Module Fragment nalysis50_POPT Protocol Name WIFI Description Oven Temperature Cl 60 Fun Time fsec h 1200 Advanced Options Close Fun Voltage KVolts PreRun Time sec Capillary Length 50 cm 19 5 PreRun Voltage kVolts 15 150 Injection Time sec L2 Q Polymer POPI Injection Voltage kYolts 3
8. dans les r gions AZFa AZFb et AZFc pour lesquels une r cup ration r ussie de sperme fonctionnel est improbable 2 bien que la probabilit augmente si la d l tion n est pas compl te voir la figure 2 ANXYAZFFR 001 Juin 2015 Page 3 sur 45 Produits Elucigene Male Factor Infertility Mode d emploi Principes de la proc dure La m thode employ e par la gamme de produits Elucigene Male Factor Infertility pour produire un essai multiplex d tectant l aneuplo die des chromosomes X et Y Male Factor Infertility ainsi que les microd l tions du chromosome Y Male Factor Infertility et MFI Yplus est la technique de r action en cha ne par polym rase fluorescence quantitative Quantitative Fluorescence Polymerase Chain Reaction technique 3 7 i D tection de l aneuplo die des chromosomes sexuels En utilisant l amplification par PCR l aneuplo die chromosomique est d tect e lorsque les amorces marqu es par fluorescence ciblent des r gions hautement polymorphiques de s quences d ADN appel es STR Short Tandem Repeat ou s quences br ves r p t es en tandem qui se situent sur les chromosomes d int r t Chacun des marqueurs STR cibl s est sp cifique au chromosome sur lequel il se trouve donc le nombre de copies du marqueur STR peut indiquer le nombre de copies du chromosome Des marqueurs STR informatifs pr sentant une forte h t rog n it ont t s lectionn s de mani re pouvoir facilement d terminer l
9. de dialogue Open Data Files Ouvrir fichiers de donn es appara t Cliquer sur le bouton Add ajouter La bo te de dialogue Open Ouvrir appara t Parcourir les dossiers jusqu au r pertoire contenant les fichiers de donn es brutes 1 S lectionner tous les fichiers par CTRL A ou utiliser les touches CTRL et ou MAJ pour s lectionner des chantillons individuels 2 Cliquer sur le bouton Open dans la bo te de dialogue Open ouvrir Les fichiers s lectionn s apparaissent dans le champ Data File List Liste de fichiers de donn es figure 11 Figure 11 chantillons ajout s la liste de fichiers de donn es Open Data Files ata File List E 8407 Aun AB31304_2014 10 16_16 19_0285_2014 10 16 fza E B0 Run 8631308 2074 10 16 16 19 0286 2014 10 16 fa E C0 Run 8631308 2074 10 16216 19 0286 2014 10 16 fa Remove Remove Add Folder Default A Channels Auto Elevate OK Cancel 3 Cliquer sur le bouton OK dans la bo te de dialogue Open Data Files Ouvrir les fichiers de donn es pour charger les chantillons dans GeneMarker Le logiciel ouvrira alors automatiquement la fen tre Raw Data Analysis Analyse des donn es brutes figure 12 ANXYAZFFR 001 Juin 2015 Page 27 sur 45 Figure 12 LL Ceretta Lrrtitias Produits Elucigene Male Factor Infertility Mode d emploi Fen tre d analyse des donn es brutes Fie Vies Pie Apslcrrons 1 1 1 I p
10. es d chantillon de l aneuplo die d afficher le rapport des pics pour chaque marqueur et d acc der au compte rendu GeneMarker Plusieurs affichages aident l utilisateur dans l analyse des donn es ce sont les suivants Liste des chantillons lectroph rogramme Graphe de rapport Tableau de compte rendu Veuillez noter que l analyse de trisomie n est pas n cessaire pour les donn es de microd l tion du chromosome Y Figure 21 Fen tre Trisomy Analysis Analyse de trisomie HAE DR 4 mj Report G A01_Run_A4B31304_2014 A01_Run_AB31304_2014 10 16_16 19 0285 _2014 10 16 f x sample Merker Jeanieie 77 2 BOI Run AB31304 2014 3 CON Run AB3130A 2014 Deere 1 juinmasique E 365 370 375 380 385 390 395 400 405 2 400 2 200 2 000 1 600 E 1 000 e N Peak Area Ratio 0 2 4 6 8 10 12 14 16 18 Distance Size Pour obtenir plus d informations sur les fonctions d analyse de trisomie et leur utilisation consulter le manuel GeneMarker ANXYAZFFR 001 382 i pa E RE EH SRY Juin 2015 Page 36 sur 45 Produits Elucigene Male Factor Infertility Mode d emploi Compte rendu GeneMarker GeneMarker comprend un mod le de rapport compatible avec le kit Elucigene Male Factor Infertility cette fonctionnalit n est pas n cessaire pour l analyse des donn es partir de l essai MFI Yplus Pour acc der au compte rendu cliquer sur l ic
11. es tabul es figure 10 Deux pics au maximum pour chaque marqueur sont automatiquement tiquet s par GeneMapper En pr sence de trois all les pour un marqueur le troisi me pic non tiquet doit tre tiquet manuellement voir Modifier manuellement les profils ci dessous Remarque Les plages de taille des all les pour chaque marqueur sont bas es sur les donn es observ es ant rieurement De rares all les peuvent tre en dehors de la plage de taille de marqueur donn e et il peut tre n cessaire d ajuster en cons quence l ensemble de segments ANXYAZFFR 001 Juin 2015 Page 25 sur 45 Produits Elucigene Male Factor Infertility Mode d emploi 5 Il est recommand d activer le param tre Single click editing Modification par clic unique sur la fen tre de graphe Pour cela s lectionner Alleles set click editing All les Param trage de modification par clic et s assurer que cette option est coch e Figure 10 Fen tre de graphe d chantillon affichant les donn es de trac tiquet es et tableau des g notypes correspondants Samples Piot Fde Edit View Tools Alleles Help Plot Setting Male Factor Inferthty Plot Settings w a Panes 2 um F F mn A th TS A i uaa D 146 ld H 2 Sample File Sampie Name Panel 5 5 01_01_AD11sa 0 OSTR_MFI V4 F gt V AMEL _ITAFS SRY 7 HPRT Dxv218 140 130 220 260 200 3 380 Modifier manuellement les profi
12. exacts et les v nements de recombinaison l origine de ces mutations ont t lucid s Ces r gions sont situ es sur le chromosome yq11 et bien que la r gion de microd l tion AZFa soit distincte il y a un haut degr de chevauchement entre les r gions affect es par la microd l tion AZFb et AZFc figure 1 Bras long Court lt lt lt lt lt lt lt lt lt _ poi rai m pz A ho TP BEN To ap gt x z re e AZFc AZFb AZFa Figure 1 Localisation chromosomique des r gions de microd l tion AZFa AZFb et AZFc sur chromosome Y Poongothai et al 2009 L identification des causes g n tiques de l infertilit masculine peut aboutir une gestion clinique plus efficace des patients Par exemple les patients chez lesquels une microd l tion de la r gion AZFc a t observ e la plus commune pr sentent un ph notype variable tributaire du bagage g n tique Cependant d une mani re g n rale ces patients affichent des niveaux r siduels de spermatogen se et dans ces cas les chances de r cup rer des spermatozo des par TESE extraction testiculaire de sperme sont de 50 Les couples affect s par des microd l tions AZFc peuvent tre en mesure de concevoir un enfant en recourant aux techniques de procr ation assist e comme l ICSI injection intracytoplasmique de spermatozo des Cette situation contraste avec celle des patients pr sentant des microd l tions compl tes
13. observ s avec le panel de validation de Elucigene Diagnostics Ces chiffres peuvent donc tre diff rents des donn es publi es et peuvent aussi varier selon la population test e ANXYAZFFR 001 Juin 2015 Page 40 sur 45 Produits Elucigene Male Factor Infertility Mode d emploi Localisation des marqueurs STS de microd l tion du chromosome Y utilis s pour les produits Male Factor Infertility R gion Marqueur STS d but STS fin STS D DS PS AZFa SY1182 AZFa SY88 AZFb SY105 AZFb SY121 AZFb SY127 AZFb SY134 AZFb SY143 AZFc gr gr SY1191 AZFb SY153 AZFc SY254 AZFc SY254 AZFc SY254 AZFc SY254 asai OS a Sa O l AZFc SY254 Les coordonn es du g nome ont t extraites de MSY Breakpoint Mapper breakpointmapper wi mit edu bas es sur NCBI Build 38 ANXYAZFFR 001 Juin 2015 Page 41 sur 45 Produits Elucigene Male Factor Infertility Mode d emploi ANNEXE 3 Profil GeneMapper Profil GeneMapper pour un homme normal montrant les positions relatives des marqueurs d tect s par Male Factor Infertility DESTA EE arami Erw EEH Aa lawiad ane awi II jawis ue Aami Tara ANXYAZFFR 001 Juin 2015 Page 42 sur 45 Produits Elucigene Male Factor Infertility Mode d emploi Profil GeneMapper pour un homme normal montrant les positions relatives des marqueurs d tect s par MFI Y plus BYT STE BYEZ E BYES ELLS BraS ANXYAZFFR 001 Juin 2015 Page 43 sur 45 Produi
