1. RESULTATS
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1. INSTITUT PASTEUR H pital Robert Debr ENQUETE SUR LES METHODES DE DIAGNOSTIC DES E COLT ENTEROPATHOGENES ET DES E COLT ENTEROHEMORRAGIQUES DANS LES LABORATOIRES D ANALYSES BIOLOGIQUES ET MEDICALES EN FRANCE EN 2003 Institut de veille sanitaire d cembre 2005 PARTENAIRES DE L ETUDE Institut de veille sanitaire D partement des maladies infectieuses Emmanuelle Espi V ronique Vaillant Centre national de r f rence CNR des Escherichia coli et Shigella Institut Pasteur Paris Francine Grimont Laboratoire associ au CNR des Escherichia coli et Shigella H pital Robert Debr Paris Patricia Mariani Kurdjian 1 19 RESUME En France la surveillance des infections Escherichia coli producteurs de shigatoxines STEC est bas e sur la surveillance du syndrome h molytique et ur mique SHU post diarrh ique chez l enfant g de moins de 15 ans mise en place en 1996 Apr s huit ann es de fonctionnement cette surveillance a t valu e pour juger de sa pertinence et apporter si besoin les modifications n cessaires En compl ment de cette valuation et compte tenu du potentiel pid mique des infections STEC il a t sugg r d tudier la faisabilit d tendre la surveillance des SHU celle d autres pathologies provoqu es par les STEC en particulier les diarrh es sanglantes Afin de contribuer la discussion sur la faisabilit et les modalit s d une telle surveillance2. apport du laboratoire clinique est important dans la surveillance pid miologique des infections STEC en effet l isolement et le s rotypage de souches permettent de conna tre les souches hautement virulentes circulant en France Il conviendrait donc d encourager les laboratoires analyser un maximum d chantillons de selles pour rechercher des STEC s rogrouper toutes les souches si possible et les envoyer au CNR des E coli et Shigella comme cela est d j r alis dans d autres pays 22 Cependant du fait de l augmentation des co ts pour la recherche de STEC une recherche des g nes codant pour les shigatoxines syst matiquement lors de diarrh e sanglante macroscopique ou pour des patients plus risque de d velopper des complications telles que le SHU ou le PTT enfants et personnes g es para t la plus adapt e 23 En conclusion au vu de ces diff rentes informations et des r sultats de l enqu te des recommandations peuvent tre propos es pour la fois am liorer la surveillance du SHU et estimer l incidence des diarrh es STEC en France une transmission de renseignements cliniques pertinents des m decins aux microbiologistes qui est indispensable pour permettre un meilleur acheminement des pr l vements vers le laboratoire susceptible de r aliser la recherche de STEC 24 une information sur l existence d un Centre National de R f rence des E coli et Shigel
3. qui permettra de documenter l incidence r elle des STEC O157 et non O157 ainsi que la pathog nicit des souches de STEC non O157 11 16 Cependant l heure actuelle cette m thode n est r alis e que dans des laboratoires sp cialis s car elle implique des techniques 11 19 mol culaires lourdes mettre en place et co teuses Ce sont soit des techniques d hybridation permettant de d tecter sp cifiquement sur souches la pr sence des g nes correspondants par hybridation sur colonies ou sur membranes apr s extraction des acides nucl iques soit des techniques d amplification g nique permettant de d tecter des g nes codant pour les shigatoxines le g ne eae et ou le g ne codant pour l h molysine 17 19 Actuellement en France seulement 16 laboratoires 8 r alisent cette m thode PCR mais 104 laboratoires 49 transmettent leurs souches pour caract risation au CNR des E coli et Shigella et ou son laboratoire associ Par ailleurs des tudes r centes ont montr que les tests ELISA taient plus sensibles que la culture et taient susceptibles de d tecter des shigatoxines ou des antig nes de s rotypes sp cifiques 20 21 Au vu des r sultats de cette deuxi me enqu te et dans l tat actuel des pratiques de recherche des EPEC et EHEC une surveillance nationale des infections STEC reposant sur un r seau repr sentatif de laboratoires n est pas r alisable Cependant l
4. 66 19 15 Uniquement EPEC 30 Toute diarrh e d enfant 73 37 34 27 Nouveaux n s I 0 Enfants lt 2 ans 50 9 Enfants lt 3 ans 9 1 Enfants lt 5 ans 6 1 Toute diarrh e d adulte 22 11 28 22 Toute diarrh e sanglante d enfant 73 37 69 55 Toute diarrh e sanglante d adulte 50 25 66 52 A la demande du m decin 131 66 99 79 Syndrome h molytique et ur mique 75 38 74 59 Notion de cas group s 28 14 18 14 Autres crit res 3 2 3 2 Aucune r ponse 15 87 Total 215 213 Pourcentages calcul s partir du total des laboratoires qui ont r pondu Culture monomorphe de E coli ou sorbitol Diarrh e du voyageur Biopsie colique 3 5 Informations disponibles concernant le patient et accompagnant les pr l vements Les informations les plus compl tes gt 90 sont les informations d mographiques ge et sexe du patient et la date de pr l vement tableau 8 7119 Tableau 8 Informations concernant le patient transmises par le m decin prescripteur et saisies aux laboratoires d analyses Information Nombre de laboratoires Information d mographiques Sexe 201 97 Lieu de r sidence 152 76 Histoire clinique Date du pr l vement 194 94 Notion de diarrh e 163 80 Notion de colite h morragique 105 54 Notion de syndrome h molytique et ur mique 98 51 Notion de purpura thrombotique thrombocytop nique 71 38 Date de d but des sympt mes 72 37 Hos
