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MiSeq-System Benutzerhandbuch - Support

1. 76 Software Updates 79 Ausschalten des Ger ts o occccccccccccccccccccccccccccccccccccccnccccccccccncccos 80 Kapitel 4 Feblerbehebung no nrnnnnooaaa1an 81 MiSeq System Benutzerhandbuch XVI Einleitung 22 eege dee 82 Bundle Logs Protokollb ndel f r die Fehlerbehebung 83 Software Einstellungen ooooccccccccccccccocococccccccccccccccccccnccccnncncnncnnos 85 Anhalten oder Abbrechen eines Laufs o ooooooocccccccccccccccccccccccccccconncccoos 90 Beheben von Laufkonfigurationsfehlem o ooooccccccccccccccccccccccccccccccnooo 93 Beheben von RFID Lesefehlenn 95 Fehlerbehebung bei Flie ratenfehlern 000000000002000000o 97 Durchf hren eines Volumentests 98 Messen erwarteter Volumina w hrend des Waschlaufs 102 ITS ba re a a en E De a ER 103 Technische Unterst tzung 000001aaaaaaaooooooaaoiaoooaaoiiin iniii iororrnnnn11u 107 Teile Nr 15027617 Rev O DEU anar S gd D nn J rm A AAA 3 ap et RK Erste Schritte Einleitung ee Eed EE EE 2 Komponenten 5 berblick ber das MiSeq Reagenzien Kit ooococcocccccococcoccocccccnccnccnccnccnccncnncns 10 Vom Benutzer bereitzustellende Verbrauchsmaterialien 00002200000 11 Slartendes OT WEE 13 MIS CIS OTIWAFe see tdi 15 Sekund ranalyseoptionen nn 29 ET AAA A A re 32 Erforderlicher Speicherplatz 2 2222cccssesssss
2. Reagenzienk hler Sippergriff in angehobener Position dargestellt PR2 Flasche Abfallflasche Reagenzienkartusche moou gt In der Reagenzienkammer befinden sich der Reagenzienk hler sowie Positionen f r die Waschpuffer Flasche PR2 und die Abfallflasche W hrend des Laufs enth lt der Reagenzienk hler eine Einweg Reagenzienkartusche W hrend des Ger tewaschlaufs enth lt der Reagenzienk hler die Waschablage Die Software senkt je nachdem welcher Prozess gerade ausgef hrt wird zum passenden Zeitpunkt w hrend eines Laufs automatisch Sipper in die einzelnen Beh lter der Reagenzienkartusche ab Rechts neben dem Reagenzienk hler befinden sich zwei formschl ssige Aussparungen eine f r die PR2 Flasche und eine f r die Abfallflasche Der Sippergriff arretiert die Flaschen in ihrer Position und senkt den entsprechenden Sipper in jede Flasche ab Reagenzien werden durch die Sipper und die Fluidikleitungen und anschlie end durch die Flie zelle gepumpt Reagenzabfall wird w hrend des gesamten Prozesses in die Abfallflasche abgegeben Teile Nr 15027617 Rev ODEU Reagenzienkartusche Die MiSeq Reagenzienkartusche ist f r den einmaligen Gebrauch vorgesehen und besteht aus folienversiegelten Beh ltern die mit einer f r die Sequenzierung einer Flie zelle ausreichenden Menge an Clusterbildungs und Sequenzierungsreagenzien vorbef llt sind Jeder Beh lter der Kartusche ist nummeriert Probenbibliotheken werden in Position
3. TAACAGTAACACACTICTGT EE a E GATAACAGTAACACACTTOTGTT TTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAATTGAGACTAAATAT TAACGTACCATTAAGAGCTACCGTCTICTGTT ITTACTT CASES GTA AA COAACOTATCATTAAQATTACITOA TCCACTGATTCAACGTA EE E SCAR erch GACTAAATATTAACGTACCATTAAGAGCTACCG TGCAACGA Ee SC FAACACTAA CACACTICTGTTAACCTT SE ICAA TTAAGATTACTIGATCCACTGATTCAACGTACCOTAACGAACGTATCAATIGAGCTICTOS IACCTIAAGATTACTTOATOCACTOATTOAACOTACOG IAACOAACGTAICAM TOAGACTAGCAACGACO AAAAGAATGATAACAGTAACACACTTCTGTTAACCTTAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAATTGAGACTAAATATTAACGTACCATTAAGAGCTACC lllumina San Diego Kalifornien 92122 USA 1 800 809 ILMN 4566 1 858 202 4566 au erhalb von Nordamerika techsupport illumina com www illumina com
4. 3 Halten Sie die Flie zellen an den Kanten der Flie zellenkartusche fest und platzieren Sie die Flie zelle auf den Flie zellentisch Abbildung 18 Flie zelle auf Tisch platzieren MiSeq System Benutzerhandbuch 47 9 19Zg91 4 Jop USpe7 Durchf hren eines Laufs 4 Dr cken Sie den Flie zellenriegel sanft nach unten um ihn zu schlie en e ANMERKUNG y Wenn der Flie zellenriegel geschlossen wird werden zwei Ausrichtungsstifte neben dem Scharnier des Flie zellenriegels aktiviert sodass die Flie zelle korrekt positioniert wird Ein h rbares Klicken gibt an dass der Flie zellenriegel sicher eingerastet ist Abbildung 19 Geschlossener Flie zellenriegel 5 Pr fen Sie in der unteren linken Ecke des Bildschirms ob die Flie zellen RFID erfolgreich gelesen wurde Ar ANMERKUNG 7 Wenn die RFID nicht vom System gelesen werden kann f hrt Sie die Software durch die Schritte zur Erlangung eines tempor ren Bypass Codes und zur Vorbereitung des Laufs Weitere Informationen hierzu finden Sie unter Beheben von RFID Lesefehlern auf Seite 95 6 Schlie en Sie die T r der Flie zellenkammer 7 W hlen Sie Next Weiter auf dem Bildschirm zum Laden der Flie zelle Der Bildschirm Load Reagents Reagenzien laden wird angezeigt 4 8 Teile Nr 15027617 Rev O DEU Laden von Reagenzien Das Laden von Reagenzien wird in zwei Schritten durchgef hrt Zun chst laden Sie die PR2 Flasche und stellen sicher dass die Abfallfla
5. Diese Unterordner werden f r die Sekund ranalyse nicht ben tigt JaupJojne7 Dateien Die folgenden Dateien werden in den Ausgabe und den Analyseordner kopiert SampleSheet csv Bietet Parameter f r den Lauf und die nachfolgende Analyse Zu Beginn des Laufs wird das Probenblatt in den Stammordner kopiert und in SampleSheet csv umbenannt Weitere Kopien befinden sich unter Data Intensities und Data Intensities BaseCalls runParameters xml Enth lt eine Zusammenfassung von Laufparametern und Informationen zu Laufkomponenten z B die RFID der Flie zelle und die dem Lauf zugeordneten Reagenzien Runlnfo xml Enth lt Laufinformationen der h chsten Ebene z B die Anzahl der Reads und Zyklen im Sequenzierungslauf und die Angabe ob ein Read indiziert ist 1 Ordner Zu den Ordnern die in die Ausgabe und Analyseordner kopiert werden geh ren die folgenden w hrend des Sequenzierungslaufs generierten Ordner lt Name des Laufordners gt Config Enth lt Konfigurationsdateien f r den Lauf lt Name des Laufordners gt Data Enth lt die Unterordner Intensities BaseCalls und Alignment Daten die aus MiSeq Reporter generiert wurden befinden sich im Unterordner Alignment lt Name des Laufordners gt Data RTA Logs Enth lt Protokolldateien in denen jeder Schritt beschrieben wird der von der Echtzeitanalyse f r die einzelnen Reads ausgef hrt wurde lt Name des Laufordners gt
6. berpr fen Sie die Flie zellendichtung auf Fussel oder Unregelm igkeiten X Free Disk Space Bei geringem Speicherplatz wird eine Meldung angezeigt die angibt Speicherplatz freigeben wie viel Speicherplatz erforderlich ist Mit der Funktion Manage Files Dateien verwalten k nnen Sie den erforderlichen Speicherplatz auf dem Ger t frei machen X Network Connection Stellen Sie sicher dass das Netzwerkkabel an das Ger t angeschlossen Active Netzwerkverbindung ist aktiv Wenn die Netzwerkverbindung nicht wiederhergestellt wird w hlen Sie im Bildschirm Manage Instrument Ger t verwalten die Option Reboot Neustart um die Software neu zu starten Falls die Verbindung weiterhin nicht wiederhergestellt wird w hlen Sie im Bildschirm Manage Instrument Ger t verwalten die Option Shut Down Ausschalten und schalten Sie das Ger t anschlie end ber den Netzschalter aus Warten Sie mindestens 60 Sekunden Schalten Sie dann das Ger t ein und starten Sie die Software MiSeq System Benutzerhandbuch 9 3 uJajya suolye1nbiuoyne7 uoa USqayeag Fehlerbehebung 94 Fehler Aktion L Primary Analysis Ready Die Prim ranalyse aus dem vorherigen Lauf ist noch nicht Prim ranalyse bereit abgeschlossen Standardm ig ist eine Stunde f r das Abschlie en der Prim ranalyse vorgesehen Auf dem Bildschirm wird ein Countdown angezeigt Sie haben die M glichkeit eine Stunde zu warten oder Terminate Analysis Analyse beenden
7. 2014 Illumina Inc Alle Rechte vorbehalten Illumina 24sure BaseSpace BeadArray BlueFish BlueFuse BlueGnome cBot CSPro CytoChip DesignStudio Epicentre GAIIx Genetic Energy Genome Analyzer GenomeStudio GoldenGate HiScan HiSeq HiSeq X Infinium iScan iSelect ForenSeq MiSeq MiSeqDx MiSeq FGx NeoPrep Nextera NextBio NextSeq Powered by Illumina SeqMonitor SureMDA TruGenome TruSeq TruSight Understand Your Genome UYG VeraCode verifi VeriSeq die orangene Farbe und das Streaming Basen Design sind Marken von Illumina Inc und oder ihren Tochtergesellschaften in den USA und oder in anderen L ndern Alle anderen Namen Logos und Marken sind Eigentum der jeweiligen Eigent mer Diese Software enth lt die SeqAn Bibliothek die f r Illumina lizenziert wurde und unter folgender Lizenz verteilt wird Copyright 2010 Knut Reinert FU Berlin Alle Rechte vorbehalten Die Weitergabe und die Verwendung des Quellcodes und des Bin rformats ob mit oder ohne nderungen sind gestattet wenn die folgenden Bedingungen erf llt sind 1 Der weitergegebene Quellcode muss den obigen Urheberrechtsvermerk enthalten diese Liste der Bedingungen und den folgenden Haftungsausschluss 2 Das weitergegebene Bin rformat muss den obigen Urheberrechtsvermerk diese Liste der Bedingungen und den folgenden Haftungsausschluss in der Dokumentation und oder in weiteren Materialien enthalten die im Rahmen der Weitergabe bereitgestellt werden
8. 3 Weder der Name der FU Berlin der Name Knut Reinert noch die Namen seiner Mitarbeiter d rfen als Bef rworter von Produkten oder zur Werbung f r Produkte verwendet werden die von dieser Software abgeleitet sind DIE SOFTWARE WIRD VON DEN URHEBERRECHTSINHABERN UND DEREN MITARBEITERN OHNE M NGELGEW HR GELIEFERT OHNE GARANTIEN JEDWEDER ART WEDER AUSDR CKLICH NOCH IMPLIZIT EINSCHLIESSLICH DER ABER NICHT BESCHR NKT AUF DIE IMPLIZITEN GARANTIEN DER MARKTG NGIGKEIT UND DER EIGNUNG F R EINEN BESTIMMTEN ZWECK IN KEINEM FALL SIND DIE URHEBERRECHTSINHABER ODER DEREN MITARBEITER F R IRGENDWELCHE DIREKTEN INDIREKTEN BEIL UFIG Teile Nr 15027617 Rev ODEU ENTSTANDENEN ODER SPEZIELLEN SCH DEN SCHADENERSATZFORDERUNGEN MIT STRAFZWECK ODER FOLGESCH DEN HAFTBAR DIES GILT INSBESONDERE F R DIE BESCHAFFUNG VON ERSATZG TERN ODER DIENSTLEISTUNGEN NUTZUNGSAUSFALL DATENVERLUST ENTGANGENE GEWINNE ODER GESCH FTSUNTERBRECHUNGEN GANZ GLEICH WIE DIESE VERURSACHT WURDEN UND WELCHER HAFTUNGSTHEORIE SIE UNTERLIEGEN SEI DIES VERTRAGS GEF HRDUNGS ODER DELIKTHAFTUNG EINSCHLIESSLICH FAHRL SSIGKEIT ODER SONSTIGES DIE AUF IRGENDEINE WEISE DURCH DIE BENUTZUNG DIESER SOFTWARE ENTSTEHEN SELBST WENN DIE M GLICHKEIT SOLCHER SCH DEN MITGETEILT WURDE Vor Nutzung dieses Produkts lesen Dieses Produkt seine Nutzung und Aufstellung unterliegen den folgenden Bestimmungen und Bedingungen Wenn der K ufer den Bestimmungen und Bedingungen nicht zust
9. 4 ANMERKUNG y Wenn die RFID nicht vom System gelesen werden kann f hrt Sie die Software durch die Schritte zur Erlangung eines tempor ren Bypass Codes und zur Vorbereitung des Laufs Weitere Informationen hierzu finden Sie unter Beheben von RFID Lesefehlern auf Seite 95 8 W hlen Sie Next Weiter auf dem Bildschirm zum Laden der Reagenzien Laden der Reagenzienkartusche E 7 ANMERKUNG Lassen Sie die T r des Reagenzienk hlers nicht f r l ngere Zeit ge ffnet 1 ffnen Sie die T r des Reagenzienk hlers 2 Halten Sie die Reagenzienkartusche an dem Ende mit dem Illumina Etikett und schieben Sie sie bis zum Anschlag in den Reagenzienk hler Abbildung 22 Laden der Reagenzienkartusche Es a A 1 3 Schlie en Sie die T r des Reagenzienk hlers 4 Pr fen Sie in der unteren linken Ecke des Bildschirms ob die RFID der Reagenzienkartusche erfolgreich gelesen wurde A 7 ANMERKUNG y Wenn die RFID nicht vom System gelesen werden kann f hrt Sie die Software durch die Schritte zur Erlangung eines tempor ren Bypass Codes und zur Vorbereitung des Laufs Weitere Informationen hierzu finden Sie unter Beheben von RFID Lesefehlern auf Seite 95 MiSeq System Benutzerhandbuch 5 usizuabesy uon u pe Durchf hren eines Laufs a Falls die Reagenzienkartusche nicht mit der Flie zelle kompatibel ist wird eine Meldung angezeigt W hlen Sie Back Zur ck um eine kompatible Kartusche zu laden oder Exit Beenden um zum
10. Durchf hren eines Matrizenleitungswaschlaufs sind andere Schritte erforderlich Weitere Informationen hierzu finden Sie unter Verfahren mit Matrizenleitungswaschlauf auf Seite 68 ffnen Sie die T ren der Reagenzienkammer und des Reagenzienk hlers und schieben Sie die gebrauchte Reagenzienkartusche aus dem Reagenzienk hler Schieben Sie die Waschablage bis zum Anschlag in den Reagenzienk hler und schlie en Sie dann die T r des Reagenzienk hlers Heben Sie den Sippergriff vor der PR2 Flasche und der Abfallflasche an bis er einrastet Entfernen Sie die PR2 Flasche und setzen Sie die Waschflasche ein ANMERKUNG Entsorgen Sie die PR2 Flasche nach jedem Lauf Verbleibendes PR2 darf nicht wiederverwendet werden Entfernen Sie die Abfallflasche und entsorgen Sie den Inhalt ordnungsgem Setzen Sie die Abfallflasche wieder in die Reagenzienkammer ein MiSeq System Benutzerhandbuch 67 SINEJUISEMUDEN SaUIS USAYNJYOANG Wartungsverfahren KM WARNUNG y Die Reagenzien enthalten Formamid ein aliphatisches Amid das in Verdacht steht ein fortpflanzungsgef hrdendes Toxin zu sein Es kann daher durch Inhalation orale Aufnahme Kontakt mit der Haut oder Kontakt mit den Augen zu Personensch den kommen Beh lter und nicht verwendeter Inhalt m ssen gem den geltenden Sicherheitsvorschriften Ihrer Region entsorgt werden Weitere Informationen finden Sie im SDS f r dieses Kit unter support illumina com sds html 10 Dr cken Sie
11. Fingerabdr cke und Fusseln oder Gewebefasern aufweist Achten Sie darauf dass der Alkoholtupfer nicht mit der Anschlussdichtung der Flie zelle in Kontakt kommt MiSeq System Benutzerhandbuch A 5 9 9Zg91 419p USBlulay Durchf hren eines Laufs 46 Abbildung 16 Trocknen der Flie zelle Trocknen Sie bersch ssigen Alkohol mit einem fusselfreien Reinigungstuch f r Objektive ab Inspizieren Sie die Flie zellenanschl sse um sicherzustellen dass sie nicht blockiert sind und dass die Dichtung rund um die Flie zellenanschl sse gut sitzt Wenn die Dichtung verschoben zu sein scheint dr cken Sie sie vorsichtig zur ck an ihren Platz bis sie die Flie zellenanschl sse sicher umschlie t Teile Nr 15027617 Rev ODEU Laden derFlie zelle Der Bildschirm Load Flow Cell Flie zelle laden fordert Sie zum Laden der Flie zelle auf Abbildung 17 Ge ffneter Flie zellenriegel 1 Untersuchen Sie den Flie zellentisch um sicherzustellen dass sich keine Fussel darauf befinden Wenn Fussel oder andere Partikel vorhanden sind reinigen Sie den Flie zellentisch mit einem Alkoholtupfer oder einem fusselfreien mit Ethanol oder Isopropanol befeuchteten Tuch Wischen Sie die Oberfl che des Flie zellentischs vorsichtig ab bis sie sauber und trocken ist 2 Heben Sie die T r der Flie zellenkammer an und dr cken Sie anschlie end den Freigabeknopf rechts neben dem Flie zellenriegel Der Flie zellenriegel ffnet sich
12. Verwenden Sie zum erneuten Starten einer Sekund ranalyse die Funktion Requeue Wieder in die Warteschlange stellen auf der MiSeq Reporter Benutzeroberfl che wenn der neue Sequenzierungslauf abgeschlossen ist Zu diesem Zeitpunkt beginnt die Sekund ranalyse wieder von vorne MiSeq System Benutzerhandbuch 31 usuondoss eueepunyas Erste Schritte Laufordner Bei jedem Lauf auf dem MiSeq werden drei Laufordner generiert von denen jeder einen bestimmten Zweck hat D Illumina MiSeqTemp Wenn der Lauf beginnt wird ein tempor rer Laufordner auf das lokale Laufwerk des Ger tecomputers geschrieben und als Arbeitsbereich f r MCS und die Echtzeitanalyse verwendet Es muss nicht auf den Ordner MiSeqTemp zugegriffen werden Der Inhalt dieses Ordners wird nach sieben Tagen gel scht D Illumina MiSegqOutput Die Echtzeitanalyse kopiert Dateien aus dem Ordner MiSeqTemp in den Ordner MiSeqOutput Wenn Prim ranalysedateien generiert werden kopiert die Echtzeitanalyse Dateien zur ck in den Ordner MiSeqlemp und f llt den Ordner MiSeqAnalysis Fokusbilder und Miniaturbilder werden nicht in den Ordner MiSeqAnalysis kopiert Sie k nnen den Speicherort des Ausgabeordners im Feld Output Folder Ausgabeordner im Bildschirm Run Options Lauf Optionen ndern Weitere Informationen hierzu finden Sie unter Bildschirm Run Options Lauf Optionen auf Seite 22 D Illumina MiSeqAnalysis Wenn
13. che der Software Sequence Sequenzieren um den Lauf mit den konfigurierten Schritten zu starten Optional Stellen Sie eine Verbindung zu BaseSpace her Waschen und trocknen Sie die Flie zelle sorgf ltig ab Laden Sie die Flie zelle Laden Sie die PR2 Flasche und stellen Sie sicher dass die Abfallflasche leer ist Laden Sie die Reagenzienkartusche berpr fen Sie die Laufparameter und die Vorpr fungsergebnisse W hlen Sie Start Run Lauf starten berwachen Sie den Lauf auf der MCS Benutzeroberfl che oder auf einem anderen Computer mithilfe des Sequenzierungsanalyse Viewer SAV F hren Sie einen Nachwaschlauf durch 39 MO DJOM PISIN Durchf hren eines Laufs 40 Clusterbildung W hrend der Clusterbildung werden einzelne DNA Molek le an der Oberfl che der Flie zelle gebunden und dann amplifiziert um Cluster zu bilden Sequenzierung Im Anschluss an die Clusterbildung werden die Cluster mithilfe von LED und Filterkombinationen aufgenommen die jedem der vier Fluoreszenz Didesoxynukleotide entsprechen Nachdem die Bildgebung einer Platte der Flie zelle abgeschlossen ist wird die Flie zelle in die richtige Lage gebracht um die n chste Platte aufzunehmen Dieser Vorgang wird f r jeden Sequenzierungszyklus wiederholt Im Anschluss an die Bildanalyse f hrt die Software die Prim ranalyse durch Diese umfasst Base Calling Filtern und Qualit tsbewertung Analyse Wenn der Lauf abgeschlossen is
14. sung mit Tween 20 und Wasser in Laborqualit t vor a b C F gen Sie 5 ml 100 Tween 20 zu 45 ml Wasser in Laborqualit t hinzu Diese Volumina ergeben 10 Tween 20 F gen Sie 25 ml 10 Tween 20 zu 475 ml Wasser in Laborqualit t hinzu Diese Volumina ergeben 0 5 Tween 20 Waschl sung Invertieren Sie f nf Mal um die L sung zu mischen Wenn der zweite Waschlauf abgeschlossen ist entfernen Sie die Waschablage und die Waschflasche und entsorgen Sie die verbleibende Waschl sung F llen Sie die Waschlaufkomponenten wie folgt erneut mit frischer Waschl sung a b F llen Sie in jeden Beh lter der Waschablage 6 ml Waschl sung F llen Sie 350 ml Waschl sung in die 500 ml Waschflasche Laden Sie die Waschablage und Waschflasche wie folgt a b C Schieben Sie die Waschablage bis zum Anschlag in den Reagenzienk hler Schlie en Sie die T r des Reagenzienk hlers Laden Sie die Waschflasche und dr cken Sie den Sippergriff langsam nach unten Stellen Sie dabei sicher dass die Sipper in die Waschflasche und in die Abfallflasche eintauchen Schlie en Sie die T r der Reagenzienkammer W hlen Sie Next Weiter Der letzte Waschlauf beginnt Teile Nr 15027617 Rev O DEU Nach dem Waschlauf Wenn der Waschlauf abgeschlossen ist lassen Sie die gebrauchte Flie zelle die Waschablage und die Waschflasche mit der brigen Waschl sung im Ger t a ANMERKUNG Die Sipper bleiben in der unteren Position
15. ts Nach Bedarf Tabelle 4 Wartung w hrend des Leerlaufmodus 27 Tage nicht verwendet Aktivit t H ufigkeit Standbywaschlauf Monatlich Ausschalten des Ger ts Nach Bedarf 7 ANMERKUNG M Stellen Sie sicher dass Sie f r den VeriSeq Workflow Nachwaschl ufe durchf hren die einen Matrizenleitungswaschlauf beinhalten Weitere Informationen finden Sie unter Verfahren mit Matrizenleitungswaschlauf auf Seite 68 MiSeq System Benutzerhandbuch 6 3 Bunyeju1 Wartungsverfahren Ger tewaschl ufe Im Bildschirm Perform Wash Waschlauf durchf hren k nnen Sie drei Arten von Waschl ufen starten Wartungswaschlauf Standbywaschlauf und Nachwaschlauf Wartungswaschlauf Der Wartungswaschlauf besteht aus drei aufeinanderfolgenden Waschzyklen bei denen das System gr ndlich gesp lt wird F hren Sie mindestens alle 30 Tage einen Wartungswaschlauf durch Weitere Informationen hierzu finden Sie unter Durchf hren eines Wartungswaschlaufs auf Seite 72 Sie k nnen Ihr Ger t so konfigurieren dass zwischen zwei L ufen ein Wartungswaschlauf durchgef hrt wird Weitere Informationen hierzu finden Sie unter Bildschirm Run Options Lauf Optionen auf Seite 22 Standbywaschlauf Der Standbywaschlauf bereitet die Fluidikleitungen ordnungsgem f r die Au erbetriebnahme vor und besteht aus zwei aufeinanderfolgenden Waschzyklen F hren Sie einen Standbywaschlauf durch wenn davon auszugehen ist dass das Ger t bis zu sieben Tag
16. zu w hlen Die Sekund ranalyse stoppt bei unvollst ndigen Zyklen X Sample Sheet Present Wenn Sie Ihr Probenblatt nicht mit der ID der Reagenzienkartusche f r Probenblatt vorhanden Ihren Lauf benannt haben kann das Ger t das entsprechende Probenblatt nicht automatisch finden Wechseln Sie zu dem Probenblatt f r Ihren Lauf Wenn Sie Ihr Probenblatt mit der ID der Reagenzienkartusche f r Ihren Lauf benannt haben stellen Sie sicher dass sich das Probenblatt im standardm igen Probenblattordner befindet berpr fen Sie den standardm igen Ordnerspeicherort unter Run Options Lauf Optionen im Begr ungsbildschirm Stellen Sie sicher dass die Dateierweiterung des Probenblatts csv lautet Falls das Probenblatt fehlt erstellen Sie es und kopieren Sie es an den f r Probenbl tter vorgesehenen Speicherort der unter Run Options Lauf Optionen angegeben ist Wenn Sie ein Probenblatt gefunden haben w hlen Sie Restart Check Pr fung neu starten Teile Nr 15027617 Rev O DEU Beheben von RFID Lesefehlern Wenn das System die REID von Verbrauchsmaterialien nicht lesen kann k nnen Sie auf der Illumina Website einen tempor ren Bypass Code anfordern Ein tempor rer Bypass Code l uft nach sieben Tagen ab 1 6 7 W hlen Sie immer Retry Erneut versuchen bevor Sie fortfahren Falls die RFID ein zweites Mal fehlschl gt w hlen Sie Get Code Code abrufen Rufen Sie auf einem Computer mit In
