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HiSeq 2000 Benutzerhandbuch - Support

1. Durchf hren eines TruSeq v3 Laufs 66 Teile Nr 15011190 Rev V DEU Abbildung 28 Positionieren der Schl uche Abfallr hrchen der Flie zelle f r Reagenzienpositionen 1 bis 8 Schlauch der Kondensatpumpe nicht entfernen Schl uche der Paired End Vorf llpumpe nicht entfernen A B CG Platzieren Sie jeden Abfallschlauch in einem leeren 15 ml R hrchen 1 Abfallr hrchen pro 15 ml R hrchen Der Vorf llabfall wird gesammelt und nach dem Vorf llvorgang gemessen W hlen Sie Start Prime Vorf llvorgang starten Der Vorf llbildschirm wird ge ffnet und der Vorf llvorgang wird gestartet berwachen Sie den Status des Vorf llvorgangs auf dem Vorf llbildschirm Messen Sie nach Abschluss des Vorf llvorgangs den gesammelten Abfall und berpr fen Sie ob das Volumen in jedem R hrchen 1 75 ml bzw insgesamt 14 ml betr gt Das Gesamtvolumen wird wie folgt berechnet 250 ul f r jede SBS Position au er Position 2 250 x 7 1 75 ml 1 75 ml f r jede Lane 1 75 x 8 14 ml Halten Sie die Ergebnisse im Laborkontrollformular fest Bevor Sie fortfahren setzen Sie die Abfallschl uche wieder in den Abfallbeh lter ein W hlen Sie Next Weiter HiSeq 2000 System Benutzerhandbuch 67 USIZUSBESH uon u jnyo A pun USPpe Durchf hren eines TruSeq v3 Laufs Laden einer Flie zelle Zu den Schritten zum Einsetzen der Cluster Flie zelle geh ren das Entfernen der zum Vorf llen verwendeten Flie zelle das Reinigen de
2. um die Reagenzien vorzuf llen bevor Sie einen Lauf starten F hren Sie immer einen Vorf llvorgang aus bevor Sie eine neue Flie zelle laden 5 W hlen Sie Next Weiter berpr fungsbildschirm 1 berpr fen Sie auf dem berpr fungsbildschirm die Laufparameter 2 W hlen Sie Next Weiter um fortzufahren oder Back Zur ck um die Parameter zu ndern 5 3 Teile Nr 15011190 Rev V DEU Laden und Vorf llen von Reagenzien Nach der Eingabe der Laufparameter laden Sie die SBS und Indizierungsreagenzien f r den Lauf und f llen Sie anschlie end die Reagenzien durch das Fluidiksystem vor Die Software f hrt Sie in mehreren Voreinstellungsbildschirmen durch diese Schritte Von Illumina bereitgestellte Verbrauchsmaterialien Acht Trichterverschl sse Vom Benutzer bereitzustellende Verbrauchsmaterialien 250 ml Flasche Corning Katalognr 430776 Konische 15 ml R hrchen Corning Katalognr 430052 Wasser in Laborqualit t a HINWEIS Laden Sie zum Vorbereiten der Sp lung nach dem Sequenzierungslauf 25 ml PW1 oder Wasser in Laborqualit t in Position 2 Die Sp lung nach dem Lauf ersetzt nicht den Ger tewaschlauf nach dem Lauf Laden von SBS Reagenzien 1 Nehmen Sie den Verschluss von jeder Reagenzienflasche ab und setzen Sie einen Trichterverschluss auf a ACHTUNG Nach Kontakt mit der CMR Flasche m ssen Sie die Handschuhe entsorgen und neue Handschuhe anziehen 2 Halten Sie das Gewicht der einzelnen Reagen
3. Ausgabedateien 104 Base Calls 95 Clusterpositionen 95 Ausgabeordner Standardspeicherort 12 Ausschalten des Ger ts 91 B Base Call Dateien 95 104 Base Calling Qualit ts Score 102 Zyklus 12 102 BaseSpace Probenblatt 15 26 57 bcl2fastq Software 95 Begr ungsbildschirm 8 efehle 9 Men 12 Bericht zur ersten Base 44 74 Berichte Inkorporation der ersten Base 25 44 55 74 Bilder Miniaturbilder 24 54 106 Speichern von Bilderproben 24 54 ber chune 44 74 Bildschirm Flow Cell Setup Einrichtung der Flie zelle 54 Bildschirm Reagents Reagenzien 7 57 Bildschirm zur Einrichtung der Flie zelle 24 HiSeq 2000 System Benutzerhandbuch xapul Bildstreifen 24 54 C Chemische Schritte Uberwachung 44 74 Cluster nach Filterung 102 Clusterintensit ten 44 74 101 Clusterposition Dateien 95 104 Matrizenbildung 100 Crosstalk 101 D Datenkomprimierung 103 Dokumentation 18 129 DoNotEject Laufwerk 6 Doppelte Indizierun auf Paired End Flie zelle 25 56 Einstellungen im Rezepturbildschirm 25 56 E Echtzeitanalyse angehaltener Lauf automatisch fortsetzen 96 Ausgabedateien 95 104 Bei angehaltenem Lauf 118 Eingabedateien 95 Ergebnisse 104 Farbmatrixkorrektur 101 Laufkennzahlen 98 Phasierung 101 Protokolldateien Echtzeitanalyse 104 Q Score Gruppierung 103 Qualit ts Score 102 Echtzeitanalyse Software 8 Empirische Phasierung 101 125 Index 126 F Farbmatrixkor
4. CKLICH NOCH IMPLIZIT EINSCHLIESSLICH DER ABER NICHT BESCHR NKT AUF DIE IMPLIZITEN GARANTIEN DER MARKTG NGIGKEIT UND DER EIGNUNG F R EINEN BESTIMMTEN ZWECK IN KEINEM FALL SIND DIE URHEBERRECHTSINHABER ODER DEREN MITARBEITER F R IRGENDWELCHE DIREKTEN INDIREKTEN BEIL UFIG Teile Nr 15011190 Rev V DEU ENTSTANDENEN ODER SPEZIELLEN SCH DEN SCHADENERSATZFORDERUNGEN MIT STRAFZWECK ODER FOLGESCH DEN HAFTBAR DIES GILT INSBESONDERE F R DIE BESCHAFFUNG VON ERSATZG TERN ODER DIENSTLEISTUNGEN NUTZUNGSAUSFALL DATENVERLUST ENTGANGENE GEWINNE ODER GESCH FTSUNTERBRECHUNGEN GANZ GLEICH WIE DIESE VERURSACHT WURDEN UND WELCHER HAFTUNGSTHEORIE SIE UNTERLIEGEN SEI DIES VERTRAGS GEF HRDUNGS ODER DELIKTHAFTUNG EINSCHLIESSLICH FAHRL SSIGKEIT ODER SONSTIGES DIE AUF IRGENDEINE WEISE DURCH DIE BENUTZUNG DIESER SOFTWARE ENTSTEHEN SELBST WENN DIE M GLICHKEIT SOLCHER SCH DEN MITGETEILT WURDE Vor Nutzung dieses Produkts lesen Dieses Produkt seine Nutzung und Aufstellung unterliegen den folgenden Bestimmungen und Bedingungen Wenn der K ufer den Bestimmungen und Bedingungen nicht zustimmt erh lt er von Illumina nicht die Erlaubnis dieses Produkt zu verwenden und darf dieses Produkt dann nicht einsetzen 1 Definitionen Anwendungsspezifische IP sind Immaterialg terrechte von Illumina die sich nur hinsichtlich bestimmter Bereiche bzw bestimmter Anwendungen auf dieses Produkt und dessen Verwendung beziehen Anwendungsspezifisch
5. i5 Read Zyklen 7 83 1 Anzahl der Zyklen f r einfach indizierte Bibliotheken 2 Anzahl der Zyklen f r doppelt indizierte Bibliotheken Read 2 Zyklen lt 101 lt 101 lt 101 In der folgenden Tabelle sind die Arten von Sequenzierungsl ufen und die Anzahl der m glichen Zyklen f r jeden Read bei Verwendung der TruSeq v3 Chemie aufgef hrt Diese Informationen dienen bei der Einrichtung des Laufs als Referenz Gesamtzahl der Zyklen lt 101 lt 108 lt 109 lt 117 lt 202 lt 209 1 lt 210 lt 225 3 Der Index 2 Read eines doppelt indizierten Paired End Laufs umfasst 7 zus tzliche reine Chemiezyklen ohne Bildgebung e Teile Nr 15011190 Rev V DEU Eingeben von Laufparametern W hlen Sie im Begr ungsbildschirm Sequence New Run Sequenz Neuer Lauf Die Benutzeroberfl che der Steuerungssoftware f hrt Sie durch die Schritte der Laufkonfiguration Die Schritte f r die Laufkonfiguration sind in drei Registerkarten unterteilt Run Configuration Laufkonfiguration Pre Run Setup Vorlaufkonfiguration und Initiate Run Lauf initiieren Die Laufkonfigurationsbildschirme enthalten Dropdown Listen Kontrollk stchen oder Textfelder zur Angabe der Laufparameter Scannen Sie die Flie zellen oder Reagenzien Kit ID mit dem tragbaren Barcodescanner ein oder geben Sie die ID ber die Touchscreen Tastatur ein Das Tastatursymbol ki befindet sich rechts neben den Textfeldern W h
6. ts Score Data Intensities BaseCalls LOO X Die Dateien f r jede Platte werden pro Zyklus in den jeweiligen Ordnern gespeichert s_ Lane _ Platte bcl gz wobei Lane der Platzhalter f r die einstellige Nummer der Lane und Platte der Platzhalter f r die vierstellige Plattennummer ist Die Base Call Dateien werden mit dem gzip Tool komprimiert Die Clusterpositionsdateien f r die einzelnen Platten enthalten die X und Y Koordinaten jedes Clusters Clusterpositionsdateien werden bei der Matrizenbildung generiert Data Intensities Die Filterdatei gibt an ob ein Cluster die Filter passiert hat Filterdateien werden bei Zyklus 26 generiert und verwenden 25 Datenzyklen Data Intensities BaseCalls LO0 X Die Dateien werden pro Lane und Platte in einem entsprechenden Ordner gespeichert s_ Lane _ Platte filter Bin re Berichtsdateien die im Sequenzierungsanalyse Viewer verwendet werden InterOp Dateien werden w hrend des Laufs aktualisiert InterOp Ordner In den Dateien werden Ereignisse aufgezeichnet Die Protokolldateien werden w hrend des Laufs aktualisiert Data RTALogs Teile Nr 15011190 Rev V DEU Dateityp Offset Dateien Phasierungsdateien RTA Konfigurationsdatei Statistikdateien Laufinformationsdatei HiSeq 2000 System Benutzerhandbuch Dateibeschreibung Speicherort und Name F r jeden Lauf werden zwei Offset Dateien erstellt e offsets txt Enth lt Platten Offsets f r jeden
7. um mit dem Laden der Reagenzien fortzufahren HiSeq 2000 System Benutzerhandbuch 1 2 3 SINE saule u y291q194UN Fehlerbehebung Primer Rehybridisierung Ein Rehybridisierungslauf wiederholt den Sequenzierungs Primer Hybridisierungsschritt Wenn die Laufkennzahlen niedrige Clusterzahlen zeigen oder auf andere Probleme hindeuten f hren Sie eine Primer Rehybridisierung durch um die Flie zelle zu retten Die Primer Rehybridisierung besch digt nicht die Cluster auf der Flie zelle HiSeq v4 Flie zelle Alle Rehybridisierungsschritte werden auf dem HiSeq 2000 durchgef hrt Das Kit enth lt Primer f r Read 1 Index 1 Read Index 2 Read f r Single Read Flie zellen und Read 2 Name des Rehybridisierungskits Workflow Anweisungen HiSeq Multi Primer Rehyb Kit v4 HiSeq Primer Rehybridisierungshandbuch Teile Katalognr GD 403 4001 Nr 15050105 HiSeq v3 Flie zelle Die Primer Rehybridisierung f r Read 1 wird auf dem Clusterger t durchgef hrt Das Kit enth lt eine Clusterger t Reagenzienplatte mit dem Read 1 Sequenzierungs Primer HP6 Verwenden Sie f r Nextera Bibliotheken HP10 aus der TruSeq Dual Index Sequencing Primer Box Name des Rehybridisierungskits Workflow Anweisungen TruSeq v2 cBot Multi Primer Rehyb Kit Read 1 Primer Rehybridisierung auf dem cBot Katalognr GD 304 2001 Teile Nr 15018149 1 24 Teile Nr 15011190 Rev V DEU Index K locs Dateien 104 A Aktivit tsanzeigen 10 Anhalten eines Laufs 118
8. zelleB 115 Durchf hren einer Fluidikpr fung 116 BaseSpace ist nicht verf gbar een 117 Anhalten und Fortsetzen eines Laufs nn 118 Unterbrechen eines Laufs 2 122 Primer Rehybridisierung 124 DIS rennen a une leere 125 Technische Unterst tzung oooocccccccccccccccccccccnnnnnononoccncccccccccccccccnon ns 129 XIV Teile Nr 15011190 Rev V DEU berblick Einf hrung 2 HiSeq 2000 Komponenten ucccconceessnneennnennnnsnnnnnnnnnsenneennnneeeeeeennn 3 Staten des ST EE EE 6 HiSeq 2000 Softw re u edel 8 Verf gbarer Speicherplatz ccecceeoeeaeeeesnnenannnnennnsnnnnnnnnnnnnnnnnnennnennnnnenn 14 berblick ber das Probenblatt nn 15 Sequenzierungs Verbrauchsmateridlien ucoocceceeessneeeeeeeenneeeneeenn 16 Weitere Ressourcen ooo nc 18 gt ar A se F Eu d Ser E eg Leg ff rc _ m kg Tarro HiSeq 2000 System Benutzerhandbuch 1 aydey berblick Einf hrung Das HiSeg System kombiniert innovative Technik mit bew hrter SBS Technologie und setzt damit neue Standards in puncto Leistung Schlichtheit und Wirtschaftlichkeit Das HiSeq 2000 umfasst die folgenden Funktionen Bildgebung von zwei Oberfl chen Das HiSeq 2000 verwendet ein Epifluoreszenzsystem mit vier Kameras das ber eine moderne Scan Technologie zur Darstellung vo
9. zellenregler langsam in Position 1 Dadurch wird das Vakuum aktiviert und die Flie zelle wird in Position gehalten Wenn der Flie zellenregler gr n blinkt ist das Vakuum aktiviert Falls der Regler nicht gr n leuchtet lesen Sie M gliche Probleme bei der Laufkonfiguration auf Seite 113 Abbildung 20 Flie zellenregler in Position 1 4 Warten Sie 5 Sekunden und bewegen Sie dann den Flie zellenregler langsam in Position 2 Wenn der Flie zellenregler dauerhaft gr n leuchtet ist ein Vakuum entstanden und die Flie zelle ist einsatzbereit HiSeq 2000 System Benutzerhandbuch 41 9 9ZcJ91 4 4aula USpe7 Durchf hren eines HiSeq v4 Laufs 5 Abbildung 21 Flie zellenregler in Position 2 L 1 i Stellen Sie sicher dass das Kontrollk stchen Vacuum Engaged Vakuum aktiviert auf dem Bildschirm f r das Laden der Sequenzierungsflie zelle aktiviert ist Pr fen des Flusses Bei der berpr fung des Flusses wird auch festgestellt ob die Flie zelle und die Dichtungen ordnungsgem installiert sind und ein Vakuum entstanden ist 42 1 2 W hlen Sie L sung 5 aus der Dropdown Liste Geben Sie die folgenden Standardwerte ein Volume Volumen 250 Aspirate Rate Aspirationsrate 250 Dispense Rate Zufuhrrate 2000 W hlen Sie Pump Pumpe F hren Sie eine Sichtpr fung der Flie zelle auf Luftblasen die die Lanes passieren und Undichtigkeiten in der N he der Manifolds durch Wenn berm
10. Analyseberichten als PF dargestellt Cluster werden w hrend der Matrizenbildung in einem zuf lligen Array gebildet und platziert Cluster mit niedriger Qualit t werden w hrend der Matrizenbildung aus der Roh Cluster Anzahl entfernt wodurch sich ein relativ hoher Prozentsatz von Clustern nach Filterung ergibt Qualit tsbewertung Ein Qualit ts Score oder Q Score ist eine Prognose ber die Wahrscheinlichkeit eines fehlerhaften Base Calls Je h her der Q Score ist desto zuverl ssiger ist der Base Call und desto h her ist die Wahrscheinlichkeit dass dieser korrekt ist 1 02 Teile Nr 15011190 Rev V DEU Der Q Score ist eine kompakte M glichkeit kleine Fehlerwahrscheinlichkeiten zu kommunizieren Qualit ts Scores werden als Q X dargestellt wobei X der Score Wert ist Die folgende Tabelle zeigt die Beziehung zwischen dem Qualit ts Score und der Fehlerwahrscheinlichkeit s jeuey z y93 Q Score Q X Fehlerwahrscheinlichkeit Q40 0 0001 1 in 10 000 Q30 0 001 1 in 1 000 Q20 0 01 1 in 100 Q10 0 1 1 in 10 z HINWEIS e Die Qualit tsbewertung basiert auf einer ge nderten Version des Phred Algorithmus Weitere Informationen finden Sie unter en wikipedia org wiki Phred_quality_score Die Qualit tsbewertung berechnet f r jeden Base Call mehrere Fehlerwahrscheinlichkeiten und ermittelt anhand der Prognosewerte den Q Score aus einer Qualit tstabelle Qualit tstabellen werden erstellt um optimale Qualit tsprognos
11. Bereiten Sie alle Reagenzien vor bevor Sie den Lauf einrichten Laden Sie alle Reagenzien wenn Sie von der Steuerungssoftware dazu aufgefordert werden Wenn Sie die HiSeq v4 Chemie verwenden m ssen Sie w hrend des Laufs nicht zum Ger t zur ckkehren um Reagenzien zu laden Teile Nr 15011190 Rev V DEU HiSeq v4 Sequenzierungsworkflow Bereiten Sie die Reagenzien f r den Lauf vor Wiegen Sie die Reagenzien T m nach der Vorbereitung T Weitere Informationen zur Reagenzienvorbereitung finden Sie unter Schritte f r die Reagenzienvorbereitung auf Seite 20 Geben Sie mithilfe der Steuerungssoftware die Parameter f r den Lauf ein Wenn Sie dazu aufgefordert werden laden Sie alle Reagenzien f r den Lauf e Laden Sie die SBS Reagenzien f r Read 1 und Read 2 e F r indizierte L ufe Laden Sie die Indizierungsreagenzien e F r Paired End L ufe Laden Sie die Paired End Reagenzien berpr fen Sie mit einer gebrauchten Flie zelle im Ger t den ordnungsgem en Fluss F llen Sie die SBS Reagenzien vor und messen Sie den Vorf llabfall Setzen Sie die Cluster Flie zelle f r die Sequenzierung ein Pr fen Sie den ordnungsgem en Fluss Starten Sie den Sequenzierungslauf Optional Pr fen Sie nach Zyklus 1 den Bericht zur ersten Base und fahren Sie anschlie end mit Read 1 fort Der Lauf wird gem den Laufparametern fortgesetzt Wenn der Lauf abgeschlossen ist entladen und wiegen Sie die Reagenzien F hren
12. Der Standardspeicherort in dem L ufe der Flie zelle A gespeichert werden Dieser Speicherort kann f r jeden Lauf ge ndert werden Default Output Folder2 Standardausgabeordner2 Der Standardspeicherort in dem L ufe der Flie zelle B gespeichert werden Dieser Speicherort kann f r jeden Lauf ge ndert werden Default Temp Folderl Standard Temp Ordnerl Der Speicherort in den w hrend eines Laufs tempor re Dateien geschrieben werden Run Setup Folder Laufeinrichtungsordner Der Speicherort der LIMS Probeformulare LIMS Server LIMS Server Der Name des Servers f r Interaktionen mit dem unterst tzten Illumina LIMS LIMS User name LIMS Benutzername Der Benutzername der f r die Authentifizierung beim Illumina LIMS verwendet wird LIMS Password LIMS Kennwort Das Kennwort das f r die Authentifizierung beim Illumina LIMS verwendet wird Send instrument health information to Illumina to aid technical support Ger testatusinformationen an den technischen Support von Illumina senden Erlaubt dem Ger t Informationen f r jeden Lauf an BaseSpace zu senden Alle Informationen werden vertraulich behandelt Illumina empfiehlt diese Funktion zu aktivieren HiSeq 2000 System Benutzerhandbuch 1 3 SJeMyOS 0002 PSSIH berblick Verf gbarer Speicherplatz 14 Der HiSeq Ger tecomputer verf gt ber eine Speicherkapazit t von mehr als 2 7 TB pro Flie zelle Die Daten von Flie zelle A werden auf Laufwerk D und die Daten
13. Entfernen Sie die Flie zelle vom Flie zellentisch Wischen Sie die Oberfl che des Flie zellenhalters vorsichtig mit einem Alkoholtupfer oder einem fusselfreien mit Ethanol oder Isopropanol befeuchteten Tuch ab bis er sauber ist a ACHTUNG Es darf kein Alkohol in die Vakuum ffnungen oder auf die Umgebung der Manifolds gelangen Reinigen Sie den Tisch ggf mit einem fusselfreien Tuch Geben Sie 10 ml Wasser in Laborqualit t in jede Reagenzienposition in den Reagenzien Racks Senken Sie dann die Sipper in das Wasser ab Schalten Sie das Ger t aus Um das Ger t wieder zu starten geben Sie Wasser in alle Reagenzienpositionen schalten Sie das Ger t ein und f hren Sie einen Wasserwaschlauf durch Weitere Informationen finden Sie unter Durchf hren eines Wasserwaschlaufs auf Seite 88 HiSeq 2000 System Benutzerhandbuch O1 sje19H sep uayeyossny 92 Teile Nr 15011190 Rev V DEU Echtzeitanalyse Einf hrung 94 berblick ber die Echtzeitanalyse nn 95 berwachen der Laufkennzahlen n 98 Echtzeitanalyse Workflow 0000000000oeeeeenenenenenennenneeeneneenenneeeeneeeenn 100 Sequenzierung von Ausgabedateien ooooccccccccccccccccccnnnnccccccnnnnncccccnnnnnncccccnnns 104 Ordnerstruktur der Ausgabedaten l a 000000000000000 0000000000000 aada aadd oaaao raana 107 Plattennummerierung ON 109 Olli le TEE 110 gt u Eeer vam Se nn un er ff ms
14. F hrung unten in der Kammer ausrichten Senken Sie die Sipper wie folgt in die Sequenzierungs Reagenzienflaschen ab a Ziehen Sie den Griff zu sich hin und dr cken Sie ihn nach unten b Inspizieren Sie die Sipper visuell um sicherzustellen dass sie beim Eintauchen in die Trichterverschl sse nicht verbogen werden c Schieben Sie den Sipper Griff in die Aussparung am unteren Ende der Schiene Aktivieren Sie das Kontrollk stchen PW1 25 ml loaded PW1 25 ml geladen Laden von Indizierungsreagenzien SO 1 2 Halten Sie das Gewicht der einzelnen Reagenzien im Laborkontrollformular fest Stellen Sie sicher dass der Paired End Rack nicht f r die benachbarte Flie zelle verwendet wird Zu den Schritten bei denen der Paired End Rack verwendet wird geh ren die Read 2 Resynthese sowie die Index Read V orbereitung von Index 1 17 und Index 2 i5 Teile Nr 15011190 Rev V DEU Heben Sie die Sipper f r den Paired End Reagenzien Rack wie folgt an a Ziehen Sie den Griff zu sich hin und schieben Sie ihn dann nach oben b Schieben Sie den Griff in die Aussparung am oberen Ende der Schiene Vergewissern Sie sich dass der Griff fest in der Aussparung sitzt Schieben Sie den Reagenzien Rack mithilfe des Rack Griffs aus der Reagenzienkammer Entfernen Sie die Verschl sse von den einzelnen Reagenzr hrchen und stellen Sie das R hrchen in die entsprechend nummerierte Position bzw in die Position mit der Farbe die der Farbe d
15. Flusses Bei der berpr fung des Flusses wird auch festgestellt ob die Flie zelle und die Dichtungen ordnungsgem installiert sind und ein Vakuum entstanden ist 1 W hlen Sie L sung 2 Wasser in Laborqualit t aus der Dropdown Liste HiSeq 2000 System Benutzerhandbuch 6 5 usizuabeay uon ua nop pun uape7 a ACHTUNG y Verwenden Sie Wasser zur Pr fung des Flusses nur bei einer gebrauchten Flie zelle Verwenden Sie niemals Wasser zur Pr fung des Flusses bei einer Cluster Flie zelle 2 berpr fen Sie die folgenden Standardwerte Volume Volumen 125 Aspirate Rate Aspirationsrate 250 Dispense Rate Zufuhrrate 2000 3 W hlen Sie Pump Pumpe 4 F hren Sie eine Sichtpr fung der Flie zelle auf Luftblasen die die Lanes passieren und Undichtigkeiten in der N he der Manifolds durch Wenn eine erh hte Anzahl an Luftblasen vorliegt berpr fen Sie die Dichtungen auf Behinderungen senken Sie die Aspirationsrate auf 100 und pumpen Sie weitere 125 ul Wasser in die Flie zelle Wenn die Probleme weiterhin bestehen entfernen Sie die Flie zelle wiederholen Sie die Reinigungsschritte und setzen Sie die Flie zelle erneut en Positionieren der Schl uche und Starten des Vorf llvorgangs 1 Entfernen Sie die 8 Abfallr hrchen der entsprechenden Flie zelle vom Abfallbeh lter Entfernen Sie nicht die 8 R hrchen der gegen berliegenden Flie zelle und die R hrchen der Kondensationspumpe oder der Paired End Vorf llpumpen
16. HiSeq v4 Laufs Bericht zur ersten Base Wenn Sie w hrend der Einrichtung des Laufs die Option Confirm First Base Erste Base best tigen aktiviert haben wird das Best tigungsdialogfeld f r die erste Base automatisch nach Abschluss des ersten Zyklus angezeigt Der Lauf wird an diesem Punkt angehalten 1 berpr fen Sie den Bericht zur ersten Base im Best tigungsdialogfeld 2 Wenn die Ergebnisse zufriedenstellend sind w hlen Sie Continue Fortfahren 44 Teile Nr 15011190 Rev V DEU Verfahren nach einem Lauf Wenn der Lauf abgeschlossen ist entladen und wiegen Sie die Reagenzien und f hren Sie anschlie end einen Ger tewaschlauf durch Weitere Informationen finden Sie unter Verfahren nach einem Lauf auf Seite 81 HiSeq 2000 System Benutzerhandbuch A 5 SINE sep ueyoemusan 46 Teile Nr 15011190 Rev V DEU Durchf hren eines TruSeq v3 Laufs Einf hrung 48 TruSeq v3 Sequenzierungsworkflow 50 Lauftypen f r die TruSeq v3 Chemie cccccncneeesseennneennnneennneeenneeeeen 52 Eingeben von Laufparameten uuoeeeeeeeenensennensnnnenennnnnennnnnnnnnnnnn nenne 53 Laden und Vorf llen von Reagenzien o oocccccccccccccccccccccccccccccccccccccncnnnnncnnnnnnnnnns 59 Laden einer Flie zelle 68 Me E A 74 Vorbereiten von Reagenzien f r Head 76 Laden von Reagenzien f r Read 72 77 ge eu A ai Fu Uu Mtra rra ral HiSeq 2000 System Benutzerhandbuch 47 elerdey Durchf hren ei
17. Illumina SeqMonitor SureMDA TruGenome TruSeq TruSight Understand Your Genome UYG VeraCode verifi VeriSeq die orangene Farbe und das Streaming Basen Design sind Marken von Illumina Inc und oder ihren Tochtergesellschaften in den USA und oder in anderen L ndern Alle anderen Namen Logos und Marken sind Eigentum der jeweiligen Eigent mer Diese Software enth lt die SeqAn Bibliothek die f r Illumina lizenziert wurde und unter folgender Lizenz verteilt wird Copyright 2010 Knut Reinert FU Berlin Alle Rechte vorbehalten Die Weitergabe und die Verwendung des Quellcodes und des Bin rformats ob mit oder ohne nderungen sind gestattet wenn die folgenden Bedingungen erf llt sind 1 Der weitergegebene Quellcode muss den obigen Urheberrechtsvermerk enthalten diese Liste der Bedingungen und den folgenden Haftungsausschluss 2 Das weitergegebene Bin rformat muss den obigen Urheberrechtsvermerk diese Liste der Bedingungen und den folgenden Haftungsausschluss in der Dokumentation und oder in weiteren Materialien enthalten die im Rahmen der Weitergabe bereitgestellt werden 3 Weder der Name der FU Berlin der Name Knut Reinert noch die Namen seiner Mitarbeiter d rfen als Bef rworter von Produkten oder zur Werbung f r Produkte verwendet werden die von dieser Software abgeleitet sind DIE SOFTWARE WIRD VON DEN URHEBERRECHTSINHABERN UND DEREN MITARBEITERN OHNE M NGELGEW HR GELIEFERT OHNE GARANTIEN JEDWEDER ART WEDER AUSDR
18. Intensit ten farbkorrigiert und die Phasierungs und Vorphasierungsdaten korrigiert wurden ist der Farbkanal mit der hellsten Intensit t der Base Call f r diesen Cluster in diesem Zyklus Das Base Calling beginnt auf einem HiSeq 2000 das die Echtzeitanalyse verwendet nach Zyklus 12 Echtzeitanalyse Beim Base Calling wird eine Base A C G oder T f r jeden Cluster einer bestimmten Platte eines bestimmten Zyklus festgelegt Base Calls werden in Base Call Dateien bcl gespeichert Base Call Dateien sind Bin rdateien mit 1 Byte pro Call und Qualit ts Score Jede Base Call Datei enth lt den Base Call und den entsprechenden Qualit ts Score Um einen Base Call durchzuf hren m ssen die Cluster zun chst den Reinheitsfilter passieren Cluster die den Filter nicht passieren oder nicht aufgerufen werden k nnen weil sie au erhalb des Bildes sind oder die Bildregistrierung fehlgeschlagen ist werden als No Calls beschriftet No Calls werden mit N dargestellt Cluster nach Filterung W hrend der ersten 25 Zyklen von Read 1 entfernt der Reinheitsfilter die am wenigsten zuverl ssigen Cluster aus den Analysenergebnissen Cluster passieren den Filter wenn nicht mehr als zwei Base Calls einen Reinheitswert unter 0 6 in den ersten 25 Zyklen aufweisen Die Reinheit ist das Verh ltnis der hellsten Basenintensit t dividiert durch die Summe der hellsten und der zweithellsten Basenintensit t Der Prozentsatz der Cluster nach Filterung wird in