5. 85 S ro agglutination de l antig ne O 178 93 101 86 S ro agglutination de l antig ne H7 14 12 Aucune r ponse 24 95 Total 215 213 3 6 3 Caract risation des g nes de virulence des souches de EHEC Seize laboratoires tous hospitaliers caract risent la virulence des souches de EHEC Les g nes les plus fr quemment recherch s sont stx1 stx2 eae 6 laboratoires 38 et str stx2 5 laboratoires 31 La m thode le plus fr quemment cit e 12 15 80 est la Polymerase Chain Reaction PCR multiplex ou en temps r el D autres m thodes d tection immunologique des shigatoxines ou culture cellulaire sur cellules MRCS ont t cit es par trois laboratoires La recherche est effectu e sur colonies uniquement pour 8 laboratoires et sur selles et colonies pour les 8 autres laboratoires 3 6 4 Transmission des souches de EPEC EHEC pour caract risation Cinquante six 26 laboratoires transmettent syst matiquement leurs souches pour confirmation un autre laboratoire alors que 49 23 les transmettent occasionnellement sur demande du m decin prescripteur 31 pour les souches d E coli O157 22 dans un contexte clinique de SHU 16 lors de suspicion clinique d infections EHEC 10 lors de notion de cas group s 6 pour confirmation de l identification de la souche 4 ou pour caract risation des souches non O157 2 9 19 Parmi les 99 laboratoires qui transmettent le
6. Mariani Kurkdjian F Grimont P A D Grimont B Hubert C Loirat and the soci t de n phrologie p diatrique 2000 Haemolytic uraemic and shiga toxin producing infection in children in France Epidemiol infect 124 2 215 20 De Valk H Decludt B Diagnostic des infections E coli enterohemorragiques EHEC enqu te aupr s des laboratoires hospitaliers de bact riologie R seau National de Sant Publique Saint Maurice France novembre 1997 22p R f rentiel en microbiologie m dicale bact riologie et mycologie REMIC Examen des mati res f cales la coproculture Soci t Fran aise de Microbiologie 2004 2 dition Chapitre 6 p 27 32 Forestier C Livrelli V Joly B Actualit s sur l pid miologie et les facteurs de pathog nicit des Escherichia coli ent rovirulents La lettre de l infectiologie Tome XII n 1 janvier 1998 Espi E Haeghebaert S Bouvet P Grimont F Mariani P Vaillant V et le r seau des n phrologues p diatres Surveillance du syndrome h molytique et ur mique chez les enfants de moins de 15 ans en France en 2002 et 2003 BEH 2004 42 203 4 Espi E Vaillant V Toxi infection alimentaire collective E coli 0148 H8 producteur de shigatoxines Gironde juin 2002 rapport d investigation Institut de veille sanitaire Saint Maurice France Oct 2003 44p Espi E Vaillant V Mariani Kurkdjian F Grimont R Martin Schaller H De Valk and C Vernozy Rozand Escherichia co
7. d ann es les infections caus es par Escherichia coli producteurs de shigatoxines STEC et plus particuli rement par le s rotype O157 H7 apparaissent comme un probl me de sant publique en Am rique du Nord et en Europe 1 Les STEC sont responsables de manifestations cliniques vari es diarrh e banale colite h morragique syndrome h molytique et ur mique SHU purpura thrombotique thrombocytop nique 2 Les principaux modes de transmission des infections a STEC l homme sont la consommation d aliments contamin s viande de b uf peu cuite produits laitiers non pasteuris s la transmission de personne personne l ingestion d eau contamin e et le contact avec des animaux notamment les bovins 1 En France une tude r alis e en 1995 96 a montr que 86 des cas de syndromes h molytiques et ur miques SHU typiques chez les enfants de moins de 15 ans taient associ s une infection STEC avec une forte pr valence du s rogroupe O157 3 Compte tenu des r sultats de cette tude et du potentiel pid mique de ces infections il a t d cid de poursuivre la surveillance des SHU afin de suivre les tendances spatio temporelles de la maladie et de d tecter des ph nom nes pid miques Cette surveillance mise en place en 1996 chez les enfants g s de moins de 15 ans est coordonn e par l Institut de Veille Sanitaire en collaboration avec la Soci t de N phrologie P diatrique l Unit d
8. de EHEC par recherche par PCR des g nes codant pour les shigatoxines et seulement 39 des laboratoires transmettent des s rums au Centre National de r f rence CNR des E coli et Shigella pour un s rodiagnostic d infections EHEC Les principales raisons cit es par les laboratoires ne r alisant pas la recherche des EPEC ou EHEC taient la non disponibilit et m connaissance des techniques le peu de connaissances sur l importance des infections EHEC chez l homme et l absence de demande sp cifique des cliniciens En conclusion cette enqu te r v le que la recherche des EPEC ou EHEC reste peu pratiqu e en France du fait de la raret des infections 4 STEC en dehors du SHU et de la non disponibilit et de la complexit des techniques mettre en uvre pour r aliser l identification compl te d un STEC Au vu de ces r sultats et dans l tat actuel des pratiques de recherche des EPEC et EHEC une surveillance nationale des infections STEC reposant sur un r seau repr sentatif de laboratoires n est donc pas encore r alisable Cependant cette enqu te a permis d identifier des actions pr cises laboration d un protocole de recherche des STEC appui technique aux laboratoires afin d am liorer le diagnostic des infections STEC Ces actions seront mises en uvre en collaboration avec le CNR des E coli et Shigella et le laboratoire associ au CNR 2 19 1 INTRODUCTION Depuis une dizaine
9. indications des examens de selles chez l adulte Bull Soc Fr Microbiol 2003 18 4 287 294 Examen bact riologique des selles coproculture Chapitre 6 REMIC 2004 6 examen bact riologique des selles coproculture p31 35 Lin Z Kurazono H Yamazaki S Takeda Y Detection of various variant verotoxin genes in Escherichia coli by polymerase chain reaction Microbiol Immunol 1993 37 543 8 16 19 ANNEXE 1 Diagnostic des infections Escherichia coli producteurs de shigatoxines STEC Nom du laboratoire Rue Code postal Ville Nom de la personne contact pour cette enqu te T l phone Fax Email SECTION A ACTIVITE DU LABORATOIRE 1 Votre laboratoire est il _ Un laboratoire hospitalier C Un laboratoire priv C Autre 1 1 Activit majeure du laboratoire C P diatrique C Adulte C P diatrique adulte 2 Quelle est l origine des patients pour lesquels vous r alisez des examens L CHRU CHR ou CHG C Clinique priv e ou tablissement priv _ Praticien lib ral g n raliste ou sp cialiste L Autre L Ne sait pas 3 R alisez vous des coprocultures C Oui L Non si oui allez la question n 3 1 Si non appartenez vous un groupement et transf rez vous les pr l vements un laboratoire du groupement r alisant les coprocultures C Oui si oui merci de transmettre le questionnaire au laboratoire c
