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2. Ferramentas CAPFITOGEN - international treaty on plant genetic

1. EB Tratado Internacional VS SOBRE LOS RECURSOS FITOGEN TICOS PARA LA ALIMENTACI N Y LA AGRICULTURA 4 Ferramentas 3 CAPFITOGEN Programa para o Fortalecimento das Capacidades em Programas Nacionais de Recursos Gen ticos Vegetais da Am rica Latina Vers o 1 2 Autor das ferramentas Mauricio Parra Quijano Consultor Tratado Internacional sobre os Recursos Fitogen ticos para a Alimenta o e a Agricultura TIRFAA FAO Autores do manual acompanhante Mauricio Parra Quijano Elena Torres Lamas Universidad Polit cnica de Madrid Espafia Jos Maria Iriondo Alegria Universidad Rey Juan Carlos Espa a Francisco L pez TIRFAA FAO Tradu o Portugu s Cristiane Vendruscolo Mario Angelo Vidor EPAGRI Santa Catarina Brasil As denomina es empregadas nesse produto informativo e a forma como aparecem apresentados os conte dos n o implicam da parte da Organiza o das Na es Unidas para Agricultura e Alimenta o FAO ju zo algum sobre a condi o jur dica ou n vel de desenvolvimento dos pa ses territ rios zonas ou cidades ou de suas autoridades nem a respeito das delimita es de suas fronteiras ou limites A men o de empresas ou de produtos de algum fabricante em particular estejam ou n o patenteados n o implica que a FAO os aprove ou recomende em rela o a outros de natureza similar que n o tenham sido mencionados As opini es expressas nesta p
2. o da qualidade da georreferencia o em dados de passaporte uma t cnica originalmente desenvolvida no projeto SIERFE Sistema de Informa o Ecogeogr fica para os Recursos Fitogen ticos Espanholes O desenvolvimento de GEOQUAL os mapas de caracteriza o ecogeogr fica do territ rio e o conceito de Representatividade Ecogeogr fica RE s o um aporte original de Mauricio Parra Quijano Elena Torres Lamas e Jos Mar a Iriondo Alegr a O conceito original considerado para o desenvolvimento de mapas de diversidade ferramentas DIV mapas foi publicado por van Zonneveld M Scheldeman X Escribano P Viruel MA Van Damme P et al 2012 Mapping Genetic Diversity of Cherimoya Annona cherimola Mill Application of Spatial Analysis for Conservation and Use of Plant Genetic Resources PLoS ONE 7 1 e29845 doi 10 1371 journal pone 0029845 A ferramenta FIGS_R incorpora ideias e desenvolvimentos alcancados em PGR Secure http www pgrsecure ora um projeto colaborativo financiado pelo S timo Programa Marco THEME KBBE 2010 1 1 03 Characterization of biodiversity resources for wild crop relatives to improve crops by breeding Os conceitos e desenvolvimentos introduzidos em FIGS_R prov m do trabalho do grupo de 125 Predictive characterization Task 2 2 del WP2 Informatics liderado por Bioversity International http Awww bioversityinternational org Os pesquisadores envolvidos nestes desenvolvimentos s o Im
3. Explica o Selecionar a fra o da distribui o que se deseja selecionar em rela o vari vel terci ria 9 4 1 38 Par metro resultados Explica o Introduzir o caminho da pasta onde deseja guardar os resultados das an lises Nota usar em vez de na indica o do caminho da pasta Por exemplo C Resultados D MinhasFerramentas Meus Documentos Resultados etc 9 5 Resultados de FIGS R Uma vez finalizada a an lise e de acordo com a configura o dos par metros anteriormente detalhados FIGS R produzir entre tr s e cinco tabelas Quando n o se inclui um mapa ELC na an lise par metro 9 4 1 6 controlelc s aparecer o as seguintes tr s tabelas 9 5 1 FIGS regular txt Esta tabela cont m a identifica o das entradas selecionadas com destino subcolec o FIGS campo ACCENUMB as coordenadas do local de coleta DECLATITUDE e DECLONGITUDE o campo de disponibilidade AVAILAB e continua o tantas colunas como vari veis de sele o usadas 9 5 2 FIGS stat tabletxt Corresponde tabela que resume as caracter sticas tanto da cole o original como da subcole o FIGS atrav s de estat sticas como a intensidade de sele o alcan ada m dia valor m ximo e m nimo e diferencial de sele o para cada uma das vari veis de sele o utilizadas 9 5 3 Passport FIGS R txtf Esta tabela corresponde tabela de passaporte em que o usu rio
4. o FIGS sobre as diferentes categorias do mapa Para usu rios avan ados com maior experi ncia esta op o habilitar a obten o de uma subcole o FIGS adicional onde a sele o das entradas se far sobre cada categoria ELC Para isto ser necess rio usar m todos de sele o sobre fra es de distribui o para todas as vari veis consideradas 9 4 1 7 Par metro mapaelc Explica o Indicar o nome do arquivo que cont m o mapa ELC produto da aplica o da ferramenta ELCmapas o qual dever encontrar se na pasta ELCmapas que por sua vez uma das pastas que comp em o diret rio CAPFITOGEN Este mapa dever estar no formato DIVA GIS extens o grd tal como produzido pelo ELCmapas e dever ser escrito com a extens o Assim se o nome do mapa mapa elc brasil dever ser escrito mapa elc brasil grd 9 4 1 8 Par metro statelc Explica o Indicar o nome do arquivo que cont m a tabela de estat sticas descritivas do mapa ELC produzido pela ferramenta ELCmapas esta ferramenta costuma nomear este arquivo como Estadist ELC mais o nome do pa s ou regi o Da mesma forma que para o mapa ELC este arquivo dever estar situado na pasta ELCmapas O nome dever ser escrito junto com a extens o e neste caso por tratar se de uma tabela a extens o ser txt Assim se o arquivo se chamar Estadist ELC brasil dever ser escrito Estadist ELC brasil txt 9 4 1 9 Par metro distdup Explica
5. o da distribui o que se deseja selecionar com refer ncia vari vel prim ria 9 4 1 22 Par metro variab2 Explica o Marcar esta op o se for desej vel utilizar uma vari vel secund ria para selecionar entradas com destino uma subcole o FIGS Com os valores desta vari vel ser realizada uma sele o de entradas do subconjunto previamente selecionado com a vari vel prim ria 9 4 1 23 Par metro variab2v Explica o Selecionar uma 1 vari vel ecogeogr fica secund ria para a qual se deseja selecionar entradas com a finalidade de obter uma subcole o FIGS Poder ser a mesma vari vel prim ria 9 4 1 24 Par metro variab2rang Explica o Marcar esta op o quando for desej vel selecionar entradas que digam respeito vari vel secund ria usando um intervalo de valores ou seja indicando um valor m ximo e m nimo que determine uma categoria que ser usada para selecionar as entradas com destino subcole o FIGS 9 4 1 25 Par metro variab2min Explica o Especificar o valor m nimo para a vari vel secund ria com a qual se determinar a categoria que ser usada para selecionar entradas com destino subcole o FIGS 112 9 4 1 26 Par metro variab2max Explica o Especificar o valor m ximo para a vari vel secund ria com a qual se determinar a categoria que ser usada para selecionar entradas com destino subcole o FIGS 9 4 1 27 Par metro variab2cola
6. o todas as poss veis compara es dependendo se foram introduzidos dados fenot picos ou genot picos ou se foi criada uma matriz ecogeogr fica a partir de lugares de recole o Ser gerada e inclu da uma matriz de dist ncias geogr ficas nas compara es matriciais pareadas par a par 7 4 1 44 Par metro mantelmeth Explica o Selecionar o tipo de correla o a usar na prova de Mantel 7 4 1 45 Par metro mantelper Explica o Ingressar o n mero de permutas que se deseja para realizar a prova de Mantel 7 4 1 46 Par metro resultados Explica o Introduzir o caminho da pasta onde deseja guardar os resultados das an lises Nota usar em vez de na indica o do caminho da pasta Por exemplo C Resultados D MinhasFerramentas Meus Documentos Resultados etc 7 5 Resultados de DIV mapas No caso de DIV mapas a quantidade de graficos tabelas e mapas pode ser muito vari vel dependendo dos dados que se introduzam as op es que se indiquem e as an lises que deseje realizar o usu rio Dado que a execu o de DIV mapas pode chegar a produzir muitos resultados e que estes podem ser organizados de acordo ao tipo de dados e ou an lises de onde prov m DIV mapas cria v rias pastas dentro do caminho indicado no par metro resultados ver se o 7 4 1 46 Desta maneira os resultados s o guardados nas correspondentes pastas tem ticas que se explicar o nas seguintes se es e s estar o fora delas o
7. primer argumento inv lidoCalls source withVisible gt eval gt eval gt kmeans gt sample int Ferramenta s ELC mapas Solu o es Significa que alguma vari vel para essa regi o ou pa s constante e ao se estandarizar produz uma tabela de O filas que logo gera o erro em Kmeans m todo elbow Soluciona se desselecionando essa vari vel problem tica Para identific la importante saber que geralmente corresponde a vari veis de solo especialmente em pa ses pequenos Por exemplo a vari vel profundidade costuma originar este problema Tamb m em pa ses secos usar vari veis de m nimas precipita es costuma produzir este problema 5 Aviso de erro An error occurred Error en clara sdata k x is not a numeric dataframe or matrix Calls source gt withVisible gt eval gt eval gt pamk gt clara Ferramenta s ELC mapas Solu o es Significa que alguma vari vel para essa zona constante e ao se estandarizar produz uma tabela de 0 filas que logo gera o erro em medoides Igual solu o que o erro No 2 6 Aviso de erro An error occurred Error en kmeans edaph 1 centers i more cluster centers than distinct data points Calls source gt withVisible gt eval gt eval gt kmeans Ferramenta s ELC mapas Solu o es Significa que se indicou um n mero m ximo de grupos menor ao n mero objetivo que o m todo elbow determina como timo Repete se a opera o com
8. un error interno que hizo que no pudiera rellenar este requerimiento javax servlet ServletException java lang IllegalStateException setAttribute La Sesi n ya ha sido invalidada org apache struts action RequestProcessor processException RequestProcessor java 535 org apache struts action RequestProcessor processActionPerform RequestProcessor java 433 org apache struts action RequestProcessor process RequestProcessor java 236 org apache struts action ActionServlet process ActionServlet java 1196 org apache struts action ActionServlet doPost ActionServlet java 432 javax servlet http HttpServlet service HttpServlet java 647 javax servlet http HttpServlet service HttpServlet java 728 ca iz java lang IllegalStateException setAttribute La Sesi n ya ha sido invalidada org apache catalina session StandardSession setAttribute StandardSession java 1437 org apache catalina session StandardSession setAttribute StandardSession java 1402 org apache catalina session StandardSessionFacade setAttribute StandardSessionFacade java 156 sreg SynchroAction execute SynchroAction java 170 org apache struts action RequestProcessor processActionPerform RequestProcessor java 431 org apache struts action RequestProcessor process RequestProcessor java 236 org apache struts action ActionServlet process ActionServlet java 1196 org apache struts action ActionServlet doPost ActionServlet java 432 javax servlet http HttpServlet service H
9. 2011 Update Bioversity International Available online accessed 6 November 2013 http cropgenebank sgrp cgiar org index php option com content amp view article amp id 671 Parra Quijano M Draper D Torres E e Iriondo J M 2008 Ecogeographical representativeness in crop wild relative ex situ collections p 249 273 In Maxted N Ford Lloyd B V Kell S P Iriondo J M Dulloo M E y Turok J ed Crop wild relative conservation and use CAB International Wallingford 60 Yonezawa K Nomura T y Morishima H 1995 Sampling strategies for use in stratified germplasm collections P 35 53 In Hodgkin T Brown A H D van Hintum Th J L y Morales E A V ed Core collections of plant genetic resources John Willey amp sons Chichester UK 61 62 7 Ferramenta DIV mapas 7 1 Representa o espacial da diversidade local Em 2012 foi publicado um estudo sobre a apresenta o de padr es espaciais de diversidade gen tica a partir de marcadores neutros tipo microsat lite para o caso de Annona cherimola van Zonneveld et al 2012 Neste estudo se prop e uma forma diferente de mostrar como est distribu da a diversidade genot pica baseado na estimativa de par metros pr prios de gen tica de popula es s que antes de serem aplicados a todas as amostras ao mesmo tempo neste caso a diversidade se estima a n vel local com a determina o de vizinhan as ou reas de influ ncia O resultado de
10. Finalmente as entradas selecionadas ser o indicadas com o n mero 1 um numa nova coluna que se acrescentar tabela de passaporte de entrada No caso de haver utilizado dados de disponibilidade as cole es n cleo obtidas podem ser incompletas ao n o se dispor de suficientes entradas para representar uma ou v rias categorias ELC Por esta raz o ColNucleo gera uma tabela adicional na qual indica que acessos seriam necess rias estar dispon veis para que a cole o n cleo represente todas as categorias ELC de acordo com as cotas fixadas Mapa ELC Asignaci n categoria Datos pasaporte Datos Agrupaci n por disponibilidad categorias Estrategia de Afijaci n Constante Proporcional Logaritmico Selecci n aleatoria Prioridad para sitios de Recolecci n no duplicados Colecci n n cleo Figura 30 Ilustra o do processo que segue a ferramenta ColNucleo para a obten o de cole es n cleo ecogeogr ficas 8 4 Formato de tabela de passaporte para ColNucleo ColNucleo utiliza a tabela de passaporte FAO Bioversity 2012 com modifica es que utiliza as ferramentas GEOQUAL Representa e ECOGEO com a adi o de um campo na parte direita denominado AVAILAB que determina a disponibilidade de cada entrada Desta maneira na coluna AVAILAB se codificar com o n mero 1 um as entradas dispon veis com O zero as n o dispon veis e com as letras NA as ent
11. HWS Database s bs Satura o de bases em subsolo HWS Database s teb Bases intercambi veis totais em subsolo cmol kg HWS Database s_caco3 Carbonato de c lcio em subsolo peso HWS Database s caso4 Gessos em subsolo peso HWS Database s esp Sodicidade em subsolo HWS Database s ece Salinidade em subsolo dS m HWS Database 12 3 Variaveis ecogeograficas disponiveis Variaveis geofisicas Codigo Descri o de vari veis Unidade Fonte alt Eleva o Metros sobre o n vel do mar m Worldclim slope Declive em graus da superficie do terreno e SRTM MDE aspect Orienta o em graus da superf cie do terreno 2 SRTM MDE northness Norticidade 1 se a orienta o tende ao norte 1 ao sul SRTM MDE eastness Esticidad 1 se a orienta o tende a leste 1 a oeste SRTM MDE POINT X Longitude E POINT_Y Latitude 2 Nota As dire es web das fontes de informa o worldclim SRTM MDE e HWS Database aparecem no cap tulo 11 Cr ditos 129 12 4 Explica o das colunas adicionais na tabela de resultados tabla de analisisGEOQUAL txt Vari vel Explica o globlandc Valor extra do de GLC 2000 Global Land Cover 2000 Anel de dist ncia no qual caem as coordenadas 0 terra 1 1km 10 10km DISTOLAND etc SUITQUAL Par metro SUITQUAL valores de O a 20 IDO Valor ex
12. Seguindo as recomenda es de alguns estudos cient ficos sobre cole es n cleo e representatividade a ferramenta ColNucleo permite obter cole es n cleo ecogeogr ficas mediante a combina o de agrupamento por mapa ELC e tr s m todos de afixa o C P y L O mapa ELC deve ser gerado com a ferramenta ELC mapas ver Cap tulo 4 A Fig 30 mostra que num primeiro passo se extrai a categoria do mapa ELC correspondente ao local de coleta de cada entrada com coordenadas Posteriormente as entradas se agrupam de acordo com a categoria do mapa ELC designado De acordo com a estrat gia de afixa o e a intensidade da amostragem que o usu rio tenha selecionado ColNucleo fixa as cotas ou n mero de entradas de cada grupo que conformar o em conjunto a cole o n cleo Depois ColNucleo determina se a cota pode ser cumprida com entradas que n o correspondam a duplicados geogr ficos n o necessariamente gen tico e que o curador tenha designado como dispon veis no caso de que o usu rio tenha indicado a op o de utilizar dados de disponibilidade As entradas n o duplicado ter o prioridade sobre entradas duplicado Se a cota de menor tamanho que o n mero de entradas n o duplicadas dispon veis se selecionar aleatoriamente entre estas Se a cota de maior tamanho se selecionar o todas as entradas 95 dispon veis n o duplicadas e o faltante se cubrir com entradas duplicadas selecionadas aleatoriamente
13. consideravelmente inferior ao que leva o processo com xito sendo que na parte inferior da p gina aparecer uma mensagem de erro como mostra a Fig 10 poss vel detectar a origem do erro atrav s da mensagem de erro Assim quando aparecer esta mensagem gerada diretamente pelo programa R deve se comparar seu conte do com a lista de mensagens do cap tulo 10 Erros frequentes P Resultados Introduzca la ruta de la carpeta donde desea que se guarden los resultados del an li Por ejemplo C Resultados D MisHerramientas Resultados etc An error occurred Error en setwd paste ruta no es posible cambiar el directorio de trabajoCalls source gt withVisible gt eval gt eval gt setwd m r Figura 11 Vista da parte inferior da pagina do formulario quando se produziu algum tipo de erro Pelas configura es de alguns computadores pessoais poss vel que durante a instala o n o se executem bem todos os pacotes que R requer para o alcance 13 das an lises previstas Isto produzir um erro recorrente ao executar as ferramentas o qual aparecer em cor vermelha como o da Fig 11 mas com o seguinte texto An error occurred Error en library nombre del paquete there is no package called nombre del paquete Calls source gt withVisible gt eval gt eval gt library Este erro que aparece detalhado no cap tulo 10 Erros frequentes pode se repetir para todos os pacote
14. es menores formato que se utiliza em v rias das ferramentas CAPFITOGEN A ferramenta ECOGEO cont m toda a informa o necess ria o que permite que o usu rio n o tenha que descarregar nenhuma informa o da internet n o requer conex o como para as demais ferramentas CAPFITOGEN A informa o ou capas de vari veis ecogeogr ficas est o adaptadas e dispostas para funcionar com as programa es R da ferramenta A rea de trabalho um segundo aspecto que define o usu rio Frequentemente a rea de trabalho corresponde aos limites territoriais de um estado tal e como vem definido na base de dados global sobre reas administrativas http www gadm org As vari veis ou camadas ecogeogr ficas est o recortadas segundo seus limites de tal maneira que se escolhermos um determinado pa s e os dados de passaporte incluem coordenadas que indicam locais fora deste pa s as entradas correspondentes a tais coordenadas n o carregam nenhuma informa o Poderiam existir opc es para fazer an lises al m das fronteiras de um pa s determinado que o que se considera uma regi o ou inclusive um continente Se houver disponibilidade de regi es ou continentes dentro da ferramenta apareceriam nos listados do par metro pa s o usu rio pode usar 41 estas reas de trabalho de maior cobertura sabendo que seguramente o n vel de resolu o desta informa o ser de menor alcance tamanhos de c lula ao redor de 10x10 k
15. m ltiplos usos os mapas de caracteriza o ecogeogr fica do terreno mapas ELC s o teis para a conserva o e uso razo vel da agrobiodiversidade A ideia de expressar adapta o atrav s de mapas n o nova Desde meados do s culo passado se vem desenvolvendo mapas de biomas ecosistemas regi es ecol gicas etc Estes mapas representam unidades ambientais geralmente como regi es grandes e homog neas Em princ pio os climas ou ambientes os termos eram usados indistintamente que representam estes mapas eram usados em estudos de diversos tipos de organismos plantas animais microorganismos Alguns mapas afinaram mais e representavam por exemplo os climas afins as forma es vegetais descritas por Leslie Holdridge en 1947 ainda que logo se generalizaram como sistemas de classifica o de zonas de vida Estes mapas foram de muita utilidade para bi logos e naturalistas que tentavam compreender a distribui o de organismos vivos em rela o temperatura e a humidade Ainda hoje em dia o sistema de Holdridge tem aplica o por exemplo em estudos de mudan a clim tica Contudo a mistura s vezes indisting vel de caracter sticas bi ticas vegeta o e abi ticas temperatura precipita o nestes mapas a simplifica o do componente abi tico em s dois fatores e a forma de delinear as regi es grandes homog neas e cont nuas representavam um impedimento s rio para seu uso em estudos d
16. m nenhuma descri o de local ou a descri o est contida por completo no campo COLLSITE N O conveniente usar esta op o 3 4 1 5 Par metro resultados Explica o Introduzir o caminho da pasta onde deseja guardar os resultados das an lises Nota usar em vez de na indica o do caminho da pasta Por 24 exemplo C Resultados D MinhasFerramentas Meus Documentos Resultados etc 3 5 Resultados de GEOQUAL No caminho e pasta determinada em resultados par metro 3 4 1 5 se encontrar tr s tabelas e um mapa de pontos do tipo vetorial shapefile 3 5 1 Tabelas As tabelas produzidas por GEOQUAL est o em formato de texto delimitado por tabula es e podem ser abertas em programas como Excel OpenOffice ou R 3 5 1 1 PasaporteOriginalEvaluadoGEOQUAL txt a tabela de passaporte no formato sugerido que originalmente se usou para a an lise com acr scimo de cinco colunas com os valores obtidos para os par metros SUITQUAL LOCALQUAL COORQUAL TOTALQUAL e TOTALQUAL100 3 5 1 2 tabla de analisisGEOQUAL txt Esta tabela cont m tamb m todas as colunas da tabela de passaportes originalmente introduzidas para sua an lise ainda que neste caso s se incluem as entradas com coordenadas No entanto o mais importante desta tabela que nela foram acrescentadas todas as colunas correspondentes a extra es interpreta es ou subpar metros que foram necess rios para poder calcular os valor
17. mapa de pontos correspondente aos locais de coleta em duas vers es ShapefilePuntosPasaporte shp y mapa puntospas google kml e uma tabela Valor mediana para bootstrapping txt que s aparecer quando se solicite 85 processos de reamostragem e que cont m o valor da m dia utilizado como limiar em tal processo 7 5 1 Pasta ClassicMultivariateResults pais Esta pasta cont m gr ficos formato wmf e tabelas txt produto de an lises multivariadas an lises de agrupamentos e an lises de componentes principais tal e como se detalham nas se es 5 4 1 para as figuras e 5 4 2 2 para as tabelas Dependendo dos dados introduzidos aparecer no nome dos arquivos os termos ecogeographic prov m da caracteriza o ecogeogr fica genotypic prov m da caracteriza o genot pica e phenotypic prov m da caracteriza o fenot pica Os resultados guardados nesta pasta correspondem aos produtos de an lises de todas as entradas ao mesmo tempo isto da maneira usual de an lise tal e como realiza a ferramenta ECOGEO 7 5 2 Pasta EcogeographicResults pais Esta pasta aparecer no caso de que se tenha solicitado a obten o de um mapa de diversidade ecogeogr fica ver se o 7 4 1 11 Cont m o mapa de diversidade em tr s formatos imagen mapadiv ecogeo pais png Google earth mapadiv ecogeo pais kml e DIVA GIS mapadiv ecogeo pais grd Nestes mapas aparecem re
18. o Selecionar esta op o quando a totalidade das vari veis descritores fenot picos corresponde a vari veis de tipo quantitativo 7 4 1 39 Par metro genoclus Explica o Selecionar esta op o se for desej vel realizar an lise de agrupamentos grupos de todas as entradas para as quais foi aportada informa o genot pica 7 4 1 40 Par metro genoclustype Explica o Escolher o tipo de agrupamento grupo hier rquico que se deseja utilizar para os agrupamentos grupos genotipicos single vizinho mais pr ximo complete vizinhan a mais compactada ward m todo de m nima vari ncia de Ward mcquitty m todo de McQuitty average similaridade semelhan a m dia UPGMA median similaridade semelhan a da mediana centroid centr ide geom trico flexible Beta flex vel 7 4 1 41 Par metro genopco Explica o Selecionar esta op o se for desej vel realizar an lise de coordenadas principais de todas as entradas para as quais foram aportadas informa es genot picas 7 4 1 42 Par metro genopcoaxe Explica o N mero de coordenadas a reter sempre menor que o n mero de vari veis genot picas dentro da an lise PCoA 84 7 4 1 43 Par metro mantelt Explicac o Indicar se for desej vel analisar as correlac es matriciais Mantel 1967 entre as poss veis combina es de fatores ecogeogr fico vs fenot pico vs genot pico Realizar se
19. through species distribution models gap analysis and ecogeographical maps Biodiversity and Conservation 21 79 96 DOI 10 1007 s10531 011 0167 0 Parra Quijano M Iriondo J M Frese L Torres M E 2012 C Spatial and ecogeographic approaches for selecting genetic reserves in Europe En N Maxted M E Dulloo B V Ford Lloyd L Frese J Iriondo y M A A Pinheiro de Carvalho ed Agrobiodiversity Conservation securing the diversity of crop wild relatives and landraces CABI Wallingford UK Rousseeuw P J 1987 Silhouettes a Graphical Aid to the Interpretation and Validation of Cluster Analysis Computational and Applied Mathematics 20 53 65 doi 10 1016 0377 0427 87 90125 7 37 Thormann 2012 Applying FIGS to crop wild relatives and landraces in Eruope Crop Wild Relative 8 14 16 http www pgrsecure org publications Tohme J Jones P Beebe S y Iwanaga M 1995 The combined use of agroecological and characterisation data to establish the CIAT Phaseolus vulgaris core collection p 95 107 In Hodgkin T Brown A H D van Hintum Th J L y Morales E A V eds Core collections of plant genetic resources IPGRI Rome 38 5 Ferramenta ECOGEO 5 1 Caracteriza o ecogeogr fica do germoplasma Entende se por caracteriza o ecogeogr fica como a an lise de toda informa o ambiental do local onde cresce um indiv duo ou uma popula o vegetal diretamente relacionada com o processo de adapta o ao ent
20. 6 Resultados de ELC mapas No caminho e pasta determinada em resultados parametro 4 5 1 12 se encontrara cinco mapas e tr s tabelas 4 6 1 Os mapas 34 Correspondem ao mapa ELC final do pa s ou a regi o determinada no par metro 4 5 1 3 mapa elc pais grd e mapa elc pais gri junto com a imagem mapa elc pais png e os mapas que representam as categorias resultantes dos componentes bioclim tico geof sico e edafico mapa bioclimatico pais grd mapa bioclimatico pais gri mapa geofisico pais grd mapa geofisico pais gri mapa edafico pais grd e mapa ed fico pais gri Todos estes mapas podem ser abertos em DIVA GIS Inicialmente DIVA GIS abre os mapas como mostra a Fig 17 Project Data Layer Map Analysis Modeling Grid Stack Tools Help Dia ela jaja lej a HX Ma 710 mapa ele colombia Figura 17 Exemplo de um mapa de Col mbia produzido por ELC mapas tal e como mostraria DIVA GIS sem nenhum tipo de edi o As 20 categorias se mostram agrupadas em 5 classes Contudo sua visualiza o pode se alterar ao clicar duas vezes sobre a caixa cinza da parte esquerda que representa essa capa Adicionando tantas filas at alcan ar o n mero de categorias que cont m o mapa e aplicando uma gama de cores aleat rias pode se obter um mapa como o que mostra a Fig 18 conveniente que as cores sejam o mais diferentes poss vel para que se identifiquem perfeitamente as categorias cen r
21. Annona cherimola Mill Application of Spatial Analysis for Conservation and Use of Plant Genetic Resources PLoS ONE 7 1 e29845 doi 10 1371 journal pone 0029845 90 8 Ferramenta ColNucleo 8 1 Conceito de cole o n cleo Uma cole o n cleo ou nuclear daqui em diante n cleo uma subcole o ou uma fra o de uma cole o original que se pode realizar por diversos motivos O tamanho da cole o original a maior determinante na hora de tomar a decis o de criar uma cole o n cleo As cole es n cleo geralmente se consideram uma solu o quando o tamanho das cole es originais se converte em um problema Uma cole o de maior tamanho pode representar um problema na hora de multiplicar caracterizar ou avaliar germoplasma em particular quando os recursos econ micos s o limitados selecionar materiais para programas de melhoramento criar cole es ativas ou de trabalho etc Dependendo das condi es de cada lugar uma cole o de maior tamanho pode ser conformada por 500 1000 2000 ou mais entradas Uma cole o n cleo costuma ter um tamanho de 10 do total de entradas da cole o original se bem que h estudos que situam o percentual timo acima ou abaixo deste valor Parra Quijano et al 2011a A este percentual se denomina intensidade de amostragem importante notar que de nenhuma maneira a determina o de uma cole o n cleo deve p r em risco a conserva o das entradas n o sel
22. World s Plant Genetic Resources for Food and Agriculture Rome Khazaei H Street K Bari A Mackay M Stoddard F L 2013 The FIGS Focused Identification of Germplasm Strategy approach identifies traits related to drought adaptation in Vicia faba genetic resources PLoS ONE 8 5 e63107 doi 10 1371 journal pone 0063107 Mackay M C 1990 Strategic planning for effective evaluation of plant germplasm p 21 25 En Srivastava J P Damania A B eds Wheat genetic resources Meeting diverse needs John Wiley amp Sons Chichester UK Mackay M C Street K 2004 Focused identification of germplasm strategy FIGS p 138 141 En Black C K Panozzo J F Rebetzke G J eds Cereals 2004 Proceedings of the 54th Australian Cereal Chemistry Conference and the 11th Wheat Breeders Assembly 21 24 September 2004 Canberra Australian Capital Territory ACT Cereal Chemistry Division Royal Australian Chemical Institute Melbourne Australia 117 118 10 Erros frequentes Na seguinte lista se encontram muitos dos avisos de erro texto de cor vermelha na parte inferior da interface ou ao menos os mais frequentes que podem aparecer durante a execu o de alguma das ferramentas Se durante sua experi ncia de trabalho com as ferramentas CAPFITOGEN aparecem avisos de erro diferentes aos expostos ou se se tem alguma d vida sobre o funcionamento das mesmas pode se visitar o foro de resolu o de problemas no seguin
23. a instala o manual de R o ambiente de execu o de Java e do servidor virtual Tomcat assim como a modifica o de vari veis do ambiente Windows O velho procedimento exigia do usu rio fazer a instala o manual dos programas e as modifica es das vari veis de ambiente al m de levar em conta o tipo de sistema operativo 32 o 64 bit da vers o do Windows A partir da vers o 1 2 o conjunto de ferramentas CAPFITOGEN vem com um instalador que se encarrega de realizar todos os passos necess rios da instala o de programas e modifica o de vari veis de ambiente Al m disso este instalador se encarrega tamb m de descompactar e instalar todos os pacotes de R necess rios para que se leve a cabo as an lises Deste modo se conseguiu um pacote de ferramentas pronto para usar os passos para fazer a instala o e execu o das ferramentas CAPFITOGEN s o os seguintes a Se as ferramentas foram baixadas do web site dispon vel para isso detalhes em http www agrobiodiversidad org blog p 1039 haver um arquivo com extens o alz compactado com o corpo principal das ferramentas e outros arquivos alz com a informa o ecogeogr fica para cada pa s ou regi o que se vai considerar como rea de trabalho Extraia todos os arquivos ou pastas que contenham estes arquivos compactados e ent o execute o instalador das ferramentas colocando a pasta com o nome do pa s ou regi o na pasta rdatamaps do conjunto de pastas e
