descarga archivo manual antheprot
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1. y UNIVERSIDAD DEL MAR SY 4 E CAMPUS PUERTO ESCONDIDO DO A 2 4 4 LICENCIATURA EN BIOLOG A BIOQU MICA CATEDR TICO FRANCISCO RU Z RUIZ TUTORIAL DE VISUALIZADOR ANTHEPROT ALUMNA LESLIE ARIADNA SANTIAGO MART NEZ PUERTO ESCONDIDO OAXACA 23 DE ENERO 2015 DESCARGA DEL VISUALIZADOR Para la realizaci n de este tutorial primero se tuvo que buscar un visualizador para lo cual se ingres a esta p gina http biomedbiotec encb ipn mx bioinformatica Programas html En esta p gina se puede observar varios visualizadores los cuales contienen su p gina de descarga y una peque a descripci n de ellos sobre su utilidad C D biomedbiotec encb ipn mx bioinformatica Programas html DESCRIPCION Y SITIOS DE DESCARGA DE LOS PROGRAMAS INCLUIDOS EN EL CD 2000 V6 0 release 1 1 54 Antheprot Herramienta para el an lisis de prote nas BioEdit 0 vw mbio ncsu edu B oedit htm Programa que contiene m ltiples herramientas para el an lisis de secuencias biol gicas Blast 2 2 21 a32 win32 ftp ncbi_nih gov blast http fwww lg ndirect co uk chrom descontinuado http aig cs man ac uk researc h utopia utopia php Versi n standalone del programa BLAST para la b squeda en bases de datos Chroma Programa para la edici n de alineamientos m ltiples de secuencias Programa para la edici n de alineamientos m2. esto para ejecutar el programa damos click en el icono de Antheprot 3D viewer el programa muestra una ventana para 2 a seleccionar el modo est reo que depende de tu equipo del hardware El Jp 99 a modo Zalman 2 es para ninguna tarjeta gr fica particular s lo los 2 HE_3D AntheProt_3D Antheprot_3D_vie ASYCFILT DLL modos est reo anaglifo y crooss ojos son compatibles wer 1 Es para ninguna tarjeta gr fica en particular Eon pu 1 none 2 Zalman row interlaced i or 3 quadbuffer 2 para tarJetas OpenGL y pantallas Zalman i 3 Es para tarjetas gr ficas OpenGL de quadbuffer y una pantalla especial de apoyo a alta frecuencia de 120117 Aparece autom ticamente la opci n 1 que es la que trabajaremos ya que no tenemos ninguna tarjeta gr fica en particular y damos click en ok Nos aparecen 3 pantallas 1 una ventana 3D que permite al usuario mover interactivamente la mol cula 2 Un panel de selecci n de grupo para la selecci n del grupo v ase Grupo de selecci n 3 Una ventana de texto para brindar al usuario la lista de los tomos clickeados o igual 18 podemos ver en la pesta a Display gt informaci n f2 Tambi n es posible hacer c lculos geom tricos diagrama de Ramachandran distancias y ngulos y mol culas de guarnici n Antheprot 3D Info list File Edit DESCARGA DE ARCHIVOS PDB En este visualizador podemos trabajar con archivo PDB los cu
3. Antheprot 30 Dicroprot IBcP DESCARGA Antheprot 3D es un programa de gr ficos moleculares que permite la visualizaci n de prote nas cidos nucleicos de RCSB archivo En el cual podemos trabajar con archivos PDB y funciona en sistemas Microsoft Windows Se ha desarrollado en Visual Basic 6 y OpenGL para las primitivas gr ficas Descargar Para la descarga del visualizador damos Casa click en la opci n de Antheprot 3D instant neas kanuni de instrucciones EJ Videos p ANTHEPROT 30 En esta opcion aparece una pequena Descargas Email lesle_sanmari2 hotmail com antheprot A ST ventanita negra la cual tenemos que E e rellenar con nuestro correo electr nico y Direcci n escribir el c digo que nos all mismo nos Enviar un correo electr nico indica A continuaci n le damos click en el Autor sitio web Acerca de bot n presentar Nos env a a la misma p gina en la cual se tiene que hacer los mismos pasos de la anterior a diferencia de ET que ahora le damos click al bot n descargar y se ER inicia autom ticamente la descarga la cual tarda Snapshots e aproximadamente 2 minutos Videos Downloads AMTHEPROT ANTHEPROT 3D Contact Address Send a mari Author wob sito About Citations Acknowledgements Links ANTHEPROT 3D gallery Dicroprot Al incluir nuestro correo electr nico para la descarga Antheprot env a un correo en el cual agradece el inter s p
