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Base de données biogéographiques sur Internet

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1. AISNE 3 Allier q Alpes de Haute Prowence 5 Hautes Alpes Info sur ce d partement i 1 10 CARTE D EFFECTIFS E 11 50 I Ss f mm 51 100 especes observees au moins 1 fois a 101 200 GS plus de 00 Ante Gati Granjon Gloazen Thieu Pour plus d informations consulter le guide utilisateur Interface Carte par r partition L objectif est de repr senter la r partition sur l ensemble du territoire francais d une esp ce de syrphe selon qu elle est t observ e uniquement avant 1970 avant et apres 1970 ou uniquement apres D autre part cette interface permet d obtenir pour l esp ce s lectionn e des informations synth tiques devant permettre de faciliter l identification pour l utilisateur 13 Base de donn es biog ographiques sur Internet Carte de repartition S lection qenre espece Volucella zonaria S lection statut espece en France Statut C en Europe Esp ce Couches complementaires Affichage des zones biog ographiques Informations complementaires rh Info Espece P Aide S lectionner un d partement sur la carte Info sur ce d partement LES O zs d partement ee eg i Synonyme de l espece MM avant 1970 seulement Volucella zonaria ue GS avant et apres 1970 dE SS E apres 1970 4 dtes Catier Grarjon Gloagen Thieu Pour plus d informations consulter le guide utilisateur 4 2 2 Autres fonctionnalit
2. gt Galerie photo En cliquant sur une photo vous aurez l agrandissement de la photo dans une nouvelle fen tre Cette page est mise a jour automatiquement lors d un ajout d une photo 2 2 3 Serveur cartographique Le menu Serveur cartographique vous permet d avoir acces a plusieurs sous menus gt Carte d effectifs Cette interface est de type quantitatif Elle nous permet de visualiser les r partitions globales de genre et d esp ce par d partement L acc s se fait par une liste de choix huit entr es Pour plus d informations consult s la suite du manuel gt Carte de r partition Cette interface est qualitative Elle offre la possibilit de visualiser des cartes de r partition d observations par genres esp ces ou esp ces prot g es La demande s effectue par listes de choix Des le choix effectu la carte est mise jour automatiquement Plus finement ces observations sont class es selon une dimension temporelle Trois p riodes sont propos es Pas d observation observations uniquement avant 1970 observations avant ET depuis 1970 observations depuis 1970 uniquement Pour plus d informations consult s la suite du manuel Manuel de l utilisateur 2 2 4 Lien Le menu Lien vous permet d avoir acces au sous menu Autres travaux Comme l indique le nom cette page offre un r capitulatif des sites dont le th me est Les Syrphid s Manuel de l utilisateur lll L INTERFACE CARTE DE REPARTITION
3. serait interessant de faire voluer ce systeme afin que le lien entre le clique sur un d partement et ouverture de la nouvelle page se fasse sans l interm diaire d un bouton de validation S lections multiples Une des demandes concernant le site Web tait la possibilit de pouvoir s lectionner de facon graphique plusieurs d partements par rectangle de s lection ou par clique successif sur les d partements Cette fonctionnalit na pu tre mise en uvre ainsi nous avons laiss la possibilit d une s lection multiple non graphique par s lection de d partements dans une liste d roulante Plusieurs pistes sont possibles pour ameliorer le systeme et permettre une selection graphique multiple gt La premiere peut tre la plus rapide mais s rement la moins interessante consisterait a conserver le syst me actuel et a trouver un moyen pour que le clique sur un d partement mette a jour une variable tableau qui rajouterai une ligne de tableau a chaque clique L inconv nient de cette m thode est l impossibilit de zoomer cause de l image reactive qui ne pourra pas tre redimensionn e gt La deuxi me solution la plus int ressante et peut tre la plus complexe consisterait a utiliser MapServer en mode Query et de le coupler avec du script JavaScript ou un applet Java comme rosa qui permettrait d avoir des outils de s lection graphique de zoom de d placement Ces outils permettraient la r cup ration des coordo
4. 4 2 Recherche thematique 4 2 1 Fonctionnement L interface propose une liste d roulante permettant l utilisateur de choisir l information a repr senter Genres ou lm un a Esp ces observ es au moins 1 fois _Especes observ es avant et apr s 19 0 Esp ces observ es seulement avant 19 0 Esp ces observ es seulement depuis 19 0 Genres observes au moins 1 fois Genres observ s avant et apr s 1970 Genres observes seulement avant 19 0 Genres observes seulement depuis 19 0 13 Manuel de l utilisateur La s lection dans la liste d roulante entra ne l interrogation de la base de donn es et un comptage des genres ou esp ces selon le crit re d observation sp cifi au moins une fois avant et apr s 1970 seulement avant 1970 seulement depuis 1970 1 10 CARTE L EFFECTIFS E 11 50 pes EE 51 100 ee deiten au moins 1 fois EM 101 200 EA plus de 200 Autete Datir Grarjor Gloagen True 4 2 2 Informations compl mentaires Ci contre le type d analyse th matique obtenue pour les especes observ es au moins une fois Par d faut c est la s lection retenue a ouverture de l interface cartographique Ci contre la l gende qui rappelle le type de s lection effectu ainsi que les classes choisies pour repr senter la thematique On remarquera que ces classes ont t d finies et ne sont pas modifiable par l utilisateur On retrouve des fonctionnalit s communes avec l i
5. galement dynamique Les photos ne se trouvent pas dans la base de donn es mais sont dans un dossier lt Photo a la racine du site Par cons quent lors de l ajout d une photo dans ce dossier celle ci viendra directement s afficher dans cette page Galerie photographique Cheilosia illustrata Chrysotoxum arcuatum Chrysotoxum fasciatum Chrysotoxum intermedium Epistrophe leiophthalma Episyrphus balteatus Eristalinus sepulchralis Eristalis similis Eupeodes corollae Helophilus trivittatus Leucozona lucorum En cliquant sur une photo celle ci appara t dans une nouvelle fen tre sa taille originale 4 3 Administration de la base Compte tenu du d lai dont nous disposions et de la d couverte de la possibilit de faire communiquer Access et PostgreSQL par lien ODBC et cela m me en connexion distante nous avons choisi de d velopper une application administrative sous Access En voici l interface phidaeof rance nteractive ata G obase d observations faunistiques Administration des donn es Exportation des donn es diter enregistrements exporter la base 03 lier des enregistrements 6 exporter une table ou une requ te Pour plus d informations consulter le guide d utilisation 15 Base de donn es biog ographiques sur Internet V BILAN ET PERSPECTIVE Rappelons l objectif de ce projet D velopper une nouvelle version Internet de SYRPHID permettant e D effectuer une g n ration
6. cessaires A la ligne de commandes il faut crire les instructions suivantes gt cd postgresqlwin32 pour vous rendre dans le dossier PostgreSQLWin32 Ser Cn bat initdb A trust pg ctl start pour lancer postgresql createdb syrfid createlang plpgsql syrfid psql d syrfid c li share postgresql postgis sql psql d syrfid c Ni share postoresg spatial ref sSys sql psql syrfid lt c postgresqlwin32 syrfid sql dans ce cas le fichier de d finition de la base de donn es se trouve dans c postgresqlwin32 et se y VY V Y V V Y WV nomme syrfid sq1 gt pg ctl stop pour arr ter postgresql Maintenant la base de donn es syrfid existe et contient l ensemble des tables et des vues vous pouvez l exporter en tapant la ligne de pg dump nomdelabasededonn es gt emplacementdel export nom sql apres avoir lancer pg ctl Start Pour acc der a la base de donn es il suffira de lancer l invite de commande de taper le nom et mot de passe choisi et de taper dans la nouvelle fen tre directement postmaster Guide de maintenance Microsoft Windows XP version 5 1 2600 KC Copyright 1985 2881 Microsoft Corp iC gt WINDOWS As ystem32 gt postmaster database system was interrupted at 2605 62 22 16 22 14 Paris Madrid checkpoint record is at B73095720 redo record is at B07309520 undo record is at B B shutdown TRUE next transaction ID 358583 next OID 259897 database system was not properly shut down automatic recovery in pr
7. s Biblioth que dynamique La bibliographie est totalement dynamique En effet les publications r f renc es sont directement li es la base de donn es Par cons quent lors de la mise jour des donn es et donc peut tre de l ajout d une publication celle ci viendra directement s afficher dans cette page R f rences bibliographiques EE Bee EE dE In A Aguilar amp Coutin 1988 AGUILAR J COUTIN 1966 Cheilosia caerulescens Meigen ravageur des Joubarbes Dipt syrph j Bull Soc ent Fr 92 9 10 307 309 Andrei Ruiz 1998 ANDREI RUIZ kd 1996 Stratification verticale et diversit des peuplements d insectes des vegetations scl rophylles m diterran ennes R serve de la biosph re du Fangu Th se de Doctorat Universit de Corte 150 pp Aubert et al 1976 AUBERT J AUBERT J J GOELDLIN DE TIEFENAU F 1976 Douze ans de captures syst matiques de Syrphides Dipt au col de Bretolet Alpes valaisiennes Mit schweiz ent Ges 49 115 142 B A Bausenwein 1993 BAUSENVWWEIN D 1993 Schwebfliegen MNachwelse aus S dfrankreich Dipt Syrph Entomologische Zeitschrift 103 5 80 67 Beaucournu amp Matile 1963 BEAUCOURNU IC MATILE L 1963 Contribution inventaire faunistique des cavit s souterraines de l ouest de la France Annales de sp l ologie 5111 41 519 531 14 Base de donn es biog ographiques sur Internet Galerie photo La galerie photo est
8. tableau associatif POST global au site pour r cup rer les valeurs ajout es ou modifi es 10 Guide de maintenance La mise en place d une connexion ODBC entre PostgreSQL et Access pour permettre la creation de formulaire de saisie directement sous Access Nous avons pench pour la seconde solution bien qu elle ne soit pas optimale La creation des formulaires sous Access est beaucoup moins lourde en terme de temps que leur d veloppement en PHP De plus il nous est demand de permettre l exportation des donn es de la base locale vers le format Excel et le SGBD Microsoft Access l autorise Cependant la mise en place de la connexion ODBC entre PostgreSQL et Access pose des probl mes d int grit r f rentielle au niveau des liens entre les tables mais nous verrons cela plus pr cis ment lors de la liaison des tables 3 4 2 Mise en place de la connexion ODBC Le pilote ODBC qui permet de faire le lien entre Postgre et Access n est pas install par d faut sur les PC il faut le t l charger sur Internet pilote psqlODBC distribu par Insight Distribution Systems On accede au gestionnaire de source de donn es fichier en cliquant sur Fichier Donn es externes lier les tables Type de fichiers ODBC Databases On cr une nouvelle source de donn es fichier que l on nomme syrfid on s lectionne le pilote PostgreSQL qui correspond au fichier PSQLODBC DLL puis on enregistre la connexion dans les sources ODBC
9. 3 1 Pr sentation L objectif est de repr senter la r partition sur l ensemble du territoire francais d une esp ce de syrphe selon qu elle est t observ e uniquement avant 1970 avant et apr s 1970 ou uniquement apr s D autre part cette interface permet d obtenir pour l esp ce s lectionn e des informations synth tiques devant permettre de faciliter l identification pour l utilisateur REPRESENTATION DE zs d partement LA REPARTITION DE MM avant 1970 seulement Epistrophe leiophthalma ENE avant et apres 1970 E apres 1970 3 2 Recherche th matique 3 2 1 Fonctionnement et s lection Cette interface propose deux modes de s lections d esp ce Soit par la pr s lection d un nom de genre permettant le choix d une esp ce parmi toutes celles associ es ce genre relation 1 N entre l esp ce et le genre Soit par la pr s lection d un statut appliqu en France ou en Europe Manuel de l utilisateur Le premier type de s lection permet apres le choix du genre d obtenir tous noms d esp ce appartenant ce genre Cette solution permet d identifier rapidement toutes les esp ces associ es un nom de genre et d effectuer une s lection rapide de l esp ce recherch e re z me z 1 2 tape s lection du genre tape s lection de l esp ce Pere Anasimyla Esp ce Anasimyia contracta Arctophila interpuncta Baccha sajinah lunulata hr LE EREN Ce premier mode de s lection e