24. ao formato decimal de LATITUDE e LONGITUDE A diferen a do processo que realiza Check Coordinates comprovar coordenadas inclu do em DIVA GIS onde a compara o absoluta os termos devem comparar caracter stica por caracter stica buscando a coincid ncia GEOQUAL utiliza a dist ncia generalizada de Levenshtein atrav s da fun o agrep do pacote base de R que toma em conta o n mero de inser es elimina es ou mudan a de caracter stica entre as duas cadeias que se comparam Assim permitindo um certo n mero deste tipo de mudan as a fun o agrep capaz de identificar concord ncias ainda que ocorram erros de tipografia ou pelo efeito daqueles caracteres alfab ticos pr prios de certos idiomas que em ocasiones n o se codificam corretamente caso da e os acentos no idioma castelhano Para mais seguran a LOCALQUAL compara tamb m com os campos VARNAME1 VARNAME2 VARNAMES e VARNAMEA4 inclu dos em GADM que s o variantes do nome oficial da unidade administrativa e que podem ser usados pelos curadores na hora de registrar o germoplasma em suas bases de dados de passaporte Finalmente LOCALQUAL considera a s rie de compara es positivas entre os diferentes emparelhamentos ORIGCTY com ISO ADM1 com NAME etc para calcular um valor numa categoria de zero a vinte 21 LOCALQUAL D10 O 15 20 Municipio Hontoba Re Pais Spain Pais Spain A a re Estado Regi n Madrid Estado R
25. arquivos do corpo principal das ferramentas o qual se encontra englobado na pasta CAPFITOGEN Copie esta pasta preferivelmente numa unidade de mem ria externa dedicada exclusivamente para as ferramentas ou diretamente no disco duro do PC que frequentemente corresponde unidade C Os sistemas de downloads da internet e instaladores das ferramentas podem mudar em vers es posteriores b Se teve acesso s ferramentas atrav s de uma mem ria USB fornecida pelo Programa CAPFITOGEN simplesmente conecte a a uma das portas USB de seu PC Ao acessar o conte do da mem ria USB se encontrar uma pasta chamada CAPFITOGEN N o mova o conte do desta pasta Esta pasta cont m a estrutura de pastas e arquivos Fig 1 necess ria para o funcionamento das ferramentas c No grupo de arquivos se encontrar um s arquivo execut vel com extens o exe normalmente denominado CAPFITOGEN exe Clique duas vezes sobre este arquivo e imediatamente se abrir uma janela como a que se mostra na Fig 2 de Formatos du InstalarPrevia d Manuales Je MapasApoyo d Packages dx Pasaporte __ ADMlevel R bioclim R edaph E gadm2 R geophys a gle2000 mE HerramientasCAPFITOGEN IR 100 Ey CAPFITOGEN R lista paises ListaPaisesMar R mapamarlr 14 07 2013 07 12 14 07 2013 05 28 14 07 2013 07 13 14 07 2013 07 24 30 07 2013 10 43 a 14 07 2013 07 03 21 01 2013 10 51 a 23 02 2013 04 14 a 11
26. categoria de zero a vinte 3 3 1 2 Par metro SUITQUAL Este par metro atribui um valor de qualidade s coordenadas de acordo com o apropriado do local de coleta para o crescimento de plantas e diferenciando da natureza da entrada silvestre ou cultivada de acordo com o descritor SAMPSTAT A informa o sobre as caracter sticas do local da coleta prov m de um mapa de uso do solo Global Land Cover 2000 ou GLC2000 Se trata do mapa de cobertura global de livre acesso sobre uso do solo mais antigo que conta com uma resolu o apropriada 1 km As classes originais deste mapa se transformam em fun o do apropriado que resulta cada classe presen a de plantas cultivadas ou silvestres em uma escala de 0 a 20 20 SUITQUAL a e 10 se 015 gt q 020 a e en soe Valores de uso de suelo e ki x Areas apropiadas Areas terrestres inapropiadas gt Cuerpos de agua EM Zonas pantanosas a i e Figura 13 Exemplo da obtenc o de valores SUITQUAL de acordo a interpretac o dos valores de uso do solo 3 3 1 3 Par metro LOCALQUAL LOCALQUAL o resultado da comparac o da descric o da localidade onde se coletou o germoplasma procedente dos campos ORIGCTY ADM ADM2 ADM3 ADM4 e COLLSITE com os campos ISO NAME1 NAME2 NAME3 e NAME4 da base de dados Global Administrative Areas GADM v2 0 extra dos por meio das coordenadas provistas em DECLATITUDE e DECLONGITUDE ou atrav s da transforma o
27. de confian a ou de risco da georreferencia o do local de coleta que normalmente ficam refletidos nos dados do passaporte Em particular a necessidade surgiu no fim do ano de 2009 no momento de preparar os dados do passaporte do Invent rio Nacional de Recursos Fitogen ticos Espanholes para serem caracterizados ecogeograficamente Ter uma ideia da qualidade da georreferencia o em dados do passaporte foi ent o uma prioridade na hora de criar o Sistema de Informa o Ecogeogr fica dos Recursos Fitogen ticos Espanholes projeto SIERFE http Awww sierfe es SIERFE um sistema que permite selecionar germoplasma a partir da caracteriza o ambiental do local de coleta atrav s de um portal da internet Ao desenvolver GEOQUAL e incorpor lo no SIERFE um estimador de qualidade permite aos usu rios de SIERFE solicitantes de germoplasma como melhoradores cient ficos ou agricultores determinar sua exig ncia em termos de qualidade da georreferencia o na hora de selecionar germoplasma por vari veis ecogeogr ficas Isto representa um avan o nico no desenvolvimento de sistemas de informa o e sele o de germoplasma Mais de 45 000 entradas do Invent rio Espanhol foram caracterizadas ecogeograficamente e cada uma recebeu um valor de qualidade em uma escala de O a 100 GEOQUAL foi ent o desenvolvido especificamente para as caracter sticas dos dados de passaporte do Invent rio Nacional de Recursos Fitogen ticos Espanholes
28. de dados processados ou configura o de hardware do computador GEOQUAL produzir resultados os quais guardar onde tenha sido indicado par metro 3 4 1 5 3 4 1 Par metros iniciais definidos pelo usu rio 3 4 1 1 Par metro ruta Explica o Caminho onde se encontram as ferrramentas documentos CAPFITOGEN Nota usar em vez de na indica o do caminho da pasta Por exemplo F CAPFITOGEN C CAPFITOGEN D MinhasFerramentas MeusDocumentos CAPFITOGEN etc 3 4 1 2 Par metro pasaporte Explica o Escrever o nome do arquivo que cont m a tabela de passaporte em formato de texto lembrando de incluir a extens o txt Por exemplo se o arquivo se chama tabela deve se escrever tabela txt Recorde que este arquivo dever ser guardado previamente na pasta Passaporte que faz parte do conjunto de pastas que comp e o diret rio CAPFITOGEN 3 4 1 3 Par metro precision Explica o Escolher usar mapas de alta ou baixa precis o para determinar se as coordenadas de um lugar de recole o caem no mar e em qual distancia Alta resolu o poder desacelerar um pouco o processo quando a base de dados for muito grande superior a 15 000 entradas com coordenadas 3 4 1 4 Par metro local Explica o Indicar se deseja usar o par metro LOCALQUAL para avalia o da qualidade do georeferenciamento LOCALQUAL um par metro de compara o entre o local descrito e o extra do pelo SIG Se seus dados n o cont
29. de gradua o de cores de acordo com os valores m dios de dist ncia Para o caso de caracteriza es genot picas adicionalmente dist ncia ou n o semelhan a m dia se pode calcular outros par metros gen ticos como o da diversidade gen tica de Nei 1987 ou a propor o de marcadores polim rficos para cada grupo de entradas dentro de cada rea de influ ncia Estes par metros s o calculados por R a partir das matrizes iniciais de caracteriza o 71 i Pt DIVA GIS 7 5 0 gt N Project Data Layer Map Analysis Modeling Grid Stack Tools Help Did MR qa lela ex la Y mapadiv_ecogeo_ecuador y COLOMBIA Caracterizaci n ecogeogr fica Promedio de la distancia Euclidea Edo E 001 4 A y 0 8518 Scale 1 4365716 mapadiv ecogeo ecuador 641 Data Design re ge Ema Figura 28 Visualiza o de mapas de diversidade A Mapa de diversidade ecogeogr fica para a cole o equatoriana de amendoim Arachis hypogaea produto de DIV mapas aberto em DIVA GIS B mesmo mapa em sua vers o final Finalmente ao visualizar se em DIVA GIS o arquivo r ster composto pelas c lulas s quais se atribuiu valores dos par metros de diversidade o que faz o programa informatizado atribuir uma cor a cada c lula de uma gradua o de cores permitindo observar rapidamente quais s o os lugares onde se apresentam maiores n veis de diversidade medida por valores m dios de d
30. de grupos Dado que a informa o ecogeogr fica a n veis de resolu o de 1 km ou inclusive de 5 km bastante volumosa para um subcontinente completo como Am rica Latina a ferramenta ELC mapas est inicialmente pensada para ser utilizada a n vel de pa s se bem que a distribui o das esp cies objetivo ou a distribui o das coletas de germoplasma possa ir mais al m dos limites de um pa s determinado Se espera produzir em um curto prazo uma vers o de ELC mapas com dados a n vel continental ou subcontinental com menos resolu o 10 km 4 4 A sele o das vari veis ecogeogr ficas Este um aspecto muito importante a ter em conta antes de usar a ferramenta ELC mapas A mudan a acr scimo ou elimina o de uma s vari vel de um s componente bioclim tico geof sico ou ed fico mudar sensivelmente a configura o final do mapa e sua correla o com os cen rios adaptativos da esp cie A t cnica de mapas de caracteriza o ecogeogr fica do terreno originalmente n o contemplava fazer maior discrimina o de vari veis uma vez que se pensava em mapas de corte generalistas Contudo medida que se reconheceu que sua capacidade de discriminar corretamente cen rios adaptativos se incrementava ao enfocar se em uma esp cie em particular ou um grupo de esp cies muito afins em termos gen ticos surgiu a ideia de selecionar as vari veis ecogeogr ficas de cada componente que mais influenciam na adapta
31. de temperatura anual BIOCLIM5 BIOCLIM6 C Worldclim bio 8 Temperatura m dia do trimestre mais mido 3 meses mais chuvosos C Worldclim bio 9 Temperatura m dia do trimestre mais seco 3 meses mais secos C Worldclim bio 10 Temperatura m dia do m s mais quente 3 meses mais quentes C Worldclim bio 11 Temperatura m dia do trimestre mais frio 3 meses mais frios C Worldclim bio 12 Precipita o anual mm Worldclim bio 13 Precipita o do m s mais mido mm Worldclim bio 14 Precipita o do m s mais seco mm Worldclim bio 15 Sazonalidade na precipita o coeficiente de varia o mm Worldclim bio 16 Precipita o do trimestre mais mido 3 meses mais chuvosos mm Worldclim bio_17 Precipita o do trimestre mais seco 3 meses mais secos mm Worldclim bio 18 Precipita o do trimestre mais quente 3 meses mais quentes mm Worldclim bio 19 Precipita o do trimestre mais frio 3 meses mais frios mm Worldclim 12 2 Variaveis ecogeograficas disponiveis Variaveis edaficas Codigo Descricao de variaveis Unidade Fonte ref_depth Profundidade refer ncia da unidade de solo m HWS Database t_gravel Conte do de cascalho em solo superficial vol HWS Database t sand Conte do de areia em solo superficial peso HWS Database t_silt Conte do de limo em solo superficial peso HWS Database t_clay Conte do de argila em solo superficial peso HWS Database t ref bulk Densidade aparente de refer ncia em solo superficial
32. de valores que deve satisfazer uma entrada para ser inclu da na subcole o FIGS A segunda forma a determina o de uma fra o da cole o expressa em percentual cujas entradas s o as que possuem os valores mais altos ou mais baixos em rela o vari vel de sele o 106 FIGS R adota alguns termos ou defini es do melhoramento gen tico de plantas como intensidade de sele o ou diferencial de sele o O primeiro se usa para definir o percentual da cole o inicial que ficar inclu do na subcole o FIGS O segundo faz refer ncia diferen a entre a m dia da cole o original e a subcole o FIGS para a ou as vari veis de sele o Al m disso a ferramenta FIGS R permite criar subcole es FIGS balanceadas ecogeogr ficamente Em outras palavras se o usu rio previamente gerou um mapa ELC atrav s da ferramenta ELC mapas cap tulo 4 e usa exclusivamente a segunda forma de sele o fra o da cole o pode fazer que a ferramenta 1 Atribua categorias a cada entrada com base na categoria do mapa ELC onde ocorre seu local de coleta e 2 selecione de cada categoria a fra o de entradas com os valores mais altos ou baixos para a vari vel de sele o O balan o mediante um mapa ELC tende a produzir subcole es FIGS com uma maior representatividade ecogeogr fica ainda que conservando em boa medida o potencial de utiliza o em programas de melhoramento pela caracter stica de interesse Fi
33. desej vel realizar an lise de componentes principais de todas as entradas para as quais se extraiu informa o ecogeogr fica 7 4 1 33 Par metro ecogeopcaxe Explicac o N mero de componentes a reter sempre menor que o n mero de vari veis ecogeogr ficas dentro da an lise PCA 7 4 1 34 Par metro phenoclus Explicac o Selecionar esta opc o se for desej vel realizar an lise de agrupamentos grupos de todas as entradas para as quais se aportou informa o fenot pica 7 4 1 35 Par metro phenoclustype Explica o Escolher o tipo de agrupamento grupo hier rquico que se deseja utilizar para os agrupamentos grupos fenotipicos single vizinho mais pr ximo complete vizinhan a mais compactada ward m todo de m nima vari ncia de Ward mcquitty m todo de McQuitty average similaridade semelhan a m dia UPGMA median similaridade semelhan a da mediana centroid centr ide geom trico flexible Beta flex vel 7 4 1 36 Par metro phenopca 83 Explica o Selecionar esta op o se for desej vel realizar an lise de componentes coordenadas principais de todas as entradas para as quais foram aportadas informa es fenot picas 7 4 1 37 Par metro phenopcaxe Explicagao Numero de componentes coordenadas a reter Sempre menor que o n mero de vari veis fenot picas dentro da an lise PCA PCOA 7 4 1 38 Par metro phenovarq Explica
34. desvio na coleta das amostras analisadas Thomas e colaboradores 2013 sugerem um m todo de reamostragem Este ltimo m todo est incorporado em DIV mapas Nele se usa como N tamanho da amostra a m dia do n mero de entradas analisadas por c lula C lulas com um n mero de entradas inferior m dia s o descartadas Ent o o valor atribu do a cada c lula corresponde m dia dos valores m dios de dist ncia obtidos em cada processo de reamostragem Dependendo do n mero de reamostragem que o usu rio escolha e do n mero de c lulas que componha o mapa de diversidade o processo de obten o pode tomar desde minutos at horas 7 2 6 Outras an lises DIV mapas tamb m permite realizar outros tipos de an lises particularmente quando foram introduzidos dados de caracteriza o de diferentes tipos Desta maneira DIV mapas pergunta ao usu rio se deseja realizar an lise de agrupamentos an lise de ordena o da mesma maneira que se realiza na ferramenta ECOGEO Al m disso o usu rio pode solicitar realizar compara es 73 matriciais de Mantel 1967 entre matrizes de dist ncia para o total das entradas De maneira autom tica DIV mapas gera uma matriz de dist ncias geogr ficas entre todos os locais de coleta e introduz esta matriz nas correla es matriciais pareadas 7 3 Formatos de dados de entrada em DIV mapas Para o correto funcionamento da ferramenta DIV mapas necess rio introduzir informa o de d
35. e Bioversity International em 2012 e que fosse transfer vel a t cnicos de programas nacionais A ferramenta GEOQUAL que se apresenta aqui portanto a avalia o de uma ideia original transformada em tecnologia de f cil ado o reunindo fatores de adaptabilidade apropriados s condi es e necessidades de v rios programas nacionais de conserva o de recursos fitogen ticos 3 3 Caracter sticas de GEOQUAL A ferramenta GEOQUAL se comp e de quatro par metros tr s deles informam aproxima es diferentes sobre a qualidade da georreferencia o COORQUAL SUITQUAL e LOCALQUAL e um par metro final TOTALQUAL que resume os tr s primeiros Os par metros base se calculam em categorias que v o de zero a vinte sendo zero qualidade nula e 20 m xima qualidade Em algumas ocasi es dependendo dos dados de passaporte dispon veis se pode prever o c lculo de LOCALQUAL como se explica mais adiante Adicionalmente se gera um par metro que transforma os valores iniciais de TOTALQUAL 0 a 40 ou 0 a 60 a uma categoria de avalia o de O a 100 para facilidade de uso e interpreta o do valor de avalia o TOTALQUAL100 importante ter em conta que GEOQUAL opera sobre o formato de descritores de passaporte FAO Bioversity publicado no ano 2012 com o acr scimo de quatro descritores de localidade ADM1 ADM2 ADM3 e ADM4 que t m correspond ncia com diferentes figuras administrativas segundo cada pa s ver Anexo 9 1 No enta
36. e foi poss vel utilizando diversos programas a maior parte de tipo comercial como ArcGIS de ESRI Em 2011 no marco do projeto PGR secure do S timo Programa Marco da Uni o Europ ia http www pgrsecure org foi necess ria a depura o de quatro bases de dados que continham informa o de ocorr ncia de variedades e esp cies silvestres relacionadas com quatro g neros de interesse agr cola na Europa Avena Beta Brassica e Medicago Mais de 33 000 registros receberam um valor GEOQUAL o qual permitiu desconsiderar ou melhorar a qualidade de cerca de 4 000 registros A partir de ent o v rios pesquisadores europeus que trabalham em temas relacionados agrobiodiversidade se interessaram por GEOQUAL demandando o desenvolvimento de uma ferramenta de f cil manejo que permitisse aplicar GEOQUAL sobre diferentes formatos de dados de presen a de esp cies J em 2012 quando o programa CAPFITOGEN aprovado e se decidem as ferramentas a desenvolver GEOQUAL se converteu em uma prioridade Se tratava de abordar o desafio de criar uma ferramenta de avalia o da qualidade de dados da georreferencia o que fosse simples com toda a informa o necess ria pr carregada que n o requeira maiores conhecimentos em Sistemas de Informa o Geogr fica SIG para poder aplic la que viesse em uma solu o integrada usando s um programa de SIG que usasse como base o formato de 18 descritores de passaporte definidos pela FAO
37. em km que tera ao o os mapas de diversidade que ser o gerado s Este par metro est restrito aos seguintes valores 1 5 10 50 e 100 km se for escolhido outro valor se produzir um erro 7 4 1 29 Par metro buffer Explica o Escolher o raio da rea circular de influ ncia ou vizinhan a em km Esta rea ser criada a partir de cada centr ide de c lula do mapa com lugares de recole o e gerar grupos com as entradas cujo lugar de recole o estar inclu do O valor de ndices e dist ncias m dios de cada grupo ser assinalado na c lula daquele centr ide em que se tra ou a rea de influ ncia 7 4 1 30 Par metro ecogeoclus Explica o Selecionar esta op o quando for desej vel realizar an lise de agrupamentos grupos de todas as entradas para as quais se extraiu informa o ecogeografica 7 4 1 31 Par metro ecogeoclustype 82 Explica o Escolher o tipo de agrupamento grupo hier rquico que se deseja utilizar para os agrupamentos grupos ecogeogr ficos single vizinho mais pr ximo complete vizinhan a mais compactada ward m todo de m nima vari ncia de Ward mcquitty m todo de McQuitty average similaridade semelhan a m dia UPGMA median similaridade semelhan a da mediana centroid centr ide geom trico flexible Beta flex vel 7 4 1 32 Par metro ecogeopca Explica o Selecionar esta op o se for
38. entradas selecionadas pela vari vel prim ria que foram coletadas em cada categoria ELC em FIGS var2 o n mero de entradas selecionadas pela vari vel secund ria no segundo processo de filtragem de cada categoria ELC e em FIGS var3 o n mero de entradas selecionadas pela variable terci ria no terceiro processo de filtragem de cada categoria ELC Finalmente se para as vari veis de sele o prim ria secund ria e terci ria se utilizou exclusivamente a segunda forma de sele o fra o da cole o isto se foi marcada a op o variab1cola variab2cola e variab3cola par metros 9 4 1 19 9 4 1 27 e 9 4 1 35 respectivamente os resultados incluir o uma quinta tabela 9 5 5 FIGS UnderELC txt Corresponde a uma tabela com os mesmos campos descritos anteriormente para a tabela Passport FIGS R txt se o 9 5 3 mas neste caso s cont m as entradas que constituem a subcole o FIGS balanceada mediante o mapa ELC e incluem os campos SEL VART1 SEL VAR2 e SEL VAR3 que indicam com o valor 1 se essas entradas foram tamb m selecionadas num esquema FIGS sem o uso de mapas ELC Al m disso no lado esquerdo da tabela aparecem at 3 novos campos identificados como var eco1 var eco2 e var eco3 dependendo de quantas vari veis de sele o se tenham utilizado Em cada um destes campos 116 aparecer o os valores correspondentes extra o de cad
39. etc da cole o a avaliar e NAC o numero de alelos de tais loci desta esp cie capturados por tal cole o Esta determina o ideal da representatividade gen tica implica um impedimento de ordem pr tica Conhecer o n mero total de alelos que pode conter uma esp cie num territ rio suficientemente grande como um pa s espa o de trabalho normal de uma cole o de germoplasma de um Programa Nacional ou inclusive a n veis muito inferiores a este resulta uma tarefa na pr tica invi vel para qualquer esp cie exceto para aquelas nas quais se sabe com certeza que est o compostas de pouqu ssimas popula es Se considerarmos o contexto dos recursos gen ticos vegetais para alimenta o e agricultura esta exce o quase inexistente Al m disso a tentativa de calcular a RG leva a que indiretamente se tenha representado 100 dos alelos se a amostra de todas as popula es implicar coleta de germoplasma Em outras palavras se calcular a RG de uma cole o de germoplasma implica coletar amostras e germoplasma de todas as popula es que comp em a esp cie dentro de um territ rio de trabalho ent o independentemente do dif cil que possa resultar esta tarefa a m xima representatividade j seria alcan ada sempre que na coleta tenha se seguido crit rios adequados de representatividade intrapopulacional 50 Estas dificuldades pr ticas e log sticas levaram a se pensar em outras alternativas para determinar a representati
40. fator decisivo na consecu o dos objetivos dado o firme compromisso da Espanha com o TIRFAA e os estreitos la os existentes entre os Programas Nacionais de Conserva o de Recursos Gen ticos Vegetais e Institutos Nacionais de Pesquisa Agr cola INIAs dos pa ses do GRULAC e Espanha A boa experi ncia colhida nos work shops pr vios e a import ncia de impulsionar alguns objetivos do TIRFAA na Am rica Latina e Caribe em particular os constantes nos artigos 5 6 7 8 e 13 2 c representou um incentivo chave para dar continuidade a este tipo de atividades Ao mesmo tempo se fez evidente a necessidade de dar maior profundidade e conte do t cnico continuidade dos work shops estabelecendo um programa de transmiss o de tecnologia onde os work shops representam um elemento dentro de uma estrat gia de a o mais ampla Tomando como base estes antecedentes e as necessidades da regi o foi implementado o Programa para o Fortalecimento das Capacidades em Programas Nacionais de Recursos Gen ticos Vegetais da Am rica Latina CAPFITOGEN Este programa est enfocado no desenvolvimento de tecnologias apropriadas para pa ses com abundante agrobiodiversidade e limitados recursos econ micos Sua fun o desenvolver a tecnologia transfer la e dar forma o adequada ao pessoal t cnico dos pa ses da Am rica Latina que s o parte do Tratado A boa acolhida das ferramentas e metodologias que foram desenvolvidas sob a prote o do Pr
41. faz parte do conjunto de pastas que comp e a ferramenta DIVmapas 7 4 1 7 Par metro geoqual Explica o Selecionar esta op o quando os dados de passaporte foram analisados pela ferramenta GEOQUAL e cont m portanto 50 colunas e n o as 45 do modelo de passaporte que usam as ferramentas CAPFITOGEN Desta forma usar a tabela resultado de GEOQUAL v 1 2 denominada PasaporteOriginalEvaluadoGEOQUAL txt como tabela de passaporte no ponto item anterior 7 4 1 8 Par metro totalqual Explica o Se sua tabela de passaporte oriunda de GEOQUAL e desej vel considerar uma qualidade m nima para que seus dados sejam inclu dos na an lise determinar o valor de TOTALQUAL100 a ser usado como limite S o admitidos valores de O qualidade nula a 100 m xima qualidade 7 4 1 9 Par metro buffy Explica o Marcar esta op o se for desej vel que a extra o da informa o ecogeogr fica se fa a sobre uma rea ao redor do lugar de recole o Deixar sem marcar esta op o levar a que a extra o se realize somente para o ponto que indica as coordenadas do lugar de recole o 7 4 1 10 Par metro tamp 78 Explica o Especificar o raio em metros de uma rea circular ao redor do ponto que indica as coordenadas do lugar de recole o de onde ser extra da a informa o ecogeogr fica Dos valores extra dos da rea circular ser feita a m dia para obter um nico valor e n o se considerar o c
42. inicial poss vel realizar an lises multivariadas como as que frequentemente se realizam com outros tipos de caracteriza o que permitem neste caso determinar rela es de similaridade ambiental entre os diferentes locais de coleta Uma an lise fatorial como por exemplo a de Componentes Principais ACP permitiria tamb m conhecer as rela es entre as diferentes vari veis originalmente introduzidas e criar vari veis sint ticas n o correlacionadas que possam 40 descrever as afinidades ecogeogr ficas entre as entradas com um n mero reduzido de componentes importante ressaltar que a caracteriza o ecogeogr fica produz informa o sobre os locais de coleta n o diretamente da natureza do germoplasma Por isso as an lises de multivariados que funcionam sobre matrizes de dist ncia ou dissimilaridade neste caso o que refletem a afinidade ambiental e indiretamente a adapta o que existe entre os diferentes locais de coleta Entradas de uma mesma esp cie com padr es genot picos ou fenot picos diferentes podem ocorrer em cen rios ambientais muito parecidos ou inclusive indiferenci veis 5 2 Caracter sticas de ECOGEO A ferramenta ECOGEO p e disposi o do usu rio informa o ecogeogr fica de mais de cem vari veis ver Anexos 12 1 12 2 y 12 3 extra das para uma lista de entradas que o usu rio introduza na an lise mediante o formato de dados do passaporte FAO Bioversity 2012 com modifica
43. introduz na an lise um campo adicional para cada vari vel de sele o utilizada chamado SEL VAR seguido pelo n mero 1 2 ou 3 Estes campos assinalam com o n mero 1 as entradas que fazem parte da subcole o FIGS e com NA as que n o foram selecionadas Assim no processo seletivo com a vari vel prim ria definida no par metro 9 4 1 15 se teria selecionado as entradas identificadas com 1 no campo SEL VAR 1 se foi utilizada uma vari vel de sele o secund ria as entradas selecionadas no 115 segundo processo de filtragem aparecer o identificadas com 1 no campo SEL VARZ e finalmente se foi utilizada uma vari vel de sele o terci ria as entradas selecionadas no terceiro processo de filtragem aparecer o identificadas com 1 no campo SEL VARS Quando se inclui um mapa ELC para conhecer as caracter sticas ecogeogr ficas da subcole o FIGS gerada aparecer uma nova tabela 9 5 4 FIGS freq_ELCmap txt Esta tabela mostra valores de frequ ncia n mero de duplicados e n mero de entradas dispon veis para cada categoria ecogeogr fica de maneira similar tabela da ferramenta ColNucleo descrita na se o 8 6 1 3 CoreCollect_stats txt Al m disso aparecem na parte esquerda da tabela at tr s novos campos identificados com o prefixo FIGS var e continua o os n meros 1 2 ou 3 Desta maneira no campo FIGS varf aparecer o n mero de
44. lhes apresentava como uma nova praga uma doen a um herb voro uma seca etc O processo de domestica o transformou estas plantas silvestres nos gr os legumes frutas e verduras que hoje conhecemos produtos medida das necessidades e gostos dos seres humanos Mas para conseguir estes produtos teve se que proceder a um intenso processo de sele o Em consequ ncia a base gen tica das esp cies domesticadas bastante reduzida se a comparamos com a de seus ancestrais silvestres A evolu o das esp cies cultivadas tem deixado produtos entre os quais tamb m encontramos diferen as Por exemplo as variedades e h bridos modernos produzidos a partir da d cada de 60 s o materiais com um potencial produtivo muito alto mas de base gen tica demasiado estreita se comparamos com as variedades do princ pio do s culo XX Assim a domestica o um processo precisamente seletivo tem deixado pelo caminho muitas configura es gen ticas em prol de obter a melhor variedade Nesse processo t m desaparecido muitos gens valiosos que poderiam contribuir com solu es ante futuros problemas com nossas produtivas homog neas e vulner veis variedades modernas Felizmente nem tudo foi eliminado dos campos e agricultores de todo o mundo seguem conservando variedades herdadas de seus antepassados provavelmente n o comerciais mas com valores muito importantes para sua cultura h bitos aliment cios ou inclusive religiosos Con
45. lulas sem valor Recomenda se que este valor n o seja inferior dist ncia de cada lado da c lula do par metro resol1 7 4 1 11 Par metro ecogeo Explica o Selecionar esta op o se for desej vel obter um mapa de diversidade ecogeogr fica 7 4 1 12 Par metro resol Explica o Selecionar o n vel de resolu o que se deseja utilizar para extra o da informa o ecogeogr fica Notar que 1x1 km oferece maior resolu o mas exige maior capacidade computacional em rela o 5x5 km ainda que este n o seja um aspecto t o limitante como na ferramenta ELC mapas As resolu es 10x10 e 20x20 km ficam restritas aos pa ses de grande extens o territorial subcontinentes ou continentes Ver o Anexo 12 5 sobre disponibilidade de resolu es em rela o ao pa s ou regi o selecionada 7 4 1 13 Par metro bioclimsn Explica o Selecionar esta op o quando for desej vel usar vari veis de tipo bioclim tico temperatura precipita o e ndices associados para a gera o de mapas de diversidade ecogeogr fica 7 4 1 14 Par metro bioclimv Explica o Selecionar as vari veis bioclim ticas que se deseja incluir para gerar o mapa de diversidade ecogeogr fica O total de vari veis selecion veis est detalhado no Anexo 12 1 7 4 1 15 Par metro edaphsn Explica o Selecionar esta op o se desej vel usar vari veis do tipo ed fico texturas de solo profundidade pH etc para a gera o de m
