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ThermoSalinoGraph Quality Control

1. Exemple SHEADER DDMMYY hh mi ss LATX LONX T canisterRaw T remoteRaw SSSraw SSTP SSPS 211009 211009 211009 211009 211009 211009 211009 33 33 33 33 33 33 33 SSPS ADJUSTED PRES 0 0 1911 0 1935 0 1950 0 1971 0 2006 0 2028 0 2043 0 99 0000 1 99 2 9 9 3 99 4 299 5 99 6 99 0 0000 0 0000 0 0000 0 0000 0 0000 0 0000 42 99 42 99 42 eee 42 99 42 g 42 99 42 99 8824 0000 8824 0000 8824 0000 8824 0000 8824 0000 8824 0000 8824 0000 147 99 147 99 147 99 147 99 147 299 147 99 147 299 3407 0000 3407 0000 3407 0000 3407 0000 3407 0000 3407 0000 3408 0000 12 9442 12 99 0000 1 12 9442 12 99 0000 1 12 9442 12 99 0000 I 12 9449 12 99 0000 1 12 9462 12 99 0000 I 12 9471 T2 99 0000 Lo 12 9484 12 99 0000 l F Format des fichiers ASCII btl spl tsgqc Le format des fichiers ASCII a une structure similaire pour les fichiers TSG et les donn es chantillons dont l extension est btl Spl cf AVERTISSEMENT en fin de paragraphe tsgqc Donn es TSG SPLATFORM NAME TOUCAN SHEADER 2007 200 7 2007 2 2007 2007 Ces fichiers 07 07 07 07 07 07 YEAR MNTH DAYX hh mi ss LATX LONX SSPS SSPS QC E cms m x e 18 18 18 18 18 Te 14 14 14 14 14 14
2. 2007 08 07 09 10 00 age 25 sur 49 6 Impression des figures Il est possible d utiliser un outil simplifi pour imprimer les diff rentes figures du logiciel Quelque soit le module actif il suffit de cliquer sur l icone ci contre pour afficher les figures dans une fen tre Figure de MATLAB L utilisateur b n ficie alors des outils MATLAB pour g rer la figure En particulier le menu File de cette fen tre permet d imprimer sauvegarder exporter la figure Le trac du trajet du navire s affiche directement dans une fen tre Figure de MATLAB File Edit View Insert Tools Desktop Window Help Dale h ARM ee OE ao touc r 0z sers jem ox OFT Drie 0540 0016 05 26 LIS 09 15 OFT UF fe 0o06 0o16 Ib b 03 05 0315 0016 05 26 LIS 09 15 F Module de validation L attribution de codes qualit se fait uniquement pour la s rie temporelle affich e dans la figure sup rieure Les codes qualit s peuvent tre appliqu s aux 3 variables SSPS SSJT SSTP Il faut afficher la variable laquelle on veut attribuer le code qualit voir p 20 Par d faut le code qualit NO CONTROL est attribu aux s ries de mesures L activation du module de Validation permet d afficher sur la gauche de l cran les codes qualit s qui peuvent tre attribu s manuellement la s rie temporelle Les nombres inscrits sur la droite de chaque code indiquent le nombre de mesures auxquelles ont t attr
3. v Se m fier des tests automatiques Par exemple si les codes qualit s des mesures sont positionn s HARBOUR lorsque le navire est quai il est important de v rifier que les mesures sont correctes Si les vannes ont t ferm es et que les mesures sont mauvaises il faut que ces mesures aient un code qualit positionn BAD Pour les navires scientifiques il est fr quent d avoir une vitesse nulle en plein oc an lors des stations de mesure et le code de qualit dans ce cas sera priori GOOD et non HARBOUR Menu Help TSG Validation File Edit Climatology Option cauto Pain SHS Oe 1 er n About T5GQc L aide en ligne n est pas fonctionnelle IRD US 191 Brest IN v Page 10 sur 49 C Ouverture d un fichier Pick a file Regarder dans qui Mes documents r cents Bureau Mes documents Poste de travail Favors r seau svn Fichier BTL FrtTSG fichiers ARGO Fichiers transferts bes toucO 702 btl Mom du fichier Fichiers de type tsg data qum E Ouri Annuler ast btl Ibi nc Fora sdf spl transmit Plusieurs types de fichiers peuvent tre lus par le programme arg ast btl Ibv nc Ora sdf spl transmit tsgqc xml Fichier de donn es ARGO g n r par l quipe de G Reverdin UMR LOCEAN le long des r
4. 0 00 PROBABLY BAD code 0 0 00 BAD code 0 0 00 VALUE CHANGED code 0 0 00 HARBOUR code O 0 00 NOT USED code O 0 00 INTERPOLATED VALUE code 21 0 14 MISSING VALUE code No records have been adjusted KKKKKKKKKKKKKKKKKK SSTP PARAMETER KKKKKKKKKKKKKK no time series K Quitter TSGQC Si les mesure TSG ont t modifi es attribution de codes qualit s correction etc et que les donn es n ont pas t sauvegard es la fen tre suivante s affiche Save before Quit IRD US 191 Brest IN v Page 40 sur 49 6 Format des donn es A Noms des variables Les variables utilis es dans le programme utilisent la nomenclature des codes ROSCOP Les variables principales sont d crites dans le document CORTSG_format_gosud doc Cette nomenclature est aussi utilis e pour les fichiers ASCII en lecture ou en criture Le logiciel distingue les mesures du thermosalinographe mesures haute r solution temporelle lt 5 minutes des mesures discr tes utilis es pour corriger les mesures des TSG chantillons d eau de mer mesures CTD ARGO XBT XCTD etc Les mesures discr tes sont appel es donn es externes dans le logiciel 1 Variables des mesures du TSG Les variables principales utilis es pour d crire les mesures des TSG sont DATE Date de la mesure en caract re YYYYMMDDHHMMSS DAYD Jour julien LATX Latitude en degr dixi me LONX Longitude en degr dixi me C
5. degre Celcius WOAO01 MEAN SSTP FillValue 100 f float WOAO01 MEAN SSPS WOAO01 TIME WOA01 _DEPH WOAO01 LATX WOAO01 LONX WOAO01 MEAN SSPS long name Sea Surface Salinity mean WOAO01 MEAN SSPS units PSU WOAO01 MEAN SSPS FillValue 100 f float WOAO01 MEAN DOX1 WOA01 TIME WOAO1 DEPH WOAO01 LATX WOA01_LONX WOA01 MEAN DOX1 long name Sea Surface Dissolved Oxygen mean WOAO01 MEAN DOX1 units ml l WOAO01 MEAN DOX1 FillValue 100 f float WOAO01 STD _SSTP WOA01 TIME WOAO1 _DEPH WOAO01 LATX WOA01_LONX WOAO01 STD SSTP long_name Sea Surface Temperature standard deviation WOA01_STD_SSTP units degre Celcius WOAO1 STD SSTP FillValue 100 f float WOAO01 STD _SSPS WOA01_ TIME WOAO _DEPH WOA01_LATX WOA0 ee WOAO01 STD SSPS long name Sea Surface Salinity standard deviation WOAO01 STD SSPS units PSU WOAO1 STD SSPS FillValue 100 f float WOA01 STD DOX1 WOAO01 TIME WOA01 DEPH WOAO01 LATX WOA01_LONX WOAO01 STD DOX1 long name Sea Surface Dissolved oxygen standard deviation WOAO01 STD DOXw1 units ml l WOAO1 STD DOX1 FillValue 100 f short WOA01 OBS SSTP WOAO01 TIME WOA01 DEPH WOAO01 LATX WOA01 LONX WOAO01 OBS SSTE long name Sea Surface Temperature number observation WOAO01 OBS SSTP units none WOAO1 OBS SSTP FillValue 100s short WOA01 OBS SSPS WOAO01 TIME WOA01_DEPH WOAO01 LATX WOAO01 LONX WOAO1 OBS SSPS long
6. la mesure TSG qui est conserv e par le logiciel et dans les fichiers NetCDF ou au format spl Y les donn es TSG Le fichier aura l extension tsgqc Le logiciel propose d exporter les variables suivantes US 191 Brest bd WP up Choose PIE CNDC E CNOC CAL ZSPS Sara CL Sels aL soPS ADJUSTED soPS ADJUSTED GC SoPS ADJUSTED ERROR Sod sod Gc SJT CAL SoJT ADJUSTED SoJT ADJUSTED GC SoJT ADJUSTED ERROR Sele sre al soTP_CAL sotP ADJUSTED solP ADJUSTED GC aerFP ADJUSTED ERROR Continue Cancel Pour une description de ce format se reporter a la p 45 TOM I T 101 Denat ENT y D nm TA a Pago O Fac 17585 ur 49 BS Y DS E Fonctionnement g n ral 1 Affichage des parametres Une fois un fichier TSG charg en m moire le logiciel affiche 3 fen tres graphiques Les variables trac es dans ces fen tres sont par d faut 1 SSPS La salinit dans la fen tre sup rieure qui est aussi la fen tre de validation 2 SSJT La temp rature de cuve dans la fen tre interm diaire 3 SPDC La vitesse du bateau dans la fen tre inf rieure A TSG Validation Fie Edt Cimaboloqy Option HET Qu es Bei 8 Fila toucl rod Ibv Data 2203007 0230 Latitude CVET M Longitude S1 U3 787 VV SSPS 33596 SAT 11508 TSG Parameter SSIP WA 40 Sus xw VMaldahon Top Set Middlo plot Soc Bollan plot or oro Qo 001 2 0019 atan Ca Qaa Les labels