14. s dans la colonne capillaire modules de s rie des r sultats acceptables sont obtenus de mani re constante avec une quantit d ADN de d part de 15 ng Cependant des r sultats interpr tables sont obtenus avec un intervalle d ADN de d part de 5 ng 30 ng La quantification de l ADN est tr s importantee la concentration de chaque chantillon d ADN tester doit tre mesur e pour garantir des r sultats optimaux Des techniques telles que la fluorecence PicoGreen ou l absorbance UV sont acceptables Compte tenu de la variation des techniques de quantification ADN l utilisateur devrait tenir compte des recommandations suivantes Des quantit s d ADN de d part tr s lev es augmentent la probabilit que les pics de bruit de fond soient tiquet s par le logiciel d analyse Les mesures suivantes peuvent tre prises afin de r duire la probabilit que les pics de bruit de fond soient tiquet s e Diluer puis r amplifier l chantillon d ADN e R duire le temps d injection voir la section lectrophor se capillaire e Augmenter le seuil minimum d amplitude de pics voir le guide du logiciel d analyse Elucigene CF EU2v1 Des quantit s d ADN de d part basses augmentent la probabilit que les pics de diagnostic soient faibles et ne soient pas tiquet s par le logiciel d analyse Les mesures suivantes peuvent tre prises afin d augmenter le signal e Augmenter le temps d injection voir la section lectrophor
15. se capillaire e R extraire l chantillon et luer avec un volume d eau r duit 50ul ANXYAZFFR 001 Juin 2015 Page 10 sur 45 Produits Elucigene Male Factor Infertility Mode d emploi Protocole de test Proc dure d amplification Remarque afin de minimiser le risque de contamination les tapes 3 5 doivent tre r alis es dans une zone exempte d ADN Des mesures doivent aussi tre prises pour viter la contamination avec un produit PCR 1 Programmer le thermocycleur pour un cycle tape unique afin d activer l ADN polym rase 94 C pendant 20 minutes reli un programme cyclique d amplification de 1 minute 94 C d naturation 2 minutes 58 C recuit et 1 minute 72 C extension pendant 30 cycles Cela peut tre associ un fichier retard de 20 minutes 72 C extension pendant le cycle final Activation Cyclage Extension finale enzymatique Temp rature ambiante 30 Cycles Un contr le n gatif eau doit tre inclus dans chaque s rie PCR Il peut aussi tre appropri d inclure d autres contr les par ex contr le positif homme normal contr le ADN fourni et contr le femme normale ADN non fourni D congeler suffisamment de flacons de m lange r actif produit Male Factor Infertility Male Factor Infertility ou MFI Yplus pr aliquot pour le nombre d chantillons et de contr les tester consulter la remarque sous Mat riel fourni et centrifuger les fl
16. taille 250 ul de formamide Hi Di et agiter soigneusement m lange suffisant pour 16 puits Distribuer 15 ul du m lange dans le nombre requis de puits d une plaque optique 96 puits 2 Ajouter 3 ul de produit PCR de l chantillon de test au m lange de marqueur de taille de l tape 1 d j distribu dans la plaque et m langer en utilisant la pipette Sceller la plaque 3 D naturer le produit PCR distribu dans la plaque optique sur un thermocycleur avec les param tres suivants 94 C pendant 3 minutes puis 4 C pendant 30 secondes 4 Centrifuger la plaque 1 000 g pendant 10 secondes pour liminer les bulles ventuelles des puits puis charger sur l analyseur g n tique Remarque est essentiel que les puits inutilis s c d les puits dans lesquels aucun chantillon ADN n est charg soient quand m me charg s avec du formamide Hi Di afin de s assurer que les capillaires ne s chent pas Les param tres d injection de l chantillon peuvent tre modifi s pour s adapter la quantit d amplicon produite pendant la r action PCR qui peut varier en fonction de la quantit d ADN g nomique d entr e ajout e Une quantit moins importante d amplicon peut tre appliqu e la colonne pour l analyse en r duisant soit la dur e soit le voltage de l injection Inversement une quantit plus importante d amplicon peut tre appliqu e la colonne pour l analyse en augmentant soit la dur e soit le volta
17. 13 54 0121 Clear Add Add amp Anaiyze Cancel ANXYAZFFR 001 Juin 2015 Page 19 sur 45 Produits Elucigene Male Factor Infertility Mode d emploi Importer les param tres Male Factor Infertility pour GeneMapper dans GeneMapper Manager Les param tres Male Factor Infertility pour GeneMapper doivent tre import s Ce processus est contr l par l interface GeneMapper Manager gt Les param tres du produit Male Factor Infertility pour GeneMapper sont disponibles sur le site Internet d Elucigene htip www elucigene com product category reproductive health 1 Ouvrir GeneMapper Manager en cliquant sur l ic ne 2 S lectionner l onglet Analysis Methods M thodes d analyse puis cliquer sur le bouton Import Importer 3 Parcourir les dossiers et importer le s fichier s de Param tres d analyses Male Factor Infertility requis Male Factor Infertility ou MFI Yplus 3130 ou 3500 4 Recommencer le processus en s lectionnant l onglet appropri et en important le fichier correspondant pour e Table Settings Param tres de tableau e Plot Settings Param tres de graphe e Size Standards Marqueurs de taille Remarque Les param tres Cluster Plot Settings Param tres de regrouvement de graphe Matrices Matrices SNP Sets Ensembles SNP et Report Settings Param tres de compte rendu ne n cessitent pas d importation de fichier Remarque Si les essais Male Factor Inferti
18. 3130 pour l aneuplo die et l analyse de la microd l tion va de 50 6 000 unit s relatives de fluorescence urf et de 175 32 000 urf pour les analyseurs g n tiques 3500 Les hauteurs de pics situ es en dehors de cette plage ne doivent pas tre analys es 4 Les lectrophor grammes de mauvaise qualit en raison d une diffusion excessive entre les fluorochromes aussi appel e pull up ou les pointes d lectrophor se pics prononc s pr sents dans plusieurs fluorochromes ne doivent pas tre interpr t s Les produits PCR doivent tre r inject s et r analys s 5 L analyse de l aneuplo die est r alis e par l valuation des rapports de pics A1 A2 o A1 correspond la surface de pic du fragment plus court et A2 correspond la surface de pic du fragment plus long Le rapport r sultant est un diagnostic du nombre de copies de locus Pour les chromosomes disomiques les marqueurs h t rozygotes doivent montrer deux pics de hauteur similaire Une analyse compl te de l tat du nombre de copies chromosomiques est r alis e par comparaison des rapports de surface de pic 6 Les marqueurs diall liques c d deux all les h t rozygotes doivent tre compris dans une plage de rapport de 0 8 1 4 Cependani pour deux all les s par s par plus de 24 pb en taille un rapport maximal de 1 5 est acceptable Toutes les valeurs comprises dans cette r gion sont d sign es comme ayant un rapport de 1 1
19. 8 Figure 8 D finir les param tres de tableau b g Table Setting Male Factor Infertility Table Settings 2 Sous l onglet Analysis Method s lectionnez Male Factor Infertility Analysis Settings ou Male Factor Infertility Y plus pour Male Factor Infertiity ou MFI Yp us respectivement Remplir chaque colonne en cliquant sur les touches Ctrl D R p ter ce processus en s lectionnant Male Factor Infertility ou MFI Y plus sous la rubrique Panel et Male Factor Infertility Size Standard sous la rubrique Size Standard Penser remplir en cliquant sur les touches Ctrl D pour s assurer que chaque param tre est appliqu l ensemble de la liste des chantillons 3 Cliquer sur a pour d marrer l analyse de l chantillon l invite affecter le nom de projet Examen des donn es du produit Male Factor Infertility 1 S lectionner l chantillon pour analyse surligner la ligne de l chantillon 2 Cliquer sur Display Plots afficher les graphes 3 s lectionner Male Factor Infertility Plot Settings figure 9 ou MFI plus suivant l essai analys Figure 9 Menu d roulant des param tres de graphe Male Factor Infertility Samples Plot File Edit View Tools Alleles Help Plot Setting Male Factor Infertility Flot Settings pam D 2 LE Ai 4 4 amp 4 La fen tre de graphe affiche le profil d chantillon avec les donn