10. A titre d exemple on pr sente la requ te simple qui sur la base de la s lection d une esp ce permet d obtenir les esp ces synonymes SELECT distinct nom syno PROM synonyme espece genre WHERE ref genre like num genre and ref espece like num espece and num_espece like num_especeselect On remarque la presence de la variable num_especeselect qui correspond a la valeur identifiant l esp ce s lectionn e 4 3 Les liens statiques et dynamiques Les liens statiques ouvrent une page html sans qu il y ait passage de valeur autrement l ouverture et le contenu de la nouvelle page ne d pendent d aucune s lection pr alable dans la page d origine C est notamment le cas du lien vers l aide qui ne d pend en aucun cas de l esp ce ou du d partement s lectionn s A l inverse les liens vers les fiches informatives sur l esp ce ou le d partement sont dynamiques 17 Guide de maintenance En fonction de la s lection courante par les liste d roulantes pour l esp ce ou par pr s lection sur la carte l action sur le lien entra nera l envoie des valeurs courantes vers une destination sp cifi e soit l envoie de l identifiant esp ce de la s lection courante vers fiche info espece php par action sur f Info Espece l envoie de l identifiant d partement de la pr s lection r aliser sur la carte vers Info sur ce d partement fiche info dept php par action sur 4 4 Les l ments javascr
11. Comme dans le menu d ajout l utilisateur doit choisir le type d enregistrement qu il souhaite modifier ll accede ensuite une liste des enregistrements o il peut modifier chacun des champs Modifier un enregistrement un genre E une observation une esp ce E une publication num ro codeE 4 nom_espece decouvreur miniature UEF importance inter statut fra D Fe Fe EE mama BEE gt date nommage photo B B un synonyme E un auteur pi Enr 14 4 soo P gt I pk sur 511 4 5 2 3 Liaison des enregistrements Cliquer sur lier les enregistrements Ce menu offre la possibilit l utilisateur de relier des enregistrements entre eux On peut lier une publication un auteur et une observation une publication et une ann e Une publication peut avoir t crite par plusieurs auteurs dans ce cas la il faut r p ter l action pour chacun des diff rents auteurs De m me une observation peut avoir fait l objet de plusieurs publications il faut alors lier l observation chacune des publications la concernant Si la liaison s effectue avec succes un message d information s affiche pour pr venir l utilisateur Lier des enregistrements lier une publication un auteur code de publication 05 lier une observation une publication Lier une publication a un auteur nom de l auteur lier une observation aune ann e pi position de l auteu
12. avant et apr s 1970 gt Observations La feuille Observations recense les 4593 observations syrphid s r f renc es ou non donn es suppl mentaires En ce qui concerne les observations quatre classes nous int ressent pour la repr sentation avant 1970 apres 1970 avant et apres 1970 pas d observation Concernant l information lt ann e d observation gt celle ci peut tre sous la forme d une ann e exclusive d une p riode de temps Base de donn es biog ographiques sur Internet D partement dans Ann e s de Num ro d ordre lequel l esp ce a t l observation Date mise jour x x observ e y Code de l esp ce 1 si observ e avant 1970 R f rence bibliographique sur 8 lettres 2 si observ e en 1970 ou apr s auteurs et ann e gt Refs La feuille lt Refs gt liste les 93 r f rences bibliographiques cit es dans les observations Nom Ann e Auteur et ann e R f rence compl te 3 premi res lettres du 1er nom ann e ventuellement a ou b Cette premi re tape consultation et etude de l existant n cessaire pour s approprier le sujet a permis de choisir la configuration adapt e pour r pondre aux objectifs du cahier des charges Base de donn es biog ographiques sur Internet lll CHOIX DE LA CONFIGURATION 3 1 Proposition de configuration Lors de la proposition de projet les responsables nous ont propos 3 configurations de base de donn es possibles solu
13. carte Ci dessous un exemple de fichier map source DESS Sigma Module 233 Cartographie et SIG interactifs en ligne S ance 2 Introduction aux scripts MapServer MapScript et PHPMapScript JEGOU L Guide de maintenance Le fichier map NAME Europe en Bleu SIZE 400 400 STATUS ON EXTENT 31 2467 27 6065 40 115 UNITS METERS SHAAPEPATH WEB IMAGEPATH C ms4w tmp ms tmp IMAGEURL ms tmp END LAYER NAME Europe TYPE POLYGON COLOR 20 10 110 OUTLINECOLOR 200 200 200 Nom de la carte Taille de l image a Statut d activation Extension du fond coords Unit metres Chemin du r pertoire contenant le fichier shape Section Web Chemin complet du r pertoire de 1 image Chemin relatif de l image Fin section g n rer mini maxi Debut section layer couche Nom de la couche Type d objets Affichage oui Source des donn es D but section Class D but section Style Couleur de fond des polygones Couleur contour ection Style lags nom du fichier shp Fin section C Fin section Layer Fin mapfile Ce fichier map est ensuite appel par un fichier html php qui aura pour but de dessiner la carte partir des informations du fichier map et de l enregistrer dans un r pertoire connu pour pouvoir par la suite l afficher l cran Voici un exemple de ce type de fichier source DESS Sigma Module 233 Cartographie et SIG interactifs en ligne S ance 2 Introduction aux scr
14. de la machine Enfin il nous reste a pr ciser les l ments n cessaires a la connexion le nom d utilisateur et le mot de passe le nom de la base la localisation du serveur PostgreSQL Connection le port Please supply any nissing infornat ion required to Hanagel OSH Database syrf id Server localhost Port 5432 User Hane Passuord Opt ions Ok Cancel Connect ion Pour tablir le lien on s lectionne la nouvelle den on appelle lt dsn gt la d claration de la source de donn es qui sera accessible par l interm diaire d ODBC nous suffit ensuite d attacher les tables souhaitees Pr cision La connexion ODBC permet aussi d attacher les vues cr es sous PostgreSQL 11 Guide de maintenance S lectionner la source de donn es Source de donn es fichier Source de donn es machine Regarder dans Data Sources gt dBASE Files not sharable der Text Files not sharable den Excel Files not sharable der FoxPro Files not sharable der MS Access 97 Database not sharable dsn Attacher les tables aprfid den Tables i lll public effectifs genre avapz Nom de source Mblic espece de donn es oublic espece dent annee bic France public France annee geom public France esp genre ublic genre public genre dept annee public geometry columns public list multiple Mblic observation 3 4 3 Creation de l outil de gestion de do
15. dynamique des cartes ceci supposera de reprendre le MCD et revoir la structure de la base de donn es e D assurer si possible toutes les fonctions de la version 2 avec une ergonomie analogue e D ajouter de nouvelles fonctions de s lection cartographiques s lection de tout un ensemble de d partement par dessin d un rectangle a la souris et ou par clics successifs sur certains d partements e De permettre une mise a jour s curis e des donn es ce qui est une limite de la version Excel actuelle Au final nous pouvons dire que la nouvelle version du site SYRFID r pond en grande partie a la demande manant du laboratoire Biodiversit dans les agroecosystemes Sa mise en ligne donc son ouverture au grand public profite a lensemble des professionnels et autres utilisateurs s int ressant de loin ou de pres aux Syrphid s Cette diffusion sur Internet donne encore plus de valeur a ce travail Le cahier des charges a pr cis l importance de pouvoir mettre a jour des donn es Cette gestion administrative est possible des aujourd hui dans Access Pour permettre la mise a jour des donn es mais galement l utilisation du site les redactions du manuel d utilisation et du guide de maintenance ont t n cessaires L enjeu est de garantir la possibilit de modification future de l interface ajout de donn es de fonctions L outil de cartographie dynamique SYRFID r pond aux volont s des instigateurs du projet d finies dans l
16. premier temps nous allons installer Apache PHP et PHP MapScript et Mapserver Ces trois composants ont t install s a partir dun package d velopp par DM Solutions Group http www dmsolutions ca dont le nom est ms4w Celui ci est disponible l adresse suivante htto www maptools org dl ms4w ms4w_1 0 3 zip Apres l avoir t l charg il faut le lt d zipper gt sur la racine du disque dur afin d obtenir une arborescence de ce type c ms4w Dans le dossier ms 4w il faut cliquer sur le fichier apache install bat pour installer ce package Pour pouvoir utiliser PHP avec PostgreSQL il faut activer l extension php pgsql d11 Pour cela il faut enlever le point virgule qui se trouve dans le fichier php ini situ dans C ms4w Apache cgi bin devant la ligne extension php pgsql dll e Dans un deuxi me temps nous allons installer PostgreSQL et PostGIS Pour cela il faut t l charger le fichier PostgreSQLWin32 l adresse suivante http www 01map com download puis le d compresser sur la racine du disque dur afin d obtenir une arborescence du type c PostgreSQLWin32 Il faut ensuite cr er les variables d environnement clique droit sur le poste de travail et Propri t s puis sur l onglet Avanc et Variables d environnement Dans la partie Variables syst mes faites nouveau puis d finissez successivement gt PGHOME c PostgreSQLWin32 gt PGDATA c PostgreSQLWin32 data gt PGHOST local
17. shape et de r aliser des analyses th matiques a la demande par ce lien gt Les inconvenients o Il nest pas possible de g rer l int grit des cles trang res Solution Mixte MySQL Access Definition La partie Web accede aux Tables d une base de donn es MySql via PHP sans passerelle ODBC Base de donn es biog ographiques sur Internet La partie locale ENSAT est g r e par une application Access Tables Requ tes Formulaires Etats Macros faut pr voir le transfert p riodique semestriel des donn es de la base locale Access vers la base web MySal Point de vue gt Les avantages o Il est possible de coupler MySQL a MapServer en utilisant une carte de la France sous forme de fichier shape et de r aliser des analyses th matiques la demande par ce lien o Il ny aura pas de probleme de mise jour car il est possible de faire communiquer Access MySQL par lien ODBC gt Les inconv nients o Il nest pas possible de g rer l int grit des cl s trang res o Cela n cessite le d veloppement de deux applications distinctes 3 2 Autre configuration notre choix Compte tenu des sp cifications du projet et de nos connaissances il nous est apparu int ressant d utiliser une quatri me solution Utiliser comme base de donn es PostgreSQL qui nous permettait de stocker la g om trie de la carte de France directement dans une base de donn es en utilisant la cartouche spatiale PostGIS Ainsi nous v
18. sous forme d images JPEG g n r es via un couplage entre Excel en langage VBA et ArcView en langage Avenue Ces cartes sont cliquables gr ce l utilisation de balises MAP en langage JavaScript Les limites de cette version sont de deux ordres 1 la structure du serveur Internet est totalement statique toutes les cartes potentielles pr existent sous forme d image JPEG 2 les fonctions demeurent limit es pas de zoom pas de s lection spatiale pas de s lection par genre etc 2 1 2 La deuxi me version Une deuxi me version a fait l objet d un prototype apportant tout un ensemble de fonctions nouvelles travers une page d interface d velopp e en JavaScript http syrfid ensat fr Syrfid htm Base de donn es biog ographiques sur Internet CARTES D EFFECTIFS C CARTES DE REPARTITION C GENRES ESPECES Genre 0 81 y P riode d observation choisir un genre y Crit res de choix de l esp ce El par nom d esp ce par degr de vuln rabilit D en France en Europe Esp ce 0 0 HA gt choisir une esp ce lt globale observ au moins 1 fois avant 19 0 etr observ depuis avant 1970 seulement pas depuis depuis 14 0 seulement pas avant Esp ces observ es au moins une fois Hombre d esp ces C OT 1 10 E 11 50 51 100 Sa 101 200 E plus de 200 D tail des observations Ce prototype est partiellement associ a la versio