7. 07 10 16 D 10 115191 Cork M Xbt Shortcuts A How to Add A what s New A i EPIS tsgqc 237 077 10 S In tseuc InterbpPos anceltallback at 1557 Warning Input arguments must be scalar amp 23 07 10 gt In tsggc lInterpPosctancelcallback at 1558 Ru tagge paes lt Le logiciel est initialis par la commande suivante gt gt tsgqc Les fonctions du logiciel sont activ es quand un fichier TSG a t lu p 11 BE a aft IRD US 191 Brest IN V Page 6 sur 49 B Principales fonctions TSG Validation File Edit Climatology Option Q auto Help HS 57 e LA El El 1 Icones gt o Ouverture et lecture des fichiers p 11 m y Ecriture des fichiers au format NetCDF p 17 S Module d impression des figures p 26 zo Zoom graphique p 24 P Zoom graphique p 24 UV Fonction de pan d placement des courbes dans les graphiques p 24 4 Module de validation Attribution de codes qualit p 27 S lection de limites temporelles p 25 L Affichage du trajet du navire p 23 Affichage de la climatologie p 22 Module d talonnage p 29 m Module d interpolation de la position p 30 B Module de correction p 31 Formulaire pour les meta donn es p 17 Ecriture d un fichier log p 38 Pour activer une fonction cliquez sur l ic ne L ic ne s claircit Pour d sactiver la fonction cliquer nouveau sur l ic ne IRD US 191 Brest
8. IN v Page 7 sur 49 2 Menus Menu FILE TSG Validation Edit Climatology A Ocauto Help Tsg ascii File uit Ctrl g Sample ascii file Ce menu comporte 4 fonctions Open Ouverture d un fichier TSG bouteilles etc p 11 Save Sauvegarde des donn es au format NetCDF p 17 Export Sauvegarde des donn es au format ASCII p 18 Les mesures du TSG Les mesures discr tes bouteilles CTD ARGO Quit Fermeture du logiciel p 40 Menu Edit Ce menu n est pas fonctionnel Menu Climatology TSG Validation File Edit Climatology PET Ocauto Help gt E wv Annual Sea slinal 3 jan Feber mar Monthly apr may jun jul aug sept oct nov dec Ce menu permet de choisir le type de climatologie que l on veut afficher sur les graphiques 1 Annuelle 2 Saisonni re 3 Mensuelle Le type de climatologie et la profondeur de celle ci peuvent tre choisis via le menu Option Preferences voir paragraphe suivant IRD US 191 Brest IN v Page sur 49 Menu Option NT TSG Validation Seles File Edit Climatology WE QCauto Help Ce menu permet de fixer des pr f rences pour le fonctionnement du logiciel Ces choix portent sur v Le choix de la climatologie et sa profondeur p 21 v Les types de coefficients d talonnage v Les graphiques Y Les valeurs des tests automatiques qui peuvent tre appliqu s via le menu QCauto TSGOC PREFERENCES Cl
9. aient pas de positions associ es Le logiciel permet d attribuer une position ces mesures en effectuant une interpolation lin aire entre des points connus Cette m thode est grossi re car elle suppose que la vitesse du navire est constante et son mouvement rectiligne N anmoins cette m thode donne satisfaction dans les cas o les p riodes sans positions sont de courte dur e La fen tre d interpolation se pr sente ainsi TSG Validation aja W File Edit Climatology Option HET Au de SE EE File toucO601 nc Date 14 02 2006 07 15 Latitude 25 57 833N Longitude 16 40 261 VV SSPS 36 282 SSJT 19778 SSTP NA Lat Lon interpolation Linear interpolation Other method Cancel interpolation Date Limits Min yyyy mm dd hh mm ss 2006 02 08 16 53 38 30 02 13 02 14 02 15 02 16 02 17 02 18 Max yyyy mm dd hh mm ss 35 2005 02 17 15 40 00 30 LATX_INTERP nN NI C eh on o 5 02 3 02 14 0215 02 15 02117 02718 14 LONX INTERP 02 13 02 14 02 15 02 16 02 17 02 18 3 d marrer E 9D Boite de r ception 4 MATLAB i tsg doc Ty tsgac_instruction doc Yahoo France Mozil La fen tre sup rieure montre la s rie temporelle de salinit Les points bleus sont des mesures sans position La fen tre interm diaire montre les latitudes et la fen tre inf rieure les longitudes Lorsque l on clique sur le bouton Linear Interpo
10. de la validation des donn es et l attribution d un code qualit Le trac de la carte est effectu en tenant compte des limites temporelles du graphique sup rieur Ce qui signifie que lorsqu un zoom est effectu sur la s rie temporelle la carte est aussi zoom e Les couleurs des codes de qualit attribu es aux mesures de salinit sont utilis es pour le trac Diff rents traits de c te peuvent tre choisis via le menu Option Preferences La carte s ouvre dans une fen tre graphique MATLAB Les menus de cette fen tre peuvent tre utilis s pour imprimer ou exporter la carte dans un fichier graphique Cet outil de cartographie peut tre affich dans diff rents modules du logiciel toucO 707 m ES File Edit View Insert Tools Desktop Window Help Cruise touc0702 4 Fonction de zoom et de d placement En cliquant sur les icones de zoom il est possible d agrandir ou de diminuer une portion du graphique Il suffit de d placer la souris sur la portion de courbe que l on veut zoomer Un rectangle apparait Les 3 graphiques subissent le m me agrandissement Une fois zoom il est possible de faire d filer la s rie temporelle en utilisant l outil de d placement ou pan Les 3 graphiques subissent le m me d placement TSG Validation Fie Edit Climatology Option GCauto Help Ge 27 1008 Sr 4 EE File DATA FORMAT I Date 200 200 UFS Latitude TSG Parameter Validation Top 5 35
11. existe Une fois ces informations entr es il faut cliquer sur le bouton Calibrate pour que les informations soient enregistr es et prises en compte Les donn es calibr es sont conserv es dans les variables ayant l extension CAL SSPS CAL SSJT CAL Les mesures non talonn es sont affich es en noir Les mesures talonn es sont en rouge Les talonnages appliqu s peuvent tre annul s en cliquant sur le bouton Cancel Calibration TSG Validation File Edit Climatology Option Aa c bd OV nw S Sis EE File past0601 nc Date 21 01 2006 11 04 Latitude 24 16 833N Longitude 17 32 331 W SSPS 38 343 SSJT 18 522 SSTP N A Calibration 40 Conductivity C A C B 35 3 B 7 30 SSJT T A T B M o MM SSPS CAL nN c i A 9 i i i A Y ud B 0 15 Bee i 4 i M m 10 TZ LI SSPT T AT B E 3 pe 5 i A 1 t B 0 0 M Lj 01 08 01 15 01 22 01 29 02 05 02 12 02 19 Calibrate Cancel calibration l E Al fe m e CA 0 01 08 01 15 01 22 01 29 02 05 02 12 02 19 1 0 8 0 6 o a a on 0 4 0 2 0 01 08 01 15 01 22 01 29 02 05 02 12 02 19 Remarque Cette fonction est peu utilis e Il est pr f rable d utiliser des donn es discrete chantillon pour corriger les donn es H Module d interpolation des positions Lors d interruption de l acquisition des mesures GPS il peut arriver que certaines mesures TSG n
12. name Sea Surface Salinity number observation WOAO01 OBS SSPS units none WOAO01 OBS SSPS FillValue 100s short WOA01 OBS DOX1 WOA01 TIME WOA01 DEPH WOAO01 LATX WOA01_LONX WOAO1 OBS DOX1 long name Sea Surface Dissolved oxygen number observation WOAO01 OBS DOxX 1 units none WOAO01 OBS DOX1 FillValue 100s global attributes description WOA01 CLIMATOLOGY Surface Levitus seasonal author J Grelet IRD US191 Brest date 29 Jan 2008 M Glossaire GOSUD SOERE SSS ROSCOP Global Ocean Surface Underway Data www ifremer fr gosud Syst mes d Observation et d Exp rimentation pour la Recherche en Environnement Sea Surface Salinity http www legos obs mip fr fr observations sss Report of Observations Samples Collected by Oceanographic Programmes http www ices dk Ocean roscop index asp