17. 17 die mit Load Samples Proben laden beschriftet ist in die Kartusche geladen MiSeq System Benutzerhandbuch 9 usjuauoduioy Erste Schritte berblick ber das MiSeq Reagenzien Kit 10 Um auf dem MiSeq System einen Lauf durchzuf hren ben tigen Sie ein MiSeq Reagenzien Kit f r den Einmalgebrauch das in verschiedenen Typen und Gr en verf gbar ist Alle Typen des MiSeq Reagenzien Kits enthalten eine Flie zelle des f r das jeweilige Kit spezifischen Typs und alle zur Durchf hrung eines Laufs ben tigten Reagenzien Bei der Flie zelle der PR2 Flasche und der Reagenzienkartusche aus dem Kit wird das RFID Tracking Radio Frequency Identification f r die genaue Nachverfolgung von Verbrauchsmaterialien und das Pr fen der Kompatibilit t verwendet Verwenden Sie immer die Reagenzienkartusche die Ihrem Flie zellentyp zugeordnet ist Wenn die Reagenzienkartusche nicht kompatibel ist wird w hrend der Laufkonfiguration eine Meldung angezeigt die Sie dazu auffordert eine kompatible Reagenzienkartusche zu laden Eine Beschreibung der verf gbaren Reagenzien Kits finden Sie auf der Illumina Website unter support illumina com sequencing sequencing_kits miseq_reagent_kit ilmn Informationen ber Kit Inhalte und Anforderungen finden Sie in der Reagenzienvorbereitungsdokumentation zu den verwendeten Kits Teile Nr 15027617 Rev ODEU Vom Benutzer bereitzustellende Verbrauchsmaterialien Stellen Sie sicher dass die folg
18. Data Intensities BaseCalls Enth lt Unterordner mit Base Call Dateien bcl Matrixdateien und Phasierungsdateien W hrend der Sekund ranalyse schreibt MiSeq Reporter FASTO Dateien in diesen Ordner Weitere Informationen finden Sie im MiSeg Reporter Benutzerhandbuch Teile Nr 15042295 MiSeq System Benutzerhandbuch 3 3 Erste Schritte 34 lt Name des Laufordners gt Recipe Enth lt die f r den Lauf verwendete Rezeptur lt Name des Laufordners gt Logs Enth lt Protokolldateien die jeden Schritt beschreiben der vom Ger t f r die einzelnen Zyklen ausgef hrt wurde lt Name des Laufordners gt Interop Enth lt Bin rdateien die vom Sequenzierungsanalyse Viewer SAV zum Zusammenfassen verschiedener Prim ranalysemetriken z B Clusterdichte Intensit ten Qualit ts Scores und allgemeine Laufqualit t verwendet werden Alle anderen Dateien und Ordner die im tempor ren Laufordner erstellt werden werden nicht in den Ausgabe und den Analyseordner kopiert Sie enthalten tempor re Dateien die f r die Analyse oder die Fehlerbehebung nicht erforderlich sind MiSeq Reporter f gt w hrend der Sekund ranalyse weitere Ordner hinzu z B den Alignment Ordner Weitere Informationen finden Sie im MiSeg Reporter Benutzerhandbuch Teile Nr 15042295 Teile Nr 15027617 Rev O DEU Erforderlicher Speicherplatz Der integrierte Computer des Ger ts besitzt eine Speicherkapazit t von ca 550 GB Bevor ein Lauf gestart
19. K ufer oder im Namen des K ufers zur Verf gung gestellt wurden gew hrleistet Illumina nur dass die k uferspezifischen Verbrauchsmaterialien in bereinstimmung mit der standardm igen Herstellung und Qualit tskontrolle von Illumina hergestellt und getestet werden Illumina gibt keine Gew hrleistung daf r dass die k uferspezifischen Verbrauchsmaterialien wie vom K ufer beabsichtigt bzw f r die vom K ufer beabsichtigte Nutzung funktionieren b Hardware Garantie Illumina gew hrleistet dass die Hardware im Unterschied zu aktualisierten Komponenten ab dem Versanddatum 12 Monate lang den Spezifikationen entspricht es sei denn die Hardware enth lt eine von Illumina bereitgestellte Installation In letzterem Fall beginnt der Gew hrleistungszeitraum ab dem Datum der Installation oder 30 Tage nach dem Lieferdatum je nachdem was zuerst eintritt Basis Hardware Garantie Aktualisierte Komponenten sind von Illumina bereitgestellte Komponenten Modifikationen oder Verbesserungen an der Hardware die zuvor vom K ufer erworben wurde Illumina gew hrleistet dass aktualisierte Komponenten f r den Zeitraum von 90 Tagen ab dem Datum an dem die aktualisierten Komponenten installiert wurden ihren Spezifikationen entsprechen Aktualisierte Komponenten verl ngern nicht die Garantie f r die Hardware es sei denn die Aktualisierung wurde von Illumina in einer Einrichtung von Illumina vorgenommen In diesem Fall kommt die an den K ufe
20. MiSeq bereitgestellt werden Nach dem Start des Laufs wird das Probenblatt in SampleSheet csv umbenannt und in die Laufordner kopiert MiSeqTemp MiSeqOutput und MiSeq Analysis Weitere Informationen ber Analyse Workflows und Manifestdateiformate finden Sie im MiSeg Reporter Benutzerhandbuch Teile Nr 15042295 Weitere Informationen ber Probenbl tter finden Sie im MiSeg Probenblatt Kurzanleitung Teile Nr 15028392 14 Teile Nr 15027617 Rev ODEU MiSeg Software Auf dem Ger tecomputer sind drei Software Anwendungen vorinstalliert MiSeq Control Software MCS Steuert den Betrieb des Ger ts F hren Sie die auf der Benutzeroberfl che der MiSeq Control Software MCS beschriebenen Schritte zum Laden von Flie zelle und Reagenzien durch bevor Sie den Lauf starten W hrend der Durchf hrung des Laufs wird ein berblick ber Qualit tsstatistikwerte angezeigt W hrend des Laufs steuert MCS den Flie zellentisch verteilt Reagenzien kontrolliert die Flie zellentemperaturen und nimmt Bilder von den Clustern auf der Flie zelle auf MCS f hrt den Lauf gem den Parametern durch die im Probenblatt angegeben sind Echtzeitanalyse Software Real Time Analysis RTA F hrt die Prim ranalyse durch Die Echtzeitanalyse RTA ist eine integrierte Prim ranalysesoftware die die Bildanalyse sowie das Base Calling durchf hrt und jeder Base f r jeden Zyklus einen Qualit ts Score zuweist Bilder werden zur Verarbeitung durch die RTA
21. Parteien sind an die Bedingung gekn pft dass die Schadenersatz verlangende Partei i die andere Partei umgehend schriftlich ber einen solchen Anspruch bzw eine entsprechende Aktion informiert ii der anderen Partei bei einem solchen Anspruch bzw einer entsprechenden Aktion die exklusive Kontrolle und Autorit t hinsichtlich der Verteidigung und Schadensregulierung berl sst iii ohne vorherige schriftliche Zustimmung der anderen Partei keinen Versto gegen ein Immaterialg terrecht zugibt iv ohne vorherige schriftliche Zustimmung der anderen Partei keiner Schadensregulierung bzw Kompromissl sung bei einem solchen Anspruch bzw einer entsprechenden Aktion zustimmt und v der anderen Partei eine angemessene Unterst tzung bei der Verteidigung hinsichtlich des Anspruchs oder der Aktion gew hrt vorausgesetzt dass die Partei der gesch digten Partei die Auslagen die bei der Gew hrung der Unterst tzung angefallen sind angemessen ersetzt e Waren von Drittanbietern und Schadenersatz Illumina hat keine Schadenersatzverpflichtungen in Bezug auf Waren eines Drittanbieters mit denen ein K ufer beliefert wurde Waren von Drittanbietern sind Waren die mit dem Namen oder der Marke eines Drittanbieters versehen sind Etwaige Schadenersatzrechte des K ufers hinsichtlich Waren von Drittanbietern ergeben sich aus den Regelungen des Originalherstellers oder Lizenzgebers Auf schriftliche Anfrage wird Illumina versuchen diese Regelungen zu Schade
22. Radio Frequency Identification erm glicht die genaue Nachverfolgung von Verbrauchsmaterialien Innovative Fluidik Architektur Das MiSeq Fluidiksystem sorgt f r un bertroffene Effizienz des Chemikalien Zyklus bei der Sequenzierung Echtzeitanalyse Real Time Analysis RTA Die integrierte Software f r die Prim ranalyse f hrt w hrend des Sequenzierungslaufs auf dem Ger t eine Datenanalyse einschlie lich Bildanalyse und Base Calling in Echtzeit durch sodass wertvolle Zeit die nachgeschaltete Analysen in Anspruch nehmen w rden eingespart werden kann MiSeq Reporter Die integrierte Software f r die Sekund ranalyse verarbeitet die Daten der prim ren Analyse f hrt das Alignment durch und stellt Informationen zu jeder analysierten Probe zur Verf gung 2 Teile Nr 15027617 Rev ODEU Weitere Ressourcen Die folgenden Dokumente stehen auf der Ilumina Website zum Herunterladen zur Verf gung Ressource MiSeq System Handbuch zur Standortvorbereitung MiSeq System Sicherheits und Compliance Handbuch MiSeq Workflow Kurzanleitungskarten Ilumina Experiment Manager Benutzerhandbuch BlueFuse Workflow Manager Referenzhandbuch MiSeq Probenblatt Kurzanleitung MiSeq Handbuch zur Reagenzienvorbereitung DNA Bibliotheken f r die Sequenzierung auf dem MiSeq vorbereiten MiSeq System Benutzerhandbuch Beschreibung Enth lt Spezifikationen f r den Laborplatz die elektrischen Anforderungen und die
23. Systems Wenn die Initialisierung abgeschlossen ist wird der Begr ungsbildschirm angezeigt MiSeg System Benutzerhandbuch 1 3 bas yy SSP USLIBIS Erste Schritte MiSeq Konzepte Folgende Konzepte und Begriffe betreffen die Laufkonfigurationsschritte im MiSeq System Konzept Analyse Workflow Manifest Referenzgenom Laufordner Probenblatt Beschreibung Ein Sekund ranalyseverfahren das von MiSeq Reporter durchgef hrt wird Der Analyse Workflow f r jeden Lauf wird im Probenblatt angegeben Die Datei die ein Referenzgenom und Ziel Referenzregionen angibt die im Ausrichtungsschritt zu verwenden sind F r Workflows die eine Manifestdatei erfordern wird diese im Probenblatt angegeben und in den Manifestordner kopiert der in der MCS festgelegt ist Eine FASTA Formatdatei die die Genomsequenzen enth lt die w hrend der Analyse verwendet werden F r die meisten Analyse Workflows wird die Referenzgenomdatei im Probenblatt angegeben Die von der prim ren RTA Analysesoftware gef llte Ordnerstruktur MiSeqOutput Ordner oder der von MiSeq Reporter MiSeqAnalysis gef llte Ordner Weitere Informationen finden Sie unter Laufordner auf Seite 32 Eine kommagetrennte Wertedatei csv die die zum Einrichten und Analysieren eines Sequenzierungslaufs erforderlichen Informationen enth lt darunter eine Liste von Proben und deren Indexsequenzen Das Probenblatt muss w hrend der Laufkonfigurationsschritte auf dem
24. Umgebungsbedingungen Bietet Informationen zu Ger tekennzeichnungen und Compliance Zertifizierungen sowie sicherheitsbezogene Informationen Enthalten eine zweiseitige grafische Darstellung des Workflows f r erfahrene Benutzer Die Kurzanleitungskarten fassen die Probenvorbereitung die Laufkonfiguration und die Lauf berwachung zusammen und geben einen berblick ber die von MiSeq Reporter durchgef hrte Analyse Bietet Anweisungen zum Erstellen von Probenplatten und Probenbl ttern f r unterschiedliche Workflows und Bibliothekstypen Illumina empfiehlt das Probenblatt w hrend der Probenvorbereitung zu erstellen Bietet Anweisungen zum Erstellen von Probenplatten und Probenbl ttern f r Kunden die den VeriSeq Workflow durchf hren Ilumina empfiehlt das Probenblatt w hrend der Probenvorbereitung zu erstellen Enth lt Informationen ber das Hinzuf gen von Probenblatteinstellungen zu Ihrem Probenblatt Enth lt eine Beschreibung des Kit Inhalts sowie Anweisungen zum Vorbereiten der Reagenzienkartusche bevor Sie mit dem Sequenzierungslauf beginnen Bietet Anweisungen zum Denaturieren und Verd nnen von vorbereiteten Probenbibliotheken vor der Sequenzierung auf dem MiSeq sowie zum Vorbereiten einer PhiX Kontrolle Dieser Schritt gilt f r die meisten Bibliothekstypen Dune Erste Schritte Ressource Anwendungsspezifische Primer im MiSeq verwenden MiSeq Reporter Benutzerhandbuch BlueFuse Multi Referenzhandbu
25. an Der Verschluss des Beh lters f r eine Standard Flie zelle ist durchsichtig Der Verschluss des Beh lters f r eine PGS Flie zelle ist durchsichtig Der Verschluss des Beh lters f r eine Mikro Flie zelle ist gr n Der Verschluss des Beh lters f r eine Nano Fliefzelle ist gelb 1 Ziehen Sie ein neues Paar ungepuderter Handschuhe an 2 Greifen Sie die Flie zelle mit einer Kunststoffpinzette an der Basis der Kunststoffkartusche und nehmen Sie sie aus dem Flie zellenbeh lter Abbildung 13 Entfernen der Flie zelle 3 Sp len Sie die Flie zelle leicht mit Wasser in Laborqualit t ab und stellen Sie sicher dass sowohl das Glas als auch die Kunststoffkartusche gr ndlich von Salzablagerungen befreit werden Salzablagerungen beeintr chtigen den Sitz der Flie zelle im Ger t Wenn Salzablagerungen im Bildgebungsbereich antrocknen kann die Bildgebung ebenfalls beeintr chtigt werden A A Teile Nr 15027617 Rev O DEU Abbildung 14 Sp len der Flie zelle 4 Trocknen Sie die Flie zelle und die Kartusche mit einem fusselfreien Reinigungstuch f r Objektive sorgf ltig ab Gehen Sie dabei behutsam mit der schwarzen Dichtung am Flie zellenanschluss um Tupfen Sie den Bereich der Dichtung und des angrenzenden Glases vorsichtig trocken Abbildung 15 Flie zellenanschl sse und Dichtung illumina 5 Reinigen Sie das Flie zellenglas mit einem mit Alkohol befeuchteten Tuch Stellen Sie sicher dass das Glas keine Streifen
26. bei der Erstinstallation und beim ersten Start des Ger ts konfiguriert Wenn Sie Ihre Einstellungen aufgrund einer Netzwerk oder Einrichtungs nderung ndern m ssen verwenden Sie die Funktion System Settings Systemeinstellungen Abbildung 26 Systemeinstellungen Please select from the following options in order to set up your IP settings CH Obtain an IP address automatically Obtain DNS server address automatically O Use the following IP address O Use the following DNS server addresses IP address 10 12 37 156 Kal Preferred DNS server 10 10 1 10 Kl Subnet mask 255 255 254 0 Kl Alternate DNS server 10 10 48 5 Kl Default gateway 10 12 36 1 fu 44 Back Wenden Sie sich an den Administrator Ihres Unternehmens um Informationen dazu zu erhalten welche Netzwerkeinstellungen Sie eingeben miissen MiSeq System Benutzerhandbuch 8 5 usBun 91SUl3 94eMPOS Fehlerbehebung 86 ndern der Systemanmeldeinformationen ndern Sie den Systembenutzernamen und das Kennwort im Bildschirm Systems Settings Systemeinstellungen W hlen Sie System Settings Systemeinstellungen im Bildschirm Manage Instrument Ger t verwalten und w hlen Sie anschlie end Save and Continue Speichern und Fortfahren um im dritten Bildschirm fortzufahren W hlen Sie This account Dieses Konto Geben Sie den Dom nennamen z B Dom ne MiSegl und das Kennwort ein W hlen Sie Save and Continue Speichern und Fortfahren Die Id
27. die Prim ranalyse abgeschlossen ist greift MiSeq Reporter auf den Ordner MiSegqAnalysis auf dem lokalen Laufwerk des Ger ts zu um mit der Sekund ranalyse zu beginnen Alle Dateien die in den Ordner MiSeqAnalysis geschrieben werden werden zur ck in den Ordner MiSeqOutput kopiert Weitere Informationen finden Sie unter Inhalt des MiSegOutput Ordners auf Seite 38 Wenn Sie BaseSpace f r die Analyse verwenden ohne die Analyse lokal zu replizieren ist der Ordner MiSeqAnalysis auf dem lokalen Laufwerk des Ger ts leer Stammordner Benennung 32 Der Name des Stammlaufordners gibt das Datum des Laufs die Ger tenummer und die f r den Lauf verwendete Flie zelle an Die einzelnen Laufordner eines Laufs besitzen denselben Stammordnernamen Standardm ig besitzt der Ordnername das folgende Format JIMMTT_ lt InstrumentNumber gt _ lt Run Number gt _A lt FlowCellBarcode gt Die Laufnummer wird jedes Mal wenn ein Lauf auf einem beliebigen Ger t durchgef hrt wird um 1 erh ht Teile Nr 15027617 Rev O DEU Inhalt des MiSeqOutput Ordners Nach der prim ren Analyse wird der MiSeqOutput Ordner mit Dateien gef llt die f r die Sekund ranalyse durch MiSeq Reporter erforderlich sind Wenn die Sekund ranalyse abgeschlossen ist sind der MiSeqOutput und der MiSegAnalysis Ordner identisch mit der Ausnahme dass der MiSeqOutput Ordner zwei Unterordner f r Bilddateien enth lt Images und Thumbnail_lmages
28. diesen Nachwaschlauf werden Natriumhypochlorit und ein MiSeq R hrchen Teile Nr MS 102 9999 ben tigt Der Waschlauf dauert etwa 30 Minuten Weitere Informationen hierzu finden Sie unter Verfahren mit Matrizenleitungswaschlauf auf Seite 68 Ar ANMERKUNG Verwenden Sie Natriumhypochlorit nicht f r Wartungs oder Standbywaschl ufe Vom Benutzer bereitzustellende Verbrauchsmaterialien Tween 20 Sigma Aldrich Katalognummer P7949 Wasser in Laborqualit t Natriumhypochlorit f r Nachwaschl ufe mit Matrizenleitungswaschlauf 6 6 Teile Nr 15027617 Rev O DEU Verfahren 1 Bereiten Sie wie folgt eine frische Waschl sung mit Tween 20 und Wasser in Laborqualit t vor a F gen Sie 5 ml 100 Tween 20 zu 45 ml Wasser in Laborqualit t hinzu Diese Volumina ergeben 10 Tween 20 b F gen Sie 25 ml 10 Tween 20 zu 475 ml Wasser in Laborqualit t hinzu Diese Volumina ergeben 0 5 Tween 20 Waschl sung c Invertieren Sie f nf Mal um die L sung zu mischen Bereiten Sie die Waschlaufkomponenten wie folgt mit frischer Waschl sung vor a F llen Sie in jeden Beh lter der Waschablage 6 ml Waschl sung b F llen Sie 350 ml Waschl sung in die 500 ml Waschflasche Wenn der Lauf beendet ist w hlen Sie Start Wash Waschlauf starten Die Software hebt automatisch die Sipper im Reagenzienk hler an W hlen Sie nicht Perform optional template line wash Optionalen Matrizenleitungswaschlauf durchf hren im Nachwaschlaufbildschirm Zum
29. haben d rfen Sie die T ren der Flie zellenkammer und der Reagenzienkammer nicht ffnen und den Ger temonitor nicht ber hren es sei denn Sie m chten den Lauf unterbrechen Weitere Informationen finden Sie unter Unterbrechen eines Laufs auf Seite 90 WARNUNG Schlie en Sie alle Dateien auf dem MiSeq bevor Sie einen Lauf starten und ffnen Sie keine Dateien w hrend des Laufs Teile Nr 15027617 Rev O DEU berwachen des Laufs 1 W hrend des Laufs werden der Lauffortschritt Intensit ten und Qualit ts Scores im Sequenzierungsbildschirm angezeigt Im Sequenzierungsbildschirm k nnen keine Eingaben vorgenommen werden Um den Lauf detaillierter zu berwachen k nnen Sie den Sequenzierungsanalyse Viewer SAV auf einem anderen vom Ger tecomputer unabh ngigen Computer installieren und verwenden Dazu ist eine Netzwerkverbindung erforderlich Wenn Sie mit BaseSpace verbunden sind k nnen Sie den Lauf alternativ ber SAV in BaseSpace berwachen Run Progress Lauffortschritt Zeigt den Lauffortschritt in einer Statusleiste an und listet die Anzahl der abgeschlossenen Zyklen auf Intensity Intensit t Zeigt den Wert der Clusterintensit ten von 90 der Daten f r jede Platte an Die Grafik im Bereich Intensity Intensit t stellt die Anzahl der aufgenommenen Platten und Oberfl chen dar Wenn nur die obere Oberfl che der Flie zelle aufgenommen wird wird eine Grafik mit einer Spalte angezeigt Wenn die obere und
30. in Laborqualit t Verfahren 1 Stellen Sie sicher dass sich eine gebrauchte Flie zelle im Ger t befindet 2 W hlen Sie im Begr ungsbildschirm die Option Perform Wash Waschlauf durchf hren 3 W hlen Sie im Bildschirm Wash Options Waschoptionen die Option Standby Wash Standbywaschlauf aus Die Software hebt automatisch die Sipper im Reagenzienk hler an T 6 Teile Nr 15027617 Rev ODEU Durchf hren des ersten Waschlaufs 1 Bereiten Sie wie folgt eine frische Waschl sung mit Tween 20 und Wasser in Laborqualit t vor a F gen Sie 5 ml 100 Tween 20 zu 45 ml Wasser in Laborqualit t hinzu Diese Volumina ergeben 10 Tween 20 b F gen Sie 25 ml 10 Tween 20 zu 475 ml Wasser in Laborqualit t hinzu Diese Volumina ergeben 0 5 Tween 20 Waschl sung c Invertieren Sie f nf Mal um die L sung zu mischen Bereiten Sie die Waschlaufkomponenten wie folgt mit frischer Waschl sung vor a F llen Sie in jeden Beh lter der Waschablage 6 ml Waschl sung b F llen Sie 350 ml Waschl sung in die 500 ml Waschflasche Laden Sie die Waschablage und die Waschflasche in das Ger t a ffnen Sie die T ren der Reagenzienkammer und des Reagenzienk hlers und schieben Sie die gebrauchte Reagenzienkartusche oder Waschablage aus dem Reagenzienk hler b Schieben Sie die Waschablage bis zum Anschlag in den Reagenzienk hler Schlie en Sie die T r des Reagenzienk hlers c Heben Sie den Sippergriff vor der PR2 Flasche
31. schfunktion steht auf allen Registerkarten au er Bundle Logs Protokollb ndel zur Verf gung Move Verschieben Nur f r Laufordner verf gbar W hlen Sie das Kontrollk stchen neben dem Ordnernamen aus w hlen Sie Move Verschieben und wechseln Sie dann zu dem gew nschten Speicherort Mit Move Verschieben wird der Laufordner an den neuen Speicherort kopiert und der Ordner am alten Speicherort gel scht Select All Files Alle Dateien ausw hlen W hlen Sie das Kontrollk stchen links neben der Schaltfl che Delete L schen aus und w hlen Sie dann eine Aktion Delete L schen oder Move Verschieben Die Aktion wird auf alle Dateien bzw Ordner angewendet Upload Files Dateien hochladen Verf gbar f r Probenbl tter Manifestdateien Genome und Rezepturen Wenn das MiSeq System nicht mit einem Netzwerk verbunden ist verwenden Sie diese Funktion um Dateien von einem USB Stick auf den Ger tecomputer hochzuladen W hlen Sie Upload Hochladen und navigieren Sie zu Teile Nr 15027617 Rev O DEU dem Speicherort auf dem USB Stick auf dem sich die Datei befindet Die Datei wird in den Ordner hochgeladen der im Feld Directory Verzeichnis angegeben ist Rename Umbenennen Nur f r Probenbl tter verf gbar Aktivieren Sie das Kontrollk stchen neben der Probenblattdatei und w hlen Sie anschlie end Rename Umbenennen Verwenden Sie zum Umbenennen des Probenblatts die Bildschirmtastatur Bundle Logs Proto
32. und der Abfallflasche an bis er einrastet und tauschen Sie die PR2 Flasche gegen die Waschflasche aus a ANMERKUNG Entsorgen Sie die PR2 Flasche nach jedem Lauf Verbleibendes PR2 darf nicht wiederverwendet werden d Entfernen Sie die Abfallflasche und entsorgen Sie den Inhalt ordnungsgem Setzen Sie die Abfallflasche wieder in die Reagenzienkammer ein e Dr cken Sie den Sippergriff nach unten und stellen Sie dabei sicher dass die Sipper in die Waschflasche und in die Abfallflasche eintauchen f Schlie en Sie die T r der Reagenzienkammer W hlen Sie Next Weiter Der erste Waschlauf beginnt MiSeq System Benutzerhandbuch sinejyo9sem qpue s saule USAUNJYSANA Wartungsverfahren Durchf hren des zweiten Waschlaufs ANMERKUNG Verwenden Sie stets f r jeden der Waschschritte eine frische Waschl sung Wenn Waschl sung aus dem vorausgegangenen Waschlauf wiederverwendet wird kann Abfall erneut in die Fluidikleitungen gelangen Bereiten Sie wie folgt eine frische Waschl sung mit Tween 20 und Wasser in Laborqualit t vor a b C F gen Sie 5 ml 100 Tween 20 zu 45 ml Wasser in Laborqualit t hinzu Diese Volumina ergeben 10 Tween 20 F gen Sie 25 ml 10 Tween 20 zu 475 ml Wasser in Laborqualit t hinzu Diese Volumina ergeben 0 5 Tween 20 Waschl sung Invertieren Sie f nf Mal um die L sung zu mischen Wenn der erste Waschlauf abgeschlossen ist entfernen Sie die Waschablage und die Waschfl