4. En la p gina se encuentra un men de lado izquierdo con opciones de los cuales las m s destacadas para nosotros serian Manual de instrucciones y en la opci n de descargas AntheproT 3D Tambi n cuenta con videos galer as de imagines visualizadas en Antheprot entre otras cosas m s Antheprot software de Windows an lisis de proteinas es un para el Antheprot Casa Instant neas Antheprot 30 es un programa que permite la visualizaci n de prote nas Antheprot 3D Manual de instrucciones Jj graficos Motlecuiares eicos de a ense anza Videos 4 Descargas idos nu archivo El programa est dirigido la con calidad de comp idad gr fica m ima pantalla y la generaci n de im genes de Antheprot 3D ha sido etamente ela licaci n El m dulo 31 pub Antheprot Antheprot 3D Contactar asocia con la escrito en OpenGL para la Ahora esta disponible como un programa e puede todavia independiente pera PLATEFORM Antheprot gene an lisis de ocuencia de rote ina Ina Imagen est n disponibles que demuestran las capacidades Antheprot n locumentacion es Direcci n Enviar un correo electronico chivo de encajar con Antheprot ultima version 6 3 8 Autor sitio web Acerca de En el manual de instrucciones podemos encontrar la utilidad de este visualizador as como breves descripciones de como interactuar en l Citaciones Agradecimentos Enlaces Galeria
5. ales podemos descargar en esta p gina http web educastur princast es proyectos biogeo ov2BCH B1 BIOQUIMICA t10 MODELOS3D MODEL 0OS3D htm C D web educastur princast es proyectos biogeo_ov 2BCH B1_BIOQUIMICA t10_MODELOS3D MODELOS3D htm a 2 BIOLOG A Novedades 4 BIO GEO 3 BIO GEO 2 CC NN EDUCASTUR PANDO En esta p gina podemos encontrar gl cidos l pidos Amino cidos p ptidos prote nas nucle tidos y cidos nucleicos Lateral 2 BCH Bloques de contenido l Biomol culas ll La c lula lll Informaci n cel IV Microbiolog a V Inmunolog a Material complementario ApuntesEn PDF Ejercicios Ejercicios pdf Test Diapositivas pdf ENLACES 2 Bch GENERALIDADES Diccionario Biograf as Enlaces Aia im Tema siguiente 241 NDICE DE MODELOS MOLECULARES PDB DIRECCIONES WEB CON INSTRUCCIONES DETALLADAS PARA INSTALAR EL PLUGIN PARA VER LOS MODELOS PDB Antes de poder ver los modelos moleculares 3D hay que tener instalado un peque o programa plugin que permite al navegador abrir adecuadamente los ficheros en formato PDB Ver instrucciones en los siguientes enlaces Instrucciones para bajar e instalar el plugin Chime http www mdichime com Para bajarse el programa Chime Enlaces de inter s sobre CHIME su instalaci n compatibilidad y los problemas de instalaci n que puedan darse Si se tiene Windows XP y se ha instalado Chime 2 6 SP6 for Windows no se pr
6. b PDB 6 Nucle tidos y cidos nucleicos 6 1 ja AMP PDB 6 2 jb GMP PDB Fosfatidil glicerol Difosfatidil glicerol cardiolipina Fosfatidil inositol Esfingosina Esfingomielina Colesterol Glicocola Alanina Leucina Valina Isoleucina Fenilalanina Metionina Prolina Tript fano Serina Treonina Tirosina Cisteina Asparagina Histidina cido Asp rtico Arginina Glutamina cido glut mico Lisina Insulina Oxitocina Glucag n Glutation Glucocorticoide Ubicuitina Hemoglobina 201 KB AMP GMP 6 3 10 CMP PDB CMP 6 4 jd UMP PDB UMP 6 5 je TMP PDB TMP 6 6 J ATP PDB ATP 6 7 GTP PDB GTP ADN 6 8 ji dna PDB MOVIMIENTO DE LA MOL CULA El bot n izquierdo es para rotar la mol cula Hay dos modos diferentes para rotar la mol cula que puede ser ON OFF o presionar F1 Edit gt preferences gt trackball Si trackball est en ON la mol cula puede ser lanzada en una rotaci n continua 51 trackball esta en modo OFF la mol cula sigue la posici n del rat n