46. mais al m de dados de caracteriza o genot pica 63 muito importante destacar que estes mapas mostram diversidade genot pica a n vel intraespec fico um aspecto que os diferencia notavelmente dos mapas de riqueza de esp cies ou mapas de diversidade filogen tica os quais trabalham a n vel interespec fico Mostrar a diversidade em forma de mapas tem m ltiplas vantagens com rela o as formas nas quais normalmente se apresentam estes resultados Os mapas de diversidade baseados no desenvolvimento original de van Zonneveld e colaboradores 2012 permitem identificar de maneira simples e r pida as zonas ou regi es onde se concentra uma alta variabilidade Um mapa destas caracter sticas se converte numa poderosa ferramenta para a tomada de decis es em mat ria de conserva o ex situ e in situ 7 1 1 Por que um mapa da diversidade ecogeografica A diversidade ecogeogr fica de um conjunto de acessos uma medida das diferen as que ocorrem entre os cen rios adaptativos de onde prov m tais acessos ou em outras palavras os locais de coleta Se recorre ao termo cen rio adaptativo antes que ambiente porque para o c lculo da diversidade ecogeogr fica s se considerariam as caracter sticas ambientais de tipo abi tico de maior influ ncia na distribu o e ocorr ncia da esp cie objetivo n o todas as caracter sticas ambientais dispon veis A diversidade ecogeogr fica como outro tipo de diversi
47. n de localidad calidad nula y 100 un valor ptimo Autor de la herramienta Mauricio Parra Quijano mauricio parra Dfao org Tratado Internacional sobre los Recursos Fitogen ticos para la Alimentaci n y la Agricultura 2013 5 Manual de instrucciones Ruta donde se ha copiado o se encuentra la herramientas CAPFITOGEN Nota use antes que 1 Por ejemplo F C CAPFITOGEN D MisHerramientas CAPFITOGEN etc Escriba el nombre del archivo que contiene la tabla de pasaporte en formato de texto sin olvidar incluir la extensi n txt Por ejemplo si el archivo se llama tabla debe escribir tabla txt Recuerde que este archivo debi ser guardado previamente en la carpeta Pasaporte que hace parte del conjunto de carpetas que componen la herramienta GEOQUAL Elija utilizar mapas de alta o baja precisi n para determinar si las coordenadas de un sitio de recolecci n cae en el mar y a cuanta distancia lo hace Alta resoluci n puede ralentizar un poco el proceso en bases de datos muy grandes por encima de 15 000 entradas con coordenadas Indique si desea usar el par metro LOCALQUAL para la evaluaci n de la calidad de la georreferenciaci n LOCALQUAL es un par metro de comparaci n entre localidad descrita y extra da por SIG Si sus datos no contienen ninguna descripci n de localidad o la descripci n est contenida solo en el campo COLLSITE es conveniente usar esta opci n Introduzca la ruta de la carpeta d
48. o entre os valores do ndice de diversidade de Nei 1987 provenientes de processos com reamostragem e sem reamostragem Esta tabela s estar dispon vel quando se tenha solicitado realizar an lises de reamostragem se o 7 4 1 3 89 7 5 4 12 TestBootstrappingPPM txt Esta tabela mostra dois testes de associa o entre os valores de propor o de marcadores polim rficos provenientes de processos com reamostragem e sem reamostragem Esta tabela s estar dispon vel quando se tenha solicitado realizar an lises de reamostragem se o 7 4 1 3 7 5 4 Pasta MantelCorrelationResults pais Nesta pasta se guardar o todas as tabelas com as matrizes de dist ncias calculadas para todas as entradas ao mesmo tempo Matriz distancia e as tabelas com os resultados das correla es matriciais de Mantel 1967 O nome de cada tabela indica a compara o de informa o realizada Para as correla es onde interv m dados genot picos se usa a matriz de dist ncia de Dice Por exemplo o arquivo Mantel genotypic Vs phenotypic txt cont m os resultados da correla o matricial entre as dist ncias genot picas Dice e as dist ncias fenot picas Gower importante notar que DIV mapas tamb m calcula a matriz de dist ncias geogr ficas calculadas em graus decimais para poder fazer compara es matriciais com respeito ao componente de dist ncia geogr fica 7 6 Refer ncias Damme P Garcia W Tapia
49. pica fenot pica ou ecogeograficamente podem coincidir o qual favorece a interpreta o de resultados ou n o O que imprescind vel que os c digos de identifica o das entradas nas tabelas de caracteriza o genot pica ou fenot pica devem estar inclu dos na tabela de passaporte FAO Bioversity 2012 que cont m a informa o de georreferenciamento dos locais de coleta Uma vez esclarecidas estas condi es os seguintes pontos mostram como DIV mapas obt m os mapas de diversidade independentemente dos dados de caracteriza o que use para isso 7 2 1 Distribui o de locais de coleta e gera o de ret cula ou malha A partir das coordenadas de cada local de coleta se gera um espa o de trabalho x min y min x max e y max sendo x latitude e y longitude sobre o qual se sobrep e uma ret cula ou conjunto de c lulas de forma quadrada de um tamanho definido pelo usu rio ver Fig 24 Al m disso se carrega uma camada com os centroides de cada c lula da ret cula ver Fig 25 parte A Cada centroide tem um c digo de identifica o 66 Figura 24 Primeiro passo A distribui o espacial dos locais de coleta B superposi o de ret cula de dimens es de c lula resolu o selecionadas pelo usu rio 7 2 2 Sele o de c lulas com entradas e c lulas vizinhas Do total de c lulas da ret cula se selecionam aquelas onde ocorrem entradas Al m disso o usu rio determina uma rea de influ ncia qu
50. popula es que outras cole es j t m representadas gerando duplica o intercole o Aten o Marcar esta op o se todas as ocorr ncias de fontes externas que introduz prov m de bancos ou cole es de germoplasma Se n o for assim ser gerado erro 6 3 1 11 Par metro gbifFE Explica o desej vel baixar dados de ocorr ncia de fontes externas do portal da Global BiodiversityInformationFacility GBIF Esta op o requer conex o internet Esta op o incompat vel com a inclus o de ocorr ncias de fontes externas informadas pelo usu rio No caso de escolher esta op o e aportar uma tabela com ocorr ncia de fontes externas somente ser considerada esta ltima 6 3 1 12 Par metro genero Explica o Escrever o nome do g nero da esp cie objeto da presente an lise Este ser o g nero para o qual se baixar informa o do portal de GBIF Lembrar que a primeira letra dever ser mai scula Se n o ativar o par metro gbifFE n o ser necess rio indicar nenhuma informa o 6 3 1 13 Par metro especie Explica o Escrever o nome da esp cie somente o ep teto objeto da presente an lise Este nome se unir ao g nero para solicitar e baixar a informa o desde o GBIF Se desejar baixar informa o para todo g nero somente escreva aqui um Todo ep teto deve estar escrito em min sculas Se n o ativar o par metro gbifFE nao ser necess rio indicar nenhuma informa o 6 3
51. se com informa o ecogeogr fica do Brasil por estados a resolu es 1x1 e 5x5 km No link seguinte voc pode ver uma tabela com as resolu es dispon veis para os pa ses e regi es http www agrobiodiversidad org blog p 1091 131 Ferramentas CAPFITOGEN Vers o 1 2 E S o E GEOQUAL ECOGEO DIV mapas ColNucleo MINISTERIO W DEASUNTOS EXTERIORES R Y DE COOPERACI N r a GOBIERNO MINISTERIO mM 6 IN A DE ESPANA DE ECONOMIA Y COMPETITIVIDAD Instituto Nacional de Investigacion y Tecnologia Agraria y Alimentaria GOBIERNO MINISTERIO gt DE ESPANA DE AGRICULTURA ALIMENTACI N Y MEDIO AMBIENTE aecid ISBN 978 92 5 308255 1 7 5 2551 89253 08 13700S 1 03 14 9
52. tabela cont m a tabela de passaporte das entradas que ColNucleo selecionou como cole o n cleo ecogeogr fica com uma coluna adicional na extrema direita da tabela denominada BGcat que indica o grupo ou categoria do mapa ELC a que pertence a entrada de acordo com a localiza o do local de coleta 8 6 1 2 CoreCollect Properties txt Esta tabela mostra v rios dos par metros introduzidos pelo usu rio e que ColNucleo utilizou para obter a cole o n cleo Os campos que inclui s o Allocation strategy ou estrat gia de afixa o Sample size ou percentual de intensidade de amostragem Use availability data ou se se usa ou n o dados de disponibilidade No access sampled tamanho da cole o n cleo obtida e No access to be multiplied s para o caso de usar dados de disponibilidade ou n mero de entradas que n o est o dispon veis ou n o se tem informa o sobre sua disponibilidade e que deveriam estar para conseguir uma cole o n cleo completa 8 6 1 3 CoreCollect_stats txt Esta tabela cont m estat sticas por cada categoria do mapa ELC identificadas na coluna ELC CAT Cont m as seguintes colunas direita de ELC CAT FREC W DUPL que indica o n mero de entradas incluindo duplicados geogr ficos cujo local de coleta ocorre dentro de cada categoria FREC WO DUPL indica o mesmo que a anterior coluna mas excluindo duplicados geogr ficos Porcent W
53. um n mero menor de grupos 7 Aviso de erro An error occurred Error objeto ecogeot no encontrado Ferramenta s ECOGEO Solu o es Deve se selecionar a op o geophyssv se se selecionam vari veis geof sicas 8 Aviso de erro An error occurred Error en validObject Object invalid class SpatialPoints object bbox should never contain infinite valuesCalls source SpatialPoints gt new gt initialize gt initialize gt validObject Ferramenta s Representa Soluc o 0es Revise o arquivo de texto process info txt da pasta Error da estrutura de pastas e arquivos das ferramentas CAPFITOGEN Na linha inferior desse arquivo de texto encontrar que pode aparecer um aviso dizendo ATENCION error al eliminarse todos los registros FE al considerar datos de otros bancos como no faltantes Isto indica que a ferramenta ficou sem dados de fontes externas pois todos os dados fornecidos prov m de bancos de germoplasma e ao se indicar que estes n o devem se tomar como faltantes se produz um erro ao n o haver dados por analisar Elimine a op o de utilizar fontes externas ou permita que Representa tome dados de outros bancos como faltantes se o 6 3 1 10 9 Aviso de erro An error occurred Error en dist x ss i method metric no se permiten vectores de longitud negativaCalls source withVisible gt eval gt eval gt pamk gt distcritmulti gt dist Ferramenta s E
54. 04 2013 11 47 a 23 01 2013 02 52 23 02 2013 04 14 a 20 01 2013 01 37 14 03 2013 06 16 26 02 2013 01 31 13 08 2013 10 49 a 11 07 2013 08 09 a 26 02 2013 01 33 a 01 03 2013 03 59 Figura 1 Conte do t pico da mem ria USB ou arquivo compactado com as ferramentas CAPFITOGEN onde se destaca o arquivo CAPFITOGEN exe MINT AM Salir 4 Exit Sortir E LINA Figura 2 Janela de instala o das ferramentas CAPFITOGEN acd lt n E Instalaci n finalizada Instalation completed Instalation termin e Figura 3 Janela que indica que a instala o foi finalizada d Clique no bot o Instalar O instalador ir mostrando o progresso da instala o dos diferentes programas num texto de cor azul Quando termine aparecer uma janela de cor cinza indicando a finaliza o do processo Fig 3 Clique no bot o Aceitar desta janela N o necess rio reiniciar o computador e Imediatamente depois de terminar a instala o na janela inicial onde se encontrava o bot o Instalar aparecer o bot o Executar Clique sobre este f Nesse momento se abrir uma janela de fundo preto na qual aparecer uma s rie de c digo de cor branca ver Fig 4 Este c digo corresponde programa o para ativar o servidor virtual tomcat Quando termina de executar as instru es aparece a seguinte linha de texto indicando os milisegundos usados para ativar o s
55. 1 14 Par metro mapaelc Explica o Indicar o nome do arquivo que cont m o mapa ELC produto da aplica o da ferramenta ELCmapas o qual dever estar na pasta ELCmapas que corresponde a uma das pastas que comp em o diret rio CAPFITOGEN Este mapa deve estar em formato DIVA GIS composto pelos dois arquivos 55 com extens es grd e gri tal como produzido pelo ELCmapas Nesta caixa de texto deve se escrever o nome do arquivo com a extens o grd Assim se o nome do mapa for mapa elc brasil voc dever escrever mapa elc brasil grd 6 3 1 15 Par metro statelc Explica o Indicar o nome do arquivo que cont m a tabela de estat sticas descritivas do mapa ELC produzido pela ferramenta ELCmapas esta ferramenta costuma nomear este arquivo como Estadist ELC mais o nome do pa s correspondendo ao resultado 4 6 2 3 Igual que no mapa ELC este arquivo deve estar situado na pasta ECLmapas Da mesma forma o nome deve ser escrito junto com a extens o e neste caso por ser uma tabela a extens o ser txt Assim se o arquivo se chamar Estadist ELC brasil deve se escrever Estadist ELC brasil txt 6 3 1 16 Par metro distdup Explica o Determinar o valor de dist ncia em km por baixo do qual se considerar que dois lugares de presen a ou de recole o na realidade representam uma mesma popula o O valor zero por omiss o exclui da an lise de representatividade entradas com m
56. 6 do modelo de tabela exclusivo para ColNucleo sem haver sido submetida a GEOQUAL Utilizar portanto a tabela resultado de GEOQUAL denominada PasaporteOriginalEvaluadoGEOQUAL txt como tabela de passaporte no ponto item anterior 8 5 1 4 Par metro totalqual Explica o Se sua tabela de passaporte proveniente de GEOQUAL e se deseja considerar uma qualidade m nima para que seus dados sejam inclu dos 97 na an lise determinar o valor de TOTALQUAL100 a ser usado como limite Ser o admitidos valores entre O qualidade nula a 100 m xima qualidade 8 5 1 5 Par metro mapaelc Explica o Indicar o nome do arquivo que cont m o mapa ELC produto da aplica o da ferramenta ELCmapas o qual dever encontrar se na pasta ELCmapas cuja pasta uma das pastas que comp e o diret rio CAPFITOGEN Este mapa dever estar no formato DIVA GIS extens o grd tal e qual como produzido por ELCmapas e ser escrito com a extens o Assim se o nome do mapa for mapa elc brasil dever se escrever mapa elc brasil grd 8 5 1 6 Par metro statelc Explica o Indicar o nome do arquivo que cont m a tabela de estat sticas descritivas do mapa ELC produzido pela ferramenta ELCmapas esta ferramenta costuma nomear este arquivo como Estadist ELC mais o nome do pa s ou regi o Da mesma forma que no mapa ELC este arquivo dever estar situado na pasta ECLmapas Tamb m da mesma forma o nome dever ser escrito junto com a
57. C Romero J Manuel Sigue as M y Hormaza J I 2012 Mapping Genetic Diversity of Cherimoya Annona cherimola Mill Application of Spatial Analysis for Conservation and Use of Plant Genetic Resources PLoS ONE 7 1 e29845 doi 10 1371 journal pone 0029845 Dice L R 1945 Measures of the Amount of Ecologic Association Between Species Ecology 26 297 302 FAO BIOVERSITY 2012 FAO Bioversity multi crop Passport descriptors V 2 Disponible en htto www bioversityinternational org index php id 198user_bioversitypublications_pi1 5BshowUid 5D 69 01 Gower J C 1971 A general coefficient of similarity and some of its properties Biometrics 27 857 74 Hoffmann M H Glaf A S Tomiuk J Schmuths H Fritsch R M y Bachmann K 2003 Analysis of molecular data of Arabidopsis thaliana L Heynh Brassicaceae with Geographical Information Systems GIS Molecular Ecology 12 1007 1019 Mantel N 1967 The detection of disease clustering and a generalized regression approach Cancer Res 27 209 220 Thomas E van Zonneveld M Loo J Hodgkin T Galluzzi G y van Etten J 2012 Present spatial diversity patterns of Theobroma cacao L in the neotropics reflect genetic differentiation in pleistocene refugia followed by human influenced dispersal PLoS ONE 7 10 e47676 doi 10 137 1 journal pone 0047676 van Zonneveld M Scheldeman X Escribano P Viruel MA Van Damme P et al 2012 Mapping Genetic Diversity of Cherimoya
58. DUPL indica o percentual de entradas contando duplicados que ocorre em cada categoria FreqClass W DUPL indica a classifica o em quartos da frequ ncia de ocorr ncia em cada categoria de maneira similar a como se indica na se o 6 4 1 1 Duplicates o n mero de entradas duplicados geogr ficos por cada categoria N Availab o numero de entradas dispon veis no total duplicados mais n o duplicados para cada categoria N_AvailabWO o n mero de entradas dispon veis n o duplicadas para cada categoria Q Even ou Q Prop ou Q Log apareceria o t tulo de coluna dependendo do m todo de afixa o selecionado o n mero de 100 entradas que devem representar a priori cada categoria ou seja a cota e finalmente a coluna CCfinal que corresponde ao n mero de entradas que comp em a cole o n cleo ecogeogr fica obtida por ColNucleo com base nos par metros introduzidos e neste caso disponibilidade de entradas 8 6 1 4 Entries ToBeMultiplied txt Se trata de uma tabela com a mesma estrutura de colunas que CoreCollection txt sO que em EntriesToBeMultiplied txt aparecem as entradas que ColNucleo selecionou como parte da cole o n cleo mas para as quais n o h disponibilidade Em princ pio se assume pelo nome do arquivo que podem ser entradas que requeririam ser multiplicadas para ser dispon veis e ent o fazer parte da cole o n cleo Contudo a raz o
59. EOQUAL Nota legal Derechos de uso e So Tratado internacional ey V7 SOBRE LOS RECURSOS FITOGENETICOS PARA LA ALIMENTACION Y LA AGRICULTURA m Already running GEOQUAL The server thinks you may have open another browser window that is running GEOQUAL Running two copies of GEOQUAL simultaneously will not work The server may be mistaken you may have closed the browser window running GEOQUAL and the server hasn t noticed this yet in which case please press Run new copy of GEOQUAL But if the server is correct and you have another browser window open that is running GEOQUAL either close the other browser window first making sure you have saved all the results you need onto your local disk and press Run new copy of GEOQUAL or alternatively close this browser window and continue working with the old copy of GEOQUAL gt Figura 10 Janela que indica que se est tentando abrir uma ferramenta previamente aberta Para poder continuar simplesmente clicar sobre o bot o Run new copy of e o nome da ferramenta k Quando se produz um erro na execuc o da ferramenta seja por uma defici ncia na instalac o seja por um par metro introduzido erroneamente ou por defeitos nas tabelas que cont m a informac o de passaporte ou caracterizac o a p gina que cont m o formul rio apresenta no topo da mesma maneira que quando o processo finaliza com sucesso no entanto o tempo que leva
60. Explica o Marcar esta op o quando for desej vel selecionar entradas que digam respeito vari vel secund ria usando uma fra o da distribui o restante ou seja um percentual do subconjunto selecionado para a vari vel prim ria cujos valores ser o os mais altos ou os mais baixos em rela o a vari vel secund ria 9 4 1 28 Par metro variab2vpor Explica o Determinar a fra o da distribui o restante em percentual que se deseja selecionar para formar a subcole o FIGS usando a vari vel secund ria Valores permitidos entre 0 e 100 9 4 1 29 Par metro variab2vhl Explica o Selecionar a fra o da distribui o que se deseja com rela o vari vel secund ria 9 4 1 30 Par metro variab3 Explica o Marcar esta op o quando for desej vel utilizar uma vari vel terci ria para selecionar entradas com destino uma subcole o FIGS Com os valores desta vari vel ser realizada uma sele o de entradas sobre o subconjunto previamente selecionado para as vari veis prim ria e secund ria Caso n o seja determinada previamente a utiliza o de uma vari vel secund ria selecionar uma terci ria n o trar nenhum efeito para a forma o da subcole o FIGS 9 4 1 31 Par metro variab3v 113 Explica o Selecionar uma 1 vari vel ecogeogr fica terci ria para a qual se deseja selecionar entradas com a finalidade de obter uma subcole o FIGS Poder ser a mesma vari ve
61. Fortalecimento das Capacidades em Programas Nacionais de Recursos Gen ticos Vegetais da Am rica Latina 2 3 8 9 Ferramentas CAPFITOGEN caracter sticas e instala o Ferramenta GEOQUAL Ferramenta ELC mapas Ferramenta ECOGEO Ferramenta Representa Ferramenta DIV mapas Ferramenta ColNucleo Ferramenta FIGS_R 10 Erros frequentes 11 Cr ditos 12 Anexos Pag 27 39 49 63 91 103 119 123 127 1 Programa para o Fortalecimento das Capacidades em Programas Nacionais de Recursos Gen ticos Vegetais da Am rica Latina Sob a prote o do Tratado Internacional sobre os Recursos Fitogen ticos para a Alimenta o e Agricultura TIRFAA e da Agencia Espa ola de Cooperaci n Internacional para el Desarrollo AECID entre os anos 2008 e 2010 se desenvolveram dois work shops para a implementa o do TIRFAA no grupo dos pa ses da Am rica Latina e do Caribe GRULAC em Cartagena de Indias Colombia julho agosto de 2008 e La Antigua Guatemala agosto de 2010 O xito desta atividade demostrou a efetividade deste tipo de work shops em contribuir com a implementa o dos objetivos do TIRFAA dentro da comunidade de pa ses GRULAC A coordena o dos work shops entre a Secretaria do TIRFAA a AECID o Ministerio de Medio Ambiente y Medio Rural y Marino e o Centro Nacional de Recursos Fitogen ticos del Instituto Nacional de Investigaci n y Tecnologia Agraria y Alimentaria CRF INIA tem sido um
62. LC mapas 120 Solu o es Aparece este erro quando o pa s ou regi o muito grande a resolu o alta um tamanho de c lula menor e se pede ferramenta realizar a determina o do n mero timo de agrupamentos medoides A primeira solu o aplic vel executar de novo a an lise mas usando o m todo elbow Se apesar disso se gera outro erro a recomenda o usar uma resolu o menor tamanho de c lula maior 10 Aviso de erro An error occurred Error en merge data frame as data frame x as data frame y no se permiten vectores de longitud negativaCalls source merge gt merge default gt merge gt merge data frame Ferramenta s ELC mapas Solu o es O erro persiste pois as matrizes que se geram s o t o grandes que o m todo de determina o tima do n mero de agrupamentos elbow t o pouco capaz de manejar esse tamanho de matrizes A solu o j passa por usar uma resolu o menor um tamanho de c lula maior 11 Aviso de erro An error occurred Error en checkNumericCoerce2double obj cannot retrieve coordinates from non numeric elementsCalls source coordinates gt local gt do call gt checkNumericCoerce2double Ferramenta GEOQUAL Solu o es Erro na codifica o das coordenadas ou na elabora o da tabela de passaporte Para o primeiro caso corrija manualmente no Excel e volte a salvar em texto delimitado por tabula es Para o se
63. a o ecogeogr fica se fa a sobre uma rea ao redor do lugar de recole o Deixar sem marcar esta op o levar a que a extra o se realize somente para o ponto que indica as coordenadas do lugar de recole o 5 3 1 7 Par metro tamp Explica o Especificar o raio em metros de uma rea circular ao redor do ponto que indica as coordenadas do lugar de recole o de onde se extrair a informa o ecogeogr fica Os valores extra dos da rea circular ser o as m dias para se obter um nico valor e n o ser o consideradas c lulas sem valor Recomenda se que este valor n o seja inferior dist ncia de cada lado da c lula do par metro resol1 5 3 1 8 Par metro resol Explica o Selecionar o n vel de resolu o que se deseja utilizar para obten o da informa o ecogeogr fica Considerar que 1x1 km oferece melhor resolu o mas exige maior capacidade computacional em rela o 5x5 km ainda que este n o seja um crit rio t o limitante como para a ferramenta ELC mapas As resolu es 10x10 e 20x20 km est o restritas aos pa ses de grande extens o territorial subcontinentes ou continentes Ver o Anexo 12 5 sobre disponibilidade de resolu es em rela o ao pa s ou regi o selecionada 5 3 1 9 Par metro bioclimsn Explica o Selecionar esta op o se for desej vel a caracteriza o pelas vari veis de tipo bioclim tico temperatura precipita o e ndices associados 5 3 1 10 Par
64. a a vari vel selecionada neste ponto ser aquela com a qual se realizar o primeiro filtrado 9 4 1 16 Par metro variab1rang Explica o Marcar esta op o quando for desej vel selecionar entradas que digam respeito vari vel prim ria usando um intervalo de valores ou seja indicando um valor m ximo e m nimo que determine uma categoria que ser usada para selecionar as entradas com destino subcole o FIGS 9 4 1 17 Par metro variab1 min Explica o Especificar o valor m nimo para a vari vel prim ria com a qual se determinar a categoria que ser usada para selecionar entradas com destino a subcole o FIGS 9 4 1 18 Par metro variab1max Explica o Especificar o valor m ximo para a vari vel prim ria com a qual ser determinada a categoria que se usar para selecionar entradas com destino subcole o FIGS 9 4 1 19 Par metro variab1cola 111 Explica o Marcar esta op o se for desej vel selecionar entradas que digam respeito vari vel prim ria usando uma fra o da distribui o ou seja um percentual da cole o original cujos valores ser o os mais altos ou os mais baixos em rela o vari vel prim ria 9 4 1 20 Par metro variab1vpor Explica o Determinar a fra o da distribui o em percentual que se deseja selecionar para formar a subcole o FIGS Valores permitidos entre O e 100 9 4 1 21 Par metro variab1vhl Explica o Selecionar a fra
65. a janela n o deve ser fechada at a finaliza o do uso das ferramentas g Ap s v rios segundos do in cio do processo anterior se abrir automaticamente o programa de navega o da internet pr determinado por exemplo Internet Explorer Mozilla Firefox ou Google Chrome como mostra a Fig 5 Na barra de links do navegador aparecer a seguinte instru o http localhost 8080 start at FAO Plant Treaty E D localhost 8080 start S The International Treaty D X ON PLANT GENETIC RESOURCES FOR FOOD AND AGRICULTURE ELCMAPAS ECOGEO REPRESENTA GEOQUAL DIVMAPAS Figura 5 O navegador se abre automaticamente mostrando o painel inicial Em algumas ocasi es o processo do ponto f indicado anteriormente inicia antes que o descrito no ponto e finalize Isto faz com que o servidor virtual n o esteja pronto quando chamado pelo navegador o qual gera um aviso de erro no navegador ver Fig 6 O adiantamento do processo f sobre o e se d comumente na primeira vez que se executam as ferramentas ou quando a configura o do equipamento n o est muito atualizada Este problema se soluciona simplesmente fechando e abrindo o navegador e escrevendo na barra de links http localhost 8080 start a Vaya Google Chromeno x W 1 D localhost 8080 start iVaya Google Chrome no ha podido establecer conexi n con la p gina localhost 8080 loc
66. a natureza de cada vari vel ou descritor fenot pico inclu do na tabela de dados fenot picos Este arquivo Excel cont m duas planilhas de c lculo Na primeira Natvariables se encontra a tabela de natureza de vari veis fenot picas que s cont m tr s colunas A primeira ID e nela simplesmente se atribui um n mero consecutivo a cada vari vel 1 2 3 desta maneira cada fila nesta tabela corresponde a uma vari vel ou descritor fenot pico da tabela de dados fenot picos A segunda NOMVAR e corresponde exatamente aos nomes atribu dos s vari veis ou descritores na tabela de dados fenot picos A terceira e ltima coluna NATVAR na qual se deve indicar a natureza da vari vel ou descritor correspondente Ao situar o cursor sobre esta c lula se apresentar a lista de poss veis valores para esta coluna a saber bin rio sim trico bin rio assim trico nominal ordinal quantitativo Finalmente na planilha de c lculo Observaciones se encontram algumas indica es e ajudas para preencher a tabela da planilha de c lculo Natvariables Ao finalizar a tabela de natureza de vari veis deve ser exportada em formato de texto delimitado por tabula es e deve situar se na pasta Pasaporte de igual maneira que o resto de tabelas de ingresso de informa o 7 3 4 Modelo de dados genot picos Como se destacou previamente DIV mapas oferece a possibilidade de fazer mapas de
67. a vari vel de sele o para cada local de coleta var eco1 valores da vari vel prim ria var_eco2 valores da vari vel secund ria e var eco3 valores da vari vel terci ria Al m disso a tabela FIGS freq ELCmap txt se o 9 5 4 incluir at tr s novos campos no lado esquerdo com as denomina es No by var1 No by var2 e No by var3 Nestes campos se mostra o n mero de entradas selecionadas para a subcole o FIGS balanceada pelo mapa ELC em cada processo de sele o No by var1 para o primeiro processo de filtragem pela vari vel prim ria No by var2 para o segundo processo de filtragem pela vari vel secund ria e No by var3 para o terceiro processo de filtragem pela vari vel terci ria 9 6 Refer ncias El Bouhssini M E Street K Joubi A Ibrahim Z Rihawi F 2009 Sources of wheat resistance to Sunn pest Eurygaster integriceps Puton in Syria Genetic Resources and Crop Evolution 56 1065 1069 Endresen D T F 2010 Predictive association between trait data and ecogeographic data for Nordic barley landraces Crop Science 50 2418 2430 Endresen D T F Street K Mackay M Bari A Amri A De Pauw E Nazari K Yahyaoui A 2012 Sources of resistance to stem rust Ug99 in bread wheat and durum wheat identified using Focused Identifi cation of Germplasm Strategy Crop Science 52 764 773 FAO 2010 The Second Report on the State of the
68. a visualiza o e que s se mostrem quatro cores cada uma abarcando uma categoria que cubra cada valor de grupo 1 a 4 Esta mudan a se ilustra na Fig 23 fe ED Project Data Layer Map Analysis Modeling Grid Stack Tools Help Project Data Layer Map Analysis Modeling Grid Stack Tools Help Del OR qlo gt Mole lak 8 o a Nii Osa OA qa lo gt Mela lx 18 o Ca Sy 7 mapa Class ELC 7 mapa Class ELC 10 16 A B x 75 1437 y 49525 Scale 1 5612062 mapa_Class_ELC Outside grid Data A Design x 809715 y 0 0874 Scale 1 5612062 mapa Class ELC No Data Row Data Design Figura 23 Configura o visual apropriada para mapas raster de Representa A Visualiza o mapa Class ELC grd tal e como se abre em DIVA GIS B visualiza o ajustada a quatro cores por cada grupo de frequ ncia Os cen rios adaptativos menos frequentes grupos baixa e m dia baixa frequ ncia aparecem em cores verde e amarelo 6 4 1 2 mapa Class Sp grd Corresponde a um mapa que agrupa em quatro as categorias originais do mapa ELC Estes grupos correspondem a divis o das categorias ELC segundo a frequ ncia em que ocorrem as entradas A frequ ncia se divide a partir de quartos O grupo indicado como 1 57 corresponde frequ ncia baixa abaixo do quarto 0 25 o grupo 2 corresponde a frequ ncia m dia baixa entre os quartos 0 25 e 0 5 ou m dia o grupo 3 corresponde frequ ncia m dia alta e
