Recherche d`interactions sur données de type trio
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1. c a b o ce vecteur contient l l ment a et l l ment b Par exemple si on veut d finir un vecteur contenant les chiffres 2 et 3 on crira c 2 3 De plus la notation anglaise est utilis e pour crire les nombres d cimaux Ainsi la valeur enti re et la valeur d cimale d un nombre seront s par es par et non par 2 2 3 Exemple pipeline generale C Users Genhotel Stat Desktop Etude interactions 1 Etude 1 donnees_trio csv donnees SNP csv 11 19 23 c 1 2 c 3 4 5 0 05 0 2 2 Dans cet exemple le nom de l tude est Etude _1 ligne 2 Ce dossier contiendra tous les fichiers de sortie des analyses et sera compris dans le chemin C Users Genhotel Stat Desktop Etude_ interactions ligne 1 Le fichier contenant les donn es g notypiques est nomm donnees _trio csv Le fichier contenant les donn es sur les SNP est nomm donnees _trio csv ligne 2 Les donn es sur les facteurs de risques sont inclues dans les colonnes 11 19 Les donn es g notypiques sur les SNP sont contenues dans les colonnes 23 la derni re colonne du fichier ligne 3 On souhaite rassembler les sets 1 et 2 en un set initial et les sets 3 4 et 5 en un set de r plication ligne 4 On choisit un seuil de p value gal 0 05 pour tester les SNP trouv s dans des mod les bivari s dans des mod les multivari s On choisit que pour les analyses pour lesquelles les individus doivent poss der t2. cha ne de caract res le nom du dossier cr pour l tude par dir_ creator py nomDonnees cha ne de caract res le nom du fichier contenant les donn es sur les familles de type trio nomDonneesSNP cha ne de caract res le nom du fichier contenant les donn es sur les SNP begClin entier le num ro de la premi re colonne des informations sur les facteurs de risque endClin entier le num ro de la derni re colonne des informations sur les facteurs de risque colSNP entier le num ro de la premi re colonne des informations sur les donn es g notypiques des SNP initial vecteur les num ros des sets compris dans le set initial replication vecteur les num ros des sets compris dans le set de r plication seuilReglog d cimal le seuil de p value partir duquel sont s l ctionn es pour les mod les multivari s d h t rog n it les variables sortant dans les mod les bivari s comprenant l effet d un SNP et d une interaction entre ce SNP et un facteur de risque seuilGestionN A d cimal la proportion maximale de valeurs manquantes autoris e pour que les donn es sur un SNP soient prises en compte dans les analyses dans lesquelles ont souhaite que les individus aient toutes les donn es renseign es Valeur comprise entre 0 et 1 KMDR entier le nombre maximal de facteurs consid r s dans un m me temps pour d terminer le meilleur mod le Attention Sous R un vecteur s crit de la fa on suivante
3. Recherche d interactions sur donn es de type trio Manuel d utilisation Langage R 3 juillet 2014 1 Contraintes et pr formatage 1 1 Fichier principal Le fichier principal contenant les informations sur les facteurs de risque les informations g notypiques sur les SNP et les informations relatives aux individus telles que les identifiants les identifiants de famille ou le sexe au format csv doit tre format selon les consignes suivantes La colonne repr sentant le sexe de l individu doit tre nomm e Sex La colonne repr sentant la famille de l individu doit tre nomm e Fam La colonne repr sentant le statut de l individu vis vis de la maladie doit tre nomm e Status La colonne repr sentant le set de l individu doit tre nomm e set _complet Les facteurs de risque facteurs cliniques environnementaux et g n tiques qui ne sont pas les g notypes de SNP doivent tre repr sent s par des colonnes adjacentes Les g notypes de SNP doivent tre repr sent s par des colonnes rassembl es la droite du tableau Le s parateur de ce fichier doit tre un caract re de tabulation 1 2 Fichier d informations sur les SNP Ce fichier doit contenir les informations suivantes En premi re colonne le num ro du SNP dans l ordre des SNP sur le fichier contenant les informations g notypiques En deuxi me colonne le nom du SNP En cinqui me et sixi me c
4. olonne les all les du SNP Le s parateur de ce fichier doit tre Ces deux fichiers doivent tre plac s dans l arborescence suivante nom de l tude Donnees 2 Cr er et lancer une tude 2 1 Cr ation du dossier de l tude 1 Lancer le programme dir__creator py 2 Rentrer le chemin absolu du dossier o seront d pos s tous les fichiers cr s dans le cadre de l tude 3 Toute l arborescence n cessaire l tude est maintenant cr e 2 2 Lancer l tude 2 2 1 Utilisation 1 Lancer R en mode console ote ND 2 2 2 Compiler le fichier nom de l tude Fonctions pipeline _generale r Possible en chemin relatif en se rendant dans le dossier de pipeline _ generale r partir de la commande setwd de R source pipeline_ generale r ou en chemin absolu rentrer le chemin absolu dans la fonction source Attention Pour R sous windows les dossiers dans les arborescences sont s par s par Lancer la fonction pipeline _generale avec les arguments souhait s voir partie suivante Description des arguments La fonction pipeline _generale poss de les arguments suivants chemin chemEtude nomDonnees nomDon neesSNP begClin endClin colSNP initial replication seuilReglog seuilGestionNA kMDR chemin cha ne de caract res le chemin absolu du dossier dans lequel est contenu le dossier cr pour l tude par dir__creator py chemEtude
5. outes les donn es ne soient pris en compte que les SNP pour lesquels on dispose d au moins 80 des donn es Enfin on a choisi de consid rer des mod les ayant au plus 3 variables dans le cadre des analyses MDR ligne 5
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