19. Laden und Vorf llen von Reagenzien ooocccccccccccccccccccccccncnnnnnnnnnnnnnnnns 59 Laden einer Flie zelle o oooooocococccccccccccccccccccccccccccccncccccccnncnnnnnnos 68 berwachen des Laut 74 Vorbereiten von Reagenzien f r Read 72 76 Laden von Reagenzien f r Head 77 Kapitel 4 Vertabrennachemnenml auf 81 HiSeq 2000 System Benutzerhandbuch Einf hrung nee A es weisse 82 Entladen und Wiegen von Reagenzien 222222222eeeennenennnnnennnnnnn 83 Durchf hren eines Wartungswaschlaufs 84 Durchf hren eines Wasserwaschlaufs 220ccccceeseeeeeennnnnnn 88 Ger t in den Leerlauf versetzen 90 Ausschalten des Ger ts o oooccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccnnccncncncoo 91 Kapitel 5 Eehtzellanalysb ae 93 Einf hrung EE 94 berblick ber die Echtzeitanalyse 95 berwachen der Laufkennzahlen een 98 Echtzeitanalyse Workflow cccecceoeeeeeeennneneennennnnenennnnnnnnnennnnen 100 Sequenzierung von Ausgabedateien oocccccccccccccccccccccccccccccccccccccono 104 Ordnerstruktur der Ausgabedaten ooooccccccccccccccccccccococcococococcccococos 107 Plattennummerierung 109 Miniaturbilder 222 2 02 110 Kapitel 6 Fehlerbehebung oooocococcccccccocccccccccocccoccccccccccnccnnnononininos 111 Einf hrung EE 112 M gliche Probleme bei der Laufkonfiguration 2200000 113 Gestaffelte L ufe auf Flie zelle A und Flie
20. Racks Tabelle 9 Positionen der Paired End Reagenzien Position Reagenzien Beschreibung 10 RMR Resynthese Mischung 11 LMX2 Linearisierungs Mischung 2 12 BMX Blockierende Mischung 13 AMX2 Amplifikations Mischung 2 14 APM2 AMX2 Vormischung 15 AT2 100 Formamid 16 HP7 oder HP11 Read 2 Sequenzierungs Primer 18 HP3 Denaturierungsl sung 19 HT2 Waschpuffer HiSeq 2000 System Benutzerhandbuch Z pesy An uaizuabesy uo u peT Durchf hren eines TruSeq v3 Laufs HINWEIS F r doppelt indizierte Paired End L ufe m ssen Sie RMR mit den Indizierungsreagenzien laden bevor Sie den Lauf starten F r einfach indizierte und nicht indizierte L ufe wird RMR mit Paired End Reagenzien geladen Schieben Sie den Reagenzien Rack in die Reagenzienkammer indem Sie ihn an der erh hten F hrung unten in der Kammer ausrichten Senken Sie die Sipper wie folgt in die Paired End Reagenzr hrchen ab a Ziehen Sie den Griff zu sich hin und dr cken Sie ihn nach unten b Inspizieren Sie die Sipper visuell um sicherzustellen dass sie beim Eintauchen in die R hrchen nicht verbogen werden c Schieben Sie den Griff in die Aussparung am unteren Ende der Schiene Laden von ICB f r Read 2 78 Halten Sie das Gewicht der einzelnen Reagenzien im Laborkontrollformular fest Heben Sie die Sipper f r den Sequenzierungsreagenzien Rack wie folgt an a Ziehen Sie den Griff zu sich hin und schieben Sie ihn dann nach oben b Schieben Sie den Sipper Griff
21. Sie die Handschuhe entsorgen und neue Handschuhe anziehen 3 Halten Sie das Gewicht der einzelnen Reagenzien im Laborkontrollformular fest Ar HINWEIS Durch das Wiegen der Reagenzien vor und nach einem Sequenzierungslauf kann die tats chliche Reagenzienzugabe ermittelt werden 4 ffnen Sie die T r der Reagenzienkammer 5 Heben Sie die Sipper f r den Sequenzierungsreagenzien Rack wie folgt an 2 8 Teile Nr 15011190 Rev V DEU a Ziehen Sie den Griff zu sich hin und schieben Sie ihn dann nach oben b Schieben Sie den Sipper Griff in die Aussparung am oberen Ende der Schiene Vergewissern Sie sich dass der Sipper Griff fest in der Aussparung sitzt 6 Schieben Sie den Reagenzien Rack aus der Reagenzienkammer 7 Platzieren Sie die einzelnen Reagenzienflaschen in den nummerierten Positionen des Racks Stellen Sie sicher dass sich die konische Seite der Flasche in der Aussparung auf dem Boden des Racks befindet Tabelle 1 Reagenzienpositionen Position 1 CJ OD A U N Reagenzien IRM PW1 USM SBS Puffer 1 SB1 SBS Puffer 2 SB2 SBS Puffer 2 SB2 CRM SBS Puffer 3 SB3 Beschreibung Inkorporation Reagenz Master Mischung 25 ml PW1 oder Wasser in Laborqualit t Universelle Scan Mischung Puffer mit hoher Salzkonzentration Inkorporations Waschpuffer Inkorporations Waschpuffer Aufspaltungs Reagenzmischung Furchungs Puffer H Geben Sie 25 ml PW1 oder Wasser in Laborqualit t in die Flasche in Position 2 9 Sc
22. Sie einen Ger tewaschlauf durch HiSeq 2000 System Benutzerhandbuch 2 1 MO Mw4O0MmsBunJaizuanbas ya BaS H dp D D S Lauftypen f r die HiSeq v4 Chemie D In der folgenden Tabelle sind die Arten von Sequenzierungsl ufen und die Anzahl der Y m glichen Zyklen f r jeden Read bei Verwendung der HiSeq v4 Chemie aufgef hrt Diese gt Informationen dienen bei der Einrichtung des Laufs als Referenz o S Ud Lauftyp Read 1 Index 1 17 Index 2 15 Read 2 Gesamtzahl der ep Zyklen Read Zyklen Read Zyklen Zyklen Zyklen E Single Read lt 126 gt lt 126 dy nicht indiziert Single Read lt 126 6 oder 7 lt 1331 einfach indiziert 82 lt 1342 Single Read lt 126 8 8 lt 142 doppelt indiziert D Paired End lt 126 lt 126 lt 252 Bag nicht indiziert SCH Paired End lt 126 G lt 126 lt 2591 einfach indiziert 82 lt 260 2 O Paired End lt 126 8 7 83 lt 126 lt 275 5 doppelt indiziert O 1 Anzahl der Zyklen f r einfach indizierte Bibliotheken 2 Anzahl der Zyklen f r doppelt indizierte Bibliotheken 3 Der Index 2 Read eines doppelt indizierten Paired End Laufs umfasst 7 zus tzliche reine Chemiezyklen ohne Bildgebung 2 2 Teile Nr 15011190 Rev V DEU Eingeben von Laufparametern W hlen Sie im Begr ungsbildschirm Sequence New Run Sequenz Neuer Lauf Die Benutzeroberfl che der Steuerungssoftware f hrt Sie durch die Schritte der Laufkonfiguration Die Schritte f r die La
23. Teile Nr 15011190 Rev V DEU 10 Wenn Sie einen Single Read Lauf durchf hren senken Sie die Sipper wie folgt in die Paired End Reagenzr hrchen ab a Ziehen Sie den Griff zu sich hin und dr cken Sie ihn dann nach unten b Inspizieren Sie die Sipper visuell um sicherzustellen dass sie beim Eintauchen in die R hrchen nicht verbogen werden c Schieben Sie den Griff in die Aussparung am unteren Ende der Schiene W hlen Sie Next Weiter Laden von Paired End Reagenzien 1 2 5 Halten Sie das Gewicht der einzelnen Reagenzien im Laborkontrollformular fest Heben Sie die Sipper f r den Paired End Reagenzien Rack wie folgt an a Ziehen Sie den Griff zu sich hin und schieben Sie ihn dann nach oben b Schieben Sie den Griff in die Aussparung am oberen Ende der Schiene Vergewissern Sie sich dass der Griff fest in der Aussparung sitzt Schieben Sie den Reagenzien Rack mithilfe des Rack Griffs aus der Reagenzienkammer Entfernen Sie die Verschl sse von den einzelnen Reagenzr hrchen und stellen Sie das R hrchen in die entsprechend nummerierte Position bzw in die Position mit der Farbe die der Farbe des Etiketts entspricht Tabelle 4 Paired End Flie zellen Position Reagenzien Beschreibung 10 FRM Fast Resynthesis Mix Schnelle Resynthese Mischung 11 FLM2 Fast Linearization Mix 2 Schnelle Linearisierungs Mischung 2 13 AMS Fast Amplification Mix Schnelle Amplifikations Mischung 14 FPM Fast Amplification Pre
24. Wartungswaschlauf alle 10 Tage Bevor Sie mit dem Waschlauf beginnen ersetzen Sie auch dann die Dichtung mit 8 Anschl ssen im vorderen Manifold und die Dichtung mit 8 Anschl ssen im hinteren Manifold wenn der Bildschirm nicht erscheint Beim Wartungswaschlauf wird das System mit Tween 20 und ProClin 300 gesp lt Vom Benutzer bereitzustellende Verbrauchsmaterialien Ethanol Tupfer 8 Flaschen 250 ml Corning Katalognr 430776 10 R hrchen 15 ml Corning Katalognr 430052 Wasser in Laborqualit t Tween 20 Sigma Aldrich Katalognr P7949 ProClin 300 Sigma Aldrich Katalognr 48912 U Vorbereiten der Waschl sung 384 Bereiten Sie 5 Liter Waschl sung f r Wartungswaschl ufe auf einem Ger t vor Die L sung kann bis zu dreimal verwendet und bis zu 30 Tage bei Raumtemperatur aufbewahrt werden HINWEIS e Entsorgen Sie die Waschl sung gem den geltenden Sicherheitsvorschriften Ihrer Region 1 Bereiten Sie 250 ml 10 prozentiges Tween 20 vor indem Sie die folgenden Volumina kombinieren f gen Sie zuerst das Wasser hinzu Wasser in Laborqualit t 225 ml Tween 20 25 ml 2 Platzieren Sie einen R hrstab in einer leeren Ballonflasche mit einem Fassungsverm gen von mindestens sechs Litern Teile Nr 15011190 Rev V DEU Kombinieren Sie die folgenden Volumina in der Ballonflasche f gen Sie zuerst das Wasser hinzu Wasser in Laborqualit t 750 ml 10 Tween 20 250 ml ProClin 300 1 5 ml Diese Volumina ergeb
25. der Benutzeroberfl che Tools Werkzeuge Bietet Zugriff auf das Fenster Options Optionen und die Option Show Log Protokoll anzeigen Options Optionen Im Fenster Options Optionen k nnen Sie die Standardeinstellungen f r Ihren Lauf festlegen Siehe Fenster mit Mentioptionen auf Seite 12 Show Log File Protokolldatei anzeigen In dieser Datei werden alle Fehler festgehalten die in der Steuerungssoftware auftreten Die Datei ist normalerweise leer es sei denn es tritt ein Fehler auf Verwenden Sie diese Protokolldatei zu Fehlerbehebungszwecken Scanner Aktiviert den Befehl zum manuellen Initialisieren der Software About Info Bietet Informationen zur Ger te Hardware und den Software Versionen sowie Kontaktinformationen f r technische Unterst tzung Exit Beenden Schlie t die Benutzeroberfl che der Steuerungssoftware Fenster mit Men optionen Das Fenster mit Men optionen stellt Einstellungen bereit mit denen die Lauf ID V orlage die Standardspeicherorte der Ordner ein LIMS Server der Benutzername und das Kennwort festgelegt werden k nnen Au erdem enth lt es die M glichkeit anzugeben ob die Ger testatusinformationen an Illumina bermittelt werden sollen 1 2 Teile Nr 15011190 Rev V DEU Abbildung 9 Fenster mit Men optionen Run ID Template Lauf ID Vorlage Die Namenskonvention die zum Generieren von Laufordnernamen verwendet wird Default Output Folder Standardausgabeordner
26. fi wand S ch great HiSeq 2000 System Benutzerhandbuch 9 3 gleydey Echtzeitanalyse Einf hrung Die Echtzeitanalyse Software f hrt w hrend des Sequenzierungslaufs auf dem HiSeq 2000 eine Bildanalyse und ein Base Calling durch wodurch wertvolle Zeit bei der anschlie enden Datenanalyse eingespart werden kann 9 A Teile Nr 15011190 Rev VDEU berblick ber die Echtzeitanalyse Die Echtzeitanalyse wird auf dem Ger tecomputer ausgef hrt Sie f hrt das Base Calling durch und weist jedem Base Call einen Qualit ts Score zu Die Software pr ft den Status jeder Platte und ermittelt wann der n chste Verarbeitungsschritt f r die entsprechende Platte durchgef hrt werden kann Wenn ein Verarbeitungsschritt abgeschlossen ist generiert die Echtzeitanalyse eine Ausgabedatei f r diesen Schritt und startet dann den n chsten Schritt Die Software kann somit den Status der einzelnen Platten basierend auf den vorhandenen Dateien ermitteln Wenn die Echtzeitanalyse beendet wird werden die Laufdaten gespeichert sodass die Verarbeitung wieder aufgenommen werden kann Echtzeitanalyse Eingabedaten Die Echtzeitanalyse ben tigt die folgenden Eingabedateien Cluster Intensit tsdateien mit den Ergebnissen der Bildanalyse Runlnfo xml die von der Steuerungssoftware zu Beginn des Laufs automatisch generiert wird Die Echtzeitanalyse liest aus dieser Datei den Namen des Laufs die Anzahl der Zyklen und die Angabe ob ein Read indiziert
27. hrt das Base Calling durch und weist jeder Base f r jeden Zyklus einen Qualit ts Score zu Weitere Informationen hierzu finden Sie unter Echtzeitanalyse auf Seite 93 Sequenzierungsanalyse Viewer Software Der Sequenzierungsanalyse Viewer SAV liefert detaillierte Qualit tsstatistikwerte Benutzeroberfl che der HiSeq 2000 Control Software Der Begr ungsbildschirm ist in 2 Panels geteilt 1 Panel f r jede Flie zelle Sie k nnen ber die Benutzeroberfl che der Software einen Lauf f r Flie zelle A und einen Lauf f r Flie zelle B parallel einrichten Sie k nnen auch voneinander unabh ngige L ufe ber die Benutzeroberfl che der Software konfigurieren Im Begr ungsbildschirm stehen Befehle zum Starten eines Sequenzierungslaufs Waschen des Ger ts Durchf hren einer Systempr fung und Wechseln des Modus zur Verf gung Der aktuelle Modus wird im oberen Bereich des Bildschirms angezeigt Zu den Modi geh ren HiSeq v4 und TruSeq v3 Nach Abschluss eines Laufs werden Sie aufgefordert einen Waschlauf f r das Ger t durchzuf hren Nach dem Waschlauf zeigt die Software wieder den Begr ungsbildschirm an 3 Teile Nr 15011190 Rev V DEU Abbildung 4 Begr ungsbildschirm A Men schaltfl che des Begr ungsbildschirms B Benutzeroberfl chenbereich f r Flie zelle A C Benutzeroberfl chenbereich f r Flie zelle B D Aktivit tsanzeigen Befehle des Begr ungsbildschirms Zu den Befehlen des Begr ungsbildschirms g
28. ig viele Luftblasen vorhanden sind berpr fen Sie die Manifold Dichtungen auf Obstruktionen und wiederholen Sie den Vorgang mit L sung 6 um zu verhindern dass die L sung an Position 5 aufgebraucht wird Senken Sie die Aspirationsrate auf 100 und pumpen Sie weitere 250 ul in die Flie zelle W hlen Sie Next Weiter Stellen Sie sicher dass der Flie zellenregler gr n leuchtet und schlie en Sie dann die T r der Flie zellenkammer Achten Sie darauf dass die Kontrollk stchen Vacuum Engaged Vakuum aktiviert und Door Closed T r geschlossen aktiviert sind und w hlen Sie Next Weiter Teile Nr 15011190 Rev V DEU 7 W hlen Sie Start um den Sequenzierungslauf zu starten HiSeq 2000 System Benutzerhandbuch 43 3 19Zga loug USpe7 berwachen des Laufs Sie k nnen die Laufkennzahlen die Fluidik und die Bildgebung auf dem Lauf bersichtsbildschirm berwachen Abbildung 22 Lauf bersichtsbildschirm Cycle 1 of 101 Analysis pusin gt Y Pacs gt mon PP A Statusleiste Die Statusleiste gibt an wie viele Zyklen bereits abgeschlossen sind B Fluidikdiagramm Erweitern Sie den Fluidikabschnitt und berwachen Sie die chemischen Schritte C Laufkonfiguration berpr fen Sie die Parameter des aktuellen Laufs D Analysediagramm Das Analysediagramm gibt die Qualit tsbewertungen pro Zyklus an E Bilddiagramm Das Bilddiagramm gibt die Intensit ten pro Zyklus an Durchf hren eines
29. jeder Plattenspalte bzw in jedem Bildstreifen die in einem Miniaturbild zusammengefasst werden Save Tile Thumbnails Platten Miniaturbilder speichern Speichert die Miniaturbilder Platten Miniaturbilder stellen keine Auswahl von Platten in einem Bildstreifen dar sondern eine einzelne Platte W hlen Sie Next Weiter Bildschirm Flow Cell Setup Einrichtung der Flie zelle Im Bildschirm Flow Cell Setup Einrichtung der Flie zelle werden Informationen ber die Flie zelle aufgezeichnet die f r Ihren Lauf verwendet wird Alle Felder m ssen ausgef llt werden 24 Teile Nr 15011190 Rev V DEU 1 Scannen Sie den Flie zellenbarcode ein oder geben Sie die Flie zellen ID Barcodenummer der zu sequenzierenden Flie zelle ein Die Flie zellen ID wird verwendet um den Flie zellentyp und die Reagenzienkompatibilit t festzustellen 2 Vergewissern Sie sich dass der Flie zellentyp HiSeq Flow Cell v4 ist Der Flie zellentyp wird automatisch auf Basis der Flie zellen ID ausgew hlt 3 Geben Sie einen Namen f r den Versuch ein Der Name des Versuchs erscheint auf jedem Bildschirm um den gerade durchgef hrten Lauf zu identifizieren 4 Geben Sie den Benutzernamen ein 5 W hlen Sie Next Weiter Bildschirm Advanced Erweitert 1 Optional Aktivieren Sie das Kontrollk stchen Confirm First Base Erste Base best tigen Ein Bericht zur ersten Base wird f r jeden Lauf automatisch generiert Wenn Sie d
30. oberen rechten Ecke jedes Bildschirms befinden sich Statussymbole die Sie ber Anderungen der Bedingungen Fehler oder Warnungen w hrend der Laufkonfiguration oder des Laufs informieren SJeMyOS 0002 PSSIH Statussymbol Statusname Beschreibung Status OK Keine Anderung Das System funktioniert normal Information Nur zur Information Es ist keine Aktion erforderlich erfordern Achtung Informationen die m glicherweise Ihre Aufmerksamkeit Warnung Warnungen stoppen einen Lauf nicht erfordern jedoch m glicherweise eine Aktion bevor der Lauf fortgesetzt werden kann Fehler Fehler stoppen einen Lauf in der Regel und erfordern im Allgemeinen eine Aktion bevor der Lauf fortgesetzt werden kann Wenn eine Bedingungs nderung auftritt blinkt das entsprechende Symbol um Sie darauf aufmerksam zu machen Zum Beheben des Alarms w hlen Sie das Symbol aus um das Statusfenster zu ffnen Dort finden Sie eine allgemeine Beschreibung der Bedingung W hlen Sie Acknowledge Best tigen um die Meldung zu akzeptieren und Close Schlie en um das Dialogfeld zu schlie en HiSeq 2000 System Benutzerhandbuch 1 1 berblick Men des Begr ungsbildschirms Die Men schaltfl che des Begr ungsbildschirms die sich in der oberen linken Ecke des Begr ungsbildschirms befindet bietet folgende Optionen View Ansicht Bietet Optionen zum Anzeigen der Benutzeroberfl che im Vollbildmodus oder in einem Fenster sowie zum Minimieren
31. von Flie zelle B werden auf Laufwerk E geschrieben Am Ende jedes Bildgebungszyklus f r eine Lane pr ft die Software ob gen gend Festplattenspeicher auf den lokalen Laufwerken D und E verf gbar ist Die Software pr ft w hrend des Laufs nicht den Netzwerkspeicherort Wenn der verf gbare Speicherplatz den sicheren Grenzwert unterschreitet stoppt die Software den Lauf und versetzt die Flie zelle in einen sicheren Status Falls der Speicherplatz knapp wird geben Sie Speicherplatz frei damit der Lauf fortgef hrt werden kann Sobald wieder gen gend Speicherplatz verf gbar ist wird der Lauf automatisch fortgesetzt Teile Nr 15011190 Rev V DEU berblick ber das Probenblatt Das Probenblatt ist eine benutzergenerierte Datei im csv Format in der Informationen zum Sequenzierungslauf gespeichert werden Wenn der Lauf beginnt kopiert die Software das Probenblatt in den Laufordner wo es sp ter zu Analysezwecken verwendet wird Probenbl tter sind optional es sei denn Sie verwenden BaseSpace f r die Datenanalyse f hren einen Indizierungslauf durch oder beabsichtigen die Demultiplexierungsleistung mithilfe des Sequenzierungsanalyse Viewer zu berwachen Verwenden Sie den Illumina Experiment Manager IEM zum Erstellen eines Probenblatts bevor Sie den Lauf starten HiSeq 2000 System Benutzerhandbuch 1 5 18 qusqold sep A8AN 491191897 berblick Sequenzierungs Verbrauchsmaterialien Vom Benutzer bereitzustellend
32. zu einem bevorzugten Netzwerkordner zu navigieren Wenn der Lauf mit BaseSpace zwecks Speicherung und Analyse verbunden ist ist dieses Feld optional W hlen Sie Zip BCL files BCL Dateien verzippen um den erforderlichen Festplattenspeicherplatz zu reduzieren Wenn der Lauf mit BaseSpace verbunden ist ist die Option Zip BCL files BCL Dateien verzippen standardm ig aktiviert HINWEIS Die Option Bin Q Scores Q Scores gruppieren ist standardm ig aktiviert um den ben tigten Speicherplatz zu reduzieren Diese Option fasst Qualit tsbewertungen ber einen gr eren Bereich von Werten zusammen ohne die Genauigkeit oder die Leistung zu beeintr chtigen 3 W hlen Sie unter Save Auxiliary Files Zusatzdateien speichern aus den folgenden 4 Optionen aus Save All Thumbnails Alle Miniaturbilder speichern Speichert alle Miniaturbilder Ein Miniaturbild ist eine Auswahl von Bildern aus vielen Platten in jeder Plattenspalte bzw in jedem Bildstreifen die in einem Miniaturbild zusammengefasst werden Save Tile Thumbnails Platten Miniaturbilder speichern Speichert die Miniaturbilder Platten Miniaturbilder stellen keine Auswahl von Platten in einem Bildstreifen dar sondern eine einzelne Platte W hlen Sie Next Weiter Bildschirm Flow Cell Setup Einrichtung der Flie zelle Im Bildschirm Flow Cell Setup Einrichtung der Flie zelle werden Informationen ber die Flie zelle aufgezeichnet die f r d
33. 9 Belgien 0800 81102 Niederlande 0800 0223859 D nemark 80882346 Norwegen 800 16836 Deutschland 0800 180 8994 sterreich 0800 296575 Finnland 0800 918363 Schweden 020790181 Frankreich 0800 911850 Schweiz 0800 563118 Gro britannien 0800 917 0041 Spanien 900 812168 Irland 1 800 812949 Andere L nder 44 1799 534000 Materialsicherheitsdatenbl tter Sicherheitsdatenbl tter SDS Safety Data Sheets stehen auf der Illumina Website unter support illumina com sds html zur Verf gung Produktdokumentation Die Produktdokumentation steht auf der Illumina Website im PDF Format zum Herunterladen zur Verf gung Gehen Sie zu support illumina com w hlen Sie ein Produkt aus und klicken Sie anschlie end auf Documentation amp Literature HiSeq 2000 System Benutzerhandbuch 1 2 9 BUNZINISISIUN Syosiuyoa AAAAGAATGATAACAGTAACACACTTCTGTTAACCTTAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAATTGAGACTAAATATTAACGTACCATTAAGAGCTACC SATAACAGTAACACACTTCTGTIAACCTTAAGATTACTTGT TGATCCACTGATTCAACGTACCGTATCAAT TGAGACTAAATATTAACGTACCATTAAGAGCTACCGTCTTCTGTIAACCTTAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGT SNE Ee Ne EE E EE E AAAAGAATGATAACAGTAACACACTTCTGTTAACCTIAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAATTGAGACTAAATATTAACGTACCAT TAAGAGCTACC SATAACAGTAACACACTTCTGTTAACCTTAAGATTACTIGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAATTGAGACTAAATATTAACGTACCAT TAAGAGCTACCGTCTTCTGTTAACCTTAAGATTACTIGATCCACTGATTCAACG TGAGACT
34. AAATATTAACGTTGTTAACCTTAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAATTGAGACTAAATA TTAACGTACCATTAAGAGCT TCTGTTAACCTTAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTA ATCAATTGAGACTAAATAT TAACGTACTTAACCTIAAGATTACT TGATCCACTGATTCAACGITACCGTAACGAACGTCTICTGTTAACCTIAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAATTGAGACTAACGACGA 3ACTAAATATTAACGTACCATTAAGAGCTACAACCTTAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAAT TGAGACTAAATATTAACGTACCAT TAAGAGCTACCGTGCAACGACGAAAAGAATGATAACAGTAACACA GATAACAGTAACACACTTCTGTTAACCTTAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAATTGAGACTAAATATTAACGTACCATTAAGAGCTACCGTCTICTGTTAACCTTAAGATTACT TGATCCACTGATTCAACG ICCATTAAGAGCTACCGTGCAACTTAACCTIAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAAT TGAGACTAAATATTAACGTACCATTAAGAGCTACCGTGCAACGACGAACTICTGT TAACCTTAAGATTACTTGAT CTACCGTGCAACGAAAATAACCTIAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACTICTGTTAACCTIAAGATTACTIGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAATTGAGACTAAGCTACCGTGCAACGACGAAAAGAATGAT EE SATAACAGTAACACACTTCTGTTAACCTT nu TCAATTGAGACT N CGACGAAAAGAATGATAACAGTAACACACTTCOTGT I CCAT TAAGAGCTACCGTGCAACAGTAACACACTTCTGTTAACCTTAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAAT TGAGACTAAATATTAACGTACCATTAAGAGCTACCGTGCAACGACGAAAAGAATGATAA SATAACAGTAACACACTTCTGTTAACCTTAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAATTGAGACTAAATATTAACGTACCATTAAGAGCTACCGTCTTCTGTTAACCTTAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACG STACCGT ee A nr U IE IE ET atado ATCAATTG an TTAAGAGCTACCGTGCAACGACGAAAAGAATGATAACAGTAACACACTTICTGTTAACCTTA d e CGTTAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTAC
35. AATTGAGACTAAATATTAACGTACCAT TAAGAGCTACC GATRACASTAACACAO LO TOT TAACOT IRAGAN TAC TIG TTGAICCAC GAI EE Mere e EEN Ge E CGTATCAA AR GACT EE Eer CCGTCTICTGTT e GATTACTTGATCCACTI TEST ACCGTAACGA SAAAAGAATGATAACAGTAACACACTTCTGTTAACCTTAAGATTACT TGATCCACTGATTCAACGTACCGTAAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGGTACCGTAAGGAACGTATCAATTGAGAGTAAATATTAACGTACGATTAAGAGCTACC ne E AAA ER e E ET AAATATTAACGTACCATTAAGAGCTACCGTCTTCTGTTAACCTTAAGATTACTIGATCCACTGATTCAACC TTGAGACTAAATATTAACGTTGTT GH AAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTA BR Ee ITCAATTGAGACTAAATATTAACGTACCATTAAGAGCTTCTGTTAACCTTAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTA TATCAATTGAGA CTA TA AACGTACTIAACCTIAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGIACCGTAACGAA GEISTIG elle AAA CIRACGACG ACTA TA TAACOTACCAMAAGAGCIAO AACCTTAAGATTACTTGATCCACTGAT TCAACGTACCGTAACGAACGTATCAN TOA BEE EEE EEE ARE ACAGTAACAC EE A SE NENNE l ACTGATTCAACC ACCATTAAGAGCTACCGTGCAACTTAACCTTAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAAT TGAGA AGATTACTTGAI GCTACCGTGCAACGAAAATAACCTTAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACTTCTGTTAACCTIAAGATTACTIGATCCAC GAATGA GAAAAGAATGATAACAGIAACACACTTCTGTTAACCTIAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAAAGATTACTTGATO AAGAGCTACC GGATAACAGTAACACACTTCTGTTAACCTIAAGATTACT TGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAATTGAGACTA d CACACTTCTGT ACCATTAAGAGCTACCGTGCAACAGTAACACACTTCTGTTAACCTTAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAA GAATGATAA GGATAACAGTAACACACTTCTGTTAACCTIAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAATTGAGACTA ACTGATTCAACC GTAGCGTAAGGAACGTATCATTAAGATTACTTGATCCACTGATT