10. ment sur l tiquette nom et pr nom du patient date du pr l vement nom du service et de l tablissement hospitalier Remplir une fiche accompagnatrice Exp dition L exp dition doit tre faite par courrier rapide si possible le tube envelopp dans du papier bulles courrier adress Patricia MARIANI Laboratoire associ au CNR des Escherichia coli et Shigella Service de Microbiologie H pital Robert Debr 48 Boulevard S rurier 75019 Paris Cedex 19 t l 01 40 03 23 40 fax 01 40 03 20 20 e mail patricia mariani rdb ap hop paris fr En cas de probl me ou questions contacter le laboratoire avant envoi du pr l vement DIAGNOSTIC DES INFECTIONS A ESCHERICHIA COLI PRODUCTEURS DE SHIGATOXINES SERODIAGNOSTIC DES INFECTIONS A STEC Recherche d anticorps dirig s contre le lipopolysaccharide de Escherichia coli producteur de shigatoxines STEC 2 Pr l vement et transport des s rums Pr l vements Nature s rum sang coagul et centrifug non h molys Quantit 1 ml minimum Conditions de transport T ambiante 4 C cong lation possible si traitement diff r Noter pr cis ment sur l tiquette nom et pr nom du patient date du pr l vement nom du service et de l tablissement hospitalier Remplir la fiche accompagnatrice Exp dition L exp dition doit tre faite par courrier rapide si possible le tube envelopp dans du papier bulles courrier adress Franc
11. nes mergentes Institut Pasteur 28 rue du Docteur Roux 75724 Paris Cedex 15 T l 01 45 68 87 39 Fax 01 45 68 88 37 e mail fgrimont pasteur fr
12. par les STEC diarrh e sanglante ou non L objectif de cette nouvelle enqu te succ dant celle r alis e en 1997 avec les laboratoires hospitaliers uniquement 5 tait de faire un nouvel inventaire des diff rentes m thodes de recherche des EPEC et EHEC utilis es dans les laboratoires de bact riologie priv s et publics La participation des microbiologistes a permis d obtenir des informations pour seulement 38 d entre eux participation qui est plus faible que celle obtenue lors de la premi re enqu te 78 5 Les r sultats de notre enqu te indiquent que 61 de ces laboratoires r alisent la recherche des EPEC ou EHEC La plupart d entre eux r alisent ces examens la demande du clinicien 70 et une majorit 66 les r alise syst matiquement pour toute coproculture et surtout en pr sence de toute diarrh e chez l enfant g de moins de 2 ans La recherche d E coli O157 est plus fr quemment r alis e lors de diarrh e sanglante chez l enfant ou lors de SHU 55 60 Cependant seulement 36 des laboratoires ont r pondu avoir recherch E coli O157 en 2003 La non disponibilit de techniques adapt es au laboratoire et le manque de connaissances sur les infections STEC taient les raisons principales pour ne pas rechercher les EPEC ou les EHEC Celles ci pourraient galement tre l origine de l absence de demande des cliniciens signal e par 29 des laboratoires Un autre motif justifiant la non
13. recherche des EPEC ou EHEC tait le fait que les milieux de culture sp cifiques se p riment rapidement ce qui entra ne une augmentation des co ts d autant plus importante que la demande est rare voire nulle Les motifs de non recherche des EHEC et d E coli O157 restent donc les m mes que lors de l enqu te de 1997 5 L identification des souches des EPEC et plus encore celles des EHEC semble faire appel diff rentes m thodes associant l utilisation d une galerie d identification pour Ent robact ries et des s rums agglutinants anti antig ne O Cependant seulement 22 des laboratoires identifient le s rogroupe O parmi une s rie de 12 s rogroupes alors que les STEC pr sentent plus de 50 s rogroupes http www microbionet com au vtecl htm webloc Ainsi les s rogroupes O103 O104 O113 O118 O121 O145 O153 et O163 d crits comme producteurs de shigatoxines ne sont pas recherch s en routine Quant aux m thodes d identification d E coli O157 elles sont bas es pour la majorit 85 des 117 laboratoires sur des m thodes d agglutination l aide de particules de latex sur des colonies isol es sur des milieux diff rents Du fait de l augmentation dans certains pays europ ens de la proportion de souches d E coli O157 fermentant le sorbitol et des souches de STEC non O157 il est conseill maintenant d utiliser une autre m thode de d tection des STEC recherche des g nes de virulence
14. 7 ou g lose au sorbitol 3 6 2 Analyses compl mentaires des isolements suspects pour confirmer des EPEC ou EHEC La majorit des laboratoires qui recherchent les EPEC ou EHEC r alisent une galerie d identification biochimique de E coli type API20E ou 32E VITEK1 ou 2 Microscan BBL Crystal et une s ro agglutination de l antig ne O tableau 10 Parmi les 178 laboratoires r alisant la s ro agglutination de l antig ne O 39 22 caract risent l antig ne O de la souche de EPEC ou EHEC isol e parmi les s rogroupes suivants 026 O55 O86 O111 0114 O119 0124 0125 0126 0127 0128 0142 Ces laboratoires utilisent plus pr f rentiellement une association de s rums nonavalent trivalents et monovalents 14 39 36 une association de s rums trivalents et monovalents 14 39 36 ou 12 s rums monovalents 11 39 28 Parmi les 101 laboratoires r alisant la s ro agglutination de l antig ne O pour caract riser les souches d E coli O157 73 pr cisent qu ils utilisent des m thodes d agglutination l aide de particules de latex sensibilis s type OXOID ou WELLCOLEX Tableau 10 Examens compl mentaires pour confirmation des isolements suspects de EPEC ou EHEC r alis s dans les 215 laboratoires r pondants Description d examens Nombre de laboratoires Nombre de laboratoires recherchant recherchant les EPEC EHEC E coli 0157 Galerie d identification biochimique E coli 126 66 100