20. Assistant de traitement Figure 15 Pour acc der au Run Wizard Assistant de traitement il suffit de cliquer sur l ic ne Run Project Traiter le projet dans la barre d outils principale ANXYAZFFR 001 Juin 2015 Page 30 sur 45 Produits Elucigene Male Factor Infertility Mode d emploi Run Wizard Assistant de traitement Cr ation d une matrice de traitement Il est n cessaire de cr er une matrice de traitement lors de l utilisation initiale de ce logiciel pour l analyse des donn es du produit Male Factor Infertility Cela est r alis l aide du Run Wizard Assistant de traitement 1 Pour acc der au Run Wizard Assistant de traitement il suffit de cliquer sur l ic ne Run Project Traiter le projet dans la barre d outils principale 2 Renseigner le champ Template Name nom de matrice par ex QSTR 3 S lectionner Panel Size Standard Marqueur de taille Standard Colour Couleur du marqueur de taille et Analysis Type Type d analyse comme cela est montr dans la figure 15 ci dessous 4 Cliquer sur Save Enregistrer pour sauvegarder la matrice des fins d analyses ult rieures 5 Cliquer sur Next pour continuer Figure 15 Run Wizard Assistant de traitement Fen tre Template Selection s lection de la matrice Fun Wizard m Template Selection Set the template of the project le Select an existing template or create one u MLFA Template Name FA H MmPC
21. B3130A_2014 03 19_15 10_0020_2014 03 19 fsa Run_AB3130A_2014 04 15_09 00_0039 D02_Run_AB3130A_2014 03 19_15 10_0020_2014 03 19 fsa Run_AB3130A_2014 04 15_15 50_0043 E02_Run_AB3130A_2014 03 19_15 10_0020_2014 03 19 fsa H M Run_AB3130A_2014 04 17_08 58_0048 F02_Run_AB3130A_2014 03 19_15 10_0020_2014 03 19 fsa Run_AB3130A_2014 04 17_08 58_0049 G02_Run_AB3130A_2014 03 19_15 10_0020_2014 03 19 fsa Run_AB3130A_2014 04 17_08 58_0050 i HO2_Run_AB3130A_2014 03 19_15 10_0020_2014 03 19 fsa Run_AB3130A_2014 04 17_08 58_0051 Run_AB3130A_2014 04 17_08 58_0052 d Run_AB3130A_2014 04 17_16 13_0057 I i Run_AB3130A_2014 04 17_16 13_0058 I J Run_AB3130A_2014 04 17_16 13_0059 Run_AB3130A_2014 04 17_16 13_0060 Run_AB3130A_2014 04 23_10 46_0067 Run_AB3130A_2014 06 10_15 50_0100 4 Run_AB3130A_2014 06 13_15 16_0102 Hdd Run_AB3130A_2014 06 16_12 46_0103 I i Run_AB3130A_2014 06 17_10 38_0105 Run_AB3130A_2014 06 17_16 06_0106 Run_AB3130A_2014 06 18_09 12_ 0107 Run_AB3130A_2014 06 19_17 33_0110 Run_AB3130A_2014 06 20_12 27 0111 Run_AB3130A_2014 06 20_15 57 0112 Run_AB3130A_2014 06 20_15 57_ 0113 Run_AB3130A_2014 06 20_15 57 0114 Run_AB3130A_2014 06 23_12 09_ 0115 Run_AB3130A_2014 06 23_14 33_0116 Run_AB3130A_2014 06 23_16 28_0117 Run_AB3130A_2014 06 24_14 53_0118 Run_AB3130A_2014 06 24_14 53_0119 Run_AB3130A_2014 06 25_13 54_ 0120 Run_AB3130A_2014 06 25_
22. Manager en cliquant sur l ic ne 2 S lectionner l onglet Analysis Methods M thodes d analyse Le fichier du produit Male Factor Infertility sera r pertori comme Male Factor Infertility Analysis Settings pour Male Factor Infertility ou Male Factor Infertility Y plus pour MFI Yplus 3 Cliquer sur Male Infertility Panel pour Male Factor Infertility ou Male Factor Infertility Y plus for MFI Yplus La ligne appara t pr sent surlign e 4 Cliquer sur le bouton Open Ouvrir et s lectionner l onglet Peak Detector D tecteur de pic figure 6 Figure 6 Plages d analyse Peak Detection Algorithm Advanced Ranges Peak Detection Analysis sizing Peak Amplitude Thresholds Partial Range E All Sizes B 50 R 50 Start Pt 1500 Start Size 0 z 20 0 Stop Pt 18000 Stop Size 000 G P Y 70 O 20 Smoothing and Baselining Min Peak Half Width 2 pts Smoothing None Light Polynomial Degree 3 i i Heavy Feak Window Size 15 pts Slope Threshold Peak Start Baseline Window 5i pts Size Calling Method 3nd Order Least Squares 1 3rd Order Least Squares 6 Cubic Spline Interpolation Local Southern Method 1 Global Southern Method Peak End Size Standard Normalization Enable Normalization Note For 35XX series data collection normalization only Factory Defaults ANXYAZFFR 001 Juin 2015 Page 23 sur 45 Pro
23. Produits Elucigene Male Factor Infertility Mode d emploi Elucigene Diagnostics Produits Elucigene Male Factor Infertility Mode d emploi Produit Taille Code du catalogue Elucigene Male Factor Infertilit 25 tests AZFXYB1 Elucigene MFI Yplus 10 tests AZFPLBX Utilisation pour diagnostic in vitro al par Elucigene Diagnostics Citylabs Nelson Street Manchester M13 9NQ Pour joindre le service des ventes le service clients et le service technique T 44 0 161 669 8122 F 44 0 161 669 8129 E mail enquiries elucigene com E mail techsupport elucigene com Elucigene Diagnostics est le nom commercial de Delta Diagnostics UK Limited une soci t enregistr e en Angleterre et au Pays de Galles sous le num ro 8696299 ANXYAZFFR 001 Juin 2015 Page 1 sur 45 Produits Elucigene Male Factor Infertility Mode d emploi Elucigene Male Factor Infertility La gamme de produits Elucigene Male Factor Infertility se compose d essais reposant sur de l ADN multiplex visant d terminer rapidement le statut d aneuplo die des chromosomes sexuels ainsi qu d tecter et caract riser les trois cat gories de microd l tion du chromosome Y les plus communes associ es l infertilit masculine Les kits Elucigene Male Factor Infertility sont disponibles dans les formats num r s ci dessous Pour plus d informations sur les kits de la gamme Male Factor Infertiliy visitez notre site htip
24. R E MEI Panel GeneMarker MFI UL ge A MS MLPA Size Standard GS600 U 4 QSTR H STRZ Standard Color Drange o o 4 SNaPshot Analysis Type A Trisomy 4 ll Di Save X Delete C Use last template Fragment Animal T ores ANXYAZFFR 001 Juin 2015 Page 31 sur 45 Produits Elucigene Male Factor Infertility Mode d emploi Run Wizard Assistant de traitement Data Process Traitement des donn es La fen tre Data Process Traitement des donn es du Run Wizard Assistant de traitement permet l utilisateur de s lectionner les param tres de filtrage des pics 1 S lectionner les param tres d analyse appropri s dans la fen tre Data Process Traitement des donn es tel que cela est montr dans la figure ci dessous figure 16 2 Cliquer sur Next pour continuer Remarque La plage des param tres d analyse dans la bo te de dialogue Raw Data Analysis Analyse des donn es brutes varie en fonction du polym re utilis au cours du recueil des donn es L utilisateur doit s lectionner une valeur de point de d part qui comprend le pic de marqueur de taille 60 pb Figure 16 Run Wizard Assistant de traitement Data Process Window Fen tre de traitement des donn es Run Wizard Data Process Fragment Animal Analysis Set data process options Raw Data Analysis Allele Call W Auto Range frame tal Auto Range bp 0 10000 Stat 96 End 575 Ww Smooth E
25. SENES EENE SNEEN PENS EEE EE 2 S lectionner Import Panels Importer les panels dans le menu d roulant File Fichier figure 14 ANXYAZFFR 001 Juin 2015 Page 29 sur 45 Produits Elucigene Male Factor Infertility Mode d emploi Figure 14 Importation des panels File Tools Help D Create New Panel vus T X Delete Current Panel Marker AFLPPanel E Save Changes Ctri S E Save Changes with Signal Info Save As New Panel P import Panels Import Pre defined Panels Import ABI Panels Import MRC Holland Panels Export Panel Exit E g microsat_panel Mouse X Y 5 6 B A0 Run AB31204 2014 i Dye Maker Size Left Range Right Range Range Allele Name Recombination Frequenc 601 Fun_AB91204_2014 8 0 4 0 4 3 1 00 B C01_Run_A4B31304_2014 0 00 0000000000 Panel Name AFLPPanel Ploidy 2 3 Parcourir les dossiers et importer les fichiers de panel GeneMarker MFI xml ou GeneMarker Y plus 4 R p ter ce processus selon les besoins pour d autres fichiers de panel appropri s Traiter les donn es Une fois les fichiers de donn es brutes charg s dans GeneMarker ils sont pr ts tre trait s L tape de traitement comprend l application d un marqueur de taille le filtrage des pics de bruit et la comparaison avec un panel d all les connu si cela est souhait GeneMarker combine toutes les tapes en un outil simple appel Run Wizard
26. Traitement des donn es appara t Figure 18 Les donn es brutes sont trait es et mesur es puis les param tres de filtrage et le panel s lectionn sont appliqu s 1 Cliquer sur OK dans la bo te de dialogue Traitement des donn es quand l analyse est termin e Figure 18 Bo te de dialogue de traitement des donn es Events Checking options Frocessing Samples O1 _Eun_ABS1304 2014 10 16 16 19 0285 2014 10 16 sa Completed EO1_Eun_AB31304 2014 10 16 16 19 0285 2014 10 16 sa Completed COl Eun AP313204 2014 10 16 16 19 0285 2014 10 16 sa Completed Checking Calibration 3 samples processed Analysis Time 0 40s ANXYAZFFR 001 Juin 2015 Page 33 sur 45 Produits Elucigene Male Factor Infertility Mode d emploi Fen tre principale d analyse La disposition de la fen tre principale d analyse figure 19 de GeneMarker est simple utiliser Cette disposition comprend les l ments suivants Liste des fichiers d chantillon affich e dans la partie gauche de la fen tre Image du gel synth tique affich e en haut de la fen tre lectroph rogrammes des donn es en dessous de l image du gel Tableau de compte rendu affich dans la partie droite de la fen tre Il est important de v rifier dans cette fen tre que tous les pics appropri s de chaque profil ont t correctement d nomm s Double cliquer successivement sur chaque chantillon dans l arbore
