PerfectBlue™ Horizontal Mini Gel Systems / Horizontale
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1. Mini L Revolution 2 combs 1 5 mm thick 12 and 20 teeth User Manual SAFETY PRECAUTIONS Please read this Instruction Manual carefully before using the gel system Only use a CE marked DC power supply Always disconnect the gel system from the power supply before removing the safety lid Always disconnect the gel system from the power supply when it is not in use or before moving it Running conditions for this unit should not exceed the maximum operating voltage or current Do not fill the chamber with running buffer above the maximum fill line The buffer ascending tube at the lower side of the Mini L Revolution gel chamber may not be used as a carry handle as it does not resist mechanical forces in perpetuity PEQLAB v0314 E 2 Instruction Manual PerfectBlue Horizontal Mini Gel Systems SYSTEM OVERVIEW The horizontal electrophoresis systems PerfectBlue Mini S M L and Mini L Revolution have been de signed as all in one systems that make it possible to cast and run gels in the same chamber The user does not need any additional casting equipment such as grease agarose seals or other accessories to seal the gel tray for pouring the gel All PerfectBlue horizontal Mini Gel Systems include a UV transmissible gel tray which has the mini mum of two comb positions allowing the user to run two sets of samples for equal distances simultane ously and a fluorescent ruler that helps in the preci2. allows you to sub divide the gel tray in order to cast shorter gels The wall comb should be sealed with 2 agarose before pour ing the gel Use electrophoresis grade agarose and compatible electrophoresis buffer to prepare the gel The percentage of agarose and the buffer to be used is determined by the size of the samples to be separated and further recovery of the samples see REQUIRED REAGENTS amp RECIPES The aga rose and buffer are mixed and heated over a heat plate by stirring or in a microwave oven until the agarose is completely dissolved The prepared gel must then be cooled to below 60 C before casting to avoid warping the UVT gel tray due to excessive heat If numerous gels are to be run in one day a large volume of gel may be prepared and be placed in a covered bottle stored between 40 60 C in a water bath Pour or pipette the correct amount see Agarose Gel volumes and percentage of warm agarose 60 C onto the UVT gel tray that has been placed into the casting position in the gel box Imme diately after pouring insert the desired comb or combs into the comb slots to form the sample wells Standard agarose should solidify completely in about 30 minutes If low melting point or a specialty agarose is used consult the instructions that came with the product PEQLAB v0314 E 4 Instruction Manual PerfectBlue Horizontal Mini Gel Systems Loading of samples and electrophoresis 1 Once the gel is completely
3. f r die Elektrophorese n tigen lonen bereitstellen und f r einen konstanten pH Wert sorgen damit das Zielmolek l die gew nschte Nettoladung aufweist Nukleins uren sind in alkalischem bis neutralem Milieu negativ geladen H ufig enthalten sie au er dem Komponenten welche das Zielmolek l vor Degradation sch tzen z B EDTA welches aufgrund der Komplexierung zweiwertiger Kationen u a DNasen inhibiert Soll die Elektrophorese unter denatu rierenden Bedingungen erfolgen z B bei der Elektrophorese von RNA enthalten Gel und Laufpuffer dar ber hinaus Substanzen welche die Bildung von Sekund rstrukturen verhindern Im Folgenden wer den die beiden Elektrophoresepuffer TAE und TBE beschrieben welche am h ufigsten f r die E lektrophorese von DNA unter nicht denaturierenden Bedingungen verwendet werden TAE Puffer ist f r pr parative Gele zu empfehlen d h wenn die DNA im Anschluss an die Elektrophorese aus dem Gel eluiert und weiterverwendet werden soll Im Vergleich zu TBE sind mit TAE au erdem h here Migrati onsgeschwindigkeiten und eine bessere Auftrennung von supercoiled DNA zu erzielen Aufgrund der deutlich geringeren Pufferkapazit t von TAE ist f r zeitlich ausgedehnte Elektrophoresen jedoch TBE zu empfehlen sofern die Pufferkammer nicht ber ein Pufferrezirkulationssystem verf gt wie z B die Per fectBlue Revolution Systeme von PEQLAB welches die Ausbildung eines pH Gradienten alkalische Anodenseite saure
4. solidified lift the tray out of the chamber turn it 90 and replace it in the chamber with the first comb closest to the cathode side black electrode of the chamber The running position exposes the open ends of the agarose to the buffer Pour enough compatible running buffer into the unit to fill chamber and completely cover and sub merge the gel A Fill Line is located on each unit to clearly mark the correct buffer level See Tech nical properties for approximate buffer volumes needed for your unit Too little buffer may cause the gel to dry out during the run while excess buffer may slow DNA migration in the gel increase heat build up and cause distorted bands Carefully remove the comb or combs by tapping lightly to loosen and slowly lift straight up out of the gel tray to avoid damage to the wells Load prepared samples into the wells Samples should be mixed with a sample loading buffer giv ing weight to the samples so that they drop evenly into the wells and contain tracking dye to moni tor the gel run For details on approximate well volumes see TECHNICAL SUPPORT amp ORDERING INFORMATION If Microtiter combs have been used wells can be loaded by a multi channel pi pette Wells that have been cast with microtiter combs of 26 teeth or less can be loaded directly i e the pipette tips fit sequentially into the gel wells NOTE It is wise to always run a sample lane of a known standard ladder to determine concent
5. volumes are calculated for a gel thickness of 5 mm PEQLAB v0314 E 11 Instruction Manual PerfectBlue Horizontal Mini Gel Systems PerfectBlue Mini L amp Mini L Revolution The same accessories are used for both models Mini Land Mini L Revolution Item Description Cat No Gel system Mini L complete system for gels 12 x 14 cm W x L 40 1214 Gel system Mini L Revolution complete system for gels 12 x 14 cm W x L 40 1214R Casing chamber Casting chamber for up to 3 gel trays 40 1214 CST Gel tray L4 UV transmissible gel tray and gaskets for up to 4 combs 40 1214 UVT Gel tray L12 UV transmissible gel tray and gaskets for up to 12 combs 40 1214 UVT MultiCast Casting chamber Casting chamber and 3 UV transmissible gel trays 40 1214 MC Gaskets 2 rubber gaskets for gel tray 40 1214 GK Wall comb Wall comb for dividing up the gel tray 40 1214 WC Standard combs 1 5 mm 8 teeth 70 pl 40 1214 8D 1 5 mm 16 teeth 30 yl 40 1214 16D 1 5 mm 20 teeth 22 yl 40 1214 20D 1 5 mm 24 teeth 17 pl 40 1214 24D 1 0 mm 8 teeth 47 yl 40 1214 8C 1 0 mm 16 teeth 20 yl 40 1214 16C 1 0 mm 20 teeth 15 pl 40 1214 20C 1 0 mm 24 teeth 11 pl 40 1214 24C Microtiter combs 1 5 mm 9 teeth AO yl 40 1214 9D 1 5 mm 12 teeth 40 yl 40 1214 12D 1 5 mm 25 teeth 16 pl 40 1214 25D 1 0 mm 9 teeth 27 pl 40 1214 9C 1 0 mm 12 teeth 27 yl 40 1214 12C 1 0 mm 25 teeth 11 pl 40 1214 25C Preparative comb 1 5 mm 2