15. biologiques et m dicales priv s 509 soit au total pr s qu un quart 23 des 4000 laboratoires existants en France Un courrier leur a t adress le 12 mars 2004 accompagn d un questionnaire sur les pratiques diagnostiques des EPEC EHEC et E coli O157 et d une enveloppe pr affranchie Le 5 mai 2004 un deuxi me courrier a t envoy aux laboratoires n ayant pas encore r pondu Le questionnaire annexe 1 envoy a permis de r aliser un inventaire des diff rentes m thodes de recherche des EPEC EHEC utilis es en routine d estimer le nombre de recherche de EPEC EHEC et E coli O157 r alis es en 2003 et le nombre de r sultats positifs et de conna tre les raisons pour lesquelles ces examens sont peu ou pas r alis s La saisie et l analyse des donn es a t r alis e l aide du programme Epi Info version 6 02 CDC Atlanta USA 2 19 3 RESULTATS 3 1 Participation des laboratoires sollicit s Trois cent cinquante sept 39 des laboratoires contact s ont particip l enqu te annexe 2 Ces laboratoires sont r partis de mani re relativement homog ne sur le territoire m tropolitain figure 1 Figure 1 R partition g ographique des laboratoires ayant r pondu l enqu te L gende nombre de laboratoires priv s 4 2 nombre de laboratoires publics e 2 oz La participation a t plus importante pour les laboratoires des Centres Hospitaliers CH e
16. coli 0157 H7 and its use for the rapid sensitive and specific detection of 0157 H7 and other enterohemorragic E coli Brevet International 1995 WO 95 34682 Karch H and Meyer T Evaluation of oligonucleotide probes for identification of Shigatoxin producing E coli JCM 1989 27 1180 6 Dylla BL Vetter EA Hughes JG Cockerill FR Evaluation of an immunoassay for direct detection of Escherichia coli O157 in stool specimens J Clin Microbiol 1995 Jan 33 1 222 4 Novicki TJ Daly JA Mottice SL Carroll KC Comparison of sorbitol MacConkey agar and a two step method which utilizes enzyme linked immunosorbent assay toxin testing and a chromogenic agar to detect and isolate enterohemorrhagic Escherichia coli J Clin Microbiol 2000 Feb 38 2 547 51 Hurd S Scheftel J Snider CJ Shin S Hatch J Thomas SM Gerber DE Smith G Burnite S Holtry RS Strockbine N Moore MR and the EIP FoodNet Working Group Clinical laboratory practices for the identification of Shiga toxin producing Escherichia coli in FoodNet Sites Available at http www cdc gov foodnet pub iceid 2004 SHurd3 htm Kehl SC Role of the laboratory in the diagnostic of enterohemorrhagic coli infections JCM 2002 40 8 2711 15 Le Magrex Debar E Vernet Garniar V Brasme L Roussel B Cadiot G and De Champs C Escherichia coli O157 faut il poursuivre sa recherche en bact riologie clinique Journ es Infectiologie Strasbourg 2004 Recommandations pour la pratique clinique sur les
17. e Biodiversit des bact ries pathog nes mergentes de l Institut Pasteur de Paris et le laboratoire de microbiologie de l h pital Robert Debr de Paris 4 En 1997 une enqu te r alis e aupr s des laboratoires hospitaliers de bact riologie pour faire un inventaire des diff rentes m thodes de recherche des STEC utilis es avait montr que la recherche des STEC en particulier sur g lose Mac Conkey Sorbitol tait peu pratiqu e en France du fait d une non prescription sp cifique par les m decins et de la difficult du diagnostic microbiologique 5 En effet il n existe pas actuellement en France de r f rentiel pour la recherche des STEC Seules des recommandations labor es par la section de microbiologie clinique de la Soci t Fran aise de Microbiologie d crivent la recherche syst matique d Escherichia coli ent ropathog nes EPEC chez l enfant de moins de deux ans sur milieu type EMB ou Drigalski et la recherche d E coli O157 lors de SHU sur g lose Mac Conkey au sorbitol 6 Afin d tudier nouveau la faisabilit d tendre la surveillance des infections STEC au del de celle des SHU en particulier en incluant la diarrh e sanglante et ou la diarrh e simple l Institut de veille sanitaire a r alis une nouvelle enqu te afin de conna tre l volution des activit s de diagnostic des Escherichia coli producteurs de shigatoxines r alis es dans les laboratoires d analyses biologiq
18. ine GRIMONT Centre National de R f rence des Escherichia coli et Shigella Unit Biodiversit des bact ries pathog nes mergentes Institut Pasteur 28 rue du Docteur Roux 75724 Paris Cedex 15 t l 01 45 68 87 39 fax 01 45 68 88 37 e mail fgrimont pasteur fr En cas de probl me ou questions contacter le laboratoire avant envoi du pr l vement ou consulter le site www pasteur fr sante clre cadrecnr ecolishig ecolishig index html Adresse lectronique du CNR colishig pasteur fr DIAGNOSTIC DES INFECTIONS A ESCHERICHIA COLI PRODUCTEURS DE SHIGATOXINES FICHE A JOINDRE AU PRELEVEMENT DE SELLES OU DE SERUMS PRELEVEMENT DE SELLES SERUMS sang coagul et centrifug non h molys Date du pr l vement Nom SS Date de naissance Sexe M FL Renseignements cliniques Diarrh e _ Diarrh e sanglante ou glairo sanglante _ Pr nom Syndrome h molytique et ur mique SHU Autre pr ciser Cachet du service PRELEVEMENTS A ENVOYER A 1 Pour les selles Patricia MARIANI Laboratoire associ au CNR des Escherichia coli et Shigella Service de Microbiologie H pital Robert Debr 48 Boulevard S rurier 75019 Paris Cedex 19 T l 01 40 03 23 40 Fax 01 40 03 20 20 e mail patricia mariani rdb ap hop paris fr 2 Pour les s rums Francine GRIMONT CNR des Escherichia coli et Shigella Unit Biodiversit des bact ries pathog