27. acons 12 000 g pendant 10 secondes l aide d embouts de pipette distincts ajouter 2 5 ul de l ADN de test dans un flacon d chantillon contenant 10 ul de m lange r actif et m langer par pipetage va et vient R p ter pour tous les chantillons tester Ne pas ajouter d ADN au flacon de PCR pour le contr le n gatif remplacer par 2 5 ul d eau distill e st rile Centrifuger bri vement les flacons jusqu ce que tout le liquide soit au fond de chaque flacon Placer fermement tous les flacons dans le bloc du thermocycleur Lancer le programme d activation 94 C suivi par le programme d amplification voir l tape 1 la fin du programme d amplification les chantillons peuvent tre conserv s temp rature ambiante jusqu au lendemain ou 2 8 C pendant une dur e maximale de 7 jours avant leur analyse par lectrophor se capillaire ANXYAZFFR 001 Juin 2015 Page 11 sur 45 Produits Elucigene Male Factor Infertility Mode d emploi lectrophor se capillaire Il est recommand chaque utilisateur de s assurer que l quipement choisi est utilis conform ment aux instructions du fabricant et qu il est compatible avec ce test Dans cette situation les param tres cl s sont le polym re et la rang e de capillaires Les conditions d lectrophor se capillaire suivantes permettent d obtenir des r sultats optimaux sur un analyseur g n tique AB13130 ou ABI3500 1 M langer 6 8 ul de marqueur de
28. ant de type sauvage pour la microd l tion du chromosome Y 2 positifs pour des microd l tions AZFa 1 pour AZFb 3 pour AZFbc et 1 pour une microd l tion AZFabc Tous les r sultats ont montr 100 de sp cificit et de sensibilit avec des r sultats pr c demment obtenus via une autre m thode tablie Un chantillon semblait d montrer une perte de pic SY86 marqueur de r gion AZFa tout en pr sentant 2 pics dans le marqueur SY134 marqueur de r gion AZFb Ce r sultat est vraisemblablement la cons quence d une d l tion mineure environ 19 pb affectant l amplicon SY86 entra nant une migration de ce produit PCR vers le segment de marqueur voisin SY134 sur l lectrophor se capillaire voir le Guide d analyse apparopri pour obtenir un exemple Limites de la proc dure Ce test est con u pour d tecter les aneuplo dies des chromosomes sexuels ainsi que les d l tions sp cifiques du chromosome X comme le d crit en d tail le mode d emploi Il peut ne pas d tecter les r organisations structurelles impliquant les chromosomes test s et ne d tectera pas les anomalies dans d autres chromosomes Il est possible que le mosa cisme ne soit pas d tect pour les chromosomes test s Remarque Les h t rozygoties des marqueurs utilis s ont t d riv s d un ensemble d chantillons au hasard soumis pour des analyses de routine et provenant d une population principalement blanche d Europe du nord Tous les calculs e
29. arted Guide Panel Male Factor Infertility_Panels txt Figure 5 Importer le fichier de segment de l essai Male Factor Infertility m Panel Manager File Edit Bins View SR ELERRILIILILE ANXYAZFFR 001 ajma L LMS HD5 V2 5 Panels SNPlex_48plex_3130_Bins LMS MD10 V2 5 Panels _ SNPlex_48plex_3130_Panels L_ LOH Getting Started Guide Panel L SNPlex_48plex_3730_Bins MERE TS QU AEG us Aa SNPlex_ 48plex_3730_Panels Male Factor Infertility_Panels L Male Infertility_bins L Male _Infertility_Panels L MA Y plus_ MA Y plus_bins L MAY plus Panels Microsatellite Getting Started Guide Panel E QSTR MI Panels L QSTR ME QSTRFL _bins L QSTR MFI Male Infertility Panel_bins QSTR MFI Panels L SNaPshot Getting Started Guide Panel Male Factor Infertiity_Male Factor Infertiity_bins txt Network Files of type AI Files Juin 2015 Page 22 sur 45 Produits Elucigene Male Factor Infertility Mode d emploi Modifier le fichier de param tres d analyse It Il peut tre n cessaire de modifier les Analysis Ranges Plages d analyse par d faut dans les param tres d analyse QST R pour repr senter la variance locale des conditions d analyse La plage minimum d analyse d pendra du capillaire et du polym re utilis s pendant la collecte des donn es Proc dure pour visualiser les param tres d analyse actuels 1 Ouvrir GeneMapper
30. duits Elucigene Male Factor Infertility Mode d emploi Proc dure pour d terminer la plage d analyse adapt e votre laboratoire de Dans la fen tre principale GeneMapper double cliquer sur le dossier de traitement import pour visualiser la liste des fichiers fsa qu il contient S lectionner un fichier fsa Cliquer sur l onglet Raw data Donn es brutes pour afficher l lectroph rogramme des donn es brutes En utilisant le premier pic du marqueur de taille par ex GS600LIZv2 de 60 pb comme r f rence s lectionner un point de donn es sup rieur d environ 100 points de donn es figure 7 Cela permet de d terminer le point le plus bas dans la plage analysable S assurer que la plage maximale d analyse inclut le plus grand pic du marqueur de taille GS600LIZv2 de 600 pb Saisir les nouvelles valeurs dans le fichier d analyse en y acc dant comme d crit ci dessus Figure 7 D termination de la plage minimale l aide des donn es brutes d chantillon Info Raw Data EPT Data frag_007_D09 fsa 0 10000 8000 6000 1000 2000 3000 4900 5000 6000 60 80 100 ANXYAZFFR 001 Juin 2015 Page 24 sur 45 Produits Elucigene Male Factor Infertility Mode d emploi Analyse des fichiers de panel Male Factor Infertility import s 1 Dans la fen tre principale GeneMapper s lectionner Male Factor Infertility Table Setting Param tres de tableau Male Factor Infertility figure
31. e Les symboles repr sentent diff rents marqueurs et peuvent tre d chiffr s partir de la ligne Symbol Symbole dans Report Table Tableau de compte rendu Les symboles jaunes pleins repr sentent les points de donn es de l chantillon actuel Les symboles liser rouge repr sentent les d nominations de trisomie Remarque Le Corrected Ratio Plot Graphe de rapport corrig appara t sur la deuxi me page pour chaque chantillon uniquement quand Ratio Plot Graphe de rapport est s lectionn dans la bo te de dialogue Trisomy Print Report Settings Param tres d impression du compte rendu de trisomie ANXYAZFFR 001 Juin 2015 Page 38 sur 45 Produits Elucigene Male Factor Infertility Mode d emploi ANNEXE 1 tiquettes des fluorochromes Les marqueurs sont tiquet s comme suit Male Factor Infertility NED sY127 MFI Y plus ANXYAZFFR 001 Juin 2015 Page 39 sur 45 Produits Elucigene Male Factor Infertility Mode d emploi ANNEXE 2 Tableau de l emplacement du marqueur h t rozygotie observ e plage de taille d all le Male Factor Infertility Couleur du fluorochrome de marquage H t rozygotie Plage de segment Marqueur Emplacement been ee pb E Xp22 11 Yp11 2 485 495 MFI Y plus 010 fluorochrome de Marqueur Emplacement Plage de segment Couleur du marquage Yq11 223 517 537 Les h t rozygoties observ es sont bas es sur un nombre d all les
32. e approfondie Analyse approfondie Extr mit proximale Extr mit proximale V rification du marqueur sY82 sY83 sY1064 SY105 sY121 SY1224 d h t rochromatine Extr mit distale Extr mit distale sY160 sY1065 SY118 SY88 sY143 5Y1192 sY153 Marqueurs non concordants D l tion compl te AZFa ou D l tion compl te AZFc avec la d l tion compl te AZFb B2 b4 ou terminal sY160 Ph notype variable de sperme Chance de TSE pratiquement Chance de TESE d environ 50 d l tion b2 b4 testiculaire nulle Rapport comprenant des Rapport comprenant des Rapport comprenant des conseils en g n tique conseils en g n tique conseils en g n tique d pistage chez les hommes Caryotype possible 45 mosa cisme X d pistage chez les hommes de la famille dela famille Figure 2 Diagramme pr sentant les cons quences cliniques de la d couverte de chaque type de microd l tion de chromosome Y commune Krausz et al 2014 ANXYAZFFR 001 Juin 2015 Page 5 sur 45 Produits Elucigene Male Factor Infertility Mode d emploi Avertissements et pr cautions JE Le contr le ADN normal fourni avec les kits a t test de mani re ind pendante et s est av r n gatif pour le virus de l h patite B VHB le virus de l h patite C VHC et les virus de limmuno d ficience humaine VIH 1 et 2 Des pr cautions doivent tre prises lors de la manipulation de mat riel d origi