19. vert les zones d affichages d informations dynamiques rouge Les liens statiques jaune et dynamiques bleu Les l ments utilisant le javascript violet Epistrophe leiophthalma sett H REPRESENTATION DE LA REPARTITION DE Auteurs Gautier Grnjon Gloagen Thien 4 1 Fonctionnement et relation entre les contr les de selection Les zones de contr les telles que les listes d roulantes pr sentent de l information l utilisateur qui pourra agir par s lection sur cette liste Si on prend l exemple de la premi re liste d roulante pr sentant les noms de genre son contenue est obtenue par interrogation de la base de donn es de la fa on suivante pELECT nom genre FROM genre Ainsi tous les genres existants sont presentes dans la liste deroulante qui est contenue dans ce qui est appel un formulaire lt FORM gt lt FORM gt qu il est important de nomm ici s genre gt La deuxieme liste d roulante quand a elle doit afficher uniquement les noms d especes associ s au nom de genre s lectionn par l utilisateur dans le formulaire lt s genre gt 15 Guide de maintenance Pour cela la valeur choisi dans la liste genre est enregistre dans une variable ici nomme Sgenre select indiquant la pr sence d une variable en langage php On sp cifie ensuite au niveau de la deuxi me liste d roulante que genre select a pour valeur la valeur choisi dans le formulaire lt s genre ave
20. 1 2 Nouvelles tables et vues Nombre Table Propri taire Tablespace d enregistrements Voici les 14 tables n cessaires et le estimes nombre d enregistrements contenus annee swrfd 2011 dans chaque table auteur sy itid HS dater syrfid p293 d crire sd 4732 ecrire syrid 144 ESP CE syrid 511 france syrid g5 genre syitid OI geametry columns syrtid 15 observation syrid 4533 publication syrid ga spatial ref sys syfid 1705 statut syrid 3 synonyme syrid 163 Vue Proprietaire effectifs espece syrfid Les 14 vues suivantes ont t cr e pour faciliter l acc s des donn es contenus dans des tables diff rentes Ces requ tes sont interrogeables en table depuis effectifs espece_aprll syitid effectifs espece awii syitid eftectifs espece awapfll syrtid php effectifs genre syitid effectifs genre ap syrfid effectifs qenre_av U syitid effectifs genre avap U syrfid espece dept_annee syd france annee_geom syitid france esp genre syrfid genre dept annee syrfid liste multiple syitid observation annee minmax syrtid Base de donn es biog ographiques sur Internet 4 2 Interrogation de la base de donn es les interfaces 4 2 1 Interface cartographique Interface Carte des effectifs L objectif est de repr senter des cartes d effectifs bas es sur la fr quence d observation de l ensemble des genres ou de l ensemble des esp ces de syrphes actuellement recens es Genres ou Esp ces bl mg 1 Am
21. 2 Administration des donn es Le formulaire intitule Administration des donn es sur la page d accueil concerne la gestion des donn es L activation du premier bouton de ce formulaire fait d couvrir un sous formulaire qui laisse le choix l utilisateur d ajouter un nouvel enregistrement ou de modifier les donn es d j pr sentes dans la base Le second permet de lier des enregistrements entre eux 5 2 1 Ajout d un enregistrement Cliquer sur diter enregistrements puis sur ajouter un enregistrement Dans un premier temps l utilisateur doit choisir le type d enregistrement qu il souhaite ajouter Il accede ensuite a un formulaire de saisie ou il doit remplir les champs Pour le champ num ro qui correspond a la cl primaire de chaque table la num rotation automatique n est pas conserv e sous Access L utilisateur doit rentrer manuellement l identifiant du nouvel enregistrement il est donc imp ratif pour lui de conna tre le nombre d enregistrement de la table concern e Certains champs apparaissent sous forme de liste d roulante il s agit des cl s trang res de la table dans ce cas l utilisateur doit choisir la valeur du champ parmi une liste de valeur pr d finie Si l ajout du nouvel enregistrement s effectue avec succ s un message d information pr vient l utilisateur 17 Manuel de l utilisateur 5 2 2 Modification d un enregistrement Cliquer sur diter enregistrements puis sur modifier un enregistrement
22. Classe PHP Mapscript R Veremes Map Server RectObj lt Classe RectObj ms_newRectObj lt Fonction int set string property_name new value M thodes Les fonctions permettent de g n rer ou manipuler les objets s agit principalement de constructeurs qui doivent tre utilis s la place du mot cl new de php SoMap ms_newMapObj sMapFile Les attributs sont toujours en lecture seule La seule fa on de mettre jour un attribut est d utiliser une m thode telle que seti Quand un attribut est suivi de la mention read only cela signifie que la m thode set ne peut pas tre utilis avec cet attribut iWidth oMap width Syntaxe d utilisation des m thodes SoMap set width 300 Le d limiteur gt remplace le traditionnel des langages objets Con u par Olivier Gaye WEREMES version 0 1 2004 05 25 partr de Mapserver PHPIMapScipt Class Reference Version d Jett McKenna DM Solutions Group Inc siring imagepath double minx siring template double miny siring imageurl double maxx string header double maxy string footer sining empty read only string error read only Siring mintemplata int sel sting property nama Naw valus void setendent double minx double min y double maxx double maxy siring maxlamplate int draw mapObj map layerObj layer ro ane LabelCacheObj image0 b img ntclass index sting text double maxscala CA int praject projecti
23. DE TOULOUSE NPENSATY LE MIRAI Na Base de donn es biog ographiques sur Internet NP ENSATY GAUTIER Ben dicte GLOAGUEN J r my GRANJON Ludovic THIEU Vincent Responsables Claude MONTEIL et Marc SOUQUES Fevrier 2005 SOMMAIRE I INTRODUCTION 1 1 Cadre du projet 1 2 Contexte du projet 1 3 Objectif du projet 1 4 L application I PRESENTATION DE L EXISTANT 2 1 L interface du site Internet SYRFID 2 1 1 La premi re version 2 1 2 La deuxi me version 2 2 La base de donn es 2 2 1 Le Mod le Conceptuel de Donn es 2 2 2 Contenu de la base de donn es Excel II CHOIX DE LA CONFIGURATION 3 1 Proposition de configuration 3 2 Autre configuration notre choix IV LA NOUVELLE VERSION DU SITE INTERNET 4 1 Restructurer la base de donn es 4 1 1 Nouveau Mod le Conceptuel de Donn es 4 1 2 Nouvelles tables et vues 4 2 Interrogation de la base de donn es les interfaces 4 2 1 Interface cartographique 4 2 2 Autres fonctionnalit s 4 3 Administration de la base V BILAN Un manuel d utilisation et un guide de maintenant sont galement r dig s N N N N WN OI A Y O O Ww 10 10 10 11 12 12 13 14 15 Base de donn es biog ographiques sur Internet I INTRODUCTION 1 1 Cadre du projet Dans le cadre de la formation S I G M A Science de l information g or f renc e pour la ma trise de l environnement et de l am nagement du territoire nous avons r alis un projet de 5 semaine
24. HAccess syrfid Qui CodeRef Agul985 And1996 Aub1976 Bau1993 Beal963 Bec1910 Bra1991 Brul990 Brul 996 Cad1988 Cad1991 Cad2001 Car2000a a Car2000b b Che2001 Cla1991 Cla1993 Cla1994 Cla1995 Coc1990 Coul 941 Daul 999 co 00 w G 1 X CO A M4 p M Observations Genres Esp ces D partements R f rences CptEspDept B C Ordre Auteur Aguilar Coutin Andr i Ruiz Aubert et al Bausenwein Beaucournu amp Matile Becker Bradescu Brunel amp Cadou Brunel et al Cadou amp Brunel Cadou Cadou Cartier Cartier Chevin et al Claussen Claussen amp Kassebeer Claussen etal Claussen amp Yujic Cocquempot amp Chambon Coupin Dauphin D Annee Auteur principal 1988 COUTIN R 1998 ANDREHRUIZ M C 1976 GOELDLIN DE TIEFENAU P 1993 BAUSENWEIN D 1963 MATILE L 1910 BECKER T 1991 BRADESCU v 1990 CADOU D 1998 LE OLI 1988 CADOU D 1991 CADOU D 2001 CADOU D 2000 CARTIER G 2000 CARTIER G 2001 SAGOT P 1991 CLAUSSEN C 1993 KASSEBEER CF 1994 LUCAS JAW 1995 VUJIC A 1990 COCQUEMPOT C 1941 COUPIN L 1999 DAUPHIN P de Ref_compl te e Cheilosia caerulescens Meigen ravageur Stratification verticale et diversit des peur Douze ans de captures systematiques de schwebfliegen Nachweise aus Sudfrankre Contribution l inventaire faunistique des Dipterologische Sammelreise nach Korsi Les Syrphides de Roumanie pt Syrph Descriptio
25. N int set string property nantes new value string name int draw image Obj image string group int draw Query image Obj image siring data classObj getClass int classindex int type int queryByPoint paintObj point int moda double buffer int dump int queryByRect rectObj rect double tolaranca int queryByShape shapeOb shape int toleranceunits double sy mbols cale double minscala double maxscale double labelminscale double labeimaxscale string labalangaita strir m int queryByFeaturestint slayer int queryByAttributes string gitem string qstring int moda int setFiller string expression getPrajection int satProjectian string proj_ params int satWKTPraection string proj_ params int gaiNumResults resultCacheMemberdObj gatResuli int index int opan void clase shapeObj getShape int tileindex int shapeindex intaddFeature shapeO0bj shape int gellMetaData string nama int setMetaData string name string value int ramoveMetaData string name string getWMSFeaturalnfoURL int cickX int clicky int featuraCount string infoFormat array geleme boolean setProces sing s tring array gelProcessing bodalean claarProcessing string axeculeWFSGetfeatura int applySLD string sidxwmi string namediayer int apolySLDURL string siduri string namediayar string generateSLD int moveclassup int index int moveclassdown int index 29 Guide de maintenance Exemple de Script pour la cre
26. ORTATION DE LA BASE 5 1 Pr sentation 5 2 Fonctionnalit s 5 2 1 Ajout d un enregistrement 5 2 2 Modification dun enregistrement 5 2 3 Liaison des enregistrements 5 3 Export des donn es vers Excel NO o A DB 00 00 00 009 13 13 13 13 14 16 16 17 17 18 18 19 Manuel de l utilisateur I DESCRIPTION GENERALE DU SITE Les Syrphid s de France en quelques chiffres Capture et identification des Syrphides DOCUMENTATION PRESENTATION SAA KAKAK RN NA KA NG MEN s E SS Se A yusa t Se ama NG 1 SERVEUR CARTOGRAPHIQUE Ces pages n interrogent pas la base de donn es Elles sont statiques D 1 ces pages interrogent la base de donn es Elles sont dynamiques TITRE correspond aux menus se trouvant sur la barre de menu horizontale sur la page d accueil Manuel de l utilisateur I LE PORTAIL DU SITE 2 1 Pr sentation L accueil se pr sente sous cette forme SYRFID gt phidae of rance nteractive ata Donn es interactives sur les observations des esp ces de DIPTERA SYRPHIDAE et MICRODONTIDAE en France ETIKETT INPENSATY Site r alis par Mile Gautier Mr Gloaguen Mr Granjon et Mr Thieu dans le cadre du projet de fin d tude du DESS SIGMA en collaboration avec Mr Monteil Mr Sarthou et Mr Souques L affichage est optimis pour une r solution cran de 1024x768 plein cran La compatibilit est tablie avec Internet Explorer et Mozill
27. Spgsql colonne geometrique 40 Scolonne geometrique pg result Spgsql resultat Del 41 Stype donnee geometrique pour mapserver str replace LINESTRING MS LAYER LINE str_replace MULTILINESTR ING MS LAYER LINE 30 Guide de maintenance 43 dd 45 46 AT 46 49 50 a 52 56 59 63 64 65 66 67 68 63 fit 11 15 str_replace MULTIPOLYGON MS_LAFER POLYGON pg result pgsql_resultat 0 1 Af ff Calcul de l extent pour MapServer ff et de la hauteur de l image Yi Spgsql extent select xmin extent Scolonne geometrique ymin extent Scolonne geometrique xmax extent Scolonne geometrique ymax extent Scolonne geometrique from france resultat extent pg exec Sdb handle pgsql extent Sxmin pg result Sresultat extent 0 0 5ymin pg result resultat extent 0 1 Sxmax pg result 5resultat extent 0 2 Symax pg result Sresultat extent 0 3 Slongueur extent abs Sxmax Sxmin shauteur extent abs Symax Symin Srapport extent Slongueur extent Shauteur extent Shauteur image mapfile Slongueur image mapfile Srapport extent ff f Cr ation de la mapfile ES map ms newMapObj gt Nom_Maptfile Smap gt setextent xm1n ymin xmax Symax Smap gt web gt set imagepath 5mapserver imagepath Smap gt web gt set imageurl Smapserver imageurl Smap gt set width Slongueur image mapfile Smap gt