33. unter seinem Patent Markenzeichen Urheberrecht oder b rgerlichem Recht bzw hnlichen Rechten an Drittparteien Die Software ist lizenziert unter den Bestimmungen und Bedingungen der Illumina Sequenzierungs Software Lizenzvereinbarung in einem separaten Dokument Wenn Sie nicht mit den darin festgelegten Bestimmungen und Bedingungen einverstanden sind lizenziert Illumina diese Software nicht f r Sie und Sie d rfen die Software weder installieren noch verwenden Die Anweisungen in diesem Dokument m ssen genau durch qualifiziertes und entsprechend ausgebildetes Personal ausgef hrt werden damit die in diesem Dokument beschriebene Anwendung der Produkte sicher und ordnungsgem erfolgen kann Vor der Verwendung dieser Produkte muss der Inhalt dieses Dokuments vollst ndig gelesen und verstanden worden sein FALLS NICHT ALLE HIERIN AUFGEF HRTEN ANWEISUNGEN VOLLST NDIG GELESEN UND BEFOLGT WERDEN K NNEN PRODUKTSCH DEN VERLETZUNGEN DER BENUTZER UND ANDERER PERSONEN SOWIE SACHSCH DEN EINTRETEN ILLUMINA BERNIMMT KEINERLEI HAFTUNG F R SCH DEN DIE AUS DER UNSACHGEM SSEN VERWENDUNG DER HIERIN BESCHRIEBENEN PRODUKTE EINSCHLIESSLICH TEILEN HIERVON ODER DER SOFTWARE ENTSTEHEN ODER JEDER ANDEREN ART DER VERWENDUNG DER PRODUKTE AUSSERHALB DES G LTIGKEITSBEREICHS DER AUSDR CKLICHEN SCHRIFTLICHEN LIZENZEN ODER DER DURCH ILLUMINA GENEHMIGTEN ZULASSUNGEN IN VERBINDUNG MIT DEM ERWERB DER PRODUKTE DURCH DEN KUNDEN NUR F R FORSCHUNGSZWECKE
34. vor der PR2 Flasche und der Abfallflasche an bis er einrastet Entfernen Sie die PR2 Flasche und setzen Sie die Waschflasche ein Ar ANMERKUNG Entsorgen Sie die PR2 Flasche nach jedem Lauf Verbleibendes PR2 darf nicht wiederverwendet werden Entfernen Sie die Abfallflasche und entsorgen Sie den Inhalt ordnungsgem Setzen Sie die Abfallflasche wieder in die Reagenzienkammer ein y WARNUNG Die Reagenzien enthalten Formamid ein aliphatisches Amid das in Verdacht steht ein fortpflanzungsgef hrdendes Toxin zu sein Es kann daher durch Inhalation orale Aufnahme Kontakt mit der Haut oder Kontakt mit den Augen zu Personensch den kommen Beh lter und nicht verwendeter Inhalt m ssen gem den geltenden Sicherheitsvorschriften Ihrer Region entsorgt werden Weitere Informationen finden Sie im SDS f r dieses Kit unter support illumina com sds html Teile Nr 15027617 Rev O DEU 12 Dr cken Sie den Sippergriff nach unten und stellen Sie dabei sicher dass die Sipper in die Waschflasche und in die Abfallflasche eintauchen 13 Schlie en Sie die T r der Reagenzienkammer 14 W hlen Sie Next Weiter Der Nachwaschlauf beginnt Wenn der Waschlauf abgeschlossen ist lassen Sie die gebrauchte Flie zelle die Waschablage und die Waschflasche mit der brigen Waschl sung im Ger t a ANMERKUNG Die Sipper bleiben in der unteren Position was normal ist Lassen Sie die nicht verwendete Waschl sung in der Waschablage und der Wasch
35. 0000000000000000 00000000 0010n diain ernannt aan aaien ronan nenni 49 Startendes Late uge dE NEEN au 53 berwachen des Laufs ccoo occ cononco nono nonnnnonc cnn nn LALALALA aLa Laaa 55 mean o ST Da Bon ne A MiSeq System Benutzerhandbuch 37 c1eydey Durchf hren eines Laufs Einleitung 38 Um auf dem MiSeq System einen Lauf durchzuf hren befolgen Sie die in diesem Kapitel beschriebenen Einrichtungsschritte Nach dem Beginn des Laufs sind keine weiteren Aktionen seitens des Benutzers erforderlich Der Sequenzierungslauf kann im Sequenzierungsbildschirm oder remote mithilfe des Sequenzierungsanalyse Viewers SAV berwacht werden einer optionalen Software Anwendung die Sie von der Illumina Website herunterladen k nnen F hren Sie nach Abschluss des Sequenzierungslaufs einen Ger tewaschlauf durch Teile Nr 15027617 Rev O DEU MiSeq Workflow MiSeg System Benutzerhandbuch Denaturieren und Verd nnen von Bibliotheken gilt nicht f r alle Bibliothekstypen Weitere Informationen hierzu finden Sie unter DNA Bibliotheken f r die Sequenzierung auf dem MiSeq vorbereiten Teile Nr 15039740 Bereiten Sie die vorgef llte Reagenzienkartusche zur Nutzung vor Weitere Informationen hierzu finden Sie im Reagenzienvorbereitungshandbuch f r die entsprechende MiSeq Reagenzienkartusche Laden Sie Ihren Bibliothekenmix im daf r vorgesehenen Beh lter in die Reagenzienkartusche W hlen Sie in der Benutzeroberfl
36. 22222200000 102 GE FE V A meer 9 P Ca fN A X d r rggcirpnneagnt ang MiSeq System Benutzerhandbuch 81 Glace Fehlerbehebung Einleitung 82 In diesem Abschnitt werden allgemeine Schritte zur Fehlerbehebung beschrieben F hren Sie diese Schritte durch bevor Sie sich an den Technischen Support von Illumina wenden Bei den meisten Fehlern werden auf dem Bildschirm Anweisungen zur Behebung des Fehlers angezeigt Wenn Sie technische Fragen haben besuchen Sie die MiSeq Supportseiten der Illumina Website wo Sie Antworten auf h ufig gestellte Fragen finden oder melden Sie sich bei Ihrem Mylllumina Konto an um Zugang zu den Support Bulletins zu erhalten Wenden Sie sich hinsichtlich Problemen mit der Laufqualit t oder leistung an den Technischen Support von Illumina Weitere Informationen finden Sie unter Technische Unterst tzung auf Seite 107 In der Regel bitten Mitarbeiter des Technischen Supports von Illumina zu Fehlerbehebungszwecken um Kopien von laufspezifischen Dateien Sie k nnen die Registerkarte Bundle Logs Protokollb ndel im Bildschirm Manage Files Dateien verwalten verwenden um die zur Fehlerbehebung ben tigten Dateien zu gruppieren und in einer ZIP Datei zu speichern Weitere Informationen finden Sie unter Bundle Logs Protokollb ndel f r die Fehlerbehebung auf Seite 83 Teile Nr 15027617 Rev ODEU Bundle Logs Protokollb ndel f r die Fehleroehebung Bundle Log
37. ARKTG NGIGKEIT EIGNUNG F R EINEN BESTIMMTEN ZWECK NICHTVERLETZUNG VON SCHUTZRECHTEN DRITTER UND DIE GEW HRLEISTUNG AUFGRUND DER LEISTUNG DES HANDELS ODER DER NUTZUNG OHNE EINSCHR NKUNG DER OBEN AUFGEF HRTEN BESTIMMUNGEN ERHEBT ILLUMINA KEINEN ANSPRUCH GIBT KEINE DARSTELLUNG ODER GARANTIE JEDWEDER ART HINSICHTLICH DER NUTZBARKEIT DIESES PRODUKTS F R DIE BEABSICHTIGTE VERWENDUNG DURCH DEN K UFER 8 Produktgarantie Alle Gew hrleistungen beziehen sich pers nlich auf den K ufer und d rfen nicht an Dritte bertragen oder diesen zugewiesen werden Dies gilt auch f r Partner bzw verbundene Unternehmen des K ufers Alle Gew hrleistungen sind einrichtungsspezifisch und werden nicht bertragen wenn das Produkt an einer anderen Einrichtung des K ufers eingesetzt wird es sei denn Illumina nimmt diesen Transfer selbst vor a Garantie f r Verbrauchsmaterialien Illumina gew hrleistet dass Verbrauchsmaterialien im Unterschied zu k uferspezifischen Verbrauchsmaterialien ihren Spezifikationen entsprechen und zwar bis zum sp teren der folgenden Daten i 3 Monate ab dem Versanddatum ii dem Ablaufdatum oder dem Ende der Haltbarkeitsdauer das von Illumina auf dieses Verbrauchsmaterial aufgedruckt wurde aber in keinem Fall l nger als 12 Monate ab dem Versanddatum Hinsichtlich der k uferspezifischen Verbrauchsmaterialien d h Verbrauchsmaterialien die nach den Spezifikationen oder Entw rfen des K ufers hergestellt oder Illumina vom
38. August 2013 Beschreibung der nderung Nur in Englisch verf gbar Neustart der Systemsoftware als Schritt vor dem Lauf hinzugef gt Mikrozentrifugenr hrchen zur Liste der vom Benutzer bereitzustellenden Verbrauchsmaterialien hinzugef gt MiSeg Software als separates Kapitel entfernt und Kapitelinhalt ber das gesamte Handbuch verteilt Informationen ber Ordner f r anwendungsspezifische Rezepturen entfernt Informationen ber empfohlene Clusterdichtenbereiche f r MiSeq Reagenzien Kits entfernt Details ber MiSeq Reagenzien Kits entfernt und berblick ber Reagenzien Kit Funktionen hinzugef gt Detaillierte Informationen finden Sie in der Reagenzienvorbereitungsdokumentation zu den verwendeten Kits Inhalt zu den Markenhinweisen hinzugef gt Formatierungsfehler behoben Nur in Englisch verf gbar Laufbeschreibungen f r MCS v2 3 und MiSeq Reagenzien Kit v3 hinzugef gt Folgende Informationen wurden aktualisiert e Reagenzien Kit und Versionskompatibilit t umfassen jetzt MiSeq Reagenzien Kit v3 e Beschreibung des Ordners f r benutzerdefinierte Rezepturen umfasst jetzt einen v3 Unterordner e Clusterdichtenbereich f r v2 wurde ge ndert Bereich f r v3 wurde hinzugef gt e Ausgabepfad f r Bilddateien Flie zellen Barcodes f r Nano Flie zellen D und Mikro Flie zellen G korrigiert Informationen zum MiSeq Reagenzien Kit einschlie lich Inhalt und Flie zellentyp entfernt Weitere Informationen finden Si
39. Begr ungsbildschirm zur ckzukehren 5 Schlie en Sie die T r der Reagenzienkammer 6 W hlen Sie Next Weiter auf dem Bildschirm zum Laden der Reagenzien Der berpr fungsbildschirm wird ge ffnet ndern des Probenblatts e F r jeden Lauf muss es ein Probenblatt geben Standardm ig sucht die Software nach einer Probenblattdatei deren Name mit der Barcodenummer der im Ger t eingesetzten Reagenzienkartusche bereinstimmt Wenn kein Probenblatt gefunden wird wird eine Meldung angezeigt in der Sie aufgefordert werden zum Speicherort des richtigen Probenblatts f r Ihren Lauf zu navigieren Um zu verhindern dass die Software erfolglos sucht verwenden Sie den Befehl Change Sample Sheet Probenblatt ndern im Bildschirm Load Reagents Reagenzien laden um die Software zu dem entsprechenden Probenblatt zu leiten Teile Nr 15027617 Rev O DEU Starten des Laufs Nachdem Sie die Flie zelle und die Reagenzien geladen haben berpr fen Sie die Laufparameter und f hren Sie eine Vorpr fung durch bevor Sie den Lauf starten berpr fen der Laufparameter 1 berpr fen Sie den Namen des Experiments den Analyse Workflow und die Read L nge Diese Parameter sind im Probenblatt angegeben 2 berpr fen Sie die Ordner in der linken unteren Ecke Falls nderungen erforderlich sind w hlen Sie Change Folders Ordner ndern Nachdem Sie die nderungen durchgef hrt haben w hlen Sie Save Speichern und ans
40. Confirm Stopping a run is final You can not resume the run Are you sure you want to stop the run DE Das Anhalten eines Laufs ist endg ltig Ein angehaltener Lauf kann nicht fortgesetzt werden Sie haben nur die M glichkeit mit einem Ger tewaschlauf fortzufahren Teile Nr 15027617 Rev O DEU Beheben von Laufkonfigurationsfehlern Wenn Pr fungen der Vorpr fung fehlschlagen wird ein rotes Symbol X neben dem entsprechenden Element angezeigt Auf dem Bildschirm wird eine Meldung angezeigt die eine Beschreibung des Fehlers und der zur Behebung des Fehlers erforderlichen Aktion enth lt Fehler Aktion X Flow Rate Measured Der Bildschirm zum Pr fen der Flie rate wird ge ffnet Geben Sie Gemessene Flie rate mithilfe der Dropdown Liste oder der auf dem Bildschirm angezeigten Tastatur Folgendes ein e Solution L sung PR2 e Volume Volumen 250 e Aspirate Rate Aspirationsrate 2500 e Dispense Rate Zufuhrrate 2500 W hlen Sie Pump Pumpe Falls der Fehler weiterhin besteht legen Sie ein Pumpvolumen von 500 ul PR2 fest und wiederholen Sie den Prozess Wenn Fl ssigkeiten gepumpt wurden w hlen Sie Restart Check Pr fung neu starten Wenn die Vorpr fung erfolgreich verl uft wird die Schaltfl che Start Run Lauf starten aktiviert Falls die Flusspr fung erneut fehlschl gt platzieren Sie die Flie zelle erneut um sicherzustellen dass der Fluss nicht aufgrund einer falschen Ausrichtung unterbrochen ist
41. Ein Wartungswaschlauf dauert etwa 1 Stunde Send Instrument Health Infos ber Ger tezustand senden Illumina empfiehlt die Auswahl dieser Option da diese Informationen f r den Technischen Support von Illumina hilfreich sein k nnen um m gliche Probleme zu beheben Die einzigen Dateien die an Illumina gesendet werden sind Protokolldateien InterOp Dateien und Protokolldateien F r diese Funktion muss das Ger t mit einem Netzwerk mit Internetzugang verbunden sein Teile Nr 15027617 Rev ODEU Replicate Analysis Locally Analyse lokal replizieren Diese Einstellung erm glicht die Durchf hrung der Analyse sowohl lokal auf dem Ger t als auch in BaseSpace Wenn Sie BaseSpace verwenden und diese Option w hlen wird MiSeq Reporter nach dem Lauf automatisch gestartet und die Analyse wird lokal durchgef hrt Wenn Sie BaseSpace verwenden und diese Option nicht aktivieren wird MiSeq Reporter nach dem Lauf nicht automatisch gestartet und die Analyse wird nur in BaseSpace durchgef hrt W hlen Sie diese Option wenn Sie den VeriSeq Workflow mit BlueFuse Multi durchf hren SJeMYOS bas yy Registerkarte Folder Settings Ordnereinstellungen Auf der Registerkarte Folder Settings Ordnereinstellungen legen Sie die Standardspeicherorte der Ordner fest Ordner k nnen sich in einem lokalen Netzwerk oder auf dem Ger tecomputer befinden Abbildung 7 Registerkarte Folder Settings Ordnereinstellungen Mumina Miseqg Pl
42. GTATCAAT TGAGACTAGCAACGACG A a TR a EE RS TACO GATAACAGIAACACACTTCTGTIAACCTTAAGATTACTIGT TGATCCACTGAT T IE E CTAAATATTAACGTACCATTAAGAGCTACCGTCTTCTGTIAACCTIAAGATTACTT e ee ACTGATTCAACGTACCAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGT GACTAAATAT TAACGTACCAT TAAGAGCTACCGTCTICTGTTAACCTTAAGATTACT TGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACG AAA TOATAACAGTAACACACTIOTO TAACCTIAAGATTACTTGAIOCACIOM TOMA OTACOGTAMAGATTACTIGATOGAC GATO AACGTACCOTAACOMACA TALCA RT IGAGACTAAA TA TAACOTACCAT IAAGAGOTACO a nen GATTACTTGATCCA EE GATTACTTGATCCACTGATTCAACG TGAGACTAAATATTAACGTTGTTAACCTTAAGATTACT TGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAAT TGAGACTAAATATTAACGTACCATTAAGAGCTTI AACCTTAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTA ATCAATTGAGA TARA ATTAACGTACTTAACCTTAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTCTICTGTIAACCTIAAGA el ACCGTAACGAACGTATCAAT TGAGACTAACGACGA Ee E EE N EE EE GATAACAGTAACACACTTCTGTTAACCTT OR GATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAATTGAGAC eE ACCATTAAGAGCTA CTGTTAACCTTAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACC ACCA AAC TACOCTECAAGTIAACOTE AGAN ACTTGATCOACT De CEIRACOARE ATA TCAATTGAGACTAAA ARCOROC CA TRAGA GO TACCGTOCAA LACAN CTICTGTTAACCTTAAGATTACTTGAT EE E TAC TIGATECACTGAICAACOTRCOOTAACGAACG TATO AAT CAGA TAAG TAOCGTOCAACGACGAMAGAAT AI AAAAGAATGATAACAGTAACACACTTCTGTTAACCTI TTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAATTGAGAC AACGTACCATTAAGAGCTACC GATAACAGTAACACACTICTGTIAACCT TI BACK TTACTTORTLEAETCAITORACCH ACCGTAACGAACGTA E A CTAAATATTAACGTACCATTAAGAGCTACCGTGCAA SA EE K
43. IP von Ilumina gew hrt die an dem Tag bestand als dieses Produkt von Illumina versandt wurde dieses Produkt in der Einrichtung des K ufers zu den internen Forschungszwecken Forschungsleistungen f r Dritte eingeschlossen des K ufers und ausschlie lich in bereinstimmung mit der Dokumentation dieses Produkts zu nutzen Speziell davon ausgenommen ist jegliche Verwendung die a Rechte oder eine Lizenz der anwendungsspezifischen IP von Illumina erfordern w rde b eine Wiederverwendung zuvor verwendeter Verbrauchsmaterialien darstellt c das Disassemblieren Zur ckentwickeln Dekompilieren oder R ckassemblieren dieses Produkts umfasst d die Trennung die Extraktion oder Isolierung von Komponenten dieses Produkts oder eine andere unbefugte Analyse dieses Produkts zum Ziel hat e den Zugriff auf die oder die Ermittlung der Betriebsmethoden dieses Produkts beabsichtigt f sich auf die Nutzung von nicht von Illumina stammendem Reagenzien V erbrauchsmaterialien mit der Hardware von Illumina bezieht trifft nicht zu wenn die Spezifikationen oder die Dokumentation anderes besagen oder g die bertragung an MiSeq System Benutzerhandbuch einen Dritten das Unterlizenzieren der Software oder einer Software von Drittanbietern beinhaltet F r die gesamte Software ob separat bereitgestellt auf einem Produkt installiert oder darin eingebettet erh lt der K ufer eine Lizenz die Software wird ihm jedoch nicht verkauft Soweit nicht ausdr ckl
44. Installation von MiSeq Reporter bereitgestellt BaseSpace unterst tzt nur Genome die in MiSeq Reporter enthalten sind Sie k nnen unter basespace com eine Verbindung zu BaseSpace herstellen Melden Sie sich mit den Anmeldedaten f r Ihr Mylllumina Konto an Weitere Informationen zur Verwendung von BaseSpace finden Sie in der Online Hilfe zu BaseSpace auf der Illumina Website www illumina com help BaseSpaceHelp BaseSpaceHelp htm Uberblick Ober MiSeq Reporter MiSeq Reporter ist eine Windows Dienstanwendung die bei der Prim ranalyse generierte Base Calls verarbeitet MiSeq Reporter beginnt unmittelbar nach Abschluss der Prim ranalyse des Sequenzierungslaufs mit der Sekund ranalyse MiSeq Reporter l uft auf dem Computer des Ger ts Die Benutzeroberfl che muss jedoch mithilfe eines Webbrowsers auf einem anderen Computer angezeigt werden der mit demselben Netzwerk verbunden ist wie der MiSeq Reporter Wenn die Sekund ranalyse abgeschlossen ist wird die Datei CompletedJobInfo xml in den Laufordner geschrieben Weitere Informationen finden Sie im MiSeg Reporter Benutzerhandbuch Teile Nr 15042295 Sequenzierung w hrend der Analyse Die Computing Ressourcen des MiSeq Ger ts werden entweder f r die Sequenzierung oder f r die Analyse verwendet Wenn auf dem MiSeq Ger t ein neuer Sequenzierungslauf gestartet wird bevor die Sekund ranalyse eines vorherigen Laufs abgeschlossen ist wird die Sekund ranalyse automatisch gestoppt
45. LLE BEIL UFIG ENTSTANDENE BEISPIELHAFTE FOLGE ODER STRAFRECHTLICHE SCH DEN JEDWEDER ART HAFTBAR DIE OHNE EINSCHR NKUNG AUS ODER IN VERBINDUNG MIT DEM VERKAUF DIESES PRODUKTS SEINER NUTZUNG DEN LEISTUNGEN VON ILLUMINA LAUT DIESEM VERTRAG ODER EINER DIESER BESTIMMUNGEN UND BEDINGUNGEN ENTSTEHEN GANZ GLEICH WIE DIESE VERURSACHT WURDEN UND WELCHER HAFTUNGSTHEORIE SIE UNTERLIEGEN SEI DIES VERTRAGS GEF HRDUNGS ODER DELIKTHAFTUNG EINSCHLIESSLICH FAHRL SSIGKEIT ODER SONSTIGES 6 ILLUMINAS GESAMTE UND KUMULATIVE HAFTUNG GEGEN BER DEM K UFER ODER EINEM DRITTEN DIE SICH AUS DIESEN BESTIMMUNGEN UND BEDINGUNGEN ERGIBT ODER IN VERBINDUNG MIT DIESEN STEHT EINSCHLIESSLICH JEDOCH NICHT BESCHR NKT AUF DIESES PRODUKT SOWIE DER NUTZUNG DESSELBEN UND DIE LEISTUNGEN VON ILLUMINA LAUT DIESEM VERTRAG SEI DIES VERTRAGS GEF HRDUNGS ODER DELIKTHAFTUNG EINSCHLIESSLICH FAHRL SSIGKEIT ODER SONSTIGES BERSCHREITET IN KEINEM FALL DEN BETRAG DER F R DIESES PRODUKT AN ILLUMINA GEZAHLT WURDE IV Teile Nr 15027617 Rev ODEU 7 Einschr nkungen der von Illumina gew hrten Garantien SOWEIT DIES GESETZLICH ZUL SSIG IST UND VORBEHALTLICH DER HIERIN AUSDR CKLICH GEW HRTEN PRODUKTGARANTIE GIBT ILLUMINA KEINERLEI AUSDR CKLICHE STILLSCHWEIGENDE ODER GESETZLICH VORGESCHRIEBENE GEW HRLEISTUNG IN BEZUG AUF DIESES PRODUKT UND SCHLIESST EINE HAFTUNG DIESBEZ GLICH EXPLIZIT AUS DIES GILT INSBESONDERE F R DIE STILLSCHWEIGENDE GEW HRLEISTUNG DER M
46. Lesefehlern hinzugef gt e Zur Fehlerbehebung bei der Laufleistung verwendete Dateien und Ordner aufgelistet XIV Teile Nr 15027617 Rev ODEU Teile Nr berarbeitete Datum Fassung 15027617_DEU B Dezember 2011 15027617 A September 2011 MiSeq System Benutzerhandbuch Beschreibung der nderung Software Beschreibungen auf MCS v1 1 aktualisiert Informationen zum Virenschutz hinzugef gt Folgende Informationen wurden aktualisiert e Anweisungen zum Beheben eines RFID Fehlers e Vorbereiten von Bibliotheken Ge ndert in 0 2 N NaOH e Namenskonvention des Laufordners e Erforderlicher Speicherplatz und Speicherkapazit t e Schritte zur Laufkonfiguration Weitere Informationen zu Konfigurieren des Probenblatts hinzugef gt e Schritte zur Laufkonfiguration Hinweis zum Entsorgen des verbleibenden PR2 hinzugef gt e Analysedauer Hinzugef gt wann die Analysedauer mehr als zwei Stunden betr gt e Eingabeanforderungen der Analyse Manifestdateien f r TruSeq Custom Amplicon Bibliotheken als erforderlich aufgelistet e Gr e des HT1 R hrchens unter Inhalt des MiSeq Reagenzien Kits korrigiert e Com Referenzen in Mylllumina ge ndert Nur in Englisch verf gbar Erste Version SUOISIUSUOISISA XVI Teile Nr 15027617 Rev O DEU Inhaltsverzeichnis Versionshistorie uunnnnenaassennnnnnnnnnssesnnnnnnnnnneeennen nennen IX Inhaltsverzeichnis 2 00ccenueaesseneennnnnannnnnnn
47. MAGAATGAIAACAGTAACACAGTICTG IMACOTTRAGATTACTIGATCCACTGAT ICAACOTACCGIAMAGA TACTIGATO TTAAGAGCTACC GATAACAGTAACACACTICTGTTAACCTTAAGA a A CCGTAACGAACGTATCAATTGAGACTAJ CACACTTCTGT ACCATTAAGAGCTACCGTGCAACAGTAACACACTTCTGTTAACCTTAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAA JAAAGAATGATAA CATAACAGTRACACACT TETSTIAAGET TANGATTACT TEATSOAGT GATTCAACGTACEGTAAGGAACGTATCAATTGASACTEE ACTGATTCAACC GTACCGTAACGAACGTATCATTAAGATTACTIGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTA CAATTGAGACTAAATATTAA CTGTTAACCTT STTGATCCACTGATTCAACGTTAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAATTGAGCTTCIGTTAACH HAGCAACGACG SAAAAGAATGATAACAGTAACACACTTCTGTTAACCTTAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAAAGATTACTTGATGH TTAAGAGCTACC NUR F R FORSCHUNGSZWECKE ILLUMINA EIGENTUMSRECHTLICH GESCH TZT Teile Nr 15027617 Rev O DEU Katalognummer SY 410 9001DOC September 2014 A L Dieses Dokument und dessen Inhalt sind Eigentum von Illumina Inc und verbundenen Unternehmen Illumina und ausschlie lich f r den bestimmungsgem en Gebrauch durch den Kunden in Verbindung mit dem Gebrauch des hier beschriebenen Produkts der hier beschriebenen Produkte und f r keinen anderen Bestimmungszweck ausgelegt Dieses Dokument und dessen Inhalt d rfen ohne schriftliches Einverst ndnis von Illumina nicht verwendet und zu keinem anderen Zweck verteilt bzw anderweitig bermittelt offengelegt oder auf irgendeine Weise reproduziert werden Illumina bertr gt mit diesem Dokument keine Lizenzen