6. yl 40 0911 5D 1 5 mm 8 Z hne 51 pl 40 0911 8D 1 5 mm 10 Z hne 38 yl 40 0911 10D 1 5 mm 12 Z hne 30 yl 40 0911 12D 1 5 mm 14 Z hne 25 yl 40 091 1 14D 1 0 mm 5 Z hne 58 yl 40 091 1 5C 1 0 mm 8 Z hne 34 yl 40 0911 8C 1 0 mm 10 Z hne 25 yl 40 0911 10C 1 0 mm 12 Z hne 20 yl 40 0911 12C 1 0 mm 14 Z hne 16 pl 40 0911 14C Mikrotiterk mme 1 5 mm 9 Z hne AO yl 40 0911 9D 1 5 mm 18 Z hne 16 pl 40 091 1 18D 1 0 mm 9 Zahne 27 yl 40 0911 9C 1 0 mm 18 Z hne 11 pl 40 0911 18C Pr parativer Kamm 1 5 mm 2 Z hne 439 28 yl 40 091 1 PD Taschenvolumen ist kalkuliert f r eine Geldicke von 5 mm PEQLAB v0314 D 25 Bedienungsanleitung PerfectBlue Horizontale Minigelsysteme PerfectBlue Mini L amp Mini L Revolution F r die Gelkammern Mini L und Mini L Revolution wird das identische Zubeh r verwendet Artikel Beschreibung Bestell Nr Gelsystem Mini L vollst ndiges System f r Gele 12 x 14 cm B x L 40 1214 Gelsystem Mini L Revolution vollst ndiges System f r Gele 12 x 14 cm B x L 40 1214R GieBschiene Schiene f r das Abdichten von bis zu 3 Geltr gern 40 1214 CST Geltr ger L4 Geltr ger mit Gummidichtungen f r bis zu 4 Kamme 40 1214 UVTA Geltr ger L12 Geltr ger mit Gummidichtungen f r bis zu 12 K mme 40 1214 UVT12 MultiCast Gelgie stand Gie schiene mit 3 UV durchl ssigen Geltr gern 40 1214 MC Ersatzdichtungen 2 Gummidichtungen f r G
7. 200 20 55 EV222 E300 4 300 500 90 55 E300 230V EV245 3 400 500 50 55 EV245 EV231 A 300 1000 150 55 EV231 EV265 4 600 500 150 55 EV265 E250 A 250 3000 300 55 E250 230V EV202 4 300 2000 300 55 EV202 EV261 A 600 1000 300 55 EV261 EV215 4 1200 500 300 55 EV215 EV232 A 3000 150 150 55 EV232 EV233 A 3000 300 300 55 EV233 EV262 A 6000 150 300 55 EV262 Nicht verf gbar f r Kunden in den USA 2 F r eine 1 10V US Variante ersetzen Sie bitte 230V mit 110V in der Bestell Nummer Agarosen Artikel Anwendung Menge Bestell Nr peqGOLD Universalagarose geeignet f r Standard Auftrennungen von 100g 35 1010 Nukleins uren im Bereich von 0 05 50 kb 500 g 35 1020 1000 g 35 1030 peqGOLD Low Melt Agarose f r pr parative Gelelektrophoresen von 25g 35 2010 DNA Fragmenten im Bereich von 100g 35 2020 0 08 20 kbp 250 g 35 2030 peqGOLD MoSieve Agarose MS 500 speziell f r die hochaufl sende Auftrennung 25g 35 3010 von kleinen Nukleins uren im Bereich von 100g 35 3020 0 010 1 0 kb 250 g 35 3030 peqGOLD MoSieve Agarose MS 1000 speziell f r die hochaufl sende Auftrennung 25g 35 4010 von mittelgro en Nukleins uren im Bereich 100g 35 4020 von 0 050 2 0 kb 250 g 35 4030 peqGOLD MegaBase Agarose speziell f r die Auftrennung von gr eren 25g 35 5010 DNA Fragmenten im Bereich von 100g 35 5020 0 2 50 kbp 250 g 35 5030 Nicht verf gbar f r Kunden in den USA PEQLAB v0314 D 27 Bedienungsanle
8. Instruction Manual Bedienungsanleitung PerfectBlue Horizontal Mini Gel Systems Horizontale Minigelsysteme Mini S M L amp Mini L Revolution peolabz a VWR company 0314_E D Creating the future together Instruction Manual PerfectBlue Horizontal Mini Gel Systems CONTENTS WARRANTY PACKAGING LIST SAFETY PRECAUTIONS SYSTEM OVERVIEW Technical properties GENERAL INSTRUCTIONS Setting up the system and pouring the agarose gel Loading of samples and electrophoresis Visualisation Cleaning REQUIRED REAGENTS amp RECIPES Electrophoresis buffers Agarose Gel volumes and percentage Ethidium bromide Loading buffer Sample buffer Molecular weight marker TROUBLESHOOTING TECHNICAL SUPPORT AND ORDERING INFORMATION PerfectBlue Mini S PerfectBlue Mini M PerfectBlue Mini L amp Mini L Revolution JustCast adjustable casting chamber Power Supplies Agaroses LITERATURE PEQLAB v0314 E 1 0 000004 N O00 A O WN NY KD Instruction Manual PerfectBlue Horizontal Mini Gel Systems WARRANTY PEQLAB guarantees that the horizontal electrophoresis system you have received has been thoroughly tested and meets its published specification However immediately upon arrival please check carefully that the shipment is complete and has not been damaged in transit For missing parts or to report any kind of damage please contact PEQLAB see TECHNICAL SUPPORT AND ORDERING INFORMATION Ple
9. Kathodenseite verhindert Da Agarose in TBE Puffer au erdem feinere Poren und eine festere Matrix bildet wird die vom elektrischen Feld unabh ngige Diffusion der DNA verringert und eine h here Bandensch rfe erzielt TAE Tris Acetat EDTA Puffer 1 x Arbeitsl sung AO mM Tris Acetat 1 mM EDTA 50 x Stamml sung 1 242 g Tris 57 1 ml Eisessig 100 ml 0 5 M EDTA pH 8 0 mit H O auf 1 auff llen TBE Tris Borat EDTA Puffer 0 5 x Arbeitsl sung 45 mM Tris Borat 1 mM EDTA 5 x Stamml sung 1 l 54 g Tris 27 5 g Bors ure 20 ml 0 5 M EDTA pH 8 0 mit H O auf 1 auff llen Wahrend f r Agarosegele eine TBE Konzentration von 0 5 x ausreicht wird f r vertikale Polyacrylamid elektrophorese h ufig 1 x TBE eingesetzt um den vergleichsweise kleineren Pufferreservoiren vertikaler Gel kammern Rechnung zu tragen 5 x TBE Stamml sungen k nnen bei l ngerer Lagerung ausfallen Sie sollten dann verworfen werden Aufgrund dieser Eigenschaft ist das Ansetzen h her konzentrierter Stamml sungen nicht sinnvoll PEQLAB v0314 D 21 Bedienungsanleitung PerfectBlue Horizontale Minigelsysteme Agarose Gelvolumen und Konzentration PEQLAB bietet eine Reihe hochwertiger Agarosen an die f r verschiedenste Anwendungen geeignet sind siehe TECHNISCHER SERVICE amp BESTELLINFORMATIONEN Das ben tigte Gelvolumen errechnet sich nach folgender Formel Gelbreite cm x Gell nge cm x Geldicke cm ml Agarosel sung Ab
10. LD Low Melt Agarose For the preparative separation of DNA frag 25g 35 2010 ments between 0 08 and 20 kbp 100g 35 2020 250 g 35 2030 peqGOLD MoSieve Agarose MS 500 Especially for high resolution separation of 25 8 35 3010 small fragments 0 01 1 kbp 100g 35 3020 250 g 35 3030 peqGOLD MoSieve Agarose MS 1000 Especially for high resolution separation of 25g 35 4010 small fragments between 0 05 2 kbp 100g 35 4020 250 g 35 4030 peqGOLD MegaBase Agarose Especially for separation of larger DNA frag 25g 35 5010 ments between 0 2 and 50 kbp 100g 35 5020 250 g 35 5030 7 Not available for customers in the US PEQLAB v0314 E 13 Instruction Manual PerfectBlue Horizontal Mini Gel Systems LITERATURE SAMBROCK J FRITSCH E F AND MANIATIS T 1989 Molecular Cloning A Laboratory Manual Cold Spring Harbor Laboratory Press NY FREDERIK M AUSUBEL et al Ed Short Protocols in Molecular Biology A Compendium of Methods from Current Protocols in Molecular Biology OGDEN R AND ADAMS D A 1987 Electrophoresis in Agarose and Acrylamide Gels Methods Enzy mol 152 61 87 FOTADOR U SHAPIRO L E AND SURKS M I 1991 Simultaneous Use of Standard and Low Melting Aga rose for the Separation and Isolation of DNA by Electrophoresis Bio Techniques 10 2 171 2 Boots S 1989 Gel Electrophoresis of DNA Anal Chem 61 8 551a 553a PEQLAB v0314 E 14 Bedienungsanleitung PerfectBlue Horizontale Minigelsyst
11. age Current Time required Mini S 40 0708 7 x 8 cm 400 ml 20 150V 1 75mA 30 60 min Mini M 40 0911 9x11 cm 600 ml 20 150V 1 75mA 45 90 min Mini L 40 1214 12 x 14cm 800 ml 20 150V 1 75mA 60 120 min Mini L Revolution 40 1214R 12x14cm 1000 ml 20 150V 1 75mA 60 240 min PEQLAB_v0314_E 3 Instruction Manual PerfectBlue Horizontal Mini Gel Systems GENERAL INSTRUCTIONS Setting up the system and pouring the agarose gel 1 Remove the lid from the gel box by holding the front of the buffer chamber with one hand and pull ing the lid off by holding the center of the back of the lid For shipping and convenient storage the gel tray is packaged inside the unit upon arrival This is also the correct 90 tray position for casting a gel To remove the gel tray hold the unit firmly with one hand grasp the long sides of the UVT gel tray and pull up slowly at an angle The tray needs to fit snug for leak proof gel casting so it may seem somewhat tight Walking the tray upwards at an angle may be helpful To cast a gel place the gel tray into the chamber so that the gasketed ends press against the walls of the buffer chamber Make sure the gel tray is pressed all the way down and rests level on the unit s platform Moistening the rubber gaskets of the gel tray may facilitate the placement into the chamber Similarly the gel trays can be sealed in optional casting chambers Optional The wall comb available for Mini L and Mini L Revolution