7. esentar ning n problema y s lo con registrarse descargar el plugin e instalarlo ser suficiente Si se tienen otros sistemas operativos y navegadores conveniente visitar las siguientes p ginas http www2 uah es biomodel model1 info cfg htm C mo configurar el ordenador para ver los modelos 3D en formato PDB en la p ginas WEB http www2 uah es biomodel comun compatib neccsoft htm verify Resoluci n de problemas para la instalaci n de CHIME en el ordenador http www2 uah es biomodel comun compatib compatib htm Compatibilidad entre CHIME y los diferentes navegadores Internet 3 Gl cidos 3 1 glucosa pdb 3 2 df glucosa alfa pdb 3 3 dg glucosa _beta PDB 3 4 dh fructosa PDB 3 5 di galactosa PDB 3 6 dj galactosa_alfa PDB 3 7 dl _ribosa_beta PDB 3 8 dm_sacarosa PDB 3 9 dn _maltosa PDB 3 10 do celobiosa PDB 3 11 dp lactosa PDB 3 12 dq sucrosa PDB 3 13 dr unioni 6 PDB 3 14 ds amilosa PDB 3 15 dt_amilopec PDB 3 16 dt_glycoxgen PDB 3 17 du celulosa PDB 3 18 dv quitina PDB 3 19 dx condro4 PDB 3 20 dy dextrano_bact PDB 3 21 dz_hialuron PDB 3 22 dzl oligo lisosomico PDB 3 23 dz2 oligo membr PDB 3 24 dz3_oligo_secrec PDB 4 L pidos 4 1 ea _laurico12l pdb 4 2 eb_palmiticl6l pdb 4 3 68 681 018 86 44 eg 0 1 01810 1 8 4 5 eh linoleic182d pdb 4 6 ei arachi204d pdb 4 7 ej triglicerido pdb 48 ek lecitina PDB 49 el cefalina PDB 4 10 em fosfaser PDB Glucosa Alfa gluc
8. http kinemage biochem duke edu software http fwww_symyx com http www ebi uk lenov meltinghome html http emboss sourc eforge net ftp emboss open bio ora pub EMBOSS windows http rana Ibl_gov http fwww _salilab org modeller modeller html mEMBOSS 6 1 0 1 EMBOSS para Windows Microarrays Einsen Conjunto de herramientas del Lawrence Berkeley National Lab para el an lisis de datos de microarreglos MODELLER 9v7 Programa para modelaci n por homolog a de estructuras tridimensionales de prote nas MODELTEST 3 7 Y MrMTGUI http darwin uvigo es software modeltest html http www _genedrift org mtqui php Programa para la selecci n del modelo de substituci n de nucle tidos que mejor se ajusta a un conjunto de datos MTGUI es una versi n del mismo que incluye una interfaz gr fica Molecular BioComputing Suite http www biotec hnigues com Complemento de Word para el an lisis y manipulaci n de secuencias biol gicas requiere subscripci n a la revista http mrbayes csit fsu edu download php MrBayes 3 1 2 Programa para la estimaci n bayesiana de filogenia A continuaci n se da click en el link de enlace para la p gina de Antheprot 2000 V6 0 release 1 1 54 http antheprot pbil ibcp fr Esta es la p gina oficial de Antheprot el cual es un software de Windows para el an lisis de prote nas
9. ltiples Cinema 5 021 beta Clustalw 2 0 11 ftp ftp igbmc u strasbg fr pub ClustalW N http bips u strasbg ftfr Documentation ClustalX Programa para calcular alineamientos m ltiples Versi n con interfaz en modo textual Para DOS y XP ftp ftp igbme u strasbg fr pub ClustalX http bips u strasbg fr fr Documentation ClustalX Clustalx 2 0 11 Programa para calcular alineamientos m ltiples Versi n con interfaz gr fica para Windows Programa para la modelaci n de estructuras de biomol culas Programa para el an lisis de datos en Biolog a Molecular y Evoluci n Cn3D 4 1 DAMBE 5 0 86 para Windows XP DAMBE 5 0 86 para Windows Vista http dambe bio uottawa ca dambe asp DeepView 4 0 1 http ca expasy org spdbv Visor de estructuras de SwissProt Programa avanzado para mostrar archivos PDB y llevar a cabo alineamiento estructural DnaSP 4 20 2 VANE aaa Programa para estudiar polimorfismos de datos de secuencias de DNA para estudios de gen tica de Mp poblaciones y evoluci n molecular DSSP ena adidas Programa dise ado por Wolfgang Kabsch y Chris Sander para estandarizar la asignaci n de estructura gv CSSD secundaria a partir de coordenadas 3D Er T E www x y E Fasta 35 4 7 http fasta bioch virginia edu fasta_www2 fasta_down shtml Versi n standalone de la suite de programa