48. NJYOANG Wartungsverfahren 70 10 11 J ANMERKUNG Stellen Sie sicher dass Sie das MiSeq R hrchen mit Natriumhypochlorit nur in Position 17 platzieren Wenn Sie das R hrchen an einer anderen Position einsetzen schl gt die Clusterbildung in den nachfolgenden L ufen ggf fehl und das Fluidiksystem des MiSeq Ger ts wird besch digt Wenn der Lauf beendet ist w hlen Sie Start Wash Waschlauf starten Die Software hebt automatisch die Sipper im Reagenzienk hler an W hlen Sie im Nachwaschlaufbildschirm die Option Perform optional template line wash Optionalen Matrizenleitungswaschlauf durchf hren J ANMERKUNG Wenn Sie den VeriSeq Workflow durchf hren wird die Option Perform optional template line wash Optionalen Matrizenleitungswaschlauf durchf hren automatisch aktiviert Das MCS pr ft nach jedem Lauf welcher Nachwaschlauftyp durchgef hrt wurde Wenn die Option Perform optional template line wash Optionalen Matrizenleitungswaschlauf durchf hren f r den Nachwaschlauf nicht ausgew hlt ist wird im Lauf berpr fungsbildschirm ein entsprechender Hinweis angezeigt wenn Sie den n chsten Sequenzierungslauf starten ffnen Sie die T ren der Reagenzienkammer und des Reagenzienk hlers und schieben Sie die gebrauchte Reagenzienkartusche aus dem Reagenzienk hler Schieben Sie die Waschablage bis zum Anschlag in den Reagenzienk hler und schlie en Sie dann die T r des Reagenzienk hlers Heben Sie den Sippergriff
49. Oktober 2012 Beschreibung der nderung Folgende neue Informationen wurden hinzugef gt e Kit Beschreibungen f r neue MiSeq Reagenzien Kits hinzugef gt MiSeq Reagenzien Nano Kit und MiSeq Reagenzien Mikro Kit e berblick ber Flie zellentypen hinzugef gt e Beschreibung des Analyse Workflows Enrichment hinzugef gt Folgende Informationen wurden aktualisiert e Neue Funktionen in MCS v2 1 Bildschirm Perform Wash Waschlauf durchf hren aktualisiert um eine Nachwaschlaufsoption und einen Befehl zum Anheben der Sipper hinzuzuf gen e Tabelle mit der Versionskompatibilit t aktualisiert um Abh ngigkeiten des Nano und Mikro Kits hinzuzuf gen e Informationen zur Versionskompatibilit t aktualisiert um neue Reagenzien Kits hinzuzuf gen Nur in Englisch verf gbar Folgende Informationen wurden aktualisiert e Anweisungen zur Vorbereitung der PhiX Kontrolle und erwartete Clusterdichte der vorbereiteten PhiX Kontrolle auf 1000 bis 1200 K mm korrigiert e Vermerkt dass das Verfahren zum Denaturieren und Verd nnen von Bibliotheken Vorbereiten der Bibliotheken nicht f r Nextera XT Bibliotheken und TruSeq Amplikon Bibliotheken gilt e Name des Upgrades von MiSeq Erweiterungs Pack in MiSeq Hardware Upgrade ge ndert e MiSeg Reporter Benutzerhandbuch zur Liste Weitere Ressourcen hinzugef gt Teile Nr 15027617 Rev ODEU Teile Nr berarbeitete Fassung 15027617_DEU D MiSeq System Benutzerhandbuc
50. Sequenzieren um mit den Schritten zur Laufkonfiguration zu beginnen Der Bildschirm BaseSpace Options BaseSpace Optionen wird ge ffnet Wenn Sie Sequence Sequenzieren im Begr ungsbildschirm ausw hlen werden mehrere Bildschirme zur Laufkonfiguration in folgender Reihenfolge ge ffnet BaseSpace Options BaseSpace Optionen Load Flow Cell Flie zelle laden Load Reagents Reagenzien laden Review berpr fen und Pre Run Check Vorpr fung Option zum Festlegen von BaseSpace F r den Zugriff auf BaseSpace ben tigen Sie eine Netzwerkverbindung und ein Mylllumina Konto 1 F hren Sie auf dem Bildschirm BaseSpace Options BaseSpace Optionen einen der folgenden Schritte aus a W hlen Sie das Kontrollk stchen Use BaseSpace for storage and analysis BaseSpace zur Speicherung und Analyse verwenden aus Die Analyse wird in BaseSpace durchgef hrt b Deaktivieren Sie das Kontrollk stchen Use BaseSpace for storage and analysis BaseSpace zur Speicherung und Analyse verwenden Die Analyse wird auf dem Ger t durchgef hrt W hlen Sie Next Weiter Der Bildschirm zum Laden der Flie zelle wird angezeigt MiSeq System Benutzerhandbuch A 3 SON HU SINET saula USYYDLUIT Durchf hren eines Laufs Reinigen derFlie zelle Die Fliefszelle ist in Lagerungspuffer in einem Flie zellenbeh lter eingetaucht Die Farbe des Verschlusses des Flie zellenbeh lters gibt den Flie zellentyp
51. T ACCA EE CGAAAAGAATGAT GATAACAGTAA AACCTT TTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAATTGAGACTAAATAT TAACGTACCA e CCGTCTICTGTTAACCTIAAGATIACTT SE E BEE EE EE E SIE x GATTCAACGTTAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTA RER RER SS IE TEST IRRE ER GATTACT TI A SATTE OE AAAI IGAGAOT CORACGACO AAAAGAATGATAACAGTAACACACTTICTGTTAACCT TAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAAAGATTACTTGATCCACTGAT TCAACG TACCGTAACGAA A RL CCATTAAGAGCTACC GAT NACAGTRACA CACTTCTGTTAACCTTAAGATTACTTGATCCACTGATICAACGT TAME GRACOTA ITCAAT TGAGACTAAATATTAACGTACCAT TAAGAGCTA CESTO HON GTTAACCTTAAGATTACTT EEN GATTCAACC A A EE AAATATTAACGTACCATTAAGAGCTACCGTGCAACGACGAAAAGAATGATAACAGTAACACACTTCTGTTAACCTIE SAAAAGAATGATAACAGTAACACACTICTGTTAACCTIAAGATTACTT o TACO e NENNEN GT GE KC E GR TAE ACCAT TAAGAGCTACCGTGCAACAGTAACACACTTCTGTTAACCTTAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTA iT TGAGACTAAATAT TAACGTACCAT TAAGAGCTACCGTGCAACGACGAAAAGAATGAT AH ANNE EFIRAGATTAGLTORTCOACT SAT CARGO TACOS AACGAACGTATCAA EGAGACTAMATA TAACGTACCATIRAGAGO TAOCOTO TIOTA MAACO HAGA TAC E GATOCACIGAS CARO SE TTCAA RAN EE A ACCGTAACGAACGTATCAAT TGAGCTTCTGTTAACCTIAAGATTACTT See CGACG GACTAAATATTAACGTACCATTAAGAGTCTG GATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAATTGAGACTAAATATTAACGTACCATTAAGAGCTACCGTGCAACGAAAAGAATGATAACAGTA STACOSIAACGAACO TALCA TRAGA TAC PIGATCCAC GAN CAACGTACOGTAACOAACGIAT GAAL TGAGACTAMATA IAACGTACOAT TAAGAGO TACOS COAACGACOAMMAGAA ICA RACACIAACACA OTI OTOTTAACOTI SINNER an GATTACTTGATCCACT Kalt ar ET N SEA AACC
52. TTAAGATTACTT leet NEE 3AAAAGAA AACAGTAACACACTICTGTTAACCTIAA ACTIGATC TTCAACGTACCGTAAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAATTGAGACTAAATATTAACGTACCAT TAAGAGCTACC SAIRACAGIRACACACT ICI H AACO IRAGAN TACTA PTGATCOACTGATTCAACGTACUGTAYCRATTGAGAC TAAATAT TMOGTAGCAMAAGAGGTAGOGTOT TOTO TTAACCT IAAGATTACTIGATGA TGA ICAAGA TAGCGT SE Mere E ON E Seel AACGAACGTATCAATTGAGACTAAATATTAACGTACCAT TAAGAGCTA SE CTGTT SE GGATTACTTGATCCACTI REST ACCGTAACGA AAAAGAATGATAACAGTAACACACTTCTGTTAACCTTAAGATT GATCCACTGATTGAACGTACCGTAAAGATTACTTGATCCACTGAT TCAACGTACCGTAACGAACGTATCAATTGAGACTAAATAT TAACGTACCATTAAGAGCTACC GAIRACAGIRACACACT IC TGF AACO TIAAGA TAC TTGATCCAG TOAT FOAACS TACO IAACORAC TA GAAL EE TGT AAC IAAGA TAC TIGAJOOAG ICA TCAAGS TTGAGACTAAATATTAACGTTGTTAA an AAGA RT GATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAA TIGA GACTAAATATTAACGTACCATTAAGAGCTICTGTTAACCTTAAGAT TACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTA TATCAATTGAGA ACTAAATA TT AACGTACTIAACCTIAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTCTICTGTIAACCTTAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAATTGAGACTAACGACGA ACTA TA TAACOTACCAMAAGAGCIACAACOY IRAGALTACIN GATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAAT TGAGACTAAATAT TAACGTACCAT TAAGAGCTACCGTGCAACGACGAAAAGAATGATAACAGTAACACA EE o AMA A eh LE ACCATTAAGAGCTACCGTGCAACTTAACCTTAAGATTACTIGATCC Ee TACCGTAACGANCGTATCAAT GA ACIAAATALIAACGTACCALIAAGAGCTACOGIGCAACGACGAACLICIGLIAACCIIRACA ACT GA SCTACCGTGCAACGAAAATAACCTIAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACTICTGTTAACCTIAAGATTACTIGATCCACIF GAAAAGAATGAI AA
53. TTCAACE GTACCGTAACGAACGTATCATTAAGATTACTIGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAATTGAGACTAAATATTAACGTACCATTAAGAGCTACCGTGCAACGACGAAAAGAATGATAACAGTAACACACTICTGTTAACCTTZ Aue CTGATTCAACGT TAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACG UE OCA GATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAATTGAGACTAGCAACGACG AAAAGAATGATAACAGTAACACACTICTGTTAACCTIAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAAAGA NIE SACACTARA SE GTAACGAACGTATCAAT TGAGACTAAATATTAACGTACCAT TAAGAGCTAC GATAACAGTAACACACT TCTGTTAACCTIAAGATTACTTGATCCACTGATICAACGIACCGTAACGAACGTAICAATTGAGACTAAATATTAACGTA Je GCTACCGTCTICTGTTAACCTIAAGATTACTTGATCCACTGATTCAAC e ANT EE ACCGTAACGAACGTATCAATTGAGACTAAATATTAACGTACCATTAAGAGCTACCGTGCAACGACGAAAAGAATGATAACAGTAACACACTTCTGTTAACCT TZ AAAAGAATGATAACAGTAACACACTICTGTTAACCTIAAGATTACTITGATCCACTGATTCAACGITACCGTAAAGATTACT TGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAAT TGAGACTAAATAT TAACGTACCATTAAGAGCTACCO E ST TEATRO GATAACAGTAACACACTTCTGTTAACCTIAAGATTACT TGATCCACTGATTCAACGIA EE TCAATTGAGACTAAATATTAACGTACCATTAAGAGCTACCGTCTICTGTTAACCTTAAGATTACTIGATCCACTGATTCAACC STTGATCCACTGATTCAACGTIAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAATTGAGCTTCTGTTAACCTTAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAAT TGAGACTAGCAACGACG TE EE Ta AC EE SAA TRATE GTACCGTAACGAACGTATCATTAAGATTACT GATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAATTGAGACTAAATATTAACGTACCAT TAAGAGCTACCG TGCAACGACGAAAAGAATGATAACAGTAACACACTICTGT TAACCTTZ 7 TTGATCCACTGATTCAACGTTAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAATTGAGCTICTGTTAACCTTAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAAC
54. Z NnU39Sg WOA Erste Schritte Richtlinien f r Wasser in Laborqualit t 12 Verwenden Sie bei Ger teverfahren immer Wasser in Laborqualit t Verwenden Sie niemals Leitungswasser oder entionisiertes Wasser Die folgenden Wasserarten sind als Wasser in Laborqualit t geeignet Ilumina PW1 18 Megohm MQ Wasser Milli Q Wasser Super Q Wasser Wasser in Molekularbiologie Qualit t Teile Nr 15027617 Rev O DEU Starten des MiSeq I ANMERKUNG Ilumina empfiehlt das Ger t immer eingeschaltet zu lassen Wenn das Ger t jedoch ausgeschaltet werden muss f hren Sie die Schritte zum Ausschalten durch die unter Ausschalten des Ger ts auf Seite 80 beschrieben sind Warten Sie mindestens 60 Sekunden bevor Sie den Netzschalter wieder in die EIN Position stellen 1 Wenn das MiSeq noch nicht eingeschaltet ist fassen Sie um die rechte Seite des Ger ts herum um den Netzschalter an der Ger ter ckseite zu erreichen Er befindet sich in der unteren Ecke direkt ber dem Netzkabel Abbildung 1 Position des Netzschalters 2 Schalten Sie den Netzschalter ein Der integrierte Computer des Ger ts startet 3 Melden Sie sich mit dem Standard Benutzernamen und dem Standard Kennwort beim Betriebssystem an Benutzername sbsuser Kennwort sbs123 Warten Sie ab bis das Betriebssystem vollst ndig geladen wurde Wenn das System bereit ist wird die MiSeq Control Software MCS gestartet Sie beginnt automatisch mit der Initialisierung des
55. Zyklen Der zus tzliche Zyklus ist f r Phasierungs und Vorphasierungsberechnungen erforderlich Beispiel Bei einem Paired End Lauf mit 300 Zyklen werden zwei Reads mit 301 Zyklen 2 x 301 ausgef hrt sodass sich eine Gesamtanzahl von 602 Zyklen ergibt Am Ende des Laufs werden 2 x 300 Zyklen analysiert Teile Nr 15027617 Rev O DEU Sekundaranalyseoptionen Sie k nnen MiSeq Sequenzierungsdaten mit MiSeq Reporter auf dem Ger tecomputer oder mit BaseSpace auf der Cloud analysieren Wenn Sie den VeriSeq Workflow durchf hren verwenden Sie die BlueFuse Multi Software f r die Analyse BaseSpace und MiSeq Reporter liefern f r jedes erforderliche Genom und f r jede Probe eines Multiprobenlaufs Informationen zum Alignment zu Varianten und zu Contig Assemblierungen berblick ber BaseSpace BaseSpace ist die Cloud Computing Umgebung von Illumina Die Verwendung von BaseSpace zum Speichern und Analysieren Ihrer Laufdaten bietet die folgenden Vorteile Macht die Datenspeicherung und verarbeitung am Standort berfl ssig Erm glicht eine webbasierte Datenverwaltung und analyse Erm glicht den Beginn eines neuen Sequenzierungslaufs w hrend Daten analysiert werden Bietet Tools f r eine weltweite Zusammenarbeit und Datenfreigabe usuondoss eueepunyas Sie k nnen sich bei BaseSpace anmelden wenn Sie den Sequenzierungslauf einrichten Wenn Sie BaseSpace verwenden k nnen Sie Ihren Lauf so einrichten dass Rohdaten des Laufs auch loka
56. asche und entsorgen Sie die verbleibende Waschl sung F llen Sie die Waschlaufkomponenten wie folgt erneut mit frischer Waschl sung a b F llen Sie in jeden Beh lter der Waschablage 6 ml Waschl sung F llen Sie 350 ml Waschl sung in die 500 ml Waschflasche Laden Sie die Waschablage und Waschflasche wie folgt a b C Schieben Sie die Waschablage bis zum Anschlag in den Reagenzienk hler Schlie en Sie die T r des Reagenzienk hlers Laden Sie die Waschflasche und dr cken Sie den Sippergriff langsam nach unten Stellen Sie dabei sicher dass die Sipper in die Waschflasche und in die Abfallflasche eintauchen Schlie en Sie die T r der Reagenzienkammer W hlen Sie Next Weiter Der zweite Waschlauf beginnt Nach dem Waschlauf Wenn der Waschlauf abgeschlossen ist lassen Sie die gebrauchte Flie zelle die Waschablage und die Waschflasche mit der brigen Waschl sung im Ger t TO ANMERKUNG Die Sipper bleiben in der unteren Position was normal ist Lassen Sie die nicht verwendete Waschl sung in der Waschablage und der Waschflasche um das Austrocknen der Sipper und das Eindringen von Luft in das System zu verhindern Teile Nr 15027617 Rev ODEU Software Updates Wenn Ihr System mit einem Netzwerk mit Internetzugang verbunden ist k nnen Sie die Ger tesoftware vom Begr ungsbildschirm aus automatisch aktualisieren Wenn Software Updates verf gbar sind wird die Schaltfl che Update Availa
57. ateien auf dem Computer des Ger ts verschieben hochladen oder l schen Der Bildschirm ist in sechs Registerkarten unterteilt Runs L ufe Sample Sheets Probenbl tter Manifests Manifestdateien Genomes Genome Recipes Rezepturen und Bundle Logs Protokollb ndel Abbildung 5 Bildschirm Manage Files Dateien verwalten Miseg Control Software Manage Files Genomes Recipes Directory Di lliumina MiSeq Control Software SampleSheet Browse o EN E Eperendare nto SAS Amero MiSeq System Benutzerhandbuch 1 9 SJEMYOS bas yy Erste Schritte 20 Optionen im Bildschirm Manage Files Dateien verwalten W hlen Sie auf einer beliebigen Registerkarte des Bildschirms Manage Files Dateien verwalten die Option Browse Durchsuchen um zu den Dateien zu navigieren auf die das Ger t zugreifen kann Registerkarte Funktionen Runs L ufe Delete L schen oder Move Verschieben Sample Sheets Delete L schen Upload Hochladen oder Rename Probenbl tter Umbenennen Manifests Delete L schen oder Upload Hochladen Manifestdateien Genomes Genome Delete L schen oder Upload Hochladen Recipes Rezepturen Delete L schen oder Upload Hochladen Bundle Logs Bundle Logs Protokollb ndel Protokollb nde Delete L schen W hlen Sie das Kontrollk stchen neben der aufgelisteten Datei oder dem aufgelisteten Ordner aus und w hlen Sie anschlie end Delete L schen Die L
58. beiliegen oder die vom Produkt oder in der Packung des Produkts zum Datum des Versands von Illumina referenziert werden Die Dokumentation umfasst dieses Dokument Hardware sind unter dem Markennamen Illumina vertriebene Instrumente Zubeh r und Peripherieger te Illumina steht f r Illumina Inc oder eine Tochtergesellschaft von Ilumina Produkt steht f r das Produkt auf das sich dieses Dokument bezieht z B Hardware Verbrauchsmaterialien oder Software K ufer ist die Person oder juristische Person die dieses Produkt von Illumina oder einem autorisierten Illumina H ndler rechtm ig erworben hat Software ist unter dem Markennamen Illumina vertriebene Software z B Software mit der Hardware betrieben wird Datenanalysesoftware Die gesamte Software wird von Illumina lizenziert aber nicht verkauft Sie unterliegt m glicherweise weiteren in der Endbenutzer Lizenzvereinbarung der Software aufgef hrten Bedingungen Spezifikationen sind schriftliche Spezifikationen von Illumina f r dieses Produkt die zum Zeitpunkt der Produktauslieferung von Illumina wirksam waren 2 Rechte f r die Verwendung nur zu Forschungszwecken Vorbehaltlich dieser Bestimmungen und Bedingungen und sofern nicht anders schriftlich mit einem Mitarbeiter von Illumina vereinbart wird dem K ufer lediglich ein nicht exklusives nicht bertragbares pers nliches nicht als Unterlizenz weitergebbares Recht im Rahmen der Kern
59. ble Update verf gbar im Begr ungsbildschirm angezeigt Anderenfalls ist diese Schaltfl che nicht verf gbar Um ein Software Update zu starten w hlen Sie Update Available Update verf gbar Es wird ein Dialogfeld ge ffnet in dem Sie zur Best tigung des Befehls aufgefordert werden nach dessen Ausf hrung ein Neustart des Ger ts erforderlich ist Die Installation des Updates beginnt nach dem Neustart automatisch Falls Ihr Ger t nicht mit einem Netzwerk mit Internetzugang verbunden ist k nnen Sie die Software manuell aktualisieren sajepdn 2Jemyos Bildschirm Manual Update Manuelles Update Verwenden Sie die Funktion Manual Update Manuelles Update um die Ger testeuerungssoftware und die Analysesoftware von der MiSeq Benutzeroberfl che aus zu aktualisieren indem Sie zum Speicherort der installierbaren Softwaredatei navigieren W hlen Sie Browse Durchsuchen um zu dem Speicherort zu navigieren an dem sich die installierbare Datei f r die neue Softwareversion befindet Wenn der Pfad zur installierbaren Softwaredatei auf dem Bildschirm angezeigt wird w hlen Sie Update Aktualisieren Wenn Ihr Ger t mit einem Netzwerk verbunden ist k nnen Sie die Software automatisch aktualisieren Weitere Informationen hierzu finden Sie unter Software Updates auf Seite 79 MiSeq System Benutzerhandbuch F Q Wartungsverfahren Ausschalten des Ger ts 80 Es empfiehlt sich das Ger t immer eingeschaltet zu lassen W
60. ch MiSeq Reporter Online Hilfe BaseSpace Online Hilfe Beschreibung Bietet Anweisungen f r das Vorbereiten und Laden von anwendungsspezifischen Primern und das Bearbeiten des Probenblatts f r anwendungsspezifische Primer Bietet einen umfassenden berblick ber Analyseverfahren Analyse Workflows und die von der MiSeq Reporter Benutzeroberfl che generierten Ausgabedateien sowie IT Anforderungen Anweisungen f r die Installation separat vom Ger t und Informationen zur Fehlerbehebung F r Kunden die den VeriSeq Workflow durchf hren bietet das Referenzhandbuch einen umfassenden berblick ber Analyseverfahren Analyse Workflows und von BlueFuse Multi generierte Dateien sowie IT Anforderungen und Informationen zur Fehlerbehebung Enth lt Anweisungen zur Verwendung der MiSeq Reporter Software Enth lt Anweisungen zur Verwendung von BaseSpace sowie Beschreibungen zu den Diagrammen der einzelnen Analyse Workflows Auf der MiSeq System Supportseite der Illumina Website k nnen Sie auf Dokumentation Software Downloads Online Schulungen und h ufig gestellte Fragen zugreifen Teile Nr 15027617 Rev ODEU Komponenten Das MiSeq System hat die folgenden u eren Komponenten A Flie zellenkammer Enth lt den Flie zellentisch auf dem sich die Flie zellen w hrend des Laufs befinden Der Flie zellentisch wird durch Motoren gesteuert die den Tisch f r das Laden der Flie zelle aus dem gekapselten Optikmo
61. ch der Generierung der Matrize bietet der SAV von der Echtzeitanalyse RTA generierte Kennzahlen und organisiert die Kennzahlen in Darstellungen Diagrammen und Tabellen a ANMERKUNG Der SAV ist f r Ilumina Sequenziersysteme von denen die meisten eine Flie zelle mit acht Lanes verwenden gleich Einige Ansichten enthalten Dropdown Listen mit den Lanes 1 bis 8 Die MiSeq Flie zelle ist eine Flie zelle mit einer Lane sodass Ihre Daten sowohl bei der Auswahl von All Alle als auch von Lane 1 angezeigt werden Weitere Informationen finden Sie im Sequenzierungsanalyse Viewer Benutzerhandbuch Teile Nr 15020619 Laufzeit Die Dauer des Laufs h ngt von der Anzahl der Zyklen ab die Sie durchf hren In MCS v2 3 k nnen Sie f r einen Paired End Lauf bis zu 2 x 301 Sequenzierungszyklen einschlie lich Index Reads durchf hren Die Laufdauer h ngt au erdem davon ab welche MiSeq Reagenzien Version Sie verwenden und ob Upgrades zur Leistungsverbesserung auf Ihrem Ger tecomputer durchgef hrt wurden Die erwartete Laufdauer und andere Spezifikationen finden Sie auf der Seite Specifications Spezifikationen f r das MiSeq System auf der Illumina Website www illumina com systems miseq performance_specifications ilmn MiSeq System Benutzerhandbuch P T SJEMYOS PISIN Erste Schritte 28 Anzahl der Zyklen in einem Read Die Anzahl der in einem Read ausgef hrten Zyklen ist um einen Zyklus h her als die Anzahl der analysierten
62. chlie end Next Weiter 3 W hlen Sie Next Weiter Der Bildschirm Pre Run Check Vorpr fung wird ge ffnet ndern von Ordnern In der linken unteren Ecke des berpr fungsbildschirms werden die aktuellen Ordnerspeicherorte f r Rezepturen Probenbl tter Manifeste und Ausgabeordner aufgelistet W hlen Sie zum ndern der Speicherorte von Ordnern Change Folders Ordner ndern und navigieren Sie zum gew nschten Speicherort Mit dieser Option im berpr fungsbildschirm werden nur die Ordnerspeicherorte f r den aktuellen Lauf ge ndert berpr fen der Vorpr fung Bevor der Lauf gestartet wird f hrt das System eine Pr fung aller Laufkomponenten des Speicherplatzes und der Netzwerkverbindungen durch Wenn bei der Vorpr fung ein Fehler festgestellt wird wird auf dem Bildschirm eine Meldung mit Anweisungen zur Fehlerbehebung angezeigt Weitere Informationen hierzu finden Sie unter Beheben von Laufkonfigurationsfehlern auf Seite 93 Wenn bei der Vorpr fung keine Fehler festgestellt werden w hlen Sie die Option Start Run Lauf starten MiSeq System Benutzerhandbuch 5 3 sjne7 sap usyeIs Durchf hren eines Laufs 94 Wichtige Hinweise vor dem Starten des Laufs Y Y WARNUNG Das MiSeq System ist empfindlich gegen ber Ersch tterungen Eine Ber hrung des Ger tes nach dem Start eines Laufs k nnte sich nachteilig auf die Sequenzierungsergebnisse auswirken Nachdem Sie Start Run Lauf starten ausgew hlt
63. dard G Mikro oder D Nano Beispiel ADE61 PR2 Flasche Unter dem Barcode auf dem Etikett der PR2 Flasche Beispiel MS0011881 PR2 Reagenzienkartusche Unter dem Barcode auf dem Etikett der Reagenzienkartusche Beispiel MS0010744 300 Wenn Sie einen Bypass Code f r die Reagenzienkartusche eingeben geben Sie die Versionsnummer des Kits ein W hlen Sie Enter Reagent Kit Barcode Barcode des Reagenzien Kits eingeben um die Barcodenummer der Reagenzienkartusche und die Versionsnummer des Kits manuell einzugeben a ACHTUNG Wenn eine falsche Versionsnummer f r das Reagenzien Kit eingegeben wird kann sich dies negativ auf die Sequenzierungsdaten auswirken W hlen Sie die Eingabetaste Teile Nr 15027617 Rev O DEU FehlerbehebungbeirFlie ratenfehlern Die Flie rate ist die Geschwindigkeit mit der Fl ssigkeiten durch das Fluidiksystem ul min flie en Sie wird vor jedem Lauf w hrend der Vorpr fung gemessen Wenn das System die Flie rate nicht messen kann werden Sie aufgefordert ein Reagenzienvolumen PR2 durch das System zu pumpen bevor Sie die Flie rate erneut pr fen 1 Geben Sie die folgenden Informationen mithilfe der Dropdown Liste oder der auf dem Bildschirm angezeigten Tastatur ein Solution L sung PR2 Volume Volumen 250 ul Aspirate Rate Aspirationsrate 2500 ul min Dispense Rate Zufuhrrate 2500 ul min 2 W hlen Sie Pump Pumpe Abbildung 34 Messen der Flie rate Unable to Measur