28. a 2 2 Les menus Pour avoir acc s aux diff rentes parties du site nous avons choisi de cr er le menu dynamique horizontal suivant 2 2 1 Pr sentation Le menu Presentation vous permet d avoir acc s plusieurs sous menus Manuel de l utilisateur gt Plan du site Cette page vous permet de consulter tout ce q il est possible de faire dans ce site gt Les Syrphid s en France Ce lien vous permet d avoir un tat des lieux des Syrphid s sur le territoire national Nous apprenons que la France poss de la syrphidofaune la plus riche d Europe avec 511 esp ces de Syrphid s SYRFID compte a ce jour 4593 observations correspondant a un triplet espece d partement p riode temporelle avant ou depuis 1970 gt Capture et identification Dans cette page nous vous donnons quelques conseils pour la capture et l identification des Syrphid s 2 2 2 Documentation Le menu Documentation vous permet d avoir acc s plusieurs sous menus gt Guide d utilisation M Dessaix M Monteil et M Sarthou ont souhait expliquer tous les utilisateurs du site SYRFID 1 Le r le du site SYRFID 2 Le contenu 3 La navigation 4 La mise jour gt Bibliographie Ce lien affiche l ensemble des auteurs des publications o au moins une observation de Syrphid a t cit Manuel de l utilisateur Cette liste est mise a jour automatiquement lors d un ajout d une nouvelle publication dans la base de donn es
29. a_name L string new_map_path int numiayers read only string name int status int dabug int width int height int maxsize int transparent int interlace int imagetype read only int imagequality double scale read only string shapepath int key azan int keysizey int keyspacingx int keyspacingy webOb web reference MapObi reference colorObj imagecolor scalebarObj scalebar legandObj legend string symbolsetflenama read only string fontsetfilaname read only outputformatObj outpulformat read only labelcache Ob labelcache mapObj cional int s ti sring property_nama new value int gatsymbolbyname string symbol nama void preparequeryl image 0bj praparelmage image Ob draw image Ob drawQuery image Obj drawLegend image Obj drawRefarancaMap image Cbj drawScaleBan intembediegand image Ob image intembedScalebar imageObj imaqa int drawLabelCache image0bj image layerObi getLaver int index layearOty geLaverByName sting over nama colorOby gak dlorbyindax int Clolndex void saledani double minx double miny double maxx double maxy void zoompointiint nZ oomF actor paintOb aPixelPos int nimageWidth int nimageHeight ractObj oGeorefExt void zoomrectangle rectObj oPixelExt int nimage Width int nimageHeight rectObj oGeorefExt void zoomscale double nScale pointObi oPixelPas int nimageVVidth int nimageHeight ractObj oGeorefExt int queryByPoint pointObj
30. artographique nous avons d restructurer la base de donn es Nous vous presentons dans cette partie les points essentiels du projet la base de donn es les deux interfaces cartographiques et la gestion administrative L ensemble du site est consultable dans le guide de l utilisateur 4 1 Restructurer la base de donn es 4 1 1 Nouveau Mod le Conceptuel de Donn es Tenant compte du premier MCD et du contenu de la base Excel nous avons concu le MCD suivant Voici le LMD espece num_espece codeE 4 nom_espece decouvreur date_nommage UEF importance_inter photo ref_statut_ fr ref_statut_eu ref_genre genre num genre codeG 4 nom_genre statut num statut libelle synonyme kW num_syno codeS 8 nom_syno decouvreur_syno date_nommage_syno ref_espece observation num obs ensemble annees date maj ref_dept ref_espece france gid code id name the_geom publication num_publi code publi ordre titre date mal ref_annee_publi l auteur num auteur nom auteur S annee __ num_annee OI dater ss ref_observ ref_annee_obs gt O ecrire ref publi ref auteur position 10 Base de donn es biog ographiques sur Internet d crire ref_obs ref_publi 11 Base de donn es biog ographiques sur Internet Le contenu de ces tables et vues sont disponibles dans les annexes de ce rapport 4
31. ation d un fichier map 1 lt php oe dl php mapscript 44 SE ff 4 f f Param tres pour le serveur PostgreSQL RE ff 6 Shote localhost t Sbase de donnees syrfid B Sutilisateur syrfid GE Smot de passe syrfid 10 Sfrance france 11 d 17 ff Param tres pour PhpMapScript 13 Z 14 Z 15 f f nom du fichier map contenant les informations de base 16 SNom Mapfile sst map 17 ff longueur de l image g n rer La hauteur de l image sera calcul e selon la longueur sp cifi e 18 Slongueur image mapfile 400 19 f f Chemin d acc s absolue vers le r pertoire contenant l image generer 2 Smapserver lmagepath c ms4w Apache htdocs syrfid site tmp T ff URL locale selon le chemin d acc s sp cifi pour l image CA 23 Smapserver imageurl syrfid site tmp 24 f f nom de la donn e attributaire afficher 25 f f Celle ci correspond une colonne dans la table choisie 6 Smapserver labelitem code AE ff 28 ff Connexion au serveur PostgresSOL 29 ES 30 sdb handle pg connect host hote dbname Sbase de donnees user Sutilisateur aL password Smot de passe 2 ES 33 ff Commen ons par d terminer le nom de la colonne 34 ff g om trique associ e la table choisie SES Z 36 Spgsql_colonne geometrique select f geometry column type Ls from geometry columns 36 where f table name like Stable choisie ae Spgsql resultat pg exec db handle
32. c la syntaxe suivante Sgenre select POST s genre Cette expression veut dire genre select re oit pour valeur celle post e par le formulaire s genre gt POST est une m thode d envoi d information vers une autre page en sp cifiant l adresse de destination ex adresse php Dans notre cas l information est envoy e vers la m me page qui va donc s actualiser pour cela on remplace l adresse de destination par lt php PHP SELF gt Sgenre select tant maintenant defini la requ te de s lection des noms d esp ce peut tre lancee avec la syntaxe suivante SELECT distinct nom espece num espece FROM espece genre WHERE ref genre like num genre and nom genre like Sgenreselect La seconde liste d roulante pr sente ainsi les noms d espece associ s a un nom de genre Le formulaire associ 2 liste est s espece gt La proc dure lt OnChange submit Un formulaire gt est d finie au niveau de chaque liste d roulante afin que toute nouvelle s lection soit accompagn e d un rafraichissement de la page c est a dire nouvelle interrogation de la base permettant la presentation de nouvelles donn es KITO Pee r sssi o aa A O contracta Arctophila k interpuncta en France lineata lunulata Liste d roulante OnChange submit S genre Liste d roulante OnChange submit S genre Proc dure v nementielle Proc dure v nementielle Ainsi le premier choix du nom
33. cess peut tre simplifi e en reprogrammant en VBA la num rotation automatique des identifiants de chaque table A chaque fois que l utilisateur souhaitera ajouter un nouvel enregistrement le programme devra r cup rer la plus grande valeur du champ id pr sente dans la table l incr menter de 1 et l ins rer dans le formulaire d ajout du nouvel enregistrement 20 Guide de maintenance ANNEXES DICTIONNAIRE DES DONNEES DE LA BASE gt LES TABLES Nombre d enregistrements estim s annee auteur ater 629 crire 474 ecrire 14 rance 95 enr eometry columns observation ublication atial ref sys statut nonyme o annee NOT NULL o auteur NOT NULL character varying 254 o dater NOT NULL NOTNULL Type _ Nonm Defaut NOT NULL nextval public d crire_ref obs seq text NOT NULL o ecrire 21 Guide de maintenance ref_ publi NOT NULL nextval public ecrire ref publi seq text NOT NULL Cd position integer o espece codeE 4 Jeharaeterwanino Cd nom_espece eharacter varing 254 Seenen eharactervaring 254 date_nommage character varing 100 __ UE al importance_inter character varying t photo eharactervaming259 rer statt Jeharactervamingt ref statut eu character vamingt ret gente ege j jJ o Trance code use norna ia eharactervarying name aseene the_geom es o genre x Gelee
34. ctifs espece i fois donne par d partement le nombre d esp ce distinctes observ es seulement apr s 1970 donne par d partement le nombre d esp ce distinctes observ es seulement avant 1970 donne par d partement le nombre d esp ce distinctes observ es avant ET apr s 1970 donne par d partement le nombre de genres distincts observ au moins une fois ffectifs espece ap7 ffectifs espece av70 ffectifs espece avap70 erectis espece avap U effectifs genre Donne par departement le nombre de genres distincts vus seulement apr s 1970 Donne le nombre de genres distincts par d partement observ s seulement avant 1970 aadis sen aus Donne par d partement le nombre de genres distincts observ s avant ET erectis genre avap u x apr s 1970 DN TEE Regu te pour avoir la liste des especes diff rentes par d partements et leur espece dept annee annee min et max tanos aiies a jointure permet d obtenir code geom num esp num genre num obs annee trance annee geom min et max Requ te pour avoir la liste de genre diff rents par d partements et leur annee genre dept annee min et max Permet d obtenir le num espece le nom de l espece le nom du genre le liste multiple Se I i numero de publication l annee d observation et le code du departement observation annee minmax ffectifs genre ap70 x ffectifs genre av70 24 Guide de maintenance Diagramme de Classe PHP MapScript Diagramme de
35. de genre va conditionner l affichage des esp ces associ es La selection dans la deuxieme liste va conditionner la procedure v nementielle OnChange submit s espece C est sur la base de cette valeur num rique post e par s espece que va tre r alis e l affichage de toutes les zones d affichages d informations dynamiques 16 Guide de maintenance 4 2 Les zones d affichages d informations dynamiques Les zones d affichages d informations dynamiques sont le r sultat de l interrogation de la base de donn e Cette interrogation est en faite une requ te sur une ou plusieurs tables La majorit des zones informatives sont issues de requ tes bas es sur la s lection d une esp ce identifi e par une variable num rique cl primaire ici num espece La requ te retourne en fonction de la s lection sp cifi e le contenu des champs d une ou de plusieurs table s Cette information issue de la base de donn e peut tre soit directement exploitable c est dire affichable sur la page web exemple les noms d esp ces synonymes de l espece s lectionn e conditionner pour afficher une information d un autre type par exemple l affichage d image correspondant au statut Fran ais ou Europ en de l esp ce information stock e sous forme de lettre S D M dans la base de donn es L utilisateur ne peut en aucun cas agir modifier cliquer s lectionner l information contenue dans ces zones d affichage
36. e EM si les observations sont uniquement post rieur a 1970 envert EM si les observations ont eu lieu avant et apres 1970 Manuel de l utilisateur Implicitement toutes les classes ne sont representees selon l espece s lectionn e et les d partements restant non color s impliquent l absence d observation de l esp ce Un bloc l gende accompagne la carte rappelant la l gende de l analyse th matique et le nom de l esp ce s lectionn e REPRESENTATION DE A d partement LA REPARTITION DE MA avant 1970 seulement EM avant et apres 1970 C apres 1970 Arctoplula superbiens Auteurs Gautier Grarnjon Gloagzer Thien Ici le bloc l gende correspondant la carte pr sent e ci dessus c est a dire la repr sentation d Arctophila superbiens Enfin des informations et illustrations sont disponibles sur l esp ce s lectionn e Parmi ces informations l utilisateur d couvrira une illustration de l esp ce des pictogrammes indiquant le statut accompagn d une l gende et aussi une liste des noms d esp ce synonymes de la s lection 10 Manuel de l utilisateur 3 2 2 Autres informations disponibles L utilisateur peut superposer la repr sentation de la r partition d une esp ce l identification des zones biog ographiques Ceci l aide des contr les suivants tones iog ographiques E Artamique D Continental E msdierransen alpin L in