36. ACT TGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAATTGAGACTAAATATTAACGTACCAT TAAGAGCTACC 3ATAACAGTAACACACTTCTGTIAACCTTAAGATTA Ee ee ee ATTACTT a a ES ACTGATTCAACGTACCAAGATTACTIGATCCACTGAT TCAACGTACCGTAACGAACGTATCAATTGAGACTAAATATTAACGTACCAT TAAGAGCTACCGTCTICTGTTAACCTTAAGATTACT TGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGA S ARAREANTGATMIERGTMAEHCAGTICTGT IAACO FTAAGA TAC IGATOCAC GA TCAACCTACOGIAAAGA TAC EGATOCAC TOA ICAACGIACOGIAACOAAO AICA TGAGA PAMATAFTAACGTACCA TAAGAGUTAGO a Reh GTTAACCTTAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAA Dee ee SE ELSE A ENG a GATTACTTGATCCACTGATTCAACG TGAGACTAAATATTAACGTTGTTAACCTTAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAAT TGAGACTAAATA ER GCTICTGTTAACCTTAAGAT TACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTA ATCAATTGAGA DE AACGTACTTAACCTTAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACOGTAACGAACGTCTTCTGT TAACCTTAAGATT KEN EMEORCICATTCAACKT ACCGTAACGAACGTATCAAT TGAGACTAACGACGA SEET D D E ORGA EIMARTATTAAGGTACCATTARGARG TACGETOLIOTGTTAROCMANORNACTTORTELACTG NCRACO GATAACAGTAACACACTTCTGTTAACCTTAAGATTACT TGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAATTGAGACTAAATATTAACGTACCATTAAGAGCTA TTCTG CCTTAAGATTACT TGATCCACTGA ICCATTAAGAGCTACCGTGCAACTTAACCTIAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAATTGAGACTAAATATTAACGTACCATTAAGAGCTACCGTGCAACGACGAACTICTGTTAACCTTAAGATTACTTGAT SO TACOS GO RACORAAA RACE ITAAGAT TAG PTGAICCACTGATTEAACGTACTTGTOT NACO TIAAGATIAGTTGATCACTGATTCAACOTACC EE AAAAGAATGA e U AACCTIAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCG
37. Anschlag in Richtung des oberen und der rechten F hrungsstifte Teile Nr 15011190 Rev V DEU Abbildung 32 Flie zelle an oberem und rechten F hrungsstiften ausgerichtet A Oberer F hrungsstift B Rechte F hrungsstifte iy HINWEIS Nehmen Sie die Hand von der Flie zelle bevor Sie den Vakuumschalter bet tigen Dadurch wird verhindert dass im Laufe der Zeit eine Verschiebung der Ausrichtung auftritt 3 Bewegen Sie den Flie zellenregler langsam in Position 1 Dadurch wird das Vakuum aktiviert und die Flie zelle wird in Position gehalten Wenn der Flie zellenregler gr n blinkt ist das Vakuum aktiviert Falls der Regler nicht gr n leuchtet lesen Sie M gliche Probleme bei der Laufkonfiguration auf Seite 113 Abbildung 33 Flie zellenregler in Position 1 4 Warten Sie 5 Sekunden und bewegen Sie dann den Flie zellenregler langsam in Position 2 Wenn der Flie zellenregler dauerhaft gr n leuchtet ist ein Vakuum entstanden und die Flie zelle ist einsatzbereit HiSeq 2000 System Benutzerhandbuch 71 9 9ZcJ91 4 4aula USpe7 Durchf hren eines TruSeq v3 Laufs 5 Abbildung 34 Flie zellenregler in Position 2 L 1 i Stellen Sie sicher dass das Kontrollk stchen Vacuum Engaged Vakuum aktiviert auf dem Bildschirm f r das Laden der Sequenzierungsflie zelle aktiviert ist Pr fen des Flusses Bei der berpr fung des Flusses wird auch festgestellt ob die Flie zelle und die Dichtungen ordn
38. CAACGGTAGCGTAAGGAACGTATCAATTGAGAGTAAATATTAA TCTGTTAACCTT CTTGATCCACTGATTCAACGTTAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAATTGAGCTICTGTTAAC GAAAAGAATGATAACAGTAACACACTTCTGTTAACCTTAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAAAGATTACTTGATO NUR F R FORSCHUNGSZWECKE ILLUMINA EIGENTUMSRECHTLICH GESCH TZT Teile Nr 15011190 Rev V DEU November 2014 Anpassen einer kurzen Ende zu Ende Workflow Anleitung mit dem Custom Protocol Selector support illumina com custom protocol selector html Dieses Dokument und dessen Inhalt sind Eigentum von Illumina Inc und verbundenen Unternehmen Illumina und ausschlie lich f r den bestimmungsgem en Gebrauch durch den Kunden in Verbindung mit dem Gebrauch des hier beschriebenen Produkts der hier beschriebenen Produkte und f r keinen anderen Bestimmungszweck ausgelegt Dieses Dokument und dessen Inhalt d rfen ohne schriftliches Einverst ndnis von Illumina nicht verwendet und zu keinem anderen Zweck verteilt bzw anderweitig bermittelt offengelegt oder auf irgendeine Weise reproduziert werden Illumina bertr gt mit diesem Dokument keine Lizenzen unter seinem Patent Markenzeichen Urheberrecht oder b rgerlichem Recht bzw hnlichen Rechten an Drittparteien Die Software ist lizenziert unter den Bestimmungen und Bedingungen der Illumina Sequenzierungs Software Lizenzvereinbarung in einem separaten Dokument Wenn Sie nicht mit den darin festgelegten Bestimmungen und Bedingungen einverstanden sind lizen
39. CGTAACGAACGTATCAAT TGAGCTICTGTIAACCTTY A NEE TCAATTGAGACTAGCAACGACG a Gel Je al AAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGIAAAGATTACTT SE EI GTAAGGAACGTATCAATTGAGAGTAAATATTAACGTACGATTAAGAGGTACCG SATAA AQTRACACAC TTOTGTIAACCTTAAGAT TACTTGATCCACTGATICAACGTACCGTAACGAACGTATCAATTGAGACTAAATATTAAC JE TACCGTOTTCTGTTAACCT TAAGATTACTTGA STE ES E EE TCATTAAGAT TACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGGAACGTATCAAT TGAGAGTAAATATTAACGTACGCATTAAGAGCTACCGTGCAACGACGAAAAGAATGATAACAGTAACACACTTCTGTTAACCTT AAAAGAATGATAACAGTAACACACTICTGTTAACCTIAAGATTA CAT CCACTOA TORA TACOCIAAACATACTICAOCACTOMTERACOTACOOTAACCAACC ICAA TAGACTARATATIRACOTACCATTAAGAGCTACO ACCAT TAAGAGCTACCGTGCAACAGTAACACACTTCTGTTAACCTIAAGATTACT TGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAAT TGAGACTAAATATTAACGTACCAT TAAGAGCTACCG TGCAACGACGAAAAGAATGATAA GATAACAGTAACACACTTCTGTTAACCTIAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAATTGAGACTAAATATTAACGTACCAT TAAGAGCTACCGTCTICTGTTAACCTTAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACG TTGATCCACTGATTCAACGTIAAGATTACTIGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAATTGAGCTTCTGTTAACCTTAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAAT TGAGACTAGCAACGACG SE EE E A ee EE STACCGTAAGGAACGTATCATTAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGGTACCGTAAGGAACGTATCAATTGAGA U ACCGTGCAACGACGAAAAGAATGATAACAGTAACACACTICTGT TAACCTTA 3 TTGATCCACTGATTCAACGTTAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAATTGAGCTICTGTTAACCTTAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAAT TGAGACTAGCAACGACG AAAAGAATGATAACAGTAACACACTICTGTIAACCTIAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAAAGATT
40. CGTACCGTAACGAACGTATCAATTGAGACTAAATATTAACGTACCA ACA TE TICTOTIAAO CTTAAGATT EE SE EE EE EU CTTGATCCACTGATTCAACGTTAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAATTGAGCTICTGTTAACCTTAAGATTACTTGATCCACT SE E A A SAAAAGAATGATAACAGTAACACACTTICTGTTAACCTIAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAAAGATTACT TGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACG LE CCAT TAAGAGCTACC GATAACAGTAACACACTICTGTTAACCTIAAGATTACTTGATCCACTGATITCAACGTACCGTAACGAACGTATCAATTGAGACTAAATATTAACGTACCATITAAGAGCTACCGTCTICTGTIAACCTIAAGATT See EE E E SAAAAGAATGATAACAGTAAGACACTTCTGTTAACCTTAAGATT d ee ek ACCGTAAAGATTACT TGATCCACTGATTCAACGT e ll el ATTAACGT ee ACCATTAAGAGCTACCGTGCAACAGTAACACACTTCTGTT ACT AAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTAICAATTGAGACTAAA TACCATTAAGAGCTACCG TGCAACGACGAAAAGAATGAT GATAACAGTAACACACTTCTGTTAACCTIAAGATTACT TGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAATTGAGACT NARA IMCO TAO CATA CAOOTACCO TC TIO TOTIAAOCTAAGATTACTIGATGCACIGATTCAACO TEN NH REH ee ACCGTAACGAACGTATCAATTGAGCTTCTGTTAACCTTAAGA ur EH GATTCAACGT Ba ES E CAANG GACTAGCAACGACG TTGAI AAATATTAACGTACCATTAAGAGTC AACCTT TTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAATTGAGAC AACGTACCATTAAGAGCTACCGTGCAACGAAAAGAATGATAACAGT STACCRTAROCAALGTATCHTTARGATTACTTOAICCACTEATTCAAOGTACOGTAAOGAACGTATCAATTGRSACTAMATATAACHTACCATIAAGAGUTACEGTSOMCOR EE EE SI learn CGTTAAGATTACTTGATCCACTI A SANS IN CA TTGAGCTICTGTTAACCTTAAGATTACTT Til EEE WEN NT ANS SN SAAAAGAA AACAGTAACACACTTCTGTTAACCTTAAGATTACTTGATCCACTG AACGTACCGTAAAGATTACTTGATCCACTGATTCAAC CGTAACGAACGTATC
41. Cluster Flie zelle mit zwei Fingern an den R ndern fest Stellen Sie sicher dass die Einlass und Auslassanschl sse nach oben zeigen Reinigen Sie die beiden Seiten der Fliefzelle jeweils mit einer einzigen Wischbewegung Falten Sie den Alkoholtupfer nach jedem Wischen neu und wiederholen Sie den Vorgang bis die Flie zelle gereinigt ist Trocknen Sie die Flie zelle mit einem Reinigungstuch f r Objektive Sch tzen Sie die Flie zelle vor Staub bis Sie sie in das Ger t einsetzen Einsetzen der Sequenzierungsflie zelle 4 1 40 HINWEIS Ersetzen Sie die Manifold Dichtungen nicht Ersetzen Sie die Manifold Dichtungen nach Abschluss des Sequenzierungslaufs und vor dem Wartungswaschlauf Legen Sie die Flie zelle so auf den Flie zellenhalter dass die Einlass und Auslassanschl sse nach unten weisen und der Barcode sich auf der rechten Seite befindet Stellen Sie sicher dass der Pfeil am linken Rand der Flie zelle in Richtung Ger t zeigt Schieben Sie die Flie zelle vorsichtig bis zum Anschlag in Richtung des oberen und der rechten F hrungsstifte Teile Nr 15011190 Rev V DEU Abbildung 19 Flie zelle an oberem und rechten F hrungsstiften ausgerichtet A Oberer F hrungsstift B Rechte F hrungsstifte igy HINWEIS Nehmen Sie die Hand von der Flie zelle bevor Sie den Vakuumschalter bet tigen Dadurch wird verhindert dass im Laufe der Zeit eine Verschiebung der Ausrichtung auftritt 3 Bewegen Sie den Flie
42. Die zweite Ziffer steht f r den Bildstreifen 1 steht f r den ersten Bildstreifen 2 steht f r den zweiten Bildstreifen 3 steht f r den dritten Bildstreifen falls anwendbar HINWEIS Ein Bildstreifen ist eine Plattenreihe innerhalb einer Lane der Flie zelle Die letzten zwei Ziffern stehen f r die Platten 01 bis 16 Die Plattennummerierung beginnt bei 01 am Ausgabeende der Flie zelle bis 16 am Eingabeende Abbildung 38 Plattennummerierung Plattenname Oberfl che 1 2 07 gt Platte 1 oben 01 bis 16 2 unten l Bildstreifen 1 Erster 2 Zweiter 3 Dritter In diesem Beispiel handelt es sich um eine Platte aus der oberen Oberfl che der Flie zelle den zweiten Bildstreifen und die siebte Platte HiSeq 2000 System Benutzerhandbuch 1 O 9 BUNJsU19WILWUNUUSNEIA Echtzeitanalyse Miniaturbilder 110 Sie k nnen die Steuerungssoftware f r das Generieren von Miniaturbildern im jpg Format konfigurieren Miniaturbilder werden f r jeden Zyklus und jede Base generiert Die Steuerungssoftware sammelt Bilder aus 9 Abschnitten einer Platte Die 9 Bilder werden in einem Miniaturbild kombiniert und k nnen zur Fehlerbehebung bei einem Lauf verwendet werden Miniaturbilder eignen sich nicht f r die Bildanalyse k nnen aber f r die Fehlerbehebung verwendet werden Abbildung 39 Miniaturbild E E E Teile Nr 15011190 Rev V DEU Fehlerbehebung Einf hrung 112 M gliche Probleme bei der Laufkonfigura
43. E SINE 91 9 1J81595 1 2 Fehlerbehebung 116 Durchf hren einer Fluidikpr fung ber die Schaltfl che Check Pr fung im Begr ungsbildschirm k nnen Sie eine Fluidikpr fung durchf hren Verwenden Sie diese Option w hrend der Ger teinstallation und der Behebung von Fluidik Fehlern Setzen Sie eine gebrauchte Flie zelle in das Ger t ein Laden Sie 8 SBS Flaschen mit PW1 oder Wasser in Laborqualit t und laden Sie die Flaschen auf den entsprechenden Reagenzien Rack Laden Sie den Rack in das Ger t W hlen Sie im Begr ungsbildschirm die Option Check Pr fung W hlen Sie L sung 5 SB2 aus der Dropdown Liste Wenn Sie eine Fluidikpr fung mit einer gebrauchten Flie zelle durchf hren w hlen Sie L sung 2 wobei es sich um Wasser handelt Geben Sie die folgenden Standardwerte ein Volume Volumen 250 Aspirate Rate Aspirationsrate 250 Dispense Rate Zufuhrrate 2000 W hlen Sie Pump Pumpe Wenn Sie die Fluidikpr fung unterbrechen m ssen w hlen Sie Pause F hren Sie eine Sichtpr fung der Flie zelle auf Luftblasen die die Lanes passieren und Undichtigkeiten in der N he der Manifolds durch Wenn eine erh hte Anzahl an Luftblasen vorliegt berpr fen Sie die Manifold Dichtungen auf Behinderungen senken Sie die Aspirationsrate auf 100 und pumpen Sie weitere 250 ul Wasser in die Flie zelle Teile Nr 15011190 Rev V DEU BaseSpace ist nicht verf gbar Wenn BaseSpace nicht verf g
44. HAFTUNGSTHEORIE SIE UNTERLIEGEN SEI DIES VERTRAGS GEF HRDUNGS ODER DELIKTHAFTUNG EINSCHLIESSLICH FAHRL SSIGKEIT ODER SONSTIGES 6 ILLUMINAS GESAMTE UND KUMULATIVE HAFTUNG GEGEN BER DEM K UFER ODER EINEM DRITTEN DIE SICH AUS DIESEN BESTIMMUNGEN UND BEDINGUNGEN ERGIBT ODER IN VERBINDUNG MIT DIESEN STEHT EINSCHLIESSLICH JEDOCH NICHT BESCHR NKT AUF DIESES PRODUKT SOWIE DER NUTZUNG DESSELBEN UND DIE LEISTUNGEN VON ILLUMINA LAUT DIESEM VERTRAG SEI DIES VERTRAGS GEF HRDUNGS ODER DELIKTHAFTUNG EINSCHLIESSLICH FAHRL SSIGKEIT ODER SONSTIGES BERSCHREITET IN KEINEM FALL DEN BETRAG DER F R DIESES PRODUKT AN ILLUMINA GEZAHLT WURDE IV Teile Nr 15011190 Rev V DEU 7 Einschr nkungen der von Illumina gew hrten Garantien SOWEIT DIES GESETZLICH ZUL SSIG IST UND VORBEHALTLICH DER HIERIN AUSDR CKLICH GEW HRTEN PRODUKTGARANTIE GIBT ILLUMINA KEINERLEI AUSDR CKLICHE STILLSCHWEIGENDE ODER GESETZLICH VORGESCHRIEBENE GEW HRLEISTUNG IN BEZUG AUF DIESES PRODUKT UND SCHLIESST EINE HAFTUNG DIESBEZ GLICH EXPLIZIT AUS DIES GILT INSBESONDERE F R DIE STILLSCHWEIGENDE GEW HRLEISTUNG DER MARKTG NGIGKEIT EIGNUNG F R EINEN BESTIMMTEN ZWECK NICHTVERLETZUNG VON SCHUTZRECHTEN DRITTER UND DIE GEW HRLEISTUNG AUFGRUND DER LEISTUNG DES HANDELS ODER DER NUTZUNG OHNE EINSCHR NKUNG DER OBEN AUFGEF HRTEN BESTIMMUNGEN ERHEBT ILLUMINA KEINEN ANSPRUCH GIBT KEINE DARSTELLUNG ODER GARANTIE JEDWEDER ART HINSICHTLICH DER NUTZBARKEIT DIESES PRODUKTS F
45. PE Cluster Kit v3 Handbuch zur Reagenzienvorbereitung Teile Nr 15023336 In diesem Handbuch finden Sie auch Anweisungen f r das Vorbereiten von Sequenzierungsreagenzien die in der TruSeq Dual Index Sequencing Primer Box enthalten sind a HINWEIS F r eine optimale Leistung empfiehlt Illumina f r Read 2 frische ICB Inkorporations Mischung vorzubereiten Durchf hren eines TruSeq v3 Laufs 76 Teile Nr 15011190 Rev V DEU Laden von Reagenzien f r Read 2 Nach Abschluss von Read 1 und den Index Reads laden Sie die Paired End Reagenzien f r die Read 2 Resynthese und den frisch vorbereiteten ICB f r Read 2 Laden von Paired End Reagenzien 1 2 Halten Sie das Gewicht der einzelnen Reagenzien im Laborkontrollformular fest Stellen Sie sicher dass der Paired End Rack nicht f r die Read 2 Resynthese oder die Index Read V orbereitung von Index 1 17 bzw Index 2 i5 der gegen berliegenden Flie zelle verwendet wird Heben Sie die Sipper f r den Paired End Reagenzien Rack wie folgt an a Ziehen Sie den Griff zu sich hin und schieben Sie ihn dann nach oben b Schieben Sie den Griff in die Aussparung am oberen Ende der Schiene Vergewissern Sie sich dass der Griff fest in der Aussparung sitzt Schieben Sie den Reagenzien Rack mithilfe des Rack Griffs aus der Reagenzienkammer Entfernen Sie die Verschl sse von den einzelnen Reagenzr hrchen Stellen Sie jedes Reagenzr hrchen in die zugeordnete nummerierte Position des
46. Produkt steht f r das Produkt auf das sich dieses Dokument bezieht z B Hardware Verbrauchsmaterialien oder Software K ufer ist die Person oder juristische Person die dieses Produkt von Illumina oder einem autorisierten Illumina H ndler rechtm ig erworben hat Software ist unter dem Markennamen Illumina vertriebene Software z B Software mit der Hardware betrieben wird Datenanalysesoftware Die gesamte Software wird von Illumina lizenziert aber nicht verkauft Sie unterliegt m glicherweise weiteren in der Endbenutzer Lizenzvereinbarung der Software aufgef hrten Bedingungen Spezifikationen sind schriftliche Spezifikationen von Illumina f r dieses Produkt die zum Zeitpunkt der Produktauslieferung von Illumina wirksam waren 2 Rechte f r die Verwendung nur zu Forschungszwecken Vorbehaltlich dieser Bestimmungen und Bedingungen und sofern nicht anders schriftlich mit einem Mitarbeiter von Illumina vereinbart wird dem K ufer lediglich ein nicht exklusives nicht bertragbares pers nliches nicht als Unterlizenz weitergebbares Recht im Rahmen der Kern IP von Ilumina gew hrt die an dem Tag bestand als dieses Produkt von Illumina versandt wurde dieses Produkt in der Einrichtung des K ufers zu den internen Forschungszwecken Forschungsleistungen f r Dritte eingeschlossen des K ufers und ausschlie lich in bereinstimmung mit der Dokumentation dieses Produkts zu nutzen Speziell davon ausgenommen ist jegl
47. R DIE BEABSICHTIGTE VERWENDUNG DURCH DEN K UFER 8 Produktgarantie Alle Gew hrleistungen beziehen sich pers nlich auf den K ufer und d rfen nicht an Dritte bertragen oder diesen zugewiesen werden Dies gilt auch f r Partner bzw verbundene Unternehmen des K ufers Alle Gew hrleistungen sind einrichtungsspezifisch und werden nicht bertragen wenn das Produkt an einer anderen Einrichtung des K ufers eingesetzt wird es sei denn Illumina nimmt diesen Transfer selbst vor a Garantie f r Verbrauchsmaterialien Illumina gew hrleistet dass Verbrauchsmaterialien im Unterschied zu k uferspezifischen Verbrauchsmaterialien ihren Spezifikationen entsprechen und zwar bis zum sp teren der folgenden Daten i 3 Monate ab dem Versanddatum ii dem Ablaufdatum oder dem Ende der Haltbarkeitsdauer das von Illumina auf dieses Verbrauchsmaterial aufgedruckt wurde aber in keinem Fall l nger als 12 Monate ab dem Versanddatum Hinsichtlich der k uferspezifischen Verbrauchsmaterialien d h Verbrauchsmaterialien die nach den Spezifikationen oder Entw rfen des K ufers hergestellt oder Illumina vom K ufer oder im Namen des K ufers zur Verf gung gestellt wurden gew hrleistet Illumina nur dass die k uferspezifischen Verbrauchsmaterialien in bereinstimmung mit der standardm igen Herstellung und Qualit tskontrolle von Illumina hergestellt und getestet werden Illumina gibt keine Gew hrleistung daf r dass die k uferspezifischen Verbrauchsm
48. Sie den Griff in die Aussparung am unteren Ende der Schiene 9 Schlie en Sie die T r der Reagenzienkammer 10 W hlen Sie Next Weiter Vorf llen von Reagenzien Die Schritte zum Vorf llen der Reagenzien umfassen das Reinigen des Flie zellenhalters das Laden der Primer Flie zelle das Verifizieren des ordnungsgem en Flusses und abschlie end das Starten des Vorf llvorgangs Reinigen des Flie zellenhalters 1 ffnen Sie die T r der Flie zellenkammer a ACHTUNG y Es d rfen keine Fl ssigkeiten auf der T r der Flie zellenkammer oder dem Flie zellentisch abgestellt werden wenn die T r ge ffnet ist Versch ttete Fl ssigkeiten in diesem Bereich k nnen das Ger t besch digen 2 Stellen Sie sicher dass sich der Flie zellenregler in der AUS Position befindet Abbildung 23 Flie zellenregler in Position 0 62 Teile Nr 15011190 Rev V DEU 3 Ziehen Sie ein neues Paar ungepuderte Latexhandschuhe an 4 Wenn die Flie zelle aus einem vorherigen Lauf vorhanden ist entfernen Sie sie und legen Sie sie in ein R hrchen mit Lagerungspuffer oder Wasser in Laborqualit t damit sie nicht austrocknet Sie k nnen sie zur Pr fung des Flusses vor dem Einsetzen einer Cluster Flie zelle verwenden D Wischen Sie die Oberfl che des Flie zellenhalters vorsichtig mit einem Alkoholtupfer oder einem fusselfreien mit Ethanol oder Isopropanol befeuchteten Tuch ab bis er sauber ist a ACHTUNG Es darf kein Alkohol in die Vak
49. TAACGAACGTA TTGAGACTAAATATTAACGTACCATTAAGAGCTACC GATAACAGTAACACACTTCTGTTAACCTIAAGATTACTT ACACIA ICAACON ACCGTAACGAA ACTA TCAATTGAGACTAAATATTAACGT EE ACGA EE MER TAACAGTAACACACTTOTGTI ECATTAROAGOTROOSTSERRCAGTANCACRCL GIGTIMAGCTHAAGAMACT TGATGGAGYGATTCAA OTACOG TMACGAACGTATGAATTGA GAC TANAJATTAACOTAGCATTAAGASCTACC G TOCAACGAGGAAAAGAATGATAA GATAACAGTAACACACTTCTGTTAACCTTAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAATTGAGACTAAATATTAACGTACCATTAAGAGCTACCGTCTTCT AAGATT DOLSATSDESTEATIGIAES GTACCGT AACOMACOT ATCATTAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAATTGAGACTAAATATTAACGTACCATTAAGAGCTACCGTGCAACGA EE Sieht TAACAGTAACACACTTOTGTTAACCTT SITOATECASTERTTCRACGTTAAGAAGTTGATGCACTGATTCAAOGTAGGGIAACGAROGIATCAATTGAGETTCTGTAAGCTTRAGRLTACTTCATGCAGTGATTCRAGSTACEGTRACGANLETAT ee EE AAAAGAATGATAACAGTAACACACTTCTGTTAACCTTAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAATTGAGACTAAATATTAACGTACCATTAAGAGCTACC Ilumina San Diego Kalifornien 92122 USA 1 800 809 ILMN 4566 1 858 202 4566 au erhalb von Nordamerika techsupport illumina com www illumina com
50. Zyklus und Kanal im Vergleich zur Matrize e SubTileOffsets txt Enth lt die gemessene Verschiebung jedes Quadranten der einzelnen Bilder im Vergleich zum Referenzrahmen Data Intensities Offsets Enthalten f r jede Platte Informationen zur empirischen Phasierung Phasierungsdateien werden beim ersten Base Call Zyklus generiert und nach jedem Base Call Zyklus aktualisiert Data Intensities BaseCalls Phasing EmpiricalPhasing_ Lane _ Read _ Platte txt Platte ist der Platzhalter f r die vierstellige Zahl die die Oberfl che die Bildstreifen und die Platte angibt Die RTA Konfigurationsdatei wird zu Beginn des Laufs generiert Sie enth lt die Einstellungen f r den Lauf Datal Intensities RTAConfiguration xml Enthalten Statistikwerte die beim Base Calling f r jeden Zyklus generiert wurden Data Intensities Basecalls L00 X C X 1 F r jede Lane wird ein Ordner und f r jeden Zyklus ein entsprechender Unterordner angelegt Enth lt den Namen des Laufs die Anzahl der Zyklen in jedem Read die Angabe ob der Read indiziert ist sowie die Anzahl der Bildstreifen und Platten auf der Flie zelle Die Laufinformationsdatei wird am Anfang des Laufs generiert Stammordner Runlnfo xml 105 usisjepagebsny uoan Bunterzuanbas Echtzeitanalyse 106 Dateityp Miniaturbilddateien Dateibeschreibung Speicherort und Name W hrend der Bildgebung wird bei jedem Zyklus ein Miniaturbild f r jeden Kanal und
51. agenzien finden Sie im entsprechenden Handbuch TruSeq SBS Kit v3 Handbuch zur Reagenzienvorbereitung 200 Zyklen Teile Nr 15023333 A 8 Teile Nr 15011190 Rev V DEU TruSeq SBS Kit v3 Handbuch zur Reagenzienvorbereitung 50 Zyklen Teile Nr 15023334 Anweisungen f r die Vorbereitung der Indizierungs und Paired End Reagenzien finden Sie im entsprechenden Handbuch TruSeq PE Cluster Kit v3 Handbuch zur Reagenzienvorbereitung Teile Nr 15023336 TruSeq SR Cluster Kit v3 Handbuch zur Reagenzienvorbereitung Teile Nr 15023335 In diesen Handb chern finden Sie auch Anweisungen f r das Vorbereiten der Sequenzierungs Primer die in der TruSeq Dual Index Sequencing Primer Box enthalten sind HiSeq 2000 System Benutzerhandbuch A 9 Bunaynyu1g TruSeq v3 Sequenzierungsworkflow Bereiten Sie SBS Reagenzien f r Read 1 und Indizierungsreagenzien vor T Ber Wiegen Sie die Reagenzien nach der Vorbereitung 3 1 Weitere Informationen zur Reagenzienvorbereitung finden Sie unter Schritte fiir die Reagenzienvorbereitung auf Seite 48 Geben Sie mithilfe der Steuerungssoftware die Parameter f r den Lauf ein Wenn Sie dazu aufgefordert werden laden Sie alle SBS Reagenzien f r Read 1 Laden Sie die SBS Reagenzien f r Read 2 au er ICB Laden Sie die Indizierungsreagenzien berpr fen Sie mit einer gebrauchten Flie zelle im Ger t den ordnungsgem en Fluss F llen Sie die SBS Reagenzien vor und messen Sie den Vorf
52. aterialien wie vom K ufer beabsichtigt bzw f r die vom K ufer beabsichtigte Nutzung funktionieren b Hardware Garantie Illumina gew hrleistet dass die Hardware im Unterschied zu aktualisierten Komponenten ab dem Versanddatum 12 Monate lang den Spezifikationen entspricht es sei denn die Hardware enth lt eine von Illumina bereitgestellte Installation In letzterem Fall beginnt der Gew hrleistungszeitraum ab dem Datum der Installation oder 30 Tage nach dem Lieferdatum je nachdem was zuerst eintritt Basis Hardware Garantie Aktualisierte Komponenten sind von Illumina bereitgestellte Komponenten Modifikationen oder Verbesserungen an der Hardware die zuvor vom K ufer erworben wurde Illumina gew hrleistet dass aktualisierte Komponenten f r den Zeitraum von 90 Tagen ab dem Datum an dem die aktualisierten Komponenten installiert wurden ihren Spezifikationen entsprechen Aktualisierte Komponenten verl ngern nicht die Garantie f r die Hardware es sei denn die Aktualisierung wurde von Illumina in einer Einrichtung von Illumina vorgenommen In diesem Fall kommt die an den K ufer versandte aktualisierte Hardware mit einer Basis Hard ware Garantie c Gew hrleistungsausschliisse Die vorstehenden Garantien gelten nicht soweit eine Nichtkonformit t bedingt wird durch i Missbrauch falschen Gebrauch Fahrl ssigkeit Unfall unsachgem e Speicherung oder Verwendung die nicht im Einklang mit der Dokumentation oder den Spezifikat
53. bar ist ffnen Sie die Windows Dienste und stellen Sie sicher dass der BaseSpace Broker gestartet wurde Ist dies nicht der Fall starten Sie den Dienst Wenn Dienste laufen BaseSpace aber dennoch nicht verf gbar ist wenden Sie sich an den technischen Support von Illumina Jeq nyuen Jys u el 99edsaseg HiSeq 2000 System Benutzerhandbuch 1 1 d Stopp Option Fehlerbehebung Normal Stop End of Lane Chemistry Regul rer Stoppvorgang Lane Chemie Ende Normal Stop End of Cycle Regul rer Stoppvorgang Zyklusende Echtzeitanalyse Option Keep As Is Ohne nderungen fortfahren Complete For Run F r aktuellen Lauf beenden Complete For Read F r Read beenden Keep As Is Ohne nderungen fortfahren Complete For Run F r aktuellen Lauf beenden Complete For Read F r Read beenden Immediate Stop Sofortiger Keine Option Stopp Anhalten und Fortsetzen eines Laufs Es kann erforderlich sein einen Lauf anzuhalten wenn er falsch konfiguriert wurde die Datenqualit t schlecht ist oder ein Hardwarefehler auftritt Um einen angehaltenen Lauf fortzusetzen m ssen Sie die entsprechenden normalen Stopp Optionen ausw hlen die das Fortsetzen des Laufs zulassen Fortsetzen m glich Ja Der Lauf wird mit dem n chsten Chemie oder Bildgebungsbefehl fortgesetzt Nein Der Lauf kann nicht fortgesetzt werden Ja Der Lauf wird am Anfang des n chsten Reads fortgesetzt Ja Der Lauf wi