64. den Sippergriff nach unten und stellen Sie dabei sicher dass die Sipper in die Waschflasche und in die Abfallflasche eintauchen 11 Schlie en Sie die T r der Reagenzienkammer 12 W hlen Sie Next Weiter Der Nachwaschlauf beginnt Wenn der Waschlauf abgeschlossen ist lassen Sie die gebrauchte Flie zelle die Waschablage und die Waschflasche mit der brigen Waschl sung im Ger t J ANMERKUNG Die Sipper bleiben in der unteren Position was normal ist Lassen Sie die nicht verwendete Waschl sung in der Waschablage und der Waschflasche um das Austrocknen der Sipper und das Eindringen von Luft in das System zu verhindern Verfahren mit Matrizenleitungswaschlauf Ar ANMERKUNG Zum Durchf hren eines Nachwaschlaufs der einen Matrizenleitungswaschlauf beinhaltet ben tigen Sie MCS v2 5 oder h her Weitere Informationen hierzu finden Sie unter Durchf hren eines Nachwaschlaufs auf Seite 66 1 Bereiten Sie wie folgt eine frische Waschl sung mit Tween 20 und Wasser in Laborqualit t vor a F gen Sie 5 ml 100 Tween 20 zu 45 ml Wasser in Laborqualit t hinzu Diese Volumina ergeben 10 Tween 20 b F gen Sie 25 ml 10 Tween 20 zu 475 ml Wasser in Laborqualit t hinzu Diese Volumina ergeben 0 5 Tween 20 Waschl sung c Invertieren Sie f nf Mal um die L sung zu mischen 2 Bereiten Sie wie folgt eine frische Natriumhypochlorit Waschl sung mit Wasser in Laborqualit t vor 6 5 Teile Nr 15027617 Rev ODEU a F gen 30 ul 6 i
65. dern im Allgemeinen eine Aktion bevor der Lauf fortgesetzt werden kann O ES Wenn eine Bedingungs nderung auftritt ndert sich das Symbol in das zugeh rige Bild und blinkt um Sie aufmerksam zu machen W hlen Sie das Symbol aus um das Statusfenster zu ffnen und eine Beschreibung der Bedingung anzuzeigen W hlen Sie ein beliebiges aufgef hrtes Element aus um eine detaillierte Beschreibung der Bedingung und ggf Anweisungen zum Beheben der Bedingung angezeigt zu bekommen W hlen Sie Acknowledge Best tigen um die Meldung zu akzeptieren und Close Schlie en um das Dialogfeld zu schlie en Sie k nnen die Typen der Meldungen filtern die im Statusfenster angezeigt werden indem Sie die Symbole am oberen Fensterrand ausw hlen Wenn Sie ein Symbol ausw hlen wird die Bedingung angezeigt bzw ausgeblendet Laufkonfigurationsbildschirme Wenn Sie Sequence Sequenzieren im Begr ungsbildschirm ausw hlen werden mehrere Bildschirme zur Laufkonfiguration in folgender Reihenfolge ge ffnet BaseSpace Options BaseSpace Optionen Load Flow Cell Flie zelle laden Load Reagents Reagenzien laden Review berpr fen und Pre Run Check Vorpr fung Weitere Informationen finden Sie unter Einrichten eines Laufs mit MCS auf Seite 43 Teile Nr 15027617 Rev O DEU Bildschirm Manage Files Dateien verwalten Mit den Funktionen im Bildschirm Manage Files Dateien verwalten k nnen Sie D
66. die Waschlaufkomponenten wie folgt mit frischer Waschl sung vor a F llen Sie in jeden Beh lter der Waschablage 6 ml Waschl sung b F llen Sie 350 ml Waschl sung in die 500 ml Waschflasche Laden Sie die Waschablage und die Waschflasche in das Ger t Teile Nr 15027617 Rev ODEU a ffnen Sie die T ren der Reagenzienkammer und des Reagenzienk hlers und schieben Sie die gebrauchte Reagenzienkartusche oder Waschablage aus dem Reagenzienk hler b Schieben Sie die Waschablage bis zum Anschlag in den Reagenzienk hler Schlie en Sie die T r des Reagenzienk hlers c Heben Sie den Sippergriff vor der PR2 Flasche und der Abfallflasche an bis er einrastet und tauschen Sie die PR2 Flasche gegen die Waschflasche aus a ANMERKUNG Entsorgen Sie die PR2 Flasche nach jedem Lauf Verbleibendes PR2 darf nicht wiederverwendet werden d Entfernen Sie die Abfallflasche und entsorgen Sie den Inhalt ordnungsgem Setzen Sie die Abfallflasche wieder in die Reagenzienkammer ein e Dr cken Sie den Sippergriff nach unten und stellen Sie dabei sicher dass die Sipper in die Waschflasche und in die Abfallflasche eintauchen f Schlie en Sie die T r der Reagenzienkammer 4 W hlen Sie Next Weiter Der erste Waschlauf beginnt Durchf hren des zweiten Waschlaufs a ANMERKUNG Verwenden Sie stets f r jeden der Waschschritte eine frische Waschl sung Wenn Waschl sung aus dem vorausgegangenen Waschlauf wiederverwendet wird kann Abfall ern
67. die untere Oberfl che der Flie zelle aufgenommen werden wird eine Grafik mit zwei Spalten angezeigt A Zeigt zwei Platten an nur obere Oberfl che B Zeigt vier Platten an obere und untere Oberfl che Q Score All Cycles O Score aller Zyklen Zeigt den durchschnittlichen Prozentsatz der Basen an deren Qualit ts Score gr er als Q30 ist Ein Qualit ts Score O Score ist eine Prognose ber die Wahrscheinlichkeit eines falschen Base Calls Q Scores werden nach Zyklus 25 berechnet MiSeq System Benutzerhandbuch 5 5 SINE sep ueyosemusan Durchf hren eines Laufs 96 Q Score Wahrscheinlichkeit eines falschen Base Calls Q40 1 aus 10 000 Q30 1 aus 1 000 Q20 1 aus 100 Q10 1 aus 10 Cluster Density K mm Clusterdichte Zeigt die Anzahl an Clustern pro Quadratmillimeter f r den Lauf Clusters Passing Filter Cluster die den Filter passieren Zeigt den Prozentsatz der Cluster an die den Filter passieren basierend auf dem Illumina Reinheitsfilter der die Qualit t misst Diese Daten werden erst nach Zyklus 25 angezeigt A ANMERKUNG Die Reinheit eines Base Calls ist das Verh ltnis der Intensit t des gr ten Signals dividiert durch die Summe der zwei gr ten Signale Reads passieren den Qualit tsfilter nicht wenn es mehr als einen Base Call mit einem Reinheitswert von weniger als 0 6 in den ersten 25 Zyklen gibt Estimated Yield Mb Gesch tzte Menge Zeigt die beabsichtigte Anzahl der Base Calls f r de
68. dul herausfahren und ihn zur ckfahren wenn der Lauf beginnt B Gekapseltes Optikmodul Enth lt optische Komponenten die die Bildgebung der Flie zelle erm glichen C Statusleiste Zeigt den Ger testatus anhand von drei Farben an Blau bedeutet dass die Verarbeitung im Ger t l uft Orange weist darauf hin dass das Ger t berpr ft werden muss und Gr n zeigt an dass das Ger t f r den n chsten Lauf bereit ist D Touchscreen Monitor Erm glicht die Konfiguration und die Laufeinrichtung am Ger t ber die Benutzeroberfl che der Software E Externe USB Anschl sse Erm glichen die bertragung von Dateien und Daten auf den Ger tecomputer ber den Touchscreen Monitor F Reagenzienkammer Enth lt Reagenzien bei geeigneten Temperaturen Waschl sungen und die Abfallflasche Ein magnetischer Riegel sichert die T r der Reagenzienkammer Die MiSeq Benutzeroberfl che f hrt Sie ber den Touchscreen Monitor durch die Schritte f r das Einrichten des Laufs Zum Laden der Laufkomponenten m ssen Sie auf die Reagenzienkammer und die Flie zellenkammer zugreifen k nnen MiSeg System Benutzerhandbuch 5 u3Juauoduoy Erste Schritte FlieBzellenkammer Flie zellentisch T r der Flie zellenkammer Flie zellenriegel Flie zelle Freigabeknopf des Flie zellenriegels moou gt In der Flie zellenkammer sind der Flie zellentisch ein Heizelement und die Fluidikanschl sse f r die Flie zelle untergebracht Der Flie zell
69. durch ein im Wesentlichen gleichwertiges Produkt das nicht von diesen Schadenersatzanspr chen betroffen ist zu ersetzen oder C die R ckgabe des Produkts einzufordern und die Rechte Lizenzen und alle weiteren dem K ufer gegebenen Berechtigungen hinsichtlich dieses Produkts zu entziehen und dem K ufer bei R ckgabe den Restwert wie in den offiziellen Dokumenten des K ufers aufgef hrt des zur ckgegebenen Produkts zu erstatten mit der Einschr nkung dass verbrauchte oder abgelaufene Verbrauchsmaterialien nicht r ckerstattet werden Dieser Abschnitt stellt die gesamte Haftung von Illumina bei jeglicher Vertragsverletzung von Immaterialg terrechten Dritter dar Ausschl sse bei der Schadenersatzverpflichtung von Ilumina Illumina ist nicht verpflichtet den K ufer f r jegliche Anspr che aus Vertragsverletzungen zu verteidigen zu entsch digen oder schadlos zu halten soweit eine solche Vertragsverletzung erfolgt ist durch i die Verwendung dieses Produkts in einer Form oder zu einem Zweck die bzw der nicht Forschungszwecken dient ii die Verwendung dieses Produkts in einer Form die nicht mit seinen Spezifikationen seiner Dokumentation und mit den dem K ufer ausdr cklich gew hrten Rechten bereinstimmt oder die einen Versto gegen diese Bestimmungen und Bedingungen seitens des K ufers darstellt iii die Verwendung dieses Produkts in Verbindung mit anderen Produkten Materialien oder Diensten die nicht von Illumina bereitgestellt
70. e Flow Rate Please check the fluldics and press Restart Check to continue Solution PR2 3 uJa yajua e1ca y 199 BungayaqaJyay Volume 250 Aspirate Rate 2500 Dispense Rate 2500 pUmin Restart Check H L Z 00000 3 Wenn der Pumpschritt abgeschlossen ist w hlen Sie Restart Check Pr fung neu starten 4 Falls der Fehler weiterhin besteht legen Sie ein Pumpvolumen von 500 ul PR2 fest und wiederholen Sie den Prozess Falls der Fehler durch den zweiten Versuch nicht behoben wird wenden Sie sich an den Technischen Support von Illumina MiSeg System Benutzerhandbuch 97 Durchf hren eines Volumentests Verstopfungen in den Fluidikleitungen k nnen zu einer schlechten Reagenzabgabe f hren und sich negativ auf die Sequenzierungsergebnisse auswirken Wenn eine Verstopfung in den Fluidikleitungen vermutet wird f hren Sie einen Volumentest durch Bei einem Volumentest wird der Zustand des Fluidiksystems berpr ft indem das Volumen zwischen zwei Blasen gesch tzt wird die die Sensoren passieren Zur Durchf hrung eines Volumentests m ssen die Waschablage und die Waschflasche mit Wasser in Laborqualit t gef llt und eine gebrauchte Flie zelle eingesetzt werden Befolgen Sie die Anweisungen auf dem Bildschirm um den Test durchzuf hren Fehlerbehebung 1 Stellen Sie sicher dass sich eine gebrauchte Flie zelle im Ger t befindet 2 W hlen Sie im Bildschirm Manage Instrument Ger t verwalten die Option Sy
71. e einen Wartungswaschlauf durch Weitere Informationen hierzu finden Sie unter Durchf hren eines Wartungswaschlaufs auf Seite 72 9 Wiederholen Sie nach Abschluss des Wartungswaschlaufs den Volumentest MiSeq System Benutzerhandbuch 1 01 s sa uaun o y See USAYNJYOANA 0 Messen erwarteter Volumina w hrend des Waschlaufs 2 ab Durch das Messen der erwarteten Volumina w hrend des Waschlaufs wird best tigt dass die Waschfluidik effizient funktioniert 2 1 Bevor Sie mit einem Waschlauf beginnen leeren Sie die Abfallflasche LO 2 Wenn der Waschlauf abgeschlossen ist messen Sie das Waschvolumen in der E Abfallflasche d LL Waschlauftyp Erwartetes Waschvolumen Nachwaschlauf 17 25 ml Nachwaschlauf mit Matrizenleitungswaschlauf 25 5 ml Standbywaschlauf 46 ml Wartungswaschlauf 17 25 ml 1 O 2 Teile Nr 15027617 Rev O DEU Index A Abfallflasche 8 Aktivit tsanzeigen 17 Aktualisieren der Software 79 Analyse Option 29 w hrend der Sequenzierung 31 Analyse Workflow Definition 14 Anhalten eines Laufs 92 Ausschalten des Ger ts 26 80 B BaseSpace Identifikationsdaten 86 Verbindung 17 Begr ungsbildschirm 15 Benutzername 13 BlueFuse 29 Bundle Logs 83 C Clusterbildung 39 CompletedJobInfo xml 31 D Dokumentation 107 Dom nenname 85 86 E E Mail Warnungen 22 Echtzeitanalyse 2 Ergebnisse 58 Laufordner 32 Matrizenbildung 57 Einschalten des Ger ts 13 MiSeq System Benutzerhandbuch F Fehl
72. e nicht benutzt wird Weitere Informationen hierzu finden Sie unter Durchf hren eines Standbywaschlaufs auf Seite 76 Wenn das Ger t in den Leerlauf versetzt wird ist die Durchf hrung eines Wartungswaschlaufs erforderlich bevor ein neuer Sequenzierungslauf gestartet wird Wenn Sie den VeriSeq Workflow durchf hren lesen Sie den Abschnitt Wartungsh ufigkeit beim VeriSeg Workflow auf Seite 63 Dieser enth lt Anweisungen zur Durchf hrung eines Standbywaschlaufs Nachwaschlauf Der Nachwaschlauf ist ein Standardger tewaschlauf der zwischen Sequenzierungsl ufen durchgef hrt wird Wenn Sie einen Nachwaschlauf zu einem anderen Zeitpunkt als direkt nach einem Lauf durchf hren m ssen verwenden Sie den Befehl im Bildschirm Perform Wash Waschlauf durchf hren um die Waschung zu initiieren 6 A Teile Nr 15027617 Rev O DEU Abbildung 23 Bildschirm Perform Wash Waschlauf durchf hren INumina MiSeq Perform Maintenance Wash Perform Standby Wash Pertorm Post Run Wash 44 Back Please select a wash activity The Maintenance Wash should be performed every 30 days for optimal performance Lost performed N A The Standby Wash should be performed whon the instrument will be idle for more than seven days Note If a Standby Wash is performed a maintenance wash must be conducted before sequencing Last performed N A The Post Run Wash is performed after evory sequencing run Last performed 9 19 2012 Raise Si
73. e unter MiSeg Handbuch f r die Reagenzienvorbereitung Teile Nr 15044983 Teile Nr 15027617 Rev ODEU Teile Nr 15027617_DEU 15027617 Uberarbeitete Fassung H MiSeq System Benutzerhandbuch Datum M rz 2013 Januar 2013 Beschreibung der nderung Abschnitt MiSeg Konzepte hinzugef gt in dem der Analyse Workflow die Manifestdatei und das Probenblatt eingef hrt werden Informationen ber die FASTO Dateigenerierung Formate der Manifestdatei Analyse Workflow Details und Probenblattdetails entfernt Weitere Informationen zu diesen Themen finden Sie im MiSeg Reporter Benutzerhandbuch Teile Nr 15028784 oder in der MiSeg Probenblatt Kurzanleitung Teile Nr 15028392 Anweisungen zu Vorbereitung von anwendungsspezifischen Primern entfernt Weitere Informationen finden Sie unter Verwendung anwendungsspezifischer Primer im MiSeq Teile Nr 15041638 Nur in Englisch verf gbar Anweisungen zum Denaturieren und Verd nnen von DNA Bibliotheken und Vorbereiten einer Illumina PhiX Kontrolle entfernt Weitere Informationen hierzu finden Sie unter DNA Bibliotheken f r die Sequenzierung auf dem MiSeg vorbereiten Teile Nr 15039740 Ger tewaschlauf Anweisungen dahingehend aktualisiert dass 25 ml 10 Tween 20 zu 475 ml Wasser in Laborqualit t anstelle von 500 ml Wasser in Laborqualit t hinzugef gt werden SUOISIUSUOISISA Teile Nr berarbeitete Datum Fassung 15027617_DEU F November 2012 15027617 E
74. ease make any needed changes to the Run Options Rin Settings Folder Sertings Emad Notifications Recipe Folder C rrabago lliumina instrumentation DeviTrunk App MCSi bin Deb Sample Sheet Folder D llumina MiSeq Control Software SampleSheets Manifest Folder D llumina MiSeq Control Software Manifests Output Folder D llumina MiSegOutput 44 Cancel Recipes Rezepturen Legt den Standardspeicherort f r Rezepturen fest Rezepturen sind XML Dateien anhand derer die Software den Sequenzierungslauf durchf hrt Eine Rezeptur wird beim Starten des Laufs auf Basis der Parameter erstellt die Sie im Probenblatt angeben Anschlie end wird die Rezeptur in den Ausgabeordner kopiert MiSeg System Benutzerhandbuch 2 3 Erste Schritte 24 Sample Sheets Probenbl tter Legt den Standardspeicherort f r Probenbl tter fest Probenbl tter werden vor der Bibliotheksvorbereitung erstellt und enthalten Parameter f r den Lauf Manifests Manifeste Legt den Standardspeicherort der Manifestdateien fest Manifestdateien sind f r gewisse Bibliothekstypen erforderlich Weitere Informationen hierzu finden Sie in der Dokumentation f r Ihr Probenvorbereitungskit sowie in der Probenblatt Kurzanleitung Teile Nr 15028392 MiSeqOutput Legt den Standardspeicherort der Analyseausgabedateien fest Ilumina empfiehlt den Standard Ausgabeordner in einen Netzwerkspeicherort zu ndern So k nnen Sie Dateien f r die gemeinsame Nutzung freigeben und langfrist
75. ebenenfalls vom Originalhersteller gew hrt Auf schriftliche Anfrage wird Illumina versuchen eine solche Garantieerkl rung an den K ufer weiterzugeben 9 Schadenersatz a Schadenersatz bei Vertragsverletzung durch Illumina Vorbehaltlich dieser Bestimmungen und Bedingungen einschlie lich jedoch nicht beschr nkt auf die Ausschl sse bei der Schadenersatzverpflichtung von Illumina Abschnitt 9 b unten die Bedingungen f r die Schadenersatzverpflichtung Abschnitt 9 d unten wird Illumina i den K ufer gegen Anspr che oder Aktionen Dritter verteidigen entsch digen und schadlos halten die unterstellen dass dieses Produkt wenn es in bereinstimmung mit diesen Bestimmungen und Bedingungen und in bereinstimmung mit der Dokumentation und den Spezifikationen des Produkts zu Forschungszwecken verwendet wird gegen die g ltigen und vollstreckbaren Immaterialg terrechte eines Drittanbieters verst t und ii f r alle Schadensregulierungen rechtskr ftigen Urteile und Kosten aufkommen einschlie lich angemessener Rechtanwaltskosten mit denen der K ufer im Zusammenhang mit solchen Vertragsverletzungen belastet wird Falls dieses Produkt oder ein Teil des Produkts Gegenstand eines Schadenersatzanspruches aufgrund einer Vertragsverletzung wird oder nach Meinung von Illumina werden kann hat Illumina das Recht nach seiner Wahl A dem K ufer das Recht einzur umen das Produkt weiter zu verwenden B dieses Produkt zu ndern oder
76. en Sippergriff langsam an und sehen Sie nach ob sich am Waschflaschen Sipper ein gro er Wassertropfen befindet b Wenn Sie dazu aufgefordert werden senken Sie den Sippergriff langsam so weit in das Wasser ab dass der Tropfen durch die Oberfl chenspannung entfernt wird c Wenn Sie dazu aufgefordert werden heben Sie den Sippergriff langsam an und sehen Sie nach ob sich am Waschflaschen Sipper ein gro er Wassertropfen befindet d Wenn Sie dazu aufgefordert werden dr cken Sie den Sippergriff langsam vollst ndig nach unten und stellen Sie dabei sicher dass die Sipper in die Waschflasche und in die Abfallflasche eintauchen MiSeq System Benutzerhandbuch 9 9 sa uaun o A saul USAYNJYOANA Fehlerbehebung Abbildung 36 Entfernen eines Tropfens vom Sipper Mumina MiSeq Please lift the PR2 sipper Remove any large droplets on the tip by dipping the sipper slightly back into water Surface tension should pull the droplet off v Insert PR2 and waste bottle v Insert Wash Tray v Insert MiSeq Flow Cell Conduct Volume Test x Stop Test PEA DZ 3 00000 8 W hlen Sie Next Weiter Der Volumentest beginnt Wenn der Volumentest beendet ist werden die Ergebnisse auf dem Bildschirm angezeigt Abbildung 37 Ergebnisse des Volumentests mumina MiSeq System Check is complete Results are displayed below Conduct Volume Test sep S 1 DO Teile Nr 15027617 Rev ODEU Wenn der Test nicht erfolgreich war f hren Si
77. en mit Load Samples Proben laden beschrifteten Beh lter abdeckt Verwenden Sie eine saubere 1 ml Pipettenspitze um die Verschlussfolie ber dem mit Load Samples Proben laden beschrifteten Beh lter durchzustechen ANMERKUNG Durchstechen Sie keine anderen Reagenzienpositionen Die anderen Reagenzienpositionen werden automatisch w hrend des Sequenzierungslaufs durchstochen Geben Sie mit der Pipette 600 ul Ihrer vorbereiteten Bibliotheken in den Beh lter Load Samples Proben laden Achten Sie beim Zuf hren der Probe darauf die Verschlussfolie nicht zu ber hren MiSeq System Benutzerhandbuch 41 USYSYIOIHAIISQOJA UOA USPE7 Durchf hren eines Laufs 42 Abbildung 12 Laden der Bibliotheken Fahren Sie mit den Schritten zum Einrichten des Laufs unter Verwendung der MiSeq Control Software MCS Benutzeroberfl che fort Teile Nr 15027617 Rev ODEU Einrichten eines Laufs mit MCS W hlen Sie im Begr ungsbildschirm Manage Instrument Ger t verwalten W hlen Sie im Bildschirm Manage Instrument Ger t verwalten Reboot Neustart um die Systemsoftware neu zu starten Optional Pr fen Sie auf dem Bildschirm Run Options Lauf Optionen die Ordnerspeicherorte f r Rezepturen Probenbl tter Manifeste und den Ordner MiSegqOutput Weitere Informationen hierzu finden Sie unter Bildschirm Run Options Lauf Optionen auf Seite 22 W hlen Sie im Begr ungsbildschirm die Option Sequence
78. enden vom Benutzer bereitzustellenden Verbrauchsmaterialien verf gbar sind bevor Sie einen Lauf starten Verbrauchsmaterial Stock 1 0 N NaOH in Molekularbiologie Qualit t Alkoholtupfer 70 Isopropyl oder Ethanol 70 Einweg Handschuhe ungepudert Labort cher fusselfrei Linsenpapier 4 x 6 Zoll 10 2 x 15 2 cm Mikrozentrifugenr hrchen Natriumhypochlorit Tween 20 Pinzette viereckige Spitze Kunststoff optional Wasser Laborqualit t oder vergleichbar MiSeq System Benutzerhandbuch Anbieter Allgemeiner Laborlieferant VWR Katalognummer 95041 714 Allgemeiner Laborlieferant Allgemeiner Laborlieferant VWR Katalognummer 21905 026 VWR Katalognummer 52846 001 Allgemeiner Laborlieferant Allgemeiner Laborlieferant Sigma Aldrich Katalognummer P7949 McMaster Carr Katalognummer 7003A22 Allgemeiner Laborlieferant Zweck Denaturieren der Probenbibliotheken und der PhiX Kontroll DNA Reinigen des Flie zellenhalters Allgemeine Verwendung Reinigen des Flie zellentischs und der Schutzfolie die den Probenbeh lter abdeckt Reinigen der Flie zelle Denaturieren und Verd nnen der Probenbibliotheken und der PhiX Kontrol DNA Waschen der Matrizenleitung zur Verwendung mit dem VeriSeq Workflow optional f r andere Workflows Waschen des Ger ts Entfernen der Flie zelle aus dem Versandbeh lter Waschen des Ger ts 11 USIELSYEWSUYONEIGJISA aepua 918nz11819q 19
79. enn das Ger t jedoch ausgeschaltet werden muss f hren Sie die folgenden Schritte aus um Windows sicher zu beenden und die Fluidikleitungen vorzubereiten 1 F hren Sie einen Wartungswaschlauf durch Weitere Informationen finden Sie unter Durchf hren eines Wartungswaschlaufs auf Seite 72 2 Entfernen Sie die Abfallflasche und entsorgen Sie den Inhalt ordnungsgem Setzen Sie die Abfallflasche wieder in die Reagenzienkammer ein 3 Schlie en Sie die T r der Reagenzienkammer 4 W hlen Sie im Bildschirm Manage Instrument Ger t verwalten die Option Shut Down Ausschalten Daraufhin wird die Software beendet 5 Schalten Sie den Netzschalter aus a ANMERKUNG Warten Sie jedes Mal wenn Sie das Ger t ausschalten mindestens 60 Sekunden bevor Sie den Netzschalter wieder in die EIN Position bringen Teile Nr 15027617 Rev O DEU Fehlerbehebung Einleitung occ cnc 82 Bundle Logs Protokollb ndel f r die Fehlerbehebung 83 Sottware Elnstellunden 2 32 2 amp serrate NEE REES d 85 Anhalten oder Abbrechen eines Laufs o oocccccccccccccccccccccccccnnncccccccnnnnnnccnccccs 90 Beheben von Laufkonfigurationsfehlern ooooocccccccccccccccccccccnccccccnnnnnccccccnnnnnccnnns 93 Beheben von RFID Lesefehlern 95 Fehlerbehebung bei Flie ratenfehlern 2222ccccccceeeeeeen nennen 97 Durchf hren eines Volumentests 98 Messen erwarteter Volumina w hrend des Waschlaufs 0 2