37. e cahier des charges La mission est remplie dans la mesure ou le produit fini est op rationnel Cet outil permet une visualisation optimale des donn es des esp ces des Syrphid s et permet galement le traitement des donn es grace a l export dans Excel Pour conclure la cr ation d un site dynamique cartographique li e a une base de donn es riches en informations nous a permis d enrichir et de consolider nos comp tences informatiques En effet ce projet de cinq semaines a t propice a l apprentissage et a l exp rimentation de nouvelles applications informatiques nous a permis galement de mettre en uvre des langages complexes acquis lors des enseignements du DESS SIGMA 16 DE TOULOUSE wy LE MIRAL 4 oe oN AT Manuel de l utilisateur GAUTIER B n dicte GLOAGUEN Jeremy GRANJON Ludovic THIEU Vincent Responsables Claude MONTEIL et Marc SOUQUES Fevrier 2005 Manuel de l utilisateur SOMMAIRE I DESCRIPTION GENERALE DU SITE ll LE PORTAIL DU SITE 2 1 Pr sentation 2 2 Les menus 2 2 1 Presentation 2 2 2 Documentation 2 2 3 Serveur cartographique 2 2 4 Lien lll L INTERFACE CARTE DE REPARTITION 3 1 Presentation 3 2 Recherche thematique 3 2 1 Fonctionnement et selection 3 2 2 Autres informations disponibles IV LINTERFACE CARTE D EFFECTIFS 4 1 Pr sentation 4 2 Recherche thematique 4 2 1 Fonctionnement 4 2 2 Informations compl mentaires V INTERFACE ADMINISTRATION ET EXP
38. ectionner dans la table esp ce toutes les esp ces li es ce genre Il reste ensuite conditionner l affichage de la carte pour que si la variable lt Snumespece select gt n existe pas pas de s lection r alis sur l esp ce mais que la variable lt Snumgenre select gt existe s lection du genre effectu la requ te de s lection de toutes les esp ces du genre soit lanc e e Une fonctionnalit int ressante qui na pu tre r aliser faute de temps est l affichage et la cartographie d une esp ce apr s s lection d un genre dans l hypoth se ou le genre ne dispose que d une seule esp ce e Enfin il semblerait int ressant dans le long terme de pouvoir comme date charni re une variable plut t qu une date fixe ici 1970 Cette option n est pas compliqu e puisqu il s agit simplement d avoir une variable prenant une valeur sp cifi e et d utiliser cette variable dans les requ tes de s lection et les requ tes de cartographie Le probl me majeur li cette fonction est la repr sentation des observations En effet dans notre cas avec 1970 toute observation portant sur plusieurs ann es se situait enti rement avant ou apr s 1970 Or si on considere que l utilisateur peut faire varier cette date charni re il risque d y avoir un probl me pour repr senter les observations multi ann e englobant la date faisant r f rence 5 3 La partie administration Access L ajout d enregistrements sous Ac
39. er l ensemble des informations et pouvoir r pondre aux sp cifications du site Web nous avons d modifier le MCD pour aboutir a celui ci Guide de maintenance 3 2 Migration de la base de donnees Excel En r alit les donn es de d part n taient pas structur es dans un Systeme de Gestion de Base de Donn es elles taient g r es sous Excel dans diff rentes feuilles Cela nous a pos des probl mes pour la r cup ration des donn es et l int gration dans PostgreSQL Cette int gration s est r alis e en plusieurs tapes e Tout d abord nous avons trait les feuilles Excel pour quelles correspondent aux tables de notre MCD Pour cela nous avons 1 r cup rer les feuilles Excel quasiment l identique ou en s lectionnant qu une partie 2 pour certaines tables nous avons du cr er des applications simples en Visual Basic pour Application afin d automatiser en partie la cr ation des tables Par exemple nous avons utilis cette m thode pour la table dater en dissociant les dates de la feuilles Excel afin d affecter chaque date un num ro d observation e Puis nous avons pu int grer nos nouvelles tables dans Access par les fonctions habituelles d importation pour avoir une m me visualisation des donn es et des relations entre les tables e Pour transf rer les tables Access en tables PostgreSQL nous avons utilis un utilitaire gratuit ODBC Converter avec le pilote ODBC de PostgreSQL Cet utilitaire
40. es possibilit s et moyens de mise a jour Partant d une base de donn es complexe cr e sous Excel et dun site Web prototype htto syrfid ensat fr Syrfid htm notre travail a donc t important pendant ces quelques semaines de projet Vous trouverez dans ce guide de maintenance les points que nous avons g r s et dans une derni re partie les possibilit s pour am liorer le site les interfaces cartographiques r alis es Guide de maintenance ll LE SERVEUR CARTOGRAPHIQUE Pour que le site SYRFID v 3 0 soit disponible sur Internet nous avons besoin d installer un certain nombre de composants sur un ordinateur sur lequel on pourra acc der a distance Nous avons choisi d installer un serveur sur un ordinateur disposant d un syst me d exploitation Windows Server 2003 Cette solution a t retenue pour sa facilit d installation des composants en comparaison d une installation sous Linux 2 1 Quels logiciels open source utilis s Sur cet ordinateur nous avons d installer les composants suivants gt Un serveur Web Apache 2 0 50 gt Un langage de script pour le Web dynamique PHP 4 3 7 avec une extension PHP MapScript 4 4 1 gt Un serveur cartographique Mapserver 44 gt Une Base de donn es PostgreSQL 8 0 0 beta 2 gt Une Base de donn es spatiale PostGIS 0 8 extension ou cartouche spatiale de PostgreSQL gt Une interface pour PostgreSQL phpPgAdmin 3 5 1 2 2 Installation e Dans un
41. est disponible l adresse suivante http membres lycos fr eazygem ODBC HTML Francais ODBC Converter zip et le pilote est t l charger sur http www postgresqal org ftp odbc versions dil e Enfin nous avons d fini dans PostgreSQL les cl s primaires et trang res des tables partir de phpPgAdmin en cr ant des contraintes soit de type cl primaire soit de type cl trang re L ensemble des tables est donc impl ment dans PostgreSQL afin de v rifier le MCD que nous avons con u et les contraintes d int grit qui en d coulent Le dictionnaire de donn es associ notre de base de donn es est consulter dans les ANNEXES 3 3 Actualisation 3 4 1 Choix de la solution Le r le du SGBD consiste a saisir et entretenir les donn es thematiques int gr es dans le systeme Maintenant que les donn es ont t int gr a la base sous PostgreSQL il nous faut g rer l administration des donn es Il n est pas question d utiliser l interface phpPgAdmin pour administrer la base de donn es en effet l ajout et la modification des enregistrements se fais ligne par ligne Ainsi la gestion des donn es par l administrateur de l ENSAT doit tre simplifi e par la cr ation de formulaire de saisie Pour cela deux solutions s offrent nous La cr ation de requ te SQL d ajout de modification et de suppression INSERT UPDATE et DELETE partir des donn es POST es depuis un formulaire en PHP puis l utilisation du
42. est necessaire de cr er un fichier map tres simple contenant ces informations de base MAP EXTENT 00 1 1 SIZE 1 1 IMAGECOLOR 255 255 255 IMAGETYPE PNG END Guide de maintenance Ce fichier est n cessaire a PhpMapscript qui va pouvoir a partir de ce fichier crire un fichier map complet Voir exemple de script en annexe Nous allons donc nous connecter a la base de donn es puis r cup rer toutes les informations n cessaires pour la cr ation de notre carte Il faut pr d finir les diff rentes couches de la carte layer qui seront galement modifi es selon les requ tes effectu es via le site internet Ainsi nous pouvons la fois cr er des cartes en fonction de requ tes pilot es par le site Internet mais ces requ tes sont en plus mises a jour au fur et a mesure que la base de donn es est mise a jour Guide de maintenance II LA BASE DE DONNEES 3 1 Le Mod le Conceptuel de Donn es modification A lorigine les donn es taient structur es de mani re a r pondre au Modele Conceptuel de Donn es suivant Genre CodeGenre NomGenre in On d E Appartenir T Ze Nommer Observer CodeSyn NomEspeceSyn CodeEspece NomEsp ce D couvreur D couvreurSyn 4 DateNommage DateNommageSyn f Localiser Publier d 1 1 ss Mal Observation 3 Dn i t Dn D partement Publication NumDep NomDept CodePubli R f rence Pour conserv
43. ette s lection l aide du bouton soit par s lection d un d partement dans la fiche informative sur l esp ce l aide du bouton e situ a gauche du libelle d partement Cette fiche informative sur le d partement pr sente sur le m me principe que la fiche informative sur l esp ce la liste des esp ces observ es pour le d partement s lectionn Observation Observation Cream DE amana E Le AS Aretopkila bombiforme gt j HO SE D A Brachyopa sewtettaris eege got 1996 mme EE H A Brachyopa testacea pass Le bouton ih permet de s orienter vers la fiche informative de l esp ce Ce syst me de navigation inter fen tre doit permettre a l utilisateur d approfondir ces recherches sans repasser par une interface principale mais tout en gardant en arri re plan l analyse de d part 12 Manuel de l utilisateur IV L INTERFACE CARTE D EFFECTIFS 4 1 Pr sentation L objectif est de repr senter des cartes d effectifs bas es sur la fr quence d observation de l ensemble des genres ou de l ensemble des esp ces de syrphes actuellement recens es Genres ou Especes X H 1 Ain AISNE 3 Allier q Alpes de Haute Prowence 5 Hautes Alpes Info sur ce d partement 3 1 10 CARTE D EFFECTIES E 11 50 sue mm 51 100 especes observees seulement avant 1970 Ma 101 200 GS plus de 200 Auteurs atier Grarjon Gloagen Tie
44. host gt PGPORT 5432 Guide de maintenance Ensuite recherchez la variable d environnement nomm e Path et la modifier en ins rant au d but c PostgreSQLWin32 bin c PostgreSQLWin32 lib les lt correspondent la suite de la variable Path Vous devez maintenant red marrer votre ordinateur afin que ces variables soient prises en compte Ces variables d environnement permettent a PostgreSQL de savoir ou se trouve la racine de la distribution PGHOME ll saura galement que le r pertoire pour vos futures bases est PGDATA et que le port de connexion est le 5432 PGPORT PostgreSQL permet l acces aux donn es a partir dun compte utilisateur et non d un compte administrateur Il faut donc cr er un nouveau compte utilisateur avec un nom et un mot de passe Ce nom et ce mot de passe serviront par la suite dans la connexion vers la base de donn es dans notre cas nom d utilisateur syrfid et mot de passe syrfid e Nous pouvons donc maintenant cr er notre base de donn es faut ouvrir une session administrateur et lancez l invite de commandes D marrer Tous les programmes Accessoires Invite de commandes Taper comme tel runas noprofile user nomducompteutilisateur cmd pour nous user syrfid puis tapez le mot de passe Une nouvelle fen tre s affiche vous permettant de travailler en tant qu utilisateur syrfid donc utilisateur partir d une session administrateur A partir de l plusieurs tapes sont n