12. amples load evenly into the wells and do not float out during loading Dyes also migrate toward the anode end of the electrophoresis chamber at predictable rates allowing the gel run to be monitored In 0 5 x TBE gels bromophenol blue migrates at the same rate as 300 bp DNA fragments and xylene cyanol approximately at the same rate as 4 kbp DNA fragments 6 x DNA sample buffer 0 25 w v bromophenol blue 0 25 w v xylene cyanol FF 30 v v glycerol Molecular weight marker Markers are run on each gel to monitor the quality of sample separation and to enable a size estimation of specific bands By running a known marker of a specific concentration in parallel the DNA amount of the unknown samples can be estimated PEQLAB offers an extensive range of DNA and RNA mark ers For detailed information please contact us or visit www peqlab com TROUBLESHOOTING Some possible solutions to potential problems are listed below If these suggestions are unclear or un successful please contact PEQLAB Service Team TECHNICAL SUPPORT amp ORDERING INFORMA TION Problem Agarose leaks into chamber when pouring gel Check to see if the gasket is firmly seated in the grooves on the ends of the UVT gel tray Reseat gasket if necessary by removing and rinsing under warm running water then reseat evenly in the tray groove Problem Bands appear diffused in the gel or bands seem to be running at an angle Gel smiling Check to be sure the casting
13. ase retain all packaging materials until the delivery has been completely checked since this will speed up the return of goods if required and reduce environmental impact Any form of returns replacements or credit notes must be agreed in advance by PEQLAB For the complete range of PerfectBlue electrophoresis and blotting systems PEQLAB guarantees a war ranty period of 36 months if the products have been used solely according to the instruction manual unless a different warranty has been offered in writing No liability is accepted for loss or damage aris ing from incorrect use PEQLAB s liability is limited to the repair or replacement of the unit or refund of the purchase price at PEQLAB s discretion PEQLAB is not liable for any consequential damages After the warranty period has expired PEQLAB can offer repairs PEQLAB reserves the right to alter the technical specifications of the PerfectBlue electrophoresis or blot ting systems without prior notice This will enable us to implement developments as soon as they arise PACKAGING LIST Unless requested otherwise the following items are included in shipment for the models PerfectBlue Mini S Mini M Mini L and Mini L Revolution one buffer chamber with corrosion protected platinum electrodes one safety lid with attached power cords one UV transmissible gel tray with gaskets Mini S 2 combs 1 5 mm thick 6 and 10 teeth Mini M 2 combs 1 5 mm thick 10 and 14 teeth
14. ativ geladenen Kathode schwarz n chst gelegen ist Problem Beim Entfernen des Kammes werden die Taschen besch digt Das Gel sollte vor dem Entfernen des Kammes oder dem Bewegen der Gelkammer vollst ndig fest sein und mit Laufpuffer berschichtet sein Um eine Besch digung der Taschen zu verhindern kann der Kamm durch vorsichtiges Hin und Herbewegen gel st und dann vorsichtig und gerade nach oben her aus gezogen werden Diese Bewegung verhindert ein Festsaugen des Kammes in der Tasche Um ein H ngenbleiben der Agarose an den Z hnen des Kammes zu vermeiden sollten die K mme vor jedem Gebrauch gr ndlich gereinigt werden Problem Das Gel l uft bei blicher Spannung auffallend langsam Beachten Sie dass das Gel nur mit 3 bis 5 mm Laufpuffer bedeckt ist Das Gel sollte komplett mit Puffer bedeckt sein damit es nicht austrocknet und ein homogenes elektrisches Feld entstehen kann Ein deut lich h heres berschichten des Gels f hrt zu einer verminderten Migrationsgeschwindigkeit und erh h tem Stromfluss W rmeentwicklung PEQLAB v0314 D 24 Bedienungsanleitung PerfectBlue Horizontale Minigelsysteme TECHNISCHER SERVICE amp BESTELLINFORMATIONEN Bei technischen Fragen kontaktieren Sie uns bitte unter 49 0 9131 610 7020 oder per e mail an info peqlab de Ausf hrliche Informationen zu unseren Produkten finden Sie in unserem aktuellen Pro duktkatalog den wir Ihnen auf Wunsch gerne zusenden oder unter www peglab co
15. aufen nicht gerade Smiling Effekt Stellen Sie sicher dass das Gel auf einer geraden Unterlage gegossen wird und der Geltr ger eben in der Pufferkammer sitzt M glicherweise wird eine zu hohe Spannung verwendet Verringern Sie die Spannung Evil wurde der Elektrophoresepuffer falsch oder mit zu alten Chemikalien angesetzt Evil wurde vergessen zum Ansetzen der Gell sung Elektrophoresepuffer zu verwenden Evtl wurde die kon zentrierte Stamml sung des Elektrophoresepuffers zur Herstellung der Arbeitsl sung nicht oder falsch verd nnt Problem Proben laufen in bestimmten Bereichen des Gels ungleichm ig berpr fen Sie ob die Platinelektroden intakt sind und ber die gesamte L nge gleichm ig Strom ab geben Dies zeigt sich durch Blasenbildung an den Elektroden bis zur Verbindung am Bananenstecker Sollte eine Elektrode gerissen sein kontaktieren Sie bitte umgehend das PEQLAB Service Team Evil wurden die Gele wiederholt mit zu hei er Agarosel sung gt 60 C gegossen Die Gell sung sollte im mer auf unter 60 C abgek hlt werden um den Geltr ger nicht zu verformen und die Kammer nicht zu besch digen Ein verformter Geltr ger f hrt zu ungleichmaflig gegossenen Gelen und daraus resultie render schlechter Auftrennung PEQLAB v0314 D 23 Bedienungsanleitung PerfectBlue Horizontale Minigelsysteme Problem Proben zeigen kein scharf begrenztes Bandenmuster Evil hat sich die Gell sung vor Beginn der Elektrop
16. d combs 1 5 mm 5 teeth 64 yl 40 0708 5D 1 5 mm 6 teeth 51 pl 40 0708 6D 1 5 mm 8 teeth 36 yl 40 0708 8D 1 5 mm 10 teeth 26 yl 40 0708 10D 1 5 mm 12 teeth 21 yl 40 0708 12D 1 0 mm 5 teeth 42 pl 40 0708 5C 1 0 mm 6 teeth 34 yl 40 0708 6C 1 0 mm 8 teeth 24 yl 40 0708 8C 1 0 mm 10 teeth 18 yl 40 0708 10C 1 0 mm 12 teeth 14 pl 40 0708 12C Preparative comb 1 5 mm 2 teeth 320 28 yl 40 0708 PD volumes are calculated for a gel thickness of 5 mm PerfectBlue Mini M Item Description Cat No Gel system Mini M complete system for gels 9 x 11 cm W x L 40 0911 Casting chamber Casting chamber for up to 3 gel trays 40 091 1 CST Gel tray UV transmissible gel tray and gaskets 40 0911 UVT MultiCast Casting chamber Casting chamber and 3 UV transmissible gel trays 40 0911 MC Gaskets 2 rubber gaskets for gel tray 40 0911 GK Standard combs 1 5 mm 5 teeth 86 yl 40 0911 5D 1 5 mm 8 teeth 51 yl 40 0911 8D 1 5 mm 10 teeth 38 yl 40 0911 10D 1 5 mm 12 teeth 30 yl 40 0911 12D 1 5 mm 14 teeth 25 yl 40 0911 14D 1 0 mm 5 teeth 58 yl 40 0911 5C 1 0 mm 8 teeth 34 yl 40 0911 8C 1 0 mm 10 teeth 25 yl 40 0911 10C 1 0 mm 12 teeth 20 yl 40 0911 12C 1 0 mm 14 teeth 16 pl 40 0911 14C Microtiter combs 1 5 mm 9 teeth AO yl 40 0911 9D 1 5 mm 18 teeth 16 pl 40 0911 18D 1 0 mm 9 teeth 27 yl 40 0911 9C 1 0 mm 18 teeth 11 pl 40 0911 18C Preparative comb 1 5 mm 2 teeth 439 28 yl 40 091 1 PD