33. e nombre de copies o deux all les d un STR sp cifique du chromosome sont d termin s par la technique QF PCR sous forme de deux pics avec un rapport 1 1 La pr sence d un all le de STR suppl mentaire sous la forme d un ensemble de trois pics avec un rapport 1 1 1 ou un ensemble de deux pics avec un rapport 2 1 ou 1 2 est un diagnostic de la pr sence d une s quence suppl mentaire qui peut son tour repr senter un chromosome suppl mentaire ii D tection de la microd l tion du chromosome Y En 2004 l Acad mie Europ enne d Andrologie EEA et le R seau europ en d assurance qualit en g n tique mol culaire EMQN ont sugg r une s rie d orientations concernant les meilleures pratiques pour les tests visant d tecter les microd l tions du chromosome Y en valuant 2 marqueurs STS sequence tagged site par PCR pour chaque r gion de d l tion AZFa sY84 et SY86 AZFb sY127 et sY134 et AZFc sY254 et sY255 8 En 2014 ces orientations ont t modifi es pour inclure l analyse approfondie en poursuivant la caract risation et le dimensionnement des microd l tions de la r gion AZF d tect es en utilisant un jeu de marqueurs d finis s par ment AZFa sY82 sY1182 sY83 et sY88 AZFb sY105 sY121 sY143 et sY153 AZFc sous type gr gr SY1191 et sY1291 2 La poursuite de la caract risation des microd l tions de la r gion AZF est utile compte tenu de la plus grande probabilit d obtenir un sperme f
34. elucigene com product category reproductive health ANXYAZFFR 001 Juin 2015 Page 9 sur 45 Produits Elucigene Male Factor Infertility Mode d emploi Pr l vement et stockage d chantillons Les chantillons de sang total EDTA ont t valu s comme compatibles avec le pr sent test Il a t not dans certains cas que les dispositifs de pr l vement d chantillons ont endommag la coh rence de certains analytes et peuvent interf rer avec certaines proc dures m thodologiques 9 Il est recommand chaque utilisateur de s assurer que l quipement choisi est utilis conform ment aux instructions du fabricant et que les dispositifs de pr l vements d chantillons sont compatibles avec ce test Les chantillons sanguins doivent tre conserv s 20 C avant la pr paration de l ADN viter de congeler et d congeler r p tition Pr paration de l ADN partir d chantillons de sang total EDTA Les r sultats sont obtenus d une mani re constante avec l ADN extrait en utilisant le QlAamp 96 DNA Blood Kit ou le QlAamp DNA Mini Kit en utilisant la prot inase K selon le protocole d crit dans le manuel QlAamp en commen ant avec 200ul de liquide de sang total puis en luant avec 200ul d eau de qualit biologie mol culaire Concentration de l ADN En appliquant les conditions PCR et les param tres d injection d chantillons recommand s voir la note dans la section lectrophor se capillaire sp cifi
35. ensemble de filtres G5 L ensemble de filtres G5 d tecte les fragments marqu s au 6 FAM bleu au VIC vert au NED jaune et au PET rouge plus le marqueur de taille marqu au LIZ orange sur un lectrophor gramme et dans le programme GeneMapper ou GeneMarker htip www elucigene com product category reproductive health Remarque importante Diff rentes combinaisons d appareils de polym res et de marqueurs de taille peuvent produire une l g re variation dans la d nomination des tailles Au cours de la validation du kit les utilisateurs doivent v rifier que les param tres de segment par d faut produisent un tiquetage pr cis des pics et les ajuster si n cessaire En cas de difficult s veuillez contacter le support technique techsupport elucigene com pour obtenir des conseils ANXYAZFFR 001 Juin 2015 Page 16 sur 45 Produits Elucigene Male Factor Infertility Mode d emploi Analyse g n rale des orientations applicables l ensemble des produits Male Factor Infertility 1 Le contr le n gatif ne doit montrer aucun pic prononc dans la plage de lecture comprise entre 100 et 550 pb 2 Le contr le positif doit montrer les r sultats attendus et tous les pics doivent r pondre aux crit res ci dessous 3 Pour l analyse de l aneuplo die des chantillons d ADN au moins un pic doit tre observ pour chaque marqueur test La plage acceptable pour les pics de marqueur analys s sur l analyseur g n tique
36. ffectu s en utilisant ces h t rozygoties s appliquent strictement a la population dont proviennent les chantillons Une petite tude utilisant des chantillons d riv s localement peut tre r alis e dans le cadre d une tude de validation pour tablir les h t rozygoties dans la population tester Il n est pas attendu que les variations de population modifient significativement la valeur informative globale du test Plus de d tails sur les produits Elucigene sont disponibles l adresse http www elucigene com ANXYAZFFR 001 Juin 2015 Page 44 sur 45 Produits Elucigene Male Factor Infertility Mode d emploi R f rences 1 Poongothai J Gopenath TS Manonayaki S Genetics of human male infertility Singapore Medical Journal 2009 Apr 50 4 336 47 2 Krausz C Hoefsloot L Simoni M Tuttelmann F European Academy of Andrology European Molecular Genetics Quality Network EAA EMQN best practice guidelines for molecular diagnosis of Y chromosomal microdeletions state of the art 2013 Andrologie 2014 Jan 2 1 5 19 3 Mansfield E S Diagnosis of Down syndrome and other aneuploidies using quantitative polymerase chain reaction and small tandem repeat polymorphisms Human Molecular Genetics 1993 2 1 43 50 4 Mann K Fox SP Abbs SJ Yau SC Scriven PN Docherty Z Mackie Ogilvie C Development and implementation of a new rapid aneuploidy diagnostic service within the UK National Health Service and implications for the fu
37. ge de l injection Des chantillons pr c demment amplifi s peuvent tre r inject s plusieurs fois pour une nouvelle analyse Analyse des donn es apr s la PCR AB13130 GENETIC ANALYZER ANALYSEUR G N TIQUE La gamme de produits Male Factor Infertiliy a t con ue pour tre compatible avec le produit Elucigene CFEU2v1 Ainsi les produits Male Factor Infertility peuvent tre trait s en utilisant les modules de s rie et les param tres CFEU2v1 existants Par ailleurs un module de s rie Male Factor Infertility MFI s par peut tre cr par l utilisateur comme suit Cr er une fiche d chantillon l aide du logiciel de collecte des donn es 3130 en utilisant les param tres suivants e Nom de l chantillon doit tre le m me nom ou num ro sp cifique de l chantillon e Propri taire de la s rie s lectionner le propri taire par d faut du laboratoire e Protocole de la s rie MFI contient le module de s rie MFI 3130 Remarque Il est n cessaire de cr er un module de s rie d taillant les param tres de l instrument et de l affecter ensuite un protocole de s rie dans lequel l ensemble de fluorochromes G5 a t s lectionn Pour de plus amples informations sur la cr ation de modules de s rie veuillez consulter le manuel utilisateur de votre instrument ANXYAZFFR 001 Juin 2015 Page 12 sur 45 Produits Elucigene Male Factor Infertility Mode d emploi 3130 RUN MODULE MODULE DE
38. gies GeneAmp 9700 Life Technologies Veriti Dx fonctionnant en mode standard Life Technologies Veriti Dx fonctionnant en mode simulation 9700 Life Technologies Proflex fonctionnant en mode standard Life Technologies Proflex fonctionnant en mode simulation 9700 lectrophor se capillaire lectrophor se capillaire Polym re POP 7 ABI Cat No 4352759 10x tampon analyseur g n tique ABI Cat No 402824 et formamide Hi Di ABI Cat No 4311320 GeneScan 600v2 LIZ marqueur de taille ABI Cat No 4408399 et DS 33 ensemble de fluorochromes G5 matrice standard ABI Cat No 4345833 Analyseurs g n tiques Applied Biosystems ABI 3130 et 3500 avec logiciel GeneMapper rang e de capillaires de 36 cm rang e de capillaires de 50 cm pour l analyseur g n tique 3500 plaques optiques de 96 puits septas pour 96 puits cassettes de 96 puits Analyse des donn es L un des progiciels d analyse de donn es suivant est requis GeneMapper 3 7 Applied Biosystems Inc ou version ult rieure ou GeneMarker 1 65 SoftGenetics LLC ou version ult rieure Documentation suppl mentaire produit Elucigene Male Factor Infertility Ce mode d emploi inclut un paragraphe de base sur l interpr tation des r sultats obtenus Un Guide d interpr tation compl mentaire pour les produits Elucigene Male Factor Infertility avec des exemples un glossaire ainsi qu un Guide du logiciel d analyse sont disponibles sur le site web d Elucigene htip www