13. sur les axes correspondent la d nomination des variables utilis es dans le fichier NetCDF Lorsque l on d place la souris sur la courbe du graphique sup rieure les informations de date position valeurs de la mesure s affichent sur le bandeau sup rieur File touc 702 nc Date 25 0 2007 14 15 Latitude 195 359 N Longitude 41735 4389 VV exper 3 502 S5 SJT 25 901 Il est possible de modifier les param tres trac s dans ces fen tres via les 3 menus d roulants qui se trouvent dans la fen tre de gauche TSG Parameter Bottom plot Signification de ces param tres SSPS SSJT SSTP SPDC CNDC SSPS STD FLOW PRES LATX LONX Remarque TSG Parameter T56 Parameter Validation Top validation Top Middle plot Middle plot sss h ST SFOC Bottom plot k Bottom plot Salinit mesur e par le TSG Temp rature de cuve mesur e par le TSG Temp rature de prise d eau donn e par un instrument distinct du TSG SBE 38 par exemple Vitesse du navire Conductivit mesur e par le TSG Pour les mesures TSG qui sont le r sultat dune moyenne ou d une m diane cette variable permet d afficher l cart type des mesures D bit d alimentation du TSG valeur nominale de 10 min sur les navires marchands Pression d eau l entr e du TSG Latitude en degr dixi me Longitude en degr dixi me Sila vitesse du navire SPDC n est pas disponible dans le fichie
14. to the S3PS time series X Cancel within Date Limits Ce bouton Cancel within Date Limits permet d effacer toute portion de correction qui se trouve dans les limites temporelles d finies dans la fen tre Date Limits Pour la s lection des dates il faut utiliser l outil de s lection temporelle icone Fu voir p 24 Cancel all Le bouton d annulation Cancel all annule l ensemble des corrections qui ont t apport es la s rie temporelle 3 Algorithmes a Correction par filtre m dian La m thode d finie dans la fonction cor TsgMedian m comporte plusieurs tapes Etape 1 Diff rence mesure discr te mesure TSG Calcul de la diff rence entre les mesures discr tes chantillons et les mesures TSG Etapes 1 2 3 Les mesures sont co localis es dans le temps On d tecte la mesure TSG la plus proche de l chantillon dans le temps Fonction diffTsgSample m Les chantillons ne sont pas compar s la mesure TSG co localis e mais la moyenne des mesures TSG autour de la mesure co localis e Fonction tsg_average m a Seules sont prises en compte pour le calcul de la moyenne les mesures TSG avec un code qualit NO CONTROL GOOD PROBABLY GOOD b La fen tre utilis e pour calculer cette moyenne est donn e par la variable tsg cst TSG DT SMOOTH Cette variable est d finie dans la fonction tsg_initialisation m La fen tre est gale 1 heure c Un test
15. 1114131459 20091120031456 EXE 2 Pour les mesures discr tes chantilons Le test de double est fait sur la date et l heure Aucune fen tre ne s affiche indiquant que des doubles ont t d tect s Ceux ci sont limin s Les fichiers de mesures discr tes chantillons btl spl arg ne peuvent tre lus si aucun fichier TSG n a t charg dans le logiciel Si l utilisateur essaie de charger un fichier chantillon la fen tre suivante s affiche Read Bucket Em E Load a TSG file before a Water sample file 1 Ouverture d un fichier Navire Marchand au format SODA Lors de la lecture d un fichier Navire Marchand au format SODA la fen tre suivante s ouvre Parameters Ja fx gps date gps time gps latmn gps lanmn gps latdec laps londec lgps sag lgps cod gps source she21 temp she21 sal she21 stddev shez cond she21 tint she21 adl she21 ad2 sbe21 sounds she21 density she21 raw Continue Cancel Cette fen tre liste les l ments de l ent te pr sents dans le fichier Le programme pr s lectionne les l ments indispensables au fonctionnement du programme L utilisateur peut modifier ces choix Ceci est pr f rable par exemple pour ce qui concerne la date et l heure Mieux vaut choisir une date et une heure GPS Les donn es sbe21 raw correspondent aux mesures de fr quence effectu es par les TSG Sea Bird Cette information est conserv
16. 20 29 30 29 40 45 32 22 32 97 92 32 cos 49 49 49 Z9 a9 9150510 20 76500 8984489 9043019 s o ONDES S OIL 0475171 0808330 1142170 1479900 DOTT 2158000 9g DU Ds Ds DS d 300 290 201 225 260 262 OO Oo Oo Oo 0 c SUL Sold SolP LS 164 Tox 153 16 LGs peuvent poss der une ou plusieurs lignes d ent te 702 028 oo 130 T ZO dont 0 O OOOO NaN NaN NaN NaN NaN NaN O NO NO NO WO LO SSJT 8127 73 8133 75 8150 75 8152 75 8171 75 8213 75 8229 74 discr tes STE le 1 caract re est obligatoirement le caract re Ces lignes permettent d introduire ou non les meta donn es Dans le cas de meta donn es qui doivent tre conserv es il faut indiquer le nom de la variable d finie dans le format NetCDF Une ligne d ent te d crivant les variables du fichier est absolument n cessaire Celle ci d bute par le champ HEADER Les 6 premi res variables sont obligatoirement et dans cet ordre VVVVVV l ann e le mois le jour l heure les minutes les secondes YEAR MNTH DAYX hh mi SS Ensuite l ordre dans lequel sont inscrites les variables NetCDF n a pas d importance Dans l exemple pr sent les variables utilis es sont LATX Latitude LONX Longitude SSPS Salinit du thermosalinographe SSPS QC Code qualit sur la s rie temporelle de salinit SSJT temp rature du thermosalinographe SSJT_QC C
17. ERE SSS lbv anciennement ora ou sdf NUKA ARCTICA transmit Donn es Echantillons ASCII 2 extensions possibles btl pour les donn es d chantillons de salinit Spl pour toutes donn es chantillons CTD ARGO arg Donn es ARGO au format LOCEAN C Fichiers en sortie Le logiciel TSGQC permet d crire des fichiers au format 1 NetCDF GOSUD Voir le document CORTSG_format_gosud doc Les fichiers au format NetCDF peuvent contenir l ensemble des informations sur un trajet TSG Les m ta donn es les donn es du thermosalinographe les donn es externes C est le format d criture par d faut 2 ASCII Ce format concerne la fois les donn es de TSG et les donn es discr tes externes Ce format est identique pour les donn es en lecture et les donn es en criture Ce format est utilis dans la fonction Export du logiciel Menu File Export Pour une description de ce format voir la section p 45 D Format des fichiers ARGO arg Nicolas Martin Ing nieur l UMR LOCEAN a mis en place une co localisation des mesures ARGO et des mesures TSG pour l ensemble des navires qui apparaissent sur le site Coriolis sur la base de leur code radio Cela inclue donc les navires marchands SOERE SSS les navires de recherche fran ais et ventuellement d autres navires Le site de co localisation ARGO TSG est l adresse suivante http www locean ipsl upmc fr TSG ARGO En principe ce site est remi
18. M ar des PATON IOS etu tei tablet cs du mue o iu E ae 20 2 AARC dea CIMA OL ELA DU o ME vOv dote vat vest Queda e Vois Cao c uv AA AA 22 b COOTAD O eii MDC EM C MCI MEE IMEEM M ee I ET 23 4 Fonction de zoom et de d placement ss 24 5 S lection de limites temporelles asa v v a 25 O Impression deS EUROS 5 xh a Rt en v ai vua uu tcm I E LE 26 E MODULE DE VALIDATION ed css ln te Reina 21 E MODULE D TALONNAGE rss acond 29 H MODULE D INTERPOLATION DES POSITIONS ooccnoccnccnnccnoconocnnconoconoconconoronoconconoronoconocnronoconccnaronconacnnnonoss 30 I MODULEDE CORRECTI N Saro 31 TS sDOSCHIDION QU MOQUE LR ne RA A AN OS 92 2 ON CIONES SE ET de i cad nen EOM Are RE L xus MEL LI pene E fo ec 33 De ALONE tende O ado een utu ONE Rd Ten ton 36 J REAPPORTDETRSITEMENJE2 aliada taaan 38 Ka COURTE RS GORE radica 40 FORMAT DES DONNEES sem E en a 41 e NOMS DES VARIABLE o o ea as dt es Un 41 T Variables des mestre di ESO toon cet toe tme iat M A EPI nm te 41 Ze Variables discretes CMA da med dial 42 D PICHTERS EN ENTREE 2 tasscotivina tens a botsaolansnad Weronacntvncwad ane a 43 Ce FICHIERS EN SORTIE RE A Me As ca ent nel ec de td tete ion bee ed 43 D FORMAT DES FICHIERS Fulks GO ARG iia ala 44 E FORMAT DES FICHIERS Ao EROLABE C AST 2 tada iaa 44 F FORMAT DES FICHIERS ASCII BTL SPL TSGQC ccccccsseccccsseccccescceceseccccesecseeeececesceseuseceseueeseeees 45 G FORMATDES FICHIERS NETC DE NC Liste etie teet