17. eltr ger 40 1214 GK Einsetzbare Zwischenwand Trennkamm f r Gele von geringerer Gr e 40 1214 WC Standardk mme 1 5 mm 8 Z hne 70 pl 40 1214 8D 1 5 mm 16 Z hne 30 yl 40 1214 16D 1 5 mm 20 Z hne 22 yl 40 1214 20D 1 5 mm 24 Z hne 17 pl 40 1214 24D 1 0 mm 8 Z hne 47 yl 40 1214 8C 1 0 mm 16 Z hne 20 yl 40 1214 16C 1 0 mm 20 Z hne 15 pl 40 1214 20C 1 0 mm 24 Z hne 11 pl 40 1214 24C Mikrotiterk mme 1 5 mm 9 Z hne 40 yl 40 1214 9D 1 5 mm 12 Z hne AO yl 40 1214 12D 1 5 mm 25 Z hne 16 pl 40 1214 25D 1 0 mm 9 Z hne 27 yl 40 1214 9C 1 0 mm 12 Z hne 27 yl 40 1214 12C 1 0 mm 25 Z hne 11 pl 40 1214 25C Pr parativer Kamm 1 5 mm 2 Z hne 596 28 yl 40 1214 PD Taschenvolumen ist kalkuliert f r eine Geldicke von 5 mm Justierbare GieBschiene JustCast Die flexible Alternative zur modellspezifischen Gie schiene F r das Gie en von gleichzeitig bis zu 3 Mini S Gelen 2 Mini M Gelen 2 Mini L Gelen 1 Mini ExM Gel oder 1 Mini ExW Gel Artikel Beschreibung Bestell Nr JustCast justierbare Gie schiene f r PerfectBlue Minigelsysteme mit 3 40 CST Punkt Nivellierungssystem und Wasserwaage PEQLAB v0314 D 26 Bedienungsanleitung PerfectBlue Horizontale Minigelsysteme Power Supplies Bei Bedarf beraten wir Sie gerne welcher Power Supply f r Ihre Anwendung geeignet ist Artikel Anschlusspaare Max Spannung V Stromstarke mA Leistung W Bestell Nr EV222 3 200
18. eme INHALT GARANTIE 16 LIEFERUMFANG 16 SICHERHEITSHINWEISE 16 SYSTEM BERBLICK 17 Technische Merkmale 17 ALLGEMEINE BEDIENUNGSHINWEISE 18 Vorbereitung des Systems und Gie en des Agarosegels 18 Beladen des Gels und Elektrophorese 19 Auswertung Dokumentation 20 Reinigung 20 BENOTIGTE MATERIALIEN amp REZEPTE 21 Elektrophoresepuffer 21 Agarose Gelvolumen und Konzentration 22 Ethidiumbromid 22 Lade oder Probenpuffer 23 Langenstandards 23 TROUBLESHOOTING 23 TECHNISCHER SERVICE amp BESTELLINFORMATIONEN 25 PerfectBlue Mini S 25 PerfectBlue Mini M 25 PerfectBlue Mini L amp Mini L Revolution 26 Justierbare Gie schiene JustCast 26 Power Supplies 27 Agarosen 27 LITERATUR 28 PEQLAB v0314 D 15 Bedienungsanleitung PerfectBlue Horizontale Minigelsysteme GARANTIE PEQLAB garantiert dass das ausgelieferte System genauestens gepr ft wurde und den geltenden An forderungen entspricht Bitte berpr fen Sie die Lieferung dennoch umgehend nach Erhalt auf Vollst ndigkeit und eventuelle Transportsch den Sollte die Lieferung besch digt oder fehlerhaft sein wenden Sie sich bitte umgehend an den Technischen Service von PEQLAB oder Ihren PEQLAB Au endienstmitarbeiter siehe TECHNI SCHER SERVICE amp BESTELLINFORMATIONEN Durch die Aufbewahrung des Verpackungsmaterials bis zur vollst ndigen Pr fung der Lieferung wird die Umwelt geschont und eine evtl R ckholung be schleunigt Alle R cksendungen Austausch
19. en Molmassen bzw L ngenstandards aufgetragen werden um eine Gr en und ggf Konzentrationsbestimmung der zu analysierenden Probe zu erm glichen Schieben Sie den Sicherheitsdeckel mit den angeschlossenen Stromkabeln seitlich bis zum Anschlag auf die Pufferkammer wodurch es zu einem vollst ndig abgeschirmten elektrischen Kontakt zwi schen den entsprechenden Anschl ssen des Kammerdeckels und der Pufferkammer kommt Die En den der Stromkabel 4 mm male werden nun an eine geeignete Gleichstrom Spannungsquelle Power Supply angeschlossen Bitte achten Sie dabei auf die richtige Polung Zur Erinnerung Nukleins uren sind in alkalischem bis neutralem Milieu negativ geladen und wandern zur Anode der positiven Elektrode Der allgemeine Farbcode f r positiv geladene Elektroden ist ROT Schalten Sie den Power Supply an und f hren Sie den Gellauf bei einer angemessenen elektrischen Spannung durch siehe SYSTEM BERBLICK Technische Merkmale Beobachten Sie den Fortschritt der Migration anhand der Farbstoffbande des Ladepuffers um ein Herauslaufen der Proben aus dem Gel bzw in ein anderes Probenfeld hinein zu vermeiden Dabei ist zu ber cksichtigen dass in 0 5 x TBE Gelen Bromphenolblau mit 300 bp DNA Fragmenten und Xylencyanol in etwa mit 4 kbp DNA Fragmenten komigriert PEQLAB_vO314_D 19 Bedienungsanleitung PerfectBlue Horizontale Minigelsysteme Auswertung Dokumentation Zum Abbrechen der Elektrophorese sollte der Power Su
20. endungen siehe BEN TIGTE MATERIALIEN amp REZEPTE Die entspre chende Menge Agarose wird in den Puffer gegeben gemischt und ber einer Heizplatte unter R h ren erhitzt bzw in der Mikrowelle aufgekocht bis die Agarose komplett aufgel st ist Um eine Verformung der Geltr ger aufgrund zu hoher Temperaturen zu vermeiden sollte die Gell sung auf 60 C abgek hlt sein bevor sie in den Geltr ger gegossen wird Werden an einem Tag zahlreiche Gele ben tigt kann eine gr ere Menge Gell sung angesetzt und in einem bedeckten Gef bei 60 C im Wasserbad oder W rmeschrank bis zur weiteren Verwendung aufbewahrt werden Unmittelbar nachdem eine entsprechende Menge siehe Agarose Gelvolumen und Konzentration der Agarosel sung m glichst luftblasenfrei in den Geltr ger gegossen wurde sollten der oder die K mme eingesetzt werden Gele aus handels blicher Standard Agarose verfestigen sich bei Raum temperatur innerhalb von ca 30 Minuten Sollten Sie Low Melting oder andere Spezialagarosen verwenden befolgen Sie bitte die jeweiligen Herstellerangaben PEQLAB v0314 D 18 Bedienungsanleitung PerfectBlue Horizontale Minigelsysteme Beladen des Gels und Elektrophorese 1 Sobald das Gel vollst ndig fest ist kann der Geltr ger f r den Gellauf passend eingesetzt werden d h wie oben beschrieben herausgenommen und um 90 versetzt wieder in die Pufferkammer ein gesetzt werden so dass die offenen Enden des Geltr ge
21. h ngig von der Geldicke ergeben sich somit folgende Gelvolumina Modell Gelgr e cm Geldicke cm 0 25 0 5 0 75 1 0 PerfectBlue Mini S 7 x 8 B x 14 ml 28 ml 42 ml 56 ml PerfectBlue Mini M 9x11 BxL 25 ml 50 ml 75 ml 100 ml PerfectBlue Mini L Revolution 12x 14 B x L 42 ml 84 ml 126 ml 168 ml Je nach Agarosegehalt des Gels werden Molek le unterschiedlicher Gr enbereiche optimal aufge trennt F r besonders kleine Nukleins urefragmente werden hochprozentige Gele f r besonders gro e Fragmente niederprozentige Agarosegele verwendet F r die in der folgenden Tabelle angegebenen gr Dten bzw kleinsten Fragmentl ngen sollte allerdings die Verwendung einer Spezialagarose bzw eines Polyacrylamidgels erwogen werden da sich eine 3 ige Agarosel sung extrem schnell verfestigt bzw ein 0 3 iges Agarosegel sehr br chig ist Agarosegehalt w v Agarose g Puffer ml optimaler Auftrennungsbereich kb 0 3 0 3 100 5 30 0 5 0 5 100 1 15 0 7 0 7 100 0 8 10 1 0 1 0 100 0 5 7 1 2 1 2 100 0 3 6 1 5 1 5 100 0 2 4 2 0 2 0 100 0 1 3 3 0 3 0 100 lt 0 1 Ethidiumbromid Ethidiumbromid ist f r den Nachweis von Nukleins uren in Gelen immer noch der am h ufigst verwen dete Fluoreszenzfarbstoff Aufgrund seiner Eigenschaft zwischen die Basen eines Nukleins urestranges zu interkalieren und somit dessen sterische Eigenschaft zu ver ndern ist von einer stark mutagene