10. or la descarga del software E Nuevo Responder Eliminar Amrchivar Cormeo no deseado Limpiar Wiowe I kE m pr Ia JE e ALH Tla Le g deleagemibcp fr g deleagemibcep fr Sgregar a contactos 10 36 arm Para leshe_sanmar hotmail com Dear AMTHEPROTID user Thank you for your interest in ANTHEPROTS3ID software We hope you wall enjoy it Please do not forget to cite the following relterence An interactive 3D viewer of molecules compatible with the suite of ANTHEPROT programs Deleage G 012 Journal al Biophysical Chemistry 3 35 31 The AMNTREPROT team Una vez finalizada la descarga nos va aparecer este archivo del cual debemos extraer d ndole click para tener el ejecutor del visualizador Pero para ello es recomendable crear una nueva carpeta para guardar el archivo ya que al extraerlo nos van a aparecer varios archivos m s sobre el visualizador AntheProt_ 3D Una vez que se dio clic al software descargado nos debe aparecer esta ventana Wl Self extracting Archive ms Exiract to 3 MECIE i Browse Close En la cual damos clic en Extract y nos aparecen varios archivos m s como ya hab a mencionado anteriormente y damos clic en aceptar Biblioteca Documentos lcompdb 9ABP PDB anthe_3D cnt anthe_3D GID ANTHE_30 AntheProt_30 Antheprot_3D_wie ASYCFILT DUL CMDLGFR DLL COMCAT DUL COMDLG32 OCX 5 8 y w Una vez hecho todo
11. osa Beta glucosa Fructosa Galactosa Alfa galactosa Beta ribosa Sacarosa Maltosa Celobiosa Lactosa Sucrosa Uni n 1 6 entre monosac ridos Amilosa almid n Amilopectina almid n Gluc geno Celulosa Quitina Condroitin 4 sulfato Dextrano cido hialur nico Oligosac rido lisos mico Oligosac rido de membrana Oligosac rido de secreci n cido la rico cido palm tico cido este rico cido ol ico cido linol ico cido araquid nico Trigic rido Fosfoglic rido Fosfatidil colina Lecitina Fosfoglic rido Fosfatidil etanolamina cefalina Fosfoglic rido Fosfatidil serina 4 11 en fosfelic PDB 4 12 eo cardiolp PDB 4 13 ep fosfinos PDB 4 14 eq esfingos PDB 4 15 er esfingomielina PDB 4 16 68 _colester pdb 5 Amino cidos p ptidos y prote nas 5 1 g0l glycina PDB 5 2 g02 alanina PDB 5 3 03 leucina PDB 5 4 g04 valina PDB 5 5 g05_ isoleucina PDB 5 6 g06 fenilalanina PDB 5 7 g07 metionina PDB 5 8 g08 prolina PDB 5 9 g09 triptofano PDB 5 10 10 serima PDB 5 11 gll treonina PDB 5 12 gl2 tirosina PDB 5 13 gl3_cisteima PDB 5 14 gl4 asparagina PDB 5 15 15 histidina PDB 5 16 16 aspartico PDB 5 17 gl7 arginina PDB 5 18 gl8 glutamina PDB 5 19 gl9 glutamico PDB 5 20 g20 115108 1 8 5 21 hal insulin PDB 5 22 ha2 oxitocin PDB 5 23 ha3_glucagon PDB 5 24 84 glutation PDB 5 25 ha5_glucocorticoide PDB 5 26 hb_ubicuitinaS3 PDB 5 27 hj_hemo
12. s FASTA ftp ftp ebi ac uk pub software unix fasta Geneijous 3 5 6 GeneDoc 2 7 32 bits Programa con varias herramientas para el an lisis y edici n de secuencias biol gicas Programa para la edici n de alineamientos m ltiples Conjunto de programas para la creaci n de modelos ocultos de Markov Incluye varias herramientas para http www geneious com http fwww nrbsc org downloads HMMER 2 3 2 http hmmer janelia ora el an lisis de secuencias entre ellas herramientas para el alineamiento m ltiple Versi n compilada para Windows www jalview_orq Web_Installers install htm Jalview editor versi n 2 2 1 Programa para editar alineamientos m ltiples de secuencias Es un nuevo programa para la seleccion de un modelo filogen tico empleando Phyml Implementa los m todos hLRTs dLRTs AIC BIC y DT methods 10 Abril 2008 Programa para el alineamiento de secuencias mediante bloques de similitud localizada Programa para visualizar im genes de mol culas kinameges JO Plug in para Netscape o IE para mostrar mol culas en 2D y 3D Programa para an lisis filogen tico Programa para analizar la estabilidad de mol culas de cidos nucleicos Colecci n de programas para llevar a cabo una amplia variedad de an lisis de secuencias ModelTest http darwin uvigo es Macawz Mage Display 6 44 MDL Chime 26 SP7 MEGA 4 0 Melting4 3b
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