Simple mode d`emploi de "Linux Utility for Resource
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1. SLURM_TOPOLOGY_ADDR SLURM_TOPOLOGY_ADDR echo SLURM_CPUS_ON_NODE SLURM_CPUS_ON_NODE echo SLURM_NNODES SLURM_NNODES echo SLURM_JOB_NUM_NODES SLURM_JOB_NUM_NODES echo SLURMD_NODENAME SLURMD_NODENAME echo SLURM_NTASKS SLURM_NTASKS echo SLURM_NPROCS SLURM_NPROCS echo SLURM_MEM_PER_NODE SLURM_MEM_PER_ NODE echo SLURM_PRIO_PROCESS SLURM_PRIO_PROCESS echo SLURM_ARRAY_ TASK ID SLURM_ARRAY_ TASK _ID SLURM echo 1 1 srun ntasks 2 gres gpu 1 l echo CUDA _ VISIBLE DEVICES CUDA_ VISIBLE DEVICES srun gres gpu 1 l env srun n 1 gres gpu 1 l opt software nvidia4 sdk C bin linux release deviceQuery noprompt srun n 1 gres gpu 1 l opt software nvidia4 sdk C bin linux release deviceQuery noprompt srun ntasks 2 gres gpu 1 l opt software nvidia debian sdk 4 2 9 C bin linux release nbody fp64 benchmark n 300000 Note si l on ne passe pas de param tres on ne doit pas n cessairement absolument utiliser srun e array job bin bash SBATCH J job array _ max times max _ array SBATCH partition debug SBATCH t 00 05 00 max_times expr 2 LL Lf HH TT TT the second value of array must be identical with max_ array on the following line SBATCH array 1 3 max_array expr 3 echo max_ times max times EE max_array max_array TT TP do not use SBATCH mail type and SBATCH mail user Otherwise2. m moire en mega giga terabits par noeud m moire en mega giga terabits par coeur task nombre de noeuds nombre de tache tasks cores nombre de tache tasks cores pour un noeud temps de calcul aussi time dd hh time hh mm ss time hh workdir r pertoire de travail export ALL NONE variables copie l environnement sur le noeud de calcul gres gpu 2 eres correspond aux ressources consommable Ici il s agit du gpu cpus per task 1 cores per socket 6 constraint nom du noeud share exclusive nombre de CPUs par tache restreint l acc s aux noeuds lt 6 coeurs par processeur le travail job s ex cutera sur un noeud particulier les noeuds sont ne sont pas r serv s par le travail job Examples de sbatch e job s quentiel simple bin sh SBATCH partition xxx SBATCH time 0 20 00 SBATCH output j j stout SBATCH cpus per task 1 SBATCH mem 4096M SBATCH nodes 1 SBATCH ntasks 2 echo 1 1 echo hostname hostname echo SLURM_JOB_NAME SLURM_JOB_ NAME echo SLURM_SUBMIT_DIR SLURM_SUBMIT_ DIR echo SLURM_JOBID SLURM_JOBID echo SLURM_JOB_ID SLURM_JOB_ID echo SLURM_NODELIST SLURM_NODELIST echo SLURM_JOB_NODELIST SLURM_JOB_NODELIST echo SLURM_ TASKS PER NODE SLURM_ TASKS PER NODE echo SLURM_JOB_CPUS_PER NODE SLURM_JOB_CPUS_PER_ NODE echo SLURM_TOPOLOGY_ADDR_PATTERN SLURM_TOPOLOGY_ADDR_ PATTERN echo
3. you will receive one mail per array sub_ job below A job_id a sub_job_id if one miss them the information of the array job appears in wave_array_job stout but it is incomplete SBATCH o job_array_max_times_max_array_ A_ a stout if error or e is absent includes also the errors SBATCH mem 10000M SBATCH mem per cpu 4000M for array jobs the number of simultaneus jobs is given by array above SBATCH nodes 1 N 1 SBATCH ntasks per node 2 n 2 SBATCH ntasks 2 this array job performs simultaneously max_array tasks max _ times times in a do loop the final job using dependency singleton is executed only if all the preceding jobs are finished LL Lf LE st TT TT echo echo hostname hostname echo SLURM_JOB_NAME SLURM_JOB_NAME echo SLURM_SUBMIT_DIR SLURM_SUBMIT_ DIR echo SLURM_JOBID SLURM_JOBID echo SLURM_JOB_ID SLURM_JOB_ID echo SLURM_NODELIST SLURM_NODELIST echo SLURM_JOB_NODELIST SLURM_JOB_NODELIST echo SLURM_TASKS_ PER NODE SLURM_TASKS_PER_ NODE echo SLURM_JOB_CPUS_PER NODE SLURM_JOB_CPUS_PER_ NODE echo SLURM_ TOPOLOGY ADDR PATTERN SLURM_TOPOLOGY_ADDR_ PATTERN echo SLURM_TOPOLOGY_ADDR SLURM_TOPOLOGY_ADDR echo SLURM_CPUS_ON_NODE SLURM_GPUS_ON_NODE echo SLURM_NNODES SLURM_NNODES echo SLURM_JOB_NUM_NODES SLURM_JOB_NUM_NODES echo SLURMD_NODENAME SLURMD_NODENAME echo SLURM_NTASKS SLURM_