22. horese nicht vollst ndig verfestigt Handels bliche Standardagarose ist nach ca 30 Minuten bei RT vollst ndig erstarrt Wird Low Melting Agarose ver wendet sollte das Gel zum Festwerden bei niedrigeren Temperaturen gelagert werden z B im K hl schrank Die Gele sollten mit 3 bis 5 mm Elektrophoresepuffer berschichtet sein Zu viel Puffer gt 5 mm f hrt jedoch zu einer verlangsamten Migration und evil zu berh hter Erw rmung wodurch ein ver zerrtes Bandenmustern entstehen kann Evtl wurde eine zu gro e Menge Nukleins ure pro Tasche auf getragen wodurch es zu einem Schmieren der Banden kommen kann Problem Proben verbleiben in den Taschen laufen r ckw rts oder diffundieren aus dem Gel Pr fen Sie ob der Stromkreis zwischen Gelkammer und Power Supply vollst ndig geschlossen ist Die Platinelektroden und Bananenstecker sollten intakt sein Sie k nnen den Stromfluss berpr fen indem Sie die Pufferkammer ohne Gel oder Geltr ger mit Puffer f llen den Deckel aufsetzen und an den Po wer Supply anschlie en Entlang der gesamten Elektrode sollten bei Stromfluss gleichm ig Blasen avf steigen Ist der Stromkreis nicht vollst ndig geschlossen erfolgt keine oder nur geringe Blasenbildung Ist der Geltr ger falsch herum eingesetzt oder stimmt die Polarit t nicht laufen die Proben in die andere Richtung und oben aus dem Gel heraus Der Geltr ger muss so in der Pufferkammer platziert werden dass die Kammposition der neg
23. ick 12 und 20 Z hne eine Bedienungsanleitung SICHERHEITSHINWEISE Bitte lesen Sie diese Bedienungsanleitung sorgf ltig durch bevor Sie das System in Betrieb nehmen Verwenden Sie zur Stromversorgung eine CE konforme Gleichstrom Spannungsquelle Trennen Sie das System von der Stromversorgung bevor Sie den Sicherheitsdeckel entfernen Trennen Sie das System bei Nichtbenutzung stets von der Stromversorgung Die f r das System definierte maximale Stromst rke und Spannung sollte nicht berschritten werden Die Pufferkammer darf nicht ber die maximale F lllinie hinaus bef llt werden Das Puffersteigrohr an der Unterseite der Gelkammer Mini L Revolution darf nicht als Tragegriff verwendet werden da es entsprechender mechanischer Belastung auf Dauer nicht standh lt PEQLAB v0314 D 16 Bedienungsanleitung PerfectBlue Horizontale Minigelsysteme SYSTEM BERBLICK Bei den horizontalen Minigelkammern Mini S M L und Mini L Revolution handelt es sich um All in one Systeme bei denen die Gele in der Kammer ohne zus tzliche Abdichtmaterialien oder Vorrichtun gen gegossen und verwendet werden k nnen Alle PerfectBlue Horizontalen Minigelsysteme enthalten einen UV durchl ssigen Geltr ger mit mindes tens zwei Kammpositionen die es dem Benutzer erlauben mindestens 2 Probenreihen gleichzeitig lau fen zu lassen Das fluoreszierende Lineal auf dem Geltr ger hilft sp ter bei der pr zisen Fotodokume
24. is being done on a level surface Also confirm that the gel tray is inserted all the way into the unit and rests on the platform for level gel casting The voltage may be too high Try lowering the voltage setting on the power supply Electrophoresis buffer may have been prepared with wrong or expired chemicals Perhaps no electrophoresis buffer has been used for preparing the gel solution Check if the stock solution of the electrophoresis buffer was diluted correctly for the preparation of the working solution Problem Samples seem to be running unevenly in certain areas Check that the platinum electrode wire is intact and running evenly across the base of the chamber and up the side to the junction of the banana plug The unit should produce small bubbles as the current passes through If there appears to be a break in the electrode connection contact PEQLAB immedi ately This problem may also be caused by regularly casting with very hot agarose gel gt 60 C Al ways cool the melted agarose to below 60 C before casting to avoid warping the UVT gel tray Warp ing the gel tray will cause all subsequent gels to be cast unevenly and hence cause bad electrophoretic separation PEQLAB v0314 E 9 Instruction Manual PerfectBlue Horizontal Mini Gel Systems Problem Samples do not band sharply Gels should be allowed to solidify completely before running Standard agarose should solidify in about 30 minutes If low melting point agarose is
25. itung PerfectBlue Horizontale Minigelsysteme LITERATUR SAMBROCK J FRITSCH E F AND MANIATIS T 1989 Molecular Cloning A Laboratory Manual Cold Spring Harbor Laboratory Press NY FREDERIK M AUSUBEL et al Ed Short Protocols in Molecular Biology A Compendium of Methods from Current Protocols in Molecular Biology OGDEN R AND ADAMS D A 1987 Electrophoresis in Agarose and Acrylamide Gels Methods Enzy mol 152 61 87 FOTADOR U SHAPIRO L E AND SURKS M I 1991 Simultaneous Use of Standard and Low Melting Aga rose for the Separation and Isolation of DNA by Electrophoresis Bio Techniques 10 2 171 2 Boots S 1989 GEL ELECTROPHORESIS OF DNA ANAL CHEM 61 8 551 A 5534 PEQLAB v0314 D 28 e Q T PEGLAB Biotechnologie GmbH 6404 Polling Tel 43 0 5238 84 169 info peqlab at www peqlab at ail UK PEGLAB Lid Southampton SO31 7ZN Freephone UK 0808 202 1302 info peqlab co uk www peglab co uk a VWR company USA PEQLAB LLC Wilmington DE 19810 Toll Free US 877 737 5220 info peglab us www peqlab us gt Oo PEQLAB Biotechnologie GmbH 91052 Erlangen Freecall D 0800 100 20 16 info peqlab de www peqlab de Creating the future together
26. lieferungen und Gutschriften m ssen zuvor von PEQLAB frei gegeben werden Auf s mtliche PerfectBlue Elektrophorese und Blottingsysteme gew hrt PEQLAB 36 Monate Garantie sofern die Systeme ausschlie lich der Bedienungsanleitung entsprechend verwendet wurden und keine anderslautende Vereinbarung besteht Anspr che auf Ersatz oder Reparatur die aus einer fehlerhaften Verwendung entstanden sind werden nicht erf llt Die PEQLAB GmbH verpflichtet sich zur Reparatur oder dem Ersatz des Ger tes bzw der R ckerstattung des Kaufpreises nach ihren Bedingungen PEQ LAB haftet nicht f r Folgesch den die aus der Verwendung des Systems entstanden sind Nach Ablauf der Garantiezeit k nnen defekte PerfectBlue Elektrophorese oder Blotting Systeme durch PEQLAB kosteng nstig repariert werden Um Neuentwicklungen zeitnah einf hren zu k nnen beh lt es sich PEQLAB vor technische Details ohne Vorank ndigung zu ndern LIEFERUMFANG Sofern nicht anders vereinbart bzw auf dem Lieferschein angegeben enth lt der Lieferumfang der Mo delle Mini S Mini M Mini L und Mini L Revolution folgende Komponenten eine Pufferkammer mit korrosionsgesch tzten Platinelektroden einen Sicherheitsdeckel mit fest angeschlossenen Stromkabeln einen UV durchl ssigen Geltr ger mit stabilen Gummidichtungen Mini S 2 Kamme 1 5 mm dick 6 und 10 Z hne Mini M 2 K mme 1 5 mm dick 10 und 14 Z hne Mini L Revolution 2 Kamme 1 5 mm d
27. m PerfectBlue Mini S Artikel Beschreibung Bestell Nr Gelsystem Mini S vollst ndiges System f r Gele 7 x 8 cm B x L 40 0708 GieBschiene Schiene f r das Abdichten von bis zu 3 Geltr gern 40 0708 CST Geltr ger UV durchl ssiger Geltr ger mit Gummidichtungen 40 0708 UVT MultiCast Gelgie stand Gie schiene mit 3 UV durchl ssigen Geltr gern 40 0708 MC Ersatzdichtungen 2 Gummidichtungen f r Geltr ger 40 0708 GK Standardk mme 1 5 mm 5 Z hne 64 yl 40 0708 5D 1 5 mm 6 Z hne 51 pl 40 0708 6D 1 5 mm 8 Z hne 36 yl 40 0708 8D 1 5 mm 10 Z hne 26 yl 40 0708 10D 1 5 mm 12 Z hne 21 yl 40 0708 12D 1 0 mm 5 Z hne 42 pl 40 0708 5C 1 0 mm 6 Z hne 34 yl 40 0708 6C 1 0 mm 8 Z hne 24 yl 40 0708 8C 1 0 mm 10 Z hne 18 pl 40 0708 10C 1 0 mm 12 Z hne 14 pl 40 0708 12C Pr parativer Kamm 1 5 mm 2 Z hne 320 28 yl 40 0708 PD Taschenvolumen ist kalkuliert f r eine Geldicke von 5 mm PerfectBlue Mini M Artikel Beschreibung Bestell Nr Gelsystem Mini M vollst ndiges System f r Gele 9 x 11 cm B x L 40 0911 GieBschiene Schiene f r das Abdichten von bis zu 3 Geltr gern 40 091 1 CST Geltr ger UV durchl ssiger Geltr ger mit Gummidichtungen 40 0911 UVT MultiCast GelgieBstand Gie schiene mit 3 UV durchl ssigen Geltr gern 40 091 1 MC Ersatzdichtungen 2 Gummidichtungen f r Geltr ger 40 0911 GK Standardk mme 1 5 mm 5 Z hne 86