19. NDC Conductivit mesur e par le TSG SSPS Salinit calcul e en utilisant les variables CNDC et SSJT SSJT Temp rature de cuve donn e par le TSG SSTP Temp rature de prise d eau donn e par un instrument distinct du TSG SBE 38 par exemple SPDC Vitesse du navire FLOW D bit d alimentation du TSG valeur nominale de 10 min sur les navires marchands PRES Pression d eau l entr e du TSG Des variables secondaires sont cr es partir de ces pr fixes Exemple pour la variable SSPS SSPS QC Code qualit attribu chaque mesure de la s rie SSPS SSPS CAL S rie temporelle SSPS talonn e SSPS ADJUSTED o rie temporelle SSPS corrig e par des donn es externes SSPS ADJUSTED QC Code qualit de la s rie SSPS SSPS ADJ USTED ERROR Erreur attribu e aux donn es corrig es Note sur les diff rences entre XXXX XXXX CAL XXXX ADJUSTED o XXXX SSPS SSJT SSTP La variable XXXX est la variable mesur e brute SSJT SSTP ou d duite d un calcul SSPS calcul e en utilisant CNDC et SSJT Un code qualit peut lui tre attribu variable XXXX QC Cette variable n est jamais modifi e ou corrig e Les modifications qui peuvent tre apport es sont de 2 ordres et dans ces cas l une nouvelle variable est renseign e Variable talonn e XXXX CAL Dans ce cas il n existe pas de variables XXXX CAL QC Il faut utiliser le code qualit de la variable brute XXXX_QC Variable corrig e XXXX ADJUS
20. RD US 191 IMAGO Direction de l US191 et la composante oc anographique de Bretagne Manuel Utilisateur Pour TSGOC ThermoSalinoGraph Quality Control Version 1 5 Approbateur Yves Gouriou Nom Jacques Grelet Ga l Alory UM EN ind BEEN 1 Suivi des diff rentes versions de l instruction code qualit Dates Versions Chapitres concern s Commentaires et modifications Mai 2008 Ao t 2010 gt 2 Sommaire ae ae pec des Te SUIVI DES DIFFERENTES VERSIONS DE L INSTRUCTION CODE QUALITE 2 RL D AT EAU PA TRE eaea a EE ido ola 3 BUTS DU SL OILOI DM Pee 4 PRINCIPES D UTILISATION ne en dua ce eeu e eon rao inst dex 5 FONCHONNALEFES coi PH 6 A MISEEN ROUTE SR nece e Me mr EE TOS a catt E E ii Re E 6 B JPRINCIPALESTONCITIONS e a s cse ue Cop sar M set cim nn tae M I tela ado 7 T ICONS coitu M LE Id M Ee LM M Ld eu D LM M DEIN LAM LM ML LA UA AUN UE LUI LIRE 7 2 C DT PIT E E A A A A EET oie eT Es OUVERTURE OUN FICHIER x0 ER o tas ele 11 PE Ouverture d un fichier Navire Marchand au format SODA sseseesssssssssseeee eene 15 Ze Onuverturedec donnees CISCI CICS adas 16 D SAUVEGARDE DES TRAITEMENTS ccccssccsssscccsscccsscccsssccsscccesscecssccescecsscsessceesscecssseessscsessceesscessssesssseees 17 L FOTMIEN CEDE E E E A Ce ee o a 7 2 Forma ASCI atann A cH 16 Ex FONCTIONNEMENT GENERAL 2 5 5 8 0 bd 20 I A
21. TED Si une correction est apport e a une mesure la variable XXXX_ADJUSTED est cr e Cette variable ne contient que les mesures corrig es Si certains segments de la s rie temporelle n ont pas t corrig s ceux ci ne sont pas renseign s les champs sont remplis avec des NaN Not a Number L utilisateur reconnait qu une mesure a t corrig e gr ce au champ XXXX ADJUSTED ERROR car une erreur est attribu e la correction Le code qualit de la variable XXXX ADJUSTED champ XXXX ADJUSTED QC est identique au code qualit attribu la mesure brute XXXX Pour r sumer l utilisateur quand il veut travailler sur les mesures doit v rifier l existence des variables suivantes dans cet ordre 1 XXXX ADJUSTED Si le champ n est pas vide des corrections ont t apport es L erreur sur la correction est donn e par XXXX ADJUSTED ERROR et le code qualit par XXXX ADJUSTED QC 2 Si XXXX ADJUSTED est vide v rifier si XKXX CAL existe Dans ce cas un talonnage a t effectu Utiliser alors la variable XXXX QC pour connaitre les codes de qualit 3 Enfin si XXXX ADJUSTED et XXXX CAL n existent pas utiliser les variables XXXX et XXXX QC Remarque Au cours d un m me voyage la disponibilit de ces diff rentes variables peut voluer dans le temps Ainsi la variable XXXX ADJUSTED ne sera d finie que pour les sections du voyage ou des donn es externes sont disponibles tandis que la variable XXXX seule pourr
22. a tre disponible et utilisable ailleurs 2 Variables discr tes chantillons Les variables discr tes ont un suffixe EXT DATE EXT Date de la mesure en caract re Y YYYMMDDHHMMSS DAYD EXT Jour julien LATX EXT Latitude en degr dixi me LONX EXT Longitude en degr dixi me SSPS EXT Mesures de salinit SSIP EXT Mesures de temp rature La s rie temporelle SSJT peut ventuellement tre corrig e en utilisant les donn es SSTP EXT Les variables d riv es sont les suivantes SSPS EXT QC Code qualit des mesures SSPS SSTP EXT QC Code qualit des mesures SSTP SSPS EXT TYPE Type d instrument utilis pour obtenir cette donn e 4 caract res au maximum ARGO Mesures ARGO CTD Mesures CTD UNKN Unknown WS Water Sample Pr l vement puis analyse en laboratoire etc SSIP EXT TYPE Type d instrument utilis pour obtenir cette donn e 4 caract res au maximum ARGO Mesures ARGO CTD Mesures CTD UNKN Unknown etc SSPS EXT BOTILE Num ro des chantillons des flacons pour les chantillons d eau de mer WS B Fichiers en entr e Le logiciel TSGQC permet de lire des fichiers au format 1 ARGO p 44 2 ASCII p 45 3 ASTROLABE p 44 4 Navire marchand Logiciel SODA SOERE SSS p 46 5 NetCDF GOSUD p 46 6 ORACLE p 7 SDF p 8 NUKA ARCTICA p Les suffixes utilis s pour reconnaitre ces fichiers sont les suivants Donn es TSG ASCII Isgqc ASTROLABE ast NetCDF NC SO
23. alis e g ographiquement Attribuer un code qualit aux mesures Sauvegarder r guli rement les modifications a Au format NetCDF b Au format ASCII Ouvrir un fichier de mesures discr tes chantillons Corriger les donn es Impression des figures Autres fonctions du logiciel il 2 3 Tests automatiques Etalonnage des mesures Rapport de traitement p 6 p 11 p 23 p 30 p 27 p 17 D 18 p 16 p 31 p 26 5 Fonctionnalit s A Mise en route Le logiciel d marre dans la fen tre Command Window de MATLAB Pour faciliter l acc s aux fichiers de donn es l utilisateur peut indiquer le r pertoire de travail dans l onglet sup rieur de la fen tre MATLAB 2 MATLAB 7 5 0 R2007b File Edit Debug Desktop window Help ER CT noO RIESE Ciisvnitsg qcitsq_data C Documents and Settings vgouriouiMes documentsiMATLAE rv Workspace O diitemp el m Tu aia Mi stack Base s Ds work M_Divers_Ltile E Documents and SettingstygouriouiLocal Settings Temporary Internet Files ee Value Min Giisvnitsg qgci netcdf native HA CHOC lt 2590 x1 double 243690 Diisvnitsg qcitsg_util s Deisvnitsg qcltsq_io D svnibsg qc Command History Ds0 US191 Operation US191 BT Logicieh Format SOOP ae See D work Trash r 21 06 10 13 C Program Files Fichiers communs 5YSTEMIMSMAPT 1036 d 22 06 10 D 10 05191 Operation LI51911LagicielsiLogiciel T3G QC i D sevniEsg qcuanetcdr amp 22