80. entifikationsdaten f r MiSeq Reporter und BaseSpace werden ebenfalls aktualisiert Abbildung 27 Systemeinstellungen Please enter a DomalniUsername and password with write access for the analysis software O Local System account This account Domain user name HWUSisbsuser Password 53 x Cancel 00000 Teile Nr 15027617 Rev ODEU Bildschirm System Check Systempr fung Der Systempr fungsbildschirm wird in der Regel verwendet um w hrend einer Live Help Sitzung eine Verbindung mit einem Mitarbeiter des Technischen Supports von Illumina herzustellen Die Verwendung dieser Funktion ist w hrend des normalen Betriebs oder f r die Ger tewartung nicht erforderlich Sie k nnen einige Systempr fungsoptionen z B den Volumentest durchf hren bevor Sie sich an den Technischen Support von Illumina wenden Bei einem Volumentest wird der Zustand des Fluidiksystems berpr ft indem das Flie volumen anhand der Blasen die die Sensoren passieren gesch tzt wird Weitere Informationen hierzu finden Sie unter Durchf hren eines Volumentests auf Seite 98 Wenn die Systempr fung beendet ist werden die Testergebnisse auf dem Bildschirm angezeigt W hlen Sie Show Details Details anzeigen um eine Zusammenfassung der Ergebnisse in der Software Benutzeroberfl che anzusehen W hlen Sie Export Results Ergebnisse exportieren um die Ergebnisse in eine CSV Datei auf einem USB Stick zu exportieren Abbildung 28 Systemp
81. entisch h lt die Flie zelle und der Flie zellenriegel sichert und positioniert die Flie zelle Wenn der Flie zellenriegel geschlossen wird positionieren zwei Stifte neben dem Riegelscharnier automatisch die Flie zelle Das Heizelement das sich unter dem Flie zellentisch befindet steuert die f r die Clusterbildung und die Sequenzierung erforderlichen nderungen der Flie zellentemperatur 6 Teile Nr 15027617 Rev ODEU FlieBzelle illumina A Auslassanschluss B Bildgebungsbereich C Einlassanschluss Die MiSeg Flie zelle ist ein Glastr ger f r den Einmalgebrauch auf dem die Clusterbildung und die Sequenzierreaktion stattfinden Reagenzien werden der Flie zelle durch die Einlass ffnung zugef hrt passieren den Bildgebungsbereich der einzelnen Lane und verlassen die Flie zelle durch die Auslass ffnung Abf lle werden beim Verlassen der Flie zelle in die Abfallflasche transportiert Die Proben werden vor dem Einrichten des Laufs in die Reagenzienkartusche geladen und dann automatisch an die Flie zelle weitergeleitet nachdem der Lauf begonnen hat W hrend des Sequenzierungslaufs wird die einzelne Lane in kleinen Bildgebungsbereichen aufgenommen die als Platten bezeichnet werden Alle MiSeg Flie zellen haben eine einzelne Lane die Anzahl der Platten ist jedoch abh ngig vom verwendeten Flie zellentyp unterschiedlich MiSeg System Benutzerhandbuch T u zu uodwoy Erste Schritte Reagenzienkammer
82. erbehebung Bundle Logs 83 Flie rate 97 Fluidik 98 Laufkonfigurationsfehler 94 laufspezifische Dateien f r 82 Protokollb ndel 21 82 RFID 95 Flie rate Fehlerbehebung 97 Flie zelle Buchstabenbezeichner 95 einzelne Lane 27 Plattennummerierung 59 Reinigung 44 berblick 7 Verschlussfarbe 44 Flie zellen T rsensor 17 Flie zellenkammer 5 6 Flie zellenklemme 6 Fluidik Fehlerbehebung 97 98 Waschlauf 72 76 G Genomreferenzen 19 Ger t in den Leerlauf versetzen 76 H Hilfe Live Help 88 Hilfe technisch 107 Initialisierung 94 InterOp Ordner 33 IP Adresse 85 SIUy9ISZISAJLIOMUIIS 103 Stichwortverzeichnis 104 K Kennwort 13 Kennwort ndern 86 Komponenten Flie zelle 7 Flie zellenkammer 5 6 Optikmodul 5 Reagenzienkammer 5 8 Reagenzienkartusche 9 Konfigurieren des Ger ts 26 Kopieren von Dateien und Ordnern 19 L Laden von Reagenzien Kartusche 51 PR2 49 Laufdauer 27 Laufkonfigurationsbildschirme 18 43 Laufoptionen 22 Laufordner Benennen 32 Definition 14 Inhalt 33 Prim ranalysedateien 58 Temp Ausgabe Analyse 32 Verwalten 19 Live Help 88 L schen von Dateien und Ordnern 19 M Manifestdatei auf Ger t kopieren 19 Definition 14 Matrizenbildung 27 57 Matrizenleitungswaschlauf 66 MiSeq Reporter 2 Identifikationsdaten 86 Uberblick 31 MiSeq Self Service 95 N Nachwaschlauf 66 Name des Systemkontos 86 Netzschalter 13 Netzwerkeinstellungen 85 Netzwerkverbindung 94 Ne
83. et wird berpr ft die Software den verf gbaren Speicherplatz Falls nicht gen gend Speicherplatz f r den Lauf vorhanden ist wird eine Software Meldung angezeigt Die Meldung gibt an wie viel Speicherplatz f r den Lauf ben tigt wird und wie viel Speicherplatz freigegeben werden muss damit der Lauf fortgesetzt werden kann Wenn Sie dazu aufgefordert werden Speicherplatz verf gbar zu machen wechseln Sie zum Begr ungsbildschirm und w hlen Sie die Option Manage Files Dateien verwalten W hlen Sie im Bildschirm Manage Files Dateien verwalten die Registerkarte Runs L ufe aus Verschieben oder l schen Sie ltere Laufordner nach Bedarf Weitere Informationen hierzu finden Sie unter Bildschirm Manage Files Dateien verwalten auf Seite 19 Nachdem Sie eine ausreichende Menge an Speicherplatz freigegeben haben w hlen Sie Restart Check Pr fung neu starten zyeidisys eds 1949I 13p J0J13 MiSeq System Benutzerhandbuch 3 5 36 Teile Nr 15027617 Rev ODEU Durchf hren eines Laufs Einleitung 1 2 22 22232 2 3 ae a a A a E 38 MiSeq WorkfloW occceeeeeneeeennnennnnnsnnnnnnnnnnnnnnnnn n La aran 39 Laden von Probebibliotheken ege EE RENE ENEE S AE 41 Einrichten eines Laufs mit MCL 43 Reinigen der Flie zelle oooooooccccccccccccccccccccccccccccnnnnccccccnnnnnnccccnnnnnnnccnnnnnnns 44 Ladender Fli B elle eiis essnee 322 sera hEr hS hied ERSS ENESE 47 Laden von Reagenzien 000000
84. eut in die Fluidikleitungen gelangen 1 Bereiten Sie wie folgt eine frische Waschl sung mit Tween 20 und Wasser in Laborqualit t vor a F gen Sie 5 ml 100 Tween 20 zu 45 ml Wasser in Laborqualit t hinzu Diese Volumina ergeben 10 Tween 20 b F gen Sie 25 ml 10 Tween 20 zu 475 ml Wasser in Laborqualit t hinzu Diese Volumina ergeben 0 5 Tween 20 Waschl sung c Invertieren Sie f nf Mal um die L sung zu mischen 2 Wenn der erste Waschlauf abgeschlossen ist entfernen Sie die Waschablage und die Waschflasche und entsorgen Sie die verbleibende Waschl sung 3 F llen Sie die Waschlaufkomponenten wie folgt erneut mit frischer Waschl sung a F llen Sie in jeden Beh lter der Waschablage 6 ml Waschl sung b F llen Sie 350 ml Waschl sung in die 500 ml Waschflasche MiSeq System Benutzerhandbuch v 3 sinejyo9semsBunyem seula uaeJynjyoalng Wartungsverfahren 74 4 Laden Sie die Waschablage und Waschflasche wie folgt a b C Schieben Sie die Waschablage bis zum Anschlag in den Reagenzienk hler Schlie en Sie die T r des Reagenzienk hlers Laden Sie die Waschflasche und dr cken Sie den Sippergriff langsam nach unten Stellen Sie dabei sicher dass die Sipper in die Waschflasche und in die Abfallflasche eintauchen Schlie en Sie die T r der Reagenzienkammer 5 W hlen Sie Next Weiter Der zweite Waschlauf beginnt Durchf hren des letzten Waschlaufs 1 Bereiten Sie wie folgt eine frische Waschl
85. flasche um das Austrocknen der Sipper und das Eindringen von Luft in das System zu verhindern MiSeq System Benutzerhandbuch 71 SINEJUISEMUDEN Saula USAYNJYOANG Wartungsverfahren Verfahren Durchf hren eines Wartungswaschlaufs F hren Sie alle 30 Tage einen Wartungswaschlauf durch um eine optimale Leistung sicherzustellen Der Wartungswaschlauf umfasst drei Waschlaufschritte bei denen eine Waschl sung aus Wasser in Laborqualit t gemischt mit Tween 20 verwendet wird Der Waschlauf dauert etwa 90 Minuten Vom Benutzer bereitzustellende Verbrauchsmaterialien Tween 20 Sigma Aldrich Katalognummer P7949 Wasser in Laborqualit t Stellen Sie sicher dass sich eine gebrauchte Flie zelle im Ger t befindet W hlen Sie im Begr ungsbildschirm die Option Perform Wash Waschlauf durchf hren W hlen Sie im Bildschirm Perform Wash Waschlauf durchf hren die Option Maintenance Wash Wartungswaschlauf Die Software hebt automatisch die Sipper im Reagenzienk hler an Durchf hren des ersten Waschlaufs 1 Fe Bereiten Sie wie folgt eine frische Waschl sung mit Tween 20 und Wasser in Laborqualit t vor a F gen Sie 5 ml 100 Tween 20 zu 45 ml Wasser in Laborqualit t hinzu Diese Volumina ergeben 10 Tween 20 b F gen Sie 25 ml 10 Tween 20 zu 475 ml Wasser in Laborqualit t hinzu Diese Volumina ergeben 0 5 Tween 20 Waschl sung c Invertieren Sie f nf Mal um die L sung zu mischen Bereiten Sie
86. ges Natriumhypochlorit zu 870 ul Wasser in Laborqualit t hinzu Diese Volumina ergeben eine im Verh ltnis 1 30 verd nnte Natriumhypochloritl sung b Geben Sie in ein von Illumina bereitgestelltes MiSeq R hrchen Teile Nr MS 102 9999 50 ul der 1 30 Natriumhypochloritl sung zu 950 ul Wasser in Laborqualit t a ANMERKUNG Die Verwendung der korrekten Konzentration von Natriumhypochlorit ist sehr wichtig Pr fen Sie den Prozentwert f r Natriumhypochlorit auf dem Produktetikett Wenn die Konzentration zu hoch ist schl gt die Clusterbildung in den nachfolgenden L ufen ggf fehl Falls kein 6 iges Natriumhypochlorit zur Verf gung steht bereiten Sie 1 ml L sung aus 0 01 igem Natriumhypochlorit in Wasser in Laborqualit t vor Ly ANMERKUNG Verwenden Sie Natriumhypochlorit nicht f r Wartungs oder Standbywaschl ufe 3 Bereiten Sie die Waschlaufkomponenten wie folgt mit frischer Waschl sung vor a F llen Sie in jeden Beh lter der Waschablage 6 ml Waschl sung b F llen Sie 350 ml Waschl sung in die 500 ml Waschflasche 4 Stellen Sie das MiSeg R hrchen mit 0 01 iger Natriumhypochlorit Waschl sung in Position 17 der Waschablage bis der Hals des R hrchens b ndig mit der Ablage abschlie t Das R hrchen ersetzt die urspr ngliche Waschl sung aus Tween 20 und Wasser in Laborqualit t in Position 17 Abbildung 24 MiSeq R hrchen in Position 17 der Waschablage MiSeq System Benutzerhandbuch 6 9 SINEJUISEMUDEN Saura USAY
87. h Datum Juli 2012 Beschreibung der nderung Software Beschreibungen auf MCS v2 0 aktualisiert Folgende neue Informationen wurden hinzugef gt e Abschnitt mit dem Titel Neue Funktionen in MCS hinzugef gt um neue Software Funktionen Anderungen in der Benutzeroberfl che und Anderungen am Workflow zu beschreiben e Katalognummer und Beschreibung des MiSeq Reagenzien Kits v2 500 Zyklen hinzugef gt e Abschnitt Versionskompatibilit t und Anforderungen hinzugef gt Beschreibung des MiSeq Erweiterungs Packs hinzugef gt das f r die Flie zellenbildgebung von zwei Oberfl chen in 14 Platten erforderlich ist Beschreibung der Flie zellen Plattennummerierung mit zwei Oberfl chen hinzugef gt e PCR Amplicon Analyse Workflow f r Nextera XT Bibliotheken hinzugef gt e Verwendung von 10 Tween 20 bei Waschverfahren und erwartete Waschvolumina hinzugef gt e Reagenzienkartuschen Version zum Verfahren f r RFID Read Fehler hinzugef gt Folgende Informationen wurden aktualisiert e Reagenzien Akronyme f r IMF CMF und AMX in Reagenziennamen der v2 IMS CMS bzw AMS ge ndert e PhiX Konzentration von 8 pM in 12 5 pM ge ndert e Empfohlene NaOH H chstkonzentration in endg ltiger L sung in 1mM ge ndert e Vermerkt dass ein Wartungswaschlauf erforderlich ist um das Ger t aus dem Standby Modus zu holen und mit den Konfigurationsschritten f r einen nachfolgenden Lauf zu beginnen e Abschnitt Probenblattparame
88. heck Systempr fung auf Seite 87 gt Manual Update Manuelles Update Bietet die M glichkeit zum manuellen Update der Software auf dem Computer des Ger ts Weitere Informationen hierzu finden Sie unter Bildschirm Manual Update Manuelles Update auf Seite 79 gt Reboot Neustart Verwenden Sie diese Option um die Systemsoftware neu zu starten gt Shut Down Ausschalten Verwenden Sie diesen Befehl um die Steuerungssoftware und Windows auf dem Ger tecomputer herunterzufahren Weitere Informationen hierzu finden Sie unter Ausschalten des Ger ts auf Seite 80 Teile Nr 15027617 Rev ODEU Minimize to Windows Auf Windows minimieren Bietet schnellen Zugriff auf das Betriebssystem des Ger ts und die Ordner auf dem Ger tecomputer wenn MCS im Kioskmodus und nicht im Windows Modus ausgef hrt wird Sequenzierungsanalyse Viewer Mit dem Illumina Sequenzierungsanalyse Viewer SAV k nnen Sie Ihren Lauf detaillierter berwachen ohne den Lauf zu st ren Das MiSeq System muss an das Netzwerk angeschlossen sein um die prim ren Analyseergebnisse im SAV anzeigen zu k nnen Der SAV erm glicht Ihnen Kennzahlen w hrend eines Laufs wenn sie generiert werden sowie sp ter nach Abschluss eines Laufs zu pr fen Installieren Sie den SAV auf einem vom MiSeq unabh ngigen Computer mit Zugriff auf dasselbe Netzwerk mit dem das Ger t verbunden ist Wechseln Sie nach dem Start der Software zum Ausgabeordner Ihres Laufs Na
89. ich in diesem Abschnitt angegeben wird im Rahmen der Immaterialg terrechte von Illumina kein Recht bzw keine Lizenz ausdr cklich stillschweigend oder nach dem Estoppel Prinzip gew hrt Der K ufer ist allein daf r verantwortlich herauszufinden ob er s mtliche f r die beabsichtigte Nutzung dieses Produkts erforderlichen Immaterialg terrechte besitzt einschlie lich jedoch nicht beschr nkt auf Rechte von Drittanbietern oder Rechte auf anwendungsspezifische IP Ilumina gibt keine Garantie oder Gew hrleistung daf r dass die beabsichtigte Nutzung durch den K ufer nicht die Immaterialg terrechte eines Dritten oder der anwendungsspezifischen IP verletzt 3 Regulatorisches Dieses Produkt wurde weder durch die United States Food and Drug Administration noch durch eine andere ausl ndische oder einheimische Beh rde f r eine bestimmte beabsichtigte Nutzung sei es Forschung kommerzielle Nutzung Diagnose oder jegliche andere Nutzung genehmigt oder lizenziert Dieses Produkt darf lediglich zu Forschungszwecken eingesetzt werden Der K ufer muss sicherstellen dass er ber alle beh rdlichen Genehmigungen verf gt die f r die beabsichtigte Nutzung dieses Produkts erforderlich sind 4 Unbefugte Verwendung Der K ufer stimmt zu a jegliches Verbrauchsmaterial nur einmal zu verwenden und b nur Illumina Verbrauchsmaterialien Reagenzien mit Illumina Hardware zu verwenden Die Einschr nkungen in a b gelten nicht wenn die Dokumentat
90. ig speichern und Miseq Reporter optional offline ausf hren Weitere Informationen finden Sie unter Laufordner auf Seite 32 Registerkarte Email Notifications E Mail Benachrichtigungen Das MiSeq System kann so konfiguriert werden dass eine E Mail Benachrichtigung versandt wird wenn die Prim ranalyse oder die integrierte Sekund ranalyse abgeschlossen sind oder ein schwerwiegender MiSeq Softwarefehler auftritt Abbildung 8 Registerkarte Email Notifications E Mail Benachrichtigungen Please make any needed changes to the Run Options Run Settings older Settings Email Motificatiana Local SMTP email server address required Sender address required on SMTP server Recipient addresses separate with commas Notify via email when a Primary analysis is complete O On instrument analysis is complete O A critical MiSeq Software error occurs Cancel Return aZ 00000 Local SMTP email server address Adresse des lokalen SMTP E Mail Servers Verwenden Sie die Bildschirmtastatur um die Adresse des lokalen SMTP E Mail Teile Nr 15027617 Rev ODEU Servers einzugeben Fragen Sie bei Bedarf den Administrator Ihres Unternehmens nach dieser Information Sender email address E Mail Adresse des Absenders Verwenden Sie die Bildschirmtastatur um die E Mail Adresse des Absenders einzugeben Sie k nnen Ihre E Mail Adresse oder eine andere E Mail Adresse zum Senden von E Mail Benachrichtigungen angeben Der Dom nen
91. illumina MiSeg System Benutzerhandbuch GE e GATAACAGTAACACAGTTCTGTTAACCTT TTACTTGTTGATCCACTGATTCAAG Un CCGTATCAATTGAGACTAAA TACCATTAAGAGCTACCGTCTT AACCTTAAGATTACT IT GATCCACTGATTCAA CCGT CACTGATTCAACGT ACA Seel E CAACOTACCOT AACGAACGTATCAATTGAGAC ARAYA TACO ACC AAGAGCTACCGTOTTOTGTT Act AAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGT ACT KE GE EE EE EE E See AACCTTAAGATTACTTGATCCACTGATICAACG GTAACGAACGTATCAATTGAGAC Ee TACCGTCTICTGTTAA A GATTACTTGATCCACTGATTCAAC TTGAGACTAAA AAC TEHA CCTTAAGATTACTTGATCCACT SHEMET A CCCTAACGAACGTA CAATIGAGACTAAATATTAACGTACCATE AAGAGCTTCTGTTAACCT TAAGATT ATC CTO TCAACGTACCOTA ATOM TORGAC TAAATATTMADGTACTTAACRTTARGATTAOTTGATOCACTOATTCARGGTACEGTAACHARESTEH E TACI IGATGOAGTGATTOAACGTACCGTAACGAAC een GAC IT TAACGTACCATTAAGAGGTACAACCTTAAGA TTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAAT TGAGACTAAATATTAACGTACCAT TAAGAGCTACCGTGCAACGACGAAAAGAATGATAACAGTAACACA GATAAGA TAA CACAO TTET AA TTAAGA E GATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAATTGAGACTAAATATTAACGTACCATTAAGAGCTACCGTCTICTGTTAACCTTAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACC GE EE o M o a EH SE E ee eer KE SO SS AACGAACGTATC Ce EE S ACGAAAAGAATGAI AAAAGAATGATAACAGTAACACACTTCTGT TAACCTIAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAATTGAGACTAAATATTAACGTACCAT TAAGAGCTACC GATAACAGTAACACACTICTOTIAACOT TRAGA TACTIGATOCACTOA TCAACGTACCGTAACGAACGTATGAAT I GAGACTAAATAT TAACGTACCAT TAAGAGCTACCGTGCAACGACGAAAAGAATGATAACAGTAACACACTTCTGT de E KEE EE GTT MORELO EE E Me ACCG Mere E CTAAATATTAACG
92. immt erh lt er von Illumina nicht die Erlaubnis dieses Produkt zu verwenden und darf dieses Produkt dann nicht einsetzen 1 Definitionen Anwendungsspezifische IP sind Immaterialg terrechte von Illumina die sich nur hinsichtlich bestimmter Bereiche bzw bestimmter Anwendungen auf dieses Produkt und dessen Verwendung beziehen Anwendungsspezifische IP umfasst keine im Besitz von Illumina befindlichen Immaterialg terrechte f r bestimmte Teile oder Funktionen dieses Produkts oder dessen Verwendung die f r alle m glichen Anwendungen und alle m glichen Bereiche der Nutzung dieses Produkts gelten die Kern IP Die anwendungsspezifische IP und die Kern IP sind voneinander getrennte sich nicht berlappende Untergruppen aller Immaterialg terrechte die im Besitz von Illumina sind Beispiele f r anwendungsspezifische IPs sind unter anderem die Immaterialg terrechte von Illumina f r bestimmte diagnostische Methoden f r bestimmte forensische Methoden und f r bestimmte Nukleins ure Biomarker Sequenzen oder Kombinationen aus Biomarkern oder Sequenzen Verbrauchsmaterialien sind Reagenzien und Verbrauchsmaterialien auf die Illumina Markenrechte hat und die von Illumina zur Nutzung mit und zum Verbrauch durch die Verwendung der Hardware vorgesehen sind Dokumentation ist das Benutzerhandbuch f r dieses Produkt einschlie lich jedoch nicht beschr nkt auf Packungsbeilagen und sonstige Dokumentation die diesem Produkt
93. ion oder die Spezifikationen f r dieses Produkt anderslautende Aussagen enth lt Der K ufer stimmt zu dass er auf die folgenden Aktivit ten verzichtet und einen Dritten nicht dazu autorisiert i das Produkt zu disassemblieren zur ckzuentwickeln reverse engineering zu dekompilieren oder zur ckzuassemblieren ii Komponenten dieses Produkts zu trennen zu extrahieren bzw zu isolieren oder dieses Produkt oder Komponenten davon einer Analyse zu unterziehen die nicht ausdr cklich durch die Dokumentation des Produkts autorisiert ist iii den Zugriff auf die Betriebsmethoden dieses Produkts zu erlangen oder diese zu ermitteln oder iv das Produkt einem Dritten zu bertragen eine Unterlizenz der Software oder einer Software von Drittanbietern zu vergeben Der K ufer ist zudem damit einverstanden dass die Inhalte und Methoden des Betriebs dieses Produkts Eigentum von Illumina sind und dass dieses Produkt Gesch ftsgeheimnisse von Illumina enth lt Die Bedingungen und Einschr nkungen dieser Bestimmungen und Bedingungen sind f r Verkaufsbedingungen gedacht und haben daher den Verkauf und die Nutzung dieses Produktes durch den K ufer zum Gegenstand 5 Begrenzte Haftung SOWEIT DIES GESETZLICH ZUL SSIG IST SIND ILLUMINA ODER DEREN LIEFERANTEN IN KEINEM FALL GEGEN BER DEM K UFER ODER DRITTEN F R KOSTEN DER BESCHAFFUNG VON ERSATZPRODUKTEN ODER DIENSTEN ENTGANGENEN GEWINN DATENVERLUST ODER ENTGANGENE GESCH FTE ODER F R INDIREKTE SPEZIE
94. kartuschen Kits Wenn Sie Pause w hlen wird der aktuelle Befehl zu Ende ausgef hrt Anschlie end wird der Lauf unterbrochen und die Flie zelle in einen sicheren Zustand versetzt Um einen Lauf vom Sequenzierungsbildschirm aus zu unterbrechen w hlen Sie Pause Die Schaltfl che ndert sich in Resume Fortsetzen Wenn Sie bereit sind den Lauf fortzusetzen w hlen Sie Resume Fortsetzen 9 O Teile Nr 15027617 Rev ODEU Abbildung 31 Sequenzierungsbildschirm eines unterbrochenen Laufs R61234567 00CDE 2X101PE PhiX v2 6pM Workflow Resequencing 151151 Q Score All Cycles Flow Cell Gm omg 00 Intensity weng eeng Stret Cluster Density Kmen Chiers Passing Filter Estimated Yield MB Q own E zZ 00000 D pn Qane MiSeq System Benutzerhandbuch O1 SINE seula uaSy9aJqqy Japo USYEUUY Fehlerbehebung Anhalten eines Laufs da W hrend des Sequenzierungsvorgangs k nnen Sie mithilfe der Schaltfl che Stop im Sequenzierungsbildschirm einen Lauf anhalten bevor er abgeschlossen ist Sie k nnen einen Lauf beispielsweise anhalten wenn er falsch konfiguriert wurde die Datenqualit t schlecht ist oder ein Hardwarefehler auftritt Wenn ein Lauf angehalten wird wird der aktuelle Befehl nicht zu Ende ausgef hrt und der Flie zellentisch f hrt in die Vorw rtsposition Die Prim ranalyse wird f r den letzten abgeschlossenen Zyklus fortgesetzt Abbildung 32 Anhalten eines Laufs z