28. mal separation range kb 0 3 0 3 100 5 30 0 5 0 5 100 1 15 0 7 96 0 7 100 0 8 10 1 0 1 0 100 0 5 7 1 2 1 2 100 0 3 6 1 5 1 5 100 0 2 4 2 0 2 0 100 0 1 3 3 0 3 0 100 0 1 Ethidium bromide The gel may be stained during or following the run with a variety of stains for photo documentation The most common stain for DNA is ethidium bromide Because of its capacity to intercalate into double stranded nucleic acids and alter the conformation of DNA ethidium bromide is judged to be highly mutagenic Therefore appropriate safety measures must be applied Ethidium bromide may be added directly to the gel before pouring it at a concentration of 0 1 to 0 5 pg ml However being positively charged ethidium bromide will migrate to the cathode during the electrophoresis leading to uneven staining Improved results can be obtained by incubating the gel after the electrophoresis is finished in electrophoresis buffer containing 0 5 pg ml ethidium bromide for 5 to 20 min Subsequently the gel should get rinsed in electrophoresis buffer without ethidium bromide for up to 20 min in order to reduce background signal PEQLAB v0314 E 8 Instruction Manual PerfectBlue Horizontal Mini Gel Systems Loading buffer Sample buffer Samples are prepared and mixed with loading buffer before applying to the prepared gel Sample buf fers contain dyes for visibility and glycerol to provide weight to the samples This increased sample den sity ensures s
29. mer geleitet werden Durch den dabei mitgerissenen Puffer kommt es zu einer Pufferumw lzung welche die Bildung von Schemazeichnung Revolution Technologie st renden pH und lonengradienten verhindert Technische Merkmale PerfectBlue Bestell Nr Gelgr e B x L Puffervolumen Spannung Stromst rke typ Laufzeit Mini 5 40 0708 7x8cm 400 ml 20 150V 1 75mA 30 60 min Mini M 40 0911 9x11 cm 600 ml 20 150V 1 75mA 45 90 min Mini L 40 1214 12x 14 cm 800 ml 20 150V 1 75mA 60 120 min Mini L Revolution 40 1214R 12x 14cm 1000 ml 20 150V 1 75mA 60 240 min PEQLAB v0314 D 17 Bedienungsanleitung PerfectBlue Horizontale Minigelsysteme ALLGEMEINE BEDIENUNGSHINWEISE Vorbereitung des Systems und Gie en des Agarosegels 1 Entfernen Sie den Sicherheitsdeckel von der Gelkammer durch Festhalten der Pufferkammer mit der einen Hand und Ziehen an der R ckseite des Deckels mit der anderen Hand Der Geltr ger ist f r den Versand bereits in die Gelkammer eingesetzt und zwar in der 90 Position welche auch beim Gie en der Gele Verwendung findet Um den Geltr ger aus der Kam mer herauszunehmen halten Sie die Pufferkammer mit einer Hand fest und ziehen den Geltr ger langsam nach oben heraus Abwechselndes Anheben der Seiten des Geltr gers unterst tzt die Ent nahme des Geltr gers Bitte achten Sie darauf den Geltr ger dabei nur um seine Langsachse nicht aber um seine Querachse zu verkanten Letzteres kann a
30. n tation des Gels PEQLAB bietet insgesamt 6 unterschiedliche PerfectBlue Minigelsysteme an Zus tzlich zu den hier beschriebenen Minigelsystemen S M L und L Revolution stehen die beiden Breitformatgelsysteme Mini ExM und Mini ExW zu Verf gung Optional erh ltliche Gie schienen oder MultiCast Gie st nde er m glichen das Gie en von bis zu 3 Gelen w hrend die Kammer in Benutzung ist Die justierbare Gie schiene JustCast ist dar ber hinaus f r das komfortable Abdichten s mtlicher Minigeltr ger geeignet PEQLAB bietet eine Vielzahl von Standard und Mikrotiterk mmen nicht erh ltlich f r Mini S in zwei verschiedenen Dicken 1 und 1 5 mm an Mikrotiterk mme erlauben das zeitsparende Beladen der Gele mit Mehrkanalpipetten F r die gr eren Gelsysteme Mini L und Mini L Revolution stehen zu s tzlich einsetzbare Zwischenw nde Trennk mme zur Verf gung mit deren Hilfe bei Bedarf k rzere Gele gegossen werden k nnen um Agarose einzusparen Eine ausf hrliche Auflistung des zur Verf gung stehenden Zubeh rs ist im Kapitel TECHNISCHER SER VICE amp BESTELLINFORMATIONEN zu finden Im Unterschied zu den brigen Minigel kammern ist das Modell Mini L Revolution mit einem System zur automatischen Pufferumwal zung ausgestattet Seine Funktionsweise beruht darin dass Wasserstoffblaschen welche durch Elektrolyse an der Kathode entstehen aufgefan gen und durch ein aufsteigendes Rohr zur Ano denseite der Gelkam
31. n Wirkung auszugehen Da es sowohl hydrophile als auch hydrophobe Eigenschaften besitzt m ssen f r den Umgang mit Ethidiumbromid Ma nahmen getroffen werden die sein Eindringen in lebende Haut schichten verhindern Zum F rben der Nukleins uren bereits w hrend der Elektrophorese kann Ethidiumbromid der Gell sung vor dem Gie en zu einer Konzentration von 0 1 bis 0 5 pg ml beigef gt werden Aufgrund seiner posi tiven Ladung wandert es allerdings w hrend der Elektrophorese zur Kathode negative Elektrode sozu sagen der Nukleins ure entgegen wodurch sich ein inhomogener Hintergrund und eine ungleichm Bige F rbung unterschiedlich langer Nukleins uren ergeben Homogenere F rbeergebnisse mit gerin gem Hintergrund lassen sich erzielen wenn das Gel im Anschluss an die Elektrophorese in einer F r bewanne in Elektrophoresepuffer mit 0 5 pg ml Ethidiumbromid f r ca 5 bis 20 min leicht wippend inkubiert und anschlie end f r ca 5 bis 20 min in Elektrophoresepuffer entf rbt wird PEQLAB v0314 D 22 Bedienungsanleitung PerfectBlue Horizontale Minigelsysteme Lade oder Probenpuffer Die zu analysierenden Proben werden vor dem Auftragen auf das Gel mit einem geeigneten Ladepuffer vermischt Ladepuffer enthalten Farbstoffe zur Sichtbarmachung des Migrationsfortschrittes sowie Glyce rol o A damit die Proben schwerer als der Elektrophoresepuffer werden und in die Geltaschen sinken Die verwendeten Farbstoffe sind wie die Nuklei
32. nd note that the gel should be submerged by running buffer before moving the tray unit or removing the comb To avoid damage to the sample wells gently rock the comb back and forth lightly to loosen and then slowly pull the comb straight up out of the gel tray This rocking helps to avoid suction as the comb is removed Problem The gel seems to run slower under the usual running conditions The volume of running buffer used to submerge the gel should only be between 3 5 mm over the gel surface Gel should be completely submerged to avoid the gel from drying out and to assure that a uni form electrical field can be generated However if excessive running buffer is used the current flow through the gel and the migration of the DNA is decreased PEQILAB_v0314_E 10 Instruction Manual PerfectBlue Horizontal Mini Gel Systems TECHNICAL SUPPORT AND ORDERING INFORMATION For technical questions and more detailed information on PEQLAB s products please visit www peqlab com to find the respective contact person PerfectBlue Mini S Item Description Cat No Gel system Mini S complete system for gels 7 x 8 cm W x L 40 0708 Casting chamber Casting chamber for up to 3 gel trays 40 0708 CST Gel tray UV transmissible gel tray and gaskets 40 0708 UVT MultiCast Casting chamber Casting chamber and 3 UV transmissible gel trays 40 0708 MC Gaskets 2 rubber gaskets for gel tray 40 0708 GK Standar