69. ados 4 5 1 8 Par metro edaphv Explica o Selecionar as vari veis ed ficas texturas de solo profundidade pH etc que se deseja incluir para gerar o mapa ELC Podem se selecionar m ltiplas vari veis 4 5 1 9 Par metro optim Explica o Indicar se requer processo de otimiza o A otimiza o somente recomend vel para pa ses de grande extens o territorial Argentina Brasil M xico usando alta resolu o 1x1 km Do contrario pode se desacelerar o processo antes que aceler lo Al m disso se for inclu do latitude ou longitude como vari veis para criar o mapa ELC n o se deve usar optim 4 5 1 10 Par metro maxg Explica o Indicar o n mero m ximo de agrupamentos grupos por componente bioclim tico geof sico e ed fico que se deseja permitir quanto maior o n mero maior a quantidade de categorias por mapas recomend vel que se use menos de 5 cinco 4 5 1 11 Par metro metodo Explica o Selecionar um dos m todos oferecidos para gerar agrupamentos grupos com corte objetivo elbow ou codo cotovelo o m todo mais simples e r pido medoides o mais sofisticado e requer mais recursos 4 5 1 12 Par metro resultados Explica o Introduzir o caminho da pasta onde deseja guardar os resultados das an lises Nota usar em vez de na indica o do caminho da pasta Por exemplo C Resultados D MinhasFerramentas Meus Documentos Resultados etc 4
70. agem informatizada de programa o chamada R R Cran 2012 que cumpre com as caracter sticas necess rias para o desenvolvimento das ferramentas CAPFITOGEN A linguagem R muito potente para a an lise mas conta com o principal inconveniente de requerer conhecimentos t cnicos espec ficos para poder programar seu funcionamento O Programa CAPFITOGEN tem superado este inconveniente envolvendo as equipes de pesquisa respons veis das metodologias originais no desenvolvimento das ferramentas em particular na programa o de R A forma em que se programa R busca integrar todas as fun es e an lises requeridas sob um mesmo programa mas de maneira que funcione com os formatos de dados pr definidos atrav s dos quais se possa introduzir os dados de qualquer usu rio nas rotinas de R e se consigam resultados particulares O ltimo desafio na populariza o do uso destas ferramentas era a simplifica o da forma em que se introduzem ordens e dados e se tem alcan ado gra as ao desenvolvimento de uma interface simples baseada em programa o java e html z e com o uso de servidores virtuais Tomcat Esta solu o oferecida pela aplica o RWUI http sysbio mrc bsu cam ac uk Rwui que ao ser utilizada no desenvolvimento das ferramentas CAPFITOGEN se adapta com pequenas modifica es 2 3 Instala o e execu o A vers o 1 1 das ferramentas CAPFITOGEN requeria um complexo processo de instala o que inclu a
71. al m disso o esteja de maneira adequada A se o 3 deste manual faz refer ncia ferramenta GEOQUAL que permite conhecer a qualidade do georreferenciamento do local de coleta do germoplasma aconselh vel usar esta ferramenta antes de usar DIV mapas de maneira que s entradas com suficiente qualidade em sua georreferencia o ser o tidas em conta na obten o de mapas de diversidade Em todo caso entradas sem coordenadas campos 65 DECLATITUDE ou LATITUDE e DECLONGITUDE ou LONGITUDE n o poder o ser inclu das na an lise que realiza DIV mapas O segundo ponto importante que se for necess rio obter mapas de diversidade fenot picos ou genot picos os dados de caracteriza o de cada tipo devem ser ajustados segundo o formato que se costuma fornecer na pasta Formatos arquivos xls do Excel Se o tipo de mapa de diversidade requerido do tipo ecogeogr fico DIV mapas inclui o mesmo processo de caracteriza o ecogeogr fica de germoplasma que a ferramenta ECOGEO cap tulo 5 portanto para este aspecto n o necess rio preparar tabelas ou matrizes de dados de caracteriza o sen o simplesmente assinalar as vari veis ecogeogr ficas pelas quais se quer caracterizar as entradas DIV mapas aproveitar toda a informa o de caracteriza o dispon vel e v lida e com base nela realizar os mapas de diversidade para cada aspecto individualmente Nesse sentido as listas de entradas caracterizadas genot
72. alhost 8080 start ua Google Ayuda de Google Chrome Por qu aparece esta p gina Figura 6 Exemplo de erro que se produz quando o navegador tenta abrir o link do servidor virtual sem que este tenha sido executado por completo h Aparecer no navegador um painel de in cio Fig 5 que mostra na parte esquerda a lista de ferramentas dispon veis e na direita os idiomas dispon veis para cada ferramenta Ao clicar sobre os cones de cor verde se abrir no navegador o formul rio da ferramenta e idioma selecionado Na Fig 7 mostra se como exemplo o formul rio da ferramenta GEOQUAL Neste formul rio aparece uma pequena barra de links que se explica na Fig 8 Para sair da aplica o uma vez que se tenha terminado de utilizar as ferramentas basta fechar o navegador fechar a janela de fundo preto e fechar a janela da Fig 2 e clicar no bot o sair poss vel que depois de fechar todas estas janelas o Windows pergunte se a aplica o foi corretamente instalada Por favor responda afirmativamente No momento em que se realiza a instala o se adiciona um arquivo de identifica o na unidade e caminho onde se encontram os arquivos e pastas das ferramentas CAPFITOGEN Esse arquivo faz com que o computador reconhe a que a instala o foi realizada Desta maneira cada vez que necessite usar de novo as ferramentas pulse sobre o arquivo CAPFITOGEN exe e se abrir a janela de instala o mas desta vez diretamente s
73. alizam simula es para determinar qual a estrat gia de agrupamento e de afixa o que produz a cole o n cleo mais representativa para cada caso utilizando para isso o total da cole o Contudo estas aproxima es te ricas e simula es podem produzir cole es n cleo que na pr tica poderiam n o se constituir devido ao fato de que as entradas selecionadas n o est o dispon veis A disponibilidade de uma entrada para ser parte de uma cole o n cleo pode estar influenciada por v rios fatores entre eles o n mero de sementes dispon vel se a entrada est s representada na cole o base ou se a entrada tem algum tipo de restri o em seu uso e distribu o Por esta raz o importante que no caso da obten o de uma cole o n cleo de car cter pr tico se tenha em conta a informa o de disponibilidade que possa fornecer o curador da cole o 8 2 Cole es n cleo ecogeogr ficas A caracteriza o ecogeogr fica representa uma alternativa para a obten o de cole es n cleo Tendo em conta a rela o entre fen tipo gen tipo e ambiente uma cole o n cleo criada a partir de dados de caracteriza o ecogeogr fica pode ser representativa n o s das condi es ambientais das popula es de proced ncia das entradas contidas na cole o original como tamb m de seus fen tipos e gen tipos sempre que a representatividade seja avaliada mediante caracter sticas fenot picas ou genot picas relaci
74. and Barry Rowlingson Virgilio Gomez Rubio raster Robert J Hijmans e Jacob van Etten maptools Roger Bivand Nicholas Lewin Koh rgdal Roger Bivand Keitt Tim Rowlingson Barry rgeos Roger Bivand Colin Rundel Edzer Pebesma Karl Ove Hufthammer 123 RJSONIO Duncan Temple Lang googleVis Markus Gesmann Diego de Castillo cluster Martin Maechler modeltools Torsten Hothorn Friedrich Leisch Achim Zeileis fpc Christian Hennig dismo Robert J Hijmans Steven Phillips John Leathwick e Jane Elith ade4 Daniel Chessel Anne Beatrice Dufour e Stephane Dray labdsv David W Roberts vegan Jari Oksanen F Guillaume Blanchet Roeland Kindt Pierre Legendre Peter R Minchin R B O Hara Gavin L Simpson Peter Solymos M Henry H Stevens e Helene Wagner Estes pacotes por sua vez dependem de outros pacotes para seu correto funcionamento Agradecemos a colabora o de todos os autores relacionados Alguns mapas de diversidade genot pica usam par metros derivados dos scripts AFLPdat http www nhm uio no english research ncb aflpdat de Doroth e Ehrich 11 4 Dados A fonte de informa o administrativa de alta precis o prov m de Global Administrative Areas GADM vers o 2 http www gadm org Os mapas de an is de 1 e 10 km ao redor de reas administrativas de alta precis o GADM se obtiveram atrav s da fun o Buffer zona de influ ncia em ArcGIS 10 O mapa de an is de 1 10 e 20 km de ba
75. apa de pontos apresenta os seguintes campos adicionais ao formato de dados de fontes externas FE cat Categoria do mapa ELC na qual ocorre a presen a FE BG dif Valor DIF ver Tabela 1 para a categoria ELC na qual ocorre a presen a Class Sp Indica o quarto ao qual pertence a categoria na qual ocorre a presen a de fonte externa de acordo com frequ ncia da esp cie Class ELC Indica o quarto ao qual pertence a categoria na qual ocorre a presen a de fonte externa de acordo com a frequ ncia da mesma categoria no mapa ELC Tipo falt Indica a que classe pertence a categoria na qual ocorre a presen a de fonte externa de acordo com a classifica o da Tabela 1 6 4 2 As tabelas Da mesma forma que com os mapas a lista de tabelas pode ser reduzida de cinco a tr s dependendo se o usu rio introduz ou n o dados de fontes externas 6 4 2 1 Tabla Fuentes Externas clasificadas txt Corresponde a mesma tabela acompanhante do shapefile da se o 6 4 1 5 contendo as mesmas vari veis 59 6 4 2 2 Tabla Resultados Representatividad txt Nesta tabela se apresentam os resultados finais de avalia o da representatividade se tenham ou n o inclu do dados de fontes externas Com esta tabela poss vel criar no Excel os gr ficos de barras como os das Fig 21 e 22 Finalmente nesta tabela se apresenta toda a informa o requerida para o c lculo dos par metros da Tabela 1 incluindo o valor de classe com o
76. apas de diversidade ecogeogr fica 79 7 4 1 16 Par metro edaphv Explica o Selecionar as vari veis ed ficas que se deseja incluir para gerar o mapa de diversidade ecogeogr fica O total de vari veis selecion veis est detalhado no Anexo 12 2 7 4 1 17 Par metro geophyssn Explicac o Selecionar esta opc o quando for desej vel usar vari veis de tipo geof sico relativas ao relevo e radiac o solar para a gerac o de mapas de diversidade ecogeogr fica 7 4 1 18 Par metro geophysv Explicac o Selecionar as vari veis geof sicas que se deseja incluir para gerar o mapa de diversidade ecogeogr fica O total de vari veis selecion veis est detalhado no Anexo 12 3 7 4 1 19 Par metro latitud Explica o Incluir a latitude em seu mapa de diversidade ecogeografica Nota incluindo latitude e longitude o aspecto de proximidade geogr fica poder ter algum reflexo no mapa final ainda que somente a n vel local dentro de cada zona de influ ncia 7 4 1 20 Par metro longitud Explica o Incluir a longitude em seu mapa de diversidade ecogeografica Nota incluindo latitude e longitude o aspecto de proximidade geogr fica poder ter algum reflexo no mapa final ainda que somente a n vel local dentro de cada zona de influ ncia 7 4 1 21 Par metro phenotip Explica o Selecionar esta op o quando for desej vel obter um mapa de diversidade fenot pica Para isto dever dispor de dados d
77. apas de caracteriza o ecogeogr fica do territ rio s o capazes de refletir cen rios adaptativos e portanto podem ser utilizados em muitas atividades relacionadas com a coleta conserva o e utiliza o eficiente dos recursos gen ticos vegetais Contudo recomend vel criar mapas espec ficos para cada esp cie ou grupo de esp cies relacionados filogen ticamente Realizar mapas de caracteriza o ecogeogr fica do terreno de tipo generalista pode resultar arriscado na hora de tirar conclus es para um grupo numeroso de esp cies particularmente se n o se realiza uma valida o do mapa Tamb m importante fazer uma sele o apropriada das vari veis ecogeogr ficas envolvidas na cria o do mapa mas sempre representando os tr s aspectos abi ticos envolvidos no desenvolvimento das plantas bioclim tico geof sico e ed fico 4 2 Antecedentes da ferramenta ELC mapas 29 A ferramenta ELC mapas que aborda esta instru o representa o desenvolvimento do conceito Ecogeographical Land Characterization Maps exposto na publica o de Parra Quijano e colaboradores 2012 A Este tipo de mapas tem tido usos diversos em coleta conserva o e uso de recursos fitogen ticos como nos trabalhos de Parra Quijano e colaboradores 2011 A 2011 Be 2012 B ou Thormann 2012 O interesse que esta metodologia havia despertado em v rias equipes e projetos de pesquisa em coleta conserva o e uso de recursos gen ticos vegetais contra
78. aracterizada Os valores categorias ou a fra o da distribui o e a vari vel ecogeogr fica de sele o s o determinados 103 pelo investigador curador ou melhorador com base no conhecimento da esp cie da vari vel ecogeogr fica e do car cter de interesse Um exemplo da aplica o deste m todo a sele o FIGS indireta para resist ncia do trigo frente praga Eurygaster integriceps El Bouhssini et al 2009 Outro caso a aplica o de FIGS de forma direta para a identifica o de recursos gen ticos de Vicia faba com adapta o seca Khazaei et al 2013 A t cnica de calibragem requer que a cole o tenha sido caracterizada ecogeograficamente em sua totalidade ou quase totalidade entradas com coordenadas e que al m disso se tenha avaliado ao menos parcialmente pelo car cter de interesse A t cnica de calibragem se desenvolve em duas fases Na primeira fase se utiliza an lises matem ticas e estat sticas para estabelecer a rela o entre a presen a ou aus ncia do car cter de interesse e uma ou v rias vari veis ecogeogr ficas Uma vez provada esta rela o se realiza um progn stico de presen a ou aus ncia do car cter de interesse sobre a fra o da cole o n o avaliada usando para isso a informa o ecogeogr fica dispon vel para a totalidade da cole o O progn stico assinalaria quais entradas seriam potencialmente de interesse para o melhoramento de cultivos A aplica o da t c
79. arquivo ModeloDatosFenotipicos xisx aparecer uma coluna em verde de preenchimento obrigat rio denominada ACCENUMB que corresponde ao mesmo c digo de identifica o ACCENUMB da tabela de dados do passaporte A ordem em que se encontram os c digos indiferente Dado que nem sempre se conta com dados de caracteriza o fenot pica para todas as entradas presentes 74 nos dados de passaporte o n mero de entradas presente na tabela de dados fenot picos pode ser menor ao de dados do passaporte A situa o que n o deve ocorrer que na tabela de dados fenot picos apare am entradas ou c digos ACCENUMB que n o apare am na tabela de dados de passaporte Este ltimo geraria um erro de processamento O resto das colunas no formato aparecem com os nomes D1 D2 e D3 Estes nomes representam os nomes dos descritores fenot picos 1 2 e 3 O formato s inclui tr s colunas para os descritores mas teoricamente podem ser tantos descritores quanto o usu rio disponha estendendo a sequ ncia de D4 at onde seja necess rio Os nomes podem ser mudados por exemplo D1 por NGRANOS para facilidade do usu rio Se se deseja mudar os nomes deve se ter em conta duas recomenda es A primeira de que n o existam espa os dentro do nome e que dentro do poss vel o nome esteja composto por menos de onze caracteres e que especialmente n o se repita nenhum nome Esta ltima condi o p
80. as como dispon veis valor 1 no campo AVAILAB 9 4 1 12 Par metro resol Explica o Selecionar o n vel de resolu o que se deseja utilizar para a extra o da informa o ecogeogr fica Note que 1x1 km oferece maior resolu o mas exige maior capacidade computacional em rela o a 5x5 km ainda que este n o seja um aspecto t o limitante como na ferramenta ELC mapas As resolu es 10x10 e 20x20 km se restringem a pa ses de grande extens o territorial subcontinentes ou continentes 9 4 1 13 Par metro buffy Explica o Marcar esta op o quando for desej vel que a extra o da informa o ecogeogr fica seja feita sobre uma rea ao redor do lugar de 110 recole o Deixar de marcar esta op o far com que a extra o seja realizada somente para o ponto que indica as coordenadas de lugar de recole o 9 4 1 14 Par metro tamp Explica o Especificar o raio em metros de uma rea circular ao redor do ponto que indica as coordenadas do lugar de recole o do qual se extrair a informa o ecogeogr fica Para se obter um nico valor se usar o m dias dos valores extra dos da rea circular 9 4 1 15 Par metro variab1v Explicac o Selecionar uma 1 vari vel ecogeogr fica prim ria para qual se deseja selecionar entradas com a finalidade de se obter uma subcole o FIGS Se for prefer vel selecionar entradas para uma ou duas vari veis adicionais vari vel secund ria e terci ri
81. as correspondem a dois tipos de informa o 5 4 2 1 Tabela de caracteriza o ecogeogr fica das entradas Se trata do arquivo TablaVarEcogeograficapais txt Corresponde matriz inicial de 47 caracteriza o com tantas filas como entradas analisadas e tantas colunas como descritores ecogeogr ficos 5 4 2 2 Tabelas resultado de an lises de componentes principais Correspondem aos arquivos ecogeographic eigenvalues txt tabela com os valores pr prios ecogeographic eigenvectors txt tabela com os vetores pr prios e ecogeographic pcascores txt tabela com as pontua es de cada entrada para os componentes principais retidos S ir o gerar se se foi solicitado ferramenta realizar tal an lise par metro 5 3 1 19 5 5 Refer ncias Ceballos Silva A y L pez Blanco J 2003 Evaluating biophysical variables to identify suitable areas for oat in Central Mexico a multi criteria and GIS approach Agriculture Ecosystems and Environment 95 2003 371 377 Williams C L Hargrove W W Liebman M y James D E 2008 Agro ecoregionalization of lowa using multivariate geographical clustering Agriculture Ecosystems and Environment 123 2008 161 174 48 6 Ferramenta Representa 6 1 Conceito de representatividade em cole es de germoplasma Os aspectos sens veis que podem p r em risco uma conserva o ex situ de recursos gen ticos vegetais exitosa se podem dar em dois momentos particulares ou no momento da
82. cem O sistema entende que s o entradas porque ocupam uma fila mas n o t m dados em absoluto incluindo coordenadas por isso se gera este erro 122 11 Cr ditos 11 1 Como citar CAPFITOGEN A cita o das ferramentas CAPFITOGEN ou do presente manual de usu rio deve ser feita como se segue Parra Quijano M Torres E Iriondo J M L pez F 2014 Manual de usu rio ferramentas CAPFITOGEN vers o 1 2 Tratado Internacional sobre os Recursos Fitogen ticos para a Alimenta o e a Agricultura FAO Roma 11 2 Programas inform ticos usados em CAPFITOGEN O desenvolvimento das ferramentas CAPFITOGEN tem sido poss vel gra as ao finaciamento do Ministerio de Asuntos Exteriores y de Cooperaci n de Espana e o Tratado Internacional sobre os Recursos Fitogen ticos para a Alimenta o e a Agricultura As ferramentas CAPFITOGEN est o suportadas por R vers o 2 15 2 http cran r project org R Core Team 2012 R A language and environment for statistical computing R Foundation for Statistical Computing Vienna Austria ISBN 3 900051 07 0 URL http www R project org Para a interface facilitada para usu rios de GEOQUAL se utilizou o Rwui http sysbio mrc bsu cam ac uk Rwui O desenvolvimento do instalador e a melhora da interface de visualiza o foram realizados por Lextrend S L http www lextrend com 11 3 Pacotes R As ferramentas CAPFITOGEN usam os seguintes pacotes R sp Edzer Pebesma Roger Biv
83. coleta ou durante a conserva o propriamente dita Atrav s da aplica o de t cnicas apropriadas para o manejo do germoplasma se pode reduzir o risco de perdas de entradas durante o per odo de conserva o Contudo o germoplasma que se leva conserva o deve ser o reflexo da diversidade gen tica mais fiel poss vel das popula es vegetais que ocorrem no campo Durante a conserva o no melhor dos casos e sem que mediem novas coletas esse reflexo se manter intacto Esta situa o p e em evid ncia a import ncia de realizar coletas de germoplasma que garantem capturar a maior diversidade gen tica poss vel Quanto mais parecida a amostra da diversidade conservada ex situ em rela o diversidade gen tica total que ocorre na natureza chamamos representatividade de uma cole o de germoplasma A representatividade de uma esp cie dentro de uma cole o de germoplasma pode ser determinada a n vel intra e interpopulacional Para o caso de uma esp cie cultivada o equivalente seria n veis intra e intervarietais S o dois conceitos que ao considerar se de forma global a representatividade de uma cole o s o indissol veis Apesar disto e por quest es pr ticas relacionadas com a forma de conserva o do germoplasma ambos conceitos foram trabalhados a parte A representatividade intrapopulacional foi exaustivamente estudada como nos m ltiplos trabalhos de Crossa e colaboradores 1994 1997 2011 o qual conduzi
84. cular calcula seu valor m dio e designa este valor entrada repetindo este processo para todas as vari veis ecogeogr ficas pelas quais se pretende caracterizar o germoplasma ver Fig 20 Al m disso ECOGEO descarta valores NA para o c lculo de m dias e a subsequente designa o de valores Para indicar a ECOGEO que se deseja realizar uma extra o radial o usu rio deve ativar o par metro buffy se o 5 3 1 6 e continua o introduzir o valor em metros do raio da rea circular de extra o no par metro tamp se o 5 3 1 7 42 ACCENUMB Valores Valor Valor capturados extracci n extracci n en rea LET TE puntual circular media A NA 1 1 1 NA B NA 1 1 1 NA C 3 21323 2 33 2 Figura 20 Diferen as entre os valores designados a partir de uma extra o de tipo pontual e uma radial As c lulas de cor azul e valores NA representam corpos de gua e os pontos de cor vermelha tr s locais de coleta identificados com c digos ACCENUMB localizados a partir de suas coordenadas Uma vez que o usu rio preparou sua tabela de passaporte de acordo com o formato pr establecido indicou ferramenta onde se encontra e indicou a rea de trabalho o n vel de resolu o e a forma de extra o que deseja s resta definir as vari veis camadas de interesse de cada aspecto bioclim tico geof sico e ed fico com as quais quer caracterizar os locais de coleta do germoplasma Com a defini o d
85. da 2 De que no caso em que a pasta CAPFITOGEN n o se encontre na ra z do diret rio X CAPFITOGEN e sim num caminho dentro de outras pastas algo n o recomend vel este caminho n o deve conter espa os entre palavras Por exemplo colocar a pasta no caminho X Mis Documentos CAPFITOGEN ir gerar este erro pelo espa o que h entre as palavras Mis e Documentos Se apesar de assegurar se de que as duas condi es anteriores estejam cumpridas e o problema se repetir ponha se em contato com a assist ncia t cnica do Programa n Quando o processo que se executa depois de clicar no bot o analisar leva muito tempo mais de 15 ou 20 minutos poss vel que a p gina que mostra o formul rio da ferramenta mude sua apar ncia e mostre um aviso de erro do java como o que aparece na Fig 12 Esta mudan a e este aviso de erro n o indicam que o processo tenha finalizado abruptamente nem que n o se produziram 14 resultados Se trata de um erro mais de visualiza o da interface que do processo em R Por isso 0 passo seguinte revisar se aparecem os arquivos esperados como resultados na pasta designada para guard los gt localhost 8080 ELCmapas enterdata do Estado HTTP 500 java lang IllegalStateException setAttribute La Sesi n ya ha ido invalidada ETE Informe de Excepci n METE java lang MllegalStateException setAttribute La Sesi n ya ha sido invalidada RESETE El servidor encontr
86. dade se determina a partir de dados de caracteriza o do germoplasma A caracteriza o ecogeogr fica se realiza mediante a extra o de informa o para cada coordenada mediante a utiliza o de um SIG o qual foi previamente carregado com camadas de informa o ambiental A visualiza o da diversidade ecogeogr fica em forma de mapa similar aos que desenvolveram van Zonneveld e colaboradores 2012 facilita a compara o entre zonas ou regi es com base diferen a dos cen rios adaptativos onde ocorrem os pontos de coleta As zonas o regi es onde ocorrem maiores diferen as se podem traduzir diretamente em zonas onde cabe esperar germoplasma com adapta es mais divergentes e indiretamente uma poss vel ocorr ncia de uma maior diversidade genot pica ou fenot pica Evidentemente a determina o de zonas com maior diversidade genot pica ou fenot pica tima 64 quando se realiza atrav s de dados de caracteriza o genot pica e fenot pica respectivamente Contudo falta destes um mapa de diversidade ecogeogr fica pode servir de solu o intermedi ria enquanto se consegue caracterizar genotipica e ou fenotipicamente as coletas Em qualquer caso o cen rio ideal para a an lise da diversidade segundo esta nova metodologia quando se podem obter mapas para os tr s tipos de caracteriza o dado que seu contraste oferece uma vis o biol gica muito completa da situa o dos recursos gen ticos vegetais qu
87. de Parra Quijano e colaboradores 2012 A 4 7 Refer ncias Kaufman L y Rousseeuw P J 1987 Clustering by means of Medoids in Statistical Data Analysis Based on the L1 Norm and Related Methods Y Dodge eds North Holland 405 416 Ketchen D J y Shook C L 1996 The application of cluster analysis in Strategic Management Research An analysis and critique Strategic Management Journal 17 6 441 458 Parra Quijano M Iriondo J M De la Cruz M Torres M E 2011 A Strategies for the development of core collections based on ecogeographical data Crop Science 51 656 666 Parra Quijano M Iriondo J M Torres M E De la Rosa L 2011 B Evaluation and validation of ecogeographical core collections using phenotypic data Crop Science 51 694 703 Parra Quijano M Draper D Torres E e Iriondo J M 2008 Ecogeographical representativeness in crop wild relative ex situ collections p 249 273 In Maxted N Ford Lloyd B V Kell S P Iriondo J M Dulloo M E y Turok J ed Crop wild relative conservation and use CAB International Wallingford Parra Quijano M Iriondo J M Torres M E 2012 A Ecogeographical land characterization maps as a tool for assessing plant adaptation and their implications in agrobiodiversity studies Genetic Resources and Crop Evolution 59 2 205 217 DOI 10 1007 s10722 011 9676 7 Parra Quijano M Iriondo J M Torres M E 2012 B Improving representativeness of genebank collections
88. de diversidade gen tica de Nei 1987 obtidos para cada c lula aqui chamada group sem reamostragem coluna WO booistrap e com reamostragem W_bootstrap Esta tabela s estar dispon vel quando se tenha solicitado realizar an lises de reamostragem se o 7 4 1 3 7 5 4 8 ProportPolymorphMarkersMedias sin con bootstrap txt Tabela com os valores de propor o de marcadores polim rficos obtidos para cada c lula aqui chamada group sem reamostragem coluna WO bootstrap e com reamostragem W bootstrap Esta tabela s estar dispon vel quando se tenha solicitado realizar an lises de reamostragem se o 7 4 1 3 7 5 4 9 DistanciasMedias sin con bootstrap DICE txt Nesta tabela aparecem os valores de dist ncia m dia de Dice 1945 para cada c lula denominada aqui como group sem reamostragem coluna WO bootstrap e com reamostragem W bootstrap Esta tabela s estar dispon vel quando se tenha solicitado realizar an lises de reamostragem se o 7 4 1 3 7 5 4 10 TestBootstrappingDICE txt Esta tabela mostra dois testes de associa o entre os valores de dist ncia m dia de Dice 1945 provenientes de processos com reamostragem e sem reamostragem Esta tabela s estar disponible quando se tenha solicitado realizar an lises de reamostragem se o 7 4 1 3 7 5 4 11 TestBootstrappingNei txt Esta tabela mostra dois testes de associa
89. diversidade a partir de caracteriza es genot picas de germoplasma analisando a informa o proveniente de marcadores moleculares como se estes fossem de tipo dominante Isto implica que a tabela de dados genot picos arquivo Excel ModeloDatosGenotipicosO_1 xlsx conter vari veis de aus ncia presen a codificados como 0 e 1 respectivamente Assim a estrutura desta tabela muito similar de dados fenot picos e se deve preencher de maneira similar exceto porque todas as vari veis ou descritores na tabela de dados genot picos correspondem a vari veis bin rias assim tricas e se codificar o com valores 0 e 1 Da mesma forma que com a informa o fenot pica tenha em conta que a ferramenta DIV mapas s reconhece a informa o em tabelas quando esta se 76 encontra em formato de texto separado por tabula es Em consequ ncia uma vez a tabela de dados genot picos no Excel esteja completa e de acordo com os requerimentos assinalados deve se exportar em formato de texto separado por tabula es e este arquivo de texto deve localizar se na pasta Pasaporte junto com o resto de tabelas de dados de caracteriza o e a tabela de dados de passaporte 7 4 Utiliza o da ferramenta DIV mapas Uma vez instalada as ferramentas CAPFITOGEN e selecionada a ferramenta DIV mapas ser necess rio definir uma s rie de par metros para que a programa o R funcione corretamente 7 4 1 Par metros iniciais definidos
90. e es FIGS e cole es n cleo z Uma subcole o FIGS o conjunto de entradas com potencial uso no melhoramento de uma esp cie cultivada e que prov m de uma sele o FIGS As subcole es FIGS diferen a de uma cole o n cleo n o t m necessariamente que ser representativas da variabilidade da cole o original Uma subcole o FIGS convencional implica uma tend ncia ou desvio ou v cio ou interesse do melhorista de plantas muito particular no momento de sua sele o motivo pelo qual n o cabe esperar encontrar alta representatividade Outra diferen a entre uma cole o n cleo e uma subcole o FIGS que para esta ltima pode se estabelecer por esp cie tantas quantas caracter sticas de interesse existam Em contraste cole es n cleo geralmente s o estabelecidas uma por esp cie Contudo como no caso das cole es n cleo estabelecer uma ou v rias subcole es FIGS n o deve p r em risco a conserva o das entradas n o selecionadas Se uma cole o n cleo serve por exemplo para priorizar alguns trabalhos como a caracteriza o ou avalia o de entradas numa cole o quando n o se conta com meios para realizar o trabalho para a totalidade da cole o uma subcole o FIGS o que busca potencializar a utiliza o do germoplasma contido numa cole o facilitando ao melhorista de plantas que seu principal usu rio a busca de material com potencial para ser integrado em seus pr
91. e adapta o em esp cies em particular A utiliza o da informa o sobre adapta o para desenhar uma cole o ou ter crit rios na hora de conservar e utilizar de maneira eficiente os recursos gen ticos vegetais t o pouco algo novo ainda que s o escassos os trabalhos publicados sobre a mat ria onde explicitamente se fa a refer ncia adapta o Existe como refer ncia um primeiro mapa ecogeogr fico cujo prop sito era criar cole es n cleo nucleares core collections em 1997 Tohme et al 1995 onde ao final do processo de sele o de entradas al m da dimens o ecogeogr fica se consideraram outros crit rios adicionais de diferente natureza Desde ent o tem se produzido v rios desenvolvimentos os programas SIG tornaram se gradualmente mais flex veis e amig veis e inclusive alguns pacotes estat sticos atualmente incluem utilidades e ferramentas SIG a informa o ecogeogr fica dispon vel em forma de capas SIG de melhor qualidade e mais acess vel os equipamentos de inform tica de alta capacidade A de an lise s o vendidas a pre os reduzidos e o acesso internet tem se 27 incrementado em pa ses em desenvolvimento Estes avan os t m repercutido no desenvolvimento de mapas que representam diferentes cen rios de adapta o para plantas cultivadas e silvestres aparentadas Foi assim como se obteve um primeiro mapa de caracteriza o ecogeogr fica do territ rio para Espanha e