54. beginnt nachdem im Zyklus 12 die Farbmatrix gesch tzt wurde Phasierungssch tzungen Nach Zyklus 25 Die Phasierungskorrekturen f r die ersten 25 Zyklen bestimmen die Phasierungssch tzung Qualit ts Scores Nach Zyklus 25 Qualit tsbewertungen werden f r Reads ausgegeben die den Qualit tsfilter passiert haben Da Qualit ts Scores korrigierte Intensit ten von k nftigen Zyklen ben tigen wird die Qualit tsbewertung immer nach dem Base Calling durchgef hrt Fehlerraten Nach Zyklus 25 Fehlerraten werden nur dann generiert wenn PhiX Cluster vorhanden sind und w hrend der Laufkonfiguration die Option Align to PhiX An PhiX ausrichten ausgew hlt wurde In Line Kontrollen In Zyklus 52 jedes Reads bzw am Ende des Laufs bei L ufen mit weniger als 52 Zyklen In Line Kontrollen werden nur f r TruSeq Bibliotheksvorbereitungsmethoden generiert Indexzahl Nach Abschluss der Index Reads Die Indexzahl pro Lane wird nur gemeldet wenn ein Probenblatt bereitgestellt wurde 98 Teile Nr 15011190 Rev V DEU Sequenzierungsanalyse Viewer v1 8 44 und h her enth lt die Registerkarte TruSeq Controls nicht mehr auf der SAV die Ergebnisse der Analyse der In Line Kontrollen meldet Sequenzierungsanalyse Viewer Die Sequenzierungsanalyse Viewer Software zeigt die Sequenzierungskennzahlen die w hrend des Sequenzierungslaufs generiert werden Die Kennzahlen werden in Form von Schaubildern Diagrammen und Tabellen darg
55. chreibung der nderung Nur in Englisch verf gbar NaOH Wartungswaschlauf wurde durch Tween 20 und ProClin 300 Wartungswaschlauf ersetzt Dies umfasst Informationen ber das Vorbereiten Lagern und Entsorgen der Wartungswaschlaufl sung Die Beschreibungen des Wartungswaschlaufs und des Wasserwaschlaufs wurden aktualisiert um anzugeben dass nach einem Lauf ein Wasserwaschlauf erforderlich ist Beschreibungen des Workflows der Eingabe und Ausgabedateien der Fehlerbehandlung und der Qualit tsbewertung wurden zum Kapitel Echtzeitanalyse hinzugef gt VWR Katalognummer f r Alkoholt cher in 95041 714 ge ndert URL f r Sicherheitsdatenbl tter SDS Safety Data Sheets in support illumina com sds html ge ndert Software Beschreibungen wurden auf HCS v2 2 aktualisiert Dies umfasst den HiSeq v4 Hochleistungs Modus das Entfernen der Kontroll Lane Option die Standard Gruppierung von Q Scores und die Option f r die Verwendung verschiedener Indizierungs Schemas in jeder Lane HiSeq v4 Workflow f r die HiSeq v4 Chemie hinzugef gt Berechnung f r SBS Vorf llgesamtvolumen hinzugef gt Anweisungen zur Reagenzienvorbereitung entfernt Anweisungen zur Reagenzienvorbereitung und Informationen ber die verschiedenen Sequenzierungs Primer finden Sie in der Dokumentation zu dem entsprechenden Kit Folgende Reagenzien wurden ersetzt e RMX durch RMR Nur in Englisch verf gbar Fehlerkorrektur die Info 2500 wurde aus den Absc
56. den Sippergriff ausw rts b Heben Sie den Sippergriff an und ziehen Sie ihn gleichzeitig ausw rts Schieben Sie den Sipper Griff in die Aussparung am oberen Ende der Schiene Vergewissern Sie sich dass der Sipper Griff fest in der Aussparung sitzt 3 Schieben Sie den Reagenzien Rack mithilfe des Rack Griffs aus der Reagenzienkammer 4 Nehmen Sie die Flaschen aus dem Reagenzien Rack und dokumentieren Sie das Gewicht auf dem Laborkontrollformular Sie k nnen ein interaktives Laborkontrollformular von der HiSeq 2000 Supportseite der Illumina Website herunterladen KM WARNUNG y Die Reagenzien enthalten Formamid ein aliphatisches Amid das in Verdacht steht ein fortpflanzungsgef hrdendes Toxin zu sein Es kann daher durch Inhalation orale Aufnahme Kontakt mit der Haut oder Kontakt mit den Augen zu einer Verletzung von Personen kommen Beh lter und nicht verwendeter Inhalt m ssen gem den geltenden Sicherheitsvorschriften Ihrer Region entsorgt werden Weitere Informationen finden Sie im SDS f r dieses Kit unter support illumina com sds html usizuabBesay uon usaba pun uopejlug HiSeq 2000 System Benutzerhandbuch 3 3 Verfahren nach einem Lauf Durchf hren eines Wartungswaschlaufs Ein Wartungswaschlauf muss alle 10 Tage und wahlweise nach einem Sequenzierungslauf durchgef hrt werden Illumina empfiehlt einen Wartungswaschlauf nach einem Sequenzierungslauf Der Bildschirm Load Gasket Dichtung einsetzen ffnet mit einem
57. die Verschl sse von den einzelnen Reagenzr hrchen und stellen Sie das R hrchen in die entsprechend nummerierte Position bzw in die Position mit der Farbe die der Farbe des Etiketts entspricht Tabelle 2 Single Read Fle zellen Position Reagenzien Beschreibung 15 FDR Schnelles Denaturierungsreagenz enth lt Formamid 16 HP9 Index Sequenzierungs Primer i5 17 HP12 Index Sequenzierungs Primer i7 HP9 ist nur f r doppelt indizierte L ufe erforderlich Falls HP9 nicht verwendet wird stellen Sie ein konisches 15 ml R hrchen mit 10 ml Wasser in Laborqualit t in Position 16 Tabelle 3 Paired End Flie zellen Position Reagenzien Beschreibung un FRM Schnelle Resynthese Mischung 15 FDR Schnelles Denaturierungsreagenz enth lt Formamid 17 HP12 Index Sequenzierungs Primer i7 Laden Sie FRM in Position 10 f r doppelt indizierte L ufe auf einer Paired End Flie zelle Ungeachtet der Indizierungsoptionen ist f r alle Paired End L ufe FRM in Position 10 erforderlich Wenn Sie einen Single Read Lauf durchf hren f hren Sie die folgenden Schritte durch um zum Rack der Reagenzienkammer zur ckzukehren Andernfalls fahren Sie mit dem Laden der Paired End Reagenzien fort Stellen Sie konische 15 ml R hrchen mit 10 ml Wasser in Laborqualit t in nicht verwendete Positionen auf dem Paired End Rack Schieben Sie den Reagenzien Rack in die Reagenzienkammer indem Sie ihn an der erh hten F hrung unten in der Kammer ausrichten
58. e Fliefzelle laden W hlen Sie Next Weiter berpr fungsbildschirm 1 2 berpr fen Sie auf dem berpr fungsbildschirm die Laufparameter W hlen Sie Next Weiter um fortzufahren oder Back Zur ck um die Parameter zu ndern HiSeq 2000 System Benutzerhandbuch P ula jouwesedine7 uoan UsqseBuly Durchf hren eines HiSeq v4 Laufs Laden und Vorf llen von Reagenzien Nach der Eingabe der Laufparameter sind die n chsten Schritte f r die Laufkonfiguration das Laden der SBS Indizierungs und Paired End Reagenzien sowie das Vorf llen der Reagenzien durch das Fluidiksystem Die Software f hrt Sie in mehreren Voreinstellungsbildschirmen durch diese Schritte Von Illumina bereitgestellte Verbrauchsmaterialien 8 Trichterverschl sse Vom Benutzer bereitzustellende Verbrauchsmaterialien 250 ml Flasche Corning Katalognummer 430776 Konische 15 ml R hrchen Corning Katalognummer 430052 Wasser in Laborqualit t HINWEIS f Laden Sie zum Vorbereiten der Sp lung nach dem Sequenzierungslauf 25 ml PW1 oder Wasser in Laborqualit t in Position 2 Die Sp lung nach dem Lauf ersetzt nicht den Ger tewaschlauf nach dem Lauf Laden von SBS Reagenzien 1 Invertieren Sie jede Flasche mehrmals um sicherzugehen dass die Reagenzien gr ndlich gemischt werden 2 Nehmen Sie den Verschluss von jeder Reagenzienflasche ab und setzen Sie einen Trichterverschluss auf KH ACHTUNG Nach Kontakt mit der CRM Flasche m ssen
59. e IP umfasst keine im Besitz von Illumina befindlichen Immaterialg terrechte f r bestimmte Teile oder Funktionen dieses Produkts oder dessen Verwendung die f r alle m glichen Anwendungen und alle m glichen Bereiche der Nutzung dieses Produkts gelten die Kern IP Die anwendungsspezifische IP und die Kern IP sind voneinander getrennte sich nicht berlappende Untergruppen aller Immaterialg terrechte die im Besitz von Illumina sind Beispiele f r anwendungsspezifische IPs sind unter anderem die Immaterialg terrechte von Illumina f r bestimmte diagnostische Methoden f r bestimmte forensische Methoden und f r bestimmte Nukleins ure Biomarker Sequenzen oder Kombinationen aus Biomarkern oder Sequenzen Verbrauchsmaterialien sind Reagenzien und Verbrauchsmaterialien auf die Illumina Markenrechte hat und die von Illumina zur Nutzung mit und zum Verbrauch durch die Verwendung der Hardware vorgesehen sind Dokumentation ist das Benutzerhandbuch f r dieses Produkt einschlie lich jedoch nicht beschr nkt auf Packungsbeilagen und sonstige Dokumentation die diesem Produkt beiliegen oder die vom Produkt oder in der Packung des Produkts zum Datum des Versands von Illumina referenziert werden Die Dokumentation umfasst dieses Dokument Hardware sind unter dem Markennamen Illumina vertriebene Instrumente Zubeh r und Peripherieger te Illumina steht f r Illumina Inc oder eine Tochtergesellschaft von Ilumina
60. e Verbrauchsmaterialien 16 Zum Sequenzieren auf dem HiSeq 2000 sind Reagenzien und andere Verbrauchsmaterialien aus den Illumina Kits erforderlich Welches Kit Sie ben tigen h ngt von der Art des Laufs ab F r HiSeq v4 Hochleistungsl ufe lesen Sie den Abschnitt Verbrauchsmaterialien f r die HiSeq v4 Sequenzierung auf Seite 20 F r TruSeq v3 Hochleistungsl ufe lesen Sie den Abschnitt Verbrauchsmaterialien f r die TruSeq v3 Sequenzierung auf Seite 48 Verbrauchsmaterial Tween 20 viskose Fl ssigkeit 100 ml ProClin 300 50 ml Alkoholtupfer 70 Isopropyl oder Ethanol 70 250 ml Zentrifugenr hrchen Konische 15 ml R hrchen Konische 50 ml R hrchen selbststehend optional Ballonflasche Fassungsverm gen mindestens 6 Liter Einweg Handschuhe ungepudert Labort cher fusselfrei Anbieter Sigma Aldrich Katalognr P7949 Sigma Aldrich Katalognr 48912 U VWR Katalognr 95041 714 Allgemeiner Laborlieferant Corning Katalognr 430776 Corning Katalognr 430052 Corning Katalognr 430921 Allgemeiner Laborlieferant Allgemeiner Laborlieferant VWR Katalognr 21905 026 Zweck Ger tewartungswaschlauf Ger tewartungswaschlauf Reinigen der Flie zelle und des Flie zellentisches Ger tewartungswaschlauf und Wasserwaschlauf Sammeln und Messen der Abfallvolumina Ger tewartungswaschlauf und Wasserwaschlauf Lagern der Flie zellen Wartungswaschlaufl sung Allgeme
61. eagenzienkammer Enth lt Reagenzien Racks mit Reagenzien f r Sequenzierungsl ufe und die Waschl sung f r Ger tewaschl ufe HiSeq 2000 System Benutzerhandbuch 3 usjuauoduloy 000z PasIiH berblick Reagenzienkammer Bei der Reagenzienkammer handelt es sich um einen Reagenzienk hler mit drei Reagenzien Racks zwei Racks f r SBS Reagenzien und ein Rack f r Indizierungs und Paired End Reagenzien Mithilfe der Sippergriffe werden die Sipper in die Reagenzienflaschen abgesenkt SBS Reagenzien Racks Fassen konische 250 ml Flaschen Der Reagenz Rack f r Flie zelle A befindet sich in der Mitte und der Rack f r die Flie zelle B liegt ganz rechts Die Nummern der Positionen auf dem Reagenzien Rack entsprechen den Anschl ssen auf einem internen Reagenzien Selektor Ventil Rack f r Indizierungs und Paired End Reagenzien Der Reagenzien Rack befindet sich links von den Racks A und B Er enth lt zwei Reihen mit nummerierten Positionen die konische 15 ml R hrchen mit Paired End Reagenzien und Indizierungsreagenzien fassen Die linke Reihe enth lt die Reagenzien f r Flie zelle A und die rechte Reihe die Reagenzien f r Flie zelle B Reagenzienk hler Die Reagenzien Racks sind im Reagenzienk hler untergebracht in dem eine Innentemperatur von 2 C bis 8 C herrscht Abbildung 2 Reagenzienkammer A Sippergriffe B Reagenzien Rack f r Indizierungs und Paired End Reagenzien C Reagenzien Rack f r SBS Reagenzien f r Flie zel
62. echende Version der TruSeq Dual Index Sequencing Primer Box verwendet werden muss Nur in Englisch verf gbar Folgende Informationen wurden aktualisiert e Anweisungen zum Aufteilen von ICH e HP3 Volumina f r indizierte und Paired End L ufe e Erforderliche Anzahl an SBS Kits f r doppelt indizierte L ufe Nur in Englisch verf gbar Software Beschreibungen auf HCS v1 5 aktualisiert Anweisungen f r das Einrichten und Durchf hren von doppelt indizierten L ufen f r Nextera Bibliotheken hinzugef gt Nur in Englisch verf gbar Anweisungen zum Laden von 25 ml Wasser in Laborqualit t in SBS Position 2 f r die automatische Sp lung nach dem Lauf hinzugef gt Teile Nr 15011190 Rev V DEU Teile Nr 15011190 15011190 15011190 15011190 15011190 Rev Datum G April 2011 F Februar 2011 E Januar 2011 D Mai 2010 C April 2010 HiSeq 2000 System Benutzerhandbuch Beschreibung der nderung Nur in Englisch verf gbar Software Beschreibungen auf HCS v1 4 aktualisiert Folgende neue Informationen wurden hinzugef gt e Beschreibung der Pr fung der Flie zellenausrichtung e Gesch tzte Laufzeiten f r HCS v1 4 e Versionskompatibilit t der Software und Reagenz Kit Versionen f r verschiedene Flie zellentypen e Informationen zu den Reagenzien im TruSeq SBS Kit v3 sowie eine Beschreibung des alternativen SBS v3 Workflows zum Laden von Reagenzien e Anweisungen zum Leerlaufmodus des Ger ts Folgende Informat
63. eh ren Sequence Sequenzieren Wash Waschlauf und Check Pr fen Sequence Sequenzieren W hlen Sie Sequence Sequenzieren um einen neuen Sequenzierungslauf einzurichten oder einen bestehenden Lauf fortzusetzen Abbildung 5 Optionen unter Sequence Sequenzierung New Run Resume Run Rehyb Run New Run Neuer Lauf Die Software leitet Sie durch die Schritte f r das Festlegen der Laufparameter das Laden und Vorf llen der Reagenzien das Laden der Flie zelle das Durchf hren von Fluidikpr fungen und das Starten des Laufs Resume Run Lauf fortsetzen Die Software leitet Sie durch die Schritte f r das Ausw hlen des Ordners f r den bestehenden Lauf und das Festlegen der Parameter zum Fortsetzen des Laufs HiSeq 2000 System Benutzerhandbuch 9 SJEMYOS 0003 PSSIH berblick 10 Rehyb Run Rehybridisierung durchf hren Die Software f hrt Sie durch die Schritte zur Durchf hrung einer Primer Rehybridisierung auf dem Ger t Diese Funktion ist nur in HiSeq v4 verf gbar Wash Waschlauf W hlen Sie Wash Waschlauf um einen Ger tewaschlauf oder einen Wartungswaschlauf zu starten Abbildung 6 Optionen unter Wash Waschlauf Water Wash Wasserwaschlauf Bei einem Wasserwaschlauf wird das System mit Wasser gesp lt Dieser Waschlauf ist nach einem Sequenzierungslauf erforderlich und wenn das Ger t seit mindestens einem Tag nicht verwendet wurde Weitere Informationen hierzu
64. eitanalyse den Crosstalk zwischen Kan len Crosstalk tritt z B auf wenn ein Cluster Intensit t in Kanal C und auch etwas Intensit t in Kanal A zeigt Die Echtzeitanalyse korrigiert mithilfe einer 4 x 4 Farbmatrix die Intensit ten sodass sie nur einen geringen oder keinen Crosstalk aufweisen und gleicht Unterschiede in der Gesamtintensit t zwischen den Farbkan len aus s jeuey z y93 Korrektur der empirischen Phasierung W hrend der Sequenzierungsreaktion erweitert sich jeder DNA Strang in einem Cluster um eine Base pro Zyklus Die Phasierung und Vorphasierung finden statt wenn eine Phasenverschiebung eines Strangs mit dem aktuellen Inkorporationszyklus eintritt Eine Phasierung tritt ein wenn eine Base zur ckf llt MO MJIOM Eine Vorphasierung tritt ein wenn eine Base vorauseilt Abbildung 37 Phasierung und Vorphasierung A A Read mit einer phasierenden Base B Read mit einer vorphasierenden Base Die Echtzeitanalyse verwendet den Algorithmus zur Korrektur der empirischen Phasierung um die Auswirkungen der Phasierung und der Vorphasierung zu korrigieren Bei diesem Algorithmus wird w hrend jedes Zyklus des Laufs die Datenqualit t maximiert HiSeq 2000 System Benutzerhandbuch 1 01 Die Ergebnisse der Phasierung und Vorphasierung werden in der Datei EmpiricalPhasing_ Lane _ Read _ Platte txt aufgezeichnet die sich im Ordner Data Intensities BaseCalls Phasing befindet Base Calling Nachdem die Roh
65. ellen Dokumenten des K ufers aufgef hrt des zur ckgegebenen Produkts zu erstatten mit der Einschr nkung dass verbrauchte oder abgelaufene Verbrauchsmaterialien nicht r ckerstattet werden Dieser Abschnitt stellt die gesamte Haftung von Illumina bei jeglicher Vertragsverletzung von Immaterialg terrechten Dritter dar Ausschl sse bei der Schadenersatzverpflichtung von Ilumina Illumina ist nicht verpflichtet den K ufer f r jegliche Anspr che aus Vertragsverletzungen zu verteidigen zu entsch digen oder schadlos zu halten soweit eine solche Vertragsverletzung erfolgt ist durch i die Verwendung dieses Produkts in einer Form oder zu einem Zweck die bzw der nicht Forschungszwecken dient ii die Verwendung dieses Produkts in einer Form die nicht mit seinen Spezifikationen seiner Dokumentation und mit den dem K ufer ausdr cklich gew hrten Rechten bereinstimmt oder die einen Versto gegen diese Bestimmungen und Bedingungen seitens des K ufers darstellt iii die Verwendung dieses Produkts in Verbindung mit anderen Produkten Materialien oder Diensten die nicht von Illumina bereitgestellt wurden iv die Verwendung dieses Produkts zur Durchf hrung eines Assays oder eines anderen Prozesses der nicht von Illumina bereitgestellt wurde oder v die Einhaltung der Spezifikationen oder Teile Nr 15011190 Rev V DEU Anweisungen f r dieses Produkt seitens Illumina das durch den oder im Namen des K ufers eingerichtet wurde jeder der P
66. en Lauf verwendet wird 54 1 Scannen Sie den Flie zellenbarcode ein oder geben Sie die Flie zellen ID Barcodenummer der zu sequenzierenden Flie zelle ein Die Flie zellen ID wird verwendet um den Flie zellentyp und die Reagenzienkompatibilit t festzustellen Teile Nr 15011190 Rev V DEU 2 3 Vergewissern Sie sich dass der Flie zellentyp HiSeq Flow Cell v3 ist welcher automatisch auf Basis der Flie zellen ID ausgew hlt wird Geben Sie einen Namen f r den Versuch ein Der Name des Versuchs erscheint auf jedem Bildschirm um den gerade durchgef hrten Lauf zu identifizieren Geben Sie den Benutzernamen ein W hlen Sie Next Weiter Bildschirm Advanced Erweitert 1 2 3 4 Optional Aktivieren Sie das Kontrollk stchen Confirm First Base Erste Base best tigen Ein Bericht zur ersten Base wird f r jeden Lauf automatisch generiert Wenn Sie diese Option w hlen wird der Bericht zur ersten Base ge ffnet bevor mit dem Lauf fortgefahren wird Optional Deaktivieren Sie das Kontrollk stchen Align to PhiX An PhiX ausrichten f r Lanes die keine PhiX Kontrolle enthalten Standardm ig werden alle Lanes f r das Alignment durch die Echtzeitanalyse RTA ausgew hlt Alternativ k nnen Sie im Flie zellenbild Lanes ausw hlen um f r diese das PhiX Alignment hinzuzuf gen oder zu entfernen A HINWEIS Eine dedizierte Kontroll Lane ist f r HCS v2 2 und RTA v1 18 nicht erforderlich Dah
67. en Sie ob die L cher nach unten zeigen Suchen Sie im Bereich der Dichtungen nach wei en Ablagerungen Falls Ablagerungen vorhanden sind tauschen Sie die Dichtungen aus Tauschen Sie die Dichtungen vor jedem Ger tewartungswaschlauf aus berpr fen Sie ob die Sipper Einheiten vollst ndig abgesenkt wurden und jeder Sipper in Kontakt mit den Reagenzien ist Teile Nr 15011190 Rev V DEU Gestaffelte L ufe auf Flie zelle A und Flie zelle B Warten Sie bis der Lauf auf der benachbarten Flie zelle einen Chemie Schritt durchf hrt und w hlen Sie anschlie end Pause Das Men Pause wird ge ffnet HINWEIS Unterbrechen Sie den aktuellen Lauf immer w hrend eines Chemie Schrittes und nicht w hrend eines Bildgebungsschrittes W hlen Sie Normal Pause Normale Unterbrechung Warten Sie bis der aktuelle Chemie Schritt abgeschlossen wurde Das System wird automatisch in einen sicheren Zustand versetzt Wenn der benachbarte Lauf angehalten wurde richten Sie den neuen Lauf ein Sobald Sie die neue Flie zelle f r den neuen Lauf geladen haben schlie en Sie die T r der Flie zellenkammer W hlen Sie Start um den Sequenzierungslauf zu starten W hlen Sie Resume Fortsetzen auf der benachbarten Fliefszelle um den unterbrochenen Lauf fortzusetzen Die Software steuert automatisch die Chemie und Bildgebungsverfahren auf beiden Flie zellen HiSeq 2000 System Benutzerhandbuch 1 1 5 g a119Zg91 3 PUN Y 3 19Z91 3 JN
68. en eine L sung aus ca 2 5 Tween 20 und 0 15 ProClin 300 Stellen Sie die Ballonflasche auf eine R hrplatte und r hren Sie so lange bis die Mischung gr ndlich gemischt ist F gen Sie der L sung vier Liter Wasser in Laborqualit t zu Diese Volumina ergeben eine Waschl sung aus ca 0 5 Tween 20 und 0 03 ProClin 300 R hren Sie weiter bis die L sung gr ndlich gemischt ist Legen Sie sie bei Raumtemperatur in einem geschlossen Beh lter zur Seite bis Sie bereit sind die Reagenzienflaschen und r hrchen mit der Waschl sung zu f llen bzw nachzuf llen Tween 20 und ProClin 300 Waschlauf 1 W hlen Sie im Begr ungsbildschirm die Option Wash Maintenance Waschlauf Wartung F r Hochleistungs Modi W hlen Sie Yes Ja um PE Reagenzienpositionen zu waschen wenn der Sequenzierungslauf einen Index Read oder einen PE Turnaround enthielt W hlen Sie ansonsten No Nein W hlen Sie Next Weiter um fortzufahren Wenn Sie eine frische Waschl sung verwenden bereiten Sie die Waschlaufkomponenten folgenderma en vor a F llen Sie 8 SBS Flaschen mit 250 ml Waschl sung b F llen Sie 10 PE R hrchen mit 12 ml Waschl sung Wenn Sie eine Waschl sung wiederverwenden f llen Sie die Flaschen und die Gef e aus dem vorherigen Waschlauf nach Weisen Sie f r eine frische Waschl sung jeder Flasche und jedem R hrchen eine Position im Reagenzien Rack zu und behalten Sie diese f r die nachfolgenden Waschl
69. en f r L ufe zu liefern die auf spezifisch konfigurierten Sequenzierplattformen mit bestimmten Chemie Versionen durchgef hrt werden MO MJIOM Nachdem der Q Score ermittelt wurde werden die Ergebnisse in Base Call Dateien bcl gespeichert Weitere Informationen finden Sie unter Sequenzierung von Ausgabedateien auf Seite 104 Q Score Gruppierung Die Echtzeitanalyse gruppiert die Qualit ts Scores in bestimmte Bereiche und weist jedem Bereich einen Wert zu Die Q Score Gruppierung reduziert den Speicherplatzbedarf erheblich ohne die Genauigkeit und Leistung von nachgeschalteten Anwendungen zu beeintr chtigen Die Q Score Gruppierung tr gt zur Effizienz der Analyseverfahren und Daten bertragungsanforderungen bei die mit dem hohen Durchsatz des HiSeq 2000 einhergehen Die resultierende bcl Datei ist kleiner da die Komprimierungsalgorithmen die Datei besser komprimieren k nnen Es werden weniger Daten auf den Ger tecomputer geschrieben und auf einen Speicherort im Netzwerk bertragen wodurch das Kopieren der Dateien schneller erfolgt HiSeq 2000 System Benutzerhandbuch 1 O 3 Dateityp Base Call Dateien Echtzeitanalyse Clusterpositionsdateien Filterdateien InterOp Dateien Protokolldateien 104 Sequenzierung von Ausgabedateien Dateibeschreibung Speicherort und Name Die Analyseergebnisse der einzelnen Platten werden in Base Call Dateien gespeichert Sie enthalten den Base Call und den kodierten Qualit
70. endung verschiedener Indizierungsschemas in den Lanes Bildschirm Reagents Reagenzien Im Bildschirm Reagents Reagenzien werden Informationen zu den f r den Lauf verwendeten Reagenzien Kits aufgef hrt Die Reagenzien Kit ID Barcode Nummer die mit RGT beginnt wird zum Ermitteln des Reagenzien Kit Typs und der Laufmoduskompatibilit t verwendet 1 2 Scannen Sie die SBS Reagenz Kit ID oder geben Sie sie ein Scannen Sie f r Paired End L ufe die Reagenzien Kit ID f r das Paired End Cluster Kit oder geben Sie sie ein W hlen Sie das SBS Reagenzien Kit f r den Lauf aus W hlen Sie 250 Cycles 250 Zyklen f r ein Kit f r 250 Zyklen Die Anzahl der verbleibenden Zyklen ist standardm ig 275 W hlen Sie 50 Cycles 50 Zyklen f r ein Kit f r 50 Zyklen Die Anzahl der verbleibenden Zyklen ist standardm ig 74 W hlen Sie Custom Benutzerdefiniert f r ein unvollst ndiges Kit oder f r mehrere 50 Zyklen Kits aus Geben Sie im Feld Cycles Remaining Verbleibende Zyklen die Anzahl der SBS Zyklen ein f r die die Reagenzien ausreichen sollen A HINWEIS Bei unvollst ndigen Kits z hlt die Software von der eingegebenen Zyklenanzahl abw rts Ist die Zyklenanzahl gering werden Sie aufgefordert frische Reagenzien zu laden W hlen Sie Prime SBS Reagents SBS Reagenzien vorf llen um die Reagenzien vorzuf llen bevor Sie einen Lauf starten F hren Sie immer einen Vorf llvorgang aus bevor Sie eine neu
71. ennwort bei BaseSpace an W hlen Sie Next Weiter Um fortzufahren ohne den Lauf mit BaseSpace zu verbinden f hren Sie die folgenden Schritte durch HiSeq 2000 System Benutzerhandbuch 2 3 ula jouwesedine7 uoan UsqseBuly Durchf hren eines HiSeq v4 Laufs 1 2 W hlen Sie None Keine W hlen Sie Next Weiter Bildschirm Storage Speicherung 1 2 4 Aktivieren Sie das Kontrollk stchen Save to an output folder In einem Ausgabeordner speichern und w hlen Sie Browse Durchsuchen um zu einem bevorzugten Netzwerkordner zu navigieren Wenn der Lauf mit BaseSpace zwecks Speicherung und Analyse verbunden ist ist dieses Feld optional W hlen Sie Zip BCL files BCL Dateien verzippen um den erforderlichen Festplattenspeicherplatz zu reduzieren Wenn der Lauf mit BaseSpace verbunden ist ist die Option Zip BCL files BCL Dateien verzippen standardm ig aktiviert HINWEIS Die Option Bin Q Scores Q Scores gruppieren ist standardm ig aktiviert um den ben tigten Speicherplatz zu reduzieren Diese Option fasst Qualit tsbewertungen ber einen gr eren Bereich von Werten zusammen ohne die Genauigkeit oder die Leistung zu beeintr chtigen 3 W hlen Sie unter Save Auxiliary Files Zusatzdateien speichern aus den folgenden 4 Optionen aus Save All Thumbnails Alle Miniaturbilder speichern Speichert alle Miniaturbilder Ein Miniaturbild ist eine Auswahl von Bildern aus vielen Platten in