95. kollb ndel Dieser Befehl gruppiert Dateien die vom Technischen Support von Illumina zur Fehlerbehebung ben tigt werden und speichert sie in ZIP Dateien Weitere Informationen finden Sie unter Bundle Logs Protokollb ndel f r die Fehlerbehebung auf Seite 83 MiSeq System Benutzerhandbuch 2 1 SJIEMYOS bas y Erste Schritte 22 Bildschirm Run Options Lauf Optionen Der Bildschirm Run Options Lauf Optionen enth lt drei Registerkarten zum Festlegen der Standardeinstellungen f r einen Lauf Run Settings Lauf Einstellungen Folder Settings Ordnereinstellungen und Email Notifications E Mail Benachrichtigungen Abbildung 6 Registerkarte Run Settings Lauf Einstellungen im Bildschirm Run Options Lauf Optionen Please make any needed changes to the Run Options vi Run Settings Aer Settings Post Run Wash Option O Post Run Wash O Maintenance Wash Send instrument health information to Illumina to ald technical support O When using BaseSpace replicate analysis locally on MiSeg 44 Cancel Registerkarte Run Settings Lauf Einstellungen Post Run Wash Option Nachwaschlaufoption Nach jedem Lauf ist ein Ger tewaschlauf erforderlich Die Software erfordert die Durchf hrung eines Waschlaufs bevor ein weiterer Lauf eingerichtet werden kann Sie k nnen festlegen welcher Waschlauftyp standardm ig durchgef hrt wird Ein Nachwaschlauf dauert etwa 30 Minuten
96. l gespeichert werden Weitere Informationen hierzu finden Sie unter Bildschirm Run Options Lauf Optionen auf Seite 22 MiSeq System Benutzerhandbuch 2 Q Erste Schritte 30 Abbildung 10 Bildschirm BaseSpace Option Please select BaseSpace option Use BaseSpace for storage and analysis af raw data from ttus run wall aso be stored on Iis instrument Enter your Mylllumina account Email Password 44 Back Wenn Sie mit Ihrem Sequenzierungslauf beginnen ndert sich das BaseSpace Symbol um anzugeben dass das MiSeq mit BaseSpace verbunden ist und Datendateien an Ihren sicheren Speicherort bertragen werden Datendateien werden w hrend der bertragung verschl sselt w hrend der Analyse entschl sselt und bei der Speicherung erneut verschl sselt Abbildung 11 Symbol f r die Verbindung mit BaseSpace BaseSpace trennt die Verbindung zum MiSeq automatisch am Ende des Laufs oder nachdem alle prim ren Analysedateien hochgeladen wurden Wenn die Internetverbindung unterbrochen wird wird nach der Wiederherstellung der Verbindung das Hochladen der Analysedateien ab dem Punkt wiederaufgenommen an dem die Unterbrechung auftrat Nachdem die letzte Base Call Datei in BaseSpace hochgeladen wurde beginnt die Sekund ranalyse Ihrer Daten In BaseSpace werden dieselben Analyse Workflows unterst tzt wie bei der integrierten Analyse mit MiSeq Reporter Teile Nr 15027617 Rev ODEU Mehrere Genome werden bei der
97. leitung zu MiSeg Ausgabe und Analyseordnern Teile Nr 15034791 6 W hlen Sie Next Weiter 7 Navigieren Sie zu dem Speicherort an dem Sie die ZIP komprimierten B ndeldateien speichern m chten 8 Klicken Sie auf Save Speichern 9 Es wird die Meldung Bundling Files Dateien werden geb ndelt ge ffnet MiSeq System Benutzerhandbuch 3 3 6ungayaq ajya4 op 101 BPUNAIIOYO OAA S607 appung Fehlerbehebung Wenn das B ndeln der Dateien abgeschlossen ist wird erneut die Registerkarte Bundle Logs Protokollb ndel ge ffnet Senden Sie die ZIP Datei mit dem B ndel an den Technischen Support von Illumina Abbildung 25 Registerkarte Bundle Logs Protokollb ndel Manage Files 843 Rem Sample Sheets Menitesto Gemenes Recipes Bundle Logs Directory DlluminalMISegOutput Bundle Logs O Run QC Pies O Thumbnail Images O Run Logs O Maintenance Logs Damm 2 Resgart Barcode wonnos mon R uee O mm AMET AE Reseqvencng 1 0 45 0 Engida O ven AM A1tI Beetaterg 16 0 16 o eosam O men Au7MEET 01 Beseganerg BDO N 0 egm O mmm musson Resegnong 3 p 5 0 mam O wem AANZA DDT Reseavanono 5 0 MB 0 gsm aZ g 00000 ant ast Teile Nr 15027617 Rev O DEU Software Einstellungen Die MCS enth lt mehrere Bildschirme mit Befehlen zur Konfiguration des Systems und zur Verwaltung des Ger ts Bildschirm System Settings Systemeinstellungen Die Systemeinstellungen werden normalerweise
98. n Lauf an gemessen in Megabasen Diese Daten werden erst nach Zyklus 25 angezeigt Wenn der Lauf abgeschlossen ist wird die Schaltfl che Next Weiter angezeigt berpr fen Sie die Ergebnisse im Sequenzierungsbildschirm bevor Sie fortfahren J ANMERKUNG Der Sequenzierungsbildschirm bleibt sichtbar bis Next Weiter ausgew hlt wird Nachdem Sie Next Weiter ausgew hlt haben k nnen Sie nicht mehr zum Sequenzierungsbildschirm zur ckkehren W hlen Sie Next Weiter um den Sequenzierungsbildschirm zu schlie en und mit einem Nachwaschlauf fortzufahren Um den Lauf detaillierter zu berwachen k nnen Sie den Sequenzierungsanalyse Viewer SAV auf einem anderen vom Ger tecomputer unabh ngigen Computer installieren und verwenden Dazu ist eine Netzwerkverbindung erforderlich Wenn Sie mit BaseSpace verbunden sind k nnen Sie den Lauf alternativ ber SAV in BaseSpace berwachen Teile Nr 15027617 Rev O DEU Matrizenbildung Bei der Matrizenbildung werden Clusterpositionen ber die gesamte Flie zellenoberfl che anhand von X und Y Koordinaten definiert Die Echtzeitanalyse RTA verwendet die ersten Zyklen des Sequenzierungslaufs zur Matrizenbildung Nachdem die Matrize mit Clusterpositionen erstellt wurde werden die bei jedem nachfolgenden Zyklus der Bildgebung produzierten Bilder auf Basis der Matrize ausgerichtet Einzelne Clusterintensit ten in allen vier Nukleotid Farbkan len werden extrahiert u
99. name der E Mail Adresse des Absenders und der Adresse des E Mail Servers muss identisch sein Email addresses E Mail Adressen Verwenden Sie die Bildschirmtastatur um die E Mail Adressen aller Benachrichtigungsempf nger einzugeben Trennen Sie die einzelnen E Mail Adressen durch Kommas W hlen Sie Test Testen um eine Test E Mail an die Benachrichtigungsempf nger zu senden Notify via email when Per E Mail benachrichtigen wenn Aktivieren Sie die Kontrollk stchen der Lauf Ereignisse f r die eine Benachrichtigung gesendet werden soll MiSeq System Benutzerhandbuch 2 5 SJEMYOS PISIN Erste Schritte Bildschirm Manage Instrument Ger t verwalten 26 Der Bildschirm Manage Instrument Ger t verwalten enth lt Steuerelemente zum Zugriff auf die Systemeinstellungen zur Durchf hrung von Systempr fungen sowie zur manuellen Aktualisierung der Software und zum Neustarten und Beenden der Ger tesoftware Abbildung 9 Bildschirm Manage Instrument Ger t verwalten Please select an activity gt System Settings Systemeinstellungen Bietet die Option zum ndern der IP Einstellungen des Ger tenamens bzw der Dom ne Weitere Informationen hierzu finden Sie unter Bildschirm System Settings Systemeinstellungen auf Seite 85 System Check Systempr fung Bietet Optionen zum Pr fen des Betriebszustands der Ger tekomponenten Weitere Informationen hierzu finden Sie unter Bildschirm System C
100. nbl tter Sicherheitsdatenbl tter SDS Safety Data Sheets stehen auf der Illumina Website unter support illumina com sds html zur Verf gung Produktdokumentation Die Produktdokumentation steht auf der Illumina Website im PDF Format zum Herunterladen zur Verf gung Gehen Sie zu support illumina com w hlen Sie ein Produkt aus und klicken Sie anschlie end auf Documentation amp Literature MiSeq System Benutzerhandbuch 1 O7 BUNZINISISIUN Syosiuyoa Teile Nr 15027617 Rev O DEU AAAAGAATGATAACAGTAACACACTTCTGTTAACCTTAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAATTGAGACTAAATATTAACGTACCATTAAGAGCTACC GATAACAGTAACACACTTCTGTIAACCT TAAGATTACTIGTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTATCAAT TGAGACTAAATAT TAACGTACCATTAAGAGCTACCGTCTICTGTIAACCTTAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGT ACT OAT e A A TC ee E AA AAAAGAATGATAACAGTAACACACTTCTGTTAACCTIAAGATTACTIGATCCACTGATTCAACGTACCGTAAAGATTACT GATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAATTGAGACTAAATATTAACGTACCAT TAAGAGCTACC SA TRACACTRACACA CTTCTGTIAACCTIAA ee ACCGTAACGAACGTATCAATTGAGACTAAATATTAACGTACCATTAAGAGCTACCGTCTTCTGTTAACCTTAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACG AAAAG GATAACAGTAACACACTICTGTTAACCTIAAGA A Ee Ee CGAAAAGAATGATAACAGTAACACACTICTGT CCATTAAGAGCTACCGTGCAACAGTAACACACTTCTGTTAACCTT IT TACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAATTGAGACTAAATATTAACGTACCAT TAAGAGCTACCGTGCAACGACGAAAAGAATGATAA ATACA TAACACACTTOTOTTAACOTIAAGATTACTICATOCACI GA IOAACCTACOGTAACGAACO E EE Ee EOT AAGATTACIICATCCACTGA
101. nd Base Calls werden auf der Grundlage der normalisierten Clusterintensit ten produziert Laufkennzahlen Laufkennzahlen werden an verschiedenen Punkten eines Laufs auf dem Sequenzierungsbildschirm angezeigt W hrend der Schritte f r die Clusterbildung werden keine Kennzahlen angezeigt Nach Beginn der Sequenzierung werden die folgenden Kennzahlen bei den angegebenen Zyklen angezeigt Kennzahl Kit Zyklus Intensit t MiSeq Reagenzien Kits v3 Zyklus 1 7 MiSeq Reagenzien Kits v2 Zyklus 1 4 MiSeq Reagenzien Kits v1 Zyklus 1 4 Intensit t und Clusterdichte MiSeq Reagenzien Kits v3 Zyklus 8 25 MiSeq Reagenzien Kits v2 Zyklus 5 25 MiSeq Reagenzien Kits v1 Zyklus 5 25 Intensit t Clusterdichte PF MiSeq Reagenzien Kits v3 Zyklus 26 bis Abschluss Menge und Qualit ts Scores MiSeq Reagenzien Kits v2 des Laufs MiSeq Reagenzien Kits v1 Die MiSeq Laufspezifikationen finden Sie auf der Seite Specifications Spezifikationen f r das MiSeg System auf der Illumina Website www illumina com systems miseq performance_specifications ilmn MiSeq System Benutzerhandbuch 5 T SINE sep ueyoemusan Durchf hren eines Laufs Ergebnisse der Prim ranalyse Die Prim ranalyse Ausgabe aus einem Sequenzierungslauf besteht aus mehreren hinsichtlich ihrer Qualit t ausgewerteten Base Call Dateien bcl Dateien die aus den Rohbilddateien generiert werden In der folgenden Tabelle werden die Ordner und Dateien beschrieben die w h
102. ndbywaschlauf Weitere Informationen hierzu finden Sie unter Ger tewaschl ufe auf Seite 64 Manage Files Dateien verwalten Bietet Optionen zum Verschieben L schen und Hochladen von Dateien auf den Ger tecomputer Weitere Informationen hierzu finden Sie unter Bildschirm Manage Files Dateien verwalten auf Seite 19 Run Options Lauf Optionen Bietet Optionen zur Durchf hrung von Nachwaschl ufen sowie zum ndern des Standardspeicherorts der Datenordner und zum Festlegen von Voreinstellungen f r E Mail Benachrichtigungen Weitere Informationen hierzu finden Sie unter Bildschirm Run Options Lauf Optionen auf Seite 22 Manage Instrument Ger t verwalten Bietet Optionen zum Zugriff auf die Systemeinstellungen zur Durchf hrung von Systempr fungen sowie zur manuellen Aktualisierung der Software und zum Ausschalten des Ger ts Weitere Informationen hierzu finden Sie unter Bildschirm Manage Instrument Ger t verwalten auf Seite 26 Updates Available Updates verf gbar Diese Option wird nur dann auf dem Begr ungsbildschirm angezeigt wenn ein Software Update verf gbar ist Teile Nr 15027617 Rev ODEU Das MiSeq System muss mit einem Netzwerk mit Internetzugang verbunden sein damit diese Option aktiviert werden kann Weitere Informationen hierzu finden Sie unter Softiware Updates auf Seite 79 Aktivit tsanzeigen In der unteren rechten Ecke jedes Bildschirms befinden sich mehrere Symbole Jedes Symbol is
103. ndet Die Bilddateien 1101 bis 1104 sind die Platten 1 bis 4 auf der oberen Oberfl che Die Bilddateien 2101 bis 2104 sind die Platten 1 bis 4 auf der unteren Oberfl che Bei Nano Flie zellen erhalten die Bilddateien f r die Platten 1 und 2 auf der oberen Oberfl che die Dateinamen 1101 und 1102 Die Ausgabedateien f r jede Platte befinden sich im Laufordner unter Data Intensities BaseCalls L001 MiSeq System Benutzerhandbuch 5 9 SINE sep Ueyoemusan 60 Teile Nr 15027617 Rev ODEU Wartungsverfahren Einleitung occ ne 62 Ger tewaschl ufe 22cccccceneneesnnnnnnnnnnnnnnnennnnnnnseennnennnneeeneen nn 64 Durchf hren eines Nachwaschlaufs 00222200ccnnnaaesennne nennen een 66 Durchf hren eines Wartungswaschlaufs 72 Durchf hren eines Standbywaschlaufs oooooocccccccccccccccccnnconccccccnnnnncccccnnnnnnccnnns 76 Soltware Upd ltes ee SEENEN 79 Ausschalten des Ger ts ooooooocccccccccccccccccccoccccccccnonocccccnnnnnnccccncnnnnncccnccnnnnos 80 if m Maaret Tarn MiSeq System Benutzerhandbuch 61 e eydey Wartungsverfahren Einleitung F hren Sie nach Abschluss eines Sequenzierungslaufs immer einen Ger tewaschlauf durch Durch regelm ige Ger tewaschl ufe wird die kontinuierliche Leistungsf higkeit des Ger ts wie folgt sichergestellt Ggf vorhandene Reagenzienreste werden aus den Fluidikleitungen und Sippern gesp lt Eine Ansammlung und Kristallisation v
104. nersatzrechten gegebenenfalls an den K ufer weiterzugeben MiSeq System Benutzerhandbuch VI Teile Nr 15027617 Rev ODEU Versionshistorie Teile Nr berarbeitete Datum Fassung 15027617_DEU O September 2014 15027617 N Juni 2014 15027617_DEU M Januar 2014 MiSeq System Benutzerhandbuch Beschreibung der nderung Folgende Informationen wurden aktualisiert e Neue Funktionen in MCS v2 5 Nachwaschlaufoption aktualisiert um einen Matrizenleitungswaschlauf aufzunehmen e Natriumhypochlorit f r Matrizenleitungswaschl ufe wurde zu den Anweisungen f r Nachwaschl ufe hinzugef gt e Erwartetes Waschvolumen f r Nachwaschl ufe wurde hinzugef gt Informationen zum VeriSeq Workflow bez glich zus tzlicher Ressourcen Laufoptionen Sekund ranalyseoptionen Ger tewaschl ufe und Farbe des Verschlusses des Flie zellenbeh lters wurden hinzugef gt Nur in Englisch verf gbar Informationen zum VeriSeq Workflow wurden hinzugef gt Informationen zu den Laufkennzahlen f r Clusterbildung und Dichte wurden aktualisiert Informationen zur Virenschutz Software wurden gel scht Weitere Informationen hierzu finden Sie unter MiSeg System Handbuch zur Standortvorbereitung nderung aktualisiert die in MCS v2 4 eingef hrt wurde Bundle Logs Funktion zum Senden von Fehlerbehebungsdateien wurde neu hinzugef gt Teile Nr berarbeitete Datum Fassung 15027617 L Oktober 2013 15027617_DEU K August 2013 15027617 J
105. nnnnnnenseeeenenn xvii Kapitel 1 Erste Schritte nn 1 EINIEITUNG ES seen ee en ae Eee 2 Komponenten nn nn nennen 5 berblick ber das MiSeq Reagenzien Kit 10 Vom Benutzer bereitzustellende Verbrauchsmaterialien 11 Starten des Mie 13 UE 15 Sekund ranalyseoptionen o ooooccccocccccccccccoccccconccccnncnnnnncccnnnccnnnnccno 29 kautordner AAA ee a a ea re ee ee alien 32 Erforderlicher Speicherplatz 00222222oee essen 35 Kapitel2 Durcht benemesauts 37 Einleitung D 38 MiSegq Workflow ccccaeseeenennnnnnsnnnnnnnnnnnnnnnnneeeennnneneenn 39 Laden von Probebibliotheken 22222200neeeeneeennnnnn 41 Einrichten eines Laufs mit MCL 43 Reinigen der Flie zelle 44 Laden der Flie zelle 47 Laden von Reagenzien ccccceeeeeeeneneenneeenenseneeneeeeeeeneneeenn 49 Starten des Laufs o ooocccccccccccccccccccccccccocococccccnnnncnn cnc cnn cnn cnn 53 berwachen des Laufs ooooccccccccccccccccccccccocncccoooononocococcccccccccccccs 55 Kapitel 3 Wartungsverfahren occ occ c ccoo nc ncccccccccno 61 Einleitung ciertas E e EE 62 Ger tewaschl ufe 0ooccceeeeeeeaesnnnnsnenennnnnnnennnnnnnnnnennnnnennnen 64 Durchf hren eines Nachwaschlaufs 66 Durchf hren eines Wartungswaschlaufs 72 Durchf hren eines Standbywaschlaufs
106. on Salz in den Fluidikleitungen und Sippern wird verhindert Eine Kreuzkontaminierung aus dem vorherigen Lauf wird verhindert y ANMERKUNG Wenn Sie den VeriSeq Workflow durchf hren beachten Sie die spezifischen Anweisungen f r VeriSeq zur Wartungsh ufigkeit Weitere Informationen hierzu finden Sie unter Wartungsh ufigkeit beim VeriSeq Workflow auf Seite 63 Wartungsh ufigkeit F hren Sie die folgenden Wartungsverfahren in den empfohlenen Intervallen aus Tabelle 1 Wartung w hrend des normalen Betriebs Aktivit t H ufigkeit Nachwaschlauf Nach jedem Lauf Wartungswaschlauf Monatlich Standbywaschlauf Zur Vorbereitung f r den Leerlaufmodus wenn gt 7 Tage nicht verwendet Ausschalten des Ger ts Nach Bedarf Tabelle 2 Wartung w hrend des Leerlaufmodus 27 Tage nicht verwendet Aktivit t H ufigkeit Standbywaschlauf Monatlich Ausschalten des Ger ts Nach Bedarf 6 2 Teile Nr 15027617 Rev O DEU Wartungsh ufigkeit beim VeriSeq Workflow F hren Sie beim VeriSeq Workflow die folgenden Wartungsverfahren in den empfohlenen Intervallen durch Tabelle 3 Wartung w hrend des normalen Betriebs Aktivit t H ufigkeit Nachwaschlauf Nach jedem Lauf Wartungswaschlauf Monatlich Nachwaschlauf vom Bildschirm Perform Wash Nach dem Leerlaufmodus Waschlauf durchf hren aus gt 3 Tage nicht verwendet Standbywaschlauf Zur Vorbereitung f r den Leerlaufmodus wenn 27 Tage nicht verwendet Ausschalten des Ger
107. ppers Z 00000 ist Hre W hlen Sie Raise Sippers Sipper anheben um die Sipper der Reagenzienkartusche manuell anzuheben sodass die Kartusche aus dem Ger t entfernt werden kann Verwenden Sie diesen Befehl falls der Lauf unerwarteterweise unterbrochen wurde oder w hrend des Laufs ein Fehler aufgetreten ist Unter diesen Bedingungen werden die Sipper nicht automatisch angehoben MiSeq System Benutzerhandbuch 6 5 S NPJYISEMAJEIDL Durchf hren eines Nachwaschlaufs F hren Sie nach jedem Sequenzierungslauf einen Ger tewaschlauf durch Befolgen Sie die Anweisungen der Software zum Laden der Waschlaufkomponenten und f hren Sie den Waschlauf durch Der Nachwaschlauf dauert etwa 20 Minuten Illumina empfiehlt Ihnen den Waschlauf direkt nach Abschluss eines Sequenzierungslaufs durchzuf hren Um einen weiteren Lauf einrichten zu k nnen muss zun chst ein Ger tewaschlauf durchgef hrt werden a ANMERKUNG Lassen Sie die gebrauchte Flie zelle im Ger t F r einen Ger tewaschlauf muss sich eine Flie zelle im Ger t befinden Wartungsverfahren Kunden die MCS v2 5 oder h her verwenden k nnen Nachwaschl ufe w hlen die einen Matrizenleitungswaschlauf enthalten Diese Option ist im Bildschirm f r den Nachwaschlauf verf gbar Ein Nachwaschlauf mit Matrizenleitungswaschlauf wird bei der Durchf hrung des VeriSeq Workflows oder anderer hochempfindlicher Anwendungen z B dem somatischen Varianten Calling empfohlen F r
108. r fungsoptionen O Please select the system check options to perform O Select All Motion System Opties Other B Y Stage Test a LED Power Test E Prime Reagent unes O M3 Mirror Test EI TIPTR Test O Conduet Volume Test O Z Stage Test O Autotocus Test O Thermal Ramp Test O opene a MiSeq System Benutzerhandbuch 87 USBUNILSISUIF SIEMYOS Fehlerbehebung Live Hilfe 88 Das MiSeq System muss mit einem Netzwerk mit Internetzugang verbunden sein um Live Help zu aktivieren Die Funktion Live Help Live Hilfe ist ein Online Unterst tzungs Tool das einem Mitarbeiter des technischen Kundendienstes von Illumina erm glicht mit Ihrer Erlaubnis den MiSeq Bildschirm anzuzeigen und das Ger t zu steuern Sie haben die bergeordnete Steuerung inne und k nnen die Bildschirmfreigabe Sitzung jederzeit beenden Greifen Sie ber das Hilfesymbol auf dem Begr ungsbildschirm auf Live Help zu Abbildung 29 Hilfemen LIVE HELP ABOUT Zum Aktivieren der Verbindung m ssen Sie einen eindeutigen Zugangscode vom Technischen Support von Ilumina anfordern Wenn Sie den Code erhalten haben geben Sie diesen im Bildschirm Live Help Live Hilfe ein und w hlen Sie anschlie end Next Weiter Teile Nr 15027617 Rev ODEU Abbildung 30 Bildschirm Live Help Live Hilfe Mumina MiSeq Please follow below Instructions to log into MiSeq Live Help Entor the access code provided to you by your Illumina Represen
109. r versandte aktualisierte Hardware mit einer Basis Hard ware Garantie c Gew hrleistungsausschliisse Die vorstehenden Garantien gelten nicht soweit eine Nichtkonformit t bedingt wird durch i Missbrauch falschen Gebrauch Fahrl ssigkeit Unfall unsachgem e Speicherung oder Verwendung die nicht im Einklang mit der Dokumentation oder den Spezifikationen steht ii unsachgem e Handhabung Installation Wartung oder Reparatur sofern sie nicht vom Illumina Personal durchgef hrt wird iii unerlaubte nderungen iv h here Gewalt oder v Verwendung zusammen mit einer nicht vom Illumina bereitgestellten Drittanbieterware es sie denn die Produktdokumentation bzw die Spezifikationen geben ausdr cklich an dass eine solche Drittanbieterware mit dem Produkt verwendet werden kann d Verfahren f r Abdeckung durch Garantie Um im Rahmen dieser Garantie Anspruch auf Reparatur oder Ersatz zu haben muss der K ufer i die Support Abteilung von Illumina sofort kontaktieren um die Nichtkonformit t mitzuteilen ii mit Illumina zusammenarbeiten um die Nichtkonformit t zu best tigen bzw zu diagnostizieren und iii das Produkt zur ckgeben wobei die Transportkosten entsprechend der Anweisungen an Illumina zu zahlen sind oder wenn sich Illumina und der K ufer einverstanden erkl ren dem autorisierten Reparaturpersonal von MiSeq System Benutzerhandbuch V Illumina Zugriff auf dieses Produkt gew hren damit die Nichtkonformit t best
110. rend der Prim ranalyse von der Echtzeitanalyse RTA generiert werden Viele dieser Dateien werden von der MiSeq Reporter Software f r die Sekund ranalyse verwendet Schl sseldatei RTAComplete txt SampleSheet csv Runlnfo xml bcl Dateien stats Dateien filter Dateien bt cif Dateien locs Dateien jpg Dateien 08 Unterordner Stammordner Stammordner Stammordner Data Intensities BaseCalls L001 CX X Data Intensities BaseCalls LOO1 CX X Data Intensities BaseCalls Data RTALogs Data Intensities L001 CX X Data Intensities BaseCalls L001 Thumbnail_Images1 LOO1 CX X Beschreibung Eine Markerdatei die generiert wird wenn die Base Call Analyse abgeschlossen ist Das Vorhandensein dieser Datei l st den Start der Sekund ranalyse aus Diese Datei wird vor dem Lauf gelesen und in den Laufordner kopiert und sp ter f r die Sekund ranalyse verwendet Gibt die Grenzen der Reads einschlie lich Index Reads und die f r den Lauf ausgew hlte Qualit tstabelle an Jede bcl Datei enth lt die Base Calling und Base Qualit tsbewertungs Ergebnisse der RTA f r einen Zyklus und eine Platte stats Dateien enthalten die Base Calling Statistik der RTA f r einen bestimmten Zyklus Platte filter Dateien enthalten Filterergebnisse pro Platte Protokolldateien aus der Prim ranalyse Jede bin re cif Datei enth lt die Bildanalyse Ergebnisse der RTA f r einen Z