92. e apresentar o bot o de Executar A partir deste passo se repete todo o processo desde o ponto d indicado anteriormente Se por algum motivo a letra da unidade ou o caminho onde se encontra o arquivo execut vel muda ou se elimina o arquivo de identifica o acidentalmente ao clicar duas vezes sobre CAPFITOGEN exe aparecer de novo o bot o Instalar aconselh vel ent o reinstalar Se se 10 reinstalam novamente os programas R e Java n o haver problemas na execu o das ferramentas gt C D localhost8080 GEOQUAL Nota legal Derechos de uso 1 SA Tratado internacional gt V7 SOBRE LOS RECURSOS FITOGENETICOS PARA LA ALIMENTACION Y LA AGRICULTURA ej Jo eJ0J NB a o Esta aplicaci n permite evaluar la calidad de la georreferenciaci n de los sitios de colecta descritos en los datos de pasaporte Esto implica evaluar tanto la descripci n de la localidad como las coordenadas Para ello se requiere que los datos de pasaporte cumplan el formato FAO Bioversity 2012 muy similar a FAO IPGRI 2001 Si desea puede usar un formato en Excel que encontrar ella carpeta TablaPasaporteModelo La evaluaci n se realiza mediante la determinaci n de tres par metros de calidad LOCALQUAL COORQUAL y SUI AL que se combinan para obtener un valor nico de calidad denominado TOTQUAL100 Los valores de calidad para TOTQUAL100 van de 0 a 100 donde 0 corresponde a casos sin coordenadas ni descripci
93. e assinala como o raio de uma rea circular a qual est relacionada com a biologia reprodutiva da esp cie o fluxo g nico e o manejo e a dispers o que pode gerar o homem especialmente se se trata de uma forma cultivada Esta rea de influ ncia se utilizar para determinar as c lulas vizinhas que s o as c lulas onde n o ocorrem entradas mas que se encontram suficientemente perto das inicialmente selecionadas c lulas com entradas Para ser c lula vizinha o centroide desta deve cair dentro da proje o da rea circular de influ ncia que se tra a a partir do centroide de cada c lula com entradas O processo de sele o de c lulas com entradas e de c lulas vizinhas se mostra na Fig 25 67 Figura 25 Segundo passo A Determina o de c lulas com entradas e seus centroides B proje o das reas de influ ncia a partir dos centroides de c lulas com entradas C determina o de c lulas vizinhas 7 2 3 Determina o de entradas associadas a c lula com entradas e c lulas vizinhas A partir dos centroides das c lulas com entradas e c lulas vizinhas se projetam outra vez as reas circulares de influ ncia e lista resultante de entradas que 68 caem em cada rea se atribui o c digo de identifica o de seu respectivo centroide ver Fig 26 me WE 0 P iz E ig aa at ol Figura 26 Terceiro passo A Determinac o das entradas que ocorrem dentro da rea de influ ncia de u
94. e caracteriza o ou avalia o fenot pica morfologia fenologia produtividade resist ncias etc seguindo o formato indicado Lembrar de incluir o nome da extens o Desta forma se por exemplo a tabela se chamar fenotipos neste espa o dever se 80 escrever fenotipos txt Lembrar que esta tabela dever encontrar se na pasta Passaporte da estrutura de dados das ferramentas CAPFITOGEN 7 4 1 22 Par metro phenot Explica o Indicar o nome de arquivo de texto que cont m os dados provenientes da caracteriza o fenot pica no formato indicado Lembrar de incluir o nome da extens o Desta forma se por exemplo a tabela se cnamar fenotipos neste espa o dever se escrever fenotipos txt 7 4 1 23 Par metro phenotv Explica o Indicar o nome do arquivo de texto que cont m a tabela que descreve a natureza de cada vari vel fenot pica no formato indicado Lembrar de incluir o nome da extens o Desta forma se por exemplo a tabela se chamar variablesfenotipo neste espa o dever se escrever variablesfenotipo txt Esta tabela dever conter todas as vari veis inclu das na tabela com os dados da caracteriza o ponto ou item anterior 7 4 1 24 Par metro genotip Explica o Selecionar esta op o quando for desej vel obter um mapa de diversidade genot pica Para isto dever dispor de dados de caracteriza o ou avalia o genot pica como presen a ou aus ncia de
95. e certa subjetividade quando se aplica a certas categorias de uso do solo os valores de aptid o para o crescimento de plantas Tamb m a definic o de a partir de que valores se pode considerar alta ou baixa qualidade uma quest o subjetiva que tem mais a ver com o observador do que com a t cnica O limite sobre o qual se considera que uma entrada est corretamente georreferenciada usando valores GEOQUAL deve ser definida pelo usu rio dos dados com base em suas expectativas e necessidades Pode se pensar o uso de diferentes limites dependendo do uso que se dar aos dados do tipo de estudo a que ser o submetidos e da precis o e exatid o da informac o do resto das fontes num determinado estudo recomend vel ver a distribui o de valores TOTALQUAL100 do conjunto de entradas e assim saber de antem o que ao aplicar um limite muito exigente pr ximo a 100 ou pouco exigente abaixo de 50 se selecionariam muitas ou poucas entradas 3 4 Utiliza o da ferramenta GEOQUAL 23 Uma vez instalada as ferramentas CAPFITOGEN e selecionada a ferramenta GEOQUAL ser necess rio definir uma s rie de par metros para que a programa o R funcione corretamente Depois de definir todos os par metros e caminhos que requer GEOQUAL ao clicar no bot o Analisar se iniciar o processo de an lise da ferramenta Ent o depois de um tempo que pode variar pela introdu o de alguns par metros de resolu o tipo de an lise tamanho
96. e e como aparece no aviso de erro sem c digos de vers es nem extensi n zip Posteriormente pulse enter Aparecer um aviso similar a este Mensagens de aviso perdidos package cluster was built under R version 2 15 3 e Prove de novo a ferramenta E poss vel que apare a o mesmo erro mas para um pacote diferente Se assim for repita a opera o at que cessem os avisos de erro 119 Estes tipos de erros n o s o comuns desde que se melhorou o sistema de instala o mas ocasionalmente se apresentam especialmente na vers o de Windows 8 3 Aviso de erro An error occurred Error no se puede ubicar un vector de tama o X X Gb Ferramenta s v rias Solu o es E um problema relacionado com o tamanho das matrizes que tem que manejar R Costuma se solucionar rebaixando resolu es dos mapas Se se apresenta em ELC mapas se recomenda mudar o m todo de determina o de n mero timo de grupos ou incrementar o tamanho de c lula no par metro resol1 Tamb m poss vel que este erro apare a em GEOQUAL por um erro no conte do das tabelas de passaporte especificamente quando ocorrem duplicados para o campo ACCENUMB Este campo identifica inequivocamente cada entrada e um s duplicado pode gerar este aviso de erro A solu o est em revisar na tabela que n o ocorram duplicados e se ocorrem atribuir n meros ou c digos nicos para cada entrada 4 Aviso de erro An error occurred Error en sample int m k
97. e ocorrem dentro de um marco de trabalho 7 2 Procedimento de obten o de mapas de diversidade de DIV mapas DIV mapas uma aplica o inspirada na aplica o de van Zonneveld e colaboradores 2012 para fruta do conde chirimoia Annona cherimola mas inclui algumas diferen as com respeito metodologia original as quais s o mais evidentes ao contrastar os dois processos Nesta se o se mostrar passo a passo como DIV mapas consegue obter mapas de diversidade DIV mapas determina medidas de diversidade local ou seja entre os acessos coletadas em uma zona com forma de grade com determinado tamanho e suas vizinhan as zona de influ ncia usando como insumo informa o ecogeogr fica fenot pica ou genot pica Note se que a partir deste ponto nos referiremos a entradas e n o a amostras dado que a ferramenta est pensada para ser utilizada no entorno de recursos gen ticos vegetais o qual n o implica que n o se possa usar em outros mbitos biol gicos Como resultado DIV mapas oferece uma ilustra o gr fica que reflete os valores das medidas de diversidade distribu das num espa o no modo do mapa o qual facilita a visualiza o de zonas quentes de diversidade gen tica Para iniciar importante anotar que DIV mapas assim como outras ferramentas inclu das no presente manual e muitas outras aplica es de SIG e ecogeografia em recursos gen ticos vegetais requer que cada entrada esteja georreferenciada e que
98. ecionadas as que se conhecem como cole o de reserva Uma cole o n cleo pode facilitar a tomada de decis es em certas atividades de conserva o e determina o de prioridades segundo condi es de recursos insuficientes o qual n o exime a responsabilidade de conservar a cole o por completo Por exemplo quando necess rio realizar uma multiplica o de germoplasma se conta com uma cole o n cleo e os recursos s o limitados se poderia pensar multiplicar primeiramente em primeiro termo as entradas da cole o n cleo e com recursos adicionais em outro ciclo de multiplica o o resto da cole o x Independentemente dos motivos que levem a sua cria o a principal caracter stica de uma cole o n cleo com respeito a outro tipo de subcole es que esta deve ser representativa da diversidade gen tica contida na cole o 91 original Isto implica que uma cole o n cleo deve conter entradas o mais diferentes entre si de tal maneira que desde um ponto de vista gen tico n o se incluam entradas duplicadas ou altamente aparentadas Brown 1995 Consequentemente para obter um subconjunto de entradas diferentes gen ticamente imprescind vel contar com informa o sobre a composi o gen tica da cole o em outras palavras disp r de dados de caracteriza o Neste ponto aparece um dos primeiros limitantes para obter cole es n cleo Num cen rio de recursos limitados caracter
99. egi n Madrid Provincia Madrid Provincia Madrid Municipio Alcala de Henares Municipio Los Santos de la Humosa Figura 14 Exemplo da obten o de valores LOCALQUAL de acordo com a compara o de n veis administrativos dos dados informados pelo usu rio e os extra dos pelas coordenadas a partir de GADM 3 3 2 Descri o dos par metros TOTALQUAL e TOTALQUAL100 O par metro final do resumo TOTALQUAL simplesmente a soma dos valores de COORDQUAL SUITQUAL e LOCALQUAL Pelas categorias poss veis de valores destes tr s par metros TOTALQUAL pode tomar valores entre O e 60 No entanto para facilidade de interpreta o e an lise dos resultados de GEOQUAL se calcula tamb m o par metro TOTALQUAL100 que uma transforma o de TOTALQUAL a uma categoria de valores de O a 100 onde O qualidade nula incluindo a falta de coordenadas e 100 representa uma qualidade te rica tima 22 Par metro TOTALQUAL100 Figura 15 Resultados da aplica o de GEOQUAL no Inventario Nacional Espanhol de Recursos Fitogen ticos Se mostram os valores alcan ados de TOTALQUAL100 3 3 3 Determinac o de limites de qualidade GEOQUAL tem sido pensada desde sua implementa o inicial como uma metodologia altamente objetiva na qual o usu rio interv m minimamente na obtenc o do valor definitivo No entanto toda determinac o de qualidade implica componentes subjetivos e GEOQUAL n o excec o Por exemplo exist
100. emplo F CAPFITOGEN C CAPFITOGEN D MinhasFerramentas MeusDocumentos CAPFITOGEN etc 6 3 1 2 Par metro internet Explica o Se desejar baixar informa o sobre fontes externas da base de dados da internet GBIF e possuir acesso rede por favor selecionar esta op o 6 3 1 3 Par metro pasaporte Explica o Escrever o nome do arquivo que cont m a tabela do passaporte em formato de texto lembrando de incluir a extens o txt Por exemplo se o arquivo se chama tabela deve se escrever tabela txt Lembrar que este arquivo deve ser guardado previamente na pasta Passaporte que faz parte do conjunto de pastas que comp e o diret rio CAPFITOGEN 6 3 1 4 Par metro geoqual Explica o Selecionar esta op o se os dados do passaporte forem analisados pela ferramenta GEOQUAL e cont m 50 colunas e n o as 45 do modelo de passaporte que usam as ferramentas CAPFITOGEN Desta forma usar a tabela resultado de GEOQUAL v 2 denominada PasaporteOriginalEvaluadoGEOQUAL txt como tabela de passaporte no ponto item anterior 53 6 3 1 5 Par metro totalqual Explica o Se sua tabela de passaporte prov m de GEOQUAL e desejar possuir um m nimo de qualidade para que seus dados possam ser inclu dos na an lise determinar o valor de TOTALQUAL100 a ser usado como limite S o admitidos valores de O qualidade nula a 100 m xima qualidade 6 3 1 6 Par metro fext Explica o Dispor de ocorr ncias pr
101. en o de uma cole o n cleo a forma o de grupos na cole o original por afinidade Como se comentou previamente para obter uma cole o n cleo necess rio contar com dados de caracteriza o ecogeogr fica genot pica fenot pica ou no caso de cole es n cleo administrativas dados de passaporte Esta informa o se usa para criar grupos 92 z de entradas afins ou similares A cria o dos grupos geralmente realizada atrav s de m todos de classifica o multivariada a partir dos dados de caracteriza o do germoplasma Numa variante para cole es n cleo de tipo ecogeogr fico se prop e n o usar a caracteriza o do germoplasma que n o seja do territ rio onde este ocorre atrav s do uso de mapas ecogeogr ficos de caracteriza o do territ rio mapas ELC Assim as entradas s o agrupadas de acordo com a categoria do mapa no qual ocorrem Isto facilitaria a inclus o de novas entradas cole o nuclear dado que n o seria necess rio repetir a an lise de agrupamentos simplesmente conhecer o grupo categoria ecogeogr fica do mapa ao qual pertence a nova entrada Parra Quijano et al 2011b 8 1 2 Determina o de cotas por estrat gias de afixa o Posteriormente se determina o n mero de entradas que ser o selecionadas de cada grupo de afinidade Esse n mero ou cota definida pela estrat gia de afixa o allocation strategy em ingl s que o curador considere mais adequada
102. ervidor virtual INFO Server startup in xxxx ms a 1114 gt java 1673 at java Java Java Java Java Java util util util util util lang ago 20 2613 4 19 41 INFO Despliegue del 5_x86 webapps ROOT de la aplicaci n web ago 26 2013 4 19 41 PM org apache catalina startup HostConfig deployDirectory INFO Despliegue del directorio K NCAPFITOGENNx86Ntomcat x86vapache tomcat 7 8 3 5_x86 webapps start de la aplicaci n web ago 20 2013 4 19 41 PM org apache covote AbstractProtocol start INFO Starting ProtocolHandler http bio 8088 1 ago 24M 2013 4 19 41 PM org apache coyote AbstractProtocol start INFO Starting ProtocolHandler ajp bio 8009 ago 28 2013 4 19 41 PM org apache catalina startup Catalina start INFO Server startup in 7078 ms at org apache catalina startup HostConfig deployDirectory lt HostConf ig jav at org apache catalina startup HostConf ig DeployDirectory runtHostConf ig gt concurrent Executors RunnableAdapter call lt Unknown Source concurrent FutureTask Sync innerRun lt Unknown Source concurrent FutureTask runCUnknown Source concurrent ThreadPoo LExecutor runWorker lt Unknown Source concurrent ThreadPoo lExecutor Worker run Unknoun Source Thread run Unknoyn Source PM org apache catalina startup HostConfig deployDirectory directorio K CAPFITOGEN x86 tomcat_x86 apache tomcat 8 3 Figura 4 Janela de fundo preto onde se executa o servidor virtual Est
103. es dos par metros de GEOQUAL A lista de vari veis adicionais inclu das nesta tabela e sua explica o se encontra no Anexo 12 4 3 5 2 Mapas 3 5 2 1 Mapa de pontos em formato vetorial tipo shapefile Este mapa vem acompanhado de uma tabela que inclui os valores dos par metros de avalia o GEOQUAL de tal maneira que em DIVA GIS se podem mostrar os pontos com diferentes graus de cor de acordo a sua pontua o qualidade Um shapefile se comp e de at 6 arquivos de igual nome mas diferente extens o No caso de GEOQUAL o shapefile s est composto por tr s extens es shp shx e dbf e tem o nome de ShapefilePuntosGEOQUAL 3 5 2 2 Mapa de pontos em formato Google Earth Este mapa corresponde ao arquivo mapa puntos google kml e se tiver instalado o programa Google Earth Clicando duas vezes em seu nome no Windows Explorer o mapa de pontos em forma de alfinetes ou tachinhas se abrir neste mesmo programa localizando os locais de coleta sobre as imagens de sat lite Ao clicar sobre os alfinetes se abrir uma pequena janela mostrando o valor TOTALQUAL100 de cada entrada 25 3 6 Refer ncias Chapman A D 2005 Principles of data quality versi n 1 0 Report of the Global Biodiversity Information Facility Copenhagen Chrisman N R 1983 The role of quality information in the long term functioning of a GIS Proceedings of AUTOCARTO6 2 303 321 Falls Church VA ASPRS FAO IPGRI 2001 Lista de descri
104. esmas coordenadas 6 3 1 17 Par metro resultados Explica o Introduzir o caminho da pasta onde deseja guardar os resultados das an lises Nota usar em vez de na indica o do caminho da pasta Por exemplo C Resultados D MinhasFerramentas Meus Documentos Resultados etc 6 4 Resultados de Representa No caminho e pasta que foi determinado em resultados par metro 6 3 1 17 se encontrar at cinco mapas e at cinco tabelas 6 4 1 Os mapas Se trata de dois mapas de pontos de tipo vetorial shapefiles e tr s mapas raster formato grid que podem ser visualizados diretamente em DIVA GIS 56 Se n o se introduzem dados de fontes externas a lista de mapas se reduziria a tr s os descritos nas se es 6 4 1 1 6 4 1 2 y 6 4 1 4 6 4 1 1 mapa Class ELC grd Corresponde a um mapa que agrupa em quatro as categorias originais do mapa ELC Estes grupos correspondem divis o das categorias segundo sua frequ ncia na totalidade do territ rio A frequ ncia se divide a partir de quartos O grupo indicado como 1 corresponde frequ ncia baixa abaixo do quarto 0 25 o grupo 2 corresponde a frequ ncia m dia baixa entre os quartos 0 25 e 0 5 ou m dia o grupo 3 corresponde frequ ncia m dia alta entre os quartos 0 5 ou m dia e 0 75 e grupo 4 que corresponde frequ ncia alta acima do quarto 0 75 Quando este mapa se abre em DIVA GIS apresentam se cinco cores por isso importante mudar
105. estes par metros a ferramenta ECOGEO buscar as vari veis camadas de informa o ecogeogr fica de interesse ir agrup las e extrair a informa o para cada coordenada a partir do grupo de camadas em um s passo Com a informa o extra da ir gerar uma tabela que ser salva no endere o que o usu rio defina no par metro resultados Finalmente se o usu rio estiver interessado em realizar uma an lise de agrupamento ou uma An lise de Componentes Principais ACP pode indicar ferramenta que execute tais an lises e al m disso pode assinalar que tipo de agrupamento deseja ou o n mero de componentes principais que deseja reter respectivamente A ferramenta ECOGEO produzir gr ficos dendrogramas ou biplots e tabelas valores e vetores principais e pontua es para os componentes retidos que se guardar o na pasta indicada no par metro resultados 5 3 Utiliza o da ferramenta ECOGEO 43 Uma vez instaladas as ferramentas CAPFITOGEN e selecionada a ferramenta ECOGEO ser necess rio definir uma s rie de par metros para que a programa o R funcione corretamente 5 3 1 Par metros iniciais definidos pelo usu rio 5 3 1 1 Par metro ruta Explica o Caminho onde se encontram as ferrramentas documentos CAPFITOGEN Nota usar em vez de 1 na indica o do caminho da pasta Por exemplo F CAPFITOGEN C CAPFITOGEN D MinhasFerramentas MeusDocumentos CAPFITOGEN etc 5 3 1 2 Par m
106. estudo publicados em revistas cient ficas internacionais esta nova gera o de metodologias foi eleita para ser adaptada em forma de ferramentas simplificadas e pr ticas e ser finalmente transferido a Programas Nacionais das regi es selecionadas 2 2 Caracter sticas Os processos que englobam as aplica es da ecogeografia e os sistemas de informa o geogr fica SIG na conserva o e uso eficiente dos recursos gen ticos vegetais tal e como t m sido publicados em diversos meios de divulga o cient fica implicam a utiliza o de numerosos programas informatizados alguns deles de dif cil acesso ou n o gratuitos em sequ ncias metodol gicas complexas Portanto o desenvolvimento de ferramentas pr ticas 4 que permitam aplicar estes avan os por parte de pessoal t cnico sem maior forma o no manejo e programa o de programas estat sticos e SIG constitue o principal desafio A solu o reside na utilza o de um programa informatizado que re na as seguintes caracter sticas a Incluir todas as an lises estat sticas requeridas b Incluir todas as fun es dos SIG tanto para o manejo de dados georreferenciados como para sua an lise c Manejar bases de dados e produtos das an lises estat sticas e dos SIG d Permitir guardar todos os resultados das an lises em formatos informatizados convencionais e Ser de livre acesso e distribui o Na atualidade a comunidade cient fica disp e da lingu
107. etro pais Explica o Selecionar o pa s para o qual se deseja construir o mapa ELC Aparecer o v rios pa ses dispon veis somente se a ferramenta incluir informa o para todos eles se n o s aparecer um determinado pa s escolhido 5 3 1 3 Par metro pasaporte Explica o Escrever o nome do arquivo que cont m a tabela de passaporte em formato de texto lembrando de incluir a extens o txt Por exemplo se o arquivo se chama tabela deve se escrever tabela txt Recorde que este arquivo dever ser guardado previamente na pasta Passaporte que faz parte do conjunto de pastas que comp e o diret rio CAPFITOGEN 5 3 1 4 Par metro geoqual Explica o Selecionar esta op o se os dados do passaporte forem analisados pela ferramenta GEOQUAL e cont m 50 colunas e n o as 45 do modelo de passaporte que usam as ferramentas CAPFITOGEN Desta forma usar a tabela resultado de GEOQUAL v 2 denominada PasaporteOriginalEvaluadoGEOQUAL txt como tabela de passaporte no ponto item anterior 5 3 1 5 Parametro totalqual 44 Explica o Se sua tabela de passaporte prov m de GEOQUAL e desejar possuir um m nimo de qualidade para que seus dados possam ser inclu dos na an lise determinar o valor de TOTALQUAL100 a ser usado como limite S o admitidos valores de O qualidade nula a 100 m xima qualidade 5 3 1 6 Par metro buffy Explica o Marcar esta op o se for desej vel que a extra o da inform
108. extens o Neste caso por ser uma tabela a extens o ser txt Assim se o arquivo se chamar Estadist ELC brasil dever se escrever Estadist ELC brasil txt 8 5 1 7 Par metro distdup Explica o Determinar o valor da dist ncia em km sob o qual se consider que dois lugares de recole o na realidade representam uma mesma popula o duplicado geogr fico O valor zero valor m nimo e por omiss o dar menos prioridade na hora de selecionar as entradas com id nticas coordenadas Na medida em que o valor da dist ncia aqui estipulado aumente um maior n mero de entradas se considerar como duplicados geogr ficos 8 5 1 8 Par metro porcol Explica o Corresponde a intensidade da amostragem Indicar o tamanho desej vel para a cole o n cleo nuclear expresso num percentual do 98 tamanho da cole o original valores de O a 100 Por exemplo se a cole o original contiver 2000 entradas e for desej vel ter uma cole o n cleo nuclear de 200 entradas o valor a indicar aqui ser 10 ou para uma cole o n cleo nuclear de 300 entradas o valor ser 15 8 5 1 9 Par metro estratcol Explica o Selecionar a estrat gia de fixar as cotas de representa o de cada categoria ecogeogr fica do mapa ELC Poder se escolher entre as estrat gias C constante a mesma cota para todas as categorias P proporcional cotas proporcionais quantidade de entradas de cada categoria ou L logar t
109. gundo caso a ordem das vari veis n o o indicado e por isso as colunas correspondentes s coordenadas se encontram deslocadas Restringir estritamente a ordem das vari veis ao formato indicado e n o acrescente colunas nem mude sua ordem 12 Aviso de erro An error occurred Error en readChar con 5L useBytes TRUE no se puede abrir la conexi nCalls source gt withVisible gt eval gt eval gt load gt readChar Ferramenta Pode apresentar se em qualquer ferramenta Soluc o 0es Este erro costuma corresponder introdu o errada de par metros Por exemplo em ELC mapas se um pa s como Cuba se indica ferramenta uma resolu o de c lula de 10x10 km pode aparecer este erro Tamb m quando se indica um caminho equivocado onde se encontra as ferramentas ou as tabelas de passaporte etc Para evitar este problema revise par metro por par metro confirmando se os valores s o os corretos 13 Aviso de erro An error occurred Error en apply x 2 fun2 dim X must have a positive lengthCalls source extract gt xyValues gt xyvBuf gt lapply gt FUN gt apply Ferramenta Pode apresentar se em ferramentas com fun o de extra o radial Solu o es Este erro pode dar se quando o usu rio solicita uma extra o radial utilizando um raio muito pequeno par metro tamp com rela o ao tamanho de c lula ou resolu o das vari veis ecogeogr ficas par metro resol1 Por exemplo solicita
110. ios ecogeogr ficos presentes no territ rio NOTA Lembre se sempre que a categoria denominada como 0 zero n o faz parte das categorias ecogeogr ficas do mapa resultado mas a denomina o de todas as zonas para as quais existe informa o de um ou dois componentes mas n o dos tr s Por exemplo por raz es bvias 35 normal que a informa o dos solos para zonas urbanas ou corpos de gua seja nula mas pode existir informa o bioclim tica e inclusive geof sica para estas reas Essas reas ser o codificadas como 0 35 00455730 co Project Data Layer Map Analysis Modeling Grid Stack Tools Help Dil 8 8 qe lelle lx 6 i ji vV mapa_elc_colombia o AONDA ON HOCODOODEDDCOEDODEDRDO x 745149 y 4 0342 Scale 1 16040753 mapa ek colombia Ny Data AlDesign Figura 18 Exemplo de um mapa de Col mbia produzido por ELC mapas que mostra uma cor por cada uma de suas categorias As propriedades do mapa tal e como abre DIVA GIS foram alteradas para mostrar cada categoria com uma cor diferente Al m dos mapas compat veis com DIVA GIS se produz um mapa compat vel com Google Earth mapa elc pais kml Sempre que se tenha instalado Google earth se poder abrir este mapa como uma capa sobre as imagens de Google earth ao clicar duas vezes sobre o arquivo Este mapa n o pode ser manipulado mudan a de cores e sua qualidade gr fica n o ti
111. isco entendido e risco assumido Chapman 2005 A necessidade de avaliar a qualidade da georreferencia o da informa o dispon vel sobre a presen a ou inclusive aus ncia de entidades biol gicas um assunto palp vel em diferentes reas como a ecologia an lise espacial e padr es de distribui o de esp cies S o numerosos os estudos que apontam que tal qualidade um assunto cr tico em metodologias como a modela o da distribui o de esp cies A certeza da ocorr ncia de uma esp cie num local determinado determinante para qualquer m todo que use dados de presen a ou aus ncia como mat ria prima Os seguintes estudos fazem refer ncia a este aspecto Foley e colaboradores 2009 Hill e colaboradores 2009 Otegui e colaboradores 2013 Ter uma estimativa do grau de incerteza na georreferencia o de locais de presen a ou aus ncia de esp cies se converte assim num aspecto chave antes de realizar qualquer an lise que utilize o aspecto espacial para o estudo das distribui es Muitas an lises deste tipo desembocam na tomada de decis es em aspectos pr ticos de reas como a conserva o da biodiversidade Portanto introduzir informa o de base confi vel alimentando an lises adequadas produzir resultados confi veis e decis es acertadas e oportunas 3 2 Antecedentes da ferramenta GEOQUAL 17 A metodologia GEOQUAL acumula quatro anos de desenvolvimento desde que surgiu a necessidade de um estimador
112. ist ncia n o semelhan a ou outros par metros gen ticos ver Fig 28 Se se introduziu dados de caracteriza o de diferente tipo se produzir o v rios mapas ocorrendo sempre a seguinte rela o um para o aspecto ecogeogr fico um para o aspecto fenot pico e um ou v rios para o aspecto genot pico dependendo se o usu rio solicitou o c lculo de um ou v rios par metros Tamb m se produz um mapa do n mero de entradas analisadas por c lula como se mostra na Fig 29 que corresponde ao que representa a Fig 27 parte A Este ltimo mapa pode servir de apoio para determinar a exist ncia de poss veis desvios ou inclina es na coleta ou na interpreta o dos padr es que se possam encontrar nos mapas de diversidade 72 oe DIVA GIS 7 5 0 Project Data Layer Map Analysis Modeling Grid Stack Tools Help De i 94 caia Mela lx la o 9 Y mapadiv_GroupSize_ecuador COLOMBIA PERU N mero de entradas analizadas por zona de influencia A E x 76 5167 y 3 2357 Scale 1 5121243 mapadiv_GroupSize_ecuador Data Design o so 100 200 Km Figura 29 Visualiza o de mapa de n mero de entradas analisadas por c lula A Mapa aberto em DIVA GIS B mesmo mapa em sua vers o final 7 2 5 Uso de reamostragem para elimina o de poss veis desvios de coletas van Zonneveld e colaboradores 2012 sugerem usar um m todo chamado de rarefa o o qual eliminaria o efeito de um poss vel
113. iversos tipos nos formatos indicados Normalmente estes formatos se encontram na pasta Formatos dentro da estrutura de pastas e arquivos das ferramentas CAPFITOGEN Dentro desta pasta encontraremos outra com o nome Formatos DIVmapas e dentro dela cinco arquivos Excel 7 3 1 Modelo de dados de passaporte Como em outras ferramentas CAPFITOGEN os dados de passaporte devem ser ingressados em formato FAO Bioversity 2012 com modifica es menores arquivo ModeloDatosPasaporte FAO BIOVERSITY 2012 xls Como DIV mapas permite trabalhar com dados avaliados por sua qualidade de georreferencia o mediante a ferramenta GEOQUAL al m do modelo de dados de passaporte normal se disp e de um modelo que inclui campos adicionais para os valores de avalia o GEOQUAL arquivo ModeloDatosPasaporte FAO BIOVERSITY 2012 _ conDatosGEOQUAL xIsx Contudo a maneira mais f cil de usar dados de passaporte avaliados por GEOQUAL introduzir diretamente a tabela de passaporte com dados de avalia o que produz GEOQUAL como resultado e que leva o nome de PasaporteOriginalEvaluadoGEOQUAL txt Lembre se que esta tabela deve estar em formato de texto delimitado por tabula es por isso deve ser exportada a partir do Excel neste formato e deve ser localizada na pasta Pasaporte da estrutura de pastas e arquivos das ferramentas CAPFITOGEN 7 3 2 Modelo de datos fenotipicos Ao visualizar o conte do do formato de dados fenot picos