45. ipt Enfin des formulaires utilisant des fonctions javascript sont utilis s pour l affichage d information particuliere L avantage est d obtenir cet affichage de facon instantan et sans avoir a recharger la page web utilis e ce qui permet notamment de ne pas perdre l affichage de la s lection courante tones jiog ographiques E antantique l Continental Ce premier formulaire fonctionne comme un interrupteur et permet l affichage d une image superpos a la carte thematique courante Sur le m me principe cette zone affichage verte permet a l utilisateur de conna tre le code du d partement sur lequel il pointe avant de r aliser une s lection Cette fonction en javascript est issue de la version premi re du site consacr aux syrphes 18 Guide de maintenance V LES PERSPECTIVES 5 1 La s lection S lections simples Actuellement il est possible de faire une s lection sur un d partement et de demander les informations correspondantes a ce d partement Ceci est possible en utilisant une image r active correspondant a la d coupe des departements de France Le probleme r side dans le fait que Ton est oblig de cliquer sur un d partement ce clique permet la mise a jour d une variable contenue dans un formulaire qui sera par la suite transmise pour l interrogation de la base de donn es puis de cliquer sur un bouton qui va lancer l ouverture d une nouvelle page contenant les informations demand es
46. ipts MapServer MapScript et PHPMapScript JEGOU L Le fichier html php 1 lt php z d1 php mapscript 44 3 4 fmap ms newMapOb europe map 5 Simage Smap gt draw 6 image url Simage gt saveWebiImage 7 7b 6 lt HTML gt 8 lt HEAD gt 10 lt TITLE gt Example Afficher un shp lt TITLE gt 11 lt HEAD gt 12 lt BODY gt 13 lt IMG S5RC lt php echo image url T gt gt 14 lt BODY gt 15 lt HTML gt lt D but de script php chargement du module phpMapScript variable de l objet map init et chargement variable d image remplie par dessin fichier map Sauvegarde de la variable image dans un fichier fin de script php Mi UI E Ls bi FP 6 d but document HTML z en t te 10 titre doc HIML 11 Fin en t te 12 d but corps 13 balise image et source variable php 14 fin corps 15 fin document HTML Le fichier map vu pr c demment ne permet pas de cr er des cartes dynamiques les informations contenues ne sont pas dynamiques Dans notre cas nous souhaitons creer des cartes de maniere dynamique Pour cela nous allons crire la quasi totalit du fichier map a partir d un fichier php contenant des variables Le principe est bas sur le langage PhpMapscript qui nous permet de g n rer dans du php la definition complete d un fichier map fichier utilis par Mapserver pour afficher une carte a partir du diagramme des classes de PhpMapScript cf annexe Pour cela il
47. itons de passer par un fichier shape comme sp cifi dans la solution MySQL Coupler cette base de donn es a MapServer pour nous permettre de g n rer des cartes la demande en interrogeant la base de donn es En th orie il est galement possible d utiliser MapServer en mode Query afin de pouvoir interroger la base de donn es partir d une s lection graphique cette derni re fonctionnalit n a pu tre mise en uvre du fait d un manque de temps pour la compr hension de ce syst me G rer la partie la partie administrative directement partir du site Web gr ce un acc s s curis Compte tenu du d lai dont nous disposions et de la d couverte de la possibilit de faire communiquer Access et PostgreSQL par lien ODBC et cela m me en connexion distante nous avons choisi de d velopper une application administrative sous Access Par cons quent la configuration utilis e pour r pondre aux objectifs du projet est la suivante Le syst me d exploitation Windows Le serveur Web Apache Le langage de script pour le Web dynamique PHP Le serveur cartographique Mapserver La base de donn es PostgreSQL La base de donn es spatiales Postgis La gestion administrative de la base de donn es Access Des fichiers issus dun SIG contenant les objets g ographiques au format shp ArcView Base de donn es biog ographiques sur Internet IV LA NOUVELLE VERSION DU SITE INTERNET Avant toute cr ation d interface c
48. mapfile au format PNG ff Simage S5map gt draw Simage url image gt saveWeblmage MS PNG 1 1 0 if ff Fermeture de la connexion PostgresQL d pg close db handle gt IS 32
49. n 1 car il agit comme un tableau de bord permettant de renvoyer aux tableaux et cartes de celle ci Par contre les tableaux ou cartes ne permettent pas de revenir sur la page centrale de la version 1 en l tat actuel des choses 2 2 La base de donn es 2 2 1 Mod le Conceptuel de Donn es CodeEspece NomEsp ce D couvreur DateNommage CodeGenre NomGenre _ Observer Appartenir Localiser Observation Ca On D partement NumDept NomDept NumObs DateObs TypeObs DateMAJ Synonyme CodeSyn NomEspeceSyn D couvreurSyn DateNommageSyn On Publication R f rence Base de donn es biog ographiques sur Internet 2 2 2 Contenu de la base de donn es Excel Le contenu de la base tient compte des deux dimensions appr hender plus particuli rement e niveau spatial tude a l chelle des d partements du territoire francais e niveau temporel etude sur deux p riodes avant et apres 1970 Le fichier Excel est constitu de 5 feuilles n cessaires pour notre tude gt Genres La feuille Genres liste les 81 genres de syrphid s Nombre de total de Nombre de d partement o d partement o au moins au moins 1 esp ce a t vue Num ro d ordre Nom 1 espece a t vue avant et apres 1970 4 premiers caracteres du nom du Nombre Nombre de d partement Nombre de d partement genre En cas d homonymie le d especes que ou au moins 1 esp ce a o au m
50. n de la larve et de la pupe de Les Dolichopodid s etles Syrphid s des In Inventaire analytique des Invert br s Les Dipt res Syrphides de Bretagne Pre Ils profitaient d un beau soleil ce jour lal B Contribution l expertise du patrimoine na Addenda aux insectes de Rueil Malmais Une nouvelle enqu te propos e aux natu Eine neue Orthonevra von Korsika Dipter Eine neue Art der Gattung Cheilosia Meig Zur Identit t von Pipizella heringii Zetterst Eine neue Art der Gattung Cheilosia Meig Contribution l tude de la faune entomol Contribution l tude des Syrphid s et Co Donn es entomologiques sur la R serve gt es m lt dp Cependant la mise en place de la connexion ODBC entre PostgreSQL et Access pose quelques problemes impossibilit d appliquer l int grit r f rentielle aux relations entre les tables cf 3 4 3 perte de la num rotation automatique pour les identifiants de chaque table 14 Guide de maintenance IV LES INTERFACES CARTOGRAPHIQUES Retour sur le fonctionnement Afin de mieux comprendre leur fonctionnement l exemple de l interface cartographique de r partition des syrphes disposant d un nombre plus significatif de contr les et d illustrations servira d exemple Il est important de distinguer des zones disposant de formulaires interactifs permettant a l utilisateur de s lectionner ou d agir sur l information c est dire des contr les de s lection
51. nn es Le lien permanent tablie entre les deux SGBD conserve les cl s primaires et trang res mais pas les liens entre les tables faut donc commencer par relier les tables On se rend compte qu il est impossible d appliquer l int grit r f rentielle aux relations cr es la mise jour en cascade des champs et la suppression en cascade des enregistrements ne pourra donc pas se faire automatiquement public_statut public_espece public_synonyme public_statut_1 decouvreur_syno date _nommage_syno ref_espece num dt public_france libelle importance_inter phota public_observation mum obs ensemble _annees date maj ref_dept ref_espece public_genre public_d crire ref_obs ref_publi public_dater ref observ ref_anmee obs public_publication public_auteur S num auteur nom auteur public_annee ref publ ref auteur position ref_annee_publi auteur 12 gt E Guide de maintenance Creation des formulaires d ajout et de modification On cree des formulaires d ajout et de modification pour les tables genre espece synonyme observation publication et auteur cf cours Access de Mr Souques Saisie des cl s trangeres Pour faciliter l administrateur de donn es la saisie dans les cl s trang res des tables on cr des listes d roulantes Par exemple dans la table esp ce on compte trois cl s trang res ref_
52. nn es de la s lection et pourrait interroger la base de donn es en cons quence Cette solution serait la plus l gante et permettrait l utilisation des fonctionnalit s de MapServer De la m me mani re cette solution permettrait galement de r gler le probl me de la s lection simple vu pr c demment 5 2 Interface carte de r partition e La repr sentation de la r partition du genre na pas t prise en compte dans l interface cartographique de r partition En effet la version ant rieure r alisait cette analyse mais cette derni re ne fonctionnait que sous Internet Explorer Or durant les phases de d veloppement c est Mozilla Firefox qui a t utilis de fa on majoritaire ne nous permettant pas de d couvrir cette fonctionnalit Cependant si le projet doit tre repris l ajout de cette fonctionnalit semble tout fait r alisable En effet la cr ation de la carte est induite par la s lection de nom d esp ce soit pour le programme l existence de la variable lt Snumespece select gt Autrement si cette variable n existe pas if Snumespece select alors la carte n est pas cr e 19 Guide de maintenance Si on reprend le cheminement effectu par l utilisateur il y a d abord s lection d un nom de genre puis s lection des esp ces relatives ce genre suffit donc de sp cifier une cr ation de carte suppl mentaire bas e sur le num ro identifiant le nom de genre choisi et s l
53. nterface pr c dente tel que l affichage des zones biog ographiques 14 Manuel de l utilisateur Logiquement seule la fiche informative sur le d partement est accessible depuis cette interface Cependant l originalit est de pouvoir choisir deux types de s lection soit une s lection unique de fa on similaire l interface pr c dente c est dire par s lection sur la carte puis validation par le bouton Soit une s lection multiple par choix dans la zone de texte d roulante la s lection multiple doit tre effectuer par lt ctrl clic gt et valider par le contr le pr vu cet effet 1 Ain 2 Aisne 3 Allier 4 Alpes de Haute Provence 5 Hautes Alpes La structure de la fiche informative sur le d partement reste identique quelque soit la s lection simple ou multiple et la navigation vers les fiches informatives sur les esp ces restent disponible 15 V LINTERFACE ADMINISTRATION ET EXPORTATION DE LA BASE 5 1 Pr sentation Le r le du SGBD consiste saisir et entretenir les donn es th matiques int gr es dans le syst me Maintenant que les donn es sont int gr es a la base sous PostgreSQL il faut g rer l administration des donn es La gestion des donn es se fait par l interm diaire d une interface sous le SGBD Microsoft Access la base syrfid mdb tant li e en permanence avec la base PostgreSQL gr ce a une connexion ODBC Pour se connecter l utilisateur doi
54. ogress record with zero length at Ee LIA E OU redo is not required database system is ready e Maintenant que la base de donn es est cr e nous allons install phpPgAdmin afin de pouvoir visualiser la base de donn es de facon plus attractive qu a la ligne de commande Pour cela il faut d compresser le fichier phpPgAdmin 3 5 1 zip disponible a l adresse http ohppgadmin sourceforge net dans le r pertoire C ms4w Apache htdocs Pour acc der a la base de donn es syrfid dans notre cas choisissez le navigateur Internet de votre choix Internet Explorer Mozilla tapez http localhost phpPGAdmin puis ins rer votre nom d utilisateur et mot de passe ATTENTION les majuscules comptent L installation du serveur cartographique est termin e Attention il faut modifier la ligne 325 du fichier carte effectif php et la ligne 244 du fichier carte_repartition php lt img src lt php echo http localhost image_url width map gt width px height map gt height px gt USEMAP ImageMap name MON_IMAGE gt en rempla ant localhost par le numero IP du serveur 194 254 144 40 2 3 Creation de cartes dynamiques Pour permettre de r aliser des cartes de fa on dynamique nous avons utilis MapServer coupl a PostgreSQL PostGis Le principe de fonctionnement de MapServer est bas sur des fichiers map Ces fichiers contiennent l ensemble des informations n cessaires a MapServer pour cr er une