33. nd to precipitate during long storage periods and should get remade Because of this property higher concentrations of TBE stock solutions should be avoided PEQLAB v0314 E 7 Instruction Manual PerfectBlue Horizontal Mini Gel Systems Agarose Gel volumes and percentage PEQLAB offers an extensive range of high quality agaroses for many specific applications see TECH NICAL SUPPORT AND ORDERING INFORMATION The required volume of the gel is calculated using the following formula gel width cm x gel length cm x gel thickness cm required volume agarose solution ml The following volumes will result Model Gel size cm Gel thickness cm 0 25 0 5 0 75 1 0 PerfectBlue Mini S 7 x8 W xL 14 ml 28 ml 42 ml 56 ml PerfectBlue Mini M 9x11 Wxl 25 ml 50 ml 75 ml 100 ml PerfectBlue Mini L Revolution 12x 14 W xL 42 ml 84 ml 126 ml 168 ml The optimal range of DNA fragment sizes separated by any electrophoresis experiment is dependent on the agarose concentration of the gel The higher the agarose concentration the better small fragments are separated from each other and vice versa However for the smallest or largest fragment lengths the usage of specialized agaroses or polyacrylamide gels should be considered see table below since a 3 agarose solution solidifies rapidly and a 0 3 agarose gel is very soft and difficult to handle Agarose content w v Agarose g Buffer ml opti
34. ng chamber for convenient transport to the darkroom and to avoid damage to the gel Cleaning The buffer chamber and tray should be rinsed under warm running water after each use Use a mild detergent to get rid of any debris A following short rinse off with distilled water prevents the formation of salt marks It is recommended to allow the chamber to air dry rather than drying with a towel to avoid damage to the electrode wires Do not use ethanol or other organic solvents to clean acrylic products because organic solvents cause acrylic to craze or crack PEQLAB_v0314_E 6 Instruction Manual PerfectBlue Horizontal Mini Gel Systems REQUIRED REAGENTS amp RECIPES Electrophoresis buffers Electrophoresis buffers supply the ions necessary for electrophoresis and establishing a certain pH value in which the target molecule adapts to the required electric charge Nucleic acids will be negatively charged in an alkaline to neutral surrounding Additionally electrophoresis buffers often contain re agents which protect the target molecule from degradation e g EDTA which complexes bivalent cations and therefore inhibits DNases If electrophoresis under denaturing conditions is desired like for the electrophoresis of RNA electrophoresis buffers will additionally contain reagents that eliminate the formation of secondary structures You will find recipes below for TAE and TBE two of the most com monly used buffers for the electropho
35. ns uren negativ geladen und wandern wie diese zur Anode Dabei komigriert Bromphenolblau in 0 5 x TBE Gelen mit 300 bp DNA Fragmenten und Xylen cyanol in etwa mit 4 kbp DNA Fragmenten 6 x DNA Ladepuffer 0 25 w v Bromphenolblau 0 25 w v Xylencyanol FF 30 v v Glycerol Langenstandards Langenstandards oder Marker werden auf jedem Gel aufgetragen um die Auftrennung zu kontrollie ren und um eine Gr enbestimmung der Proben vornehmen zu k nnen Wird eine spezifische Konzent ration eines bekannten Markers aufgetragen kann auch die DNA Menge einer Bande bestimmt wer den Gr enmarker bestehen z B aus entsprechend verdauter Plasmid DNA mit Fragmenten bekannter Gr e PEQLAB bietet eine Vielzahl an DNA und RNA Markern an Informationen hierzu finden Sie in unserem aktuellen Produktkatalog oder unter www peglab com TROUBLESHOOTING Hier finden Sie passende L sungen zu m glichen Problemen Sollten Sie weitere Fragen haben wird Ihnen das PEQLAB Service Team gerne weiterhelfen TECHNISCHER SERVICE amp BESTELLINFOR MATIONEN Problem Agarose l vft beim GieBen aus berpr fen Sie den festen Sitz der Gummidichtungen um den Geltr ger und dessen Sitz in der Gie schiene Setzen Sie die Gummidichtungen nach eventueller Reinigung mit warmem Wasser erneut fest ein Achten Sie dabei auf ein gleichmafsiges Einsetzen der Gummidichtungen in die Aussparungen des Geltr gers Problem Bandenmuster ist verzerrt Banden l
36. pply abgeschaltet und der Deckel der Gelkam mer heruntergeschoben werden um die Pufferkammer von der Spannungsquelle zu trennen Erst dann darf der Geltr ger aus der Pufferkammer gehoben werden Sind Ethidiumbromid oder sonstige interka lierenden Farbstoffe im Gel oder Puffer enthalten ist direkter Hautkontakt unbedingt zu vermeiden Handschuhe Das Gel kann aufgrund der UV Durchl ssigkeit des Geltr gers auf einem UV Tisch an gesehen und evil fotografiert werden ohne das Gel vom Geltr ger herunternehmen zu m ssen Zum sicheren und bequemen Transport des Gels kann der Geltr ger in eine GieBschiene eingesetzt werden Reinigung Pufferkammer Geltr ger und K mme sollten nach jeder Benutzung unter flie endem Wasser gereinigt werden Zur Beseitigung von R ckst nden kann au erdem ein mildes Reinigungsmittel verwendet wer den Ein anschlie endes kurzes Absp len mit destilliertem Wasser verhindert die Bildung von Salzfle cken Um die Platinelektroden nicht zu besch digen empfehlen wir die Kammer an der Luft trocknen zu lassen und nicht mit Papiert chern trocken zu wischen Zur Reinigung von Acrylglas d rfen weder Ethanol noch sonstige organische L sungsmittel verwendet werden da sonst Risse und Spr nge im Material entstehen k nnen PEQLAB v0314 D 20 Bedienungsanleitung PerfectBlue Horizontale Minigelsysteme BENOTIGTE MATERIALIEN amp REZEPTE Elektrophoresepuffer Im Allgemeinen m ssen Elektrophoresepuffer die
37. ra tion and size of separated fragments after the gel run and to aid in photo documentation and ana lysis Carefully slide the lid with attached power cords onto the unit This will connect the power cords to the banana plugs to complete the circuit Plug the other end of the cords 4 mm male into an ap propriate power supply Take care to the proper orientation of the electrical field Remember that nucleic acids are negatively charged in an alkaline to neutral surrounding and therefore will migrate to the positively charged anode In general the color coding for positively charged electrodes is red Turn on the power supply and run the gel at the appropriate voltage current see Technical proper ties You can observe the progress of electrophoresis by the visual migration of the loading dye Note that in 0 5 x TBE gels bromophenol blue co migrates at 300 bp and xylene cyanol at 4 kbp with the DNA fragments PEQLAB v0314 E 5 Instruction Manual PerfectBlue Horizontal Mini Gel Systems Visualization When the tracking dye has migrated as far through the gel as desired or to the end of the gel turn off the power supply and slide off the lid to disconnect from the power source Carefully remove the tray containing the gel wear gloves The UV transmissible gel tray makes for simple visualization and pho tography with a UV light source without the need to remove the gel from the tray The gel tray may be placed back into the casti
38. resis of DNA If the intention is to eventually isolate DNA from the gel TAE buffer should be chosen In comparison to TBE migration will be faster and a better resolution of supercoiled DNA will be achieved when using TAE However because of TAE s limited buffering capacity TBE should be selected for performing extended electrophoresis separations and if the electro phoresis chamber does not possess a system for buffer recirculation PEQLAB s PerfectBlue Revolution Systems are equipped with an internal buffer recirculation system that prevents the formation of pH and ion gradients during extended runs Since agarose tends to create finer pore sizes and a more solid matrix in TBE diffusion of DNA will be reduced and a more discrete band pattern will be achieved TAE Tris Acetate EDTA Buffer 1 x working solution AO mM Tris acetate 1 mM EDTA 50 x stock solution 1 L 242 g Tris Base 57 1 ml Glacial acetic acid 100 ml 0 5 M EDTA pH 8 0 Adjust volume to 1L using distilled H O TBE Tris Borate EDTA Buffer 0 5 x working solution 45 mM Tris Borate mM EDTA 5 x stock solution 1 L 54 g Tris Base 27 5 g Boric acid 20 ml 0 5 M EDTA pH 8 0 Adjust volume to 1L using distilled H O 0 5 x TBE is sufficient for agarose gel electrophoresis For vertical electrophoresis in polyacrylamide gels 1 x TBE is often applied due to the comparatively smaller buffer reservoirs of vertical electrophoresis chambers 5 x TBE stock solutions te