114. ixa precis o s o uma modifica o do mapa ESRI world countries 2011 que se encontra licenciado pela Creative Commons Attribution Noncommercial Share Alike 3 0 United States License O mapa de uso do solo utilizado para o c lculo do par metro SUITQUAL Global Land Cover GLC 2000 e sua refer ncia Bartholome E Belward A S Achard F Bartalev S Carmona Moreno C Eva H Fritz S Gr goire J M Mayaux P amp Stibig H J 2002 Global Land Cover mapping for the year 2000 124 Project status November 2002 Office for Official Publications of the European Communities Luxembourg EUR 20524 A fonte de informa o vari veis ecogeogr fica prov m de Worldclim http www worldclim org Hijmans R J Cameron S E Parra J L Jones P G and Jarvis A 2005 Very high resolution interpolated climate surfaces for global land areas Int J Climatol 25 1965 1978 Harmonized world soil database http webarchive iiasa ac at Research LUC External World soil database HTML FAO IIASA ISRIC ISSCAS JRC 2012 Harmonized World Soil Database version 1 2 FAO Rome Italy and IIASA Laxenburg Austria Modelos digitais de eleva o MDE do Shuttle Radar Topography Mission SRTM http srtm csi cgiar org Jarvis A H I Reuter A Nelson E Guevara 2008 Hole filled SRTM for the globe Version 4 available from the CGIAR CSI SRTM 90m Database http srtm csi cgiar org 11 5 Metodologias A avalia
115. izar uma cole o de mais de 1000 ou 2000 entradas pode resultar invi vel As caracteriza es genot picas e fenot picas geralmente demandam desmedidos esfor os econ micos e humanos que muitas institu es n o podem assumir ou assumem de maneira parcial Portanto para superar este tipo de impedimentos se pode utilizar outro tipo de dados de caracteriza o Em certos casos quando foi requerida a cria o de cole es n cleo e n o se contavam com dados de caracteriza o para sua obten o a solu o proposta foi o uso de dados de passaporte particularmente aqueles dados administrativos que descrevem a localidade do local da coleta pa s estado prov ncia Com isso se pretendia assimilar diferentes unidades administrativas de coletas a diferentes ambientes e assim conseguir uma cole o n cleo representativa de todas as unidades administrativas e ambientes Desta forma se criaram diversas cole es n cleo administrativas em esp cies como amendoim Upadhyaya et al 2003 guandul Reddy et al 2005 s samo Xiourong et al 2000 ou sorgo Grenier et al 2001 Este tipo de cole es nao assegurariam que a cole o nucleo estivesse formada pelas entradas mais diferentes em termos do ambiente onde foram coletadas dado que as diferentes unidades administrativas s o divis es antr picas que n o correspondem necessariamente a ambientes diferentes 8 1 1 Estrat gia de agrupamento O primeiro passo para a obt
116. juntar os resultados de cada vizinhan a foi um mapa que mostra claramente onde se localizam os pontos quentes de diversidade As aplica es desta metodologia na conserva o ex situ e in situ dos recursos gen ticos vegetais variedades locais e esp cies silvestres aparentadas com cultivadas foram evidentes Esta n o foi a primeira aproxima o SIG ou de geoestat stica na an lise da diversidade gen tica pois previamente se realizou interpola es de dados gen ticos Hoffman et al 2003 Contudo a metodologia de van Zonneveld e colaboradores representa uma aplica o muito pr tica e mais simples em sua an lise e interpreta o Posteriormente Thomas e colaboradores 2012 aplicaram essa mesma metodologia para 993 indiv duos caracterizados por microsat lites de cacau Theobroma cacao junto com outras an lises para identificar processos evolutivos nesta planta cultivada A partir da publica o destes desenvolvimentos foi poss vel entender passo a passo como opera o processo de obten o de um mapa deste tipo A metodologia evidentemente repet vel e s varia o par metro gen tico que se calcula entre as amostras que comp em uma vizinhan a Assim se o par metro expressa que t o diferente gen ticamente s o as amostras de uma vizinhan a o mapa poderia denominarse como mapa de diversidade A partir desta base foi poss vel desenvolver a ferramenta DIV mapas e generalizar sua aplica o
117. ke Thormann Jacob van Etten e Sonia Dias Bioversity Jos Iriondo e Luisa Rubio Universidad Rey Juan Carlos Shelagh Kell University of Birmingham Dag Endresen GBIF Rosa Garcia CRF INIA e Mauricio Parra Quijano TIRFAA 11 6 Outros agradecimentos Agradecimentos a Fernando Latorre CRF INIA Espa a por seu firme apoio ao Programa CAPFITOGEN e ao desenvolvimento das ferramentas Agradecimentos tamb m por apoio e coment rios a outros pesquisadores do CRF INIA em particular Lucia de la Rosa Rosa Garcia e Luis Ayerbe Agradecimentos a Robert J Hijmans por sua valiosa colabora o na resolu o de d vidas com certos pacotes de R e sua generosidade ao permitir distribuir a informa o de worldclim e GADM dentro das ferramentas CAPFITOGEN Tamb m agradecemos a m ltiples centros de pesquisa e conserva o de recursos gen ticos vegetais e a muitos de seus pesquisadores e curadores por seus valiosos coment rios e contribui es para a melhora das ferramentas CAPFITOGEN 126 12 Anexos 12 1 Vari veis ecogeogr ficas dispon veis Vari veis bioclim ticas C digo Descri o de vari veis Unidade Fonte prec 1 Precipita o m dia de janeiro mm Worldclim prec 2 Precipita o m dia de fevereiro mm Worldclim prec_3 Precipita o m dia de mar o mm Worldclim prec_4 Precipita
118. kg dm3 HWS Database t_oc Conte do de carv o org nico em solo superficial peso HWS Database t ph h2o pH em solo superficial em solu o solo gua log H HWS Database t cec clay Capacidade de interc mbio cati nico de argila em solo cmolkg HWS Database superficial t cec soil Capacidade de interc mbio cati nico em solo superficial cmolkg HWS Database geral t bs Satura o de bases em solo superficial HWS Database t_teb Bases intercambiaveis totais em solo superficial cmol kg HWS Database t_caco3 Carbonato de calcio em solo superficial peso HWS Database t_caso4 Gessos em solo superficial peso HWS Database t_esp Sodicidade em solo superficial HWS Database t_ece Salinidade em solo superficial dS m HWS Database Ss gravel Conte do de cascalho em subsolo vol HWS Database s sand Conte do de areia em subsolo peso HWS Database s silt Conte do de limo em subsolo peso HWS Database s clay Conte do de argila em subsolo peso HWS Database s ref bulk Densidade aparente de refer ncia em subsolo kg dm3 HWS Database soc Conte do de carv o org nico em subsolo peso HWS Database s ph h2o pH em subsolo em solu o solo gua log H HWS Database s cec clay Capacidade de interc mbio cati nico de argila em subsolo cmolkg HWS Database 128 12 2 Continua o C digo Descri o de vari veis Unidade Fonte s cec soil Capacidade de interc mbio cati nico em subsolo geral cmolkg
119. l prim ria ou secund ria 9 4 1 32 Par metro variab3rang Explica o Marcar esta op o quando for desej vel selecionar entradas que digam respeito vari vel terci ria usando um intervalo de valores ou seja indicando um valor m ximo e m nimo que determine uma categoria que ser usada para selecionar as entradas com destino subcole o FIGS 9 4 1 33 Par metro variab3min Explica o Especificar o valor m nimo para a vari vel terci ria com a qual se determinar a categoria que ser usada para selecionar entradas com destino a subcole o FIGS 9 4 1 34 Par metro variab3max Explicac o Especificar o valor m ximo para a vari vel terci ria com a qual se determinar a categoria que ser usada para selecionar entradas com destino a subcole o FIGS 9 4 1 35 Par metro variab3cola Explica o Marcar esta op o quando for desej vel selecionar entradas que digam respeito vari vel terci ria usando uma fra o da distribui o restante ou seja um percentual do subconjunto selecionado para as vari veis prim ria e secund ria cujos valores ser o os mais altos ou os mais baixos em rela o vari vel terci ria 9 4 1 36 Par metro variab3vpor Explica o Determinar a fra o da distribui o restante em percentual que se deseja selecionar para formar a subcole o FIGS usando a vari vel terci ria Valores permitidos entre O e 100 9 4 1 37 Par metro variab3vhl 114
120. liza o do germoplasma por parte de melhoradores que buscam parentais com certas caracter sticas adaptativas nas cole es O insumo mais importante para realizar uma caracteriza o ecogeogr fica s o as coordenadas ou a descri o do local de coleta do qual se possa extrair uma coordenada que usualmente se registram nos descritores de passaporte no 39 momento da coleta Usando tais coordenadas se ir assinalar a cada entrada os datos que descrevem as caracter sticas ambientais mais importantes do local onde foi coletada Isto implica que a qualidade dessas coordenadas um aspecto crucial para uma designa o correta de informa o ecogeogr fica raz o pela qual se sugere o uso da ferramenta GEOQUAL antes de realizar uma caracteriza o deste tipo Al m das coordenadas como mat ria prima uma caracteriza o ecogeogr fica requer informa o ambiental que cubra toda a rea de trabalho e de um programa especializado para a extra o da informa o correspondente a cada local de coleta Os SIG s o o tipo de programa que permite realizar este processo Figura 19 Ilustra o do processo de extra o de informa o ecogeogr fica que se realiza para um local de coleta atrav s de SIG O produto de uma caracteriza o ecogeogr fica similar ao de qualquer outro tipo de caracteriza o uma matriz de dados onde as filas costumam corresponder s entradas e as colunas aos descritores A partir desta matriz
121. m H um aspecto importante que introduz a ferramenta ECOGEO Se trata da forma na qual se extrai a informa o ecogeogr fica para um local de coleta Normalmente as extra es se realizam para o ponto que assinala a coordenada Contudo ocorrem duas situa es nas quais a extra o pontual n o reflete as condi es abi ticas mais reais do local de coleta A Quando se tem pouca informa o sobre as coordenadas ou em geral estas n o s o de boa qualidade segundo pode assinalar GEOQUAL ou outras metodologias Inclusive em casos de esp cies de distribui o costeira onde apesar de um georreferenciamento relativamente apropriado uma extra o pontual poderia produzir muitos valores NA informa o n o dispon vel dado que os mapas camadas r ster de informa o ecogegr fica n o se ajustam perfeitamente ao contorno das linhas costeiras B Quando por diversas raz es o local de coleta do germoplasma n o corresponde exatamente ao local onde a planta cresce mas este se encontra dentro de um per metro relativamente conhecido por exemplo quando se coleta germoplasma em mercados locais Nestos casos o usu rio pode utilizar a extra o do tipo radial Nela o usu rio indica ferramenta o raio da rea circular ao redor do ponto que indica a coordenada para a qual deseja extrair informa o Desta maneira ECOGEO extrai dados ecogeogr ficos de todas as c lulas que se encontram no interior da rea cir
122. m 2005 Parra Quijano et al 2008 de tipo generalista que pudesse ser aplicado a v rias esp cies silvestres aparentadas com cultivadas ainda que s foi utilizado para algumas esp cies do g nero Lupinus Este mapa obtido por t cnicas de an lise multivariada e determina o do n mero de grupos por crit rios bayesianos representou as diferentes unidades ambientais de forma reticulada e como regi es homog neas mas de dimensi es reduzidas e descont nuas Estas caracter sticas f sicas j contrastavam com os mapas bioclim ticos tradicionais Outra diferen a foi a inclus o de vari veis de tipo geof sico e ed fico al m das bioclim ticas com a ideia de representar os aspectos abi ticos que podem afetar o desenvolvimento de uma planta desde um ponto de vista agron mico A meados de 2008 se desenvolveu um novo mapa ecogeogr fico para Espanha Peninsular e Ilhas Baleares usando outras fontes de informa o ecogeogr fica A metodologia de cria o deste novo mapa foi similar ao anterior Neste ponto o que mais interessava aos pesquisadores era verificar se o mapa realmente refletia cen rios adaptativos ou seja realizar uma valida o Para isso se avaliou o desempenho do novo mapa para oito esp cies quatro leguminosas e quatro gram neas duas delas silvestres aparentadas com cultivadas e as outras seis compostas por variedades locais usando sua distribui o sendo a vari vel peso da semente como vari vel feno
123. ma 4 6 2 As tabelas As tabelas produzidas por ELC mapas est o em formato de texto delimitado por tabula es e podem ser abertas em programas como Excel OpenOffice o R Normalmente ao clicar com o bot o direito do mouse na op o Abrir com se oferecem alguns destes programas se est o instalados 4 6 2 1 Tabla ELC celdas pais txt Esta tabela mostra os valores das vari veis selecionadas e os valores das categorias ELC ELC CAT bioclim ticas geof sicas e ed ficas para cada centr ide fila de cada c lula que comp e o territ rio do pa s objeto de estudo Tamb m inclui os valores de latitude e longitude de cada centr ide 36 4 6 2 2 numero categorias pais txt Cont m uma simples recontagem das categorias ecogeogr ficas produzidas e representadas no mapa ELC resultante columna N ELC CAT e o n mero de categorias produzidas por componente 4 6 2 3 Estadist_ELC_pais txt Estadist_BIOCLIM_pais txt Estadist EDAPH_pais txt y Estadist GEOPHYS pais txt Nestas tabelas encontram se os estat sticos descritivos m dia valor m nimo valor m ximo e desvio padr o para cada uma das vari veis originais envolvidas na cria o do mapa ELC e para os mapas de cada um dos componentes bioclim tico geof sico e ed fico representados no mapa ELC Estas tabelas se assemelham tabela suplement ria S2 apresentada maneira da descri o das categorias do mapa ELC no artigo
124. ma c lula em particular B determinac o de entradas que ocorrem dentro de reas de influ ncia de c lulas com entradas C determinac o de entradas que ocorrem dentro de reas de influ ncia de c lulas vizinhas 7 2 4 Obtenc o dos mapas finais de diversidade 69 A lista de entradas por c lulas servir para obter matrizes iniciais com os dados de caracteriza o fenot pica genot pica ou ecogeogr fica segundo os dados que tenha ingressado o usu rio como colunas e as entradas de cada centroide identificadas por seu valor de ACCENUMB como filas Desta forma se obter tantas matrizes iniciais como c lulas com entradas e c lulas vizinhas forem determinadas A cada matriz inicial se aplica estandardiza es de dados se se trata de vari veis quantitativas e posteriormente um coeficiente de dist ncia ou semelhan a n o semelhan a o qual produzir ao mesmo tempo uma matriz diagonal de dist ncia A partir desta matriz se calcula a dist ncia m dia das entradas envolvidas e esse valor m dio de dist ncia se conceder a cada c digo de centroide e a sua respectiva c lula Isto permite a R produzir mapas de c lulas raster que reflitam os valores atribu dos ver Fig 27 70 q anil a BE n e il ges E SER NA Figura 27 Quarto passo A N mero de entradas analisadas por c lula B valores atribu dos a c lulas de dist ncia genot pica fenot pica ou ecogeogr fica m dias C Atribui o
125. marcador como zeros e um seguindo o formato indicado Lembrar que esta tabela dever encontrar se na pasta Passaporte da estrutura de dados das ferramentas CAPFITOGEN 7 4 1 25 Par metro genot Explica o Indicar o nome do arquivo de texto que cont m os dados provenientes da caracteriza o genot pica no formato indicado Lembrar de incluir o nome da extens o Desta forma se por exemplo a tabela se chamar genotipos neste espa o dever se escrever genotipos txt 7 4 1 26 Par metro neigd Explica o Selecionar esta op o quando for desej vel obter um mapa do ndice m dio de diversidade gen tica de Nei 1987 um mapa da propor o 81 m dia de marcadores polim rficos e um mapa de n mero de entradas analisadas por c lula 7 4 1 27 Par metro csimilar Explica o Indicar o n mero correspondente do coeficiente de similaridade semelhan a que se deseja utilizar para gerar o mapa de dist ncia genot pica m dia 1 ndice de Jaccard 1901 2 SMC de Sokal amp Michaner 1958 3 Sokal e Sneath 1963 S5 de Gower e Legendre 4 Rogers amp Tanimoto 1960 5 Dice 1945 6 coeficiente de Hamann 7 Ochiai 1957 8 Sokal e Sneath 1963 S13 de Gower e Legendre 9 Phi de Pearson 10 S2 de Gower e Legendre A dist ncia d se obt m como d sqrt 1 s sendo s o coeficiente de similaridade semelhan a 7 4 1 28 Par metro rgrid Explica o Escolher o tamanho de c lula
126. medida que as cole es n cleo se popularizam se prop em numerosas estrat gias de afixa o Gradualmente a complexidade e sofistica o de tais estrat gias vai se incrementando Contudo alguns estudos comparativos mostram que as estrat gias mais complexas n o necessariamente s o as que produzem cole es nucleares mais representativas Parra Quijano et al 2011b As estrat gias mais recorrentes simples e testadas s o as seguintes Yonezawa et al 1995 a Aleat ria R As entradas s o selecionadas de maneira aleat ria do total da cole o Os grupos criados pela estratifica o s o ignorados b Constante C O mesmo n mero de entradas se seleciona de cada grupo sem levar em conta o n mero de entradas que conformam o grupo D c Proporcional P O n mero de entradas a selecionar de cada grupo proporcional ao tamanho n mero de entradas de cada grupo ON d Logar tmico L O n mero de entradas a selecionar de cada grupo proporcional ao logaritmo do tamanho n mero de entradas de cada grupo 93 e Dependente da diversidade G O n mero de entradas a selecionar de cada grupo proporcional diversidade contida em cada grupo Esta estrat gia requer acesso a dados de caracteriza o adicionalmente aos agrupamentos provenientes da estratifica o 8 1 3 Informa o sobre disponibilidade de entradas Em boa parte dos estudos cient ficos sobre a cria o de cole es n cleo se re
127. metro bioclimv 45 Explica o Selecionar as vari veis bioclim ticas que se deseja incluir na caracteriza o ecogeogr fica O total das vari veis selecion veis est detalhado no Anexo 12 1 5 3 1 11 Par metro edaphsn Explica o Selecionar esta op o quando for desej vel caracterizar por vari veis do tipo ed fico texturas profundidade pH etc 5 3 1 12 Par metro edaphv Explica o Selecionar as vari veis ed ficas que se deseja incluir na caracteriza o ecogeogr fica O total das vari veis selecion veis est detalhado no Anexo 12 2 5 3 1 13 Par metro geophyssn Explica o Selecionar esta op o quando for desej vel caracterizar por vari veis do tipo geof sico relativas ao relevo e radia o solar 5 3 1 14 Par metro geophysv Explica o Selecionar as vari veis geof sicas que se deseja incluir na caracteriza o ecogeogr fica O total das vari veis selecion veis est detalhado no Anexo 12 8 5 3 1 15 Par metro latitud Explica o Incluir a latitude como vari vel de caracteriza o ecogeografica 5 3 1 16 Par metro longitud Explica o Incluir a longitude como vari vel de caracteriza o ecogeografica 5 3 1 17 Par metro ecogeoclus Explica o Selecionar esta op o quando for desej vel realizar an lise de agrupamentos grupos das entradas caracterizadas ecogeograficamente 5 3 1 18 Par metro ecogeoclustype 46 Explica o Escolher o ti
128. mica cotas proporcionais ao logaritmo da quantidade de entradas de cada categoria 8 5 1 10 Par metro availab Explica o Selecionar esta op o quando for desej vel utilizar a coluna sobre disponibilidade de entradas a serem selecionadas com destino para uma cole o n cleo Lembrar que para esta ferramenta a tabela de passaporte inclui uma coluna denominada AVAILAB onde se indica a disponibilidade das entradas da cole o original para integrar cole es n cleo atrav s dos c digos O entrada n o dispon vel 1 entrada dispon vel e NA sem informa o n o dispon vel Caso n o se deseje informa o sobre disponibilidade a sele o de entradas se realizar sobre o total das entradas A disponibilidade um crit rio pr prio do curador e poder ser determinado pelo n mero de sementes conservadas sua germina o ou outros diversos fatores 8 5 1 11 Par metro resultados Explica o Introduzir o caminho da pasta onde deseja guardar os resultados das an lises Nota usar em vez de na indica o do caminho da pasta Por exemplo C Resultados D MinhasFerramentas Meus Documentos Resultados etc 8 6 Resultados de ColNucleo 99 Uma vez finalizada a an lise ColNucleo produzir um total de quatro tabelas se o usu rio indicou utilizar os dados de disponibilidade par metro 8 5 1 10 ou tr s no caso que tenha decidido n o utilizar tal informa o 8 6 1 1 CoreCollection txt Esta
129. nalmente importante considerar que a ferramenta FIGS R pode levar em conta tamb m informa o sobre disponibilidade das entradas a serem selecionadas Desta maneira utiliza o mesmo formato de entrada de dados dados de passaporte que a ferramenta ColNucleo ou seja o formato usado para a ferramenta GEOQUAL mais a adi o do campo AVAILAB Para preencher o campo AVAILAB se aplicam os mesmos crit rios descritos na se o 8 4 9 4 Utiliza o da ferramenta FIGS R Uma vez instaladas as ferramentas CAPFITOGEN e selecionada a ferramenta FIGS R ser necess rio definir uma s rie de par metros para que a programa o R funcione corretamente 9 4 1 Par metros iniciais definidos pelo usu rio 9 4 1 1 Par metro ruta Explica o Caminho onde se encontram as ferrramentas documentos CAPFITOGEN Nota usar em vez de na indica o do caminho da pasta Por 107 exemplo F CAPFITOGEN C CAPFITOGEN D MinhasFerramentas MeusDocumentos CAPFITOGEN etc 9 4 1 2 Par metro pais Explica o Selecionar o pa s no qual foram recoletadas a maioria ou a totalidade das entradas que se deseja analisar Se as entradas foram recoletadas em mais de um pais considerar selecionar uma regi o subcontinente ou continente progressivamente ser o adicionadas estas op es 9 4 1 3 Par metro pasaporte Explica o Escrever o nome do arquivo que cont m a tabela de passaporte em formato de texto lembrando de incl
130. naria uma associa o n o significativa das duas distribui es Contudo a determina o mais exata da RE se consegue atrav s de uma an lise de faltantes ou vazios mais conhecido por sua denomina o em ingl s como gap analysis Para realiz lo necess rio previamente compilar informa es de A outras fontes externas cole o como outras cole es de germoplasma ou 51 qualquer dado que indique a presen a de popula es da esp cie objetivo folhas de herb rio bases de dados bot nicas refer ncias bibliogr ficas etc Logo se compara a distribui o da frequ ncia das coletas da cole o a ser avaliada com respeito das fontes externas e ent o se poder visualizar claramente quais E Colecci n germoplasma Fuentes externas E Mapa ELC Figura 22 Compara o de distribui o das frequ ncias de locais de coleta da cole o objetivo e ambientes est o subrepresentados na cole o Frecuencias G B W ie o fs 5 4 6 Categorias ELC de presen as de fontes externas sobre dez categorias ELC Se inclui tamb m a distribui o da frequ ncia de cada categoria no total do mapa ELC A Fig 22 ilustra o processo de compara o previamente mencionado Usando os mesmos dados fict cios do exemplo da Fig 21 neste gr fico de barras se inclui em cor verde a distribui o das frequ ncias das categorias ELC para dados de presen a provenientes de fontes ex
131. nica de calibragem se observa nos estudos de Endresen e colaboradores para cevada e trigo Endresen 2010 Endresen et al 2012 Por sua pr pria natureza a t cnica de calibragem se usa para FIGS de tipo indireto enquanto a t cnica de filtragem se tem usado para ambos tipos A t cnica de calibragem metodologicamente mais complexa e seus resultados s o mais precisos na detec o de entradas que possuem a caracter stica de interesse com respeito t cnica de filtragem Contudo a t cnica de calibragem tem como desvantagem o requisito de ter que contar com dados de avalia o parcial da cole o e que esses dados sejam suficientemente fi veis como para que a rela o que se possa estabelecer entre vari vel ecogeogr fica e car cter de interesse seja v lida Este fato faz com que sua aplica o fique restrita a 22 das cole es que o percentual de cole es nacionais que contam com algum tipo de avalia o por fatores bi ticos em 40 pa ses de acordo com o Segundo Relat rio do Estado dos Recursos Fitogen ticos para a Alimenta o e a Agricultura FAO 2010 104 Independentemente da forma como se obtenha a subcole o FIGS altamente recomend vel que se valide mediante ensaios de adapta o toler ncia ou resist ncia que efetivamente as entradas selecionadas possuam a caracter stica de interesse pela qual foram selecionadas atrav s das condi es ecogeogr ficas de seus locais de coleta 9 2 Subcol
132. nima de agosto C Worldclim tmin_9 Temperatura minima de setembro C Worldclim tmin_10 Temperatura m nima de outubro C Worldclim tmin_11 Temperatura minima de novembro G Worldclim tmin_12 Temperatura m nima de dezembro C Worldclim tmax_1 Temperatura maxima de janeiro C Worldclim tmax_2 Temperatura maxima de fevereiro C Worldclim tmax_3 Temperatura m xima de mar o C Worldclim tmax_4 Temperatura maxima de abril C Worldclim tmax_5 Temperatura maxima de maio C Worldclim tmax_6 Temperatura maxima de junho C Worldclim tmax_7 Temperatura maxima de julho C Worldclim tmax 8 Temperatura maxima de agosto C Worldclim tmax_9 Temperatura maxima de setembro C Worldclim tmax 10 Temperatura maxima de outubro C Worldclim tmax_11 Temperatura m xima de novembro C Worldclim 127 12 1 Continua o C digo Descri o de vari veis Unidade Fonte tmax 12 Temperatura m xima de dezembro C Worldclim bio 1 Temperatura m dia anual C Worldclim bio_2 Categoria m dia de temperaturas diurnas C Worldclim bio 3 Isotermalidade BIOCLIM2 BIOCLIM7 100 Worldclim bio 4 Sazonalidade na temperatura desvio padrao 100 Worldclim bio 5 M xima temperatura do m s mais quente C Worldclim bio 6 Minima temperatura do m s mais frio C Worldclim bio_7 Categoria
133. nto se os dados estiverem no formato FAO IPGRI 2001 GEOQUAL poderia tamb m operar pr vio traslado da informa o do formato 2001 ao 2012 sem ter que acrescentar informa o para os novos campos que inclui a vers o 2012 mas sim considerando a inclus o dos quatro descritores ADM A ferramenta GEOQUAL inclui um modelo de tabela de descritores de passaporte baseado nos descritores multi cultivo de FAO Bioversity com o acr scimo dos quatro descritores ADM em formato Excel pasta DescriptoresPasaporteModelo arquivo Tabla pasaporte modelo FAO Bioversity 2012 modificada xls onde em cor verde se assinala os descritores indispens veis para GEOQUAL e em cor amarela aqueles n o indispens veis mas sim importantes Os campos n o assinalados n o s o levados em conta por GEOQUAL mas deve se manter sua posi o dentro da tabela como no caso dos assinalados para que GEOQUAL encontre as vari veis que analisa no local que espera encontr las Como regra geral ao preencher esta tabela quando n o conhe a a informa o que se requer se deve escrever no campo as letras NA que normalmente indicam n o aplica mas que no caso de GEOQUAL tamb m indica que n o h informa o dispon vel 19 3 3 1 Descri o dos par metros base de GEOQUAL 3 3 1 1 Par metro COORQUAL um par metro que determina a qualidade intr nseca das coordenadas contidas nos dados do passaporte Se determina atrav s de quatro sub par metr
134. ntre ocorr ncias de fontes externas e bancos cole es de germoplasma em cada categoria usando a seguinte f rmula DIF FE BG FE sendo FE o n mero de ocorr ncias de fontes externas e BG as correspondentes a banco de germoplasma 2 Esta classifica o a mesma que se mostra no mapa 6 4 1 2 3 Esta classifica o a mesma que se mostra no mapa 6 4 1 1 Estas classes est o relacionadas com a prioridade de visita ou explora o que teria cada categoria ecogeogr fica numa futura coleta A classe 1 agrupa as categorias que teriam a m xima prioridade enquanto que a classe 2 teria menos prioridade que a classe 1 e assim sucessivamente at a classe 13 O mapa ao ser aberto em DIVA GIS n o mostra as 13 classes com uma cor individual para cada classe sen o que agrupa os 13 valores em cinco cores 58 Sua visualiza o correta se consegue em DIVA GIS quando se acrescentam 8 cores mais e se ajustam as categarias de valores de cada cor como nos mapas anteriores ao valor de uma classe 6 4 1 4 Shapefile Puntos BG shp Mapa vetorial shafile que representa os locais de coleta de germoplasma do banco ou a cole o de acordo com a avalia o de representatividade A tabela que acompanha este mapa de pontos cont m todos os campos do formato de passaporte FAO Bioversity 2012 6 4 1 5 Shapefile FE class shp Mapa vetorial shafile que representa as ocorr ncias de fontes externas A tabela que acompanha este m
135. ntre os quartos 0 5 ou m dia e 0 75 e grupo 4 que corresponde frequ ncia alta acima do quarto 0 75 6 4 1 3 mapa Tipo faltante grd Este mapa outra reclassifica o das categorias originais do mapa ELC Este mapa s se produz quando o usu rio introduz dados de fontes externas Esta reclassifica o corresponde aos crit rios expostos na seguinte tabela Tabla 1 Classifica o de categorias do mapa ELC de acordo com crit rios de prioridade para futuras explora es Classe Diferen a Fontes Classifica o frequ ncia Classifica o por externas vs Banco de por ocorr ncia da esp cie frequ ncia de categoria germoplasma DIF no mapa ELC 0 Nao aplica Nao aplica Nao aplica 1 1 Baixa ou m dia baixa Baixa ou m dia baixa 2 1 Baixa ou m dia baixa M dia alta ou alta 3 1 M dia alta ou alta Baixa ou m dia baixa 4 1 M dia alta ou alta M dia alta ou alta 5 0 99 0 5 Baixa ou m dia baixa Baixa ou m dia baixa 6 0 99 0 5 Baixa ou m dia baixa M dia alta ou alta 7 0 99 0 5 M dia alta ou alta Baixa ou m dia baixa 8 0 99 0 5 M dia alta ou alta M dia alta ou alta 9 0 01 0 499 Baixa ou m dia baixa Baixa ou m dia baixa 10 0 01 0 499 Baixa ou m dia baixa M dia alta ou alta 11 0 01 0 499 M dia alta ou alta Baixa ou m dia baixa 12 0 01 0 499 M dia alta ou alta M dia alta ou alta 13 0eNA N o aplica N o aplica 1 Este valor produto da compara o e