39. i Mat riel fourni Kit Elucigene Male Factor Infertility Chaque kit contient Elucigene Male Factor Infertility TA Code de r f rence 450208 1 m lange r actif x 250 ul 25 tests contenant des amorces pour amplifier les STR sp cifiques des chromosomes X et Y s quence courte r p t e en tandem et les marqueurs non STR ainsi que les marqueurs de microd l tion du chromosome Y Voir l annexe 2 pour les d tails sur les marqueurs de chaque kit Le m lange r actif contient galement de l ADN polym rase et des d soxynucl otides triphosphates dans un tampon Contr le ADN DC Code de r f rence 404489 1 fiole x 50 ul de contr le ADN normal pour les marqueurs de d tection de l aneuplo die des chromosomes sexuels et pour les marqueurs de d l tion du chromosome Y dans l essai Elucigene Male Factor Infertity Kit Elucigene MFI Y plus Chaque kit contient Elucigene MFI Yplus TA Code de r f rence 450211 1 x 100 ul 10 tests de m lange r actif contenant des amorces pour amplifier les marqueurs de chromosome Y Voir l annexe 2 pour les d tails sur les marqueurs de chaque kit Le m lange r actif contient galement de l ADN polym rase et des d soxynucl otides triphosphates dans un tampon Contr le ADN DC Code de r f rence 404489 1 fiole x 50ul de contr le ADN normal pour les marqueurs de d l tion du chromosome Y dans l essai Elucigene MFI Ypl us Pr paration et conservation du kit Apr
40. igene Male Factor Infertility Mode d emploi R sum et explication Statistiquement 10 15 des couples ont des difficult s concevoir un enfant l infertilit masculine p ex faible nombre de spermatozo des tant une cause sous jacente dans environ 50 des cas Bien que l infertilit masculine soit le plus souvent d origine inconnue des tudes ont d montr que l aneuplo die des chromosomes sexuels et les microd l tions des r gions sp cifiques du chromosome Y peuvent jouer un r le 1 Le syndrome de Klinefelter est l aneuplo die des chromosomes sexuels la plus fr quemment associ e l infertilit masculine La pr valence de ce syndrome est de 1 500 1 650 nouveaux n s de sexe masculin Le plus souvent la cause en est la pr sence d une copie suppl mentaire du chromosome X caryotype 47 XXY cette mutation tant le d faut g n tique le plus fr quemment observ dans l infertilit masculine Les microd l tions du chromosome Y sont la deuxi me cause g n tique d infertilit masculine la plus fr quente 2 elles sont caract ris es par la pr sence de microd l tions dans trois r gions AZFa AZFb AZFc d tect es dans jusqu 7 des cas d oligospermie faible num ration de spermatozo des et 13 des azoospermies non obstructives absence de spermatozo des 1 Ces microd l tions sont dues la recombinaison homologue de s quences r p titives dans ces r gions et les m canismes mol culaires
41. ile Extension lt Nonez Run Folder Name Format Example PiDiagnostics DevelopmentiDiag Dev 3100 ProjectsiCF HNCF UK 31 30 runsi lt instr Prefix M Name Delimiter E lt none gt Sur le 3500 la convention de nom de fichier doit tre d finie de mani re inclure le nom de l chantillon dans le nom du fichier fsa p ex MFI JJMMAAAA 1234 5 A AO E test Create New File Name Convention Setup a File Name Convention Name is a required field Provide a unique value Name Color Select File Name Attributes Preview of File Name lt Sample Name gt Available Attributes Selected Attributes Amplicon Name Add Sample Name balla Analysis Protocol Name Assay Name Capillary Number Custom Text1 Custom Text2 Move Up Custom Text3 Mata af Dors Move Down Delimiters Select a delimiter Underscore m F Add between attributes Add a custom value to available attributes optional Custom Text L Custom Text 2 Custom Text 3 Select File Location Default File Location D Applied Biosystems 3500 Data Custom File Location De Apply to Plate Save to Library ANXYAZFFR 001 Juin 2015 Page 15 sur 45 Produits Elucigene Male Factor Infertility Mode d emploi Analyse et interpr tation des r sultats Interpr tation g n rale des r sultats Les produits PCR sont observ s comme un syst me marqu par 5 fluorochromes utilisant un
42. in Set Fichier Importer ensemble de segments Parcourir les dossiers et importer le fichier de segment GeneMapper Male Factor Infertility Male Factor Infertility_ bins txt Figure 5 Pour MFI Yp us veuillez s lectionner MFI Y plus_ MFI Y plus_bins txt 6 Cliquer sur Apply Appliquer puis sur OK gt ANXYAZFFR 001 Juin 2015 Page 21 sur 45 Produits Elucigene Male Factor Infertility Mode d emploi Figure 4 Importer le fichier de panel de l essai Male Factor Infertility Panel Manager File Edit Bins View Kit Name QC CFEU2ZV1 CF Iberian Panel MFI reflex CF UK QSTR MI CF4y2 CFEUZ QSTR QSTRPL TRP F MFI Y plus Devyser CFTR Core 0 Male Factor Infertility CFEUZv1 QSTR MFI CF Iberian CF lyacaftor Panel Devyser CFTR Core C Male Factor Infertility 1 2 3 4 5 6 Fd 8 9 10 11 12 13 14 15 16 amp 6 OT L LMS HDS V235 Panels L SNPlex_48plex_3130_Bins LMS MD10 V2 5 Panels L SNPlex_48plex_3130_Panels LOH Getting Started Guide Panel L_ SNPlex_48plex_3730_Bins L_ Male Factor Infertility_Male Factor Infertility_bins _ SNPlex_48plex_3730_Panels iMale Factor Infertility Panels Male Infertility_bins Male_Infertility_Panels MFI Y plus_MFI Y plus_bins MFI Y plus_Panels Microsatellite Getting Started Guide Panel QSTR MI Panels QSTR MI QSTRFL_bins QSTR MFI_Male Infertility Panel_bins QSTR MFI_Panels SNaPshot Getting St
43. lity ou MFI Yplus sont r alis s en combinaison avec l essai Elucigene CFEU2 fibrose cystique le param tre de marqueur de taille CFEU2 peut tre utilis en lieu et place ANXYAZFFR 001 Juin 2015 Page 20 sur 45 Produits Elucigene Male Factor Infertility Mode d emploi Importer les param tres Male Factor Infertility dans Panel Manager Les param tres de panel et de segment Male Factor Infertility et MFI Y plus pour GeneMapper doivent tre import s Ce processus est contr l par l interface Panel Manager Gestionnaire de panel Les param tres de panel et de segment GeneMapper sp cifiques au produit Male Factor Infertility sont disponibles sur le site Internet de Elucigene htip www elucigene com product category reproductive health 1 Ouvrir l application Panel Manager Gestionnaire de panel en cliquant sur l ic ne 2 Cliquer sur Panel Manager Gestionnaire de panel dans la fen tre de navigation de gauche Le Gestionnaire de panel appara t pr sent surlign en bleu 3 S lectionner File Import Panels Fichier Importer panels Parcourir les dossiers et importer le fichier de panel GeneMapper Male Factor Infertility_Panels txt Figure 4 Pour MFI Yplus veuillez s lectionner MFI Y plus Panels txt 4 Le fichier de panel appara t pr sent dans la fen tre de navigation de gauche Cliquer sur le fichier de panel pour qu il soit surlign en bleu 5 S lectionner File Import B
44. ls AVERTISSEMENT GeneMapper affecte des tiquettes uniquement pour un maximum de 2 pics par marqueur Il est donc possible qu une modification manuelle des profils soit requise c d lors de l affectation d tiquettes aux 3e pics le cas ch ant ou de la suppression d tiquettes de pics parasites stutters Pour ajouter une tiquette de pic cliquez avec le bouton de gauche sur le pic non tiquet L utilisateur aura l option d ajouter un commentaire d all le Cliquer sur OK Le pic sera maintenant tiquet avec sa taille en paires de bases et sa surface de pic Le tableau incorpore automatiquement le pic qui vient d tre tiquet Pour supprimer une tiquette de pic cliquez avec le bouton de gauche sur l tiquette du pic L utilisateur aura l option de supprimer le commentaire d all le Cliquer sur OK L tiquette du pic est ensuite supprim e Le tableau retire automatiquement les donn es du pic supprim Copier les donn es de tableau 1 Surligner toutes les lignes dans le tableau au bas de la fen tre de graphe 2 Copier les lignes s lectionn es en appuyant sur les touches Ctrl C ANXYAZFFR 001 Juin 2015 Page 26 sur 45 Produits Elucigene Male Factor Infertility Mode d emploi Guide d analyse GeneMarker Ajouter des fichiers d chantillons GeneMarker Ouvrir le fichier de l application Genemarker et s lectionner Open Data gt Ouvrir donn es l invite La bo te
45. n L achat de ce produit conf re l acheteur le droit non transf rable d utiliser uniquement la quantit de produit et les composants achet s seulement pour le diagnostic in vitro humain et uniquement dans le cadre de l indication clinique d crite dans les modes d emploi De plus amples informations sur l obtention des droits d utilisation de ce produit ou ses composants peuvent tre obtenues en contactant outlicensing lifetech com Copyright 2015 Delta Diagnostics UK Ltd ANXYAZFFR 001 Juin 2015 Page 45 sur 45