24. de rejet des donn es TSG bas sur l cart type la moyenne est effectu pour carter les mesures TSG pr sentant une dispersion trop importante Les valeurs qui s cartent de plus de STD MAX de la moyenne ne sont pas prises en compte Cette valeur est d finie dans la fonction tsg_initialisation m Elle est de 0 1 pour la salinit et 1 C pour la temp rature La diff rence Echantillon TSG est calcul e lorsque les 2 mesures ne sont pas distantes de plus de TSG_WS_TIMEDIFF Cette valeur est d finie dans la fonction tsg_initialisation m Elle est de 5 minutes La salinit de surface est une quantit qui peut varier rapidement la comparaison avec les mesures bouteille dont la datation n est pas n cessairement tr s pr cise est donc compliqu e par la pr sence de pics m me si ceux ci sont r els Les donn es de salinit TSG sont liss es en appliquant une moyenne de dur e gale 1 heure En liminant les pics de salinit on vitera de comparer les mesures des pr l vements bouteilles des points excentr s de salinit TSG non repr sentatifs et par cons quent de produire une mauvaise estimation de la correction appliquer aux donn es de salinit des TSG Etape 2 Correction 1 2 3 4 On ne tient compte que des chantillons ayant un code qualit NO CONTROL GOOD PROBABLY GOOD Pour chaque point de comparaison on calcule la valeur moyenne et l cart type des carts Echantillons TSG dans un
25. e et enregistr e dans les fichiers NetCDF Varillon D Shipboard Oceanographic Data Acquisition S O D A Version 1 00 Manuel d utilisateur 2009 Les donn es sbe21_ad1 correspondent aux mesures de d bit Ces donn es sont enregistr es dans la variable FLOW Attention Les valeurs de la vitesse du bateau SOG enregistr es dans les fichiers SODA sont tronqu es Il vaut mieux ne pas cocher la case SOG si elle existe et laisser le programme calculer la vitesse du bateau partir des positions des mesures 2 Ouverture de donn es discr tes Des mesures discr tes appel es chantillons les variables ont l extension EXT peuvent tre utilis es pour corriger les donn es TSG btl spl argo Il est possible d ouvrir plusieurs fichiers et de les concat ner Le programme demande alors si Putilisateur veut remplacer le fichier d ja en m moire ou ajouter les nouvelles donn es Read samples ala EJ Samples have already been uploaded in TSGQL Do vou want to Replace or to Concatenate then Remarque 1 Lors de la concat nation de fichiers le programme teste s il existe des chantillons en double Le test est effectu sur la date ann e mois jour heure minute seconde Les chantillons en double ne sont pas conserv s Aucune fen tre ne s affiche indiquant que des doubles ont t d tect s 2 Les fichiers de mesures discr tes chantillons btl spl arg ne peu
26. e fen tre COR TIME WINDOWS Cette valeur est d finie dans la fonction tsg_initialisation m Elle est de 10 jours Les chantillons qui s cartent de plus de 3 carts types de la moyenne sont cart s Leur code qualit est positionn BAD Pour chaque point de comparaison on calcule la valeur m diane des carts Echantillons TSG dans la fen tre COR TIME WINDOWS Ensuite partir de ces valeurs m dianes aux points de comparaison on interpole lin airement dans le temps une valeur de correction pour chaque point de mesure TSG Cette correction sera appliqu e la s rie initiale Etape 3 Attribution d une erreur Une estimation de l erreur de la correction est attribu e chaque mesure TSG L erreur sera fonction du nombre de points de comparaisons N qui ont t utilis s pour le calcul e si N lt 4 erreur valeur max fix e a 1 e si N gt 4 erreur cart type carts pr l vement TSG V N 1 En aucun cas l erreur ne peut tre inf rieure a 0 01 Cette valeur est impos e si des erreurs inf rieures sont calcul es b Correction Lin aire La m thode d finie dans la fonction corTsgLinear m comporte plusieurs tapes Etape 1 Diff rence mesure discr te mesure TSG Cf paragraphe a Correction par filtre m dian p 36 Etape 2 Correction On utilise la fonction MATLAB polyfit pour effectuer l ajustement lin aire repr sent par la droite passant au plus pr s au sens d
27. ed a be Eel 46 El FORMATIDDES FICHIERS SODA T LBV 5 seco A Ma RES di OM eas 46 I FORMAT DES FICHIERS NUKA ARCTICA TRANSMIT ccceeeeeeeeen eene nennen nnne nn en nne nna 46 J FORMAT DES FICHIERS DE CLIMATOLOGIE 00 ina ain nain 47 ds fd US aec ERREUR SIGNET NON DEFINI A ARBORESCENCE DU PROGRAMME cccccsscccssscccscccsscccescccesccssscceuncceusesenss ERREUR SIGNET NON DEFINI B CHOSSAIRE ocr seh a cstv sls ens men em du dan ater A E ie dau ttc ne o de ide CUP a UA 49 3 Buts du logiciel Le logiciel TSGQC ThermoSalinoGraph Quality Control a t con u pour valider talonner et corriger les mesures de salinit et de temp rature acquises par les thermosalinographes TSG sur les navires marchands du SOERE SSS Syst me d Observation et d Exp rimentation pour la Recherche en Environnement sur la salinit de surface de la mer 1 Valider attribution de codes de qualit aux mesures 2 Etalonner prise en compte d une d rive temporelle lin aire des capteurs 3 Corriger partir de donn es externes discr tes pr l vements mesures ARGO CTD XCTD etc 4 Principes d utilisation Les grandes tapes d utilisation du logiciel sont les suivantes 1 2 D marrer TSGQC Ouvrir un fichier TSG Plusieurs formats sont disponibles Examiner visuellement les donn es a Comparer les mesures une climatologie b Afficher le trajet du navire V rifier que chaque mesure est loc
28. es moindres carr s des carts pr levements TSG L ajustement lin aire est r alis pour 3 chantillons et plus S il y a seulement 2 chantillons on ne fait pas d ajustement lin aire mais on calcule l cart moyen aux donn es du TSG Etape 3 Attribution d une erreur L erreur calcul e par la fonction MATLAB polyval correspond l incertitude sur l angle de la droite repr sentant l ajustement lin aire Dans le cas d une comparaison avec 2 chantillons l erreur est gale l cart moyen 2 L erreur minimale ne peut tre inf rieure la pr cision du capteur calcul e dans tsg accuracy m de l ordre de 0 01 Cette valeur est impos e si des erreurs inf rieures sont calcul es c Correction dans des r gions fort gradient La m thode comporte plusieurs tapes Etape 1 Diff rence mesure TSG mesure discr te Cf paragraphe a Correction par filtre m dian p 36 Etape 2 Correction Entre deux pr l vements successifs dans la fen tre de correction choisie o les diff rences pr l vement TSG sont D1 et D2 la correction D varie lin airement de D1 D2 en fonction des variations relatives de salinit ou temp rature du TSG dans l intervalle Etape 4 Attribution d une erreur L erreur est gale la valeur de la correction 2 L erreur minimale ne peut tre inf rieure a la pr cision du capteur de l ordre de 0 01 Cette valeur est impos e si des erreurs inf rieures son
29. he Ctrl la barre verticale s affiche Elle dispara t lorsque l utilisateur rel che la touche Ensuite d s que l utilisateur appuie sur la touche Ctrl la barre verticale apparait 35 a0 4 pi em zu Li on CL CT Ta Important 1 Lors du travail de validation lorsqu un zoom a t effectu sur la s rie temporelle il faudrait pour faire d filer la s rie temporelle cliquer sur l ic ne de Pan Ceci a pour effet de d sactiver la fonction de validation Pour viter ces allers retours entre la fonction de validation et de Pan cette fonction est aussi disponible en d pla ant la souris dans le bas du graphique Le curseur de la souris se transforme alors en une main indiquant que la fonction Pan est activ e 2 Sila carte est affich e lorsqu une op ration de d placement Pan est effectu e la carte est retrac e pour tenir compte des nouvelles limites du graphique 3 Ala fin de la validation il est important de contr ler que des codes ont t attribu s chaque mesure le chiffre en regard du code No Control doit tre O oli G Module d talonnage Le logiciel permet d appliquer des coefficients d talonnages pente et offset aux s ries temporelles de conductivit et de temp rature Ces coefficients sont entr s sous forme num riques dans la fen tre de gauche pour 1 La conductivit 2 Latemp rature de cuve 3 La temp rature de pr cision si un capteur