136. o Determinar o valor da dist ncia em km sob a qual se considerar que dois lugares de recole o na realidade representam uma mesma 109 popula o duplicado geogr fico O valor zero valor m nimo e por omiss o dar menor prioridade na hora de selecionar as entradas com id nticas coordenadas Na medida em que o valor da dist ncia aqui estipulado aumentar um maior n mero de entradas ser considerado como duplicado geogr fico 9 4 1 10 Par metro availab Explica o Selecionar esta op o quando for desej vel utilizar a coluna sobre disponibilidade de entradas a serem selecionadas como integrantes da subcole o FIGS Isto implica em dar prioridade entradas dispon veis sem restringir uma poss vel considera o das n o dispon veis Lembrar que para esta ferramenta a tabela de passaporte inclui uma coluna denominada AVAILAB onde se indica a disponibilidade das entradas da cole o original para integrar as cole es n cleo atrav s dos c digos O entrada n o dispon vel 1 entrada dispon vel e NA sem informa o n o dispon vel A disponibilidade um crit rio pr prio do curador e poder ser determinado pelo n mero de sementes conservadas sua germina o ou diversos outros fatores 9 4 1 11 Par metro soloavailab Explica o Selecionar esta op o quando for desej vel restringir a sele o de entradas com destino para subcole o FIGS exclusivamente para as entradas designad
137. o abi tica da esp cie ou esp cies e que portanto determinam sua distribui o O processo de sele o ent o um aspecto chave na hora de obter mapas mais precisos em termos adaptativos O listado de vari veis potencialmente selecion veis se pode criar a partir de a Pesquisas bibliogr ficas N o dif cil encontrar na literatura de tipo t cnica e ou cient fica como artigos livros ou documentos algumas refer ncias sobre os fatores ambientais que influenciam determinam ou 31 limitam a distribui o de uma esp cie Frequentemente deve se buscar a correspond ncia entre as refer ncias sobre esses fatores com as vari veis dispon veis em forma de capas SIG para realizar o mapa b Conhecimento especializado A consulta de pessoas especialistas na esp cie ou grupo de esp cies sobre quais vari veis ecogeogr ficas podem ser consideradas fatores chave na sua adapta o e distribui o costuma oferecer uma informa o muito valiosa na hora de selecionar vari veis Esta consulta introduz subjetividade no processo algo que n o se deve temer em absoluto No processo de cria o de mapas de caracteriza o ecogeogr fica do terreno o conhecimento especialista nestas fases pr vias pode ser a diferen a entre um mapa corretamente validado ou um mapa com pouco sentido em termos de adapta o da esp cie objetivo O aporte do conhecimento especializado pode ser mais decisivo na medida que se consulte o maior n me
138. o da tabela passaporte que ingressa e de acordo a isso usar o par metro geoqual 121 15 Aviso de erro An error occurred Error en if any puntosorig 8DECLATITUDE gt 90 puntosorig DECLATITUDE lt valor ausente donde TRUE FALSE es necesarioCalls source gt withVisible gt eval gt eval 6 An error occurred Error en if any puntosorigsDECLONGITUDE gt 180 puntosorig gDECLONGITUDE lt valor ausente donde TRUE FALSE es necesarioCalls source gt withVisible gt eval gt eval Ferramenta Pode apresentar se em ferramentas onde o usu rio ingresse dados de passaporte Solu o es Existe um erro nas coordenadas de ao menos uma entrada e isso pode ser devido aos pr prios erros da codifica o das coordenadas ou a que inclusive n o tenha valor nenhum incluindo NA nos campos das coordenadas Para solucionar o problema no primeiro caso verifique a codifica o das coordenadas em sexagesimal que estejam de acordo com o formato FAO Bioversity 2012 e para decimal que os valores para DECLATITUDE estejam entre 90 e 90 e para DECLONGITUDE entre 180 e 180 Se o erro se deve ao segundo caso campos vazios isto pode ser devido apari o de entradas fantasma as quais se formam ao se criar a tabela de passaporte no excel e haver algumas filas a mais que lamentavelmente n o podem ser facilmente identificadas porque aparecem em branco mas que ao se exportar a tabela em formato de texto nesse momento apare
139. o m dia de abril mm Worldclim prec_5 Precipita o m dia de maio mm Worldclim prec_6 Precipita o m dia de junho mm Worldclim prec_7 Precipita o m dia de julho mm Worldclim prec_8 Precipita o m dia de agosto mm Worldclim prec_9 Precipita o m dia de setembro mm Worldclim prec 10 Precipita o m dia de outubro mm Worldclim prec 11 Precipita o m dia de novembro mm Worldclim prec 12 Precipita o m dia de dezembro mm Worldclim tmean 1 Temperatura m dia de janeiro C Worldclim tmean 2 Temperatura m dia de fevereiro C Worldclim tmean 3 Temperatura m dia de mar o C Worldclim tmean_4 Temperatura m dia de abril C Worldclim tmean 5 Temperatura m dia de maio A Worldclim tmean_6 Temperatura m dia de junho C Worldclim tmean 7 Temperatura m dia de julho C Worldclim tmean_8 Temperatura m dia de agosto C Worldclim tmean 9 Temperatura m dia de setembro C Worldclim tmean_10 Temperatura m dia de outubro C Worldclim tmean_11 Temperatura m dia de novembro C Worldclim tmean_12 Temperatura m dia de dezembro C Worldclim tmin_1 Temperatura minima de janeiro C Worldclim tmin 2 Temperatura m nima de fevereiro 6 Worldclim tmin_3 Temperatura m nima de mar o C Worldclim tmin_4 Temperatura minima de abril C Worldclim tmin_5 Temperatura minima de maio C Worldclim tmin_6 Temperatura minima de junho C Worldclim tmin_7 Temperatura minima de julho C Worldclim tmin_8 Temperatura mi
140. o nome de CAPFITOGEN na raiz do diret rio copie toda a estrutura de pasta e arquivos e cole a na pasta que acaba de criar A continua o reinstale as ferramentas Se esta op o n o funciona prove instalar o pacote manualmente Para isso a No c digo do erro aparece o nome do pacote n o instalado exatamente onde no exemplo diz package name Com este nome de pacote abra a pasta packages dentro da estrutura de pastas e arquivos de CAPFITOGEN e a se encontrar uma s rie de arquivos zip com diversos nomes Um deles corresponder ao nome do pacote e estar acompanhado dos n meros relativos a vers o Copie o nome do arquivo completo incluindo a extens o zip b Abra R com o execut vel que estar alojado no caminho C rwin bin i386 Rgui exe e digite a seguinte instru o na R console Install packages X CAPFITOGEN packages nombrearchivopaquete zip X corresponde letra da unidade onde se encontram as ferramentas CAPFITOGEN troque esta letra com a que esteja de acordo com seu caso e na parte nombredearchivo zip cole o nome do arquivo que copiou no passo 1 continua o digite enter c O programa come ar a instalar o pacote e quando acabar aparecer um aviso similar a este package sp successfully unpacked and MD5 sums checked d Prove que o pacote ficou corretamente instalado para isso digite continua o library package name package name o nome do pacot
141. ode gerar erro A codifica o das vari veis fenot picas possui certas condi es As vari veis sejam elas quantitativas ou categ ricas devem estar expressadas numericamente Para as vari veis categ ricas os estados que durante a caracteriza o tenham sido descritos mediante c digos que incluem caracteres alfab ticos ou de outros tipos devem ser transformados a c digos exclusivamente num ricos sem linhas pontos v rgulas ou espa os Se existem dados faltantes estes devem ser codificados com os caracteres NA Finalmente tenha em conta que a ferramenta DIV mapas s reconhece a informa o em tabelas quando esta se encontra em formato de texto separado por tabula es Em consequ ncia uma vez a tabela de dados fenot picos no Excel esteja completa e de acordo com os requerimentos previamente destacados se deve exportar em formato de texto separado por tabula es e este arquivo de texto deve localizar se na pasta Pasaporte junto com o resto de tabelas de dados de caracteriza o e a tabela de dados do passaporte 7 3 3 Modelo de tabela de natureza das vari veis fenot picas No caso de que disponha de dados de caracteriza o fenot pica e que deseje utiliz la para gerar um mapa de diversidade com DIV mapas al m de aportar a 15 tabela de dados fenot picos da se o 7 3 2 imprescind vel preencher a tabela que aparece com o nome de ModeloTablaNaturalezaVariables xlsx a qual indicar
142. ogle earth kml e DIVA GIS grd Nestes mapas aparecem representados com diferentes cores o ndice de diversidade antes mencionado obtido das entradas caracterizadas da rea de influ ncia de cada c lula 7 5 4 4 mapadiv ProportionVariableMarkers pais Corresponde ao mapa que mostra a propor o de marcadores polim rficos em tr s formatos imagen png Google earth kml e DIVA GIS grd Nestes mapas aparecem representados com diferentes cores a propor o de marcadores moleculares polim rficos obtida das entradas caracterizadas da rea de influ ncia de cada c lula Com respeito s tabelas se pode encontrar as seguintes 7 5 4 5 tabla estadisticas mapa GenotDistance txt Esta tabela mostra as estat sticas do mapa de diversidade genot pica mapa 7 5 4 1 em termos de dist ncia de Dice 1945 isto a m dia desvio padr o e valores m ximos e 88 m nimos de tal dist ncia determinados para todo o conjunto de c lulas que comp em o mapa 7 5 4 6 tabla estadisticas mapa NeiGeneDiversity txt Esta tabela mostra as estat sticas do mapa de diversidade genot pica mapa 7 5 4 3 em termos do ndice de diversidade gen tica de Nei 1987 isto a m dia desvio padr o e valores m ximos e m nimos para este ndice determinados para todo o conjunto de c lulas que comp em o mapa 7 5 4 7 NeiGeneDiversityMedias sin con bootstrap txt Tabela com os ndices
143. ograma CAPFITOGEN em 2013 fez com que em alguns pa ses objetivo do programa fossem organizados work shops de car ter nacional por iniciativa e busca de financiamento pelos pr prios interessados Ao mesmo tempo h surgido interesse de outros pa ses e regi es que n o eram objeto inicial do Programa os quais v m demandando tanto ferramentas como atividades de transfer ncia e treinamento Desta forma o Programa CAPFITOGEN espera servir n o s como gerador e transmissor de tecnologia apropriada como tamb m um modelo de transmiss o em si mesmo Um de seus aspectos mais inovadores o fato de envolver aqueles que desenvolveram as metodologias cient ficas a desenvolver as ferramentas facilitadas baseadas em suas metodologias e a realizar diretamente as atividades de transfer ncia e treinamento t cnico Este modelo garante aos benefici rios do Programa acesso direto aos cient ficos e desenvolvedores para a resolu o de suas d vidas ou exposi o de seus casos Ao mesmo tempo os cient ficos se subsidiam diretamente das experi ncias e problem ticas dos t cnicos dos Programas Nacionais o que influenciar em futuras pesquisas de maior aplica o e mais ajustadas s necessidades reais 2 Ferramentas CAPFITOGEN caracter sticas e instala o 2 1 Origem As plantas cultivadas foram em seu momento plantas silvestres cuja ampla carga gen tica lhes permitia resistir e se adaptar aos desafios que um ambiente mut vel
144. ogramas de melhoramento 9 3 Obten o de subcole es FIGS com a ferramenta FIGS R Com a ferramenta FIGS R se pode obter uma subcole o FIGS mediante a t cnica de filtragem FIGS R permite utilizar at tr s vari veis de sele o de maneira hier rquica isto uma vari vel prim ria de uso obrigat rio que exerce o primeiro processo de filtragem uma secund ria opcional que filtra sobre o 105 subconjunto produto da primeira filtragem e uma vari vel terci ria opcional e s funcional se se utilizou uma vari vel secund ria que filtra sobre o subconjunto produto da segunda filtragem Como vari vel prim ria secund ria ou terci ria se pode escolher uma das 103 vari veis ecogeogr ficas ver Anexos 12 1 12 2 e 12 3 que se t m disposi o nas ferramentas CAPFITOGEN A Fig 31 mostra o processo que segue FIGS R para a obten o de subcole es FIGS Variables Datos E Extraccion ecogeograficas pasaporte Eliminaci n duplicados espaciales Filtracion variable secundaria Filtracion variable primaria Filtraci n variableterciaria Subcolecci n FIGS1 gt Subcolecci n FIGS2 Mapa ELC Figura 31 Ilustra o do processo que segue a ferramenta FIGS R para a obten o de subcole es FIGS Para cada vari vel de sele o o usu rio da ferramenta FIGS R pode escolher a forma de realizar a sele o A primeira forma a da determina o por parte do usu rio de uma categoria
145. onadas com a adapta o Parra Quijano et al 2011a O uso de dados de caracterizac o ecogeogr fica do germoplasma na obtenc o de cole es n cleo tem se documentado desde 1995 no caso do estabelecimento de uma colec o n cleo de Phaseolus vulgaris no Centro Internacional de Agricultura Tropical CIAT Tohme et al 1995 Dado que a ampla disponibilidade de SIG aplicados a recursos gen ticos vegetais e de capas de informac o ecogeogr fica n o foi poss vel at a d cada 2000 2010 as 94 cole es n cleo ecogeogr ficas n o reaparecem no contexto cient fico internacional at 2008 com o caso de Trifolium spumosum Ghamkhar et al 2008 Posteriormente em dois estudos sobre diferentes tipos de cole es n cleo ecogeogr ficas se determinou que a combina o mapa de caracteriza o ecogeogr fica do territ rio mapa ELC como estrat gia de agrupamento e o tipo proporcional como estrat gia de afixa o produziu cole es n cleo de alta representatividade ecogeogr fica e fenot pica para cole es de Lupinus spp e Phaseolus vulgaris respectivamente Parra Quijano et al 2011a 2011b Em tais estudos at 16 combina es diferentes de estrat gias de agrupamento e afixa o deram resultados similares ou inferiores em termos de representatividade ecogeogr fica e fenot pica que a combina o mapa ELC junto com afixa o proporcional 8 3 Obten o de cole es n cleo ecogeogr ficas em ColNucleo
146. onde desea que se guarden los resultados del an lisis Nota use antes que 1 Por ejemplo C Resultados D MisHerramientas Resultados etc Figura 7 Formul rio da ferramenta GEOQUAL 1 Links sobre aspectos legais 2 Espa o que indica a ferramenta em uso 3 Barra de links 4 Descri o breve da ferramenta 5 Link do manual de instru es 6 Zona de introdu o de par metros 7 Bot o para iniciar a an lise 1 2 3 4 Figura 8 Barra de links corresponde parte 3 da Fig 6 Os bot es cumprem as seguintes fun es 1 Voltar ao formul rio da ferramenta selecionada 2 Ver manual de instru es das ferramentas CAPFITOGEN 3 Informa o de contato e apoio 4 Retornar p gina de sele o das ferramentas p gina de aterrissagem i Enquanto a an lise est sendo executada o Windows mostrar o ponteiro do mouse com o cone de espera Uma vez a an lise conclu da satisfatoriamente a p gina que cont m o formul rio voltar a situar se na parte superior mostrando o cabe alho com o logo do TIRFAA Indo parte inferior da p gina aparecer uma 11 mensagem de Processo finalizado Fig 9 indicando que se deve buscar os resultados j guardados Se se deseja mudar algum par metro e voltar a executar a an lise pode se faz lo a partir do mesmo formul rio mudando o par metro em quest o e clicando sobre o bot o Analisar Pode se tamb m deletar todo o conte do do formul rio com o bo
147. onente geof sico Uma vez determinada a lista final de vari veis estas se selecionam nos par metros bioclimv geophysv e edaphv par metros 4 5 1 5 4 5 1 6 e 4 1 5 9 A lista de vari veis completa que inclui a ferramenta ELC mapas v1 2 se encontra na parte final deste documento Anexos 12 1 12 2 e 12 3 4 5 Utilizac o da ferramenta ELC mapas 32 Uma vez instaladas as ferramentas CAPFITOGEN e selecionada a ferramenta ELC mapas deve se especificar uma s rie de par metros por parte do usu rio 4 5 1 Par metros iniciais definidos pelo usu rio Depois de definir todos os par metros e caminhos que requer ELC mapas ao clicar em Analisa a ferramenta iniciar a an lise Depois de um tempo que pode variar pela introdu o de alguns par metros de resolu o tipo de an lise tamanho de dados processados ou configura o de hardware do computador ELC mapas produzir resultados que guardar onde foi indicado par metro 4 5 1 12 4 5 1 1 Par metro ruta Explica o Caminho onde se encontram as ferrramentas documentos CAPFITOGEN Nota usar em vez de 1 na indica o do caminho da pasta Por exemplo F CAPFITOGEN C CAPFITOGEN D MinhasFerramentas MeusDocumentos CAPFITOGEN etc 4 5 1 2 Par metro pais Explica o Selecionar o pa s para o qual se deseja construir o mapa ELC Aparecer o v rios pa ses dispon veis somente se a ferramenta incluir informa o para todos eles se n o s apa
148. ore collection p 95 107 In Hodgkin T Brown A H D Hintum T J L Morales E A V ed Core collections of plant genetic resources John Wiley 8 Sons New York NY Upadhyaya H D Ortiz R Bramel P J S Singh S 2003 Development of a groundnut core collection using taxonomical geographical and morphological descriptors Genet Resour Crop Evol 50 139 148 Xiurong Z Yingzhong Z Yong C Xiangyun F Qingyuan G Mingde Z Hodgkin T 2000 Establishment of sesame germplasm core collection in China Genet Resour Crop Evol 47 273 279 101 Yonezawa K Nomura T Morishima H 1995 Sampling strategies for use in stratified germplasm collections p 35 53 In Hodgkin T Brown A H D Hintum T J L Morales E A V ed Core collections of plant genetic resources John Wiley amp Sons New York NY 102 9 Ferramenta FIGS R 9 1 A Estrat gia de Sele o Focada de Germoplasma A t cnica de sele o de germoplasma com fins de utiliza o denominada Estrat gia de Sele o Focada de Germoplasma ou FIGS por suas siglas em ingl s Focused Identification of Germplasm Strategy prov m de um conceito originalmente desenvolvido por Mackay 1990 Esta t cnica busca identificar entradas de uma cole o que t m potencial de uso por parte de melhoradores O potencial para uso em melhoramento est baseado no uso de informa o ecogeogr fica dos locais de coleta e sua associa o com caracte
149. ores limita es Isto tem feito com que em pa ses em desenvolvimento estas metodologias n o se possam aplicar ou se se aplicam n o se podem estender a todo o germoplasma conservado Esta situa o contrasta com o fato de que nos pa ses em desenvolvimento onde se concentra a maior riqueza gen tica agr cola vegetal Este cen rio tem feito com que alguns grupos de pesquisa no mundo tenham dirigido seus esfor os a explorar metodologias de menor custo e complexidade que se adaptem muito melhor s condi es de Programas Nacionais de pa ses em desenvolvimento As alternativas metodol gicas incluem o aproveitamento da informa o ambiental dos lugares de coleta ecogeogr fica por exemplo para fazer estimativas da variabilidade gen tica que contenha o germoplasma ou estimar com maior xito a probabilidade de encontrar gens de interesse Mesmo assim se concebe o uso dos sistemas de informa o geogr fica como meio de obten o e aproveitamento de tais dados ecogeogr ficos Dado que a maior parte da informa o ecogeogr fica e os programas inform ticos para realizar as an lises s o de acesso gratuito o investimento se reduz a um computador com uma configura o de tipo comercial e capacita o de pessoal Se trata ent o de m todos compat veis com cen rios de recursos limitados condi o que acontece frequentemente em Programas Nacionais de pa ses em desenvolvimento Depois de demostrar sua efetividade em casos de
150. orno bi tico ou abi tico Em particular as ferramentas CAPFITOGEN permitem analisar s o componente abi tico classificado por tr s aspectos principais os quais costumam considerar se em estudos de adapta o de cultivos Ceballos Silva e L pez Blanco 2003 ou zoneamento agr cola Williams et al 2008 a Bioclim tico Faz refer ncia a fatores relacionados com temperatura e precipita o Tamb m inclui as rela es entre temperatura e precipita o que se manejam atrav s de ndices b Geof sico Agrupa os fatores topogr ficos e de destaque de maior import ncia especialmente relacionados com a radia o solar c Ed fico Fatores relacionados com as condi es f sicas e ou qu micas da fra o do solo da qual as plantas dependem Portanto caracterizar ecogeogr ficamente um conjunto de entradas implica assinalar a cada uma delas informa o de tipo bioclim tico geof sico e ed fico do local de sua coleta A informa o ecogeogr fica do local de coleta por si s mostra muitas caracter sticas adaptativas do germoplasma e em conjunto com outro tipo de caracteriza es como a fenot pica ou genot pica pode resultar muito til para explicar os padr es gen ticos observados Em alguns casos como os que se d o em aus ncia de recursos econ micos suficientes para outro tipo de estudos a caracteriza o ecogeogr fica pode considerar se uma alternativa v lida simples e barata para facilitar a uti
151. os inicialmente a ERRORES Se as coordenadas em formato sexagesimal ou decimal cont m valores fora do marco poss vel dentro do sistema de coordenadas latlong WGS84 Usa os descritores LATITUDE LONGITUDE DECLATITUDE e DECLONGITUDE b PRECIS Aplica para coordenadas em formato sexagesimal que cumpram a codifica o do listado de descritores do passaporte FAO Bioversity 2012 Este sub par metro determina se as coordenadas foram obtidas com uma precis o de segundos minutos ou graus Usa os descritores c GEORBLE uma valoriza o da possibilidade de obter coordenadas do local de coleta a partir dos dados de descri o de localidade dispon veis d INTERTEMP Toma valores do descritor COLLDATE e os interpreta na medida da possibilidade do uso de m todos de georreferencia o Por exemplo para coletas ocorridas posteriormente ao ano 2000 se assume uma alta probabilidade de uso de GPS o qual incrementaria a qualidade das coordenadas e GEOREFMETH Valoriza o sistema pelo qual se tem atribu do coordenadas ao local de coleta GEOREFMETH corresponde a um campo da tabela do passaporte FAO Bioversity 2012 Somente se considerar este sub par metro quando se disp e de valores para todas as entradas deste campo Cada sub par metro se avalia em uma categoria de zero a tr s onde zero corresponde a qualidade m nima e tr s a qualidade m xima As combina es dos valores de cada sub par metro geram o par metro COORQUAL numa
152. ovenientes de fontes externas qualquer fonte de informa o diferente da cole o objeto de an lise da representatividade no formato solicitado 6 3 1 7 Par metro fuentex Explica o Indicar o nome do arquivo que cont m as ocorr ncias de fontes externas no formato solicitado Se o arquivo se chama FontesExternas neste campo deve aparecer FontesExternas txt porque esta tabela deve estar em formato de texto delimitado pelas tabula es Lembrar que este arquivo deve encontrar se na pasta chamada Passaporte 6 3 1 8 Par metro geoqualfe Explica o A tabela de ocorr ncias de fontes externas no formato solicitado disp e nas colunas indicadas de informa o sobre avalia o da qualidade do georreferenciamento aplica o pr via do GEOQUAL 6 3 1 9 Par metro totalqualfe Explica o Se sua tabela de ocorr ncias de fontes externas foi avaliada pelo GEOQUAL e desejar possuir um m nimo de qualidade para que seus dados possam ser inclu dos na an lise determinar o valor de TOTALQUAL100 a ser usado como limite S o admitidos valores de O qualidade nula a 100 m xima qualidade 6 3 1 10 Par metro duplibg Explica o Marcar esta op o se considerar como n o existente faltante as ocorr ncias de fontes externas que prov m de outros bancos ou cole es de 54 germoplasma Coluna TYPESOURCE com valor 40 Considerar que ao escolher esta op o se poderia chegar a realizar recole es de
153. pelas quais n o est o dispon veis podem ser variadas como se explica na se o 8 1 3 8 7 Refer ncias Brown A H D 1995 The core collection at the crossroads p 3 19 En Hodgkin T Brown A H D Hintum T J L Morales E A V ed Core collections of plant genetic resources John Wiley amp Sons New York NY Ghamkhar K R Snowball B J Wintle Brown A H D 2008 Strategies for developing a core collection of bladder clover Trifolium spumosum L using ecological and agro morphological data Aust J Agric Res 59 1103 1112 Grenier C Hamon P Bramel Cox P J 2001 Core collection of sorghum Il Comparison of three random sampling strategies Crop Science 41 241 246 Parra Quijano M Iriondo J M Torres M E De la Rosa L 2011a Evaluation and validation of ecogeographical core collections using phenotypic data Crop Science 51 694 703 Parra Quijano M Iriondo J M de la Cruz M Torres M E 2011 Strategies for the development of core collections based on ecogeographical data Crop Science 51 656 666 Reddy L J H D Upadhyaya C L L Gowda S Singh 2005 Development of core collection in pigeonpea Cajanus cajan L Millspaugh using geographic and qualitative morphological descriptors Genetic Resources and Crop Evolution 52 1049 1056 Tohme J P Jones S Beebe and M lwanaga 1995 The combined use of agroecological and characterisation data to establish the CIAT Phaseolus vulgaris c
154. pelo usu rio 7 4 1 1 Par metro ruta Explica o Caminho onde se encontram as ferrramentas documentos CAPFITOGEN Nota usar em vez de na indica o do caminho da pasta Por exemplo F CAPFITOGEN C CAPFITOGEN D MinhasFerramentas MeusDocumentos CAPFITOGEN etc 7 4 1 2 Par metro pais Explica o Selecionar o pa s no qual foram recoletadas a maioria ou a totalidade das entradas que se deseja analisar Se as entradas foram recoletadas em mais de um pa s selecionar uma regi o subcontinente ou continente na sequ ncia ser o oferecidas estas op es 7 4 1 3 Par metro bootstrap Explica o Marcar esta op o se desejar calcular os valores para os mapas mediante bootstrapping re amostragem Considerar que escolher esta op o reduzir as reas de an lises nos mapas onde a densidade de lugares de recole o menor 7 4 1 4 Par metro bootn Explica o Especificar o n mero de re amostragens quando escolhida a op o de bootstrapping 77 7 4 1 5 Par metro replac Explica o Marcar esta op o quando desejar que as re amostragens se realizem com substitui o 7 4 1 6 Par metro pasaporte Explica o Escrever o nome do arquivo que cont m a tabela de passaporte em formato de texto lembrando de incluir a extens o txt Por exemplo se o arquivo se chama tabela deve escrever tabela txt Lembrar que este arquivo deve ser guardado previamente na pasta Passaporte que
155. po de agrupamento hier rquico que se deseja utilizar para os agrupamentos grupos ecogeogr ficos single vizinho mais pr ximo complete vizinhan a mais compactada ward m todo de m nima vari ncia de Ward mcquitty m todo de McQuitty average similaridade semelhan a m dia UPGMA median similaridade semelhan a da mediana centroid centr ide geom trico flexible Beta flex vel 5 3 1 19 Par metro ecogeopca Explica o Selecionar esta op o quando for desej vel realizar an lise de componentes principais para as entradas caracterizadas ecogeograficamente 5 3 1 20 Par metro ecogeopcaxe Explica o N mero de componentes a considerar sempre menor que o n mero de vari veis ecogeogr ficas dentro da an lise PCA 5 4 Resultados de ECOGEO No caminho e pasta que foram determinadas em resultados par metro 5 3 1 21 se encontrar duas figuras e quatro tabelas 5 4 1 As figuras Se trata dos arquivos dendrograma ecogeo wmf e pca ecogeo wmf que correspondem a figuras vetoriais em formato metaarquivo do Windows Estas figuras um dendrograma e um biplot respectivamente s ir o gerar se se foi solicitado ferramenta realizar uma an lise de agrupamentos par metro 5 3 1 17 ou uma an lise de componentes principais par metro 5 3 1 19 Pode se abrir e inclusive modificar no Microsoft Powerpoint ou programas de edi o de imagens 5 4 2 As tabelas As quatro tabel
156. presentados com diferentes cores a m dia das dist ncias ecogeogr ficas das entradas da rea de influ ncia de cada c lula A dist ncia corresponde euclidiana e tem poss veis valores desde O para o caso em que tenha uma s entrada ou que todas as entradas tenham sido coletadas em ambientes id nticos at o infinito Com respeito s tabelas se pode encontrar as seguintes 7 5 2 1 tabla estadisticas mapadiv ecogeo txt Esta tabela mostra as estat sticas do mapa de diversidade ecogeogr fica em termos de dist ncia ou seja a m dia desvio padr o e valores m ximos e m nimos de dist ncia determinados no conjunto de c lulas que comp em o mapa 7 5 2 2 TablaVarEcogeograficasecuador txt Esta tabela cont m os dados de caracteriza o ecogeogr fica das entradas analisadas Esta tabela se assemelha que produz a ferramenta ECOGEO na se o 5 4 2 1 86 7 5 2 3 DistanciasMedias sin con bootstrap ECOGEO txt Esta tabela s estar dispon vel quando se tenha solicitado realizar an lises de reamostragem se o 7 4 1 3 Nela aparecem os valores de dist ncia m dia para cada c lula denominada aqui como grupo sem reamostragem coluna WO bootstrap e com reamostragem W_bootstrap 7 5 2 4 TestBootstrapping txt Esta tabela s estar dispon vel quando se tenha solicitado realizar an lises de reamostragem se o 7 4 1 3 Esta tabela mostra dois testes de associa o en
157. ptores de pasaporte para cultivos m ltiples desarrollada por la FAO y el IPGRI FAO BIOVERSITY 2012 FAO Bioversity multi crop Passport descriptors V 2 Disponible en http www bioversityinternational org index php id 198user_bioversitypublications_pi1 5BshowVid 5D 6901 Foley D H Wilkerson R C Rueda L M 2009 Importance of the what when and where of mosquito collection events J Med Entomol 2009 Jul 46 4 717 22 Hill A W Guralnick R Flemons P Beaman R Wieczorek J Ranipeta A Chavan V Remsen D 2009 Location location location utilizing pipelines and services to more effectively georeference the world s biodiversity data BMC Bioinformatics 2009 Nov 10 10 Suppl 14 S3 doi 10 1186 1471 2105 10 14 S3 Otegui J Ari o A H Encinas M A Pando F 2013 Assessing the primary data hosted by the Spanish node of the Global Biodiversity Information Facility GBIF PLoS One 2013 8 1 e55144 doi 10 1371 journal pone 0055144 Sober n J Peterson T 2004 Biodiversity informatics managing and applying primary biodiversity data Phil Trans R Soc Lond B 359 689 698 26 4 Ferramenta ELC mapas 4 1 O que um mapa de caracteriza o ecogeogr fica do terreno Trata se de um tipo de mapa onde podemos visualizar diferentes cen rios ambientais que podem se corresponder com os diferentes processos adaptativos de uma esp cie vegetal ao longo de um determinado territ rio Entre seus
158. que se definem as prioridades 6 4 2 3 Tabla Resultados X2 txt Esta tabela mostra os resultados da prova de Qui quadrado para determinar o grau de associa o entre duas distribui es Se foram introduzidos dados de fontes externas esta tabela conter os resultados de duas provas de Qui quadrado distribui o banco cole o o BG vs fontes externas FE e banco colec o vs distribui o de frequ ncias totais das categorias no mapa ELC 6 4 2 4 TablaClasificacionCuartilesEspecie txt e TablaClasificacionCuartilesMapaELC txt Estas duas tabelas mostram os valores dos quartos 0 25 0 5 m dia e 0 75 para a distribuic o de frequ ncias da esp cie e das categorias do mapa ELC 6 5 Refer ncias Brown A H D 1989 The case for core collections In Brown A H D Frankel O H Marshall D R y Williams J T ed The use of plant genetic resources Cambridge University Press Cambridge UK Crossa J y Vencovsky R 1994 Implications of the variance effective population size on the genetic conservation of monoecious species Theoretical and Applied Genetics 89 936 942 Crossa J y Vencovsky R 1997 Variance effective population size for two stage sampling of monoecious species Crop Science 37 14 26 Crossa J y Vencovsky R 2011 Chapter 5 Basic sampling strategies theory and practice In Guarino L Ramanatha Rao V y Goldberg E ed Collecting Plant Genetic Diversity Technical Guidelines