46. ne Print Imprimer situ e dans la barre d outils en haut gauche de la fen tre Trisomy Analysis Analyse de trisomie CP La fen tre Trisomy Print Settings Param tres d impression de trisomie s ouvre figure 22 Trisomy Print Settings Window Fen tre des param tres d impression de trisomie La fen tre Trisomy Print Settings param tres d impression de trisomie montre le d tail des options d inclusion et d affichage des donn es d chantillon dans le compte rendu GeneMarker S lectionner les options tel que d crit dans la figure 22 S assurer que Custom Size Range Plage de taille personnalis e est r gl e sur 98 pb pour Start D but et 600 pb pour End Fin Figure 22 Trisomy Print Settings Window Fen tre des param tres d impression de trisomie Samples All Samples C Selected Samples Markers Ratio Plot All Markers Show Population C Selected Markers al C Show Sample Only Report Table Iv Show Allele Name v Show Peak Height Area V Show Peak Ratio Show Trisomy Scores Electropherogram Size Range C Show Current Size Range C Show All Markers Size Range Show Custom Size Range Start bp 28 End bp 510 Scale data to highest peaks within size range amp Ok X Cancel ANXYAZFFR 001 Juin 2015 Page 37 sur 45 Produits Elucigene Male Factor Infertility Mode d emploi Afficher l aper u du compte rendu GeneMarker Cliquer Preview Aper u pour
47. ne humaine Tous les chantillons doivent tre consid r s comme potentiellement infectieux Aucune m thode d analyse ne peut garantir totalement l absence du VHB du VHC du VIH ou d autres agents infectieux La manipulation des chantillons et des composants du test leur utilisation leur conservation et leur limination doivent respecter les proc dures d finies par les recommandations ou les r glementations nationales appropri es en mati re de s curit biologique Conform ment aux bonnes pratiques de laboratoires actuelles les laboratoires doivent traiter leurs propres chantillons internes de CQ de type connu avec chaque analyse afin d valuer la validit de la proc dure Si l emballage du kit est endommag le contenu peut l tre aussi ne pas utiliser le kit et contacter le service clients ANXYAZFFR 001 Juin 2015 Page 6 sur 45 Produits Elucigene Male Factor Infertility Mode d emploi Symboles utilis s sur les tiquettes Les symboles utilis s sur l ensemble des tiquettes et conditionnements respectent la norme harmonis e ISO 15223 Fabricant Nombre de tests a lt E Voir le mode d emploi Conserver en dessous de la temp rature indiqu e Utiliser avant la date indiqu e REF Code du catalogue LO Num ro de lot ou de s rie E Dispositif m dical de diagnostic in vitro g ANXYAZFFR 001 Juin 2015 Page 7 sur 45 Produits Elucigene Male Factor Infertility Mode d emplo
48. nhanced Smooth Peak Detection Threshold W Peak Saturation fe Baselne Subtraction Min Intensity 50 Max Intensity 20000 E Fr Erh d Baseline Subtracti ak a SDS OT Percentage Global Max W Pullup Correction W Spike Removal Local Region gt 35 l Local Max Ww Stutter Peak Filter We Plus Filter Left 64 Right 2 s Size Call Local Southern Cubic Splnef Large Size Load Default Save Default lt lt Back Cancel Remarque Pour les donn es du 3500 augmenter le param tre Minimum Intensity Intensit minimale 150 ANXYAZFFR 001 Juin 2015 Page 32 sur 45 Produits Elucigene Male Factor Infertility Mode d emploi Run Wizard Assistant de traitement Param tres suppl mentaires Aucun param tre suppl mentaire n est requis figure 17 1 Cliquer sur OK pour continuer Figure 17 Run Wizard Assistant de traitement Param tres suppl mentaires r Run Wizard Additional Settings Fragment Animal Analysis Set additional options related to the different analysis type llelic Ladder NONE llele Evaluation Peak Score Reject lt 1 00 Check 17 00 lt Pass lt lt Back Cancel Bo te de dialogue de traitement des donn es Apr s avoir cliqu sur OK dans la bo te de dialogue Additional Settings Param tres suppl mentaires du Run Wizard Assistant de traitement la bo te de dialogue Data Processing
49. onctionnel chez les patients ayant des microd l tions partielles par rapport aux patients pr sentant une d l tion compl te d une ou plusieurs de ces r gions Par exemple la microd l tion gr gr une sous d l tion AZFc est g n ralement associ e un ph notype plus mod r que celui observ dans les cas de d l tions compl tes En effet l importance clinique de cette sous d l tion varie en fonction du bagage g n tique qui est consid r comme responsable d un ph notype de sous fertilit chez certaines populations et m me consid r comme fixe chez certains hablotypes de chromosome Y fr quents au sein de la population japonaise sans incidence sur la num ration de spermatozo des Les amorces marqu es par fluorescence sp cifiques pour la s quence qui accompagnent ces marqueurs amplifient la s quence de type sauvage tandis que la perte du pic de diagnostic de type sauvage r v le une microd l tion couvrant ce marqueur STS Les produits amplifi s issus de la technique QF PCR sont analys s de fa on quantitative sur un Genetic Analyzer Analyseur g n tique par lectrophor se capillaire pour d terminer la fois le nombre de copies des marqueurs STR analys s et le statut de d l tion des marqueurs STS du chromosome Y ANXYAZFFR 001 Juin 2015 Page 4 sur 45 Produits Elucigene Male Factor Infertility Mode d emploi D l tion de D l tion de D l tion de sY84 sY86 sY127 sY134 SsY254 sY255 Analys
50. osomes X Le marqueur SRY sp cifique de Y produit un seul pic chez les hommes normaux et n amplifie pas chez les femmes normales Analyse des marqueurs de microd l tion du chromosome Y Male Factor Infertility et MFI Y plus Tous les marqueurs de microd l tion du chromosome Y sont repr sent s par un pic unique La perte d un pic correspond la microd l tion de cette r gion Le marqueur ZFX ZFY repr sente des s quences la fois sur les chromosomes X et Y L amplicon g n r partir des deux s quences n tant pas distinguable par la taille ce marqueur donnera un pic unique ind pendamment du sexe de l chantillon Ce marqueur n est pas destin une utilisation diagnostique il sert de contr le d amplification ANXYAZFFR 001 Juin 2015 Page 18 sur 45 Produits Elucigene Male Factor Infertility Mode d emploi Guide d analyse GeneMapper Importer et analyser les fichiers du produit Male Factor Infertility 1 Ouvrir le fichier de l application GeneMapper 2 Cliquer sur afin d ajouter les fichiers de donn es un nouveau projet Naviguer l endroit de stockage des fichiers de donn es brutes fsa s lectionner les fichiers de donn es appropri s et cliquer sur le bouton Add to List gt gt Ajouter la liste gt gt 3 Le dossier de traitement appara t pr sent dans la zone Samples to Add Echantillons ajouter Double cliquer sur l ic ne du dossier de traitement dans cet
51. pos Le dispositif est destin un usage professionnel exclusivement en milieu de laboratoire mol culaire ou cytog n tique Male Factor Infertility Yplus MFI Yplus Kit compl mentaire contenant des marqueurs du chromosome Y suppl mentaires utiliser en combinaison avec Male Factor Infertility pour la caract risation in vitro de routine des trois microd l tions du chromosome Y les plus couramment associ es l infertilit masculine Ce kit est disponible pour l analyse approfondie et la caract risation des microd l tions du chromosome Y d tect es en utilisant le kit Male Factor Infertility La m thode employ e par le kit Elucigene Male Factor Infertility est la technique de r action en cha ne par polym rase fluorescence quantitative QF PCR Quantitative Fluorescence Polymerase Chain Reaction Les dispositifs sont destin s l utilisation sur un ADN extrait du sang total EDTA ils ne doivent pas servir pour d autres matrices de test La population cible est compos e de patients masculins chez lesquels une infertilit est suspect e et test s positifs pour une microd l tion du chromosome Y Le dispositif est destin l utilisation combin e avec d autres proc dures de diagnostic pour tayer ou infirmer le diagnostic clinique propos Le dispositif est destin un usage professionnel exclusivement en milieu de laboratoire mol culaire ou cytog n tique ANXYAZFFR 001 Juin 2015 Page 2 sur 45 Produits Eluc
52. r tt Cam MN Fun AB3t 203211471146 181 ANXYAZFFR 001 1 EI FuLAB5l 2 214 16 15 NE D OI Fun 231 2714 16 151 Gal image EUO EZXC EAC 20 ran 120 AU r N FM FM HO CIN 408 ENS ENS 2O ZE 2408 LAN LE 4ELE 410 SOO ALTO 2400 SEC 20 EC 6 227 6 423 6293 6 293 1 22 Ar Aan SIN MAIR 1619 OS 20 41016 es Juin 2015 Page 28 sur 45 Produits Elucigene Male Factor Infertility Mode d emploi Importer les param tres de panel Male Factor Infertility pour GeneMarker Les param tres de panel Male Factor Infertility pour GeneMarker doivent tre import s Ce processus est contr l par l interface Panel Editor Editeur de panel Les param tres de panel Male Factor Infertility sont disponibles sur le site Internet de Elucigene www elucigene com product category reproductive health 1 Ouvrir Panel Editor diteur de panel dans le menu d roulant Tools Outils Figure 13 Figure 13 S lection de l diteur de panel yh Corebtaiee Linnrtedt s a Fie Ven Pojat Gppikatiors Toos Hep E aT ETETA z Ea LU Sire Tenpire Ednor i Fi wi Bimas Midi tt i i EES STE Cu image SV RMA AE DIO Mecemelesehs A n M Em Ar ARNI t0 tre Camerman Pon no smm amami u Patigues Fie Name Matrh Fit Masse Group Toal c we 1 900 1X0 1400 La tte 2002 2291 242 Ime Be is Fur 49 499 4 320 500 SAIO 2400 SELLE 2608 GEI EXC ACC SEL aeoo TONI 7 222 1 492 1220 EI 2002 2221 54 l OL N CEEA E