72. er ist die Option zur Zuweisung einer Kontroll Lane in dieser Softwareversion nicht verf gbar Optional F r TruSeq Rapid v1 W hlen Sie Keep Intensity Files Intensit tsdateien beibehalten um sp ter eine erneute Analyse oder eine benutzerspezifische Verarbeitung durchf hren zu k nnen Standardm ig ist diese Option nicht ausgew hlt F r eine Analyse auf dem Ger t m ssen keine Intensit tsdateien gespeichert werden Durch die Aktivierung dieser Option wird die Gr e des Datenausgabeordners deutlich erh ht W hlen Sie Next Weiter HiSeq 2000 System Benutzerhandbuch 5 5 ula jouwesedine7 uoan UsqseBuly Rezepturbildschirm Aus den im Rezepturbildschirm eingegebenen Informationen wird automatisch eine Rezeptur generiert 1 W hlen Sie eine der folgenden Indextyp Optionen aus No Index Kein Index F hrt einen nicht indizierten Single Read oder Paired End Lauf durch Single Index Einfacher Index F hrt einen Single Read bzw Paired End Lauf mit einem Index Read durch Dual Index Doppelter Index F hrt einen Single Read bzw Paired End Lauf mit 2 Index Reads durch Custom Benutzerdefiniert F hrt einen Single Read bzw Paired End Lauf mit einer benutzerdefinierten Anzahl an Zyklen f r die Index Reads durch 2 Wenn die Option Dual Index Doppelter Index oder Custom Benutzerdefiniert angegeben ist w hlen Sie unter Flow Cell Format Flie zellenformat Single Read oder Paired End a
73. er Schadenersatzverpflichtung von Illumina Abschnitt 9 b unten die Bedingungen f r die Schadenersatzverpflichtung Abschnitt 9 d unten wird Illumina i den K ufer gegen Anspr che oder Aktionen Dritter verteidigen entsch digen und schadlos halten die unterstellen dass dieses Produkt wenn es in bereinstimmung mit diesen Bestimmungen und Bedingungen und in bereinstimmung mit der Dokumentation und den Spezifikationen des Produkts zu Forschungszwecken verwendet wird gegen die g ltigen und vollstreckbaren Immaterialg terrechte eines Drittanbieters verst t und ii f r alle Schadensregulierungen rechtskr ftigen Urteile und Kosten aufkommen einschlie lich angemessener Rechtsanwaltskosten mit denen der K ufer im Zusammenhang mit solchen Vertragsverletzungen belastet wird Falls dieses Produkt oder ein Teil des Produkts Gegenstand eines Schadenersatzanspruches aufgrund einer Vertragsverletzung wird oder nach Meinung von Illumina werden kann hat Illumina das Recht nach seiner Wahl A dem K ufer das Recht einzur umen das Produkt weiter zu verwenden B dieses Produkt zu ndern oder durch ein im Wesentlichen gleichwertiges Produkt das nicht von diesen Schadenersatzanspr chen betroffen ist zu ersetzen oder C die R ckgabe des Produkts einzufordern und die Rechte Lizenzen und alle weiteren dem K ufer gegebenen Berechtigungen hinsichtlich dieses Produkts zu entziehen und dem K ufer bei R ckgabe den Restwert wie in den offizi
74. es Etiketts entspricht Tabelle 6 Einfach indizierter Lauf auf einer Single Read bzw Paired End Flie zelle Position Reagenzien Beschreibung 17 HP8 oder HP12 Index 1 i7 Sequenzierungs Primer Mischung 18 HP3 Denaturierungsl sung 19 HT2 Waschpuffer Tabelle 7 Doppelt indizierter Lauf bei einer Single Read Flie zelle Position Reagenzien Beschreibung 16 HP9 Index 2 i5 SR Sequenzierungs Primer Mischung 17 HP8 oder HP12 Index 1 i7 Sequenzierungs Primer Mischung 18 HP3 Denaturierungsl sung 19 HT2 Waschpuffer Tabelle 8 Doppelt indizierter Lauf bei einer Paired End Fle zelle Position Reagenzien Beschreibung 10 RMR Resynthese Mischung 17 HP8 oder HP12 Index 1 i7 Sequenzierungs Primer Mischung 18 HP3 Denaturierungsl sung 19 HT2 Waschpuffer Stellen Sie konische 15 ml R hrchen mit 10 ml Wasser in Laborqualit t in nicht verwendete Rack Positionen Schieben Sie den Reagenzien Rack in die Reagenzienkammer indem Sie ihn an der erh hten F hrung unten in der Kammer ausrichten HiSeq 2000 System Benutzerhandbuch 61 USIZUSBESH uon ua njoA pun uspe7 Durchf hren eines TruSeq v3 Laufs H Senken Sie die Sipper wie folgt in die R hrchen auf dem Paired End Reagenzien Rack ab a Ziehen Sie den Griff zu sich hin Senken Sie ihn dann ab und ziehen Sie ihn gleichzeitig zu sich hin b Inspizieren Sie die Sipper visuell um sicherzustellen dass sie beim Eintauchen in die R hrchen nicht verbogen werden c Schieben
75. estellt Der Sequenzierungsanalyse Viewer wird automatisch ge ffnet wenn die Laufkennzahlen verf gbar sind W hlen Sie zu einem beliebigen Zeitpunkt w hrend des Laufs Refresh Aktualisieren um aktualisierte Kennzahlen zu erhalten Weitere Informationen finden Sie im Sequenzierungsanalyse Viewer Benutzerhandbuch Teile Nr 15020619 HiSeq 2000 System Benutzerhandbuch 9 9 US Yezuuaxne7 Jet usyoemuagp Echtzeitanalyse Echtzeitanalyse Workflow Die Echtzeitanalyse und die Steuerungssoftware f hren den Echtzeitanalyse Workflow durch Zum Workflow geh ren die folgenden Schritte Matrizenbildung Definiert die Clusterpositionen Registrierung und Intensit tsextraktion Zeichnet die Position der einzelnen Bilder auf der Flie zelle auf und ermittelt einen Intensit tswert f r jeden Cluster Farbmatrixkorrektur Korrigiert Crosstalk zwischen Kan len Korrektur der empirischen Phasierung Korrigiert die Auswirkungen der Phasierung und Vorphasierung Base Calling Legt f r jeden Cluster einen Base Call fest Qualit tsbewertung Weist jedem Base Call einen Qualit ts Score zu Matrizenbildung Der erste Schritt im Workflow ist die Matrizenbildung Hierbei werden die einzelnen Clusterpositionen in einer Platte anhand von X und Y Koordinaten definiert Die Matrize wird bei der Registrierung und Intensit tsextraktion im nachfolgenden Schritt zu Referenzzwecken verwendet Aufgrund des zuf lligen Arrays von Clustern auf der Flie ze
76. finden Sie unter Durchf hren eines Wasserwaschlaufs auf Seite 88 Wartungswaschlauf Der Wartungswaschlauf sp lt Tween 20 und ProClin 300 durch das System Dieser Waschlauf ist alle 10 Tage erforderlich und wird nach einem Sequenzierungslauf empfohlen Weitere Informationen hierzu finden Sie unter Durchf hren eines Wartungswaschlaufs auf Seite 84 Check Pr fung W hlen Sie die Option Check Pr fung um bei der Ger teinstallation oder der Behebung von Fluidik Fehlern den Bildschirm f r die Fluidikpr fung zu ffnen und den ordnungsgem en Fluss zu berpr fen Mode Select Modus w hlen W hlen Sie Mode Select Modus w hlen um in einen anderen Laufmodus zu wechseln Zu den Laufmodi geh ren TruSeq v3 und HiSeq v4 Aktivit ts und Sensoranzeigen In der unteren rechten Ecke des Begr ungsbildschirms befinden sich mehrere Symbole die mithilfe von Ger tesensoren die Ger teaktivit t und den Status bestimmter Komponenten angeben Abbildung 7 Aktivit tsanzeigen 506000008 Von links nach rechts befinden sich Aktivit tsanzeigen f r die X Y und Z Motoren die Elektronik Funktionalit t die Kamera das Fluidiksystem und Verarbeitungsfunktionen Teile Nr 15011190 Rev V DEU Abbildung 8 Sensoranzeigen Von links nach rechts stellen Sensoranzeigen die Temperatur der Flie zelle A die Temperatur des Reagenzienk hlers den Cloud Status von BaseSpace und die Temperatur von Flie zelle B dar Statussymbole In der
77. gleichwertige berholte oder neue Hardware bzw Komponenten ersetzt falls nur eine Komponente der Hardware abweicht Falls die Hardware insgesamt ersetzt wird betr gt der Gew hrleistungszeitraum f r die ersetzte Hardware 90 Tage ab dem Versanddatum oder er besteht in der verbleibenden Zeit der urspr nglichen Hardware Garantie je nachdem welcher Zeitraum sp ter endet Falls nur eine Komponente repariert oder ersetzt wird betr gt der Gew hrleistungszeitraum f r diese Komponente 90 Tage ab dem Versanddatum oder er besteht in der verbleibenden Zeit der urspr nglichen Hard ware Garantie je nachdem welcher Zeitraum sp ter endet Die vorangehenden Aussagen sind im Rahmen dieser Gew hrleistung die einzigen Anspr che des K ufers und die einzigen Verpflichtungen von Illumina Waren von Drittanbietern und Garantie Illumina hat keine Garantieverpflichtungen in Bezug auf Waren eines Drittanbieters mit denen ein K ufer hierunter beliefert wurde Waren von Drittanbietern sind Waren die mit dem Namen oder der Marke eines Drittanbieters versehen sind Die Garantie f r Waren von Drittanbietern wird gegebenenfalls vom Originalhersteller gew hrt Auf schriftliche Anfrage wird Illumina versuchen eine solche Garantieerkl rung an den K ufer weiterzugeben 9 Schadenersatz a Schadenersatz bei Vertragsverletzung durch Illumina Vorbehaltlich dieser Bestimmungen und Bedingungen einschlie lich jedoch nicht beschr nkt auf die Ausschl sse bei d
78. glicht die Verwendung verschiedener Indizierungsschemas in den Lanes Bildschirm Reagents Reagenzien Im Bildschirm Reagents Reagenzien werden Informationen zu den f r den Lauf verwendeten Reagenzien Kits aufgef hrt Die Reagenzien Kit ID Barcode Nummer die mit RGT beginnt wird zum Ermitteln des Reagenzien Kit Typs und der Laufmoduskompatibilit t verwendet 1 Scannen Sie die SBS Reagenz Kit ID oder geben Sie sie ein 2 Scannen Sie f r Paired End L ufe die Reagenzien Kit ID f r das Paired End Cluster Kit oder geben Sie sie ein 3 W hlen Sie das SBS Reagenzien Kit f r den Lauf aus W hlen Sie 200 Cycles 200 Zyklen f r ein Kit f r 200 Zyklen Die Anzahl der verbleibenden Zyklen ist standardm ig 209 W hlen Sie 50 Cycles 50 Zyklen f r ein Kit f r 50 Zyklen Die Anzahl der verbleibenden Zyklen ist standardm ig 59 W hlen Sie Custom Benutzerdefiniert f r ein unvollst ndiges Kit oder f r mehrere 50 Zyklen Kits aus Geben Sie im Feld Cycles Remaining Verbleibende Zyklen die Anzahl der SBS Zyklen ein f r die die Reagenzien ausreichen sollen a HINWEIS Bei unvollst ndigen Kits z hlt die Software von der eingegebenen Zyklenanzahl abw rts Ist die Zyklenanzahl gering werden Sie aufgefordert frische Reagenzien zu laden HiSeq 2000 System Benutzerhandbuch 5 T ula jouwesedine7 uoan UsqseBuly Durchf hren eines TruSeq v3 Laufs 4 W hlen Sie Prime SBS Reagents SBS Reagenzien vorf llen
79. hieben Sie den Reagenzien Rack in die Reagenzienkammer indem Sie ihn an der erh hten F hrung unten in der Kammer ausrichten 10 Senken Sie die Sipper wie folgt in die Sequenzierungs Reagenzienflaschen ab a Ziehen Sie den Griff zu sich hin und dr cken Sie ihn nach unten b Inspizieren Sie die Sipper visuell um sicherzustellen dass sie beim Eintauchen in die Trichterverschl sse nicht verbogen werden c Schieben Sie den Sipper Griff in die Aussparung am unteren Ende der Schiene 11 Aktivieren Sie das Kontrollk stchen PW1 25 ml loaded PW1 25 ml geladen Laden von Indizierungsreagenzien 1 Halten Sie das Gewicht der einzelnen Reagenzien im Laborkontrollformular fest 2 Stellen Sie sicher dass der Paired End Rack nicht f r die benachbarte Flie zelle verwendet wird Zu den Schritten bei denen der Paired End Rack verwendet wird HiSeq 2000 System Benutzerhandbuch 29 USIZUSBESH uon u jnyo A pun USPpe Durchf hren eines HiSeq v4 Laufs 30 geh ren die Read 2 Resynthese sowie die Index Read V orbereitung von Index 1 17 und Index 2 i5 Heben Sie die Sipper f r den Paired End Reagenzien Rack wie folgt an a Ziehen Sie den Griff zu sich hin und schieben Sie ihn dann nach oben b Schieben Sie den Griff in die Aussparung am oberen Ende der Schiene Vergewissern Sie sich dass der Griff fest in der Aussparung sitzt Schieben Sie den Reagenzien Rack mithilfe des Rack Griffs aus der Reagenzienkammer Entfernen Sie
80. hnitten Durchf hren eines Sequenzierungslaufs entfernt Teile Nr 15011190 15011190_DEU 15011190 15011190 15011190 15011190 Rev N M K H Datum November 2012 Juli 2012 April 2012 Oktober 2011 Oktober 2011 Juni 2011 Beschreibung der nderung Nur in Englisch verf gbar Aktualisiert um HCS 2 0 zu unterst tzen Primer Anforderungen f r TruSeq HT und Nextera Bibliotheken aufgelistet Liste der unterst tzten doppelt indizierten Bibliotheken hinzugef gt Der Workflow der Laufkonfiguration f r doppelt indizierte Bibliotheken wurde aktualisiert Die Angabe des TruSeq Dual Index Sequencing Primer Box ist unabh ngig davon erforderlich welche Sequenzierungs Primer f r den Lauf verwendet werden Nur in Englisch verf gbar Workflow f r die Laufkonfiguration ge ndert Die Manifold Dichtungen m ssen vor der Durchf hrung des Ger tewaschlaufes und nicht vor dem Einsetzen der Cluster Flie zelle ersetzt werden Folgende neue Informationen wurden hinzugef gt e berblick ber einfach indizierte und doppelt indizierte Sequenzierungsl ufe Beschreibung zu doppelt indizierten Bibliotheken e Beispiel zu ICB Volumina f r doppelt indizierte L ufe e Anweisungen zur Vorbereitung von SBS Paired End und Indizierungsreagenzien sowie zu den erforderlichen Sequenzierungs Primern f r doppelt indizierte Bibliotheken e Hinweis darauf dass f r den jeweiligen Flie zellentyp die entspr
81. hzuf hren bereiten Sie die Reagenzien f r den Lauf vor und befolgen Sie die Anweisungen der Software zur Laufkonfiguration Zu den Schritten f r das Einrichten des Laufs geh ren das Eingeben der Laufparameter das Laden und Vorf llen der Reagenzien das Laden der Flie zelle und das Durchf hren einer Fluidikpr fung Rufen Sie die Spezifikationen f r das HiSeq 2000 auf der Illumina Website auf um Informationen ber die Laufzeit sowie andere Performance Spezifikationen zu erhalten Verbrauchsmaterialien f r die HiSeq v4 Sequenzierung Name des HiSeq v4 Beschreibung Kits HiSeq SBS Kit v4 Enth lt SBS Reagenzien f r das HiSeq 2000 HiSeq PE Cluster Kit v4 Enth lt Cluster Reagenzien f r das Clusterger t und oder Indizierungsreagenzien f r das HiSeq 2000 HiSeq SR Cluster Kit v4 Die PE Version des Cluster Kits enth lt Paired End Reagenzien f r das HiSeq 2000 Jedes Cluster Kit enth lt ein Zubeh r Kit mit Ersatz Flie zellendichtungen und Trichterverschl ssen f r SBS Reagenzienflaschen Schritte f r die Reagenzienvorbereitung 20 Bevor Sie den Lauf einrichten bereiten Sie zuerst die SBS Indizierungs und Paired End Reagenzien vor sofern zutreffend Informationen zur SBS Reagenzienvorbereitung finden Sie im HiSeg SBS Kit v4 Referenzhandbuch Teile Nr 15050108 Informationen zur Vorbereitung der Indizierungs und Paired End Reagenzien finden Sie im HiSeg Cluster Kit v4 Referenzhandbuch Teile Nr 15050104
82. iche Verwendung die a Rechte oder eine Lizenz der anwendungsspezifischen IP von Illumina erfordern w rde b eine Wiederverwendung zuvor verwendeter Verbrauchsmaterialien darstellt c das Disassemblieren Zur ckentwickeln Dekompilieren oder R ckassemblieren dieses Produkts umfasst d die Trennung die Extraktion oder Isolierung von Komponenten dieses Produkts oder eine andere unbefugte Analyse dieses Produkts zum Ziel hat e den Zugriff auf die oder die Ermittlung der Betriebsmethoden dieses Produkts beabsichtigt f sich auf die Nutzung von nicht von Illumina stammendem Reagenzien V erbrauchsmaterialien mit der Hardware von Illumina bezieht trifft nicht zu wenn die Spezifikationen oder die Dokumentation anderes besagen oder g die bertragung an HiSeq 2000 System Benutzerhandbuch einen Dritten das Unterlizenzieren der Software oder einer Software von Drittanbietern beinhaltet F r die gesamte Software ob separat bereitgestellt auf einem Produkt installiert oder darin eingebettet erh lt der K ufer eine Lizenz die Software wird ihm jedoch nicht verkauft Soweit nicht ausdr cklich in diesem Abschnitt angegeben wird im Rahmen der Immaterialg terrechte von Illumina kein Recht bzw keine Lizenz ausdr cklich stillschweigend oder nach dem Estoppel Prinzip gew hrt Der K ufer ist allein daf r verantwortlich herauszufinden ob er s mtliche f r die beabsichtigte Nutzung dieses Produkts erforderlichen Immaterialg terrechte be
83. ichterverschl sse 28 Verbrauchsmaterialien 28 Wiegen 28 Laufkonfiguration Laden von Flie zellen 40 70 Pr fen des Flusses 35 42 65 72 Lauf berwachung 44 74 LIMS Server 12 M Matrizenbildung 100 N Name des Versuchs 24 No Calls 102 Teile Nr 15011190 Rev V DEU O Online Schulungen 18 Optikmodul 3 Ordnerspeicherorte Standardeinstellungen 12 P Paired End Sequenzierung Reagenzien Laden 29 31 77 Phasierung Vorphasierung 101 Phred Skala 102 Probenblatt BaseSpace 26 57 berblick 15 Protokolldatei anzeigen 12 Prozentsatz der Cluster PF 102 Pr fen des Flusses Standardwerte 35 42 65 72 E Q Scores 102 Qualit ts Scores 102 Generieren 98 Gruppierung 103 R Reagenzien ildschirm Reagents Reagenzien 27 57 Entladen 83 ICB laden 78 Kit ID aufzeichnen 27 57 Laden 29 31 60 77 Paired End 29 31 77 Vorf llen 37 67 Reagenzienkammer 3 4 Reagenzienposition Indizierung 60 SBS 28 Reagenzienpositionen aired End 29 31 77 Registrierung Clusterpositionen 100 Regul rer Stoppvorgang 118 Reinheitsfilter 102 RTA exe config Datei 95 HiSeq 2000 System Benutzerhandbuch Runlnfo xml 104 105 S SBS Reagenzienposition 28 Sensoranzeigen 10 Sequenzierungs Verbrauchsmaterialien 20 48 ey ES 8 nterOp Dateien 95 E 99 Software Begr ungsbildschirm 8 Ehe nal se 8 Experiment Manager 15 Fehlerbehebung 113 HiSeq Control 14 HiSeg Control Software 8 Info Version 12 lnitiali
84. ie zelle laden eine gebrauchte Flie zelle f r den Vorf llvorgang Wenn Sie die gebrauchte Flie zelle geladen haben pr fen Sie ob das Vakuum aktiviert ist Ar HiNwWEIS Ilumina empfiehlt die Verwendung einer Flie zelle aus dem vorherigen Lauf um die Reagenzien des nachfolgenden Laufs vorzuf llen oder nach dem Lauf einen Ger tewaschlauf durchzuf hren HiSeq 2000 System Benutzerhandbuch 3 3 usizuabeay uon ua nop pun uape7 Durchf hren eines HiSeq v4 Laufs 34 1 Sp len Sie die gebrauchte Flie zelle mit Wasser in Laborqualit t Trocknen Sie die Flie zelle mit einem f r Objektive geeigneten Reinigungstuch oder einem anderen fusselfreien Tuch ab Reinigen Sie die Flie zelle mit Alkoholtupfern und einem Reinigungstuch f r Objektive HINWEIS Entfernen bzw ersetzen Sie in diesem Schritt nicht die Flie zellen Dichtungen Legen Sie die gebrauchte Flie zelle so auf den Flie zellenhalter dass die Einlass und Auslassanschl sse nach unten weisen und der Barcode sich auf der rechten Seite befindet Stellen Sie sicher dass der Pfeil am linken Rand der Flie zelle der die Flussrichtung angibt in Richtung Ger t zeigt Schieben Sie die Flie zelle vorsichtig bis zum Anschlag in Richtung des oberen und der rechten F hrungsstifte HINWEIS Nehmen Sie die Hand von der Flie zelle bevor Sie den Vakuumschalter bet tigen Dadurch wird verhindert dass im Laufe der Zeit eine Verschiebung der Ausrichtung auftritt Abbi
85. ie T r der Flie zellenkammer a ACHTUNG y Es d rfen keine Fl ssigkeiten auf der T r der Flie zellenkammer oder dem Flie zellentisch abgestellt werden wenn die T r ge ffnet ist Versch ttete Fl ssigkeiten in diesem Bereich k nnen das Ger t besch digen 2 Stellen Sie sicher dass sich der Flie zellenregler in der AUS Position befindet Abbildung 10 Flie zellenregler in Position 0 3 Ziehen Sie ein neues Paar ungepuderte Latexhandschuhe an 3 2 Teile Nr 15011190 Rev V DEU 4 Wenn die Flie zelle aus einem vorherigen Lauf vorhanden ist entfernen Sie sie und legen Sie sie in ein R hrchen mit Lagerungspuffer oder Wasser in Laborqualit t damit sie nicht austrocknet Sie k nnen sie zur Pr fung des Flusses vor dem Einsetzen einer Cluster Flie zelle verwenden D Wischen Sie die Oberfl che des Flief zellenhalters vorsichtig mit einem Alkoholtupfer oder einem fusselfreien mit Ethanol oder Isopropanol befeuchteten Tuch ab bis er sauber ist a ACHTUNG Es darf kein Alkohol in die Vakuum ffnungen oder auf die Umgebung der Manifolds gelangen Reinigen Sie den Tisch ggf mit einem fusselfreien Tuch 6 Unterziehen Sie den Flie zellenhalter einer Sichtpr fung um sicherzustellen dass sich keine Fussel auf dem Halter befinden und die Vakuum ffnungen nicht blockiert werden Abbildung 11 Positionen der Vakuum ffnungen Laden der Primer Flie zelle Laden Sie im Bildschirm Load Priming Flow Cell Primer Fl
86. ie die Standardwerte f r die Pumpe b W hlen Sie Pump Pumpe F hren Sie eine Sichtpr fung der Flie zelle auf Luftblasen die die Lanes passieren und Undichtigkeiten in der N he der Manifolds durch Zus tzliche Luftblasen sind Teile Nr 15011190 Rev V DEU 15 16 17 18 19 20 bei den Tween 20 und ProClin 300 Waschl ufen normal und haben keinen Einfluss auf das abgegebene Volumen Entfernen Sie die 8 Abfallr hrchen der entsprechenden Flie zelle vom Abfallbeh lter Entfernen Sie nicht die 8 R hrchen der gegen berliegenden Flie zelle oder die R hrchen der Kondensatpumpe F r Hochleistungs Modi B ndeln Sie die 8 R hrchen mit Parafilm sodass sie nebeneinanderliegen Platzieren Sie die geb ndelten Enden der Abfallr hrchen in einer 250 ml Flasche W hlen Sie Next Weiter um den Wasserwaschlauf zu starten W hlen Sie nach Abschluss des Waschlaufs Return to Start Zur ck zum Anfang Messen Sie das abgegebene Volumen HINWEIS Alle Flaschen und R hrchen werden vollgef llt um sicherzugehen dass die Sipper gesp lt werden Das abgegebene Volumen f r jede Position variiert jedoch sodass nach Abschluss des Waschlaufs die Flaschen und R hrchen unterschiedliche Volumina enthalten Positionen Abgegebenes Volumen der Abgegebenes Volumen der Hochleistungs Flie zelle Schnelllauf Flie zelle 8 SBS Positionen 82 ml 29 ml 10 PE Positionen 76 ml 30 ml 1 Bibliotheksposition 1 2 ml Alle Positionen 19 75 ml
87. iese Option w hlen wird der Bericht zur ersten Base ge ffnet bevor mit dem Lauf fortgefahren wird 2 Optional Deaktivieren Sie das Kontrollk stchen Align to PhiX An PhiX ausrichten f r Lanes die keine PhiX Kontrolle enthalten Standardm ig werden alle Lanes f r das Alignment durch die Echtzeitanalyse RTA ausgew hlt Alternativ k nnen Sie im Flie zellenbild Lanes ausw hlen um f r diese das PhiX Alignment hinzuzuf gen oder zu entfernen J HINWEIS Eine dedizierte Kontroll Lane ist f r HCS v2 2 und RTA v1 18 nicht erforderlich Daher ist die Option zur Zuweisung einer Kontroll Lane in dieser Softwareversion nicht verf gbar 3 W hlen Sie Next Weiter Rezepturbildschirm 1 W hlen Sie aus den folgenden Indextyp Optionen No Index Kein Index F hrt einen nicht indizierten Single Read oder Paired End Lauf durch HiSeq 2000 System Benutzerhandbuch 2 5 uls jeuesedine7 uoa UsqseBuly Durchf hren eines HiSeq v4 Laufs Single Index Einfacher Index F hrt einen Single Read bzw Paired End Lauf mit einem Index Read durch Dual Index Doppelter Index F hrt einen Single Read bzw Paired End Lauf mit 2 Index Reads durch Custom Benutzerdefiniert F hrt einen Single Read bzw Paired End Lauf mit einer benutzerdefinierten Anzahl an Zyklen f r die Index Reads durch Wenn die Option Dual Index Doppelter Index oder Custom Benutzerdefiniert angegeben ist w hlen Sie unter Flow Cell For
88. ifizierungen sowie sicherheitsbezogene Informationen Enth lt eine Beschreibung des Cluster Kit Inhalts sowie Anweisungen zum Vorbereiten von Verbrauchsmaterialien vor einem Sequenzierungslauf Enth lt eine Beschreibung des SBS Kit Inhalts sowie Anweisungen zum Vorbereiten von Verbrauchsmaterialien vor einem Sequenzierungslauf Bietet Anweisungen zum Denaturieren und Verd nnen von vorbereiteten Bibliotheken f r einen Sequenzierungslauf sowie zum Vorbereiten einer PhiX Kontrolle Dieser Schritt gilt f r die meisten Bibliothekstypen Auf der HiSeq 2000 Supportseite der Illumina Website k nnen Sie auf Dokumentation Software Downloads Online Schulungen und h ufig gestellte Fragen zugreifen Teile Nr 15011190 Rev V DEU 18 Durchf hren eines Hiseg v4 Laufs Einf hrung 20 HiSeq v4 Sequenzierungsworkflow 21 Lauftypen f r die HiSeq v4 Chemie o ooooooccccccccccccccccccccnocccccccnnncccccccnnnnnccccccnns 22 Eingeben von Laufparameten cccccceeeeeessnnennneeennnnnnnneeennnnenneeeenneennn 23 Laden und Vorf llen von Reagenzien o oocccccccccccccccccccccccccccccccccccccncnnncncnnnnnnnnnns 28 Laden einer Flie zelle cccccneneneeenenennnnnnnnnnnnnnnnnnnennnennnnnenen nenn 38 berwachen des Laufs u ass a ah 44 gt af E me rra HiSeq 2000 System Benutzerhandbuch 1 9 c1eydey Durchf hren eines HiSeq v4 Laufs Einf hrung Um auf dem HiSeq 2000 einen HiSeq v4 Lauf durc
89. ifolds zu l sen Abbildung 16 Flie zellenregler in Position 1 2 Bewegen Sie den Flie zellenregler langsam in Position 0 um die Vakuumdichtung zu l sen und die Flie zelle freizugeben 38 Teile Nr 15011190 Rev V DEU Abbildung 17 Flie zellenregler in Position 0 E A o 3 Heben Sie die gebrauchte Flie zelle aus der Halterung Reinigen des Flie zellenhalters 1 Ziehen Sie ein neues Paar ungepuderte Latexhandschuhe an 2 Wischen Sie die Oberfl che des Flief zellenhalters vorsichtig mit einem Alkoholtupfer oder einem fusselfreien mit Ethanol oder Isopropanol befeuchteten Tuch ab bis er sauber ist a ACHTUNG Es darf kein Alkohol in die Vakuum ffnungen oder auf die Umgebung der Manifolds gelangen Reinigen Sie den Tisch ggf mit einem fusselfreien Tuch Abbildung 18 berpr fen der Vakuum ffnungen 3 Unterziehen Sie den Flie zellenhalter einer Sichtpr fung um sicherzustellen dass sich keine Fussel auf dem Halter befinden und die Vakuum ffnungen nicht blockiert werden HiSeq 2000 System Benutzerhandbuch 3 9 allez 4aula USpe7 Durchf hren eines HiSeq v4 Laufs Reinigen der Flie zelle 1 2 Nehmen Sie die Flie zelle mit einer Kunststoffzange aus dem Flie zellenbeh lter Sp len Sie die Flie zelle mit Wasser in Laborqualit t und trocknen Sie sie mit einem Reinigungstuch f r Objektive Falten Sie einen Alkoholtupfer auf die ungef hre Gr e der Flie zelle Halten Sie die