19. issaient pas le nombre d analyses r alis es Parmi les 97 laboratoires ayant donn une estimation du nombre de recherches r alis es la majorit 79 n avait trouv aucun chantillon positif en 2003 tableaux 6a et 6b Tableau 6a Estimation du nombre d analyses de E coli O157 r alis es en 2003 Nombre d analyses Nombre de laboratoires 0 97 46 1 9 26 12 10 19 10 5 20 49 12 6 50 99 7 3 100 499 16 8 500 999 3 1 gt 1000 2 1 Aucune r ponse 40 13 Total 213 100 Tableau 6b Estimation du nombre d chantillons positifs E coli 0157 en 2003 Nombre d chantillons positifs Nombre de laboratoires 0 77 66 1 9 17 15 10 19 2 2 gt 20 0 Aucune r ponse 20 19 Total 117 100 3 4 Indications de recherche de EPEC ou EHEC dont E coli 0157 Les indications les plus fr quemment cit es pour rechercher des EPEC ou des EHEC taient toute coproculture chez l enfant surtout pour la recherche des EPEC et la demande du 6 19 m decin prescripteur plus particuli rement pour la recherche des EHEC et de E coli 0157 tableau 7 Tableau 7 Indications pour la recherche des EPEC ou EHEC dont E coli 0157 Indication plusieurs r ponses possibles Nombre de laboratoires Nombre de laboratoires recherchant recherchant les EPEC ou EHEC E coli O157 Toute coproculture enfants et adultes 9 5 4 3 Toute coproculture d enfant 132
20. la et d un laboratoire associ au CNR qui peuvent apporter un appui technique et une expertise aupr s des laboratoires d analyses biologiques et m dicales qui en font la demande le d veloppement d un protocole de recherche des STEC demand par quelques 35 laboratoires 10 et labor par le CNR des E coli et Shigella et le laboratoire associ qui permettra aux microbiologistes qui le souhaitent de mettre en place la recherche de STEC dans leur laboratoire une information sur l existence d un diagnostic s rologique des infections STEC r alis actuellement uniquement au CNR et qui constitue une alternative int ressante tout particulier pour les infections E coli O157 dans les cas o les analyses microbiologiques recherche de STEC dans les selles n ont pas t r alis es ou taient n gatives 12 19 5 RECOMMANDATIONS PRECONISEES PAR LE CENTRE NATIONAL DE REFERENCE DES E COLI ET SHIGELLA ET DU LABORATOIRE ASSOCIE AU CNR Ces recommandations sont disponibles sur le site du CNR des E coli et Shigella http www pasteur fr sante clre cadrecnr ecolishig index html Les EHEC ou les STEC ont les m mes caract res biochimiques que la plupart des Escherichia coli Vexception d E coli O157 H7 qui pr sente la particularit le plus souvent de ne pas fermenter le sorbitol Les milieux de culture usuels pour Enterobact ries et les milieux chromog nes permettant de diff rencier les colonies uti
21. le patient que le praticien vous transmet et que vous enregistrez lors d une recherche de EHEC ou EPEC plusieurs r ponses possibles Informations d mographiques Oui toujours Oui parfois Non Age C L Sexe L L Lieu de r sidence C L L Histoire clinique Oui toujours Oui parfois Non Date du pr l vement C LI Diarrh e L L LI Colite h morragique O C L Syndrome h molytique et Ur mique L L E Purpura thrombotique thrombocytop nique L L O Date du d but des sympt mes O O E Hospitalisation C L L Autres informations Oui toujours Oui parfois Non Notion de cas group s O LI L Voyage l tranger C L L SECTION B Techniques de recherche des EHEC ou EPEC 7 Quel milieu utilisez vous pour la recherche des EHEC ou EPEC EHEC EPEC E coli 0157 8 R alisez vous des examens compl mentaires sur les isolements suspects pour confirmer 8 1 les EHEC ou EPEC C Oui C Non Si oui quelle s technique s utilisez vous Galerie d identification biochimique _ Oui laquelle C Non Sero agglutination de l antig ne O _ Oui quel s s rum s C Non nombre de s rums Sero agglutination de l antig ne H Oui quel s s rum s LC Non nombre de s rums Autres techniques sp cifier 8 2 E coli 0157 C Oui LC Non Si oui quelle s technique s utilisez vous Galerie d identification biochimique _ Oui laquelle C Non Sero aggluti
22. li 0157 outbreak associated with fresh unpasteurised goats cheese Epidemiol Infect 2005 published online 22 juillet 2005 CDSC Infection with Echerichia coli 0157 Communicable Disease Report 3 34 155 1993 CDSC Remember to test diarrhoeal stools for Escherichia coli 0157 Communicable Disease Report 6 50 433 1996 Verocytotoxin producing coli which specimens should be tested CDR Weekly 1995 4 ao t 5 31 147 Goglio A Farina C Tozzi A and Caprioloi A for the AMCLI VTEC infection study group A nationwide assessment of diagnostic facilities for Escherichia coli O157 infections in Italy WTEC 97 3rd International Symposium and workshop on Shigatoxin producing Escherichia coli infections June 22 26 1997 Baltimore Maryland USA Slutsker L Ries AA Greene KD Wells JG Hutwagner L and Griffin PM Escherichia coli O157 H7 diarrhea in the United States clinical and epidemiologic features Ann Intern Med 126 7 505 13 1997 Boyce TG Pemberton AG Wells JG and Griffin PM Screening for Escherichia coli O157 H7 a Nationwide Survey of Clinical Laboratories J Clin Microbiol 1995 33 3275 77 15 19 17 18 19 20 21 22 23 24 24 25 26 Gannon VP Rashed M King RK and Thomas EJG Detection and characterization of the eae gene of shigatoxin producing Escherichia coli using polymerase chain reaction JCM 1993 31 1268 74 Hall RH and XU J A new and distinctive DNA sequence of E
23. lisant le sorbitol peuvent donc tre utilis s dans l isolement d une souche de STEC partir d un pr l vement de selles Cependant la recherche de STEC implique en priorit la d tection des g nes de pathog nicit codant des shigatoxine gr ce une m thode PCR avec un syst me d amorces sp cifiques des g nes stx Le s rotypage l aide de s rums agglutinants n a qu un caract re indicatif et la mauvaise qualit des s rums reste un frein l utilisation de cette m thode 5 1 Conditions de recherche des EHEC ou STEC Les situations les plus prioritaires o la recherche de EHEC et de STEC doit tre envisag e sont les suivantes 25 26 diarrh e sanglante ou glairo sanglante chez l enfant ou chez l adulte avec recherches n gatives de Salmonella Shigella Yersinia et Campylobacter suspicion de syndrome h molytique et ur mique SHU ou de purpura thrombotique thrombocytop nique PTT surtout chez l enfant cas group s de diarrh e sanglante 5 2 Milieux de transport pour envoi des pr l vements selles ou souches Les souches peuvent tre conserv es et envoy es dans des milieux de conservation usuels Pour les pr l vements de selles les milieux de conservation conseill s sont le milieu T G V AER ou le milieu Portagerm Amies agar Tous les envois se font a temp rature ambiante dans un triple emballage comme recommand par la r glementation Les pr l vements de