30. ibu s ces codes TSG Validation File Edit Climatology Option Q auto Help sas 2 2700 Ms S 05 EIE File DATA FORMAT Date Latitude Validation Codes No control 3 O Good Probably Good Probably bad O Bad C Harbour zara los a A tete t EXPERT AE a FEET ELE A ARA HA LLLI A A ARE htt tage Bo t oko Hn RR RR bee EEG RE Lorsque l utilisateur d place la souris sur la s rie temporelle le curseur de la souris se transforme en une croix qui permet de tracer un rectangle autour des donn es dont on veut modifier le code Le code est alors choisi suivant 2 m thodes 1 Avant la s lection en cochant un des boutons de la fen tre de gauche 2 Apr s la s lection en cliquant sur le bouton droit de la souris et en choisissant le code dans le menu contextuel Good Probably Good Probably bad Bad Harbour Les mesures s lectionn es prennent alors la couleur du code choisi Le code HARBOUR permet d indiquer que des mesures correctes sont faites lorsque le navire est au port Si les mesures sont mauvaises navire au port les codes qualit s doivent tre positionn s BAD Il est conseill d utiliser la fonction de zoom pour travailler finement au niveau de chaque mesure Il est possible d afficher une barre verticale qui chevauche les 3 figures afin de mieux rep rer une structure particuli re L affichage se fait en 2 temps 1 Cliquer sur la fen tre 2 appuyer sur la touc
31. iginales est disponible sous ftp ftp nodc noaa gov pub WOAO01 readme pdf Les donn es sont disponibles sous 3 types de fichiers annuel saisonnier et mensuel dans lesquels on trouvera les variables suivantes WOAO1 MEAN SSTP temp rature WOAO1 MEAN SSPS salinit WOA01 MEAN DOX 1 oxyg ne ainsi que les carts types WOA01 STD SSTP et le nombre d observations utilis es WOAO1 OBS SSTP Dans ces fichiers NetCDF la dimension WOAO01 TIME prendra les valeurs suivantes pour WOAO1 TIME 1 pour le fichier annuel WOA01_ TIME 4 pour le fichier saisonnier WOAO1 TIME 12 pour le fichier mensuel Exemple de structure du fichier saisonnier avec la commande ncdump ncdump h woa01 seasonal surf nc NetCDF woa01 seasonal surf dimensions WOAO1 TIME 4 WOA01 DEPH 71 WOA01_LATX 180 WOAO1 LONX 360 variables float WOAO1 TIME WOAO1 TIME float WOA01 DEPH WOAO01 DEPH WOAO1 DEPHt long name Depth WOAO1 DEPH units meters WOAO1 DEPH FillValue 100 f float WOA01_LATX WOA01_LATX WOAO1 LATX long name Latitude WOAO1 LATX units degree north WOAO1 LATX FillValue 100 f float WOAO01 _LONX WOA01 _LONX WOA01_LONX long_name Longitude WOA01_LONX units degree east WOAO1 LONX FillValue 100 f float WOAO01 _MEAN _SSTP WOA01_ TIME WOA01_DEPH WOA01_LATX WOA01_LONX WOA01 MEAN _SSTP long_name Sea Surface Temperature 1 mean WOAO01 MEAN SSTP units
32. imatology Climatology Climatology depth Calibration coefficient Coefficients type Figure Plot with cannectd line i c 7 m tn T C ES 4 4 Map Resolution x Di MinfMax values for automatic QC ship speed Min knots Flow Min l minute Pressure Min lminutel SoPS min SoPS Max SSIF min L5 SoIP maz C Sod min PE S amp JT max C k ce ce ER a m IRD US 191 Brest IN v Page 9 sur 49 Menu QCauto TSG Validation File Edit Climatology Option SIS Sus 2 MN Press Ship Speed S5P5 min S5P5 max 55JT min 55JT max SSTP min SSTP max Ce menu permet de choisir les tests automatiques qui seront appliqu s aux mesures du TSG Les tests utilisent les valeurs limites d finies dans le menu Option Preferences cf paragraphe pr c dent Le logiciel applique un code qualit BAD aux mesures qui sont en dehors de limites de test Remarques Y Le logiciel ne poss de pas de fonction Undo Si les tests automatiques sont appliqu s plusieurs fois lors d une m me session de traitement l historique des tests n est pas conserv Y Les valeurs de salinit s qui exc dent les min et max d finis dans le menu Option Preferences par l utilisateur prennent la valeur BAD l exception du test sur la vitesse du navire Ship Speed qui positionne le code la valeur HARBOUR
33. lation les latitudes et longitudes interpol es apparaissent en rouge fen tre 2 et 3 Un zoom sur les fen tres des latitudes et longitudes permet de se rendre compte de la qualit de l interpolation Les codes qualit s de la variable POSITION QC sont positionn s 8 code Interpolated value Il est possible de ne r aliser l interpolation que sur certaines parties du trajet en utilisant l outil de s lection temporelle voir p 24 ou en entrant les dates de d but et de fin dans la fen tre Date Limits 4 a Y I Module de correction Ce module permet de corriger les s ries temporelles en les comparant avec des donn es discr tes chantillons bouteilles CTD ARGO etc La variable SSPS SSTP qui pourra tre corrig e via cette interface est celle qui a t s lectionn e dans la figure sup rieure de l cran de validation voir p 20 Si une calibration a t effectu e c est la variable calibr e SSPS_CAL qui sera corrig e Les donn es corrig es sont conserv es dans les variables ayant l extension _ADJUSTED SSPS_ADJUSTED SSTP_ADJUSTED Les donn es originales ne sont pas modifi es Si les corrections ne sont appliqu es que sur certaines parties de la s rie temporelle les mesures n ayant pas t corrig es n apparaissent pas dans les variables ADJUSTED Les valeurs sont positionn es a NaN Not a Number Une erreur est attribu e a chaque valeur corrig e
34. liquer des corrections diff rentes sur plusieurs sections de la s rie temporelle il peut utiliser plusieurs de ces m thodes Il est possible d annuler tout ou partie des corrections Correction Method Cancel within Date Limits Cancel all Median filter adjustment Un filtre M dian Voir l algorithme p 36 Le d tail de la correction est d crit dans le document G Reverdin F Gaillard S Contardo D Mathias Y Gouriou D Dagorne R seau bleu Coriolis Qualification des mesures navires Salinit de surface Coriolis pp 60 septembre 2006 Linear adjustment Un ajustement lin aire destin corriger la d rive instrumentale principalement due l encrassement biologique du capteur Voir l algorithme p 37 Gradient adjustment Un ajustement de gradient d velopp par Ga l Alory UMR Legos destin faire une correction sans discontinuit de la s rie temporelle dans les r gions de fort gradient de salinit temp rature o la diff rence TSG pr levement varie fortement de part et d autre du gradient Voir l algorithme p 37 Blas adjustment TSGQC permet d appliquer un biais destin a faire une correction constante estim e partir de la climatologie ou d autres voyages malgr l absence de pr l vements Le logiciel demande l utilisateur d entrer le biais qui sera appliqu a la s rie temporelle ou une partie de celle ci Bias Correction Aleka Constant value to be applied
35. ode qualit sur de la temp rature de cuve du thermosalinographe SSTP Temperature precise SSTP_QC Code qualit sur la s rie temporelle de temp rature pr cise Dans l exemple ci dessus on indique le nom du navire servant de support au thermosalinographe La variable utilis e dans le fichier NetCDF PLATFORM NAME Se r f rer au document d crivant le format NetCDF pour une description complete des m ta donn es CORTSG_format_gosud doc AVERTISSEMENT Les fichiers spl permettent 1 de charger en m moire des chantillons discrets un fichier CTD des pr l vements etc Chaque donn e ayant une date et une position 2 d exporter dans un fichier ASCII toutes les donn es discr tes bouteilles CTD ARGO La date de l enregistrement ARGO qui est conserv e dans le fichier d exportation en ASCII spl est la date de l enregistrement ARGO auquel a t ajout l cart temporel moyen entre la mesure ARGO et la mesure TSG la plus proche colonne 17 du fichier arg G Format des fichiers netCDF nc Les fichiers au format NetCDF permettent de conserver l ensemble des informations sur un trajet TSG Les m ta donn es les donn es du thermosalinographe brutes et corrig es les donn es discr tes chantillons Le format est d crit dans le document CORTSG format gosud doc H Format des fichiers SODA Ibv Ce format est utilis pour l acquisition des donn es des thermosalinographes install s sur les navi