4. NTASKS echo SLURM_NPROCS SLURM_NPROCS echo SLURM_MEM_PER_NODE SLURM_MEM_PER_ NODE echo SLURM_PRIO_PROCESS SLURM_PRIO_PROCESS echo SLURM_ARRAY_TASK_ID SLURM_ARRAY_TASK_ID echo 1 1 USER Commands move to the directory where the data files locate cd data _ dir run the program do loop of max _ array simultaneous jobs the do loop is executed max_ times times i_array expr SLURM ARRAY TASK ID for i_ times in seq 1 max times do echo i_ times i_times i_ array i_array echo SLURM_ARRAY_TASK_ID SLURM_ARRAY_TASK_ID srun wave_dvr_potentials x lt wave_dvr_potentials_slab_low_wf_chulkov_Ag 001_ i_array rd gt print wave_dvr_potentials_slab_low_wf_chulkov_Ag 001_ i_array out i_array expr SLURM_ARRAY_TASK_ID max_array done execute the sweep program srun dependency singleton comp_ integration x lt comp_ integration_test rd gt print comp _ integration _ test ou LL Lf LE st PERE echo end of the array job end of the user commands Note i ci dessus A est le num ro de l array job a est le num ro du sub job ii pour l instant je n ai pas trouv comment restreindre le nombre de sub jobs simultan ment lanc s
5. Simple mode d emploi de Linux Utility for Resource Management SLURM v2 6 Mise en garde Ce texte se veut minimaliste expliquant que les ordres les plus l mentaires pour pouvoir utiliser SLURM version 2 6 Informations g n rales et conventions 1 le r pertoire par default est celui du lancement des ordres SLURM Pour travailler dans un autre r pertoire il faut utiliser cd de linux dans votre script 2 ce mode d emploi se limite aux ordres suivants srun sbatch squeue scancel smap sview 3 BATCH est la directive SLURM correspondant pour SGE 4 j dans un nom de fichier sera remplac l ex cution par le num ro identifiant le job donn par SLURM Utile pour les array jobs Lexique comparaison SLURM lt gt SGE voir les MAN pages de SLURM voir http slurm schedmd com man_ index html voir la ROSETTA comparant SLURM et SGE http slurm schedmd com rosetta pdf SLURM SGE signification srun qsub soumission de travaux parall les en ligne de commande salloc qsub allocation de ressources en ligne de commande sbatch qsub soumission de travaux par script de soumission smap qmon information graphique sur les travaux jobs et des partitions queues sview qmon information graphique sur les travaux jobs et des partitions queues sinfo donne l tat des noeuds et partitions en mode non graphique squeue queue information non graphique sur les travaux j
6. obs et des partitions queues sstat qstat information non graphique sur l tat des jobs et tapes de calcul scancel qdel arr ter tuer un job scontrol qmon modifier les param tres de slurm partition queue queue de lancement de programmes avec de param tres d finis par le gestionnaire Options directives essentielles dans les scripts ordres de sbatch ou la commande srun voir http slurm schedmd com sbatch html http slurm schedmd com sbatch html ou srun html SBATCH suivi d un blanc identifie la directive SLURM suivi d une option expliqu e ci apr s option signification Zj num ro du job donn au moment de l ex cution variable A et Ha num ros d un array job et de sa soutache l execution J ou job name your job name a ou array 1 100 o ou output job name_ j stdout e ou error job name_ j stderr partition partition queue mail type type mail user userQsite mem nombre de M G T mem per cpu nombre de M G T N nombre ou nodes nombre n nombre ou ntasks nombre ntasks per node nombre time dd hh mm ss nom du travail job d finit le nombre de jobs dans l array job sortie output de messages syst me du travail job sortie output de erreurs du job Manquant erreurs dans o la queue de soumission du job travail Type de mail peut tre BEGIN END ALL FAIL REQUEUE recevoir un courriel suivant les instructions du mail type
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