111. rkflow Analyse lokal replizieren 22 Flie zelle 44 Sekund ranalyse 29 Wartungsh ufigkeit 63 Verschieben von Dateien und Ordnern 19 Volumentest 98 MiSeq System Benutzerhandbuch Vom Benutzer bereitzustellende Verbrauchsmaterialien 11 Wartungswaschlauf 64 72 Waschl ufe erwartete Volumina 102 f r das Ausschalten vorbereiten 80 f r den Leerlauf vorbereiten 76 Nachwaschlauf 66 Nachwaschlauf Einstellungen 22 Standby 64 76 Vorteile 62 Wartung 64 72 Waschlaufvolumina 102 Windows Minimieren auf 26 Workflow 39 Laufdauer 27 Z Zyklen in einem Read 28 105 SIUy9ISZISAJLIOMUIIS Stichwortverzeichnis 106 Teile Nr 15027617 Rev ODEU Technische Unterst tzung Wenn Sie technische Unterst tzung ben tigen wenden Sie sich bitte an den technischen Support von Illumina Tabelle 5 Allgemeine Kontaktinformationen f r Illumina Adresse 5200 Illumina Way San Diego CA 92122 USA Website www illumina com E Mail techsupport illumina com Tabelle 6 Telefonnummern des Illumina Kundendiensts Region Telefonnummer Region Telefonnummer Nordamerika 1 800 809 4566 Italien 800 874909 Belgien 0800 81102 Niederlande 0800 0223859 D nemark 80882346 Norwegen 800 16836 Deutschland 0800 180 8994 sterreich 0800 296575 Finnland 0800 918363 Schweden 020790181 Frankreich 0800 911850 Schweiz 0800 563118 Gro britannien 0800 917 0041 Spanien 900 812168 Irland 1 800 812949 Andere L nder 44 1799 534000 Materialsicherheitsdate
112. s Protokollb ndel ist eine Funktion die Kunden hilft Dateien zu gruppieren und in ZIP Dateien zu speichern um sie zur Fehlerbehebung an den technischen Support von Illumina zu senden Registerkarte Bundle Logs Protokollb ndel Verwenden Sie die Registerkarte Bundle Logs Bundle Logs im Bildschirm Manage Files Dateien verwalten um eine Gruppe von Dateien ein so genanntes bundle B ndel auszuw hlen Das B ndel wird automatisch in einer ZIP Datei gespeichert a ANMERKUNG Die Funktion Bundle Logs Protokollb ndel gruppiert die Dateien eines Laufs in einem B ndeltyp Wiederholen Sie den Bundle Logs Vorgang f r jeden Lauf und B ndeltyp den der Technische Support von Illumina anfordert 1 W hlen Sie im Bildschirm Manage Files Dateien verwalten die Registerkarte Bundle Logs Protokollb ndel aus 2 W hlen Sie Browse Durchsuchen um zum Speicherort des MiSeqOutput Ordners zu navigieren 3 Klicken Sie in das blaue Feld neben dem Lauf und in den blauen Kreis neben dem B ndeltyp der vom Technischen Support von Illumina angefordert wurde 4 W hlen Sie Bundle Logs Protokollb ndel 5 Der Bildschirm Bundle Files Dateien b ndeln wird ge ffnet Er enth lt Informationen ber das B ndel darunter eine Liste der einzelnen Dateien im B ndel Weitere Informationen zu den einzelnen Ordnern und Dateien der Funktion Bundle Logs Protokollb ndel finden Sie in der Kurzan
113. sche leer ist Anschlie end laden Sie die Reagenzienkartusche ANMERKUNG Verwenden Sie stets die Reagenzienkartusche die dem Flie zellentyp zugeordnet ist den Sie geladen haben Wenn die Reagenzienkartusche nicht kompatibel ist wird auf dem Bildschirm eine Meldung angezeigt W hlen Sie Back Zur ck um die richtige Reagenzienkartusche zu laden oder Exit Beenden um zum Begr ungsbildschirm zur ckzukehren Laden der PR2 Flasche und Pr fen der Abfallflasche 1 Nehmen Sie die Flasche mit PR2 aus dem Lagerort mit einer Temperatur von 2 bis 8 C heraus Invertieren Sie die PR2 Flasche vorsichtig um sie zu mischen und entfernen Sie anschlie end den Deckel 2 ffnen Sie die T r der Reagenzienkammer 3 Heben Sie den Sipper Griff an bis er einrastet 4 Platzieren Sie die PR2 Flasche in der Aussparung auf der rechten Seite des Reagenzienk hlers MiSeg System Benutzerhandbuch A 9 usizuabesay uo u pe7 Durchf hren eines Laufs Abbildung 20 Laden der PR2 Flasche 5 Stellen Sie sicher dass die Abfallflasche leer ist Falls sie nicht leer ist leeren Sie ihren Inhalt in den entsprechenden Abfallbeh lter aus 6 Senken Sie langsam den Sipper Griff Stellen Sie sicher dass die Sipper in die PR2 und die Abfallflasche eintauchen Abbildung 21 Sipper Griff absenken 7 Pr fen Sie in der unteren linken Ecke des Bildschirms ob die RFID der PR2 Flasche erfolgreich gelesen wurde 5 O Teile Nr 15027617 Rev ODEU
114. snnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnneenennen 35 A Lg ger niad ebe EE e A mane Re mn nu ST Bi A SE A wf TG Behrens MiSeg System Benutzerhandbuch 1 L aydey Erste Schritte Einleitung Das Illumina MiSeq System kombiniert die bew hrte SBS Technologie Sequencing by synthesis Sequenzierung durch Synthese und einen revolution ren Workflow mit dem die analysierten DNA Daten in nur 8 Stunden vorliegen Das MiSeq System vereint Clusterbildung Sequenzierung und Datenanalyse in einem einzigen Ger t Merkmale Volle Automatisierung Nach dem Einrichten Ihres Laufs und dem Laden der vorbef llten Reagenzienkartusche der Pufferflasche und der Flie zelle sind keine weiteren manuellen Aktionen erforderlich Vorbef llte Reagenzienkartusche Eine speziell entwickelte vorbef llte Einweg Reagenzienkartusche liefert die Reagenzien f r die Clusterbildung und die Sequenzierung darunter auch Paired End Sequenzierungs und Indizierungsreagenzien Integriertes RFID Tracking Radio Frequency Identification erm glicht die genaue Nachverfolgung von Verbrauchsmaterialien Steuerelemente Die Benutzeroberfl che der MiSeq Control Software MCS bietet Steuerelemente mit deren Hilfe Sie das Ger t konfigurieren L ufe konfigurieren und berwachen sowie Wartungsverfahren durchf hren k nnen Komfortables Laden von Flie zellen Ein Klemmmechanismus positioniert die Flie zelle beim Laden in das Ger t automatisch Integriertes RFID Tracking
115. stem Check Systempr fung 3 W hlen Sie Conduct Volume Test Volumentest durchf hren und anschlie end Next Weiter Abbildung 35 Bildschirm System Check Systempr fung O Please select the system check options to perform O Select AJl Motion System Optics Other O Y Stage Test O LED Power Test E Prim ne Reagent Leen O Ma Mirror Test O Tipyrin Test Y Conduet Volume Test u Z Stage Test O Autotocus Test O Thermal Ramp Test EI Pa Optics Test al 4 F llen Sie jeden Beh lter der Waschablage mit 6 ml Wasser in Laborqualit t 5 F llen Sie die 500 ml Waschflasche mit 350 ml Wasser in Laborqualit t 9 8 Teile Nr 15027617 Rev O DEU 6 Laden Sie die Waschablage und die Waschflasche in das Ger t a ffnen Sie die T ren der Reagenzienkammer und des Reagenzienk hlers und schieben Sie die Waschablage bis zum Anschlag in den Reagenzienk hler Schlie en Sie die T r des Reagenzienk hlers b Heben Sie den Sippergriff an bis er einrastet und laden Sie die Waschflasche Entfernen Sie die Abfallflasche und entsorgen Sie den Inhalt ordnungsgem Setzen Sie die Abfallflasche wieder in die Reagenzienkammer ein d Dr cken Sie den Sippergriff nach unten und stellen Sie dabei sicher dass die Sipper in die Waschflasche und in die Abfallflasche eintauchen 7 Entfernen Sie gem den Anweisungen auf dem Bildschirm ggf vorhandene Tropfen wie folgt vom Waschflaschen Sipper a Wenn Sie dazu aufgefordert werden heben Sie d
116. t wird automatisch die MiSeq Reporter Analysesoftware gestartet die die Sekund ranalyse d h Alignment und Varianten Calling durchf hrt Sie k nnen die Sekund ranalyse ber eine Internetverbindung von einem anderen Computer aus berwachen Weitere Informationen finden Sie unter berblick ber MiSeg Reporter auf Seite 31 Teile Nr 15027617 Rev O DEU Laden von Probebibliotheken ANMERKUNG Wenn dies f r Ihren Bibliothekstyp erforderlich ist denaturieren und verdiinnen Sie Bibliotheken und geben Sie optional PhiX Kontrolle hinzu Weitere Informationen hierzu finden Sie unter DNA Bibliotheken f r die Sequenzierung auf dem MiSeq vorbereiten Teile Nr 15039740 Dieser Schritt ist nicht bei allen Bibliothekstypen erforderlich Einige Illumina Probenvorbereitungsmethoden f hren zu einer gebrauchsfertigen normalisierten Konzentration aus Pool Bibliotheken Im Probenvorbereitungshandbuch Sample Preparation Guide ist das zur Vorbereitung der Probenbibliotheken verwendete Kit angegeben ANMERKUNG Wenn Sie anwendungsspezifische Primer verwenden bereiten Sie die Primer vor und richten Sie das Probenblatt ein wie unter Anwendungsspezifische Primer im MiSeq verwenden Teile Nr 15041638 beschrieben Wenn die Reagenzienkartusche vollst ndig aufgetaut und gebrauchsfertig ist k nnen Sie die vorbereiteten Bibliotheken in die Kartusche laden 1 Verwenden Sie ein fusselfreies Labortuch um die Schutzfolie zu reinigen die d
117. t eine Aktivit tsanzeige an der Sie erkennen k nnen welche Aktivit t das Ger t gerade ausf hrt Abbildung 3 Aktivit tsanzeigen 00000 Die Aktivit tsanzeigen stehen von links nach rechts f r die folgenden Aktivit ten Bewegen des Y Tisches Bewegen des Z Tisches Aktivieren der Elektronik Funktionalit t Verwenden der Kamera Pumpen durch das Fluidiksystem Sensoranzeigen Vier Sensoranzeigen am unteren Rand des Bildschirms stellen den Status einer Ger tekomponente dar Abbildung 4 Sensoranzeigen Die Sensoranzeigen stehen von links nach rechts f r die folgenden Komponenten T r der Flie zellenkammer in geschlossener oder ge ffneter Position Temperatur des Reagenzienk hlers in C Temperatur der Flie zelle in C BaseSpace Verbindungsstatus Abbildung zeigt unterbrochene Verbindung MiSeq System Benutzerhandbuch 1 y SJEMYOS PISIN Erste Schritte 18 Statussymbole In der oberen rechten Ecke des Begr ungsbildschirms befindet sich ein Statussymbol das Sie ber Anderungen der Bedingungen w hrend der Laufkonfiguration bzw des Laufs informiert Statussymbol Statusname Beschreibung Status OK Keine Anderung Das System funktioniert normal Achtung Wichtige Informationen Aktion erforderlich Warnung Bei einer Warnung wird ein Lauf nicht angehalten Bei einigen Warnungen sind jedoch Ma nahmen erforderlich bevor der Lauf fortgesetzt wird Fehler Fehler stoppen einen Lauf in der Regel und erfor
118. tative in the Access Coda hold below using the keyboard icon and select Next to start the screen sharing session You might be prompled to download a small virus free plug in This plug in will not stay on Ihe instrument and will be removed once the support session is closed When your session has started your Illumina support representative will ask lo take control of your instrument You have overnding control and can end the screen sharing session at any time mn E Instrument ID M99999 Machine Name CONFIG376VMOE x ar Home L Z 00000 MiSeq System Benutzerhandbuch 89 usBun 91SUl3 94EeMPYOS Anhalten oder Abbrechen eines Laufs Das MiSeq System ist darauf ausgelegt einen Lauf von Anfang bis Ende ohne Eingreifen des Benutzers durchzuf hren Es ist jedoch m glich einen Lauf ber den Sequenzierungsbildschirm zu unterbrechen oder anzuhalten Unterbrechen eines Laufs Sie k nnen einen Lauf vor bergehend unterbrechen bevor er abgeschlossen ist Sie k nnen einen Lauf beispielsweise unterbrechen wenn Sie glauben dass die Abfallflasche voll ist Ein unterbrochener Lauf kann fortgesetzt werden Fehlerbehebung a ACHTUNG y Unterbrechen Sie einen Lauf nicht w hrend der Clusterbildung oder innerhalb der ersten acht Zyklen der Sequenzierung Ein Lauf der in dieser Phase unterbrochen wurde kann nicht fortgesetzt werden Im Abschnitt Laufkennzahlen auf Seite 57 finden Sie Informationen zu den Zyklen f r MiSeq Reagenzien
119. ter und Schritt f r die Probenblatt Einrichtung im Workflow entfernt Ilumina empfiehlt das Probenblatt vor der Probenvorbereitung zu erstellen siehe MiSeg Probenblatt Kurzanleitung Teile Nr 15028392 und Illumina Experiment Manager Benutzerhandbuch Teile Nr 15031335 xiii SUOISIUSUOISISA Teile Nr berarbeitete Datum Beschreibung der nderung Fassung 15027617 C April 2012 Nur in Englisch verf gbar Software Beschreibungen auf MCS v1 2 aktualisiert Folgende neue Verfahren und Abschnitte wurden hinzugef gt berblick ber BaseSpace Verwenden anwendungsspezifischer Primer Generieren von FASTO Dateien Fehlerbehebung bei Flie ratenfehlern Durchf hren eines Volumentests Durchf hren eines Wartungswaschlaufs und Ger t in den Leerlauf versetzen einschlie lich eines Standbywaschlaufs Folgende Informationen wurden aktualisiert e Name des Amplicon Workflows in Custom Amplicon ge ndert Name des DenovoAssembly Workflows in Assembly Assemblierung ge ndert GenerateFASTO Workflow hinzugef gt e Beschreibungen von Laufordnern und dateien hinzugef gt Laufordnerbenennung aktualisiert Gr e der Ausgabedatei hinzugef gt e Genomordner f r Amplikon Sequenzierung in Probenblatt Parametern als erforderlich aufgelistet e Anweisungen zum Verd nnen von NaOH zum Denaturieren von Bibliotheken hinzugef gt e MiSeq Self Service Anweisungen zu Beheben von RFID
120. ternetzugang https my illumina com auf und melden Sie sich bei Ihrem Mylllumina Konto an Klicken Sie auf der Seite Mylllumina auf Account Konto Klicken Sie in der Spalte Resources Ressourcen auf MiSeq Self Service Geben Sie auf der Seite MiSeq Self Service unter MiSeq serial number die MiSeq Seriennummer ein W hlen Sie in der Dropdown Liste Type of Override Code Typ des berschreibungscodes die Option RFID Override RFID berschreibung aus Abbildung 33 Seite MiSeq Self Service MylIllumina Account MiSeq Self Service Self Service for MiSeq MiSeq Serial Number Note The MiSeq serial number can be found under the title Instrument Name in the About menu Description of the Issue Type of Override Code cet cone W hlen Sie die Option Get Code Code abrufen um den Code zu generieren Kehren Sie zur MCS Benutzeroberfl che zur ck und w hlen Sie Enter Code Code eingeben MiSeq System Benutzerhandbuch Q 5 UJajyajesa7 Q Jy UOA u q y g Fehlerbehebung 10 11 96 Geben Sie den tempor ren Bypass Code mithilfe der Bildschirmtastatur ein und w hlen Sie anschlie end Next Weiter Geben Sie die Barcodenummer der Flie zelle der PR2 Flasche bzw der Reagenzienkartusche ein Verbrauchsmaterial Position der Barcodenummer Flie zelle Oberhalb des Barcodes auf dem Etikett des Flie zellenbeh lters Flie zellen Barcodenummern beginnen mit A Stan
121. tigt und Reparaturen vorgenommen werden k nnen Alleiniger Anspruch im Rahmen der Garantie Illumina wird das abweichende Produkt entweder reparieren oder ersetzen falls die Garantie f r dieses Produkt gilt Reparierte bzw ersetzte Verbrauchsmaterialien haben eine 30 Tage Garantie Die Hardware wird m glicherweise repariert oder durch funktional gleichwertige berholte oder neue Hardware bzw Komponenten ersetzt falls nur eine Komponente der Hardware abweicht Falls die Hardware insgesamt ersetzt wird betr gt der Gew hrleistungszeitraum f r die ersetzte Hardware 90 Tage ab dem Versanddatum oder er besteht in der verbleibenden Zeit der urspr nglichen Hardware Garantie je nachdem welcher Zeitraum sp ter endet Falls nur eine Komponente repariert oder ersetzt wird betr gt der Gew hrleistungszeitraum f r diese Komponente 90 Tage ab dem Versanddatum oder er besteht in der verbleibenden Zeit der urspr nglichen Hard ware Garantie je nachdem welcher Zeitraum sp ter endet Die vorangehenden Aussagen sind im Rahmen dieser Gew hrleistung die einzigen Anspr che des K ufers und die einzigen Verpflichtungen von Illumina Waren von Drittanbietern und Garantie Illumina hat keine Garantieverpflichtungen in Bezug auf Waren eines Drittanbieters mit denen ein K ufer hierunter beliefert wurde Waren von Drittanbietern sind Waren die mit dem Namen oder der Marke eines Drittanbieters versehen sind Die Garantie f r Waren von Drittanbietern wird geg
122. ustart der Software 26 O Optikmodul 5 Ordnerspeicherorte f r aktuellen Lauf 53 Standardeinstellungen 22 P PGS 44 Plattennummerierung 59 PR2 Laden 49 Probenblatt Andern 52 auf Ger t kopieren 19 Definition 14 in Laufordner 58 nicht gefunden 94 Protokollb ndel 21 82 R Read L nge 27 28 Reagenzien im Kit 10 Laden 49 Reagenzienkammer 5 8 Reagenzienkartusche 9 Reagenzienk hler Temperatur 17 Referenzgenom Dateiformat 14 Rezepturen verwalten 19 RFID Fehlerbehebung 95 PR2 49 Reagenzienkartusche 51 Tracking 2 Richtlinien f r Wasser in Laborqualit t 12 RTAcomplete txt 58 Runlnfo xml 33 58 runParameters xml 33 S Sekund ranalyse 31 Sensoranzeigen 17 Sequenzierung 39 Sequenzierungsanalyse Viewer 27 55 Teile Nr 15027617 Rev ODEU Sequenzierungsbildschirm 55 Sippergriff 8 Software Aktualisieren 79 auf dem Ger t 15 Initialisierung 13 Konfigurieren des Ger ts 26 Laufdauer 27 Pr fen des Speicherplatzes 35 Software aktualisieren 179 Speicherplatz Pr fen 35 wenig Speicherplatz 94 Standbywaschlauf 64 76 status xml 58 Statusalarmsymbol 18 ie 107 Symbole Aktivit tsanzeigen 17 Fehler und Warnungen 18 Sensoren 17 Statusalarm 18 Systemeinstellungen 85 T Technischer Support 107 U berwachen des Laufs 55 U Unterbrechen eines Laufs 90 V Verbrauchsmaterialien vom Benutzer bereitgestellt 11 von Illumina bereitgestellt 10 Wasser in Laborqualit t 12 VeriSeq Wo
123. vor bergehend im Laufordner gespeichert und anschlie end nach Abschluss der RTA Analyse automatisch gel scht MiSeq Reporter F hrt die Sekund ranalyse durch Die MiSeq Reporter Analysesoftware verarbeitet w hrend der Prim ranalyse generierte Base Calls und liefert f r jedes erforderliche Genom Informationen zum Alignment zu Varianten und zu Contig Assemblierungen Die Art der durchgef hrten Analyse wird durch den im Probenblatt angegebenen Analyse Workflow festgelegt Weitere Informationen finden Sie unter berblick ber MiSeg Reporter auf Seite 31 Au erdem ist als optionale Software der Sequenzierungsanalyse Viewer SAV erh ltlich Diese Anwendung wird separat vom Ger t verwendet Weitere Informationen hierzu finden Sie unter Sequenzierungsanalyse Viewer auf Seite 27 Begr ungsbildschirm Nach dem Starten der Software wird der Begr ungsbildschirm in der MCS Benutzeroberfl che ge ffnet MiSeq System Benutzerhandbuch 1 5 SJEMYOS PISIN Erste Schritte 16 Abbildung 2 Begr ungsbildschirm O Welcome to Illumina MiSeq SEQUENCE Sequence Sequenzieren Mit dieser Option werden mehrere Bildschirme zur Laufkonfiguration ge ffnet die Sie durch die Setup Schritte Ihres Laufs f hren Weitere Informationen hierzu finden Sie unter Laufkonfigurationsbildschirme auf Seite 18 Perform Wash Waschlauf durchf hren Bietet Optionen zum Starten von zwei Arten von Ger tewaschl ufen Wartungswaschlauf oder Sta
124. was normal ist Lassen Sie die nicht verwendete Waschl sung in der Waschablage und der Waschflasche um das Austrocknen der Sipper und das Eindringen von Luft in das System zu verhindern MiSeq System Benutzerhandbuch 5 sjnejyosems unyem Soul ualynjyalng Durchf hren eines Standbywaschlaufs Wenn das Ger t innerhalb der n chsten sieben Tage nicht verwendet werden soll bereiten Sie es f r den Leerlauf vor indem Sie einen Standbywaschlauf durchf hren Bei einem Standbywaschlauf werden zwei Waschl ufe hintereinander durchgef hrt wobei verbliebene Reagenzien oder Salzansammlungen aus allen Positionen herausgesp lt werden Jeder Waschlauf dauert etwa 60 Minuten Planen Sie etwa zwei Stunden f r die Durchf hrung des Standbywaschlaufs ein Wenn der Standbywaschlauf abgeschlossen ist befindet sich das Ger t im Standby Modus und im Begr ungsbildschirm wird eine Meldung angezeigt die den Status des Ger ts angibt Wenn sich das Ger t im Standby Modus befindet muss ein Wartungswaschlauf durchgef hrt werden bevor ein Sequenzierungslauf initiiert werden kann a ANMERKUNG Ilumina empfiehlt den Standbywaschlauf alle 30 Tage zu wiederholen wenn sich das Ger t im Leerlauf befindet Wenn Sie den VeriSeq Workflow durchf hren lesen Sie den Abschnitt Wartungsh ufigkeit beim VeriSeg Workflow auf Seite 63 Wartungsverfahren Vom Benutzer bereitzustellende Verbrauchsmaterialien Tween 20 Sigma Aldrich Katalognummer P7949 Wasser
125. wurden iv die Verwendung dieses Produkts zur Durchf hrung eines Assays oder eines anderen Prozesses der nicht von Illumina bereitgestellt wurde oder v die Einhaltung der Spezifikationen oder Teile Nr 15027617 Rev ODEU Anweisungen f r dieses Produkt seitens Illumina das durch den oder im Namen des K ufers eingerichtet wurde jeder der Punkte i v bezeichnet einen Haftungsausschluss c Schadenersatz durch den K ufer Der K ufer wird Illumina ihre Tochtergesellschaften ihre Partnerfirmen und Entwicklungspartner die zur Entwicklung dieses Produkts beigetragen haben und deren jeweilige F hrungskr fte Direktoren Repr sentanten und Mitarbeiter gegen alle Anspr che Haftungen Sch den Geldbu en Strafen Klageanspr che und Verluste jedweder Art verteidigen entsch digen und schadlos halten einschlie lich jedoch nicht beschr nkt auf Personensch den oder Anspr che nach Todesf llen und Verletzung der Immaterialg terrechte eines Dritten die resultieren aus sich beziehen auf oder entstehen durch i den Verstof des K ufers gegen eine dieser Bestimmungen und Bedingungen ii die Nutzung des Produkts durch den K ufer f r einen anderen Zweck als den der Forschurg iii die Verwendung dieses Produkts die nicht in bereinstimmung mit den Spezifikationen oder der Dokumentation des Produkts erfolgt oder iv einen Haftungsausschluss d Bedingungen f r Schadenersatzverpflichtungen Die Schadenersatzverpflichtungen der
126. yklus und eine Platte Weitere Informationen finden Sie unter Flie zellen Plattennummerierung auf Seite 59 Enthalten Berichte zu den Cluster Koordinaten Jede locs Datei stellt eine Platte dar Miniaturbilder die f r jeden Zyklus und jede Base generiert werden und zur Fehlerbehebung bei einem Lauf verwendet werden k nnen Diese Dateien werden f r die Sekund ranalyse nicht ben tigt Sie werden nicht in den Analyseordner kopiert Teile Nr 15027617 Rev O DEU Flie zellen Plattennummerierung Wenn die Platten w hrend des Sequenzierungslaufs aufgenommen werden wird f r jede Platte eine Ausgabedatei generiert und mit der Plattennummer im vierstelligen Format benannt Die Standard v3 Flie zelle wird in 19 Platten auf der oberen Oberfl che und 19 Platten auf der unteren Oberfl che aufgenommen was zu folgendem Plattennummerierungsformat f hrt Die Bilddateien 1101 bis 1119 sind die Platten 1 bis 19 auf der oberen Oberfl che Die Bilddateien 2101 bis 2119 sind die Platten 1 bis 19 auf der unteren Oberfl che Die Standard v2 Flie zelle wird in 14 Platten auf der oberen Oberfl che und 14 Platten auf der unteren Oberfl che aufgenommen was zu folgendem Plattennummerierungsformat f hrt Die Bilddateien 1101 bis 1114 sind die Platten 1 bis 14 auf der oberen Oberfl che Die Bilddateien 2101 bis 2114 sind die Platten 1 bis 14 auf der unteren Oberfl che F r Mikro Flie zellen wird dasselbe Plattennummerierungsformat verwe

MiSeq-System Benutzerhandbuch - Support

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