90. illumina Hiseq 2000 System Benutzerhandbuch T e a Ne T ES a T T SHE T T T A GATAACAGTAACACACTTCTGTT ITTACTTGTTGATCCAC CGTATCAATTGAGACTAAATAT TACCATTAAGAGCTACCGTCTT AACCTTAAGATTACTIGATCCACTGATTCAACGTACCGI CACTGATTCAACG ACA TACTICATCCACIGATTCAACOTACOO PALEMA INNEN aerer CTAAATAT TAACGT ACER AAGAGCTACCGTCTTCTGTT SE AAGA NET GATTCAACGTACCGTAACGA Ee E iS Ee CTGTTAACCTTAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAATTGAGACTAAATATTAACG as ACCGTCTTCTG DAG GATTACTTGATCCACTGATTCAACC TTGAGACTAAATAT TAACGTTGTTAACCTTAAGATTACT TGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTA TCAA RAGAG TMAA MOGI ACCATTAAGAGCTTCTGTTAACCTT AGA ACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTA ET TGATCALTOALTOAAOGTACEGTAACEAREGIOTTTOTIAACCTTAAGAT TACI IGATCCAGTGAT FCAACGTACCGTAACGAACGTAT E r EEE O y TTAACGTACCATTAAGAGCTACAACCTTAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAAT TGAGACTAAATATTAACGTACCATTAAGAGCTACCGTGCAACGACGAAAMAGAA AACAGTAACAC SATAACACTAA CACACTTCTGTTAACCTTAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAATTGAGACTAAATATTAACGT ACCAFIRAR GAGCTACCGTCTTCT ETTARECTTAN GA Oe ere EE EE GCTACCGTGCAACGAAAATAACCTT EA SEE GATTCAACGT REN CTGTTAACCTT ET ATHEA GERT A Ne ITTGAGACTAAGCTACCGTGCAACGACGAAAAGAATGA SAAAAGAATGATAACAGTAACACACTTCTGTTAACCTTAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGT ACC AAAGATTACT TGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAA CE CAIGA EE ee ACCAT TAAGAGCTACC a EE GREEN e KE RIOR TET GTT PAGELLE AAGATTACTT TERRA ET A UNS CTAAATATTAACGT Ee EEE CGAAAAGAATGAT GATAACAGTAACACACTTCTGTT AAGATTACTTGATCCACTGATTCAA
91. in die Aussparung am oberen Ende der Schiene Vergewissern Sie sich dass der Sipper Griff fest in der Aussparung sitzt Schieben Sie den Reagenzien Rack aus der Reagenzienkammer Nehmen Sie die vorhandene ICB Reagenzienflasche aus Position 1 des Reagenzien Racks und entfernen Sie den Trichter Verschluss von der Flasche Platzieren Sie den Trichter Verschluss auf der neuen ICB Flasche und laden Sie die Flasche in Position 1 Stellen Sie dabei sicher dass die konische Seite der Flasche sich in der Aussparung auf dem Boden des Racks befindet Schieben Sie den Reagenzien Rack in die Reagenzienkammer indem Sie ihn an der erh hten F hrung unten in der Kammer ausrichten Senken Sie die Sipper wie folgt in die Sequenzierungs Reagenzienflaschen ab a Ziehen Sie den Griff zu sich hin und dr cken Sie ihn nach unten b Inspizieren Sie die Sipper visuell um sicherzustellen dass sie beim Eintauchen in die Trichterverschl sse nicht verbogen werden c Schieben Sie den Sipper Griff in die Aussparung am unteren Ende der Schiene Teile Nr 15011190 Rev V DEU H Schlie en Sie die T r der Reagenzienkammer und w hlen Sie anschlie end Next Weiter um mit dem Lauf fortzufahren Z pesy n uaizuabesy uo u peT HiSeq 2000 System Benutzerhandbuch F Q 80 Teile Nr 15011190 Rev V DEU Verfahren nach einem Lauf Einf hrung 82 Entladen und Wiegen von Reagenzien ooooccceeseeeenneneennennnnnennnnnenennnnnnn 83 Du
92. ine Verwendung Reinigen des Flie zellenhalters Teile Nr 15011190 Rev V DEU Verbrauchsmaterial Anbieter Linsenpapier 4 x 6 Zoll VWR Katalognr 52846 001 10 2 x 15 2 cm Pipettenspitzen 200 ul Allgemeiner Laborlieferant Pipettenspitzen 1000 ul Allgemeiner Laborlieferant Pinzette viereckige McMaster Carr Katalognr Kunststoffspitze 7003422 Wasser Laborqualit t 18 M Ohm Millipore HiSeq 2000 System Benutzerhandbuch Zweck Reinigen der Flie zelle Splitting von Reagenzien Kit Volumina Splitting von Reagenzien Kit Volumina Entfernen der Fliefszellen Dichtungen SBS Reagenzien Rack Position 2 Ger tewaschung 17 uSIELSJEWSyYONEIAJSA SBUNISIZUSNbaS Weitere Ressourcen Die folgenden Dokumente stehen auf der Website von Illumina zum Herunterladen zur Verf gung berblick Ressource HiSegq 2500 1500 und 2000 Handbuch zur Standortvorbereitung Teile Nr 15006407 HiSeg Sicherheits und Compliance Handbuch Teile Nr 15012614 HiSeg Cluster Kit v4 Handbuch zur Reagenzienvorbereitung Teile Nr 15050104 HiSeg SBS Kit v4 Handbuch zur Reagenzienvorbereitung Teile Nr 15050108 Denaturieren und Verd nnen von Bibliotheken f r das HiSeq und das GAIIx System Teile Nr 15050107 Beschreibung Enth lt Spezifikationen f r den Laborplatz die elektrischen Anforderungen und die Umgebungsbedingungen Bietet Informationen zu Ger tekennzeichnungen und Compliance Zert
93. ion Pause Das Men Pause wird ge ffnet Abbildung 42 Optionen im Men Pause ormai rause Change Reagents W hlen Sie Normal Pause Normale Unterbrechung W hlen Sie Yes Ja um die Auswahl zu best tigen Die Software beendet den aktuellen Chemie oder Bildgebungsvorgang und versetzt die Flie zelle in einen sicheren Status W hlen Sie Resume Fortsetzen um den Lauf fortzusetzen Wechseln von Reagenzien w hrend des Laufs Wenn Sie den Lauf mit nicht vollst ndig gef llten Reagenzien starten w hlen Sie die Funktion Change Reagents Reagenzien wechseln um den Lauf anzuhalten und die Reagenzien aufzuf llen 122 1 W hlen Sie im Lauf bersichtsbildschirm die Option Pause Das Men Pause wird ge ffnet W hlen Sie Change Reagents Reagenzien wechseln W hlen Sie Yes Ja um die Auswahl zu best tigen Die Software beendet den aktuellen Chemie oder Bildgebungsvorgang versetzt die Flie zelle in einen sicheren Zustand und ffnet den Reagenzienbildschirm Teile Nr 15011190 Rev V DEU 4 Geben Sie im Reagenzienbildschirm die folgenden Reagenzienparameter ein Die Reagenzien Kit ID f r neue Reagenzien Die Anzahl der Zyklen f r die die Reagenzien ausreichen sollen Ae HINWEIS Im Bildschirm Change Reagents Reagenzien wechseln ist das Kontrollk stchen f r den Vorf llvorgang deaktiviert Das Vorf llen der Reagenzien ist nicht erforderlich D W hlen Sie Next Weiter
94. ionen steht ii unsachgem e Handhabung Installation Wartung oder Reparatur sofern sie nicht vom Illumina Personal durchgef hrt wird iii unerlaubte nderungen iv h here Gewalt oder v Verwendung zusammen mit einer nicht vom Illumina bereitgestellten Drittanbieterware es sie denn die Produktdokumentation bzw die Spezifikationen geben ausdr cklich an dass eine solche Drittanbieterware mit dem Produkt verwendet werden kann d Verfahren f r Abdeckung durch Garantie Um im Rahmen dieser Garantie Anspruch auf Reparatur oder Ersatz zu haben muss der K ufer i die Support Abteilung von Illumina sofort kontaktieren um die Nichtkonformit t mitzuteilen ii mit Illumina zusammenarbeiten um die Nichtkonformit t zu best tigen bzw zu diagnostizieren und iii das Produkt zur ckgeben wobei die Transportkosten entsprechend der Anweisungen an Illumina zu zahlen sind oder wenn sich Illumina und der K ufer einverstanden erkl ren dem autorisierten Reparaturpersonal von HiSeq 2000 System Benutzerhandbuch VM Illumina Zugriff auf dieses Produkt gew hren damit die Nichtkonformit t best tigt und Reparaturen vorgenommen werden k nnen Alleiniger Anspruch im Rahmen der Garantie Illumina wird das abweichende Produkt entweder reparieren oder ersetzen falls die Garantie f r dieses Produkt gilt Reparierte bzw ersetzte Verbrauchsmaterialien haben eine 30 Tage Garantie Die Hardware wird m glicherweise repariert oder durch funktional
95. ionen wurden aktualisiert e Reagenzienpositionen mit SBS v3 Reagenznamen e Anweisungen zum Ausschalten des Ger ts e Die erforderliche Wassermenge f r den Ger tewartungswaschlauf wurde erh ht Nur in Englisch verf gbar Beschreibung f r die Durchf hrung von gestaffelten L ufen vor HCS v1 3 Reagenzname wurde korrigiert Nur in Englisch verf gbar Software Beschreibungen auf HCS v1 3 aktualisiert Anweisungen zum Fortsetzen eines Laufs aktualisiert Nur in Englisch verf gbar Informationen zum Inhalt von Karton 1 und Karton 2 des Sequenzierungs Kits korrigiert Volumina f r die Vorbereitung von Multiplexierungs Rd2 Seq Primern zur Verwendung auf dem HiSeq aktualisiert Nur in Englisch verf gbar Anweisungen zum Auftauen von LFN sowie die Volumina in den Anweisungen zur Vorbereitung von Multiplexierungsreagenzien korrigiert SUOFSIUSUOISISA Teile Nr Rev Datum Beschreibung der nderung 15011190 B M rz 2010 Nur in Englisch verf gbar Software Beschreibungen auf HCS v1 0 aktualisiert Anweisungen zum Austauschen von Reagenzien w hrend eines Laufs sowie zum Stoppen Unterbrechen und Fortsetzen eines Laufs hinzugef gt Anweisungen f r die Reagenzvorbereitung aktualisiert sowie Anweisungen f r das Verteilen von Reagenzien f r 101 Zyklen hinzugef gt 15011190 A Februar Nur in Englisch verf gbar 2010 Erste Version xii Teile Nr 15011190 Rev V DEU Inhaltsverzeichnis ESTAS ix Inhaltsverzeichni
96. ist sowie die Anzahl der Platten auf der Flie zelle HiSeq Configuration xml eine Ger tekonfigurationsdatei im XML Format RTA exe config eine Softwarekonfigurationsdatei im XML Format Die Echtzeitanalyse verwendet Laufparameter die bei der Laufkonfiguration eingegeben wurden Sie erh lt Befehle von der Steuerungssoftware die Informationen ber den Speicherort von RunInfo xml und ber den Startzeitpunkt enthalten Echtzeitanalyse Ausgabedaten Platten sind kleine Bildgebungsbereiche auf der Flie zelle die von der Kamera als ein Bildfeld betrachtet werden F r jede analysierte Platte generiert die Echtzeitanalyse mehrere hinsichtlich ihrer Qualit t ausgewertete Base Call Dateien und Filterdateien als prim re Ausgabedateien Andere Dateien unterst tzen die Generierung prim rer Ausgabedateien Base Call Dateien F r jede analysierte Platte wird eine komprimierte Base Call Datei bel pro Zyklus generiert Die Base Call Datei enth lt den Base Call und den entsprechenden Qualit ts Score HiSeq 2000 System Benutzerhandbuch 9 5 9s eueyaz1yoy elp Joen 1911q189N Echtzeitanalyse Filterdateien Jede Platte liefert Filterinformationen die pro Platte ber den gesamten Lauf in einer Filterdatei filter gespeichert werden Die Filterdatei gibt an ob Cluster die Filter passiert haben Clusterpositionsdateien Eine Clusterpositionsdatei locs enth lt die X und Y Koordinaten jedes Clusters auf der Flie zelle Statisti
97. ite befindet Stellen Sie sicher dass der Pfeil am linken Rand der Flie zelle der die Flussrichtung angibt in Richtung Ger t zeigt Schieben Sie die Flie zelle vorsichtig bis zum Anschlag in Richtung des oberen und der rechten F hrungsstifte HINWEIS Nehmen Sie die Hand von der Flie zelle bevor Sie den Vakuumschalter bet tigen Dadurch wird verhindert dass im Laufe der Zeit eine Verschiebung der Ausrichtung auftritt Abbildung 25 Flie zelle an oberem und rechten F hrungsstiften ausgerichtet A Oberer F hrungsstift B Rechte F hrungsstifte Bewegen Sie den Flie zellenregler langsam in Position 1 Dadurch wird das Vakuum aktiviert und die Flie zelle wird in Position gehalten Wenn der Flie zellenregler gr n blinkt ist das Vakuum aktiviert Falls der Regler nicht gr n leuchtet lesen Sie M gliche Probleme bei der Laufkonfiguration auf Seite 113 Teile Nr 15011190 Rev V DEU Abbildung 26 Flie zellenregler in Position 1 j 1 6 Warten Sie 5 Sekunden und bewegen Sie dann den Flie zellenregler langsam in Position 2 ganz rechts Wenn der Fliefzellenregler dauerhaft gr n leuchtet ist ein Vakuum entstanden und die Flie zelle ist einsatzbereit Abbildung 27 Flie zellenregler in Position 2 7 Stellen Sie sicher dass das Kontrollk stchen Vacuum Engaged Vakuum aktiviert auf dem Bildschirm f r das Einsetzen der Primer Flie zelle aktiviert ist und w hlen Sie dann die Option Next Weiter Pr fen des
98. iter 5 F hren Sie eine Fluidikpr fung durch a W hlen Sie L sung 5 SB2 aus der Dropdown Liste Akzeptieren Sie die Standardwerte f r die Pumpe b W hlen Sie Pump Pumpe c F hren Sie eine Sichtpr fung der Flie zelle auf Luftblasen die die Lanes passieren und Undichtigkeiten in der N he der Manifolds durch Teile Nr 15011190 Rev V DEU 10 Entfernen Sie die Abfallschl uche der entsprechenden Flie zelle vom Abfallbeh lter Entfernen Sie nicht die Abfallschl uche der gegen berliegenden Flie zelle oder die Schl uche der Kondensatpumpe B ndeln Sie die Abfallschl uche mit Parafilm sodass die Enden nebeneinanderliegen Platzieren Sie die geb ndelten Enden der Abfallschl uche in einer 250 ml Flasche W hlen Sie Next Weiter um den Wasserwaschlauf zu starten Positionen Ungef hre Laufzeit 8 SBS Positionen 20 Minuten 8 SBS Positionen und 10 Paired End Positionen 60 Minuten Messen Sie nach Abschluss des Waschlaufs die abgegebenen Volumina und dokumentieren Sie sie auf dem Laborkontrollformular Positionen Abgegebenes Volumen 8 SBS Positionen 32 ml 8 SBS Positionen und 10 Paired End Positionen 72 ml Entfernen Sie die Umwicklung von den Abfallschl uchen und setzen Sie die Schl uche wieder in die Abfallflasche ein HiSeq 2000 System Benutzerhandbuch 3 9 SINBJy9ISEMISSSEM SAUS USIUYNJYIING Verfahren nach einem Lauf Ger tin den Leerlauf versetzen 90 Gehen Sie wie nachfolgend beschrieben vor we
99. jede Platte in den einzelnen Bildstreifen erzeugt Thumbnail_Images1 LO0 X 1C X 1 F r jede Lane wird ein Ordner und f r jeden Zyklus ein entsprechender Unterordner angelegt s_ Lane _ Platte _ Kanal jpg Platte ist der Platzhalter f r die vierstellige Zahl die die Oberfl che die Bildstreifen und die Platte angibt Weitere Informationen hierzu finden Sie unter Plattennummerierung auf Seite 109 Teile Nr 15011190 Rev V DEU Ordnerstruktur der Ausgabedaten Config Enth lt Konfigurationsdateien f r den Lauf BD Data Intensities BaseCalls F LOO X Base Call Dateien f r jede Lane zusammengefasst in einer Datei pro Zyklus Phasing Empirische Phasierungsdateien eine Datei pro Platte bei jedem Zyklus LOOIX Zusammengefasste Clusterpositionsdateien f r jede Lane Offsets Zwei Offset Dateien f r den Lauf El RTAConfiguration xml Images Focus 2 LOO X Fokusbilder f r jede Lane InterOp Vom Sequenzierungsanalyse Viewer SAV verwendete Bin rdateien gt Logs Protokolldateien die betriebliche Ereignisse beschreiben Recipe Laufspezifische Rezepturdatei mit der Reagenzienkartuschen ID als Name RTALogs Protokolldateien die Echtzeitanalyseereignisse beschreiben Thumbnail_Images Miniaturbilder der 9 Positionen aus jeder Datei die f r jeden Zyklus und jede Base generiert werden El Runinfo xml RunParameters xml Name und Pfad des Laufordners Der Lauford
100. kdateien F r jeden Zyklus wird eine Statistikdatei stats generiert Die Statistikdatei enth lt zusammengefasste Statistikwerte f r den Zyklus Die prim ren Ausgabedateien werden f r die anschlie ende Datenanalyse verwendet Verwenden Sie bcl2fastq f r die Demultiplexierung und Konvertierung der BCL Dateien in FASTO Dateien die als Eingabedateien f r das Alignment verwendet werden k nnen Konvertieren Sie HiSeq Daten mit bcl2fastq 1 8 4 oder h her Die Echtzeitanalyse liefert Echtzeitkennzahlen zur Laufqualit t die in InterOp Dateien gespeichert werden InterOp Dateien sind Bin rdateien mit Kennzahlen zu Platten Zyklen und zur Read Ebene Sie werden ben tigt um Kennzahlen im Sequenzierungsanalyse Viewer ansehen zu k nnen Verwenden Sie zum Anzeigen der von der Echtzeitanalyse generierten Kennzahlen den Sequenzierungsanalyse Viewer v1 8 20 oder h her Weitere Informationen finden Sie unter Sequenzierung von Ausgabedateien auf Seite 104 Echtzeitanalyse Fehlerbehandlung Bei der Echtzeitanalyse werden Protokolldateien im Ordner RTALogs gespeichert Wenn ein Fehler auftritt wird dieser in einer Fehlerprotokolldatei namens Error txt protokolliert HINWEIS Die Software erstellt die Fehlerprotokolldatei nur dann wenn ein Fehler auftritt Daten bertragung 96 W hrend des Laufs kopiert die Echtzeitanalyse automatisch die aus den Rohbilddateien generierten Daten in den angegebenen Ordner Falls die Bildana
101. ldung 12 Flie zelle an oberem und rechten F hrungsstiften ausgerichtet A Oberer F hrungsstift B Rechte F hrungsstifte Bewegen Sie den Flie zellenregler langsam in Position 1 Dadurch wird das Vakuum aktiviert und die Flie zelle wird in Position gehalten Wenn der Flie zellenregler gr n blinkt ist das Vakuum aktiviert Falls der Regler nicht gr n leuchtet lesen Sie M gliche Probleme bei der Laufkonfiguration auf Seite 113 Teile Nr 15011190 Rev V DEU Abbildung 13 Flie zellenregler in Position 1 j d 6 Warten Sie 5 Sekunden und bewegen Sie dann den Flie zellenregler langsam in Position 2 ganz rechts Wenn der Fliefzellenregler dauerhaft gr n leuchtet ist ein Vakuum entstanden und die Fliefzelle ist einsatzbereit Abbildung 14 Flie zellenregler in Position 2 7 Stellen Sie sicher dass das Kontrollk stchen Vacuum Engaged Vakuum aktiviert auf dem Bildschirm f r das Einsetzen der Primer Flie zelle aktiviert ist und w hlen Sie dann die Option Next Weiter Pr fen des Flusses Bei der berpr fung des Flusses wird auch festgestellt ob die Flie zelle und die Dichtungen ordnungsgem installiert sind und ein Vakuum entstanden ist 1 W hlen Sie L sung 2 Wasser in Laborqualit t aus der Dropdown Liste HiSeq 2000 System Benutzerhandbuch 3 5 usizuabeay uon ua nop pun uape7 a ACHTUNG y Verwenden Sie Wasser zur Pr fung des Flusses nur bei einer gebrauchten Flie zelle Verwenden Sie nie
102. le A D Reagenzien Rack f r SBS Reagenzien f r Fliefizelle B A Teile Nr 15011190 Rev V DEU FlieBzellenkammer In der Flie zellenkammer sind der Flie zellentisch die Heizelemente das Vakuumsystem und die Fluidikanschl sse f r die einzelnen Flie zellen untergebracht Abbildung 3 Flie zellentisch mit zwei Flie zellen OH FC A 1 I o Fliefszelle A Flie zelle B Flie zellenregler A Flie zellenregler B Dom P Auf der linken Seite ist Flie zelle A und auf der rechten Seite ist Flie zelle B dargestellt Jede Flie zelle befindet sich auf dem Flie zellentisch der von der Steuerungssoftware in das optische Modul hineingefahren bzw aus diesem herausgefahren wird Der Flie zellentisch muss in der vordersten Position positioniert sein um die T r der Flie zellenkammer ffnen zu k nnen und eine Flie zelle einzusetzen oder zu entfernen Die Flie zelle befindet sich auf dem Flie zellenhalter wobei die Einlass und Auslass ffnungen nach unten zeigen und wird durch das Vakuum unter jedem Flie zellenhalter in Position gehalten Der beleuchtete Flie zellenregler der sich vor jedem Flie zellenhalter befindet steuert das Vakuum Wenn der Flie zellenregler gr n leuchtet sitzt die Vakuumdichtung sicher HiSeq 2000 System Benutzerhandbuch 5 usjuauoduloy 000z PasIiH berblick Starten des HiSeq 2000 Starten Sie den Ger testeuerungscomputer Melden Sie sich mit dem Standard Benutzernamen u
103. len Sie Next Weiter um zum n chsten Bildschirm zu wechseln oder Back Zur ck um zum vorherigen Bildschirm zur ckzukehren Sie k nnen jederzeit w hrend der Laufkonfiguration Cancel Abbrechen w hlen um die Laufkonfiguration zu beenden und zum Begr ungsbildschirm zur ckzukehren Bildschirm Integration Der Bildschirm Integration erm glicht den Lauf mit BaseSpace zu verbinden F hren Sie hierzu die folgenden Schritte aus 1 2 4 W hlen Sie BaseSpace W hlen Sie aus den folgenden BaseSpace Optionen aus Storage and Analysis Speicherung und Analyse Sendet zwecks Remote berwachung und Datenanalyse Laufdaten an BaseSpace Zur Verwendung dieser Option ist ein Probenblatt erforderlich Run Monitoring Only Nur Lauf berwachung Sendet nur InterOp Dateien an BaseSpace das eine berwachung des Laufs zul sst Melden Sie sich mit der E Mail Adresse Ihres Mylllumina Kontos und Ihrem Kennwort bei BaseSpace an W hlen Sie Next Weiter Um fortzufahren ohne den Lauf mit BaseSpace zu verbinden f hren Sie die folgenden Schritte durch HiSeq 2000 System Benutzerhandbuch 5 3 ula jouwesedine7 uoan UsqseBuly Durchf hren eines TruSeq v3 Laufs 1 2 W hlen Sie None Keine W hlen Sie Next Weiter Bildschirm Storage Speicherung 1 2 4 Aktivieren Sie das Kontrollk stchen Save to an output folder In einem Ausgabeordner speichern und w hlen Sie Browse Durchsuchen um
104. lie en Sie die Fehlermeldung und starten Sie anschlie end die Ger tesoftware neu Falls das Problem weiterhin besteht starten Sie den Ger tecomputer neu Wenn Sie den Computer neu starten m chten schalten Sie das Ger t zuerst aus um sicherzustellen dass das DoNotEject Laufwerk korrekt erkannt wird Falls das Problem nach dem Neustart des Ger tecomputers weiterhin besteht schalten Sie das Ger t aus warten Sie mindestens 60 Sekunden und starten Sie das Ger t anschlie end neu Entfernen Sie die Flie zelle und wiederholen Sie die Reinigungsschritte Stellen Sie sicher dass die Dichtungen vorhanden sind und gut sitzen Setzen Sie die Flie zelle wieder ein Falls die vorhergehenden Schritte nicht zum Erfolg f hren ersetzen Sie die Dichtungen und setzen Sie anschlie end die Flie zelle erneut ein Entfernen Sie die Flie zelle und wiederholen Sie die Reinigungsschritte Stellen Sie sicher dass die Dichtungen vorhanden sind und gut sitzen Setzen Sie die Flie zelle wieder ein Falls die vorhergehenden Schritte nicht zum Erfolg f hren ersetzen Sie die Dichtungen und setzen Sie anschlie end die Flie zelle erneut ein Stellen Sie den Flie zellenregler auf Position 2 119 UOIJEIN LLUOYINE Jap 199 SWSIAOAA Syan Bon Fehlerbehebung 114 Problem Schlechte Fl ssigkeitsabgabe M gliche Ursache M glicherweise Luftblasen im System Aktion Positionieren Sie die Flie zelle neu und berpr f
105. llabfall Durchf hren eines TruSeq v3 Laufs Setzen Sie die Cluster Flie zelle f r die Sequenzierung ein Pr fen Sie den ordnungsgem en Fluss Starten Sie den Sequenzierungslauf Optional Pr fen Sie nach Zyklus 1 den Bericht zur ersten Base und fahren Sie anschlie end mit Read 1 fort Der Lauf wird gem den Laufparametern fortgesetzt Bereiten Sie Paired End Reagenzien und frischen ICB f r Read 2 vor Wiegen Sie die Reagenzien nach der Vorbereitung Weitere Informationen zur Reagenzienvorbereitung finden Sie unter Schritte f r die Reagenzienvorbereitung auf Seite 48 50 Teile Nr 15011190 Rev V DEU Laden Sie die Paired End Reagenzien und frisch vorbereiteten ICB f r Read 2 Setzen Sie den Lauf fort Die Software f llt automatisch Paired End Reagenzien vor und f hrt die Read 2 Resynthese und Read 2 durch Wenn der Lauf abgeschlossen ist entladen und wiegen Sie die Reagenzien F hren Sie einen Ger tewaschlauf durch HiSeq 2000 System Benutzerhandbuch 5 1 MOyM4OoMmsSBUNJSIZUSNbaS En basna Lauftyp Read 1 Zyklen Single Read lt 101 nicht indiziert Single Read lt 101 einfach indiziert Single Read lt 101 doppelt indiziert Paired End lt 101 nicht indiziert Paired End lt 101 einfach indiziert Paired End lt 101 doppelt indiziert Durchf hren eines TruSeq v3 Laufs Index 1 17 Read Zyklen 6 oder 7 82 8 71 82 Lauftypen f r die TruSeq v3 Chemie Index 2
106. lle werden f r die Matrizenbildung die Bilddaten der ersten f nf Zyklen des Laufs ben tigt Nachdem der letzte Matrizenzyklus f r die Platte aufgenommen wurde wird die Matrize generiert Die Clusterpositionen f r jede Platte werden in einer Clusterpositionsdatei locs oder einer komprimierten Clusterpositionsdatei clocs gespeichert Weitere Informationen finden Sie unter Sequenzierung von Ausgabedateien auf Seite 104 Registrierung und Intensit tsextraktion 100 Die Registrierung und die Intensit tsextraktion werden durchgef hrt nachdem die Matrize mit den Clusterpositionen erstellt wurde Bei der Registrierung werden die Bilder die bei jedem weiteren Zyklus der Matrizenbildung erzeugt werden an der Matrize ausgerichtet Die Intensit tsextraktion ermittelt f r ein bestimmtes Bild einen Intensit tswert f r jeden Cluster in der Matrize Wenn die Registrierung f r ein Bild in einem Zyklus fehlschl gt werden f r diese Platte in diesem Zyklus keine Base Calls erzeugt Sehen Sie sich im Sequenzierungsanalyse Viewer Teile Nr 15011190 Rev V DEU SAV die Miniaturbilder an und berpr fen Sie ob die Registrierung bei einzelnen Bildern fehlgeschlagen ist Verwenden Sie die Offset Dateien um bei der Registrierung aufgetretene Fehler zu beheben Weitere Informationen finden Sie unter Sequenzierung von Ausgabedateien auf Seite 104 Farbmatrixkorrektur Nach der Registrierung und Intensit tsextraktion korrigiert die Echtz