36. outes des navires Fichier TSG du navire des Terres Australes ASTROLABE Fichier bouteilles au format ASCII Fichier TSG au format SODA utilis sur les navires marchands SOERE SSS Fichier TSG au format NetCDF Fichier TSG au format ORACLE anciennement utilis par le SOERE SSS Fichier TSG au format ORACLE anciennement utilis par le SOERE SSS Fichier de donn es discr tes chantillons XBT CTD etc au format ASCII spl sample Fichier TSG du navire de commerce NUKA ARCTICA Fichier TSG au format ASCII Fichier au format XML Ce format n est pas actif Varillon D Shipboard Oceanographic Data Acquisition S O D A Version 1 00 Manuel d utilisateur 2009 IRD US 191 Brest IN V Page 11 sur 49 Les diff rents formats sont d crits aux pages arg p 44 ast p 44 btl p 45 Ibv p 46 nc p 46 Ora p sdf p spl p 45 transmit p 46 tsgqc p 45 Remarque Un test sur les enregistrements en double est effectu 1 Pour les mesures TSG Si des dates cons cutives identiques sont d tect es la fen tre suivante s affiche La fen tre indique le nombre d enregistrement en double et affiche au maximum les 10 premi res dates identiques Les doubles sont supprim s Test identical date ja lx ATTENTION consecutive identical dates are detected e records will be supressed yypymmddhhmmas 20091010161457 20091015191457 20091108051456 20091105181459 20091113031457 2009
37. r TSG charg en m moire celle ci est calcul e par le logiciel en utilisant les coordonn es g ographiques des mesures Sila conductivit CNDC et la temp rature de cuve SSJT du TSG sont disponibles la salinit SSPS est calcul e partir de ces deux variables 2 Affichage de la climatologie Le choix de la climatologie est fait dans le menu Option Preferences Pour l instant seules sont disponibles les climatologies WOA01 et WOAOS de Levitus La profondeur de la climatologie peut tre aussi modifi e via ce menu L utilisateur a le choix entre O et 10 m La valeur moyenne trait noir et plus ou moins 3 carts type traits rouge est superpos e aux mesures en salinit et temp rature Par d faut c est la climatologie annuelle qui est affich e L utilisateur peut afficher les climatologies saisonni res ou mensuelles via le menu Climatology Voir p 8 Le format du fichier climatologie est d crit en p 47 CT c LI C tt Bt4 e mee Fab UH gt pan LLI Cr LL Cr EN T LHE Hpt t Ctt h habt F Ht tehh deem LE LA 3 Cartographie L outil de cartographie permet d afficher une carte en projection Mercator ou sont trac es les positions du navire La position du navire correspondant la position de la souris sur la s rie temporelle du graphique sup rieur est indiqu e par un point rouge sur la carte Cette fonctionnalit est utile lors
38. r la s rie temporelle corrig e En vert 2 Fonctionnalit s Code qualit mesures bouteilles Les mesures discr tes bouteilles ou autres peuvent tre valid es en leur attribuant un code qualit L attribution d un code qualit se fait de la m me mani re que pour la s rie temporelle voir p 27 Seules les mesures discr tes dont le code qualit est positionn NO CONTROL GOOD et PROBABLY GOOD sont utilis es pour effectuer les corrections Choix d une limite temporelle Date Limits Min yyyy mm dd hh mm ss 0007 16 08 40 00 Max yyyy mm dd hh mm ss 200 7 09 07 09 10 00 Il est possible de n appliquer la correction que sur certaines parties de la s rie temporelle en utilisant l outil de s lection temporelle icone j voir p 24 Correction selon le code qualit Le code qualit de la s rie temporelle peut tre utilis e pour d terminer si la correction est ou non appliqu e Utiliser pour cela les cases cocher de la fen tre Correction applied to en bas gauche Dans l exemple ci dessous les corrections ne seront appliqu es qu aux mesures TSG ayant un code qualit positionn GOOD et PROBABLY GOOD Correction applied to Ma control Good Probably Good L Frobably bad Bad Harbour Type de correction Quatre types de correction peuvent tre appliqu s la s rie temporelle ou a une partie de celle ci Si l utilisateur choisit d app
39. re apport e par l utilisateur a la s rie temporelle On voit que la correction peut tre faite par morceau et qu elle n est pas appliqu e partout Les mesures discr tes bouteilles ou autres peuvent tre valid es en leur attribuant un code qualit L attribution d un code qualit se fait de la m me mani re que pour la s rie temporelle voir p 27 Remarque Le logiciel n affiche que les bouteilles avec lesquelles il a pu calculer un cart aux donn es TSG Si pour les mesures discr tes il n existe pas de mesure TSG une date proche o si les mesures TSG ont un code qualit PROBABLY BAD ou BAD le logiciel ne peut calculer d cart Fen tre de trac interm diaire Dans cette fen tre est trac e la s rie temporelle avec ses codes qualit sur laquelle sont superpos es les donn es discr tes chantillons Il s agit de la courbe qui est trac e dans la fen tre sup rieure de l cran initial lorsque l utilisateur valide les donn es attribution d un code qualit Fen tre de trac inf rieure Dans cette fen tre sont trac es 1 La s rie temporelle brute sans les codes de qualit En noir 2 La s rie temporelle corrig e en rouge a Soit apr s talonnage b Soit apr s correction avec des donn es externes La correction avec des donn es externes remplace la mesure talonn e Si cette correction est annul e comme le permet le logiciel la donn e talonn e r apparait 3 L erreur su
40. res marchands du SOERE SSS Le logiciel d acquisition SODA a t d velopp sous LabView par David Varillon IRD US191 IMAGO Noum a La documentation du logiciel SODA User manual pdf est disponible sur demande Format des fichiers NUKA ARCTICA transmit Ce format a t cr pour le TSG du navire commercial Nuka Arctica par Gilles Reverdin UMR LOCEAN Exemple 46 NUK 2001 7 7 1741 59 40 SONOS Low oO dp oa 46 NUK 2001 7 7 1746 59 40 0 LO ALO 84 932 46 NUK 2001 7 7 1751 59 42 cU LS ole 24 959 AG NUK 2001 7 7 1756 59 42 O 156 19 16 321 954 gt Varillon D Shipboard Oceanographic Data Acquisition S O D A Version 1 00 Manuel d utilisateur 2009 Z6 NUK 200L 7 Tis L 29 43 Ue RAR 70 46 NUK 2001 7 718 6 59 43 Use 13 10 924 993 Ao NUK 2001 E 7 Loll 99495 Us 30 43 04 24 964 Ap NUK 2001 7 T Tele 2992 45 SUO Lalo Cae oe 46 NUK 2001 7 7 1821 59 47 We 00 12 92 94 904 46 NUK 2001 7 7 1826 59 48 0543 12 92 34 901 J Format des fichiers ORACLE ora Ce format tait anciennement utilis pour les donn es TSG des navires marchands du SOERE SSS K Format des fichiers SDF sdf Ce format tait anciennement utilis pour les donn es TSG des navires marchands du SOERE SSS L Format des fichiers de climatologie Les fichiers de climatologie utilis s par TSGQC sont au format NetCDF et extraits de l atlas WOA01 et WOA05 WORLD OCEAN ATLAS 2001 et 2005 La documentation des donn es or