159. r uma extra o radial de 1000 m usando resolu es de c lula de 10x10 km aprox 5 arc min Uma situa o assim produz valores nulos de extra o que logo geram este erro Prove com raios de tamanho maior especialmente maiores ao tamanho de lado de cada c lula e ou tente com uma resolu o maior por exemplo para uma extra o radial de 1000 m passar de C lulas 5x5 km aprox 2 5 arc min a C lulas 1x1 km aprox 30 arc seg poderia solucionar o problema Se ainda assim o problema n o se solucionar seria recomend vel usar extra es pontuais 14 Aviso de erro An error occurred Error en colnames lt tmp value ACCENUMB el atributo names 1 debe tener la misma longitud que el vector 0 Calls source gt withVisible gt eval gt eval gt colnames lt Ferramenta Pode apresentar se em ferramentas onde o usuario ingresse dados de passaporte Solu o es Este aviso de erro pode se produzir quando o usu rio indica uma tabela de passaporte no par metro passaporte que n o tenha o n mero de colunas esperado devido a que se tenha eliminado acidentalmente alguma coluna ou que a ferramenta espera colunas adicionais n o inclu das como o caso de ColNucleo que espera a coluna adicional AVAILAB ou que se indica no par metro geoqual que a tabela cont m as quatro colunas adicionais produto da an lise da ferramenta GEOQUAL e na realidade n o as possui Certificar se do conte d
160. radas para as quais n o se tem informa o 8 5 Utiliza o da ferramenta ColNucleo 96 Uma vez instaladas as ferramentas CAPFITOGEN e selecionada a ferramenta ColNucleo ser necess rio definir uma s rie de par metros para que a programa o R funcione corretamente 8 5 1 Par metros iniciais definidos pelo usu rio 8 5 1 1 Par metro ruta Explica o Caminho onde se encontram as ferrramentas documentos CAPFITOGEN Nota usar em vez de na indica o do caminho da pasta Por exemplo F CAPFITOGEN C CAPFITOGEN D MinhasFerramentas MeusDocumentos CAPFITOGEN etc 8 5 1 2 Par metro pasaporte Explica o Escrever o nome do arquivo que cont m a tabela de passaporte em formato de texto lembrando de incluir a extens o txt Por exemplo se o arquivo se chamar tabela dever se escrever tabela txt Lembrar que este arquivo dever ser guardado previamente na pasta Passaporte que faz parte do conjunto de pastas que comp em o diret rio CAPFITOGEN Esta tabela cont m uma coluna adicional denominada AVAILAB que diz respeito a tabela de passaporte usada como modelo para outras ferramentas CAPFITOGEN Esta coluna adicional indica a disponibilidade de cada entrada a ser selecionada para uma cole o n cleo nuclear 8 5 1 3 Par metro geoqual Explica o Selecionar esta op o quando os dados de passaporte foram analisados pela ferramenta GEOQUAL e cont m portanto 51 colunas e n o as 4
161. recer um determinado pa s escolhido 4 5 1 3 Par metro resol Explica o Selecionar o n vel de resolu o que se deseja usar para gerar o mapa Deve se considerar que 1x1 km oferece melhor resolu o mas exige maior capacidade computacional e levar mais tempo do que 5x5 km especialmente em pa ses de grande extens o territorial Ver o Anexo 12 5 sobre disponibilidade de resolu es em rela o ao pa s ou regi o selecionada 4 5 1 4 Par metro bioclimv Explica o Selecionar as vari veis bioclim ticas temperaturas precipita es e ndices que se deseja incluir para gerar o mapa ELC Podem se selecionar m ltiplas vari veis mantendo pressionada a tecla Ctrl control e adicionando mais vari veis clicando sobre elas com o bot o esquerdo do mouse 4 5 1 5 Par metro geophysv Explica o Selecionar as vari veis geof sicas relativas ao relevo e radia o solar que se deseja incluir para gerar o mapa ELC Podem se selecionar m ltiplas vari veis 4 5 1 6 Par metro latitud 33 Explica o Incluir latitude em seu mapa Nota ao se incluir latitude e longitude e excluir orienta o se criar o unidades ecogeogr ficas mais cont guas pr ximas e mapas menos reticulados 4 5 1 7 Par metro longitud Explica o Incluir longitude em seu mapa Nota ao se incluir latitude e longitude e excluir orienta o se criar o unidades ecogeogr ficas mais cont guas pr ximas e mapas menos reticul
162. res de interesse para o melhorador de cultivos Mackay e Street 2004 Dado que FIGS usa vari veis ecogeogr ficas de tipo abi tico para a sele o de germoplasma a associa o entre as vari veis ecogeogr ficas e o car cter de interesse para o melhoramento direta se o car cter de interesse de tipo abi tico ou indireto para um car cter bi tico Desta maneira se um melhorador busca germoplasma com potencial e o car cter de interesse adapta o a condi es de seca buscar diretamente germoplasma cujo local de coleta esteja caracterizado por baixas precipita es Se a caracter stica de interesse fosse de tipo bi tica como a resist ncia a um pat geno primeiro se deveria estabelecer uma rela o entre uma s rie de vari veis ecogeogr ficas e a resist ncia a tal pat geno para consequentemente selecionar germoplasma cujo local de coleta re na as condi es ecogeogr ficas associadas resist ncia ao pat geno Se podem distinguir duas t cnicas para a sele o de germoplasma mediante FIGS A primera a de filtragem de entradas e a segunda a t cnica de calibragem A t cnica de filtragem seleciona entradas de uma cole o caracterizada ecogeograficamente escolhendo aquelas que cumprem com certos valores ou categorias para alguma das vari veis pelas quais foram caracterizadas Em algumas ocasi es o que se seleciona uma fra o da distribui o de uma vari vel ecogeogr fica na cole o c
163. ro de expertos poss vel e logo se determinem consensos Um bom exemplo de mapa de caracteriza o ecogeogr fica do terreno em que foi utilizado conhecimento especializado o trabalho de Parra Quijano e colaboradores 2012 C Neste estudo o mapa foi utilizado para a determina o da localiza o id nea de reservas gen ticas para v rias esp cies do g nero Beta na Europa Posterior elabora o deste listado potencial de vari veis se deve determinar por cada componente bioclim tico geof sico e ed fico quais vari veis podem estar contribuindo com informa o redundante Para isso importante realizar uma an lise de correla es bivariadas ou uma an lise de colinealidade No caso de encontrar se valores altos de correla o entre duas vari veis que fa am parte de um mesmo componente se deveria descartar uma delas Al m disso uma an lise de componentes principais no caso de que todas as vari veis sejam quantitativas pode ajudar a determinar as relac es das vari veis e facilitar a sele o final N o recomend vel utilizar mais de cinco vari veis por componente pois a configura o das zonas c lulas adjacentes com o mesmo valor do mapa resultante pode chegar a ser dif cil de compreender Assim mesmo utilizar latitude e longitude par metros 4 5 1 7 e 4 5 1 8 oferece mapas com zonas maiores e mapas menos reticulados O efeito contr rio se obt m ao utilizar vari veis como orienta o do comp
164. s a usar dentro do m todo de agrupamento Estes procedimentos s o a Um sistema simples que usa como algor tmo de agrupamento K means com determina o do ponto de corte baseado na diminui o da soma de quadrados intragrupo Ketchen e Shook 1996 O n mero de grupos timo o alcan ado quando a diminui o da somas de quadrados intragrupos entre uma solu o de n e uma de n 1 grupos menor que 50 Este m todo tamb m conhecido como elbow ou cotovelo o de mais r pido c lculo e capaz de atuar sobre grandes quantidades de dados sem grandes demoras e por isso se aconselha para pa ses de grande tamanho 30 b M todo de agrupamento de parti o em torno dos medoides pam Utiliza se o m todo de silhouette de interpreta o e valida o do n mero de grupos Este sistema em princ pio gr fico posteriormente adaptado em R pelo pacote fpc permite determinar o qu t o apropriadamente tem sido os dados agrupados Kaufman e Rousseeuw 1987 Rousseeuw 1987 um sistema que consome mais recursos computacionais e por isso se aplicado a grandes conjuntos de dados consumir mais tempo Os m todos de determina o do n mero de grupos n o s o de todo objetivos pois minimamente o usu rio deve determinar um n mero m ximo de grupos que deseja e para o m todo do cotovelo o percentual de diminui o subjetivo ainda que baseado na observa o dos gr ficos de varia o intragrupos por n mero
165. s necess rios tornando o processo de corre o proposto no cap tulo 10 extenso demais Neste caso se sugere que o usu rio elimine a pasta library que encontrar no caminho C rwin copie a pasta library que encontrar no caminho CAPFITOGEN Error e finalmente cole a no caminho C rwin Esta a o eliminar por completo os problemas de aus ncias de pacotes necess rios para R m Em algumas ocasi es devido a um processo deficiente de instala o ou a uma incorreta localiza o da pasta CAPFITOGEN poss vel que a interface n o possa ativar R e enviar a informa o necess ria para realizar as an lises Este problema se far evidente quando depois de clicar no bot o analisar e haver preenchido corretamente os par metros o tempo de execu o seja extremamente curto e n o apare am mensagens de erro na cor vermelha apenas a mensagem de Processo finalizado sendo que na pasta onde se deveriam guardar os resultados n o apare a nenhum arquivo novo Neste caso assegure se de dois aspectos 1 De que os arquivos e pastas que comp em as ferramentas CAPFITOGEN estejam alojadas em uma pasta e n o se encontrem diretamente na ra z do diret rio Em outras palavras o caminho para chegar a capfitogen exe deveria ser X CAPFITOGEN capfitogen exe e n o X capfitogen exe sendo X a letra da unidade de disco Se necess rio reinstale as ferramentas assegurando se cumprir a condi o anteriormente detalha
166. s valores de dist ncia m dia provenientes de processos com reamostragem e sem reamostragem 7 5 4 Pasta GenotypicResults pais 87 Esta pasta aparecer no caso de que se tenha solicitado a obten o de um mapa de diversidade genot pica ver se o 7 4 1 11 e se tenha fornecido tabela os dados correspondentes No interior da pasta se encontrar o os seguintes mapas 7 5 4 1 mapadiv GenotDistance pais Corresponde ao mapa de diversidade genot pica medida em dist ncias m dias em tr s formatos imagen png Google earth kml y DIVA GIS grd Nestes mapas aparecem representados com diferentes cores a m dia das dist ncias genot picas das entradas caracterizadas da rea de influ ncia de cada c lula A dist ncia corresponde a 1 coeficiente de similaridade de Dice 1945 e tem poss veis valores desde O para o caso em que tenha uma s entrada ou que todas as entradas apresentem fen tipo id ntico at 1 m xima diferen a 7 5 4 2 mapadiv GroupSize pais Corresponde ao mapa de n mero de entradas analisadas por c lula imagen png Google earth kml e DIVA GIS grd Nestes mapas aparecem representados com diferentes cores o n mero das entradas de cada rea de influ ncia de cada c lula 7 5 4 3 mapadiv NeisGeneDiversity pais Corresponde ao mapa de diversidade genot pica medida pelo ndice de diversidade de Nei 1987 em tr s formatos imagen png Go
167. scientes da perda progressiva desse patrim nio gen tico muitas na es v m resgatando e conservando essas variedades e plantas silvestres aparentadas depositando as em cole es de germoplasma sementes tecidos prop gulos desde os anos 50 2 1 1 Conservar para conhecer e utilizar As cole es de germoplasma se diferenciam essencialmente de uma cole o de museu em que o conservado para ser utilizado O principal usu rio s o os melhoradores gen ticos de cultivos os quais buscam a fontes de caracteres de interesse para serem transmitidos a variedades modernas No entanto o uso eficiente e efetivo do germoplasma s poss vel mediante o conhecimento que possamos gerar do mesmo A obten o desse conhecimento se leva a cabo atrav s dos processos de caracteriza o e avalia o os quais requerem grandes esfor os em termos econ micos e log sticos por parte das entidades respons veis de conservar a agrobiodiversidade A n vel nacional estas atividades ocorrem atrav s dos Programas Nacionais e para o caso da Am rica Latina estes Programas est o normalmente a cargo dos Institutos Nacionais de Pesquisa Agr ria INIAs 2 1 2 T cnicas adequadas para cenarios com escassos recursos Os m todos para coletar conservar e caracterizar a agrobiodiversidade com padr es cient ficos v m normalmente de regi es e centros onde os recursos econ micos a infra estrutura ou a capacita o de pessoal n o representam mai
168. stava de uma observa o recorrente entre poss veis usu rios a metodologia descrita em tal publica o um tanto complexa dado que mistura t cnicas de sistemas de informa o geogr fica SIG e an lise multivariada Al m disso o desenvolvimento original implicava o uso de um programa de an lise estat stica pago Estes aspectos limitavam de maneira importante o desenvolvimento de mapas ecogeogr ficos de caracteriza o do terreno por parte de pesquisadores e t cnicos 4 3 Caracter sticas de ELC mapas A ferramenta ELC mapas prov uma nova op o para desenvolver mapas de caracteriza o ecogeogr fica do terreno mediante o uso de R evitando as complica es anteriormente descritas Este software gratuito e com ampla capacidade de c lculo estat stico e pot ncia gr fica permite integrar SIG e an lise multivariada Assim a nova ferramenta ELC mapas capaz de produzir mapas de caracteriza o ecogeogr fica do terreno sem necessidade de alternar entre diferentes programas nem descarregar e manipular informa o ecogeogr fica Contudo importante esclarecer que os produtos da ferramenta ELC mapas s o mapas e tabelas que podem ser visualizadas em programas como DIVA GIS Google Earth ou Microsoft Excel Os mapas de caracteriza o ecogeogr fica do terreno da ferramenta ELC mapas s o assim mesmo um componente de outras ferramentas como Representa ELC mapas usa dois procedimentos para determinar o n mero de grupo
169. t o Clear Page Proceso finalizado Busque resultados en 5DC136A331968C3E Figura 9 Vista da parte inferior da pagina do formul rio com an lise j conclu da corretamente e com os resultados dispon veis Os resultados das an lises devem ser buscados na pasta definida pelo usu rio no par metro resultados Os mapas tanto em formato r ster malhas de c lulas com extens es grd e gri por exemplo os mapas produzidos pela ferramenta ELC mapas como em formato vetorial usualmente shapefiles por exemplo os mapas de pontos pode se abrir com o programa DIVA GIS j que s o plenamente compat veis As tabelas de resultado s o feitas em formato texto separado por tabula es as quais pode se abrir a partir dos programas como Microsoft Excel ou planilhas de c lculo do Open Office j poss vel que quando se saia de uma ferramenta para o painel de in cio usando o bot o a da Fig 8 e voltando mesma ferramenta ou simplesmente colocando de novo o link no navegador apare a uma janela como a que mostra a Fig 10 com instru es em ingl s Nesta janela se pergunta ao usu rio se deseja voltar a executar uma ferramenta que previamente havia sido executada N o haver nenhum problema se se executa a ferramenta a partir desta janela Para continuar s clicar sobre o bot o Run new copy of executar nova c pia de e o nome da ferramenta 12 E GEOQUAL xW e 5 localhost 8080 G
170. t pica indicadora com valor adaptativo Os resultados se compararam com dois mapas de refer ncia um com uma estrutura f sica similar ao mapa ecogeogr fico alta reticula o descontinuidade unidades de tamanho reduzido mas constru do sem ter em conta aspectos relacionados com a adapta o abi tica de plantas mapa CORINE land cover um mapa de uso do solo ver http www eea europa eu data and maps explore interactive maps corine landcover 2006 e outro com uma estrutura f sica diferente mais parecida a dos mapas tradicionais mas constru do com um fim similar mapa DMEER ou mapa digital de regi es ecol gicas europ ias ver http www eea europa eu data and maps figures dmeer digital map of european ecological regions 28 FRANCE Ecogeo graphical categories mm o PORTUGAL Figura 16 Mapa de caracteriza o ecogeogr fica do territ rio da Espanha Peninsular e Baleares para Lupinus Os resultados do estudo de valida o foram variados O mapa de caracteriza o ecogeogr fica do territ rio funcionou em geral melhor para esp cies leguminosas que para gram neas ainda que a exce o foi Zea mays para a qual o desempenho do mapa foi bastante aceit vel Como era de se esperar o mapa refletiu cen rios adaptativos para as duas esp cies silvestres mas tamb m produziu resultados satisfat rios nos casos de esp cies compostas s por variedades locais como o caso de Phaseolus vulgaris Como conclus o os m
171. te link http www agrobiodiversidad org foroCAPFITOGEN 1 Sem aviso de erro mas sem resultados na pasta designada para isso Ferramenta Qualquer pois prov m de uma localiza o inadequada do conjunto de ferramentas Solu o es Verifique se a estrutura de dados das ferramentas pastas e arquivos inclu dos na pasta chamada CAPFITOGEN se encontram dentro de um caminho sem valores at picos ou sem espa os Por exemplo se voc situou as ferramentas na pasta Mis documentos o caminho poderia ser assim C Mis documentos CAPFITOGEN Este caminho cont m um espa o entre as palavras Mis e documentos o qual pode gerar este erro onde aparentemente a an lise se executou corretamente mas a pasta designada para guardar os resultados est vazia Recomenda se localizar a pasta CAPFITOGEN diretamente na raiz do diret rio da unidade de disco neste caso assim CACAPFITOGEN 2 Aviso de erro An error occurred Error en library package name there is no package called package name Calls source gt withVisible gt eval gt eval gt library Ferramenta Qualquer pois prov m da instala o Solu o es Este erro indica que algum pacote de R que requer a ferramenta n o foi corretamente instalado e por esa raz o R n o o encontra Assegure se de que a estrutura de pastas e arquivos das ferramentas n o se encontra localizada na raiz do diret rio por exemplo em K Se assim crie uma pasta normalmente com
172. ternas Neste caso evidente a semelhan a entre as distribui es cole o objetivo e fontes externas ainda que algumas diferen as s o especialmente interessantes Para as categorias 5 e 8 as fontes externas indicam presen a da esp cie nessa unidade ambiental a qual n o estaria representada na cole o evidenciando a presen a de faltantes ou vazios ecogeogr ficos Estes vazios podem ser teis para a planifica o de novas coletas de germoplasma pois se pode priorizar a visita destes ambientes j que se conhece onde ocorrem estas popula es provenientes de fontes externas importante deixar claro com respeito ao tratamento que se pode dar aos dados provenientes de fontes externas Tomando as presen as provenientes de outro banco de germoplasma como fonte externa se pode conhecer a representatividade da cole o objetivo globalmente mas usar tais dados para 52 determinar locais priorit rios para novas coletas pode levar a coletar duplicados inter cole es 6 3 Utiliza o da ferramenta Representa Uma vez instaladas as ferramentas CAPFITOGEN e selecionada a ferramenta Representa ser necess rio definir uma s rie de par metros para que a programa o R funcione corretamente 6 3 1 Par metros iniciais definidos pelo usu rio 6 3 1 2 Par metro ruta Explica o Caminho onde se encontram as ferrramentas documentos CAPFITOGEN Nota usar em vez de na indica o do caminho da pasta Por ex
173. tra do de GADM que identifica o pol gono de pa s ISO Valor extra do de GADM que se compara com ORIGCTY NAME O Valor extra do de GADM que corresponde denomina o completa de pa s ID1 Valor extra do de GADM que identifica ao pol gono do n vel NAME 1 NAME 1 Valor extra do de GADM que se compara com ADM1 VARNAME 1 Valor extra do de GADM para nomes alternativos a NAME 1 Valor extra do de GADM que define o tipo de administra o que representa ENGTYPE 1 NAME 1 ID 2 Valor extra do de GADM que identifica ao pol gono do n vel NAME 2 NAME 2 Valor extra do de GADM que se compara com ADM2 VARNAME 2 Valor extra do de GADM para nomes alternativos a NAME 2 Valor extra do de GADM que define o tipo de administra o que representa ENGTYPE 2 NAME 2 ID 3 Valor extra do de GADM que identifica ao pol gono do n vel NAME 3 NAME 3 Valor extra do de GADM que se compara com ADM3 VARNAME 3 Valor extra do de GADM para nomes alternativos a NAME 3 Valor extra do de GADM que define o tipo de administra o que representa ENGTYPE 3 NAME 3 ID 4 Valor extra do de GADM que identifica ao pol gono do n vel NAME 4 NAME 4 Valor extra do de GADM que se compara com ADMA VARNAME 4 Valor extra do de GADM para nomes alternativos a NAME 4 Valor extra do de GADM que define o tipo de administra o que representa ENGTYPE4 NAME 4 NIVELMAX Segundo o pa s este o n vel administrativo de menor n vel inclu do em GADM LOCALQUAL Par me
174. tre os valores de dist ncia m dia provenientes de processos com reamostragem e sem reamostragem tabla 7 5 2 3 7 5 3 Pasta PhenotypicResults pais Esta pasta aparecer no caso de que se tenha solicitado a obten o de um mapa de diversidade fenot pica ver se o 7 4 1 11 e se tenha fornecido tabela os dados correspondentes Cont m o mapa de diversidade em tr s formatos imagen mapadiv phenot pais png Google earth mapadiv phenot pais kml e DIVA GIS mapadiv phenot pais grd Nestes mapas aparecem representados com diferentes cores a m dia das dist ncias fenot picas das entradas da rea de influ ncia de cada c lula A dist ncia corresponde a 1 coeficiente geral de similaridade de Gower 1971 e tem poss veis valores desde O para o caso em que tenha uma s entrada ou que todas as entradas apresentem fenotipo id ntico at 1 m xima diferen a Com respeito s tabelas se pode encontrar as seguintes 7 5 3 1 tabla estadisticas mapadiv phenot txt Esta tabela mostra as estat sticas do mapa de diversidade fenot pica em termos de dist ncia ou seja a m dia desvio padr o e valores m ximos e m nimos de dist ncia determinados para todo o conjunto de c lulas que comp em o mapa 7 5 3 2 TestBootstrapping txt Esta tabela s estar dispon vel quando se tenha solicitado realizar an lises de reamostragem se o 7 4 1 3 Esta tabela mostra dois testes de associa o entre o
175. tro LOCALQUAL valores de 0 a 20 COORQUAL Par metro COORQUAL valores de O a 20 intertemp Subpar metro intertemp de COORQUAL errores Subpar metro errores de COORQUAL precis Subpar metro precis de COORQUAL georble Subpar metro georble de COORQUAL Par metro TOTALQUAL valores de O a 40 ou O a 60 dependendo se se inclui ou TOTALQUAL n o LOCALQUAL TOTALQUAL100 Par metro TOTALQUAL100 valores de O a 100 130 12 5 Tabela de disponibilidade de tamanhos de c lula por regi o pa s No momento existe disponibilidade de informa o ecogeogr fica adaptada s ferramentas CAPFITOGEN para 164 pa ses 3 regi es e n vel global Para os pa ses o tamanho de c lula dispon vel de 30 arc segundos 1x1 km em Equador e 2 5 arc minutos 5x5 km em Equador No caso de alguns pa ses de grande tamanho como por exemplo Brasil a ferramenta ELC mapas pode gerar erros ao usar informa o de alta resolu o 1x1 km enquanto que para as demais ferramentas n o seria um problema seu uso No caso das regi es se disp e de informa o ecogeogr fica para Europa a 2 5 arc minutos 5x5 km em Equador e para Mesoam rica Am rica do sul e o mundo em duas resolu es 5 arc minutos 10x10 km e 10 arc minutos 20x20 km Da mesma forma que no caso de pa ses de dimensi es maiores a um milh o de quil metros quadrados na ferramenta ELC mapas podem aparecer problemas ao usar se uma resolu o de 10x10 km Tamb m conta
176. ttpServlet java 647 javax servlet Attp HttpServlet service HttpServlet java 728 fie La traza completa de la causa de este error se encuentra en los archivos de diario de Apache Tomcat 7 0 35 Apache Tomcat 7 0 35 Figura 12 Aviso de erro do java que aparece quando os processos levam tempo demais 15 16 3 Ferramenta GEOQUAL 3 1 O que a Avalia o da Qualidade da Georreferencia o nos dados de Passaporte uma metodologia que determina o grau de certeza contido em alguns descritores de passaporte cuja fun o definir inequivocamente o lugar onde o germoplasma foi coletado Desta maneira GEOQUAL faz uma avalia o da qualidade dos dados de descri o da localidade e das coordenadas indicadas como lugar de coleta Em termos gerais o conceito de qualidade aplicado a dados recebeu diversas defini es No mbito geogr fico a defini o de qualidade como aptid o de uso ou potencialidade de uso tem sido amplamente aceita Chrisman 1983 Isto relaciona diretamente qualidade e possibilidade de uso dos dados A incerteza associada a todo tipo de dados uma propriedade de quem obt m ou usa os dados mais que dos pr prios dados Por isso qualidade e incerteza t m um grau de subjetividade vari vel a qual pode reduzir se at certo ponto mediante o uso de metodologias que realizem avalia es sobre bases o mais objetivas poss veis Em todo caso qualidade e incerteza se assumem como medidas de r
177. u a estrat gias de coletas espec ficas de acordo com a biologia reprodutiva da esp cie a distribu o espacial dos indiv duos e o tamanho da popula o Basicamente o que se busca calcular segundo o caso o n mero m nimo de indiv duos a coletar para garantir a captura da maior parte dos alelos presentes na popula o Em contraste a forma como deveria ser representada interpopulacionalmente uma esp cie em uma cole o foi menos abordada 49 Contudo a partir do desenvolvimento do conceito de cole es n cleo ou nucleares a representatividade interpopulacional de uma esp cie em uma cole o ganha import ncia dado que estas subcole es s operam a este n vel Brown 1989 Yonezawa et al 1995 Uma vez que o conceito de representatividade de uma cole o de germoplasma foi implantado na comunidade de cient ficos e curadores no mbito dos recursos gen ticos vegetais o seguinte passo foi determinar a forma mais apropriada de calcul la Se o objetivo da conserva o ex situ capturar e manter a maior diversidade gen tica poss vel de uma esp cie a determina o ideal da representatividade seria em termos gen ticos Em consequ ncia a f rmula para determinar a representatividade gen tica RG em percentual seria RG NAC 100 NAT Onde NAT corresponde ao numero total de alelos da soma de todos os loci estudados que apresenta a esp cie objetivo dentro do ambito espacial continente pa s regi o
178. ublica o s o de responsabilidade do s autor es e n o refletem necessariamente as opini es ou pol ticas da FAO ISBN FAO 2014 A FAO incentiva o uso reprodu o e divulga o do material contido neste produto de informa o Salvo indica o em contr rio o material pode ser copiado baixado e impresso para estudo pesquisa e ensino ou para uso em produtos e servi os n o comerciais desde que se indique a FAO como fonte e detentora dos direitos autorais e n o implique o endosso pela FAO das opini es produtos ou servi os dos usu rios Todos os pedidos de tradu o e direitos de adapta o bem como revenda e outros direitos de uso comercial devem ser feitos atrav s de www fao org contact us licence request ou endere ados a copyrightOfao org Os produtos de informa o da FAO est o dispon veis no site www fao org publications e podem ser adquiridos atrav s de publications sales fao org Produtos eletr nicos FAO declina qualquer responsabilidade por erros ou defici ncias no banco de dados ou software ou documenta o que vem com estes manuten o e melhoria do programa e por qualquer dano que possa resultar a partir deles A FAO tamb m n o ser respons vel por atualizar os dados e n o assume nenhuma responsabilidade por erros ou omiss es nos dados fornecidos No entanto os usu rios s o solicitados a relatar quaisquer erros ou defici ncias neste produto a FAO 1 Indice Programa para o
179. uir a extens o txt Por exemplo se o arquivo se chamar tabela dever se escrever tabela txt Lembrar que este arquivo dever ser guardado previamente na pasta Passaporte que formar parte do conjunto de pastas que comp em o diret rio CAPFITOGEN Esta tabela cont m uma coluna adicional denominada AVAILAB relacionada a tabela de passaporte usada como modelo para outras ferramentas CAPFITOGEN Esta coluna adicional indica a disponibilidade de cada entrada a ser selecionada para uma subcole o FIGS 9 4 1 4 Par metro geoqual Explica o Selecionar esta op o quando os dados de passaporte foram analisados pela ferramenta GEOQUAL e cont m portanto 51 colunas e n o as 46 do modelo de tabela exclusivo para ColNucleo sem haver sido submetida a GEOQUAL Sendo assim usar a tabela resultado de GEOQUAL denominada PasaporteOriginalEvaluadoGEOQUAL txt como tabela de passaporte no ponto item anterior 9 4 1 5 Par metro totalqual Explica o Se sua tabela de passaporte for proveniente de GEOQUAL e for desej vel considerar um m nimo de qualidade para que seus dados possam ser inclu dos na an lise determinar o valor de TOTALQUAL100 a ser usado 108 como limite Admitir se valores de O qualidade nula a 100 m xima qualidade 9 4 1 6 Par metro controlelc Explica o Indicar se for desej vel usar um mapa ELC criado previamente para determinar a distribui o das entradas que comp em a subcole
180. vidade de uma cole o A representatividade ecogeogr fica RE foi apresentada por Parra Quijano e colaboradores 2008 no caso especial de cole es ex situ de plantas silvestres emparentadas com cultivadas CWR em suas siglas em ingl s Nela se exp e a possibilidade de usar mapas de caracteriza o ecogeogr fica do territ rio como os produzidos por ELC mapas para conhecer quais condi es ambientais presentes num marco espacial estariam representados em uma cole o de germoplasma N uw N o p o E Colecci n germoplasma Frecuencia S m Mapa ELC uw o 4 5 i lt P J 6 7 Categor as ELC 8 10 Figura 21 Compara o da representa o de cada categoria ELC na cole o de germoplasma e a disponibilidade total de tais categorias no mapa ELC medida em valores de frequ ncias em percentual Como exemplo de tal aplica o a Fig 21 mostra uma distribui o das frequ ncias para cada categoria ELC de uma cole o de germoplasma em contraste com a disponibilidade das mesmas categorias no total do marco espacial Este exemplo fict cio serve para mostrar como a representatividade de uma cole o pode ou n o como o caso estar tendenciosa com respeito abund ncia de unidades ambientais presentes no espa o de trabalho O contraste de valores para as categorias 2 e 7 deixam antever que as duas distribui es n o guardam semelhan a e possivelmente uma prova de Qui quadrado determi

2. Ferramentas CAPFITOGEN - international treaty on plant genetic

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