24. n d chantillons avez vous recherch des EHEC EPEC Combien d chantillons taient positifs pour des EHEC EPEC Sur combien d chantillons avez vous recherch E coli 0157 Combien d chantillons taient positifs pour E coli 0157 OOL OOOO Indiquer s il s agit d un nombre exact estim ou si vous ne savez pas NSP 5 Dans quelles circonstances recherchez vous 5 1 des EHEC EPEC pour toutes les coprocultures Oui L Non Si non dans quelles circonstances p usieurs r ponses possibles a Pour toutes les coprocultures d enfants Si selles diarrh iques chez un enfant b Si pr sence de sang ou mucus dans les selles d enfant Si pr sence de sang ou mucus dans les selles d adulte Si Syndrome H molytique et Ur mique g Si mention de cas group s g Selon d autres crit res pr ciser OO 5 2 E coli 0157 pour toutes les coprocultures Oui _ Non Si non dans quelles circonstances p usieurs r ponses possibles a Pour toutes les coprocultures d enfants b Si selles diarrh iques chez un enfant b Si selles diarrh iques chez un adulte Si pr sence de sang ou mucus dans les selles d enfant Si pr sence de sang ou mucus dans les selles d adulte Si Syndrome H molytique et Ur mique Ala demande du m decin ou du clinicien g Si mention de cas group s g Selon d autres crit res pr ciser c d e f a 6 Quelles sont les informations concernant
25. nation de l antig ne O C Oui quel s rum LC Non Sero agglutination de l antig ne H C Oui quel s rum L Non Autres techniques sp cifier 9 R alisez vous des tests pour caract riser la virulence des EHEC EPEC CI Oui C Non Si oui pr ciser quels sont les facteurs recherch s toxines g nes codant pour les facteurs de virulence quelle est la m thode utilis e et si la recherche est effectu e directement sur selles sur colonies 10 Conservez vous les souches de EHEC ou EPEC isol es C Oui syst matiquement C Oui parfois pr ciser dans quelles circonstances LC Non 11 Transmettez vous les souches de EHEC ou EPEC un autre laboratoire pour un diagnostic de confirmation ou une caract risation de la virulence des souches L Oui toujours C Oui occasionnellement pr ciser dans quelles circonstances C Non si non allez la question n 12 Si oui quel laboratoire transmettez vous les souches L Centre National de R f rence CNR des E coli et Shigella Institut Pasteur Paris C Laboratoire associ au CNR des E coli et Shigella H pital Robert Debr Paris C Autre lequel 12 Transmettez vous des s rums pour le s rodiagnostic des infections EHEC ou STEC C Oui L Non Si oui quels laboratoires L Centre National de R f rence CNR des E coli et Shigella Institut Paste
26. oncern C Non si non vous n avez pas compl ter la suite du questionnaire Merci de retourner le questionnaire compl t dans l enveloppe pr affranchie ci jointe Merci pour votre collaboration 3 1 R alisez vous la recherche de E coli ent roh morragiques EHEC dont E coliO157 ou de E coli ent ropathog nes EPEC C Oui si oui allez la question n 4 C Non Si non appartenez vous un groupement et transf rez vous les pr l vements un laboratoire du groupement r alisant la recherche de EHEC ou EPEC C Oui si oui merci de transmettre le questionnaire au laboratoire concern C Non Si non pour quelles raisons ne r alisez vous pas cette recherche L M connaissance des techniques L Technique non disponible au laboratoire L Co t trop lev C Augmentation de la charge de travail L M connaissance de l importance des infections EHEC L Autres pr cisez Vous n avez pas compl ter la suite du questionnaire Merci de retourner le questionnaire compl t dans l enveloppe pr affranchie ci jointe Merci pour votre collaboration Les questions suivantes ne concernent que les laboratoires qui font la recherche de E coli ent roh morragiques EHEC ou de E coli enteropathog nes EPEC dans les selles 4 Recherche de EHEC dont E coli 0157 ou de EPEC en 2003 Nombre Exact Estim NSP Combien de coprocultures avez vous r alis en 2003 Sur combie
27. pitalisation 135 69 Autres informations Notion de cas group s 99 50 Voyage l tranger 133 66 le pourcentage est calcul par rapport au total des laboratoires r pondants pour chaque item 3 6 Techniques utilis es pour la recherche des EPEC ou des EHEC dont E coli 0157 3 6 1 Milieux de culture Quatre vingt deux pourcent des laboratoires r alisent la recherche des EPEC ou EHEC sur des milieux d isolement pour Ent robact ries alors que 56 des laboratoires utilisent des milieux semi s lectifs contenant du sorbitol ou un substrat de la Bglucuronidase pour la recherche de E coli O157 tableau 9 Tableau 9 Milieux utilis s pour la recherche des EPEC ou EHEC et pour la recherche de E coli O157 par les 215 laboratoires r pondants Type de milieux Nombre de laboratoires Nombre de laboratoires plusieurs r ponses possibles par laboratoire ee Ent les EPEC ou EHEC E coli 0157 Milieux d isolement toutes bact ries 10 5 4 2 Milieux d isolement pour Ent robact ries b 153 71 54 25 Milieux semi s lectifs 37 17 66 30 Aucune r ponse 28 13 98 46 G lose au sang columbia CLED gt BCP Drigalski Hektoen Bromocr sol pourpre EMB Kligler CPS ID2 CPS ID3 Mac Conkey Sorbitol SMID Chromagar 0157 Uriselect4 8 19 Parmi les laboratoires qui ont recherch E coli O157 en 2003 55 47 utilisent le milieu Mac Conkey Sorbitol ou quivalent Chromagar O15