55. oins 1 esp ce a 4 caract re est remplac par comporte le genre t vue qu avant 1970 t vue qu apr s 1970 un chiffre gt Esp ces La feuille Esp ces liste les 489 esp ces de syrphid s Nom du genre Nombre de d partement ou au moins 1 Nue o dior esp ce a t vue f GC Total avant apr s avant et apr s 1970 Nom du 1 2 synonyme x Nom Auteur ayant nomm l esp ce R f rence du 1 2 synonyme ann e de publication Code du genre 4 car 4 premiers caract res du nom de l esp ce En cas d homonymie le 8 caract re est remplac par un chiffre Base de donn es biog ographiques sur Internet Esp ces indicatrices de for ts d importance internationale pour la conservation de la nature a l chelle europ enne d apres Good amp Speight 1996 Indicateur d impression de l esp ce Nom du 3 4 synonyme si 1 dans le fichier pour TUEF Ring an y France internat iS Disponibilit d une photo num rique de l esp ce A A synonyme Statut de l esp ce au niveau francais europ en S surveiller probablement en diminution D en nette diminution M menac e me me 4 R f rence du 3 gt D partements La feuille D partements liste les 489 esp ces de syrphid s Nombre de genre vus dans le d partement Total avant apr s avant et apr s 1970 Nombre d esp ces vues dans le d partement Code Nom Total avant apr s
56. onObj in projlactionObj out id Feel ER eet int set sinng property name new value bodlsan free ResultCacheMemberdbj int shapeindex read only int rad int tileindex read only int green int classindex read only int blue void setRGB int red int green int blue 25 Guide de maintenance LineObj ms_newLineOb4 intnumpaints rad on hy nt add ponton paint int add AY double x double y double ml PointOts point int i double minsubdivida double maxsubdivide double minares double maxacrs double mininterval double maxinterval siring labelformal int propact profection Oy in projactionOt out void free int height intwidih int kaysiz ak int kaysizay int kayspacingx int keyspacingy colorOty outlinacolor int status int position int transparent int intarace int postlabalcache labelObj label colorObj imagecolor string template imni satsing property name new valus LabelObj string font int shadowsizex int shadowsizey colorObj backgroundcolor colorObj backgroundshadow calor int backgroundshadow sex int backgroundshadowsizay int size int minsiza int maxsize int positon int offsetx int offsety double angle int autoangle int buffer int antalas int wrap int minfeaturasize int autominfeaturesiza int mindistance int partials int force int sel sining property name new value int set sting property_namea naw vaus int height int width int
57. point int mode double buffer int quaryByRect rectObj ract int queryByShape shapeObj shape int quearyByFeatures int slayer int queryByindex int layerindax int tileindax intshapeindex intaddtoquary int savaquery fienama int badguery filename void fraequeryllayarindax int sawal siring filename string getProjaction Guide de maintenance int selPrajection string pro params boolean bSetUinisAndEsxtents int setWkKTProjacton string proj_params boolean bSetUinisAndEsxtents int getMetaData string name int selMataData string name string value int removweMetaData string name amay getLayersindexByGroup siring groupname array getAllGroupNames amay gelANL ayerNameas boolean moveLayerUp int layarindax boolean moveLayerDown int layerindex array gellayarsdrawingordar boolean satlayarsdrawingorder array layeryindax string processtemplale array params boolean generateimages siring processquerylemplate array params bodean generateimages string processlegendiamplate array params int satSymbolSat string fileName int gatNumSymbots int selFontSal string fileName int saectOutpulF omal string type int saveMapContexl sting filename int loadMapC ontext string filename intapolySLD string sidili int applySLOURL string siduri siring generateSLD layerObj ms_newLayerObj MapObj map layerObj layer int numclasses read only int index read only int status so APA
58. r valider annuler 18 Manuel de l utilisateur 5 3 Export des donn es vers Excel La partie exportation des donn es propose l utilisateur de travailler avec les donn es de la base sous Excel Cette export offre l utilisateur de nouvelles possibilit s de travail sur les donn es peut analyser les donn es effectuer des calculs g n rer des graphiques ce qu il ne pourrait pas faire sous un SGBD Il a le choix d exporter les donn es dans leur globalit en cliquant sur exporter la base dans la fen tre d accueil ou de r cup rer seulement un genre pr cis de donn es en choisissant exporter une table ou une requ te Si l exportation des donn es se passe bien une boite de message pr vient l utilisateur Le fichier syrfid xls r sultant de l exportation se trouve au chemin d acc s suivant C Access exporter la base ou une requ te el Microsoft Access Export ffectu avec succ s 19 UNIVERSITE DE TOULOUSE LE MIRAIL INP ENSATY Guide de maintenance INP ENSATY GAUTIER B n dicte GLOAGUEN Jeremy GRANJON Ludovic THIEU Vincent Responsables Claude MONTEIL et Marc SOUQUES Fevrier 2005 SOMMAIRE I INTRODUCTION ll LE SERVEUR CARTOGRAPHIQUE 2 1 Quels logiciels open source utilis s 2 2 Installation 2 3 Creation de cartes dynamiques lll LA BASE DE DONNEES 3 1 Le Modele Conceptuel de Donn es modification 3 2 Migration de la base de donn es E
59. ra de d velopper une nouvelle version permettant e D effectuer une g n ration dynamique des cartes ceci supposera de reprendre le MCD et revoir la structure de la base de donn es e D assurer si possible toutes les fonctions de la version 2 avec une ergonomie analogue e D ajouter de nouvelles fonctions de s lection cartographiques s lection de tout un ensemble de d partement par dessin d un rectangle la souris et ou par clics successifs sur certains d partements e De permettre une mise jour s curis e des donn es ce qui est une limite de la version Excel actuelle 1 4 L application a La premi re partie permet tout public de consulter lecture seule de mani re distante les donn es d une base de donn es relationnelle via le Web La programmation en HTML PHP JavaScript et l utilisation dans PHP d une biblioth que de g n ration de graphiques vectoriels pour remplacer ArcView et g n rer les cartes sont envisag es b La deuxi me partie permet aux seules personnes habilit es d administrer en local l ENSAT de mani re s curis e les donn es ajout modification suppression consultation sur criteres d une base de donn es via une interface d finir Web ou Access Une exportation des donn es de la base locale vers le format Excel est a prendre en compte Un couplage avec ArcView pourra eventuellement tre envisage pour des traitements spatiaux additionnels Avant de commencer l application nous avons d
60. roulante qui va chercher pour un num ro d observation le codeG 4 du genre et le codeE 4 de l esp ce 13 Guide de maintenance 3 4 4 Export au format Excel Pour obtenir l information demand e dans les feuilles Excel on doit dans un premier temps cr er des requ tes On cr ainsi cing requ tes de s lection Observations Genres Especes D partements References et une analyse crois e CptEspDept qui correspondent au feuille Excel a exporter On automatise ensuite l exportation de la base sous Excel en pr cisant le type de transfert souhait le type de feuille de calcul dans lequel on souhaite exporter les donn es le nom de la table Microsoft Access laquelle effectuer l exportation le chemin d acc s complet de la feuille de calcul utiliser pour l exportation Pour le dernier arguments de l action lt Contient noms de champs gt on s lectionne lt oui gt pour utiliser les donn es de la premi re ligne de la feuille de calcul en tant que nom de champs lors de l exportation Action k TransF rerFeuilleCalcul Transf rerFeuilleCalcul Transf rerFeuilleCalcul Transf rerFeuilleCalcul Transf rerFeuilleCalcul Transf rerFeuilleCalcul BoiteMsg On obtient finalement un fichier syrfid xls Type transfert Type Feuille Nom table Nom Fichier Contient noms de champs tendue dans notre cas il s agit du nom de la requ te sur Exportation Microsoft Excel 8 9 Observations C
61. s f vrier pour le laboratoire Biodiversit dans les agroecosystemes de l Ecole Sup rieure Agronomique de Toulouse nous permettant de mettre en pratique et d approfondir nos connaissances 1 2 Contexte du projet Ce laboratoire dispose d un vaste ensemble d observations spatiales et temporelles sur une famille d insectes les Syrphid s sous forme de triplets d partement date observateur pour chacune de pres de 500 especes rassembl es dans 81 genres chaque observation Giant rattach e a une source bibliographique Chaque esp ce poss de 2 attributs caract risant son degr de vuln rabilit en France d une part et en Europe d autre part En outre certaines esp ces sont associ es une macro photographie permettant de mieux visualiser quoi elle ressemble Les personnes travaillant sur les Syrphid s souhaitent pouvoir effectuer diverses op rations de visualisation et de s lection temporelle spatiale biologique sur ces donn es a priori en local mais si possible galement sur Internet La mise jour de cette base de donn es doit aussi tre prise en compte en version locale exclusivement avec une fr quence relativement faible semestriellement Deux versions de cette application existent La premi re est op rationnelle tandis que la seconde a fait l objet d un prototype apportant tout un ensemble de fonctions nouvelles travers une page d interface d velopp e en JavaScript 1 3 Objectif du projet s agi
62. set height Shauteur image mapfile ES ff Ajout du layer T ff Slayer ms_newLayerOb Smap f f Nom du layer conforme celui de la base de donn es Slaver gt set name D partements Slayer gt set status MS DEFAULT f f Connexion la base de donn es PostGIS Slayer gt set connectiontype MS POSTGIS Slayer gt set connection user Sutilisateur dbname S base de donnees host Shote f f Requ te spatiale utilis es Slayer gt set data colonne geometrique Sfrance as foo using unique geometry columns srid using SRID 27582 ff ff Pr cision sur le type de donn e g omatrigue prendre en compte LINE POINT F from Slayer gt set type type donnee geometrique pour mapserver Nom de la colonne de donn es attributaires afficher slayer gt set labelitem Smapserver_labelitem 31 Guide de maintenance B 90 91 92 93 94 95 96 aT SE oo 100 101 102 103 104 105 106 107 108 10 110 111 112 113 114 115 116 117 118 11 TAU ff ff Ajout de la class ff sclass ms_newClassObj Slayer if f f Ajout du style ff style ms newStyleOb class ff Pr cision sur l affichage des donn es geomatriques f f couleur de bourdure en code 128 O 0 pour RGB Sstyle gt set size 4 5style gt outlinecolor gt setRGB 128 0 0 ff ff Utilisation de PhpMapScript f f pour g n rer l image associ e la
63. st qualifi de complet puisque toutes les esp ces recens es sont pr sentes et disponibles la s lection L interface propose un deuxi me type de s lection d esp ce par la pr s lection d un statut surveill en diminution menac e appliqu l chelle de la France ou de l Europe Si l utilisateur s oriente vers ce mode de s lection il devra tout d abord identifier le statut et sa port e fran aise ou europ enne sachant que le bouton France est pr s lectionn par d faut Une fois ce premier choix r alis l ensemble des esp ces relatives cette pr s lection sont pr sent es reste a l utilisateur le choix de l esp ce recherch e 1 tape s lection du statut 2 tape s lection du genre espece Sta J esp ce en nette diminution esp ce en nette diminution Esp SE I Esp ce esp ce menac e s nespece surveiller Lion ada qamasi Brachyopa panzeri Il est vident que ce deuxi me type de recherche restreint le nombre d esp ce disponible la s lection puisque seules les esp ces qualifi par un statut sont pr sent es Quelque soit le mode de s lection utilis la finalit reste la s lection d une esp ce C est sur la base de cette s lection que l interface affiche diff rentes informations Tout d abord la carte de r partition de l esp ce suivant les crit res suivants en jaune ET si les observations sont uniquement ant rieur a 1970 en roug