107. lyse zu weit zur ckf llt stoppt die Echtzeitanalyse die Verarbeitung und versetzt die Flie zelle in einen sicheren Status Die Verarbeitung wird wieder aufgenommen wenn die Bilddaten zur Verf gung stehen ker HINWEIS Falls die Echtzeitanalyse nicht mehr funktioniert wird die Verarbeitung automatisch w hrend des n chsten Zyklus am entsprechenden Punkt auf der Flie zelle fortgesetzt Starten Sie die Echtzeitanalyse nicht manuell Teile Nr 15011190 Rev V DEU Wenn Sie BaseSpace verwenden empfiehlt Illumina eine Netzwerkverbindungsgeschwindigkeit von 10 MBit s Weitere Informationen finden Sie im HiSeg 2500 1500 und 2000 Handbuch zur Standortvorbereitung Teile Nr 15006407 Die Daten bertragung ist abgeschlossen wenn eine Markerdatei namens Basecalling_ Netcopy_complete txt generiert wurde Eine dieser Dateien wird f r jeden Read und eine f r den gesamten Durchlauf generiert HiSeq 2000 System Benutzerhandbuch 97 9s eueyaz1y93 elp Joen 1911q189N berwachen der Laufkennzahlen Die Echtzeitanalyse generiert automatisch Qualit tskennzahlen wenn die Bildanalyse beginnt W hrend der ersten Zyklen stehen jedoch nicht alle Metriken zur Verf gung da einige Prozesse zum Generieren von Daten mehrere Zyklen ben tigen Data Zyklus Echtzeitanalyse Bildanalyse Nach Zyklus 5 W hrend der ersten 5 Zyklen des Laufs generiert die Software eine Matrize mit Cluster Positionen Base Calls Nach Zyklus 12 Das Base Calling
108. mals Wasser zur Pr fung des Flusses bei einer Cluster Flie zelle 2 berpr fen Sie die folgenden Standardwerte Volume Volumen 125 Aspirate Rate Aspirationsrate 250 Dispense Rate Zufuhrrate 2000 3 W hlen Sie Pump Pumpe F hren Sie eine Sichtpr fung der Flie zelle auf Luftblasen die die Lanes passieren und Undichtigkeiten in der N he der Manifolds durch Wenn eine erh hte Anzahl an Luftblasen vorliegt berpr fen Sie die Dichtungen auf Behinderungen senken Sie die Aspirationsrate auf 100 und pumpen Sie weitere 125 ul Wasser in die Flie zelle Wenn die Probleme weiterhin bestehen entfernen Sie die Flie zelle wiederholen Sie die Reinigungsschritte und setzen Sie die Flie zelle erneut en Positionieren der Schl uche und Starten des Vorf llvorgangs 1 Entfernen Sie die 8 Abfallr hrchen der entsprechenden Flie zelle vom Abfallbeh lter Entfernen Sie nicht die 8 R hrchen der gegen berliegenden Flie zelle und die R hrchen der Kondensationspumpe oder der Paired End Vorf llpumpen Durchf hren eines HiSeq v4 Laufs 36 Teile Nr 15011190 Rev V DEU Abbildung 15 Positionieren der Schl uche Abfallr hrchen der Flie zelle f r Reagenzienpositionen 1 bis 8 Schlauch der Kondensatpumpe nicht entfernen Schl uche der Paired End Vorf llpumpe nicht entfernen A B CG Platzieren Sie jeden Abfallschlauch in einem leeren 15 ml R hrchen 1 Abfallr hrchen pro 15 ml R hrchen Der Vorf llabfall wird gesa
109. mat Flie zellenformat Single Read oder Paired End aus Geben Sie die Anzahl der Zyklen f r Read 1 und ggf Read 2 ein HINWEIS Die Anzahl der in einem Read ausgef hrten Zyklen ist um einen Zyklus h her als die Anzahl der analysierten Zyklen Wenn Sie beispielsweise 125 Zyklen f r Read 1 durchf hren m chten geben Sie 126 ein Geben Sie f r die Indizierungsoption Custom Benutzerdefiniert die Anzahl der Zyklen f r die Index Reads ein Read L ngen m ssen nicht identisch sein berpr fen Sie die folgenden Standardeinstellungen f r die Chemie Die Felder werden entsprechend dem gew hlten Indextyp automatisch ausgef llt a SBS HiSeq SBS Kit v4 b Index HiSeq v4 Single Index oder HiSeq v4 Dual Index c PE Turnaround HiSeq PE Cluster Kit v4 Optional Aktivieren Sie das Kontrollk stchen Use Existing Recipe Vorhandene Rezeptur verwenden wenn Sie eine benutzerdefinierte Rezeptur verwenden m chten Ansonsten lassen Sie zu dass die Software eine Rezeptur auf Basis der eingegebenen Laufparameter erstellt Bildschirm Sample Sheet Probenblatt 26 2 Probenbl tter sind optional es sei denn Sie verwenden BaseSpace um eine Datenanalyse durchzuf hren oder Sie f hren einen indizierten Lauf durch 1 W hlen Sie Browse Durchsuchen um zum Speicherort des Probenblatts zu navigieren W hlen Sie Next Weiter Teile Nr 15011190 Rev V DEU HINWEIS HiSeq Control Software v2 2 erm glicht die Verw
110. mix Schnelle Amplifikations Vormischung 15 FDR Schnelles Denaturierungsreagenz enth lt Formamid 16 HP11 Read 2 Sequenzierungs Primer Wenn Sie Indizierungsreagenzien f r einen Lauf mit einem Index geladen haben ist FDR bereits in Position 10 geladen Wenn Sie Indizierungsreagenzien f r einen Lauf mit einem doppelten Index geladen haben sind FRM und FDR bereits in den Positionen 10 bzw 15 geladen Stellen Sie konische 15 ml R hrchen mit 10 ml Wasser in Laborqualit t in nicht verwendete Positionen auf dem Paired End Rack HiSeq 2000 System Benutzerhandbuch 31 USIZUSBESH uon u jnyo A pun USPpe Durchf hren eines HiSeq v4 Laufs 6 Schieben Sie den Reagenzien Rack in die Reagenzienkammer indem Sie ihn an der erh hten F hrung unten in der Kammer ausrichten 7 Senken Sie die Sipper wie folgt in die Paired End Reagenzr hrchen ab a Ziehen Sie den Griff zu sich hin und dr cken Sie ihn dann nach unten b Inspizieren Sie die Sipper visuell um sicherzustellen dass sie beim Eintauchen in die R hrchen nicht verbogen werden c Schieben Sie den Griff in die Aussparung am unteren Ende der Schiene 8 W hlen Sie Next Weiter Vorf llen von Reagenzien Die Schritte zum Vorf llen der Reagenzien umfassen das Reinigen des Flie zellenhalters das Laden der Primer Flie zelle das Verifizieren des ordnungsgem en Flusses und abschlie end das Starten des Vorf llvorgangs Reinigen des Flie zellenhalters 1 ffnen Sie d
111. mmelt und nach dem Vorf llvorgang gemessen W hlen Sie Start Prime Vorf llvorgang starten Der Vorf llbildschirm wird ge ffnet und der Vorf llvorgang wird gestartet berwachen Sie den Status des Vorf llvorgangs auf dem Vorf llbildschirm Messen Sie nach Abschluss des Vorf llvorgangs den gesammelten Abfall und berpr fen Sie ob das Volumen in jedem R hrchen 1 75 ml bzw insgesamt 14 ml betr gt Das Gesamtvolumen wird wie folgt berechnet 250 ul f r jede SBS Position au er Position 2 250 x 7 1 75 ml 1 75 ml f r jede Lane 1 75 x 8 14 ml Halten Sie die Ergebnisse im Laborkontrollformular fest Bevor Sie fortfahren setzen Sie die Abfallschl uche wieder in den Abfallbeh lter ein W hlen Sie Next Weiter HiSeq 2000 System Benutzerhandbuch 37 USIZUSBESH uon u jnyo A pun USPpe Durchf hren eines HiSeq v4 Laufs Laden einer Flie zelle Zu den Schritten zum Einsetzen der Cluster Flie zelle geh ren das Entfernen der zum Vorf llen verwendeten Flie zelle das Reinigen des Flie zellenhalters das Reinigen und Einsetzen der Flie zelle in das Ger t sowie das Verifizieren des ordnungsgem en Flusses Vom Benutzer bereitzustellende Verbrauchsmaterialien Reinigungst cher f r Objektive 70 iges Ethanol oder Alkoholtupfer Fusselfreie Labort cher Eine Kunststoffzange gt gt gt gt Entfernen der gebrauchten Flie zelle 1 Bewegen Sie den Flie zellenregler langsam in Position 1 um die Man
112. n zwei Oberfl chen ausgestattet ist Zwei Flie zellen Das HiSeq 2000 ist ein System f r zwei Flie zellen das die Durchf hrung von Sequenzierungen f r eine oder beide Flie zellen gleichzeitig und mit unterschiedlichen Read L ngen erm glicht Reagenzienk hler mit hoher Aufnahmekapazit t Die Reagenzienkammer ist ein hochleistungsf higer K hler der ausreichend Reagenzien f r den gesamten Sequenzierungslauf aufnehmen kann Integrierte Fluidik f r Paired End L ufe Die integrierte Paired End Fluidik liefert Reagenzien aus der Reagenzienkammer f r die Read 2 Resynthese und die indizierte Sequenzierung an die Flie zelle Steuerungsoptionen auf der Benutzeroberfl che Die Benutzeroberfl che der Ger tesoftware bietet Optionen zum Einrichten des Laufs und Bedienen des Ger ts ber den Touchscreen Monitor bzw die integrierte Tastatur Base Calling in Echtzeit Die Ger tesoftware extrahiert Intensit ten aus Bildern und f hrt das Base Calling mit Qualit ts Score auf dem Ger tecomputer durch sodass Sie w hrend des Laufs Qualit tskennzahlen berwachen k nnen und bei der anschlie enden Datenanalyse wertvolle Zeit sparen Die nachgeschaltete Analyse von Sequenzierungsdaten kann mit Illumina Analysesoftware oder Software Programmen von Drittanbietern auf IlluminaCompute auf Illumina BaseSpace oder auf einer benutzerdefinierten Infrastruktur durchgef hrt werden BaseSpace Konnektivit t Das HiSeq 2000 bietet eine Funktion zum Senden
113. nd Schadensregulierung berl sst iii ohne vorherige schriftliche Zustimmung der anderen Partei keinen Versto gegen ein Immaterialg terrecht zugibt iv ohne vorherige schriftliche Zustimmung der anderen Partei keiner Schadensregulierung bzw Kompromissl sung bei einem solchen Anspruch bzw einer entsprechenden Aktion zustimmt und v der anderen Partei eine angemessene Unterst tzung bei der Verteidigung hinsichtlich des Anspruchs oder der Aktion gew hrt vorausgesetzt dass die Partei der gesch digten Partei die Auslagen die bei der Gew hrung der Unterst tzung angefallen sind angemessen ersetzt e Waren von Drittanbietern und Schadenersatz Illumina hat keine Schadenersatzverpflichtungen in Bezug auf Waren eines Drittanbieters mit denen ein K ufer beliefert wurde Waren von Drittanbietern sind Waren die mit dem Namen oder der Marke eines Drittanbieters versehen sind Etwaige Schadenersatzrechte des K ufers hinsichtlich Waren von Drittanbietern ergeben sich aus den Regelungen des Originalherstellers oder Lizenzgebers Auf schriftliche Anfrage wird Illumina versuchen diese Regelungen zu Schadenersatzrechten gegebenenfalls an den K ufer weiterzugeben HiSeq 2000 System Benutzerhandbuch VI Teile Nr 15011190 Rev V DEU Versionshistorie Teile Nr Rev Datum 15011190 V Oktober 2014 15011190_DEU U April 2014 15011190_DEU T November 2013 15011190_DEU R Mai 2013 15011190 E Januar 2013 HiSeq 2000 System Benutzerhandbuch Bes
114. nd dem Standard Kennwort beim Betriebssystem an Benutzername sbsuser Kennwort sbs123 Warten Sie ab bis das Betriebssystem geladen wurde Wenn die Anmeldung mit den Standarddaten fehlschl gt erkundigen Sie sich bei Ihrem zust ndigen Administrator nach dem Benutzernamen und dem Kennwort f r Ihren Standort Bringen Sie den Hauptnetzschalter in die EIN Position Wenn Sie vor dem Ger t stehen befindet sich der Netzschalter auf der linken Seite Warten Sie mindestens eine Minute bis das Ger t ordnungsgem konfiguriert und das Ger telaufwerk DoNotEject initialisiert ist W hrend der Initialisierung des Laufwerks wird ein entsprechendes Fenster ge ffnet Schlie en Sie das Fenster Falls sich das Fenster nicht ffnet suchen Sie unter Arbeitsplatz nach dem Ger telaufwerk DoNotEject HINWEIS Werfen Sie niemals das Flash Laufwerk DoNotEject aus das sich im Geh use des Ger ts befindet und ndern Sie nicht die darauf gespeicherten Dateien Das Laufwerk enth lt Hardwarekonfigurationsdateien und wird jedesmal initialisiert wenn Sie das Ger t einschalten Archivieren Sie die auf dem Ger tecomputer befindlichen Daten aller vorherigen L ufe in einem Netzwerkverzeichnis So wird sichergestellt dass ausreichend freier Speicherplatz vorhanden ist ffnen Sie die HiSeq Control Software HCS mithilfe des Symbols auf dem Computer Desktop Die Initialisierung der Steuerungssoftware nimmt einige Minuten in A
115. ner ist der Stammordner f r die Ausgabe eines Sequenzierungslaufs Wenn Sie den Lauf konfigurieren fordert Sie die Software zur Eingabe des Pfads des Laufordners auf Standardm ig besitzt der Name des Ordners das folgende Format JMMTT_ lt Name des Computers gt _ lt Laufnummer gt _ lt Flie zellen ID gt Beispiel 110114_SN106_0716_A9009I5 ACXX HiSeq 2000 System Benutzerhandbuch 1 O7 usjepaqebsny Jop IPINDUISISUDIC Echtzeitanalyse 108 Die Laufnummer wird jedes Mal wenn Sie einen Lauf auf dem Ger t durchf hren um 1 erh ht Die Flie zellen ID die Sie beim Einrichten des Laufs eingegeben haben wird an das Ende des Laufordnernamens angeh ngt Der Laufordner wird in dem Ausgabepfad gespeichert den Sie bei der Laufkonfiguration im Scanbildschirm angegeben haben Der tempor re Laufordner f r Flie zelle A wird auf das Laufwerk D und der tempor re Laufordner f r Flie zelle B wird auf das Laufwerk E geschrieben Teile Nr 15011190 Rev V DEU Plattennummerierung Die Hochleistungs Flie zelle des HiSeq Systems wird f r jeden Zyklus in 96 Platten auf jeder Lane oben und unten aufgenommen Jede Lane hat 3 Bildstreifen mit je 16 Platten Die Schnelllauf Flie zelle wird in 64 Platten aufgenommen Jede Lane hat 2 Bildstreifen mit je 16 Platten Der Plattenname ist eine vierstellige Zahl die die Position der Flie zelle darstellt Die erste Ziffer steht f r die Oberfl che 1 steht f r oben 2 steht f r unten
116. nes TruSeq v3 Laufs Einf hrung Um auf dem HiSeq 2000 einen TruSeq v3 Lauf durchzuf hren bereiten Sie SBS Reagenzien f r Read 1 und Indizierungsreagenzien vor bevor Sie den Lauf konfigurieren Halten Sie sich an die Eingabeaufforderungen der Software zum Einrichten des Laufs Zu den Schritten f r die Einrichtung des Laufs geh ren das Eingeben von Laufparametern das Laden und Vorf llen der Reagenzien das Laden der Flie zelle und das Durchf hren einer Fluidikpr fung Bereiten Sie nach Abschluss von Read 1 und den Index Reads Paired End Reagenzien und SBS Reagenzien f r Read 2 vor und laden Sie diese Rufen Sie die Spezifikationen f r das HiSeq 2000 auf der Ilumina Website auf um Informationen ber die Laufzeit sowie andere Performance Spezifikationen zu erhalten Verbrauchsmaterialien f r die TruSeq v3 Sequenzierung Name des TruSeq v3 Kits Beschreibung TruSeq SBS Kit v3 Enth lt SBS Reagenzien f r das HiSeq 2000 200 Zyklen oder TruSeq SBS Kit v3 50 Zyklen TruSeq PE Cluster Kit v3 Enth lt Cluster Reagenzien f r das Clusterger t und oder Indizierungsreagenzien f r das HiSeq 2000 TruSeq SR Cluster Kit v3 Die PE Version des Cluster Kits enth lt Paired End Reagenzien f r das HiSeq 2000 Jedes Cluster Kit enth lt ein Zubeh r Kit mit Ersatz Flie zellendichtungen und Trichterverschl ssen f r SBS Reagenzienflaschen Schritte f r die Reagenzienvorbereitung Anweisungen f r die Vorbereitung der SBS Re
117. nn das Ger t bis zu 10 Tage im Leerlaufmodus bleiben soll Falls das Ger t l nger als zehn Tage nicht verwendet werden soll lesen Sie den Abschnitt Ausschalten des Ger ts auf Seite 91 1 F hren Sie einen vollst ndigen Wartungswaschlauf durch um das System gr ndlich zu sp len Weitere Informationen finden Sie unter Durchf hren eines Wartungswaschlaufs auf Seite 84 Lassen Sie die Flie zelle auf dem Flie zellentisch wobei sich der Flie zellenregler in Position 2 befinden muss Die Manifolds bleiben in der angehobenen Position Geben Sie 10 ml Wasser in Laborqualit t in jede Reagenzienposition in den Reagenzien Racks Senken Sie dann die Sipper in das Wasser ab Schalten Sie das Ger t nicht aus Bevor Sie das Ger t erneut verwenden f hren Sie einen Wasserwaschlauf durch Weitere Informationen finden Sie unter Durchf hren eines Wasserwaschlaufs auf Seite 88 Teile Nr 15011190 Rev V DEU Ausschalten des Ger ts Schalten Sie das Ger t nur aus wenn es innerhalb der n chsten 10 Tage oder l nger nicht benutzt werden soll Wenn Sie das Ger t innerhalb der n chsten 10 Tage verwenden m chten lesen Sie den Abschnitt Ger t in den Leerlauf versetzen auf Seite 90 Gehen Sie wie folgt vor um die Fluidik sicher vorzubereiten und das System auszuschalten 1 F hren Sie einen Wartungswaschlauf durch um das System zu sp len Weitere Informationen finden Sie unter Durchf hren eines Wartungswaschlaufs auf Seite 84
118. nnen zu extrahieren bzw zu isolieren oder dieses Produkt oder Komponenten davon einer Analyse zu unterziehen die nicht ausdr cklich durch die Dokumentation des Produkts autorisiert ist iii den Zugriff auf die Betriebsmethoden dieses Produkts zu erlangen oder diese zu ermitteln oder iv das Produkt einem Dritten zu bertragen eine Unterlizenz der Software oder einer Software von Drittanbietern zu vergeben Der K ufer ist zudem damit einverstanden dass die Inhalte und Methoden des Betriebs dieses Produkts Eigentum von Illumina sind und dass dieses Produkt Gesch ftsgeheimnisse von Illumina enth lt Die Bedingungen und Einschr nkungen dieser Bestimmungen und Bedingungen sind f r Verkaufsbedingungen gedacht und haben daher den Verkauf und die Nutzung dieses Produktes durch den K ufer zum Gegenstand 5 Begrenzte Haftung SOWEIT DIES GESETZLICH ZUL SSIG IST SIND ILLUMINA ODER DEREN LIEFERANTEN IN KEINEM FALL GEGEN BER DEM K UFER ODER DRITTEN F R KOSTEN DER BESCHAFFUNG VON ERSATZPRODUKTEN ODER DIENSTEN ENTGANGENEN GEWINN DATENVERLUST ODER ENTGANGENE GESCH FTE ODER F R INDIREKTE SPEZIELLE BEIL UFIG ENTSTANDENE BEISPIELHAFTE FOLGE ODER STRAFRECHTLICHE SCH DEN JEDWEDER ART HAFTBAR DIE OHNE EINSCHR NKUNG AUS ODER IN VERBINDUNG MIT DEM VERKAUF DIESES PRODUKTS SEINER NUTZUNG DEN LEISTUNGEN VON ILLUMINA LAUT DIESEM VERTRAG ODER EINER DIESER BESTIMMUNGEN UND BEDINGUNGEN ENTSTEHEN GANZ GLEICH WIE DIESE VERURSACHT WURDEN UND WELCHER
119. nspruch Wenn die Initialisierung der Software abgeschlossen ist wird der Begr ungsbildschirm ge ffnet Links unten im Bildschirm wird das Initialisierungssymbol angezeigt Teile Nr 15011190 Rev V DEU Ger testeuerungscomputer Best Practices Schalten Sie den Computer nicht ein w hrend das Ger t l uft Schalten Sie immer zuerst den Computer ein bevor Sie das Ger t einschalten Schalten Sie das Ger t nicht aus w hrend die Ger testeuerungssoftware l uft Warten Sie nach dem Ausschalten des Ger ts eine Minute bevor Sie es wieder einschalten Schlie en Sie die USB Kabel des Ger ts des Bildschirms und der Tastatur an die USB Ports auf der R ckseite des Computers an bevor Sie den Computer einschalten Schlie en Sie die USB Kabel des Barcodescanners und der Maus an die USB Ports auf der Vorderseite des Computers an HiSeq 2000 System Benutzerhandbuch T 0002 basiH sep usyels berblick HiSeq 2000 Software Auf dem Ger tecomputer sind drei Software Anwendungen installiert HiSeq 2000 Control Software Die Benutzeroberfl che der HiSeq Control Software HCS f hrt Sie durch die Schritte f r die Einrichtung eines Sequenzierungslaufs W hrend des Laufs steuert die Software die Ger te Hardware und die Fluidik legt Temperaturen fest und liefert eine visuelle Zusammenfassung von Qualit tsstatistikwerten Echtzeitanalyse Software Die in die Steuerungssoftware integrierte Software f r die Echtzeitanalyse RTA f
120. pro Lane 30 1 ml pro Lane Entfernen Sie die Umwicklung von den Abfallr hrchen und setzen Sie sie wieder in den Abfallbeh lter ein HiSeq 2000 System Benutzerhandbuch 87 sinejyo9semsBunyem seula ueJynjyoalng Verfahren nach einem Lauf Durchf hren eines Wasserwaschlaufs 88 Nach jedem Sequenzierungslauf ist ein Wasserwaschlauf erforderlich wobei stattdessen ein Wartungswaschlauf durchgef hrt werden kann Wenn das Ger t seit mindestens einem Tag nicht verwendet wurde f hren Sie einen Wasserwaschlauf durch bevor Sie einen neuen Sequenzierungslauf starten Von Illumina bereitgestellte Verbrauchsmaterialien Wasser in Laborqualit t Vom Benutzer bereitzustellende Verbrauchsmaterialien 8 Flaschen 250 ml Corning Katalognr 430776 10 R hrchen 15 ml Corning Katalognr 430052 Wasser in Laborqualit t Verfahren 1 W hlen Sie im Begr ungsbildschirm die Option Wash Water Waschen Wasser aus 2 W hlen Sie Yes Ja um die Paired End Reagenzienpositionen zu waschen W hlen Sie ansonsten No Nein um nur die SBS Reagenzienpositionen zu waschen W hlen Sie Next Weiter um fortzufahren 3 Laden Sie Wasser in Laborqualit t wie folgt in das Ger t a F llen Sie 8 SBS Flaschen mit 20 ml Wasser in Laborqualit t b F llen Sie 10 PE R hrchen mit 10 ml Wasser in Laborqualit t 4 Stellen Sie sicher dass eine gebrauchte Flie zelle geladen ist Setzen Sie ggf eine gebrauchte Flie zelle ein W hlen Sie Next We
121. rchf hren eines Wartungswaschlaufs 84 Durchf hren eines Wasserwaschlaufs 88 Ger t in den Leerlauf versetzen 90 e ne EE 91 gt nn l ha A HiSeq 2000 System Benutzerhandbuch 81 Glace Verfahren nach einem Lauf Einf hrung 82 Zu den Verfahren nach einem Lauf geh ren das Entfernen und das Wiegen der Reagenzien sowie ein Ger tewaschlauf Ein Wasserwaschlauf ist nach jedem Lauf erforderlich wobei wahlweise ein Wartungswaschlauf durchgef hrt werden kann Illumina empfiehlt einen Wartungswaschlauf Durch regelm ige Ger tewaschl ufe wird die kontinuierliche Leistungsf higkeit des Ger ts wie folgt sichergestellt Ggf vorhandene Reagenzien und Probenreste werden aus den Fluidikschl uchen und Sippern gesp lt Eine Ansammlung und Kristallisation von Salz in den Fluidikschl uchen und Sippern wird verhindert Eine Kreuzkontaminierung aus dem vorherigen Lauf wird verhindert HINWEIS A Bei der Einrichtung eines Laufs pr ft die Software ob innerhalb der letzten 24 Stunden ein Wasserwaschlauf oder ein Wartungswaschlauf durchgef hrt wurde Ein Wartungswaschlauf ist alle 10 Tage erforderlich Zehn Tage nach dem letzten Wartungswaschlauf werden Sie aufgefordert einen Wartungswaschlauf durchzuf hren Teile Nr 15011190 Rev V DEU Entladen und Wiegen von Reagenzien 1 ffnen Sie die T r der Reagenzienkammer 2 Heben Sie die Sipper f r den entsprechenden SBS Rack bzw Paired End Rack wie folgt an a Ziehen Sie
122. rd mit dem n chsten Zyklus fortgesetzt Nein Der Lauf kann nicht fortgesetzt werden Ja Der Lauf wird am Anfang des n chsten Reads fortgesetzt Nein 1 W hlen Sie im Lauf bersichtsbildschirm die Option Stop Das Stoppmen wird ge ffnet Abbildung 40 Lauf anhalten Norrr top End of Norr Stop End of C 2 W hlen Sie eine der folgenden Stopp Optionen aus 118 Teile Nr 15011190 Rev V DEU 3 W hlen Sie eine Stoppoption aus Normal Stop End of Lane Chemistry Regul rer Stoppvorgang Lane Chemie Ende Der Lauf wird erst angehalten nachdem der aktuelle Chemie oder Bildgebungsbefehl abgeschlossen und die Flie zelle in einen sicheren Status versetzt wurde Normal Stop End of Cycle Regul rer Stoppvorgang Zyklusende Der Lauf wird angehalten nachdem der aktuelle Zyklus abgeschlossen und die Flie zelle in einen sicheren Status versetzt wurde Immediate Stop Sofortiger Stopp Der Lauf wird ohne Beenden des aktuellen Vorgangs gestoppt Die Flie zelle wird nicht in einen sicheren Status versetzt Die Fortsetzung eines Laufs der mit der Option Immediate Stop angehalten wurde ist nicht m glich 4 W hlen Sie aus den folgenden Echtzeitanalyse Optionen aus Keep As Is Ohne nderungen fortfahren Der Lauf wird angehalten und es werden keine nderungen an der Echtzeitanalyse vorgenommen Der Lauf kann an der Stelle fortgesetzt werden an der er angehalten wurde Complete For Run F r aktuellen La
123. rektur 101 Fehler und Warnungen Statussymbole 11 Fehlerbehebung 113 Fluidik 11 Laden von Flie zellen 113 Registrierung 100 Fehlerwahrscheinlichkeit 102 Filterdateien 95 104 Flie zelle Cluster nach a 102 Clusterpositionen 10 Einsetzen 38 68 Fehlerbehebung 113 Flie zellen ID 24 54 Flie zellenhalter 32 62 Plattennummerierung 109 Regler 40 70 Reinigen 40 70 Schalter 33 63 Zuf lliges Array 102 Flie zellenhalter F hrungsstifte 33 40 63 70 Positionen der Vakuum ffnungen 32 62 Flie zellenkammer 3 5 Flie zellenregler Position 0 32 62 Position 1 33 40 63 70 Position 2 33 40 63 70 Fluidik Fehlerbehebung 113 116 Fluidikkammer 3 G Ger t ausschalten 91 Ger t in den Leerlauf versetzen 90 Ger tewaschlauf 84 Ger tezustand 12 Gestaffelte L ufe 115 H Hilfe Dokumentation 18 Hilfe technisch 129 HiSeq Control Software 8 14 Indizierte Sequenzierun Reagenzien laden 6 Indizierungsschema 26 57 Inkorporation der ersten Base Berichts Speicherort 25 55 Best tigung 25 44 55 74 Intensit tsextraktion 100 InterOp Dateien 95 105 K Komponenten Flie zellenkammer 3 5 Fluidikkammer 3 Optikmodul 3 Reagenzienkammer 3 4 Konfigurationsdatei Echtzeitanalyse 95 105 L Laden von Flie zellen Flie zelle vorf llen 33 63 Luftblasen Undichtigkeiten 35 42 65 72 Sequenzierungsflie zelle 40 70 Laden von Reagenzien 29 31 77 PW1 in Position 2 28 SBS Position 28 Tr
124. rtgesetzt wenn der laufende Vorgang abgeschlossen ist W hlen Sie im Begr ungsbildschirm die Option Sequence Sequenzierung und anschlie end Resume Run Lauf fortsetzen Der Bildschirm Resume Fortsetzen wird ge ffnet W hlen Sie aus der Dropdown Liste den entsprechenden Laufordner aus HINWEIS Die Software setzt den Lauf an dem Punkt fort an dem er angehalten wurde und zeigt standardm ig die richtigen Einstellungen im Bildschirm Resume Fortsetzen an Best tigen Sie die Einstellungen im Bildschirm Resume Fortsetzen oder w hlen Sie den entsprechenden Punkt des Laufs aus an dem der Lauf fortgesetzt werden soll Unter Resume At Fortsetzen bei wird der Read oder Punkt des Laufs aufgef hrt an dem der Lauf fortgesetzt werden soll Unter Start At Cycle Starten bei Zyklus wird der Zyklus aufgef hrt an dem der Lauf fortgesetzt werden soll a ACHTUNG Ilumina empfiehlt einen Lauf nur f r die Read 2 Primer Rehybridisierung am Punkt des Paired End Turnarounds fortzusetzen Best tigen Sie die Einstellungen im Bildschirm Resume Fortsetzen oder w hlen Sie die Bildgebungs und Chemie Befehle zum Fortsetzen aus Weitere Informationen finden Sie unter Mustereinstellungen zum Fortsetzen eines Laufs auf Seite 120 W hlen Sie Next Weiter um fortzufahren Die Software leitet Sie durch die brigen Schritte f r die Laufkonfiguration Mustereinstellungen zum Fortsetzen eines Laufs Wenn ein La