28. re les raisons mentionn es par les laboratoires hospitaliers et les laboratoires priv s 50 des laboratoires priv s citent la m connaissance des techniques contre 14 pour les laboratoires hospitaliers Tableau 3 Raisons d absence de recherches des EPEC et des EHEC dans les 91 laboratoires ne r alisant pas en routine la recherche des EPEC ou EHEC Raisons plusieurs r ponses possibles Nombre de laboratoires Technique non disponible au laboratoire 42 46 M connaissances des techniques 31 34 M connaissance de l importance des infections a EHEC 26 29 Absence de prescription par le m decin 26 29 Co t trop lev mat riel p rissable 26 29 Demandes d analyses EHEC insuffisantes recherches n gatives 10 11 Augmentation de la charge de travail 5 5 Total 91 La proportion de laboratoires pratiquant la recherche des EPEC ou EHEC est plus lev e dans les laboratoires qui travaillent dans les centres hospitaliers et avec des services recevant la fois des enfants et des adultes tableau 4 4 19 Tableau 4 Recherche des EHEC selon le type d tablissement auquel est rattach le laboratoire et le type de services qui envoient des pr l vements Nombre total de Nombre de laboratoires recherchant laboratoires participants des EPEC ou des EHEC Type d tablissement Centres hospitaliers 192 120 63 tablissements priv s 159 95 60 Type de service P diatrie 10 5 50 P diatrie et ad
29. selles ou de souches sont envoyer au CNR des E coli et Shigella pour les adultes ou au laboratoire associ au CNR pour les enfants annexe 2 5 3 Isolement et identification des EHEC et STEC 5 3 1 Milieux d isolement e Milieux pour isolement des EHEC milieux usuels pour ent robact ries Drigalski BCP EMB etc ou milieux chromog nes CPS ID2 CPS ID3 Aftention ces milieux n ont pas d autorisation de mise sur le march pour une utilisation sur selles 13 19 e Milieux pour E coli 0157 H7 G lose SMAC CT Mac Conkey sorbitol c fixime tellurite de potassium ou G lose Mac Conkey sorbitol BCIG ou G lose Mac Conkey sorbitol 5 3 2 S ro agglutinations des souches de EHEC Plusieurs choix de s rums sont propos s e S rum agglutinant nonavalent avec 3 m langes de 3 s rums e S rums trivalents avec 4 m langes de 3 s rums Les m langes I et HI contiennent les s rums agglutinant les souches les plus fr quemment rencontr es parmi les EHEC en dehors du s rogroupe O157 e S rum pentavalent 026 091 0103 O111 0128 O145 Seroscreen Dryspot e S rums monovalents 12 s rums les s rums indispensables sont les s rums O26 O55 O111 m lange I Les s rums O114 0125 0126 et 0128 sont moins prioritaires 5 3 3 S ro agglutinations pour les souches de F coli 0157 e S rum immun anti E coli 0157 e E coli O157 test au latex e E coliO157 Dryspot 5 4 Caract risation de la
30. t des Centres Hospitaliers Universitaires CHU tableau 1 Tableau 1 Participation des laboratoires Type de laboratoires Nombre de laboratoires Total Participants Publics CHU CH 418 192 46 Priv s 509 165 32 Total 927 357 39 Les patients pour lesquels les laboratoires r alisent des analyses sont principalement issus de consultations de m decine de ville praticien g n raliste ou sp cialiste 209 354 59 ou de m decine hospitali re 199 353 56 3 19 3 2 Recherche des E coli ent roh morragiques dont E coli 0157 ou des E coli ent ropathog nes Parmi les 351 laboratoires qui ont r pondu et qui r alisent des coprocultures 215 61 pratiquent la recherche des EPEC ou des EHEC mais des niveaux tr s variables tableau 2 Tableau 2 Activit de recherche des EPEC et des EHEC Activit de recherche Nombre de laboratoires Recherche des EHEC ou EPEC dans le laboratoire 215 61 Aucune recherche mais transmission vers un autre laboratoire 34 10 Aucune recherche ni transmission vers un autre laboratoire 91 26 Aucune r ponse 11 3 Total 351 La non disponibilit et m connaissance des techniques le peu de connaissances sur l importance des infections EHEC et l absence de demande sp cifique des cliniciens taient les plus fr quemment cit es par les 91 laboratoires qui ne r alisent pas la recherche des EPEC ou EHEC tableau 3 Une diff rence est not e ent
31. ues et m dicales en France 1 19 2 METHODES Au vu des difficult s de recherche et d identification des STEC et du manque de connaissances sur ces pathog nes identifi s lors de l enqu te r alis e en 1997 5 le choix de cette nouvelle enqu te a port sur le recensement des activit s de diagnostic des Escherichia coli enteropathog nes EPEC et des Escherichia coli ent roh morragique EHEC dans les laboratoires d analyses biologiques et m dicales en France En effet les Escherichia coli responsables de sympt mes intestinaux sont class s en fonction des signes cliniques engendr s diarrh e diarrh e sanglante etc et des facteurs de pathog nicit exprim s eae stx etc les souches de STEC isol es chez des malades tant lors appel es EHEC 7 E coli d un m me s rogroupe tel que O26 O55 O157 peut appartenir diff rentes classes d E coli ent rovirulents 7 il est donc n cessaire de r aliser l identification compl te et la caract risation des facteurs de pathog nicit pour distinguer un EPEC ou EHEC d un STEC Une enqu te sur les m thodes de diagnostic des EPEC et EHEC permet donc de mieux appr hender les diff rentes activit s de diagnostic permettant d aboutir l identification compl te des STEC Cette enqu te a t r alis e aupr s de tous les laboratoires d analyses biologiques et m dicales hospitaliers 418 et d un chantillon de laboratoires d analyses
32. ultes 154 114 74 Adultes 172 89 52 Inconnu 15 7 47 Total 351 215 3 3 Nombre de recherche des EPEC ou des EHEC dont E coli 0157 en 2003 3 3 1 Recherche des EPEC ou EHEC Parmi les 215 laboratoires r alisant la recherche des EPEC ou des EHEC en 2003 124 58 ont indiqu le nombre d analyses r alis es dans leur laboratoire 16 7 n ont r alis aucune analyse et 75 35 ne connaissaient pas le nombre d analyses r alis es Parmi les 140 laboratoires ayant donn une estimation du nombre de recherches la majorit 54 avaient trouv entre 1 et 9 chantillons positifs en 2003 tableaux 5a et 5b Tableau 5a Estimation du nombre d analyses de EPEC ou EHEC r alis es en 2003 Nombre d analyses Nombre de laboratoires 0 16 7 1 9 8 4 10 19 21 10 20 49 23 11 50 99 15 7 100 499 43 20 500 999 12 6 gt 1000 2 1 Aucune r ponse 75 33 Total 215 100 5 19 Tableau 5b Estimation du nombre d chantillons positifs de EPEC ou EHEC en 2003 Nombre d chantillons positifs Nombre de laboratoires 0 37 19 1 9 75 38 10 19 16 8 20 49 15 8 gt 50 0 Aucune r ponse 58 29 Total 198 100 3 3 2 Recherche de E coli O157 Parmi les 213 laboratoires r alisant la recherche de E coli O157 en 2003 76 36 ont indiqu le nombre d analyses r alis es dans leur laboratoire 97 46 n ont r alis aucune analyse et 40 18 ne conna