64. statut_fr ref_statut_eu et ref_genre Pour la cl trang re ref_genre qui pointe vers la table genre on cr une zone de liste modifiable avec les propri t s suivantes Zone de liste modifiable Zone de liste d roulante Format Donn es v nement Autres Toutes Zone de liste d roulante ref genre Masque de saisie Origine source Table Requ te Contenu SELECT public_genre num_genre public gent Nbre colonnes En t tes colonnes Largeurs colonnes Ocm 2 3228cm Colonne li e Lignes affich es aradi licks S Ara Parmi les deux colonnes num_genre et nom_genre la colonne li e est celle qui est gard e dans le contr le ici la 1 donc num genre est stock dans ref_genre C est aussi cette premiere colonne qui n est pas affich dans la liste 0 cm Dans la propri t Contenu on cr une requ te dont la syntaxe SQL est la suivante SELECT public genre num genre public genre nom genre FROM public genre ORDER BY public genre nom_ genre On obtient finalement pour la saisie de la cl trang re ref_genre Arctophila Baccha Blera Brachyopa Brachypalpoides Brachypalpus Caliprobola Il nous reste maintenant a cr er des formulaire pour les tables d association d crire dater et crire On utilise la m me m thode des listes d roulantes ci ce n est que pour lier une observation a une publication et a une ann e on utilise une requ te dans la liste d
65. styla int intervals colors color colorOb backgroundcolor colorOt outlinacolor ml uns int status int position int transparent int intariace int postabelcacha labelObj label colorOb imagecolor ntset sting propery nama new vaus nt setmagecolorn mt red int green int blue ClassObj class Obj ms_newClassObjillayarObj layer classObj class string name string tte int type int status double minscala double maxsc ala string template labelObj label int numstyles int selis irina property nama new valus int setexpression string expression string getexpression sifing expression int settext string text int drawLegandicon int width int height image Obi im intdstX int dstY image Du createLegend con int width int height style 0h gelStyla int index classObj clona int movestyleup int index int movestyladown int index 26 Guide de maintenance Sei We ms_n ewStyleObj dass06 class stylecb style int symbol sting symbolnama int size int mingize int maxs a int offset int offsety colorObj color calorObj backgroundcolor colorObj outlinacolor int set sinng property nama new value Shdeg Wu donai ReferanceMapObj string imaga int width int height int status reciObj extent ColorObi color ColorOty outlinacolor shapefileOb ms_newShapafileObj string filename int type intnumshapes read only int typa read only string source read only rect0Obi bo
66. t r t de cette fonction est de pouvoir alterner rapidement aucun rafra chissement de la page les deux representations cartographiques afin de r aliser des analyses comparatives L utilisateur peut aussi obtenir plus d informations sur l esp ce gr ce au bouton hh Une page s ouvre dans une nouvelle fen tre afin que l utilisateur puisse comparer ce nouveau document et l information de la carte pr c demment cr e Epistrophe letophthalma Sehiner amp Egger 1653 1 i pisirophe letophthatina Observation Observation A Gest NAN ws ww s w Z Hante Savoie FB Grues NE Ce document appel lt fiche informative sur l esp ce gt x pr cise des informations d j pr sentes au niveau de l interface notamment les dates et d couvreurs de l esp ce et de ces synonymes Un tableau reprend ensuite la liste des d partements ou l esp ce t observ e et identifie les auteurs des diff rentes publications faisant tat de ces observations tout en affichant les dates d observations et de publication 11 Manuel de l utilisateur L tiquette situ e pres de chaque d partement permet d ouvrir la fiche informative sur le d partement gt explication partie suivante En effet l utilisateur peut obtenir la liste de toutes les esp ces observ es dans un d partement Cette fiche est accessible de deux fa ons soit par s lection d un d partement sur la carte puis validation de c
67. t entrer son nom d utilisateur et son mot de passe E syrfid Base de donn es ep Ouvrir B Modifier Eq Nouveau Ki 25 We EE HB Objets Cr er une table en mode Cr ation public_publication EB Tables Cr er une table l aide de l Assistant public_statut F Cr er une table en entrant des donn es public_synonyre SS Requ tes public_annee 2 Formulaires public_auteur RR ee public_dater PostgreSQL Connection a Pages u public_d crire public_ecrire Please supply any nissing infornat ion required to Hanagel DSH Macros public espece ee Modules public_France Database suri id Groupes public_genre Server localhost Part 5432 TERR public_observation User Hane Paseuord E Opt ions UK Cancel Connect ion L interface est inspir e des pages web avec une arborescence des formulaires hi rarchis e page d accueil bouton retour pour la navigation etc Elle fonctionne au clic bouton et d s qu une action est r alis e ajout modification exportation l utilisateur est inform par une boite de message L interface est divis e en deux parties bien distinctes une partie administration de la base qui permet d ajouter ou de modifier un enregistrement et de lier les enregistrements une partie exportation des donn es qui propose l utilisateur d exporter la base ou seulement certaines tables ou requ tes Manuel de l utilisateur 5
68. tion tout Access Definition La partie Web accede aux Tables d une base de donn es Access via PHP et le protocole de communication ODBC pour acc der aux tables Access La partie locale ENSAT est g r e par cette m me application Access Tables Requ tes Formulaires Etats Macros Notre point de vue gt Les avantages o Cette solution permet de mettre en uvre le d veloppement d une application unique o nv aura pas de probleme de mise a jour puisqu il s agira d une seule application gt Les inconv nients o Access dispose d une connexion multi utilisateurs restreinte ainsi dans le cas de site Web si la consultation est importante le serveur risque de ne pas r pondre correctement o Il parait difficile de lier une image de la France avec Access sans passer par un SIG et il semble donc difficile de pouvoir g n rer des analyses th matique a la demande Solution tout MySql Definition La partie Web accede aux Tables d une base de donn es MySql via PHP sans passerelle ODBC La partie locale ENSAT est g r e par une application Web s curis e login mot de passe acc dant a la m me base MySql que la partie publique Point de vue gt Les avantages o Cette solution permet de mettre en uvre le d veloppement d une application unique o Ilny aura pas de probleme de mise a jour puisqu il s agira d une seule application o Il est possible de coupler MySQL a MapServer en utilisant une carte de la France sous forme de fichier
69. type NotNul codeca character vayn nom_genre character varying 50 o geometry columns Colonne f table catalog character varying 256 NOT NULL table schema character varying 256 NOT NULL table name character varying 256 NOT NULL _geometry column character varying 256 NOT NULL coord dimension OT NULL srid OT NULL ype character varying 30 NOT NULL 22 Guide de maintenance o observation hum obs Jimegr NoT NULL character varying 254 date ma fcnaracter varying 50 SS integer JI fet espece use o publication Colonne num_publi integer NOT NULL sie public publication num _ publi seq text code_ publi character varying 254 ordre character varying 254 itre character varying 254 ate maj character varying 254 ref_annee_publi o spatial ref sys Colonne srid auth name auth sria character varying 2048 character varying 2048 srtext proj4text Colonne num_statut character varying 1 NOT NULL character varying 50 ooo o synonyme NOT NULL jnextval public synonyme_num_syno_seq text codeS 8 character varying nom_syno character vaming 254 decouvreur_syno character varying 254 date_nommage_synolinteger TT retespece neg TT 23 Guide de maintenance gt LES VUES Vue Commentaire donne par d partement le nombre d esp ce distinctes observ es au moins une ffe
70. u dans un premier temps analyser tudier le contenu de l existant au niveau de la base de donn es et des sites web realises ulterieurement puis dans un deuxieme temps choisir la configuration qu il etait preferable d utiliser pour ce projet Access MySql ou autres Suite a cette tude et ce choix r alis s nous avons pu d buter le projet dont l objectif est de d velopper une nouvelle version du site Internet Base de donn es biog ographiques sur Internet ll PRESENTATION DE L EXISTANT 2 1 Le site Internet SYRFID acronyme de SYRphidae of France Interactive Data 2 1 1 La premiere version Une premiere version de cette application est op rationnelle http syrfid ensat fr SYRFID vol 2 Syrphidae of France Interactive Data volume 2 Domn es interactives sur les observations des especes de DIPTERA SYRPHIDAE et MICRODONTIDAE en France site d velopp par Jean Pierre SARTHOU et Claude MONTEIL INP ENSAT Toulouse en collaboration avec Cyrille DUSS 2 TZ Presentation et guide d utilisation Acc s aux observations par cette esp ce e par dey partement par cartes globales Bibliographie Galerie photographique RUE La base de donn es est g r e sous forme de classeur Excel partir duquel sont g n r s les fichiers HTML permettant d assurer une visualisation sous 2 formes tabulaire et cartographique et une navigation entre esp ces et d partements La partie cartographique appara t
71. unds read only shape OD getShapa int i shape0bj gelPoint int i Shape 05 gel Transtormed mapObj map int i ractOb gelExtant int i ntaddshape shapeCObj shape int addPoint peintOb point void free string name string mimetypa siring driver string extension intrenderer intimagemoda int transparent boolean settormatoplion sting property name naw value int sat string property name new value ShapeOt ms_newShapeObilint type int classindex int type reach cv int numiines read only int index read only int tileindex raad anly rect0Obj bounds read onty int mim aves read only amay values read only int sst string property name Naw valus int add line OG line L mei Wu rani i int drawimapOts map layertbj layer imageO img boolean contains paintObj point boolean intersects shapeOb shape nt praect orojectionObj in projactionObj out paintObj getpointusingmeasure double m pest Vu ge lmaasurausingpolnt polintUbject point Void reel siring getonmatoptiion sting property nama PointObj ms_newPointObi int sel double x double y double mi int draw mapOb map layarOb layer image ima il class index sting text double dittanceloPant pomtOb poPom double distanceloLina pointObject pi pointObject p2 double distance loShape shape Ob shape nt proaject prosection 0bj in projectionObj out void Feel 2 Guide de maintenance mapObj ms_newMapObj string map_fil
72. xcel 3 3 Actualisation 3 4 1 Choix de la solution 3 4 2 Mise en place de la connexion ODBC 3 4 3 Cr ation de l outil de gestion de donn es 3 4 4 Export au format Excel IV LES INTERFACES CARTOGRAPHIQUES retour sur le fonctionnement 4 1 Fonctionnement et relation entre les contr les de selection 4 2 Les zones d affichages d informations dynamiques 4 3 Les liens statiques et dynamiques 4 4 Les elements javascript V LES PERSPECTIVES 5 1 La selection 5 2 Interface carte de r partition 5 3 La partie administration ccess ANNEXES Le dictionnaire de donn es Le diagramme des classes de PhpMapScript Exemple de script pour la cr ation d un fichier map O A HR 10 10 10 11 12 14 15 15 17 17 18 19 19 19 20 21 25 30 Guide de maintenance I INTRODUCTION Ce guide de maintenance a pour but d expliquer de diriger l utilisateur qui souhaite mettre a jour la base de donn es les interfaces Web et ou l interface administration sur ACCESS L utilisateur doit de disposer d informations suffisantes pour modifier cr er efficacement de nouvelles fonctionnalit s Dans le d veloppement d un outil d un logiciel ou d une base de donn es la phase d actualisation reste un des l ments fondamentaux C est pourquoi vous trouverez dans ce guide 1 la presentation de chaque point essentiel de ce projet de Base de donn es biog ographiques sur Internet 2 la m thodologie utilis e 3 l

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