125. s oooooccccccccccccccccccccoccccccccnnnccccccccnnnncccccnnnnnnnccns xiii Kapitel 1 berblick ooo nn 1 lui RE 2 HiSeq 2000 Komponenten 20220eeeeeeeeeeeneeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeenn 3 Starten des HiSeq 2000 6 HiSeq 2000 Software 8 Verf gbarer Speicherplatz ooooocccccccccccccccccccccccccccccccccncnnncnnnnnnnnnnnno 14 berblick ber das Probenblatt 15 Sequenzierungs Verbrauchsmaterialien 2222000202000 16 Weitere Ressourcen 022222seeeeneesennenennnnnnnnn nenne nennen nn nenn nennen nenn 18 Kapitel 2 Durchf hren eines HiSeq v4 LaufS 19 Einf hrung 20 HiSeq v4 Sequenzierungsworkflow 21 Lauftypen f r die HiSeq v4 Chemie o coccccccccccccccccccoccocccccoccccccccccco 22 Eingeben von Laufparameten o ccccccccccccccccccoccccccccnoccccccccnnnnccccccnns 23 Laden und Vorf llen von Reagenzien cuunneeeeeanneeeneneennnnennenennnnn 28 Laden einer Flie zelle 38 berwachen des Laufs 20222censeseneeeeeennnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn 44 Kapitel 3 Durchf hren eines TruSeq v3 LaufS 47 Einf hrung 00000occceeeeeeneneneneennnnenneenennesesneneeneeneneneeneee een 48 TruSeq v3 Sequenzierungsworkflow 50 Lauftypen f r die TruSeq v3 Chemie oocccccccccccccccccccocccccccnnccccccccnnnos 52 Eingeben von Laufparameten 2222222222eeeneenenennnnnnnnnnnenennnnn 53
126. s Flie zellenhalters das Reinigen und Einsetzen der Flie zelle in das Ger t sowie das Verifizieren des ordnungsgem en Flusses Vom Benutzer bereitzustellende Verbrauchsmaterialien Reinigungst cher f r Objektive 70 iges Ethanol oder Alkoholtupfer Fusselfreie Labort cher Eine Kunststoffzange gt gt gt gt Entfernen der gebrauchten Flie zelle 1 Bewegen Sie den Flie zellenregler langsam in Position 1 um die Manifolds zu l sen Abbildung 29 Flie zellenregler in Position 1 2 Bewegen Sie den Flie zellenregler langsam in Position 0 um die Vakuumdichtung zu l sen und die Flie zelle freizugeben 68 Teile Nr 15011190 Rev V DEU Abbildung 30 Flie zellenregler in Position 0 E A o 3 Heben Sie die gebrauchte Flie zelle aus der Halterung Reinigen des Flie zellenhalters 1 Ziehen Sie ein neues Paar ungepuderte Latexhandschuhe an 2 Wischen Sie die Oberfl che des Flief zellenhalters vorsichtig mit einem Alkoholtupfer oder einem fusselfreien mit Ethanol oder Isopropanol befeuchteten Tuch ab bis er sauber ist a ACHTUNG Es darf kein Alkohol in die Vakuum ffnungen oder auf die Umgebung der Manifolds gelangen Reinigen Sie den Tisch ggf mit einem fusselfreien Tuch Abbildung 31 berpr fen der Vakuum ffnungen 3 Unterziehen Sie den Flie zellenhalter einer Sichtpr fung um sicherzustellen dass sich keine Fussel auf dem Halter befinden und die Vakuum ffnungen nicht blockiert
127. sierung 6 Protokolldatei anzeigen 12 ae e 8 Vollbild anzeigen 12 Speicherplatz pr fen 14 Statistikdateien 95 Statistikwerte Dateien 95 Statusalarmsymbol 11 Statusseite 44 74 et 129 Symbole Fehler und Warnungen 11 Statusalarm 11 Systempr fung 9 T Technischer Support 129 V Verbrauchsmaterialien Illumina Sequenzierungs Kits 20 48 Vom Benutzer bereitzustellen 16 Vom Benutzer bereitzustellende Verbrauchsmaterialien 16 Vorf llen Abfallvolumen 37 67 Vorbereitung 37 67 xapul 127 Index 120 W Wartungswaschlauf 9 84 Wartungswaschlaufl sung Vorbereiten 84 Waschl ufe Wartungswaschlauf 84 Wartungswaschlaufl sung vorbereiten 84 Wasserwaschlauf 88 Waschl sung f r Wartungswaschlauf Entsorgung 84 Lagern 84 Wasserwaschlauf 9 Dauer 88 Erwartete Volumina 88 Verbrauchsmaterialien 88 m der Reagenzien ach dem Lauf 83 Vor dem Lauf 28 Workflow Gestaffelte L ufe 115 Z Zyklen berwachung 44 74 Teile Nr 15011190 Rev V DEU Technische Unterst tzung Wenn Sie technische Unterst tzung ben tigen wenden Sie sich bitte an den technischen Support von Illumina Tabelle 10 Allgemeine Kontaktinformationen f r Illumina Adresse 5200 Illumina Way San Diego CA 92122 USA Website www illumina com E Mail techsupport illumina com Tabelle 11 Telefonnummern des Illumina Kundendiensts Region Telefonnummer Region Telefonnummer Nordamerika 1 800 809 4566 Italien 800 87490
128. sitzt einschlie lich jedoch nicht beschr nkt auf Rechte von Drittanbietern oder Rechte auf anwendungsspezifische IP Ilumina gibt keine Garantie oder Gew hrleistung daf r dass die beabsichtigte Nutzung durch den K ufer nicht die Immaterialg terrechte eines Dritten oder der anwendungsspezifischen IP verletzt 3 Regulatorisches Dieses Produkt wurde weder durch die United States Food and Drug Administration noch durch eine andere ausl ndische oder einheimische Beh rde f r eine bestimmte beabsichtigte Nutzung sei es Forschung kommerzielle Nutzung Diagnose oder jegliche andere Nutzung genehmigt oder lizenziert Dieses Produkt darf lediglich zu Forschungszwecken eingesetzt werden Der K ufer muss sicherstellen dass er ber alle beh rdlichen Genehmigungen verf gt die f r die beabsichtigte Nutzung dieses Produkts erforderlich sind 4 Unbefugte Verwendung Der K ufer stimmt zu a jegliches Verbrauchsmaterial nur einmal zu verwenden und b nur Illumina Verbrauchsmaterialien Reagenzien mit Illumina Hardware zu verwenden Die Einschr nkungen in a b gelten nicht wenn die Dokumentation oder die Spezifikationen f r dieses Produkt anderslautende Aussagen enth lt Der K ufer stimmt zu dass er auf die folgenden Aktivit ten verzichtet und einen Dritten nicht dazu autorisiert i das Produkt zu disassemblieren zur ckzuentwickeln reverse engineering zu dekompilieren oder zur ckzuassemblieren ii Komponenten dieses Produkts zu tre
129. te Die Statusleiste gibt an wie viele Zyklen bereits abgeschlossen sind B Fluidikdiagramm Erweitern Sie den Fluidikabschnitt und berwachen Sie die chemischen Schritte C Laufkonfiguration berpr fen Sie die Parameter des aktuellen Laufs D Analysediagramm Das Analysediagramm gibt die Qualit tsbewertungen pro Zyklus an E Bilddiagramm Das Bilddiagramm gibt die Intensit ten pro Zyklus an Durchf hren eines TruSeq v3 Laufs Bericht zur ersten Base Wenn Sie w hrend der Einrichtung des Laufs die Option Confirm First Base Erste Base best tigen aktiviert haben wird das Best tigungsdialogfeld f r die erste Base automatisch nach Abschluss des ersten Zyklus angezeigt Der Lauf wird an diesem Punkt angehalten 1 berpr fen Sie den Bericht zur ersten Base im Best tigungsdialogfeld 2 Wenn die Ergebnisse zufriedenstellend sind w hlen Sie Continue Fortfahren Ja Teile Nr 15011190 Rev V DEU Verfahren nach einem Lauf Wenn der Lauf abgeschlossen ist entladen und wiegen Sie die Reagenzien und f hren Sie anschlie end einen Ger tewaschlauf durch Weitere Informationen finden Sie unter Verfahren nach einem Lauf auf Seite 81 HiSeq 2000 System Benutzerhandbuch v 5 SINE sep ueyoemusan Vorbereiten von Reagenzien fur Read 2 Bereiten Sie vor Abschluss von Read 1 und den Index Reads Reagenzien f r die Read 2 Resynthese und frischen ICB f r Read 2 vor Anweisungen zur Reagenzienvorbereitung finden Sie im TruSeq
130. tion 22222222eseeeeeeeeennnn 113 Gestaffelte L ufe auf Flie zelle A und FlieBzelle B ccoo 115 Durchf hren einer Fluidikpr fung 116 BaseSpace ist nicht verf gbar 2 ccceeeseeeneneennnnennnnennnnnnnnnnnnnnnennnnnnneneenn 117 Anhalten und Fortsetzen eines Late 118 Unterbrechen eines Laufs ucccnnnennnnnenn nun nun nn nnnn nennen 122 Primer Rehybridisierung oooocccccccccccccccccccccccccccccccccnncncnn cnn cnn cnn cnn 124 a il A db rre HiSeq 2000 System Benutzerhandbuch 1 1 1 Old Fehlerbehebung Einf hrung Im folgenden Abschnitt wird beschrieben was Sie bei Problemen die w hrend der Durchf hrung eines Sequenzierungslaufs auftreten k nnen tun k nnen Dar ber hinaus enth lt er Anweisungen zur Durchf hrung einer Fluidikpr fung im Begr ungsbildschirm 1 1 2 Teile Nr 15011190 Rev V DEU Problem Die Software wurde nicht initialisiert Der Flie zellenregler ist orange Der Flie zellenregler blinkt orange Der Flie zellenregler blinkt gr n HiSeq 2000 System Benutzerhandbuch M gliche Ursache Die Software konnte interne Hardwareger te nicht initialisieren Die Flie zelle wurde nicht richtig platziert Das Vakuum ist nicht dicht Die Manifolds wurden nicht angehoben Das Vakuum wirkt zwar aber unzureichend Der Vakuumdruck ist zufriedenstellend M gliche Probleme bei der Laufkonfiguration Aktion Sch
131. uf beenden Die Echtzeitanalyse wird angehalten Die Laufdaten Laufparameter und Rezeptdateien werden aktualisiert um die Anzahl der Zyklen auf den zuletzt durchgef hrten Zyklus zu verringern Die Echtzeitanalyse wird erneut gestartet um das Base Calling f r den Lauf bis zu der Stelle abzuschlie en an der der Lauf angehalten wurde Der Lauf kann nicht fortgesetzt werden Complete For Read F r Read beenden Die Echtzeitanalyse wird angehalten Die Laufdaten Laufparameter und Rezeptdateien werden aktualisiert um die L nge des aktuellen Reads auf den zuletzt durchgef hrten Zyklus zu k rzen Die nachfolgenden Reads sind nicht davon betroffen Anschlie end wird die Echtzeitanalyse neu gestartet um die Analyse f r den aktuellen Read abzuschlie en Der Lauf kann am Anfang des n chsten Reads fortgesetzt werden 5 Nachdem der Lauf angehalten wurde w hlen Sie im bersichtsbildschirm des Laufs Return to Start Zur ck zum Anfang Der Begr ungsbildschirm wird ge ffnet Fortsetzen eines angehaltenen Laufs Sie k nnen einen angehaltenen Lauf nur fortsetzen wenn der Lauf unter Verwendung einer normalen Stopp Option mit einer Echtzeitanalyse Option die das Fortsetzen des Laufs HiSeq 2000 System Benutzerhandbuch 1 1 9 SINE saula UHZIOSUO pun u yeyuy Fehlerbehebung 120 zul sst sicher angehalten wurde HINWEIS Wenn daneben eine Clusterbildung oder Paired End Chemie durchgef hrt wird wird der Lauf erst dann fo
132. uf nach der Aufnahme von Lane 1 bei Zyklus 23 angehalten wurde richtet die Software automatisch die Einstellungen zum Fortsetzen des Laufs f r Read Nr 1 bei Zyklus 23 ein Im Bildschirm Resume Fortsetzen werden folgende Einstellungen angezeigt Resume At Fortsetzen bei Read 1 Start At Cycle Starten bei Zyklus 23 Teile Nr 15011190 Rev V DEU Abbildung 41 Beispiel f r das Fortsetzen bei Zyklus 23 Resume At Read 1 K Image 1 cd Start At Cycle 23 Imaging mo e Da der Lauf in diesem Beispiel w hrend eines Bildgebungsschrittes angehalten wurde wird automatisch Imaging no chemistry Bildgebung keine Chemie ausgew hlt HiSeq 2000 System Benutzerhandbuch 1 2 1 SINE saule uaz esyo y pun u yeyuy Fehlerbehebung Unterbrechen eines Laufs a ACHTUNG y Unterbrechen Sie einen Lauf nicht w hrend der Bildgebung Verwenden Sie w hrend der Bildgebung die Funktion Normal Stop End of Cycle Regul rer Stoppvorgang Zyklusende oder Normal Stop End of Lane Regul rer Stoppvorgang Lane Ende um einen Lauf anzuhalten und ihn wieder fortzusetzen Sie k nnen einen Lauf im Lauf bersichtsbildschirm anhalten Das Unterbrechen eines Laufs ist beispielsweise m glich um die Laufkomponenten z B die Reagenzienmengen zu pr fen und anschlie end mit dem Lauf fortzufahren Im normalen Betrieb gibt es keinen Grund einen Lauf zu unterbrechen 1 W hlen Sie im Lauf bersichtsbildschirm die Opt
133. ufe bei Anderenfalls k nnte die Waschl sung mit Reagenzien aus den Sippern kontaminiert werden HiSeq 2000 System Benutzerhandbuch 3 5 sinejyo9semsBunyem seula ueJynjyoalng Verfahren nach einem Lauf 86 10 11 12 13 14 Laden Sie die Flaschen und R hrchen in die zugewiesenen Reagenzien Rackpositionen im Ger t Aktivieren Sie das Kontrollk stchen Wash solution loaded and template loading station closed Matrize ist geladen und Matrizenladestation ist geschlossen W hlen Sie Next Weiter Entfernen Sie die Flie zelle vom Flie zellentisch und legen Sie sie beiseite bis Sie dieselbe Flie zelle erneut laden bevor Sie den Waschlauf starten Ziehen Sie ein neues Paar Schutzhandschuhe an und dr cken Sie leicht auf eine Seite der Dichtung bis die andere Seite passt Verwenden Sie eine Pinzette um die Dichtung zu fassen und zu entfernen Entfernen Sie die hintere Dichtung auf dieselbe Weise Abbildung 36 Entfernen der gebrauchten Manifold Dichtungen Setzen Sie in das vordere Manifold eine neue Dichtung mit 8 Anschl ssen und in das hintere Manifold eine neue Dichtung mit 8 Anschl ssen ein Setzen Sie die Flie zelle wieder ein Stellen Sie sicher dass das Kontrollk stchen Vacuum Engaged Vakuum aktiviert auf dem Bildschirm f r das Laden der Wasch Flie zelle aktiviert ist W hlen Sie Next Weiter F hren Sie eine Fluidikpr fung durch a W hlen Sie L sung 2 aus der Dropdown Liste Akzeptieren S
134. ufkonfiguration sind in drei Registerkarten unterteilt Run Configuration Laufkonfiguration Pre Run Setup Vorlaufkonfiguration und Initiate Run Lauf initiieren Die Laufkonfigurationsbildschirme enthalten Dropdown Listen Kontrollk stchen oder Textfelder zur Angabe der Laufparameter Scannen Sie die Flie zellen oder Reagenzien Kit ID mit dem tragbaren Barcodescanner ein oder geben Sie die ID ber die Touchscreen Tastatur ein Das Tastatursymbol ki befindet sich rechts neben den Textfeldern W hlen Sie Next Weiter um zum n chsten Bildschirm zu wechseln oder Back Zur ck um zum vorherigen Bildschirm zur ckzukehren Sie k nnen jederzeit w hrend der Laufkonfiguration Cancel Abbrechen w hlen um die Laufkonfiguration zu beenden und zum Begr ungsbildschirm zur ckzukehren Bildschirm Integration Der Bildschirm Integration erm glicht den Lauf mit BaseSpace zu verbinden F hren Sie hierzu die folgenden Schritte aus 1 2 4 W hlen Sie BaseSpace W hlen Sie aus den folgenden BaseSpace Optionen aus Storage and Analysis Speicherung und Analyse Sendet zwecks Remote berwachung und Datenanalyse Laufdaten an BaseSpace Zur Verwendung dieser Option ist ein Probenblatt erforderlich Run Monitoring Only Nur Lauf berwachung Sendet nur InterOp Dateien an BaseSpace das eine berwachung des Laufs zul sst Melden Sie sich mit der E Mail Adresse Ihres Mylllumina Kontos und Ihrem K
135. ungsgem installiert sind und ein Vakuum entstanden ist 12 1 2 W hlen Sie L sung 5 aus der Dropdown Liste Geben Sie die folgenden Standardwerte ein Volume Volumen 250 Aspirate Rate Aspirationsrate 250 Dispense Rate Zufuhrrate 2000 W hlen Sie Pump Pumpe F hren Sie eine Sichtpr fung der Flie zelle auf Luftblasen die die Lanes passieren und Undichtigkeiten in der N he der Manifolds durch Wenn berm ig viele Luftblasen vorhanden sind berpr fen Sie die Manifold Dichtungen auf Obstruktionen und wiederholen Sie den Vorgang mit L sung 6 um zu verhindern dass die L sung an Position 5 aufgebraucht wird Senken Sie die Aspirationsrate auf 100 und pumpen Sie weitere 250 ul in die Flie zelle W hlen Sie Next Weiter Stellen Sie sicher dass der Flie zellenregler gr n leuchtet und schlie en Sie dann die T r der Flie zellenkammer Achten Sie darauf dass die Kontrollk stchen Vacuum Engaged Vakuum aktiviert und Door Closed T r geschlossen aktiviert sind und w hlen Sie Next Weiter Teile Nr 15011190 Rev V DEU 7 W hlen Sie Start um den Sequenzierungslauf zu starten HiSeq 2000 System Benutzerhandbuch 13 3 19Zga loug USpe7 berwachen des Laufs Sie k nnen die Laufkennzahlen die Fluidik und die Bildgebung auf dem Lauf bersichtsbildschirm berwachen Abbildung 35 Lauf bersichtsbildschirm Cycle 1 of 101 Analysis pusio gt Y u A Statusleis
136. unkte i v bezeichnet einen Haftungsausschluss c Schadenersatz durch den K ufer Der K ufer wird Illumina ihre Tochtergesellschaften ihre Partnerfirmen und Entwicklungspartner die zur Entwicklung dieses Produkts beigetragen haben und deren jeweilige F hrungskr fte Direktoren Repr sentanten und Mitarbeiter gegen alle Anspr che Haftungen Sch den Geldbu en Strafen Klageanspr che und Verluste jedweder Art verteidigen entsch digen und schadlos halten einschlie lich jedoch nicht beschr nkt auf Personensch den oder Anspr che nach Todesf llen und Verletzung der Immaterialg terrechte eines Dritten die resultieren aus sich beziehen auf oder entstehen durch i den Versto des K ufers gegen eine dieser Bestimmungen und Bedingungen ii die Nutzung des Produkts durch den K ufer f r einen anderen Zweck als den der Forschung iii die Verwendung dieses Produkts die nicht in bereinstimmung mit den Spezifikationen oder der Dokumentation des Produkts erfolgt oder iv einen Haftungsausschluss d Bedingungen f r Schadenersatzverpflichtungen Die Schadenersatzverpflichtungen der Parteien sind an die Bedingung gekn pft dass die Schadenersatz verlangende Partei i die andere Partei umgehend schriftlich ber einen solchen Anspruch bzw eine entsprechende Aktion informiert ii der anderen Partei bei einem solchen Anspruch bzw einer entsprechenden Aktion die exklusive Kontrolle und Autorit t hinsichtlich der Verteidigung u
137. us 3 Geben Sie die Anzahl der Zyklen f r Read 1 und ggf Read 2 ein a HINWEIS Die Anzahl der in einem Read ausgef hrten Zyklen ist um einen Zyklus h her als die Anzahl der analysierten Zyklen Wenn Sie beispielsweise 125 Zyklen f r Read 1 durchf hren m chten geben Sie 126 ein Durchf hren eines TruSeq v3 Laufs Geben Sie f r die Indizierungsoption Custom Benutzerdefiniert die Anzahl der Zyklen f r die Index Reads ein Read L ngen m ssen nicht identisch sein 4 berpr fen Sie die folgenden Standardeinstellungen f r die Chemie Die Felder werden entsprechend dem gew hlten Indextyp automatisch ausgef llt a SBS TruSeq SBS Kit v3 b Index TruSeq Multiplex Sequencing Primer Box oder TruSeq Dual Index Sequencing Primer Box c PE Turnaround TruSeq PE Cluster Kit v3 5 Optional Aktivieren Sie das Kontrollk stchen Use Existing Recipe Vorhandene Rezeptur verwenden wenn Sie eine benutzerdefinierte Rezeptur verwenden m chten Ansonsten lassen Sie zu dass die Software eine Rezeptur auf Basis der eingegebenen Laufparameter erstellt 5 6 Teile Nr 15011190 Rev VDEU Bildschirm Sample Sheet Probenblatt Probenbl tter sind optional es sei denn Sie verwenden BaseSpace um eine Datenanalyse durchzuf hren oder Sie f hren einen indizierten Lauf durch 1 W hlen Sie Browse Durchsuchen um zum Speicherort des Probenblatts zu navigieren 2 W hlen Sie Next Weiter HINWEIS HiSeq Control Software v2 2 erm
138. uum ffnungen oder auf die Umgebung der Manifolds gelangen Reinigen Sie den Tisch ggf mit einem fusselfreien Tuch 6 Unterziehen Sie den Flie zellenhalter einer Sichtpr fung um sicherzustellen dass sich keine Fussel auf dem Halter befinden und die Vakuum ffnungen nicht blockiert werden Abbildung 24 Positionen der Vakuum ffnungen Laden der Primer Flie zelle Laden Sie im Bildschirm Load Priming Flow Cell Primer Flie zelle laden eine gebrauchte Flie zelle f r den Vorf llvorgang Wenn Sie die gebrauchte Flie zelle geladen haben pr fen Sie ob das Vakuum aktiviert ist r HINWEIS Ilumina empfiehlt die Verwendung einer Flie zelle aus dem vorherigen Lauf um die Reagenzien des nachfolgenden Laufs vorzuf llen oder nach dem Lauf einen Ger tewaschlauf durchzuf hren HiSeq 2000 System Benutzerhandbuch 6 3 usizuabeay uon ua nop pun uape7 Durchf hren eines TruSeq v3 Laufs 64 1 Sp len Sie die gebrauchte Flie zelle mit Wasser in Laborqualit t Trocknen Sie die Flie zelle mit einem f r Objektive geeigneten Reinigungstuch oder einem anderen fusselfreien Tuch ab Reinigen Sie die Flie zelle mit Alkoholtupfern und einem Reinigungstuch f r Objektive HINWEIS Entfernen bzw ersetzen Sie in diesem Schritt nicht die Flie zellen Dichtungen Legen Sie die gebrauchte Flie zelle so auf den Flie zellenhalter dass die Einlass und Auslassanschl sse nach unten weisen und der Barcode sich auf der rechten Se
139. von Ger tezustands und Sequenzierungsdaten an die BaseSpace Genomik Cloud L sung in Echtzeit um die Ger tequalit tskontrolle und Analyse zu optimieren 2 Teile Nr 15011190 Rev V DEU HiSeq 2000 Komponenten Das HiSeq 2000 System besteht aus dem Ger t dem Bildschirm dem Ger testeuerungscomputer und Zubeh r wie einer Tastatur einer Maus einem Universal Netzteil und einem Barcodescanner Das Ger t enth lt vier Hauptkammern das Optikmodul die Flie zellenkammer die Fluidikkammer und die Reagenzienkammer Der Betriebsstatus des Ger ts ist auf einer beleuchteten Statusleiste ersichtlich Abbildung 1 Externe Komponenten A Optikmodul Enth lt optische Komponenten die die Darstellung zweier Oberfl chen der Flie zelle erm glichen indem A C G und T gleichzeitig mithilfe von Epifluoreszenz aufgenommen werden Der Anregungslaserstrahl tritt durch das Objektiv und die Fluoreszenz wird vom selben Objektiv erfasst D Flie zellenkammer Enth lt den vakuumgesteuerten Flie zellentisch der die Flie zelle w hrend des Sequenzierungslaufs in Position h lt CG Fluidikkammer Enth lt Fluidikpumpen die die Reagenzien in die Flie zelle und anschlie end in den Abfallbeh lter leiten D Statusleiste Zeigt den Ger testatus anhand von drei Farben an Blau bedeutet dass das Ger t l uft Orange weist darauf hin dass das Ger t berpr ft werden muss und Gr n zeigt an dass das Ger t f r den n chsten Lauf bereit ist E R
140. werden HiSeq 2000 System Benutzerhandbuch 6 9 allez 4aula USpe7 Durchf hren eines TruSeq v3 Laufs Reinigen der Flie zelle 1 2 Nehmen Sie die Flie zelle mit einer Kunststoffzange aus dem Flie zellenbeh lter Sp len Sie die Flie zelle mit Wasser in Laborqualit t und trocknen Sie sie mit einem Reinigungstuch f r Objektive Falten Sie einen Alkoholtupfer auf die ungef hre Gr e der Flie zelle Halten Sie die Cluster Flie zelle mit zwei Fingern an den R ndern fest Stellen Sie sicher dass die Einlass und Auslassanschl sse nach oben zeigen Reinigen Sie die beiden Seiten der Fliefzelle jeweils mit einer einzigen Wischbewegung Falten Sie den Alkoholtupfer nach jedem Wischen neu und wiederholen Sie den Vorgang bis die Flie zelle gereinigt ist Trocknen Sie die Flie zelle mit einem Reinigungstuch f r Objektive Sch tzen Sie die Flie zelle vor Staub bis Sie sie in das Ger t einsetzen Einsetzen der Sequenzierungsflie zelle 4 1 7O HINWEIS Ersetzen Sie die Manifold Dichtungen nicht Ersetzen Sie die Manifold Dichtungen nach Abschluss des Sequenzierungslaufs und vor dem Wartungswaschlauf Legen Sie die Flie zelle so auf den Flie zellenhalter dass die Einlass und Auslassanschl sse nach unten weisen und der Barcode sich auf der rechten Seite befindet Stellen Sie sicher dass der Pfeil am linken Rand der Flie zelle in Richtung Ger t zeigt Schieben Sie die Flie zelle vorsichtig bis zum
141. zien im Laborkontrollformular fest z HINWEIS f Durch das Wiegen der Reagenzien vor und nach einem Sequenzierungslauf kann die tats chliche Reagenzienzugabe ermittelt werden 3 Offnen Sie die T r der Reagenzienkammer 4 Heben Sie die Sipper f r den Sequenzierungsreagenzien Rack wie folgt an a Ziehen Sie den Griff zu sich hin und schieben Sie ihn dann nach oben b Schieben Sie den Sipper Griff in die Aussparung am oberen Ende der Schiene Vergewissern Sie sich dass der Sipper Griff fest in der Aussparung sitzt HiSeq 2000 System Benutzerhandbuch 5 9 USIZUSBESH uon ua njoA pun USD Durchf hren eines TruSeq v3 Laufs 10 Schieben Sie den Reagenzien Rack aus der Reagenzienkammer Platzieren Sie die einzelnen Reagenzienflaschen in den nummerierten Positionen des Racks Stellen Sie sicher dass sich die konische Seite der Flasche in der Aussparung auf dem Boden des Racks befindet Tabelle 5 SBS Reagenzienpositionen Position Reagenzien Beschreibung 1 ICB Inkorporations Mischung 2 PW1 25 m Waschpuffer 3 SRE Scan Mischungs Reagenz 4 SBS Puffer 1 SB1 Puffer mit hoher Salzkonzentration 5 SBS Puffer 2 SB2 Inkorporations Waschpuffer 6 SBS Puffer 2 SB2 Inkorporations Waschpuffer 7 CMR Aufspaltungs Mischungs Reagenz 8 SBS Puffer 3 SB3 Furchungs Puffer Geben Sie 25 ml PW1 oder Wasser in Laborqualit t in die Flasche in Position 2 Schieben Sie den Reagenzien Rack in die Reagenzienkammer indem Sie ihn an der erh hten
142. ziert Illumina diese Software nicht f r Sie und Sie d rfen die Software weder installieren noch verwenden Die Anweisungen in diesem Dokument m ssen genau durch qualifiziertes und entsprechend ausgebildetes Personal ausgef hrt werden damit die in diesem Dokument beschriebene Anwendung der Produkte sicher und ordnungsgem erfolgen kann Vor der Verwendung dieser Produkte muss der Inhalt dieses Dokuments vollst ndig gelesen und verstanden worden sein FALLS NICHT ALLE HIERIN AUFGEF HRTEN ANWEISUNGEN VOLLST NDIG GELESEN UND BEFOLGT WERDEN K NNEN PRODUKTSCH DEN VERLETZUNGEN DER BENUTZER UND ANDERER PERSONEN SOWIE SACHSCH DEN EINTRETEN ILLUMINA BERNIMMT KEINERLEI HAFTUNG F R SCH DEN DIE AUS DER UNSACHGEM SSEN VERWENDUNG DER HIERIN BESCHRIEBENEN PRODUKTE EINSCHLIESSLICH TEILEN HIERVON ODER DER SOFTWARE ENTSTEHEN ODER JEDER ANDEREN ART DER VERWENDUNG DER PRODUKTE AUSSERHALB DES G LTIGKEITSBEREICHS DER AUSDR CKLICHEN SCHRIFTLICHEN LIZENZEN ODER DER DURCH ILLUMINA GENEHMIGTEN ZULASSUNGEN IN VERBINDUNG MIT DEM ERWERB DER PRODUKTE DURCH DEN KUNDEN NUR F R FORSCHUNGSZWECKE 2014 Illumina Inc Alle Rechte vorbehalten Illumina 24sure BaseSpace BeadArray BlueFish BlueFuse BlueGnome cBot CSPro CytoChip DesignStudio Epicentre GAIIx Genetic Energy Genome Analyzer GenomeStudio GoldenGate HiScan HiSeq HiSeq X Infinium iScan iSelect ForenSeq MiSeq MiSeqDx MiSeq FGx NeoPrep Nextera NextBio NextSeq Powered by

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