39. rs zu den Pufferreservoiren gerichtet sind F llen Sie nun so viel Elektrophoresepuffer in beide Pufferreservoire der Kammer bis das Gel kom plett mit ca 3 mm Puffer berschichtet ist maximal aber bis zur Markierung Fill Line die auf jeder Pufferkammer zu finden ist Eine ungef hre Angabe der dazu ben tigten Puffervolumina finden Sie unter SYSTEM BERBLICK Technische Merkmale Zu wenig Puffer kann zum Austrocknen des Gels w hrend des Laufs f hren wogegen zu viel Puffer eine verminderte Migrationsgeschwindigkeit er h hte W rmeentwicklung und ein verzerrtes Bandenmuster zur Folge haben kann Entfernen Sie die Kamme vorsichtig aus dem Gel ohne die Taschen zu besch digen indem Sie sie zum Lockern leicht hin und herbewegen und dann gerade nach oben herausziehen Beladen Sie die Taschen nun mit den vorbereiteten Proben Die Proben sollten mit einem entspre chenden Ladepuffer versetzt sein damit sie gleichm ig in die Taschen einsinken und der Fortschritt des Gellaufs verfolgt werden kann Angaben zum ungef hren Taschenvolumen finden Sie unter TECHNISCHER SERVICE amp BESTELLINFORMATIONEN Falls Mikrotiterk mme verwendet wurden k nnen die Taschen unter Verwendung einer Mehrkanalpipette beladen werden Bis zu einer Zahn zahl von 26 k nnen die Taschen der Minigel Mikrotiterkamme direkt beladen werden d h die Pi pettenspitzen passen fortlaufend in die Geltaschen Anmerkung Auf jedem Gel sollte eine Probe eines definiert
40. se photo documentation of each gel run In total PEQLAB offers 6 different Mini Gel Systems In addition to the Mini S M L and L Revolution models that are described here two wide format Mini Gel Systems are available Mini ExM and Mini ExW A comprehensive range of accessories is available for this range These include stand alone cost ing chambers for pouring up to 3 gels simultaneously while the chamber is in use the adjustable casting chamber JustCast a wide variety of standard combs microtiter combs not available for Mini S prepa rative combs and wall combs that allow you to cast shorter gels in a standard gel tray Microtiter combs allow you time saving loading of the gels via a multi channel pipette For detailed information on available accessories visit www peqlab com or see TECHNICAL SUPPORT AND ORDERING INFORMATION In contrast with all the other Mini Gel Systems the Mini L Revolution model is equipped with an internal buffer recirculation system A trap ping system captures hydrogen bubbles which are produced at the cathode due to electrolysis and directs them through an ascending tube to the opposing side of the buffer chamber where the anode is located During this hydrogen bub ble migration the buffer circulates preventing the creation of detrimental pH or ion gradients Schematic drawing Revolution Technology Technical properties PerfectBlue Cat No Gel size W xL Buffer volume Volt
41. teeth 596 28 yl 40 1214 PD Volumes are calculated for a gel thickness of 5 mm JustCast adjustable casting chamber For the simple leak proof casting of up to three Mini S gels two Mini M gels two Mini L gels one Mini ExM gel or one Mini ExW gel Item Description Cat No JustCast Adjustable Casting Chamber for PerfectBlue Mini Gel Systems including a 3 point leveling system with water level 40 CST PEQLAB v0314 E 12 Instruction Manual PerfectBlue Horizontal Mini Gel Systems Power Supplies Do not hesitate to contact us for advice on which Power Supply is most suitable for your application Item Ports max Voltage V max Current mA Power W Cat No EV222 3 200 200 20 55 EV222 E300 4 300 500 90 55 E300 230V EV245 3 400 500 50 55 EV245 EV231 4 300 1000 150 55 EV231 EV265 4 600 500 150 55 EV265 E250 4 250 3000 300 55 E250 230V EV202 4 300 2000 300 55 EV202 EV261 4 600 1000 300 55 EV261 EV215 4 1200 500 300 55 EV215 EV232 4 3000 150 150 55 EV232 EV233 4 3000 300 300 55 EV233 EV262 4 6000 150 300 55 EV262 1 Not available for customers in the US For a 110 V US version please replace 230V with 110V in the ordering number Agaroses Item Purpose Amount Cat No peqGOLD Universal Agarose Suitable for standard applications Separa 100g 35 1010 tion range between 0 05 and 50 kb 500 g 35 1020 1000 g 35 1030 peqGO
42. ufgrund der mechanischen Beanspruchung auf Dauer zu Rissen an den Rinnen an den beiden Enden des Geltr gers f hren Falls Sie den Geltr ger aus der Pufferkammer entnommen oder in Laufrichtung gedreht hatten set zen Sie ihn zum GieDen des Gels bitte um 90 von der Laufrichtung gedreht in die Gelkammer ein Avf diese Weise werden die beiden offenen Enden des Geltr gers ber die Gummidichtungen von den Gelkammerw nden abgedichtet Wichtig ist dass der Geltr ger ganz nach unten gedr ckt ist und gerade in der Kammer sitzt In hnlicher Weise k nnen die Geltr ger auch in externen GieB schienen abgedichtet werden Ein vorheriges Anfeuchten der Gummidichtungen des Geltr gers er leichtert dessen Einsetzen in die Kammer Bei der Verwendung der justierbaren Gie schiene JustCast kann auf die beiden Gummidichtungen des Geltr gers verzichtet werden Optional Mit dem f r die Mini L und Mini L Revolution erh ltlichen Trennkamm kann der Geltr ger unterteilt werden um k rzere Gele zu gie en Da der Trennkamm keine Gummidichtungen enth lt sollte er mit 2 iger Agarosel sung abgedichtet werden bevor das eigentliche Gel gegossen wird F r Gele sollten nur f r Elektrophorese taugliche Agarosen und entsprechende Puffer benutzt wer den Das Gel kann auf verschiedene Arten angesetzt werden Agaroseart und Konzentration sowie der verwendete Puffer sind abh ngig von Art und L nge der aufzutrennenden Nukleins uren sowie den geplanten Folgeanw
43. used it may be necessary to completely solidify gels at a cooler temperature in the refrigerator or cold room Gels should be submerged in 3 5 mm of buffer to prevent the gel from drying out but excess buffer gt 5 mm can cause decreased DNA mobility and band distortion Perhaps too much nucleic acid was applied to the wells potentially leading to smear ing of the bands Problem Samples are remaining in the wells running backwards or diffusing out of the gel Check that a complete power circuit is achieved between the unit and the power supply Platinum wire and banana plugs should be intact To test simply fill the unit with running buffer and attach to the po wer supply without a gel or gel tray in the unit The platinum wires on both sides of the unit should pro duce small bubbles as the current passes through If a complete circuit does not exist there will be little to no bubbles If samples appear to run backwards through the gel or there are no bands visible check to be sure that the gel tray was placed in the electrophoresis chamber in the proper orientation If the ori entation or polarity is reversed the samples will run backwards or migrate off the gel The tray should be placed in the chamber with the comb at the edge of the tray closest to the cathode side black of the chamber Problem When the comb is removed from the gel the sample well is ripped and damaged Always make sure to allow the gel to solidify completely a
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