33. une enqu te qui fait suite une enqu te d j r alis e en 1997 a t r alis e aupr s de 927 laboratoires d analyses biologiques et m dicales correspondant la totalit des 418 laboratoires hospitaliers et un chantillon de 509 laboratoires priv s s lectionn s al atoirement Cette enqu te qui consistait en l envoi chacun des laboratoires s lectionn s d un questionnaire standardis avait pour objectifs de r aliser un inventaire des diff rentes m thodes de recherches des coli enteropathog nes EPEC et E coli enteroh morragiques EHEC utilis es en routine d estimer le nombre de recherches r alis es en 2003 et le nombre de r sultats positifs et de connaitre les raisons pour lesquelles ces examens sont peu ou pas r alis s Parmi les 357 39 laboratoires ayant particip a l enqu te 192 laboratoires hospitaliers et 165 laboratoires priv s 215 60 ont r alis la recherche d EPEC ou d EHEC Une majorit d entre eux 66 r alisent ces examens la demande du clinicien ou syst matiquement pour toute coproculture et surtout en pr sence de diarrh e chez l enfant g de moins de 2 ans La recherche de E coli O157 est plus fr quemment r alis e lors de diarrh e sanglante chez l enfant ou lors de SHU 55 60 Cependant seulement 36 des laboratoires ont r pondu avoir recherch E coli O157 en 2003 Seize laboratoires tous hospitaliers caract risent la virulence des souches
34. ur Paris C Laboratoire associ au CNR des E coli et Shigella H pital Robert Debr Paris C Autre lequel Avez vous des commentaires Nous vous remercions pour votre collaboration et de bien vouloir retourner le questionnaire compl t dans l enveloppe pr affranchie ci jointe ANNEXE 2 DIAGNOSTIC DES INFECTIONS A ESCHERICHIA COLI PRODUCTEURS DE SHIGATOXINES PROTOCOLE MICROBIOLOGIQUE Recherche de Escherichia coli producteur de shigatoxines STEC 1 Pr l vement et transport d chantillons de selles Milieu de transport de pr f rence milieu T G V A E R BIORAD Le milieu de transport se pr sente sous forme d un dispositif compos de 2 compartiments l un contenant l couvillon mont en coton hydrophile avec tige de bois l autre contenant le milieu de transport g los tous deux rattach s une baguette centrale En cas d absence de selles effectuer un recueil par couvillonnage rectal et non anal et le placer dans le milieu de transport Mode d emploi lib rer l couvillon en enlevant le tube protecteur pr lever 1 2 grammes de selles avec l couvillon d bo ter la bague support du tube contenant le milieu de transport introduire l couvillon dans le milieu du transport g los boucher herm tiquement en immergeant le coton hydrophile dans le milieu par prudence scotcher le bouchon conserver entre 2 C et 20 C Noter pr cis
35. urs souches vers un autre laboratoire 60 61 les envoient au Centre National de R f rence CNR des E coli et Shigella Institut Pasteur Paris 10 10 les envoient au laboratoire associ au CNR H pital Robert Debr Paris et 29 29 r f rent vers un autre laboratoire Laboratoire M rieux 11 Laboratoire hospitalier le plus proche 9 Laboratoire CERBA 2 Institut Pasteur de Lille 2 Ecole Nationale V t rinaire de Lyon 1 Laboratoire priv 1 3 6 5 Transmission de s rums pour s rodiagnostic d infections a EHEC Parmi les 210 laboratoires qui ont r pondu 39 19 laboratoires 33 laboratoires hospitaliers et 6 laboratoires priv s transmettent des s rums pour confirmation d une infection EHEC Ces pr l vements sont envoy s au CNR des coli et Shigella 31 laboratoires au laboratoire associ au CNR 3 laboratoires ou d autres laboratoires dont le laboratoire M rieux 2 laboratoires 10 19 4 DISCUSSION Compte tenu du r le des infections E coli producteurs de shigatoxines STEC plus particuli rement du s rogroupe O157 dans la survenue de syndrome h molytique et ur mique chez l enfant 8 de la survenue r cente de cas group s d infections STEC en France 9 10 et de d veloppements r cents des techniques de diagnostic des STEC il tait n cessaire d tudier nouveau la faisabilit d tendre la surveillance des SHU celle d autres pathologies provoqu es
36. virulence des souches de STEC D tection des g nes stx codant les shigatoxines La d tection des g nes stx a une tr s grande importance pour caract riser les souches de STEC Cette m thode doit tre pr f r e si cela est possible la s ro agglutination m me si celle ci constitue un l ment important dans l identification des souches de STEC Le syst me PCR de Lin et al 1993 27 est conseill pour la d tection de tous les g nes de shigatoxines stx stx2 et variants 5 5 Caract risation mol culaire des souches de STEC En ce qui concerne la caract risation mol culaire des souches de STEC PCR des g nes de pathog nicit s x1 stx2 eae hlyA ribotypie lectrophor se en champ puls le CNR et le laboratoire associ au CNR r alisent ces analyses gratuitement titre d expertise 14 19 REFERENCES 1 10 11 2 13 14 15 16 Griffin PM Tauxe AV The epidemiology of infections caused by Escherichia coli O157 H7 other enterohemorragic E coli and the associated haemolytic uremic syndrome Epidemiol Rev 1991 13 60 98 Tarr PI Escherichia coli O157 H7 clinical diagnostic and epidemiological aspects of human infection Clin Infect Dis 1995 20 1 10 Decludt B Syndromes h molytiques et ur miques en France pid miologie et agents responsables avril 1995 mars 1996 R seau National de Sant Publique Saint Maurice France Juin 1997 83 pages Decludt B P Bouvet P
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