41. s jour automatiquement quotidiennement Les fichiers ASCII pr sentent une ligne pour chaque profileur ARGO qui s est trouv en surface moins de 50 km de la trajectoire du bateau 5 jours Format 1 6 Date du profil ARGO YYYY MM DD HH MI SS 7 Longitude du profil ARGO 8 Latitude du profil ARGO 9 Numero du profileur 10 Numero du cycle 11 Pression de la mesure ARGO 12 Qualit de la pression 13 Salinit ARGO 14 Qualit de la salinite 15 Temp rature ARGO 16 Qualit de la temp rature 17 Diff rence temporelle moyenne entre la mesure ARGO et les mesures TSG 18 Distance moyenne entre les mesures TSG et le profil ARGO 19 Nombre de salinit s TSG 20 Moyenne des salinit s TSG 21 Ecart type des salinit s TSG 22 Nombre de temp ratures TSG 23 Moyenne des temp ratures TSG 24 Ecart type des temp ratures TSG Par d faut la pression la plus proche de 5 m comprise entre 0 et 10 m et ayant une qualit de mesure de 1 ou 2 A moins de R km et a J jours par d faut R 50 km et J 5 jours Important Lors de la lecture des fichiers ARGO la diff rence temporelle moyenne entre la mesure ARGO et les mesures TSG champs n 17 est ajout e la date du profil ARGO C est cette date qui est conserv e dans les fichiers au format NetCDF ou au format spl E Format des fichiers ASTROLABE ast Ce format a t cr pour le TSG du navire des Terres Australes ASTROLABE par Elodie Kestenare UMR LEGOS
42. t calcul es J Rapport de traitement Un rapport simplifi de l tat de traitement du fichier en cours peut tre sauvegard en utilisant l icone Le fichier a la forme suivante ISGOC REPORT 03 Aug 2010 10 06 08 TSG file D svn tsg qc tsg dataNtouc0702 nc No water sample file used during this session No external sample file used during this session 14684 total number of records 0 records have interpolated position 0 records have been deleted because they have no date 0 records deleted because their date are not increasing 0 records deleted because of velocity 50 knots KKKKKKKKKKKKKKKKKK CNDC PARAMETER KKKKKKKKKKKKKK Time series not calibrated Number of measurements 14684 KKKKKKKKKKKKKKKKKK SSPS PARAMETER KKKKKKKKKKKKKK Time series not calibrated Number of measurements 14684 43 0 29 NO CONTROL code 11445 77 94 GOOD Code 355 2 42 PROBABLY GOOD code 433 2 95 PROBABLY BAD code 1633 11 12 BAD code 0 0 00 VALUE CHANGED code 754 5 13 HARBOUR code O 0 00 NOT USED code 0 0 00 INTERPOLATED VALUE code 21 0 14 MISSING VALUE code 6504 44 29 o records have been corrected 9 ARGO samples in the file 2 4 WS samples in the file No CTD sample No XBT sample KKKKKKKKKKKKKKKKKK SSJT PARAMETER KKKKKKKKKKKKKK Time series not calibrated Number of measurements 14684 14663 99 86 NO CONTROL code 0 0 00 GOOD code 0 0 00 PROBABLY GOOD code 0
43. t entr e ce fichier ASCII est scann par le logiciel et les informations d j entr es se rapportant ce navire apparaissent dans le formulaire Les m tadonn es pour un navire donn ne sont donc entr es qu une seule fois Il est recommand de sauvegarder r guli rement le travail en cours IRD US 191 Brest IN v Page 17 sur 49 2 Format ASCII Ce format concerne la fois les donn es TSG et les donn es discr tes chantillons pr l vement CTD ARGO Ce format est identique pour les donn es en lecture et les donn es en criture En criture ce format est accessible via le menu File Export du logiciel TSG Validation Edit Climatology Option QCauto Open chro S 4 ity 54 Save Chri4 s5 Export li Quit Cto Sample ascii file Il Il est possible d exporter dans un fichier ASCII v Les donn es discr tes chantillons Le fichier aura l extension spl Le fichier spl contient toutes les donn es discr tes chantillons qui ont t charg es dans le logiciel Le logiciel propose d exporter les variables suivantes Choose aa cA soPS EXT UL sepe Ex re soPSs EXT BOTTLE soPo EXT AMALDATE SSTP EXT SET EST ac SSTP EXT TYPE Remarque Lors de la lecture des fichiers ARGO la diff rence temporelle moyenne entre la mesure ARGO et les mesures TSG champs n 17 voir p 44 est ajout e la date du profil ARGO C est cette date correspondant
44. tite rw Middle plot 30 113 Bottom plot HE nidis e 25 tid DER UE Lorsque le logiciel est en mode zoom ou pan un clic droit dans la zone graphique permet d acc der au menu contextuel ci dessous Celui ci permet de revenir au zoom original Reset to Original View com Cut ShiFE Click Reset to Original view Reset to Original view Pan Options Fb Zoom Options b Remarque Lorsque le module de validation est activ voir p 26 la fonction Pan est directement disponible en d pla ant la souris dans le bas du graphique sup rieur R gt U S 1 9 1 B re st IN e V 5 S lection de limites temporelles L outil de s lection de limites temporelles permet de s lectionner une partie de la s rie temporelle dessiner un rectangle sur laquelle sera appliqu un traitement particulier Les limites temporelles s lectionn es s affichent sur la gauche dans la fen tre Date Limits Cet outil est actif dans les modules d interpolation et de correction du logiciel Les dates peuvent aussi tre entr es au clavier en respectant le format indiqu TSG Validation File Edit Climatology Option OCauto Help 43 9827 iura A d Ses ET EJ File DATA FORMAT Date L atitu L at Lon interpolation x me 30 Other method j 25 Enel EEA EE a 5 20 Ta 15 Date Limits m Min yyyy mm dd hh mm ss 2007 07 18 08 40 00 3 Max vyyyy mm dd hh mm ss
45. vent tre lus si un fichier TSG n a pas t charg dans le logiciel Si l utilisateur essaie de charger un fichier chantillon la fen tre suivante s affiche Read Bucket ala E Load a TSG file before a Water sample File k TOM I T 101 Denat ENT y D NATA 1 4 Own A Q rage 16 sur 49 D Sauvegarde des traitements 1 Format NetCDF Le format d enregistrement par d faut du logiciel est le format NetCDF voir p 46 Ce format permet de conserver l ensemble des donn es du TSG donn es brutes corrig es les donn es de mesures discr tes et les meta donn es Lorsque l utilisateur enregistre un fichier il doit entrer un minimum d information Meta Donn es via le formulaire ci dessous Ce formulaire est affich automatiquement d s que l on enregistre un fichier au format NetCDF mais l utilisateur peut y acc der a tout moment en cliquant sur l ic ne TSG GLOBAL ATTRIBUTES AND VARIABLES CYCLE MESURE NA DATE CREATION m PLATFORM NAME NA DATE UPDATE PROJECT NAME ORE 888 v DATA RESTRICTIONS m SHIP CALL SIGN MA CITATION B SHIP MMS NIA COMMENT m TSG INSTALL DATE NA PI NAME Der TYPE TSG SRF DATA CENTRE pa Seule l information PLATFORM NAME est absolument n cessaire II s agit normalement du nom du navire en majuscule Toutes ces m tadonn es sont par ailleurs enregistr es en plus du fichier NetCDF dans un fichier ASCII D s que l information PLATFORM NAME es
46. voir les algorithmes p 36 Les erreurs sont enregistr es dans les variables ayant l extension ADJUSTED ERROR Le code qualit de la variable corrig e ADJUSTED QC est celui qui a t attribu la mesure originale non corrig e QC La fen tre du module de correction se pr sente ainsi TSG Validation File Edit Climatology Option QCauto Help 43227 QM He File touc0702 nc Date Latitude Longitude 1 5 SSPS ADJUSTED Date Limits Min yyyy mm dd hh mm ss 2007 08 19 23 30 00 Max yyyy mm dd hh mm ss 2007 09 03 20 30 00 Correction Method Median filter adjustment Linear adjustment Gradient adjustment Bias adjustment Cancel within Date Limits Cancel all Correction applied to Mo control Good Probably Good O Probably bad SSPS_ADJUSTED 1 Description du module Fen tre de trac sup rieure Les diff rences entre les donn es discr tes chantillons et les donn es TSG soustraites dans cet ordre sont affich es dans la fen tre sup rieure Les carr s repr sentent les donn es bouteilles collect es par les navires qui effectuent les mesures TSG reconnues par une value SSPS EXT TYPE WS pour Water Sample dans les fichiers btl les ronds repr sentent les autres donn es Argo CTD La courbe en bleu repr sente la correction en fait la diff rence entre la s rie originale et la s rie corrig e qui va t

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