53. ram tre Minimum Intensity Intensit minimale 150 Trisomy Analysis Settings param tres d analyse de trisomie Deux onglets sont disponibles dans la bo te de dialogue Trisomy Analysis Settings Param tres d analyse de trisomie 1 Onglet Analysis Analyse 2 Onglet Statistics Plot Graphe des statistiques Onglet Analysis Analyse L onglet Analysis Analyse offre des options de param trage du seuil pour l analyse de trisomie Il convient de s assurer que BPG est s lectionn dans la bo te d analyse et que les param tres suivants sont affich s e Peak Height Hauteur de pic 50 Hauteur minimale de 50 pour la d nomination des pics 150 pour les donn es du 3500 e Height Ratio Rapport de hauteur 30 Pourcentage maximum du pic principal devant tre atteint par le deuxi me pic pour que deux all les soient identifi s Quantification by Peak Area Quantification par surface de pic Option Shorter Length Longer Length Longueur plus courte longueur plus longue coch e Les seuils pour Trisomy Ratio Rapport de trisomie sont de 0 80 1 40 Option Apply Linear Correction Appliquer la correction lin aire d coch e e Cliquer sur OK ANXYAZFFR 001 Juin 2015 Page 35 sur 45 Produits Elucigene Male Factor Infertility Mode d emploi Fen tre Trisomy Analysis Analyse de trisomie La fen tre Trisomy Analysis Analyse de trisomie figure 21 permet l utilisateur d examiner les donn
54. s ouverture du kit il est recommand de distribuer le m lange r actif dans les flacons de PCR de 0 2 ml en volumes de 10 ul et de les congeler 20 C Il convient de s assurer que le contenu des flacons est compl tement d congel et m lang avant la distribution Le contr le ADN doit tre congel 20 C ANXYAZFFR 001 Juin 2015 Page 8 sur 45 Produits Elucigene Male Factor Infertility Mode d emploi Mat riel n cessaire mais non fourni G n ral Consommables de laboratoire gants tubes de microcentrifugation avec bouchons vis flacons de PCR de 0 2 ml ou plaques de microtitration recommand s par le fabricant du thermocycleur utilis embouts de pipette quipement de laboratoire pipettes de pr cision 2 jeux 1 pour la manipulation pr amplification et 1 pour la manipulation post amplification pipettes d placement positif de pr f rence v tements de protection vortexeur micro centrifugeuse centrifugeuse pour plaques de microtitration de 96 puits Amplification par PCR Thermocycleur adapt pour des plaques de microtitration de 96 puits ou des flacons de 0 2 ml avec une pr cision de temp rature de 1 dans la plage de 33 100 et une uniformit statique de temp rature de 1 C Male Factor Infertility et MFI Yplus ont t valid s et leur conformit aux sp cifications a t d montr e sur les plateformes de thermocycleur recommand es suivantes Life Technolo
55. scence des fichiers d chantillon du c t gauche de l cran Cliquer avec le bouton droit sur les pics en question et choisir dans les options de la bo te de dialogue par ex modifier ou supprimer l all le confirmer ou annuler la confirmation selon le cas Dans la fen tre Main Analysis Analyse principale s lectionner l option de menu d roulant Applications en haut de l cran S lectionner Trisomy Analysis Analyse de trisomie La bo te de dialogue Trisomy Analysis Settings Param tres d analyse de trisomie s ouvre alors figure 20 Figure 19 Fen tre principale d analyse Y Gerets TESTZ F UE Fi on L Pruext Aspi v Tusti 2 5 LIFFAS B a8BE JAB IR lsrfte H Report Siid es B iie SIL TAF zut xpa ANXYAZFFR 001 Juin 2015 Page 34 sur 45 Produits Elucigene Male Factor Infertility Mode d emploi Figure 20 Bo te de dialogue des Trisomy Analysis Settings param tres d analyse de trisomie a Trisomy Analysis Settings Analysis by C Classic BPG Aneuploidy Peak Height gt 50 Height Ratio gt 30 00 Max Quantification by C Peak Height Peak rea Trisomy Ratio M Shorter Length Longer Length Apply Linear Correction Trisomy lt 10 80 or gt 11 40 MW Inconclusive Range gt 10 65 to lt 0 80 or gt 1 40 to lt 1 80 Save Parameters when Save Report Cancel Remarque Pour les donn es du 3500 augmenter le pa
56. te fen tre pour afficher chaque fichier fsa importer Ajouter ensuite les chantillons en cliquant sur en bas de l cran Les fichiers de donn es apparaissent pr sent dans l cran principal de GeneMapper figure 2 Figure 2 chantillons pr ts tre ajout s au projet File Edit Analysis View Tools Help o E CP ui A LL A gt g Table Setting QSTR Table Settings v02 m 2 oo Project Samples Status Sample File Sample Name Sample ID Comments Sample Type SFN Analysis Method Panel Size Standard Matrix SNP Set Run Name 1 CI 2 Add Samples to Project 2 Edit View Files GM Database Samples To Add AA IERun_AB3130A_2014 03 19_15 10_0020 2 Run_AB3130A_2014 03 19_15 10_0020 ji Run_AB3130A_2014 04 10_09 20_0032 A01_Run_AB3130A_2014 03 19_15 10_0020_2014 03 19 fsa Qi Run_AB3130A_2014 04 14_14 24_ 0033 amp A02_Run_AB3130A_2014 03 19_15 10_0020_2014 03 19 fsa 4 ji Run_AB3130A_2014 04 14_14 24_0034 B01_Run_AB3130A_2014 03 19_15 10_0020_2014 03 19 fsa Jo Run_AB3130A_2014 04 14_14 24_0035 B02_Run_AB3130A_2014 03 19_15 10_0020_2014 03 19 fsa IJ Run_AB3130A_2014 04 14_14 24 0036 amp C01 Run_AB3130A_2014 03 19_15 10_0020_2014 03 19 fsa di Run_AB3130A_2014 04 14_14 24 0037 C02_Run_AB3130A_2014 03 19_15 10_0020_2014 03 19 fsa Run_AB3130A_2014 04 14_14 24_0038 amp D01_ Run_A
57. ts Elucigene Male Factor Infertility Mode d emploi Caract ristiques des performances Validation interne 24 chantillons d ADN extraits du sang total ont t test s l aveugle en utilisant l essai Elucigene Male Factor Infertility 1 chantillonnage n a pas r ussi amplifier ceci tant d une faible concentration et mauvaise qualit d ADN Sur les chantillons ayant produit des r sultats interpr tables 9 taient normaux 2 pr sentaient une microd l tion dans la r gion AZFa 6 des microd l tions AZFc et 6 montraient des d l tions plus tendues affectant la fois AZFb et AZFc AZFbc Tous les r sultats analysables ont montr une sp cificit et une sensibilit de 100 avec les r sultats obtenus pr c demment par une m thode alternative tablie L analyse approfondie avec l essai Elucigene MFI Yplus a confirm la pr sence de ces microd l tions Y Elle a galement d tect un certain nombre de sous d l tions savoir des d l tions gr gr AZFc partielles dans deux chantillons de type sauvage une d l tion AZFa partielle dans un chantillon AZFbc et une perte du marqueur SY160 terminal dans 5 chantillons AZFbc indiquant une d l tion terminale Yq plus tendue Validation externe 25 chantillons ont t test s sur un site externe avec Elucigene Male Factor Infertility 20 de ces chantillons provenaient de patients masculins Sur ces chantillons 12 ont t identifi s comme t
58. ture of prenatal diagnosis The Lancet 2001 358 9287 1057 1061 5 Mann K Donaghue C Fox SP Docherty Z Mackie Ogilvie C Strategies for the rapid prenatal diagnosis of chromosome aneuploidy European Journal of Human Genetics 2004 12 907 915 6 Mackie Ogilvie C Donaghue C Fox SP Docherty Z Mann K Rapid prenatal diagnosis of an aneuploidy using Quantitative Fluorescence PCR QF PCR Journal of Histochemistry and Cytochemistry 2005 53 3 285 288 7 Deutsch S Choudhury U Merla G Howald C Sylvan A Antonarakis SE Detection of aneuploidies by paralogous sequence quantification Journal of Medical Genetics 2004 41 908 915 8 Simoni M Bakker E Krausz C EAA EMQN best practice guidelines for molecular diagnosis of y chromosomal microdeletions State of the art 2004 International Journal of Andrology 2004 27 240 9 9 Satsangi J et al Effect of heparin on polymerase chain reaction Lancet 343 1509 1510 1994 10 PCR Primer A Laboratory Manual 2 edition ColdSpring Harbour Laboratory Press Section 1 Elucigene est une marque commerciale de Delta Diagnostics UK Ltd QIAAMP est une marque commerciale de Qiagen Gmbh GENEMARKER est une marque commerciale de Softgenetics Corporation GENEMAPPER GENESCAN NED VIC PET POP 7 LIZ et HI DI sont des marques commerciales de Life Technologies Corporation Avis l acheteur Licence limit e Ce produit est vendu conform ment un accord avec Life Technologies Corporatio
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